Mapeamento em organismos eucariticos

Relao entre distncias entre loci e frequncia de recombinantes. Sobrecruzamentos mltiplos Interferncia e coeficiente de coincidncia Funo de mapa

Gentica 2003-04

Mapas de ligao:

A frequncia de recombinao entre genes ligados no mesmo cromossoma pode ser usada como estimativa da distncia entre eles (mapas de ligao). Os mapas de ligao no localizam os genes em nenhuma posio especfica do cromossoma mas permitem organizar linearmente os loci uns em relao aos outros. Nos mapas de ligao, as distncias entre genes so apresentadas em unidades de mapa: uma unidade de mapa a distncia entre dois loci para a qual 1 em cada 100 produtos de meiose recombinante.

FR = 1% 1 unidade de mapa = 1 cM

O alinhamento dos loci linear pelo que as distncias so globalmente aditivas.

FR (A,B) = 5%

FR (A,C) = 3%

FR (B,C) = 8%

FR (B,C) = 2%

Alfred Sturtevant (1913) e primeiro mapa de ligao: o cromossoma X de Drosophila melanogaster.

Cruzamento de linhas puras

Cruzamento-teste de fmeas hbridas

y corpo amarelo w olhos brancos m asas miniatura

Sobrecruzamentos possveis

Alfred Sturtevant: http://www.dnaftb.org/dnaftb/11/bio/

Frequncias fenotpicas

FR(y,w)
Frequncias de recombinantes

(16+12+1)/2205 = 0.0131 (401+317+1)/2205 = 0.3261 (401+317+16+12)/2205 = 0.3383

FR(w,m) FR(y,m)

FR(y,w)
Distncias entre loci

0.0131 = 1.31 % 0.3261 = 32.61 % 0.3383 = 33.83 %

1.31 u.m. 32.61 u.m. 33.83 u.m.

FR(w,m) FR(y,m)

Mapa de ligao 33.83 u.m. 1.31 u.m. 32.61 u.m.

As distncias entre loci estimadas pela frequncia de recombinao (mapas genticos) no constituem uma medida da distncia fsica entre genes num cromossoma (mapas fsicos).

Hot spots de recombinao sobre-estimam as distncias. Baixas frequncias de recombinao na heterocromatina e na regio do centrmero subestimam as distncias.

Mapeamento de loci afastados: sobrecruzamentos mltiplos.

Fentipo Nmero de indivduos 580 592 45 40 89 94 3 5 1448
cv 6.4 u.m.

evidncia

de

v+v cv+cv ct+ct x vv cvcv ctct

Recombinao entre loci v/v+ - cv/cv+ cv/cv+ - ct/ct+ v/v+ - ct/ct+ Frequncia de recombinantes
(45 + 40 + 89 + 94) /1448 = 0.185 (45 + 40 + 3 + 5) /1448 = 0.064 (89 + 94 + 3 + 5) /1448 = 0.132

v cv+ ct+ v+ cv ct v cv ct+ v+ cv+ ct v cv ct v+ cv+ ct+ v cv+ ct v+ cv ct+ Total

18.5 u.m. ct 13.2 u.m.

v

0.132 + 0.064 > 0.185

Estratgias de correco
1.
Fentipo

Incluir o dobro do nmero de recombinantes duplos no clculo da distncia maior.

Nmero de indivduos 580 592 45 40 89 94 3 5 1448

Recombinao entre loci v/v+ - cv/cv+ cv/cv+ - ct/ct+ v/v+ - ct/ct+

Frequncia de recombinantes
{45 + 40 + 89 + 94 + [2 x (3 + 5) ]} /1448 = 0.196 (45 + 40 + 3 + 5) /1448 = 0.064 (89 + 94 + 3 + 5) /1448 = 0.132

v cv+ ct+ v+ cv ct v cv ct+ v+ cv+ ct v cv ct v+ cv+ ct+ v cv+ ct v+ cv ct+ Total

0.132 + 0.064 = 0.196

2.

Estimar as distncias maiores por adio de distncias suficientemente pequenas para que seja negligencivel o efeito dos sobrecruzamentos mltiplos. Aplicao de funes de mapa para frequncias de recombinantes superiores a 10%.
A origem dos erros de estimativa das distncias a probabilidade crescente de ocorrncia de sobrecruzamentos mltiplos quando as distncias no so suficientemente pequenas. As funes de mapa so frmulas matemticas que usam a frequncia de recombinantes para calcular distncias reais entre loci, seguindo uma abordagem probabilstica para corrigir o efeito dos sobrecruzamentos mltiplos.

3.

 A distribuio de Poisson
Descreve a frequncia dos diferentes tipos de classes geradas pela amostragem: descreve a frequncia das classes contendo 0, 1, 2, ...i items, quando o nmero de items pequeno comparado com o tamanho da amostra.
40 35 30 25 20 15 10 5 0

Exemplo: Se atirarmos ao ar 100 notas de 5 , numa sala onde esto 100 pessoas.

Percentagem de indivduos

Nmero de notas apanhadas

A distribuio de Poisson pode ser usada para descrever a distribuio de meioses com 0, 1, 2, ...i sobrecruzamentos.

Deduo da funo de mapa:

e-m.m0 0! 1- e-m

A frequncia de meioses com 0 sobrecruzamentos pode ser calculada pela expresso da distribuio de Poisson (m = mdia de sobrecruzamentos por meiose): Frequncia de meioses com pelo menos 1 sobrecruzamento: Com qualquer nmero de sobrecruzamentos diferente de 0, metade dos produtos de meiose sero recombinantes:

e-m

FR = (1- e-m)

A funo de mapa permite estimar o nmero mdio de sobrecruzamentos entre loci, a partir da frequncia de recombinantes.

Frequncia de produtos recombinantes = 50%

Frequncia de produtos recombinantes = 50%

Relao entre o nmero mdio de sobrecruzamentos e a distncia entre loci: numa meiose com 1 sobrecruzamento, 50% dos produtos so recombinantes por isso a distncia entre loci 50 u.r.m.

Ao contrrio do que acontece com a frequncia de recombinantes, entre m (nmero mdio de sobrecruzamentos) e a distncia entre loci, existe uma relao linear.

Ser que os sobrecruzamentos em zonas adjacentes dos cromossomas so acontecimentos independentes ou de algum modo, interagem uns com os outros?

Se os sobrecruzamentos fossem acontecimentos independentes, a frequncia de sobrecruzamentos duplos seria igual ao produto das frequncias dos sobrecruzamentos simples.
Nmero de indivduos

Fentipo

cv

ct

v cv+ ct+ v+ cv ct v cv ct+ v+ cv+ ct v cv ct v+ cv+ ct+ v cv+ ct v+ cv ct+ Total

580 592 45 40 89 94 3 5 1448

Recombinao entre loci cv/cv+ - ct/ct+ ct/ct+ cv/cv+ - ct/ct+ - v/v+

Frequncia de recombinantes 0.064 0.132 (3 + 5) /1448 = 0.006

FRobs=6.4% cv ct

FRobs=13.2%
v

FRobs=0.6%

Interferncia = 1 Coeficiente de coincidncia Coeficiente de coincidncia = FdRObs./ FdREsp. I = 1 - (0.006 / (0.064 x 0.132) I = 1 (0.006 / 0.008) I = 1 0.75 I = 0.25