REVISTA MEXICANA DE INGENIERA QUMICA Vol. 7, No.

1 (2008) 21-27

AMIDIQ

MODELACIN DE CATLISIS ENZIMTICA CON ENZIMAS ALOSTRICAS ENZYMATIC CATALYSIS MODELLING WITH ALLOSTERIC ENZYMES
J. S. Aranda* y E. Salgado
Departamento de Bioingeniera, Unidad Profesional Interdisciplinaria de Biotecnologa, IPN, Av. Acueducto s/n, Col. La Laguna Ticomn, Del. G. A. Madero, C. P. 07340, Mxico, D. F., Mxico. Recibido 7 de Octubre 2007; Aceptado 15 de Abril 2008 Resumen Las enzimas alostricas regulan la velocidad de la reaccin que catalizan en funcin de la concentracin de un inhibidor que modifica su actividad enzimtica, generando una curva de saturacin sigmoidal caracterstica. Las enzimas alostricas son complejos enzimticos generalmente constituidos de una subunidad cataltica y una fraccin regulativa, y la actividad cataltica del complejo se establece por la cooperacin entre esas subunidades enzimticas. La simulacin realista de fenmenos biocatalticos alostricos depende de la modelacin del comportamiento cintico de la enzima. La cintica enzimtica basada en la forma cooperativa del complejo alostrico puede modelarse utilizando interacciones entre agentes. La modelacin con agentes permite la representacin de curvas de saturacin sigmoidales, sin requerir los valores numricos de parmetros cinticos necesarios en otros modelos cinticos. Datos experimentales del complejo enzimtico aspartato transcarbamilasa de Escherichia coli son comparados con resultados tericos de diferentes modelos para sistemas enzimticos alostricos. Los resultados de la modelacin de cintica enzimtica basada en agentes muestran una correlacin adecuada con curvas de saturacin experimentales. Palabras clave: reacciones enzimticas, enzimas alostricas, cintica enzimtica, modelacin con agentes. Abstract Allosteric enzymes control reaction rates in biochemical reactions. The catalytic activity of allosteric enzymes depends on the concentration of a certain regulating compound. A simgoidal saturation curve is a characteristic of the enzymes that exert allosteric control of reaction rates. These enzymes are rather large enzymatic complexes usually composed of at least one catalytic subunit and a regulatory fraction, and the complex catalytic activity is given by the cooperative interactions between those enzymatic subunits. Realistic simulation of biocatalytic allosteric phenomena requires an appropiate modelling of the enzyme kinetic behavior. Modelling enzymes with cooperative kinetics can be achieved by defining interacting agents. Agent-based modelling allows an accurate representation of sigmoidal saturation curves, without the kinetic parameters that are needed in other kinetic models. Experimental data from Escherichia coli aspartate transcarbamylase are compared to theoretical results from different models for allosteric systems. Results from agent-based modelling show a good agreement with experimental saturation curves. Keywords: enzymatic reactions, allosteric enzymes, enzyme kinetics, agent-based modelling. 1. Introduccin Las enzimas son protenas cuya funcin es catalizar la transformacin qumica de sustratos a productos especficos, mediante la estabilizacin de complejos transitorios (Zanotti y col., 2006). Ciertas enzimas (llamadas alostricas) que controlan la velocidad de rutas metablicas completas, tienen un mecanismo de regulacin de su actividad cataltica por acumulacin de algn intermediario de la ruta metablica. El metabolito regulador se une a la enzima modificando su conformacin estructural, y por tanto su actividad. El comportamiento cintico de las enzimas alostricas genera curvas de
* Corresponding author: E-mail: jaranda@acei.upibi.ipn.mx Tel. y Fax 5729 6000 ext. 56 338 Publicado por la Academia Mexicana de Investigacin y Docencia en Ingeniera Qumica A.C.

saturacin de forma sigmoidal (Kantrowitz y Lipscomb, 1988). La aspartato transcarbamilasa de Escherichia coli (E. C. 2.1.3.2) es el complejo enzimtico considerado como modelo de estudio de la regulacin alostrica (Roche y Field, 1999; Marchi y Horas, 1980). La enzima cataliza la condensacin de carbamil-fosfato con aspartato para producir Ncarbamil-L-aspartato y ortofosfato. Esta es una reaccin inicial de la sntesis de las pirimidinas componentes de los cidos nucleicos (Lee y col., 1995). La reaccin procede en orden comenzando por la unin del carbamil-fosfato en el sitio cataltico, lo cual induce un cambio conformacional 21

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en la enzima que permite la unin del aspartato. Al final de la ruta metablica de sntesis de pirimidinas, se producen los nucletidos CTP y UTP que inhiben la actividad transcarbamilasa. El complejo aspartato transcarbamilasa est compuesto de 12 cadenas de pptidos, agrupadas en 6 cadenas catalticas que conforman dos unidades trmericas, y 6 cadenas regulativas asociadas en tres dmeros, y requiere del ion Zn2+ como cofactor (Kantrowitz y Lipscomb, 1988). Las subunidades catalticas y regulativas de la aspartato transcarbamilasa se pueden disociar y funcionan independientemente (Porter y col., 1969; Kantrowitz y Lipscomb, 1988), pero la actividad cataltica del complejo se regula por cooperacin entre las distintas subunidades (Zanotti y col., 2006). Los fenmenos de cooperacin han sido simulados mediante modelacin con agentes (Axelrod, 1997). Un modelo basado en agentes para la catlisis con enzimas alostricas consiste en considerar a la enzima, sustratos, productos y molculas inhibidoras, como agentes que interactan bajo determinadas reglas. El resultado de las interacciones se traduce en el comportamiento cintico de la enzima. En el presente trabajo se compara un modelo de agentes con otros modelos cinticos de la enzima aspartato transcarbamilasa. 2. Fundamentos tericos 2.1. Sistema enzimtico sin regulacin alostrica La catlisis mediante la enzima (E) de la transformacin de un sustrato (S) al producto (P) se representa por la reaccin: k1 k2 C E + S E + P (1)
k3

r = rmax

[S ] [S ] + KM

(4)

ecuacin conocida como la cintica de MichaelisMenten para enzimas no alostricas.

2.2. Anlisis michaeliano para un sistema enzimtico alostrico

La regulacin de la actividad enzimtica por un intermediario metablico alostrico fue propuesta por J. Monod y col. (1965). En tal modelo se establece la existencia de dos estados conformacionales enzimticos, R y T, donde R corresponde a la enzima alostrica activa y T al estado de menor actividad cataltica (Roche y Field, 1999). El estado R se transmuta al T por la unin con la molcula inhibidora I: R + I T. Un esquema simplificado de control alostrico en una ruta metablica se representa en las ecs. (5): k1 ' k2 ' C1 E1 + S E1 + P (5a) 1
k3 '

donde C simboliza la formacin de un complejo enzima-sustrato de transicin qumica y ki (i = 1, 2, 3) son constantes de reaccin. La dinmica de conversin enzimtica ha sido descrita con los siguientes balances de masa (Chaplin y Bucke, 1990): d [S ] = k1 [ E ][ S ] + k3 [C ] dt d [C ] d [E] = = k1 [ E ][ S ] ( k2 + k3 ) [C ] (2) dt dt d [ P] = k2 [C ] dt Se puede demostrar (Bohinski, 1976) que, si se supone el estado pseudo-estacionario para el complejo enzima-sustrato (d[C]/dt = 0), y definiendo al parmetro KM (constante de Michaelis) como: k +k KM = 2 3 ; (3) k1 la expresin para el clculo de la velocidad r de la reaccin (1) es:

k2 '' E2 + P C2 E2 + P2 (5b) 1 El sustrato S produce al intermediario P1 por la accin de la enzima alostrica E1. La molcula P1 es el sustrato de la enzima E2 que cataliza la formacin de P2, el cual se acumula en el sistema. P2 es un inhibidor alostrico de E1. Por tanto, en presencia de P2, la actividad enzimtica E1 disminuye generando una curva de saturacin con forma sigmoidal. Los balances de materia que describen la dinmica del sistema enzimtico alostrico simplificado son: d [S ] = k1 ' [ E1 ][ S ] + k3 ' [C1 ] dt d [C1 ] = k1 ' [ E1 ][ S ] ( k2 '+ k3 ' ) [C1 ] dt d [P 1] = k2 ' [C1 ] k1 '' [ E2 ][ P (6) 1] dt d [ C2 ] = k1 '' [ E2 ][ P 1 ] k 2 '' [C2 ] dt d [ P2 ] = k2 '' [C2 ] dt Con un razonamiento similar al de L. Michaelis, esto es, considerando que d[C1]/dt = d[C2]/dt = 0; la velocidad r1 de la reaccin (5a) est dada por: [ S ] r 1 + [ S ] ; (7) r1 = r1,max S [ ] + K 'M 2 [ S ] + K 'M k ' + k '3 y para la velocidad r2 de la con K 'M = 2 k '1 reaccin (5b): [ P1 ] ; r2 = r2,max (8) [ P1 ] + K ''M k1 ''

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k ''2 . k ''1 Se debe observar que la enzima sujeta a control alostrico es E1, de modo que la velocidad r1 depende de la velocidad con la que se produzca el inhibidor P2, es decir, de r2. con K ''M = 2.3. Anlisis cintico de Hill para enzimas alostricas La teora de A. V. Hill se fundamenta en las interacciones en el equilibrio entre varias molculas. En la reaccin enzimtica catalizada por la aspartato transcarbamilasa, la interaccin entre la molcula de enzima y las molculas sustrato es secuencial, es decir, primero se presenta la unin con un sustrato y luego con el otro, antes de que ocurra la reaccin que genera al producto. Este mecanismo conduce al siguiente esquema: KH C1 + S2 C1 2 E + S1 E+P (9) cuya ecuacin cintica es de la forma (Hofmeyr y Cornish-Bowden, 1997): n [S ] (10) r = rmax n [S ] + KH conocida como la ecuacin de Hill (Weiss, 1997). El parmetro n representa el nmero de sitios de regulacin en la enzima, y el parmetro KH reagrupa las constantes de reaccin del paso limitante en el esquema (9). 2.4. Anlisis molecular de la cintica enzimtica alostrica La estructura molecular de la aspartato transcarbamilasa puede utilizarse como fundamento de la descripcin cintica de su actividad cataltica. E. Marchi y J. Horas (1980), propusieron un modelo basado en la funcin de particin Z para describir los estados R y T de la enzima. El modelo considera parmetros asociados a las energas de interaccin entre las subunidades catalticas y regulativas que conforman al complejo enzimtico aspartato transcarbamilasa. La velocidad de la reaccin enzimtica alostrica est expresada mediante (Marchi y Horas, 1980): 1 1 1 Z r= + (11) 2 6n Z y donde y representa la probabilidad de que un sitio regulativo est ocupado, y por tanto es proporcional a la concentracin de sustrato. 2.5. Anlisis basado en agentes de enzimas alostricas y simulacin de Monte Carlo para reacciones enzimticas alostricas La modelacin de reacciones enzimticas puede plantearse suponiendo a las molculas como agentes

con propiedades definidas y reglas de interaccin formales. Las especies qumicas participantes en la reaccin son agentes con dos propiedades: (a) El tipo de agente (sustrato, enzima, complejo enzimasustrato o producto), y (b) La orientacin espacial del agente (definida por dos estados posibles, 0 o 1). El progreso de la reaccin enzimtica se define mediante la aplicacin de tres reglas de interaccin: (a) Regla de reaccin (dos agentes producen reaccin si y slo si uno es del tipo sustrato y el otro del tipo enzima), (b) Regla de orientacin (dos agentes producen reaccin si las orientaciones espaciales de los agentes coinciden), y (c) Regla alostrica (un agente E1 no reacciona si est unido a un agente P2). El espacio discretizado donde la reaccin ocurre se simboliza como un arreglo matricial de agentes (Fig. 1).
(a)

1 7

2 8

3 9

10 11 12

13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 22 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36

(b)

b8 b7 b6

b1 b 2 a b5 b3 b4

Fig. 1. (a) Representacin de un espacio reaccionante para la catlisis enzimtica de un sustrato (S) en producto (P) conformado de n = 36 agentes. (b) Cada agente interacta con 8 agentes circundantes para determinar la catlisis enzimtica. El arreglo matricial de agentes representa entonces a un sistema de reaccin enzimtica (Berry, 2002). Al inicio de la simulacin, se distribuyen aleatoriamente agentes de los tipos sustrato y enzima en el arreglo matricial, y conforme transcurre el tiempo, la fraccin inicial de sustrato disminuye mientras se originan agentes del tipo producto. Las fracciones de cada tipo de agente en el arreglo matricial son registradas. Cuando han concluido todas las interacciones posibles, se redistribuyen los agentes con un algoritmo aleatorio para iniciar un nuevo ciclo de interacciones. El registro de la evolucin de cada tipo de agente en cada ciclo representa el seguimiento de la reaccin enzimtica en el tiempo.

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3. Metodologa
3.1. Datos experimentales Los resultados de modelacin cintica de la reaccin enzimtica catalizada por una enzima alostrica, son comparados con datos experimentales obtenidos por J. C. Gerhart y A. B. Pardee (1962) para la aspartato transcarbamilasa de Escherichia coli. En ese trabajo experimental se determinan diferentes velocidades de reaccin como funcin de la concentracin del sustrato (curva de saturacin), con el nucletido de regulacin alostrica de la enzima (CTP). Experimentos con la subunidad cataltica de la aspartato transcarbamilasa (Porter y col., 1969) mostraron un comportamiento cintico michaeliano (no alostrico) en esa fraccin cataltica de la enzima. Por otra parte, tambin se ha reportado la disminucin relativa de actividad enzimtica para la aspartato transcarbamilasa con relacin a la concentracin del inhibidor alostrico (Gerhart, 1970). Resultados equivalentes fueron generados por modelacin basada en agentes con fines comparativos. 3.2. Cinticas enzimticas de Michaelis-Menten Datos experimentales de cintica enzimtica para la subunidad cataltica permitieron determinar los parmetros de Michaelis (rmax y KM) mediante un algoritmo de regresin no lineal cuyo criterio de bsqueda es la minimizacin de los cuadrados de los residuos, es decir, de las diferencias entre los datos experimentales (Porter y col., 1969) y los valores calculados mediante la Ec. (4). La curva de saturacin experimental obtenida por J. C. Gerhart y A. B. Pardee (1962), una sigmoidal caracterstica de enzimas alostricas, fue utilizada para ajustar los parmetros de las ecs. (7) y (8), por el mtodo de regresin no lineal basado en el criterio de mnimos cuadrados. 3.3. Cintica de Hill para enzimas alostricas La ecuacin de Hill (10) tambin fue utilizada para describir la curva sigmoidal de saturacin, con la velocidad mxima estimada para la subunidad cataltica (rmax), aplicando el parmetro n para la aspartato transcarbamilasa, y considerando KH = KM. 3.4. Cintica basada en el modelo molecular de la aspartato transcarbamilasa alostrica Las curvas sigmoidales de saturacin basadas en las predicciones de la cintica enzimtica del modelo molecular de E. Marchi y J. Horas (1980), Ec. (11), son comparadas con los datos experimentales de J. C. Gerhart y A. B. Pardee (1962).

3.5. Modelacin basada en agentes de reacciones enzimticas El algoritmo para la representacin de reacciones enzimticas intracelulares fue implementado en Matlab 6.0 R12 bajo el siguiente pseudocdigo: a) Distribucin aleatoria de agentes en un arreglo matricial. Con una matriz cuadrada (m1/2 x m1/2) de m agentes, se asignaron aleatoriamente una fraccin de agentes tipo enzima (E0 = 0.1) y el resto de agentes tipo sustrato (S0 = 0.9), como condicin inicial de la reaccin enzimtica. A cada agente se atribuye al azar una de las dos orientaciones espaciales posibles. b) Procedimiento de interaccin agente-agente. Para cada agente del arreglo matricial se evala el tipo de agente de los ocho circundantes uno a la vez (Fig. 1b), el primer agente circundante compatible con la Regla de reaccin se selecciona para luego verificar la Regla de orientacin. En caso de compatibilidad tanto del tipo de agente (ES) como de orientacin espacial (0-0 o 1-1), procede la formacin transitoria de complejo (C) y la ulterior liberacin de un agente tipo producto (P), excepto cuando se forma la interaccin E1-P2 para una reaccin controlada por enzima alostrica. En caso de no haber compatibilidad con alguno de los agentes circundantes, se reasigna al agente central como el siguiente a la derecha del arreglo matricial y reinicia la bsqueda de compatibilidad entre los agentes circundantes actuales. c) Progreso de la reaccin. Cuando se han evaluado las interacciones de la totalidad del arreglo matricial inicial, se habrn generado un cierto nmero de agentesproducto y se habr reducido el nmero de agentes-sustrato mientras el nmero total de agentes-enzima se conserva sin cambio al concluir el ciclo. Luego, se redistribuyen aleatoriamente todos los agentes del arreglo para reiniciar el procedimiento de interaccin. As, la conversin de sustrato a producto se incrementa en cada ciclo, describiendo el progreso de la reaccin enzimtica. d) Generacin de resultados grficos. En cada ciclo del algoritmo se registra el nmero de agentes de cada tipo (E, S, P y C), y se representa grficamente al finalizar un cierto nmero de ciclos predeterminado. El tiempo de la reaccin es proporcional al nmero de ciclos.

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4. Resultados y discusin
4.1. Curvas de saturacin de sustrato hiperblicas (enzimas no alostricas) La subunidad cataltica de la aspartato transcarbamilasa puede funcionar como una enzima no alostrica (Porter y col., 1969), de modo que la curva de saturacin de sustrato es hiperblica (ver Fig. 2). Los parmetros de la Ec. (4) estimados a partir de los datos experimentales son: rmax = 1.15 y KM = 0.16, en unidades normalizadas.

Velocidad de reaccin normalizada

1

presencia de un inhibidor alostrico en el medio reaccionante, ocasiona la disminucin drstica de la actividad enzimtica (ver Fig. 4). De ese modo, el mecanismo de control alostrico de la actividad permite la regulacin de la velocidad de reaccin en rutas metablicas. La modelacin del comportamiento cintico de enzimas alostricas es, por tanto, un aspecto importante en la simulacin realista de fenmenos biocatalticos (Hofmeyr y Cornish-Bowden, 1997).

Velocidad de reaccin normalizada

0.8

0.8

0.6

Datos ex p A gentes

0.6

0.4

Hill M archi y Horas M ichaelis A lostrico 0 0.2 0.4 0.6 0.8 1

0.4 Datos exp Agentes Michaelis 0 0 0.2 0.4 0.6 0.8 1

0.2

0.2

C oncentracin normalizada de s us trato

Concentracin normalizada de sustrato

Fig. 2. Curvas hiperblicas de saturacin de sustrato para la subunidad cataltica de la aspartato transcarbamilasa de Escherichia coli. En la Fig. 2 se incluyen los resultados de la cintica enzimtica obtenida con el modelo basado en agentes (sin aplicacin de la Regla alostrica). Despus de una simulacin de Monte Carlo de 20 ciclos, se observa la misma tendencia de saturacin para la fraccin cataltica de la enzima. La suma de los residuos entre los datos experimentales y la ecuacin cintica de Michaelis (Ec. (4)) es RMichaelis = 0.195, y la correspondiente al modelo de agentes es RAgentes = 0.199. Por lo tanto, aunque se aprecia mayor dispersin aparente en el modelo de agentes, si se dictamina la adecuacin de los modelos en trminos de sus residuos, se tienen descripciones matemticas bsicamente equivalentes de los datos experimentales con los dos modelos. 4.2. Curvas sigmoidales de saturacin de sustrato (enzimas alostricas) Cuando las fracciones cataltica y regulativa de la aspartato transcarbamilasa interactan en forma cooperativa, se produce un comportamiento sigmoidal en la curva de saturacin (ver Fig. 3). En la regin de bajas concentraciones de sustrato, con diminutas variaciones en la concentracin de sustrato o de inhibidor alostrico se inducen incrementos sustanciales en la velocidad de la reaccin enzimtica (punto de inflexin sigmoidal), como consecuencia directa del aumento en la actividad cataltica de la enzima. Adems, la

Fig. 3. Curvas sigmoidales de saturacin de sustrato para el complejo enzimtico de la aspartato transcarbamilasa de Escherichia coli. En la Fig. 3 se observan los comportamientos cinticos correspondientes a distintos modelos que describen la actividad enzimtica alostrica, comparados con mediciones experimentales de la velocidad de reaccin para la aspartato transcarbamilasa. Los parmetros estimados para la ecuacin de Michaelis de sistemas alostricos simplificados (Ec. (7)) son: r1,max = 1.15, r2,max = 0.05, KM = 0.16 y KM = 0.001, en unidades normalizadas. Ntese la prediccin temprana de la curva sigmoidal michaeliana respecto a los datos experimentales, lo que produce un aumento importante en la suma de los residuos del modelo, RMichaelis alostrico = 1.18. El modelo de Hill (Ec. (10)) considera la unin secuencial del carbamil-fosfato y del aspartato a la enzima, y genera una buena aproximacin a los datos experimentales basada en los parmetros de Michaelis para la subunidad cataltica no alostrica (rmax = 1.15 y KH = 0.16), pero corregida por el parmetro n = 3 (puesto que el complejo enzimtico aspartato transcarbamilasa tiene tres sitios regulativos de unin al inhibidor alostrico CTP). La suma de residuos para la ecuacin de Hill es RHill = 0.694, por lo que constituye una mejor descripcin que el modelo de Michaelis para sistemas alostricos. El conocimiento de la estructura molecular de la aspartato transcarbamilasa es muy amplio, as que resulta posible predecir su actividad enzimtica en trminos de las propiedades del complejo enzimtico y de las interacciones entre sus subunidades cataltica

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y regulativa (Marchi y Horas, 1980). Aunque la descripcin del comportamiento cintico de la enzima a partir un modelo molecular como la Ec. (11) es muy confiable (RMarchi-Horas = 0.352), requiere de un esfuerzo matemtico importante y de la medicin o estimacin de un buen nmero de parmetros. La modelacin de la actividad enzimtica alostrica con agentes representa los datos experimentales de manera equiparable al modelo molecular de Marchi y Horas, puesto que la suma de los residuos del modelo es menor: RAgentes alostrico = 0.354. El modelo basado en agentes parece entonces una alternativa viable para la simulacin de sistemas de reaccin enzimtica sujetos a control alostrico. Adems, el modelo de agentes permite describir la prdida de actividad enzimtica de la aspartato transcarbamilasa como funcin de la concentracin del inhibidor alostrico (ver Fig. 4).

100

Datos ex p A gentes

80

60

40

20

0 0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5

Fraccin de inhibidor alos trico

Fig. 4. Comparativo de datos experimentales y de modelacin basada en agentes para la reduccin de actividad enzimtica en la aspartato transcarbamilasa debida al inhibidor de control alostrico. 4.3. Limitaciones de los modelos de reaccin enzimtica con control alostrico La ecuacin de Michaelis para sistemas enzimticos alostricos es un modelo no estructurado. No requiere informacin molecular de la enzima alostrica y los parmetros michaelianos son relativamente fciles de calcular. Por esa razn las ecuaciones cinticas de Michaelis son ampliamente utilizadas en la modelacin de reacciones bioqumicas (Nielsen y Villadsen, 1992), aunque no siempre sea vlida su aplicacin en reacciones alostricas. El modelo de Michaelis extendido (Ec. (7)) supone el estado pseudo-estacionario para los complejos enzima-sustrato Ci (i = 1, 2) de una cintica alostrica, lo cual no es admisible en el caso de la aspartato transcarbamilasa puesto que su mecanismo de reaccin implica una formacin secuencial de complejos C1 = E-S1 y C2 = S1-E-S2, antes de la liberacin del producto C2 E + P. La ecuacin de Hill aunque es de estructura simple, incorpora informacin respecto a los sitios

disponibles para la regulacin del complejo enzimtico alostrico. Sin embargo, presenta el inconveniente de que el parmetro n es incorrectamente utilizado como parmetro de ajuste emprico, lo cual reduce la precisin de la interpretacin descriptiva del comportamiento cintico enzimtico. El modelo de E. Marchi y J. Horas es altamente estructurado e incluye parmetros del arreglo molecular del complejo aspartato transcarbamilasa. Esto implica a las energas de interaccin asociadas a los estados conformacionales R y T de la enzima, as como un cierto nmero de variables de escala molecular del complejo enzimtico. Por tanto, la representacin de la velocidad de reaccin catalizada por la enzima alostrica genera una descripcin a nivel molecular til para predicciones cinticas precisas. Sin embargo, la complejidad matemtica de la funcin de particin en que se fundamenta el modelo molecular limita su uso a solo ciertos casos de modelacin de cintica enzimtica, por ejemplo, sistemas reaccionantes con una sola enzima. La modelacin mediante interaccin de agentes permite niveles de descripcin slo a escala microscpica, porque no requiere de conocimientos a nivel molecular de la enzima alostrica. La formulacin de reglas de interaccin a partir de propiedades generales de la enzima es suficiente para generar una representacin adecuada del sistema alostrico, incluso en sistemas enzimticos con ms de una enzima. No obstante, con la modelacin basada en agentes no es posible concentrar la informacin contenida en un amplio grupo de datos experimentales dentro de un conjunto reducido de parmetros cinticos caractersticos del sistema enzimtico.

A ctividad enzimtica relativa (%)

Conclusiones
El modelo de cintica enzimtica ms utilizado es la ecuacin de Michaelis-Menten. Sin embargo, esta ecuacin se restringe a enzimas no alostricas. An la ecuacin de Michaelis extendida para sistemas enzimticos alostricos simplificados tiene limitaciones. Otros modelos cinticos estructurados describen adecuadamente el comportamiento sigmoidal caracterstico de las enzimas alostricas, pero su uso en el anlisis cintico de las reacciones enzimticas depende de la estimacin de parmetros cinticos, que regularmente introduce errores debidos a la imprecisin en los valores numricos de los parmetros. La modelacin basada en agentes parece representar adecuadamente el comportamiento cintico de enzimas alostricas. Las propiedades o atributos asignados a los agentes discretos son simplificaciones de las propiedades reales de las entidades que representan (E, S, P y C), y las reglas de interaccin emulan el comportamiento cualitativo

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observado en sistemas de reaccin enzimtica. Por tanto, la modelacin matemtica con agentes se fundamenta en aspectos fsicos bsicos del sistema real que describe, aunque no incluye explcitamente propiedades moleculares especficas de la enzima alostrica. Las aplicaciones estudiadas en reacciones enzimticas a bajas densidades (o concentraciones) de molculas reactivas muestran la congruencia de las estimaciones tericas obtenidas por modelacin con agentes. Tambin la comparacin de los clculos de actividad enzimtica con resultados experimentales de la enzima aspartato trascarbamilasa presenta una correspondencia aceptable.

Referencias
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Nomenclatura
complejo enzima-sustrato o su fraccin en modelacin con agentes. CTP trifosfato de Citosina. E enzima o su fraccin en modelacin con agentes. I inhibidor alostrico o su fraccin en modelacin con agentes. condicin inicial de la especie i. i0 [ i] concentracin de la especie i. constante de Hill. KH constante de Michaelis-Menten. KM constantes cinticas para la conversin ki enzimtica de S a P. m nmero de agentes en el arreglo matricial. n parmetro de Hill, nmero de sitios de regulacin en la aspartato transcarbamilasa. producto i o su fraccin en modelacin con Pi agentes. R estado activo o relajado de la aspartato transcarbamilasa. Rmod suma de residuos del modelo mod respecto a datos experimentales. velocidad instantnea de la reaccin rj enzimtica j. rj,max velocidad mxima de la reaccin enzimtica j. sustrato i o su fraccin en modelacin con Si agentes. T estado inactivo o tenso de la aspartato transcarbamilasa. t tiempo de reaccin. y probabilidad de ocupacin de un sitio de regulacin para una enzima alostrica. Z funcin de particin entre los estados R y T de la aspartato transcarbamilasa. C

Agradecimientos
Los autores expresan su reconocimiento a la Secretara de Investigacin y Posgrado del IPN y al Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologa por el soporte financiero necesario para la realizacin del presente trabajo.

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