Programme Labex Europe Embrapa 10 Ans Les Dossier D'agropolis International

Du Brsil en Europe :
10 ans du Programme Labex,

modle de laboratoire sans murs de l'Embrapa
Numro 15
Numro 15
AGROPOLIS
INTERNATIONAL
agriculture alimentation biodiversit environnement
EMBRAPA
La recherche au service du dveloppement durable agricole brsilien
Agropolis International associe des institutions de recherche et denseignement suprieur de Montpellier et du Languedoc-Roussillon, en partenariat avec les collectivits territoriales, des acteurs du dveloppement conomique et rural, et en liaison avec des institutions internationales. Agropolis International est un campus ddi aux sciences vertes . Il regroupe un ensemble de comptences scientifiques et techniques exceptionnel : plus de 2 300 chercheurs et enseignants rpartis dans 80 units de recherche Montpellier et en Languedoc-Roussillon, dont 400 en poste dans une soixantaine de pays partenaires. La communaut scientifique Agropolis International est structure en grands domaines thmatiques correspondant aux grands enjeux scientifiques, technologiques et conomiques du dveloppement. Lieu de capitalisation et de valorisation des savoirs, espace de formation et de transfert technologique, plateforme daccueil et dchanges internationaux, la communaut scientifique Agropolis International dveloppe des actions dexpertise collective et contribue fournir des lments scientifiques et techniques qui permettent dlaborer et de mettre place des politiques de dveloppement.
Pour plus dinformations : pages 42-43 et www.agropolis.fr
LEmbrapa (Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuria), Entreprise Brsilienne de Recherche Agricole, lie au ministre de lAgriculture, de llevage et de lApprovisionnement, a pour mission de fournir des solutions technologiques pour le dveloppement durable agricole au Brsil . Cre en 1973, elle a ainsi dvelopp plusieurs technologies utiles lagriculture brsilienne, rduit les cots de production et aid le Brsil augmenter son offre alimentaire tout en conservant les ressources naturelles et lenvironnement. Forte de plus de 9 500 employs dont plus de 2 400 chercheurs, lEmbrapa est constitue dun rseau de 42 centres de recherche, 5 centres de service et 15 divisions centrales. Prsente dans toutes les rgions brsiliennes, elle sert de liaison entre les institutions composantes du systme national de recherche agricole. LEmbrapa simplique en outre dans de nombreux projets de coopration internationale, spcialement au travers du Programme des laboratoires virtuels lextrieur, Labex aujourdhui aux tats-Unis, en Europe et en Asie et grce aux bureaux de transfert de technologies en Afrique et en Amrique latine.
Pour plus dinformations : www.embrapa.br et www.agricultura.gov.br
Maylena Clecia/Linkimagem
Du Brsil en Europe, 10 ans du Programme Labex

2
La construction de partenariats scientifiques aujourdhui : le Programme Labex de lEmbrapa en Europe et dans le monde
Le partenariat est devenu une composante essentielle de la recherche. Dire quaucune grande question ne peut tre rsolue par une seule institution est devenu un clich. La construction, la gestion des partenariats multilatraux restent une opration difficile qui prsuppose une bonne connaissance des capacits, des comptences, des complmentarits des uns et des autres. Ceci peut tre optimis en envoyant des chercheurs expriments travailler chez ces partenaires avec une double mission de faire connatre et de prospecter. Faire connatre, faire dcouvrir aux partenaires, par leurs comptences propres, celles de linstitut quils reprsentent. Prospecter, au-del de lquipe qui les accueille, les nouvelles opportunits de partenariat pertinentes pour la stratgie de leur institution, dans leur domaine de comptences. LEmbrapa a mis en uvre cette stratgie au travers du Programme Labex, les laboratoires virtuels lextrieur sans murs, aux tatsUnis, en Europe, et plus rcemment en Asie. Des chercheurs seniors sont affects dans des quipes de pointe pour travailler deux tiers de leur temps au sein dun projet ambitieux et dintrt commun. Lautre tiers-temps est consacr la veille et la prospection de nouvelles opportunits. Un flux dinformation circule, de ces Labex vers les tablissements de recherche brsiliens. Aprs la premire dcennie en Europe, on observe une multiplication des projets de recherche en collaboration. Ce dossier Agropolis International spcial partenariat tire les leons de cette priode de 10 ans de fonctionnement du Programme Labex-Europe. Des leons que lEmbrapa et Agropolis International souhaitent partager.
Du Brsil en Europe,
10 ans du Programme Labex,

modle de laboratoire sans murs de lEmbrapa
Le Programme Labex de lEmbrapa
4
LEmbrapa linternational
10
La gestion des ressources naturelles
16
Les technologies agroalimentaires
22
Biologie avance et interactions molculaires plantes-microorganismes Principales publications
28
38
Agropolis International
42
Agropolis Fondation
44
Un LabIntex argentin Montpellier
45
Perspectives du Programme Labex de l'Embrapa
45
Qrcode + validit dossier

Liste des acronymes et des abrviations
46
Couverture : Lygia Akemi/Embrapa Les informations contenues dans ce dossier sont valides au 01/08/2012.
Du Brsil en Europe, 10 ans du Programme Labex 3
Daniel Medeiros/Embrapa

Le Labex-Europe a aujourdhui 10 ans, le moment de tirer les leons dune exprience originale de coopration scientifique internationale et de les partager.
Une innovation brsilienne

ide est ne au Brsil. Ds la fin des annes 90, lEmbrapa explore un nouveau concept de partenariat, le laboratoire sans murs ou laboratoire extrieur (Labex), dont Francisco Reifschneider, Eliseu Alves et Alberto Portugal sont les principaux architectes. Des chercheurs seniors sont envoys pendant deux quatre ans dans des laboratoires de recherche performants lextrieur afin de promouvoir l'change de leurs expriences avec dautres chercheurs. Le but in fine est de crer de nouvelles connaissances qui serviront dvelopper des technologies innovantes pour lagriculture tropicale. Ils sinsrent dans une quipe de haut niveau et collaborent un projet de recherche commun qui permettra
de crer un cluster de recherches partir des rseaux scientifiques brsiliens et europens. Ils doivent aussi se consacrer un tiers de leur temps des activits exploratoires (veille, visites, participation des confrences...) ainsi que dinformation en direction de la coordination et la supervision du programme. Quatre ans aprs le premier Labex cr en 1998 aux tats-Unis (en collaboration avec lUSDA-ARS*), une deuxime exprience dmarre en Europe. Le Cirad (Centre de coopration Internationale en Recherche Agronomique pour le Dveloppement), lInra (Institut National de la Recherche Agronomique) et lIRD (Institut de Recherche pour le Dveloppement) donnent mandat Agropolis International pour quun accord
soit sign entre lEmbrapa et le consortium pluri-institutionnel rgional 28 tablissements de recherche et de formation suprieure hberg au sein du btiment dAgropolis International Montpellier en France. Le LabexEurope est inaugur en 2002. Le Labex sexporte aussi dans dautres rgions du monde (Core du Sud en 2009, Chine en 2012).
* United States Department of Agriculture, Agricultural Research Service : Service de recherche agronomique du dpartement (ministre) amricain de lagriculture.
Une exprience russie de partenariat

Le Brsil est dsormais le premier partenaire scientifique du ple agroenvironnement de Montpellier, o une unit de recherche sur quatre a une coopration en cours avec une ou plusieurs institutions de recherche et de formation brsiliennes. Dans ce contexte, le Programme Labex-Europe constitue un outil douverture de nouvelles synergies pour les quipes scientifiques. La prsence de chercheurs brsiliens expriments et leaders des rseaux, connaissant bien le dispositif de recherche national de leur pays, constitue une source dinformation directe et de qualit.
Ana Viegas/Embrapa
Des projets dintrt commun sont proposs par les chercheurs brsiliens accueillis, projets qui savrent dexcellentes contributions car ces scientifiques connaissent les forces et faiblesses des parties prenantes des deux pays. Les collaborations ainsi mises en place perdurent, voire se diversifient. Le Programme Labex est en effet un outil de renforcement et de diversification des partenariats tablis mais surtout une ouverture vers des collaborations avec des quipes de recherche dexcellence. Un des rsultats concrets est la cration du Consortium International de Biologie Avance (CIBA, voir page 36), qui rassemble partenaires brsiliens et franais au service de lamlioration des plantes dintrt pour lagriculture tropicale et mditerranenne. Ainsi, le Labex est aussi un outil complmentaire des outils habituels de coopration. l'heure o la communication virtuelle, avec tous les avantages qu'elle procure, est omniprsente, le travail en binme au sein d'un mme laboratoire permet de tisser des liens d'une toute autre nature.
Un modle rutilisable pour dautres partenariats Montpellier, en Europe et ailleurs

Aujourdhui, grce au travail commenc par les chercheurs du Programme Labex-Europe, lEmbrapa dveloppe cette modalit de partenariat stratgique non seulement en France mais avec dautres pays europens, notamment lAngleterre (Rothamsted Research Station) et lAllemagne (Jlich Institute). Les Pays-Bas (Wageningen University) ont reu un chercheur pendant quatre ans et dautres pays d'accueil sont envisags pour lavenir. Si le Programme Labex de lEmbrapa a bien fonctionn dans un sens, il peut tout aussi bien fonctionner dans lautre sens : cest le Labex invers , expriment par des chercheurs seniors dans les centres de recherche de lEmbrapa au Brsil. En plus des nombreux chercheurs de l'IRD et du Cirad affects dans divers centres de l'Embrapa au Brsil, un chercheur coren du RDA (Rural Development Administration), deux chercheurs de l'ARS (Agricultural Research Service) et un chercheur anglais du Rothamsted Research Station, li au Biotechnology and Biological Sciences Research Council ont t accueillis dans diffrents laboratoires. Le modle brsilien du Labex a aussi inspir dautres pays : Agropolis International a sign en mars 2012 Buenos Aires une convention de partenariat avec lINTA (Instituto Nacional de Tecnologa Agropecuaria), afin daccueillir Montpellier le premier LabIntex bas sur le modle du Labex de lEmbrapa (voir page 45).
Pedro Arcuri (Embrapa, Brsil),Yves Savidan (IRD, France) et Paula Dias (Agropolis International, France)
NOUS VOULONS QUE NOS CHERCHEURS ET CHERCHEUSES DE LEMBRAPA, ET NON SEULEMENT NOS TUDIANTS, PUISSENT SE FROTTER AUX MEILLEURES QUIPES DES GRANDES PUISSANCES SCIENTIFIQUES. SUR DES PROGRAMMES QUI SONT LA POINTE, CHACUN DANS LEUR DOMAINE SPCIFIQUE, EN MATIRE DE NOUVELLES TECHNOLOGIES, DINNOVATION.
Eliseu Alves & Francisco Reifschneider (Embrapa)
Le Programme Labex-Embrapa en quelques dates cls

2010 - 2013 2009 - 2011
Technologies agroalimentaires Impact de linformation et des innovations sur les choix alimentaires des consommateurs et leurs consentements payer (Rosires Deliza) Gnomique, biotechnologies vgtales et interactions molculaires plantes-microrganismes Analyse gnomique fonctionnelle des interactions entre Mycosphaerella graminicola et le bl (Alexandre M. do Amaral)
LGENDE
99 Numro de page
La couleur se rfre au chapitre correspondant
2012
Dbut du partenariat avec le Jlich Institute (Allemagne). Dveloppement de mthodes de phnotypage des plantes (Paulo Herrmann Jr.)
34
13
26
Technologies agroalimentaires Rsistance de la spore bactrienne au stress thermique (Amauri Rosenthal)
2012 2010
Gestion des ressources naturelles Dynamiques des zones rurales par linterprtations des changements dutilisations des terres (Margareth Simes) Inauguration du Labex-Chine. Partenariat avec Chinese Academy of Agricultural Sciences
12
27
20
2009
Inauguration du Labex-Core. Partenariat avec l'Agence pour le Dveloppement Rural
1998
Dbut du Programme Labex de l'Embrapa. Premier laboratoire sans murs : le Labex - tats-Unis
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2002
Inauguration du Labex-Europe de l'Embrapa Agropolis International (Montpellier, France)
2002 - 2005
Gestion des ressources naturelles Apport de la rflectance spectrale des sols dans la cartographie des proprits des sols (Jos Madeira)
2008
Cration du Consortium International en Biologie Avance (CIBA) Collaboration scientifique franco-brsilienne
18
2006
Dbut du partenariat avec lUniversit de Wageningen (Pays-Bas)
36
32
2007 - 2009
Gestion des ressources naturelles valuation des impacts agroenvironnementaux des systmes dexploitation base de plantes prennes (Geraldo Stachetti Rodrigues)
24
Gnomique et biotechnologies vgtales Analyse fonctionnelle de la tolrance la scheresse et la salinit chez le riz (Ana Brasileiro)
2006 - 2010
Interaction plantes et microorganismes. Programme MusaForever (Manoel Souza)
2005 - 2008
Technologies agroalimentaires Alternatives possibles aux mthodes chimiques de conservation de la qualit de vgtaux peu transforms (Helosa Filgueiras)
18
30
32
25
Technologies agroalimentaires Nouvelles sources denzymes vgtales isoles de la biomasse brsilienne (Regina Lago)
Le mot du Dr Elisio Contini, premier coordinateur du Labex-Europe de lEmbrapa

Le Programme Labex-Europe institutionnalise une coopration technico-scientifique sur le long terme, entre lEmbrapa, les institutions composantes dAgropolis International ainsi que dautres centres dexcellence europens en sciences agronomiques. La prsence de chercheurs brsiliens dans ces centres de recherche montre la dcision stratgique de lEmbrapa de faire avancer la connaissance et lintrt du Brsil, ainsi que son dynamisme en termes de partenariats au sein de projets conjoints de recherche et de veille sur les nouvelles dcouvertes scientifiques sur ce continent.
Quand les chercheurs retournent au Brsil, les liens scientifiques perdurent dans les rseaux et clusters de recherche, ce qui permet que de nouveaux projets soient mis en uvre. Le Programme Labex-Europe est un outil de coopration internationale qui, avec lappui dAgropolis International, permet de saffranchir des longues procdures bureaucratiques usuelles ncessaires lapprobation des projets de coopration scientifique internationale. En perspective, le Programme Labex-Europe a dmontr sa caractristique stratgique de renforcer
la qualit des recherches menes par lEmbrapa en permettant ses chercheurs de travailler dans des centres dexcellence scientifique et technologique. Mme petit, une caractristique garder pour permettre la coordination efficace, il a permis aux chercheurs europens de se confronter de nouvelles problmatiques de recherche et aux enjeux lis un pays mergent en plein essor technico-scientifique. En simpliquant dans la recherche de nouveaux produits et de rponses aux problmes de lagriculture tropicale, ces derniers ont progress dans les connaissances ncessaires pour faire face aux dfis globaux de lagriculture dans un scnario de changement climatique, de croissance dmographique urbaine et de ncessit de dveloppement de technologies pour lintensification durable en mme temps quon prserve lenvironnement. la fin, la mise en uvre de ces connaissances issues de la coopration internationale contribuera lutter contre la pauvret au niveau mondial.
Contact : Elisio Contini, contini@embrapa.br
Le mot du Dr Pedro Arraes Pereira, Directeur-Prsident de l'Embrapa
Depuis sa cration, le renforcement des capacits de recherche et la coopration scientifique sont centraux pour accomplir la vision de lEmbrapa : la gestion des ressources naturelles associe des technologies innovantes et bases sur la connaissance est le fondement dune agriculture intensive, durable et haute efficacit.
Au cours de cette priode les rcoltes au Brsil ont augment rgulirement jusqu 4 % lan, reprsentant une augmentation globale de 200 %, pendant que laugmentation de la surface pour lagriculture augmentait denviron 30 %. Parce quil prserve encore des terres de lutilisation agricole, le Brsil possde environ 60 % de son territoire class comme territoire indigne, rserve biologique ou parc naturel, en mme temps quil est un des leaders en production de biocarburants, fibres vgtales et produits alimentaires. Cependant, dans un scnario global de demande croissante en produits agricoles et face aux changements climatiques, l'acidit des sols, aux maladies mergentes autres dfis urgents, les institutions de R&D doivent dornavant travailler ensemble pour dvelopper des pratiques dintensification durable et des biotechnologies pour augmenter la productivit et fournir des services environnementaux tels que la prservation de la biodiversit et la qualit de leau. Malgr sa petite taille, le Labex-Europe a dj produit des rsultats qui concrtisent la vision de lEmbrapa en dveloppant ou en renforant des rseaux scientifiques ainsi que de nouvelles connaissances scientifiques. Par consquent, les rsultats du Labex-Europe contribuent significativement au dveloppement conomique et la conservation de l'environnement en harmonie. Ce faisant, lagriculture devient une composante-cl, et non un problme, vers un futur plus durable.
Contact : Pedro Arraes Pereira, presidencia@embrapa.br
Ainsi, notre atout le plus prcieux est notre ensemble de plus de deux mille chercheurs docteurs, avec leurs rseaux scientifiques. Cest pourquoi, il y a environ 15 ans, lEmbrapa a dvelopp le concept de laboratoires virtuels lextrieur , le Programme Labex. En tant qu'ancien coordinateur du Labex-tats-Unis, je suis tmoin de sa performance dans une coopration scientifique symtrique. Les rsultats du Labex-Europe, aprs 10 ans d'existence, montrent que la dcision stratgique prise par nos prcdents directeurs de s'associer avec Agropolis International a permis une bonne coordination de nos chercheurs sur tout le continent europen. Pour cela, lEmbrapa est extrmement reconnaissante de leur acceptation du concept Labex. La coopration scientifique explique une partie des ralisations brsiliennes en agriculture. En 40 ans, lEmbrapa est devenue un rseau de 47 centres de recherche, rpartis sur tout le territoire brsilien et couvrant nos cinq biomes.
LES RSULTATS DU LABEX-EUROPE CONTRIBUENT SIGNIFICATIVEMENT CE QUE LEMBRAPA PUISSE CONSTRUIRE UNE HARMONIE ENTRE LE DVELOPPEMENT CONOMIQUE ET LA CONSERVATION DE LENVIRONNEMENT.
Le mot du Dr Bernard Hubert, Prsident dAgropolis International,

Le monde change, comme si ce que nous appelons aujourdhui la globalisation ntait que le passage dun monde centr sur lOccident un monde multipolaire, dans lequel les pays mergeants revendiquent toute leur place. Nest-ce pas ce que font les pays du Cne Sud en affichant leurs ambitions de devenir des oprateurs de lagriculture et de lalimentation lchelle du globe ? Et nest-ce pas ce quils engagent en incitant leur recherche agronomique tablir les collaborations les plus fructueuses avec les meilleures quipes mondiales, en installant des plateformes aux tats-Unis, en Europe et en Asie ? LEmbrapa en est un remarquable prcurseur, cela fait dix ans maintenant quil rayonne en France et en Europe depuis Montpellier ! Et lINTA argentin se prpare faire de mme
incertitudes venir, ne manqueront pas de contribuer renouveler notre agenda de recherche. Mais si lagriculture reste ainsi une activit cruciale pour lhumanit, noublions pas que cette activit nest pas dsincarne : ce sont des hommes et des femmes dans le monde entier, qui chaque jour prennent soin de leurs cultures et de leurs animaux. Et nous devons galement nous intresser ce quil advient de ces gens du fait des changements en cours : leur vie professionnelle et familiale, leur charge de travail, leur rmunration, le devenir des territoires ruraux, ici et l, marqus par des histoires et des gographies singulires, les relations entre ces campagnes qui les nourrissent et des villes qui concentrent de plus en plus les populations du globe... Autant de questions que la recherche agronomique doit tre capable dtudier afin den anticiper les volutions et dexplorer les voies pour en assurer le futur de manire satisfaisante. Le seul dveloppement technologique ne garantit pas un dveloppement qui serait durable, respectueux de notre environnement et des socits quil impacte.Voil, je pense, des questions qui mriteraient dtre galement prises en compte dans nos collaborations avec les quipes brsiliennes facilites par limplantation du Labex Embrapa Montpellier. En tout cas, cest mon souhait le plus vif !
Je me rjouis donc de ces initiatives, qui font du Brsil le premier partenaire scientifique des quipes montpelliraines et dont la pertinence du bilan est reconnue et partage : initiatives communes de programmation, mobilits de chercheurs, renouvellement des problmatiques, des uns comme des autres, par la confrontation des mondes temprs et tropicaux. La recherche agronomique se globalise pour apporter des rponses aux questions de scurit alimentaire et de malnutrition, qui restent encore pendantes en ce dbut du XXIe sicle. Les mouvements dmographiques et les volutions comportementales qui sen suivent, la menace du changement climatique, la ncessit de reconsidrer laffectation des usages de la ressource en eau, et dautres
Contact : Bernard Hubert, hubert@agropolis.fr
Fabiano B stos/Embrapa a ian Basto /Embrapa ia tos Embrapa pa
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Depuis sa cration, lEmbrapa agit en troite collaboration avec diffrentes institutions internationales. LEmbrapa a dailleurs cr un Secrtariat des affaires internationales (SRI) en 2009 directement li au bureau du prsidentdirecteur, du fait de la demande accrue en technologies agricoles et de propositions de partenariats en provenance du monde entier.
Les mcanismes de coopration internationale de lEmbrapa

e secrtariat des affaires internationales (SRI) a mis en place trois volets : scientifique, affaires technologiques, et projets de structuration des nouvelles actions. La coordination scientifique, pour lchange des connaissances, a pour objectif dlargir les partenariats scientifiques et de consolider limage de lEmbrapa en tant quinstitut de recherche et dinnovation agricole de haute qualit. Cette coordination supervise la totalit du Programme Labex (tats-Unis, Europe, Core, Chine) et des accords bilatraux avec dautres institutions de recherche agricole, des universits ou des socits prives. Elle supervise galement les accords multilatraux avec le Consortium du CGIAR (Global Agricultural Research Partnership), les participants du PROCISUR (Programme de coopration pour le dveloppement technologique
agroalimentaire et agroindustriel du Cne Sud de lInstituto Interamericano de Cooperacin para la Agricultura) et encore dautres mcanismes impliquant plusieurs pays. Le Programme Labex rpond, dune part, au besoin doutils institutionnels pour amliorer la coopration internationale et, dautre part, la ncessit de crer les moyens ncessaires pour resserrer les relations stratgiques avec des institutions influentes de R&D agricole dans les pays les plus importants pour cette thmatique. La coordination des affaires technologiques a cr les bureaux de transfert de technologies en Afrique et en Amrique du Sud et centrale. Ces mcanismes jouent un rle important dans le positionnement de lEmbrapa en tant quinstitution capable de concevoir et de fournir des solutions technologiques aux dfis importants que sont la production agricole
durable, la scurit alimentaire et le changement climatique au niveau mondial. La coordination des projets de structuration ralise la veille des opportunits de financement auprs des gouvernements, institutions et organismes internationaux, afin de promouvoir des actions, programmes et projets dintrt pour lEmbrapa et de grer lexcution des projets en partenariat avec les bailleurs de fonds internationaux. Depuis 2012, le nouveau statut de lEmbrapa facilite ses actions et renforce sa stratgie lextrieur, en augmentant la flexibilit de la SRI dans le domaine scientifique ou de valorisation technologique (brevets, licences) et dans ses activits de coopration technique prises en charge par lAgence brsilienne de coopration du ministre des Affaires trangres.
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Labex-Europe Labex-Europe
Labex-Core Labex-Chine
Allemagne
Labex-Europe
Angleterre
Labex-tats-Unis
Core du Sud
Chine
France
Projet Embrapa-Afrique
tats-Unis
Mali
Projet Embrapa-Amriques Projet Embrapa-Afrique
Labex-Japon
Japon
Panama Venezuela
Ghana
Sngal
Mozambique
Coopration scientifique Coopration technique
Thmes du Programme Labex de lEmbrapa : Labex-tats-Unis, Core du Sud, Chine

En tant que mcanisme de coopration scientifique internationale, le Programme Labex voit ses thmes de recherche dfinis par la direction de lEmbrapa, partir de son Plan directeur, des priorits du gouvernement brsilien et danalyses de scnarios du futur. Les thmes de recherche ci-dessous ont t dfinis comme des priorits du Labex : TATS-UNIS DAMRIQUE Mcanismes de promotion de linnovation et nouvelles approches des questions de proprit intellectuelle Conservation des ressources gntiques, change et organisation de banques de matriel gntique Ressources gntiques de 1e et 2e gnration pour la production de biocarburant Changements climatiques globaux - Dynamique du carbone dans le sol et attnuation Gestion intgre des nuisibles et des maladies Agriculture de prcision Sant animale - Contrle intgr des maladies animales, virus aviaires et porcins, rsistance aux parasites gastro-intestinaux du mouton Nouvelles utilisations des produits agricoles Slection vgtale et biotechnologie - Rsistance aux maladies des haricots et sojas Scurit alimentaire - Produits laitiers Adaptation au changement climatique - Tolrance des cultures la scheresse Nanotechnologies appliques lagriculture et la production animale Prospection de la biodiversit pour des composs bioactifs Changement climatique - Impact sur les ressources en eau CORE DU SUD change et rgnration des ressources gntiques vgtales, cryoconservation (fraises et champignons) valuation, slection et dveloppement de matriels gntiques porcins pour amliorer la qualit de la viande et le gain de poids des lignages de mles reproducteurs porcins Production de biocarburant de 1e et 2e gnration partir du sorgho sucr Plantes mdicinales et aromatiques et phytochimie CHINE changes de ressources gntiques pour les banques de matriels gntiques Autres thmes dont biotechnologie ( dfinir en 2013) Un nouveau moteur des efforts de lEmbrapa concernant le dveloppement de technologies agricoles durables est le plan pour une agriculture faible mission de carbone * coordonn par le ministre brsilien de lAgriculture, de lAlimentation et de llevage**. Ce programme considre la demande croissante en nourriture, biocarburants et fibres (en quantit et qualit) comme une opportunit pour lindustrie agroalimentaire brsilienne, si cela se fait dune faon durable. Ainsi, le gouvernement brsilien incite fortement investir dans une R&D qui soit couple au renforcement des capacits afin de dvelopper des connaissances et des innovations pour une production agricole durable. La coopration scientifique internationale dans ce domaine se ralise dans le cadre de lInitiative pour une conomie verte du Programme des Nations Unies pour lEnvironnement***.
Contacts : Luciano Nass, coordinateur pour les changes de connaissances, luciano.nass@embrapa.br, Carlos Eduardo Lazarini Fonseca, coordinateur du Labex-tats Unis, labex.usa@ars.usda.gov, Gilberto Schmidt, coordinateur du Labex-Core du Sud, labex.korea@embrapa.br, Damares de Castro Monte, coordinatrice du Labex-Chine, damares.monte@embrapa.br
*www.agricultura.gov.br/abc ** www.agricultura.gov.br *** http://unep.org/civil-society/Portals/59/Documents/GMGSF12-GE-Conceptual-Issues.pdf
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Des mcanismes novateurs de coopration scientifique internationale : Labex-tats-Unis et clusters

Les dix prochaines annes seront celles de lamlioration du Programme Labex en tant que mcanisme innovateur pour la coopration scientifique internationale. De nouveaux outils institutionnels permettront daugmenter son potentiel de dveloppement de partenariats scientifiques de haute qualit. Deux nouveaux mcanismes oprationnels sont envisags court terme : Une interaction renforce entre le LabexEurope et le Labex tats-Unis grce de nouvelles alliances institutionnelles et des projets communs* pour faire face aux dfis agricoles globaux. Le Programme Labex peut agir comme interface scientifique de lEmbrapa avec ses principaux partenaires transatlantiques et asiatiques. Cette interface sera en lien avec les autres mcanismes de coopration internationale de lEmbrapa, via la Coordination pour lchange des connaissances du Secrtariat aux affaires internationales. Un bon exemple est le programme STAR-IDAZ*, dirig par le UK Department of Environment and Rural Affairs (DEFRA), dont lEmbrapa coordonne les actions en Amrique**, o la sant animale est un des thmes de recherche du Labex-tats-Unis. La cration dun cluster de chercheurs, un outil visant promouvoir la synergie oprationnelle entre les chercheurs du Labex actuellement ltranger et des quipes de chercheurs travaillant au Brsil sur le mme sujet. Des expriences ont dj montr le potentiel de recherche en cluster. Le chercheur Labex commence sa recherche telle que dcrite dans un projet dintrt commun (PIC). En fonction de lvolution de son travail et/ ou de lapparition dopportunits de financement, il peut contacter le Secrtariat aux affaires internationales qui, en collaboration avec le Dpartement R&D de lEmbrapa, trouvera des chercheurs issus du Systme National de Recherche Agricole brsilien qui pourraient contribuer cette nouvelle opportunit. Ce type de mcanisme en cluster augmente lefficacit dutilisation des ressources et amliore la gouvernance de la recherche.
* Comme par exemple : 7e programme-cadre STAR-IDAZ Global Strategic Alliances for the Coordination of Research on the Major Infectious Diseases of Animals and Zoonoses: www.star-idaz.net Mta-programmes de lInra : www.inra.fr/les_recherches/metaprogrammes Alliance mondiale de recherche sur les gaz effet de serre en agriculture: www.globalresearchalliance.org Alliance Mondiale de Recherche sur la Scurit alimentaire : www.gafsr.wur.nl/UK ** http://embrapa-labex-usa.com/Public/Default.aspx
Le chercheur brsilien accueilli

Paulo Hermann Jr. (Embrapa) est le chercheur le plus rcemment choisi (juin 2012) pour le Labex-Europe. Ingnieur lectrique, il possde un MSc ainsi qu'un PhD en Chimique Physique. Il a t recrut pour dmarrer un nouveau thme de recherche, Dveloppement de mthodes de phnotypage haut dbit . Ses travaux l'Embrapa concernent l'instrumentation applique l'agrobusiness, telle que l'application du microscope force atomique, le dveloppement de senseurs faible cot utilisant des polymres conducteurs pour valuer la maturit des fruits, ou encore des nano-bio-capteurs avec des microcantilevers. Pour lui, l'opportunit de devenir un chercheur Labex au Forschungszentrum Jlich permettra de mieux caractriser des fonctions biologiques et des procds ncessaires pour phnotyper des espces cultives, surtout pour des milieux tropicaux. Contact : herrmann@cnpdia.embrapa.br
Le Labex-Europe en Allemagne
Le Labex-Europe stablit en Allemagne au Forschungszentrum Jlich*, un des plus grands centres de recherche de lAssociation Helmholtz, qui regroupe 18 centres de recherche en Allemagne. Laccord a t sign en janvier 2012 Berlin. Les thmes abords par cette coopration scientifique porteront sur le dveloppement de mthodes avances de phnotypage des plantes grande chelle et sur des tudes pour le dveloppement durable dans un scnario dconomie verte (bioconomie).
Cludio Lucas Capeche/Embrap C udi Lucas Capeche/Embrapa Clud o Lucas Ca d c s e Emb Embra
Le laboratoire daccueil
Forschungszentrum Jlich Plant Sciences Institute L'Institut des Sciences des Plantes est un leader mondial dans le champ mergeant du phnotypage des plantes - l'analyse quantitative de la structure et de la fonction de la plante par des mthodes non-invasives. Le but est de faire le lien entre gntique et technologies molculaires d'une part, et la culture et la gestion des plantes base sur la connaissance, d'autre part. Il est important de souligner que le Jlichs Institute of Plant Sciences implmentera de faon rciproque un Labex Allemagne au Brsil . Le contrat a t sign lors de la visite Brasilia, le 5 octobre 2012, du ministre allemand de l'ducation nationale et de la Recherche, Pr Dr Annette Schavan. www.fz-juelich.de/ibg/ibg-2/EN/Home Correspondant scientique : Pr Dr Ulrich Schurr, u.schurr@fz-juelich.de
Les rsultats seront utiliss pour concevoir des systmes de production intgrs et durables pour la bio-conomie de lalimentation, pour les ressources renouvelables et la bionergie.
Contact : Ulrich Schurr, u.schurr@fz-juelich.de
Lire larticle original : www.fz-juelich.de/SharedDocs/Pressemitteilungen/UK/EN/2012/12-01-20labex.html * www.fz-juelich.de/portal/EN/Home/home_node.html/
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Le Programme Labex fournira une plateforme de coopration entre des chercheurs brsiliens et allemands de l'Institut Jlich, du Bioeconomy Science Center et autres institutions de recherche. Lobjectif est daugmenter le rendement et la qualit des cultures tout en minimisant lempreinte sur la ressource. Limplantation du Labex montre lintensit du partenariat scientifique entre lAllemagne et le Brsil, des nations leaders pour les sciences en Europe et Amrique latine, concentrant leurs efforts pour relever les dfis futurs et contribuer un approvisionnement durable de nourritures, de ressources renouvelables et de bionergie. Lanne germanobrsilienne 2010/2011 de la Science, de la Technologie et de lInnovation a renforc ce partenariat et a abouti cette coopration concrte appuyant la recherche agronomique dans un contexte de bio-conomie (Annette Schavan, ministre allemand de lducation nationale et de la Recherche).
Le mcanisme oprationnel du Labex

Le Labex est structur par des accords signs entre lEmbrapa et ses partenaires internationaux : Un accord-cadre avec linstitution partenaire* permet ladministration du programme, dfinit les conditions gnrales de proprit intellectuelle ainsi que les mcanismes de rsolution des conflits ventuels. La slection prliminaire de linstitution potentielle daccueil du chercheur Labex est dcide par les directeurs de lEmbrapa. LEmbrapa lance un appel candidature interne afin de slectionner des chercheurs seniors. La slection dun chercheur se fait sur son plan daction Vision Statement , ses comptences professionnelles et sa connaissance des langues trangres. Une discussion sengage entre le chercheur Labex, son correspondant scientifique et la coordination pour signer un projet dchange des connaissances , contrat renouvelable de deux ans. La performance du chercheur et du partenariat dans son ensemble est value une fois par an par une mission dvaluation constitue de personnes de lEmbrapa, de linstitution partenaire* et de scientifiques invits. La coordination d'ensemble ainsi que de chaque Labex sont galement valus chaque anne par une commission.
* Agropolis International, pour le Labex-Europe
Activits de recherche des coordinateurs du Programme Labex-Europe

Outre leurs tches administratives et de prospection, les coordinateurs des Programmes Labex doivent consacrer jusqu 30 % de leur temps la recherche. Les thmes de recherches des coordinateurs du Labex-Europe ont t jusqu prsent lconomie agricole, les modalits organisationnelles de la recherche publique et la microbiologie du rumen, comme dcrit dans la liste des publications. Ces recherches ont t ralises soit directement, soit par lencadrement dtudiants, doctorants ou post-doctorants. Une autre activit importante est la cration dopportunits pour aller plus loin dans la coopration scientifique internationale. Un exemple tait le Colloque International de Microbiologie du Rumen, organis par le Labex-Europe au sein du plus grand Congrs brsilien de Science animale, la runion annuelle de la Socit Brsilienne de Zootechnie, en juillet 2012. Cet vnement a runi neuf scientifiques des quatre continents. Il a permis de prsenter l'tat de l'art dans ce domaine qui est crucial pour le dveloppement de technologies permettant de fortes productivits animales avec, d'une part, moins d'impacts environnementaux (missions de mthane, utilisation des terres), et dautre part une plus grande efficacit (faibles cots de production, taux levs de conversion des aliments en produits animaux). De cet vnement, plusieurs contacts directs ont t nous entre de nombreux groupes de recherche brsilien prsents, et les principaux leaders des plus importantes quipes de recherche dans le monde, crant des opportunits de recherche, de formation et de dveloppement technologique.
Les coordinateurs du Programme Labex-Europe,
de gauche droite : Pedro Arcuri (de 2009 2013), Luis Vieira (de 2005 2008) et Elisio Contini (de 2002 2004)
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Marcos Esteves/Embrapa
Zineb Benchekchou/Embrapa
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Katia Pichelli/Embrapa

Une gestion des ressources naturelles adapte et associe des technologies bases sur la connaissance, est le fondement dune agriculture durable, efficace et intensive. Cette association reprsente une opportunit unique de construire un dveloppement en harmonie avec la protection de l'environnement. Lagriculture est alors une solution et non un problme, si la conservation de la biodiversit et de lenvironnement est bien prise en compte.
u cours des 40 dernires annes, les rendements des cultures au Brsil ont augment de 4 % par an (200 % au total) et les surfaces agricoles de 30 %. Le dveloppement des technologies agricoles a permis de prserver les terres dune utilisation agricole extensive. Le Brsil a 60 % de son territoire occup lgalement par des territoires autochtones, rserves biologiques et parcs naturels.
Trois chercheurs du Labex ont ainsi contribu la gestion des ressources naturelles : Dr Jos Madeira, premier chercheur du Labex sur ce thme, a rejoint le Laboratoire dtude des Interactions Sol, Agrosystme et Hydrosystme (Inra, IRD, Montpellier SupAgro) afin dtudier lhydrologie des milieux cultivs. Son travail concernait la modlisation des interactions entre pratiques agricoles et indices environnementaux par le dveloppement et la validation de modles, et par ltablissement dindices de vgtation pour des cultures ayant une canope discontinue (vignobles, vergers). Les donnes provenaient de lanalyse dimages, en collaboration avec la Maison de la Tldtection (Montpellier, France). Les modles dvelopps dcrivent les coulements deau et limpact des pratiques de gestion dans des micro-bassins prsentant une occupation agricole intensive. Le Labex a ensuite reu le Dr Geraldo Stachetti Rodrigues au sein de lUR Performance des systmes de culture des plantes prennes (Cirad) pour raliser une tude dimpact et dvelopper des indicateurs de systmes intgrs pour la gestion environnementale dactivits rurales.
Depuis 2 ans, le programme pour lagriculture faible mission de carbone au Brsil cre les financements et incitations ncessaires ladoption par les agriculteurs de pratiques et de technologies agricoles durables. Le systme de recherche agricole brsilien, coordonn par lEmbrapa et incluant plus de 70 universits et instituts de recherche agronomique, dveloppe des pratiques durables dintensification pour la fois augmenter la productivit et fournir des services environnementaux. Ce systme dveloppe de nouvelles technologies et politiques pour faire de ce programme pour lagriculture faible mission de carbone une ralit conomique. La recherche a contribu la conception dautres politiques de protection forestire et de nouvelles pratiques permettant de diminuer la dforestation en Amazonie.
Son quipe a utilis une approche intgre pour valuer lhuile de palme selon les normes internationales de certification environnementale et des critres de durabilit senso strictu. Ce travail visait ltablissement dindicateurs pour des systmes de cultures prennes : durabilit cologique, viabilit conomique, quit sociale dactivits rurales de production axes sur le dveloppement durable. Le travail a permis de consolider les avances scientifiques des partenaires en matire de dveloppement agricole durable. Les mthodes de tldtection et lanalyse dimages sont devenus des outils essentiels pour le suivi agronomique et le suivi du changement de lutilisation/ occupation des terres. Le Labex a reu la Dr Margareth Simes pour partager expertises et mthodes avec lUMR Territoires, Environnement, Tldtection et Information Spatiale (AgroParisTech, Cirad, Irstea) Montpellier et tudier la dynamique de zones rurales par linterprtation des changements dutilisation des terres. Les rsultats fourniront des outils robustes appuyant les politiques publiques dans la transition ncessaire dun modle dagriculture extensive vers un modle cologiquement intensif.
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ACTIVITS

Jos Madeira (Embrapa) a effectu un sjour de prs de trois ans au sein du LISAH (avril 2002-fvrier 2005) an dtudier lapport de la rectance spectrale des sols dans la cartographie des proprits des sols. Contact : jose.madeira@embrapa.br
Jos Madeira
Modliser les interactions Pratiques de gestion - Qualit environnementale . Des modles dvelopps pour calculer des indices de vgtation pour les cultures feuillage caduc (vignes) via la tldtection permettent de simuler des systmes complexes (micro-bassins avec une occupation agricole intensive des terres) afin de dcrire et caractriser les flux hydriques, les intrants associs et limpact des pratiques de gestion.
Contact : Jos Madeira, jose.madeira@embrapa.br
Marc Voltz est lancien directeur du Laboratoire dtude des Interactions SolAgrosystme Hydrosystme qui a accueilli pendant trois ans un chercheur brsilien.
I N T E RV I E W
Est-ce que vous collaboriez avec le Brsil en gnral, et avec lEmbrapa en particulier, avant la venue dun chercheur du Labex dans votre quipe ? Nous avions accueilli des doctorants et des visiteurs brsiliens, dont un chercheur de lEmbrapa, mais pas dans un cadre formalis comme celui du Labex. Quel bilan tirez-vous de lexprience ? Quest-ce que cette collaboration a apport votre quipe ? Le chercheur de lEmbrapa, Jos Madeira, avait une ide prcise que nous avons dveloppe avec lui : utiliser la rflectance spectrale des sols, observable par tldtection pour cartographier les proprits des sols, dont la connaissance est toujours limite au niveau mondial. Les rsultats obtenus ont t trs positifs et ont motiv la poursuite de cet axe de recherche. Nous avons organis le 1er atelier de travail international sur la cartographie numrique des sols auquel plusieurs chercheurs brsiliens ont particip. Y a-t-il aujourdhui le chercheur brsilien tant reparti chez lui un suivi et/ou des consquences en termes de partenariats entre votre quipe et des institutions brsiliennes ? Un projet commun avec lEmbrapa a t envisag sur lvaluation environnementale des impacts de la culture de canne sucre, dont limportance augmente au niveau mondial du fait du besoin dagrocarburants. Une premire version du projet incluant un laboratoire de lEmbrapa et lUniversit de Campinas a t mis en attente du fait de la difficult de trouver un site exprimental rpondant aux critres scientifiques et oprationnels souhaits. Contact : Marc Voltz, voltz@supagro.inra.fr
UMR LISAH Laboratoire dtude des Interactions Sol, Agrosystme et Hydrosystme (Inra/IRD/Montpellier SupAgro) 70 personnels scientiques et techniques Directeur : Jrme Molenat, jerome.molenat@supagro.inra.fr www.umr-lisah.fr Correspondant scientique : Philippe Lagacherie, lagache@supagro.inra.fr
ACTIVITS
Geraldo Stachetti
Indice intgr de durabilit de la culture du palmier huile Une mthode de gestion environnementale intgre un indice de durabilit a t dveloppe pour la culture du palmier huile (collaboration Cirad/Labex : la mthode APOIA - NovoRural). Cet outil dvaluation a t test au Brsil puis dans des plantations grande chelle et chez de petits producteurs (Indonsie) pour vrifier sa pertinence dans des contextes productifs contrasts. Il a t prsent dans diffrents ateliers comme support la dcision pour prparer les exploitations la certification. Il a fait lobjet dune ngociation internationale pour amliorer la filire palmier huile . Systme dindicateurs de performance pour les systmes agroforestiers traditionnels (TAPIS) Le projet Caractrisation et valuation de la performance agro-cologique de systmes de cultures associes dans les tropiques humides a dvelopp le systme dindicateurs TAPIS (collaboration Cirad/ Labex-Europe) partir de donnes issues de systmes agroforestiers camerounais. Il intgre des indicateurs de performance agro-conomiques et agro-cologiques en vue de classer les exploitations et dmettre des recommandations pour amliorer leur durabilit. Plateforme mthodologique pour lvaluation de la durabilit Au sein du programme Environmental Accounting, Sustainability Indicators and Environmental Management of Rural Activities (collaboration Inra/Labex-Europe), cette plateforme a permis dtudier la performance nergtique et conomique de la filire banane en Guadeloupe.
Contact : Geraldo Stachetti Rodrigues, stacheti@cnpma.embrapa.br
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I N T E RV I E W
Jean-Luc Battini et ric Gohet sont respectivement lancien et lactuel directeur de lUPR Cirad Performance des systmes de culture des plantes prennes qui a accueilli pendant deux ans un chercheur brsilien.
Est-ce que vous collaboriez avec le Brsil en gnral, et avec lEmbrapa en particulier, avant la venue dun chercheur du Labex dans votre quipe ? Ces dernires annes, sans dvelopper de collaborations formelles, notre UPR a toujours eu des contacts rguliers avec des institutions de recherche brsiliennes comme le CEPEC/CEPLAC (recherche sur le cacaoyer), lInstitut Agronomique de Campinas (recherche sur le cafier), ainsi quavec les centres de recherche de lEmbrapa en rgion amazonienne de Manaus (recherche sur lhva et le palmier huile, station de Rio Urubu). LUPR pratique aussi de lexpertise agronomique auprs des agro-industries de palmier huile et dhva en rgion amazonienne et Bahia. Quel bilan tirez-vous de lexprience ? Quest-ce que cette collaboration a apport votre quipe ? Ce fut une exprience trs positive mais trop courte. La collaboration active de Geraldo Stachetti au sein de notre quipe travaillant sur lvaluation des impacts agrienvironnementaux a ouvert notre rflexion sur limportance de la prise en compte des
Jean-Luc Battini ric Gohet

Geraldo Stachetti Rodrigues (Embrapa) a effectu un sjour de deux ans et demi au sein de lUPR Performance des systmes de culture des plantes prennes (mars 2007-septembre 2009) an de participer la mise au point dun outil dvaluation des impacts agri-environnementaux des systmes dexploitation base de plantes prennes. Contact : stacheti@cnpma.embrapa.br
facteurs socioconomiques et lanalyse intgrative de tous les types dindicateurs. Nous avons pu tester chez quelques-uns de nos partenaires agroindustriels du palmier huile, principalement en Indonsie, le programme de gestion des impacts agrienvironnementaux cr par Geraldo lEmbrapa (mthode APOIA). Y a-t-il aujourdhui le chercheur brsilien tant reparti chez lui un suivi et/ou des consquences en termes de partenariats entre votre quipe et des institutions brsiliennes ? Oui, bien entendu. Je ne suis plus le directeur de cette UPR depuis maintenant plus de trois ans, mais je me suis entretenu ce matin mme avec la Dr Maria do Rosario Lobato Rodrigues, une des responsables du programme de recherche sur le palmier huile lEmbrapa de Manaus, qui effectue actuellement dans lUPR un sjour postdoctoral en cophysiologie. Contacts : Jean-Luc Battini, jean-luc.battini@cirad.fr & ric Gohet, eric.gohet@cirad.fr
UPR Performance des systmes de culture des plantes prennes (Cirad) 21 personnels scientiques et techniques Directeur : ric Gohet, eric.gohet@cirad.fr www.cirad.fr/ur/systemes_de_perennes Correspondant scientique : Jean-Luc Battini, jean-luc.battini@cirad.fr
Mthode APOIA-NovoRural :
valuation de limpact environnemental des activits rurales
0,85 (i) cologie du paysage (iia) atmosphre (iib) eau (iic) sol (iii) valeurs conomiques (iv) valeurs socioculturelles (v) gestion et administration
indices de performance environnementale
0,80 0,75 0,70 0,65 0,60 0,55 0,50 0,0
Les indices de performance environnementale, observs dans de nombreuses tudes de cas (n=177) ralises avec la mthode APOIA-NovoRural, mnent une hypothse intressante et un postulat de valeur pour la gestion environnementale. Ces tudes ont pris en compte des chelles productives et des secteurs agricoles extrmement divers, et ont considr cinq dimensions de la durabilit : (i) cologie du paysage, (ii) qualit environnementale, (iii) valeurs conomiques, (iv) valeurs socioculturelles et (v) gestion et administration. Les rsultats montrent que limportance relativement plus leve de la dimension gestion et administration sexplique par linfluence du profil de lagriculteur, de la capacit managriale et des relations institutionnelles sur lensemble des impacts environnementaux. Cela signifie que le dveloppement et ladoption doutils de gestion environnementale, tels que le systme dindicateurs APOIA-NovoRural, se rvlent d'une grande utilit pour promouvoir une agriculture durable.
Pour plus dinformations : Rodrigues G.S. et al., 2010.
0,2
0,4
0,6
0,8
1,0
Indices de performance (n=177)
Contact : Geraldo Stachetti Rodrigues, stacheti@cnpma.embrapa.br

TMOIGNAGE ET ACTIVITS DE RECHERCHE
Margareth Simes
Contribuer au Programme Labex fut une exprience enrichissante, notamment par: i) le renforcement des comptences (suivi d'tudiants africains, brsiliens et franais), ii) la participation un rseau international de recherche sur la dynamique de changement d'usage du sol, iii) la soumission de projets des financements europens. Ces ralisations ont permis le leadership ou la participation de chercheurs de l'Embrapa et d'universits dans le cadre de ce rseau et permettront la prolongation de ce partenariat scientifique dans les prochaines activits du Labex. Trois axes de coopration ont t tablis avec les partenaires europens, liant les avances en tldtection avec les directives du programme brsilien Agriculture faible mission de carbone . Dynamique de lusage du sol en agriculture base sur la tldtection : utilisation de sries temporelles de donnes satellite bas cot pour : suivre la dynamique du changement de l'usage agricole du sol ; identifier les zones o sont mis en place des systmes durables de production agricole tels que les systmes intgrs fort-agriculture-levage ou les systmes de double culture. Ce travail est ralis en produisant de faon semi-automatique des cartes dutilisation des sols et en produisant des indices issus de limagerie satellite, dans le but danalyser lvolution des pratiques agricoles et la durabilit du systme agricole brsilien. Projet approuv : Qualification des produits phnologiques MODIS par modlisation agro-climatique et donnes de terrain , financement du Programme National de Tldtection Spatiale Embrapa,Cirad UMR TETIS, IRD UMR Espace-DEV, UMR GETS (CNRS, IRD, CNES, Universit de Toulouse).
Biodiversit et production agricole La biodiversit, en tant que composante des pratiques agricoles durables (telles que dfinies par l'Embrapa en Amazonie) et son rle dans lattnuation des changements climatiques, sont tudis partir dune approche multi-chelle de profils temporels issus de la tldtection coupls des indices de durabilit et de modlisation dusage du sol. Projet approuv runissant 12 institutions de recherche internationales, le projet ROBIM (Role of Biodiversity in Climate Change Mitigation), financ par la Commission Europenne (FP7), est important pour la mise en uvre de financement de projets REDD+ pour les forts tropicales. L'atelier international Dynamique territoriale de lAmazonie par tldtection (Montpellier, janvier 2012) a permis de monter et soumettre des projets conjoints de recherche, visant mieux intgrer les quipes franco-brsiliennes travaillant en Amazonie et largir les rseaux scientifiques existants. Indices environnementaux pour lvaluation de la durabilit des systmes agricoles : les travaux du chercheur de lEmbrapa M. Rodrigo Ferraz, dans le cadre dune thse de doctorat en co-direction (Labex, Universit Rennes 2/Costel en France et l'Universit de l'Etat de Rio de Janeiro au Brsil), ont abouti un systme d'indicateurs pour valuer la durabilit hydrologique et limpact sur les services environnementaux du dveloppement des plantations de canne sucre. Ce rsultat est particulirement important pour le Brsil o la production de biocarburants est en pleine expansion.
Contact : Margareth Simes, margareth.simoes@embrapa.br
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Jean-Philippe Tonneau est le directeur de lUMR Territoires, Environnement, Tldtection et Information Spatiale qui a accueilli pendant deux ans un chercheur brsilien.
Est-ce que vous collaboriez avec le Brsil en gnral, et avec lEmbrapa en particulier, avant la venue dun chercheur du Labex dans votre quipe ? Certains chercheurs du Cirad et de TETIS collaboraient avec lEmbrapa depuis plus de 25 ans, mais sur des thmatiques diffrentes de celles prises en compte par laccord. Un de nos chercheurs est affect en Amazonie, dans un dispositif en partenariat dont lEmbrapa Amazonie Oriental (Par) est partenaire. Lenjeu tait d'intgrer linformation spatiale, obtenue par la tldtection, dans les activits de programmation et de planification menes dans ce cadre (zonage agro-cologique, territoire de la citoyennet). Quel bilan tirez-vous de lexprience ? Quest-ce que cette collaboration a apport votre quipe ? Le bilan que nous tirons est trs positif. Nous nous sommes rapprochs des centres de lEmbrapa, grce des ateliers d'changes et d'laboration de projets internationaux. De manire plus oprationnelle, la collaboration nous a permis d'changer sur les mthodes d'analyse et de traitement d'images. Elle nous a permis galement de rflchir des dmarches oprationnelles permettant l'intgration de mthodes d'analyse spatiale et paysagre. Y a-t-il aujourdhui le chercheur brsilien tant reparti chez lui un suivi et/ou des consquences en termes de partenariats entre votre quipe et des institutions brsiliennes ? Les mthodes de tldtection dveloppes grce la collaboration TETIS/Labex-Europe pourront tre utilises au Brsil. Un projet a t dpos lappel d'offre Agropolis Fondation/CAPES sur les interactions entre pratiques agricoles et biodiversit . Un projet a t approuv par le Programme National de Tldtection Spatiale sur la qualification des produits phnologiques MODIS par modlisation agro-climatique et donnes de terrain . Contact : Jean-Philippe Tonneau, jean-philippe.tonneau@cirad.fr

Margareth Simes (Embrapa) a effectu un sjour de deux ans au sein de lUMR TETIS (octobre 2010-octobre 2012) an dtudier les possibilits de la tldtection dans le suivi de lagriculture et de la dynamique de lutilisation du sol pour une agriculture basse mission de carbone.
Contacts : margareth.simoes@teledetection.fr margareth.labex@gmail.com margareth.simoes@embrapa.br
UMR TETIS Territoires, Environnement, Tldtection et Information Spatiale (AgroParisTech/Cirad/Irstea) 90 personnels scientiques et techniques Directeur : Jean-Philippe Tonneau, jean-philippe.tonneau@cirad.fr http://tetis.teledetection.fr Correspondant scientique : Jean-Philippe Tonneau
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2 1
1
MDA Information Systems, USGS, NASA
2
1. Rserve du dveloppement durable Uatum
(Amazonie) 2. Rgion de la fort nationale du Tapajs (Par) 3. Rgion d'exploitation agricole avec des plantations de canne sucre au Sud du Goias
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Raphael Santos/Embrapa

Au niveau mondial, le Brsil est un acteur important de la production agricole, de la transformation et de l'exportation de produits alimentaires. Une des priorits de lEmbrapa est damliorer la comptitivit de lagriculture brsilienne via la valeur ajoute des produits agricoles tout en assurant la scurit sanitaire des aliments. Le thme des technologies agroalimentaires au sein du Labex-Europe apparaissait comme une vidence en raison de la longue tradition dexcellence de lEmbrapa en matire de transformation et de qualit des aliments.
e Labex-Europe a contribu aux recherches sur les technologies alimentaires au travers de quatre chercheurs : La Dr Regina Lago, spcialiste des graisses et huiles, a collabor avec lUMR Ingnierie des Agropolymres et Technologies mergentes (Cirad, UM2, Inra, Montpellier SupAgro) dont lobjectif gnral est de mieux connatre les fonctionnalits des produits vgtaux et de leurs constituants en vue daugmenter leurs performances pour des usages alimentaires et non alimentaires. Le ricin, Ricinus communis, a t choisi en raison de son potentiel en tant que biocarburant ou huile vgtale de grande qualit et de haute valeur pour la chimie industrielle. La Dr Heloisa Filgueiras, spcialiste de la physiologie post-rcolte, fut la premire chercheure du LabexEurope affecte hors de Montpellier. Aprs une brve collaboration avec Patrick Varoquaux (Inra), elle travailla lUniversit dAvignon et lInra sur le projet dintrt commun Effets des prtraitements de conservation de lgumes sous atmosphre modifie .
Dernirement, deux scientifiques ont pris en charge ce thme des technologies agroalimentaires Dijon. La Dr Rosires Deliza a intgr le Centre des Sciences du Got et de lAlimentation (CNRS, Inra, Universit de Bourgogne) qui
* www.truefood.eu
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Ce partenariat de recherche avec le Laboratoire de Physiologie des Fruits et Lgumes (UAPV), et la Prof Huguette Sallanon en tant que correspondant scientifique, visait lamlioration de la qualit des produits vgtaux de la fourche la fourchette en dveloppant toute la filire Fruits et lgumes . Deux axes de recherche ont t mis en place : ltude de la rponse de la plante et de ses fruits aux conditions environnementales et lamlioration de la conservation post-rcolte des fruits et lgumes frais. Le travail couvrait un large spectre allant des mangues aux endives et visait tudier les alternatives possibles aux mthodes chimiques de conservation de vgtaux peu transforms. Lobjectif tait de contrler les processus mtaboliques pour diffrer le noircissement enzymatique et la snescence tout en prservant les composants fonctionnels.
tudie le comportement alimentaire et son contrle. Lapproche propose est celle de la physiologie sensorielle compare. Son travail, en collaboration avec la Dr Sylvie Issanchou, sintressait lvaluation des ractions du consommateur de nouveaux produits alimentaires affichant des qualits nutritionnelles amliores. Leur travail incluait la participation au projet TrueFood*, partiellement financ par la Commission europenne, ainsi que lutilisation doutils exprimentaux dconomie avance. En mme temps, le Dr Amauri Rosenthal travaillait au Laboratoire de Gnie des Procds Microbiologique et Alimentaires (Inra, AgroSup Dijon) dirig par le Pr Patrick Gervais. Lobjectif tait ltude des effets des hautes pressions et microondes sur les spores bactriennes, problme de la transformation alimentaire important en matire de sant publique. Cette recherche a permis de mieux connatre le rle du contenu hydrique des spores sur la viabilit des cellules et les mcanismes dinactivation des spores.
TMOIGNAGE
Regina Lago
Chercheurs seniors avec une famille et une carrire, nous avons beaucoup gagner, mais on laisse aussi beaucoup de choses derrire soi. Limplantation du Labex en France a permis de dvelopper une activit de prospection visant un dialogue plus efficace avec les autres acteurs de lEmbrapa, notamment travers la production de notes et rapports techniques sur de nouvelles connaissances et leur circulation au sein dun rseau au Brsil. Le dialogue sest nou mais les ractions ne furent pas la hauteur des actions bien que les informations aient t lues et analyses. Le choix dune thmatique pour slectionner un chercheur doit prendre en compte sa pertinence et son positionnement la frontire des connaissances ainsi que la masse critique existante, ou en construction, au sein de lEmbrapa et du systme de recherche brsilien. Lactivit du chercheur aura ainsi plus de chance de russir ; ce qui ne le dispense pas dtre proactif. La Direction des relations internationales et la Direction scientifique ont un rle jouer et les chercheurs du Labex doivent contribuer au dveloppement des relations scientifiques avec lEurope. La technologie des huiles et graisses tant ma thmatique de travail, Jean Graille (Cirad) fut mon correspondant franais. Un mois plus tard, il prenait sa retraite. LUMR IATE a alors t approche. Les laboratoires et lusine pilote alors mis en place abritent toujours le laboratoire
FAIRE PARTIE DUNE QUIPE LABEX EST UN CHANGEMENT DE VIE IMPORTANT.
de Lipotechnie (Cirad). Nous avons appuy un projet CAPES-COFECUB* dirig par le Centre dinstrumentation agriculture-levage (Embrapa). Nous avons travaill sur le ricin, qui, un an plus tard, devenait une plante vedette au Brsil en raison de son potentiel agro-nergtique. Les rsultats ont permis des publications mme aprs mon retour au Brsil. Une tudiante (Universit de Rio de Janeiro) a travaill six mois sur ce projet, aboutissant au dpt dun brevet. Une doctorante (Universit de Campinas) a ralis un stage dans lquipe Lipides et lInstitut des Membranes de Montpellier. lpoque, le centre navait pas un potentiel suffisant sur les huiles et graisses et les consquences de mon sjour nont pas t significatives. Ds mon retour, je me suis occupe des relations internationales puis jai pris la direction du Centre Embrapa de Technologie Agroalimentaire en avril 2008. Jai maintenu les liens avec lUMR IATE ; nous avons prsent un projet commun au Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientfico e Tecnolgico - CNPq. Jai t invite Paris par lAssociation Franaise pour ltude des Corps Gras pour donner une confrence sur les huiles de ricin et de jatropha (journe Chevreul ). Le recrutement de deux chercheurs dans le domaine des huiles et graisses permettra llaboration de projets communs et une relation plus forte avec le Cirad et les autres quipes franaises du secteur.
Contact : Regina Lago, lago@ctaa.embrapa.br

* CAPES : Coordination pour le Perfectionnement du Personnel de lEnseignement Suprieur Ministre de lducation / COFECUB : Comit Franais dvaluation de la Coopration Universitaire et Scientifique avec le Brsil
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Regina Lago (Embrapa) a effectu un sjour de prs de trois ans au sein de lUMR IATE (octobre 2002-octobre 2005) an didentier de nouvelles sources denzymes vgtales isoles de la biomasse brsilienne (dveloppement dun processus dextraction de la lipase de ricin) et la transformation de lhuile de ricin pour la production de drivs lipidiques haut intrt nutritionnel. Contact : lago@ctaa.embrapa.br
Pierre Villeneuve et Michel Pina sont des chercheurs de lUMR Ingnierie des Agropolymres et Technologies mergentes qui a accueilli pendant trois ans un chercheur brsilien.
Est-ce que vous collaboriez avec le Brsil en gnral, et avec lEmbrapa en particulier, avant la venue dun chercheur du Labex dans votre quipe ? En gnral avec le Brsil, non. Mais avant la venue du chercheur du Labex, lUMR IATE avait eu une tude contractuelle avec le professeur Daniel Barrera-Arelano de lUniversit de Campinas sur la valorisation des bagasses de canne sucre. Quel bilan tirez-vous de lexprience ? Quest-ce que cette collaboration a apport votre quipe ? Cette exprience a apport un enrichissement mutuel, notamment grce la connaissance approfondie de Rgina Lago de la chimie des corps gras.
Cette collaboration a de plus t trs fructueuse, dune part, sur le plan des publications et des communications dans les congrs internationaux ainsi Pierre Vileneuve que des changes dtudiants et, dautre part, sur le plan des relations humaines. Y a-t-il aujourdhui le chercheur brsilien tant reparti chez lui un suivi et/ou des consquences en termes de partenariats entre votre quipe et des institutions brsiliennes ? Le contact nest pas rompu et nous continuons dentretenir des relations avec la Pr Rgina Lago mme si, ce jour, rien de concret ne sest poursuivi compte tenu de nos thmes actuels de recherche, notamment celui sur le ricin qui nest plus une de nos priorits. Contacts : Pierre Villeneuve, pierre.villeneuve@cirad.fr et Michel Pina, pina@cirad.fr
UMR IATE Ingnierie des Agropolymres et Technologies mergentes (Montpellier SupAgro/Inra/UM2/Cirad) 78 personnels scientiques et techniques permanents Directeur : Hugo De Vries, devries@supagro.inra.fr http://umr-iate.cirad.fr Correspondants scientiques : Stphane Guilbert, guilbert@supagro.inra.fr et Pierre Villeneuve, pierre.villeneuve@cirad.fr
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Huguette Sallanon est la directrice de lUMR Scurit et qualit des produits dorigine vgtale qui a accueilli pendant trois ans un chercheur brsilien.
Est-ce que vous collaboriez avec le Brsil en gnral, et avec lEmbrapa en particulier, avant la venue dun chercheur du Labex dans votre quipe ? Non, nous navions pas de collaborations avec le Brsil auparavant. Quel bilan tirez-vous de lexprience ? Quest-ce que cette collaboration a apport votre quipe ? Cette collaboration a t des plus enrichissantes. Pour un laboratoire, accueillir un chercheur qui a une longue exprience en recherche est une vritable chance. Heloisa Filgueiras nous a transmis ses connaissances dans le domaine de la post-rcolte des fruits, en particulier des fruits tropicaux. Cest ainsi que nous avons pu dvelopper des travaux sur la transformation de la mangue en quatrime gamme, co-encadrer plusieurs thses de doctorat et obtenir plusieurs appels doffre de coopration franco-brsilienne. Nous avons dvelopp de nombreux changes avec dautres partenaires au Brsil et avons reu huit personnes, chercheurs confirms, post-doctorants, doctorants, en provenance du Brsil pour des dures de quelques semaines plusieurs mois. Heloisa Filgueiras nous a apport beaucoup tant au niveau scientifique que culturel ; lensemble du laboratoire a dcouvert le Brsil, y a sjourn et espre y retourner. Nous aurions tous souhait quelle puisse rester plus longtemps et cest avec tristesse que le laboratoire la vue repartir au Brsil. Y a-t-il aujourdhui le chercheur brsilien tant reparti chez lui un suivi et/ou des consquences en termes de partenariats entre votre quipe et des institutions brsiliennes ? Oui, nous avons gard des contacts avec Heloisa Filgueiras et avec les chercheurs brsiliens avec lesquels nous avions chang. Actuellement, un professeur du laboratoire est en voyage au Brsil. Le Brsil est devenu un des pays privilgis pour le dveloppement des relations internationales de lUAPV et nous souhaitons poursuivre, bien sr, ce partenariat. Contact : Huguette Sallanon, huguette.sallanon@univ-avignon.fr

Heloisa Filgueiras (Embrapa) a effectu un sjour de trois ans (novembre 2005 juillet 2008) au sein de lquipe Physiologie des Fruits de lUMR Scurit et qualit des produits dorigine vgtale (Inra/ UAPV) puis au sein de la mme quipe du Laboratoire de Physiologie des Fruits et Lgumes (UAPV) an dtudier les alternatives possibles aux mthodes chimiques de conservation de la qualit de vgtaux peu transforms. Contact : heloisa@cnpat.embrapa.br
Les laboratoires daccueil

UMR SQPOV Scurit et qualit des produits dorigine vgtale (Inra/UAPV) 49 personnels scientiques et techniques Directrice : Catherine Renard, catherine.renard@paca.inra.fr http://tinyurl.com/umrsqpov Correspondant scientique : Patrick Varoquaux (retrait) Laboratoire de Physiologie des Fruits et Lgumes (UAPV) 10 personnels scientiques et techniques Directrice : Huguette Sallanon, huguette.sallanon@univ-avignon.fr http://agrosciences.univ-avignon.fr/fr/mini-site/ miniagro/recherche.html Correspondante scientique : Huguette Sallanon
TMOIGNAGE
Heloisa Filgueiras
Mon arrive en juin 2005 en remplacement de Rgina Lago a permis au Labex-Europe de faire sa premire exprience daffectation de chercheur hors de Montpellier, au sein de lUMR Scurit et qualit des produits dorigine vgtale (Inra/UAPV). Le projet de recherche sest ax sur linterface entre les aliments in natura et ceux transforms ainsi que sur les alternatives possibles aux mthodes chimiques de conservation de la qualit de vgtaux peu transforms.
cinq chercheurs brsiliens (centres Embrapa dinstrumentation agricole et de lagro-industrie alimentaire, Universit dtat de So Paulo de Jaboticabal, Universit Fdrale du Cara) ont t invits par lUAPV pour mettre en place, dans le Laboratoire de physiologie des fruits et lgumes, des mthodes et technologies dveloppes et/ou adaptes au Brsil.
La rorganisation interne de lInra modifiant les priorits du centre dAvignon, les activits du Labex dans le domaine des technologies agroalimentaires ont migr vers le Laboratoire de physiologie des fruits et lgumes (UAPV). Laxe de recherche initial sest renforc, avec des exigences plus rigoureuses concernant la prsence de rsidus et la conduite dune tude sur lusage du chlore dans lindustrie alimentaire. Au dpart, lquipe de lUAPV connaissait mal lEmbrapa et avait peu dexprience internationale malgr son niveau scientifique lev. Ce partenariat a par ailleurs concid avec le lancement du Ple Europen dInnovation Fruits et Lgumes et larrt de toutes les recherches sur les vgtaux in natura par lInra (centre dAvignon). Malgr cela, la prsence de lEmbrapa a permis lUAPV de renforcer son image dinstitution de recherche et de se rapprocher du ple agronomique de Montpellier (notamment du Cirad via lUMR Qualisud). Son partenariat avec lUniversit Blaise Pascal (Clermont-Ferrand, France) a t renforc. Le projet a permis de dvelopper des relations avec les universits nerlandaises de Radboud (Nimgue) et de Wageningen (WUR) et, au travers de cette dernire, avec le laboratoire europen LaserLab Europe (Italie). Par ailleurs,
DEPUIS MON RETOUR, LES RELATIONS INSTITUTIONNELLES CONTINUENT AVEC PLUSIEURS CENTRES DE LEMBRAPA ET LES UNIVERSITS BRSILIENNES. Un projet de valorisation des
fruits tropicaux brsiliens (CAPES/WUR) a permis aux travaux des chercheurs de lEmbrapa et de diffrentes universits brsiliennes et europennes de continuer jusquen 2010 (Universit Fdrale Fluminense, Universit Fdrale du Paraba, deux laboratoires WUR, plateforme europenne LaserLab). Le Labex-Europe a permis lUAPV dintgrer lcole doctorale franco-brsilienne et dtablir les accords ncessaires lencadrement de thses en cotutelle. Les activits de partenariat entre lEmbrapa et le Cirad ont t poursuivies par un post-doctorat et la visite de chercheurs de lEmbrapa et dinstitutions brsiliennes partenaires. Jai galement particip au master et au doctorat en gestion de la qualit des produits vgtaux de lUAPV, ainsi qu plusieurs comits dorientation de doctorants.
Contact : Heloisa Filgueiras, heloisa@cnpat.embrapa.br
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TMOIGNAGE
Rosires Deliza
2,5
Ds mon arrive au Centre des Sciences du Got et de lAlimentation (CSGA), jai t implique dans diffrents projets de recherche europens. Le projet TrueFood* visait mieux comprendre la perception des consommateurs vis--vis des innovations dans les processus de fabrication de produits traditionnels et leur consentement payer pour cela (p. ex. utilisation de la haute pression hydrostatique, HHP, pour rduire le contenu en sel du jambon Serrano). Des outils exprimentaux dconomie, associs une analyse sensorielle, ont permis dvaluer le consentement du consommateur payer pour des chips aux teneurs rduites en matires grasses et sel (partenariat du CSGA avec lUMR Alimentation et Sciences Sociales et six laboratoires privs franais). Un autre projet a tudi la perception de la viande trangre par les consommateurs franais (partenariat avec lcole dingnieurs de Purpan).
Prix moyen de rservation ()
2,0 1,5 1,0 0,5 0,0 HHP NoHHP HHP NoHHP Homme Femme
Les rsultats montrent leffet de la technologie HHP (haute pression hydrostastique) sur le consentement payer pour du jambon Serrano par les consommateurs franais.
MA PARTICIPATION DES PROJETS EUROPENS A AMLIOR

LES RSEAUX DE RECHERCHE BRSILIENS , y compris ceux des diffrents centres de recherche de lEmbrapa et des universits. La co-organisation du 6e Symposium amricano-ibrique dAnalyse Sensorielle (2010) et du 10e Symposium des Sciences Sensorielles (2013, Brsil), souligne la capacit darticulation du Labex-Europe. La Dr Sylvie Issanchou et moi-mme avons pu visiter plusieurs centres de recherche de lEmbrapa, permettant ainsi de nouvelles opportunits de collaboration. Jai dvelopp des contacts grce au rseau de lInra, notamment avec son centre de Clermont-Ferrand-Theix, tout en leur fournissant des informations issues de la communaut scientifique brsilienne travaillant sur la nutrition humaine et ouverte des opportunits de renforcement des capacits.
Le projet en cours VinPest vise comprendre la perception des consommateurs vis--vis de lutilisation de pesticides dans la production de vin (collaboration cole de Commerce de Dijon, Institut de Management du Vin, Bureau Interprofessionnel des Vins de Bourgogne, Bureau Interprofessionnel des Vins de la Bourgogne, Universidad de la Republica, Uruguay). Un post-doc brsilien permet de continuer cette recherche. Le Labex ma galement permis de soumettre plusieurs propositions aprs mon retour au Brsil.
Contact : Rosires Deliza, rodeliza@ctaa.embrapa.br

* Traditional United Europe Food : www.truefood.eu
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Sylvie Issanchou est chercheure au Centre des Sciences du Got et de lAlimentation qui a accueilli une chercheure brsilienne pendant deux ans.
consommateurs. Elle nous a fait bnficier de son exprience dans ce domaine et en particulier sur les approches qualitatives. Elle sest galement investie pour attirer dautres chercheurs dans notre laboratoire. Y a-t-il aujourdhui le chercheur brsilien tant reparti chez lui un suivi et/ou des consquences en termes de partenariats entre votre quipe et des institutions brsiliennes ? Oui, il y a un suivi avec la valorisation sous forme de publications des travaux auxquels Rosires Deliza a particip durant son sjour. De plus, Rosires Deliza est encore implique dans un projet sur lvaluation exprimentale des consentements la rduction de lutilisation des pesticides dans le vin (projet VinPest financ par le ministre de lcologie, du Dveloppement Durable et de lnergie), projet qui avait dmarr lors de son sjour et se poursuivra jusqu fin 2013. Contact : Sylvie Issanchou, sylvie.issanchou@dijon.inra.fr

Rosires Deliza (Embrapa) a effectu un sjour de 2 ans au sein du CSGA (mai 2009 - juillet 2011) an dtudier limpact de linformation et des innovations sur les choix alimentaires des consommateurs et leurs consentements payer. Contact : rodeliza@ctaa.embrapa.br
Est-ce que vous collaboriez avec le Brsil en gnral, et avec lEmbrapa en particulier, avant la venue dun chercheur du Labex dans votre quipe ? Avant la venue de Rosires Deliza, ni moi ni mon quipe navions eu de collaboration avec lEmbrapa ou, plus gnralement, avec le Brsil. Quel bilan tirez-vous de lexprience ? Quest-ce que cette collaboration a apport votre quipe ? Je tire un bilan trs positif de cette exprience. Recevoir un chercheur expriment dans une quipe est videmment trs intressant pour une quipe au niveau du travail et du rayonnement international. Rosires Deliza sest implique dans diffrents programmes de lquipe autour de la question de lacceptation des innovations par les
CSGA - Centre des Sciences du Got et de lAlimentation (CNRS/Universit de Bourgogne/Inra) 72 personnels scientiques et techniques Directeur : Luc Pnicaud, luc.penicaud@u-bourgogne.fr www2.dijon.inra.fr/csga/index.php Correspondant scientique : Sylvie Issanchou, sylvie.issanchou@dijon.inra.fr
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Patrick Gervais est le directeur de lUMR Procds Alimentaires et Microbiologiques qui a accueilli pendant deux ans un chercheur brsilien.
Est-ce que vous collaboriez avec le Brsil en gnral, et avec lEmbrapa en particulier, avant la venue dun chercheur du Labex dans votre quipe ? Non. Quel bilan tirez-vous de lexprience ? Quest-ce que cette collaboration a apport votre quipe ? Au niveau de la recherche, le Dr Rosenthal a co-encadr le travail de deux scientifiques brsiliens. Il a t aussi linitiateur dun atelier de travail international Food Safety dans le cadre du groupe de travail de la Commission Internationale du Gnie Rural qui a permis daccueillir une centaine ine de scientifiques. Toutes ces activits ont largement contribu au rayonnement scientifique de notre quipe et je ne peux que me fliciter de notre participation au Programme Labex-Europe de lEmbrapa. Y a-t-il aujourdhui le chercheur brsilien tant reparti chez lui un suivi et/ou des consquences en termes de partenariats entre votre quipe et des institutions brsiliennes ? Deux programmes franco-brsiliens de coopration (BRAFAGRI et BRAFITEC) sont en place entre lEmbrapa et AgroSup Dijon. Par ailleurs, nous collaborons avec la Dr Marcia Pedrini, Universit de Natal, qui a effectu un post-doc dun an sur la vectorisation cellulaire de molcules actives et de plasmides par osmoporation. Contact : Patrick Gervais, gervais@u-bourgogne.fr

Amauri Rosenthal (Embrapa) a effectu un sjour de prs de deux ans au sein du GPMA (2009 - 2011) an dtudier la rsistance de la spore bactrienne au stress thermique. Contact : heloisa@cnpat.embrapa.br
quipe PMB Procds Microbiologiques et Biotechnologiques
(anciennement Laboratoire de Gnie des Procds Microbiologiques et Alimentaires)
(Universit de Bourgogne/AgroSup Dijon) 20 personnels scientiques et techniques Directeur de lUMR PAM Procds Alimentaires et Microbiologiques : Patrick Gervais, gervais@u-bourgogne.fr www.umr-pam.fr Correspondant scientique : Patrick Gervais
TMOIGNAGE
Amauri Rosenthal
Ma participation au Labex-Europe sest droule au Laboratoire de Gnie des Procds Microbiologiques et Alimentaires (devenu depuis lquipe Procds Microbiologiques et Biotechnologiques ). Mes recherches ont port sur la rsistance des spores bactriennes aux microondes et hautes pressions dans des aliments dshydrats et ont permis de mieux comprendre le rle du contenu hydrique interne des spores sur la viabilit cellulaire et les mcanismes potentiels dinactivation sur le dveloppement technologique. Des tudiants brsiliens ont t impliqus dans ces recherches via le programme CAPES/Brafagri*. Le Groupe international sur linnocuit des aliments, li la Commission Internationale du Gnie Rural, fut cr et organisa son premier atelier de travail intitul Scurit sanitaire des aliments : avances et tendances avec une centaine de participants de tous les continents. La prsence de chercheurs brsiliens a permis dorganiser des runions de discussion sur les opportunits de coopration scientifique et les nouvelles propositions de recherche concernant les nouvelles technologies de conservation alimentaire et dencapsulation de molcules bioactives. Le 2e atelier aura lieu Valence (Espagne, 2012) et un autre est prvu en 2013 au Brsil.
Il faut galement mentionner les vnements de courtage du projet Biocircle** de la Commission europenne. Une proposition de recherche en partenariat avec le programme Cyted***. visant la valorisation des fruits autochtones amricano-ibriques comme source dingrdients fonctionnels a t soumise par luniversit de Monterey (Mexique) et lInstituto del Frio (Espagne) afin de faciliter la coopration et linteraction entre groupes de recherche travaillant sur les aliments fonctionnels en Amrique latine. En tant que chercheur Labex, jai galement organis des missions (scientifiques et industriels brsiliens du secteur de la transformation des fruits) dans des industries et institutions de recherche europennes comme PARTIE
INTGRANTE DU PROGRAMME GOUVERNEMENTAL BRSILIEN POUR LINNOVATION ET LE DVELOPPEMENT TECHNOLOGIQUE**** AYANT POUR OBJECTIF DE CRER DES PARCS TECHNOLOGIQUES.
Contact : Amauri Rosenthal, amauri.rosenthal@embrapa.br

* http://capes.gov.br/cooperacao-internacional/franca/capesbrafagri ** www.biocircle-project.eu *** www.cyted.org **** www.abdi.com.br/Paginas/Default.aspx 16 18 20
2 0
temps (min) 10
12
14
-2 (A) 1 bar
-4 log Nt/N0
-6
-8 aw 0.5 aw 0.25 -10 aw 0.13 130c 160c 110c 200c (B) 5 bar
-12
Inactivation par traitement la chaleur et diffrentes pressions (A) 1 bar et (B) 5 bar de spores de Bacillus subtilis (en photo) avec diffrents contenus hydriques (Tiburski, Rosenthal & Gervais, 2012, soumis).
DR
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Maylena Clcia/Linkimagem
Biologie avance et interactions molculaires plantes-microorganismes

La croissance dmographique, particulirement dans les pays en dveloppement, la dgradation des terres arables, la diminution de laccs leau potable et le changement climatique, reprsentent des dfis considrables pour les productions agricoles et la scurit alimentaire. Lamlioration des plantes constitue une approche fondamentale pour rpondre au besoin daccrotre la production agricole tout en diminuant lutilisation d'intrants chimiques, permettant ainsi de dvelopper des pratiques agricoles durables.
u fait de ces enjeux globaux, lEmbrapa a dcid de dvelopper une biologie vgtale avance , axe sur les interactions plantespathognes, en phase avec les progrs rapides des outils molculaires et le dveloppement des sciences omiques* . Pendant ces 10 dernires annes, trois chercheurs du Labex-Europe ont travaill sur ce thme sur trois cultures importantes pour la scurit alimentaire au Brsil et ailleurs : Le riz constitue lun des aliments de base au Brsil. De nombreux efforts ont t raliss pour amliorer sa tolrance aux diffrents stress abiotiques (scheresse, salinit). Celle-ci reste un caractre difficile amliorer dans le cadre de programmes de slection gntique classiques. Une meilleure connaissance au niveau molculaire des gnes impliqus dans la rsistance/sensibilit aux stress abiotiques devrait aider au dveloppement de nouvelles varits mieux adaptes aux contraintes environnementales. La production de banane est menace par des maladies et parasites dans la plupart des rgions
de production : cercosporioses, maladie de Panama, nmatodes. Leur suivi est coteux et les pesticides utiliss toxiques pour les hommes et lenvironnement. Citons aussi le fltrissement bactrien du bananier, la maladie de Moko et le charanon du bananier. La plupart des bananes et plantains sont sensibles au moins une de ces maladies et ravageurs ; actuellement aucun agriculteur ne cultive de varits rsistantes de banane ou de plantain. Rothamsted Research (RoyaumeUni) explore les mcanismes de virulence et de pathognicit de Mycosphaerella spp., un champignon pathogne du bl du mme genre que celui tudi pour la banane, prolongeant ainsi ce premier travail. Le Brsil est toujours importateur net de bl ; cette culture est ainsi prioritaire lEmbrapa dont les recherches visent lobtention de varits adaptes aux tropiques et cultivables dans les savanes centrales brsiliennes. Des tempratures leves favorisent lattaque du bl par Septoria sp., galement pathogne du riz. Les scnarios de changement climatique prvoient des ts en Europe similaires ceux des tropiques, rendant opportune une collaboration entre scientifiques
britanniques et brsiliens afin de crer des rseaux internationaux et damliorer les connaissances sur cette culture. Ce thme sest depuis li avec celui du dveloppement de protocoles de phnotypage haut dbit ; ceci constituera le premier thme du Labex en Allemagne ds 2013. En effet, lEmbrapa tend le LabexEurope en dveloppant ce thme avec Julius Khn Institute (JKI), Federal Research Centre for Cultivated Plants (Allemagne), afin dassocier lexpertise brsilienne en sciences vgtales tropicales et celle du JKI en sant et productivit vgtales. Lobjectif de ces recherches sera de dvelopper des mthodes et processus non-invasifs (analyse dimage, rsonance magntique nuclaire, capteurs) pour amliorer la slection vgtale, valuer le potentiel des ressources biologiques et identifier les traits et fonctions biologiques appliquer en agriculture.
* Nouvelles mthodes dinterprtation des donnes issues du gnotypage et phnotypage de germoplasmes de cultures importantes.
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TMOIGNAGE
Ana Cristina Miranda Brasileiro

Faire partie de la premire quipe Labex-Europe a t une exprience trs enrichissante au niveau personnel et professionnel mais qui a demand de surmonter des difficults presque quotidiennes. Les premiers mois en France ont montr que ma mission allait au-del dun travail : il fallait crer de la crdibilit au sein de la communaut scientifique montpelliraine et, plus difficile encore, prenniser cette crdibilit. Pour la premire fois, le Sud venait sinstaller pour faire de lanimation scientifique dans des laboratoires du Nord . Il fallait montrer nos partenaires quon tait l pour installer un nouveau type de coopration scientifique qui, comme toute nouveaut, a rencontr de la rsistance.
Ladaptation des plantes aux stress abiotiques est un phnomne complexe, impliquant directement ou indirectement de nombreux gnes dans les chaines de perception et de transduction des signaux ainsi que dans les mcanismes de rgulation de lexpression dautres gnes. Les outils de la gnomique fonctionnelle permettent aujourdhui danalyser la plante en tant que systme, dans son intgralit et, en consquence, contribuent mieux comprendre la fonction biologique et les interactions des gnes exprims dans certaines conditions de stress, comme le dficit hydrique et la salinit. LEMBRAPA, avec sa longue tradition de recherches en amlioration des plantes et conservation des ressources gntiques, A UNE POSITION
DAVANT-GARDE ET DE LEADERSHIP DANS LES RECHERCHES SCIENTIFIQUES DE GNOMIQUE VGTALE AU
BRSIL.
Jai eu la chance davoir comme contrepartie JeanChristophe Glaszmann, qui a tout de suite compris la dimension du Labex et nous a ouvert toutes les portes. LUMR AGAP a t un choix trs russi, et Emmanuel Guiderdoni et son quipe mont fourni un environnement scientifique adquat pour dvelopper le PIC (projet dintrt commun). De retour au Brsil depuis maintenant six ans, je maintiens des liens encore trs forts avec mes collgues de Montpellier. Le Consortium CIBA est notre pari pour que les rseaux scientifiques de coopration FranceBrsil dans le domaine de la biologie avance des espces tropicales continuent a se dvelopper dans la dure.
Dans le cadre du Labex-Europe, le PIC Gnomique fonctionnelle de la rponse aux stress abiotiques chez le riz a t conduit conjointement par lEmbrapa et lancienne UMR Dveloppement et Amlioration des Plantes* entre 2002 et 2006 au sein du programme Biotechnologies et ressources gntiques vgtales (Cirad, Montpellier). Son objectif principal tait didentifier et de caractriser les gnes impliqus dans la rponse aux stress abiotiques scheresse et salinit avec le riz comme plante modle pour les crales.
Contact : Ana Brasileiro, ana.brasileiro@embrapa.br
* Devenue UMR AGAP Amlioration gntique et adaptation des plantes mditerranennes et tropicales .
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Jean-Christophe Glaszmann est le directeur de lUMR Amlioration gntique et adaptation des plantes mditerranennes et tropicales* qui a accueilli un chercheur brsilien pendant 4 ans.
Est-ce que vous collaboriez avec le Brsil en gnral, et avec lEmbrapa en particulier, avant la venue dun chercheur du Labex dans votre quipe ? Le Cirad collaborait depuis longtemps avec lEmbrapa dans divers domaines, comme lamlioration varitale du riz, la gntique de leucalyptus ou la gestion des ressources naturelles en Amazonie. LEmbrapa tant un organisme complexe avec des centres spcialiss, nos relations taient toutefois peu coordonnes et plus opportunistes que stratgiques. Quel bilan tirez-vous de lexprience ? Quest-ce que cette collaboration a apport votre quipe ? Il serait trop long de faire la liste de toutes les interactions et collaborations engages. Elles portent sur la gntique et la gnomique de plus dune dizaine de plantes ; des projets ont t dvelopps, certains ont trouv des financements internationaux. Une mcanique a t lance. Nous avons organis des rencontres Montpellier ou Brasilia ; les deux communauts ont appris se connatre. Pour tout sujet porteur de collaboration ventuelle, un chercheur franais sait maintenant qui contacter lEmbrapa et rciproquement. Y a-t-il aujourdhui le chercheur brsilien tant reparti chez lui un suivi et/ou des consquences en termes de partenariats entre votre quipe et des institutions brsiliennes ? Nous avons cr le CIBA qui assure un suivi rgulier. Ses animateurs appartiennent notre unit. Ana Brasileiro fait partie du comit de programme du dpartement Systmes biologiques du Cirad. Certains projets continuent, dautres sont en prparation. Cette initiative durera si les quipes y trouvent leur intrt, si elles dcrochent des financements, si elles trouvent des partenariats dun nouveau type triangulaires avec des partenaires africains par exemple et si un flux dtudiants se cre pour renforcer les liens et tablir les fondements des nouveaux rseaux pour lavenir. Contact : Jean-Christophe Glaszmann, jean-christophe.glaszmann@cirad.fr
* Cette UMR a intgr lancienne UMR Dveloppement et Amlioration des Plantes .

Ana Brasileiro, chercheuse (Dpartement Ressources Gntiques et Biotechnologie , Embrapa-Cenargen) a effectu un sjour de prs de quatre ans au sein de lUMR PIA (mai 2002-avril 2006) en biologie molculaire et gnomique, sur lanalyse fonctionnelle de la tolrance la scheresse et la salinit chez le riz. Contact : ana.brasileiro@embrapa.br
UMR AGAP Amlioration gntique et adaptation des plantes mditerranennes et tropicales (Cirad, Inra, Montpellier SupAgro) 195 personnels scientiques et techniques Directeur : Jean-Christophe Glaszmann, diragap@cirad.fr http://umr-agap.cirad.fr Correspondant scientique : sylvie.lewicki_dhainaut@cirad.fr
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Inra
Identification des gnes impliqus dans la rponse aux stress abiotiques chez le riz
Le PIC Gnomique fonctionnelle de la rponse aux stress abiotiques chez le riz visait identifier et caractriser les gnes impliqus dans la rponse la scheresse et la salinit chez le riz. Ce projet est considr comme pilote par lquipe Gnomique vgtale (Cirad) car certaines mthodologies mises en place lui ont permis dinitier dautres projets de gnomique fonctionnelle : systme dhydroponie pour le traitement osmotique et salin grande chelle, obtention et validation des banques soustratives, etc. 101 squences du gnome du riz ont t identifies comme tant exprimes de manire diffrentielle et prcoce en rponse un stress hydrique. Des 43 gnes candidats valids par RT-PCRq et ltude dassociation entre larchitecture radiculaire (phnotypage), les quatre gnes candidats les plus intressants ont t slectionns pour ltape finale de validation par transgnse. La validation de la fonction biologique des gnes candidats a t poursuivie par la construction de vecteurs du type ARNi pour les quatre gnes candidats et leur introduction via Agrobacterium dans des plantes de riz transgniques (varits Nipponbare et Nona Bokra). Les lignes T1 de ces plantes ont t analyses au niveau molculaire pour confirmer la suppression de lexpression des gnes respectifs. Les lignes de riz gntiquement modifies slectionnes sont en cours de phnotypage en conditions contrles (serres) au Brsil et au Vietnam pour valuer les effets phnotypiques de la suppression de lexpression des quatre gnes candidats et confirmer leur rle dans la rponse de la plante aux stress hydriques et salins.
Contact : Ana Brasileiro, ana.brasileiro@embrapa.br
Ratio Trait/Tmoin en fonction de la dure du traitement osmotique (Amorce 1 Na/Ca Exchanger)

15 1 1.19 1.15 1.38 2.21 1h 3h 5h
Tige
1.32 1.74 1.07
Feuille
1 0.9 1.71 1.20 1.18
Racine
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Principales tapes didentification de gnes impliqus dans la rponse du riz un choc osmotique (100 mM mannitol) A - Visualisation des transcrits sur (rouge) et sous exprims (vert) en condition de choc osmotique par analyse microarray sur lame de verre (ralis sur la plateforme transcriptomique de lIGH).Les transcrits diffrentiellement rguls sont apposs comme une couche dannotation sur la squence gnomique du riz B - La rgulation des gnes candidats par le stress osmotique est confirme par Q-RT PCR avant leur validation fonctionnelle par analyse de mutants et/ou de surexpresseurs.
1 1.39
Le Labex en Belgique et au Pays-Bas : le programme MusaForever

Au vu de limportance de la filire de la banane le Brsil tant lun des plus grands producteurs mondiaux lEmbrapa a dvelopp un programme damlioration gntique afin de crer des varits rsistantes la cercosporiose jaune et noire ainsi qu la fusariose. Ce programme inclut une banque de matriels gntiques caractriss aux niveaux agronomique et molculaire ; un rseau national value les gnotypes qui y sont prslectionns. Un programme de gnomique de la banane a dmarr lEmbrapa en 2001 et DataMusa, base de donnes sur ce thme, a t initie en 2005. Le Dr Manoel Souza, chercheur brsilien affect Wageningen (Pays-Bas) en 2006, a permis au Labex davoir sa premire exprience europenne hors de France. Il y a coordonn MusaForever, PIC impliquant partenaires europens (WUR-Wageningen University and Research Centre, Pays Bas ; KU-Leuven, Belgique ; Cirad, France) et brsiliens (Embrapa, Universit Fdrale de Lavras) sur la gntique, la gnomique et la biotechnologie de la cercosporiose noire et la maladie de Panama. Ce programme visait la cration de banques de donnes gnomiques et leur utilisation pour dvelopper des outils biotechnologiques qui optimisent le contrle gntique de ces pathosystmes. Ses axes de recherche taient (a) la cration de cartes gntiques et de bases de donnes gnomiques, de lhte et du pathogne, (b) lidentification et la validation de marqueurs molculaires pour diagnostiquer et tudier la variabilit gntique intra et inter-populations, (c) la production de pathognes modifis gntiquement pour dtecter prcocement des tats de stress biotique et tudier le processus infectieux, (d) le dveloppement de systmes de phnotypage in vitro et in vivo, (e) la caractrisation molculaire de linteraction htepathogne. Sept projets R&D ont t approuvs au sein de MusaForever et 18 chercheurs brsiliens ont travaill en Europe dans des projets lis. Un programme de coopration spcifique (20102015) a ensuite t initi en Belgique (KU-Leuven) au Laboratory of Tropical Plant Improvement pour dvelopper les connaissances et les biotechnologies damlioration gntique de la banane. Ce laboratoire abrite galement lInternational Transit Centre*, la plus grande collection de bananes in vitro du monde. Le Labex a permis damliorer le Global Musa Genomics Consortium**, partenariat existant depuis 2001 avec 38 institutions de 24 pays.
Contact : Manoel Souza, manoel.souza@embrapa.br
* http://bananas.bioversityinternational.org/con tent/view/12/31/lang, en ** www.musagenomics.org
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Gert Kema est chercheur au Dpartement Biointeractions and Plant Health (WUR) qui a accueilli un chercheur brsilien pendant quatre ans.
Est-ce que vous collaboriez avec le Brsil en gnral, et avec lEmbrapa en particulier, avant la venue dun chercheur du Labex dans votre quipe ? Non, je nentretenais aucune collaboration avec le Brsil avant larrive de Manoel Souza. soit exprim. Depuis, nous avons russi dvelopper plusieurs programmes de recherche sur la banane aux niveaux global et rgional. LEmbrapa et lUniversit de Wageningen ont sign un accord-cadre beaucoup plus ambitieux pour permettre la mobilit et la formation. noter galement que le diagnostic molculaire de la race tropicale 4 du Fusarium oxysporum f.sp. cubense (collaboration Labex-Europe Plant Research International), lorigine de la maladie de Panama qui dvaste les bananes Cavendish du sud-est asiatique, a permis le financement par la filire et lUniversit de Wageningen de nombreuses initiatives de recherche en cours. Ce programme contribue lutter contre la maladie de Panama et viter quelle ne se propage dans des zones non infectes. Il participe aussi la formation avec la mise en place de sept projets de doctorats interdisciplinaires et une plateforme de 14 stages de Master of Science. LEmbrapa et Plant Research International collaborent de nouveau sur les dernires dcouvertes concernant les interactions plantespathognes, lobjectif final tant de mettre des bananes rsistantes sur le march mondial. Contact : Gert H.J. Kema, gert.kema@wur.nl

Manoel Teixeira Souza Jnior (Embrapa) a effectu un sjour de prs de quatre ans au sein du Wageningen University and Research Centre (mai 2006mars 2010) an de coordonner et de dvelopper le programme MusaForever et lalliance stratgique entre Wageningen University and Research Centre et lEmbrapa. Contact : manoel.souza@embrapa.br
Dpartement Biointeractions and Plant Health (WUR) 80 personnels scientiques et techniques Directeur : Dr Piet Boonekamp, piet.boonekamp@wur.nl www.pri.wur.nl/UK/research/Biointeractions Correspondant scientique : Gert H.J. Kema, gert.kema@wur.nl
Quel bilan tirez-vous de lexprience ? Quest-ce que cette collaboration a apport votre quipe ? Le programme MusaForever a permis de renforcer nos recherches sur la banane. Avant cette alliance, nous avions entam dimportantes initiatives telles que le squenage du pathogne responsable de la cercosporiose noire (Mycosphaerella fijiensis). La collaboration avec lEmbrapa a permis daccrotre mon savoir-faire et mon exprience sur ce thme ainsi que sur laccueil dun scientifique senior dans le cadre de ce type de partenariat. Y a-t-il aujourdhui le chercheur brsilien tant reparti chez lui un suivi et/ou des consquences en termes de partenariats entre votre quipe et des institutions brsiliennes ? Il ny a pas encore de suivi, bien que lintrt de mettre en place MusaForever 2.0
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Rony Swennen est le directeur du Laboratory of Tropical Plant Improvement (Universit Catholique de Louvain) qui a accueilli des chercheurs brsiliens pendant 4 ans.
Est-ce que vous collaboriez avec le Brsil en gnral, et avec lEmbrapa en particulier, avant la venue dun chercheur du Labex dans votre quipe ? Mon laboratoire navait aucune collaboration de recherche avec le Brsil avant la venue de Manoel Souza. Cest lui qui initia notre collaboration alors quil tait nomm au poste Labex lUniversit de Wageningen. Du fait de notre intrt commun mener des recherches sur la rsistance fongique et une fois les discussions mises par crit dans des accords communs, lEmbrapa et lUniversit Catholique de Louvain (KUL) ont dvelopp une collaboration de recherche trs active avec de nombreux changes de matriel vgtal et de personnes. Les recherches ont culmin avec un projet de coopration technique (MusaForever), la plateforme biotechnologique de la banane (conjointe Embrapa-KUL), plusieurs accords de transfert de matriel biologique, des visites entre la KUL et trois stations de recherche Embrapa au Brsil. Quel bilan tirez-vous de lexprience ? Quest-ce que cette collaboration a apport votre quipe ? Premirement, cette collaboration a permis davoir de nombreux contacts scientifiques et personnels avec des Brsiliens. Deuximement, elle a montr lnorme potentiel du Brsil bouger rapidement dans le domaine de la science et de ses applications. Troisimement, elle a montr que les deux quipes sont complmentaires et que, des deux cts, il y a beaucoup gagner dans de nouvelles collaborations de recherche. Tout le mrite revient Manoel Souza, un excellent scientifique qui a jou un rel rle moteur permettant de faire bouger les choses rapidement. Y a-t-il aujourdhui le chercheur brsilien tant reparti chez lui un suivi et/ou des consquences en termes de partenariats entre votre quipe et des institutions brsiliennes ? Le Labex a appuy ma participation au 17e congrs brsilien sur lhorticulture et les plantes ornementales et au 4e Congrs brsilien sur la culture de tissus vgtaux. Nous menons galement un projet bilatral CNPQ-FWO*, nous avons sign un Memorandum of Understanding avec lUniversit Fdrale de Lavras et accueilli deux doctorants brsiliens. La KUL a accueilli trois post-doctorants de lEmbrapa avec qui nous avons test des squences dADN de banane par transformation gntique. Un brevet commun est dailleurs

Manoel Teixeira Souza Jnior (Embrapa) a mis en place trois post-doctorants de lEmbrapa au Laboratory of Tropical Plant Improvement pendant une priode totale de presque quatre ans (2007 - 2009) pour tester des gnes et des promoteurs ainsi que dvelopper des plants de bananes transgniques rsistantes aux maladies fongiques. Contact : manoel.souza@embrapa.br
Laboratory of Tropical Plant Improvement (Universit Catholique de Louvain) 36 personnels scientiques et techniques Directeur : Pr Rony Swennen, rony.swennen@biw.kuleuven.be www.biw.kuleuven.be/DTP/TRO/_data/home.htm Correspondant scientique : Rony Swennen, rony.swennen@biw.kuleuven.be
en cours de prparation. Plusieurs publications scientifiques, revues par des pairs, ont t cosignes par des quipes de recherche de lEmbrapa et de la KUL. Il est certain que Manoel Souza a men une collaboration intensive aboutissant des publications communes et des changes qui perdureront longtemps. Contact: Rony Swennen, rony.swennen@biw.kuleuven.be
* Conseil National de Dveloppemment Scientifique et Technologique (Brsil)-Fonds Wetenschappelijk Onderzoek
33 GHJ Kema, Plant Research International, Wageningen, the Netherlands
Le Labex-Europe au Royaume-Uni : pathognes du bl et changement climatique

Au RoyaumeUni, le Labex a sign un projet dintrt commun avec Rothamsted Research, Harpenden (Biotechnology and Biological Sciences Inauguration du Labex-Europe au Royaume-Uni. Research De gauche droite : Sir John Beddington (Conseiller du Gouvernement Britannique pour la Science et la Council, BBSRC) Technologie), Pedro Arcuri, Pedro Arraes (Prsident pour explorer de lEmbrapa) et Alexandre Amaral. la virulence et les mcanismes de pathognicit fongique. Le scientifique brsilien accueilli Rothamsted, le Dr Alexandre Amaral, a rejoint le groupe sur la pathognomique des crales dirig par Kim Hammond-Kosack. Ses recherches concernent les pathognes fongiques du bl, culture stratgique au Brsil en raison de son importance sociale et conomique, ainsi que les gnes et les processus impliqus dans la maladie, notamment les premires tapes de linfection par le pathogne responsable de la septoriose du bl (Mycosphaerella graminicola). Le Dr Amaral a ainsi analys une collection denviron 11 000 gnes en utilisant des techniques in silico. Mycosphaerella graminicola, agent de la septoriose, est une maladie majeure du bl en Europe. Linfection des feuilles par ce champignon implique une longue priode initiale asymptomatique de colonisation intercellulaire. Des tudes de gnomique fonctionnelle et de profilage dexpression des gnes ont dmontr la production de protines effectrices de virulence qui, secrtes, facilitent cette phase initiale. Une tude de ces protines scrtes (scrtome) est essentielle pour comprendre leur rle. Le scrtome de protines ayant des fonctions enzymatiques et non-enzymatiques de M. graminicola a t identifi, analys et catalogu. La fonction de diffrentes squences a t tudie en combinant diffrentes approches de bioinformatique afin daugmenter la probabilit didentification des protines rellement scrtes. partir de 556 protines, 298 possdant des annotations fonctionnelles ont t slectionnes. Puis l63 protines ayant un domaine TM prvues au sein de la squence du peptide signal ou de la protine mature ont t exclues. Au final, 492 protines scrtes ont t identifies. La caractrisation des protines non-annotes inclura lanalyse des caractres associs aux effecteurs fongiques connus (petite taille, richesse en cystine...). Le profilage de lexpression gnique pendant la croissance fongique in vitro et in planta a permis la prdiction des gnes. Les gnes candidats identifis ont subi des analyses gnomiques fonctionnelles pour caractriser leur impact lors du processus de colonisation du tissu foliaire.
Suivi temporel (en jours) du dveloppement des symptmes de la septoriose, maladie du bl cause par le champignon Mycosphaerella graminicola, au cours d'une exprience d'inactivation de gnes du pathogne impliqus dans le processus d'infection des tissus vgtaux. Rothamsted Research est la plus ancienne station de recherche agricole au monde et reoit des financements stratgiques du BBSRC.
ACTIVITS
Alexandre Amaral
Suite louverture dun poste du Labex-Europe au Royaume Uni en 2010, un atelier de travail Brsil-Royaume-Uni a eu lieu en 2011 Londrina (Paran), avec la participation de scientifiques britanniques spcialistes du bl et de dlgus dinstitutions brsiliennes dont le centre du Bl de lEmbrapa. Des sujets de recherche ont t identifis et des projets communs planifis (dont trois concernent la septoriose du bl et/ou sa tolrance la scheresse) et soumis un appel doffre CNPQ-BBSRC en 2011 (projets Embrapa/John Innes Centre/Rothamsted Research/University of Exeter). Le consortium brsilobritannique sur les champignons pathognes inclut des centres Embrapa (bioinformatique, ressources gntiques des fruits et du manioc, bl, riz et haricots), les universits de Campinas et Brasilia ainsi que Rothamsted Research, European Bioinformatics Institute et LORIA France. Un autre atelier a eu lieu au Brsil en juin 2012 pour discuter de recherches communes en mtagnomique.
Contact : Alexandre M. do Amaral, alexandre.amaral@embrapa.br
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John Lucas est chercheur au sein du Cereal Pathogenomics group (Rothamsted Research) qui a accueilli un chercheur brsilien pendant 3 ans.
Est-ce que vous collaboriez avec le Brsil en gnral, et avec lEmbrapa en particulier, avant la venue dun chercheur du Labex dans votre quipe ? Rothamsted Research avait des liens avec des scientifiques brsiliens et lEmbrapa depuis longtemps. Ma premire collaboration remonte 1996 et concernait les maladies et parasites de la culture de noix de cajou au nord-est du Brsil. Le projet impliquait plusieurs partenaires universitaires ainsi que lEmbrapa (agro-industries alimentaires, Fortaleza). Cette impulsion a augment aprs 2007, anne de la Science BrsilRoyaume-Uni. Quel bilan tirez-vous de lexprience ? Quest-ce que cette collaboration a apport votre quipe ? La collaboration a eu des rsultats positifs pour lquipe, particulirement en mettant en vidence des priorits communes concernant la recherche sur le bl au Royaume-Uni et au Brsil. Nous avons organis un atelier sur ce sujet (Londrina, 2011). Et bien sr, il a t bnfique davoir un scientifique brsilien expriment avec nous pendant ces deux dernires annes. Y a-t-il aujourdhui un suivi et/ou des consquences en termes de partenariats entre votre quipe et des institutions brsiliennes ? Alexandre Amaral sera encore avec nous pendant plusieurs mois, ce qui nous permettra de faire progresser le projet et finir plusieurs publications. Jai aussi eu loccasion cette anne de passer quatre mois et demi au centre des ressources gntiques et de la biotechnologie de lEmbrapa (Cenargen) dans le cadre du Labex. Bientt, Natlia Martins du groupe de Bioinformatique du Cenargen viendra ici pendant un an. Nous dveloppons galement le projet bilatral FunBUKC (UK-Brazil Consortium on Functional and Comparative Genomics for Fungi) avec des groupes britanniques et brsiliens afin dtudier les pathognes fongiques du bl et de la banane. Il y a donc un suivi et nous esprons que le partenariat continuera grandir. Contact: John Lucas, john.lucas@rothamsted.ac.uk

Alexandre Morais do Amaral (Embrapa) effectue un sjour de prs de trois ans au sein du Cereal Pathogenomics group (Rothamsted Research) (mars 2010 - fvrier 2013) pour mener un projet de recherche sur lanalyse gnomique fonctionnelle des interactions entre Mycosphaerella graminicola et le bl : tude des gnes lis aux stades prcoces de linfection . Contact : alexandre.amaral@embrapa.br
Cereal Pathogenomics group (Rothamsted Research) 15 personnels scientiques et techniques Directeur : Kim Hammond-Kosack, Kim.hammond-kosack@rothamsted.ac.uk www.rothamsted.bbsrc.ac.uk Correspondant scientique : John Lucas, john.lucas@rothamsted.ac.uk
Lexprience du Labex invers : du Royaume-Uni vers le Brsil

Depuis le dbut du Labex-Europe au Royaume-Uni en 2010 et pour que ce partenariat puisse perdurer, il tait clair que deux choses devaient arriver. La premire tait que la collaboration devait stendre au-del de Rothamsted vers dautres institutions du BBSRC, et, plus largement, toute la communaut universitaire britannique. En effet, le rseautage faisait partie du programme. La deuxime tait le besoin dchanges scientifiques dans les deux sens. En octobre 2011, je fus le premier scientifique britannique accueilli Brasilia par une initiative de Labex invers patronne par Rothamsted et le BBSRC. Jtais bas au centre Cenargen sur le campus du sige de lEmbrapa et du centre dagronergie rcemment ouvert.
hte-pathogne diffrent de celui du Septoria du bl, mais avec des thmatiques communes en termes de phylognie fongique et dapproches exprimentales. La gnomique applique aux maladies se ralise par comparaison afin didentifier les mcanismes conservs dattaque de pathognes et de dfense des plantes. La transformation de lagriculture brsilienne pose John Lucas Braslia les questions de durabilit et dimpact environnemental, si familires aux chercheurs europens. La recherche en agrosciences au Brsil est en pleine croissance avec de nouveaux investissements et une nouvelle gnration de scientifiques souhaitant faire carrire dans ce domaine. Il existe des opportunits de collaboration, dune part, avec la cration de financements communs du BBSRC, du Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientfico e Tecnolgicov (CNPq) et dautres agences et, dautre part, du fait de linitiative Science sans Frontires finance par le gouvernement brsilien. Ce fut un privilge de faire partie de cette action et je souhaite que dautres scientifiques britanniques puissent faire de mme.
Une vritable exprience de vies parallles : je devais la fois travailler sur un projet de recherche dans un laboratoire et visiter des centres Embrapa et des universits. Un vrai dfi compte tenu du fait que lEmbrapa possde 47 units dissmines dans le 5e plus grand pays au monde ! Jai russi en visiter 11 durant mon affectation (14 si on inclut un voyage prcdent au Brsil). Jai ralis une vido confrence diffuse lEmbrapa. Jai rejoint le groupe Interactions molculaires plantes-pathognes (Cenargen), dirig par Patricia Messenberg, dont laxe principal de recherche sintresse aux stress biotiques et abiotiques de larachide (Arachis) et de ses parents sauvages. Jai ainsi travaill sur la maladie cause par le champignon Passalora personatum. Celle-ci impacte la productivit de la culture darachide au niveau mondial. Il sagit dun systme
Contact : John Lucas, john.lucas@rothamsted.ac.uk
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Inra
Le Consortium International en Biologie Avance (CIBA)

CIBA
Consortium International en Biologie Avance
Brsil : 13 units de recherche (Embrapa), 9 universits publiques et prives, instituts rgionaux de recherche EPAMIG, IAPAR,APTA et IBDA France : Cirad, Inra, IRD, CNRS, UM2, Montpellier SupAgro
Unit de coordination
Embrapa : coordinateur du Programme Labex-Europe, embrapa.labex.europe@agropolis.fr Agropolis International : Paula Dias, correspondant institutionnel du Programme Labex-Europe, dias@agropolis.fr Cirad : Sylvie Lewicki-Dhainaut, sylvie.lewicki_dhainaut@cirad.fr
Les stratgies danalyses haut dbit dtude des gnomes et de leur expression, associes aux approches de gnomique fonctionnelle, permettent la caractrisation des ressources gntiques vgtales. Ces connaissances, associes aux technologies de pointe et aux approches conventionnelles damlioration vgtale, permettent la cration varitale destine rduire limpact de stress sur la productivit des cultures et amliorer la scurit et la qualit nutritionnelle des produits.
Cependant, aucune institution de recherche nest capable, seule, de mobiliser les comptences ncessaires pour les utiliser dans les programmes damlioration vgtale et dexploiter la diversit des ressources biologiques. Cest partir de ce constat que lEmbrapa et Agropolis International, avec lappui du Cirad, ont cr en 2008 le CIBA.
Le CIBA rassemble des partenaires brsiliens et franais (cf. ci-contre) ainsi que leurs rseaux scientifiques, qui mettent en commun leurs moyens, capacits, connaissances et savoir-faire, pour dvelopper et utiliser ces outils innovants en biologie avance et amlioration gntique applique des espces tropicales dintrt agronomique. Riche dun portefeuille dune trentaine de projets de recherche collaboratifs, il sert aussi de lieu dchanges, de formations et de forum de discussion pour dvelopper de nouveaux projets de recherche bilatraux. Parmi les actions du CIBA (financement Cirad, Embrapa, Agropolis Fondation, Ambassade de France au Brsil, UESC, CAPES), citons lorganisation de quatre ateliers de travail bilatraux, lappui lorganisation dateliers France-Brsil sur des thmatiques lies la biologie avance : deux symposiums en bioinformatique (2010, 2011), le First Meeting on Functional-Structural Plant Modeling (2011), la formation en analyse par spectromtrie dans le proche infrarouge. Paralllement, le CIBA favorise la mobilit entre chercheurs franais et brsiliens, ce qui a permis la soumission et lapprobation de projets de recherche, notamment par le Cirad, lEmbrapa et Agropolis Fondation. Dans lavenir, le CIBA sera renforc par des mcanismes conjoints de financement propre permettant lexcution de projets de recherche stratgiques pour les partenaires.
Contacts : Ana Brasileiro, ana.brasileiro@embrapa.br, Pierre Marraccini, pierre.marraccini@cirad.fr, Pedro Arcuri, embrapa.labex.europe@agropolis.fr, & Sylvie Lewicki dHainaut, sylvie.lewicki_dhainaut@cirad.fr
Partenariats brsiliens du CIBA

4 5 13 3 1 N 12 A K 2 7 8 15 H I 6
Centres de recherche de lEmbrapa

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 Acre Agro-nergie Coton Amazonie Occidentale Amazonie Orientale Riz et Haricot Caf Cerrados Climat Tempr Forts Informatique Agricole Manioc et Fruits Tropicaux Centre-Nord Mas et Sorgho Ressources Gntiques et Biotechnologie Soja Plateaux Ctiers Bl Raisin et Vin
17
MO 14 G 11 C D E 10
16 F J 18 19 9
Instituts participant au Systme National de Recherche Agricole

A B C D E F G H CEPLAC EPAGRI ESALQ FundeCitrus IAC IAPAR Incaper UCB I J K L M N O UnB UEL UESC UFG UFLA UNIR UFV
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Ensemble dans le Challenge Programme Generation

Les Challenge Programmes sont de grands programmes transversaux qui permettent aux 15 centres internationaux de recherche du Consortium CGIAR de travailler de concert sur une mme thmatique. Ils ont galement comme objectif de renforcer les partenariats entre le Consortium du CGIAR et les institutions de recherche du Nord et du Sud. Le Challenge Programme Generation (CPG) concerne les ressources gntiques, la diversit des plantes cultives et de leurs espces apparentes. Son objectif est de permettre lusage dune plus grande partie de la diversit
Inra
existant dans les collections ex situ (banques de gnes) grce aux technologies de la gnomique, notamment la gnomique comparative, et de la biologie molculaire. Le CPG axe ses recherches sur les stress abiotiques et, notamment, la tolrance des plantes la scheresse. Parce que la gnomique tait lune des thmatiques choisies par le LabexEurope, de nombreux projets ont impliqu les laboratoires brsiliens et franais, contribuant ainsi au dveloppement et la multiplication des collaborations francobrsiliennes.
Contact : Jean-Christophe Glaszmann, jean-christophe.glaszmann@cirad.fr
Ressources gntiques, analyse du gnome et amlioration varitale de larachide

Lespce cultive darachide est un allottraplode issu dun vnement rcent dhybridation entre deux espces diplodes sauvages, ayant conduit un isolement reproductif de lespce cultive vis--vis des autres espces. Il en dcoule une base gntique troite qui limite limpact de la slection sur la rponse aux principales contraintes de sa culture. En 2004, le CPG a financ un projet de trois ans (collaboration Embrapa, UCB, Cirad, ICRISAT, CERAAS, IBONE, Universit dAarhus) visant : construire des varits synthtiques sauvages ayant le mme niveau de plodie que lespce cultive et permettant daccder la diversit du compartiment sauvage ; dvelopper les outils molculaires ncessaires ltude du gnome et la mise en uvre dapproches modernes de slection. Des varits synthtiques dorigine sauvage dveloppes par lEmbrapa ont t transfres au programme de slection arachide de lISRA (Sngal). Les changes scientifiques entre lEmbrapa et le Cirad ont permis la construction de ressources gnomiques (banques BAC) spcifiques de deux espces sauvages. Avec lappui du CPG, le partenariat a t poursuivi par des visites scientifiques, lchange de matriel vgtal et le pilotage dune thse de doctorat. Le matriel gntique et les outils molculaires obtenus ont permis une approche intgrant la slection assiste par marqueurs et lanalyse gntique. Une population de lignes de substitution de segments chromosomiques permettant de renouveler la base gntique de lespce cultive et didentifier les zones du gnome impliques dans lexpression de caractres dintrt agronomique a t dveloppe.
masculation dune fleur
darachide lors du croisement manuel pour la ralisation dun backcross.
Contacts : Jean-Francois Rami, jean-francois.rami@cirad.fr, Daniel Foncka, daniel.fonceka@cirad.fr, Soraya Bertioli, soraya@cenargen.embrapa.br, David Bertioli, david@pos.ucb.br, Ousmane Ndoye, ousndoye@refer.sn, & Jean-Christophe Glaszmann, gcpsp1@cirad.fr
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Ce matriel gntique indit fournit des opportunits damlioration rapide de lespce cultive en zones sches. La caractrisation de ce matriel dans une large gamme denvironnements et son utilisation des fins de slection sont poursuivies dans le cadre largi dun projet CPG Fondation Bill & Melinda Gates.
H.-A. Tossim, D. Foncka
Principales publications
Affholder, F.; Assad, E.D.; Bonnal, P Silva, ., F.A.M. da, Forest, F., Madeira Netto, J., Scopel, E., Corbeels, M. 2006. Risques de stress hydrique sur les cultures dans les cerrados brsiliens du zonage rgional lanalyse des risques lchelle des exploitations familiales. Cahiers Agricultures. 15(5): 433-439. Affholder F., Scopel E., Madeira Neto J. Capillon A. 2003. Diagnosis of the productivity gap using a crop model. Methodology and case study of small scale maize production in central Brazil. Agronomie. 23: 305-325. Arvor D., Jonathan M., Meirelles M.S.P., Dubreuil V., Durieux L. 2011. Classication of MODIS EVI time series for crop mapping in the state of Mato Grosso, Brazil, International. Journal of Remote Sensing. iFirst, 2011: 125. http://dx.doi. org/10.1080/01431161.2010.5317 Arvor D., Meirelles M.S.P., Dubreuil V., Begue, A., Shimabukuru, Y. 2011. Analyzing The Agricultural Transition In Mato Grosso, Brazil, Using Satellite-Derived Indices. Applied Geography. 32(2011): 702-7013.
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40
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Miller, R.N.G., Bertioli, D.J., Baurens, F.C., Quirino, B.F., Ciampi, A.Y., Santos, C.M.R., Martins, N.F., Souza Jr., M.T. and Pappas Jr., G.J. 2009. Understanding Plant Responses To Biotic Stress: Ongoing Research In Musa. Acta Horticulturae (ISHS) 828: 255-272. Prin, C., Rebouillat, J., Brasileiro, A.C.M., Dievart, A., Gantet, P., Breitler, J.C., Johnson, A.A.T., Courtois, B., Ahmadi, N., Raissac, M., Luquet, D., Conte, M., This, D., Pati, P., Le, Q.H. 2007. Novel insights into the genomics of rice root adaptive development. In: Brar DS, Mackill DJ, Hardy B. (Orgs.). In Rice Genetics V, Manila: World Scientic Publishing and Los Banos, p. 117-141. Romero Santos C.M., Martins N.F., Melo de Arajo M.M., da Silva F.R., Togawa R.C., Souza Jr. M.T. 2009. Screening of the DATAMusa Database for Orthologs of Genes Known to Be Related to Biotic and Abiotic Stresses to Identify and Characterise Candidate Genes. Acta Horticulturae (ISHS) 828: 341-352. Togawa, R., Santos, C. R., Miller, R. N. G., Souza Junior, M. T., Martins, N. F., DATAMusa- a Database for Ortholog Genes from Musa.Tree & Forestry Science and Biotechnology, v. 4, p. 83-87, 2010. Waalwijk, C, Dita, M. A., Buddenhagen, I. W., Paiva, L. V., Souza Junior, M. T., Kema, G . A Detection Method for the Tropical Race 4 of the banana pathogen Fusarium oxysporum f. sp. cubense. Acta Horticulturae, v. 897, p. 339-344, 2011.
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Curriculum complet des chercheurs et des coordinateurs du Programme Labex-Europe

La plateforme Lattes du Conseil National de Dveloppemment Scientique et Technologique (Brsil) est une base de curriculum vitae ouverte au public qui sert de rfrence pour tous les champs de la connaissance (www.cnpq.br). Amaral, Alexandre M. do http://lattes.cnpq.br/4398504738216684 Arcuri, Pedro B. http://lattes.cnpq.br/0075797281676195 Brasileiro, Ana C. M. http://lattes.cnpq.br/2085645655663481 Contini, Elisio http://lattes.cnpq.br/5452189619541174 Deliza, Rosires http://lattes.cnpq.br/5127472125418977
Lago, Regina C. A. http://lattes.cnpq.br/8583234625127987 Netto, Jos Madeira da S. http://lattes.cnpq.br/3953731166035813 Rodrigues, Geraldo S. http://lattes.cnpq.br/9430311933773535 Rosenthal, Amauri http://lattes.cnpq.br/1329532290735502 Simes, Margareth S. P. http://lattes.cnpq.br/0134693605452082 Souza Jr., Manoel Teixeira http://lattes.cnpq.br/6796259458334447 Vieira, Luis F. http://lattes.cnpq.br/5106130733427800
Agropolis International
Campus mondial des sciences vertes
agriculture alimentation biodiversit environnement Au sein de la communaut scientifique de Montpellier et de la rgion Languedoc-Roussillon
La plus grande concentration mondiale de comptences et dexpertise dans les domaines lis lagriculture, lalimentation, la biodiversit et lenvironnement, ouverte sur le dveloppement des rgions mditerranennes et tropicales. Une forte dimension internationale avec le sige du Consortium du CGIAR, limplantation dinstitutions internationales et de laboratoires trangers (Argentine, Australie, Brsil, USA...), lappui des rseaux : Socit Europenne dAgronomie, Comit Scientifique Franais de la Dsertification... Chaque anne, prs de 500 chercheurs et professeurs invits, issus de plus de 40 pays. Une fondation pour la recherche agronomique et le dveloppement durable : Agropolis Fondation (voir page 44).
Contact : agropolis@agropolis.fr www.agropolis.fr
Un large ventail de comptences

Agronomie, plantes cultives et systmes de culture, agrocosystmes Alimentation, nutrition, sant Biodiversit et cosystmes terrestres et aquatiques Eau : ressources et gestion conomie, socit et dveloppement durable cotechnologies Interactions hte-parasites et maladies infectieuses Modlisation, information gographique, biostatistiques Production et sant animales Ressources gntiques et biologie intgrative des plantes Vigne et vin
mobilises sur des grands thmes de recherche lis aux enjeux de socits
Alimentation durable et scurit des aliments Gestion des ressources, environnement et dveloppement durable Innovation, usages, transfert des technologies Nutrition, sant Productions agricoles et filires de transformation et de commercialisation Risques et vulnrabilit des territoires
Une offre de formation complte et diversifie

Formations initiales diplmantes vise professionnelle ou de recherche, pour tous niveaux et domaines de comptences Formations continues pour les professionnels, diplmantes ou non Ingnierie des dispositifs de formation
42
Krishna Naudin
La communaut scientifique en chiffres

28 tablissements de recherche et denseignement suprieur 2 300 chercheurs et enseignants dont 400 en poste dans une soixantaine de pays partenaires 80 units de recherche majoritairement interinstitutionnelles et inter-disciplinaires 8 campus dont 3 ddis aux sciences agronomiques, dots dinfrastructures mutualises : cotron, Maisons communes (Technologie, Tldtection, Sciences de lHomme, Sciences de lEau), serres exprimentales, halles pilotes, incubateurs dentreprises... 3 ples de comptitivit : Eau, Gestion des Risques et vulnrabilits des territoires, Qualimditerrane Un rseau de 43 centres documentaires 5 Universits et 9 coles dingnieurs offrant : 156 parcours de formation (de Bac+2 Bac+8 : technicien, ingnieur, licence, master, doctorat) accueillant plus de 5 000 tudiants dont 300 doctorants par an (1/3 provenant de pays trangers) 100 modules de formation continue et une capacit dingnierie de formation
Une association au service de la communaut scientifique

Un portail offrant
Un accs facilit aux comptences et ressources de la communaut scientifique Un accs des supports dinformation : bulletins priodiques, sites web, portails thmatiques, synthses des connaissances scientifiques sur les thmes et problmatiques dactualit... Un appui aux projets collectifs interinstitutionnels caractre national et international (animation, coordination, gestion) Un service daccueil de dlgations Une assistance pour les chercheurs internationaux (Centre Euraxess Languedoc-Roussillon) Un service pour lorganisation de runions et de confrences Une interface avec les acteurs du dveloppement Une plateforme de construction et de coordination de nouveaux partenariats
Centre de Services Euraxess :
un outil pour faciliter le sjour des chercheurs internationaux en mobilit
Au service de la communaut scientifique rgionale, le Centre de Services Euraxess Languedoc-Roussillon, anim par Agropolis International et labellis par la Commission Europenne, a pour mission dassister les scientifiques en mobilit (doctorants, chercheurs et professeurs accueillis dans les tablissements denseignement suprieur et de recherche) dans leurs dmarches:
Procdures dentre et de sjour en France, visa Formalits administratives : scurit sociale, assurances, impts, banque Cours de franais et activits culturelles Vie pratique, logement, appui aux familles, scolarisation des enfants...
Depuis 2002, plus de 150 chercheurs et doctorants brsiliens ont bnfici des services du centre Euraxess Languedoc-Roussillon.
Contact : mobilite.euraxess-lr@agropolis.fr www.agropolis.fr/mobilite-euraxess-lr www.agropolis.org/mobility-euraxess-lr www.agropolis.org/es/movilidad-euraxess-lr
Agropolis Fondation
Collaboration scientifique entre Agropolis Fondation et le Brsil
Agropolis Fondation, cre en fvrier 2007, a pour mission de soutenir la recherche et lenseignement suprieur dans le domaine de lagronomie et du dveloppement durable, et de promouvoir les collaborations entre son rseau scientifique (voir encadr ci-dessous) et des partenaires internationaux, au Nord comme au Sud.
A. Devouard
Pour renforcer les changes scientifiques entre la France et le Brsil dans le domaine de lagronomie, Agropolis Fondation a sign en 2010 un partenariat avec lAgence fdrale brsilienne pour le soutien et lvaluation des tudes suprieures (CAPES). Les projets financs dans le cadre de ce partenariat sont ouverts aux partenaires africains. Les deux institutions ont ainsi dj lanc deux appels propositions conjoints, lun en 2010 et lautre en 2011 qui ont permis de financer 10 projets impliquant des scientifiques franais, brsiliens et africains. Un troisime appel commun est en cours de prparation pour 2013. La Fondation a galement appuy une srie dateliers du CIBA (2007 2009) qui ont permis de soumettre des projets des appels doffre franais et europens, de dfinir des priorits de recherche et des partenariats impliquant la France, le Brsil et lAfrique. Au total, la Fondation a financ ou cofinanc depuis sa cration 22 projets impliquant des scientifiques brsiliens de diverses institutions de recherche (Embrapa, IAPAR, IAC, CENARGEN, CEPLAC, EPAMIG) et universits (Brasilia, Campinas, Londrina, Parana, Rio de Janeiro, So Paulo).
Le ple montpellirain entretient de nombreuses collaborations avec diverses institutions brsiliennes dans le domaine de lagronomie et de lalimentation. LEmbrapa est lun des trois principaux partenaires internationaux du rseau scientifique port par Agropolis Fondation.
Agropolis Fondation et son rseau scientifique en bref

Agropolis Fondation est une Fondation de coopration scientifique porteuse dun rseau scientifique dexcellence en recherche agronomique. Elle a t cre en 2007 avec une dotation initiale de 20M. Ses membres fondateurs sont le Cirad, lInra, lIrd et Montpellier SupAgro. La Fondation soutient des recherches interdisciplinaires caractre finalis sinscrivant dans des grands enjeux de dveloppement au Nord et au Sud, et en Mditerrane : demande croissante dutilisation des plantes des fins alimentaires et non alimentaires, adaptation des agricultures du Nord et du Sud au changement climatique, et prvention des risques (maladies vgtales, scurit sanitaire des aliments, rosion des ressources naturelles et de la biodiversit).
Maladies et ravageurs des plantes, symbiotes, protection intgre des cultures, cologie des populations Gestion des agro-cosystmes, des ressources, innovations agro-environnementales Systmes agroalimentaires, transformation et qualit des produits alimentaires et non alimentaires Processus dinnovation, gestion sociale de linnovation Agropolis Fondation finance des programmes scientifiques (recherche et formation) sinscrivant prioritairement dans les axes pluridisciplinaires suivants : laboration du phnotype Diversit des interrelations plantes-bioagresseurs Agro-cosystmes, territoires et services Gne-Plante-Produits : co-conception des itinraires, procds et produits et matrise de la qualit. Agropolis Fondation engage chaque anne environ 4 M pour le financement de projets. Elle a dj soutenu plus de 100 projets impliquant plus de 200 scientifiques et 300 partenaires de 70 pays (dont plus de 60 % du Sud et de la Mditerrane).
Contacts : Anne-Lucie Wack, Directrice, wack@agropolis.fr
Son rseau scientifique est constitu de 37 units de recherche (2 700 personnes dont plus de 1 300 scientifiques permanents, 600 doctorants et 200 post-docs) constituant un continuum de comptences pluridisciplinaires (sciences biologiques, sciences de lingnieur, sciences humaines et sociales) allant de ltude des gnes jusqu lutilisation finale des plantes, et bnficiant dune expertise reconnue sur un grand nombre despces vgtales tempres, mditerranennes et tropicales. Les comptences scientifiques du rseau sorganisent en cinq domaines scientifiques troitement articuls : Gntique et gnomique, amlioration des plantes, cophysiologie
Oliver Oliveros, Charg de Mission Senior Relations internationales et partenariats, oliveros@agropolis.fr www.agropolis-fondation.fr
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Installation dun LabIntex argentin Agropolis International

Agropolis International a sign fin mars 2012 Buenos Aires (Argentine) une convention de coopration technique avec lINTA (Instituto Nacional de Tecnologa Agropecuaria) pour la mise en place Montpellier de son premier LabIntex (laboratoire extrieur sans murs), similaire au modle du Labex brsilien de lEmbrapa, grce au soutien de la Banque Interamricaine de Dveloppement. Dans le cadre de ce Dossier dAgropolis consacr au LabexEurope de lEmbrapa, nous avons pos trois questions la prsidence de lINTA :
Quelles sont la structure et les priorits actuelles de lINTA ? LINTA est un organisme dtat prsent sur tout le territoire national, li au ministre argentin de lAgriculture, de llevage et de la Pche. Il comprend 15 centres rgionaux, 6 centres de recherche, 50 stations exprimentales, 20 instituts, 350 units dappui technique. Ses priorits sont la recherche (organise en 13 programmes nationaux) et linnovation technologique au sein des filires, des rgions et des territoires, afin damliorer la comptitivit, de prserver la qualit de lenvironnement et dassurer lquit sociale. Il comprend galement une filiale, INTEA S.A., charge de la commercialisation des technologies, semences, semoirs, marques dposes, licences dexploitation des brevets et autres produits issus de ses recherches. Il dispose galement dune fondation (Fundacin ArgenINTA) destine mobiliser des financements pour le dveloppement de ses activits de recherche et dappui technique et des collaborations avec les entreprises prives.* Quels sont les principaux objectifs du LabIntex ? Le LabIntex vise, d'une part, mener des recherches avances en vue de crer des innovations et, d'autre part, identifier et dvelopper des cooprations scientifiques en constituant des rseaux dinnovation entre les organismes argentins, franais et dautres pays europens. Ainsi, en se positionnant sur les fronts de recherche, le Labintex contribuera accrotre la comptitivit et la durabilit de la production agricole argentine.
N. Pensel, INTA
Comment voyez-vous linteraction entre le LabIntex, le Labex-Europe et Agropolis International ? La prsence du Labex-Europe de lEmbrapa et du LabIntex de lINTA en France est tout fait stratgique en permettant au Brsil et lArgentine de se positionner sur des recherches de pointe en cooprant avec leurs partenaires europens. Agropolis International, en tant que plate-forme de coopration, joue un rle facilitateur dans la mise en relation ces deux laboratoires avec les acteurs du monde scientifique europen. Contact : Ana Cipolla, Direction Nationale des Relations Institutionnelles de l'INTA, dri@correo.inta.gov.ar
* Pour plus dinformations : www.inta.gov.ar
Signature de la convention par Carlos Casamiquela, Prsident de lINTA ( gauche) et Bernard Hubert, Prsident dAgropolis International ( droite) en prsence de Lorenzo Basso, Secretario de Agricultura, Ganadera y Pesca/Ministerio de Agricultura, Ganadera y Pesca (au centre) et de Damian Bergel, Conseiller Export la Mission conomique/Ambassade de France en Argentine (ne gurant pas sur la photo).
Perspectives du Programme Labex de l'Embrapa

l'approche du 40e anniversaire de sa cration, qui sera clbr en avril 2013, l'Embrapa raffirme son engagement dans le dveloppement durable de lagriculture, et son Secrtariat aux Affaires Internationales renforce le Programme Labex afin d'augmenter l'efficacit de ce dernier comme outil de promotion des rseaux internationaux de recherche. L'Embrapa propose d'intgrer partiellement le Programme Labex des mcanismes bilatraux internationaux pour le financement des projets de recherche, qui seront rattachs aux programmes de formation des scientifiques organiss par lEmbrapa ou par dautres agences brsiliennes. Un exemple sera le renforcement du partenariat entre l'Embrapa, Agropolis International et Agropolis Fondation pour le thme de l'amlioration des plantes par le biais du Consortium International en Biologie Avance, CIBA. Des partenariats articuls par les Labex en Europe et aux tats-Unis, en lien avec les thmes prioritaires de ce programme, permettront d'associer aux activits proposes par le(la) chercheur(e) Labex des professionnels de l'Embrapa ou d'autres institutions brsiliennes de recherche, slectionns pour bnficier de bourses de post-doctorat ou de sjours sabbatiques. Les regroupements ainsi crs, ou clusters de chercheurs, augmenteront la synergie entre les rseaux de recherche brsilienne et leurs correspondants sur le territoire europen, vu qu'ils bnficieront la fois d'un ancrage institutionnel garantissant des ressources et d'une infrastructure. En ce qui concerne la slection des domaines thmatiques dvelopps par le Programme Labex, lEmbrapa cherche renforcer leur alignement avec les priorits du Systme de Gestion de lEmbrapa (SEG). La cration des portefeuilles de projets de recherche et d'autres mcanismes dans le SEG permettra de contribuer cet alignement, renforant ainsi les partenariats entre les rseaux internes et des quipes extrieures d'excellence. Enfin, la Direction Excutive de l'Embrapa a souhait que dans les annes venir les Labex interagissent entre eux, au moyen de chercheurs rattachs un mme thme de recherche. Cette interaction, associe aux mcanismes dcrits plus haut, permettra un dialogue permanent entre les Labex. Dans un scnario de changements climatiques prvus pour un futur proche, il est vital que l'agriculture soit durable et garantisse la prservation des ressources naturelles, en permettant de nourrir l'humanit avec des aliments nutritifs et sains. Les Labex serviront ainsi d'lments complmentaires l'action de l'Embrapa, qui a une responsabilit croissante dans la dmonstration de l'utilit de l'agriculture comme solution, par le dveloppement de connaissances et de technologies agricoles innovantes.
Francisco Baslio de Souza, Chef du Secrtariat aux Affaires Internationales Luciano Nass, Coordinateur pour l'change de Connaissances Pedro Arcuri, Coordinateur Labex-Europe, 2009 2013
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Liste des acronymes et abrviations

AGAP AgroParisTech ARS BBSRC BRAFRAGRI BRAFITEC CAPES CATIE Cenargen CEPEC CEPLAC CERAAS CGIAR CIBA CiCy CIMMYT Cirad CNES CNPq CNRS COFECUB CPG CSGA Cyted DEFRA Embrapa EPAMIG EPAGRI
UMR Amlioration gntique et adaptation des plantes mditerranennes et tropicales, France Institut des sciences et industries du vivant et de l'environnement, France Agricultural Research Service, tats-Unis Biotechnology and Biological Sciences Research Council, Royaume-Uni Programa Brasil, Frana, Agricultura - CAPES, Brsil Programa de Cooperao Franco-Brasileira na rea da Formao de Engenheiros Coordinao de Aperfeioamento de Pessoal de Nvel Superior, Brsil Centro Agronmico Tropical de Investigacin y Enseanz, Costa Rica Embrapa Recursos Genticos e Biotecnologia, Brsil Centro de Pesquisas do Cacau, Brsil Comisso Executiva do Plano da Lavoura Cacaueira, Brsil Centre dtude rgional pour lamlioration de ladaptation la scheresse, Sngal Consortium du CGIAR (Consortium de Centres Internationaux de Recherche Agricole) Consortium International en Biologie Avance, France-Brsil Centro de Investigacin Cientca de Yucatn, Mexique International Maize and Wheat Improvement Center, Mexique La recherche agronomique pour le dveloppement, France Centre National dtudes Spatiales, France Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientco e Tecnolgico, Brsil Centre National de la Recherche Scientique, France Comit Franais dvaluation de la Coopration Universitaire et Scientique avec le Brsil Challenge Programme Generation Centre des Sciences du Got et de lAlimentation, France Ibero-american programme for science, technology and development Department of Environment and Rural Affairs, Royaume-Uni Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuria, Brsil Empresa de Pesquisa Agropecuaria de Minas Gerais, Brsil Empresa de Pesquisa Agropecuaria e Extenso Rural de Santa Catarina, Brsil European Union 7th Framework Programme UK-Brazil Consortium on Functional and Comparative Genomics for Fungi Fonds Wetenschappelijk Onderzoek - Vlaanderen Instituto Agronmico do Paran, Brsil UMR Ingnierie des Agropolymres et Technologies mergentes, France Instituto de Botnica del Nordeste, Argentine
ICRISAT INCAPER Inra INTA IRD IRSTEA ISRA JKI KU Leuven Labex LabIntex LISAH LORIA PIC PROCISUR R&D RDA REDD+ SRI TAPIS TETIS UAPV UCB UEL UESC UFG UFLA UFV UM2 UMR UPR UR USDA ARS WUR
International Crops Research Institute for the Semi-Arid Tropics, Inde Instituto Capixaba de Pesquisa, Assistncia Tcnica e Extenso Rural, Brsil Institut National de la Recherche Agronomique, France Instituto Nacional de Tecnologa Agropecuaria, Argentine Institut de recherche pour le dveloppement, France Institut national de Recherche en Sciences et Technologies pour l'Environnement et l'Agriculture (ex-Cemagref), France Institut sngalais de recherches agricoles, Sngal Julius Khn Institute, Allemagne Katholieke Universiteit Leuven, Belgique Laboratoire virtuel l'extrieur (laboratoire sans murs) de l'Embrapa, Brsil Laboratoire virtuel l'extrieur de l'INTA, Argentine Laboratoire dtude des Interactions Sol, Agrosystme et Hydrosystme, France Laboratoire lorrain de recherche en informatique et ses applications, France Projet dintrt commun Programme de coopration pour le dveloppement technologique agroalimentaire et agroindustriel du Cne Sud Recherche et Dveloppement Rural Development Administration Suwon, Core du Sud The United Nations Collaborative Programme on Reducing Emissions from Deforestation and Forest Degradation in Developing Countries Secrtariat aux affaires internationales de l'Embrapa, Brsil Systme dindicateurs de performance pour les agroforesteries traditionnelles UMR Territoires, Environnement, Tldtection et Information Spatiale, France Universit dAvignon et des Pays de Vaucluse, France Universidade Catlica de Braslia, Brsil Universidade Estadual de Londrina, Brsil Universidade Estadual de Santa Cruz, Brsil Universidade Federal de Gois, Brsil Universidade Federal de Lavras, Brsil Universidade Federal de Viosa, Brsil Universit de Montpellier 2, France Unit mixte de recherche Unit propre de recherche Unit de recherche United States Department of Agriculture, Agricultural Research Service, tats-Unis Wageningen UR (University and Research Centre), Pays Bas
FP7 FunBUKC FWO IAPAR IATE IBONE
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Cette publication a t ralise avec le soutien dAgropolis Fondation et de lEmbrapa Les organismes membres et partenaires dAgropolis International impliqus dans ce dossier Membres AgroParisTech Cirad CNRS Embrapa Inra IRD Irstea Montpellier SupAgro UM2 Partenaires Agropolis Fondation AgroSup Dijon INTA (Instituto Nacional de Tecnologa Agropecuaria) Julius Khn-Institut Katholieke Universiteit Leuven Rothamsted Research Station Universit d'Avignon et des Pays de Vaucluse Universit de Bourgogne Wageningen University and Research Centre
Directeur de la publication : Bernard Hubert Coordinateur Embrapa : Pedro B. Arcuri Coordinatrice Agropolis International : Paula C. Dias Rdaction scientifique : Isabelle Amsallem (Agropolis Productions) Communication Embrapa et iconographie : Lilian Matheus Silva Conception, mise en page et infographie : Olivier Piau (Agropolis Productions) Ont particip ce numro : Lygia Akemi, Alexandre M. do Amaral, Pedro B. Arcuri, Pedro Arraes, Roberta Barbosa, Jean-Luc Battini, Agnes Bgu, David Bertioli, Soraya Bertioli, Ana Brasileiro, Mlanie Broin, Elisio Contini, Rosires Deliza, Paula C. Dias, Heloisa Filgueiras, Carlos Eduardo Lazarini Fonseca, Daniel Foncka, Pascal Gantet, Patrick Gervais, Jean-Christophe Glaszmann, ric Gohet, Stphane Guilbert, Paulo Herrmann, Bernard Hubert, Philippe Lagacherie, Sylvie Lewicki dHainaut, Sylvie Issanchou, Gert Kema, Philippe Lagacherie, Regina Lago, Sylvie Lewicki, John Lucas, Paul Luu, Jos Madeira, Bernard Mallet, Pierre Marraccini, Damares de Castro Monte, Luciano Nass, Ousmane Ndoye, Oliver Oliveros, Philippe Petithuguenin, Michel Pina, Jean-Francois Rami, Amauri Rosenthal, Huguette Sallanon, Yves Savidan, Ulrich Schurr, Gilberto Schmidt, Andre Scofano, Lilian Matheus Silva, Margareth Simes, Claudine Soudais, Manoel Souza, Geraldo Stachetti, Rony Swennen, Nathalie Tardieu, Jean-Philippe Tonneau, Nathalie Villemjeanne, Pierre Villeneuve, Marc Voltz, Anne-Lucie Wack Remerciements pour liconographie : tous les contributeurs du dossier Impression : Les Petites Affiches (Montpellier) ISSN : 1628-4240 Dpot lgal : Septembre 2012 Egalement disponible en anglais et en portugais
Quinze dossiers parus dans la mme collection dont :
Dcembre 2008 68 pages Franais et Anglais
Juin 2009 52 pages Franais et Anglais
Fvrier 2010 68 pages Franais et Anglais
Fvrier 2010 28 pages Franais et Anglais
Les dossiers dAgropolis International

La srie des dossiers dAgropolis International est une des productions dAgropolis International dans le cadre de sa mission de promotion des comptences de la communaut scientifique. Chacun de ces dossiers est consacr une grande thmatique scientifique. On peut y trouver une prsentation synthtique et facile consulter de tous les laboratoires, quipes et units de recherche prsents dans lensemble des tablissements dAgropolis International et travaillant sur la thmatique concerne. Lobjectif de cette srie est de permettre nos diffrents partenaires davoir une meilleure lecture et une meilleure connaissance des comptences et du potentiel prsents dans notre communaut mais aussi de faciliter les contacts pour le dveloppement dchanges et de cooprations scientifiques et techniques.
En savoir plus : www.agropolis.fr/publications/dossiers-thematiques-agropolis.php
Les dossiers dAgropolis International version mobile
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Juin 2010 48 pages Franais et Anglais
Juillet 2010 68 pages Franais et Anglais
Octobre 2010 84 pages Franais et Anglais
Fvrier 2012 72 pages Franais, Anglais, Espagnol
R E C HE RCH E A GR INNOV ICOLE ATIO N QU PROGR AM A LIT
ME
LA B
D E VIE
EX EN
EUROPE
Sige de l'Embrapa
Parque Estao Biolgica - PqEB Av. W3 Norte (final), 70.770-901 Braslia - Brsil Tl. : +55 61 3448-4433 sac@embrapa.br www.embrapa.br
Coordination du Programme Labex-Europe 1000 avenue Agropolis F-34394 Montpellier CEDEX 5 France Tl. : +33 (0) 4 67 04 37 43 embrapa.labex.europe@agropolis.fr
1000 avenue Agropolis F-34394 Montpellier CEDEX 5 France Tl.: +33 (0) 4 67 04 75 75 Fax: +33 (0) 4 67 04 75 99 agropolis@agropolis.fr www.agropolis.fr

Programme Labex Europe Embrapa 10 Ans Les Dossier D'agropolis International

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Contact : Elisio Contini, contini@embrapa.br

Le mot du Dr Pedro Arraes Pereira, Directeur-Prsident de l'Embrapa

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Le mot du Dr Bernard Hubert, Prsident dAgropolis International,

Contact : Bernard Hubert, hubert@agropolis.fr

Fabiano B stos/Embrapa a ian Basto /Embrapa ia tos Embrapa pa

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Contact : Jos Madeira, jose.madeira@embrapa.br

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indices de performance environnementale

0,80 0,75 0,70 0,65 0,60 0,55 0,50 0,0

Indices de performance (n=177)

Contact : Geraldo Stachetti Rodrigues, stacheti@cnpma.embrapa.br

La gestion des ressources naturelles

Contact : Margareth Simes, margareth.simoes@embrapa.br

Le chercheur brsilien accueilli

Contacts : margareth.simoes@teledetection.fr margareth.labex@gmail.com margareth.simoes@embrapa.br

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