FITOPAC 1

MANUAL DE USURIO

1995.

G. J. Shepherd
Depto. de Botnica IB da UNICAMP CxP 6109 CAMPINAS 13081 SP - Brasil

AVISO IMPORTANTE

Embora tentou-se evitar possveis erros e "bugs" nos programas, testando com conjuntos de dados e contra outros programas, quase uma certeza que ainda existem alguns. Se voc encontra erros, ou tem sugestes para melhorar os programas, mande uma carta ao autor, explicando sua sugesto ou descrevendo em que circunstncias o erro ocorreu. No caso de erros, ajuda achar o problema se voc pode incluir uma cpia dos dados que provocaram o erro, junto com uma descrio da anlise sendo realizada. Estes sugestes e avisos de erros sero utilizados par melhorar e corrigir a prxima verso do programa.

INTRODUO

O que FITOPAC ?
FITOPAC um conjunto de programas para anlises fitossociolgicas que permite calcular parmetros fitossociolgicos e analisar dados de levantamentos de vegetao de diversas maneiras. Alguns programas tambm podem ser teis para anlises de outros tipos de dados, particularmente em taxonomia. Embora existam, no exterior, vrios pacotes de programas para anlise de dados ecolgicos, estes freqentemente no so bem adaptados aos tipos de dados normalmente coletados aqui no Brasil, especialmente em vegetao lenhosa de florestas e cerrados, ou so difceis de usar, especialmente por pessoas que no tem muita experincia no uso de computadores. O objetivo do atual pacote de fornecer os programas necessrios para anlises de dados obtidos em vegetao tpico do Brasil, e de permitir seu uso sem exigir grande conhecimento de computao, embora um certo mnimo evidentemente necessrio. Os programas foram montados para utilizar microcomputadores do tipo IBM-PC compatveis. Embora isso limita, um pouco, o tamanho de levantamento que pode ser analisado, tem a vantagem de facilitar acesso aos programas pois no necessita de computador de grande porte. De qualquer maneira, os limites para esta verso (10.000 indivduos, 1000 amostras e 1000 espcies para clculo de parmetros fitossociolgicos e 400 parcelas e 250 espcies para matrizes de parcela x espcie) devem acomodar a maioria de levantamentos atualmente realizados, e so comparveis com os limites impostos por outros programas para microcomputadores. Em geral, pretende-se que estes programas sejam utilizados para anlise de vegetao lenhosa, embora seja possvel utilizar alguns programas para anlise de outros tipos de dados.

O que tem no FITOPAC ?

A verso 1 do FITOPAC contem os seguintes programas : PREPARE - este programa utilizado na preparao de dados para FITOPAC, oferecendo facilidades para verificao dos dados de campo, e formatando o arquivo de dados para uso com os outros programas. CADERNO - fornece listagens dos dados de campo, podendo ordenar os dados em diversas maneiras. PARAMS - calcula parmetros fitossociolgicos para um levantamento usando amostragem por parcelas ou quadrantes. Inclui ndices de diversidade, alm dos parmetros normais empregados em fitossociologia (por ex. Densidade Relativa, Dominncia Relativa, IVI, IVC, etc.). Tambm fornece alguns grficos simples. CRIAMAT - este programa prepare matrizes de parcelas x espcies a partir de um arquivo de dados de campo. Estas matrizes so usadas para outras anlises (PCA, anlise de aglomerados, etc.). O programa tem facilidades para manipulao das matrizes (transformaes, remoo de espcies raras, etc.). Permite, tambm a entrada de matrizes em forma de arquivos ASCII MATRIZ - para manipulao e traduo de matrizes de dados em diferentes formatos, permitindo importao ou exportao de dados para outros programas e pacotes. COEF - calcula uma variedade de coeficientes de similaridade e distncias (distncia euclidiana, Bray_Curtis, Canberra, etc.), usados para anlise de agrupamentos (Cluster Analysis). CLUSTER - para Anlise de Agrupamentos (Cluster Analysis), incluindo diversos tipos de agrupamento (vizinho mais prximo, mdia de grupo, etc.). ORD - para diversos tipos de ordenao, incluindo Anlise de Componentes Principais (PCA), Anlise de Coordenadas Principais (PCO) e Anlise de Correspondncias (CA - tambm conhecida como Anlise de Mdias Recprocas - RA). Estas anlises so amplamente utilizadas em estudos de vegetao. Os ltimos trs programas tambm so de interesse para pessoas usando tcnicas de taxonomia numrica com dados taxonmicos.

Histrico
O desenvolvimento do FITOPAC comeou com a expanso de estudos fitossociolgicos no Departamento de Botnica da UNICAMP. Diversos pessoas sofreram com o processo de calcular parmetros fitossociolgicos, as vezes passando vrios dias fazendo os clculos, errando, e repetindo tudo de novo, tudo na base de calculadoras simples. Decidi, ento, escrever um programa bsico para fazer estes clculos no computador central da 3

FITOPAC 1 universidade, naquela poca um PDP-10, utilizando FORTRAN como linguagem de programao. Este programa ficou cada vez mais procurado com o aumento em levantamentos em cerrados e matas, mas o processo de utilizao foi muito difcil pois tnhamos somente um velho terminal que usava papel e que servia o Instituto de Biologia inteiro. Com a introduo de microcomputadores, decidi transferir os programas para uso em micros, facilitando o acesso, e ao mesmo tempo, expandir os programas para fazer outros tipos de anlises. O resultado foi a verso preliminar do FITOPAC que foi liberada em 1988, e que acabou sendo bastante utilizado na UNICAMP e em diversos outros locais, apesar de um interface de usurio totalmente incoerente (com alguns programas em FORTRAN e outros em Turbo Pascal), um manual totalmente deficiente e diversos bugs horrorosos ! Com a atual verso, a primeira oficial do FITOPAC, espero que finalmente o interface com o usurio esteja um pouco mais coerente, e que o manual seja um pouco mais til, e que os piores bugs foram exterminados, embora sem dvida ainda restam alguns ! Em geral, acredito que as anlises oferecidas agora so mais diversas e produzem informaes mais completas e teis para o usurio. Para citar as diferentes verses, a atual deve ser citado como :Shepherd, G.J. 1995. FITOPAC 1. Manual de usurio. Departamento de Botnica, UNICAMP. e a verso anterior como :Shepherd, G.J. 1988. FITOPAC - verso preliminar. Departamento de Botnica, UNICAMP.

INSTALAO

Equipamento necessrio
1. Um microcomputador do tipo IBM-PC compatvel. (os programas no rodam em micro tipo Apple ou CP/M !). 2. 640 Kbytes de memria. No momento, os programas esto configuradas para usar memria cheia. 3. Dois drives tipo floppy ou um floppy e um disco rgido (Winchester). Este ltimo muito mais rpido e quase essencial para levantamentos mais extensas - arquivos com mais que aprox. 8000 indivduos no cabem num disquete de 360 Kbytes ! 4. Um coprocessador numrico 8087 no essencial, mas altamente recomendvel. Este coprocessador aumenta em trs vezes ou mais a velocidade de processamento de dados numricos, e particularmente til se voc pretende fazer muitas anlises de dados numricos, especialmente com PCA, etc. Estas anlises vo demorar muito se sua matriz grande e no tiver um coprocessador. Os programas foram compilados usando uma opo para emular um coprocessador e podem correr em micros com ou sem o coprocessador.

Instalao no micro.
Os programas so distribudos em disquetes. A primeira coisa que voc deve fazer copiar os disquetes para produzir uma cpia de trabalho. Os originais podem, ento, ser guardados num lugar seguro, servindo de reserva, caso haja algum acidente com sua cpia de trabalho (algum derramou caf nos disquetes, etc.). Os disquetes no so protegidos e podem ser copiados usando DISKCOPY, COPY ou qualquer copiadora de disquetes. Se voc quer dar um boot a partir destes disquetes, precisa tambm instalar o sistema operacional (formata os disquetes com opo /S ou use o comando SYS - repare que os disquetes vem sem sistema operacional). Se voc tem um disco rgido, sugiro que voc cria um subdirectrio (por ex. \FITOPAC) e copia todos os programas para este subdirectrio. Se voc usa o comando PATH \FITOPAC, pode, ento, utilizar os programas a partir de qualquer outro subdirectrio no disco rgido (por ex. \DADOS).

PREPARANDO DADOS PARA FITOPAC

Passos necessrios para anlises usando FITOPAC

1) Preparao dos dados: essencialmente a preparao dos dados de campo num formato apropriado para o programa, prontos para serem gravados num disquete usando um editor de texto. 2) Entrada, gravao e verificao dos dados num disquete, usando o editor de texto. 3) Transformao dos dados em arquivo FPD, usando programa PREPARE. 4) Anlises bsicas (parmetros fitossociolgicos, etc.) usando o arquivo FITOPAC e os programas apropriados (PARAMS, etc.). 5) Preparao de uma matriz de dados a partir do arquivo FPD para outras anlises (PCA, anlise de agrupamentos, etc.), usando programa CRIAMAT.

O que voc precisa ?

a) Em primeiro lugar, voc precisa de um editor de texto para entrada dos dados - FITOPAC (ainda) no tem facilidades para entrada direta dos seus dados. Qualquer editor capaz de produzir arquivos ASCII pode ser utilizado - por exemplo, Wordstar(em modo no-documento), MS-Word(arquivo no formatado) e o Norton Editor. Note-se que alguns processadores de texto como Redator v 1.1 (at reviso r02) no podem ser usados, porque no produzem arquivos ASCII, e incluem uma srie de cdigos para a impressora, etc. no meio do texto. Se voc est com dvidas se o seu editor funcionar, tente mostrar um arquivo produzido pelo editor usando o comando DOS TYPE. Se aparecem na tela uma srie de caracteres estranhos misturados com o texto, isso indica que o editor no pode ser usado, pois no produz somente caracteres ASCII. possvel, tambm, utilizar planilhas como Lotus 123, desde que haja facilidades para produzir arquivos ASCII (a maioria tem) e uma capacidade suficiente para seus dados (um levantamento grande pode ocupar 5000 linhas ou mais) b)A segunda coisa que voc precisa um disquete formatado, preferivelmente vazio. Embora seus dados possam ocupar somente uma parte pequena do disquete, melhor utilizar um disquete para cada levantamento, deixando bastante espao para arquivos que sero criados durante as anlises posteriores. No caso de levantamentos muito extensos, voc pode precisar de mais que um disquete, particularmente se voc pretende executar anlises mais complexas. Se voc est utilizando um micro com disco rgido (Winchester), sugere-se a criao de um subdirectrio especfico para os dados. c)A terceira necessidade uma lista das famlias e espcies includas no levantamento. d)Os dados de campo formam o ltimo item necessrio para iniciar o trabalho de entrada de dados.

Entrando os dados

1. Consideraes Gerais.
FITOPAC utiliza dois arquivos ASCII como ponto de partida. O primeiro arquivo contm os nomes das famlias e das espcies, e o segundo tem os dados numricos do levantamento. Estes arquivos so preparados usando o editor de texto, e contm os dados de campo do seu levantamento. Estes arquivos sero utilizados pelo programa PREPARE para produzir um novo arquivo contendo os dados no formato especfico necessrio para os outros programas do FITOPAC.

Utilizando FITOPAC Antes de comear batendo os dados, voc precisa dar um nmero para cada famlia e um nmero para cada espcie. So estes nmeros que sero utilizados pelos programas para ligar as epcies s famlias e os dados numricos com as respectivas espcies. E extremamente importante FAZER COPIA DE SEGURANA (backup) dos dados num segundo disquete ! Normalmente voc deve copiar todos seus arquivos de trabalho, no mnimo, no fim de cada dia, se no mais freqentemente, alm de periodicamente salvar seus dados enquanto est usando o editor de texto. E uma falsa economia pensar que no vale a pena comprar um outro disquete - no nada agradvel gastar vrios dias batendo um conjunto de dados e depois descobrir que vai ter que repetir tudo porque algum derrubou uma xcara de caf em cima do seu disquete ! Mantenha cpias de segurana, e cuide de mant-las atualizadas.

2. Uso de extenses e nomes de arquivos.

Sugere-se o uso de algumas extenses padres para os arquivos usados com FITOPAC. Se voc no entende o uso de extenses, e as regras para nomes de arquivos, procure no manual do DOS ou qualquer livro que explica como usar um micro. melhor usar um nome descritivo para os arquivos, embora o limite mximo de 8 caracteres para nomes de arquivos em DOS as vezes seja um pouco limitante. Como exemplo, se voc tem um levantamento realizado em So Jos dos Campos, um possvel nome para os seus arquivos seria SAOJOSE (note-se que acentos e smbolos especiais normalmente no so permitidos em nomes de arquivos). Em geral, use o mesmo nome para os arquivos de nomes e dados, dando a extenso .NMS para o arquivo de nomes, e a extenso .DAD para o arquivo de dados numricos. No nosso exemplo, isso daria SAOJOSE.NMS e SAOJOSE.DAD para os dois arquivos bsicos. O FITOPAC utiliza duas extenses prprias, .FPD para arquivos de dados de levantamentos e .FPM para matrizes de espcies x amostra, ou outras matrizes. Embora os nomes e extenses sugeridos aqui no sejam obrigatrios, seu uso facilitar a manipulao de arquivos posteriormente, especialmente em anlises mais complexas onde numerosos arquivos podem ser gerados. particularmente importante evitar o uso das extenses reservadas pelo FITOPAC, pois isso pode criar problemas quando os programas procurem arquivos no disco.

3. O Arquivo de Nomes.
O primeiro arquivo a ser preparado deve ser o arquivo de nomes. Este arquivo contm, em primeiro lugar, uma lista das famlias das espcies includas no levantamento. Os nomes das famlias so batidos um por linha, comeando com o nmero da famlia, um espao, e depois o nome da famlia. Aps a ltima famlia, voc deve bater uma linha contendo somente 999 para indicar o fim das famlias. Em seguida, vem a lista das espcies, cada uma com um nmero de espcie e o nmero da famlia a qual pertence. De novo, deve ter um nome por linha, comeando com o nmero da espcie, um espao, o nmero da famlia, mais um espao e finalmente o nome da espcie. Aps a ltima espcie, voc pode colocar uma linha com 999, se quiser, mas no essencial. O formato do arquivo de nomes deve ficar semelhante quele da fig. 1.2. Os nomes devem ter, no mximo, 35 caracteres. Nomes mais compridos podem ser entrados, mas sero truncados pelo programa. No necessrio que os nomes sejam entrados seguindo ordem numrica - podem ser batidos em qualquer ordem, desde que o nmero da famlia e espcie corresponda ao que voc usou no resto dos dados, mas o uso da ordem numrica facilita o processo de verificao dos nomes e ajuda a evitar a utilizao do mesmo nmero para dois nomes. Nomes para mortas e desconhecidos. Indivduos mortos ou desconhecidos podem ser includos mas necessrio tomar alguns cuidados com os nomes usados. Em geral, onde h indivduos mortos, voc pode criar uma espcie mortas com nmero e tudo, e uma famlia mortas tambm. Sero tratadas como espcie e famlia normal no processamento. No caso de espcies desconhecidas, deve ser dado um nmero para cada morfoespcie, e um nome do tipo desconhecida 1. Ser necessrio, tambm, criar uma famlia, Desconhecida para acomodar estas espcies. Em levantamentos onde h muitas espcies desconhecidas, esta tcnica pode criar problemas, pois os parmetros calculados para famlias no estaro corretos. Neste caso, voc pode tentar dividir as desconhecidas em mais que uma famlia, mas evidente que este procedimento no muito recomendvel, e seria melhor tentar melhorar as identificaes do seu material antes de tentar analisar os dados. Onde a famlia ou gnero da espcie j conhecido, necessrio somente dar um nmero e um nome temporrio para cada um (por ex. Myrtaceae 1, Myrtaceae 2, Myrcia sp1...Myrcia sp20, etc.). Em alguns programas existe a opo de excluir espcies, caso voc no queira inclu-las nas anlises.

FITOPAC 1

4. O arquivo de Dados.
O arquivo de dados contm todos os dados numricos, isto , as medies feitas para cada indivduo que entrou no levantamento. O formato exato dos dados depende do tipo de levantamento, mas essencialmente segue o padro usado para anotar os dados no campo. No momento, o limite de comprimento para cada linha no arquivo de dados de 255 caracteres. Em geral, o formato dos dados livre - no h necessidade de manter os nmeros alinhados em colunas, e desde que voc bate pelo menos um espao entre nmeros, espaos a mais no atrapalham. Nmeros inteiros no precisam ter um ponto decimal e 0. Se for utilizada a opo de correo automtica no programa PREPARE, voc pode usar uma virgula em vez de ponto decimal, mas neste caso, qualquer virgula encontrada no arquivo de dados ser tratado como um ponto decimal. O uso do teclado numrico do micro facilita a entrada de dados numricos e ajuda reduzir erros. Para usar o teclado numrico, voc precisa apertar a tecla Num Lock - deve acender uma luzinha indicando que o num lock est ligado - e comear digitando os nmeros. Note, porm que voc no pode usar PgUp, Del, Ins, setas, etc. quando NumLock est ligado. Medidas de permetro ou dimetro podem ser usadas e estes podem ser em centmetros ou metros, mas no se pode misturar tipos de medies ou unidades no mesmo levantamento - por exemplo, tem que ser usado permetro em metros para todos os indivduos de um levantamento. No caso de dimetros/permetros mltiplos (vrios ramos no mesmo indivduo), devem ser batidos os valores individuais separados por um +, e o programa PREPARE calcular um dimetro/permetro equivalente. Por exemplo, no caso de ter um indivduo com trs ramos, com permetros de 12, 14 e 20 centmetros, voc bate 12+14 + 20 (note-se que pode ter ou no ter espaos entre os nmeros - so opcionais). Alturas normalmente devem ser expressas em metros. No caso de no ter medidas de alturas, pode omitir este dado (no programa PREPARE, h uma opo para dados sem alturas). Para os diferentes mtodos de levantamento tem formatos de dados diferentes, geralmente correspondendo aproximadamente ao formato dos dados obtidos no campo. No momento, os tipos de levantamento que o pacote pode analisar so os seguintes :Levantamentos usando parcelas: Na primeira linha do arquivo vem o nmero da primeira parcela. Os nmeros de parcelas podem conter letras e outros cdigos, at um total de 35 caracteres, mas no podem ter um espao em branco* . Por exemplo 1A, 201, 22.01, 1/55a e parcela_30 so todos aceitveis como nmero de parcela. Depois, vm os dados para os indivduos da parcela, um indivduo por linha, na seguinte ordem : no. do indivduo (opcional - se voc no quer incluir, os programas criam uma numerao prpria), permetro/dimetro (em cm. ou metros), altura (opcional) e nmero da espcie (obrigatrio). Em casos onde foram medidas as posies espaciais dos indivduos, os coordenadas X e Y de cada indivduo podem ser includas, depois do nmero da espcie. Aps o ltimo indivduo da parcela, na linha seguinte, vem o nmero da prxima parcela, e em seguida, os dados dos indivduos. Este processo continua at a incluso dos dados do ltimo indivduo. No necessrio incluir qualquer sinal especial para indicar o fim dos dados. A ordem de entrada das parcelas no fixa, podendo ser at aleatria, desde que todos os indivduos de uma parcela estejam juntos. Se voc pretende analisar subconjuntos ou blocos de parcelas dentro de um levantamento, a incluso das parcelas em grupos que correspondem aos blocos a serem analisadas vai facilitar a anlise, embora isso no seja obrigatrio. Fig. 1.3 mostra o formato esperado para dados deste tipo. Levantamentos usando o mtodo de quadrantes : O formato neste caso mais simples, tendo uma linha para cada indivduo, com os seguintes dados - no. de ponto, no. de indivduo (opcional), distncia do ponto (obrigatrio), permetro/dimetro, altura (opcional) e nmero da espcie (obrigatrio). Se voc no quer entrar um nmero de indivduo, os programas criam uma numerao prpria. Os pontos podem entrar em qualquer ordem, mas para facilitar anlises de subconjuntos ou blocos de pontos, melhor entrar os pontos em blocos que correspondem aos blocos a serem analisados. Coordenadas X e Y podem ser includas aps o nmero da espcie. Fig. 1.4 mostra o formato esperado para dados deste tipo.

C. Um exemplo
Para ilustrar o uso do FITOPAC, podemos tomar um exemplo (imaginrio) que mostra os passos bsicos. Fizemos um levantamento dentro de uma rea de mata na regio de So Jos dos Campos, instalando 100 parcelas espalhadas ao acaso ao longo de um gradiente altitudinal. Estamos interessados inicialmente em ter uma idia geral da
* A verso preliminar de FITOPAC permitia espaos aqui. Se voc realmente insiste, pode colocar espaos, desde que haja um t (ou T) no final da ltima linha da parcela anterior (fig. 1.5). Repare que isso no possvel na primeira parcela!

Utilizando FITOPAC composio da mata como um todo, mas tambm gostaramos de investigar o efeito do gradiente altitudinal sobre a composio da vegetao. Temos todos as medidas de campo, e a identificao das espcies essencialmente est completa, restando somente 3 ou quatro espcies desconhecidas. Em primeiro lugar, preparamos a lista de famlias e espcies encontrados no levantamento, dando um nmero para cada famlia e cada espcie. Uma famlia Desconhecida e espcies desconhecida 1 a desconhecida 4 so criadas para acomodar as espcies no identificadas. O nmero de espcie apropriado anexado aos dados para cada indivduo, nos dados de campo, e cuidadosamente verificado antes de comear trabalhando com o computador. Em seguida, escolhe-se um nome apropriado para nossos arquivos. Como nosso levantamento foi feito em So Jos dos Campos, vamos usar SAOJOSE para o nome dos arquivos, e comeamos criando os arquivos SAOJOSE.NMS e SAOJOSE.DAD, utilizando um editor de texto. Entramos os nomes e dados nos dois arquivos seguindo o formato descrito acima. Neste ponto, interessante imprimir uma listagem dos dois arquivos, para verificar os dados antes de qualquer processamento. Se possvel, mais fcil trabalhar com duas pessoas, uma cantando os dados e a outra verificando na listagem. Embora chato, este passo muito importante, pois a integridade e confiabilidade das anlises posteriores so inteiramente dependente de ter dados corretos nestes arquivos. Os programas podem detectar alguns erros mais grosseiros, mas no h como detectar o fato que voc bateu 44.5 em vez de 55.4 para o permetro de indivduo no. 445, por exemplo. Portanto, essencial que a verificao dos dados seja feita com muito cuidado e ateno. Aps ter verificado os dados, podemos converter estes arquivos numa forma que pode ser usada pelos outros programas. Utilizamos o programa PREPARE para converter os arquivos de nomes e dados numricos num arquivo .FPD, batendo PREPARE SAOJOSE. Como estamos empregando as extenses normais do FITOPAC, precisamos bater somente SAOJOSE e o programa vai criar todos os nomes de arquivo necessrios. Enquanto est lendo os dados, o programa tenta detectar alguns erros comuns, e da uma oportunidade para corrigi-los, editando os dados. Portanto, til ter uma cpia dos dados de campo a mo, permitindo verificao imediata se o programa detecta qualquer problema. Note-se que qualquer correo feita utilizando PREPARE tem efeito somente no arquivo .FPD e no nos arquivos .NMS e .DAD ! O resultado um arquivo SAOJOSE.FPD, contendo todos os dados e pronto para uso pelos outros programas. Uma vez que temos este arquivo, podemos proceder com a anlise dos dados. Antes de comear com a anlise propriamente dito, porm, muito til fazer uma listagem completa dos dados, que fornece um recorde permanente do conjunto de dados em formato fcil de consultar, e permite recuperar de algum desastre onde os arquivos de dados so perdidos (isso no deve ser possvel se voc est fazendo cpias de segurana - backups - de todos seus arquivos, mas nunca se sabe !). Para fazer a listagem, utilize o programa CADERNO, batendo simplesmente CADERNO SAOJOSE, e uma listagem dos dados ser produzida no arquivo SAOJOSE.LST. Se quiser mandar diretamente para a impressora, bate CADERNO SAOJOSE IMP. Normalmente til ter uma listagem dos dados ordenados por parcela (ponto) ou na ordem de entrada dos dados (que geralmente igual), e, tambm, uma listagem por espcie que facilita a localizao de todos os membros de uma espcie, sem ter que percorrer a listagem inteira. Esta ltima listagem tambm muito til para localizar possveis erros - uma espcie que no est presente, mas que voc sabe deve estar na listagem, ou uma espcie com diversos indivduos quando deve ter somente um, pode funcionar como um aviso que houve algum erro na transcrio dos dados, e qualquer discrepncia deste tipo deve ser notada e verificada. Tendo uma listagem dos dados, e satisfeitos que esto corretos, podemos proceder com o resto da anlise. Normalmente, o prximo passo seria de correr o programa PARAMS para calcular os parmetros fitossociolgicos para nosso levantamento. Batemos, ento, PARAMS SAOJOSE, e produziremos um arquivo SAOJOSE.LST contendo os resultados dos clculos dos parmetros fitossociolgicos. Para muitos estudos, os resultados obtidos at aqui seriam suficientes, fornecendo um resumo da rea levantada e elementos para comparaes entre nosso levantamento e outros levantamentos. No nosso caso, porm, queremos ainda investigar a variao dentro de nossa rea e o efeito do gradiente altitudinal. Para analisar melhor este tipo de questo, podemos utilizar outros recursos do FITOPAC. Em primeiro lugar, as parcelas do levantamento podem ser distribuidas em blocos, correspondendo a faixas altitudinais - por ex. bloco 1 contm todas as parcelas entre altitudes de 100 a 200 m. - e estes blocos podem ser analisados individualmente utilizando as facilidades para sub-anlises no programa PARAMS, ainda com nosso arquivo SAOJOSE.FPD, especificando quais parcelas pertencem a cada bloco, sem a necessidade de criar arquivos novos para cada bloco. Assim, podemos realizar uma anlise direta do gradiente, e comparar os parmetros fitossociolgicos de cada faixa altitudinal. Com isso, teramos uma boa viso do grau e tipo de mudana que ocorre com altitude. Em segundo lugar, podemos aplicar mtodos de ordenao e classificao, utilizando os programas ORD, para anlise de componentes principais, e CLUSTER para anlise de agrupamentos. Estes mtodos exigem uma matriz de amostras x espcies que criado por uso do programa CRIAMAT, que fornece diversas opes de tipo de matriz, transformaes dos dados e eliminao de espcies raras, amostras aberrantes, etc. Batendo CRIAMAT SAOJOSE e indicando nossos opes, produzir um novo arquivo

FITOPAC 1 SAOJOSE.FPM que contm a matriz com as transformaes e modificaes selecionadas. Repare, de novo, que no precisamos especificar extenses, e o prprio programa cria os nomes e arquivos necessrios. Em seguida podemos correr uma anlise de componentes principais, batendo ORD SAOJOSE, e os resultados sero colocados no arquivo SAOJOSE.LST. Este tipo de ordenao uma tcnica extremamente poderosa para deteco e descrio de gradientes ambientais. Se queremos produzir uma classificao das parcelas, formando grupos contendo parcelas que so semelhantes entre si, podemos usar anlise de agrupamentos. Neste caso, precisamos criar, primeiro, um arquivo de coeficientes de similaridade ou distncias, que indiquem o grau de semelhana entre as amostras. Este arquivo produzido pelo uso do programa COEF, batendo COEF SAOJOSE, que vai resultar num arquivo SAOJOSE.FPC contendo os coeficientes selecionados. Aps disso, batendo CLUSTER SAOJOSE fornece os resultados desta anlise no arquivo SAOJOSE.LST. Assim, podemos analisar nossos dados de diferentes maneiras, extraindo diferentes tipos de informaes e formando uma viso mais completa da variao dentro de nosso levantamento. Alm das anlises fornecidas por FITOPAC, possvel utilizar os dados da matriz de amostras x espcies no arquivo SAOJOSE.FPM com outros pacotes estatsticos ou ecolgicos. O programa MATRIZ permite traduzir o arquivo FITOPAC nos formatos usados por pacotes como SYSTAT, NT-SYS e os programas DECORANA e TWINSPAN de Hill (Hill, 19??), entre outros. Dessa maneira, possvel fazer praticamente qualquer tipo de anlise multivariada ou outro tipo de anlise estatstico, mesmo que no seja includa no prprio FITOPAC.

no. da famlia 1 Anacardiaceae 2 Bombacaceae 3 Compositae 4 Myrtaceae 5 Ulmaceae 6 Desconhecida 7 Morta 999 final das famlias 1 1 Anacardium occidentalis 2 3 Bellis perennis 3 2 Eriotheca sp. 4 4 Myrcia lingua 5 4 Myrcia sp1 6 4 Myrcia sp2 7 4 Myrcia sp3 8 2 Pseudobombax sp. 9 5 Trema micrantha 10 6 Desconhecida 1 11 6 Desconhecida 2 12 7 Morta no. da famlia no. da espcie

Fig. 1.2. Exemplo de um arquivo de nomes - SAOJOSE.NMS. (Voc no bate as partes em itlico !)

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Utilizando FITOPAC

no. da primeira parcela 1 1 34.5 5.5 12 2 10.7 7 5 3 40 12.5 10 4 110 30.5 1 5 33.5 5 3 2a no. da segunda parcela 6 5.5 3 6 7 25 8 8 8 55.5 15 9 9 23+12+15 10 3 permetro mltiplo 10 44 16 6 11 22 6 11 12 10 4 4 2b no. da terceira parcela 13 40 18 7 14 5 + 6+8.5 +10 2 4 permetro mltiplo 15 22.0 15 4 16 120 35.5 8 ltimo indivduo no. da espcie --- altura --- permetro/dimetro --- no. do indivduo

Fig. 1.3. Exemplo de um arquivo de dados de um levantamento usando parcelas - SAOJOSE.DAD. (Voc no bate as partes em itlico !)

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FITOPAC 1

no. de ponto 1 1 1 1 2 2 2 2 3 3 3 3 4 4 4 4 1 3.3 34.5 5.5 12 2 1.5 10.7 7 5 3 0.6 40 12.5 10 4 3.77 110 30.5 1 5 0.15 33.5 5 3 6 2.2 5.5 3 6 7 2.3 25 8 8 8 6.7 55.5 15 9 9 4.6 23+12+15 10 3 permetro mltiplo 10 7.2 44 16 6 11 2.3 22 6 11 12 0.1 10 4 4 13 5.2 40 18 7 14 1.9 5 + 6+8.5 +10 2 4 permetro mltiplo 15 4.3 22.0 15 4 16 2.5 120 35.5 8 ltimo indivduo no. da espcie --- altura --- permetro/dimetro --- distncia --- no. do indivduo

Fig. 1.4. Exemplo de um arquivo de dados de um levantamento usando quadrantes - SAOJOSE.DAD. (Voc no bate as partes em itlico !)

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Utilizando FITOPAC

no. da primeira parcela 1 1 34.5 5.5 12 2 10.7 7 5 3 40 12.5 10 4 110 30.5 1 5 33.5 5 3 t repare no t Esta e parcela 2a no. da segunda parcela com espaos 6 5.5 3 6 7 25 8 8 8 55.5 15 9 9 23+12+15 10 3 permetro mltiplo 10 44 16 6 11 22 6 11 12 10 4 4 t repare no t Esta e parcela 2b no. da terceira parcela com espaos 13 40 18 7 14 5 + 6+8.5 +10 2 4 permetro mltiplo 15 22.0 15 4 16 120 35.5 8 ltimo indivduo no. da espcie --- altura --- permetro/dimetro --- no. do indivduo

Fig. 1.5. Exemplo de um arquivo de dados de um levantamento usando parcelas e nomes com espaos para as parcelas - SAOJOSE.DAD. (Voc no bate as partes em itlico !)

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UTILIZANDO FITOPAC
O FITOPAC interativo, com um interface comum para todos os programas e pode ser usado em computadores com disco rgido ou em sistemas com somente discos tipo flexveis (floppy). Em geral, muito mais fcil usar os programas quando esto instalados no disco rgido e seus dados podem estar acomodados no prprio disco rgido ou num disquete flexvel. Embora cada programa independente, todos tem o mesmo estilo de interface e utilizam os mesmos tipos de comandos, menus, etc. Portanto, uma vez que voc aprenda utilizar os comandos bsicos, estes servem para qualquer uma dos programas. Este captulo descreve a maneira em que voc interage com os programas, descrevendo os comandos e caractersticas que so comuns a todos os programas, ou que so comuns a diversos deles.

Usando os programas.

com disco flexvel("floppy")

Com 2 drives floppy - coloque o disquete de programas no drive A e o disquete com seus dados no drive B. Normalmente, mais conveniente trabalhar com drive B ativo, portanto, se a tela mostra A>, bate B:, e a tela deve passar a mostrar B>. O programa chamado, batendo A:Nome_do_programa, e dai em diante todos os arquivos so lidos ou criados no disco em drive B.

com disco rgido

No caso de um sistema com disco rgido, voc pode usar drive A (floppy) para os arquivos de dados ou criar um subdirectrio para os dados. Este ltimo ser necessrio no caso de levantamentos grandes onde os dados no cabem num disquete. Se voc especifique a rota PATH C:\FITOPAC, pode usar os programas a partir do drive A ou qualquer subdirectrio no disco rgido, batendo somente o nome do programa. Alternativamente, voc pode usar o programa a partir do subdirectrio onde est instalada e especificar onde vai buscar os arquivos de dados via o comando Rotas ou pelo linha de comando - veja a seo Rotas, diretrios e configurao para mais detalhes.

Uso de arquivos em FITOPAC.

Arquivos de dados
FITOPAC utiliza trs formatos especiais para arquivos de dados. O primeiro para dados de campo, consistindo de uma lista das observaes dos indivduos encontrados no levantamento, junto com a parcela ou ponto onde o indivduo foi encontrado. FITOPAC utiliza a extenso FPD (FitoPac-Dados) para estes arquivos. Normalmente, este ser o primeiro arquivo a ser preparado, utilizando o programa PREPARE. Arquivos FPD so o ponto de partida para todos os outros programas em FITOPAC. Arquivos do tipo FPD so usados pelos programas CRIAMAT, PARAMS e CADERNO. O segundo tipo de arquivo utilizado para matrizes de dados, geralmente na forma de matrizes de parcelas x espcies, onde as linhas da matriz representam as amostras, e as colunas as espcies. Este tipo de arquivo tem a extenso FPM (FitoPac-Matriz) e so preparadas de um arquivo FPD usando o programa CRIAMAT. Arquivos deste tipo tambm podem ser usados para armazenar os resultados de anlises - por ex. gravar os scores de uma PCA - que assim podem ser introduzidos em outros programas. Por exemplo, possvel fazer um Anlise de Componentes Principais sobre uma matriz de dados de parcelas x espcies e depois usar a matriz de scores resultante para calcular distncias ou outros coeficientes no programa COEF. Este tipo de arquivo utilizado pelos programas COEF e ORD, e ser necessrio para outros programas na prxima verso. Este tipo de arquivo tambm utilizado para armazenar dados que normalmente vem em forma de matriz - por ex. dados de anlises de

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Utilizando FITOPAC solo ou outras variveis ambientais. Estes dados podem ser entrados diretamente ou via uma planilha (veja o captulo Preparando Dados"). Arquivos de coeficientes de similaridade ou distncias entre amostras ou espcies formam o terceiro tipo de arquivo, e tem a extenso FPC (FitoPac-Coeficientes). Estes arquivos so produzidos pelo programa COEF e, por enquanto, so utilizados somente pelos programas CLUSTER e ORD. A seqncia normal para anlise de dados de um levantamento seria a preparao dos arquivos de dados numricos e nomes, com extenses DAD e NMS, usando um editor de texto, e, em seguida, a criao de um arquivo FPD via o programa PREPARE. O calculo dos parmetros fitossociolgicos e listagem dos dados podem ser feitas a partir do arquivo FPD. Caso queira fazer uma PCA ou Anlise de Agrupamentos, utilize CRIAMAT para criar um arquivo FPM. As relaes entre os diferentes tipos de arquivo so mostrados na fig. ??. O uso destes extenses no obrigatrio, mas simplificar a utilizao dos programas. Se voc segue o esquema sugerido aqui, geralmente precisa entrar somente o nome do arquivo de dados e os programas criam, automaticamente, as extenses e outros arquivos necessrios. A maioria dos programas utiliza um arquivo de entrada e um arquivo de sada. Em alguns casos, arquivos subsidirios podem ser necessrios, especialmente em casos onde resultados de uma anlise sero utilizados como entrada para uma outra anlise. Nestes casos, os arquivos necessrios so especificadas na descrio do programa. Os programas permitem especificar os arquivos a serem usados em duas maneiras : 1) Usando o comando Arquivos presente no menu principal de cada programa (mais fcil se voc no conhece bem os programas). Neste caso, bate somente o nome do programa - por ex. PREPARE, e depois acione o comando Arquivos. Esta opo abre uma janela pedindo os nomes dos arquivos de entrada e sada. Geralmente necessrio bater somente o nome do arquivo de entrada e o programa cria automaticamente o arquivo de sada necessrio. 2) pela linha de comando - se voc mais experiente e quer evitar a tela introdutria, bate o nome do arquivo a ser usado depois do nome do programa - por ex. PREPARE SAOJOSE. No esquece de deixar um espao entre os dois nomes. Na maioria dos programas, voc pode especificar o arquivo de sada na linha de comando tambm, se no quiser o nome pr-fixado que o programa oferece - por ex. CLUSTER SAOJOSE SJ.LST utilizar o arquivo SAOJOSE.FPC como arquivo de entrada e SJ.LST como arquivo de sada de resultados. Note que neste exemplo, o arquivo de entrada no tem extenso pois usa a extenso padro ("FPC") de um arquivo de coeficientes. Nas descries mais detalhadas dos programas, os arquivos de entrada e sada so especificados. Onde o programa pode produzir uma listagem de resultados (por ex. ORD), voc pode jogar os resultados diretamente para a impressora especificando IMP ou PRN como arquivo de sada (ex. ORD SAOJOSE IMP). Se voc no especifica sada para impressora, ou um outro arquivo, o programa grava os resultados num arquivo prfixado (geralmente o nome do arquivo de dados com a extenso LST - por ex. SAOJOSE.LST"), que depois pode ser impresso. Esta ltima opo interessante se voc quer imprimir mais que uma cpia dos resultados - eu normalmente prefiro fazer duas cpias - uma para rabiscar e a outra para servir de cpia de biblioteca. Repare que arquivos LST de listagens geralmente so abertos de tal modo que novas listagens so anexadas ao arquivo, se este j foi criado, e no so gravadas em cima dos dados j existentes. Voc pode, portanto, criar um nico arquivo com todas as listagens das anlises realizadas - a nica limitao o espao disponvel no disco. Precisa, porm, tomar cuidado que novas anlises no so anexas a arquivos velhos - depois voc no entende porque sua listagem da ltima anlise no saiu ! Saiu, sim, mas est anexada no final do arquivo antigo.

Outros tipos de arquivos

Alm dos arquivos usados para armazenar dados, os programas do FITOPAC utilizam diversos outros tipos de arquivos :arquivos de ajuda - extenso .HLP, so arquivos contendo as informaes para o sistema de ajuda. No so essenciais para o funcionamento dos programas, mas o sistema de ajuda no fica disponvel sem estes arquivos (veja a seo sistema de ajuda"). arquivos de configurao - extenso .CNF, so arquivos que contm informaes sobre a configurao atual dos programas (rotas, preferncias de impressora, etc.), e que podem estar gravados em diversos diretrios (veja a seo Rotas, diretrios e configurao). arquivos temporrios - extenso .TMP, so criados por diversos programas para armazenar dados temporariamente enquanto esto trabalhando. Normalmente, o prprio programa apaga estes arquivos no final de processamento e voc no deve v-los, a no ser em casos onde processamento foi interrompido prematuramente. Neste caso, este tipo de arquivo pode ser removido, pois o programa no vai usar de novo.

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FITOPAC 1

Rotas, diretrios e configurao

No caso de sistemas com disco rgido, os subdirectrios utilizados para os arquivos de dados e resultados podem ser determinados em diversas maneiras. No menu principal de todos os programas existe uma opo Rotas. Esta opo utilizado para mudar os nomes dos subdirectrios onde o programa vai procurar os arquivos de dados ou gravar os arquivos de resultados, e ,quando selecionado, abre uma tela que permite modificar os nomes :Mudar rotas Rota para dados C:\FITOPAC\ Rota para resultados/listagens C:\FITOPAC\ Rota para arquivos temporarios C:\FITOPAC\

Nome de um diretorio/sub-diretorio (F3 para lista)

Na Rota para dados voc pode especificar o subdirectrio onde os arquivos de dados esto armazenados, enquanto a Rota para resultados/listagens especifica onde os arquivos de resultados e listagens sero mandados. Estes subdirectrios podem ser diferentes, mas note que todos os arquivos de dados usados devem estar no mesmo subdirectrio. A Rota para arquivos temporrios pode ser usada para determinar onde os programas que produzem arquivos temporrios iro grav-los. Normalmente no h necessidade de modificar este subdirectrio pois os arquivos temporrios devem ser apagados pelo prprio programa antes de terminar a anlise. Se tiver um disco do tipo RAMdrive, porm, pode ser interessante especificar este disco para receber os arquivos temporrios, aumentando a velocidade de processamento consideravelmente em alguns casos. importante, porm, que exista espao suficiente no disco RAM - se no, o programa vai parar com um erro. A outra maneira de especificar subdirectrios via a linha de comando. Voc pode colocar a rota antes do nome dos arquivo apropriado na linha de comando. possvel especificar os subdirectrios de entrada e sada por este mecanismo, mas no o de arquivos temporrios. Pode, tambm, escolher rotas diferentes para entrado e sada, ou especificar somente uma das rotas. Se utilizar este mtodo, necessrio especificar a rota dos arquivos de entrada e sada quando estes no estiveram no subdirectrio especificado na configurao. Exemplos : -

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Utilizando FITOPAC supondo que a configurao esteja com C:\DADOS\ para a rota de entrada e sada, PARAMS SAOJOSE procurar os dados no C:\DADOS\ e vai gravar os resultados no mesmo subdirectrio. PARAMS C:\OUTRO\SAOJOSE vai procurar os arquivos de dados no subdirectrio C:\outros\ e vai gravar os resultados em C:\dados\. PARAMS C:\OUTROS\SAOJOSE C:\RESULT\SAOJOSE vai procurar os arquivos de dados no subdirectrio C:\outros\ e gravar os resultados no subdirectrio C:\result\. PARAMS C:\OUTROS\SAOJOSE C:\OUTROS\SAOJOSE procurar os dados no subdirectrio C:\outros\ e gravar os resultados no mesmo. Note que necessrio colocar a rota para entrada e sada neste caso. As rotas utilizadas por FITOPAC esto armazenadas em C:\ arquivos de configurao que tem a extenso .CNF. Voc pode ter um arquivo de configurao em qualquer subdirectrio e FITOPAC utilizar a configurao especificada no diretrio ativo. Isso quer dizer que voc pode manter configuraes que so especficos para cada \FITOPAC subdirectrio. Se voc tiver seu disco rgido com os sub-diretrios \FITOPAC, \CERRADOS e \MATAS, como indicado na figura ao lado, contendo dados em \cerrados e \matas, pode colocar um arquivo de \CERRADOS configurao em cada um destes sub-diretrios, alm de mais um no \fitopac. Voc pode rodar FITOPAC a partir de qualquer um destes diretrios (desde que o seu dados path contm \FITOPAC; em algum lugar), e os programas vo utilizar a configurao local do subdiretrio ativo. Por exemplo, em \matas, a rota de entrada \MATAS pode ser \matas e de saida \resultad, enquanto que em \cerrados a rota de entrada poderia ser \cerrados e de dados saida \cerrados tambm. Voc pode gravar o arquivo de configurao usando a tecla F5 dentro de qualquer programa ou com o programa CONFIG Desta maneira, voc pode agrupar seus dados em diversos subdiretrios no disco e ter uma configurao especfica para cada agrupamento. Se no tiver um arquivo de configurao local, os programas utilizam automaticamente o arquivo present no subdiretrio do FITOPAC, e na ausncia deste, usam os valores default j embutidos no FITOPAC, procurando e gravando arquivos no sub-diretrio que estava ativo quando o programa foi chamado.

Interagindo com os programas

Teclas especiais.
FITOPAC utiliza algumas teclas que tem a mesma funo em todos os programas. Estas teclas so :F1 - Ajuda. Voc pode obter ajuda em quase qualquer ponto onde precisa responder a uma pergunta ou decidir entre diferentes opes, simplesmente apertando a tecla F1. F2 - Voltar pergunta/menu anterior. Permite mudar de idia e volta ao passo anterior. Note que em alguns casos, por exemplo depois de processar uma anlise completa, no possvel voltar s opes anteriores pois a anlise ou transformao j est completa. F3 - Diretrio. Esta tecla produz um diretrio de arquivos ou uma listagem de variveis ou observaes, dependendo da parte do programa onde foi ativada. Se for numa situao onde o programa est pedindo variveis ou observaes, esta forma de diretrio ser produzido. Em situaes onde um nome de arquivo esperado, o programa sugere primeiro uma mascara para procurar arquivos. Esta segue as regras normais para DOS - por ex. *.* lista todos os arquivos, *.FPD todos com extenso FPD. 17

FITOPAC 1 F4 - Alterar a configurao da impressora e outros caractersticas do programa. Veja o captulo do programa CONFIG para mais detalhes. F5 - Grava a configurao de rotas, impressora, etc. no arquivo FITOPAC.CNF no disco e este configurao ser usada como o default at que seja modificada de novo. Ao apertar esta tecla, o programa vai perguntar em que sub-diretrio voc quer gravar a configurao. F10 -Sair do programa. Esta tecla permite que voc abandone o processamento e para o programa, caso houve algum desastre, ou se por algum motivo, precisa parar neste ponto. Funciona somente em pontos onde o programa est esperando alguma resposta. Se voc quer parar o programa no meio de algun clculo, use Ctrl-Break (bate a tecla Break enquanto est segurando a tecla Ctrl"). Esc - na maioria dos programas, esta tecla permite escapar de situaes onde voc no pode continuar e quer voltar ao menu principal ou anterior.

Menus
Os programas utilizam menus extensamente para selecionar alguma opo. Dois tipos de menu so utilizados. Todos os programas apresentam um menu principal, onde as opes disponveis so apresentadas na primeira linha da tela, e a opo desejada pode ser selecionada batendo a letra em maiuscula daquela opo, ou utilizando as teclas de seta ( e ) para colocar o cursor em cima da opo e apertando a tecla <ENTER> para selecionar a opo. Este tipo de menu tambm utilizado em diversos programas para escolher opes onde diversas operaes podem ser realizadas, por exemplo manipulao de matrizes ou escolha de grficos. O segundo tipo de menu do tipo drop down e aparece dentro de uma janela na tela. Este tipo de menu utilizado para escolher opes dentro de uma lista, por exemplo para escolher um entre diversos transformaes de dados. A escolha de opes pode ser feito em duas maneiras. O mais simples de usar as teclas de seta para cima e para baixa para mudar o cursor (a opo que aparece com fundo de cor diferente) at a opo que voc deseja e apertar a tecla <ENTER>. Alternativamente, pode bater a letra ou nmero que aparece na frente da opo, e esta opo ser selecionada diretamente, sem a necessidade de mudar o cursor e bater <ENTER>.

Telas e perguntas
Em vrios pontos, os programas precisam de informaes mais extensas e apresentam uma tela que funciona como uma espcie de formulrio para ser preenchido. Diversos tipos de informaes podem ser solicitados (por ex. o nome de um arquivo ou algum valor numrico) ou fazem perguntas para saber como proceder (por ex. quando encontram um erro). A informao solicitada pode ser de vrios tipos, mas os programas utilizam 2 formatos de resposta. A maioria so do tipo onde um valor numrico, um nome ou uma frase deve ser entrado. Nestes casos, o programa frequentemente oferece uma resposta pr-fixada ("default value") que pode ser aceita inteiramente, parcialmente ou descartada. Neste caso, voc pode responder em diferentes maneiras : a) se quer utilizar a resposta pr-fixada pelo programa (que aparece em vdeo inverso), simplesmente bate <ENTER>. b) se quer utilizar parte da resposta fornecida, utilize as teclas de seta direita ou <END> para aceitar a resposta que ento pode ser editada utilizando as teclas normais. c) se voc quer dar uma resposta totalmente diferente, ou se no tem uma resposta pr-fixada pelo programa, comea batendo sua resposta diretamente e a resposta pr-fixada, se existe, ser descartada. Note que sua resposta pode ser editada at o ponto em que voc aperta <ENTER>. As teclas usadas para editar a resposta so as seguintes :

- um caractere direita - um caractere esquerda - uma linha para cima - uma linha para baixo
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Utilizando FITOPAC

- incio da resposta - fim da resposta

- apague o caractere na posio do cursor Backspace - apague o caractere antes do cursor

K- apague a resposta inteira

- ligar e desligar insero. Quando insero est ligado, aparece o sinal INS no topo da tela e qualquer coisa que voc bate inserida na posio do cursor. Se a insero est desligada, o que voc escreve ser sobreposto, apagando texto existente na posio do cursor. O segundo tipo de pergunta que os programas apresentam ocorre onde existem somente 2 ou mais respostas prfixada do tipo sim/no ou norte/sul, etc. Nestes casos, uma das respostas possveis aparece em vdeo inverso, e a resposta pode ser mudada apertando a tecla de espao. Quando o valor apropriado est visvel, pode ser selecionado batendo <ENTER> ou ->. Alternativamente, batendo a letra inicial da opo desejada seleciona aquela opo e coloca o cursor na prxima pergunta - por ex s para sim e n para no. Alguns programas (por ex. PREPARE e CRIAMAT) podem precisar de uma srie mais extensa de dados e apresentam uma ou mais telas de perguntas. Nestes casos, as respostas s perguntas so dados da maneira descrita acima, mas algumas outras teclas ajudam navegar dentro da tela : Ctrl Pula prxima pergunta ou direita Ctrl Pula pergunta anterior ou esquerda Pula para cima Pula para baixo PgDn Terminar, deixando modificadas somente as respostas j selecionadas at este ponto. Normalmente, voc sai da tela aps de responder ltima pergunta, mas se todas as respostas pr-fixadas so satisfatrias, ou se s precisa modificar uma ou duas, pode utilizar a tecla PgDn para sair sem a necessidade de completar todas.

Especificando listas de variveis e objetos

Em vrios pontos, os programas pedem que voc especifique um ou mais variveis ou objetos, por ex. para serem transformados, utilizados numa anlise, etc., geralmente na forma de uma pergunta do tipo Quais espcies, ou algo parecido. Nestes casos, pode especificar os objetos ou variveis batendo t para todos ou batendo os nmeros dos objetos ou variveis apropriados. Voc pode selecionar uma lista de nmeros batendo o primeiro e ltimo nmero da lista, separados por um - - por ex. 23 - 35 selecionar todos os objetos/variveis de 23 a 35 inclusivos. Itens individuais so especificados usando os nmeros apropriados separados por espaos ou por vrgulas por ex. 1,3,5. Pode misturar tens individuais e listas, em qualquer combinao por ex. 1,4,6-8, 23 - 55 66 77 98-100 seria aceitvel. O uso de nmeros freqentemente inconveniente e, como alternativa, pode utilizar a tecla F3 para chamar uma janela que mostra as variveis ou objetos disponveis. A seleo pode ser feita diretamente na janela, utilizando as seguintes teclas :enter - terminar seleo e continuar processamento Esc - abandonar seleo espao - selecionar o tem na atual posio do cursor . ou F6 - inicia ou termina a seleo de um bloco Home - vai at o primeiro item na tela End - vai at o ltimo item na tela PgDn - prxima pgina PgUp - pgina anterior Ctrl + PgUp - vai at o incio da lista Ctrl + PgDn - vai at o ltimo item na lista Voc pode selecionar uma mistura de itens individuais e listas de itens com o uso apropriada das teclas de seleo e seleo de blocos. 19

FITOPAC 1

Sistema de Ajuda
Na maioria de lugares onde um programa pede alguma informao ou espera alguma ao, voc pode pedir ajuda, apertando a tecla F1. Deve aparecer uma tela fornecendo uma explicao sucinta de que o programa espera neste ponto ou explicando as opes disponveis. Este sistema de ajuda depende da presena dos arquivos de ajuda (com extenso .HLP"), e se estes no foram localizados, uma mensagem aparece dizendo que ajuda no est disponvel. Para sair da tela de ajuda, bate a tecla Esc.

Opes comuns a diversos programas

Vrios programas oferecem as mesmas opes, particularmente para modificao de dados e seleo de indivduos. Estas opes so descritas aqui para evitar repetio das informaes em cada programa.

especificando filtros"
Em programas que usam arquivos de dados do tipo FPD, por ex. PARAMS e CRIAMAT, existe uma opo que permite estabelecer um filtro , especificando como os dados sero lidos. Nestes programas, voc pode incluir ou excluir indivduos, de acordo com os limites de dimetro/permetro, altura, no. de amostra ou espcie que voc determina com o uso do filtro. possvel estabelecer condies relativamente complexas, dependendo do conjunto de caractersticas escolhidas - por ex. todos os indivduos de parcelas 1 - 10, 15 - 23, 31 e 33, com dimetro mximo de 55 cm. e mnimo de 33 cm., com altura abaixo de 10 m e excluindo espcies 56 e 91. Desta maneira, se voc tiver um levantamento por parcelas onde incluiu todos os indivduos com dimetros maiores que 5 cm. e depois quer analisar os dados incluindo somente os indivduos com dimetros maiores que 10 cm., voc pode especificar dentro de PARAMS um filtro que aceita somente indivduos com dimetro mnimo de 10 cm. Correndo o programa com este filtro dar a anlise desejada, sem a necessidade de rebater os dados ou alterar o arquivo de dados. Esta facilidade tambm muito til em casos onde voc quer analisar blocos de amostras e no o levantamento inteiro. Neste caso, pode incluir ou excluir blocos de amostras, inclusive quando estas no so contguas no arquivo de dados. Assim, mais fcil manter os dados para levantamentos complexos dentro de um nico arquivo FPD e correr as sub-anlises necessrios utilizando o filtro para especificar os limites para cada uma delas. Nos programas que utilizam filtros, existe o comando Filtro no menu principal que chama o menu de filtro onde voc especifica os detalhes do filtro que quer aplicar :Incluir_amos Excluir_amos iNcluir_espe eXcluir_espe Diam./altura Continue Especificar AMOSTRAS para INCLUIR ------------------------------------------------------------------------

-----------------------------------------------------------------------F1 Ajuda; F3 Selecionar; F4 Impressora; F5 Gravar config; F10 Sair

INCLUIR_AMOS[TRAS] - selecionar amostras para serem includas na anlise - conveniente quando voc quer analisar somente um nmero pequeno de amostras. EXCLUIR_AMOS[TRAS] - selecionar amostras para serem excludas da anlise - mais conveniente quando voc quer incluir a maioria das amostras e s excluir algumas. INCLUIR_ESPE[CIES] - selecionar espcies que sero includas na anlise - til quando voc pretende analisar somente um nmero limitado de espcies. EXCLUIR_ESPE[CIES] - selecionar as espcies que sero excludas na atual anlise - por ex. se quiser retirar as mortas quando estas foram registrados no arquivo de dados.

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Utilizando FITOPAC DIAM/ALTUR - Este comando abre a tela de especificao de dimetro e altura :Bate valores para maximo e minimo maximo Diam./Perim. 1000000 Altura 1000.00 minimo 0.0000 perim. cm 0.0000

Bate valor para maximo Diam./Perim. aceitavel..

Voc pode ento preencher os valores desejados para o mximo e mnimo para altura e dimetro/permetro, especificando como permetro/dimetro ou em centmetros/metros, de acordo com os valores selecionados nos respetivos interruptores. CONTINUE - voltar ao programa principal.

manipulando matrizes
Os programas que utilizam matrizes de dados oferecem uma opo para modificao ou manipulao de matrizes. Este sempre aparece como a opo Modificar nos menus destes programas. Uma vez que o programa tem uma matriz de dados ativo, e esta opo selecionada, aparece o menu de manipulao de dados :Mascarar Rest.Elim.Transform traNspor Planilha nOmes Adicionar Imprime Continue

Mascarar uma ou mais especies ou amostras

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Pode escolher qualquer opo. Note que o programa volta a esta tela aps cada uma destas opes (exceto Continue") e voc pode utilizar diversas opes antes de voltar para o programa principal. possvel, portanto, aplicar uma srie de operaes na mesma matriz - por exemplo : mascarar algumas variveis, depois transformar as variveis no-mascaradas, editar os nomes das variveis e utilizar a planilha para fazer correes. Seguem descries das funes de cada opo :MASCARAR - permite mascarar temporariamente uma ou mais colunas (normalmente espcies ou variveis) ou linhas da matriz. Colunas ou linhas mascaradas no so eliminadas permanentemente, mas no so gravadas ou transformadas enquanto mascaradas. Este opo muito til quando voc precisa produzir diversas verses de uma matriz com diferentes combinaes de variveis ou amostras, sem a necessidade de recarregar a matriz completa cada vez, pois as colunas e linhas mascaradas no so eliminadas permanentemente, e podem ser recuperadas utilizando a opo Rest. Quando voc seleciona esta opo, o programa solicita uma lista de colunas a serem mascaradas. Bate os nmeros das colunas, ou use a tecla F3 para uma lista das colunas. Note que linhas mascaradas tambm no sero transformadas ou gravadas - preciso ter cuidado com esta opo quando voc utilize transformaes ! REST[AURAR] - Permite restaurar colunas ou linhas previamente mascaradas. Note que todas as colunas ou linhas que estavam mascaradas sero restauradas.

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FITOPAC 1 ELIM[INAR] - Elimina permanentemente linhas ou colunas. Funciona da mesma maneira que o comando de mascarar, mas os itens eliminados no podem ser restaurados. TRANSFORMAR - Permite transformar qualquer combinao de colunas ou linhas da matriz, utilizando diversas transformaes. Veja a seo Transformando dados na parte geral do manual para uma descrio mais completa do uso de transformaes. TRANSPOR - Este comando pode ser utilizado para transpor a matriz (tornar as colunas linhas e as linhas colunas). necessrio quando pretende, por ex., criar uma matriz de coeficientes de semelhana entre as variveis. NOMES - Com esta opo, voc pode alterar ou editar os nomes das colunas ou linhas. Quando seleciona esta opo, voc vir abrir uma janela com os nomes das colunas ou linhas da matriz, um por linha. Utilize as teclas de seta, PgUp, PgDn, etc. para colocar o cursor no nome que voc quer alterar e aperte a tecla ENTER - o nome ento colocada numa janela de edio, e pode altera-lo utilizando as teclas normais de edio. Quando termina a edio, aperte ENTER e o programa volta lista de nomes de colunas ou linhas. Terminando as modificaes, aperte a tecla ESC para voltar ao menu de manipulao de dados. PLANILHA - Chama a planilha, permitindo que voc inspeciona, corrige, ou manipula os dados. Esta opo muito til para confirmar que uma importao de uma matriz funcionou corretamente, e normalmente voc sempre deve utiliza-la, cada vez que importa dados de um arquivo que no esteja no formato FITOPAC. A planilha permite uma srie de outras operaes que so descritas mais detalhadamente na seo Usando a planilha . ADICIONAR - Esta opo permite a fuso de duas matrizes, fornecendo um mecanismo para criar matrizes que combinam dados de diferentes tipos, ou de diferentes lotes. Por ex., voc pode querer acrescentar dados sobre composio de solo, que esto num arquivo j existente, a um outro arquivo de dados de vegetao j produzido pelo programa CRIAMAT. Para fundir as duas matrizes, carregue primeiro a matriz de dados de vegetao e depois utilize esta opo para acrescentar os dados de solo, produzindo um arquivo final que contm uma matriz com ambos os conjuntos de dados. Quando voc seleciona esta opo, o programa pergunta o nome do arquivo contendo a segunda matriz. Este arquivo tem que ser um arquivo em formato FITOPAC. Depois, aparece um menu perguntando que tipo de fuso voc quer : A - lado ao lado B - cabea - cauda

No primeiro caso, as duas matrizes contm colunas (variveis) diferentes e a matriz final ter um nmero de colunas igual soma das colunas das duas matrizes originais, i.e. matriz 1 1111 1111 matriz 2 2222 2222 matriz final 11112222 11112222

Na segunda alternativa, supe-se que as colunas so iguais e que a segunda matriz representa um acrscimo no nmero de linhas na matriz final (amostras adicionais), i.e. matriz 1 1111 1111 matriz 2 2222 2222 matriz final 1111 1111 2222 2222

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Utilizando FITOPAC Assim, voc pode ampliar uma matriz de uma maneira bastante flexvel. Caso voc queira acrescentar poucos dados e prefere entr-los diretamente, uma alternativa de utilizar a planilha e as facilidades que esta tem para acrescentar linhas ou colunas individuais. importante notar que no caso de fuso lado ao lado, o nmero de linhas nas duas matrizes deve ser igual. Se no estiver, o programa avisa e preenche as linhas vazias da matriz menor com dados faltando, mas voc deve ser muito cauteloso no uso da matriz resultante. Que tipo de anlise voc pretende fazer com estes dados ? As matrizes realmente podem ter nmeros diferentes de linhas ? No ocorreu algum tipo de erro ? O programa tambm avisa se os nomes das linhas no so iguais. No caso de fuso cabea - cauda, o nmero de colunas nas duas matrizes deve ser igual. De novo, o programa avisa se h qualquer diferena em nmero de colunas ou diferenas nos nomes das colunas. As colunas vazias da matriz menor sero preenchidas com valor faltando. As mesmas observaes valem para este caso. Caso haja qualquer diferena em nomes de colunas ou linhas, os nomes utilizados na matriz final so os nomes do primeiro arquivo. IMPRIME - Imprime a matriz ou diretamente na impressora ou dentro de um arquivo que pode ser impresso mais tarde. Quando seleciona esta opo, o programa perguntar o nome do arquivo para a impresso da matriz. O nome preestabelecido pelo programa o nome do arquivo de entrada com a extenso LST. Se voc quer mandar a impresso para um arquivo, e o nome sugerido satisfatrio, s precisa usar a tecla ENTER, e a matriz vai ser impressa no arquivo. Mais tarde, pode imprimir na impressora utilizando os comandos normais do DOS como PRINT ou COPY. Se no quiser usar este nome, bate outro, ou altera o nome; se quiser mandar diretamente para a impressora, bate PRN em vez do nome do arquivo. CONTINUE - deixar o mdulo de modificao de matriz e voltar ao programa principal.

Usando a planilha
A planilha fornecida no FITOPAC bastante rudimentar - no comparvel com Lotus 123 ou Quattro - mas permite uma srie de operaes simples alm de entrada e inspeo da matriz. Se voc precisa de manipulaes mais sofisticados, pode utilizar os recursos de exportao do programa MATRIZ para transferir seus dados a uma planilha comercial, manipul-los e import-los de novo. A planilha permite : Inspecionar a matriz Entrar e corrigir dados Mascarar/eliminar linhas/colunas Transformar linhas/colunas Ordenar a matriz usando uma coluna como chave de ordenao Ordenar a matriz utilizando nomes das linhas como chave Adicionar linhas/colunas Inserir linhas/colunas

A planilha no possui facilidades para o uso de formulas. Quando chama a planilha, ver na tela uma representao da matriz semelhante quela na fig. ??. Os nomes das colunas esto na primeira linha da tela e os nomes das linhas na primeira coluna. Os nomes das colunas podem ser truncados se esto compridos e as colunas estreitas. Se quiser, pode mostrar o nome completo ampliando a largura da coluna, utilizando o menu de comandos, mas o nmero de colunas visveis na tela ser reduzido.

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FITOPAC 1 pHCaCl4.000 4.400 4.200 4.400 4.200 4.300 4.200 4.200 4.300 4.400 4.100 4.200 M.O. -0 1.700 0.900 1.100 1.100 4.200 4.400 3.800 3.100 2.800 2.600 3.600 4.000 P -0 2.800 2.800 3.100 5.800 3.800 5.400 2.400 2.800 1.800 1.800 2.800 3.100 K -0 0.230 0.290 0.290 0.270 0.290 0.350 0.230 0.200 0.250 0.240 0.010 0.240 Ca -0 0.400 0.700 1.600 2.700 0.500 1.400 0.600 0.500 0.600 0.100 0.400 1.500 Mg -0 0.100 0.100 0.600 0.700 0.300 0.800 0.100 0.200 0.100 0.100 0.100 0.600

1a 1b 1d 2c 2b 4d 5b 5c 5d 5e 6c 7c

Fig.1.6 exemplo da tela da planilha

O resto da tela contm clulas com os valores numricos da matriz, com uma destas clulas contendo o cursor, representado por caracteres com cores invertidos na tela. Note que a posio do cursor tambm indicada por uma mudana na cor dos nomes da linha e coluna correspondentes. Qualquer ao de edio ou alterao de contedo da matriz ocorre na clula ativa indicada pelo cursor. Para alterar algum dado, portanto, voc precisa posicionar o cursor em cima da clula desejada e s depois comear a editar o valor. Os comandos utilizados pela planilha so semelhantes aqueles das planilhas comerciais, mas existem algumas diferenas no efeito de algumas teclas. As teclas usadas so os seguintes : as teclas de seta mudam a posio do cursor, que marca a clula atualmente ativa, na direo indicada. Ctrl e Ctrl mudam uma tela para direta e esquerda respetivamente. PgUp e PgDn mudam uma tela para cima e para baixo respetivamente. Ctrl PgUp e Ctrl PgDn mudam o cursor at a primeira ou ltima linha da matriz respetivamente. Home muda o cursor at o incio da linha na tela End muda o cursor at o fim da linha na tela Ctrl Home muda o cursor para o incio da linha da matriz Ctrl End muda o cursor para o fim da linha da matriz + 0..9 comea entrar um nmero na clula ativa, eliminando o valor atualmente presente. Enter abre uma janela de edio que permite editar o valor presente na clula ativa, sem apag-lo completamente. ? entra valor faltando na clula ativa. / chama o menu de outros comandos disponveis na planilha. Esc saia da planilha e volta ao menu de manipulao de dados. Os outros recursos da planilha so acionados pelo uso da tecla /, como em Lotus 123, etc. Quando aperta esta tecla, aparece um menu oferecendo vrias opes:A - Colunas B - Linhas C - Largura das colunas D - No. de decimais E - Ordenar matriz F - Ordenar matriz por nome de amostra

Colunas e Linhas ativam outros menus que permitem operaes com a coluna ou linha atualmente ativa (veja abaixo). Largura das colunas altera a largura das colunas na tela, se voc precisa ver dados numricos com mais preciso, ou quer ver os nomes das colunas, caso sejam muito compridos. Porm, se voc utilize uma largura de coluna muito grande, vo caber poucas colunas na tela. No. de decimais permite controlar o nmero de casas decimais mostradas na tela. Ao selecionar esta opo, o programa perguntar quantas casas decimais voc quer utilizar. Note que esta opo no afeta a acuracia de armazenamento dos dados que continua inalterada. 24

Utilizando FITOPAC Ordenar matriz permite ordenar as linhas da matriz de acordo com os valores contidos na coluna ativa, em ordem ascendente ou descendente. Ao selecionar esta opo, o programa vai perguntar qual coluna deve ser usada como a chave secundria. A chave primria a coluna atualmente ativa (onde o cursor est localizado) e a coluna usada para fazer a ordenao bsica enquanto a chave secundria serve para ordenar quando tem valores iguais na chave primria. Ordenar matriz por nome de amostra permite ordenar a matriz utilizando os nomes das amostras como chave para ordenao. Esta opo pode ser til quando voc tem duas matrizes com as amostras em ordens diferentes e quer junt-las para criar uma nica matriz. Neste caso, ordenando ambas pelos nomes das amostras assegura que as amostras esto nas linhas correspondentes das duas matrizes antes de tentar junt-las. Quando voc seleciona as opes de operaes com linhas e colunas, ver um menu suplementar mostrando as operaes que podem ser feitas com linhas e colunas individuais. Estas so :A - Adicionar B - Inserir C - Mascarar D - Eliminar E - Transformar F - Aterar nome

ADICIONAR - adiciona mais uma linha/coluna no final da planilha i.e aps a ltima linha/coluna na planilha. Permite o acerescimo de uma linha/coluna matriz quando voc precisa adicionar mais dados. INSERIR - insere uma linha/coluna imediatamente antes ( esquerda ou acima) da clula ativa indicada pelo cursor. Portanto, pode inserir linhas/colunas no meio da planilha. MASCARAR - permite mascarar a linha/coluna ativa. Esta linha/coluna no ser gravada/impressa, etc., mas ainda est presente na matriz e pode ser desmascarada utilizando as facilidades do menu de manipulao da matriz. ELIMINAR - elimina a linha/coluna da matriz. No pode ser recuperada posteriormente - use com cautela ! TRANSFORMAR - aplica uma transformao linha/coluna selecionada, utilizando o conjunto padro de transformaes (veja a seo transformaes"). ALTERAR NOME - permite modificar o nome da linha/coluna, abrindo uma janela de edio.

Transformaes
Ao selecionar a opo transformaes dentro do menu de manipulao de matrizes, o programa vai abrir um novo menu de transformaes :-

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FITOPAC 1

Direao Selecione tIpo Transforme Continue transformar por coluna ou por linha ------------------------------------------------------------no. de parcelas : 40 [0] no. de variaveis : 39 [0] Tipo de transformaao : nenhuma Direao : Coluna

No. de itens selecion.: 0 Sanata Genebra survey soil data set. 39 soil variables for 40 samples, each with 3 levels : 0-20 cm, 40-60 cm and 80-100 cm. -----------------------------------------------------------------F1 Ajuda; F3 Selecionar; F4 Impressora; F5 Gravar config; F10 Sair

DIREAO - indique a direo de transformao - por coluna ou por linha. Para transformaes como logaritmo, etc., a direo de transformao indiferente, mais para outros como estandardizao de vital importncia. SELECIONE - selecionar as colunas ou linhas a serem transformadas - depende da resposta ao item anterior. TIPO - escolhe o tipo de transformao a ser aplicada. Abre um menu oferecendo diversos tipos de transformao :Transformaoes simples A - reciproco [1/x] B - quadrado [x] C - raiz quadrado [x] D - raiz quadrado + constante [(x + c)] E - logaritmo natural [ln(x)] F - logaritmo natural + constante[ln(x + c)] G - logaritmo comun [log(x)] H - logaritmo comun + constante [log(x + c)] I - arcoseno [arcsen(x/x)] J - subtrair um constante [x - c] K - multiplicar por um constante [x * c] L - estandardizar [(x - xmed)/d.p.x] M - centrar [x - xmed.] N - proporao [x/x] O - ranging [x - xmin/(xmax-xmin)] P - dividir pelo desvio padrao [x/d.p.x] Q - dividir pelo valor maximo [x/xmax] R - subtrair o valor minimo [x - xmin] S - centragem duplo T - repor valor faltando com media U - converter em presencia/ausencia

As definies das transformaes podem ser encontradas na seo Notas tcnicas, no final deste captulo.

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Utilizando FITOPAC TRANSFORME - transformar as linhas/colunas selecionadas com a transformao escolhida. Repare que precisa acionar este comando para realizar as transformaes ! CONTINUE - voltar ao menu anterior (modificao de matriz) Quando a tela de transformaes acionada, o programa se mantm neste modo at que voc selecione o comando continue. Isso permite a aplicao de diversas transformaes na mesma matriz de dados. possvel aplicar uma srie de transformaes em seqncia no mesmo grupo de variveis, ou aplicar diferentes transformaes em diferentes grupos de variveis ou em variveis individuais, permitindo um alto grau de flexibilidade na aplicao das transformaes. FITOPAC no tem facilidades para combinao de variveis ou clculo de frmulas (Se voc precisa, pode usar uma planilha e depois importar os dados). No possvel discutir a aplicao e propriedades de cada tipo de transformao aqui - se voc tem dvidas, consulte Grieg-Smith (1983) ou Legendre & Legendre (1983). No caso de arquivos de dados binrios, a nica transformao disponvel de transformar a matriz para uma matriz de dados quantitativos. Esta transformao no usada com muito freqncia e normalmente seria utilizado quando voc quer combinar matrizes contendo dados quantitativos e binrios. Note que a matriz resultante precisa obedecer os limites para nmero de colunas para uma matriz quantitativo, pois, depois desta transformao, ser armazenada na forma de nmeros reais.

Impresso de Grficos
Diversos programas no pacote produzem grficos na tela - por ex. diagramas de disperso, etc. Estes podem ser impressos, mais ou menos na forma vista na tela, se voc tem uma impressora que tem um modo grfico equivalente ao modo grfico densidade dupla das impressoras Epson, e que utiliza os cdigos de comando de Epson (por ex. impressoras Rima"). Se sua impressora no produz grficos, ou no usa cdigos Epson, na maioria dos casos existe uma opo para produzir um grfico alternativo utilizando somente os caracteres normais da impressora, e que deve funcionar em praticamente qualquer impressora. Quando um grfico apresentado na tela, os programas esperem at que voc bate uma tecla para continuar. Se voc bate Ctrl-P (segure a tecla Ctrl, e bate um P"), a imagem na tela mandada para a impressora. Note que a impressora tem que estar ligada, e com papel, antes de mandar imprimir o grfico. Note, tambm, que a imagem mandada diretamente para a impressora e no para um arquivo. Se quiser mandar a imagem para um arquivo (por ex. no caso de querer vrias cpias), existem alguns programas utilitrios que interceptam listagens para a impressora e armazenam os dados num arquivo. No caso de ter problemas com esta facilidade, verifique no manual se a sua impressora pode utilizar o cdigo Esc 'L' n1 n2 (onde n1 e n2 indiquem quantos bytes de caracteres grficos vo seguir). Se no pode utilizar este cdigo, no ser possvel usar este mtodo de imprimir grficos. Como no tenho acesso a muitos tipos de impressora, no posso verificar quais impressoras funcionam, e oferecer uma srie de opes.

Modificando smbolos em grficos de disperso.

Em programas que mostram grficos de disperso (PARAMS, ORD), existe esta opo que permite alterar os smbolos utilizados no grfico em diversas maneiras. Pelo uso dos comandos nesta opo, voc pode alterar o tamanho, cor e tipo de smbolo usado. Os smbolos podem ser alterados de duas maneiras - 1) smbolos fixos, que podem ser especificados junto com sua cor e tamanho, e que so iguais para todos os pontos e 2) smbolos variveis, com cada ponto diferente dos outros, onde o smbolo usado, sua cor e tamanho podem ser controlados de acordo com uma (ou mais) variveis fornecidos partir de um arquivo do tipo FPM. Esta ltima opo permite a produo de grficos mais sofisticados, onde diferentes grupos podem ser destacados ou uma terceira varivel pode ser sobreposta, na forma de tamanho de smbolo. Ao escolher esta opo, abre uma tela :Arquivo Varivel Smbolos cOres Tamanho fiXo Continue

O comando Varivel fica disponvel somente depois de escolher um arquivo, e os comandos Smbolos e cOres depois de escolher uma varivel.

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FITOPAC 1 ARQUIVO - escolhe um arquivo FPM que contem dados que voc deseja representar no diagrama de disperso atualmente ativo. Repare que o nmero de linhas neste arquivo deve ser idntico ao nmero de pontos no grfico - i.e. deve ter uma linha para cada ponto. Caso contrrio, o programa dar uma mensagem de erro e no vai aceitar o uso do arquivo escolhido. O arquivo pode conter 1 ou mais variveis que contem informaes suplementares ou complementares aos dados usados para produzir o grfico. VARIAVEL - escolhe uma varivel do arquivo que ser representada no grfico na forma de smbolos diferentes, cores diferentes ou qualquer combinao dos trs. Voc pode escolher uma varivel, utiliz-la para modificar por ex. os smbolos e depois voltar e escolher uma outra varivel para controlar a cor ou tamanho dos smbolos. As diferentes variveis podem, inclusive, vir de diferentes arquivos, escolhidos utilizando o comando anterior. SIMBOLOS - utilize smbolos diferentes para os pontos de acordo com o valor na varivel escolhida no comando anterior. Normalmente, esta opo deve ser utilizado com variveis que representam valores inteiros - por exemplo uma varivel que representa o grupo ao qual o ponto pertence aps uma anlise de agrupamento (um arquivo deste tipo pode ser produzido no programa CLUSTER). Este tipo de grfico particularmente til em ordenao quando se deseja comparar os resultados de uma ordenao com os resultados de uma anlise de agrupamento. Os smbolos usados so aplicados na ordem - ,o,,,,u,+, -i.e. grupo 1 ser representado pelo smbolo , grupo 2 por o, etc. Quando chega em grupo 8, o ciclo comea a repetir, dando a seguinte seqncia :-

smbolo o u +

grupos 1,8,15,.... 2,9,16,... 3,10,17,.. 4,11,18,... 5,12,19,... 6,13,20,... 7,14,21,...

Se voc aplica uma varivel continua, o programa vai truncar o valor e tratar a parte inteira do nmero como um nmero inteiro - por ex. 4,32 vira 4 e 10,99 vira 10. Em geral, no recomendo o uso de variveis continuas aqui (tamanho de smbolo mais apropriado - veja abaixo), mas de vez em quando pode ser til. CORES - esta opo tem um efeito semelhante ao anterior, mas neste caso muda a cor do smbolo. disponvel somente com adaptadores de vdeo do tipo EGA ou VGA. De novo, normalmente deve utilizar uma varivel que contem somente nmeros inteiros, e, de uma maneira semelhante aos smbolos, as cores so aplicadas de uma maneira cclica, mas neste caso com 8 cores disponveis. A alocao das cores segue a seguinte padro :-

cor azul claro verde claro ciano claro vermelho claro magenta clara amarelo branco marrom

grupos 1,9,17,... 2,10,18... 3,11,19,... 4,12,20,... 5,13,21,... 6,14,22,... 7,15,23,... 8,16,24,...

Variveis contnuas so tratadas da mesma maneira. No caso de ter grupos numerosos, a repetio dos smbolos ou cores pode resultar em confuso pois o mesmo smbolo ou cor seriam utilizados em mais que um grupo. Para evitar esta situao, voc pode aplicar smbolos e cores ao mesmo tempo, de tal maneira que grupo no. 8 vai repetir o mesmo smbolo usado para grupo 1, mas com outra cor. Assim, possvel diferenciar at 56 grupos diferentes antes de comear a repetir as combinaes de smbolo e cor. Repare, portem, que as

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Utilizando FITOPAC cores sero perdidas quando a tela impressa utilizando Ctrl-P. Na prtica, grficos com muitos grupos logo ficam muito confusos, e difceis de interpretar, e no recomendo que voc tenta mostrar tantas informaes no mesmo grfico. TAMANHO - este comando utiliza a varivel escolhida para determinar o tamanho do smbolo do ponto correspondente. Esta opo melhor para variveis contnuas, embora tambm pode ser usada com variveis inteiras. Quando se aplica este comando, o programa divide a varivel em 10 faixas iguais e utiliza um tamanho de smbolo diferente para cada faixa. FIXO - Este comando permite escolha de smbolo, cor e tamanho e aplica uma combinao fixa para todos os pontos. Pode ser utilizada para mudar o padro pr-fixada do programa, caso voc no gosta deste, ou para restaurar o padro normal depois de aplicar uma das opes anteriores. Voc pode utilizar estes comandos para produzir grficos relativamente complexos. Por ex., pode utilizar smbolos, cores e tamanhos simultaneamente, com trs variveis diferentes, vindo de trs arquivos diferentes. Desta maneira, dentro de uma ordenao utilizando PCA, seria possvel produzir um grfico de disperso onde os dois eixos representam os primeiros dois componentes, os smbolos representam os grupos obtidos com uma anlise de agrupamento (por ex. mdia de grupo), as cores representam os grupos obtidos com uma segunda anlise de agrupamento (por ex. ligao completa) e o tamanho dos smbolos representa os escores dos indivduos no terceiro eixo. Em geral, no recomendo grficos complexos deste tipo porque sua interpretao muito difcil, mas, s vezes, esta versatilidade pode ser til, desde que voc no exagera !

Levantamentos grandes.
FITOPAC pode ser utilizado para levantamentos de vrios tamanhos, e deve ser adequado para a maioria de estudos prticos. No caso de levantamentos mais extensas ou mais complexas, porm, algumas dicas ajudam :1) Quando voc vai ter uma srie de levantamentos dentro de uma mesma rea, com diversas amostras com composies semelhantes, mais facil criar um nico arquivo de nomes para todos os levantamentos da rea. Desta maneira, qualquer mudanas em identificaes, etc. precisam ser feitas somente uma vez, e o sistema de numerao das espcies e famlias uniforme, permitindo combinar arquivos sem problemas. Como um arquivo de nomes pode conter at 1000 espcies, um nico arquivo de nomes pode servir para uma ampla srie de levantamentos, embora o nmero de espcies aceitvel para um dado levantamento limitado (no momento, 1000 espcies para PARAMS e 250 espcies para programas que usam uma matriz de parceles x espcies). 2) Pode criar arquivos de dados separados para cada levantamento e depois combin-los, caso precisa fazer um resumo da rea inteira, desde que eles utilizam o mesmo arquivo de nomes e a mesma numerao das espcies. Embora os programas no utilizam diretamente a numerao das parcelas ou pontos que voc indica, e aceitam tranqilamente duas ou mais parcelas ou pontos no. 1, etc., fica difcil distinguir vrias parcelas com a mesma numerao nas listagens. Portanto, sugere-se que seja dada uma numerao do tipo A1, A2, B1, B2, ou algo semelhante, onde a letra indica o levantamento individual e o nmero a parcela ou ponto dentro do levantamento. 3) O limite em nmero de parcelas (atualmente 400) deve ser suficiente para a maioria dos casos. Se tiver mais, ser necessrio quebrar os dados em blocos de 400 ou menos parcelas, calcular parmetros para cada bloco, e depois juntar os dados dos blocos a mo. Pretende-se tentar ampliar os limites para permitir o uso de levantamentos maiores, pelo menos no clculo de parmetros fitossociolgicos, mais provvel que este limite ficar para outros tipos de anlise, devido s limitaes de memria em computadores tipo IBM-PC. 4) Levantamentos grandes praticamente exigem o uso de um disco rgido (o limite para um disquete flexvel de 360 Kb algo em torno de 7 - 8000 indivduos), embora o uso de disquetes que alta densidade permitem levantamentos mais extensos (mas a leitura l-e-n-t-o !). Se voc precisa usar um micro que s tem discos flexveis com um levantamento onde o arquivo de dados no deixa espao para resultados, voc pode tirar o disquete do programa, aps ter carregado o programa, colocar um disquete vazio no seu lugar, e mandar todos os arquivos de resultados para este disquete. Neste caso, melhor no especificar os arquivos na linha de comando - bate somente o nome do programa e espera o programa perguntar o nome dos arquivos de entrada e saida. Se voc normalmente usa drive A: para o programa, pode responder B:SAOJOSE para o arquivo de entrada e A:SAOJOSE para o arquivo de saida.

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FITOPAC 1

Mensagens de Erro
Em geral, os programas tentam detectar diversos tipos de erros nos dados e nas respostas fornecidas pelo usurio, indicando o erro com uma mensagem dentro de uma janela de erro. Em muitos casos, o programa tambm oferece uma srie de opes, quando apropriado, especificando como o erro deve ser corrigido. Neste manual, as mensagens de erro so descritas dentro de cada captulo descrevendo o programa sendo usado, mas para opes comuns a diversos programas so descritas aqui. Na maioria dos casos, os erros so interceptados pelo programa e no so fatais - i.e no param o programa, mas alguns erros so mais srios e podem parar a execuo. Alguns destes erros podem ser resultado de algum erro interno do programa e neste caso devem dar uma mensagem avisando que voc deve entrar em contato com o autor do programa. Este contato importante porque me avisa que existem problemas dentro do programa e que preciso tomar medidas para corrig-las. Desta maneira, voc pode contribuir para melhorar os programas ou pelo menos avisar outros que o problema existe. Uma copia da tela com a mensagem, junto com uma descrio da anlise sendo feita e, se possvel, uma cpia dos dados sendo analisados ajudaro a encontrar o problema. Nas descries seguintes, o smbolo N indica um erro fatal.

Erros gerais
Memria insuficiente ... Terminando execuo. Este erro ocorre quando no tem memria RAM suficiente para a anlise desejada. Normalmente no deve ocorrer se voc tem 640 Kbytes de RAM , mas o uso de MS-DOS v. 4 pode criar problemas pois utiliza mais memria do que as verses anteriores ou posteriores. Quando ocorre este tipo de erro, o programa vai parar pois no possvel guarantir a continuao da anlise sem corrupo da memria RAM.

Erros com arquivos

Arquivo no foi encontrado - O programa no conseguiu localizar o arquivo indicado. Verifique que o nome e diretrio esto corretos. Se necessrio, utilize a tecla F3 para mostrar o conteudo do diretrio. Rota invalida - A rota ("path") no existe ou por algun motivo no valida. Verifique a rota. Disquete protegido - O programa tentou escrever para um disquete com selo de proteo ("write protected"). Retire o selo de proteo e mande gravar de novo. Drive nao esta pronto - No tem disquete ou a porta do drive est aberta. Coloque um disquete ou feche a porta e mande gravar de novo. Impressora sem papel - No tem papel na impressora. Numero de arquivos abertos excessivo - Indica um erro no programa que no deve ocorrer em circunstncias normais. Favor avisar autor ! Acesso ao arquivo negado - protegido ou diretrio cheio ? - O programa no obteve autorizao do DOS para escrever neste arquivo. Pode ocorrer se usar o nome de um arquivo protegido ("read only") ou quando o diretrio est cheio (provvel somente em disquetes de 360 KB). Consulte manual de DOS. Codigo de acesso invalido - Indica um erro no programa que no deve ocorrer em circunstncias normais. Favor avisar autor ! Nome do arquivo nao foi assigned - Indica um erro no programa que no deve ocorrer em circunstncias normais. Favor avisar autor ! Erro de leitura (Erro de CRC) no disco - Indica um erro que ocorreu quando o programa tentou ler um arquivo no disco. Este erro causado por problemas fsicas de leitura - no um erro do programa em si. Possveis causas so sujeira no cabeote do drive ou algum problema mecnica ou eletrnica no drive ou placa controladora. Erro de procura no disco - O programa no conseguiu localizar alguns dados dentro do arquivo sendo lido. Tambm causado por problemas no drive ou com a gravao do arquivo sendo lido. Setor no encontrado - Problema de formatao do disco, ou disco danificado. Veja manual de DOS. Erro de gravao no disco - Geralmente indica que o disco est cheio, ou que ocorreu algum outro problema quando o programa tentou gravar um arquivo. Erro de leitura de hardware - Ocorreu algum problema de hardware i.e com a parte fsica do computador. (na leitura do disco) Falha de hardware - Ocorreu algum problema de hardware i.e com a parte fsica do computador.

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Utilizando FITOPAC

Outros erros comuns

filtros

manipulando matrizes

planilha

transformaes
Diversos tipos de erros so possveis durante o processo de transformao. Por exemplo, no permitido calcular raiz quadrado ou logaritmo de nmeros negativos. Em geral, o mdulo de transformaes tenta detectar erros potenciais antes de aplicar a transformao e emita uma mensagem de erro se encontrar algum problema. Geralmente oferece, ento, opes para abandonar a transformao ou repor valores problemticos com dados faltando. Embora o programa deve detectar a maioria dos possveis erros com transformaes, voc deve verificar seus dados com cuidado para ter certeza que as transformaes que pretende aplicar so vlidas e que podem ser aplicadas ao tipo de dados contido na sua matriz. Os tipos de erros detectados so resumidos na tabela abaixo :

transformao reciproco quadrado raiz quadrado raiz quadrado + constante logaritmo natural logaritmo natural + constante logaritmo comum logaritmo comum + constante arcoseno subtrair um constante multiplicar por um constante estandardizar centrar proporo "ranging" dividir pelo desvio padro dividir pelo valor mximo subtrair o valor mnimo centragem duplo repor valor faltando com media converter em presencia/ausncia
L - produz um erro

valor 0 L

valor -vo L * L * L * L

xmin = xmax

outros

L * L *

L ? L L soma = 0 dp = 0 max = 0 todos faltando *

? - interpretao duvidosa * - depende do constante

Em geral, variveis onde o mximo igual ao mnimo so duvidosas, possivelmente indicando que houve algum erro, ou podem ser eliminadas, pois na realidade no so variveis e no acrescentam informaes. As mensagens de erro comeam com uma tela indicando as variveis onde um possvel erro foi detectado, e o tipo de erro detectado pelo programa :-

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FITOPAC 1

logaritmo natural : Possiveis erros na transformaao ?

pHCaCl-0 : valor de zero ou negativo encontrado M.O. -0 : valor de zero ou negativo encontrado Mg -0 : valor de zero ou negativo encontrado

Aps a listagem das variveis problemticas, aparece um menu oferecendo opes disponveis para contornar os erros ou abandonar as transformaes :Aao desejada?... A - substituir erros com valor faltando B - escolher uma nova transformaao C - transformar somente variaveis sem erros D - voltar ao programa principal

Estas opes tem os seguintes efeitos :SUBSTITUIR ERROS COM VALOR FALTANDO - coloca valor faltando em cada clula da matriz onde a condio de erro for encontrado (dentro das colunas/linhas selecionadas). Esta opo no est disponvel em algumas circunstncias - por ex. se o desvio padro para uma varivel for 0, ento todas as observaes para aquela varivel teriam que ser descartadas. Os programas normalmente no oferecem esta opo nestes casos. ESCOLHER UMA NOVA TRANSFORMAO - volta tela de transformaes para poder optar para uma nova transformao. til quando voc errou na transformao que queria usar - por exemplo com uma matriz contendo zeros, voc deve usar log + constante e no log simples. TRANSFORMAR VARIAVEIS SEM ERROS - transformar somente aquelas variveis onde no foram encontrados erros, deixando as variveis com erros no transformados. VOLTAR AO PROGRAMA PRINCIPAL - volta tela anterior (geralmente a de modificao de matriz), abandonando as transformaes por enquanto (por ex. se voc quer examinar ou corrigir a matriz com a planilha). Os principais tipos de erro detectados so os seguintes :nenhum dado vlido - o varivel contem somente valor faltando. Isso pode acontecer em casos onde voc est mascarando diversos linhas de uma coluna que tem muitos dados faltando e se, por acaso, as linhas mascaradas so justamente aquelas com dados vlidos. valor de zero encontrado - a varivel contem um zero e para a transformao atual isso no permitido (por ex. com recproco). valor negativo encontrado - a varivel contem um valor negativo, o que no permitido para a transformao atual (por ex. raiz quadrado). valor de zero ou negativo encontrado - para transformaes onde nenhum destes valores permitido (por ex. logaritmo). menos que 2 dados vlidos - a transformao necessita de dois ou mais valores vlidos (por ex. dividir por desvio padro). Geralmente ocorre porque foram mascaradas os poucos dados vlidos dentro de uma varivel com muitos dados faltando. soma = 0.0 - a soma dos dados nesta varivel zero (com proporo). max. = min. - no h variao - o valor mximo igual ao mnimo nesta varivel. Pode ser resultado de algum erro ou um efeito de mascarar as nicas observaes que tinham valores diferentes. desvio padro = 0.0 - com estandardizao ou diviso pelo desvio padro, indica que no h variao nos valores desta varivel. Pode ser resultado de algum erro ou um efeito de mascarar as nicas observaes que tinham valores diferentes. mximo = 0.0 - com diviso pela mxima indica que o valor mxima encontrado nesta varivel igual a zero e no pode ser usada para diviso. 32

Utilizando FITOPAC Em geral, a causa mais comum de problemas a aplicao de transformaes em variveis onde diversos componentes foram mascaradas, e onde os componentes restantes tem valores muito diferentes daqueles que foram mascarados. Portanto, importante usar as facilidades para mascarar linhas ou colunas com bastante cuidado quando voc pretende transformar uma matriz. Esta cautela deve ser aumentada mais ainda quando tem muitos dados faltando na matriz. No caso de transformao de uma matriz binria em matriz de nmeros reais, a nica mensagem de erro :Nmero excessivo de [colunas] . Converso no possvel. - A matriz binria tem um nmero de colunas maior que o limite permitida para matrizes de dados contnuos (que so armazenadas como nmeros reais). A nica sada de eliminar as colunas que excedem o limite ou criar mais que uma matriz.

Notas Tcnicas

transformaes
As transformaes utilizadas no mdulo de manipulao de matrizes podem ser representadas da seguinte maneira (onde Xij o valor na matriz original para linha i e coluna j, Yij o valor produzido pela transformao, X j a mdia da coluna j, X a soma dos valores na coluna j, sj o desvio padro da coluna j, Xmax o valor mximo da coluna j, Xmin o valor mnimo da coluna j e C um constante especificado pelo usurio) :recproco Yij = arcoseno

1 Xij
Yij =

arcsen

X ) X
ij

quadrado

2 Yij = Xij
raiz quadrado Yij =

subtrair um constante Yij = Xij - C multiplicar por um constante Yij = Xij * C

Xij
estandardizar Yij =

raiz quadrado + constante Yij =

Xij + C
centrar

X X s
ij j

logaritmo natural Yij = ln(xij) logaritmo natural + constante Yij = ln(Xij + C) logaritmo comum Yij = log(Xij)

Yij = proporo Yij =

X X
ij

X X
ij

"ranging" logaritmo comum + constante Yij = log(Xij + C) Yij =

X X X X
ij max

min min

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FITOPAC 1 dividir pelo desvio padro Yij = repor valor faltando com media Nesta transformao, todos os casos de valor faltando so substitudos pelo valor da mdia da coluna, permitindo que casos com valores faltando podem ser utilizados em anlises que normalmente no permitem. converter em presencia/ausncia Esta transformao permite transformar uma matriz de valores reais (variveis contnuas) em matriz binrio. Ao escolher esta opo, o programa pede o valor mximo que deve ser usado para ausncia, e qualquer clula da matriz que contm um valor igual ou menor ser tratada como ausente (0). Normalmente, este constante pode ser deixado como 0, mas em alguns casos voc pode querer usar outro valor, de acordo com as necessidades da anlise que pretende usar.

X s

ij

dividir pelo valor mximo Yij =

X X

ij

max

subtrair o valor minimo Yij = Xij - Xmin centragem duplo Yij =

Xij X j Xi + X , onde

X a mdia geral para todos os valores da matriz

No caso de transformaes por linha, para as transformaes arcseno, estandardizar, centrar, proporo, ranging, dividir por desvio padro, dividir pelo mximo e repor valor faltando com mdia, as mesmas definies podem ser usadas, substituindo linha por coluna em cada. Para as transformaes restantes, a direo no altera o resultado.

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Utilizando FITOPAC

Bibliografia
Grieg-Smith, P. 1983. Quantitative Plant Ecology. Blackwell, Oxford. Legendre, L. & Legendre, P. 1983. Numerical Ecology. Elsevier, Amsterdam.

35

PROGRAMA PREPARE

Funo
O programa PREPARE tem a funo de ler os dados para levantamentos utilizando arquivos preparados pelo usurio e converter estes dados no formato padro usado pelos outros programas do FITOPAC (formato FPD). Alm de converter o formato dos dados, o programa tambm verifica certos aspectos dos dados, tentando detectar possveis erros. Existe tambm a opo de produzir um arquivo ASCII que pode ser lido por outros programas ou pacotes como SYSTAT ou Lotus 123. Normalmente, este programa essencial para preparar os dados de um levantamento para serem analisados com FITOPAC.

Introduo
Este programa a porta de entrada para a maioria dos usurios do FITOPAC. Permite ler um arquivo de dados crus que essencialmente seguem o formato usado para coletar os dados no campo e transforma este arquivo no formato mais ordenado e padronizado utilizado para os outros programas do pacote. Desta maneira, no h necessidade de seguir um formato especial para entrada dos dados, facilitando um pouco a tarefa e minimizando os erros que normalmente resultam quando necessrio bater os dados num formato diferente daquele utilizado no campo. Embora a funo do programa seja muito simples, existem muitas possibilidades para erros nos arquivos de dados crus, e provvel que voc encontra diversos tipos de mensagens de erro durante o uso deste programa. Tentei introduzir testes para detectar os erros mais comuns, mas evidente que no possvel detectar todos os possveis tipos de erros. Antes de usar este programa, portanto, especialmente importante que voc l com ateno a seo sobre deteco de erros e mensagens de erro, para entender os tipos de erro que o programa pode encontrar, e as maneiras de corrigir os erros detectados.

Arquivos necessrios
Para utilizar este programa, voc normalmente precisa especificar trs arquivos, 2 de entrada e um de sada. PREPARE utiliza como entrada dois arquivos ASCII contendo 1) os nomes das famlias e espcies encontrados no levantamento, geralmente com a extenso NMS e 2) os dados numricos, descrevendo os indivduos encontrados durante o levantamento, geralmente com a extenso DAD. A estrutura e preparao destes arquivos descrito no captulo Preparando dados para FITOPAC. No momento, PREPARE capaz de ler e transformar dados para os seguintes tipos de levantamento : Levantamentos usando parcelas (quadrat survey) Levantamentos usando quadrantes (point-centered quadrants) Para uma descrio destes mtodos, consulte Grieg-Smith(19??), Brower & Zar(19??) e Krebs(19??). O arquivo de sada produzido pelo programa pode ser um arquivo .FPD do FITOPAC que serve como entrada para programas como PARAMS e CRIAMAT ou um arquivo ASCII contendo informaes que podem ser lidos por outros programas como SYSTAT, dBASE ou 123. importante notar que PREPARE cria dois arquivos temporrios enquanto est processando os dados. Estes arquivos (que tem a extenso TMP") normalmente so removidos pelo prprio programa no fim de processamento e no so visveis para o usurio, mas essencial que exista espao suficiente no disco para gravar estes arquivos alm do arquivo FPD final. Se voc utiliza o conjunto padro para os nomes dos arquivos, necessrio bater somente PREPARE <NOME> e o programa vai buscar e criar os arquivos necessrios automaticamente - por ex., se voc criou SAOJOSE.NMS e SAOJOSE.DAD contendo os nomes e dados numricos respetivamente, pode bater PREPARE SAOJOSE, e o arquivo SAOJOSE.FPD ser criado automaticamente. Caso voc queira utilizar nomes diferentes para cada arquivo, pode especific-los na seguinte seqncia :- PREPARE <NOMES> <DADOS> <SAIDA>, colocando a rota para cada arquivo antes do nome se estiveram em diretrios diferentes, e especificando a extenso se no utilizou as extenses normais. Como exemplo, se voc quer usar um arquivo de nomes MATAS.NMS no diretrio

FITOPAC - verso 1

D:\NOMES\, o arquivo de dados GENEBRA.DAT no diretrio C:\DADOS\ e gravar os resultados no arquivo G2.FPD no diretrio C:\XYZ\, voc pode especificar esta combinao na seguinte maneira :PREPARE D:\NOMES\MATAS C:\DADOS\GENEBRA C:\XYZ\G2 Repare que a ordem dos arquivos importante ! Se no quiser especificar os arquivos na linha de comando, voc pode usar os comandos normais para mudar arquivos e rotas dentro do programa, e neste caso precisa bater somente PREPARE, sem qualquer nome de arquivo. Utilizao Tela principal :-

Arquivos Rotas Tipo Cabealho Nomes Dados Verificar Fitopac ascIi Sair Escolher tipo de levantamento -------------------------------------------------------------------arquivos Arquivo de nomes : GENEBRA.NMS Arquivo de dados : GENEBRA.DAD Arquivo saida : GENEBRA.FPD Rotas Rota para nomes : C:\FITOPAC\ Rota para dados : C:\FITOPAC\ Rota para saida : C:\FITOPAC\ Tipo de amostragem : parcela -------------------------------------------------------------------F1 Ajuda; F3 Selecionar; F4 Impressora; F5 Gravar config; F10 Sair

As opes oferecidas no menu principal so tipo, cabealho, *nomes, **dados, ***verificar, ***fitopac e ***ascii. Os itens marcados * esto disponveis somente depois de completar os dados do cabealho, os itens marcados com **, somente depois de ler um arquivo de nomes e os itens com ***, somente aps a leitura de um arquivo de dados numricos. Segue a explicao de cada opo :TIPO - selecione o tipo de levantamento a ser processado. Ao escolher esta opo, aparecer um menu mostrando os tipos disponveis Tipo de levantamento ? P - Parcelas Q - Quadrantes

CABEALHO - completa as informaes complementares que os programas de FITOPAC necessitam, e que acompanham os dados durante as anlises posteriores. As informaes so fornecidas preenchendo duas telas de perguntas. Os dados geogrficos na primeira tela no so estritamente necessrios, mas, em geral, melhor completar estas perguntas pois facilitam a identificao dos arquivos posteriormente, sendo impressos com as listagens produzidas por diversos programas. Os campos descrevendo os parmetros usados (permetro/dimetro, centmetros/metros, etc.) so essenciais se voc no utilizou o padro preestabelecido por PREPARE (permetro em centmetros, no. de indivduo presente, altura presente e coordenados X e Y ausentes). Veja a seo Preparando dados para FITOPAC para uma discusso mais completa destes parmetros. No

programa PREPARE

caso de levantamentos por parcelas, os campos de comprimento e largura de parcela so obrigatrios, e o programa no deixa voc proceder sem estas informaes (so essenciais para os clculos dos parmetros fitossociolgicos). As telas que aparecem com a escolha desta opo so as seguintes :Dados do Levantamento

Titulo :
Bate um ttulo descritivo para este levantamento. Este ttulo ser impresso nas listagens de todas as anlises posteriores. Pode ter at 160 caractres.

Responsavel :
Bate os nomes dos responsvies para o levantamento. Tambm impresso nas listagens. At 160 caracteres.

Estado :
Sigla do estado onde se localizou o levantamento.

Municipio :
Municpio onde se localizou o levantamento.

Local :
Local onde se localizou o levantamento.

Latitude : 0 0 ' 0 Sul

Longitude : 0 0 ' 0 Oeste Coordenados geogrficos para este levantamento Altitude : 0.0 Altitude em m da rea estudada

FITOPAC - verso 1

Outras Informaoes

Comprimento das parcelas : 0.00

Largura das parcelas : 0.00 Comprimento e largura das parcelas em levantamentos que utilizaram parcelas. Esta informao essencial para levantamentos com parcelas. Usou Perimetro ou Diametro : Perimetro
Indique se voc mediu permetro ou dimetro dos indivduos. No pode misturar os dois no mesmo arquivo ! Perimetro/Diametro em Centimetros ou Metros : Centimetro Indique se mediu permetro/dimetro em centmetros ou metros. No pode misturar os dois no mesmo arquivo !

Diametro/Perimetro minimo : 0.00

Indique o permetro/dimetro mnimo para este levantamento, nas mesmas unidades utilizadas na medio.

No. de individuo presente : Sim

"Sim se voc est incluindo um nmero para cada indivduo.

Mediu altura : Sim

"Sim se voc mediu altura dos indivduos.

Coordenados XY presentes : Nao

"Sim se voc est incluindo coordenados X e Y para cada indivduo

NOMES - ler e verificar o arquivo de nomes. Esta opo carrega um arquivo de nomes e tenta interceptar certos tipos de erros comuns (veja a seo Deteco de erros e mensagens de erro para uma descrio dos erros que podem ser detectados). Repare que voc pode utilizar o mesmo arquivo de nomes com diversos arquivos de dados. No necessrio ler o arquivo de nomes de novo para cada arquivo de dados - o programa armazena os nomes at que voc manda ler um outro arquivo de nomes. DADOS - ler um arquivo de dados com intercepo de certos tipos de erros. Esta opo fica disponvel somente aps a leitura de um arquivo de nomes i.e. voc precisa usar o comando nomes antes de dados"*. Os dados so lidos linha por linha e armazenados num arquivo temporrio no disco antes de serem gravados no formato final com os comandos fitopac e ascii. Veja a seo Deteco de erros e mensagens de erro para uma descrio dos erros que podem ser detectados. No final da leitura de dados aparece a seguinte tela :-

necessrio ler o arquivo de nomes primeiro porque o programa tenta verificar se os nmeros de espcie nos dados numricos esto consistentes com a lista de nomes.

programa PREPARE

arquivo : UBATUBA.DAD Levantamento de Mata Atlantica"

no. pontos 160

no. individuos no. especies 640 123 42

no. familias

minimo distancia diametro altura 0.050 30.000 3.000

maximo 9.700 332.000 35.000

medio 3.437 68.847 16.788

Esta tela muito importante e deve ser lida com cuidado pois oferece uma oportunidade para descobrir eventuais erros que o programa no foi capaz de detectar. Por exemplo, um valor de dimetro mnimo abaixo do menor dimetro que voc utilizou no seu levantamento sugere que houve um erro na entrada dos dados e que voc deve verificar todos os dados. Este processo pode ser facilitado pelo comando verificar, descrito abaixo. Da mesma maneira, uma altura mxima de 60 m para um levantamento de cerrado seria um tanto suspeito. O nmero de espcies e famlias tambm deve ser observado com cuidado. Repare que o nmero de espcies e famlias apresentado se refere ao nmero presente no arquivo de dados e no no arquivo de nomes. Por exemplo, voc pode ter um nico arquivo de nomes que voc utiliza com diversos arquivos de dados e neste caso, normal que os arquivos de dados no contm indivduos pertencentes a todas as espcies ou famlias no arquivo de nomes. VERIFICAR - Com este comando voc pode verificar os dados antes de grava-los no arquivo final. Permite estabelecer limites para dimetro/permetro, altura e, no caso de levantamentos por quadrantes, distncia. Qualquer indivduo que no se encaixa nestes limites assinalada e o programa dar uma mensagem que existe um valor suspeito para este indivduo, e oferece a oportunidade de corrigir o valor estranho ou deixar como est, caso seja correto. Quando voc seleciona esta opo, aparece uma tela onde voc pode especificar os valores para mximo e mnimo para cada parmetro :Limites para Verificaao dos dados

minimo

maximo

diametro 0 altura 0.00

202.73 40.72 8.82

distancia 0.00

Os valores que o programa sugere inicialmente so a mdia 3 x desvio padro para cada parmetro, com um mnimo absoluto de 0.0. Valores que ficam fora desta faixa so atpicos e devem ser conferidos com cuidado, mas se quiser, pode alterar estes limites, colocando os valores que achar mais apropriados. Repare que o uso de limites muito estreitas vai produzir uma quantidade grande de alarmes falsos mas praticamente garantido que vai mostrar qualquer

FITOPAC - verso 1

valor suspeito. Por outro lado, o uso de limites muito amplos vai produzir poucos alarmes falsos, mas vai detectar somente valores muito extremos. difcil dar uma recomendao geral pois os limites mais eficientes dependem do levantamento e o padro de variao dos indivduos, e o usurio ter que descobrir os valores mais apropriados por um processo de tentativa e erro. FITOPAC - Gravar o arquivo de dados no formato FITOPAC - FPD. Este o formato usado pelos outros programas do FITOPAC e a opo normal. Repare que os dados no so gravados automaticamente - voc precisa mandar grava-los ! ASCII - Gravar o arquivo de dados no formato ASCII, permitindo que serve como entrada para outros programas que aceitam este formato (por ex. SYSTAT, Lotus 123). Os dados numricos so gravados normalmente, e os nomes das espcies, famlias e amostras podem ser acrescentados para cada indivduo. Ao escolher esta opo, aparece uma tela que permite ligar ou desligar a gravao dos nomes e determinar o nmero de caracteres que aparecem em cada nome. Este ltimo dado necessrio pois alguns programas no aceitam nomes longos (por ex. SYSTAT aceita no mximo 12 caracteres) - o normal para FITOPAC 35 caracteres. A tela tem o seguinte formato :-

Gravar nomes em arquivo ASCII ?

Nomes de especies Nomes de familias

Sim Quer gravar o nome de espcie para cada indivduo ? Sim Quer gravar o nome de famlia para cada indivduo ? Sim Quer gravar o nome da amostra (parcela ou ponto) para cada indivduo ? 35 Indique o comprimento dos nomes em nmero de caracteres

Nomes de amostras

Quantos caracteres :

Exemplos dos diferentes formatos de arquivo que podem ser gravados com esta opo so mostrados na fig. ??.

Deteco de erros e mensagens de erro

A fase de entrada de dados a mais difcil em termos de introduo de erros, e como os resultados de todas as anlises posteriores dependem da qualidade e accuracia dos dados crus, vale a pena fazer um esforo grande para evitar possveis problemas nesta fase. Mesmo que os dados sejam digitados com muito cuidado e verificados posteriormente, surpreendentemente fcil introduzir erros na digitao. Coisas simples como esquecer de deixar um espao entre dois nmeros ou pular um dos valores na linha podem ter conseqncias graves porque o programa vai tentar ler os valores errados deste ponto em diante. Tentei, portanto, introduzir uma srie de testes e verificaes dos dados que ajudam detectar problemas no arquivo de dados. Para comear, o programa l o arquivo como linhas de texto que so interpretadas internamente, e aplica uma srie de testes nos dados obtidos. Dessa maneira, problemas que ocorrem em uma linha no contaminam o resto do arquivo, e, caso seja necessrio, uma dada linha pode ser descartada sem prejudicar a leitura do resto do arquivo. Normalmente o programa da uma mensagem de erro quando ocorre alguma linha no arquivo que no pode ser interpretada ou que apresenta valores inconsistentes, e, em seguida, oferece algumas opes permitindo consertar o erro, reeditando a linha do arquivo ou abandonar o arquivo, caso o problema seja muito grave. Embora tentei detectar uma proporo razovel dos erros comuns, essencial notar que no possvel detectar todos os possveis erros ! Se voc bate 3.4 em vez de 4.3 para uma distncia, por exemplo, praticamente impossvel detectar este tipo de erro, e a nica maneira de encontr-lo uma reviso minuciosa do arquivo de dados, antes de usar FITOPAC. Portanto, no confie que PREPARE vai encontrar todos os erros no seu arquivo.

programa PREPARE

Segue agora uma descrio dos tipos de erros que o programa capaz de detectar :Arquivo de nomes Nomes de famlias - o programa verifica a presena de nomes duplicados - o mesmo nome usado com dois nmeros de famlia nmero de famlia fora dos limites de FITOPAC nmero de famlia faltando Nomes de espcies - o programa detecta nomes duplicados - mesmo nome para duas espcies nmero de famlia incompatvel com a lista de famlias nmero de famlia que no tem nome associado nmero de espcie fora dos limites de FITOPAC nmero de espcie ou famlia faltando nmero de espcie j utilizado para outra espcie Dados numricos - o programa detecta caracteres ilegais na linha (letras ou smbolos) espao ou valor faltando na linha (i.e. o nmero de itens na linha est errado) nmeros decimais onde deve ter um nmero inteiro nmeros que no podem ser interpretados nmero de espcie fora dos limites do FITOPAC nmero de espcie no presente na lista de espcies Quando um erro detectado, o programa para o processamento do arquivo e apresenta uma mensagem de erro, mostrando tambm a linha onde o erro ocorreu e alguma explicao do tipo de erro encontrado como mostra o seguinte exemplo onde esqueceu-se de colocar um espao depois do nmero da famlia Abobraceae no arquivo de nomes :? ERRO ? arquivo : ERROS.NMS *** linha 8

9Abobraceae ^

Nao foi possivel interpretar o numero da familia

Qualquer tecla..

Depois de apertar uma tecla, aparece um menu para determinar qual a ao que o usurio deseja tomar :Aao desejada ? E - Editar linha P - Pular linha T - Terminar processamento deste arquivo

Se escolher Editar linha, voc pode utilizar as teclas normais de edio para alterar a linha (neste caso inserindo um espao depois do nmero da famlia) e continuar o processamento. Esta seria a opo normal. Repare que esta

FITOPAC - verso 1

opo NO corrige o arquivo original contendo os dados crus - este continua como estava, e se voc quer corrigi-lo, ter que usar o editor de texto para alter-lo. A opo Pular linha simplesmente ignora esta linha do arquivo e continua processando a prxima. Esta opo til se por acaso entrou alguma linha contendo lixo que no deveria estar presente, ou se voc quer procurar outros erros antes de alterar o arquivo de dados. A opo Terminar processamento abandona o arquivo e volta ao menu principal, e pode ser usado onde houve algum erro mais grave (arquivo errado, tipo de levantamento errado, etc.). Em alguns casos pode haver mais opes - por ex. acrescentar uma espcie quando um nmero de espcie no declarada encontrado. As principais mensagens de erro so as seguintes :Arquivo de nomes Nao foi possivel interpretar o numero da familia O nmero da famlia est faltando ou voc esqueceu de bater um espao depois do nmero (mais comum) ou tem algum caractere ilegal no meio do nmero. Este no. de familia nao existe na lista de familias O nmero de famlia dado para uma espcie no foi declarado na lista de famlias. Este numero ja esta sendo usado para a familia .............. O nmero de famlia encontrado nesta linha j foi utilizado para algum outro nome de famlia anteriormente. No pode usar o mesmo nmero para duas famlias diferentes. Numero de familia invalido ....minimo = 1 e maximo = X Se ocorrer enquanto est lendo os nomes das famlias, porque o nmero da famlia muito grande ou menor que 1. Pode tambm ocorrer enquanto o programa est lendo os nomes das espcies e neste caso o mximo corresponde ao maior nmero na lista de famlias. No. de especie invalido ....minimo = 1 e maximo = X O nmero de espcie est fora dos limites aceitveis pelo FITOPAC - deve ser maior que 0 e menor que o nmero mximo de espcies (1000 nesta verso). Pode ser causado tambm pela falta de um espao entre o nmero de espcie e nmero de famlia - o programa tenta ler esta combinao como o nmero de espcie. Este numero ja esta sendo usado pela especie.......... O nmero de espcie encontrado nesta linha j foi utilizado para algum outro nome de espcie anteriormente. No pode usar o mesmo nmero para duas espcies diferentes. Este nome ja foi usado para especie X J existe uma outra espcie com o mesmo nome. Repare que diferenas entre maiscula e minscula so desprezadas aqui - Planta vulgaris a mesma coisa que PLANTA VULGARIS. Nomes duplicados no so permitidos porque impossvel distingu-los posteriormente nas listagens produzidas pelas anlises. Arquivo de dados Este no. de especie nao existe no arquivo de nomes O nmero de espcie usado aqui no foi declarada na lista de espcies. Linha muito comprida ? (max = 255 caracteres) Esta verso de PREPARE s pode ler linhas de at 255 caracteres. Se o programa chega at 255 caracteres e ainda detecta mais texto na linha sendo lida, emitir esta mensagem de erro porque provvel que a linha no ser lida corretamente. Geralmente, este nmero de caracteres suficiente, e raro encontrar esta mensagem de erro, mas em casos onde h um nmero muito grande de caules mltiplos (por ex. uma touceira de bambu), possvel ultrapassar este limite. Neste caso, a nica sada de calcular manualmente um permetro/dimetro equivalente para alguns caules, at o comprimento da linha ficar menor que 255 caracteres. Repare, tambm, que no necessrio ter espaos ao redor do + quando voc est batendo dados para indivduos com caules mltiplos (veja a seo Preparando dados para FITOPAC para mais detalhes do formato). Nao foi possivel interpretar esta linha - caractere ilegal ?? Geralmente este erro ocorre quando o programa detecta algum caractere ilegal na linha - por ex. alguma letra.

programa PREPARE

Pelo menos um valor ou espao faltando O programa tentou contar o nmero de valores na linha e encontrou um valor menor que o esperado. Isso geralmente resultado de um espao faltando entre dois valores, ou algum valor que foi esquecido. Deve ser um numero inteiro Foi encontrado um nmero decimal onde o programa esperava um nmero inteiro. Geralmente ocorre por causa de um espao faltando entre um nmero decimal e um inteiro. Nao foi possivel interpretar este numero Ocorreu algum problema que dificultou a interpretao do nmero. Dados a mais nesta linha ? O programa leu uma srie de dados que correspondem ao nmero de valores esperado. Mesmo assim, ainda tem mais texto nesta linha, possivelmente indicando algum erro. Este tipo de situao pode ocorrer quando voc acidentalmente insere um espao entre dois dgitos do nmero de espcie ou talvez um espao depois do ponto decimal da altura. No. de especie grande demais ou pequeno demais O nmero de espcie para este indivduo ultrapassa os limites de nmero de espcie para esta verso de FITOPAC. Esta especie nao existe no arquivo de nomes O nmero de espcie para este indivduo no est includo entre os nmeros de espcies no arquivo de nomes. Pode ser um erro no nmero ou uma espcie que acidentalmente foi excluda do arquivo de nomes. Neste ltimo caso, o programa oferece a opo de acrescentar uma nova espcie para a lista de nomes.

Limitaes e problemas
O nmero de espcies, famlias e amostras limitado pelos outros programas do FITOPAC (por ex. PARAMS) e no pode ser modificado nesta verso. Desde que no ultrapassa os limites impostos pelo nmero de espcies, famlias e amostras, um levantamento pode conter um nmero praticamente ilimitado de indivduos. Na prtica, o nmero mximo de indivduos ser determinado pelo espao disponvel no disco, no caso de levantamentos por parcelas, e pelo nmero de amostras no caso de levantamentos que utilizam o mtodo de quadrantes.

Notas tcnicas
O programa nunca mantm todos os dados em memria RAM ao mesmo tempo. Em vez disso, so lidos primeiro os nomes das famlias e espcies e aps a leitura e verificao, estes ltimos so gravados num arquivo temporrio. Terminada a leitura de um conjunto de nomes, o programa l um (ou vrios) arquivos de dados. O arquivo de dados lido linha por linha na forma de texto que posteriormente interpretado pelo programa, com diversos testes e formas de verificao. Uma vez que os dados de um indivduo (uma linha) forma interpretados e verificados, so gravados num segundo arquivo temporrio e no mantidos na memria RAM. Desta maneira, possvel evitar limitaes de RAM se o nmero de indivduos for muito grande, mas necessita de espao em disco para armazenar os dados. Enquanto os dados so lidos e gravados, o programa acumula os mximos, mnimos, mdias e outros valores para cada parmetro. Se a opo de verificao for escolhida, o programa l os dados do arquivo temporrio. Os dados so gravados em formato final somente quando o usurio escolhe uma das opes FITOPAC ou ASCII.

Bibliografia
Brower & Zar Grieg-Smith, Krebs, C.

PROGRAMA PARAMS

Funo
Este programa calcula parmetros fitossociolgicos para levantamentos que utilizam os mtodos de quadrantes (Point-centered Quarter method) e parcelas (Quadrat method). Calcula a maioria dos parmetros comuns como densidade relativa, frequncia absoluta e relativa e tambm uma srie de parmetros para o levantamento como um todo - ndice de Shannon, no. de espcies, densidade total, etc. Esta verso tem facilidades para especificar subconjuntos de dados, permitindo diversas sub-anlises no mesmo levantamento. Alem dos clculos de parmetros bsicos, o programa tem algumas facilidades para produo de grficos simples e pode gravar tabelas de parmetros em arquivos do tipo FITOPAC padro (FPM) que podem ser traduzidos para outros formatos (Lotus 123, por ex.) via o programa MATRIZ e utilizados em programas grficos, etc.

Introduo
PARAMS o programa central do FITOPAC, responsvel pelo clculo de parmetros fitossociolgicos, e provavelmente ser o programa mais utilizado pela maioria dos usurios. Os parmetros fitossociolgicos calculados so armazenados em quatro tabelas :- 1. parmetros gerais caractersticas do levantamento como um todo - densidade total, area basal total, ndices de diversidade, etc. 2. Espcies - tabela de parmetros das espcies. 3. tabela de parmetro das famlias. 4. tabela de parmetros das parcelas (somente para levantamentos utilizando parcelas). Embora a maioria dos parmetros disponveis j so calculados pelo programa correspondente na verso preliminar do FITOPAC, esta verso possui uma srie de melhorias e facilidades que devem aumentar consideravelmente a utilidade do programa. Calcula a maioria dos parmetros fitossociolgicos normalmente utilizados em levantamentos de vegetao arbrea/arbustiva e fornece algumas grficos simples resumindo os resultados. Uma outra caracterstica desta verso a flexibilidade possvel na impresso de tabelas de resultados. Cansei de tentar satisfazer todos os usurios com relao ordem dos parmetros e quais parmetros deviam ser incluidos nas tabelas - no tinha duas pessoas que concordavam na mesma ordem e parmetros ! Na verso atual, portanto, a ordem, os nomes, a largura das colunas e quais colunas so impressas, alm de quais tabelas so impressas podem ser modificados pelo usurio e o conjunto de preferncias pode ser gravado, permitindo que todos as anlises sejam impressas da mesma maneira. Se no gostar do conjunto padro que vem embutido no programa, voc mesmo pode elaborar o padro que prefere. Uma lista completa dos parmetros, as formulas utilizadas e detalhes dos clculos so descritas na seo Notas Tcnicas.

Arquivos necessrios
PARAMS utiliza um arquivo de dados .FPD como entrada e pode produzir arquivos de listagem e arquivos dos tipo .FPM contendo os resultados produzidos. Voc pode especificar na linha de comando os nomes dos arquivos de entrada e saida. PARAMS SAOJOSE vai utilizar o arquivo SAOJOSE.FPD como arquivo de dados e os resultados sero gravados no arquivo SAOJOSE.LST. PARAMS SAOJOSE SJ1.RES utilizaria SAOJOSE.FPD como arquivo de dados e gravaria a listagem em SJ1.RES. Se voc opta para gravar as tabelas de resultados, pode especificar o nome de cada arquivo individualmente (o programa pergunta antes de gravar), ou utilizar os nomes prefixados (ESPECIES.FPM, FAMILIAS.FPM e PARCELAS.FPM). Repare que para levantamentos grandes, a listagem pode ser bastante volumosa se voc usa todas as opes - precisa deixar espao no disco de saida.

Utilizao
A tela principal apresentado abaixo :-

FITOPAC - verso 1

Os principais comandos so os seguintes :- Filtro, Calcular, aLterar, *Imprimir, *Graficos e *graVar. Os comandos marcados com asterisco esto disponveis somente depois de fazer os clculos para um dado levantamento. Segue uma descrio de cada comando :FILTRO - O filtro usado para determinar quais so as espcies, amostras e indivduos que sero aceitas na anlise atual. O uso do filtro d uma flexibilidade bastante grande, e voc pode correr diversos tipos de anlise no mesmo arquivo de dados utilizando um filtro diferente para cada anlise. Um exemplo seria o caso de um levantamento utilizando parcelas, inicialmente incluindo todos os indivduos com DAP 3 cm, onde voc quer comparar com um outro levantamento onde o DAP mnimo foi de 5 cm. Nesta situao, voc pode especificar um filtro que exclua todos os indivduos com DAP < 5 cm, produzindo uma anlise que comparvel com o levantamento feito com DAP de 5 cm (se todas as outras caractersticas do levantamento forem iguais). Note que este mtodo no funciona com levantamentos que utilizem o mtodo de quadrantes, pois a excluso dos indivduos menores altera o mtodo de amostragem e no compatvel com o mtodo de quadrantes. Diversos outros tipos de filtro podem ser especificados, incluindo ou excluindo blocos de parcelas para fazer sub-anlises dentro de um levantamento grande, incluindo ou excluindo espcies (por exemplo indivduos mortos onde estes foram incluidios), ou diferentes combinaes de altura e dimetro para analizar diferentes estratos. possvel utilizar praticamente qualquer combinao de unidades de amostragem, especies, dimetro e altura para produzir anlises muito especficas por exemplo, somente parcelas 1 - 11 e 13 - 23, excluindo mortas e desconhecidas, com idivduos menores que 10 m de altura e com dimetros menores que 20 cm. A maneira em que o filtro especificado descrita na seo ???? . Os valores pr-estabelecidos pelo programa so to amplos que no devem excluir qualquer indivduo em levantamentos normais. Portanto, se voc no especifique um filtro, o programa deve incluir todos os indivduos no arquivo de dados. CALCULAR - comea a leitura dos dados e o clculo dos parmetros fitossociolgicos que so armazendos em diferentes tabelas. Os indivduos usados so selecionados de acordo com o filtro especificado antes de iniciar este comando. ALTERAR - Este comando utilizado para alterar as tabelas de resultados e a maneira em que elas so impressas. Voc pode alterar quais so os parmetros incluidos, a ordem dos parmetros nas tabelas, a ordenao usada dentro das tabelas e detalhes da impresso das tabelas (largura das colunas, no. de decimais, nomes dos parmetros), alm de quais tabelas so impressas. Os detalhes de como alterar as tabelas so descritas na seo Alterando as tabelas. IMPRIMIR - imprime as tabelas de resultados diretamente na impressora ou num arquivo, dependendo da saida escolhida. GRAFICOS - Produzir grficos a partir das tabelas de resultados. Estes podem ser do tipo grfico de disperso ou histograma. Os grficos produzidos aqui so relativamente simples, mas permitem ter uma indicao do comportamento dos parmetros sem sair do programa. Os grficos aparecem inicialmente na tela e podem ser impressas ou via uma cpia da tela, ou utilizando os caracteres normais da impressara. A seo Grficos descreve o uso desta opo. GRAVAR - Gravar as tabelas de resultados no disco em arquivos do tipo FPM que depois podem ser traduzidos (pelo programa MATRIZ) para arquivos do tipo Lotus 123 ou SYSTAT, permitindo o uso dos recursos grficos ou estatsticos de outros programas. Portanto, voc pode produzir uma tabela de parmetros fitossociolgicos e depois utilizar Harvard Graphics ou Quattro para produzir os grficos desejados. Enquanto estiver dentro do programa, voc pode fazer qualquer nmero de anlises, alterando o arquivo de dados ou o filtro e, depois, re-fazendo os clculos. Desta maneira, pode correr a anlise completa para um levantamento, e depois uma srie de sub-anlises de vrios tipos especificando um filtro diferente para cada sub-anlise.

programa PARAMS (manual verso 01/05/98)

Alterando as tabelas

Grficos
A tela de grficos permite escolher entre diferentes tipos de grficos e a tabela de onde sero extraidos os dados, e a forma em que os grficos sero mostrados na tela ou impressos. Dentro deste mdulo, voc pode especificar os grficos um de cada vez, ou, frequentamente mais convenientamente, na forma de uma fila", onde diversos grficos podem ser selecionados ao mesmo tempo e depois mostrados e impressos um a um. Uma vez que uma fila de grficos foi criado, o campo No. de graficos especificados informa quantos grficos esto na fila.
Tipo tAbela Vars Opoes Simbolos Desenhar Imprimir Proximo aNterior Continue Tipo de grafico desejado Tipo de grafico : Diagrama de dispersao Tabela atual : Especies

No. de graficos especificados : 0

TIPO - Escolher o tipo de grfico desejado. Esta opo abre um menu que mostra os tipos disponveis :Tipo de grafico A - Diagrama de dispersao B - Grafico de barra - n classes C - Grafico de barra - n classes + resto D - Grafico de barra - primeiros x % E - Grafico de barra - primeiros x % + resto

Diagrama de disperso - um grfico que mostra a relao entre dois parmetros, na forma de um diagrma de disperso (fig. ??). Note que nem todas as combinaes so teis - por ex. Densidade Relativa contra nmero de indivduos simplesmente produz uma linha reta pois o primeiro derivado do segundo por uma multiplicao simples. O programa no d qualquer aviso, e produz o grfico, mesmo que seja inutil. Grficos de barra - todos mostram a quantidade absoluta ou porcentagem do parmetro escolhido em cada espcie ou famlia, com as espcies ou famlias ordenadas de maior para menor, com respeito ao parmetro escolhido. As diferenas entre estes grficos so as seguintes :n classes - mostra n barras correspondendo s primeiras n espcies ou famlias(fig. ??). Aparece uma tela perguntando quantas barras voc quer no grfico, e se prefere barras simples ou 3D". O nmero mximo de barras ??. n classes + resto - mostra n + 1 barras dos quais os primeiros n correspondem s primeiras n espcies ou famlias e o ltimo que representa a soma das espcies ou famlias restantes. Tambm aparece uma tela perguntando quantas barras e tipo de barra. primeiros x % - neste grfico, o nmero de barras varivel, mas a soma dos valores nas barras mostradas atinge pelo menos x% do total do parmetro escolhido(fig. ??). A porcentagem especificada numa tela que aparece logo em seguida e que permite tambm especificar o tipo de barra. primeiros x % + resto - igual ao anterior mas acrescenta uma ltima barra que repesenta a proporo do parmetro representada pelas espcies ou famlias restantes. TABELA - Esta opo abre um menu permitindo escolher qual das tabelas de resultados ser utilizada (espcies, famlias ou parcelas).

FITOPAC - verso 1

VARS - a ao desta opo depende do tipo de grfico. No caso de grficos de barra, abre uma nica lista de variveis (parmetros) que podem ser selecionados para produzir grficos. Voc pode escolher um ou mais parmetros da tabela selecionada na opo anterior para produzir um ou mais grficos de barra. No caso de diagramas de disperso, duas listas de parmetros aparecem, uma para o eixo horizontal e a outra para o eixo vertical. De novo, voc pode selecionar um ou mais parmetros em cada lista. Se voc seleciona mais que um parmetro, o programa vai criar uma fila de grficos que podem ser examinados em sequncia usando a opo PROXIMO. Por exemplo, se voc seleciona DR como eixo horizontal e DoR e FR como os eixos verticais, o programa cria uma fila de dois grficos - DoR x DR e FR x DR. No caso de escolher DR e IVI como eixos horizontais e DoR e FR como verticais, uma fila de quatro grficos (DoR x DR, FR x DR, DoR x IVI e FR x IVI) ser criado. OPOES - esta opo abre uma tela que permite alterar os limites das escalas dos grficos alm de algumas outras caractersticas no caso de histogramas. Para diagramas de disperso, a tela que aparece a seguinte :Opoes para grafico Freq.Rel * Dens.Rel Titulo Levantamento de Mata Atlantica - Ubatuba Permite alterar o ttulo que aparece no grfico maximo minimo intervalo

Freq.Rel 8.0000 0.0000 1.0000 Modifique o mximo, mnimo e intervalo da escala vertical Dens.Rel 9.0000 0.0000 1.0000 Modifique o mximo, mnimo e intervalo da escala horizontal Etiquetar pontos ? Sim Colocar uma etiqueta em cada ponto no grfico, permitindo identific-los

Para grficos de barra com nmero de classes fixo, a tela :Opoes para grafico Freq.Rel Titulo Levantamento de Mata Atlantica - Ubatuba Permite alterar o ttulo que aparece no grfico maximo minimo intervalo Freq.Rel 60.0000 0.0000 5.0000 Indique os valores mximo e mnimo para a escala vertical, alm do intervalo da escala Quantas barras ? 10 Escolhe quantas barras voc quer no grfico (deve ser de 1 a 100) Barras 3-D ? Nao Mostrar as barras em forma 3-D ou no Etiquetar barras ? Sim Colocar etiquetas nas barras, mostrando famlia, espcie, etc.

programa PARAMS (manual verso 01/05/98)

No caso de grficos de barra com porcentagem fixa, a nica diferena desta tela a substituio da pergunta Qual porcentagem em vez de Quantas barras, permitindo alterar a porcentagem total do parmetro que ser mostrado em forma de barras. Estas opes so muito teis no caso de estudos comparativos onde essencial ter grficos que utilizam os mesmos escalas. Normalmente o programa tenta selecionar escalas que utilizam o mximo possvel da tela compatvel com unidades de escala razoveis. Mas em comparaes entre levantamentos, ou mesmo sub-analises do mesmo levantamento, os grficos saem com escalas diferentes. Se voc precisa de grficos com a mesma escala, pode utilizar esta opo para controlar a aparncia dos grficos finais. Esta opo tambm pode ser utilizada para ampliar ou encolher uma regio de um grfico de disperso. Por exemplo, em fig. 4, a regio no canto inferior esquerda da fig. 1 foi ampliado pela modificao do limite mximo das escalas verticais e horizontais. SIMBOLOS - Permite alterar os smbolos utilizados em diagrams de disperso. O uso desta opo descrito na seo Opes comuns a diversos programas no captulo Utilizando FITOPAC. DESENHAR - desenha o grfico atual na tela. Se quiser imprimir uma cpia da tela utilize Ctrl P. Veja a seo ??? para mais detalhes. IMPRIMIR - imprime o grfico atual na saida j selecionada ao entrar no programa. Note que esta forma de impresso do grfico utiliza as caracteres normais da impressora e no uma cpia da tela (fig. ??). PROXIMO - escolhe o prximo grfico na fila (se ainda tiver). ANTERIOR - volte ao grfico anterior (se existe).

Mensagens de erro

Limitaes e problemas

Notas tcnicas

Bibliografia

FITOPAC - verso 1

Figuras

Fig. 1. Diagrama de disperso, com etiquetas nos pontos.

programa PARAMS (manual verso 01/05/98)

Fig. 2 Grfico de barras com nmero fixo (10 ) barras + resto (outros), com etiquetas nas barras e sem efeito 3-D

FITOPAC - verso 1

Fig. 3. Grfico de barras, com primeiros 75% do parmetro representado, sem resto e com etiquetas e efeito 3-D

programa PARAMS (manual verso 01/05/98)

Fig. 4. Parte da fig. 1 ampliada por modificao das escalas verticais e horizontais.

PROGRAMA CRIAMAT

Funo
A funo do programa CRIAMAT de gerar uma matriz parcelas x espcies a partir de um arquivo de dados de levantamento, do tipo FPD. No arquivo de dados de levantamento existe uma lista de todos os indivduos com suas respetivas medidas para cada unidade de amostragem (parcela ou ponto), exatamente o que preciso para calcular os parmetros fitossociolgicos para o levantamento. Este formato, porm, no apropriado para outros tipos de anlise, particularmente anlises de ordenao e agrupamento onde nos precisamos de uma matriz que contm as unidades de amostragem como linhas e as espcies como colunas e onde cada clula da matriz contm alguma medida da presena de uma dada espcie dentro de uma das unidades de amostragem. Esta medida pode ser simples presena ou ausncia (geralmente representados por 1 e 0 respetivamente), ou alguma outra medida mais complexa como nmero de indivduos (muito comum) ou rea basal ou volume. Em levantamentos que utilizam o mtodo de quadrantes, normalmente no faz sentido criar este tipo de matriz pois o nmero de indivduos em cada ponto restrito a 4 e no apropriado usar anlises de agrupamento ou ordenao nestas circunstncias. Este programa trabalha, portanto, somente com levantamentos feitos utilizando o mtodo de parcelas.

Introduo
Este programa forma o elo de ligao entre os programas PREPARE e PARAMS e o resto do FITOPAC. Normalmente, o primeiro passo na anlise dos dados de um levantamento ser o clculo dos parmetros fitossociolgicos, mas em muitos casos interessante passar para uma fase posterior de anlises mais detalhadas de variao dentro da rea amostrada e deteco de padres e gradientes ecolgicos. Neste ponto, torna-se necessrio uma mudana no formato dos dados pois este ltimo conjunto de anlises geralmente trabalha com um resumo dos dados, onde os dados originais de cada indivduo so descartados e substitudos com algum tipo de mdia ou contagem para a unidade de amostragem. CRIAMAT permite a criao de uma matriz deste tipo e seu armazenamento na forma de um arquivo do tipo FPM para anlises posteriores (veja tambm a seo Uso de arquivos em FITOPAC). O programa tem opes para criar os seguintes tipos de matriz : presena/ausncia nmero de indivduos rea basal volume ( necessrio ter dados de altura no arquivo FPD para este tipo de matriz) O programa tambm tem facilidades para manipulao da matriz, incluindo transformaes dos dados e a retirada de espcies raras.

Arquivos necessrios
Este programa utiliza um arquivo de entrada e um de sada. O arquivo de entrada um arquivo do tipo FPD, descrevendo um levantamento utilizando parcelas. O arquivo de sada um arquivo do tipo FPM que contem a matriz criada por CRIAMAT. Os arquivos podem ser especificados na linha de comando, na forma CRIAMAT ENTRADA SAIDA. Assim, CRIAMAT SAOJOSE vai utilizar SAOJOSE.FPD como arquivo de entrada e vai criar o arquivo SAOJOSE.FPM como o arquivo de sada, enquanto CRIAMAT SAOJOSE SJ1 vais utilizar SAOJOSE.FPD como entrada e SJ1.FPM como sada. Como sempre, os arquivos tambm podem ser especificados dentro do programa utilizando o comando ARQUIVOS.

Utilizao
A tela principal apresentada abaixo :-

Arquivos Rotas Tipo Filtro matriZ Modificar masC Gravar Imprimir Sair Escolher o tipo de matriz desejado (no. indivs, pres./abs., etc.) -------------------------------------------------------------------------------arquivos Arquivo entrada : GENEBRA.FPD Arquivo saida : GENEBRA Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\

Tipo de matriz : No. de individuos

Os comandos disponveis so os seguintes :- Tipo, Filtro*, matriZ*, Modificar**, masC**, Gravar** e Imprimir**, sendo que os comandos marcados com um asterisco esto disponveis somente aps a escolha de um arquivo FPD de entrada e os comandos marcados com dois asteriscos esto disponveis somente aps a criao de uma matriz. Segue uma descrio de cada comando. TIPO - Especificar o tipo de matriz que voc pretende criar. Ao escolher esta opo, o programa abre um menu :A - Numero de individuos B - Area basal C - Volume D - Presena/ausencia

Voc pode escolher qual destes tipos de matriz que pretende criar, com as seguintes cractersticas Nmero de indivduos - conta quantos indivduos de cada espcie tem em cada unidade de amostragem. rea basal - calcula a rea basal total de cada espcie em cada unidade de amostragem Volume - calcula o volume total (em forma de cilindro - rea basal x altura) de cada espcie em cada unidade de amostragem. Note que necessrio ter medidas de altura no arquivo FPD para poder utilizar esta opo. Presena/ausncia - indica a presena de uma espcie numa unidade de amostragem com um 1 e sua ausncia por um 0. FILTRO - aplica um filtro na entrada de dados para selecionar somente um subconjunto dos dados - por ex. eliminar algumas espcies/amostras, selecionar somente indivduos acima de 10 cm de dimetro, etc. Veja a seo especificando filtros para mais explicaes. MATRIZ - criar a matriz utilizando o arquivo, o filtro e o tipo de matriz selecionados. MODIFICAR - Modificar a matriz criada - transformar, etc. utilizando o conjunto padro de ferramentas de modificao de matrizes. Veja a seo manipulando matrizes para mais detalhes. MASCARAR Mascarar as espcies raras. Note que as espcies raras so mascaradas e no eliminadas permanentemente. Isso quer dizer que voc pode restaurar estas espcies em casos onde muda de idia, ou onde o critrio de excluso que utilizou no estava correto. Ao escolher este comando, o programa apresenta um menu para determinar qual o critrio que deve ser usado para mascarar espcies raras. O critrio usado para medir raridade e o valor de corte podem ser determinados :-

A - No. de amostras B - Porcentagem C - Valor absoluto

onde : no. de amostras - espcies sero mascaradas se ocorrem num nmero de unidades de amostragem menor que um nmero mnimo especificado no prximo passo. Porcentagem - espcies mascaradas no atingem um mnimo de porcentagem (do nmero de indivduos, rea basal ou volume - equivalente a densidade relativa, dominncia relativa e volume relativa respectivamente) que ser especificada no prximo passo. Valor absoluto - as espcies mascaradas tem um valor absoluto (de no. de indivduos, rea basal ou volume) menor que o valor especificado no prximo passo. Em seguida, o programa abre uma tela para pedir que voc especifique o valor mnimo aceitvel para incluso de uma espcie. Note que uma espcie com um valor (no. de amostras, porcentagem ou valor absoluto) menor que o valor especificado ser mascarada, enquanto espcies que tem um valor maior ou igual ao valor especificado sero mantidas. Aps a escolha do valor de corte, o programa determina quais so as espcies que sero mascaradas e apresenta uma mensagem na tela, indicando quantas espcies foram mascaradas e quantas sobraram :-

** Foram mascaradas XX especies ** Deixando um total de YY especies

Se, por algum motivo voc no est satisfeito com o resultado (o critrio foi rigoroso demais, deixando poucas espcies ou foi aplicado o critrio errado), pode utilizar os recursos de modificao da matriz para restaurar as espcies mascaradas (veja a seo manipulando matrizes para mais informaes). Tambm pode criar diversas matrizes, com diferentes critrios de excluso aplicando o comando MASCARAR diversos vezes, tomando o cuidado de gravar cada matriz formada (com nomes diferentes) e restaurando as espcies mascaradas aps a gravao da matriz. GRAVAR - grava a matriz no disco como arquivo. Ao escolher este comando, o programa abre um menu que pede o formato de arquivo desejado :-

A - Fitopac B - Cornell

Onde Fitopac o formato normal do FITOPAC (Um arquivo FPM) e Cornell o formato usado pelos programas como DECORANA, TWINSPAN e CANOCO. Se necessrio, pode gravar cada matriz duas vezes, uma em cada formato.

Aps a escolha do formato de gravao, o programa pede o nome do arquivo de sada que no caso de arquivo FITOPAC normalmente ser o nome do arquivo de entrada com a extenso FPM. Por exemplo, se voc bateu CRIAMAT SAOJOSE para entrar no programa, o arquivo de sada criado automaticamente ser SAOJOSE.FPM. Normalmente, melhor manter o nome sugerido pelo programa, mas, se necessrio, voc pode alterar este nome - isso geralmente s requerido no caso de gravar diversas verses da matriz com diferentes nveis de corte ou com diferentes transformaes dos dados, onde obviamente, no possvel utilizar o mesmo nome para todos os arquivos resultantes. Mesmo em casos onde precisa utilizar diferentes nomes de arquivo, sugiro a manuteno sempre da extenso (FPM para arquivos FITOPAC e DAT para arquivos Cornell) para simplificar uso dos arquivos com outros programas. Repare que espcies (ou amostras) mascaradas no so includas na matriz gravada, e se voc quer manter uma matriz com todas as espcies, esta deve ser gravada antes de utilizar as facilidades para mascarar espcies raras (ou mascarar amostras). Finalmente, antes de gravar a matriz no arquivo designado, o programa abre uma tela com campos para ttulo, etc. permitindo que voc anota as modificaes feitas e estas anotaes aparecem nas listagens de resultados de todos os programas que utilizam esta matriz :Verifique as informaoes complementares da matriz Titulo :
{aqui voc pode especificar a origem dos dados e qualquer critrio de excluso de espcies raras aplicado para esta matriz}

Responsavel
{nome do responsvel pelos dados - normalmente idntico ao responsvel pelo levantamento}

Colunas da matriz sao :

{normalmente espcies}

Linhas da matriz sao :

{normalmente amostras ou parcelas}

Geralmente bastante til manter estes dados atualizados pois eles ajudam entender a saida das anlises realizadas posteriormente, particularmente em casos onde voc cria um nmero muito grande de arquivos com diferentes critrios de corte, transformaes, etc., e onde possvel confundir o que foi feito em cada matriz. IMPRIMIR - imprime a matriz, ou para um arquivo de listagem (o default do programa), ou diretamente para a impressora se voc tecla IMP ou PRN como arquivo de sada.

PROGRAMA MATRIZ

Funo
O programa matriz fornece funes para manipulao de matrizes de dados e para traduo de matrizes em um formato de arquivo para outro. Permite tambm a entrada direta de matrizes de dados por meio de uma planilha simples. Este programa tem facilidades para editar uma matriz de dados, transformar linhas ou colunas da matriz, eliminar linhas ou colunas, transpor a matriz e imprimir a matriz, alm de funes para importar arquivos em outros formatos para o formato FITOPAC e exportar dados para uma variedade de outros formatos. especialmente importante notar que este programa forma um elo de ligao entre FITOPAC e programas como DECORANA, TWINSPAN e CANOCO, facilitando o uso de outros tipos de anlise no fornecidos no prprio FITOPAC.

Introduo
Embora os programas do FITOPAC forne,cam todas as etapas necessrias para produo de matrizes do tipo amostra x espcie a partir dos arquivos originais de dados de campo, em muitos casos necessrio introduzir outros tipos de matrizes de dados que so adquiridos diretamente em forma de matriz. Um exemplo seria dados de composio de solo, que normalmente seriam obtidos como uma srie de variveis para cada amostra, e que naturalmente formam uma matriz com as amostras formando as linhas e as variveis medidas formando as colunas. Caso deseja analisar este tipo de dados utilizando os programas do FITOPAC, necessrio ter uma maneira de introduzi-los para produzir um arquivo tipo FPM que pode ser lido pelo programa apropriado. Tentou-se fornecer, no atual programa, um utilitrio capaz de traduzir dados em forma de matriz para o formato requerido pelo FITOPAC via uma planilha simples que permite entrar os dados, junto com funes que facilitam a manipulao da matriz. Alm da entrada direta de dados, o programa funciona como um tradutor ou centro de intercmbio entre diversos formatos de arquivo, e pode ser til mesmo que voc no queira utilizar o prprio formato FITOPAC. Utilizando MATRIZ possvel criar e manipular uma matriz de dados com Lotus 123 e depois transformar o arquivo WK1 do Lotus em arquivo SYSTAT, sem a necessidade de produzir um arquivo ASCII intermedirio como normalmente seria o caso. Entre os formatos disponveis (veja arquivos necessrios, abaixo), o formato CORNELL particularmente til pois este utilizado pelos programas DECORANA, TWINSPAN e, mais recentemente, CANOCO - todos amplamente usados na anlise de dados ecolgicos. Este formato no est disponvel em pacotes comerciais e pode ser bastante trabalhoso converter um arquivo em outro formato para uso com programas que utilizem o formato CORNELL. Espero, portanto, que esta traduo seja til para pesquisadores na rea de fitossociologia. essencial, porm, ler a seo sobre limitaes do programa antes de utilizar MATRIZ para traduo de arquivos. Dada a diversidade em estrutura de arquivo possvel, e os diferentes graus de sofisticao de funes que podem ser representadas em cada formato de arquivo, impossvel fornecer um programa que possa traduzir qualquer arquivo (por exemplo do Lotus 123) para todos os outros formatos. Neste programa, no tentei incluir todas as possiveis variantes para cada formato - a funo do programa de traduzir matrizes simples, no mximo com nomes de variveis e amostras, e com dados numricos. No tem facilidades para dados no-numricos. Quando utilizar este programa, examine os dados usando a planilha, ou imprima a matriz, ou examine o arquivo resultante com um editor de texto para confirmar que a traduo realmente foi bem sucedida. No d para confiar cegamente no processo de traduo porque no possivel prever todas as possiveis complicaes que podem surgir ! Repare tambm que o programa no faz uma verificao de dados quando voc est importando de outros formatos (exceto no caso de arquivos ASCII). Supe-se que o arquivo especificado seja um arquivo vlido no formato especificado - por ex. que um arquivo SYS foi criado pelo pacote SYSTAT e pode ser lido por aquele programa. Erros no arquivo sendo importado provavelmente daro resultados inesperados e podem jogar voc fora do programa ou travar o micro. Portanto, antes de tentar importar um arquivo, verifique que realmente vlido e pode ser lido pelo pacote utilizado para cri-lo.

FITOPAC - verso 1

Arquivos necessrios
MATRIZ pode importar e exportar arquivos em diversos formatos, embora a representao interna dos dados e o tipo de arquivo bsico seja de um arquivo FPM do FITOPAC. Os formatos disponveis no momento so os seguintes : FPM - formato normal do FITOPAC. ASCII - arquivos simples, contendo somente nmeros, com espaos entre os nmeros - essencialmente uma matriz de dados sem qualquer outro tipo de informaes. Alm do arquivo de dados, voc pode precisar de um arquivo contendo os nomes das colunas e outro com nomes das linhas da matriz - veja a seo importando dados para mais informaes. Diversos pacotes estatsticos ou planilhas conseguem ler este tipo de arquivo, e arquivos neste formato tambm podem ser importados pela maioria dos processadores de texto. CORNELL - formato condensado utilizado pelos programas produzidos pela Universidade de Cornell (DECORANA,TWINSPAN) e por CANOCO. Para detalhes deste formato, veja Hill (1979) ou ter Braak (1988). DIF - (Data Interchange Format) - muitas planilhas e pacotes estatsticas so capazes de importar e exportar arquivos neste formato. No momento, este formato disponivel somente para exportar arquivos. NTSYS - formato utilizado pelo pacote NTSYS de Rohlf (1989). Este pacote tem diversas opes para taxonomia numrica e anlises multivariadas. No momento, este formato disponivel somente para exportar arquivos. SYSTAT - formato utilizado pelo pacote estatstico SYSTAT. Permite transferir dados para anlise com este pacote sem a necessidade de produzir um arquivo ASCII intermedirio. vlido somente para verso 3.0 do SYSTAT, mas verses posteriores ainda podem ler este formato. LOTUS 123 - formato da planilha LOTUS 123 (arquivos WK1 - da verso 2.1). Permite intercambiar dados diretamente com esta planilha. possivel, portanto, utilizar 123 para entrar e manipular matrizes de dados e depois transferi-los diretamente para FITOPAC. Muitas planilhas (por ex. Excell) e programas estatsticos ou grficos podem ler este formato. As combinaes de importao e exportao de dados disponveis esto resumidos na fig. ?.

Utilizao

Especificando arquivos
A especificao dos arquivos a serem usados segue o esquema normal do FITOPAC, sendo necessrio colocar somente o nome do arquivo de dados quando chamar o programa - por ex. MATRIZ SAOJOSE, onde SAOJOSE o nome do arquivo de dados que deseja manipular. Em geral, o programa tenta adivinhar a extenso apropriada para cada tipo de arquivo, e no necessrio digitar a extenso se voc vai utilizar o conjunto padro de extenses. Repare que alguns programas como SYSTAT exigem o uso de uma extenso especifica (neste caso SYS") e no aceitam outras extenses. Portanto, geralmente prefervel utilizar as extenses fornecidas pelo programa e no altera-las. As extenses utilizadas aqui so as seguintes :FITOPAC - FPM CORNELL - DAT ASCII - DAT LOTUS 123 - WK1 SYSTAT - SYS DIF - DIF

programa MATRIZ (manual verso 01/05/98)

Tela principal :
Arquivos Rotas Imptipo eXptipo Ler Titulos Modificar Exportar imPrimir Sair
Tipos de arquivo para importaao/exportaao ------------------------------------------------------------arquivos Arquivo entrada : MAT1 Arquivo saida : MAT1

Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\ Tipos de arquivo Importaao : FPM Exportaao : FPM -------------------------------------------------------------

Os principais comandos disponveis so Imptipo, eXptipo, Ler, Ttulos, *Modificar, *Exportar e *imPrimir, dos quais os comandos marcados com asterisco esto disponveis somente depois de ler uma matriz de dados. Segue uma descrio de cada comando :IMPTIPO - selecione o tipo de arquivo a ser usado para importao de dados. Ao acionar este comando, aparece um menu com as opes importao. (a opo pr-selecionado FPM - o formato normal do FITOPAC). Note que o menu de importao no idntico ao menu de exportao pois alguns formatos podem ser utilizados somente para exportao. Tipo de arquivo ?... F - FPM A - ASCII C - Cornell S - Systat W - Lotus WK1 D - Direta

Escolha a opo que indica o tipo de arquivo voc deseja utilizar, e o programa voltar tela principal. No caso da opo D, entrar dados diretamente, o programa cria uma matriz vazia e depois entra diretamente no modo planilha, pronto para entrada dos dados. Para mais informaes sobre a planilha, veja a seo Utilizando a planilha. EXPTIPO - selecione o tipo de arquivo a ser usado para exportao de dados. Ao acionar este comando, aparece um menu com as opes para exportao.

FITOPAC - verso 1

Tipo de arquivo ?... F - FPM A - ASCII C - Cornell S - Systat W - Lotus WK1 N - NTSYS D - DIF

Escolhe a opo que indica o tipo de arquivo voc deseja utilizar, e o programa voltar tela principal.

TTULOS - altera o ttulo e outras informaes sobre a matriz que foi importada. No mnimo o ttulo ser exportado junto com os dados na maioria de formatos de exportao. Embora no seja essencial colocar um ttulo, frequentemente este til para identificar diferentes matrizes, especialmente quando voc est trabalhando com anlises mais complexas que produzem diversas matrizes de dados. Note que quando a opo de exportao FPM (formato FITOPAC), o programa vai abrir esta tela automaticamente, antes de gravar a matriz. LER - iniciar a leitura de um arquivo de dados. Para a maioria das opes de formato, o programa comea a importar os dados imediatamente, parando somente quando os dados foram lidos ou se ocorrer um erro que o programa capaz de detectar. Se no ocorreu algum erro, o programa apresenta uma mensagem indicando quantos linhas e colunas da matriz foram lidas. Estas informaes devem ser verificadas com cuidado para confirmar que todos os dados foram importados corretamente. Para alguns formatos, o programa precisa de informaes complementares antes de iniciar a importao e mostrar uma tela de perguntas antes de comear a importao. No caso de arquivos em formato WK1, o programa mostrar a seguinte tela :-

Tipo de leitura do arquivo ?

Transpor enquanto le Nao Se quiser, o programa vai transpor a matriz enquanto est lendo os dados. Esta opo til se voc quer colocar as linhas da planilha nas colunas da matriz e as colunas da planilha nas linhas da matriz. Permite o uso da planilha para entrar matrizes de dados binrios onde o nmero de variveis aceitvel pelo FITOPAC maior que o nmero de colunas disponveis na planilha. Converter em presena/ausencia Nao Permite converter uma matriz armazenada na planilha em matriz binrio. Normalmente qualquer matriz em planilha tratada como uma matriz de dados quantitativos, com um limite mximo de 250 variveis. Valor de corte para presena/ausencia 0.0000 Em converses para matrizes de presena/ausncia, qualquer valor acima do valor indicado aqui considerado uma presena e convertido em valor 1, enquanto valores iguais ou menores que o valor indicado so tratados como ausncias e recebem o valor 0. O valor pr-estabelecido de 0.0 normalmente o mais usado, mas caso voc queira tratar valores abaixo de um certo nvel como ausncias, esta opo permite. utilizado somente na converso para arquivos binrios.

programa MATRIZ (manual verso 01/05/98)

A opo de transposio da matriz enquanto lida pelo programa permite a manipulao de matrizes que no caberiam dentro de uma planilha normal, e pode ser utilizada junto com a opo semelhante no processo de exportao de dados (veja EXPORTAR para mais informaes). Se no quiser utilizar qualquer uma destas opes, pode usar para continuar. Para arquivos em formato ASCII, o procedimento um pouco mais complexo, pois o programa precisa de algumas informaes adicionais antes de comear a importao. O primeiro passo indicar o tipo de dados que voc pretende importar, escolhendo a opo apropriada do menu Tipo de dados :-

Q - Quantitativo P - Presena/ausencia X - miXto

Dados quantitativos so quantidades numricas, como rea basal, nmero de individuos, comprimentos, pesos, etc. Dados do tipo presena/ausncia so dados onde somente a presena ou ausncia de uma espcie ou caractere indicada, sem qualquer preocupao com a quantidade presente. Dados mistos incluem uma mistura de dados quantitativos e binrios. Depois deste menu, aparece uma tela Descrio da Matriz com vrios campos pedindo informaes sobre os dados a serem importados :Quantas variveis : 0 Indique quantas variveis (colunas) a matriz tem. Esta informao essencial - voc no vai poder continuar sem este dado - e a resposta deve ser um nmero inteiro de 1 at o mximo permitido por esta verso do programa. Titulo :
Bate um ttulo que descreve a matriz de dados. No essencial, mas ajuda voc a identificar a matriz depois, especialmente se voc tem um grande nmero de matrizes diferentes.

Tem dados faltando : Nao

Se no tiver dados faltando na matriz, pode pular este campo e o prximo, simplesmente apertando . Caso voc tenha dados faltando, use a tecla de espao ou s para mudar este campo para sim e depois preenche o prximo campo -

Valor usado para indicar dados faltando : -9999.0000 Aqui, voc digita o valor que utilizou para indicar dados faltando na sua matriz - pode ser qualquer valor numrico, -999 comum, mas no deve ser um valor que pode ocorrer entre os dados normais.

Uma vez que completou os campos desta tela (no esquea do para sair), o programa comea a importar os dados, parando se encontrar qualquer tipo de caractere no numrico. O arquivo ASCII s pode conter nmeros e espaos ! Se um caractere proibido encontrado, o programa tentar dar alguma indicao de onde ocorreu o problema, mas pra neste ponto e voc precisar utilizar um editor de texto para corrigir seu arquivo antes de continuar. Quando o arquivo de dados acaba, o programa informar quantos linhas de dados foram lidas verifique estas informaes para ter certeza que a leitura de dados foi bem-sucedida ! O programa em seguida vai pedir informaes sobre os nomes das variveis com o menu Nomes das variveis :-

FITOPAC - verso 1

A - Criar automaticamente - Var1 a VarN" B - Ler os nomes de um arquivo C - Entrar diretamente pelo teclado

Criar automaticamente - neste caso o prprio programa se encarrega de criar uma srie de nomes, do tipo Var1, Var2, etc. para cada varivel. Se voc seleciona esta opo, o programa vai pedir um prefixo para os nmeros das variveis. O prefixo j fornecido pelo programa Var, e caso prefira utilizar este, basta apertar a tecla . Se quiser modificar o prefixo, tecle o prefixo desejado. Por exemplo, entrando Eixo como prefixo vai resultar em variveis com nomes do tipo Eixo1, Eixo2, etc. Ler os nomes de um arquivo - Na maioria dos casos, mais conveniente dar nomes individuais para cada varivel. Quando o nmero de variveis grande, esta opo oferece o mtodo mais conveniente de fornecer os nomes. Para utilizar esta opo, voc precisa criar, antes de entrar no programa MATRIZ, um arquivo ASCII contendo os nomes das variveis, um por linha. Este arquivo pode ser criado com um processador de texto em modo no documento (sem formatao). Pode deixar uma linha em branco onde no quer dar um nome para alguma varivel, mas o nmero de linhas no arquivo tem que ser igual ao nmero de variveis. Quando o programa pedir, bata o nome do arquivo contendo os nomes e estes sero lidos diretamente. Entrar diretamente pelo teclado - em casos onde o nmero de variveis no to grande ou onde voc prefere no criar outros arquivos, esta opo permite que voc digita os nomes das variveis diretamente. O programa abre uma janela de edio, com uma linha numerada para voc incluir onome de cada varivel, usando as teclas de seta e e para colocar o cursor na linha correspondente ao nome que voc deseja incluir. Note que os nomes podem ser preenchidos em qualquer ordem, mas o nome no. 1 tem que corresponder a varivel 1, o nome no. 2 segunda varivel, e assim por diante. Lembre de usar a tecla para sair da janela de edio. Uma vez que os nomes das variveis foram criados ou lidos, o programa tambm vai solicitar nomes para as linhas (amostras). O menu e as opes oferecidas aqui so praticamente idnticos queles dos nomes das variveis, com a exceo da ltima opo Usar uma das variveis (colunas), que permite copiar os valores em uma das variveis para uso como nome. Isso pode ser til se uma das variveis representar um grupo ao qual a amostra pertence e voc quer somente uma indicao do grupo no nome da amostra. MODIFICAR - Modificar a matriz, transformar dados, mascarar ou eliminar linhas ou colunas, utilizar a planilha, acresentar dados de uma outra matriz, etc. Veja a seo ?? para uma explicao mais detalhada. EXPORTAR - Exportar a matriz no formato de exportao esolhido com o comando TIPOS. Para alguns formatos (SYSTAT, Cornell), o processo totalmente automtico, e o programa simplesmente informa quando termina de gravar o arquivo de sada. Nos outros formatos, o programa vai solicitar algumas informaes complementares. Para arquivos ASCII e DIF :-

programa MATRIZ (manual verso 01/05/98)

Especificaao da saida

Comprimento dos nomes das variveis

8 Indique aqui o comprimento, em no. de caracteres, dos nomes de variveis e linhas da matriz no(s) arquivo(s) de sada.

Permitir _ em nomes de variveis ?

Sim Permitir ou no a presena do caratere _ nos nomes de variveis e objetos. No caso de nomes com duas partes (por ex. nomes de espcies). O uso deste caractere torna os nomes mais legveis, mas alguns pacotes estatsticos no permitem o uso deste caractere em nomes de variveis.

Incluir nomes das amostras

Sim No caso de arquivos DIF, incluir ou no os nomes de amostras como uma das colunas da matriz. Este tipo de varivel pode ser lido por planilhas, mas alguns pacotes estatsticas no aceitam variveis no-numricas. No caso de arquivos ASCII, os nomes so colocados dentro de um arquivo que contem um nome por linha.

Incluir nomes das variveis

Sim No caso de arquivos DIF, incluir ou no os nomes das variveis como uma linha da matriz. Pode ser lido por planilhas e alguns pacotes estatsticos, mas nem todos aceitam. No caso de arquivos ASCII, produz um arquivo contendo os nomes, um por linha.

No caso de arquivos NTSYS, o programa pergunta somente se voc quer os nomes das variveis e amostras. Para exportao em formato WK1, o programa pergunta se quer transpor a matriz enquanto gravado. Para dados quantitativos, normalmente esta opo no necessria, pois o nmero mximo de variveis utilizado por FITOPAC 250, e , portanto, inferior ao nmero de colunas permitidas na maioria das planilhas (geralmente 256). Para dados binrios, porm, FITOPAC pode aceitar at 1000 variveis e estas no caberiam na planilha. Neste caso, se o nmero de linhas na sua matriz inferior a 256, voc pode transpor a matriz, que ento ser gravada na planilha com as linhas originais nas colunas e as colunas nas linhas. Como a importao de arquivos WK1 tambm permite transpor a matriz, este mtodo pode ser usado para manipular matrizes que normalmente no caberiam na planilha. Se a sua matriz tiver mais que 256 linhas e 256 colunas, vo precisar cortar a matriz em blocos, utilizando as facilidades para mascarar linhas e colunas, antes de tentar export-la para este formato. Note que o programa NO verifica os limites da matriz antes de grav-la e capaz de produzir um arquivo WK1 que ultrapassa o tamanho mximo permitido por Lotus 123 e outras planilhas. Para exportao em formato FPM, o programa abre uma tela para verificao das informaes complementares da matriz antes de grav-la. Embora no sejam obrigatrias, estas informaes complementares ajudam a identificar o arquivo, e podem ser teis quando se tem um nmero elevado de arquivos com diferentes matrizes. IMPRIMIR - Imprimir a matriz ou num arquivo no disco ou diretamente na impressora. Quando voc seleciona esta opo, o programa vai pedir o nome do arquivo a ser usado para imprimir. Se quiser mandar a matriz diretamente para a impressora, digite IMP ou PRN para o nome de arquivo.

Mensagens de Erro

FITOPAC - verso 1

Limitaes e problemas
Cada formato de arquivo includo aqui tem certas limitaes em termos de caractersticas como comprimento permitido para nomes de variveis, caracteres permitidos em nomes, grau de preciso e outras atributos. impossvel prever todas as combinaes necessrios para os diferentes programas estatsticos e planilhas, e voc precisa estar ciente das limitaes dos formatos que pretende usar e do atual programa. Em geral, nomes de colunas e linhas podem ter no mximo 35 caracteres em FITOPAC. Como a maioria de pacotes estatsticos utilizam nomes mais curtos (geralmente 8 ou 12 caracteres), normalmente no ocorrem problemas na importao de dados destes pacotes, mas nomes mais compridos em planilhas sero truncados. O tamanho do nome pode ser mais problemtico na exportao, onde voc precisa saber o comprimento do nome usado pelo programa que voc pretende empregar. No caso dos formatos SYSTAT e Cornell, o programa automaticamente produz nomes do tamanho correto, mas para arquivos DIF ou ASCII, necessrio que voc especifique este dado. Tambm existem, para alguns programas, limitaes nos caracteres permitidos em nomes de variveis - por ex. STATGRAPHICS no permite o uso do caractere _ no nome, enquanto SYSTAT aceita sem problemas. O formato DIF pode ser usado para transferir dados de FITOPAC para STATGRAPHICS e, portanto, necessrio neste caso especificar se este caractere pode ser utilizado. Seguem algumas observaes mais especficas sobre cada formato : Cornell - a leitura de arquivos em formato Cornell sujeita a vrias limitaes srias. A mais importante destas a necessidade de ter pelo menos um espao entre nmeros (fig. ??). O programa no l o formato FORTRAN especificado no incio do arquivo Cornell (veja Hill 1979 ou ter Braak 1988 para uma descrio do formato Cornell), e pressupe que todos os nmeros individuais estejam separados por espaos, embora seja possvel produzir um arquivo perfeitamente vlido para o formato Cornell onde no h espaos entre os nmeros (fig. ??). Na maioria dos casos, isto no se constitui em um problema srio, pois necessrio somente inserir espaos nas colunas apropriadas no arquivo Cornell para permitir leitura do arquivo, e de qualquer modo, a maioria de pesquisadores que utilizam o pacote Cornell j deixam espaos entre os dados. Repare que os programas do pacote Cornell geralmente tm limites muito mais amplos no nmero de espcies e amostras, porque utilizam um sistema de armazenamento mais eficiente para matrizes esparsas com muitos zeros. Se voc tenta traduzir um arquivo que exceda os limites impostos pelo FITOPAC, receber uma mensagem de erro, e a matriz no ser traduzida. Na exportao de arquivos para o formato Cornell, no deve haver grandes problemas. No caso de matrizes do tipo presena/ausncia, possvel voc exceder o limite de nmero de espcies para programas do pacote Cornell - a ocorrncia deste tipo de erro depende da verso do pacote que voc est utilizando. Tambm possvel exceder o espao de armazenamento disponvel se tiver uma matriz cheia, com poucos valores de zero, mesmo que os nmeros de espcies e amostras estejam dentro dos limites tericos do programa - veja o manual de Hill (1979) para informaes sobre este problema. Lotus 123 - o programa consegue ler matrizes simples, contendo somente dados numricos e nomes de colunas e linhas. Os nomes das colunas (variveis) devem estar na primeira linha da planilha, e os nomes das linhas (amostras), na primeira coluna. Dados no-numricos em qualquer outra posio na planilha sero solenemente descartados e substitudos por valor faltando. No caso de linhas ou colunas inteiramente no-numricas, estas sero descartadas. Onde foram colocadas frmulas na planilha, o programa l o valor numrico associado com a frmula, mas descarta todas as informaes sobre a frmula em si. Uma vez que foi feita a traduo, no h maneira de se recuperar as frmulas originais. O programa ignora grficos e formatao dentro da planilha. Portanto, no adianta bolar uma planilha complicadssima com tudo quanto tipo de formatao, etc. e esperar que v ser traduzida fielmente. A inteno aqui traduzir o tipo de matriz simples que geralmente encontrado em estudos fitossociolgicos. A planilha produzida quando se exporta para Lotus 123 contm a matriz com os nomes das variveis (colunas) na primeira linha e os nomes das amostras (linhas) na primeira coluna. Os dados numricos so inseridos nas linhas e colunas apropriadas, e valores faltando so representados por uma clula em branco. Repare que o programa no verifica limites de tamanho de matriz, etc. Voc deve verificar se a matriz resultante cabe dentro de uma planilha 123. SYSTAT - o programa l e escreve diretamente o formato binrio utilizado por SYSTAT verso 3.0. Quando voc importa um arquivo neste formato, so descartadas variveis no-numricas, com exceo da primeira, que ser utilizada como nome das amostras, e so reconhecidos os dados faltando. Note que dados numricos em FITOPAC so armazenados como nmeros de 4 bytes e no 8 bytes como em SYSTAT. Pode haver, portanto, uma perda de preciso. No caso de exportao de arquivos para SYSTAT, no se faz qualquer verificao dos limites de nmero de colunas e linhas na matriz. possvel, assim, produzir uma matriz que exceda os limites da verso de SYSTAT que voc est utilizando e em conseqncia voc precisa verificar esta limitao antes de tentar utilizar o arquivo.

programa MATRIZ (manual verso 01/05/98)

Notas tcnicas

Bibliografia
Hill, M.O. 1979. DECORANA. A FORTRAN Program for Detrended Correspondence Analysis and Reciprocal Averaging. Section of Ecology and Systematics, Cornell University, New York. Rohlf, F.J. 1989. NTSYS-pc. Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System. Version 1.5. Exeter Publishing Ltd., New York. ter Braak, C.J.F. 1988. CANOCO - a FORTRAN program for canonical community ordination by [partial] [detrended] [canonical] correspondence analysis, principal components analysis and redundancy analysis (version 2.1). Agricultural Mathematics Group, Wageningen.

PROGRAMA COEF

Funo
O programa COEF permite o clculo e gravao de matrizes de coeficientes de distncia ou semelhana para uso em anlise de aglomerados e anlise de coordenados pricipais. Utiliza, como entrada, matrizes retangulares de dados no formato FPM, contendo dados numricos (quantitativos), binrios (presena/ausncia) ou mixtos (com diferentes tipos de variveis). Tambm possvel imprimir e manipular em vrias maneiras a matriz de coeficientes produzida. Normalmente, o uso deste programa essencial para produzir as matrizes necessrias para anlise de aglomerados. O programa tem, ainda, algumas facilidades para comparar matrizes e converter entre diferentes formatos de arquivo, e tem facilidades para calcular distncias geogrficas entre localides quando fornecido com os coordenados correspondentes.

Introduo
Este programa serve como elo de ligao entre as matrizes de dados produzidas pelos programas CRIAMAT e MATRIZ e os programas CLUSTER e ORD (quando se deseja utilizar Anlise de Coordenados Principais). Para diversos tipos de anlise, essencial calcular uma matriz que mostra o grau de semelhana ou dessemelhana entre uma srie de amostras ou espcies. Esta matriz contm todas as possveis comparaes entre pares dos objetos sendo comparados (tambm conhecidos como Unidades Taxonmicas Operacionais - UTOs - na literatura de taxonomia numrica). Como as comparaes normalmente so simtricas, no importando se voc compara objeto A com B ou B com A, necessrio armazenar somente a metade da matriz, na forma de uma matriz triangular. COEF permite o clculo e armazenamento de uma matriz deste tipo, oferecendo diversos coeficientes de semelhana e distncias amplamente utilizados para estudos ecolgicos e taxonmicos. No possvel discutir as propriedades de todos os coeficientes dentro deste manual. Para informaes mais completas, recomendo Dunn & Everitt (1982), Clifford & Stevenson (1975), Gordon (1981), Legendre & Legendre (1983), Pielou (1984) e Sneath & Sokal(1973).

Arquivos necessrios
O arquivo de entrada para este programa um arquivo de tipo FPM, contendo uma matriz de dados onde as linhas da matriz representam os objetos a serem comparadas. A matriz normal produzida pelo programa CRIAMAT coloca as amostras como linhas, e portanto, a matriz calculada pelo COEF a partir de um arquivo FPM deste tipo ser uma matriz de semelhanas entre amostras. Caso quiser fazer uma comparao entre espcies, precisa transpor a matriz FPM, ou na hora de produz-la, ou na opo de modificao de matriz no prprio COEF. As saidas do programa so um arquivo do tipo FPC contendo a matriz de coeficientes e, se optar pela impresso da matriz, um arquivo LST contendo a listagem. Normalmente necessrio especificar somente o nome do arquivo FPM, e o programa cria automaticamente um arquivo FPC com o mesmo nome do arquivo de entrada. Por ex., COEF SAOJOSE vai utilizar o arquivo SAOJOSE.FPM como entrada e produz SAOJOSE.FPC como saida (e SAOJOSE.LST, caso pede uma listagem da matriz). Se por alguma razo voc prefere um outro nome para o arquivo FPC, basta especifica-lo como segundo nome de arquivo quando chama o programa - por ex. COEF SAOJOSE SAOPAULO vai utilizar o arquivo SAOJOSE.FPM como entrada e SAOPAULO.FPC como saida.

FITOPAC - verso 1

Utilizao
Tela principal :
Arquivos Rotas Ler Coef. fOrmato Modificar calcUlar Imprimir Manipular Sair Escolher o coeficiente a ser calculado -----------------------------------------------------------------------------arquivos Arquivo entrada : MAT1.FPM no. de objects : 11 [0] Arquivo saida : MAT1.FPC no. de variables : 200 [0] Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\ Coeficiente atual : distancia euclidiana simples test data set - succesive 10 % overlaps

As opes oferecidas no menu principal so Ler, *coef, formato, *modificar, *calcular, imprimir e manipular. Os itens marcados com asterisco esto disponveis somente depois de selecionar um arquivo de entrada, e no caso de imprimir, aps o clculo dos coeficientes. Segue a explicao de cada tem :LER - ler o arquivo de dados. Voc s vai poder selecionar o coeficiente aps a leitura do arquivo de dados. COEF[ICIENTE] - selecione o tipo de coeficiente que deseja calcular. Ao escolher esta opo, aparece um menu de coeficientes mostrando todos os coeficientes disponiveis no programa para o tipo de arquivo de dados escolhido (binrio, quantitativo ou mixto). Para dados binrios A - distancia euclidiana quadrada B - distancia euclidiana simples C - dist. euclid. quadrada media D - distancia euclidiana media E - distancia manhattan media F - Bray Curtis G - diferenca de tamanho H - diferenca de forma I - correlacao J - Marczewski-Steinhaus K - simple matching" L - Jaccard M - Dice/Sorenson/Czekanowski N - Kulczynski O - Ochiai P - Baroni - Urbani & Buser Q - Rogers - Tanimoto R - Hamann S - Yule T - chi-quadrado U - chi-quadrado com Yates Para dados quantitativos A - distancia euclidiana quadrada B - distancia euclidiana simples C - dist. euclid. quadrada media D - distancia euclidiana media E - distancia manhattan total F - distancia manhattan media G - Bray Curtis H - Canberra incl.0 dupl. I - Canberra excl.0 dupl. J - Morisita K - Morisita (mod. Horn) L - distancia corda M - diferenca de tamanho N - diferenca de forma O - correlacao P - Marczewski-Steinhaus Q - Kulczynski R - Gower S - Distancia geografica

programa COEF (manual verso 30/04/98)

Note que nem todos os coeficientes so aplicaveis com qualquer tipo de dados de entrada - veja a seo Limitaes e Problemas para informaes sobre possveis incompatibilidades. Para dados binrios, alguns coeficientes so exatamente iguais (por ex. Canberra e Manhattan mdia). Para dados mixtos, somente o coeficiente de Gower disponvel. FORMATO - escolher o formato do arquivo de coeficientes - pode ser FITOPAC (FPC) ou NTSYS. MODIFICAR - esta opo muito importante pois permite a modificao da matriz de dados antes de calcular os coeficientes. As modificaes disponveis incluem transformar, eliminar ou mascarar linhas ou colunas da matriz, alem de transpor e imprimir a matriz de dados e acesso planilha para inspeo e modificao de dados individuais. As transformaes so particularmente importantes pois necessrio transformar as colunas da matriz antes de calcular muitos coeficientes. Veja o captulo Opes comuns a vrios programas para uma descrio mais detalhada desta opo. CALCULAR - inicia o calculo da matriz de coeficientes e a gravao do arquivo FPC onde so armazenados. IMPRIMIR - imprime a matriz de coeficientes num arquivo que ter o nome do arquivo de saida com a extenso LST. Tome cuidado com esta opo pois a listagem obtida pode ser muito volumosa, especialmente onde o nmero de objetos grande. Lembre que o nmero de coeficientes na matriz uma funo do nmero de objetos ao quadrado ! A impresso de uma matriz de coeficientes destrui a matriz de dados que est na memria do micro e ser necessrio re-ler a matriz para calcular mais coeficientes. Veja a seo Limitaes e problemas para mais informaes. MANIPULAR - permite manipular arquivos de coeficientes (combinar arquivos, etc.) Veja a seo Manipulando matrizes.

Manipulando matrizes
COEF oferece algumas facilidades para manipulao de matrizes de coeficientes. Estas incluem a possibilidade de combinar duas ou mais matrizes de dados, converter entre formatos de arquivo, calcular o complemento de uma matriz de coeficientes e calcular o coeficiente de correlao cofentica entre duas matrizes.
cOmbinar conVerter comPlemento coFenetica Continue Combinar 2 ou mais matrizes de coeficientes ------------------------------------------------

------------------------------------------------------F1 Ajuda; F3 Selecionar; F4 Impressora; F5 Gravar config; F10 Sair

Segue uma descrio de cada opo :COMBINAR - permite combinar duas at quatro matrizes em uma matriz s. O principal uso desta opo em casos onde voc tem demais caracteres para calcular a matriz de coeficientes diretamente. Por exemplo, se tiver uma matriz com 650 caracteres quantitativos, no seria possvel calcular uma matriz de coeficientes diretamente pois o mximo de caracteres quantitativos 250. Mas voce pode criar 3 arquivos de dados, 2 com 250 caracteres e um com 150 caracteres, calcular um coeficiente para cada matriz, e depois combinar estas matrizes (dando um peso proporcional ao nmero de caracteres para cada um) para dar uma matriz final que equivalente matriz calculada diretamente utilizando todos os caracteres de uma vez. Desta maneira, efetivamente no existe limite para o nmero de caracteres, embora o limite para o nmero de objetos (400) continua vlido. Voc tambm pode utilizar esta facilidade para criar matrizes que combinam diferentes tipos de caracteres. No possvel combinar distncias com semelhanas, e o programa dar uma mensagem de erro se tentar. Ao selecionar esta opo, abre a seguinte tela:-

FITOPAC - verso 1

Arquivos a serem combinados

arquivo nnnnnn nnnnnn nnnnnn nnnnnn

peso 0.00 0.00 0.00 0.00

Nome de arquivo FPC contendo matriz de coeficientes

Voc pode entrar com os nomes de at quatro matrizes que sero combinadas, junto com o peso a ser dado a cada uma. Este peso normalmente igual ou proporcional ao nmero de caracteres usados para produzir cada matriz, mas voc pode usar outros pesos, caso queira alterar o equilibrio entre as matrizes. O valor do coeficiente na matriz final calculado a partir da seguinte expresso

pC+pC +pC +pC

1 1 2

p
i =1

2 4

onde Ci o valor do coeficiente em matriz 1 e pi o valor dado para o peso para matriz 1. CONVERTER - permite converter arquivos de um formato para outro (por ex. FITOPAC SYSTAT ou NTSYS). Ao escolher esta opo, aparece um menu mostrando as converses disponveis :-

A - FITOPAC > NTSYS B - NTSYS > FITOPAC C - FITOPAC > SYSTAT D - SYSTAT > FITOPAC

em seguida, aparece uma tela pedindo os nomes dos arquivos de entrada e saida a serem usados na converso :Arquivos Arquivo de entrada ? : MAT1.FPC Arquivo de saida ? : MAT1.DAT

COMPLEMENTO - calcula o complemento da matriz de coeficientes - isto , 1.0 - o valor de similaridade, transformando similaridade em distncia. COFENETICA - calcula o coeficiente de correlao cofentica entre qualquer par de matrizes e mostra um grfico plotando os valores da primeira matriz contra os valores correspondentes da segunda matriz. Semelhante opo para correlao cofentica em programa CLUSTER, mas pode ser usado com outras matrizes e no somente com a dendrograma. Repare que s pode ser usado com matrizes do mesmo tamanho.

programa COEF (manual verso 30/04/98)

Dados faltando
Embora no seja to comum em matrizes de dados ecolgicos, matrizes de dados taxonmicos frequentamente contm dados faltando - em uma ou mais variveis, no foi possvel medir um ou mais dos objetos sendo estudados. A presena de dados faltando na matriz de dados no um problema na maioria dos casos, pois o programa ignora comparaes individuais onde faltam dados. O coeficiente calculado somente com base nas comparaes vlidas entre os objetos. No caso de distncias eclidianas e manhattan, porm, recomenda-se o uso da distncia mdia pois a presena de dados faltando vai diminuir a distncia total calculada. Este ponto particularmente importante se tiver alguns objetos com muitos dados faltando - se no for usada a distncia mdia, a matriz resultante vai subestimar as distncias para estes objetos. Veja Dunn & Everitt (1982) e Clifford & Stephenson (1975) para uma discusso deste ponto. Um outro problema que pode surgir a falta de comparaes vlidas, caso haja um nmero grande de dados faltando. No clculo do coeficiente entre dois objetos, uma varivel rejeitada se um ou outro ou ambos os objetos tem dados faltando para esta varivel. possvel que ocorra uma situao onde ambos os objetos tem aproximadamente a metade dos dados faltando, mas cada um tem variaveis diferentes faltando. O resultado vai ser uma tentativa de calcular semelhana ou distncia entre objetos que no tem nenhum varivel vlida em comum, e a matriz no pode ser usada. Neste caso, o programa mostra uma mensagem de erro e para o processamento da matriz. A nica maneira de resolver este problema de eliminar um ou ambos os objetos envolvidos ou completar a matriz com dados novos. Em geral, matrizes com muitos dados faltando devem ser tratados com bastante cautela, pois os coeficientes calculados no so muito confiaveis.

Limitaes e problemas
O nmero mximo de objetos 400, e no possvel ler uma matriz com mais que 400 linhas nesta verso. O nmero mximo de colunas (variaveis) depende do tipo de matriz. Para matrizes de dados quantitativos, o limite 250 colunas. Para dados qualitativos (presena/ausncia), o limite 1000 colunas. O uso das facilidades para combinar matrizes, porm, permite utilizar um nmero quase ilimitado de variveis (veja a seo Manipulando matrizes"). Como no possvel armazenar os coeficientes calculados junto com a matriz de dados originais na memria RAM do micro, devido a limitaes de espao, quando voc seleciona a opo para imprimir a matriz de coeficientes, o programa precisa remover a matriz de dados da memria RAM. Neste caso, qualquer modificaes que foram feitas na matriz de dados so perdidas, e se voc quiser calcular outos coeficientes utilizando a mesma matriz modificada, precisar refazer todas as modificaes. Portanto, recomendo que, em casos onde voc pretende modificar a matriz de dados e calcular diversos coeficientes, calcule todas as matrizes de coeficientes primeiro. Depois pode imprim-las utilizando a opo de nome de arquivo na operao de impresso para controlar quais matrizes so impressas. Note que a opo de impresso pode imprimir qualquer matriz tipo FPC e no est restrita ao ltimo arquivo gravado. Como alternativo, pode criar uma matriz j modificada utilizando CRIAMAT ou MATRIZ, e neste caso, necessrio somente recarregar a matriz aps a impresso. No caso de clculo de distncia geogrfica, existem algumas limitaes importantes. Os coordenados geogrficos devem estar em graus decimais (i.e. graus + (minutos + segundos/60)/60) com latitude na primeira coluna da matriz e longitude na segunda. Latitudes ao Sul devem ser negativos e longitudes Oeste tambm. Assim, os coordenados para a cidade de Campinas, SP ficariam : -22,88 de latitude e -47,08 de longitude. No pode ter dados faltando !

Mensagens de erro
O programa produz uma mensagem de erro quando encontra uma situao que produzir uma matriz com valores que no so vlidos. no. de comparaes validas = 0 - a causa desta mensagem a ausncia de valores vlidos para algum par de objetos. Esta situao geralmente ocorrer em matrizes com muitos valores faltando. Veja o comentrio em Dados faltando, acima. Este problema pode ser evitado por eliminao de um ou ambos os objetos envolvidos, ou completando a matriz com mais dados reais para estes objetos, se possvel. Valor do coeficiente no definido - geralmente ocorre quando se usa um coeficiente de correlao, e um ou ambos os objetos tem exatamente o mesmo valor para todas suas variveis. Com dados binrios, ocorre 5

FITOPAC - verso 1

quando d e (b ou c) tem valores de 0. Pode ser corrigido removendo um ou ambos os objetos, ou alterando a codificao das variveis.

Notas tcnicas
Os coeficientes no so armazenados em RAM, mas so gravados imediatamente no arquivo FPC, devido ao problema de armazenar a matriz de dados e a matriz de coeficientes ao mesmo tempo. Quando se opta pela impresso da matriz de coeficientes, a cpia da matriz de dados que est na memria RAM destruida e os coeficientes recuperados do arquivo FPC para impresso. As formulas utilizadas para calcular os coeficientes so descritas abaixo. Nas definies, os seguintes smbolos so usados :Para uma matriz de dados X, com N variveis e M amostras : o valor observado para varivel k na amostra i, para variveis contnuas. ik

x x

ik

a mdia das observaes para amostra i, para todas as variveis de 1 a N.

N o nmero total de variveis. M o nmero total de amostras (UTOs). Para dados binrios, as formulas utilizam a seguinte tabela :-

UTO i
+ -

U T O j

onde a o nmero total de variaveis onde amostras i e j ambos tinham o valor 1, b onde amostra i tinha o valor 0 e amostra j o valor 1, etc. coeficientes que utilizem dados quantitativos -

Distncia euclidiana quadrada

2 d ij= ( xik x jk ) 2 k =1 N

2 ij

= (b + c) para dados binrios,

Distncia euclidiana simples

ij

2 ij

ij

(b + c) para dados binrios,

programa COEF (manual verso 30/04/98)

Distncia euclidiana quadrada mdia

2 ij

d N

ij

2 ij

(b + c ) para dados binrios, N

Distncia euclidiana mdia

ij

d N

ij

ij

(b + c ) para dados binrios, N

Distncia Manhattan total {"city block metric"}

d Mij= xik x jk
k =1

Mij

=(b + c) para dados binrios,

Distncia Manhattan mdia {"Mean Character Difference"}

d Mij=

1 N N k =1 x ik x jk

Mij

(b + c ) para dados binrios N

Bray - Curtis

BC

x x (x + x
k =1 ik k =1 N ik

jk

d
jk

BC

(b + c ) para dados binrios [ 2 a +(b + c)]

"Canberra metric incluindo zero duplo

CANij

1 N

x x ( + x x
N ik ik k =1

jk jk

CANij

(b + c ) para dados binrios N

"Canberra metric excluindo 0 duplo igual ao anterior, mas excluindo comparaes onde ambos as amostras tem o valor 0. (veja Clifford & Stephenson, 1975). Esta a forma original e mais comum deste coeficiente. para dados binrios,

CANij

(b + c ) , excluindo zero duplo (a + b + c )

FITOPAC - verso 1

Morisita

= Lij

(i + j) N i N j

2 nik n jk

onde

= i

n (n 1) N ( N 1)
ik ik i i

nik = no. de indivduos em amostra i, espcie k, e Ni = no. total de indivduos em amostra i.

Morisita modificado por Horn

i

n igual ao anterior, mas = N

i

ik 2

Distncia corda

ij

= 2(1 cos )

onde cos

ij =

x x
k =1 ik M 2 M k =1 ik k =1

jk 2 jk

x x

Diferena de tamanho

d ij = d ij =
ou

N N 1 ( xik x jk ) 2 N 2 k =1 k =1

ou

d ij =

(b c ) 2 para dados binrios N2

Diferena de forma
N N 2 1 N 1 ( xik x jk ) N 2 ( xik x jk )2 N k =1 k =1 k =1

d ij =

N (b + c)(b c) 2 para dados binrios N2

Correlao

r ij =

(x x )(x x ) ( x x ) (x x )
ik i jk j 2 ik i jk j

ij

( ad bc) (dados binrios) ( a + b )( c + d )( a + c)(b + d )

Marczewski-Steinhaus

St

2 min( xik , x jk ) ( xik + x jk )

k =1 k =1 k =1 M M

ou = SSOR para dados binrios

Distncia geogrfica - Esta opo calcula a distncia em kilmetros entre dois pontos na superficie da terra quando so fornecidas as latitudes e longitudes dos pontos. fornecida para permitir comparaes entre matrizes de 8

programa COEF (manual verso 30/04/98)

semelhana e distncia geogrfica entre os locais representados na matriz de semelhana., utilizando o teste de Mantel. Embora a atual verso de FITOPAC no inclui o teste de Mantel, fcil converter os arquivos produzidos aqui ao formato NTSYS e utilizar este programa para realizar o teste. A formula usada para calcular a distncia entre dois pontos, i e j,

cos ij = sin LATi.sin LATj + cos LATi.cos LATj.cos( LONGi LONGj )

onde ij o angulo entre os dois pontos, e a distncia em kilmetros entre os pontos dado por

dist

ij

= 2 .6371.

360
ij

utilizando 6371 km. como o raio mdio da terra. (Butler & Bell, 1988) Em geral, os resultados so bastante satisfatrios, mas pode haver problemas no caso de localidades que so muito prximos (menos que 10 minutos de ngulo de separao) devido ao acmulo de erro no clculo.

coeficientes que utilizem dados binrios -

Concordncia simples {"Simple matching"}

SM

(a + d) N

Jaccard

JAC

a (a + b + c )

Dice/Sorenson/Czekanowski

S S
KUL

SOR

2a (2 a + b + c )

Kulczynski

1 a a = [ + ] 2 ( a + b) ( a + c )

Ochiai

OCH

a [(a + b)(a + c)]

Baroni - Urbani & Buser

S S S

BUB

ad + a ( ad + a + b + c)

Rogers-Tanimoto

RT

= =

(a + d) (a + d)+ 2(b + c) (a + d) (b + c) (a + b + c + d)

Hamann

Yule

ad bc ad + bc

FITOPAC - verso 1

Chi - quadrado

ij

N (ad bc) 2 (a + b)(c + d)(a + c)(b + d) N ( ad bc N ) 2 ij = (a + b)(c + d)(a + c2)(b + d)

2

Chi - quadrado com correo de Yates

Coeficients para misturas de varaveis Coeficiente de Gower W o peso para cada comparao. Para cada varivel, k, se Xik ou Xjk est faltando, ento wk = 0.0. para variveis quantitativas :

Sk =

( X ik
max k

X X

jk

= 1.0

min k

para variveis multiestado para variveis binrias

Sk = 1.0 se Xik = Xjk Sk = 1.0 se Xik = Xjk = 1

wk = 1.0 wk = 1.0

SG =

wk S
k =1

w
k =1

Bibliografia
Butler, B.C.M. & Bell, J.D. 1988. Interpretation of Geological Maps. Longman, Harlow, England. Clifford, H.T. & Stephenson 1975. An introduction to numerical classification. Academic Press, London. Dunn, G. & Everitt, B.S. 1982. An Introduction to Mathematical Taxonomy. Cambridge University Press. Gordon, A.D. 1981. Classification. Chapman & Hall, London. Legendre, L. & Legendre, P. 1983. Numerical Ecology. Elsevier. Pielou, E.C. 1984. The Interpretation of Ecological Data. Wiley. Sneath, P.H.A. & Sokal, R.R. 1973. Numerical Taxonomy. Freeman, San Francisco.

10

PROGRAMA CLUSTER

Funo
Este programa produz uma anlise de agrupamentos (cluster analysis) a partir de uma matriz de coeficientes de similaridade ou distncias. Permite utilizar diversos tipos de agrupamento hierarquico - aglomerativo, incluindo a maioria dos mtodos comuns como mdia de grupo e vizinho mais prximo. Produz dendrogramas dos agrupamentos obtidos e fornece vrias anlises suplementares, como coeficiente de correlao cofentica e anlises das propriedades dos grupos obtidos.

Introduo
Anlise de agrupamentos uma tcnica que utilizada para formar grupos de objetos ou UTOs (Unidades Taxonmicos Operacionais), baseando-se em algum conjunto de caractersticas destes objetos. Esta tcnica utilizada em situaes onde no temos uma ideia pr-formada da delimitao dos grupos, e, em muitos casos, nem quantos grupos realmente existem na coleo de objetos. uma maneira de se investigar, mais ou menos objetivamente, as relaes entre amostras e at que ponto nos podemos reconhecer subconjuntos que mostram mais semelhana entre si e que podem ser considerados como classes ou grupos distintos. So extremamente diversas as aplicaes da anlise de agrupamentos. Esta tcnica, embora utilizada inicialmente em estudos taxonmicos, tem sido amplamente usada em ecologia e atualmente empregada extensamente em campos de estudo variando de literatura at geologia. Devem ser consultados os livros de Clifford & Stevenson (1975), Dunn & Everitt (1982), Everitt (1980), Gordon (1981), Manly (1986), Pielou (1984) e Sneath & Sokal (1973) para uma discusso mais ampla da teoria e aplicaes de anlise de agrupamentos. Os exemplos utilizados neste manual sero quase inteiramente ecolgicos, mas o programa pode ser usado para anlises de qualquer tipo de dados onde so vlidas estas tcnicas. O termo Anlise de agrupamentos, na realidade, inclui uma vasta diversidade de mtodos, com propriedades e filosofias diferentes. No atual programa, fornecido um conjunto de oito mtodos de agrupamento, todos do tipo hierrquico - aglomerativo. Estes partem de uma matriz de semelhana ou distncia, considerando-se cada objeto (parcela ou amostra de vegetao) como um grupo inicialmente, e juntando o par de grupos mais prximos, successivamente, at que permanece somente um grupo. E no critrio utilizado para decidir qual o par de grupos mais prximos em cada passo da anlise que os mtodos diferem. Um dendrograma, um diagrama que mostra o nvel de semelhana entre os grupos, representa a hierarquia de grupos.

Utilizao

Arquivos necessrios
So necessrios: um arquivo de entrada, (contendo uma matriz de coeficientes) e um arquivo de saida (onde os resultados sero gravados). Quando voc chama o programa, voc pode especificar os arquivos de entrada e saida na linha de comando, - por ex. CLUSTER ENTRADA SAIDA. Se voc quer analisar os grupos formados, ser preciso um arquivo contendo a matriz de dados, matriz esta usada para calcular os coeficientes. Arquivo de entrada : O programa utiliza um arquivo de coeficientes de similaridade, correlao ou distncias produzido pelo programa COEF. No se pode usar um outro tipo de arquivo como entrada - se voc utilizar um outro tipo de arquivo, um mensagem de erro aparecer, e o program vai pedir o nome de um arquivo tipo .FPC. O programa j supoe que o arquivo de entrada tenha a extenso .FPC, assim, no necessrio bater a extenso. Caso voc queira utilizar um arquivo com outra extenso, necessrio bater o nome completo deste, com extenso e tudo. Arquivo de saida : Quando no se especifica um arquivo de saida, o programa cria, automaticamente, o arquivo NOME.LST, e manda toda a saida para este arquivo. Portanto, chamando o programa com a linha CLUSTER POCOS, ser usada o arquivo POCOS.FPC como arquivo de entrada e POCOS.LST como arquivo de saida. 1

FITOPAC - verso 1

Caso voc queira especificar o nome do arquivo de saida, bate este nome aps o nome do arquivo de entrada, lembrando de deixar um espao entre os dois - por ex. CLUSTER POCOS POCOS.RES vai utilizar POCOS.FPC como entrada e os resultados sero colocados no arquivo POCOS.RES. Pode-se, tambm, mandar a saida diretamente para a impressora, batendo IMP para o arquivo de saida. No caso de se utilizar a opo de saida de Analisar os Agrupamentos (veja Opes de Saida - abaixo), ser tambm preciso o arquivo .FPM que contm os dados originais utilizados para calcular a matriz de coeficientes de distncia ou semelhana.

Dados
O programa aceita qualquer um dos coeficientes produzidos por COEF, incluindo diversas medidas de semelhana, correlao e diversos tipos de distncia (veja a descrio do programa COEF para detalhes destas opes). Note, porm, que certas combinaes de coeficiente e mtodo de agrupamento podem criar problemas (veja limitaes e problemas, embaixo).

Tela principal Arquivos Rotas Metodo Dendro dEsen Imprimir Cofen Grupos Sair
Escolher o metodo de agrupamento a ser usado arquivos Arquivo entrada : A.FPC Arquivo saida : A.LST

Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\

Metodo atual : Media de grupo (UPGMA)

Os principais comandos disponveis so : Metodo, Dendro, *dEsen, *Imprimir, *Cofen e *Grupos. Os comandos marcados com um astersco esto disponveis somente depois de produzir um dendrograma utilizando o comando Dendr. Segue uma descrio de cada comando :METODO - selecione o metodo de agrupamento que deseja utilizar. As opes de tipo de agrupamento so apresentados no menu Tipo de agrupamento desejado e a opo desejada pode ser escolhida, batendo a letra apropriada ou utilizando as setas e <ENTER>.

programa CLUSTER

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Tipo de agrupamento desejado ? A - Ligaao minima B - Ligaao completa C - Media de grupo (UPGMA) D - Media ponderada (WPGMA) E - Centroide F - Mediano G - Metodo de Ward (Variancia minima) H - Metodo flexivel

Todos os mtodos de agrupamento so do tipo SAHN - sequencial, aglomerativo, hierrquico, sem sobreposio - Sneath & Sokal (1973). So oito, no total :Ligao mnima. (Single linkage, nearest neighbour, minimum method, vizinho mais prximo) O critrio utilizado para ligar dois grupos neste mtodo a distncia mnima (ou semelhana mxima) entre qualquer par de objetos, um de cada um dos dois grupos. Este critrio resulta em grupos extensas e straggling, frequentamente formando uma cadeia ou escada. Esta escada caracterizada pelos objetos ligando-se um a um, sem a formao de grupos ntidos. O mtodo compatvel com qualquer tipo de coeficiente. Ligao completa. (Complete linkage, furthest neighbour, maximum method, vizinho mais distante) Neste mtodo, a distncia mxima (ou semelhana mnima) entre qualquer par de objetos, sendo um de cada grupo, o critrio utilizado para decidir se dois grupos devem ser ligados. Ligao completa, portanto, utiliza um critrio que exatamente o contrrio da ligao mnima, e tem a tendncia de formar grupos extremamente compactos e esfricos. compatvel com qualquer tipo de coeficiente. Mdia de grupo. (Average linkage, UPGMA, group average) Aqui, o critrio utilizado para ligao dos grupos a mdia de distncia ou semelhana de todos os pares de objetos com um em cada grupo. Grupos relativamente compactos e esfricos tendem, ento, a se formar , mas este mtodo no to extremo como o mtodo de ligao completa. Mdia ponderada. (Weighted average, WPGMA, McQuittys similarity analysis) Este mtodo semelhante mdia de grupo, mas concede peso igual para os grupos, sem considerar o seu tamanho, como no mtodo anterior. Teoricamente, deveria dar resultados melhores onde grupos de tamanhos muito diferentes esto sendo comparados. Compatvel com qualquer coeficiente. Centride. (Centroid, UPGMC) O critrio usado neste mtodo a distncia entre os centroides ou vetores de mdias dos grupos sendo comparados. Este mtodo compatvel com distncia euclidiana e coeficientes de diferena de tamanho e de forma. A transformao utilizada no programa no compatvel com coeficientes de similaridade ou correlao. Este mtodo pode produzir inverses no dendrograma, onde a distncia de ligao entre dois grupos pode ser inferior ao nvel de ligaes anteriores. Mediano. (Median, weighted centroid, WPGMC, centroide ponderado) Este mtodo a variante ponderada do centroide. Da mesma maneira que a mdia ponderada, tende a dar pesos iguais aos grupos, apesar de qualquer diferena em tamanho. Tambm est sujeito a inverses no dendrograma. Compatvel somente com coeficientes de distncia. Mtodo de Ward. (Wards method, minimum variance) Neste caso, utilizada como critrio para ligao de grupos, a soma dos quadrados das distncias entre os membros de um grupo e o centroide do grupo . A prxima ligao ser feita utilizando o par de grupos que produz o menor aumento neste soma. O mtodo tende a produzir grupos compactos e esfricos. Teoricamente, este mtodo s faz sentido quando utilizado com distncia euclidiana quadrada. Apesar disso, vrios autores utilizam este mtodo com outros tipos de coeficiente (Wishart, 1987), aparentamente com resultados bons, e voc pode utilizar estes coeficientes se ignorar os avisos do programa. Os resultados devem, porm, ser interpretados com bastante cautela.

FITOPAC - verso 1

Mtodo flexvel. (Lance_Williams flexible method) Este mtodo foi proposto por Lance & Williams (1967) e permite variar um parmetro, Beta, entre os valores -1.0 at (mas no incluindo) 1.0. Com valores positivos de beta, o mtodo produz resultados semelhantes a ligao mnima, mas valores perto de -1.0 produzem agrupamentos muito compactos, semlhantes a ligao completa. Portanto, possvel simular o efeito de diversos mtodos de agrupamento, variando o valor de beta. Lance & Williams sugerem que um valor perto de -0.25 geralmente satisfatrio. Se esta opo escolhida, o programa pede um valor para beta. Se quiser usar o valor sugerido pelo programa (-0.25), s precisa bater <ENTER>. Este mtodo compatvel somente com distncia euclidiana e no com correlao. DENDRO - Este comando inicia o clculo do dendrograma a partir da matriz de coeficientes fornecida no arquivo de entrada, utilizando o mtodo de agrupamento especificado. O tempo de processamento necessrio proporcional ao quadrado do nmero de objetos sendo agrupados. Portanto, anlises de grandes nmeros de objetos levaro muito mais tempo que anlises menores, e, em micros mais lentos que no tem co-processador numrico, podem requerer vrias horas de clculos. DESEN[HAR] - O dendrogram desenhado na tela (figura 1) quando se escolha esta opo. Voc pode imprimir a tela resultante apertando Ctrl-P (veja Imprimindo grficos). Qualquer outra tecla volta tela principal. No caso de anlises com um nmero grande de objetos, o dendrograma vai parecer muito apertado, especialmente nos nveis inferiores, embora os principais divises (geralmente os mais importantes e interessantes) ainda sero evidentes. Caso voc queira analisar os agrupamentos menores, pode utilizar o comando Grupos - Analizar os agrupamentos, opo que tem facilidades para selecionar e aumentar partes do dendrograma. Alternativamente, pode-se usar a opo imprimir o dendrograma, mas se o nmero de objetos grande, a listagem ser extensa . IMPRIMIR - imprime o dendrograma usando o conjunto normal de caracteres da impressora, sem o uso do modo grfico. Esta opo produz uma listagem do dendrograma no arquivo de saida, no formato mostrado na figura 2. Neste formato, o dendrograma ocupa uma pgina para cada 30 objetos, e a listagem pode ser extensa no caso de anlises com grande nmero de objetos. Atualmente, dendrogramas que contm inverses no so corretamente impressos. COFEN[TICO] - calcula o valor do coeficiente de correlao cofentico (Sneath & Sokal, 1973). Esta opo calcula a correlao entre a matriz de coeficientes original e a matriz de valores cofenticos que corresponde ao dendrograma produzido na atual anlise. Em geral, quanto mais alto o valor desta correlao, melhor a representao dos dados originais fornecida pelo dendrograma. Este coeficiente, portanto, oferece uma maneira de escolher entre classificaes alternativas, e existem sugestes que valores baixos (por ex. < 0.7 - Everitt, 1980) indiquem uma m classificao ou que os agrupamentos no so satisfatrios. Este tipo de critrio deve ser usado com bastante cautela no existe um teste de significncia satisfatrio - e valores relativamente altos do coefiente de correlao cofentica so possveis em situaes onde ocorre distoro razovel na classificao produzida. Alm disso, conhecido que o mtodo de Mdia de Grupo (UPGMA) sempre otimiza a correlao cofentica (Gauch, 1982), mas, na prtica, nem sempre d a classificao mais satisfatria. O valor deste coeficiente serve como indicador, mas, deve-se utilizar diversos critrios para tomar uma deciso sobre a validade de uma classificao. O programa tambm fornece um grfico, plotando os valores da matriz de coeficientes original contra os valores cofenticos do dendrograma (figura 3). O grfico d uma idia melhor de possveis distores da matriz original, e onde esto ocorrendo estes problemas (Sneath & Sokal, 1973). GRUPOS - Esta a opo mais complexa pois fornece diversos tipos de anlise dos agrupamentos presentes no dendrograma atual. especialmente importante aqui a possibilidade de se inspecionar as variveis originalmente usadas para produzir a matriz de semelhana/distncia, assim permitindo determinar quais varivies so importantes na separao dos grupos. Note que essencial ter o arquivo .FPM usado para produzir a matriz de coeficientes se voc pretende realizar anlises das variveis originais, de preferncia no mesmo disquete ou sub-diretrio que a matriz de coeficientes.

programa CLUSTER

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Definir Membros Var Grupo Box/whisk Acres. Sair

Definir os grupos para analise ______________________________________________________________

Metodo atual : Media de grupo (UPGMA)

Segue uma descrio da funo de cada comando :DEFINIR - Depois da escolha desta opo, o programa apresenta um grfico do dendrograma (fig. 4), com um cursor apontando para o n que representa a raiz do dendrograma. Voc pode navegar ao redor do dendrograma, examinando e escolhendo grupos para anlises mais aprofundadas. O primeiro passo de selecionar os grupos que voc pretende analisar. Para selecionar um grupo, voc posiciona o cursor no n do dendrograma que a raiz do grupo (ou ramo do dendrograma) que se pretende analisar, utilizando as teclas de seta, e depois aperta a tecla <ENTER>. O cursor indica o n ativo, e o ramo do dendrograma associado desenhado com uma linha pontilhada, deixando claro qual a parte do dendrograma que est sendo selecionada (fig. 4). As teclas usadas para navegao so as seguintes :-

mude para o ramo direita mude para o ramo esquerda mude para o n anterior ( no tem funo aqui) + mude para o objeto mais direita deste grupo + mude para o objeto mais esquerda deste grupo +

Vai at a raiz do dendrograma

amplia (zoom), preenchendo a tela s com este ramo. Permite examinar um ramo em mais detalhe, especialmente em dendrogramas mais apertados".

- desfazer o aumento, voltando ao dendrograma original. escolher o ramo atual para anlise

desfazer a escolha de um grupo terminar escolha de grupos e continuar anlise.

Quando voc escolhe um grupo, aparece um quadrado ao redor da raiz do grupo junto com o nmero dado para este grupo (fig. 4). No dendrograma de fig. 4, j foram selecionados 4 grupos. Note que a escolha de um grupo anula qualquer escolha anterior envolvendo aquele grupo. Por exemplo, no dendrograma de fig. 4, a escolha do n acima de grupos 1 e 2 vai anular estes grupos e criar um novo grupo 5 que contm os membros dos dois grupos originais. Se voc pretende analisar grupos encaixados desta maneira, precisa fazer mais que um ciclo de anlise, voltando a esta opo uma vez que o primeiro nvel de anlises foi feito. Pode-se voltar quantas vezes quiser a este opo. Quando terminar a escolha de grupos, aperte a tecla <ESC> para continuar. MEMBROS - Imprimir listagem dos membros dos grupos - esta opo simplesmente imprime no arquivo de saida uma lista dos membros de cada grupo selecionado (fig. 5). 5

FITOPAC - verso 1

VAR[IVEL] - Resumir dados por variavel - esta opo imprime um resumo de cada grupo, variavel por variavel, fornecendo mdia, mximo, mnimo e desvio padro do varivel para cada grupo (fig. 6). Antes de imprimir esta listagem, o programa pergunta quais variveis voc quer utilizar, permitindo qualquer combinao desde uma varivel s, at todas as variveis no arquivo. Esta listagem permite investigar quais so as variveis que distinguem melhor entre diferentes grupos. GRUPO - Resumir dados por grupo - semelhante opo anterior, mas produz um resumo grupo por grupo, imprimindo os dados para cada varivel para um dado grupo, antes de proceder ao prximo grupo (figura 7). Tambm pede uma lista das variveis que devem ser usadas. Esta opo til quando voc quer caracterizar um grupo especfico. BOX/WHISK - Diagrama Box & Whisker - esta opo um equivalente grfico do Resumir dados por varivel", produzindo um grfico do tipoBox & Whisker (Tukey, 1977) para cada variavel selecionada. Neste caso, cada grupo apresentado como uma caixa (box), com uma linha central representando o mediano, e os extremos da caixa representando os quartiles". Portanto, 50 % dos membros do grupo tem valores menores que o mediano, e 50 % dos membros caiem dentro da faixa entre os quartiles (i.e. dentro da caixa). Fora da caixa, dois whiskers representam o mximo e mnimo do grupo para a varivel. Com este grfico, torna-se fcil comparar os grupos e investigar o grau de sobreposio entre os grupos nas variveis selecionadas. Quando tem menos que quatro objetos no grupo, apresentado somente uma linha representando o mximo e mnimo do grupo. Figura 8 mostra um exemplo deste tipo de grfico. ACRES[CENTAR] - no. de grupo a matriz - com esta opo, voc pode acresentar permanentamente os nmeros de identificao dos grupos selecionados matriz de dados originais, permitindo o uso destes grupos em outros programas deste pacote, ou com outros pacotes estatsticas via as facilidades paratraduo de formatos. Por exemplo, se voc quer verificar at que ponto os grupos podem ser distinguidos e criar funes discriminantes para separ-los, pode acrescentar os nmeros de grupos matriz original e utilizar esta matriz para uma anlise de discriminantes, usando Systat", Statgraphics ou qualquer outro pacote estatstica que tem facilidades para este tipo de anlise. Os nmeros de grupo sero colocados numa varivel chamado Grupo que adicionada matriz como o ltimo varivel. No caso de objetos que no esto dentro de um dos grupos selecionados, ser dado o valor de dados faltando para esta varivel. Quando uma matriz j contm o nmero mximo de variveis, no possvel acrescentar os nmeros de grupo. SAIR - Terminar analise de grupos - voltar tela principal.

Recomendaes sobre escolha de mtodos.

A diversidade de mtodos de se formar agrupamentos cria muitas dvidas e questes sobre a sua aplicao. Os vrios levantamentos feitos mostram que no existe um mtodo que nitidamente superior aos outros em todas as circumstncias, e a escolha depende do tipo de dados que o usurio tem e do tipo de agrupamentos que ele procura (por ex. Milligan, 1981; Milligan & Cooper, 1987; Scheibler & Scheibler, 1985). Apesar disso, algumas recomendaes podem ser feitas. Podemos fazer um contraste entre ligao mnima, que ocupa um extremo do espectro de mtodos e ligao completo no outro. Ligao mnima produz dendrogramas que normalmente so de pouca utilidade na maioria de situaes reais. Mostra, numa forma extrema, o processo de encadeiamento (chaining), onde as amostras se ligam com o dendrograma uma por uma, produzindo uma escada, que pouco informativa, e tende a ser insatisfatria como classificao. Se no se definem bem os grupos existentes nos dados, amostras intermediarias liguem os grupos precocemente e estas ligaes escondem a estrutura que na realidade est presente. Mas em casos onde os grupos tem formas estranhas, ou lineares ou mais irregulares, este mtodo pode ser extremamente til, pois consegue seguir as configuraes mais complexas, desde que no haja muitas amostras intermedirias. Esta situao parece ser mais comum em estudos taxonmicos, onde grupos bem irregulares podem ocorrer com mais facilidade. Ligao completa, por outro lado, produz grupos extremamente bem definidos, muito compactos, que tendem a ser mais ou menos esfricos. A consequncia disso, porm, que este mtodo vai produzir grupos, aparentamente bem distinctos, onde, na realidade, temos uma distribuio contnua. Inevitavelmente, a colocao dos objetos nos grupos um tanto arbitrria, e grupos que so formados somente com o uso deste mtodo devem ser vistos com uma certa desconfiana. O mtodo de Ward tambm tende a produzir grupos relativamente compactos e esfricos, mas, geralmente, os resultados so mais aceitveis dos que os de ligao completa. Na prtica, este mtodo frequentamente produz

programa CLUSTER

(manual verso 30/04/98)

resultados bons para dados de composio florstica e em estudos taxonmicos. Em estudos com dados reais, os agrupamentos produzidos so quase sempre mais fceis para interpretar do que as classificaes produzidas por outros mtodos. Parece ser particularmente til para estudos ecolgicos onde em muitos casos queremos dissecar o que essencialmente contnuo, mais do que produzir realmente uma classificao de grupos distintos. Os estudos com dados artificiais sugerem tambm que o mtodo de Ward quase sempre um dos melhores, se no o melhor, dentre as tcnicas aglomerativas/hierrquicas (Milligan, 1981; Milligan & Cooper, 1987; Scheibler & Schneider, 1985). Os outros mtodos mencionados produzem resultados entre os extremos de ligao mnima e ligao completa. O mtodo de mdia de grupo , em geral, o mais satisfatrio. Nos estudos citados anteriormente, geralmente foi comparvel ou, em algumas situaes, melhor que o mtodo de Ward (especialmente com coeficientes de correlao). No caso dos mtodos de centroide e mediano, o dendrograma resultante pode mostrar inverses: nestas o nvel de fuso entre dois grupos inferior (distncia menor) do que o ltimo nvel de fuso dentro de um ou ambos os grupos (o nvel de fuso no aumenta monotnicamente). Esta propriedade de formao de inverses considerada altamente indesejvel por muitos autores que consideram estes mtodos obsoletos. J, o mtodo flexvel bastante interessante por que a intensidade de agrupamento pode ser controlada, utilizando diferentes valores do parmetro (beta). Em geral, produz resultados bons, dependendo do valor de escolhido, e, em alguns casos, fornece resultados comparveis com mdia de grupo e mtodo de Ward (Milligan & Cooper, 1987; Scheibler & Schneider, 1985). sugerido por Milligan (1987) que valores de em torno de -0.2 a -0.25 geralmente funcionam bem, embora em conjuntos de dados onde casos extremos (outliers) so comuns, valores de na faixa de -0.4 a -0.7 so necessrios para obter resultados satisfatrios.

Limitaes e problemas

Limites
O nmero mximo de objetos (UTOs) 400. Com este nmero, anlises vo ser bastante demoradas e os dendrogramas apresentados na tela sero muito apertados". [ No momento, no h espao suficiente para fazer anlises de agrupamento com o nmero mximo de objetos e o programa dar uma mensagem dememria insuficiente se tentar. ]

Compatibilidade entre coeficientes e mtodos.

O algortmo empregado neste programa utiliza a estratgia combinatorial (combinatorial strategy) de Lance & Williams (1967), onde os novos coeficientes dos grupos formados so calculados a partir dos anteriores, sem a necessidade de recalcular a matriz inteira. Enquanto esta tcnica facilita a programao e permite a incluso de uma diversidade de mtodos dentro de um nico programa, alguns coeficientes teoricamente no podem ser utilizados em combinao com alguns mtodos de agrupamento. Lance e Williams distinguem duas situaes: 1) a estratgia de agrupamento pode ser combinatorial, e neste caso o coeficiente de um grupo k com o novo grupo formado pela fuso dos grupos i e j pode ser expresso inteiramente em termos dos coeficientes dik, djk, dij e o nmero de objetos em i e j. Portanto, no necessrio usar os dados originais ou a matriz de coeficientes original para atualizar a matriz. Com alguns coeficientes, porm, alguns mtodos no so combinatoriais. 2) a estratgia pode tambm ser compatvel, o que quer dizer que os coeficientes calculados nas etapas posteriores da anlise so de exatamente o mesmo tipo e tem as mesmas propriedades que os coeficientes iniciais. No caso de uma estratgia incompativel, algumas destas propriedades so perdidas, e no mais possvel interpretar os resultados com confiana, pois os coeficientes nas fases posteriores no so iguais aos originais. Normalmente, isso considerado indesejvel.

FITOPAC - verso 1

As combinaes consideradas combinatoriais e compatveis so resumidas na tabela seguinte : tipo de coeficiente. mtodo lig. mnima lig. completa mdia de grupo mdia ponderada centride mediano Ward flexvel distncia simples +/+ +/+ +/+ +/+ -/+ +/+ -/? +/+ +/+ distncia quadrada +/+ +/+ +/+ +/+ +/+ +/+ +/+ +/+ combinatorial/compatvel distncia Manhattan +/+ +/+ +/+ +/+ -/+ +/+ -/? +/+ correlao +/+ +/+ +/+ +/+ -/+ +/-/? +/-

Em geral, combinaes onde tem um - na tabela devem ser evitadas : o programa dar uma mensagem indicando que uma combinao e incompatvel, mas permite continuar com a anlise se voc quiser. Neste caso, voc inteiramente responsvel pela interpretao da anlise resultante! Se no conhece bem estes mtodos, recomenda-se evitar combinaes incompatveis. De modo geral, nota-se que os primeiros 4 mtodos so compatveis e combinatoriais para qualquer coeficiente enquanto os ltimos 4 devem ser usados somente com distncias, e, em alguns casos, somente com distncias quadradas. Apesar dos possveis problemas, vrias tcnicas teoricamente incompatveis so usadas com coeficientes como correlao (especialmente o mtodo de Ward - por ex. Schiebler & Schneider, 1985), e parecem produzir resultados teis. Portanto, desde que usados com cautela, e desde que se reconhece que no so implementaes exatas do mtodo original, possvel utilizar combinaes incompatveis ou do tipo no combinatorial.

Notas tcnicas
O programa utiliza o algortmo de Wishart (1969) para realizar o agrupamento. Este tem a vantagem de permitir diversos mtodos de agrupamento com essencialmente uma nica transformao, simplificando a programao e oferecendo todos os mtodos dentro do mesmo programa. Para aumentar a velocidade de processamento, foi utilizada, tambm, a modificao sugerida por Anderberg (1973), onde o valor mnima de cada coluna da matriz de coeficientes armazenado. Neste caso, necessrio pesquisar somente estes valores mnimos, e no a matriz inteira, diminuindo consideravelmente o tempo necessrio para processamento.

Bibliografia
Anderberg, M.R. 1973. Cluster Analysis for Applications. Academic Press, New York. Clifford, H.T. & Stevenson, W. 1975. An Introduction to Numerical Classification. Academic Press, New York.

programa CLUSTER

(manual verso 30/04/98)

Dunn, G. & Everitt, B.S. 1982. An Introduction to Mathematical Taxonomy. Cambridge University Press. Everitt, B.S. 1980. Cluster Analysis (2nd ed.). Heineman Educational Books, London. Gordon, A.D. 1981. Classification. Chapman & Hall, London. Lance, G.N. & Wiliiams, W.T. 1967. A general theory of classificatory sorting strategies 1. Hierarchical systems. Computer J. 9 : 373-380. Manly, B.F.G. 1986. Multivariate Satistical Methods. Chapman & Hall, London. Milligan, G.W. 1981. A review of monte carlo tests of cluster analysis. Multivariate Behavioural Research 16 : 397407. Milligan, G.W. 1987. A study of the beta-flexible clustering method (WPS 87-61). Columbus OH: Ohio State University, Faculty of Management Sciences. Milligan, G.W. & Cooper, M.C. 1987. Methodology review: Clustering methods. Measurement 11 : 329-354. Pielou, E.C. 1984. The Interpretation of Ecological Data. Wiley, New York. Scheibler, D. & Schneider, W. 1985. Monte carlo tests of the accuracy of cluster analysis algorithms: a comparison of hierarchical and nonhierarchical methods. Multivariate Behavioural Research 20 : 283-304. Sneath, P.H.A. & Sokal, R.R. 1973. Numerical Taxonomy. W.H. Freeman & Co., San Francisco. Tukey, J.W. 1977. Exploratory Data Analysis. Addison-Wesley, Reading, Mass. Wishart, D. 1969. An algorithm for hierarchical classifications. Biometrics 25 : 165-170. Applied Psychological

FITOPAC - verso 1

Figura 1 Dendrograma desenhada na tela

10

programa CLUSTER **** ** **

(manual verso 30/04/98)

Dendrograma

****

Tipo de coeficente : distancia euclidiana simples Tipo de agrupamento : Media de grupo (UPGMA)

Nivel de fusao
2.04 4.99 7.44 9.25 15.94 5.99 15.94

UTO

modern dog-+-------+ +---------+ prehistoric -+-------+ | +--------+ cuon-+-----------------+ | +------+ golden jacka-+--------------------------+ | +--------------------+ dingo-+---------------------------------+ | | chinese wolf-+---------------------+ | +--------------------------------+ indian wolf-+---------------------+ +------+-------+------+-------+------+------+-----+----+ 0 | 4 | 8 | 12 | 16 2 6 10 14

distancia euclidiana simples

Figura 2. Exemplo de listagem de dendrograma

11

FITOPAC - verso 1

Figura 3 Grfico produzido para correlao cofentica.

12

programa CLUSTER

(manual verso 30/04/98)

Figura 4 Fase de escolha de grupos - 4 grupos j foram selecionados.

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***

FITOPAC - verso 1 membros dos grupos selecionados

***

*** Agrupamento : Grupo

1,

com 16

membros

***

Membros do agrupamento sao : 2b, 4d, 5b, 5c, 5d, 5e, 10b, 10a, 11a, 11c.

6c,

7c,

8d,

8c, 10d, 10c,

*** Agrupamento : Grupo

2,

com 4

membros

***

Membros do agrupamento sao : 1a, 1b, 1d, 2c.

*** Agrupamento : Grupo

3,

com 20

membros

***

Membros do agrupamento sao : 11d, 11e, 12e, 12c, 12a, 13d, 13e, 14a, 15a, 15e, 16c, 16a, 17a, 17b, 17c, 18d, 19b, 19e, 20d, 20b.

Figura 5. Listagem dos membros dos grupos.

14

***

programa CLUSTER Resumo por variavel ***

(manual verso 30/04/98)

Variavel no. 1 Grupo grupo grupo grupo 1..... 2..... 3.....

*** Media 4.387 4.250 4.380

pH CaCl-0 desvio padrao 0.2094 0.1915 0.2745 minimo 4.100 4.000 4.000 maximo 4.800 4.400 4.900 N 16 4 20

Variavel no. 2 Grupo grupo grupo grupo 1.... 2.... 3....

*** Media 3.856 1.200 4.105

M.O. -0 desvio padrao 0.5944 0.3464 0.3410 minimo 2.600 0.900 3.600 maximo 4.700 1.700 4.700 N 16 4 20

Figura 6. Resultados de anlise de grupos por varivel.

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FITOPAC - verso 1 *** Resumo por grupo ***

***

grupo

*** Media 4.387 3.856 2.806 0.285 desvio padrao 0.2094 0.5944 0.9044 0.1103 minimo 4.100 2.600 1.800 0.010 maximo 4.800 4.700 5.400 0.480 N 16 16 16 16

Variavel pH CaCl-0... M.O. -0..... P -0........ K -0........

***

grupo

*** Media 4.250 1.200 3.625 0.270 desvio padrao 0.1915 0.3464 1.4569 0.0283 minimo 4.000 0.900 2.800 0.230 maximo 4.400 1.700 5.800 0.290 N 4 4 4 4

Variavel pH CaCl-0... M.O. -0..... P -0........ K -0........

***

grupo

*** Media 4.380 4.105 1.640 0.214 desvio padrao 0.2745 0.3410 0.6778 0.0681 minimo 4.000 3.600 1.000 0.100 maximo 4.900 4.700 3.600 0.300 N 20 20 20 20

Variavel pH CaCl-0... M.O. -0..... P -0........ K -0........

Figura 7. Resultados de anlise de variveis por grupo.

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programa CLUSTER

(manual verso 30/04/98)

Figura 8 Exemplo de um grfico Box & Whiskers".

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