REPLICACIN, REPARACIN Y RECOMBINACIN DEL DNA.

CAPTULO 5 Lo que a continuacin prosigue es la primera fase, previa a esa lectura anterior que ya se realiza sin interrupciones, y que da origen a la transcripcin que observas y suceder, en su mayor parte, a ritmo de dictado [con gran lentitud], por si t deseas realizarla, para ir familiarizndote con los contenidos a una velocidad de procesamiento que permite la intervencin del pensamiento, yo me limito a reproducir mi proceso: EL MANTENIMIENTO DE LAS SECUENCIAS DEL DNA - Las frecuencias de mutacin son extremadamente bajas. - Para que exista la vida tal como la conocemos son necesarias bajas frecuencias de mutacin. RESUMEN PRIMERO En cualquier clula, las secuencias de DNA se mantienen y se replican con una alta fidelidad. La frecuencia de mutacin, alrededor de 1 cambio de nucletido por cada nucletidos cada vez que se replica el DNA, es aproximadamente la misma para organismos tan distintos como las bacterias y los humanos. Dada esta alta fidelidad, la secuencia del genoma humano [aproximadamente 3 x pares de nucletidos] slo cambia en 3 nucletidos cada vez que la clula se divide. Este hecho permite a la mayora de los humanos transmitir de forma cuidadosa las instrucciones genticas de una generacin a la siguiente y tambin evitar los cambios en las clulas somticas que llevaran a un cncer.>> MECANISMOS DE REPLICACIN DEL DNA - El apareamiento de bases es la esencia de la replicacin y de la reparacin del DNA. - La horquilla de replicacin es asimtrica. - El elevado grado de fidelidad del mecanismo de replicacin del DNA requiere la existencia de un mecanismo de correccin de pruebas. - Slo la replicacin del DNA en sentido 5 a 3 permite la existencia de un proceso eficiente de correccin de errores. - Una enzima especial que polimeriza nucletidos sintetiza molculas cebadoras de RNA cortas sobre la cadena retrasada. . - Unas protenas especiales ayudan a abrir la doble hlice del DNA por delante de la horquilla de replicacin. - Una abrazadera deslizante mantiene unida al DNA una molcula de DNA polimerasa mvil. - En la horquilla de replicacin, una serie de protenas cooperan entre s formando una maquinaria de replicacin .

- Un sistema de correccin de errores de apareamiento elimina los errores de replicacin producidos por la maquinaria de replicacin. - Las DNA topoisomerasas evitan que el DNA se enrede durante la replicacin. - La replicacin del DNA en los eucariotas es bsicamente similar a la de los procariotas. RESUMEN SEGUNDO <<La replicacin del DNA tiene lugar en una estructura en forma de Y llamada horquilla de replicacin. Una DNA polimerasa autoconectora cataliza la polimerizacin de nucletidos en sentido 5 a 3, copiando un patrn de DNA con una fidelidad notable. Puesto que las dos cadenas de una doble hlice de DNA son antiparalelas, esta sntesis 5 a 3 del DNA slo puede ocurrir de forma continua en una de las dos cadenas (la cadena conductora) de la horquilla de replicacin. En la cadena retrasada se sintetizan pequeos fragmentos de DNA mediante un proceso de punto hacia atrs. Debido a que la DNA polimerasa autocorrectora no puede iniciar la sntesis de una cadena de DNA estos fragmentos de DNA sobre la cadena retrasada se inician mediante cortas molculas de cebador de RNA, las cuales sern eliminadas ms tarde y sustituidas por DNA. La replica del DNA requiere la cooperacin de muchas protenas, entre las cuales se encuentran: 1) Una DNA polimerasa y una DNA primasa que catalizan la polimerizacin de nuclesidos trifosfato. 2) DNA helicasas y protenas de unin a DNA de cadena sencilla, que colaboran en la apertura de la hlice de DNA que se va a copiar. 3) Una DNA ligasa y una enzima que degrada los cebadores de RNA, uniendo los fragmentos de DNA de la cadena retrasada sintetizados de forma discontinua. 4) DNA topoisomerasas que actan solventado problemas de enrollamiento y enmaraamiento de la hlice. Muchas de estas protenas se asocian unas con otras en la horquilla de replicacin formando una maquinaria de replicacin altamente eficiente, mediante la cual se coordinan las actividades y los movimientos especiales de los componentes individuales.>> INICIACIN Y TERMINACIN DE LA REPLICACIN DEL DNA EN LOS CROMOSOMAS - La sntesis de DNA empieza en los orgenes de la replicacin. - Los cromosomas bacterianos normalmente tienen un slo origen de replicacin del DNA. - Los cromosomas de las clulas eucariotas tienen varios orgenes de replicacin. - En eucariotas la replicacin de DNA slo tiene lugar durante una parte del ciclo celular. - En la fase S se replican distintas regiones de un mismo cromosoma a distintos tiempos.

- La cromatina altamente condensada se replica de forma tarda, mientras que los genes presentes en la cromatina menos condensada tienden a replicarse antes. - Unas secuencias bien definidas de DNA actan como origen de la replicacin en eucariotas sencillos como la levadura. - En los orgenes de replicacin de eucariotas se unen grandes complejos formados por muchas subunidades. - Dificultad para identificar las secuencias del DNA que especifican el inicio de la replicacin en mamferos. - Detrs de la horquilla de replicacin se ensamblan nuevos nucleosomas. - Los mecanismos de duplicacin cromosmica en eucariotas aseguran que los patrones de modificacin de histonas se pueden heredar. - La telomerasa replica a los extremos de los cromosomas. - Las clulas y los organismos regulan la longitud del telmero. .RESUMEN TERCERO <<Las protenas que inician la replicacin del DNA se unen a secuencias de DNA en el origen de replicacin y catalizan la formacin de una burbuja de replicacin con dos horquillas de replicacin que se desplazan en sentidos opuestos. El proceso empieza cuando se forma un complejo iniciador protena-DNA y posteriormente carga una DNA helicasa al patrn de DNA. Despus se aaden otras protenas formando la maquinaria de replicacin multienzimtica que en cada horquilla de replicacin cataliza la sntesis del DNA. En bacterias y en algunos organismos eucariotas sencillos, los orgenes de replicacin estn determinados por secuencias de DNA especficas que tienen una longitud de unos centenares de pares de bases. En otros organismos eucariotas, como los humanos, parece que las secuencias necesarias, para especificar el origen de replicacin del DNA no estn tan bien definidas y el origen puede abarcar varios miles de pares de bases. Por lo general, las bacterias tienen un nico origen de replicacin en un cromosoma circular. Pueden replicar su genoma en menos de una hora, con una horquilla de replicacin que se desplaza a una velocidad de 1000 nucletidos por segundo. La replicacin del DNA en clulas eucariotas slo tiene lugar durante una parte del ciclo celular, la fase S. La horquilla de replicacin se desplaza aproximadamente 10 veces ms despacio que la horquilla de replicacin de bacterias; debido a la mayor longitud de los cromosomas es necesaria la presencia de varios orgenes de replicacin para completar la replicacin de la fase S, que suele durar unas 8 horas en las clulas humanas. En estos cromosomas eucariotas, los diferentes orgenes de replicacin se activan siguiendo una secuencia, determinada en parte por la estructura de la cromatina, replicndose en ltimo lugar las regiones de la cromatina ms condensada. Despus de pasar la horquilla de replicacin, la estructura de la cromatina vuelve a formar con la adicin de nuevas histonas a las histonas ya existentes que hereda cada molcula de DNA hija. El mecanismo de duplicacin de los cromosomas permite que el patrn de modificacin de histonas paterno se transmita a los cromosomas hijos y proporcione as un medio de transmisin de la herencia epigentica. Los eucariotas resuelven el problema de la replicacin de sus extremos de los cromosomas lineales

con una estructura especializada en el extremo, el telmero, que se mantiene gracias a una enzima polimerasa especial llamada telomerasa. La telomerasa alarga una de las cadenas de DNA del final del cromosoma mediante un patrn de RNA que es parte integral de la propia enzima; el resultado es una secuencia de DNA altamente repetida de algunas unidades de pares de nucletidos al final de cada cromosoma.>> .REPARACIN DEL DNA - Si no fueran corregidas las alteraciones espontneas del DNA podran cambiar rpidamente las secuencias del DNA. - La doble hlice de DNA es reparada con rapidez. - Las alteraciones del DNA pueden ser eliminadas por ms de una va. - El acoplamiento de la reparacin del DNA a la transcripcin asegura que el DNA ms importante de la clula se repara de forma eficiente. - Las propiedades qumicas de las bases del DNA facilitan la deteccin de las alteraciones. - Se utilizan DNA polimerasas para reparar el DNA en casos de emergencia. - Las roturas en la doble cadena son reparadas de forma eficiente. - Las alteraciones del DNA retrasan la progresin del ciclo celular. .RESUMEN CUARTO <<La informacin gentica puede ser almacenada de forma estable en las secuencias de DNA, solamente porque un gran conjunto de enzimas reparadoras rastrean de forma continua el DNA y reemplazan cualquier nucletido alterado. La mayora de los tipos de reparacin del DNA dependen de la presencia de una copia separada de la informacin gentica en cada una de las dos cadenas de la doble hlice del DNA. De este modo, una enzima reparadora elimina una lesin accidental en una de las clulas y resintetiza la cadena utilizando como referencia la informacin contenida en la cadena no alterada. La mayor parte de las alteraciones en bases del DNA son eliminadas por una de las dos principales vas de reparacin del DNA. En la reparacin por eliminacin de bases, la base alterada es eliminada por una enzima DNA glucosilasa y a continuacin se corta el azcar fosfato resultante. En la reparacin por eliminacin de nucletidos, se elimina de la doble hlice de DNA una pequea seccin de la cadena de DNA que rodea la alteracin en forma de oligonucletido. En ambos casos, el hueco dejado en la hlice del DNA se rellena mediante la accin secuencial de una DNA polimerasa y una DNA ligasa, utilizando la cadena de DNA no alterada como patrn. Algunos tipos de dao del DNA se reparan mediante una estrategia diferente: la reversin qumica directa del dao, la cual es llevada a cabo por protenas de reparacin especializadas. Otros sistemas de reparacin cruciales -basados en mecanismos de unin en extremos no homlogos o en la recombinacin homlogaa- son capaces de corregir las roturas accidentales de la doble cadena que ocurren en la hlice de DNA. En la mayora de las clulas, un nivel elevado de alteraciones en el DNA provoca un retraso en el ciclo celular mediante los puntos de control, los cuales aseguran que el DNA sea reparado antes de que la clula se divida.>> .RECOMBINACIN HOMLOGA

- La recombinacin homloga tiene muchas utilidades en la clula. - La recombinacin homloga tiene caractersticas comunes en todas las clulas. - El apareamiento de bases de DNA gua la recombinacin homloga. - La protena RecA y sus homlogas permiten que una molcula de una sola cadena de DNA se aparee con una regin homloga en una doble hlice. - La migracin de cadenas puede alargar las regiones de heterodplex o dejar el DNA de nueva sntesis como DNA de cadena sencilla. - La recombinacin homloga puede reparar de forma perfecta roturas en la doble cadena de DNA. - Las clulas regulan estrechamente la utilizacin de la recombinacin homloga en la reparacin del DNA. - Las uniones tipo Holliday a menudo se forman durante las recombinaciones homlogas. - La recombinacin meitica empieza con una rotura programada de la doble cadena. - La recombinacin homloga genera a menudo una conversin gnica. - La correccin de errores de apareamiento evita la recombinacin promiscua entre dos secuencias de DNA mal apareadas. .RESUMEN QUINTO <<La recombinacin homloga [tambin llamada recombinacin general] da lugar a la transferencia de informacin gentica entre dos segmentos dplex de DNA de secuencia nucleotdica similar. Este proceso es esencial para la reparacin sin errores del dao cromosmico en todas las clulas y tambin es el responsable del entrecruzamiento de cromosomas que tiene lugar durante la meiosis. Los fenmenos de recombinacin estn dirigidos por un conjunto especializado de protenas. A pesar de que puede ocurrir en cualquier parte de la molcula de DNA, siempre requieren interacciones de apareamiento en regiones extensas entre las cadenas complementarias de los dos dplex de DNA que interaccionan. En la meiosis, la recombinacin homloga se inicia con la rotura de la doble cadena llevada a cabo de forma intencionada en cada cromosoma. Estas roturas son transformadas en extremos 3 los cuales, mediante una reaccin catalizada por la familia de protenas RecA, invaden la cadena homloga en la pareja de dplex. La migracin de cadenas acompaada de las sntesis limitada de DNA conduce a la formacin de estructuras de cuatro cadenas conocidas con el nombre de uniones de Holliday. Cada reaccin de recombinacin termina cuando se resuelven estos intermediarios de la recombinacin. El resultado puede ser o bien dos cromosomas que se han entrecruzado (es decir, cromosomas en los que el DNA a cada lado del punto de bifurcacin procede de dos homlogos diferentes) O bien dos cromosomas que no se han entrecruzado. En el ltimo caso, los dos cromosomas resultantes son idnticos a los dos homlogos originales, excepto por la cantidad de cambios de secuencia relativamente menores en el punto de recombinacin. Con excepcin de la meiosis, las reacciones de recombinacin homloga que reparan con precisin las roturas de la doble cadena casi nunca producen productos de entrecruzamiento.>>

.TRANSPOSICIN LUGAR.

RECOMBINACIN

CONSERVATIVA

ESPECFICA

DE

- Los elementos genticos mviles se pueden insertar en cualquier secuencia de DNA mediante transposicin. - Los transposones slo de DNA se desplazan mediante mecanismos de corte y unin y mecanismos replicativos. - Algunos virus utilizan mecanismos de transposicin para desplazarse a cromosomas de la clula husped. - Los retrotransposones retrovirales se parecen a los retrovirus pero no tienen protena de cubierta. - Una gran proporcin del genoma humano est compuesto de retrotransposones no retrovirales. - En distintos organismos predominan distintos elementos transponibles - La secuenciacin del genoma permite conocer aproximadamente cundo se han desplazado los elementos transponibles. - La recombinacin conservativa especfica de lugar puede reordenar el DNA de forma reversible. - La recombinacin conservativa especfica de lugar fue descubierta en el bacterifago - La recombinacin conservativa especfica de lugar se utiliza para activar o desactivar genes. .RESUMEN SEXTO <<Los genomas de prcticamente todos los organismos contienen elementos genticos mviles que pueden desplazarse desde una posicin en el genoma a otra, mediante procesos de recombinacin transposicional o conservativa especfica de lugar. En la mayora de los casos, este desplazamiento se produce al azar y ocurre con frecuencias muy bajas. Los elementos genticos mviles incluyen los transposones, que se desplazan dentro de una misma clula (y sus descendientes), y todos aquellos virus cuyos genomas pueden integrarse en los genomas de sus clulas husped. Existen tres clases de transposones de DNA, retrotransposones retrovirales y retrotransposones no retrovirales. Excepto los de la tercera clase, todos los transposones tienen parientes muy cercanos entre los virus. A pesar de que los virus y los elementos transponibles pueden considerarse como parsitos, muchos de los nuevos ordenamientos de las secuencias del DNA que producen sus procesos de recombinacin especfica de lugar han generado una variabilidad gentica crucial para la evolucin de las clulas y los organismos.>> . .