Crise e Revisão Do Conceito de Gene

scienti zudia, So Paulo, v. 8, n. 1, p.
93-128, 2010
A gentica em transformao: crise e reviso do conceito de gene

Leyla Mariane Joaquim & Charbel Nio El-Hani
O conceito de gene tem desempenhado um papel central na biologia desde sua introduo, no incio do sculo xx. Contudo, ao longo do seu desenvolvimento histrico, o conceito tem sido objeto de controvrsia crescente, inicialmente na filosofia da biologia e, depois, na prpria biologia. Desafios ao conceito de gene tm levado a uma dificuldade de preservar o chamado conceito molecular clssico, de acordo com o qual um gene um segmento do DNA que codifica um produto funcional (polipeptdeo ou RNA). As ltimas trs dcadas de estudos experimentais levaram a achados como genes interrompidos, emenda (splicing) alternativa, o chamado DNA-lixo, sequncias TAR, pseudogenes, regulao ps-transcricional, RNAi e RNAsi, entre outros, os quais colocaram dificuldades inesperadas compreenso usual do conceito de gene. Neste artigo, discutiremos os principais achados experimentais que desafiaram o conceito molecular clssico de gene. Daremos destaque, em particular, a avanos recentes, que tiveram lugar no Projeto Genoma Humano (PGH) e na Enciclopdia de Elementos de DNA (Encode). Atualmente, clara a necessidade de uma anlise e reformulao cuidadosa desse conceito central para o pensamento biolgico. Muitos filsofos da biologia e bilogos, na tentativa de organizar a variedade de definies de gene, apresentaram vises interessantes a respeito desse conceito e de seu papel no conhecimento biolgico, assim como propostas de reviso conceitual, que tambm abordaremos neste artigo. Conclumos que uma definio nica de gene no possvel ou necessria. Ao contrrio, o pluralismo de modelos e conceitos provavelmente mais poderoso, desde que os domnios de cada conceito ou modelo sejam claramente definidos. Palavras-chave Gene. Conceito molecular clssico. Desafios. Projeto Genoma Humano. Encode.
resumo
Introduo
Entre os filsofos da biologia e, mais recentemente, entre os prprios bilogos, h uma viso compartilhada de que o conceito de gene se defronta com grandes dificuldades (cf. Falk, 1986; Fogle, 1990, 2000; Griffiths & Neumann-Held, 1999; Moss, 2001, 2003; Neumann-Held, 2001; Keller, 2002, 2005; Leite, 2006; Neumann-Held & RhemannSutter, 2006; El-Hani, 2007; Waizbort & Solha, 2007; El-Hani; Queiroz & Emmeche, 2009). Este artigo discute os principais achados empricos que levaram crise do conceito de gene, por terem tornado evidente a diversidade estrutural do gene molecular, sobretudo em eucariotos, levando dissoluo da ideia de genes como unidades de
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estrutura e/ou funo. Em particular, abordaremos os avanos recentes que tiveram lugar nos contextos do Projeto Genoma Humano (PGH) e da Enciclopdia de Elementos de DNA (Encode). importante ter clareza de que a crise do conceito de gene refere-se, na verdade, a um modelo especfico dos genes e de suas funes nos sistemas biolgicos, expresso no chamado conceito molecular clssico, de acordo com o qual um gene um segmento de DNA que codifica um produto funcional (polipeptdeo ou RNA). Abordaremos os estudos experimentais que conduziram s dificuldades enfrentadas pelo conceito molecular clssico de uma perspectiva histrica, com o intuito de entender como eles desafiaram esse modo usual de compreender o gene. importante lembrar que os campos da gentica e biologia molecular desenvolvem-se rapidamente e, portanto, acaba sendo imprescindvel o tratamento de achados bastante recentes. Isso nos obriga a fazer uma histria do presente, mesmo reconhecendo as dificuldades de tal tarefa, como nos alerta Keller:
(...) camos em todos os tipos de armadilhas ao tentarmos ser historiadores do presente. Mas, talvez, a mais sria, especialmente em tempos excitantes como o nosso, que a histria pode acontecer muito mais rpido do que um acadmico (pelo menos, um acadmico como eu) pode escrever (Keller, 2005, p. 3).
Destacaremos dois projetos recentes que renem importantes achados da bioqumica e biologia molecular das ltimas dcadas: o Projeto Genoma Humano (PGH) e a Enciclopdia de Elementos de DNA (Encode). O pgh teve efeitos surpreendentes sobre o pensamento biolgico, trazendo, em particular, suspeitas com relao viso reducionista predominante na biologia da segunda metade do sculo xx, algo inesperado em um projeto que era, em boa medida, uma culminao do reducionismo (cf. Keller, 2002). Esse megaprojeto, realizado por meio de uma iniciativa pblica e uma privada, constituiu um esforo mundial para a anlise do genoma humano. No site oficial do projeto, h um link para pesquisas educacionais no qual encontramos um glossrio.1 No glossrio, a definio encontrada para gene a seguinte:
A unidade fsica e funcional fundamental da hereditariedade. Um gene uma sequncia ordenada de nucleotdeos localizada em uma posio particular em um cromossomo particular que codifica um produto funcional especfico (isto , uma protena ou molcula de RNA).
1 Cf. <http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/glossary/glossary_g.shtml>.
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A definio de gene encontrada no glossrio associado ao pgh pode ser considerada conservadora, na medida em que constitui um claro exemplo de uso do conceito molecular clssico.2 De acordo com a definio, o gene uma unidade hereditria que possui estrutura, funo e localizao definidas. Essa concepo sobrepe o conceito mendeliano de unidade hereditria ao conceito molecular clssico (cf. Fogle, 1990), atualizando em termos moleculares, desse modo, uma viso sobre a existncia de uma unidade bsica da herana particulada que anterior ao prprio conceito de gene, sendo encontrada, por exemplo, no uso que Mendel fez de termos como fator. Conforme argumentaremos ao longo deste artigo, uma srie de achados experimentais tornou esta definio de gene cada vez mais problemtica. Contudo, o fato de que, na virada do sculo xx para o sculo xxi, encontremos a mesma definio no glossrio de um projeto de tal magnitude mostra a tentativa de ainda manter a ideia da unidade estrutural e funcional, mesmo diante dos desafios noo de tal unidade no genoma. A tendncia de identificar o gene com uma unidade no DNA que codifica para alguma funo tem lugar no contexto de um hibridismo conceitual que confunde as ideias de codificao, regulao e funo. Defenderemos, portanto, que evidente a necessidade de uma anlise cuidadosa e de uma reformulao de nossa compreenso do conceito de gene. O Encode, por sua vez, um consrcio pblico de pesquisa lanado pelo Instituto Nacional de Pesquisa do Genoma Humano (NHGRI, do ingls), em setembro de 2003, com o intuito de identificar todos os elementos funcionais do genoma humano. Por conta do sucesso inicial do projeto Encode, em setembro de 2007, o NHGRI incentivou um maior desenvolvimento do projeto. O Encode est organizado como um consrcio aberto3 e inclui pesquisadores4 de diversos campos da investigao e, recentemente, completou a caracterizao de 1% do genoma humano, utilizando diversos experimentos e tcnicas computacionais para caracterizar os elementos funcionais (The Encode, 2007). Ao contrrio do que podemos concluir no caso do PGH, ao menos luz da definio de gene encontrada em seu glossrio, os cientistas do Encode no ignoram a necessidade de reviso de conceitos centrais da gentica, implicados pelos avanos das ltimas dcadas, em especial, do conceito de gene (cf. Gerstein et al., 2007; Smith & Adkison, 2010). Antes pelo contrrio, eles tm feito propostas para essa reviso. Ao discutir, mais abaixo, algumas reaes crise do conceito de gene, consideramos as propostas que surgiram do Encode.
2 Como veremos adiante, esta no a nica definio associada ao pgh que encontramos na literatura (cf. Venter et al., 2001). 3 Para a base de dados do encode: <http://www.genome.gov/10005107#4>. 4 Para os participantes do encode: <http://www.genome.gov/26525220>.
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1 O incio da crise: a atualizao da viso mendeliana

Um dos fatores que levaram crise do conceito de gene foi a atualizao da viso mendeliana dos genes como unidades no conceito molecular clssico. Nas dcadas de 1950 e 1960, ao mesmo tempo em que os achados da pesquisa molecular levantavam hipteses relevantes sobre a estrutura e o funcionamento dos genes, a noo do gene como unidade fundamental de funo e herana era mantida. A justaposio dos conceitos mendeliano e molecular foi resultado do esforo para manter a ideia de unidade da estrutura e funo diante dos primeiros achados da biologia molecular (cf. Fogle, 1990). Os problemas enfrentados pela noo de unidade comearam j em 1961, quando Jacob e Monod (1961) revolucionaram a compreenso da funo e regulao gnicas com o modelo do operon lac. A partir desse modelo, passou-se da ideia, que havia dominado a gentica clssica, de que os genes simplesmente agiam para a ideia de que os genes deviam ser ativados, podendo encontrar-se, portanto, em estado inativo na clula (cf. Keller, 2002). Outros avanos-chave do modelo residiam na distino entre os genes estruturais e os genes regulatrios e na ideia de que o DNA apresenta, alm de genes, regies regulatrias que no so transcritas, mas esto relacionadas regulao da transcrio (cf. Falk, 1986; Fogle, 1990; Keller, 2002). O operon lac encontrado em algumas bactrias entricas isto , que vivem no intestino de animais , como a Escherichia coli, e inclui trs genes adjacentes e trs sequncias regulatrias, um promotor, um terminador e um operador. Entre os fatores que regulam o operon lac, temos a disponibilidade de lactose. O mecanismo de regulao do operon envolve uma protena regulatria denominada repressor lac, que inativa a sntese de RNAs que codificam para enzimas que cumprem diferentes papis no processo de digesto da lactose. O gene que codifica o repressor encontra-se prximo ao operon lac, mas em outra regio do DNA, e sempre expresso. Se no h lactose no meio em que vive a bactria, o repressor se mantm fortemente ligado ao operador e inibe a sntese das enzimas envolvidas na digesto da lactose. Se a bactria cresce na presena de lactose, um metablito da lactose, chamado de alolactose, ligase ao repressor, causando uma mudana em sua forma, o que impede que ele se ligue ao operador. Assim, as enzimas envolvidas na digesto da lactose so produzidas. Em princpio, a distino entre genes estruturais e regulatrios no foi tomada como um desafio de fato ao gene molecular clssico, visto que a regulao tambm envolve sntese proteica, no parecendo haver problemas em considerar os genes regulatrios como unidades estruturais e funcionais (cf. El-Hani, 2005). Entretanto, o modelo do operon leva a questes importantes sobre a natureza, a estrutura e a funo dos genes. Considere-se, primeiro, que nos operons bacterianos produzido um nico RNAm policistrnico, isto , um nico RNAm para todos os genes includos em um
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operon. A traduo sequencial deste RNAm resulta, ento, nos diferentes polipeptdeos (Jacob & Monod, 1961). Isso levanta questes relativas ao que deve contar como gene em um operon: no operon lac, por exemplo, os trs genes estruturais e o gene regulatrio podem ser vistos como uma mensagem unitria que resulta em um produto. Desta perspectiva, o operon corresponderia a um nico gene. Alternativamente, cada gene pode ser tratado, separadamente, como uma unidade. Este problema, que tambm encontrado em eucariotos, comeava a mostrar, desde o comeo da biologia molecular, uma dificuldade que s cresceria com os avanos dos estudos experimentais: como identificar quais so os genes ao longo dos cromossomos? Considere-se, agora, um problema ainda mais difcil colocado pelo modelo do operon: qual o status do operador e do promotor? Eles tm funes, so herdveis, sofrem mutaes, influenciam o fentipo e evoluem. H, assim, muitas propriedades compartilhadas entre as unidades genticas e as regies no DNA, as quais, entretanto, no so consideradas genes, simplesmente porque no so transcritas. Por isso, os operons passaram a ser chamados de regio operadora e stio promotor. Torna-se claro que h certa medida de arbitrariedade envolvida em distinguir unidades genticas e no genticas, diante do grande nmero de propriedades compartilhadas entre os elementos destas duas classes. Portanto, elementos regulatrios, especialmente aqueles mais distantes, tornaram problemtico o conceito de gene como um locus gentico compacto, ou seja, como uma unidade estrutural e funcional bem definida, claramente demarcada (cf. Gerstein et al., 2007). Adicionalmente, hoje em dia sabe-se que muitos elementos regulatrios podem ser encontrados dentro do primeiro xon, dentro de ntrons ou no corpo inteiro de um gene (cf. The Encode, 2007; cf. Gerstein et al., 2007). Alguns desses elementos podem ser de fato transcritos. Assim, a nica diferena que permitia separar unidades genticas de elementos regulatrios tambm desaparece em alguns casos. No prprio operon lac, por exemplo, elementos regulatrios tambm residem em regies transcritas. Estes achados mostram que a situao ainda mais complexa do que se pensava na dcada de 1960, uma vez que torna ainda mais arbitrria a distino entre unidades genticas e no genticas, alm de tornar problemtica a prpria distino entre genes estruturais e regulatrios. Os desafios mais importantes ao conceito molecular clssico surgiram a partir de pesquisas em organismos eucariotos. Mesmo com todo o sucesso que a pesquisa em procariontes teve em desvendar os mecanismos de controle e regulao da clula, a partir da dcada de 1970 uma srie de estudos mostrou que os genes em organismos eucariotos so distintos em aspectos fundamentais daqueles encontrados nas bactrias. Diferentemente do DNA das bactrias, o DNA dos eucariotos est armazenado no ncleo, onde ocorre a transcrio, enquanto a traduo do RNA originado a partir do
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DNA tem lugar no citoplasma, mais precisamente nos ribossomos. Essa diferena entre procariontes e eucariotos pode parecer simples a um olhar menos atento. Entretanto, ela promove um significativo aumento em nmero e complexidade das etapas dos processos envolvidos na ao gnica. O RNA entra em cena como um elemento atuante em diversas dessas etapas, permitindo a ocorrncia de uma imensa gama de processos de controle celular que incidem sobre RNAs. Nas sees seguintes, discutiremos achados da pesquisa em eucariotos que resultaram em anomalias em relao viso do gene como unidade estrutural e funcional no DNA.
2 Os limites de um gene
Fogle (1990) discriminou quatro modelos estruturais de gene (que chamou de modelos A, B, C e D) e mostrou como todos eles j fracassavam quela poca, diante dos achados sobre os genes e seu funcionamento (Figura 1). Ao longo de nossa argumentao, estes modelos sero usados para auxiliar a discusso sobre os principais achados das ltimas dcadas e sobre como eles desafiam o conceito molecular clssico de gene (cf. El-Hani, 2007).
Sinais de transcrio e reguladores Sequncia lider e trailer, no-codificantes. xons codificantes. Regio transcrita.
Modelos A B C D
... ... ...
...
Figura 1. Quatro modelos estruturais para um gene codificador de protenas (Fogle, 1990). As linhas slidas representam as reas includas em cada modelo.
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O modelo A incorpora uma tentativa de romper com a distino entre unidades (genticas) e no unidades, eliminando o problema da arbitrariedade discutido acima. Este modelo o mais inclusivo, porque insere nos limites do gene todas as sequncias cis-regulatrias (isto , que regulam a expresso gentica e encontram-se na mesma fita de DNA dos genes que regulam). Entendido dessa maneira, o gene inclui a regio transcrita mais qualquer sequncia que influencie a transcrio, como promotores, enhancers, silenciadores, terminadores e reguladores, entre outros. A incluso de muitos tipos diferentes de elementos regulatrios, que operam em combinaes complexas, gera problemas para a delimitao dos genes. O primeiro problema diz respeito distncia entre os elementos regulatrios e os genes regulados. H sequncias cis-regulatrias cuja ao independente da proximidade das sequncias codificantes, como no caso de enhancers e silenciadores. Isso torna difcil a demarcao das fronteiras de um gene. Outro agravante que h cooperao entre sequncias cis-regulatrias, o que dificulta a deciso de quais fatores devemos incluir e quais excluir de um gene. H ainda vrios genes que dependem da mesma sequncia cis-regulatria, o que faz com que o modelo A aumente substancialmente a superposio de genes no genoma. A concluso a que podemos chegar que um modelo estrutural do gene completamente inclusivo fracassa diante das dificuldades e arbitrariedades da deciso quanto incluso de sequncias cis-regulatrias. Fogle apresenta o modelo B como um meio de contornar os problemas do modelo totalmente inclusivo. Neste caso, considera-se que os limites estruturais do gene so definidos pelo processo de transcrio. O modelo sugere uma relao entre a unidade proposta e a informao necessria para a sntese de um polipeptdio. Esta noo de gene amplamente aceita e, por essa razo, merecer ateno especial. O modelo B fracassa diante do fato de que os transcritos podem resultar em mais de uma unidade de informao pela gerao combinatria de sequncias, devido existncia de genes interrompidos e ocorrncia do splicing alternativo, que uma anomalia que se contrape ao gene molecular clssico, porque rompe com a relao 1:1:1 entre gene, produto gnico (transcrito ou polipeptdeo) e funo. Como veremos na prxima seo, esses fenmenos resultam em uma relao de uma regio no genoma para muitos transcritos e muitas funes, colocando dificuldades para a compreenso dos genes.
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2.1 Mltiplos transcritos a partir de uma nica sequncia de DNA 2.1.1 Genes interrompidos, DNA-lixo e sequncias TAR
Os bioqumicos norte-americanos David Glover e David Hogness, da Stanford University School of Medicine, foram os primeiros a relatar, em fevereiro de 1977, que os genes eucariticos codificadores de RNAs ribossomais so interrompidos. No mesmo ano, vrios pesquisadores, como Richard Roberts do Cold Spring Harbour Laboratory (EUA), Philip Sharp, do Massachusetts Institute of Technology (MIT, EUA), e Pierre Chambon, do Centre National de La Recherche Scientifique (CNRS, Frana), mostraram independentemente que organismos eucariticos apresentam genes interrompidos, ou seja, que o DNA nesses organismos no contnuo, como na maioria das bactrias. Roberts e Sharp mostraram que genes virais codificadores de protenas estruturais tambm contm interrupes. Esses achados foram de suma importncia, porque indicaram que os mecanismos de processamento da informao gentica poderiam ser muito mais complexos do que se suspeitava anteriormente e, alm disso, abriram novos caminhos para a pesquisa, transformando substancialmente nossa compreenso dos genes (cf. Waizbort & Solha, 2007). Foi s um ano depois, em 1978, que Walter Gilbert chamou as regies no codificadoras que interrompiam os genes eucariticos de ntrons e as regies codificadoras, de xons, e postulou que, diante dos ntrons, o dogma um geneuma cadeia polipeptdica teria desaparecido (cf. Gilbert, 1978). Na ausncia de conhecimento sobre as funes das regies intrnicas, foi proposto inicialmente que elas seriam um DNA-lixo (cf. Ohno apud Keller, 2002). Isso foi enfatizado pelo subsequente sequenciamento do genoma humano, no qual foi mostrado que somente cerca de 1,2% das bases de DNA constituem xons codificantes e, portanto, que a maior parte do genoma seria feita desse suposto DNA-lixo (cf. Lander et al., 2001; Venter et al., 2001). As consequncias dos ntrons para o conceito de gene, bem como os novos achados, no pararam por a. A estrutura descontnua dos genes eucariticos permite que um gene esteja completamente contido dentro de um ntron de outro gene, ou permite que um gene se sobreponha a outro na mesma fita sem compartilhar qualquer xon ou elemento regulatrio. Isso cria srias dificuldades para a considerao do gene como uma entidade discreta, na medida em que h genes superpostos e genes aninhados (nested genes). Assim, os genes no so nem contnuos nem discretos no s pelo fato de que elementos regulatrios distantes e, muitas vezes, compartilhados so requeridos para a expresso gnica, mas tambm pela ocorrncia de genes superpostos e aninhados.
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A existncia dos ntrons parece ser uma fonte inesgotvel de desafios a concepes tradicionais sobre o que um gene. Estudos recentes chamaram a ateno para uma descoberta no mnimo intrigante, que coloca em xeque toda a noo do que gnico e do que intergnico (The Encode, 2007). Alguns estudos dos cromossomos 21 e 22 indicaram que grandes quantidades de DNA anteriormente tratado como lixo so de fato transcritas, mostrando que muito mais do que os xons so transcritos no genoma (cf. Kapranov et al., 2002). Podemos dizer que h menos distines entre as regies gnicas e as intergnicas do que se pensava anteriormente. Neste contexto, o chamado DNA-lixo, que corresponde maior parte do genoma, no mais considerado desprovido de funo, como se pensava anteriormente. A funo de grande parte dessas regies transcrever ncRNA (RNA no codificante), com funo regulatria, entre outras (ver a prxima seo). Essas regies passaram a ser chamadas, ento, de regies transcricionalmente ativas (TARs, transcriptionally active regions). No foram somente genes de ncRNA que foram localizados em ntrons de genes codificantes, mas tambm pseudogenes transcritos, como veremos mais adiante. No se pode, assim, perder de vista, em termos funcionais, sequncias como os ntrons, porque muitas delas podem influenciar a expresso de seus genes hospedeiros, tanto direta quanto indiretamente. Um aspecto interessante sobre as chamadas TARs que o nmero delas varia bastante entre as espcies, ao contrrio do nmero de genes que, como sabemos, no varia muito. Humanos possuem nmeros de genes semelhantes a outras espcies, mas nmeros de TARs superiores. Com base nisso, tem-se concludo que as sequncias podem ter um papel chave na explicao de diferenas entre as espcies e, portanto, o antigo DNA-lixo est muito longe de ser descartado de estudos futuros, na medida em que pode ter importante papel evolutivo (cf. Gerstein et al., 2007). Em suma, apesar de no termos ainda bons modelos para os papis funcionais dessas regies comumente chamadas de intergnicas, no podemos ignorar o fato de que elas contm muitas sequncias altamente conservadas ao longo da evoluo. Se uma sequncia altamente conservada, isso pode significar que ela cumpre alguma funo importante para a sobrevivncia e reproduo bem sucedidas dos organismos, mesmo que essas funes ainda no tenham sido identificadas (cf. Gerstein et al., 2007). Os achados sobre TARs, DNA-lixo, regies gnicas e intergnicas, de modo geral, sugerem que nosso conhecimento da associao entre sequncias de DNA e funes inadequado, e que muitos estudos sobre essas regies so atualmente necessrios. Tais estudos no podem economizar na cautela com relao noo cada vez mais problemtica de unidades genticas, uma vez que, afinal, os genes parecem estenderse para o espao intergnico.
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2.1.2 Splicing alternativo
Como vimos, desde 1978, considera-se que os genes interrompidos contm regies codificantes (xons) e no codificantes (ntrons), sendo estas ltimas retiradas durante o processamento de RNA. O DNA transcrito em uma molcula de RNA precursora longa, a qual precisa ser processada, o que envolve, entre outros processos, a retirada dos ntrons. A partir do RNA precursor, gerado o RNA mensageiro maduro, o qual traduzido em protena. A retirada dos ntrons durante o processamento pode ocorrer de formas alternativas, o que implica que pode ser gerada mais de uma protena por gene. Esse fenmeno denominado splicing alternativo. A variabilidade em padres de splicing aumenta o nmero de protenas expressas por uma regio codificante de DNA eucarioto. Assim, no splicing alternativo, vrias unidades de mensagem so construdas antes da formao do produto e, portanto, antes de a sequncia de DNA exercer sua funo. Nesse sentido, a sequncia transcrita atua como vrias unidades de estrutura e funo. Se diferentes protenas podem ser geradas, difcil sustentar a ideia de que genes seriam unidades estruturais e/ou funcionais. A relao entre gene, produto gnico e funo no de 1:1:1. O splicing alternativo desafia o conceito de gene de forma muito substancial pelo fato de ser bastante comum. Ele conduz a uma significativa expanso do proteoma de metazorios e considerado um dos grandes responsveis pela complexidade funcional do genoma humano, porque permite que grande diversidade proteica coexista com um nmero relativamente limitado de genes. difcil estimar a frequncia dos processos de splicing alternativo nos organismos, porque eles ocorrem, na maior parte das vezes, em momentos precisos do desenvolvimento e em tecidos especficos. Estima-se que a mdia do nmero de transcritos diferentes de RNA por locus bem maior do que um, chegando a 5,4 transcritos/locus (cf. Gericke & Hagberg, 2007). Modrek e Lee (2002) chegam a relatar que de 35 a 59% dos genes humanos sintetizam RNAs que sofrem splicing alternativo. Mesmo que uma poro significativa das variantes preditas de splicing no seja funcional (Sorek et al., 2004), ainda assim o caso de que o splicing alternativo um dos componentes mais significativos da complexidade funcional do genoma dos metazorios. Para responder ao problema do splicing alternativo, Fogle (1990) props o modelo C (Figura 1), o qual incorpora a hiptese de que os genes correspondam, de fato, aos xons ou a conjuntos de xons que compartilham um transcrito comum.5 Portan5 Cf. Epp (1997). Esta definio de gene foi usada por Venter et al. (2001, p. 1317) em um dos artigos que apresentou um esboo da sequncia do genoma humano: Um gene um locus de xons cotranscritos. Um nico gene pode dar
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to, as unidades no DNA seriam de menor tamanho, em comparao com os modelos anteriores, A e B. Desse modo, mesmo diante do splicing alternativo, o conceito de gene como unidade estrutural poderia ser salvo. O modelo C considera os xons como unidades estruturais no genoma e, assim, mantm a ideia de que o gene uma unidade. Porm, o modelo C enfrenta o problema de que h padres de splicing que resultam em transcritos que diferem entre si pela presena ou ausncia de xons correspondendo a sequncias trailers. Pode-se propor, ento, um novo modelo, D, que modifica o modelo C, enfocando estritamente a regio codificante e desconsiderando qualquer diferena no comprimento do transcrito oriunda de regies no codificantes. Assim, a sequncia no codificante (trailer) torna-se irrelevante. Porm, o splicing alternativo pode afetar tambm a regio codificadora dos xons, gerando produtos gnicos multifuncionais, como mostraram Schultz e colaboradores (Schulz et al., 1986), em um estudo do gene Eip 28/29 de Drosophila (cf. Fogle, 1990). Portanto, o modelo D tambm fracassa. Fogle conclui que nenhum dos modelos estruturais analisados por ele podia ser sustentado diante dos achados dos estudos moleculares sobre os genes de vinte anos atrs. Se tratarmos esses modelos, como parece plausvel fazer, como o conjunto completo dos possveis modelos estruturais de gene, podemos ver por que a ideia do gene como unidade estrutural est em crise. Contudo, a existncia de padres de splicing que afetam xons codificantes pode ser vista como um fato que mostra apenas que o modelo D no inteiramente geral. Como na biologia modelos inteiramente gerais, ou universais, so raros, se que existem, a ausncia de generalidade no parece ser um problema grave para o modelo D, que poderia ser considerado til, apesar das excees. Tal concluso s seria correta, no entanto, se no houvesse muitos desafios adicionais ao conceito molecular clssico, como superposio de genes, trans-splicing, edio de mRNA etc. (cf. Falk, 1986; Portin, 1993; Fogle, 1990; Pardini & Guimares, 1992; Griffiths & Neumann-Held, 1999; Keller, 2002). Com o splicing alternativo, ficou claro que os genes no so unidades simples de hereditariedade e funo, uma vez que um locus gnico pode codificar para mltiplos transcritos de mRNA diferentes. Entretanto, o splicing alternativo no o nico meio pelo qual a clula produz protenas variantes e, portanto, est longe de ser o nico problema a resolver na tentativa de salvar a noo de unidade.
origem a transcritos mltiplos e, assim, a protenas distintas mltiplas com mltiplas funes, por meio de splicing alternativo e stios de iniciao e terminao de transcrio alternativos. Esta definio de gene proposta, portanto, por causa dos desafios ao modelo B de Fogle, mas no levam em considerao os problemas enfrentados pelo modelo C (ver abaixo). Vimos acima que, em um glossrio associado ao PGH, o conceito molecular clssico de gene continua sendo usado, o que sugere que essa compreenso diferente dos genes pode ser uma caracterstica prpria da equipe de Venter.
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Sequncias de DNA podem ser transcritas em mais do que um transcrito de RNA primrio e, consequentemente, em diferentes mRNAs chamados de isoformas de transcritos, as quais podem ser produzidas de vrias maneiras, por exemplo, mediante o uso de diferentes locais de incio de transcrio (transcription start sites, TSS), ou usando regies promotoras de loci gnicos completamente diferentes. H tambm o fenmeno de trans-splicing, no qual ocorre a ligao de duas molculas de RNA separadas em um nico transcrito maduro, as quais podem ter sido originadas de fitas de DNA opostas, ou at mesmo de cromossomos diferentes. Adicionalmente, so tambm conhecidos cerca de 200 tipos diferentes de modificaes ps-traducionais. Todos esses achados colocam dificuldades adicionais para a ideia de uma relao 1:1:1 entre gene, produto gnico e funo. Nas sees seguintes, examinaremos resultados empricos mais recentes que trazem ainda mais desafios ao gene molecular clssico.
3 A complexidade dos mecanismos de expresso gnica

Como vimos, o estudo da natureza da expresso gnica aponta para importantes dificuldades quanto ideia do gene como unidade de estrutura/funo. A ideia de que o gene uma unidade de funo est baseada na noo de que um gene produz um polipeptdio que, por sua vez, tem uma funo singular. Entretanto, a complexidade da expresso gnica, que altamente dependente do contexto celular, torna bastante difcil manter a ideia de uma relao nica entre um gene e sua funo. A complexidade da expresso gnica est especialmente relacionada ao grande nmero de processos vinculados regulao. Entre as dificuldades que os processos regulatrios acarretam para as noes simples de funo gnica est, como j mencionamos, a prpria distino entre genes estruturais e regulatrios. J em 1986, Falk relatava que, quanto mais se sabia sobre a atividade de regulao gnica, mais ficava claro que a distino entre genes estruturais e regulatrios pode ter no mximo um significado instrumental, ou seja, tal distino apenas uma ferramenta para auxiliar na compreenso dos fenmenos. De l para c, as dificuldades que os processos de regulao gnica acarretam para a concepo de gene como unidade de estrutura/funo s aumentaram. Sabemos hoje que existe uma grande diversidade de RNAs que no havia sido detectada at pouco tempo (cf. Ruvkun, 2001), dos quais muitos tm papis regulatrios. A recente descoberta desses transcritos no codificantes, coletivamente chamados de transcritos de funo desconhecida (transcripts with unknown function TUFs), tem confundindo ainda mais os limites fsicos das regies gnicas e a compreenso da organizao do genoma. Sequncias de transcritos no codificantes frequentemente
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sobrepem-se a genes codificadores de protenas na mesma fita ou em fitas opostas do DNA . Alm disso, essas sequncias so frequentemente localizadas em regies intergnicas (cf. Gingeras, 2007). A seguir, com o intuito de exemplificar a complexidade dos mecanismos regulatrios da expresso gnica, descreveremos duas classes de RNAs no codificantes, os microRNAs e os siRNAs. Escolhemos esses transcritos por eles representarem bem a classe de importantes desafios atuais que a complexidade do reguloma o conjunto de componentes regulatrios celulares apresenta para as vises tradicionais sobre os genes, em especial, aquelas que tratam os genes como unidades de estrutura e/ou funo. Esses RNAs, devido aos seus papis relevantes no reguloma, recebem atualmente bastante ateno da comunidade cientfica.
3.1 Exemplos de regulao ps-transcricional: microRNAs e siRNAs
Os microRNAs e siRNAs no se distinguem pela sua composio qumica ou pelos seus mecanismos de ao, mas podem se distinguir quanto sua origem ou quanto aos genes que silenciam, isto , cuja expresso inibem. Os microRNAs derivam do DNA, enquanto os siRNAs podem derivar do DNA ou de transposons e vrus. Vamos detalhar brevemente cada um deles. Os microRNAs possuem cerca de 21-23 nucleotdeos e cumprem a funo de regular a expresso gnica. Alguns possuem expresso constitutiva, enquanto outros esto sujeitos a controle de expresso temporal-especfica e tecido-especfica. Ao invs de serem traduzidos em protenas (como o bem conhecido mRNA), eles so processados a partir de transcritos primrios, conhecidos como pr-microRNAs, de modo a apresentarem uma pequena estrutura do tipo stem-loop e, finalmente, para microRNAs funcionais. Os microRNAs maduros so apenas parcialmente complementares a um ou mais mRNAs. Essa classe de genes regulatrios encontra-se em partes do genoma que no codificam protenas, ou seja, esto escondidos no que era antigamente chamado de DNA-lixo. Isso ilustra como o uso das lentes do conceito molecular clssico, que restringe os genes a regies que codificam protenas, pode conduzir a classificar como lixo sequncias de imensa importncia, tais como as que codificam microRNAs. Afinal, longe de ser descartvel, a influncia dos microRNAs sobre a sntese proteica tem sido bem documentada nos ltimos anos. Trabalhos recentes mostram o grande impacto dos microRNAs no proteoma, como no caso, por exemplo, de um nico microRNA que tem, sozinho, capacidade de reprimir a produo de centenas de protenas (cf. Selbach et al., 2008; Baek et al., 2008). Isso significa que eles podem ter efeito direto ou indireto sobre o funcionamento de centenas a at milhares de genes.
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O nmero de microRNAs identificados continua crescendo. Pesquisadores esto explorando o funcionamento dos microRNAs e caracterizando a especificidade dos tecidos em que so encontrados, assim como as atividades de molculas individuais de microRNAs. Mudanas nos nveis de microRNAs tm sido correlacionadas com muitas doenas. Muitos trabalhos esto em andamento sobre os efeitos de expresses (baixas ou altas) de microRNAs especficos ao longo do desenvolvimento e na inibio de doenas, principalmente cncer, doenas do corao, desordens neurolgicas, diabetes, entre outras (cf. Glaser, 2009). Os siRNAs (do ingls small interfering RNAs) constituem uma classe de RNAs de fita dupla (dsRNAs, do ingls double strand RNAs). Os dsRNAs so importantes reguladores da expresso gnica em muitos eucariotos, sendo responsveis por diferentes tipos de silenciamento gnico (cf. Tuschl & Meister, 2004). Fire et al. (1998) mostraram que RNAs de fita dupla iniciam um processo de silenciamento gnico ps-transcricional hoje conhecido como mecanismo de ao do RNA de interferncia (RNAi). A comunidade cientfica tem reconhecido cada vez mais a importncia da regulao gnica por siRNAs. O siRNA desencadeia o fenmeno de RNAi quando protenas de encaminhamento de RNAi, que tm a sequncia complementar a um mRNA, ligam-se ao siRNA. O RNAi que foi direcionado pelo siRNA cliva o mRNA (alvo), silenciando, desse modo, a expresso gnica em um nvel ps-transcricional. MicroRNAs e siRNAs so apenas exemplos da complexidade dos processos de regulao gnica. A cada achado, a complexidade dos processos gnicos e a simplicidade do conceito molecular clssico ficam progressivamente incompatveis. O problema resultante dessas descobertas sobre os papis de RNAs regulatrios no novo: algumas definies de gene referem-se somente a sequncias codificantes de protenas, enquanto outras incluem regies que no codificam protenas. Portanto, os RNAs regulatrios so considerados genes luz de certas definies, e no o so luz de outras. Eles dramatizam a situao de anarquia em relao ao que devemos chamar de gene e a situao de expanso de entidades genticas cujo carter instrumental no pode ser mais disfarado. Adicionalmente, os RNAs regulatrios enfatizam a dependncia que a funo gnica tem do contexto celular, o que desafia no s a compreenso usual dos genes, mas tambm interpretaes comuns sobre seu papel nas clulas, que tendem a hiperbolizar o papel do DNA no controle do funcionamento celular e do desenvolvimento. O tempo e o local nos quais um dado conjunto de genes ou no ativado dependem crucialmente da regulao e a regulao no algo que os genes fazem, comandam ou programam, mas algo ao qual eles esto sujeitos (cf. El-Hani et al., 2006). As evidncias das pesquisas na gentica e na biologia molecular mostram, portanto, a necessidade tanto de uma reviso conceitual do que se entende por gene, quanto de uma reinterpretao do papel do gene no contexto celular.
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4 Pseudogenes
Pseudogenes so regies do DNA estruturalmente similares a genes, mas que no so transcritas. At recentemente, eram entendidos como sequncias no funcionais. Foram reconhecidos na dcada de 1970, quando cientistas comearam a tentar localizar regies cromossmicas associadas com a produo de molculas importantes. Ao procurarem pelos genes que codificavam determinadas protenas, os cientistas acabaram identificando sequncias de DNA que se pareciam com tais genes, mas no eram transcritas e, assim, no eram capazes de levar produo de protenas. Consequentemente, essas sequncias no eram funcionais e, embora possussem caractersticas de genes (como a presena de promotores e stios de splicing), foram chamadas de pseudogenes (cf. Gerstein & Zheng, 2006). Pseudogenes so formados por processos de duplicao e subsequente mutao de uma sequncia gnica, de modo que a cpia que sofreu mutao perde sua funo. Devido ancestralidade compartilhada com um gene funcional, pseudogenes contam, no entanto, histrias evolutivas. A maior parte dos pseudogenes era, de fato, entendida como cpia danificada de genes funcionais, que servia como fsseis genticos com papis na evoluo do genoma (cf. Gerstein & Zheng, 2006). Essas regies guardam grande semelhana com o gene original e so to comuns quanto as sequncias codificadoras de protenas (cf. Gerstein et al., 2007), mas, como no so transcritas, no so consideradas genes de acordo com o conceito molecular clssico, que trata os genes como unidades de estrutura e/ou funo. Assim, como no caso da descoberta de alguns segmentos de DNA que so transcritos, mas no traduzidos (genes de tRNAs, rRNAs etc.), os pseudogenes no pareciam, em princpio, afetar muito o conceito molecular clssico, visto que, como no eram transcritos, no havia problemas em no serem considerados gene, apesar de sua estrutura (cf. El-Hani, 2005). Entretanto, os pseudogenes mostraram-se mais complexos do que era esperado inicialmente. Evidncias recentes sobre a atividade dos pseudogenes sugerem que alguns no esto inteiramente inativos. Como mostram Balakirev e Ayala (2003), h muitas dcadas, os papis funcionais tm sido atribudos aos pseudogenes em fenmenos como a expresso gnica, a regulao gnica e a gerao de diversidade gentica. Por exemplo, resultados obtidos em estudos com ovcitos de ratas sugerem que siRNAs so derivados de pseudogenes transcritos, indicando que um dos papis dos pseudogenes ajustar os nveis de mRNA, atravs da interferncia de RNA. Ou seja, pseudogenes podem estar relacionados com a regulao gnica (cf. Tam et al., 2008; Watanabe et al., 2008). O achado de que pseudogenes podem ser funcionais traz novas dificuldades para a concluso de que eles no so genes. Este no um problema de pequena monta.
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Estima-se que cerca de 19% de todos os pseudogenes so, de fato, transcritos (The Encode, 2007). Assim, se estudos posteriores mostrarem que pseudogenes so tambm traduzidos, a distino entre genes e pseudogenes ficar insustentvel. Ao que tudo indica, estamos caminhando nessa direo. Por exemplo, o gene phosphoglicerato mutase 3 (PGMA3) considerado um pseudogene em humanos, mas um estudo mostrou que esse pseudogene produz protenas funcionais em chimpanzs (cf. Betrn et al., 2002). Trata-se, ento, de um gene ou de um pseudogene? Uma entidade pode ser considerada um pseudogene em humanos e um gene em chipanzs? Casos como este mostram claramente como pode ser arbitrrio chamar determinada sequncia de DNA de gene ou de pseudogene.
5 Algumas reaes crise do conceito

Os principais achados moleculares que desafiam o conceito de gene esto sumarizados na tabela 1. Diante da crise do conceito molecular clssico de gene, diversas reaes surgiram. Alguns autores, como Keller (2002), Gelbart (1998) e Portin (1993), argumentam at mesmo contra a manuteno do termo gene no vocabulrio biolgico. Keller, por exemplo, escreve que o gene um conceito problemtico e sugere que chegou o tempo de forjar novas palavras e deixar esse conceito de lado. Portin afirma que nosso conhecimento da estrutura e funo do material gentico ultrapassou a terminologia usada para descrev-lo e que pode ser o caso de que o termo gene no seja mais til. Outros autores, menos cticos, propem que preciso salvar o conceito de gene atravs de uma redefinio que no incorpore a ideia de genes como unidades bsicas da matria viva (cf. Fogle, 1990). O que se busca ter em vista, nesse caso, o fato de que descartar um conceito, que est presente tanto no discurso cientfico quanto na linguagem cotidiana, uma tarefa problemtica, talvez impossvel. Alguns autores apostam no esclarecimento da diversidade de significados do conceito de gene e fazem a partir desse esforo propostas para sua reformulao. A seguir, vamos discutir algumas das principais tentativas de salvar esse conceito central no pensamento biolgico. Daremos especial ateno busca por uma nova definio de gene em trabalhos recentes, produzidos no contexto do projeto Encode (cf. Gerstein et al., 2007) e por Scherrer e Jost (2007a, 2007b). Contudo, discutiremos brevemente uma srie de outras abordagens do conceito de gene que emergiram no contexto de sua crise. Aps ter proposto o abandono do conceito de gene, Keller (2005) reformulou sua posio, afirmando que o conceito de gene poderia ser mantido, mas apenas no contexto de uma compreenso das complexas redes informacionais que constituem a
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clula e, alm disso, de uma maneira mais dinmica. Para ela, o sculo xxi ser o sculo dos sistemas genticos, no do gene. Para que esse conceito no seja abandonado, ser preciso, ento, enfrentar os desafios colocados pela complexidade biolgica e construir novas maneiras de falar. Trata-se de compreender os complexos sistemas de interao entre os processos e as entidades que compem os sistemas vivos e, para isso, hbitos arraigados de pensamento e linguagem, que do prioridade s partes do sistema antes que ao sistema vivo como um todo, devero ser superados. Esses hbitos so muito problemticos quando genes so tomados como partes, porque genes no tm qualquer significado quando isolados. Keller trata a clula como um sistema de produo de significados que transforma sequncias de nucleotdeos em genes. Nestes termos, o conceito de gene pode sobreviver no sculo xxi, mas apenas se genes passarem a ser entendidos como verbos, e no mais substantivos.
Fenmeno Localizao e estrutura gnica Genes intrnicos Genes com quadros de leituras sobrepostos Descrio Um gene dentro de um ntron de outro. Uma regio de DNA pode codificar para dois produtos proteicos diferentes em diferentes trechos de leituras. Elementos regulatrios distantes. Consequncia Dois genes no mesmo lcus. No h correspondncia 1:1 entre DNA e sequncia proteica.
Enhancers e Silenciadores
Sequncias de DNA envolvidas em uma expresso podem estar amplamente separadas uma das outras no genoma. Portanto, genes no possuem fronteiras claras e se superpem se houver gene entre silenciador/enhancer e quadro de leitura. Adicionalmente, a relao entre genes e silenciadores/enhancers de muitos-para-muitos.
Variaes estruturais Elementos mveis Rearranjamentos gnicos/ variantes estruturais
Elementos genticos aparecem em novos locais ao longo das geraes.
Um elemento gentico pode no ser constante em sua localizao.
O rearranjamento do DNA ou splicing A estrutura gnica pode ser em clulas somticas resulta em diferente entre indivduos e prole, muitos produtos gnicos alternativos. e entre clulas/tecidos. O fentipo no determinado estritamente pelo gentipo.
Estrutura epigentica e cromossmica A informao herdada pode no ser Modificaes epigenticas, baseada na sequncia de DNA, imprinting uma expresso gnica depende da origem (maternal ou paternal) entre outros fatores.
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Efeitos da estrutura da cromatina A estrutura da cromatina, que influencia na expresso gnica, associada imprecisamente com a sequncia particular de DNA. A sequncia de DNA no suficiente para predizer o produto gnico. Eventos ps-transcricionais
Eventos ps-transcricionais Splicing alternativo de RNA
Um transcrito pode gerar mltiplos Mltiplos produtos a partir de um rnas mensageiros, resultando em locus gentico; a informao no DNA no linearmente relacionada com produtos proteicos diferentes. aquela da protena. Sequncias de DNA distantes podem Uma protena pode resultar de informaes combinadas codificadas em codificar transcritos ligados por mltiplos transcritos. diferentes combinaes. O RNA enzimaticamente modifica- A informao no DNA no codificada do, isto , enzimas atuam no proces- diretamente em sequncias de RNA. so de edio de partes do RNAm. Produtos proteicos se autoclivam e podem gerar produtos funcionais mltiplos. No s os transcritos mas tambm as protenas distintas podem sofrer trans-splicing Locais de incio e final de sequncias proteicas no so determinados pelo cdigo gentico Locais de incio e final de sequncias proteicas no so determinados pelo cdigo gentico.
Trans-splicing de RNA
Edio de mRNA
Eventos ps-traducionais Splicing de protenas
Trans-splicing de protena
Modificao proteica Pseudogenes e retrogenes Retrogenes
Protena modificada, alterando a A informao no DNA no codificada estrutura e funo do produto final. diretamente em sequncias proteicas. Um retrogene formado por transcrio reversa e pela insero de um produto de DNA em um genoma. O pseudogene transcrito. Fluxo de informao de RNA para DNA. Atividade bioqumica de elementos supostamente mortos.
Pseudogenes transcritos
Tabela 1. Fenmenos que apontam anomalias no conceito molecular clssico de gene. Adaptado de Gerstein et al., 2007.
Em perspectiva similar, El-Hani, Queiroz e Emmeche (2009) argumentam que o significado de um gene no est contido na sequncia de nucleotdeos do DNA, mas emerge como um processo que envolve o sistema pelo qual os genes so interpretados, incluindo a clula e, em uma srie de casos, o ambiente supracelular. Assim, genes no esto dados no DNA, mas so construdos pela clula. Esta viso , para esses pesquisadores, fundamental para o entendimento de que no o DNA que controla a clula,
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no o DNA que faz coisas com a clula, como se costuma ensinar, mas a clula que faz coisas com o DNA, que um repositrio de informao biolgica til, e no um catalisador de processos, ou um programa de desenvolvimento, ou um controlador da clula. Trata-se de uma molcula relativamente inerte, mas que constitui, sem dvida, um poderoso meio de transmisso e manuteno de informao nos sistemas vivos. a que reside a importncia do DNA, sendo importante no exagerar seu papel nos sistemas vivos, na medida em que isso obscurece as complexas redes de controle difuso que caracterizam os organismos, sejam unicelulares ou multicelulares. Pardini e Guimares (1992) propuseram um conceito sistmico de gene, de acordo com o qual o gene uma combinao de (uma ou mais) sequncias de cidos nucleicos (DNA ou RNA), definido pelo sistema (a clula inteira, interagindo com o ambiente) que corresponde a um produto (RNA ou polipeptdio) (1992, p. 713-7). Essa definio trata o genoma como parte do sistema celular, que constri, define e usa o genoma como parte do seu mecanismo de memria, como um banco de dados interativo (Guimares & Moreira, 2000, p. 249). Os autores ressaltam a dinmica da relao entre a informao codificada e o produto da sua codificao, que muito complexa e varia conforme as condies espaciais e temporais em que ocorre. Eles argumentam que o significado de um segmento de DNA relativo, dependendo do sistema de expresso gnica no qual ele est inserido. Assim, seu significado pode ser plural; e a natureza plural dos genes, particularmente nos eucariotos, origina-se da dependncia da expresso gnica com relao ao contexto celular e supracelular (cf. Pardini & Guimares, 1992; El-Hani, 2007). Griffiths e Neumann-Held (1999) levam mais longe a interpretao da dependncia da expresso gnica com relao ao contexto bioqumico em que ela ocorre, em seu conceito molecular processual de gene (process molecular gene concept) (cf. Neumann-Held, 2001). Esses autores propem que os genes no sejam tratados como meras sequncias no DNA, mas como todo o processo molecular subjacente expresso de um produto particular (um polipeptdio ou um RNA). Dessa perspectiva, o gene um processo que ocorre repetidas vezes e conduz expresso regulada de um produto polipeptdico particular. A proposta de Griffiths e Neumann-Held trata os genes, portanto, como processos, e no entidades fsicas no DNA. A natureza processual desse conceito torna possvel acomodar anomalias que o modelo molecular clssico tem dificuldade de enfrentar, tal como o splicing alternativo e a edio de mRNA. Afinal, o conceito de gene molecular processual simplesmente inclui no gene os processos de splicing alternativo e edio de mRNA (cf. El-Hani, 2007; Griffiths & Neumann-Held, 1999; Neumann-Held, 2001). Se, a partir da mesma sequncia de DNA, dois produtos proteicos foram sintetizados, em decorrncia de diferentes padres de splicing, estaremos frente a frente com dois genes moleculares processuais distintos.
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Este conceito tem, contudo, algumas consequncias que se afiguram problemticas (cf. Moss, 2001). Primeiro, torna-se bastante difcil individuar genes quando eles so tratados como processos, conforme proposto pelo conceito de Griffiths e NeumannHeld, em virtude da extrema dependncia da expresso gnica relativamente ao contexto. Segundo, esse conceito aumenta substancialmente o nmero de genes em eucariotos, por exemplo, como uma decorrncia do grande nmero de isoformas de transcritos e, logo, de polipeptdeos gerados pelo splicing alternativo. Terceiro, ele torna necessrio incluir nos genes os sistemas multimoleculares associados com a transcrio e o splicing, fazendo com que o gene molecular processual salte do nvel molecular para um nvel superior na hierarquia biolgica. Ns retornaremos a esses problemas mais frente. Como vimos, para Fogle (1990), o problema com o conceito molecular clssico de gene reside na superposio da ideia mendeliana de unidade. Ele indica, assim, a necessidade de redefinir o gene, de modo a retirar do mesmo a ideia de que ele seja uma unidade de estrutura, funo e informao. Ele atribui ao gene o carter de um conjunto, entendendo-o como um produto da reunio de domnios encontrados no DNA. Por domnios, ele entende sequncias de nucleotdeos que podem ser distinguidas umas das outras com base nas suas propriedades estruturais e/ou atividades funes, como, por exemplo, xons, ntrons, promotores, intensificadores (enhancers), operadores etc. Domnios podem ser combinados de variadas formas para formar genes, ou como escreve Fogle, conjunto de domnios para a transcrio ativa (DSAT, do ingls). Essa estrutura de conjuntos elimina a necessidade de encontrar uma unidade gentica nica que corresponderia a um gene. Um domnio pode fazer parte de mais de um gene. Os genes no se encontram no DNA, mas so construdos pela clula a partir de domnios, estes sim presentes no DNA. Dessa maneira, Fogle considera que se torna mais fcil acomodar fenmenos como genes sobrepostos ou splicing alternativo. Certamente, os domnios so por ele entendidos como entidades reais. No to claro, contudo, o estatuto dos DSATs. Eles so construtos instrumentais, aos quais no se deve exigir uma hiptese de correspondncia com alguma entidade real, ou eles so entidades reais? Os DSATs so objetos epistmicos, no sentido explicado por Rheinberger (2000), ou seja, entidades introduzidas como alvos da pesquisa pelos cientistas? Ou eles so encontrados na prpria clula, talvez na forma de mRNAs maduros? Ou, qui, o estatuto dos DSATs tem carter intermedirio, combinando uma hiptese de realidade com uma ao construtiva dos pesquisadores? A partir do que escreve Fogle, difcil responder a estas questes. Em uma tentativa de organizar a variedade de definies de gene encontrada na literatura, Moss (2001, 2003) props uma distino entre dois modos de compreender o gene que so frequentemente confundidos por cientistas, por professores, pela mdia de divulgao e pela opinio pblica. Trata-se de uma confuso com importan112
tes consequncias sociais, porque d fora ao determinismo gentico, ideia de que uma srie de caractersticas, mesmo bastante complexas, como vrios traos comportamentais, a inteligncia, a agressividade etc., so determinadas apenas por genes. Moss distingue entre o gene-P (o gene como determinante de fentipos ou diferenas fenotpicas, sem quaisquer requisitos quanto a sequncias moleculares especficas ou biologia envolvida na produo do fentipo) e o gene-D (o gene como um recurso desenvolvimental, que , em si mesmo, indeterminado com relao ao fentipo). O gene-P um conceito instrumental, que foca sobre o efeito distal do gene e a capacidade de previso de fentipos a partir de gentipos, sendo empregado em reas como a biologia evolutiva, o melhoramento gentico por seleo de cruzamentos, a gentica de populaes etc. Trata-se de um instrumento para a realizao de algumas tarefas importante na gentica, como a anlise de genealogias ou heredogramas. Quando se fala de um gene no sentido do gene-P, fala-se como se ele causasse, sozinho, o fentipo. Por exemplo, quando falamos em genes para olhos azuis, falamos como se houvesse genes que determinassem essa cor de olhos: esse um gene-P. Contudo, se buscarmos no DNA um gene para olhos azuis, descobriremos que esse gene no existe. Olhos podem ficar menos pigmentados por uma diversidade de problemas na via de sntese de pigmentos na ris, que podem ter origem em mutaes em uma diversidade de genes. No h, pois, um nico gene que possa ser caracterizado como o gene para os olhos azuis. Contudo, para entender o resultado de um cruzamento entre um pai de olhos castanhos e uma me de olhos azuis, podemos simplificar a situao e falar como se houvesse um gene que determina olhos azuis. Este gene-P uma fico til para realizar essa tarefa da gentica, a anlise de heredogramas, porque permite a previso confivel dos resultados de cruzamentos. Para compreender como a utilidade do conceito instrumental no se limita a essa tarefa, basta considerarmos sua importncia no melhoramento gentico. Por sua vez, o gene-D considerado uma entidade real, alguma sequncia molecular no DNA. O gene-D , pois, um conceito realista, que enfoca o efeito proximal do gene e a complexidade dos papis desempenhados por ele no desenvolvimento e na fisiologia celular, sendo empregado usualmente em reas como a biologia molecular, genmica, gentica do desenvolvimento etc. Ele um recurso, entre vrios recursos igualmente importantes (genticos, epigenticos, ambientais), para que ocorra o desenvolvimento de caractersticas. Ele no determina, portanto, caractersticas fenotpicas. O gene-D cumpre papis distintos do gene-P, em outras tarefas importantes desempenhadas por geneticistas e bilogos moleculares, como, por exemplo, na anotao e contagem de genes. No caso do gene-D, o conceito mendeliano de unidade no se mostra vlido, como se pode depreender das discusses anteriores sobre a dificuldade de identificao das unidades estruturais e funcionais no DNA.
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Moss alerta que ambos os modos de compreender os genes so vlidos em contextos distintos, mas sua mistura indiscriminada constitui uma das fontes do determinismo gentico, na medida em que a ideia de determinao, prpria do gene-P, com seu carter instrumental, estendida indiscriminadamente ao gene-D. Os dois so conceitos distintos, que apresentam ideias diferentes sobre o que um gene. No existe qualquer pedao de DNA ou qualquer outra coisa que seja simultaneamente gene-P e gene-D. Temos aqui um exemplo de como a hibridizao de conceitos e modelos de genes pode ser perigosa: se confundirmos o gene-P, que um construto instrumental e pensado como se determinasse caractersticas, com o gene-D, acompanhado por uma hiptese de correspondncia com alguma entidade real, mas que no determina caractersticas, concluiremos que, apesar de toda a complexidade do desenvolvimento, h caractersticas determinadas apenas por genes. Ns nos tornaremos convencidos de que o determinismo gentico correto. Uma das razes pelas quais as vises deterministas genticas tm sido to divulgadas e aceitas no discurso contemporneo sobre genes, seja cientfico ou leigo, reside na hibridizao dessas duas ideias. Nas prximas sees, examinaremos duas tentativas recentes de ressignificao do conceito de gene. A primeira prope uma definio cujo principal aspecto satisfazer todos os achados do projeto Encode (cf. Gerstein et al., 2007). A segunda busca preservar a noo dos genes como unidades funcionais (cf. Scherrer & Jost, 2007a, 2007b), no contexto de uma proposta de expanso do vocabulrio a seu respeito.
5.1 A definio ps-Encode
O mais recente projeto a ter um impacto importante em nosso entendimento sobre os genes e o genoma o projeto Encode (Enciclopdia de Elementos do DNA), levado a cabo por um consrcio internacional de cientistas que busca identificar as funes de vrios tipos de elementos ou, nos termos de Fogle (1990), domnios conhecidos no DNA, como xons, ntrons, promotores, terminadores etc. Em sua discusso sobre as mudanas em nossa compreenso sobre os genes decorrentes do projeto Encode, Gerstein et al. (2007) afirmam que qualquer definio de gene deve obedecer aos seguintes critrios: (1) ela deve ser compatvel com as definies passadas, ou seja, algo que j foi chamado de gene dever tender a permanecer como gene;6
6 Os autores do presente artigo discordam entre si quanto a este critrio. Leila Joaquim o aceita como um critrio necessrio para a busca de novas compreenses sobre genes, na medida em que considera que uma mudana conceitual radical pode trazer mais confuso do que benefcios pesquisa. Charbel El-Hani, por sua vez, considera ser
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(2) deve ser independente do organismo, isto , deve ser vlida para toda a diversidade biolgica, das bactrias aos animais; (3) deve traduzir uma ideia simples, em vez de listar vrios mecanismos e excees; (4) deve ser prtica o suficiente para permitir que se responda facilmente quantos genes h em determinado genoma, ou qualquer pergunta oriunda da prtica de contagem de genes, a qual cada vez mais usual na pesquisa gentica; (5) deve ser compatvel com outros vocabulrios biolgicos, em especial, com o vocabulrio associado ao reguloma, que representa o conjunto completo de interaes regulatrias em um organismo. Os cientistas do Encode argumentam que uma sequncia, para ser um gene, deve satisfazer s seguintes condies: (a) O gene uma sequncia genmica (de DNA ou RNA) que codifica diretamente produtos moleculares funcionais, sejam RNAs ou protenas; (b) Nos casos em que h vrios produtos funcionais compartilhando regies sobrepostas, entende-se como gene a unio de todas as sequncias genmicas sobrepostas que codificam os produtos funcionais; (c) Essa unio deve ser coerente, isto , feita separadamente para os produtos proteicos e de RNA finais, mas no requer que todos os produtos necessariamente compartilhem uma subsequncia comum. Considerando essas condies, os cientistas do Encode definiram gene como a unio de sequncias genmicas que codificam um conjunto coerente de produtos funcionais potencialmente sobrepostos (Gerstein et al., 2007, p. 676-7). Os critrios que devem ser satisfeitos por uma definio de gene, de acordo com Gerstein et al. (2007), mostram-se relevantes, com a possvel exceo do primeiro critrio, ao menos para um dos autores deste artigo. Porm, no estamos certos de que seja possvel a uma nica definio obedecer a todos esses critrios. Em particular, questionaremos se a prpria definio proposta por Gerstein et. al. (2007) satisfaz o critrio (3), ou seja, argumentaremos que a definio de gene proposta por eles no traduz uma ideia simples e no consegue evitar excees, porque acaba colocando uma srie de aspectos e implicaes na definio, o que a torna complexa. Alm disso, Scherrer e Jost (2007b) acusam a definio de Gerstein et al. de no cumprir o critrio (5), por no dar a devida considerao ao reguloma.
esse um critrio muito conservador, que limita desnecessariamente a possibilidade de que os novos achados sobre a complexidade e dinmica dos genomas mudem radicalmente nossa compreenso do que deve contar como genes.
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Uma primeira implicao da definio de Gerstein et al. que devemos levar em considerao que diferentes produtos funcionais da mesma classe (protenas ou RNAs) que se sobrepem em seus usos de sequncias de DNA so combinados no mesmo gene. O foco da definio est nos produtos e, em consequncia disso, no existe uma relao de 1:1 entre uma sequncia codificadora no nvel do DNA e um produto funcional. Por exemplo, os produtos do splicing alternativo, como compartilham sequncias em comum, so considerados, de acordo com esta definio, produtos de um nico gene. Entretanto, diferentes produtos proteicos que se originam de um nico e grande transcrito de mRNA policistrnico no so considerados como derivados de um nico gene, se os produtos finais no compartilharem qualquer bloco de sequncia. Neste caso, temos dois transcritos que se originam a partir do mesmo local de incio de transcrio e, portanto, compartilham o mesmo promotor e elementos regulatrios, mas no so considerados produtos do mesmo gene. Tambm em decorrncia de dar nfase aos produtos finais de um gene, a definio de Gerstein et al. indiferente aos produtos intermedirios originados de uma regio genmica que se possam sobrepor. Em tal caso, no importa se um transcrito intrnico, por exemplo, compartilha sequncias com um transcrito sobreposto, desde que seus produtos no compartilhem pedaos de sequncias. A unio dos segmentos define o gene, desde que cada xon seja compartilhado por no mnimo dois membros desse grupo de produtos. Outra implicao que, em eucarioto, um gene pode no estar em um locus gnico discreto, ou seja, suas sequncias codificantes podem estar espalhadas pelo genoma. Afinal, a definio no restringe os loci dos xons que se combinam para codificar o produto final. Portanto, eles podem estar em diferentes fitas de um cromossomo ou mesmo em cromossomos separados e, ainda assim, pertencer ao mesmo gene. Para essa definio, o gene um conjunto de sequncias compartilhadas pelos produtos, no sendo necessrio que essas sequncias estejam conectadas, assim como sequncias vizinhas podem, por sua vez, no fazer parte do mesmo gene. Outro aspecto a ser considerado que as regies no traduzidas, como as utrs, no so consideradas partes de um gene. TARs ficam como supostos genes e demandam futuras investigaes. Pseudogenes, mesmo quando transcritos, so ainda considerados no funcionais e, portanto, no so reconhecidos como verdadeiros genes, de acordo com a definio, a menos que no futuro a pesquisa mostre que eles tm funes. Isso contradiz argumentos discutidos acima, sobre os pseudogenes (cf. Balakirev & Ayala, 2003; Betrn et al., 2002). Uma ltima implicao da definio, que se mostra particularmente problemtica, est relacionada s sequncias regulatrias. Gerstein et al. (2007), embora reconheam e deem importncia ao papel crucial das regies regulatrias na expresso
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gnica, sugerem que elas no sejam consideradas na deciso de quais mltiplos produtos pertencem ao mesmo gene. Para eles, a regulao simplesmente muito complexa para ser includa na definio de um gene, e h obviamente uma relao de muitos-para-muitos (ao invs de um-para-um) entre regies regulatrias e genes (Gerstein et al., 2007, p. 677). Como regies regulatrias no so traduzidas, apesar de terem um papel importante na expresso gnica, no so consideradas partes de gene, segundo estes autores. Para fazer referncia a essas regies, eles criaram uma categoria especial, referindo-se a elas como associadas a genes (Gerstein et al., 2007, p. 678). Com base nessa srie de implicaes, consideramos que a proposta de Gerstein et al., por mais interessante e atraente que possa ser, no satisfaz o critrio, estipulado por eles prprios, de ser uma definio simples e sem excees. Ela representa uma tentativa de transferir a nfase das sequncias de DNA para os conjuntos de transcritos, no sendo bem sucedida, em nosso entendimento, quanto ao requisito de simplicidade. Cabe argumentar, contudo, se no seria o caso de que nenhuma definio de gene, para acomodar a complexidade e dinmica dos genomas, consegue satisfazer esse requisito. Se esse for o caso, o argumento deixa, naturalmente, de ter grande peso na avaliao da proposta de Gerstein e colaboradores. Outra limitao importante da definio de Gerstein et al., que transparece nos argumentos acima e foi tambm indicada por Scherrer e Jost (2007a, 2007b), reside no preo a ser pago pelo abandono da noo de gene como unidade codificante e funcional, a saber, pela supresso dos efeitos regulatrios que mediam esses dois aspectos. Mais abaixo, discutiremos a proposta de Scherrer e Jost, na qual as complicaes do processo de regulao so colocadas em evidncia e retoma-se o esforo de definir o gene como unidade bsica de funo. Uma avaliao da definio de Gerstein e colaboradores pode conduzir, contudo, a outra maneira de ver a situao. A complexidade que encontramos no uso da definio, assim como as excees que podem ser visualizadas mostram a impossibilidade de dar conta da diversidade, complexidade e arquitetura genmicas com base em um nico modelo ou conceito de gene. Assim, no nos parece que se possa assumir que qualquer uma das recentes propostas de reviso do conceito de gene possa dominar o cenrio da gentica, em todos os seus programas de pesquisa e subdisciplinas. Retornaremos a este ponto em nossas consideraes finais.
5.2 O gene volta a ser unidade funcional e no est no DNA
Para Scherrer e Jost (2007a, 2007b), a proposta de Gerstein e seus colaboradores tem como objetivo uma descrio sistemtica e a classificao de transcritos, o que leva a
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um hbrido conceitual, misturando aspectos funcionais e de codificao, sem dar a devida ateno aos aspectos regulatrios. A proposta deles, por sua vez, centrada na ideia de que, como h dois aspectos distintos envolvidos na produo de polipeptdeos, ento dois conceitos so necessrios. O primeiro o conceito de gene, para referir ao aspecto de traduo de trincas de nucleotdeos em aminocidos, e o segundo o conceito de genon, introduzido por eles para fazer referncia regulao da expresso do conjunto de sequncias de trincas, desde a iniciao da transcrio at o mRNA maduro e a traduo. O termo genon uma contrao de gene e operon. Trata-se de uma tentativa de voltar a focar a compreenso dos genes no aspecto funcional, incluindo no somente a distino entre gene e genon, mas tambm a utilizao de outros conceitos novos, como os de transgenon, protogenon, pr-genon, gene de protena (P-gene), gene de RNA (R-gene), gene estrutural (s-gene) e gene de regulao (c-gene), como veremos a seguir. Uma consequncia interessante desta abordagem a de que, como no caso de outras propostas que examinamos acima, no se sustenta que o gene se encontre no DNA. Scherrer e Jost localizam o gene na sequncia ininterrupta de cidos nucleicos que emerge apenas no nvel do mRNA, antes da traduo. Eles argumentam que a sequncia ininterrupta de mRNA a unidade de funo e de anlise gentica, uma vez que, ao ser traduzida fielmente, constitui o equivalente da cadeia de polipeptdios produzida. Eles definem gene, ento, como o trecho de cido nucleico ininterrupto da sequncia codificante no mRNA que corresponde a um polipeptdeo ou algum outro produto funcional (Scherrer & Jost, 2007b, p. 106). Na sua definio, os autores tambm adicionam sequncia do mRNA as sequncias regulatrias no transcrito e os produtos que atuam sobre a regulao gnica. Para dar conta desses fatores adicionados sequncia codificante, eles cunharam os termos genon e transgenon. O genon refere-se ao programa associado sequncia codificadora no mesmo cromossomo do qual foi transcrito o mRNA (isto , em cis), que regula a transcrio de um gene. Genons individuais esto contidos no pr-mRNA, formando o pr-genon. Um domnio genmico contm um protogenon, que apresenta os sinais de ativao da transcrio, alm do pr-genon encontrado nos transcritos. O conjunto dos fatores regulatrios codificados por outros cromossomos (isto , em trans), que interagem com um dado genon, chamado por eles de transgenon. Portanto, a expresso gnica governada por sequncias codificantes e pelo genon. O conceito de gene implica, de um lado, o programa em cis carregado pelo mRNA durante o processo, o genon, e outro programa em trans, constitudo pelo transgenon, representando fatores controladores dos processos envolvidos na expresso gnica. A razo pela qual o gene no pode, em muitos casos encontrados nos eucariotos, mas tambm em arqueobactrias, ser diretamente identificado no nvel do DNA, resi118
de em fenmenos discutidos acima, como os genes interrompidos, o splicing alternativo e a edio do mRNA, sendo estes ltimos processos regulados pelo transgenon. Aps o processamento, ele finalmente emerge como uma sequncia ininterrupta de cidos nucleicos no nvel do mRNA, antes da traduo, com uma correspondncia fiel sequncia de aminocidos produzida na sntese de um polipeptdio. Depois da traduo, o genon termina seu papel e desaparece. Esta definio separa o gene do conjunto de elementos que requerido para orquestrar sua expresso, ou seja, para a regulao da expresso gnica. Os elementos so capturados pelos conceitos de genon e transgenon. Scherrer e Jost entendem que, dessa maneira, o gene fica livre dos aspectos regulatrios e, assim, de todas as limitaes que o impedem de assumir o papel de unidade funcional. Portanto, nos termos dessa definio, o gene volta a ser uma unidade de funo, mas, em contraste com as vises anteriores, ele no possui correspondncia com um locus no DNA. Os produtos da expresso gnica podem ser protenas ou RNAs e podem ter funo estrutural ou enzimtica ou, ainda, controlar a expresso gnica, desempenhando um papel regulatrio. Por essa razo, Scherrer e Jost propem uma distino entre genes de protenas e genes de RNA, P-genes e R-genes, respectivamente, e entre genes estruturais e regulatrios, s-genes (de structural) e c-genes (de control), respectivamente. Consideramos que a proposta de definio de gene de Scherrer e Jost d um passo frente, com relao proposta de Gerstein et al. (2007), pelo fato de introduzir outros conceitos para abranger a complexidade do processo de expresso gnica. O fato de o gene no estar localizado ao nvel do DNA representa uma ideia inovadora, possivelmente necessria para superar a crise do conceito de gene. Contudo, talvez esta redefinio de gene, ao retir-lo do nvel do DNA, encontre os mesmos obstculos que a proposta do abandono do conceito de gene encontrou.7 Uma das dificuldades de dissociar o gene do DNA que a associao est muito presente, tanto no discurso cientfico quanto no leigo, tanto na comunidade cientifica quanto nas salas de aula e na sociedade, em documentos governamentais e na opinio pblica. Em outras palavras, convencer a todos de que o gene no est no DNA no parece ser tarefa fcil. Todavia, no devemos esquecer que o conceito de gene chegou ao discurso pblico a partir do discurso cientfico e, portanto, se novos conhecimentos alcanados sobre genes e sua funo nos sistemas vivos demandam superar vises que se tornaram socialmente arraigadas, a tarefa da comunidade cientfica , precisamente, contribuir para tal superao. A dissociao dos genes e do DNA pode ser o preo a ser pago para manter a noo do gene como unidade funcional, mas talvez fosse mais fcil simplesmente romper
7 A proposta de abandono do conceito de gene no foi aceita, como podemos ver em Coyne, 2000; Magurran, 2000; Maynard Smith, 2000; Hall, 2001; Wilkins, 2002; Moyle, 2002; Judson, 2001.
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com a noo de unidade do que efetuarmos tal dissociao. O caminho da reformulao da definio de gene pode no estar em esforos persistentes para tratar o gene como uma unidade, seja de estrutura ou de funo. Esse modo de compreender os genes pode ser, em si mesmo, a principal dificuldade para o devido reconhecimento da complexidade da arquitetura gnica. Por fim, convm considerar se uma proposta como a de Scherrer e Jost, que cria uma srie de novos termos para tratar dos genes, de sua expresso e de sua regulao, no enfrenta obstculos de ordem prtica para sua disseminao. Afinal, ela aumenta substancialmente a complexidade do vocabulrio da gentica.
Concluso
O termo gene hoje usado na pesquisa gentica no mais para referir-se a uma nica entidade, mas como uma palavra de grande plasticidade, definida pelo contexto experimental em que usada. Os genes tornaram-se objetos epistmicos, como argumenta Rheinberger (2000). Uma srie de descobertas sobre os genes e os processos de expresso gnica dificulta a interpretao do gene como unidade de estrutura e/ou funo. Frente complexidade do genoma e da maquinaria celular, a proposta de uma relao de 1:1:1 entre um gene, um produto proteico e uma funo mostra-se insustentvel. evidente, assim, que essas descobertas representam desafios ao conceito molecular clssico. Contudo, a ideia de que os genes devem ser entendidos como unidades de funo ainda permanece no cenrio da pesquisa atual, como mostram as definies propostas por Scherrer e Jost (2007a, 2007b). Podemos encontrar nas vrias reaes crise do conceito de gene uma convergncia para a ideia de que os genes no se encontram no DNA, mas so construdos pela clula a partir de sequncias de DNA. Esta uma ideia que encontramos em Fogle (1990), Pardini e Guimares (1992), Keller (2005), Scherrer e Jost (2007a, 2007b) e El-Hani; Queiroz e Emmeche (2009). Nestes termos, os genes seriam encontrados em mRNAs maduros, processados, em vez de estarem presentes no DNA. Para apreciar a proposta, vale a pena considerar um dilema decorrente do fenmeno do splicing alternativo. Por um lado, o segmento de DNA, que transcrito em um nico pr-RNA, poderia ser chamado de gene, apesar de gerar muitos produtos polipeptdicos. Essa viso est presente na definio proposta por Gerstein e colaboradores (Gerstein et al., 2007), de acordo com a qual um gene uma unio de sequncias genmicas que codificam um conjunto coerente de produtos funcionais potencialmente sobrepostos. Por outro lado, poderamos chamar de gene cada mRNA processado in120
dividual, assumindo, ento, uma relao um mRNA maduro-uma protena. assim como Scherrer e Jost (2007a, 2007b), por exemplo, buscam salvar a ideia do gene como unidade de funo. Uma anomalia enfrentada por essa posio decorre do fato de que o mesmo mRNA maduro pode estar sujeito a modos alternativos de traduo (cf. Pardini & Guimares, 1992) e, nesse caso, no resultar em uma funo nica. Mesmo que tratemos, contudo, tais casos como excepcionais, h outras consequncias contraintuitivas da ideia de que os genes estariam presentes em mRNAs maduros. Dessa perspectiva, genes existiriam no zigoto apenas como possibilidades e no apresentariam a permanncia e a estabilidade tipicamente atribudas ao material gentico. Eles no seriam encontrados nos cromossomos e, por vezes, nem mesmo no ncleo (cf. Keller, 2002). Todos esses aspectos parecem bastante contraintuitivos, diante da ideia de que os genes so unidades de transmisso e herana. Esta , no entanto, uma ideia anterior ao prprio conceito de gene, que se encontrava, por exemplo, na ideia mendeliana de fator. Suponha-se, contudo, que rejeitemos a ideia de que os genes sejam unidades de transmisso e herana. O que perderamos com isso? Certamente, precisaremos encontrar outras entidades na clula s quais possamos atribuir o papel de mediar a transmisso e a herana, j que genes sero entidades muito mais transitrias do que costumvamos pensar. Parece-nos que a ideia de genes localizados no mRNA maduro e no no DNA pode tornar-se aceitvel, se pensarmos que no so os genes as unidades de transmisso e herana, que so passadas de uma gerao a outra de maneira a manter, em grande medida, sua estabilidade, mas as regies cromossmicas, que raramente esto separadas dos eventos de recombinao que tm lugar na meiose. A convergncia que encontramos na literatura, na direo da ideia de que os genes no se encontram no DNA, mas em mRNAs maduros e que so construdos pela clula a partir de sequncias de DNA, pode indicar, assim, um caminho promissor e importante para as investigaes futuras acerca do significado dos genes. Outra convergncia encontrada nas reaes crise do conceito molecular clssico reside no compromisso com vises processuais, ainda que este seja um ponto de menor acordo. Esta uma viso sugerida pelo argumento de Keller (2005) de que o conceito de gene pode sobreviver no sculo xxi caso seja reconceitualizado como verbo. Ela desenvolvida, contudo, em outros trabalhos, como os de Griffiths e NeumannHeld (1999), Neumann-Held (2001) e El-Hani; Queiroz e Emmeche (2009). Contudo, esta caracterizao conceitual enfrenta as dificuldades que foram mencionadas acima. Para discutirmos essas dificuldades, vamos supor, para fins de argumento, que a comunidade cientfica tenha chegado concluso de que os genes so processos (cf. El-Hani; Queiroz & Emmeche, 2009). Consideremos, ento, a dificuldade de individuar genes quando os tratamos como processos, uma das dificuldades apontadas por
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Moss (2001). Parece-nos que a viso dos genes como processos no cria de fato um problema para a taxonomia dos genes, mas apenas pe em destaque um problema que j existe na gentica atual, diante da dependncia da expresso gnica em relao ao contexto. De qualquer modo, caso tivssemos concludo que genes so processos, este seria simplesmente um problema a ser enfrentado, mediante a construo de um sistema capaz de classificar genes moleculares processuais. Em uma teoria focada em processos, em vez de entidades, esperado que se enfrentem dificuldades na construo de uma taxonomia de categorias ontolgicas altamente contingentes, como os processos. Devemos, contudo, evitar a construo de tal teoria simplesmente porque antecipamos tais dificuldades? Caso uma teoria sobre os genes como processos mostre-se mais poderosa na explicao dos fenmenos estudados pela gentica, ser preciso construir uma taxonomia operacionalizvel de genes como processos. Indicar que a dificuldade aparecer no razo para no construir tal teoria, caso se conclua que ela mostra maior poder explicativo do que a atual compreenso dos genes como entidades (ou, mais precisamente, padres de entidades, como as sequncias de DNA). Quanto ao problema do aumento do nmero de genes em eucariotos, quando os genes so tratados como processos, podemos construir um argumento semelhante. Se o resultado de uma teoria mais poderosa sobre os genes for o aumento do nmero de genes eucariticos, isso realmente importa? No faria sentido abandonar o projeto de construir tal teoria, caso tivesse ficado claro que ela resulta em significativo avano na compreenso dos genes, por conta de o nmero de genes investigados tornar-se maior.8 Finalmente, chegamos ao ltimo problema apontado por Moss: a incluso no gene de processos realizados por sistemas multimoleculares complexos, tais como a transcrio e o splicing, faz com que os genes passem do nvel molecular para um nvel superior da hierarquia biolgica. Embora esse problema possa ser considerado importante, mostrando-se mais difcil de enfrentar do que os anteriores, fundamental ter em conta que hierarquias no se encontram no mundo, pura e simplesmente, mas constituem modelos que so construdos de uma certa perspectiva terica, para enfrentar problemas de pesquisa especficos. Um sistema pode ser decomposto em diferentes hierarquias ou conjuntos observacionais (cf. ONeill et al., 1986). Um conjunto observacional um modo particular de ver os fenmenos de interesse, as medidas especficas e as tcnicas de anlise de dados. Portanto, no se trata de discutir em qual nvel hierrquico genes se encontram no mundo, mas, antes, qual o poder explicativo, preditivo e heurstico, mostrado pelas diferentes propostas de decomposio dos
8 Cf. El-Hani; Queizoz & Emmeche, 2009. Os autores argumentam, inclusive, que uma viso dos genes como processos pode ajudar a enfrentar problemas no domnio da contagem de genes, uma tarefa epistmica cada vez mais importante na pesquisa contempornea sobre os sistemas genticos.
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sistemas celulares face s questes de pesquisa investigadas pela comunidade de geneticistas. Se chegarmos concluso, eventualmente, de que, ao menos em certas tarefas epistmicas, mais pertinente e poderoso situar genes acima do nvel molecular, devemos, pura e simplesmente, construir modelos nos quais os genes sejam vistos dessa maneira. Vale a pena considerar, ademais, que se a interpretao de genes como processos enfrenta dificuldades, a situao no diferente no caso de propostas que situam os genes no DNA ou no RNA, como discutimos no presente artigo. Pareceria uma deciso apressada, portanto, deixar de lado as vises dos genes como processos, diante dos problemas discutidos acima. A resistncia a essas vises est relacionada ideia de que os genes, no importa como os entendamos, so segmentos de DNA. Ela encontra-se profundamente arraigada nas compreenses do conceito construdas ao longo do sculo xx. Ela pode ser constitutiva, no entanto, do quadro conceitual das dificuldades que enfrentamos para dar conta da complexidade e da dinmica do genoma. Como Keller escreve:
Virtualmente toda propriedade biologicamente significativa convencionalmente atribuda ao DNA incluindo sua estabilidade , de fato, uma propriedade relacional, uma consequncia das interaes dinmicas entre o DNA e muitos processadores proteicos que convergem sobre ele. O prprio significado de qualquer sequncia de DNA relacional para o propsito de compreender o desenvolvimento ou a doena, so os padres de expresso gnica que realmente importam, e esses padres esto sob o controle de um aparato regulatrio muito complexo, e no podem ser preditos apenas a partir do conhecimento sobre a sequncia (Keller, 2005, p. 4).
A compreenso dos genes como processos favorecida pelo reconhecimento da dependncia do DNA em relao a processos de expresso gnica e complexas redes regulatrias encontradas no ambiente celular e supracelular, caso ele venha a fazer qualquer diferena para os sistemas vivos. Tal interpretao nos distancia de vises que buscam genes como unidades estruturais e/ou funcionais no DNA, rumo a novos modos de pensar sobre a funo biolgica, nos quais a funo no encontrada em genes particulares, seja no DNA ou no RNA, mas em redes comunicativas, informacionais, encontradas nos sistemas vivos, dos quais DNA, RNA e protenas so parte (cf. Keller, 2005). Mesmo que, eventualmente, cheguemos concluso de que devemos manter uma viso dos genes como unidades funcionais, quem sabe situando-os no nvel do mRNA maduro, parece-nos que ainda precisaremos de algum conceito que capture a viso processual mencionada acima. Neste ponto, podemos retomar a sugesto de Keller de
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que, para enfatizar os processos celulares, em vez de entidades, podemos transformar a biologia que construmos a partir de substantivos, ao redor de entidades, em uma nova biologia, edificada a partir de verbos, construda ao redor de processos. Nesses termos, ao tratar do modo como a clula constri genes a partir de sequncias de DNA, podemos, alm de situar os genes no mRNA maduro, tambm construir uma linguagem adequada para explicar como a clula geneia (cf. Santos, 2008). Por fim, com relao tenso entre as vises instrumentalistas e realistas na histria do conceito de gene, concordamos com Falk (1986) em que as ltimas dcadas assistiram a um aumento da importncia da viso instrumentalista. Genes tm sido cada vez mais tratados, explcita ou implicitamente, como construtos instrumentais, elaborados por comunidades de pesquisadores com a finalidade de obteno dos dados empricos em suas reas. O que Falk escreveu h mais de duas dcadas parece inteiramente atual:
Hoje o gene no a unidade material ou a unidade instrumental da herana, mas , antes, uma unidade, um segmento que corresponde funo de uma unidade, conforme definida pelas necessidades do experimentador (Falk, 1986, p. 169; grifos do autor).
Diante do contexto complexo em que vivemos, na atual gentica em franca transformao, marcada por achados que dificultam a manuteno de vises anteriores sobre os genes e sua funo, por uma diversidade de reaes crise do conceito molecular clssico, e por uma renovada tenso entre vises instrumentalistas e realistas sobre os genes, parece-nos interessante retomar um argumento formulado por El-Hani (2007). No caso de muitas definies de conceitos biolgicos, como os de espcie, organismo, vida, tornou-se claro que a prpria demanda por uma generalidade das definies no se mostrava adequada. No caso do conceito de gene, parece-nos apresentar-se a mesma situao. Uma definio de gene no precisa ser inteiramente geral para ser til. Em cincias to diversificadas, tais como a gentica e a biologia molecular, que abrangem uma diversidade de campos de investigao, parece razovel pensar que uma variedade de modelos e definies de genes, com domnios bem delimitados de aplicao, pode dar conta de maneira mais apropriada das tarefas epistmicas levadas a cabo pelos pesquisadores, do que uma definio ou modelo universal. Desta perspectiva, trata-se no tanto de escolher uma entre as vrias definies/modelos de gene presentes na literatura, e discutidas no presente artigo, mas de organizar a diversidade de definies, de modo a compreender de maneira mais clara e precisa como elas permitem enfrentar as tarefas colocadas para os pesquisadores nos diversos campos da gentica e da biologia molecular.
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Leyla Mariane Joaquim

Doutora pelo Programa de Ps-Graduao em Ensino, Filosofia e Histria das Cincias, Universidade Federal da Bahia / Universidade Estadual de Feira de Santana, Brasil. leylamariane@gmail.com
Charbel Nio El-Hani

Professor Doutor do Departamento de Biologia Geral, Instituto de Biologia,Universidade Federal da Bahia. Pesquisador do Conselho Nacional de Pesquisa Cientfica, CNPq, Brasil. charbel.elhani@pesquisador.cnpq.br
The gene concept has played a central role in Biology since its introduction, in the beginnings of the twentieth century. However, throughout its historical development, this concept has been a matter of increasing controversy, initially in the philosophy of biology and, later, in biology itself. Challenges to the gene concept have resulted in the difficulty of preserving the so called classical molecular concept, according to which a gene is a stretch of DNA encoding a functional product (polypeptide or RNA). The last three decades of experimental studies led to findings such as interrupted genes, alternative splicing, so called junk DNA, TAR sequences, pseudogenes, postranscriptional regulation, RNAi and RNAsi, among others, that posed unexpected difficulties to the usual understanding of the gene concept. In this paper, we address the main experimental findings that challenge the classical molecular gene concept. We focus, in particular, on recent advances that took place in the Human Genome Project (HGP) and the Encyclopedia of DNA elements (Encode). It is now clear for that a careful analysis and reformulation of this central concept for biological thought is necessary. In an attempt to organize the variety of definitions given to genes, many philosophers and scientists presented interesting views about this concept and its role in biological thought, as well as proposals of conceptual revision, which we will also discuss in this paper. We conclude that a single, all-encompassing definition of gene is neither possible nor necessary. Rather, a pluralism of models and concepts is likely to be more powerful, provided that the domains of each concept or model be clearly defined. Keywords Classical molecular concept. Challenges. Human Genome Project. Encode.
abstract
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A gentica em transformao: crise e reviso do conceito de gene

Leyla Mariane Joaquim & Charbel Nio El-Hani

scienti zudia, So Paulo, v. 8, n. 1, p. 93-128, 2010

A gentica em transformao: crise e reviso do conceito de gene

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1 O incio da crise: a atualizao da viso mendeliana

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2.1.2 Splicing alternativo

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3 A complexidade dos mecanismos de expresso gnica

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3.1 Exemplos de regulao ps-transcricional: microRNAs e siRNAs

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5 Algumas reaes crise do conceito

A gentica em transformao: crise e reviso do conceito de gene

Variaes estruturais Elementos mveis Rearranjamentos gnicos/ variantes estruturais

Elementos genticos aparecem em novos locais ao longo das geraes.

Um elemento gentico pode no ser constante em sua localizao.

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Eventos ps-transcricionais Splicing alternativo de RNA

Eventos ps-traducionais Splicing de protenas

Modificao proteica Pseudogenes e retrogenes Retrogenes

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A gentica em transformao: crise e reviso do conceito de gene

5.2 O gene volta a ser unidade funcional e no est no DNA

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