ENZIMAS

PROPIEDADES GENERALES
FACTORES QUE INFLUENCIAN SU ACTIVIDAD
TEORA DE LA FORMACIN DEL COMPLEJO ENZIMA-SUSTRATO
MECANISMOS DE CATLISIS ENZIMTICA
REGULACIN DE SU ACTIVIDAD
INHIBICIN ENZIMTICA
ENZIMAS
LAS ENZIMAS SON COMPONENTES CELULARES MUY IMPORTANTES
SON LOS CATALIZADORES DE TODAS LAS REACCIONES METABLICAS
AUMENTAN LA VELOCIDAD DE LAS REACCIONES A CONDICIONES
MODERADAS DE TEMPERATURA Y pH
LA GRAN MAYORA SON PROTENAS
TAMBIN HAY CIDOS RIBONUCLEICOS CATALTICOS (RIBOZIMAS)
INICIOS DE LA
ENZIMOLOGA
CMO SE NOMBRAN LAS ENZIMAS?
glucosa + ATP glucosa-6-fosfato + ADP
Nomenclatura de las enzimas: cmo
se nombran.
1. Nombre comn o recomendado
2. Nombre sistemtico
3. Cdigo o nmero de clasificacin
Por ejemplo, la reaccin de fosforilacin
de la glucosa:
Es catalizada por una enzima que
se identifica as:
1. Hexoquinasa
2. ATP:glucosa fosfotransferasa
3. E.C. 2.7.1.1
2: clase (Transferasas)
7: subclase (transferasa de grupo fosfato
1 : sub-subclase (grupo OH como aceptor
del fosfato)
1 : nmero serial en este grupo de enzimas
Otras enzimas del grupo:
E.C. 2.7.1.2 Glucoquinasa
E.C. 2.7.1.3 Cetoquinasa
E.C. 2.7.1.4 Fructoquinasa
En general, el nombre de las enzimas se hace terminar en asa. Ejemplos:
hexoqinasa, ATP:glucosa fosfotransferasa, glucoquinasa, fructoquinasa
Pgina web sobre la nomenclatura de las enzimas
El grupo de las transferasas
Detalle del grupo de las transferasas
IUBMB Enzyme Nomenclature
Transferringphosphorus-containinggroups
Contents
EC 2.7.1Phosphotransferaseswithanalcohol groupas acceptor
EC 2.7.2Phosphotransferaseswitha carboxygroupas acceptor
EC 2.7.3Phosphotransferaseswitha nitrogenousgroupas acceptor
EC 2.7.4Phosphotransferaseswitha phosphategroupas acceptor
EC 2.7.5Phosphotransferaseswithregenerationof donors, apparentlycatalysing
intramolecular transfers
EC 2.7.6Diphosphotransferases
EC 2.7.7Nucleotidyltransferases
EC 2.7.8Transferasesfor other substitutedphosphategroups
EC 2.7.9Phosphotransferaseswithpairedacceptors
EC 2.7.10Protein-tyrosinekinases
EC 2.7.11Protein-serine/threoninekinases
EC 2.7.12Dual-specificitykinases(thoseactingonSer/Thr and Tyr residues)
EC 2.7.13Protein-histidinekinases
EC 2.7.99Other proteinkinases
IUBMB Enzyme Nomenclature: ejemplo de la informacin sobre la hexoquinasa
EC 2.7.1.1
Accepted name:hexokinase
Reaction: ATP +D-hexose =ADP +D-hexose 6-phosphate
Other name(s): hexokinase type IV glucokinase; hexokinase D; hexokinase type IV; hexokinase (phosphorylating);
ATP-dependent hexokinase; glucose ATP phosphotransferase
Systematic name:ATP:D-hexose 6-phosphotransferase
Comments: D-Glucose, D-mannose, D-fructose, sorbitol and D-glucosamine can act as acceptors; ITP and dATP can
act as donors. The liver isoenzyme has sometimes been called glucokinase.
Links to other databases: BRENDA, EXPASY, GTD, KEGG, PDB, CAS registry number: 9001-51-8
References:
1. Bailey, K. and Webb, E.C. Purification of yeast hexokinase and its reaction with ,'-dichlorodiethyl sulphide. Biochem. J. 42 (1948)
60-68.
2. Berger, L., Slein, M.W., Colowick, S.P. and Cori, C.F. Isolation of hexokinase from baker's yeast. J. Gen. Physiol. 29 (1946) 379-391.
3. Kunitz, M. and McDonald, M.R. Crystalline hexokinase (heterophosphatase). Method of isolation and properties. J. Gen. Physiol. 29
(1946) 393-412.
4. Pollard-Knight, D. and Cornish-Bowden, A. Mechanism of liver glucokinase. Mol. Cell. Biochem. 44 (1982) 71-80. [PMID: 7048063]
5. Ureta, T., Radojkovic, J., Lagos, R., Guixe, V. and Nez, L. Phylogenetic and ontogenetic studies of glucose phosphorylatingisozymes
of vertebrates. Arch. Biol. Med. Exp. 12 (1979) 587-604.
6. Crdenas, M.L., Rabajille, E. and Niemeyer, H. Fructose: A good substrate for rat-liver 'glucokinase' (hexokinase D). Biochem. J. 222
(1984) 363-370. [PMID: 6477520]
[EC 2.7.1.1 created 1961]
PROPIEDADES DE LAS ENZIMAS
A + B C + D
sustratos productos
ESPECIFICIDAD
Tipo de reaccin
Clase de sustratos
EFICIENCIA
NO AFECTAN EL EQUILIBRIO DE LA REACCIN (Keq IGUAL)
Clasificacin de las enzimas
Las hidrolasas son las nicas enzimas que conservan el nombre del sustrato
terminado en el sufijo asa. Ejemplo: lipasas, proteasas, ribonucleasa.
Clasificacin
de las
enzimas
Clasificacin de las enzimas
La especificidad de las enzimas puede ser muy grande:
Por ejemplo, Tripsina y Quimotripsina son dos hidrolasas con una especificidad muy alta
con relacin al sustrato sobre el cual actan
LAS ENZIMAS SON MUY EFICIENTES COMO CATALIZADORES
aumento de la velocidad de reaccin por algunas enzimas con respecto a
la velocidad de la reaccin no catalizada
Nombre de la enzima Aumento velocidad
Ciclofilina (peptidilprolil isomerasa) 10
5
Anhidrasa carbnica 10
7
Triosa fosfato isomerasa 10
9
Carboxipeptidasa A 10
11
Fosfoglucomutasa 10
12
Succinil-CoA transferasa 10
13
Ureasa 10
14
Orotidina monofosfato descarboxilasa 10
17
Como catalizadores que son, las enzimas disminuyen la
energa libre de activacin
La energa libre de
activacin, G
*
, se define
como la energa que hay que
suministrar a un mol del
sustrato para que llegue al
estado de transicin.
En el estado de transicin
de las molculas, existe
una alta probabilidad de
que se rompan o se formen
enlaces qumicos.
Como consecuencia,
aumentar la velocidad
de transformacin del
sustrato.
LAS ENZIMAS DISMINUYEN GRANDEMENTE EL
REQUERIMIENTO DE ENERGA LIBRE DE ACTIVACIN
Las enzimas aumentan la velocidad de las reacciones
mucho ms veces que otros catalizadores
FACTORES QUE INFLUENCIAN LA ACTIVIDAD CATALTICA
DE LAS ENZIMAS
TEMPERATURA
pH
COFACTORES
METALES
COENZIMAS
CONCENTRACIN DE LA ENZIMA
CONCENTRACIN DEL SUSTRATO
ACTIVADORES
INHIBIDORES
INFLUENCIA DE LA TEMPERATURA EN LA CATLISIS
ENZIMTICA
Efecto de la
desnaturalizacin
INFLUENCIA DEL pH SOBRE LA ACTIVIDAD DE LAS ENZIMAS
pH ptimo
Perfil de actividad enzimtica con relacin al pH de
algunas enzimas escogidas
COFACTORES ENZIMTICOS: coenzimas
la mayora de las coenzimas provienen de las vitaminas del complejo B
COENZIMAS ENZIMA
TIAMINA PIROFOSFATO
FLAVN ADENIN DINUCLETIDO
NAD
PIRIDOXAL FOSFATO
COENZIMA A
BIOTINA
5-DESOXIADENOSIL COBALAMINA
TETRAHIDROFOLATO
PIRUVATO DESHIDROGENASA
MONOAMINA OXIDASA
LACTATO DESHIDROGENASA
GLUCGENO FOSFORILASA
ACETIL-CoA CARBOXILASA
PIRUVATO CARBOXILASA
METIL MALONIL MUTASA
TIMIDILATO SINTASA
Algunos ejemplos de coenzimas y las enzimas con las cuales trabajan
Ejemplo de la funcin de las coenzimas: la vitamina biotina
interviene activamente en la transferencia del grupo carboxilo en la
reaccin catalizada por la enzima piruvato carboxilasa
biotina
COFACTORES ENZIMTICOS: iones metlicos
METAL ENZIMA
Zn
2+
Zn
2+
Mg
2+
Mg
2+
Ni
2+
Mo
Se
Mn
2+
K
+
ANHIDRASA CARBNICA
CARBOXIPEPTIDASA A
EcoRV
HEXOQUINASA
UREASA
NITRATO REDUCTASA
GLUTATIN PEROXIDASA
SUPERXIDO DISMUTASA
PROPIONIL CoA CARBOXILASA
CINTICA DE LAS REACCIONES CATALIZADAS POR ENZIMAS: INFLUENCIA
DE LA CONCENTRACIN DE LA ENZIMA
Velocidad = k [enzima]
CINTICA DE LAS REACCIONES CATALIZADAS POR ENZIMAS: INFLUENCIA
DE LA CONCENTRACIN DEL SUSTRATO (a [enzima] constante)
TEORA DE LA FORMACIN DEL COMPLEJO ENZIMA - SUSTRATO
Convenciones:
E: enzima
S: sustrato
ES: complejo enzima-sustrato
P: producto
k
1
, k
-1
, k
2
: constantes de velocidad
Formacin del complejo enzima-sustrato
COMPLEJO ENZIMA SUSTRATO: sitio activo o cataltico
El sitio activo o cataltico est formado por los tomos o grupos de
tomos de la enzima que interactan con los tomos o grupos de
tomos del sustrato
COMPLEJO ENZIMA - SUSTRATO
SITIO ACTIVO O
CATALTICO DE LA ENZIMA
SITIO CATALTICO DE LA LISOZIMA
EL PLEGAMIENTO DE LA ESTRUCTURA TERCIARIA PERMITE CONFORMAR EL SITIO
CATALTICO DE LAS ENZIMAS
estructura primaria
estructura terciaria
regin del
sitio cataltico
INTERACCIONES EN EL SITIO ACTIVO DE LA
CARBOXIPEPTIDASA A
REGIN DEL SITIO CATALTICO
CINTICA DE MICHAELIS - MENTEN
ECUACIN DE MICHAELIS - MENTEN
] [
] .[ max
S Km
S V
v
o
+
=
v
o
: velocidad inicial de la reaccin
Vmax: velocidad mxima
[S] : concentracin del sustrato
Km : constante de Michaelis-Menten
Descripcin del
estado estacionario
Derivacin de la ecuacin de Michaelis-Menten
k
1
k
2
E + S ES E + P
k
-1
Presunciones: v
o
= k
2
[ES] y es irreversible
[E] = [E
t
] - [ES]
[S] libre es >>> [S] como [ES]
Rata de formacin de ES = k
1
([E
t
] - [ES]) [S]
Rata de descomposicin de ES = k
-1
[ES] + k
2
[ES]
En el llamado estado estable del metabolismo se supone que:
k
1
([E
t
] - [ES]) [S] = k
-1
[ES] + k
2
[ES]
rearreglando:
k
1
([E
t
] - [ES]) [S] = (k
-1
+ k
2
) [ES]
Derivacin de la ecuacin de Michaelis-Menten
y por tanto:
y Km + [S] =
Despejando [ES]:
y reemplazando [ES] = : y
k
2
[E
t
] = V
max
suponiendo que [ES] = [E
t
] en esas condiciones:
Ecuacin de Michaelis - Menten
Estimacin grfica de Km y Vmx
SISTEMAS GRFICOS LINEALES QUE PERMITEN UN CLCULO MS
PRECISO DE Vmx Y Km
Todas corresponden a
modificaciones de la
ecuacin de Michaelis-
Menten
Valores de K
M
de algunas enzimas
ENZIMA SUSTRATO K
M
(m)
Quimotripsina Acetil-L-Triptofanamida 5000
Lisozima Hexa-N-acetilglucosamina 6
-Galactosidasa Lactosa 4000
Treonina desaminasa Treonina 5000
Anhidrasa carbnica CO
2
8000
Penicinilasa Bencilpenicilina 50
Piruvato carboxilasa Piruvato
HCO
3
-
ATP
400
1000
60
VALORES DE K
M
DE HEXOQUINASA CON DIVERSOS MONOSACRIDOS
Con cul de los sustratos la hexoquinasa tendra un mejor desempeo?
INFORMACIN DE UNA ENZIMA EN EL CATLOGO DE MERCK
CONSTANTE CATALTICA (K
CAT
) O NMEROS DE RECAMBIO DE
ALGUNAS ENZIMAS
ENZIMA SUSTRATO K
CAT
(s
-1
)
Catalasa H
2
O
2
40.000.000
Anhidrasa carbnica HCO
3
-
400.000
Acetilcolinesterasa Acetilcolina 140.000
-lactamasa Benzilpenicilina 2.000
Fumarasa Fumarato 800
Quimotripsina N-benzoiltirosinamida 100
Treonina deshidratasa L-treonina 0.4
K
cat
se define como el nmero de moles de sustrato transformadas por
segundo, por mol de enzima, a la Vmx y por cada centro cataltico
CONSTANTES DE ESPECIFICIDAD (K
cat
/ K
m
)
ENZIMAS CERCANAS A LA PERFECCIN CATALTICA
Enzima Sustrato K
cat
(s
-1
) K
m
(M)
K
cat
/K
m
(M
-1
s
-1
)
Acetilcolinesterasa Acetilcolina 1.4 x 10
4
9.0 x 10
-5
1.6 x 10
8
Anhidrasa carbnica
CO
2
HCO
3
-
1.0 x 10
6
4.0 x 10
5
1.2 x 10
-2
2.6 x 10
-2
8.3 x 10
7
1.5 x 10
7
Catalasa H
2
O
2
4.0 x 10
7
1.1 4.0 x 10
7
Crotonasa Crotonil-CoA 5.7 x 10
3
2.0 x 10
-5
2.8 x 10
8
Fumarasa
Fumarato
Malato
8.0 x 10
2
9.0 x 10
2
5.0 x 10
-6
2.5 x 10
-5
1.6 x 10
8
3.6 x 10
7
-Lactamasa Benzilpenicilina 2.0 x 10
3
2.0 x 10
-5
1.0 x 10
8
Triosa fosfato
isomerasa
Gliceraldehdo 3-
fosfato
4.3 x 10
3
4.7 x 10
-4
2.4 x 10
8
Enzimas para las cuales K
cat
/ K
m
es cercana al lmite de difusin controlada (10
8
a 10
9
M
-1
s
-1
).
ESPECIFICIDAD DE SUSTRATOS DE LA QUIMOTRIPSINA
Con cul de estos sustratos la quimotripsina tendr un mejor
desempeo cataltico?
TIPOS DE CATLISIS ENZIMTICA
GENERAL CIDO - BASE
NUCLEOFLICA (COVALENTE)
POR IONES METLICOS
POR TENSIN INTRAMOLECULAR
MECANISMOS SIMILARES A CATLISIS NO ENZIMTICA?
Los mecanismos de catlisis enzimtica mejor comprendidos son los del sistema
general de catlisis cido-base
MUTARROTACIN DE LA GLUCOSA
CATLISIS GENERAL CIDA
CATLISIS GENERAL BSICA
CATLISIS SINRGICA
CATLISIS NUCLEOFLICA
AMINOCIDOS QUE PUEDEN ACTUAR EN CATLISIS GENERAL
CIDO-BASE
PERFILES DE CATLISIS CIDA Y BSICA
CATLISIS DE TIPO CIDA CATLISIS DE TIPO BSICA
El modelo cataltico de la enzima digestiva (proteasa)
de la quimotripsina
TIPOS DE CATLISIS EN EL SITIO ACTIVO DE
QUIMOTRIPSINA
REACCIONES EN EL SITIO ACTIVO DE LA QUIMOTRIPSINA
El grupo imidazol de la histidina 57
acta como base con la serina 195 y
como cido en el ataque al enlace
peptdico. El grupo ionizado de serina
acta como un nuclefilo en el ataque
simultneo al enlace peptdico
Otro modelo cataltico ampliamente estudiado es de
la enzima proteoltica carboxipeptidasa A
INTERACCIONES EN EL
SITIO ACTIVO DE LA
CARBOXIPEPTIDASA A
El grupo fenlico de
tirosina 248 acta como
cido en el ataque al
enlace peptdico. El
grupo carboxilo del cido
glutmico 270 acta
como un nuclefilo en el
ataque al sustrato.
Observe el papel del ion
zinc y de algunos
aminocidos en el
posicionamiento correcto
del sustrato
Reacciones durante la formacin del complejo enzima-
sustrato de la carboxipeptidasa A
LAS ENZIMAS ALOSTRICAS O REGULADAS EN SU FUNCIN CATALTICA,
SON IMPORTANTES EN EL CONTROL DE LAS REACCIONES METABLICAS
LAS PROTENAS Y LAS ENZIMAS ALOSTRICAS INTERVIENEN EN
EL CONTROL DE LAS FUNCIONES CELULARES
COMPARACIN DE LAS CINTICAS DE ENZIMAS
REGULADAS Y NO REGULADAS
Cintica tipo hiprbole rectangular Cintica tipo sigmoide
LOS MODULADORES O EFECTORES ALOSTRICOS INDUCEN ESTADOS DE
ALTA O DE BAJA AFINIDAD POR EL SUSTRATO
REGULANDO AS LA FUNCIN CATALTICA DE LA ENZIMA
EFECTOR ALOSTRICO
POSITIVO (ACTIVADOR)
EFECTOR ALOSTRICO
NEGATIVO (INHIBIDOR)
Efecto de los moduladores alostricos sobre la
cintica enzimtica
INHIBICIN POR
RETROALIMENTACIN
El producto final de la
ruta metablica acta
como inhibidor de la
primera enzima de la va
LOS INHIBIDORES DISMINUYEN LA VELOCIDAD DE LAS REACCIONES
CATALIZADAS POR ENZIMAS
Velocidad
inhibidor
< Velocidad
sin inhibidor
Grado de inhibicin = 100 - % velocidad relativa
o
i
v
v
relativa velocidad =
La disminucin de la velocidad es proporcional a
la concentracin y a la constante del inhibidor
CLASES DE INHIBIDORES ENZIMTICOS
Formacin de los complejos enzima inhibidor
en los inhibidores reversibles
competitivo no competitivo
INHIBIDORES IRREVERSIBLES
Muchos venenos actan
como inhibidores
irreversibles de enzimas
claves del metabolismo
Muchos plaguicidas organofosforados son
inhibidores de la enzima acetilcolinesterasa
malation paration
ACTIVIDAD DE INHIBIDORES REVERSIBLES
Inhibicin competitiva
Vmx no vara
Km aumenta
Inhibicin no competitiva
Vmx disminuye
Km no vara
INHIBICIN REVERSIBLE
COMPETITIVA
NO COMPETITIVA
Distincin cintica de la inhibicin
competitiva y de la no
competitiva mediante el sistema
grfico de Lineweaver -Burk
Representaciones de Linewever-Burk de la cintica enzimtica sin
inhibidor (A), y en presencia de inhibidores: competitivo (B), no
cmpetitivo (C) e incompetitivo (o acompetitivo) (D)
Representacin de Lineweaver-Burk del tipo de inhibicin mixta
Inhibicin mixta se refiere
a la combinacin de dos
tipos reversibles de
inhibicin enzimtica, la
inhibicin competitiva y la
inhibicin no competitiva. El
trmino mixta se usa
cuando el inhibidor se
puede unir tanto a la
enzima libre como al
complejo enzima-sustrato.
En la inhibicin mixta el
inhibidor se une a un lugar
distinto del sitio activo en
el que se une el sustrato.
ECUACIONES DE LINEWEAVER-BURK PARA LAS DIVERSAS FORMAS
DE INHIBICIN
| | Vmax
1
S
1
Vmax
Km
v
1
o
+ =
| |
| | Vmax
1
S
1
Ki
I
1
Vmax
Km
v
1
i
+
|
.
|

\
|
+ =
| |
| |
| |
|
.
|

\
|
+ +
|
.
|

\
|
+ =
Ki
I
1
Vmax
1
S
1
Ki
I
1
Vmax
Km
v
1
i
| |
| |
|
.
|

\
|
+ + =
Ki
I
1
Vmax
1
S
1
Vmax
Km
v
1
i
LINEWEAVER-BURK
I. COMPETITIVO
I. NO COMPETITIVO
I. ACOMPETITIVO
Efecto de la concentracin y de la Ki del inhibidor en
la velocidad mxima y la Km
EJEMPLOS DE INHIBIDORES REVERSIBLES
EL METHOTREXATE ES UN ANTICANCERGENO INHIBIDOR COMPETITIVO
DE LA THF REDUCTASA
inhibidor
sustrato
LA FOSFORILACIN ALOSTRICA ES UNA FORMA DE
INHIBICIN NO COMPETITIVA
En el ejemplo, la quinasa inhibe a la piruvato deshidrogenasa mediante
fosforilacin. La fosfatasa revierte la inhibicin removiendo el grupo fosfato.