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Biologa 2 Bachillerato
TEMA 6: ENZIMAS
Los enzimas son protenas que catalizan reacciones qumicas en los seres vivos. Los enzimas son catalizadores, es decir, sustancias que, sin consumirse en una reaccin, aumentan notablemente su velocidad. No hacen factibles las reacciones imposibles, sino que solamente aceleran las que espontneamente podran producirse. Ello hace posible que en condiciones fisiolgicas tengan lugar reacciones que sin catalizador requeriran condiciones extremas de presin, temperatura o pH. Aspectos generales sobre los enzimas
Los enzimas, a diferencia de los catalizadores inorgnicos catalizan reacciones especficas. Sin embargo hay distintos grados de especificidad. El enzima sacarasa es muy especfico: rompe el enlace -glucosdico de la sacarosa o de compuestos muy similares. As, para el enzima sacarasa, la sacarosa es su sustrato natural, mientras que la maltosa y la isomaltosa son sustratos anlogos. El enzima acta con mxima eficacia sobre el sustrato natural y con menor eficacia sobre los sustratos anlogos. Entre los enzimas poco especficos estn las proteasas digestivas como la quimotripsina, que rompe los enlaces amida de protenas y pptidos de muy diverso tipo.
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Las propiedades de los enzimas derivan del hecho de ser protenas y de actuar como catalizadores. Como protenas, poseen una conformacin natural ms estable que las dems conformaciones posibles. As, cambios en la conformacin suelen ir asociados en cambios en la actividad cataltica. Las propiedades ms representativas son: - La especificidad, bien de sustrato o de grupo. - La desnaturalizacin, caracterstica de todas las protenas. - La reversibilidad, las enzimas actan en las dos direcciones, aunque una de ellas puede ser menos efectiva , al poder ser el producto sustrato de otra reaccin o ser parte de una ruta metablica. La eficacia, los enzimas no se consumen en las reacciones, por lo que pequeas cantidades de enzimas pueden catalizar grandes cantidades de sustrato.
NOMBRES PARTICULARES
Antiguamente, los enzimas reciban nombres particulares, asignados por su descubridor. Al ir aumentando el nmero de enzimas conocidos, se hizo necesaria una nomenclatura sistemtica que informara sobre la accin especfica de cada enzima y los sustratos sobre los que actuaba. NOMBRE SISTEMTICO El nombre sistemtico de un enzima consta actualmente de 3 partes: el sustrato preferente el tipo de reaccin realizado terminacin "asa" Un ejemplo sera la glucosa fosfato isomerasa que cataliza la isomerizacin de la glucosa-6-fosfato en fructosa-6fosfato. Muchos enzimas catalizan reacciones reversibles. No hay una manera nica para fijar cual de los dos sentidos se utiliza para nombrar al enzima. As, la glucosa fosfato isomerasa tambin podra llamarse fructosa fosfato isomerasa. Cuando la accin tpica del enzima es la hidrlisis del sustrato, el segundo componente del nombre se omite y por
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ejemplo, la lactosa hidrolasa se llama simplemente lactasa. Adems de los nombre sistemticos, an persisten otros consagrados por el uso. As, la glucosa:ATP fosforiltransferasa se llama habitualmente glucoquinasa.
Clase 1: OXIDORREDUCTASAS
Catalizan reacciones de oxidorreduccin, es decir, transferencia de hidrgeno (H) o electrones (e-) de un sustrato a otro, segn la reaccin general: AH2 + B Ared + Box A + BH2 Aox + Bred
Clase 2: TRANSFERASAS
Catalizan la transferencia de un grupo qumico (distinto del hidrgeno) de un sustrato a otro, segn la reaccin: A-B + C A + C-B
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glucosa + ATP
ADP + glucosa-6-fosfato
Clase 3: HIDROLASAS
Catalizan las reacciones de hidrlisis: A-B + H2O Un ejemplo es la lactasa, que cataliza la reaccin: lactosa + agua glucosa + galactosa AH + B-OH
Clase 4: LIASAS
Catalizan reacciones de ruptura o soldadura de sustratos: A-B A+B
Un ejemplo es la acetacetato descarboxilasa, que cataliza la reaccin: cido acetactico CO2 + acetona
Clase 5: ISOMERASAS
Catalizan la interconversin de ismeros: A B
Son ejemplos la fosfotriosa isomerasa y la fosfoglucosa isomerasa, que catalizan las reacciones representadas en la tabla inferior: isomerasa fosfoglucosa isomerasa
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gliceraldehdo-3-fosfato
dihidroxiacetona-fosfato
Clase 6: LIGASAS
Catalizan la unin de dos sustratos con hidrlisis simultnea de un nucletido trifosfato (ATP, GTP, etc.): A + B + XTP Un ejemplo es la piruvato carboxilasa, que cataliza la reaccin: piruvato + CO2 + ATP oxaloacetato + ADP + Pi A-B + XDP + Pi
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La accin de los catalizadores consiste, precisamente, en disminuir la Ea (Figura superior derecha). Los enzimas son catalizadores especialmente eficaces, ya que disminuyen la Ea an ms que los catalizadores inorgnicos. Por ejemplo, la descomposicin del agua oxigenada (H2O2) para dar H2O y O2 puede ocurrir sin catalizador, con un catalizador inorgnico (platino), o con un enzima especfico (catalasa). Las respectivas Ea para cada proceso son 18, 12 y 6 Kcal/mol. As, se puede calcular que el platino acelera la reaccin 20.000 veces, mientras que la catalasa la acelera 370.000 veces. Para que una reaccin qumica tenga lugar, las molculas de los reactantes deben chocar con una energa y una orientacin adecuadas. La actuacin del enzima (1) permite que los reactantes (sustratos) se unan a su centro activo con una orientacin ptima para que la reaccin se produzca y (2) modifica las propiedades qumicas del sustrato unido a su centro activo, debilitando los enlaces existentes y facilitando la formacin de otros nuevos (Figuras inferiores):
Hay dos modelos sobre la forma en que el sustrato se une al centro activo del enzima:
MODELO LLAVE-CERRADURA
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El modelo llave-cerradura supone que la estructura del sustrato y la del centro activo son complementarias, de la misma forma que una llave encaja en una cerradura. Este modelo es vlido en muchos casos, pero no es siempre correcto.
cambios en el pH cambios en la temperatura presencia de cofactores las concentraciones del sustrato y de los productos finales presencia de inhibidores modulacin alostrica
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tiol -SH; imidazol, etc.) en las cadenas laterales de sus aminocidos. Segn el pH del medio, estos grupos pueden tener carga elctrica positiva, negativa o neutra. Como la conformacin de las protenas depende, en parte, de sus cargas elctricas, habr un pH en el cual la conformacin ser la ms adecuada para la actividad cataltica. Este es el llamado pH ptimo. La mayora de los enzimas son muy sensibles a los cambios de pH. Desviaciones de pocas dcimas por encima o por debajo del pH ptimo pueden afectar drsticamente su actividad. As, la pepsina gstrica tiene un pH ptimo de 2, la ureasa lo tiene a pH 7 y la arginasa lo tiene a pH 10 (Figura de la izquierda). Como ligeros cambios del pH pueden provocar la desnaturalizacin de la protena, los seres vivos han desarrollado sistemas ms o menos complejos para mantener estable el pH intracelular: Los amortiguadores fisiolgicos.
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La velocidad de una reaccin enzimtica depende de la concentracin de sustrato. La Figura de la derecha muestra la velocidad de una reaccin enzimtica a 6 concentraciones distintas de sustrato. Adems, la presencia de los productos finales puede hacer que la reaccin sea ms lenta, o incluso invertir su sentido (Figura inferior).
Ciertas sustancias tienden a estabilizar la forma R. Son los llamados moduladores positivos. El propio sustrato es a 9
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menudo un modulador positivo. Las molculas que favorecen la forma R pero que actan sobre una regin del enzima distinta del centro activo son los activadores alostricos (Figura inferior izquierda). Activador alostrico: favorece la unin del sustrato Inhibidor alostrico: impide la unin del sustrato
Las sustancias que favorecen la forma T y disminuyen la actividad enzimtica son los moduladores negativos. Si estos moduladores actan en lugares distintos del centro activo del enzima se llaman inhibidores alostricos (Figura superior derecha) .
CINTICA ENZIMTICA
Los principios generales de las reacciones qumicas se aplican tambin a las reacciones enzimticas. Por este motivo, antes de empezar con la cintica qumica, se van a repasar algunos conceptos bsicos de cintica qumica. A continuacin, se describirn los siguientes conceptos:
CINTICA ENZIMTICA
La cintica enzimtica estudia la velocidad de las reacciones catalizadas por enzimas. Estos estudios proporcionan informacin directa acerca del mecanismo de la reaccin cataltica y de la especifidad del enzima. La velocidad de una reaccin catalizada por un enzima puede medirse con relativa facilidad, ya que en muchos casos no es necesario purificar o aislar el enzima . La medida se realiza siempre en las condiciones ptimas
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de pH, temperatura, presencia de cofactores, etc, y se utilizan concentraciones saturantes de sustrato. En estas condiciones, la velocidad de reaccin observada es la velocidad mxima (V max). La velocidad puede determinarse bien midiendo la aparicin de los productos o la desaparicin de los reactivos. Al seguir la velocidad de aparicin de producto (o de desaparicin del sustrato) en funcin del tiempo se obtiene la llamada curva de avance de la reaccin, o simplemente, la cintica de la reaccin. A medida que la reaccin transcurre, la velocidad de acumulacin del producto va disminuyendo porque se va consumiendo el sustrato de la reaccin (Figura de la izquiersa). Para evitar esta complicacin se procede a medir la velocidad inicial de la reaccin (v0). La velocidad inicial de la reaccin es igual a la pendiente de la curva de avance a tiempo cero (Figura de la izquiersa). De esta forma, la medida de v0 se realiza antes de que se consuma el 10% del total del sustrato, de forma que pueda considerarse la [S] como esencialmente constante a lo largo del experimento. Adems, en estas condiciones no es necesario considerar la reaccin inversa, ya que la cantidad de producto formada es tan pequea que la reaccin inversa apenas ocurre. De esta forma se simplifican enormemente las ecuaciones de velocidad. Para estudiar la cintica enzimtica se mide el efecto de la concentracin inicial de sustrato sobre la velocidad inicial de la reaccin, manteniendo la cantidad de enzima constante. Si representamos v0 frente a [S]0 obtenemos una grfica como la de la Figura de la derecha. Cuando [S]0 es pequea, la velocidad inicial es directamente proporcional a la concentracin de sustrato, y por tanto, la reaccin es de primer orden. A altas [S]0, el enzima se encuentra saturada por el sustrato, y la velocidad ya no depende de [S]0. En este punto, la reaccin es de orden cero y la velocidad es mxima (Vmax).
En este esquema, k1, k2 y k3 son las constantes cinticas individuales de cada proceso y tambin reciben el nombre
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de constantes microscpicas de velocidad. Segn esto, podemos afirmar que: v1 = k1 [E] [S] v2 = k2 [ES] v3 = k3 [ES] Se puede distinguir entre enzima libre (E) y enzima unido al sustrato (ES), de forma que la concentracin total de enzima, [ET], (que es constante a lo largo de la reaccin) es:
[ET] = [E] + [ES] Como [E] = [ET] - [ES], resulta que: v1= k1[S] [ET] - k1 [S] [ES] Este modelo cintico adopta la hiptesis del estado estacionario, segn la cual la concentracin del complejo enzima-sustrato es pequea y constante a lo largo de la reaccin (Figura de la izquierda). Por tanto, la velocidad de formacin del complejo enzima-sustrato (v1) es igual a la de su disociacin (v2+ v3): v1 = v2 + v3 Adems, como [ES] es constante, la velocidad de formacin de los productos es constante: v = v3 = k3 [ES] = constante. Como v1=v2+v3, podemos decir que: k1[S] [ET] - k1 [S] [ES] = k2 [ES] + k3 [ES]
Despejando [ES], queda que: , siendo , en donde la expresin (k2+k3)/k1 se ha sustituido por KM, o constante de Michaelis-Menten. Este enlace nos aporta una explicacin sobre las razones que hacen de la KM un parmetro cintico importante. Por lo tanto, en el estado estacionario, la velocidad de formacin del producto es: v = v3 = k3 [ES] =
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Para cualquier reaccin enzimtica, [ET], k3 y KM son constantes. Vamos a considerar dos casos extremos:
A concentraciones de sustrato pequeas ([S] << KM) v = (k3 [ET]/KM) [S]. Como los trminos entre parntesis son constantes, pueden englobarse en una nueva constante, kobs, de forma que la expresin queda reducida a: v = kobs [S], con lo cual la reaccin es un proceso cintico de primer orden. A concentraciones de sustrato elevadas ([S] >> KM), v = k3 [ET]. La velocidad de reaccin es independiente de la concentracin del sustrato, y por tanto, la reaccin es un proceso cintico de orden cero. Adems, tanto k3 como [ET] son constantes, y nos permite definir un nuevo parmetro, la velocidad mxima de la reaccin (Vmax): Vmax = k3 [ET], que es la velocidad que se alcanzara cuando todo el enzima disponible se encuantra unido al sustrato.
Si introducimos el parmetro Vmax en la ecuacin general de la velocidad, (la frmula recuadrada anteriormente), obtenemos la expresin ms conocida de la ecuacin de Michaelis-Menten:
Hay enzimas que no obedecen la ecuacin de Michaelis-Menten. Se dice que su cintica no es Michaeliana. Esto ocurre con los enzimas alostricos, cuya grfica v frente a [S] no es una hiprbola, sino una sigmoide (Figura de la izquierda). En la cintica sigmoidea, pequeas variaciones en la [S] en una zona crtica (cercana a la K M) se traduce en grandes variaciones en la velocidad de reaccin. La explicacin se encuentra recogida en el apartado de moduladores alostricos de la cintica enzimtica.
La representacin grfica de la ecuacin de Michaelis-Menten (v frente a [S]) es una hiprbola (Figura de la izquierda). La V max corresponde al valor mximo al que tiende la curva experimental, y la KM corresponde a la concentracin de sustrato a la cual la velocidad de la reaccin es la mitad de la Vmax.
Para determinar grficamente los valores de K M y Vmax es ms sencillo utilizar la representacin doble recproca (1/v frente a 1/[S]), ya que es una lnea recta. Esta representacin doble
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recproca recibe el nombre de representacin de Lineweaver-Burk (Figura de la derecha). Es una recta en la cual: La pendiente es KM/Vmax La abscisa en el origen (1/v0 = 0) es -1/KM La ordenada en el origen (1/[S]0 = 0) es 1/Vmax De esta forma, a partir de los datos experimentales se puede calcular grficamente, los valores de K M y Vmax de un enzima para diversos sustratos.
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