Il primo passaggio che sta alla base della produzione proteica la fase della trascrizione o sintesi di RNA.

. Dopo infatti le attivit propriamente specifiche della doppia elica di DNA (replicazione, riparazione e anche ricombinazione), da dei tratti di DNA verranno sintetizzati nuovi filamenti di RNA quindi ancora una sequenza nucleotidica che fuori dal nucleo diventeranno materia prima per il processo di traduzione. LRNA sostanzialmente simile al DNA ma presenta fondamentali differenze quali: presenza dello zucchero ribosio, anzich desossiribosio; presenza dellUracile, al posto della Timina, che si appaia ugualmente con lAdenina; un unico filamento e pu ripiegarsi costituendo strutture specifiche (come il nucleo dei ribosomi). Il processo di trascrizione mediato dagli enzimi della classe RNA polimerasi che si muovono di circa 15 nucleotidi al secondo. Lindividuazione della fine e dellinizio di un gene in un singolo filamento di DNA avviene grazie alla presenza di uno startpoint (o promotore), ovvero una sequenza speciale di nucleotidi, riconosciuto tra la zona -10 e -35 (zona di consenso) rispetto al punto di inizio della trascrizione. La sintesi dellRNA particolarmente differente tra eucarioti e batteri. Nei batteri una subunit (fattore sigma) si lega nella fase iniziale della trascrizione allRNA polimerasi batterica. Le fasi individuabili sono 3: iniziazione (attacco RNA polimerasi con fattore sigma, si aggrega loloenzima); elongazione (si stacca il fattore sigma e si procede allallungamento del filamento di RNA); terminazione (si stacca lRNA trascritto, processo che pu essere mediato o non dal fattore ro). LRNA dei procarioti non va incontro a maturazione, ma spesso viene tagliato dagli endonucleasi. Il processo di trascrizione negli eucarioti molto difficile da quello batterico. A differenza dei batteriche possiedono solo un tipo di RNA polimerasi, i nuclei eucaristici ne hanno tre; queste sono strutturalmente simili tra di loro, ma sintetizzano diversi tipi di geni. Le RNA polimerasi I e III trascrivono geniche codificano principalmente tRNA e rRNA; le RNA polimerasi II trascrivono la restante grande maggioranza. Affinch lRNA polimerasi si posizioni bene nel promotore occorre che si dispongano dei particolari fattori generali di trascrizione. Proprio per la loro complessit sono indicati come generali, ma, al tempo stesso, garantiscono al gene una espressione basale; questi sono indicati con la sigla TFII. Il promotore eucaristico contiene una sequenza a circa -25 composta soprattutto da nucleotidi T e A, nota come TATA box. Questa zona riconosciuta dalla subunit TBP (Tata Binding Protein) di TFIID. Lattacco di TFIID, oltre a piegare il DNA richiama TFIIA e TFIIB formando il complesso DAB. A questo punto lenzima RNA polimerasi II si trova legato ai complessi proteici e grazie ad altri (sono pi di 100. Tra i pi importanti: TFIIF; TFIIE, che fosforila lRNA polimerasi; TFIIH, che denatura lo stesso promotore) inizia la mera sintesi di mRNA che proceder a scatti. Fondamentale nelle trascrizione il ripiegamento del DNA stesso che permette il contatto tra un mediatore (che abbraccia il complesso di inizio) e lintestificatore (una proteina attivatrice che si trova a molti nucleotidi di distanza).