Chap 1

Initiation la virologie Chapitre I : Gnralits sur les virus
[www.virologie-uclouvain.be]
Objectifs du module
Quest-ce quun virus? Comment les virus voluent-ils? Pourquoi tant de diversit parmi les virus?
Table des matires

1. Historique 2. Caractres gnraux des virus 3. Structure de la particule virale 4. Taxonomie 5. Cycle viral 6. Variation gntique 7. Quiz et tests 8. Bibliographie
A la fin de ce module Gnralits sur les virus , vous serez capable de

numrer et expliquer les caractres gnraux des virus Nommer les diffrentes parties de la structure des virus Expliquer limportance, dans la transmission, de la prsence ou labsence dune enveloppe Enumrer et expliquer brivement les caractres pris en compte dans la taxonomie des virus Donner des exemples de diffrents types de virus, en fonction de leur classification Enumrer et expliquer brivement les diffrentes tapes gnrales du cycle viral Montrer, par un exemple, les liens existant entre : - nature du gnome viral - mode dexpression des gnes - rplication du gnome
Enumrer et expliquer les diffrents types de variation gntique des virus et donner un exemple de mutation ponctuelle, de recombinaison et de rassortiment Expliquer la diffrence dans la frquence de mutation des virus ARN et ADN.
Prrequis
Bonnes connaissances en biologie cellulaire et molculaire Questions et rflexions Quest-ce qui dfinit la spcificit des virus pour certaines cellules ? Quels mcanismes sont la base de la variabilit gntique des virus ?
Quest-ce qui dfinit la spcificit des virus pour certaines cellules ? Quels mcanismes sont la base de la variabilit gntique des virus ? Comment a-t-on dcouvert les virus ?
Ralisation : www.afd.be
Questions et rflexions
I. Gnralits sur les virus

1. Historique
Rsum
Les maladies virales, telles la variole et la rage, sont connues depuis la plus haute antiquit. A la fin du XVIIIime sicle Edward Jenner dveloppe l'inoculation de "cowpox" ou variole bovine qui permet doffrir une bonne protection contre la variole. Le nom de vaccination driv du mot vacca , vache, est appliqu par Louis Pasteur au sicle suivant au vaccin contre la rage, obtenu par attnuation de matire infectieuse passe sur des animaux. La premire exprience indiquant l'implication d'un agent ultrafiltrable, plus petit que les bactries dans certaines maladies infectieuses, fut la transmission de la mosaque du tabac par Dmitrii Ivanovski partir de filtrats de plantes en 1892. Mais ce n'est que 6 ans plus tard que Martinus Beijerinck comprendra les consquences de cette observation en la rptant. Il parlera de contagium vivum fluidum . Rapidement la fin du XIXe et au dbut du XXe sicle de nombreux virus seront dcouverts chez les animaux et les humains. On dcouvre aussi que certains virus peuvent infecter les bactries. Ces derniers seront appels bactriophages par Flix dHrelle. On visualisera pour la premire fois des virus par microscope lectronique en 1939 et aprs 1948 les techniques de cultures cellulaires permettront l'isolement et la caractrisation de nouveaux virus. Lanne 1979 verra la certification mondiale de lradication de la variole par lOMS. Cest le premier grand triomphe de la mdecine et plus particulirement de la vaccination. Lorsque le SIDA est dcrit en 1980 il ne faudra que trois ans pour dcouvrir son virus causal, le VIH. Les techniques continuent voluer, lavance la plus rcente tant la mise au point de la raction de la polymrase en chane (PCR) par Kary Mullis en 1985 et de nouveaux virus continuent tre dcouverts chaque anne.
1721
1985
I.1.1. Ligne du temps
1. Les virus avant la virologie

Les maladies virales sont connues depuis des millnaires. Dj sous les babyloniens, on savait que la rage se transmet par morsure du chien enrag. Une stle gyptienne nous montre un pharaon qui boitait, vraisemblablement touch par la poliomylite. Des tableaux du XVIime sicle reprsentent de magnifiques fleurs qui en fait taient atteintes de viroses provoquant la marbrure des illets ou les tulipes panaches. La variole, une maladie entranant une forte mortalit, a accompagn lhomme depuis longtemps et on en a retrouv la trace sur les momies de lEgypte. Depuis au moins le Xime sicle, on pratiquait la variolisation en Inde et en Chine. Linoculation de matriel venant de pustules dun malade de la variole une personne saine entranait une maladie rduite offrant une protection lors de contacts ultrieurs. La mortalit de cette pratique slevait 1-2%, alors que la variole tuait dans un quart des cas. Cette pratique fut introduite en Angleterre par Lady Mary Wortley Montague vers 1720.
1721 Lady Mary Wortley Montague : introduction de la variolisation en Europe (semble prsente en Chine et au Japon depuis le Xe sicle)
2. Edward Jenner et la vaccination

A la fin du XVIIIime sicle, Edward Jenner appliqua sur base de ses observations linoculation de cowpox, ou variole bovine, afin damliorer la pratique de la variolisation et offrir une bonne protection contre la variole (publication en 1798). Il semble que cette pratique ait dj t sporadiquement applique cette poque et certains en attribuent lorigine un fermier du Dorset anglais, Benjamin Jesty, qui inocula sa famille avec la cowpox vingt ans plus tt. Le nom de vaccination drive du mot vacca ,
I.1.2.a. Tulipe panache dans un bouquet, anomalie due une infection virale ( gauche) I.1.2.b. Atteinte par la poliomylite, stle gyptienne de +/-1400 avant JC, Muse Carlsber, Copenhagen ( droite) 1798 E. Jenner : vaccination contre la variole 1885 L. Pasteur : vaccination contre la rage
I. gnralits sur les virus 1. Historique
> 1. Historique
vache, et fut introduit par Louis Pasteur au sicle suivant. Pasteur et son disciple, Emile Roux, dcouvrirent le principe de lattnuation et lappliqurent au dveloppement dun vaccin contre la rage. En 1885, ils vaccinrent le jeune Alsacien, Joseph Meister, qui avait t mordu par un chien enrag et introduirent ainsi la vaccination aprs exposition.
3. Dcouverte des virus

En 1884, le dveloppement des bougies de Chamberland, qui permettent dliminer les bactries dune solution, reprsente le premier pas vers la dcouverte des virus. Adolf Mayer (18431942) avait dcrit en dtail une maladie des plants de tabac quil appelle la mosaque du tabac. Il se rend compte que la maladie est infectieuse, car elle peut tre transmise par ce quil croit tre une bactrie. La premire exprience indiquant limplication dun agent ultrafiltrable plus petit que les bactries, fut la transmission de la mosaque du tabac par Dimitri Ivanovski (1864-1920) partir de filtrats de plantes en 1892. Cependant Ivanovski maintiendra lexplication bactrienne, sous forme de spores ou de toxines, sans expliquer de faon correcte lexprience quil avait faite. Ce nest que 6 ans plus tard que Martinus Beijerinck (1851-1931) comprendra les consquences de cette observation en la rptant. Il parlera de contagium vivum fluidum. Le virus de la mosaque du tabac (TMV/VMT) restera un modle important dans toutes les tudes fondamentales sur les virus. En 1935, Wendell Stanley parviendra cristalliser le virus de la mosaque du tabac (TMV/VMT), ce qui permettra son analyse chimique et lanne suivante Bawden et Pirie dcriront une structure alliant les protines et lacide ribonuclique. La mme anne que celle des expriences de M. Beijerinck (1898), Friedrich Loeffler et Paul Frosch, tous deux lves de Koch, dcouvrent que lagent de la fivre aphteuse du btail est ultrafiltrable. Le premier virus humain, lagent de la fivre jaune, sera identifi en 1901 par Walter Reed, James Carroll et Jesse Lazear. Ce dernier mourra des suites dune infection par le mme virus. En 1908, Wilhelm Ellerman et Olaf Bang dcrivent que la fowl leukosis, une leucmie de la volaille, peut tre transmise par un agent ultrafiltrable. La premire tumeur solide, le sarcome du poulet, due un virus, sera dcrite en 1911 par Peyton Rous le virus du sarcome de Rous. Les tudes sur ce virus mneront bien plus tard, en 1976, la dcouverte des oncognes par D. Stehelin, H. Varmus, J. Bishop et P. Vogt, dabord dans ce virus puis dans des cellules. En 1915, Frederick Twort dcouvre des virus infectant les bactries, qui seront nomms bactriophages par Flix dHrelle, qui tudiait Shigella dysenteriae, en 1921. Une premire dcouverte importante sera celle de Max Schlesinger, qui en 1934 dcrit que les bactriophages sont composs part gale de protines et dacide dsoxyribonuclique. On visualisera pour la premire fois des virus par microscope lectronique en 1939 (G. Kausche, P. Ankuch et H. Ruska) : il sagira nouveau du virus de la mosaque du tabac (TMV/VMT). Aprs 1948, les techniques de cultures cellulaires permettront
1884 C. Chamberland : mise au point du filtre bactrien avec bougie porcelaine
1892 D. Ivanovsky : expriences indiquant un agent ultrafiltrable dans la mosaque du tabac 1898 M. Beijerinck : confirmation et interprtation de lagent ultrafiltrable : contagium vivum fluidum 1898 F. Loeffler et P. Frosh : agent de la fivre aphteuse du btail est ultrafiltrable 1901 W. Reed, J. Carroll, J. Lazear : dcouverte du premier virus humain, celui de la fivre jaune 1908 Wilhelm Ellerman et Olaf Bang : fowl leukosis, une leucmie est transmise par un agent ultrafiltrable 1911 Peyton Rous : Rous sarcoma du poulet : description de la premire tumeur solide cause par un virus 1915 Frederick Twort : dcouverte des virus des bactries 1921 Flix dHrelle : nomme bactriophages les virus de Shigella dysenteriae 1935 W.M. Stanley : cristallisation du virus de la mosaque du tabac (TMV/MTV) 1939 invention du microscope lectronique et visualisation directe de virus (mosaque du tabac) par G. Kausche, P. Ankuch, H. Ruska 1948 et suivantes mise au point de techniques de culture cellulaire
> 1. Historique
lisolement et la caractrisation de nouveaux virus. Ce sera luvre de divers groupes de recherche et ce sera mis en application pour le virus de la poliomylite par le groupe de J. Enders.
4. Dveloppements en virologie et par la virologie

James Watson et Francis Crick dcriront la structure hlicodale de lacide dsoxyribonuclique (ADN) en 1953, en se basant sur des travaux de Maurice Wilkins et surtout de Rosalind Franklin. Ils recevront le prix Nobel en 1962 pour cette dcouverte sans R. Franklin, dcde entre temps. R. Franklin lucidera galement la structure hlicodale et la liaison entre les capsomres et lARN du virus de la mosaque du tabac (TMV/VMT) en 1955, et lanne suivante Gierer et Schramm dmontreront linfectivit de lARN du virus de la mosaque du tabac (TMV/VMT). Howard Temin et David Baltimore dcriront indpendamment lexistence de la transcriptase inverse qui transcrit lARN en ADN en 1970 et recevront pour cette dcouverte le prix Nobel en 1975. Lanne 1979 verra la certification mondiale de lradication de la variole par lOMS. Cest le premier grand triomphe de la mdecine et plus particulirement de la vaccination. Lorsque le SIDA est dcrit en 1980, les hypothses les plus vraisemblables orientent les chercheurs vers un virus. En 1983, Franoise Barr-Sinoussi, Luc Montagnier et leur quipe de lInstitut Pasteur de Paris isolent le LAV (lymphadenopathy associated virus), la cause du SIDA, qui deviendra aprs de longues controverses avec le groupe amricain de Robert Gallo, dcouvreur du HTLV-1, le virus de limmunodficience humaine ou VIH. Une avance plus rcente est la mise au point de la raction de la polymrase en chane (PCR) par Kary Mullis en 1985. Elle permet lamplification de faon spcifique de quantits infimes dacides nucliques. Cette technique a rvolutionn le diagnostic viral. Actuellement, de nouveaux virus continuent tre dcouverts, comme par exemple le virus de lhpatite C en 1989, le virus Nipah en 1999 (infection respiratoire du porc et encphalite chez lhomme), le Metapneumovirus en 2001, le virus du SRAS (syndrome respiratoire aigu svre) en 2003.
1953 J. Watson, F. Crick (M. Wilkins, R. Franklin): description de la structure de lADN 1955 Rosalind Franklin : description de la structure hlicodale du virus de la mosaque du tabac et de lassociation ARNcapside
1970 Howard Temin et David Baltimore dcrivent indpendamment la transcriptase inverse (Reverse transcriptase) et reoivent le prix Nobel en 1975 1979 Certification de lradication mondiale de la variole par la vaccination 1983 F. Barr-Sinoussi, Montagnier et collaborateurs : dcouverte du LAV qui deviendra le VIH 1985 Kary Mullis : description de la PCR
[ http://www.pasteur.fr/actu/presse/dossiers/ Sida/decouverte.htm ]
> 1. Historique
Prix Nobel en mdecine, physiologie ou en chimie dont le travail est issu de la virologie ou qui ont eu une influence en virologie : 1946 [ chimie ] JH Northrop, WM Stanley, JP Sumner : prparation ltat pur denzymes et de protines virales (JHN, WMS), dcouverte de la cristallisation des enzymes (JPS). 1951 [ mdecine ] M. Theiler : vaccin contre la fivre jaune. 1954 [ mdecine ] JF Enders, TH Weller, FC Robbins : croissance du virus de la poliomylite en culture cellulaire. 1958 [ mdecine-physiologie ] G Beadle, E L Tatum et J Lederberg : dcouverte du rle des gnes dans la synthse des protines (GB et ELT) et la dcouverte de la recombinaison et lorganisation du matriel gntique chez les bactries (JL). 1962 [ mdecine ] FHC Crick, JD Watson, MHF Wilkins : structure de la double hlice de lADN. 1965 [ mdecine ] F Jacob, A Lwoff, J. Monod : contrle gntique de la synthse denzymes et de virus (bactriophages). 1966 [ mdecine ] P. Rous : dcouverte des virus oncognes. 1969 [ mdecine ] M Delbrck, AD Hershey, SE Luria : mcanismes de rplication et structure gntique des virus. 1975 [ mdecine ] D Baltimore, R Dulbecco, HM Temin : interactions entre virus oncognes et matriel gntique des cellules. 1976 [ mdecine ] BS Blumberg, DC Gajdusek : nouveaux mcanismes de lorigine et de la dissmination des maladies infectieuses (virus de lhpatite B et Kuru). 1978 [ mdecine ] W Arber, D Nathans, H O Smith : dcouverte des enzymes de restriction et leur application en gntique molculaire. 1980 [ chimie ] P. Berg, W. Gilbert, F. Sanger : tudes fondamentales de la biochimie des acides nucliques avec attention particulire pour lADN recombinant (PB) et contribution la dtermination des squences de base des acides nucliques (WG, FS). 1982 [ chimie ] A. Klug : lucidation de la structure de nuclo-protines importantes en biologie, par microscopie lectronique et cristallographie. 1989 [ mdecine ] JM Bishop, HE Varmus : origine cellulaire des oncognes rtroviraux. 1993 [ mdecine ] RJ Roberts, PA Sharp : gnes mosaques (travail sur les virus, adno et SV40). 1993 [ chimie ] KB Mullis, M Smith : PCR (KBM) et mutagense dirige (MS). 1997 [ mdecine ] SB Prusiner : les prions, nouveau principe biologique dinfection.
[ infos complmentaires sur le site des prix Nobel : http://nobelprize.org/ ]
> 1. Historique
2006 [ mdecine ] A. Fire and G. Mello : Interfrence ARN extinction gnique par ARN double brin. 2008 [ mdecine ] Harald zur Hauzen : travaux sur le cancer du col de lutrus d au papillomavirus. Franoise Barr-Sinoussi, Luc Montagnier : dcouverte du virus du SIDA.

2. Caractres gnraux des virus
Rsum
Les virus sont des lments rplicatifs beaucoup plus petits que les bactries et les plus grands sont peine visibles au microscope optique. Leur gnome peut tre compos soit dARN, soit dADN. Les virus sont fortement dpendants du mtabolisme cellulaire. Dans la cellule quils infectent ils rpliquent sparment leur gnome et leurs composants protiques ; ceux-ci seront ensuite assembls, donnant des milliers de particules en une gnration. Les virus reconnaitront spcifiquement un ou quelques types de cellules et sont cause de cela assez spcifiques dorganismes htes.
1. Les virus sont trs petits

La caractristique principale des virus, et laquelle on doit leur dcouverte, est leur capacit traverser des filtres impermables aux bactries. Alors que les plus gros virus infectant lhomme, les Poxviridae, ont une taille entre 250 et 300 nm, les plus petits, Parvoviridae, nont que 20nm. La taille nest cependant pas un critre absolu et les Mimivirus dcrits en 2003 chez les amibes, Acantamoeba polyphaga, ont la taille de petites bactries comme les rickettsies (+/- 1m).
2. Les virus se rpliquent

Une autre caractristique lmentaire des virus est le fait quils se rpliquent. Par exemple, linfection par le virus de la mosaque du tabac peut tre propage indfiniment de plante plante, mme si linoculum est dilu chaque passage. Ceci distingue les virus des toxines qui perdent leur toxicit par dilution.
I.2.1. Photos de virus et dune bactrie en microscopie lectronique avec respect des tailles relatives
Noyau
3. Chaque particule virale ne contient quun seul type dacide nuclique

Les virus sont essentiellement constitus dune molcule portant linformation gntique. Celle-ci peut tre prsente sous forme soit dADN soit dARN dans les particules virales. On sparera ainsi les virus en fonction de leur composition ADN ou ARN. Certains virus ont au cours de leur rplication un intermdiaire de leur gnome sous une forme diffrente : ainsi les rtrovirus qui sont des virus ARN seront rtrotranscrits en ADN dans la cellule hte et cest de cet ADN proviral que seront forms les nouveaux brins gnomiques dARN. De faon similaire les Hepadnaviridae, comme le virus de lhpatite B humain ou certains virus de plantes, sont des virus ADN qui passeront par un intermdiaire ARN pour former les nouveaux brins dADN.
I.2.2. Infection dune cellule par un virus et production de nombreuses particules virales
I. gnralits sur les virus 2. Caractres gnraux des virus
> 2. Caractres gnraux des virus
ARN
ARN
ARN
ADN ARN
ADN
I.2.3. Quelques illustrations schmatiques de virus
4. Les virus sont des lments rplicatifs assembls partir de leurs composants
Cette notion est bien illustre par lexprience de E. Ellis et M. Delbrck avec le bactriophage . (Voir aussi la partie sur le cycle viral) Une suspension de bactriophages est mlange des bactries dans un rapport de 10/1. Durant linfection, on observe dabord une phase au cours de laquelle aucun virus infectieux ne peut tre rcupr de la cellule infecte: en effet, lors de linfection, le gnome a t libr de la capside (dcapsidation). Il ny a donc plus de virion complet, infectieux. Cette phase est appele phase dclipse. Ensuite, le gnome viral est transcrit et fournit les protines codes par le virus. Le gnome est galement rpliqu pour donner lieu de nouvelles copies du gnome viral. Ces gnomes qui ont t rpliqus sassocient avec les protines structurales du virus (assemblage) pour former de nouveaux virions infectieux. Au cours de cette phase, appele phase de maturation, de nouvelles particules virales infectieuses sont donc assembles dans la cellule, partir de leurs composants. Ceci contraste avec le cycle de rplication dune cellule ou dune bactrie au cours duquel la cellule fille nest pas forme, de novo, par un processus dassemblage de composants de la cellule mre, mais est forme par scission de celle-ci.
Concentration virale (PFU X 108)
14 3 10 2 6 1 2 0 0 10 20 Temps (min) 30 Virus cellulaire Virions librs
I.2.4. Courbe de croissance dun bactriophage aprs infection de bactries 1) Phase dclipse (pas de virus infectieux dcelable) 2) Phase de maturation (assemblage intracellulaire de virus avant relargage) 3) Phase de latence (pas de virus dcelable dans le milieu).
5. Les virus sont strictement dpendants du mtabolisme dune cellule

Le fait que les virus naient pas de ribosomes et doivent tre assembls partir dlments pars les rend dpendants dun environnement favorable qui est celui dune cellule. Ces cellules peuvent tre de diffrents types, bactries, algues, plantes, animaux,
> 2. Caractres gnraux des virus
et se mettront en quelque sorte au service du virus. Il est donc vident que les virus ne peuvent pas se rpliquer dans un milieu amorphe, comme un bouillon de culture bactriologique. Certaines bactries sont galement intracellulaires, mais contrairement aux virus elles disposent de la plupart des lments ncessaires leur mtabolisme et leur rplication, particulirement de ribosomes.
6. Les virus sont spcifiques de cellules et dorganismes

Tous les organismes vivants sont susceptibles dtre infects par des virus, mais ce ne sont pas les mmes virus qui infectent les diffrents organismes. Ainsi les virus des plantes, ninfecteront gnralement pas les animaux, et les virus dune espce de plante ninfecteront pas ncessairement pas dautres espces de plantes. Cette barrire despce nest pas absolue et on voit que par exemple certains animaux peuvent partager des virus avec les humains et entre eux. A lintrieur dun organisme, les virus seront slectifs de certains types de cellules. Cette spcificit est due en grande partie aux rcepteurs spcifiques de surface des cellules qui permettent la fixation et lentre des virus. Ainsi les virus du SIDA reconnaissent certaines cellules du systme immunitaire, portant leur surface la molcule CD4.
M. plasmique Glycoprotines (Antircepteurs) Enveloppe Matrice
Rcepteur
Nuclocapside
Photo : Sougrat et al. doi : 10.1371/journal.ppat.0030063 I.2.5. Reconnaissance spcifique de cellules par les virus : interaction virusrcepteur.
Gnralits sur les virus

3. Structure de la particule virale
Rsum
Ltude de la structure virale a permis de mieux comprendre les virus. Cette partie du site explique comment ces particules sont constitues et quels sont les diffrents types de particules rpertories. Des exemples de virus sont prsents sous forme de micrographies lectroniques et de schmas.
Ltude de la structure virale a permis de mieux comprendre les virus et leur fonctionnement. Ainsi, en connaissant la manire dont le virion est construit, on comprend mieux plusieurs tapes essentielles du cycle viral, comme lattachement, la pntration, la dcapsidation, ou encore lassemblage et la sortie du virus. Outre les fonctions lies lattachement, la pntration ou la sortie du virus, la capside virale assure sans doute une fonction de protection du virus, notamment dans le cas de virus transmis sous forme darosols (virus de la grippe) ou de manire mcanique aux plantes (virus de la mosaque du tabac). Ces dernires annes, on sest aussi aperu que la capside pouvait tre une structure dynamique. La connaissance prcise de la structure virale suscite un intrt majeur dans le cadre de la recherche de vaccins ou encore dans le domaine des nanotechnologies : quoi de plus fascinant que la capacit du virus encapsider de manire spcifique une molcule dacide nuclique, dans lenvironnement complexe dune cellule ! Ces questions ont dailleurs passionn des chercheurs comme Crick et Watson ou Klug, qui laide de techniques comme la diffraction des rayons X ou la microscopie lectronique, sont parvenus dcrypter larchitecture de nombreux virus connus et la manire dont ceux-ci sassemblent. Emergence des connaissances sur la structure des virus s Pour en savoir + [http://www.virologie-uclouvain.be] Dune manire systmatique, le virus est compos dun gnome et dune capside, une coque qui entoure lacide nuclique viral. Cette capside est constitue par lassemblage de sous-units protiques rptitives parfois appeles capsomres. Lensemble form par la capside et lacide nuclique viral est appel nuclocapside. La microscopie lectronique a permis la mise en vidence de deux grands types de structures capsidiales : des particules allonges et des particules sphriques. Outre la capside et lacide nuclique viral, certains virus sont entours dune enveloppe de nature lipidique, parfois appele peplos (manteau) : on parle alors de virus envelopps. Par contre, en labsence denveloppe, on voque des virus nus.
1. I. gnralits sur les virus 3. Structure de la particule virale
> 3. Structure de la particule virale
1. Composants du virion
1.1. Gnome viral Un virus est habituellement constitu dun gnome compos dun ou plusieurs brins dacide dsoxyribonuclique ou ribonuclique, sous forme linaire ou circulaire. On distingue des ARN et ADN simple brin ou double brin, des ARN de polarit positive ou ngative ou encore ambisens. Les ARN viraux peuvent tre coiffs (Figure I.3.1), associs une protine protectrice de manire covalente, se terminer par une squence polyadnyle ou encore par une extrmit en pseudo-ARNt comportant un pseudonud (Figure I.3.2).
7mG
Base
Base
etc
I.3.1. Structure de la coiffe des ARN La coiffe est compose dune 7-mthylguanosine lie lextrmit de lARN par un lien 5-5 triphosphate
ACCA-aa 3 5
ACCA-aa 3
I.3.2. Exemple dextrmit en pseudoARNt comportant un pseudo-noeud
1.2. Protines de capside Les protines de capside sont des protines remarquables! Elles sont capables de polymriser par auto-assemblage pour former ces structures complexes que sont les capsides virales. Dans certains cas, elles peuvent aussi interagir de manire spcifique avec les acides nucliques dorigine virale. Certaines protines virales de capside ont ainsi t tudies en dtail, comme la protine de capside du VMT-TMV. Les protines types des virus icosadriques possdent une structure caractristique, qui consiste en 150 200 acides amins arrangs en huit feuillets beta anti-parallles pour former une structure trapzodale ou tonneau (Figure I.3.3).
I.3.3. Exemple de structure type de protine de capside Elle est constitue de 150 200 acides amins arrangs en huit feuillets bta anti-parallles pour former une structure trapzodale ou tonneau 1. I. gnralits sur les virus 3. Structure de la particule virale
10
1.3. Protine de matrice Certains virus comme les Retrovirus possdent des protines de matrice qui permettent la liaison entre la nuclocapside et lenveloppe, via un domaine dancrage transmembranaire. Ces protines ne sont gnralement pas glycosyles. Par contre, elles contribuent souvent dune manire significative la masse de la particule virale.
I.3.4. Micrographie lectronique de rtrovirus. A droite : reprsentation schmatique
Chez les Herpesviridae les protines situes entre la membrane et la capside sont appeles tgument.
I.3.5. Micrographie lectronique dherpsvirus
1.4. Enveloppes virales La plupart des virus de vgtaux sont des virus nus, cest-dire non envelopps, lexception des Rhabdovirus et des Tospovirus. Sans doute peut-on expliquer cela par la diffrence notable que constitue la paroi des cellules vgtales en comparaison des cellules animales. Par contre, de nombreux virus danimaux ou dinsectes ont une structure capsidiale enveloppe. Les bactriophages quant eux, peuvent tre nus, envelopps ou bien avoir une membrane lintrieur de la capside, enveloppant ainsi le gnome (cas des Tectiviridae). Lenveloppe joue un rle capital dans lattachement du virus sur la cellule-cible, par lentremise de glycoprotines membranaires spcifiques de rcepteurs cellulaires. Un
11
exemple typique de glycoprotine membranaire est lhmagglutinine du virus Influenza. Lenveloppe virale est hrisse de glycoprotines dorigine virale, parfois appeles spicules (Figure 1.3.6). Certaines dentre-elles possdent un domaine dancrage transmembranaire, et sont souvent fortement glycosyles sur leur extrmit extra-virale. Parfois, le poids de la glycoprotine est constitu plus de 75% dhydrates de carbone. Ces protines constituent gnralement des antignes remarquables, tout en exerant plusieurs fonctions : ainsi, lhmagglutinine sert dliciteur (liaison un rcepteur cellulaire) et permet la fusion membranaire. Les proprits de liaison aux hydrates de carbone sont exploites dans le test dhmagglutination et dinhibition de lhmagglutination. Lenveloppe virale permet souvent aussi linitiation de linfection, en permettant la dlivrance de la nuclocapside au niveau du cytoplasme cellulaire. Dans lautre sens, le bourgeonnement permet la sortie du virus de la cellule sans provoquer la lyse complte de celle-ci, en permettant ainsi dviter de soumettre lhte une pression trop leve. Les enveloppes virales comportent aussi des protines de transport membranaires, comprennant plusieurs domaines hydrophobes transmembranaires. Ces protines assurent les changes entre le virion et lextrieur et jouent un rle essentiel dans la maturation biochimique des particules virales. La protine M2 du virus Influenza est un exemple de ce type de protines (Figure I.3.6). 1.5. Anti-rcepteurs Lenveloppe est le support pour les dterminants de la reconnaissance virus-cellule hte chez les virus envelopps. Ces glycoprotines (spicules) permettent au virus de reconnatre la cellule-cible, par lentremise dun rcepteur cellulaire et sont ds lors parfois appels anti-rcepteurs. On connat maintenant de mieux en mieux les rcepteurs cellulaires et leur anti-rcepteur viral. On a ainsi pu dcrire des super-familles ou groupes de rcepteurs caractristiques.
gp M. plasmique Glycoprotines (Antircepteurs) Enveloppe Matrice
Membrane plasmique
Spicules
M2
I.3.6. Schma dun virus de la grippe avec glycoprotines formant des spicules et les protines M2 formant des canaux transmembranaires.
Dtail membrane + glycoprotine
Rcepteur Endosome
Nuclocapside
Rcepteurs
Me m br
aire cl nu e an
Noyau
NB : la cellule devrait tre proportionnellement plus grande
I.3.7. Schma montrant lenveloppe, lanti-rcepteur viral et les rcepteurs cellulaires correspondants I. gnralits sur les virus 1. 3. Structure de la particule virale
12
2. Virus symtrie hlicodale

Deux grands types de structure virale ont t mis en vidence : les virus allongs, structure hlicodale, soit nus ou envelopps et les virus quasi-sphriques, structure icosadrique. 2.1. Virus nus symtrie hlicodale Les virus allongs prsentent donc des particules de symtrie hlicodale. Lorsque la capside de ce type de virus nest pas enveloppe, on parle de virus nus . Il sagit alors essentiellement de virus de plantes et de quelques bactriophages. Ces virus peuvent encapsider un acide nuclique dont la taille nest pas limite a priori. Le virus dont la symtrie hlicodale est le mieux connu est le virus de la mosaque du tabac (VMT- TMV) (Figure I.3.8).
I.3.8. Micrographie lectronique du virus de la mosaque du tabac Au dessus : schma dune particule virale
Comment se forme la capside dun virus comme le VMTTMV? s Pour en savoir + [http://www.virologie-uclouvain.be] 2.2. Virus envelopps symtrie hlicodale Dautres virus qui prsentent une symtrie hlicodale forment des particules allonges mais flexueuses . Dans ce cas, les interactions protine-protine sont moins fortes que dans le cas des virus rigides. Le virus X ou Y de la pomme de terre (Potato virus X - PVX, Potato virus YPVY) sont des exemples de ce type de virus. Plusieurs virus prsentent une symtrie hlicodale tout en tant envelopps, dont tous les virus symtrie hlicodale animaux et humains. Les myxovirus (Orthomyxovirus et Paramyxovirus) et les Rhabdovirus sont les principaux virus qui prsentent cette forme structurale particulire. Lacide nuclique viral est entour dune capside pour former une nuclocapside flexueuse, enroule de manire
I.3.12. Micrographie lectronique de potyvirus. Notez la forme allonge et flexueuse des particules virales I. gnralits sur les virus 1. 3. Structure de la particule virale
13
plus ou moins rgulire dans le virion dont lenveloppe est constitue de protines glycosyles et de lipides. Le virus de la stomatite vsiculeuse (Vesicular stomatitis Indiana virus, VSIV), le virus de la rage (Rabies virus, RABV) ou encore le virus de la mosaque de la luzerne (Alfafa mosaic virus, VML-AMV) (Figure I.3.13) prsentent une structure en forme de balles de fusil (bullet shape) caractristique. Une protine majeure, la protine N, entoure lacide ribonuclique viral. Une protine de matrice permet le lien entre cette nuclocapside et lenveloppe englobant les spicules glycoprotiques.
I.3.13. Micrographie lectronique dune particule de rhabdovirus. Notez la forme en balle de fusil
Polymerase
ARN
I.3.14. Schma type dun rhabdovirus ( droite : coupe transversale) a. Glycoprotine b. Phosphoprotine c. Nucloprotine
Le virus de la grippe (Influenza virus) (Figure I.3.15) possde une architecture complexe, comportant jusqu huit nuclocapsides distinctes au sein dune enveloppe lipoprotique complexe, hrisse de spicules constitues de deux glycoprotines dorigine virale, lhmagglutinine et la neuraminidase, qui jouent un rle important comme dterminants antigniques (Figure I.3.16).
I.3.15. Micrographie lectronique de virus de la grippe 1. I. gnralits sur les virus 3. Structure de la particule virale
14
Schma de la particule virale
I.3.16. a. Schma dune nuclocapside du virus de la grippe b. Reprsentation simplifie de la neuraminidase c. Reprsentation simplifie de lhmagglutinine d. Reprsentation simplifie de la protine M2
3. Virus symtrie icosadrique

Larchitecture des petits virus de forme sphrique a longtemps intrigu les scientifiques, car elle pose une srie de questions intressantes : comment un virus dont le gnome est parfois limit quelques milliers de bases nuclotidiques est-il capable de produire une capside de nature complexe, compose de plusieurs centaines de protines ? Comment les sous-units protiques sont-elles capables dinteragir entre-elles ? Quelle est la taille de lacide nuclique qui peut tre encapsid dans ce type de structure ? Il est possible darranger des sous-units protiques symtriquement identiques pour crer une structure quasi-sphrique. En thorie, il est possible de construire ainsi un ttradre (quatre faces triangulaires), un cube (six faces carres), un octadre (huit faces triangulaires), un dodecadre (12 faces pentagonales) et un icosadre, une forme quasi-sphrique qui comporte 20 faces triangulaires (Figure I.3.17). Cette structure correspond aux donnes obtenues dbut des annes soixante pour une srie de petits virus dapparence sphrique. Il est plus conomique pour le virus dencapsider son gnome dans une capside forme de plusieurs sous-units identiques rptes, quen utilisant moins de sous-units diffrentes mais plus larges. Il est dailleurs improbable quun ttradre puisse contenir le gnome dun virus entier, et si mme un virus russissait un tel tour de force, il est probable que la capside ainsi cre ne remplirait pas son rle premier : protger le gnome viral ! Il est aussi important de souligner que la taille du gnome qui peut
z
2 5 2 5 3 y
I.3.17. Icosadre, forme gomtrique forme de 20 triangles quilatraux. Notez les axes de symtrie dordre 2, 3 et 5 I. gnralits sur les virus 1. 3. Structure de la particule virale
15
tre encapsid dans un virus de type icosadrique est limite par rapport aux virus capsides hlicodales, en principe de longueur illimite Licosadre est un polydre rgulier ayant trois axes de symtrie, 12 sommets, 20 faces qui sont des triangles quilatraux et 30 artes (Figure I.3.17). Pour un virus donn, le nombre de protines ncessaires lassemblage dune capside icosadrique est indiqu par le nombre de triangulation T il faut T X 60 protines pour construire la capside. Dans le cas des plus petits virus connus, comme le phage 174 (Microviridae), le nombre T est gal 1 (Figure I.3.18).
I.3.18. Reprsentation schmatique dun virus T=1
I.3.19. Structure 3D de la capside du Rhinovirus humain 14. Trois protines sont visibles en surface de la capside: VP1 en bleu, VP2 en rouge et VP3 en vert.
Le nombre de triangulation T et la thorie de quasi-quivalence s Pour en savoir + [http://www.virologie-uclouvain.be] Un examen attentif des micrographies lectroniques montre que le nombre et la quantit de structures apparentes en surface des virions souvent ne correspond pas un multiple de 60. On saperoit ainsi que les protines la surface de la capside ne sont pas ncessairement regroupes au niveau des triangles quilatraux qui forment le pseudo-icosadre, mais peuvent tre distribues dune manire diffrente. On nomme ces groupes de protines des capsomres.
Illustration fournie par Jean-Yves Sgro, daprs la structure dtermine par Arnold, E., Rossmann, M.G. (1988) Acta Crystallogr.,Sect.A 44: 270-282. Donnes de la banque PDB: 4RHV Voir aussi le site web sur la structure des virus: http://www.virology.wisc.edu/virusworld/ viruslist.php
16
4. Virus architecture complexe

Un certain nombre de virus laborent leur capside dune manire qui ne correspond pas aux standards hlicodaux ou icosadriques. Par exemple, les phages de la srie T montrent une structure de nature binaire, impliquant la fois des lments de nature hlicodale et icosadrique (Figure I.3.20).
Tte contenant l'ADN
Gaine hlicodale contractile Fibres
Plateau de base
I.3.20. Reprsentation du bactriophage T4
I. gnralits sur les virus 3. Structure de la particule virale
17

4. Taxonomie
Rsum
Quels critres utiliser pour distinguer les virus ? Essentiellement base sur le type de gnome viral, la stratgie rplicative ou la structure de la particule, la taxonomie des virus occupe une place particulire. Le concept despce virale, en labsence de reproduction sexue, est tout fait spcifique. Cette partie donne aussi accs aux ressources qui permettent de connatre le nom dun virus donn, comme la base de donnes de lInternational Committee for Taxonomy of Viruses (ICTV).
La systmatique est ltude des types et de la diversit des organismes et des relations qui existent entre ceux-ci. Cette discipline fondamentale brasse la fois la classification des organismes ou taxonomie, la nomenclature utilise pour leur dnomination et les analyses lies ltude de lvolution des organismes et leur phylognie. Il est toutefois communment admis que lorigine des virus est probablement multiple, et quen outre, les multiples recombinaisons et rassortiments entre gnomes viraux impliquent lexistence dorganismes chimriques et de gnomes polyphylthiques...
1. Pourquoi utiliser la taxonomie ?

Sur un plan scientifique, il est capital de bien sentendre sur la dnomination des virus. La classification des virus est nanmoins originale par rapport la nomenclature binomiale latine utilise habituellement pour les organismes vivants. Pratiquement, la ncessit de diviser le monde des virus en entits facilement identifiables et acceptes universellement est la justification pour le dveloppement dun systme de classification. Initi en 1966 lors dun congrs Moscou, un comit ainsi t mis en place au sein de la division virologie de lUnion Internationale des Socits de Microbiologie (ICTV, International Committee for Taxonomy of Viruses) dont la tche est de proposer un schma taxonomique pour tous les virus, aussi bien danimaux (vertbrs, invertbrs, protozoaires), plantes, algues, champignons, bactries
2. Quels critres utiliser pour distinguer les virus ?

Les premiers critres pour distinguer les virus ont dabord t des critres cliniques ou pathologiques (par exemple, virus de la mosaque du tabac dnomm en fonction de la maladie produite), ainsi que des lments de nature cologique ou lis au mode de transmission et au vecteur. Ces lments sont bien entendus toujours utiliss, mais ces regroupements fonctionnels que lon peut utiliser pour des raisons pratiques ne sont pas pris en compte dans la taxonomie proprement dite des virus (exemple : les hpatites, dues des virus fort diffrents les uns des autres). Avec lessor de la microscopie lectronique, la morphologie des particules virales sest ensuite implante comme le premier critre utilis. Bien que la plupart des virus aient pu tre observs en microscopie, dautres lments ont vite t pris en compte, comme la stabilit ( diffrents pH, dtergents, tempratures,) ou encore lantignicit.
I.4.1. Microscope lectronique 1. gnralits sur les virus 4.Taxonomie
18
> 4. Taxonomie
Mais aujourdhui, les critres essentiels utiliss en taxonomie sont : - Le type de gnome viral et son organisation - La stratgie de rplication virale (voir tableau ci-dessous) - La structure de la particule virale
ARN ARN ARN
ADN ARN
ADN
I.4.2. Exemples schmatiss de particules virales
La plus pratique des classifications est probablement celle base sur le type dacide nuclique (ADN ou ARN) et son mode dexpression.
3. La classification de Baltimore
Cette classification, utilise aujourdhui comme base par lICTV, a t propose initialement par David Baltimore, laurat du prix Nobel de mdecine en 1975. Tableau I.4.3 : Classification par type de gnome Virus ADN Groupe I - Virus ADN double brin Groupe II - Virus ADN simple brin Virus ARN Groupe III - Virus ARN double brin Groupe IV - virus ARN simple brin polarit positive (Virus (+)ssARN ou de type ARN messager) Groupe V - virus ARN simple brin polarit ngative Virus ADN ou ARN transcription inverse Groupe VI - rtrovirus ARN simple brin Groupe VII - rtrovirus ADN double brin
I.4.3. Prsente la classification propose par Baltimore
1. gnralits sur les virus 4.Taxonomie
19
> 4. Taxonomie
4. Le concept despce virale

Il existe bien sr des diffrences fondamentales entre les virus et dautres organismes, qui expliquent la spcificit de la nomenclature adopte pour ceux-ci, notamment le parasitisme et labsence de reproduction sexue. Le concept despce virale est donc particulier ! Lespce virale est ainsi considre comme une entit biologique qui forme une classe polythtique de virus, constitue par la descendance de ceux-ci et dlimite par loccupation dune niche cologique particulire. Cela signifie que lespce virale est dfinie sur base dun certain nombre de critres, parfois dordre diffrent. Tous les critres ne doivent toutefois pas ncessairement tre respects pour associer un virus donn lespce. Cela signifie aussi quune espce de virus peut tre dfinie sur base de critres dordre physique comme la nature dun ARN ou la prsence dune enveloppe lipidique, mais aussi dordre biologique et relationnel, comme le spectre dhte dun virus ou encore la ncessit dun insecte vecteur. Plusieurs critres ont ainsi t proposs pour dlimiter une espce virale : - La proximit des squences du gnome viral Exemple : voir Arbre phylogntique de la famille des Papillomaviridae (Fig. V.5.1)
Comparaisons de la protine de capside des Potyviridae (1220 squences)
Nombre
16000 14000 12000 10000 8000 6000 4000 2000 0 40 50 60 70 80 20 100 40 90 80 60 100 Entre espces au sein du mme genre Entre isolats de la mme espce Entre genres
% d'identit des acides amins
I.4.4. Rpartition graphique des isolats, espces et genres de la famille Potyviridae, en fonction du pourcentage didentit des squences nuclotidiques ou des squences en acides amins de la protine de capside I.4.5. Explication du schma 1.4.4. en vido
% d'identit des nuclotides
Les proprits physico-chimiques du virion Les proprits antigniques des protines virales Le spectre dhte naturel Le tropisme cellulaire et tissulaire La pathognicit et la cytopathologie Le mode de transmission
20
> 4. Taxonomie
5. Spcificit de la taxonomie virale

Il existe bien sr des diffrences fondamentales entre les virus et les organismes cellulaires, qui expliquent la spcificit de la nomenclature adopte pour ceux-ci. Les noms utiliss pour dterminer les ordres (suffixe virales, p.ex. Mononegavirales), les familles (viridae, Luteoviridae), les sous-familles (-virinae, Paramyxovirinae) et les genres (-virus, Retrovirus) sont prsents sous forme latine et en italique, comme pour dautres organismes. Par contre, pour les noms des espces virales, la nomenclature officielle est anglophone et comporte une dsignation du virus de type vernaculaire comme [maladie] suivi de [virus]. Le nom despce virale est crit avec une majuscule pour le premier terme et pour les noms propres compris dans la dnomination et est aussi crit en italique (Tobacco mosaic virus, East African cassava mosaic virus). Le huitime rapport de lICTV consacre ainsi lexistence de trois ordres, 73 familles, 9 sous-familles, 287 genres et plus de 5450 virus regroups dans 1950 espces. Sont inclus (par tradition) la description dautres agents comme des virus satellites, virodes et agents dencphalopathies spongiformes ou prions.
Des bases de donnes accessibles via le web

Les nouvelles technologies de linformation permettent aujourdhui de rendre accessible une grande quantit dinformation et dune manire trs rapide. L ICTV a ainsi developp une base de donnes qui intgre le nom et la description des virus connus, ainsi que des outils informatiques lis lidentification de ceux-ci. Dautre sites web prsentent un intrt pour la valeur de linformation quils comportent, comme par exemple les sites de banques de squences (International Nucleotide Sequence Database Collaboration qui regroupe notamment les sites de GenBank et EMBL), pour les virus de plantes, la base de donnes VIDE ou encore DPV.
Collections et conservation de virus

Il est impossible, comme pour les plantes, de conserver un exemplaire type de virus. Pourtant, chaque espce virale dispose dun type (appel type species), qui est en quelque sorte la rfrence choisie pour cette espce. Toutefois, sil est impossible de conserver un virus sous forme dherbier, plusieurs modes de conservation ont t dvelopps. Il existe ainsi plusieurs collections dont le but est de conserver et mettre disposition des souches de virus http://www.phage.ulaval.ca/ http://www.lgcpromochem-atcc.com/ http://www.dsmz.de/
21
Gnralits sur les virus

5. Cycle viral
Rsum
Linteraction spcifique entre une protine virale et un rcepteur cellulaire permet au virus de sattacher la cellule et dy introduire son gnome. Celui-ci joue deux rles essentiels dans la cellule infecte: dune part, il assure lexpression des protines virales; dautre part, il est rpliqu puis encapsid pour gnrer de nouveaux virions infectieux. Ces derniers sont librs par la cellule infecte et peuvent alors propager linfection. Etant donn que la rplication du gnome viral et lexpression des protines du virus dpendent en bonne partie de la machinerie cellulaire qui est compartimentalise, le cycle de rplication des virus dans une cellule varie fortement selon la nature du virus et de son gnome. Le cycle dinfection dune cellule par un virus peut tre dcompos en trois grandes tapes: 1. Lattachement, la pntration, et la dcapsidation qui conduisent linternalisation du gnome viral dans la cellule cible. 2. Lexpression des gnes et la rplication qui vont, respectivement, assurer la synthse des protines codes par le gnome viral et permettre la multiplication de ce gnome. 3. Lassemblage et la sortie qui vont mener la production et la libration de particules virales infectieuses, capables de propager linfection dautres cellules.
1. Attachement, pntration dcapsidation du virus
(entre)
et
Le cas particulier des virus de plantes est envisag au point 1.3. 1.1. Attachement Adsorption du virus la cellule cible [http://www.virologie-uclouvain.be]
s Pour en
savoir +
- Le premier stade de linfection est la rencontre du virus et de la cellule cible (adsorption). Lattachement du virus la cellule survient alors, suite la reconnaissance dun rcepteur qui est spcifique pour le virus et correspond classiquement une protine de surface de la cellule cible. Lexpression de ce rcepteur est souvent limite certains types de cellules ou de tissus. Le rcepteur est donc gnralement un dterminant crucial du tropisme dun virus. - Ct virus, la reconnaissance du rcepteur cellulaire sexerce par un composant externe du virion. Dans le cas des virus envelopps, ce sont des glycoprotines de lenveloppe virale qui assurent la reconnaissance dun rcepteur sur la cellule infecter. Dans le cas des virus nus, cette interaction se fait par les protines de la capside. Rcepteur viral et interaction virus-rcepteur
- Le rcepteur utilis par les virus pour se fixer sur la cellule hte est une molcule de surface de cette cellule. Celle-ci peut-tre une protine membranaire (le plus souvent), un sucre (souvent attach luimme une protine), des protoglycanes, un glycosaminoglycane comme lhrapan sulfate...
I. gnralits sur les virus 5. Cycle viral
22
> 5. Cycle viral
- Ce rcepteur nest pas exprim par la cellule dans le but de favoriser linfection par les virus. Il joue gnralement un rle physiologique important pour la cellule en question: interaction avec les cellules voisines, capture et transport de composs extracellulaires.... Par exemple, le virus du sida utilise comme rcepteur la molcule CD4, exprime par certains lymphocytes T et par les macrophages. Cette molcule est essentielle au fonctionnement des lymphocytes T CD4+, en leur permettant dinteragir avec les molcules du complexe majeur dhistocompatibilit de classe II exprimes par les cellules prsentatrices de lantigne. - Linteraction entre le virus et le rcepteur est spcifique. Chaque espce de virus a volu pour reconnatre un rcepteur donn. Il existe nanmoins quelques cas de virus despces diffrentes qui utilisent un rcepteur commun. - Co-rcepteur: Parfois, linfection dune cellule fait intervenir la reconnaissance de plus dune molcule cellulaire. On parle alors de rcepteur et de co-rcepteur.
Interaction virion - rcepteur

Linteraction entre le virion et le rcepteur est une interaction physique qui met en jeu des liaisons de mme type que les liaisons qui se font classiquement entre molcules biologiques: formation de ponts hydrognes, liaisons lectrostatiques (complmentarit de charges), interaction de domaines hydrophobes... La complmentarit des domaines qui interagissent est trs prcise et laffinit du virion pour le rcepteur peut donc tre importante.
I.5.1. Illustration de linteraction virus (gauche) - rcepteur (droite) montrant la complmentarit de structure et les interactions entre une protine de surface du virus et le rcepteur cellulaire
Capside : coffret rigide ou structure dynamique ? s Pour en savoir + [http://www.virologie-uclouvain.be]
23
> 5. Cycle viral
1.2. Pntration (entre) et dcapsidation Les tapes de pntration et de dcapsidation aboutissent la libration du gnome viral dans la cellule cible. Au cours de la pntration du gnome viral dans la cellule, celui-ci est partiellement ou totalement dbarrass des protines qui le protgeaient dans le virion: ce processus de dshabillage est appel dcapsidation. Le gnome qui aboutit dans le cytoplasme de la cellule peut tre libre (en gnral, cas des virus ARN+ ou des virus ADN), ou rester associ des nucloprotines sous forme de nuclocapside (cas des virus ARN- ou, transitoirement, des rtrovirus). Lentre et la dcapsidation sont des phnomnes dynamiques, donc difficiles tudier et relativement mal connus. Selon la nature du virus, ces tapes varient sensiblement.
Nuclocapsides
Nucloprotines
Capside interne
Polymrase
Polymrase
Autres (nuclo)protines
Gnome
Nuclocapside "souple" d'un virus ARN-. Le gnome est recouvert de "nucloprotines".
Nuclocapside d'un rtrovirus. Le gnome, associ quelques protines est contenu dans une capside "semi-rigide".
I.5.2. Schmas de nuclocapsides La nuclocapside est le complexe form entre le gnome viral et les protines qui le recouvrent.
1.2.1. Virus nus Les virus nus (non-envelopps) injectent leur gnome dans le cytoplasme de la cellule. Cette tape peut se faire au niveau de la membrane plasmique, suite linteraction de la capside avec le rcepteur. Elle peut aussi soprer aprs endocytose. Le gnome est alors inject travers la paroi de lendosome. On pense que, dans certains cas, la capside et lendosome subissent des altrations qui les rendent permables au passage du gnome viral. 1.2.2. Virus envelopps Les virus envelopps ont en commun le fait que lentre de leur gnome dans le cytoplasme de la cellule hte fait intervenir une tape de fusion de deux membranes: lenveloppe virale et une membrane de la cellule hte. Cette fusion est assure par certaines glycoprotines de lenveloppe du virus. - Pour certains de ces virus, la liaison au rcepteur qui est exprim en surface de la cellule permet directement la fusion de lenveloppe virale et de la membrane plasmique cellulaire. - Pour les autres virus envelopps, linteraction avec le rcepteur en surface de la cellule induit lendocytose du complexe virus-rcepteur. La fusion survient alors entre lenveloppe virale et la membrane de lendosome.
24
Virus nu : entre I. Gnralits sur les virus
> 5. Cycle viral
M. plasmique
Cytoplasme
Interaction capside / rcepteur

1
Altration de la capside et injection du gnome
M. plasmique
Cytoplasme
Altration de la capside et injection du gnome
Endocytose
2 et 3
Permabilisation endosome et capside

I.5.3. Modalits dentre des virus nus (non-envelopps). Les protines de la capside virale interagissent avec le rcepteur de la cellule cible. Pour certains virus (1), cela dclenche un phnomne daltration de la capside qui injecte le gnome travers la membrane plasmique. Pour dautres (2 et 3), laltration se produit aprs endocytose du complexe virus-rcepteur. Laltration de la capside conduit soit linjection du gnome du virus travers la membrane de lendosome (2), soit une permabilisation de la capside virale et de lendosome (3) (les Rhinovirus semblent utiliser ces 2 dernires stratgies).
Entre : Virus envelopps

M. plasmique Glycoprotines Matrice Enveloppe
Fusion m. plasmique (HIV, paramyxo)
Nuclocapside
Rcepteur Nuclocapside
1 2
Endocytose
Fusion pH-dpendante
I.5.4. Modalits dentre des virus envelopps. Lentre des virus envelopps fait intervenir une tape de fusion entre lenveloppe du virus et une membrane cellulaire. Chez les premiers (1), comme le virus du sida ou les paramyxovirus, ltape de fusion survient directement au niveau de la membrane plasmique de la cellule. Les autres virus (2) utilisent la voie de lendocytose, via les vsicules clathrine (coated pits), type de vsicules dendocytose, ou via la voie des cavosomes. En gnral, la baisse de pH des endosomes engendre une modification de la conformation de la glycoprotine virale qui dclenche alors la fusion de la membrane du virus (enveloppe) et de celle de la vsicule dendocytose. Suite la fusion des membranes, la nuclocapside se retrouve libre dans le cytoplasme de la cellule. I. gnralits sur les virus 5. Cycle viral
25
> 5. Cycle viral
Fusion de membranes
Gnome Enveloppe virale
Glycoprotine
Rcepteur
Membrane de la cellule (plasmique ou endosome)

I.5.5. Etapes de la fusion de lenveloppe virale et dune membrane cellulaire. 1. Interaction entre la glycoprotine denveloppe et le rcepteur / co-rcepteur. 2. Modification de conformation de la glycoprotine qui rapproche les 2 membranes (enveloppe virale et membrane cellulaire). 3. Rarrangement des phospholipides membranaires. 4. Passage du gnome dans le cytoplasme de la cellule.
Proprits des virus qui fusionnent avec la membrane plasmique s Pour en savoir + [http://www.virologie-uclouvain.be] Que ce soit dans le cas des virus nus ou dans le cas des virus envelopps, il faut souvent deux signaux distincts et lintervention de plusieurs protines virales et cellulaires pour assurer lentre et la dcapsidation du gnome. Le premier signal est linteraction du virus avec le rcepteur. Le deuxime signal peut tre la baisse de pH, la temprature, ou encore linteraction avec un co-rcepteur secondaire ncessaire pour lentre dun virus. Certains virus se fixent squentiellement, dabord sur un rcepteur puis sur un corcepteur.
26
> 5. Cycle viral
Entre du virus coxsackie dans les cellules pithliales Entre du virus coxsackie dans les cellules pithliales
Daf
2 Abl Fyn 6
3 5 Car Car Jonction serre 7 Car
I.5.6. Schma de lentre du virus coxsackie dans les cellules pithliales 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. Attachement du virus au rcepteur DAF. Activation des kinases Abl et Fyn. La kinase Abl induit la migration du complexe virus-rcepteur. Migration du complexe virus-rcepteur vers la face latrale de la cellule. Interaction du virus avec le rcepteur CAR. La kinase Fyn induit lendocytose du complexe. Endocytose et dcapsidation du virus.
Proprits du virion et tropisme du virus [http://www.virologie-uclouvain.be]
s Pour en
savoir +
1.3. Cas particulier des virus de plantes - Les plantes se distinguent de la plupart des autres organismes par lpaisse paroi de leurs cellules, constitue entre autres de cellulose. Il ny a pas de phnomne dendocytose et les processus de fusion de membranes ne sont pas de mise. Il en rsulte que lentre des virus de plantes se produit le plus souvent par effraction: soit par lintermdiaire dinsectes, de nmatodes ou de protozoaires parasitant les plantes, soit par inoculation mcanique. Certains virus de plantes sont transmis efficacement par la voie vgtative (boutures, tubercules, ) ou via le pollen et la semence. - Par ailleurs, le mode de propagation des virus de plantes au sein de lorganisme varie galement de manire importante par rapport celui des virus animaux ou des bactrioI. gnralits sur les virus 5. Cycle viral
27
> 5. Cycle viral
phages. Les cellules vgtales sont connectes entre elles par les plasmodesmes, pores dont le diamtre (proche de 20 nm) est modulable. Le virus peut donc se propager dune cellule une autre sans passer par un stade de virion extracellulaire. Il court-circuite ainsi les tapes de libration et puis dentre. Pour transmettre leur gnome ou leur nuclocapside dune cellule une autre, les virus des plantes expriment en gnral une ou plusieurs protines de mouvement qui modulent notamment le fonctionnement des plasmodesmes. Par ailleurs, ils peuvent mettre en oeuvre des mcanismes complexes qui favorisent leur transmission de plante plante par leur vecteur.
2. Expression des gnes viraux et rplication

- Au sein de la cellule, le gnome viral joue deux rles distincts. Dune part, il est utilis pour assurer lexpression des protines virales, ncessaires la rplication du virus et ensuite la formation de nouvelles particules virales. Dautre part, il est multipli (rplication) avant dtre encapsid pour former de nouvelles particules virales. - La nature du gnome viral dtermine en bonne partie la stratgie qui sera suivie par chaque virus pour exploiter au mieux la machinerie cellulaire, en vue dassurer lexpression des gnes viraux et la rplication du gnome. Il faut noter que la cellule est un espace compartiment dans lequel diffrentes tapes de la rplication, de lexpression des gnes ou de ladressage des protines peuvent survenir dans des compartiments distincts.
Rplication (ADN pol)
ADN Transcription (ARN pol-II) ARN pr-m Maturation

Exon Intron AAAAA - Coiffe et polyA - Epissage
NOYAU
ARNm
AAAAA
Localisation nuclaire (NLS)
ARNm
CYTOPLASME
AAAAA
Traduction (Ribosomes)
Protine
Mitochondries, lysosomes, ...
Adressage
Membrane plasmique via ER et Golgi
I.5.7. Compartimentalisation de la cellule eucaryote Dans une cellule eucaryote, les tapes de rplication, de transcription et de maturation des ARNs messagers (ARNm) se droulent dans le noyau. La traduction des ARNm en protines se droule dans le cytoplasme. Les protines produites sont ensuite adresses vers le compartiment o elles doivent exercer leur action : noyau, cytoplasme, rticulum endoplasmique, lysosomes, mitochondries, membrane... I. gnralits sur les virus 5. Cycle viral
28
> 5. Cycle viral
2.1 Les virus ADN Les virus ADN double brin (Groupe I selon Baltimore) utilisent gnralement la machinerie cellulaire, tant pour leur rplication que pour la transcription de leurs gnes en ARNm et ensuite pour la maturation de ces ARNm. Leur cycle est donc nuclaire.
Malgr leur cycle nuclaire (et donc malgr la prsence des enzymes cellulaires requises pour la rplication et la transcription), les virus herps codent pour leur propre ADN-polymrase, ce qui leur assure une certaine indpendance vis--vis du cycle cellulaire pour leur rplication. Les virus de la famille des Poxviridae comme le virus de la vaccine constituent une exception notoire. Ils ont un cycle de rplication cytoplasmique. Ces virus codent donc pour toutes les enzymes responsables de la rplication de lADN viral et pour les enzymes ncessaires la production des ARNm.
Il existe, pour les virus ADN, une rgulation dans le temps de lexpression des gnes. On distingue, selon les cas, les ARNm immdiats, prcoces et tardifs. - Certains virus, comme les parvovirus, ont un gnome monocatnaire (ADN simple brin) (Groupe II selon Baltimore). Ces virus utilisent nanmoins les ADN polymrases cellulaires pour leur rplication (qui passe transitoirement par une forme double brin), et lARN-polymrase II cellulaire pour la transcription du gnome en ARNm. - La dpendance de la rplication virale aux enzymes cellulaires ncessite que les cellules soient elles-mmes en phase de rplication. Virus ADN Par exemple, les parvovirus infectent prfrentiellement, voire exclusivement, les cellules en mitose.
ADN-ss
Rplication ADN pol
ADN-ds ARN pr-messager
Rplication ADN pol
Transcription ARN pol II
NOYAU
Maturation (coiffe, polyA, pissage) Spliceosome...
ARN messager
Exportation du noyau Exportines, complexe du pore nuclaire
CYTOPLASME
ARN messager
Traduction Ribosomes, tRNA, ...
Protines
Modifications (phosphoryl., glycosyl., ...) Adressage (Squence signal, NLS, ...)
Protines de structure, enzymes...

I.5.8. Rplication des virus ADN. Le gnome des virus ADN ( lexception de celui des Poxvirus) est rpliqu dans le noyau. Il est gnralement rpliqu et transcrit par les polymrases cellulaires (en bleu sur le schma). Le gnome des virus ADN simple brin (ADN-ss) est converti en ADN double brin (ADN-ds) par la polymrase cellulaire. La maturation des ARNm et leur traduction sont assures par la machinerie cellulaire. I. gnralits sur les virus 5. Cycle viral
29
> 5. Cycle viral
Virus oncolytiques s Pour en savoir + [http://www.virologie-uclouvain.be]
2.2. Les virus ARN Polarit des virus ARN : ARN+, ARN- et ARN ambisens savoir + [http://www.virologie-uclouvain.be]
s Pour en
Les virus ARN ont un cycle de rplication cytoplasmique. Aucune enzyme nuclaire de la cellule ne peut leur tre utile pour la rplication ou la transcription tant donn qu ce jour, aucune ARN-polymrase ARN-dpendante capable de retranscrire de longs segments dARN na t dcele dans les cellules de mammifres. Les virus ARN codent donc leur propre polymrase. La polymrase virale est gnralement une enzyme multifonctionnelle qui assure les fonctions de rplication du gnome, de transcription en ARNm et parfois daddition de coiffe et de queue de poly A sur les ARNs messagers. En se rpliquant dans le cytoplasme des cellules, ils peuvent exploiter la prsence des ribosomes cellulaires pour assurer la traduction de leurs ARNm. - Certains virus ARN, dont le virus de la grippe (orthomyxovirus) ou le virus de Borna (famille des Bornaviridae, apparent aux Rhabdoviridae), font exception cette rgle en se rpliquant dans le noyau de la cellule. Ces virus exploitent la machinerie dpissage de la cellule (nuclaire) pour augmenter leur capacit codante, grce lpissage diffrentiel. Lexception des virodes et du virus de lhpatite delta s Pour en savoir + [http://www.virologie-uclouvain.be] 2.2.1. Les virus ARN positif (ARN+) (groupe IV selon Baltimore) On appelle ARN de polarit positive ou ARN+ les ARNs qui ont la mme polarit que lARN messager codant pour les protines. La plupart des virus ARN+ (si pas tous) ont un gnome qui possde les signaux requis pour tre traduit directement par les ribosomes de la cellule hte. Chez certains virus, comme les picornavirus ou les flavivirus, la totalit des protines virales peuvent tre synthtises partir de lARN gnomique. Chez ces virus, un seul cadre de lecture ouvert (ORF pour open reading frame) assure la synthse dune polyprotine qui est clive par un processus autocatalytique (protases virales contenues dans la polyprotine) pour fournir lensemble des protines virales. Chez dautres virus comme les togavirus ou les coronavirus, seule une partie des protines peut tre produite en utilisant le gnome comme ARNm. Parmi ces protines, on trouve la polymrase virale. Cette polymrase assurera la synthse dun brin complmentaire au gnome (antignome) puis la synthse dARNm gnomiques ou sub-gnomiques, ces derniers permettant la traduction des autres protines virales (souvent les protines structurales).
Activits des ARN-polymrases ARN-dpendantes

- Ces polymrases synthtisent des molcules dARN qui sont complmentaires dune matrice dARN. Elles peuvent synthtiser des brins dARN+ ou dARN- qui correspondent des gnomes ou des antignomes, en recopiant lintgralit de la matrice. Le signal dinitiation reconnu est alors un promoteur situ lextrmit de la molcule matrice. - Ces polymrases peuvent galement reconnatre des promoteurs et signaux de fin de transcription internes la molcule matrice, notamment pour synthtiser des ARNm sub-gnomiques. Certaines de ces enzymes sont capables de former une coiffe lextrmit 5 et une queue de polyA lextrmit 3 des molcules dARNm transcrites.
30

Virus ARN+
(sans ARNm sub-gnomique)
> 5. Cycle viral
ADN-ds
NOYAU
Rplication ADN pol
ARN pr-messager
ARN messager
Exportation du noyau Exportines, complexe du pore nuclaire Rplication = Transcription ARN pol virale
anti-gnomique
ARN-
ARN+ = ARNm
CYTOPLASME
Protines
I.5.9. Rplication des virus ARN+ (sans ARNm sub-gnomique) Le gnome de certains virus ARN+ code pour une polyprotine unique qui subit un clivage par une ou plusieurs protase(s) virale(s) pour donner lensemble des protines ncessaires au cycle viral. Dans ce cas, toutes les protines du virus sont donc traduites partir de lARN gnomique. La rplication du gnome est assure par une polymrase virale qui recopie lARN gnomique (+) en ARN anti-gnomique (-) et ensuite recopie cet ARN anti-gnomique en ARN gnomique. Le cycle de rplication des virus ARN+ est cytoplasmique. La rplication et la transcription sont dues une polymrase virale. La traduction est assure par la machinerie cellulaire.
(avec ARNm sub-gnomique)
ADN-ds
NOYAU
Rplication ADN pol
ARN pr-messager
ARN messager
Exportation du noyau Exportines, complexe du pore nuclaire Rplication = Transcription ARN pol virale
anti-gnomique
ARN-
ARN+ = ARNm
Transcription ARNm ARN pol virale sub-gnomiques
CYTOPLASME
Protines

I.5.10. Rplication des virus ARN+ (avec ARNm sub-gnomique) Chez certains virus ARN+, la traduction du gnome fournit une partie des protines virales. Les ARNm codant pour les autres protines sont transcrits par la polymrase virale partir de lARN anti-gnomique. Ces ARNm ne correspondent qu une portion du gnome et sont donc appels ARNm sub-gnomiques. Le cycle de rplication des virus ARN+ est cytoplasmique. La rplication et la transcription sont dues une polymrase virale. La traduction est assure par la machinerie cellulaire. I. gnralits sur les virus 5. Cycle viral
31
> 5. Cycle viral
Du fait que le gnome des virus ARN+ est gnralement reconnu comme ARNm par la machinerie cellulaire, il est ais dobtenir des clones infectieux de ces virus s Pour en savoir + [http://www.virologie-uclouvain.be] 2.2.2. Les virus ARN ngatif (ARN-) (Groupe V selon Baltimore) - Les virus ARN ngatif ARN- (rhabdovirus, paramyxovirus, orthomyxovirus) ont un gnome dont la polarit est complmentaire celle des ARNs messagers. Les gnomes de ces virus ne peuvent donc en aucun cas tre utiliss directement par les ribosomes cellulaires pour assurer la traduction. - Comme dans le cas des virus ARN+, la polymrase utilise par ces virus est code par le gnome viral. Il sagit dune ARN-polymrase ARN-dpendante qui assure les fonctions de transcription et de rplication du gnome. - Pour la transcription, la polymrase code par le virus forme, partir du gnome ARN-, des ARNm sub-gnomiques correspondant chaque gne. Ces ARNm sont alors pris en charge par les ribosomes cellulaires pour tre traduits. Pour la rplication, la mme polymrase synthtise un antignome (copie complmentaire de la totalit du gnome) qui sert ensuite de matrice pour la production de nouveaux gnomes ARN-.
Virus ARNADN-ds
NOYAU
Rplication ADN pol
ARN pr-messager
ARN messager
Exportation du noyau Exportines, complexe du pore nuclaire
anti-gnomique
ARN+
Rplication ARN pol virale
ARN-
Transcription ARN pol virale
sub-gnomiques Traduction Ribosomes, tRNA, ...
ARNm
CYTOPLASME
Protines
I.5.11. Rplication des virus ARNLe gnome des virus ARN- est transcrit en ARNm sub-gnomiques par lARN-polymrase virale. Cette mme ARN-polymrase assure aussi la rplication du gnome viral (ARN- > ARN+ > ARN-). La traduction des ARNm est assure par les ribosomes cellulaires
32
> 5. Cycle viral
Il existe des virus appels virus ARN ambisens (cas de certains arbovirus comme les bunyavirus, tospovirus ou les arenavirus) parce que lon ne peut attribuer leur gnome aucune polarit. En effet, leur gnome est apparent celui de certains virus ARN-. Cependant, si la majorit des ARNs messagers sont bien complmentaires au gnome, certaines protines sont produites par des ARNm qui ont la mme polarit que le gnome. On ne peut donc pas dfinir stricto sensu un brin + et un brin-, do leur appellation de virus ARN ambisens.
2.2.3. Les virus ARN double brin (ARNds) (Groupe III selon Baltimore) Certains virus comme les rovirus, les rotavirus, et les birnavirus ont un gnome segment constitu dARN bicatnaire. Le brin dARN- sert de matrice pour la production des diffrents ARNs messagers. Comme pour les autres virus ARN, une polymrase code par le virus est responsable de la transcription et de la rplication du gnome.
On note quune tape de transcription est ncessaire pour produire les ARNm viraux partir du gnome ARN-. LARN-polymrase virale ne peut donc tre produite par les cellules infectes sans transcription pralable du gnome en ARNm (par lARN-polymrase virale). Les virus ARN- sont donc obligs de transporter quelques copies de la polymrase virale dans leur virion pour pouvoir initier leur cycle de rplication dans la cellule hte.
2.3. Les virus utilisant une transcriptase inverse Les rtrovirus (virus HIV, HTLV...), les hpadnavirus (virus de lhpatite B) et les caulimovirus (virus de la mosaque du chou-fleur) ont la particularit de coder pour une transcriptase inverse (reverse transcriptase/RT) qui, au cours de leur cycle de rplication, convertit un ARN+ viral en ADN double brin (rtrotranscription). Dans le cas des rtrovirus, cest la molcule dARN qui est encapside pour former le virion et la rtrotranscription seffectue au moment o la nuclocapside virale pntre dans le cytoplasme de la cellule infecte (groupe VI selon Baltimore). Dans les deux autres cas (hepadnavirus et caulimovirus), la rtrotranscription seffectue au moment ou le virus quitte le cytoplasme de la cellule infecte. Cest donc un gnome ADN qui est encapsid pour former les virions (groupe VII selon Baltimore).
33

Rtrovirus
> 5. Cycle viral
ADN-ds
NOYAU
Rplication ADN pol
ARN pr-messager
ARN messager
Rtro-transcription Transcriptase inverse Exportation du noyau Exportines, complexe du pore nuclaire
= ARNm
ARN+
ARNm
pisss Traduction Ribosomes, tRNA, ...
CYTOPLASME
Protines

I.5.12. Rplication des rtrovirus Le gnome des rtrovirus est un ARNm transcrit initialement par lARN-polymrase II cellulaire. La transcriptase inverse recopie cet ARN en ADN double-brin qui migre dans le noyau et est intgr dans le gnome de la cellule. LARNm viral transcrit par lARN-polymrase II cellulaire peut soit subir un pissage soit rester non-piss, et est export vers le cytoplasme o il est traduit par les ribosomes cellulaires
3. Assemblage et sortie
Aprs la rplication du gnome viral et la synthse des protines structurales, les virions sont assembls et librs par la cellule hte, de manire pouvoir se propager dautres cellules ou dautres organismes.
3.1. Virus non-envelopps Il semble que lassemblage des virus non-envelopps rsulte dun processus trs efficace dauto-assemblage associant le gnome viral et les protines de capside. Les virus matures saccumulent dans le noyau ou le cytoplasme de la cellule infecte puis sont librs par lyse cellulaire. Cette lyse survient suite la dsorganisation structurale et mtabolique de la cellule infecte cause par la production massive des lments viraux au dtriment des protines cellulaires. Il nexiste, lheure actuelle, aucune dmonstration claire de libration des virus nus en absence de lyse cellulaire. Cependant, ce type dvnement est parfois suspect.
I.5.13. Sortie des virus nus : assemblage des virions, lyse de la cellule et dispersion des virions
34
> 5. Cycle viral
I.5.14. Schma rcapitulatif de la rplication des virus 1. Virus ADN 2. Virus ARN+ 3. Virus ARN + (avec ARNm s-g) 4. Virus ARN5. Retrovirus Pour voir le schma anim et une comparaison de la rplication des virus: [http://www.virologie-uclouvain.be]
Auto-assemblage des capsides et formation de VLPs s Pour en savoir + [http://www.virologie-uclouvain.be]
3.2. Virus envelopps Les virus envelopps sont librs des cellules infectes par bourgeonnement. Les glycoprotines codes par ces virus sont insres dans la membrane plasmique cellulaire. Les nuclocapsides assembles dans le noyau ou le cytoplasme vont aller interagir avec les rgions de membrane hrisses de glycoprotines. Cette interaction se fait le plus souvent par lentremise dune protine de matrice, localise la surface interne de la membrane plasmique. Le bourgeonnement sinitie alors et aboutit la libration de nuclocapsides entoures dune enveloppe correspondant la membrane plasmique de la cellule productrice, dans laquelle sont insres les glycoprotines virales. A linverse de la libration par lyse cellulaire, la production de virus envelopps par bourgeonnement ne saccompagne pas forcment de la mort de la cellule productrice
1. Synthse et ancrage membranaire des glycoprotines M. plasmique
Transfert des protines vers la membrane
r.e. --> Golgi (synthse et glycosylation) Glycoprotines
2. Assemblage et migration des nuclocapsides et des protines de matrice Protines de matrice Autres nucloprotines
(Polymrase)
Nuclocapside
3. Bourgeonnement de la m. plasmique cellulaire
Enveloppe virale M. plasmique
35
4. Dtachement du virion
(Polymrase)
> 5. Cycle viral
Nuclocapside
3. Bourgeonnement de la m. plasmique cellulaire
Enveloppe virale M. plasmique
4. Dtachement du virion
I.5.15. Sortie des virus envelopps
Bourgeonnement s Pour en savoir + [http://www.virologie-uclouvain.be]
3.3. Virus de plantes Les virus de plantes constituent nouveau une exception. Pour assurer leur sortie de la cellule vgtale, entoure dune paroi, ils sont dpendants de leur vecteur ou dune intrusion mcanique (machines agricoles...). Particules virales et particules infectieuses
Les virions produits par les cellules infectes ne sont pas tous fonctionnels. En effet, suite aux erreurs de la polymrase, il est possible que le gnome encapsid dans le virion ne soit pas fonctionnel. Il est possible aussi que la capside nait pas t forme correctement ou que toute autre altration accidentelle rende le virus non infectieux. On distingue ainsi les termes de particule virale qui correspond un virion complet mais pas forcment fonctionnel) et de particule infectieusequi correspond un virion effectivement capable dinfecter une autre cellule. Le rapport particule infectieuse/particule virale est parfois trs faible (souvent 1/100 voire 1/1000).
36

6. Variation gntique
Rsum
> 6. Variation gntique
Lorsque nous considrons une population de virus, nous avons gnralement faire un groupe de virus avec une certaine htrognit. Il sagit en effet de milliards dindividus qui peuvent avoir volu de faon diffrente. Tous ne seront pas identiques du point de vue gntique, mme lintrieur dun mme hte. Les mcanismes principaux qui entranent des modifications gntiques chez les virus sont la mutation, la recombinaison et une variante de celle-ci, le rassortiment. Par ailleurs, au cours de leur volution, des virus peuvent perdre certains lments gntiques (dltion) ou au contraire en acqurir, par exemple partir dune cellule (insertion). Des phnomnes dinversion et de rptition de certains fragments gnomiques participent galement lvolution des virus.
1. Mutations
Dans toute chane dacides nucliques, des erreurs peuvent survenir lors de la transcription, entranant un changement de linformation gntique (mutation). Ce phnomne ne survient donc que chez des virus en rplication. De faon gnrale, la survenue de ces mutations est plus frquente chez les virus ARN. Les polymrases auxquelles ils font appel (polymrases ARN dpendantes) nont en effet pas de mcanismes correcteurs (activit exonuclase 3-5) la diffrence des polymrases ADN-dpendantes qui doivent assurer la prennit du code gntique. Si une mutation est neutre ou mme favorable, elle peut persister. Lorsquun nuclotide est substitu par un autre, on parle dune mutation ponctuelle. Celle-ci peut tre silencieuse lorsquelle nentrane pas de modifications au niveau de la chane dacides amins et naffecte pas une squence ou une structure des acides nucliques importante la rplication. Lorsquune mutation dune rgion codante se traduit par un changement dacide amin, celui-ci peut tre dltre, confrer un avantage au virus ou encore ne pas avoir dincidence. Si la mutation favorise le virus parce quil est mieux adapt aux circonstances extrieures, le mutant va progressivement prendre le dessus sur le virus dorigine. Les facteurs externes qui entranent une slection peuvent tre le systme immunitaire, le changement de milieu quengendre un nouvel hte ou des mdicaments antiviraux. Lorsqu lintrieur dun mme hte se dveloppe une population varie de diffrents virus mutants, on parle de quasi-espce. Pour distinguer les diffrents mutants, on peut avoir recours au clonage, qui permet de les individualiser. Si on fait un squenage nuclotidique global, on obtiendra une squence consensus, qui est constitue dun mlange des diffrentes squences dominantes dans la population virale. Le phnomne de quasi-espce permet au virus de sadapter rapidement des circonstances changeantes. Cest ainsi que dans linfection par le virus du SIDA (HIV/VIH) ou le virus de lhpatite C, le virus parviendra chapper continuellement au systme immunitaire et tablir une infection chronique. Lexistence de quasi-espce dans le cas du VIH entrane une grande plasticit du virus, qui chappe rapidement au traitement lorsque celui-ci prsente des dfaillances. Au niveau de la population mondiale, on voit que ces volutions progressives entranent des ensembles de virus quon peut diffrencier du point de vue gntique sous forme de diffrents gnotypes, ventuellement regroups en gnogroupes.
I. gnralits sur les virus 6. Variation gntique
37
Un phnomne particulier est celui observ avec le virus de la grippe chez lhomme (influenza). Sous la pression immunitaire de la population humaine mondiale, le virus volue en accumulant progressivement des mutations, ce qui entrane un glissement antignique ou drift . Cela lui permettra de retrouver priodiquement une population humaine non immunise contre le virus mutant prsent. Cest la raison pour laquelle les vaccins contre le virus de la grippe doivent tre adapts chaque anne. 1.1. Mutation de substitution La mutation de substitution est le remplacement dun nuclotide par un autre. Ces mutations peuvent tre 1) des transitions, o une purine remplace une purine (A ou G) ou une pyrimidine une pyrimidine (C ou T/U), ou 2) des transversions o lchange se passe entre purine et pyrimidine. Ces dernires surviennent moins souvent. 1.2. Acide amin Lorsquune mutation se produit dans une partie codante du gnome, il ny a pas toujours un changement correspondant dacide amin. Le code gntique donne des combinaisons de trois nuclotides (= codon) codant pour un acide amin (voir tableau). Comme il y a 4 nuclotides diffrents, cela offre 64 combinaisons possibles, mais il ny a que 20 acides amins naturels. Pour le mme acide amin il y a donc diffrents codons possibles (jusqu 6). Lors dun changement du troisime nuclotide dans un triplet, il y a peu de chances de changement dacide amin, alors que les changements du premier ou deuxime nuclotide entranent presque toujours une modification. 1.3. Squenage viral dun mlange Lorsque nous avons faire une quasi-espce, nous sommes en prsence dun nuage de mutants, c..d. compos de virus aux codes gntiques diffrents. Un squenage (la dfinition de la squence des nuclotides) global nous donnera une ide fausse des mutants prsents ou ne nous permettra pas de conclure. Soit les diffrents variants sont prsents en quantit trop faible (moins de 20%) et nous ne les dtecterons pas, soit il y aura confusion sur les codons. Supposons quun squenage global nous indique quil y a un mlange, par exemple: T, T ou G, T ou G. Les codons possibles sont TTT (codant pour la phnylalanine), TGG (tryptophane), TTG (leucine), TGT (cystine), sans que nous puissions savoir ce qui est rellement prsent. Pour dfinir clairement la population on analysera sparment les diffrents mutants en les clonant (en introduisant les gnes viraux dans des bactries, par lintermdiaire de phages ou de plasmides, on parvient sparer les gnomes en sparant les bactries qui les contiennent).
I.6.1. Code gntique
38
2. Recombinaison et rassortiment
Des virus semblables peuvent changer des rgions gntiques homologues (et parfois non homologues) lors de linfection dune mme cellule. La polymrase passera dun brin lautre au cours de la rplication. Cela peut tre favoris, par exemple par la prsence simultane de deux exemplaires du gnome comme on lobserve dans le VIH (virus diplode). Ce phnomne permet au virus de se modifier rapidement. Le VIH a au cours de son volution donn lieu de nombreux sous-types. Dans les populations humaines o il y a une forte transmission de ce virus, les infections mixtes avec plusieurs sous-types ne sont pas rares et des formes recombinantes avec des caractristiques de deux virus parents ont merg. Une forme particulire est le rassortiment, qui peut survenir lorsque le gnome du virus est segment, comme cela est le cas dans le virus de la grippe, influenza. Le virus influenza A est lorigine un virus doiseaux aquatiques et dans ces espces de nombreux types diffrents de ce virus sont prsents. Dans de rares cas, des infections mixtes peuvent survenir en impliquant par exemple un virus doiseau et un virus humain. Lorsque cela survient, les segments des virus, qui sont au nombre de huit, peuvent se mlanger et donner lieu de nombreux variants. Les virus issus de ces infections mixtes prsentent des combinaisons varies de segments provenant des deux virus dorigine (voir figure) (thoriquement 28 = 256 possibilits de combinaisons). Il est possible quun de ces nouveaux virus soit particulirement adapt lhte humain et donne lieu ce quon appelle une pandmie grippale, c..d. une expansion rapide du virus dans la population humaine non immune ce nouveau virus. Des rassortiments avec des consquences moins importantes existent galement : rcemment on a dcrit un virus influenza A H1N2 (hmagglutinine 1, neuraminidase 2) qui est un virus rassorti partir des deux types circulant dinfluenza A, H1N1 et H3N2.
Virus A Virus B
Cellule
Virus A/B
I.6.2. Rassortiment gntique des virus
39

7. Quiz et tests
Plusieurs possibilits soffrent vous :
- Tableau dvaluation des connaissances - Questions fermes et questions ouvertes rponse brve et unique - Jeux - Questions ouvertes
s Pour accder aux quiz et tests : [http://www.virologie-uclouvain.be]
8. Bibliographie
Rfrences gnrales
David M. Knipe, Peter M. Howley, Wolters Kluwer, Fields Virology, Fifth edition (2 volumes), - Lippincott Williams & Wilkins, 2007. Nigel J. Dimmock, Abdrew J. Easton, Keith N. Leppard, Introduction to Modern Virology, Sixth Edition, Blackwell Publishing, 2007. Huraux J.-M., Nicolas J.-C., Agut H., Peigue-Lafeuille H. (ed) 2003, Trait de Virologie Mdicale, Estem De Boeck Diffusion, Paris, France. (UCL-bibliothque de Mdecine).
Rfrences Historique
Fenner F, Henderson DA, Arita I, Jeek Z, Ladnyi ID. Smallpox and its eradication, World Health Organization, Geneva, 1988, pp 1460. (rfrence UCL : 10066479, localisation : bibliothque de mdecine) Pasteur L, Chamberland C, Roux E. (1884). Physiologie exprimentale : nouvelle communication sur la rage. C. R. Acad. Sci.98 : 457-63. Rous P. (1911). A sarcoma of the fowl transmissible by an agent separable from tumor cells. J Exp Med, 13: 397-9. Watson JD. The double helix. A personal account of the discovery of the structure of DNA, New American Library, New-York, 1968 (rfrence UCL: 500087107, localisation: bibliothque des sciences exactes)
I. gnralits sur les virus 7. Quiz et tests 8. Bibliographie
40
> 7. Quiz et tests
> 8. Bibliographie
Saiki RK, Scharf S, Faloona F, Mullis KB, Horn GT, Erlich HA, Arnheim N. (1985). Enzymatic amplification of beta-globin genomic sequences and restriction site analysis for diagnosis of sickle cell anemia. Science, 230 :1350-4. (bibliothques UCL: bibliothque de mdecine et bibliothque des sciences exactes et bibliothque de Hemptinne) Temin HM, Mitzutani S. (1970). RNA-dependant DNA polymerase in virions of Rous sarcoma virus. Nature, 226 : 1211-1213.(bibliothques UCL : bibliothque de mdecine et bibliothque des sciences exactes) Baltimore D. (1970). RNA-dependent DNA polymerase in virions of RNA tumour viruses. Nature, 226 :1209-11. (bibliothques UCL : bibliothque de mdecine et bibliothque des sciences exactes)
Rfrences Taxonomie
Fauquet C.M., Mayo, M.A., Maniloff, J., Desselberger, U., Ball, L.A. 2005. Virus taxonomy. 8th Report of the International committee on Taxonomy of viruses, Elsevier Academic Press, Oxford, UK, 1259 pp. Bchen-Osmond C. (2003). The Universal Virus Database ICTVdB. Computing in Science and Engineering 5 (3), 16-25. Site ICTV : http://www.iums.org/comcofs/comcofs-virology.html, http://www.mcb.uct.ac.za/ictv/ICTV.html, http://www.danforthcenter.org/iltab/ictvnet/asp/_MainPage.asp Site ICTV-DB : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ICTVdb/
Rfrences Cycle viral

Principles of Molecular Virology. Third Edition, Alan J. Cann, Academic Press
I. gnralits sur les virus 7. Quiz et tests 8. Bibliographie
41

Chap 1

Încărcat de

Informații document

Titlu original

Drepturi de autor

Formate disponibile

Partajați acest document

Partajați sau inserați document

Opțiuni de partajare

Vi se pare util acest document?

Este necorespunzător acest conținut?

Drepturi de autor:

Formate disponibile

Chap 1

Încărcat de

Drepturi de autor:

Formate disponibile

Initiation la virologie Chapitre I : Gnralits sur les virus

Table des matires

A la fin de ce module Gnralits sur les virus , vous serez capable de

I. Gnralits sur les virus

1. Les virus avant la virologie

2. Edward Jenner et la vaccination

I. gnralits sur les virus 1. Historique

I. Gnralits sur les virus

3. Dcouverte des virus

1884 C. Chamberland : mise au point du filtre bactrien avec bougie porcelaine

I. gnralits sur les virus 1. Historique

I. Gnralits sur les virus

4. Dveloppements en virologie et par la virologie

I. gnralits sur les virus 1. Historique

I. Gnralits sur les virus

[ infos complmentaires sur le site des prix Nobel : http://nobelprize.org/ ]

I. gnralits sur les virus 1. Historique

I. Gnralits sur les virus

I. gnralits sur les virus 1. Historique

I. Gnralits sur les virus

1. Les virus sont trs petits

2. Les virus se rpliquent

3. Chaque particule virale ne contient quun seul type dacide nuclique

I. gnralits sur les virus 2. Caractres gnraux des virus

I. Gnralits sur les virus

> 2. Caractres gnraux des virus

I.2.3. Quelques illustrations schmatiques de virus

Concentration virale (PFU X 108)

14 3 10 2 6 1 2 0 0 10 20 Temps (min) 30 Virus cellulaire Virions librs

5. Les virus sont strictement dpendants du mtabolisme dune cellule

I. Gnralits sur les virus

> 2. Caractres gnraux des virus

6. Les virus sont spcifiques de cellules et dorganismes

M. plasmique Glycoprotines (Antircepteurs) Enveloppe Matrice

I. gnralits sur les virus 2. Caractres gnraux des virus

Gnralits sur les virus

1. I. gnralits sur les virus 3. Structure de la particule virale

I. Gnralits sur les virus

> 3. Structure de la particule virale

I.3.2. Exemple dextrmit en pseudoARNt comportant un pseudo-noeud

I. Gnralits sur les virus

> 3. Structure de la particule virale

I.3.4. Micrographie lectronique de rtrovirus. A droite : reprsentation schmatique

I.3.5. Micrographie lectronique dherpsvirus

I. Gnralits sur les virus

> 3. Structure de la particule virale

Dtail membrane + glycoprotine

NB : la cellule devrait tre proportionnellement plus grande

I. Gnralits sur les virus

> 3. Structure de la particule virale

2. Virus symtrie hlicodale

I. Gnralits sur les virus

> 3. Structure de la particule virale

I. Gnralits sur les virus

> 3. Structure de la particule virale

Schma de la particule virale

3. Virus symtrie icosadrique

I. Gnralits sur les virus

> 3. Structure de la particule virale

I.3.18. Reprsentation schmatique dun virus T=1

1. I. gnralits sur les virus 3. Structure de la particule virale

I. Gnralits sur les virus

> 3. Structure de la particule virale