Bioqumica, Tema 1-6

1. Poner un ejemplo de cada uno de los procesos de reaccin siguientes: Sustitucin nucleoflica, Eliminacin, Oxidacin-reduccin, Adicin.
Una reaccin de sustitucin nucleoflica, es aquella en la que se sustituye un tomo o un grupo por otro:

La especie atacante (A) se denomina nuclefilo (son aniones (tomos o grupos con carga negativa) o especies neutras que poseen pares electrnicos no enlazantes). Los electrfilos son deficitarios en densidad electrnica y, por lo tanto, son atacados con facilidad por un nuclefilo. Al formarse un enlace nuevo entre A y B, se rompe el viejo entre B y X. el nuclefilo que sale (en este caso X), denominado grupo saliente, se lleva su par de electrones. Un ejemplo importante es la reaccin de la glucosa con el ATP. En esta reaccin, que es el primer paso en la utilizacin de la glucosa como fuente de energa, el oxigeno del grupo hidroxilo del carbono de seis de la molcula de azcar es el nuclefilo, y el fosforo el electrfilo. El grupo saliente es el difosfato de adenosina.

Una reaccin de eliminacin se forma un doble enlace cuando se eliminan tomos de una molcula.

Un ejemplo de esta reaccin es la deshidratacin del 2-fosfoglicerato, un paso importante en el metabolismo de los carbohidratos.

Una reaccin de oxidacin-reduccin (tambin denominadas reacciones redox) se producen cuando hay una transferencia de electrones desde un donador (denominado agente reductor) a un aceptor (denominado agente oxidante). Cuando los agentes reductores donan sus electrones, quedan oxidados. Al aceptar electrones, los agentes oxidantes quedan reducidos. Los dos procesos se producen siempre de forma simultnea. No siempre es fcil determinar si las biomolculas han ganado o perdido electrones. Sin embargo, pueden utilizarse dos reglas sencillas para averiguar si una molcula ha sido oxidada o reducida: Se produce una oxidacin cuando una molcula gana oxgeno o pierde hidrgeno:

Se produce una reduccin cuando una molcula pierde oxgeno o gana hidrgeno:

En las reacciones biolgicas redox, los electrones se transfieren a acepto res electrnicos como el nucletido NAD+/NADH (dinucletido de nicotinamida y adenina en su forma oxidada/reducida). La formacin del xido de hierro es una clsica reaccin redox:

En la ecuacin anterior, el hierro (Fe) tiene un nmero de oxidacin 0 y al finalizar la reaccin su nmero de oxidacin es +3. El oxgeno empieza con un nmero de oxidacin 0 y al final su nmero de oxidacin es de -2. En las reacciones de adicin se combinan dos molculas para formar un solo producto.

La hidratacin es una de las reacciones de adicin ms comunes. Cuando se aade agua a un alqueno se produce un alcohol. Un ejemplo caracterstico es la hidratacin del intermediario metablico fumarato para formar malato.

2. Citar un aminocido con cadena lateral hidrofbica, otro con grupo polar sin carga, un AA cido y un AA bsico.
Un aminocido con cadena lateral hidrofbica es la glicina, un aminocido polar sin carga es la glutamina, un aminocido cido es el glutamato, y por ltimo un aminocido bsico es la lisina.

3. Considerando los 20 aminocidos proticos codificables calcular el nmero total de tetrapptidos posibles.
El nmero de tetrapptidos posibles es 204 = 160000.

4. Indicar a qu nivel de la estructura proteica contribuye cada uno de los siguientes trminos: secuencia de aminocidos, lamina beta, enlace de hidrgeno, puente disulfuro.
La secuencia de aminocidos contribuye a la estructura proteica primaria, ya que la estructura primaria de un polipptido es su secuencia de aminocidos. Los aminocidos estn conectados por enlaces peptdicos. La lamina beta contribuye a la estructura proteica secundaria, ya que las lminas plegadas beta se forman cuando se alinean de lado dos o ms segmentos de cadenas polipeptdicas, cada segmento individual se denomina cadena beta. Los enlaces de hidrogeno y los puente disulfuro contribuyen a la estructura proteica terciaria, ya que estn estabilizadas por esta interaccin.

5. En relacin con los aminocidos definir los siguientes trminos: carbono alfa, punto isoelctrico (pI), enlace peptdico, aminocido hidrofbico.
El carbono alfa es el carbono asimtrico del aminocido que tiene capacidad de giro y el que tiene el radical que indica que tipo de aminocidos es. Se denomina punto isoelctrico (pl) punto isoelctrico al pH al que una molcula carece de carga neta. El enlace peptdico es un enlace entre el grupo amino (NH2) de un aminocido y el grupo carboxilo (COOH) de otro aminocido. Los aminocidos hidrofbico son aquellos aminocidos que no tienen afinidad por el agua.

6. Un polipptido posee un valor bajo de pI. Sugerir los aminocidos que lo forman. 7. A qu nivel de la estructura protica actan los siguientes agentes desnaturalizantes: calor suave, cido fuerte, solucin salina saturada, disolventes orgnicos tipo cloroformo, agente reductor? 8. Un aminocido tiene un valor de pKR = 10.0 A qu grupo de aminocidos pertenece? Por qu? Cul es su carga neta a pH=7.0? 9. Los valores de los pK de un aminocido son los siguientes: pKa1 = 2.1; pKa2 = 9.8; pKR = 3.9 A qu grupo de aminocidos pertenece? Decir la carga neta que tendr el aminocido a los siguientes valores de pH: 2.1, 3.9, 7.0, 9.8, 13.0 explicando el por qu. Cul es el valor de su pI?

10. Los valores de los pK de un aminocido son los siguientes: pKa1 = 2.2; pKa2 = 9.0; pKR = 12.5 A qu grupo de aminocidos pertenece? Decir la carga neta que tendr el aminocido a los siguientes valores de pH: 2.2, 7.0, 9.0, 12.5 explicando el por qu. Cul es el valor de su pI? 11. Los valores de los pK de un aminocido son los siguientes: pKa1 = 2.2; pKa2 = 9.0; pKR = 12.5 A qu grupo de aminocidos pertenece? Decir la carga neta que tendr el aminocido a los siguientes valores de pH: 2.2, 7.0, 9.0, 12.5 explicando el por qu. Cul es el valor de su pI? 12. En relacin con las propiedades cido-base de los aminocidos: a) Representar la curva de titulacin de un aminocido monoamino y monocarboxilo que tiene los valores de pKa1 = 3.34 y pKa2 = 9.60, especificando las especies inicas predominantes en los puntos clave de la curva. b) Calcular el pI del siguiente tripptido: Gly-Ala-Val siendo: Gly (pKa1=2.34; pKa2=9.6); Ala (pka1=2.34; pKa2=9.69); Val (pKa1= 2.32; pKa2=9.62). c) En qu direccin se mover el tripptido cuando se coloque en un campo elctrico a los valores de pH siguientes: 1, 5, 10, 12. 13. Considere el tetrapptido siguiente: Lys-Ser-Asp-Ala. Los valores de los pK son: pK carboxilo: 2.34; pK amino: 8.95: pKR Asp: 3.86; pKR Lys: 10.79. Determinar: a) El pI del tetrapptido.

Ms adelante se presenta la estructura del tetrapptido en su forma ms cida.

(Los valores que nos da el enunciado son aproximaciones, ya que el comportamiento de los aminocidos est afectado por la presencia de otros grupos.) El pptido elctricamente neutro se forma despus de que ambos grupos carboxilo hayan perdido sus protones, pero antes de que el grupo amonio haya perdido algn protn. El punto isoelctrico se calcula como sigue:

b) En qu direccin se mover el pptido cuando se coloque en un campo elctrico a pH=4 y a pH=9.

A pH = 4, el pptido est cargado positivamente y se mueve hacia el electrodo negativo (ctodo). A pH = 9, el pptido est cargado negativamente y se mover hacia el electrodo positivo (nodo).

14. La arginina tiene los valores de pKa siguientes: pKa1 = 2.17, pKa2 = 9.04 y pKR = 12.48. Cul es la estructura y la carga neta de la arginina a los siguientes valores de pH?: 1, 4, 7, 10, 12.
La estructura y la carga neta de la arginina a varios pH es como sigue:

15. Definir la P50 para la hemoglobina. Qu efecto cualitativo cabra prever que tuviera cada una de las siguientes modificaciones sobre la P50?
La P50 es aquella presin de O2 para la cual el 50% de los grupos hemo estn ocupados por el O2.

a) Aumento de pH de 7.2 a 7.4

Aumento de pH, menos H+ en el medio, ms NH2 sin carga que no establecern puentes salinos adicionales. Luego se unir ms fcil el oxigeno, con lo cual quiere decir que tendr ms afinidad la hemoglobina por el O2. En este caso la P50 disminuir.

b) Aumento de la presin parcial de CO2 de 20 a 40 mm Hg.

Al aumentar la presin parcial de CO2 ocurre justamente lo contrario. Disminucin del pH, mas H+ en el medio, mas en el NH3+ con carga que establecern puentes salinos adicionales. Luego se unir mas difcilmente el oxigeno, con lo cual quiere

decir que tendr menos afinidad la hemoglobina por el O2. En este caso la P50 aumentar.

16. Definir la P50 para la hemoglobina. Qu efecto cualitativo cabra prever que tuviera cada una de las siguientes modificaciones sobre la P50?
La P50 es aquella presin de O2 para la cual el 50% de los centros hemo estn ocupados por el O2. Para la Mb el valor es bajo, mientras que para la hemoglobina es bastante alto.

a) Disminucin de pH de 7.4 a 7.2

Disminucin de pH: ms H+ en el medio, ms NH3+ con carga que establecern puentes salinos adicionales. Luego se unir con menos fuerza al oxgeno lo cual quiere decir que tendr menos afinidad la hemoglobina por el O2. En este caso la P50 aumentar.

b) Disociacin en cadenas polipeptdicas monomrica.

Disociacin en cadenas: cada cadena actuar de forma similar a la Mb que al no presentar el fenmeno de la cooperativiad tiene una afinidad por el O2 muchsimo ms elevada. Luego la P50 disminuir.

17. Poner un ejemplo de cada uno de los compuestos o estructuras siguientes: a) Epmero: un ejemplo de Epmero es la la D-glucosa debido a que su estructura
slo se diferencia en la configuracin del grupo OH del carbono.

b) Azcar reductor: un ejemplo de azcar reductor es la lactosa. c) Diastereoismero: el azcar D-ribosa es un diasteremero debido a que es un
ismero, pero no una imagen especular.

18. Define lo que es un enlace glucosdico y pon un ejemplo.

Es el enlace para unir monosacridos con el fin de formar disacridos o polisacridos. Su denominacin ms correcta es enlace O-glucosdico pues se establece en forma de ter siendo un tomo de oxgeno el que une cada pareja de unidades de monosacridos. Como por ejemplo la sacarosa.

19. Dibujar esquemticamente la frmula de la glucosa y de la galactosa y sus respectivas proyecciones de Haworth. 20. Cul es el nmero de estereoismeros que posee un monosacrido de 5 tomos de carbono?
25 =

21. Se puede ciclar la fructosa como piranosa? Dibuja su estructura.

No, porque la forma cclica de la fructosa se denomina fructofuranosa. Los anillos de seis miembros se denominan piranosas debido a su semejanza con el pirano.

22. Tienen todos los disacridos poder reductor? Y los monosacridos? Poner ejemplos explicando el por qu. 23. Cules de los siguientes azcares son reductores y cules no: Almidn, celulosa, fructosa, sacarosa, ribosa.
El almidn es un azcar reductor, la fructosa es un azcar reductor, la sacarosa no es un azcar reductor, la celulosa no es un agente reductor y la ribosa no es un agente reductor.

24. Dibujar mediante la proyeccin de Haworth los compuestos siguientes: a) -D-glucopiranosa y -D-glucofuranosa. b) Sacarosa y c) D-lactosa, d) cido silico.

25. Dibujar la estructura de una molcula de D-glucosamina unida a la treonina a travs de un enlace -glucosdico.

26. Dibuje los compuestos siguientes: a) anmeros y de la galactosa. b) Acido aldnico, urnico y derivados del cido aldrico de la galactosa. c) Galactitol. d) Lactona del cido galactnico.

27. Determinar cules de los siguientes pares de azcares son enantimeros, diastereoismeros, epmeros o par aldosa/cetosa. a) DEritrosa y D-treosa. b) D-glucosa y D-manosa. c) D-ribosa y L-ribosa. d) D-alosa y D-galactosa. e) D-gliceraldehdo y dihidroxiacetona.

Estructura general de un glicerofosfolpido y de un esfingofosfolpido. Son los glucolpidos esfingolpidos?

Considerando estos componentes moleculares: glicerol, cido graso, fosfato, alcohol de cadena larga e hidrato de carbono, responder a lo siguiente: Qu dos de ellos estn presentes en las ceras y en la esfingomielina? Qu dos de ellos estn presentes en las grasas y en la fosfatidilcolina?Cules de ellos estn presentes en un ganglisido pero no en una grasa?

Qu funcin desempean las lipoprotenas plasmticas en el cuerpo humano? Por qu requieren un componente proteico para realizar la funcin?

De qu cido graso proceden la mayora de los eicosanoides? Relacionar varias alteraciones mdicas en las que puede parecer ventajoso suprimir su sntesis.

Tipos de enlaces que aparecen en un nucletido. Y en un polinucletidos?

Representar esquemticamente el siguiente oligonucletido: ACTGA

Cmo se sintetizan los polinucletidos? En qu direccin?

En qu condiciones y cmo se forma un DNA-H de triple hlice?

Definir temperatura media de fusin para el DNA y explicar de qu factores depende.

Explicar cmo influye la fuerza inica sobre el fenmeno de la desnaturalizacin del DNA.

Una muestra de DNA contiene un 21 % de adenina Cul es su composicin porcentual en bases?

Describir cmo contribuye a la estructura helicoidal estable del DNA cada una de las interacciones no covalentes.

Cmo afectan cada una de las sustancias o condiciones siguientes a la estructura del DNA? a) Etanol b) Calor c) Dimetil sulfato d) cido nitroso e) Quinacrina.

Dar una relacin de 3 diferencias entre el DNA procariota y eucariota. Describir las diferencias estructurales entre el RNA y el DNA.

Qu condiciones fsicas producen la desnaturalizacin del DNA?

Transformar matemticamente la ecuacin de Michaelis-Menten en la de los dobles inversos de Lineweaver-Burk.

Escribir la ecuacin de Michaelis Menten para un ihhibidor competitivo, no competitivo y acompetitivo.

Representar segn la grfica de los dobles inversos de Lineweaver-Burk la cintica de una reaccin cuyas constantes son: Vmax = 4 mol/s y KM = 0.5 mM.

La presencia de un inhibidor en una reaccin enzimtica tipo MichaelisMenten hace que el valor de la KM aumente 3 veces cuando la concentracin del mismo es de 10 mM. De qu tipo de inhibidor se trata? Cuntas veces aumentar la KM si el inhibidor se encuentra a una concentracin de 20 mM?

En un tipo de inhibicin reversible denominada acompetitiva el inhibidor se une solo al complejo ES y bloquea la catlisis al hacerlo. Deducir la ecuacin cintica para este caso y dibujar la representacin de los dobles inversos.

Calcular los valores de Km y Vmax de la cintica de las reacciones enzimticas representadas por las rectas A y B Qu relacin guardan ambas rectas? De qu tipo de inhibicin se trata?

Concepto y significado de las constantes cinticas KM, Vmax, Kcat y Ki Qu es lo que define la eficiencia de un enzima?

Calcular los valores de Km y Vmax de la cintica de las reacciones enzimticas representadas por las rectas A y B Qu relacin guardan ambas rectas?

La presencia de un inhibidor en una reaccin enzimtica tipo MichaelisMenten hace que el valor de la Vmax disminuya 5 veces cuando la concentracin del mismo es de 20 mM. De qu tipo de inhibidor se trata? Cuntas veces disminuir la Vmax si el inhibidor se encuentra a una concentracin de 40 mM?

La siguiente grfica muestra la representacin de Lineweaver-Burk para una misma reaccin enzimtica en diferentes condiciones A, B y C (Los nmeros representan los lugares de corte con los correspondientes ejes) Responder a las siguientes cuestiones: Calcular los valores de KM y Vmax para cada una de las rectas A, B y C. Qu relacin guardan las rectas entre s? De qu tipo de inhibicin se trata? Explicar de forma particular qu sucede en los casos B y C.