Bloque I

Qumica Biolgica I
Segundo Cuatrimestre 2011

Gua TP Laboratorio

Bloque I

TRABAJO PRCTICO: REPASO DE DILUCIONES PRIMERA PARTE

Objetivos: entrenamiento en la seleccin del material a utilizar para realizar diluciones 1) Qu material volumtrico elegira para tomar los siguientes volmenes? Realizarlo Volumen a emitir 10 ml (exactos) 3,6 ml 0,1 ml 9,3 ml 0,1 ml 5 ml (exactos) 0,085 ml 0,001 ml 0,25 ml 0,01 ml Pipeta

2) Medir exactamente 5 ml de una solucin de colorante y llevar a un volumen final de 50 ml (exactos) con agua destilada. De acuerdo al siguiente material propuesto marcar con una cruz cul es el correcto. Justificar. Pipeta graduada de 10 ml Pipeta aforada de 5 ml Matraz de 50 ml Pipeta graduada de 5 ml Vaso de precipitado de 50 ml Bureta de 100 ml Probeta de 100 ml

Bloque I

SEGUNDA PARTE Objetivos

o o Incrementar la destreza en la realizacin de diferentes diluciones Iniciarse en el uso de pipetas automticas

A) Se dispone de una solucin concentrada coloreada (A) y se opera sobre ella segn el siguiente esquema

5 ml A +H2O 5 ml B

5 ml C 20 ml

10 ml 2 ml +H2O 8 ml 5 ml D 45 ml E F

40 ml

a) Determinar la dilucin realizada en cada paso b) Determinar la concentracin (en funcin de A) de las soluciones generadas en el esquema e identifique los procedimientos que permiten preparar soluciones de la misma concentracin. c) Identifique con +++++, +++, ++, + las diluciones en funcin de la intensidad de color que espera observar. d) Reproduzca las operaciones del esquema con la solucin stock que le proveern los auxiliares docentes de su comisin y compare la intensidad de color con el esquema armado en c). e) Cul es el tubo que tiene la solucin ms diluda? Y la ms concentrada? B) A partir de la misma solucin madre inicial anterior, preparar: 2 ml de una dilucin 1/10 5 ml de una dilucin 1/20 1 ml de una dilucin 1/100 10 ml de una dilucin 1/50 Ordenarlas de ms concentrada a ms diluida

Bloque I TRABAJO PRACTICO N 1 EXTRACCIN Y CUANTIFICACIN DE PROTENAS Objetivos: * Extraer protenas de diferentes tejidos: animales y vegetales. * Cuantificar las protenas extradas por dos mtodos colorimtricos diferentes. Materiales: -Hgado de ratn normal y de ratn ayunado durante 18 hs. - Germen de trigo - Buffer A: Fosfato 20 mM pH 7,5. - Buffer B Tris-HCl 100 mM pH 7,5 - muselina. - Minipimer -Homogenizador Potter-Elvenhjem - Reactivo de Biuret: 1,3 g de SO4Cu 5H2O en 100 ml de H2O + 173 gr de citrato trisdico y 100 g Na2CO3 (disolver en agua con calor). Llevar todo a 1litro. - NaOH 3% - Reactivo de Bradford 100 mg de Coomasie Brillant Blue G-250 en 50 ml de etanol 95 % (disolver bien). Agregar 100ml de PO4H3 y llevar a 1litro. - Solucin Patrn de seroalbmina bovina (BSA) 10 mg/ml en H2O. Primer da: Extraccin de protenas Preparacin de homogenatos a) germen de trigo b) hgado de ratn normal c) hgado de ratn ayunado a) Pesar 20 g de germen de trigo. Homogeneizar en 5 volmenes de buffer A (minipimer 5 pulsos de 15 segundos) (Mantener en hielo) Filtrar con muselina Centrifugar 15 min. a 12000 rpm a 4C Conservar el sobrenadante (Medir el volumen y conservar a -20C) El sobrenadante se denomina Extracto crudo A.

Bloque I b) Matar el ratn por dislocacin cervical y pesar (lo hace la ctedra). Extraer el hgado y colocarlo en un recipiente con buffer B. Limpiarlo. Pesar el hgado de ratn Homogeneizar en 5 volmenes de buffer B (Homogenizador Potter-Elvenhjem) (Mantener en hielo) Centrifugar 15 min. a 12000 rpm 4C Conservar el sobrenadante (Medir el volumen y conservar a -20C) El sobrenadante se denomina Extracto crudo B c) Idem procedimiento b) NOTA: En todos los casos los homogenatos se guardarn alicuotados, para ser usados en posteriores trabajos prcticos.

Bloque I Segundo da: Cuantificacin por mtodos colorimtricos Mtodo de Biuret: protocolo BSA Muestra 10 mg/ml (l) (l) B 600 --1 580 20 -2 570 30 -3 540 60 -4 480 120 -5 360 240 -6 E GTa 540 -60 7 E GT 540 -60(1/10) 8 E GT 540 -60(1/20) b 9 E HN 540 -60 10 E HN 540 -60(1/10) 11 E HN 540 -60(1/20) c 12 E HA 540 -60 13 E HA 540 -60(1/10) 14 E HA 540 -60(1/20) a E GT (Extracto crudo de germen de trigo) b E HN (Extracto crudo de hgado de ratn normal) c EHA (Extracto crudo de hgado de ratn ayunado) Tubo (eppendorf) H2O (l) NaOH 3% (l) 2400 2400 2400 2400 2400 2400 2400 2400 2400 2400 2400 2400 2400 2400 2400 Reactivo (l) 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150

**Incubar durante 15 min. a temperatura ambiente. Leer Abs. en 330 nm. Mtodo de Bradford: protocolo Tubo H2O (l) B 1 2 3 4 5 6 E GT 7 E GT 8 E GT 9 E HN 10 E HN 11 E HN 12 E HA 13 E HA 14 E HA 300 250 200 150 100 -250 250 250 250 250 250 250 250 250 BSA 10 mg/ml (1:100) (l) -50 100 150 200 300 ---------Muestra (l) ------50 50 (1/100) 50 (1/200) 50 50 (1/100) 50 (1/200) 50 50 (1/100) 50 (1/200) Reactivo (ml) 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3

** Mezclar bien y leer Abs. en 595 nm.

Bloque I Informe de resultados: realizar un informe incluyendo solamente los resultados del trabajo prctico y el cuestionario como se indica a continuacin Resultados: Construya la curva estndar (en papel milimetrado utilizando las unidades y escala adecuadas) y complete la tabla para cada uno de los homogenatos. Incluya un modelo de clculo para los resultados obtenidos Mtodo Biuret Bradford Cuestionario (sea breve) 1) Qu importancia tiene el tipo de buffer y la velocidad de centrifugacin en la extraccin de protenas? 2) Existen diferencias entre los valores de concentracin de protenas obtenidos con los distintos mtodos de cuantificacin? Explique a qu pueden deberse. 3) Se desea determinar la concentracin de protenas de una muestra utilizando la curva estndar (mtodo colorimtrico X) que se muestra a continuacin: Utilizando el mismo mtodo colorimtrico se determina que 100 l de la muestra dan una Absorbancia de 1,2 (restado el blanco). Conteste si las siguientes afirmaciones son verdaderas o falsas. Justifique cada respuesta. a) Se puede determinar la concentracin de protenas de la muestra diluyendo la reaccin colorimtrica a la mitad para obtener una Absorbancia de 0,6, valor que se encuentra en la zona lineal de la curva. b) Se puede determinar la concentracin de protenas de la muestra repitiendo la colorimetra con un volumen de muestra menor, por ejemplo de 20 l. c) Se puede determinar la concentracin de protenas de la muestra repitiendo la colorimetra con 100 l de la muestra diluida por ejemplo 1/5. d) Se puede determinar la concentracin de protenas de la muestra prolongando la curva estndar hasta 1.2 por la lnea de puntos indicada en el grfico. Vol. Homg (ml) Conc. de Protenas (mg/ml) (mg/g tejido)

1.6 1.4

Absorancia 520 nm

1.2 1.0 0.8 0.6 0.4 0.2 0.0 0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0 1.2 1.4 1.6

mg
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Bloque I TRABAJO PRCTICO N 2: CROMATOGRAFA Objetivos: Separar dos compuestos de peso molecular diferente Evaluar el comportamiento de una protena en una cromatografa de intercambio inico en funcin del pH de la fase mvil. Purificar parcialmente la fosfatasa cida de germen de trigo. Materiales disponibles: Columna de filtracin en gel sephadex G-75 (rango de separacin 3000 -100000 Da). Columna de intercambio inico DEAE-celulosa (DE-52) Solucin de azul dextrano (PM: 2000000 Da, 5 mg/ml) y Cloruro de Cobalto (10 mg/ml) Solucin de hemoglobina Extracto de germen de trigo obtenido en el TP N 1 Buffer A: Tris-HCl 50 mM pH 8 Buffer B: NaCl 0.5 M en buffer A. Buffer C: Acetato de Na 50 mM pH 4. Buffer D: Acetato de Na 50 mM pH 4 + 0.5 M NaCl. Buffer acetato de sodio 0.2 M pH 5 Sustrato de la fosfatasa acida: para-nitro fenil fosfato (pNPP) 25 mM KOH 0,1 N Tubos de ensayo, placas de ELISA Preparacin de las columnas: Antes de comenzar la corrida cromatogrfica se deber equilibrar la columna en buffer y regular el flujo de la misma hasta alcanzar 1 ml/min aproximadamente (aumentando o disminuyendo la distancia entre el suministro de buffer y la columna). Buffer A para filtracin en gel, buffers A y C para los intercambiadores inicos

Bloque I Metodologa: 1) Cromatografia de intercambio inico a) comportamiento de la hemoglobina em DEAE a diferentes pHs 1-Sembrar 0,2 ml de la solucin de hemoglobina en las columnas de DEAE-celulosa equilibradas en los buffers A o C. 2-Lavar las columnas con el mismo buffer en que fueron equilibradas (aprox 15 ml). Colectar fracciones de 1.5 ml (aprox 15 ml total). Luego del lavado cerrar el flujo de la columna. 3-Medir absorbancia a 280 nm cada dos tubos. 4-Realizar las eluciones de las columnas cromatogrficas con la/s fase/s mviles seleccionadas (B o D), en las mismas condiciones en las que se realiz el lavado. 5- Medir absorbancia a 280 nm cada dos tubos. b) Purificacin parcial de Fosfatasa cida Sembrar 0.2 ml de solucin de extracto de germen de trigo en la columna DEAE-celulosa equilibrada en el buffer A. Lavar con 20 ml de buffer A y eluir con 20 ml de buffer B. Colectar fracciones de 1.5 ml. Medir absorbancia a 280 nm cada dos tubos. Determinar en cada fraccin la presencia o ausencia de actividad de fosfatasa cida. Determinacin de la actividad de fosfatasa cida Reaccin enzimtica de la fosfatasa cida pNPP + Enzima pNP (Incoloro) +Pi pNP +KOH (Amarillo) O-PO3HH+ pNPP + KOH pNP (amarillo intenso) -Determinar en las fracciones recogidas si tiene (+) o no (-) actividad enzimtica. Proceder como sigue: En una placa de ELISA colocar en cada pocillo: 20 l de la fraccin (fraccin por medio) + 20 l de buffer acetato pH 5 + 20 l de pNPP (diluido 1/5) -Incubar a 37 C durante 30-45 min. Luego de la incubacin agregar a cada posillo: 140 l de KOH 0.1 N. Anotar el resultado: Reaccin (+): amarillo intenso. Reaccin (-): incolora o amarillo suave
ENZ

O2N -

PO4H2- +O2N -

- OH

Bloque I Nota: el pNPP agregado est previamente diluido 1/5. Antes de incubar a temperatura indicada, asegurarse que los volmenes se hallan mezclado bien en cada pocillo. Respetar el orden de adicin de los reactivos segn la reaccin. Resultados: -Realizar una tabla indicando como retenida o no retenida la fraccin de hemoglobina en funcin del pH, para el lavado y elusin de cada columna. -Graficar Abs. 280 nm versus volumen de elusin para el fraccionamiento del extracto de germen de trigo. En el mismo grfico indique la actividad de la fosfatasa cida. Indicar las fracciones correspondientes al lavado y la elusin. Elaborar el ttulo y la leyenda de la figura indicando claramente el tipo de cromatografa realizada y caractersticas de los buffers empleados y velocidad de flujo, el tipo y cantidad de muestra sembrada y la modalidad de coleccin de fracciones. Cuestionario: 1. Explique qu sucede cuando se agrega el buffer B o D en el intercambiador inico? 2. Analice y discuta los resultados obtenidos para las protenas del extracto de germen de trigo y particularmente para la fosfatasa cida respecto de las condiciones experimentales utilizadas. Si tuviera que repetir el protocolo ensayado qu modificaciones introducira?. 3. De qu modo puede mejorar la elusin de las protenas retenidas en la matriz? Fundamente. 2) Cromatografa de filtracin en gel Metodologa: 1- Sembrar juntos: 0,2 ml de solucin de azul dextrano y cloruro de cobalto en la columna de filtracin en gel. 2- Eluir con buffer A, registrando visualmente el avance del color de las muestras sembradas. 3- Registrar el volumen en que eluye el azul dextrano(Vo) 4- Registrar el volumen en que eluye el cloruro de cobalto (Vt) Estimacin del PM de un compuesto por cromatografa de filtracin en gel -Confeccin de la curva de calibracin de la columna con estndares de Peso Molecular: Una mezcla de azul dextrano (PM 2.000.000) y cloruro de cobalto se cromatografiaron en la matriz de filtracin en gel y los compuestos eluyeron a los 9,5 ml y 27 ml respectivamente. En un ensayo similar al realizado con azul dextrano y cloruro de cobalto se sembr en la misma columna una mezcla de 0.2 ml de Lisozima (PM 14.000 Da) y 0,2 ml de BSA (PM 66.000 Da). Los volmenes registrados para los mximos de Abs a 280 nm fueron: 23 y 13 ml respectivamente. En otra corrida posterior se sembraron 0.2 ml de ovoalbumina (PM 43.000 Da) que eluy a los 17 ml. Kav= Volumen de elucin (protenas estndares) - V0 Vt-Vo Kav lisoz.= Kav BSA= Kav ovoal.=
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Bloque I Confeccione el grfico de calibracin Kav vs log PM Estime el PM de una protena cuyo volumen de elusin en G-75 es: Ve = 15 ml. Cuestionario: a) Enumere al menos tres aplicaciones posibles de las columnas de filtracin en gel. b) Por qu se utiliza el azul dextrano para determinar el Vo y el cloruro de cobalto para el Vt? . c) En una filtracin en gel Sephadex G-50 (rango de separacin 1500-30000). Podra haberse tomado como referencia la ovoalbmina para confeccionar la curva de calibracin de la columna? Justifique. d) Por que se realiza el clculo del Kav en lugar de emplear directamente el volumen de elusin? e) Dibuje el perfil que se obtendra al cromatografiar en una columna de rango 500-30.000, la mezcla de compuestos utilizadas en el punto b. Indique V0, Vt y el/los componentes de cada pico. Realizar un informe incluyendo Resultados y cuestionario para cada tipo de cromatografa

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Bloque I TRABAJO PRCTICO N 3 ELECTROFORESIS DE PROTENAS Objetivos -Fraccionar por electroforesis las mezclas de protenas extradas en el primer y segundo TP. -Analizar el comportamiento electrofortico de las mezclas de protenas extradas en el primer y segundo TP Materiales Homogenato de germen de trigo y fracciones provenientes de las diferentes cromatografas Homogenatos de hgado de ratn.(diferentes diluciones) Geles de poliacrilamida (12%) con SDS Buffer de muestra: (SB) glicerol, beta-mercaptoetanol, bromofenol blue, SDS, buffer Tris-HCl 0,2 M pH 6,8 Buffer se corrida: Tris HCl, glicina, SDS. pH 8,8 Solucin de tincin: Coomasie Blue, metanol, cido actico Destaining: metanol, cido actico Cuba de electroforesis, vidrios, separadores, peines, fuentes de poder Mtodos 1- Preparacin del gel a) Gel de separacin 12 % Acrilamida-bis 30/08% H2O 1.5M Tris-HCl pH8.8 SDS 10% TEMED APS 10 % b) Gel de concentracin Acrilamida 30/08% H2O 0,5M TrisHCl pH6,8 SDS 10% TEMED APS 10 % 1,3 ml 6,1 ml 2,5 ml 100 ul 5 ul 50 ul 4 ml 3.5 ml 2.5 ml 100 ul 5ul 50ul

Agregar inmediatamente sobre el gel de separacin y colocar el peine. Una vez que gelifique montar el gel en la cuba y agregar el buffer de corrida. 2- Preparacin de las muestras En cada gel se sembrarn muestras provenientes del homogenato y de las fracciones de las columnas de intercambio inico. Como estndares se utilizarn tres marcadores de peso molecular (PM)

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Bloque I Mezclar 20 ul de cada muestra (en el homogenato hacer una dilucin) con 5 ul de SB (5x). Calentar la mezcla durante 3 minutos a 100 C. Muestras: Gel 1: calle 1: 5 l de homogenato de hgado control + 15 l de agua.(dil 1/ 4). calle 2: 5 l (dil ) de homogenato de hgado control + 15 l de agua (1/ 16). calle 3:. 5 l de homogenato de germen de trigo + 15 l de agua.(dil 1/ 4). calle 4: 5 l (dil ) de homogenato de germen de trigo + 15 l de agua.(dil 1/ 4). calle 5: a X-1: 20 l de fracciones con actividad de FA (germen de trigo) de las columnas de intercambio inico Calle X: 10 l st. PM. 3- Condiciones de corrida y tincin Una vez sembradas las muestras realizar la corrida electrofortica a 20 mA constantes por cada gel hasta que el bromofenol llegue hasta 5 mm del borde inferior del gel. Finalizada la corrida desmontar el gel y sumergirlo en la solucin de tincin aprox una hora y luego cambiarlo a la solucin de desteido (destaining) Informe: Realizar un informe conteniendo solamente resultados y discusin del TP. Para ello incluya en el texto las respuestas (sin discriminar por nmero) del siguiente cuestionario gua. Cuestionario gua: 1- Describa los resultados obtenidos en el gel de manera cuanti y cualitativa. Haga referencia a la Figura (fotografia del gel, confeccionar ttulo y leyenda). 2- Describa en particular algunas de las diferencias halladas entre el patrn de protenas de hgado y de germen de trigo 3- Analice los resultados obtenidos para las protenas vegetales de manera conjunta con los obtenidos en el TP de cromatografa. Podra inferir algn resultado acerca del PM de las protenas con actividad de FA?.

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ESTRUCTURA DE PROTENAS. UTILIZACIN DEL PROGRAMA RASMOL PARA SIMULACIN POR COMPUTADORA. Introduccin: Las protenas son las molculas orgnicas ms abundantes en las clulas y estn asociadas a una infinidad de funciones diferentes. Algunas cumplen funciones estructurales como el colgeno o la tubulina, otras sirven como transportadores de gases como la hemoglobina, y otras tienen funciones biolgicas especficas catalizando reacciones en alguno o varios de los muchos procesos metablicos, como las enzimas. Estas molculas estn compuestas por unidades orgnicas menores llamadas aminocidos (AAs). Si bien existen slo 20 aminocidos distintos, su combinacin da lugar a un nmero virtualmente ilimitado de posibles protenas diferentes, cada una con una estructura particular y una funcin especfica. En las protenas los AAs se encuentran unidos entre s en forma covalente mediante uniones peptdicas que se dan entre el grupo carboxilo de un AA y el grupo amino de otro por eliminacin de agua. La unin de muchos AAs da lugar a una larga cadena polimrica no ramificada cuya secuencia constituye la estructura primaria de la protena en cuestin. Cada protena posee adems un ordenamiento regular de las cadenas polipeptdicas en el espacio que se denomina estructura secundaria, y da lugar a la formacin de hlices y lminas. Estas estructuras son bien notorias en las protenas fibrosas. Las cadenas polipeptdicas ordenadas en hlice y lminas adoptan adems conformaciones plegadas y compactas para dar lugar a la estructura terciaria de las protenas globulares. Una protena puede estar compuesta por una

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Bloque I ms cadenas polipeptdicas unidas no por enlaces covalentes. La forma en que estas cadenas se ordenan en el espacio se reconoce como la estructura cuaternaria de la protena. Las protenas poseen adems grupos especficos que son propios de la funcin que realizan, tal es el caso por ejemplo, de los grupos hemo de la hemoglobina. En el presente prctico se desarrollarn actividades que permitirn familiarizarse con la estructura de las protenas, su conformacin tridimensional y sus caractersticas. Utilizando ejemplos especialmente seleccionados se identificarn las estructuras mencionadas y se relacionarn con la funcin especfica y con las propiedades de las molculas. Descripcin: El prctico se desarrollar en la sala de cmputos de la facultad. Se desarrollarn actividades individuales o grupales de visualizacin tridimensional y anlisis de la estructura de varias protenas (hemoglobina, bacteriorodopsina, colgeno, y otras) utilizando el programa Rasmol 2.5, en su versin para Windows, que puede ser obtenido en forma gratuita en Internet. Los archivos necesarios para la prctica los encontrar en la pgina de la ctedra de QBI. Se identificarn diferentes AAs ya sea en forma individual o por caractersticas comunes (hidrofobicidad, carga, etc.), se visualizarn las diferentes estructuras secundarias y su disposicin en protenas fibrosas y globulares. Se estudiar la relacin de las protenas con el agua, y se identificarn distintos sitios relacionados con la funcin de la protena. Visualizacin por computadora. Ejecute el programa (Rasmol.exe). Abra los archivos indicados y siga las instrucciones para cumplir con las consignas requeridas a continuacin (le recomendamos consultar con las descripciones de las protenas que aparecen en su libro de texto para aprovechar mejor la clase): 1: Hemoglobina Visualice la hemoglobina en el modo esqueleto (display backbone) para identificar las cadenas polipeptdicas. Pulse el botn izquierdo del ratn y rote la molcula en la forma que desee para apreciar su conformacin 3D. Pida la secuencia (show sequence) y analcela siguiendo la descripcin del libro. Determine el nmero de sitios de corte por digestin trptica (select <cdigo de tres letras del aa>). Y por digestin con bromuro de ciangeno. Tenga en cuenta que luego de seleccionar los AAs apropiados es conveniente colorearlos para poder observar su posicin. Seleccione los grupos hemo (select ligand) y presntelos como space filling (display space filling). Rote nuevamente la molcula y observe la disposicin de los mismos. Seleccione las molculas de agua asociadas a la protena (select water), colorelas (color red) (display spacefilling), y observe su disposicin en torno a la molcula proteica, relacione lo que ve con la funcin de la misma. 2: Colgeno Visualice la molcula de colgeno como esqueleto. Observe la estructura de la triple hebra. Seleccione y coloree consecutivamente y en distintos colores los aminocidos que componen las secuencias repetitivas de la molcula (Gly, Pro, Hyp). Ample la imagen (zoom 200).

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Bloque I Analice la estructura del esqueleto carbonado de las hlices y la ubicacin de los grupos R de los AAs que las componen. Para esto restrinja el anlisis a los restos de hidroxiprolina (restrict hyp). Visualcelos como balls&sticks. Seleccione los grupos R de la Hyp (select sidechain). Visualcelos como spacefilling. Colorelos como cpk. Relacione con la descripcin en su libro de texto. Repita los comandos anteriores para los restos de Pro. Finalmente observe la cantidad y disposicin de las molculas de agua asociadas a la molcula. 3: Bacteriorodopsina Visualice la estructura como cintas. Cul es la estructura secundaria de la protena?. Seleccione los enlaces por puente de hidrgeno. Analice la disposicin de los mismos. Cul cree que es la funcin de los mismos? Seleccione las hlices de la molcula y colorelas de verde. Presntelas como cintas. Observe cuidadosamente la estructura en cuanto a la disposicin de la hlices. Seleccione los AAs hidrofbicos, colorelos de amarillo. Relacione el resultado con la ubicacin de la molcula en la membrana bacteriana. Seleccione el grupo retinal (select ligand). Presntelo como spacefilling. Seleccione las molculas de agua y mustrelas como spacefilling. Discuta sobre la cantidad y disposicin de las mismas en relacin a lo visto anteriormente para la hemoglobina. 4: Ribonucleasa Realice un anlisis similar con la molcula de ribonucleasa ubicando las uniones por puente de hidrgeno, los puentes disulfuro, las hlices, las lminas, etc. Otros ejemplos interesantes son la queratina para ver la estabilizacin de las hebras por puentes de hidrgeno, o la porina para ver una curiosa estructura de lminas de una protena integral de membrana. Se puede apreciar claramente en este caso la forma de canal de la molcula. Si lo desea puede adems consultar el Protein Data Bank (PDB) en http://www.rcsb.org/pdb/searchlite.html para buscar la estructura de alguna otra protena que resulte de su inters. Realice la bsqueda por nombre, seleccione la estructura correspondiente entre las que existen en la base, y pida ver la estructura. Recuerde especificar que debe descargarse para se leda por Rasmol. Le recomendamos guardarla en disco. Suerte! Bibliografa: Lehninger, A.L.(1991). Bioqumica, 2da. edicin, Ediciones Omega S.A. RasMol v2.5. (1994). Copyright Roger Sayle (http://mc2.cchem.berkeley.edu/Rasmol/) Apndice de ayuda: CPK Colours: The RasMol cpk colour scheme is based upon the colours of the popular plastic spacefilling models which were developed by Corey, Pauling and later improved by Kultun. This colour scheme colour `atom' objects by the atom (element) type. This is the scheme conventionally used by chemists. The assignment of element type to colours is given below. Carbon light grey

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Bloque I Oxygen Hydrogen Nitrogen Sulphur Phosphorous Chlorine Bromine, Zinc Sodium Iron Calcium, Metals unknown Comandos ms comunes: select expression select all select hydrophobic select polar select alpha select helix select sheet select ligand select water select DNA select at select cg select 14 select 14,21 select 14-21 select 14-21,35 select atomno=1259 select arg select arg43 select arg43.ca select arg.ca select *.cb select arg.c?? select *.?e? result selects everything selects all hydrophobic resides selects all polar resides selects all -carbons selects all resides in -helices selects all resides in -sheets selects ligands selects water molecules selects DNA atoms selects adenine and thymine selects cytosine and guanine selects reside number 14 selects reside numbers 14 and 21 selects reside numbers 14 through 21 selects reside numbers 14 through 21 and 35 selects atom number 1259 selects all arginine resides selects arginine 43 selects C of arginine 43 selects all C atoms of arginines selects all C atoms selects all carbon atoms of arginines selects epsilon atoms of all residues (the 2nd ? is required because some residues have e1 and e2) selects all atoms within 8.0 of all serine residues selects all atoms within 6.0 of residues numbers 14 through 21 and 35 red white light blue yellow orange green brown blue purple dark grey deep pink

select within (8.0, ser) select within (6.0, 14-21,35)

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