Institut Pasteur de Tunis

Rapport 2012

Sommaire Edito du Directeur Gnral ......................................................................................................................... 2 LInstitut Pasteur de Tunis .......................................................................................................................... 3 Gouvernance et comits ............................................................................................................................ 4 Liste des laboratoires et services .............................................................................................................. 10 Les chiffres de linstitut Pasteur de Tunis en 2012 ..................................................................................... 12 quipes de recherche.............................................................................................................................. 18 Services dinvestigation clinique et de sant publique................................................................................ 69 Production de vaccins et srums thrapeutiques .................................................................................... 102 Soutien technique.................................................................................................................................. 113 Soutien logistique .................................................................................................................................. 123 Annexes ................................................................................................................................................ 135

Edito du Directeur Gnral

Malgr

certaines difficults lies la situation gnrale du pays, durant lanne 2012, lInstitut Pasteur de Tunis a continu travailler et effectuer ses diffrentes missions avec une augmentation gnrale des indicateurs de performances. Dans le domaine des activits danalyses biomdicales et de sant publique , une augmentation significative des analyses et services a t constate qui a engendr une croissance exceptionnelle du chiffre daffaire de 52%. Il en est de mme pour les recettes de la vente des vaccins et srums qui ont enregistr une forte augmentation de 53%. Lanne 2012 a t celle du dmarrage de notre nouveau contrat programme de recherche -formation avec la labellisation des neufs laboratoires de recherche de lInstitut et une multiplication par 2,3 du financement global des laboratoires de recherche par le Ministre de lEnseignement Suprieur et de la Recherche Scientifique. Cette anne a t aussi marque par la mise en place dun programme de financement interne de projets de recherches. Ce programme appel Projets Collaboratifs Internes (PCI) vise crer des coutumes prennes de collaboration transversale entre les diffrentes quipes de linstitut et prparer les jeunes chercheurs sinvestir dans une dynamique de recherche internationale , de rdaction et de management de projets. En 2012, nous avons financ 7 projets PCI ; chaque projet, dune dure de deux ans, est dot dun budget de 40.000 DT, implique au moins deux quipes de lInstitut et est pilot par un chercheur de moins de 40 ans. Ce qui porte le nombre total de projets en cours 53 avec 18 bailleurs de fonds dont le Rseau International des Instituts Pasteur (RIIP), les Instituts de Sant Amricains (NIH) et la Commission Europenne. La production scientifique renoue avec la croissance (+15% par rapport 2011) avec un total de 8 publications nationales et 99 internationales dont 7 chapitres douvrages. Lanne 2012 a galement vu la cration dun comit formation et stages coordonn par le Dr Ali Bouattour. Plusieurs actions ont dj t engages, notamment la cration dun cycle de confrence, le jeudi matin. Notre Institut accueille 219 tudiants dont 145 en thse de doctorat, pour la plupart, en sciences biologique et 52 tudiants en mastre. 143 tudiants ont obtenu leur diplme durant lanne 2012. En termes de manifestations scientifiques, aprs une baisse en 2011, on constate une augmentation significative en 2012 avec une cinquantaine dvnements dont 35 sur le campus de lInstitut, la majorit (plus de 70%) ayant une dimension internationale. Parmi les vnements marquants de lanne, nous pouvons citer : - Cours international en gnomique et biologie molculaire appliques la dtection et la caractrisation de pathognes (en collaboration avec la JICA et lATCT ) - Deuxime congrs et cinquime Ecole Africaine des dficits immunitaires primitif. - Cours international en protomique et conception de mdicament (projet europen Leishdrug). - Cours international en diversit gnomique et sant des populations (projet europen Genomedika) - Sminaire Prvention et prise en charge des addictions (en collaboration avec le Ministre de la Sant et le groupe Pompidou-Conseil de lEurope) - Sminaire sur lHistoire orale des Instituts Pasteur du Maghreb (en collaboration avec lIRMC), avec la prsence danciens pasteuriens du Maghreb

Pr Hechmi Louzir Directeur Gnral de lInstitut Pasteur de Tunis

LInstitut Pasteur de Tunis

Bientt 120 ans au service de la Sant Publique

Statuts, missions, historique LInstitut Pasteur de Tunis est un Etablissement Public de Sant et de recherche scientifique plac sous la tutelle du Ministre de la Sant. Son rle est deffectuer toutes les enqutes, missions, analyses ou recherches scientifiques intressant la sant publique humaine et animale. Il prpare les produits biologiques (vaccins, srums) dont la production est ncessaire au pays. LIPT participe lenseignement suprieur en Tunisie par son affiliation avec lUniversit Tunis El Manar et collabore avec plusieurs institutions scientifiques trangres. LInstitut Pasteur de Tunis est galement membre du Rseau International des Instituts Pasteur, compos de 32 instituts dans le monde. Cr en 1893, lIPT est dirig de 1903 1936 par Charles Nicolle, prix Nobel de mdecine en 1928. De 1963 1988, le Pr Amor Chadli devient le premier directeur tunisien de lIPT, aprs lindpendance, et fonde la premire Facult de Mdecine de Tunisie. En 1995, lInstitut devient Etablissement Public de Sant ce qui lui permet de dvelopper de nombreux partenariats locaux et internationaux et de renforcer son activit de Recherche. Diagnostic et Sant Publique La mission du dpartement de sant publique de lIPT tourne autour de deux activits principales. La premire comporte la vaccination (plus dune quinzaine vaccins), le conseil aux voyageurs ainsi que le traitement antirabique. La seconde activit est destine aux prlvements et aux examens biologiques courants et spcialiss. Ces analyses sont ralises dans les 18 laboratoires de diagnostic et de sant publique de lIPT. La plupart de ces laboratoires participent des programmes de sant publique nationaux et internationaux (enqutes pidmiologiques, suivi des programmes de vaccination et certains sont laboratoires de rfrences nationaux ou rgionaux OMS. Recherche et Formation Depuis 2012, lactivit de recherche de lIPT sest rforme. Elle se droule prsent dans 9 laboratoires. Ces quipes de recherche sont multidisciplinaires (biologistes, hospitalo-universitaires, mdecins de la Sant Publique, vtrinaires) et runissent plus dune centaine de cadres scientifiques et 175 tudiants. Nos domaines de recherche : - pidmiologie des maladies infectieuses - Immunologie des maladies infectieuses de lhomme et de lanimal - Etude des maladies causes par un dficit gntique et/ou immunitaire - Biochimie/immunologie des venins et toxines - Dveloppement biotechnologique Production LInstitut Pasteur de Tunis produit des vaccins et srums thrapeutiques pour les besoins du pays. Ses locaux de 700 m sont conformes aux normes internationales de bonnes pratiques de fabrication. Cest la seule unit de ce type lchelle nationale. Actuellement, lInstitut Pasteur de Tunis produit du vaccin BCG intradermique, du vaccin BCG frais pour immunothrapie du cancer de la vessie, et des srums thrapeutiques (anti-viprin, anti-scorpionique et anti-rabique).

Gouvernance et comits
Le conseil dadministration .................................................................................................................. 5 Le conseil scientifique ......................................................................................................................... 6 Le comit dthique ............................................................................................................................. 7 Le comit de sant et scurit au travail ............................................................................................. 8 Comit Formation et stages ................................................................................................................ 9

Le conseil dadministration
Ses missions Selon larticle 3 du dcret n 95-186 du 23 janvier 1995, fixant l'organisation administrative et financire ainsi que les modalits de fonctionnement de l'Institut Pasteur de Tunis. Le conseil d'administration est investi des pouvoirs les plus tendus pour agir au nom de l'institut conformment la lgislation et la rglementation en vigueur. Il a notamment pour attribution : - La cration, suppression et transformation des services mdicaux et pharmaceutiques, des laboratoires de recherche, d'analyse, de production et de contrle et des units d'enseignement. - L'organisation des diffrents services administratifs et techniques de l'institut et l'tablissement de son rglement intrieur. - L'approbation des contrats-programmes et le suivi de leur excution, conformment la lgislation en vigueur. - La prise des dcisions relatives aux emprunts, conformment la lgislation en vigueur. - L'approbation, dans le cadre de la rglementation en vigueur, de la passation des marchs par le directeur gnral. Composition du conseil dadministration Prnom, Nom Mohamed Hdi Oueslati Mahrez Ghediri Saloua Boutej Mohamed Njib El Azhari Rachid Gherir Ramla Helal El Cherif Moncef El Mejri Henda Triki Samir Boubaker Ahlem Amouri Emna Siala Boutheina Mardassi Ali Mhenni Fethi Diouani Nacer El Ouni Taoufik Jendoubi Affiliation, Reprsentations Prsident du conseil dadministration/Ministre de la Sant Ministre des finances Ministre de lindustrie Ministre du dveloppement rgional Ministre de lenseignement et de la recherche scientifique Contrleur dEtat Ministre de lagriculture des ressources hydrauliques et de la pche Chef de service Chef de service Chef de service Reprsentant des mdecins Reprsentant des scientifiques Reprsentant des pharmaciens Reprsentant des mdecins vtrinaires Reprsentant des ingnieurs Reprsentant du corps paramdical

Le conseil scientifique
Ses missions Selon larticle 10 du dcret n95-186 du 23 janvier 1995, fixant l'organisation administrative et financire ainsi que les modalits de fonctionnement de l'institut Pasteur de Tunis. Il est institu un conseil scientifique de l'institut Pasteur de Tunis qui a pour mission de : - donner son avis sur toutes les questions relatives la politique scientifique de l'tablissement, l'organisation, la programmation et le suivi de la recherche, la production, l'enseignement et l'encadrement des rsidents, des stagiaires et des tudiants. - donner son avis sur les crations, suppressions et regroupements des laboratoires et sur les propositions de candidature pour les bourses d'tude et de stages caractre scientifique dans les limites des crdits allous. - donner son avis sur les propositions de conventions et de coopration scientifique avec les tablissements et rseaux scientifiques nationaux, maghrbins, trangers ou internationaux. - rpondre toute demande d'avis scientifique formule par le ministre de la sant publique ou le conseil d'administration Composition du conseil scientifique largi* Prnom, Nom Abdelatif Bouadabous Abdeljelil Ghram Abderrazak Maaroufi Afif Ben Salah Ada Bouratbine Bob Hohman Dhafer Laouini Habib Kharmachi Hechmi Louzir Nabil Ben Salah Nicole Guiso Mehdi Chenik Pascale Cossart Abdelhak Ben Younes Samir Boubaker Taoufik Mabrouk Affiliation Ministre de lenseignement et de la recherche scientifique Institut Pasteur de Tunis Institut Pasteur de Tunis Institut Pasteur de Tunis Institut Pasteur de Tunis National Institutes of Health Institut Pasteur de Tunis Institut Pasteur de Tunis Institut Pasteur de Tunis Ministre de la Sant Publique Institut Pasteur Paris Institut Pasteur de Tunis Institut Pasteur Paris Ministre de lagriculture des ressources hydrauliques et de la pche Institut Pasteur de Tunis Glaxo Smith Kline

*Selon larticle 12 du dcret n 95-186 du 23 janvier 1995, le conseil scientifique tient une runion largie l'occasion de la session annuelle d'valuation des activits scientifiques de l'tablissement. A cet effet, le conseil comprendra, outre ses membres prvus l'article 11 du prsent dcret, huit autres membres choisis hors de la communaut scientifique de l'institut, reconnus pour leur comptence dans l'un des domaines de la recherche scientifique et biologique.

Le comit dthique
Objectifs et missions L'Institut Pasteur de Tunis a, depuis 1992, son propre Comit dthique. Ce comit est inscrit au sein du Bureau pour la Protection des recherches sur lHomme (OHRP) aux Etats-Unis (numro d'enregistrement IRB00005445, FWA00010074) et s'est engag, selon cette inscription, suivre la dclaration d'Helsinki pour la recherche mdicale institutionnelle impliquant des sujets humains, y compris la recherche sur du matriel humain et des donnes identifiables. Le processus suivi par le comit dthique est dexaminer aprs demande dautorisation de tous les candidats, leurs protocoles, objectifs et mthodologies. Le comit dthique doit identifier les risques (physiques, psychologiques, sociales et conomiques) associs la recherche, dterminer que ces risques seront minimiss dans la mesure du possible, identifier les bnfices quapporterait cette rech erche, dterminer que les risques sont raisonnables par rapport aux effets bnfiques sur les sujets ainsi que l'importance du gain en connaissance et dassurer que les sujets potentiels seront informs de manire prcise et juste des risques ou inconforts et les bnfices escompts de cette recherche. Le comit dthique s'assure que les informations (formulaires de consentement clair) seront prsentes aux sujets dans une langue qu'ils puissent comprendre. Les explications et les formulaires doivent tre traduits dans la langue maternelle des sujets (en arabe). Une copie en franais ou en anglais, selon l'organisme de financement, devrait galement tre donne au comit. En fonction de tous ces paramtres, le comit dthique donnera sa dcision : app robation, sous rserve d'approbation (en demandant au demandeur de rviser son protocole la suite des recommandations du comit) ou refus. Composition du comit Le comit est compos de 5 membres : Pr Samir Boubaker, Prsident du comit dthique, Chef du laboratoire danatomo-pathologie et Professeur la Facult de Mdecine de Tunis Dr Abdeljelil Ghram, vtrinaire, PhD, chef du laboratoire de microbiologie vtrinaire Dr Mohamed El Ayeb, biologiste, chef du laboratoire des Venins et Toxines Pr Mohamed Kouni Chahed, pidmiologiste, Facult de mdecine de Tunis Dr Mouna Hayett, sociologue, enseignante lInstitut Suprieur des Sciences Humaines de Tunis

Le comit de sant et scurit au travail

Conformment la note de service du 30 mars 2012, il est constitu un comit de sant et scurit au travail (CSST) lInstitut Pasteur de Tunis. Missions du CSST - Elaborer les projets de rglements et de prescriptions relatifs la Sant et la Scurit au Travail dans linstitut. - Assurer les tches dinformation, de sensibilisation et de formation dans le domaine de la Sant et de la Scurit au travail. - Proposer les programmes de prvention des risques professionnels au sein de linstitut et assurer le suivi de lexcution des programmes adopts. - Effectuer les enqutes loccasion de chaque accident du travail grave ou maladie professionnelle et proposer les mesures ncessaires pour la maitrise de ses causes. Composition du CSST : Prsident : Le Directeur Gnral ou son reprsentant, Membres : La Directrice de la maintenance et des services communs Le mdecin de travail Le Surveillant gnral de lInstitut Le Chef de service dhygine et scurit Le Responsable de la Direction de la recherche Le Responsable de la Direction mdicale de la sant publique Le Responsable de la Direction de la production Le Responsable de la Direction du Centre de la Soukra Les Reprsentants du personnel de lIPT Ce comit de Sant et Scurit au travail est assist par : Le Responsable du service qualit Le Directeur des approvisionnements ou son reprsentant Le Sous Directeur des Etudes Le Surveillant de la Direction du Centre de la Sokra Un membre du service dhygine et scurit Un reprsentant de la Protection Civile Un reprsentant de lInstitut de Sant et Scurit au Travail Et par toute personne de lIPT ou dautre organisme spcialis dans le domaine de la sant et de la scurit au travail dont la consultation est juge utile.

Comit Formation et stages

Suite une runion du conseil scientifique de lInstitut Pasteur de Tunis, un comit formation et stages a t cre en 2012. La mission et les mandats attribus ce comit ont t dfinis au regard des besoins spcifiques de l'IPT en matire de soutien de la composante formation et enseignement. Le comit veille aussi mettre la disposition des chercheurs et stagiaires un environnement scientifique propice, stimulant et porteur pour la ralisation des recherches dans les diffrents domaines de biologie et de sant des laboratoires de recherche de l'IPT. Mandats - Organisation des sminaires (internes) anims par les chercheurs et tudiants de Pasteur et ce de faon rgulire ce qui permettra de mettre en contact les scientifiques pour des ventuelles collaborations et implantation dune culture de communication. - Organisation de confrences et de journes scientifiques animes par des confrenciers nationaux et internationaux. - Gestion des tudiants stagiaires (projet de fin d'tudes, mastre ou thse) : rception et examen de leurs demandes, inscription et orientations aux laboratoires selon les spcialits. - Participation l'organisation des modules d'enseignement universitaires ou post universitaires l'Institut Pasteur de Tunis en collaboration avec d'autres institutions. Composition Le Comit de formation et d'enseignement est compos de : - Dr Ali Bouattour: coordinateur - Dr Mbarka BCHETNIA: membre - Dr Salem Abbes: membre Contact Mail : formation.stages@pasteur.rns.tn Tlphone : 71 893 340

Liste des laboratoires et services

Laboratoires de recherche
LABORATOIRES DE RECHERCHE Microbiologie molculaire, vaccinologie et dveloppement biotechnologique Transmission, contrle et immunobiologie des infections Epidmiologie et microbiologie vtrinaire Epidmiologie molculaire et pathologie exprimentale applique aux maladies infectieuses Gnomique biomdicale et oncogntique Parasitologie mdicale, biotechnologies et biomolcules Hmatologie molculaire et cellulaire Venins et biomolcules thrapeutiques Epidmiologie et diversit gntique des virus hpatiques et entriques humains RESPONSABLE Helmi Mardassi helmi.merdassi@pasteur.rns.tn Ridha Barbouche ridha.barbouche@pasteur.rns.tn Abdejelil Ghram abdeljelil.ghram@pasteur.rns.tn Ikram Guizani ikram.guizani@pasteur.rns.tn Sonia Abdelhak sonia.abdelhak@pasteur.rns.tn Ada Bouratbine aida.bouratbine@pasteur.rns.tn Salem Abbes salem.abbes@pasteur.rns.tn Mohamed El Ayeb mohamed.elayeb@pasteur.rns.tn Henda Triki henda.triki@pasteur.rns.tn

Services dinvestigation clinique et de sant publique

LABORATOIRE ET SERVICES Laboratoire Central de biologie mdicale Laboratoire dImmunologie Clinique Laboratoire de Cyto-immunologie Laboratoire de Contrle des eaux et Denres Alimentaires Laboratoire de Virologie Clinique Laboratoire des Mycobactries Laboratoire dAnatomo-Patologie Humaine et exprimentale Laboratoire De Radio-Immunologie Laboratoire de la Rage Service des Vaccinations Internationales et anitrabique Services des consultations externes Laboratoire dHmatologie Laboratoire des Mycoplasmes Laboratoire de Parasitologie Clinique Laboratoire Histologie et Cytolognetique Laboratoire des Toxines Alimentaires Laboratoire de Pathologie Animale Laboratoire de mdecine nuclaire Service dpidmologie mdicale RESPONSABLE Slim Ben Ammar slim.benammar@pasteur.rn.tn Mlika Ben Ahmed malika.benahmed@pasteur.rns.tn Ridha Barbouche Ridha.barbouche@pasteur.rns.tn Ridha Ben Aissa ridha.benaissa@pasteur.rns Henda Triki henda.triki@pasteur.rns.tn Helmi Mardassi helmi.merdassi@pasteur.rns.tn Samir Boubaker samir.boubaker@pasteur.rns.tn Fattouma Bchir fattouma.bchir@pasteur.rns.tn Habib Kharmachi habib.kharmachi@pasteur.rns.tn Samy Khoufi samy.khoufi@pasteur.rns.tn Radhia Ammi radhia.ammi@pasteur.rns.tn Samia Mnif samia.mnif@pasteur.rns.tn Boutheina Mardassi boutheina.mardassi@pasteur.rns.tn Ada Bouratbine aida.bouratbine@pasteur.rns.tn Ahlem Laamouri ahlem.amouri@pasteur.rns.tn Riadh Kharrat riadh.kharrat@pasteur.rns.tn Abdeljelil Ghram Abdeljelil.ghram@pasteur.rns.tn Chokri Maktouf Chokri.maktouf@pasteur.rns.tn Afif Ben Salah Afif Ben Salah@pasteur.rns.tn

10

Production de vaccins et srums thrapeutiques

SERVICE Direction de la Production Responsable de la fabrication des vaccins BCG Responsable de la fabrication des srums thrapeutiques Laboratoire contrle qualit Validation des quipements et formation Service de production des plasmas bruts Sous-direction de maintenance prventive et corrective Unit de recherche et dveloppement pour lamlioration des process RESPONSABLE Ali Mhenni (jusqu mai 2012) Ines ksentini Ines ksentini@pasteur.rns.tn Nizar Laabidi nizar.laabidi@pasteur.rns.tn Ines Ksentini ines.ksentini@pasteur.rns.tn Ines Ksentini ines.ksentini@pasteur.rns.tn Dorra Ben Abdelsselem dorra.benabdelsselem@pasteur.rns.tn Sana Bachraoui sana.bachraoui@pasteur.rns.tn Naceur El Ouni naceur.elouni@pasteur.rns.tn Emna Ben Snoussi emna.bensnoussi@pasteur.rns.tn

Soutien logistique
SERVICE Service dinformation scientifique et publications RESPONSABLE Habib Karoui habib.karoui@pasteur.rns.tn Hichem Ben Hassine (communication) hichem.benhassine@pasteur.rns.tn Najet Hadhri (valorisation) najet.hadhri@pasteur.rns.tn Oussama Ben Fadhel (transfert technologique) oussama.benfadhel@pasteur.rns.tn Mounir Dbouba mounir.dbouba@pasteur.rns.tn Sonia Khayat Sonia.khayat@pasteur.rns.tn

Cellule de communication, valorisation et transfert technologique

Service informatique Unit de mtrologie

Soutien technique
SERVICE Units animalires Cytomtrie en flux Squenage de lADN Typage gntique Plateforme protomique Direction technique Service de production de milieux de culture et reactifs Unit d'Ecologie des Systmes Vectoriels RESPONSABLE Zakaria Ben Lasfar zakaria.benlasfar@pasteur.rns.tn Ridha Barbouche Ridha.barbouche@pasteur.rns.tn Sonia Abdelhak Sonia.abdelhak@pasteur.rns.tn Sonia Abdelhak Sonia.abdelhak@pasteur.rns.tn Sayda Kamoun sayda.kamoun@pasteur.rns.tn Sonia Khayat Sonia.khayat@pasteur.rns.tn Ridha Ben Assa/Haifa Ben Sedrine Elyes Zhioua Elyes.Zhioua@pasteur.rns.tn

11

Les chiffres de linstitut Pasteur de Tunis en 2012

Ressources humaines
Effectif global Scientifiques

Source : Bilan Social de lInstitut Pasteur de Tunis Chiffres comprenant le personnel statutaire et contractuel

Publications
Nombre de publications Nationales 94 102 87 Internationales Total 107 93
Pour consulter la liste des publications en 2012, vous pouvez vous reporter lannexe p 129

115

87

93

7 2009

9 2010

6 2011

8 2012

Aprs une augmentation constante durant plusieurs annes, puis une baisse de 9% du nombre des publications en 2011, le nombre de publications de lInstitut Pasteur de Tunis a augment de prs de 15%
Source : Scopus, web of knowledge et rapports des laboratoires et services de lInstitut Pasteur de Tunis

Impact facteurs des publications

Nombre darticles Nombres de revues Revues impacts IF0-2 IF3-4 IF5-10 IF moyen IF pondr 101 71 60 38 15 7 2.747 2.116 Source : Institut Pasteur de Tunis

12

Collaborations internationales

Tunisie France Etats Unis Belgique Algerie Canada Maroc Suisse Royaume Uni Italie Allemagne Grce Egypte Qatar Mauritanie

3 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1

22

83

Source : Scopus

Publications par domaines de recherche

Projets de recherche
2011 2012 53 37 30 31 23 7
Pour consulter la liste des projets de recherche en 2012, vous pouvez vous reporter lannexe p 135

Projets en cours

Projets obtenus en 2012

Total

Les 53 projets de recherche en cours ou obtenus en 2011 sont financs par 18 bailleurs de fonds nationaux et internationaux, dont le Ministre de lEnseignement Suprieur et de la Recherche, la Commission europenne, lOMS, le NIH, linstitut Pasteur de Tunis (Projet collaboratifs internes) le Rseau International des Instituts Pasteur
Source : Rapports des laboratoires et services de lInstitut P asteur de Tunis

13

Brevets acquis ou contrats de valorisation

5 4

Pour consulter la liste des brevets acquis ou contrats de valorisations de recherche en 2012, vous pouvez vous reporter lannxe p 13

2011

2012

Source : Rapports des laboratoires et services de lInstitut Pasteur de Tunis

Evnements (organisation ou contribution lorganisation)

2010 2011 2012 50 41 27 15 5 7 8 10 15 7 6 3 6 10 28

Manifestations scientifiques (congrs, colloque...)

Sminaires de formation (confrences)

Cours et ateliers pratiques

Manifestations de culture scientifique/salons

Total

On observe une forte augmentation du nombre dvnements en 2012, principalement e n raison du report de certains qui devaient se drouler en 2011. Par ailleurs, lorganisation rgulire de plusieurs confrences de membres internes ou externes lInstitut aussi grandement laugmentation du nombre dvnements scientifiques en 2012.
Source : Rapports des laboratoires et services de lInstitut Pas teur de Tunis

Communications orales et affichs

2011 2012 271 101 68 111 212 339

nationales

internationales

total

On constate une trs forte augmentation du nombre de communications orales et affiches (51%), avec une notamment une trs forte croissance des communications internationales (127%) par rapport 2011.
Source : Rapports des laboratoires et services de lInstitut Pasteur de Tunis

14

Etudiants
Diplmes soutenus 2011 2012 144 151

63 18 22

80 50 37 8 2 2 7 3 3
TOTAL

Thses

Mastres

PFE/Ingnieurat

Thses de mdecine

Thses en mdecine vtrinaire

Thses de pharmacie

On constate une stabilisation du nombre de diplmes soutenus en 2012 par rapport 2011
Source : Rapports des laboratoires et services de lInstitut Pasteur de Tunis

Diplmes en cours 2011 2012 233 129 154 36 Thses 57 2 12 4 7 4 0 0 3 TOTAL 175

Mastres

PFE/Ingnieurat

Thses de mdecine

Thses en mdecine vtrinaire

Thses de pharmacie

On constate une trs forte augmentation du nombre dtudiants de prs de 25%, avec une croissance du nombre dinscrits en thses (+12%) et mastres (+44%) par rapport 2011
Source : Rapports des laboratoires et services de lInstitut Pasteur de Tunis

15

Nombre danalyses et tests raliss et nouvellement introduits

173 319,00 203 026,00

2011

2012

Ces chiffres comprennent toutes les analyses ralises par les 18 laboratoires danalyse de lInstitut ainsi que les vaccinations ralises par le service des vaccinations internationales. Par ailleurs, 4 analyses et tests ont t nouvellement introduits, dont certains sont le fruit de recherches ralises lInstitut Pasteur de Tunis Source : Rapports des laboratoires et services de lInstitut Pasteur de Tunis

Services raliss
46268 32587

TOTAL 2011

TOTAL 2012

Ces services sont raliss dans le cadre des activits des services commun (soutien technique) et de certaines activits des laboratoires danalyse, notamment les laboratoires de rfrence nationaux et rgionaux OMS. 3 services ont t nouvellement introduits Les chiffres daffaire globale de ces activits de sant publique slve 4 459 005.995 DT en 2012, alors qui slevait 2 923 837DT en 2011 soit une augmentation de plus 52% Source : Rapports des laboratoires et services et la direction financire de lInstitut Pasteur de Tunis

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Nombre de doses vendues par lunit de produsction de vaccins et srums

2011 2012 78 008 46 790 23800 4158 8070 Srums antiscorpionique 1317012550 1299 3284 Srums antiviprins Srums antirabique Vaccin BCG 6265 7314 Immun BCG TOTAL 48692

Les chiffres daffaires globales de la vente de vaccins et srums slve 1 668 069. 465 DT en 2012, alors qui slevait 1 092 776 DT en 2011 soit une augmentation de plusde 52% Source : Rapports des laboratoires et services et la direction financire de lInstitut Pasteur de Tunis

Autres chiffres

111 confrences donnes par la scientifiques de lInstitut Pasteur en Tunisie et ltranger 28 vacations et cours rmunrs 120 participations des jurys pour lobtention de diplmes en Tunisie et ltranger 20 participations des commissions nationales et internationales 58 formations continues (36 en Tunisie 22 ltranger)
Source : Rapports des laboratoires et services de lInstitut Pasteur de Tunis

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quipes de recherche
LABORATOIRE DE MICROBIOLOGIE MOLECULAIRE, VACCINOLOGIE ET DEVELOPPEMENT BIOTECHNOLOGIE .......................................................................................................................... 19 LABORATOIRE DE TRANSMISSION, CONTROLE ET IMMUNOBIOLOGIE DES INFECTIONS . 24 LABORATOIRE DEPIDEMIOLOGIE ET DE MICROBIOLOGIE VETERINAIRE ............................. 30 LABORATOIRE DEPIDEMIOLOGIE MOLECULAIRE ET PATHOLOGIE EXPERIMENTALE APPLIQUEE AUX MALADIES INFECTIEUSES ............................................................................... 35 LABORATOIRE DE GENOMIQUE BIOMEDICALE ET ONCOGENETIQUE .................................. 44 LABORATOIRE DE PARASITOLOGIE MEDICALE, BIOTECHNOLOGIE ...................................... 48 ET BIOMOLECULES ......................................................................................................................... 48 LABORATOIRE DHEMATOLOGIE MOLECULAIRE ET CELLULAIRE .......................................... 54 LABORATOIRE DES VENINS ET BIOMOLECULES THERAPEUTIQUES ..................................... 60 LABORATOIRE DEPIDEMIOLOGIE ET DE GENETIQUE DES VIRUS HEPATIQUES ET ENTERIQUES ................................................................................................................................... 65

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LABORATOIRE DE MICROBIOLOGIE MOLECULAIRE, VACCINOLOGIE ET DEVELOPPEMENT BIOTECHNOLOGIE

(LR 11 IPT 01) Composition de lquipe Prnom, Nom Helmi Mardassi Hla Kallel Boutheina Mardassi Chokri Bahloul Samia Rourou Imne Ferjani Awatef Khiari Bjaou Aloulou Khaled Amor Dridi Zahzah Khaled Sofine Chaari Chamkhi Houda Bouhlel Mehdi Jmel Hili Kamel Zarrouk Mourad Chemkhi Houda Trabelsi Khaled Ben Azoun Safa Sassi Hosni Yaacoub Elhem Jeljeli Leila Dkhil Naira Meftahi Nedra Ben Slama Rabeb Isra Baazaoui Mohamed Hdi Ben Cheikh Amira Balti Barguaoui Meriem Cheib Amira Dhifi Marwa Chniba Imen Boujemaa Safa Essid Yosr Prsentation des activits du laboratoire Le Laboratoire de Microbiologie Molculaire, Vaccinologie et Dveloppement Biotechnologique rassemble trois axes de recherche complmentaires ayant pour but ultime la mise au point de nouveaux procds et de biomolcules vise thrapeutique et, surtout, vaccinale. Les membres du laboratoire mettront en synergie leur savoir-faire afin dexplorer de nouvelles approches biotechnologiques bases sur lutilisation de nouveaux systmes/vecteurs dexpression gnique issus de manipulations gntiques. Hormis les thmes spcifiques chaque groupe de recherche, les trois valences du laboratoire (microbiologie molculaire, vaccinologie et dveloppement biotechnologique) uvreront de concert afin dassurer le dveloppement des produits jusquau stade pr -clinique. Les thmes majeurs qui feront lobjet de ces recherches/dveloppements biotechnologiques porteront sur la rage, la tuberculose, les mycoplasmoses, lhpatite E, fivre aphteuse Position/Fonction Biologiste Principal/Chef du Laboratoire Biologiste Principal/Che du groupe Dveloppement Biotechnologique et Partenariat Industriel Biologiste Principal/Chef de lUnit des Mycoplasmes Biologiste Principal/Chef du groupe Vaccinologie Biologiste adjoint Maitre assistant Assitant HU Mdecin Vtrinaire Ingnieur principal Mdecin Vtrinaire Mdecin de la Sant publique Mdecin Principal de la sant publique Ingnieur Principal

Etudiant en Thse es Sciences

Etudiant en Mastre

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Rsum des rsultats obtenus en 2012 GROUPE MICROBIOLOGIE MOLECULAIRE Le groupe de Microbiologie molculaire conduit des travaux de recherche sur la tuberculose et les mycoplasmoses de lhomme et des animaux. Les deux thmes de recherche sadressent lpidmiologie molculaire et lvolution de ces pathognes, les mcanism es molculaires qui rgissent leur virulence ainsi que le dveloppement dantibiorsistance. Hormis la comprhension de ces mcanismes, un aspect application biotechnologique (dveloppement de nouveaux outils de diagnostic et de nouvelles souches vaccinales) est en cours de dveloppement. Pathognomique comparative de clones de Mycobacterium tuberculosis diffrentiellement dlts dans des loci PE/PPE Grce une analyse micropuce, nous avons prcdemment tabli le profil dltionnel des gnes PE/PPE chez les divers gnotypes de M. tuberculosis en Tunisie. Nous nous sommes particulirement intresss 3 dltions restreintes au gnotype LAM, dont une sige dans le locus de scrtion ESX-5. En analysant une collection de 138 souches LAM Tunisiennes, nous avons remarqu la prdominance significative des souches triplement dltes par rapport celles qui manquent la dltion ESX-5. En collaboration avec le Centre Borstel dAllemagne, nous avons ralis des expriences dinfection de macrophages humains qui ont montr la croissance accrue (4 fois plus) du clone triplement dlt. Ainsi le succs relatif du clone triplement dlt est fortement associ la dltion PE/PPE du locus ESX-5. Le squenage complet des gnomes des souches LAM reprsentative de ces clones a t achev et les analyses comparatives sont en cours. Evolution pidemique du gnotype Haarlem de Mycobacterium tuberculosis au nord de la Tunisie Une analyse MIRU-VNTR24 de 236 souches cliniques de gnotype Haarlem de la rgion de Bizerte a rvl, hormis lpidmie multirsistante (MDR) qui a impliqu 49 patients, 3 nouvelles chanes majeures de transmission (impliquant 30, 32 et 42 patients). Ce rsultat indique clairement une tendance lvolution par bond pidmique de ce gnotype dans cette rgion particulire et tire la sonnette dalarme quant au risque dmergence de nouvelles pidmies MDR. La Direction des Soins de Sant de Base (DSSB) en a t avise. Identification du gne codant pour lhmagglutinine de Mycoplasma meleagridis Le criblage dune banque dexpression de lADN gnomique de M. meleagridis a permis lidentification de deux cadres de lecture, Mm14 et Mm19, constituant un point de dpart pour fournir des informations molculaires et antigniques sur cette espce. Mm14, vraisemblablement une lipoprotine dote dune activit hmagglutinante, code pour un complexe de 7 protines (34 kDa 75 kDa) ayant un potentiel srodiagnostique. Cette hmagglutinine pourrait tre implique dans la variabilit antignique de M. meleagridis. Tout comme M. synoviae, M. meleagridis semble adopter un systme de variation antignique et de phase. Le mcanisme molculaire la base de cette variabilit dexpression de Mm14 reste lucider. Identification et caractrisation dune protine de surface de Mycoplasma meleagridis dote dune activit nuclasique de la famille RE_AlwI Les analyses BLASTN de la squence Mm19 nont rvl aucune homologie de squence disponibles dans les banques de gnes, indiquant quil sagit effectivement dune squence spcifique M. meleagridis. Par contre, lanalyse BLASTP a permis didentifier une homologie significative avec les membres de la famille des enzymes de restriction RE_AlwI. Le produit de fusion GST-Mm19 exprime dans E. coli a montr une activit nuclasique vis--vis de lADN plasmidique, lADN chromosomal, lADN simple brin et lARN. Etant donn que le gnome des mycoplamses est dpourvu de la machinerie ncessaire la synthse des nuclotides, il est for probable que lexpression de Mm19 contribue son approvisionnement en ces composants majeurs pour assurer sa survie. Antibioresistance des Mycoplasmes urognitaux Linfection Mycoplasma hominis et Ureaplasma parvum ne cesse daccrotre en Tunisie. Comme le traitement de premire intention des infections urognitales mycoplasmes, telles que les urtrites et les salpingites fait appel aux ttracyclines, notre investigation primaire a port sur cet antibiotique. La rsistance acquise aux ttracyclines est due la prsence du dterminant tet(M) qui est port par un transposon conjugatif, le Tn916, membre de la famille Tn154. Pour cette tude, 20 Ureaplasma parvum, 2 Ureaplasma urealyticum et 48 isolats de Mycoplasma hominis provenant de patients tunisiens atteints de troubles gnito-urinaires et de strilit ont t tests pour la prsence de tet(M) et

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int-Tn, le gne codant pour l'intgrase du transposon Tn 916/Tn1545. Les taux de rsistance la ttracycline sont de 22,72% et 25% chez U. urealyticum et M. hominis, respectivement, avec un haut niveau de rsistance observ dans 11 des 12 isolats rsistants M. hominis. Tous les isolats rsistants renferment la fois les squences tet(M) et int-Tn. L'analyse des squences nuclotidiques de lamplicon tet(M) a rvl une squence unique, troitement lie celle de tet(M)_Tn916 de llment intgratif et de conjugaison de Streptococcus pneumoniae. Prdominance de Mycoplasma pneumoniae exprimant ladhsine P1 de type1 chez le patient Tunisien Mycoplasma pneumoniae est responsable dinfections respiratoires hautes et basses chez lenfant et le jeune adulte. Bien que les pneumopathies communautaires soient la forme clinique la plus frquente des infections M. pneumoniae, d'autres atteintes extra-pulmonaires sont possibles avec ou sans signes respiratoires. La srologie est la mthode la plus souvent utilise pour le diagnostic dune infection M. pneumoniae. Nanmoins, la spcificit des rsultats pose toujours problme. Lexpression du produit cod par un fragment dADN de 514 pb du gne de ladhsine P1 type1 dans E. coli et lanalyse de sa ractivit par Western blot et colony-blotting contre des srums positifs vis-vis de M. pneumoniae, dmontrent lefficacit de cet antigne dans la dtection spcifique de ce microorganisme. Les rsultats ainsi obtenus ont montr une ractivit importante des srums tests contre la protine recombinante P1 type1 avec une sensibilit leve en ELISA. M. pneumoniae exprimant la protine recombinante P1 type 1 semble tre alors majoritaire dans linfection du patient tunisien, do lintrt de la forme recombinante de ladhsine P1 type 1 dans le srodiagnostic spcifique. Exploration de la diversit antignique des protines lmp de Mycoplasma hominis chez les patients tunisiens (en cours) Plusieurs tudes portant sur la pathognicit de M. hominis, indiquent que certaines modifications gntiques sont lorigine de variantes antigniques membranaires responsables de la dynamique des surfaces cellulaires au sein dune mme espce. De telles variations seraient la base de lchappement du micro-organisme la rponse immune de lhte et aux moyens de sa dtection. Lexploration de cette diversit antignique en exprimant les diffrents antignes spcifiques de M. hominis, la P120, P120, Lmp1, Lmp2, Lmp3 et Vaa, et en testant leurs ractivits avec les srums immuns des patients, nous aidera cibler les antignes candidats pour le dveloppement de tests srologiques plus fiables. GROUPE VACCINOLOGIE Le groupe vaccinolgie dveloppe diffrentes approches de vaccination, essentiellement base dADN, en innovant en terme de formulation dantignes et de voie dinoculation. En outre, il explore de nouvelles approches pour liciter une meilleure rponse protectrice suite la vaccination par dose unique. Vaccination base d'ADN multivalente Pour une meilleure vaccination base dADN contre de nombreuses maladies infectieuses, il y a besoin damliorer leurs pouvoirs immunognes, par exemple par le biais de constructions qui dlivrent plusieurs antignes la fois. Nous avons construit plusieurs plasmides monovalents et multivalents en tant que candidats vaccins base dADN. Chez les souris BALB/c, la construction bicistronique base des squences IRES tait la plus performante induire la production danticorps neutralisants les deux valences virales (rage et maladie de carr). De mme, lutilisation de la squence 2A, du virus de la fivre aphteuse, tait aussi trs utile pour construire des vaccins multivalents base dADN. Un vaccin antirabique usage vtrinaire dose unique permet de surmonter la difficult de localiser les chiens pour les rappels de vaccinations. Un tel vaccin doit aussi assurer limmunisation des jeunes chiots contre la parvovirose et la Maladie de Carr. Aussi nous avons valu le pouvoir immunogne dun candidat vaccin base dADN que nous avons dvelopp (plasmide pCMV3ISS -GPV qui code pour la glycoprotine rabique) et la contribution de lassociation des immunognes du parvovi rus canin et du virus de la Maladie de Carr. Nous avons compar limmunognicit antirabique dune construction monovalente codant pour la glycoprotine rabique GPV celle dune construction bicistronique exprimant la glycoprotine rabique GPV et la glycoprotine CDV-H du virus de la Maladie de Carr, seule ou en association avec une autre construction monovalente qui code pour la protine de la capside VP2 du type antignique CPV-2b du parvovirus canin chez le modle murin. Le titrage des anticorps antirabique par la technique RFIIT a engendr des rponses immunitaires satisfaisantes pour les diffrents candidats vaccins administrs.

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Vaccination transcutane base dADN contre la rage . Nous avons tent dexplorer lutilisation de la vaccination base d ADN contre la rage par la voie transcutane. Cette voie permet la vaccination dviter lusage des aiguilles, de devenir un acte indolore ne ncessitant pas de formation mdicale spcialise. De mme, cette voie facilitera la logistique des campagnes de vaccination grande chelle. Nous avons labor plusieurs formulations vaccinales afin doptimiser les rponses immunitaires de la vaccination base dADN antirabique ou en utilisant un vaccin classique (Rabisin) par la voie transcutane. Les diffrentes formulations consistent des prparations sous forme de patch ou de pommade, renfermant des prparations du plasmide pCMV3ISS-GPV, qui code pour la glycoprotine rabique ou incorporant le vaccin classique et qui ont t test chez la souris. Par la suit e, nous avons essay doptimiser lefficacit de la vaccination transcutane par lexposition un champ lectromagntique fourni par une connexion WIFI. Aprs titrage ELISA, nous avons pu dmontrer que la vaccination antirabique base dADN transcutane est possible mais que les titres engendrs sont trs faibles. Lassociation du DMSO, agent facilitateur de pntration cutane et lexposition des ondes lectromagntiques, eux seuls ne sont pas suffisants pour optimiser la vaccination transcutane. Par consquent nous pensons quil faut ultrieurement mettre au point des patchs munis de micro -aiguilles qui seront capables dacheminer directement le vaccin dans le derme qui est riche en cellules dendritiques et cellules de Langerhans qui permettent la m ises en place dune rponse immunitaire plus efficace.

GROUPE DEVELOPPEMENT BIOTECHNOLOGIQUE ET PARTENARIAT INDUSTRIEL Lobjectif gnral de ce programme est de dvelopper des mthodes et des outils novateurs pour la culture de cellules de mammifres, de bactries et de levures pour la production en masse de substances actives, dtudier le scale up de ces mthodes, de dvelopper des mthodes de purification afin dobtenir un produit biologique cohrent avec une application clinique et enfin de vrifier la qualit des produits dvelopps. Evaluation de lutilisation du milieu IPT-AFM pour la rplication de virus autre que le virus rabique Le milieu IPT-AFM dvelopp dans notre laboratoire, est un milieu qui ne contient aucun produit dorigine animale. Il a t dvelopp pour assurer la croissance des cellules Vero en bioracteur agit sur microsupports de type Cytodex 1. Ce milieu prsente un cot trs comptitif par rapport aux milieux commerciaux. Dans le cadre dune collaboration scientifique avec lInT ravac (Institue for Translational Vaccinology) qui est une institution publique issue de lRIVM (Bilthoven, Pays -Bas), nous avons entam un programme R&D qui a pour objectif dtudier la capacit du virus de la poliomylite (diffrents srotypes) se rpliquer sur cellules Vero cultives sur le milieu IPT-AFM. Les rsultats obtenus sont trs prometteurs, le milieu IPT-AFM donne des performances en terme de densit cellulaire et productivit virale suprieures celles obtenues en prsence du milieu enrichi avec le srum, et du milieu sans srum commercial. Par ailleurs, nous avons aussi montr que le milieu IPTAFM permet aussi la croissance des cellules BHK-21 et des cellules MRC-5. Mise au point dun vaccin vectoris contre lhpatite E Linfection par le virus de l'hpatite E (HEV) est la principale cause d'hpatite aigu dans le Sud -est et l'Asie centrale. A l'heure actuelle, aucun vaccin HEV commercial n'est disponible. Nous envisageons de dvelopper un nouveau candidat vaccin en util isant ladeno-associated virus (AAV) comme un vecteur exprimant in vivo le gne de la protine tronque de la capside du HEV, en utilisant la plateforme baculovirus/cellules dinsectes. Nous avons dj ralis la construction des AAV recombinants de srotype 2, 5 et 6 en utilisant soit deux baculovirus recombinants qui codent pour les protines Rep et Cap de lAAV, soit un seul baculovirus qui contient les gnes des protines Rep et Cap. Nous avons galement prpar tous les stocks viraux et vrifi la qualit de nos constructions en ralisant des tests de transduction des cellules HEK 293 EBNA. Nous avons galement optimis les conditions opratoires (temprature, MOI et Time Of Infection (TOI)) pour la production du rAAV2, rAAV5, T2rAAV6, T2rAAV2. Mise au point dun vaccin contre le virus de la fivre aphteuse La fivre aphteuse est une pizootie conomiquement trs importante due un virus ARN de la famille Picornaviridae dont a lutte passe par une vaccination rgulire. Nous envisageons de dvelopper un nouveau vaccin contre les souches isoles en Tunisie. Pour cela nous nous somme intresss produire les protines VP1 et 2B du virus de la fivre aphteuse en utilisant le systme cellules dinsectes/baculovirus. Nous avons dj construit les bac ulovirus recombinants exprimant les protines VP1 et 2B de souche virale O1 Manisa. Nous avons aussi optimis les conditions dinfection des cellules, prpar et titr les stocks viraux. En outre, nous travaillons sur lexpression des deux

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protines VP1 et 2B sous forme de protine de fusion avec la GST afin de mettre au point un test ELISA pour confirmer lexpression de VP1 et 2B par les baculovirus. Mise au point dun vaccin contre la clavele par culture de cellules Vero en bioracteur Lobjectif de ce travail consiste dvelopper un vaccin anti-clavele par culture de cellules Vero en bioracteur, en vu den transfrer la technologie un partenaire industriel local. Pour cela, nous avons commenc par adapter la souche virale RM/65 la ligne cellula ire Vero et ltude du paramtre MOI en flacon spinner. Nous avons aussi mis en uvre la culture en bioracteur de 7L et optimis les conditions dinfection, en tudiant en particulier la composition du milieu. La culture des cellules Vero en bioracteur de 7L en mode batch et linfection des cellules aprs 4 jours de culture 6 un MOI de 0.005 a aboutit un titre viral de 10 TCID50/ml. Pour optimiser la composition du milieu de culture, nous avons valu leffet de diffrents composants en utilisant la m thode des plans dexpriences (DoE). Ltude a montr que le milieu MEM supplment de glucose, fructose et de saccharose permet datteindre le titre viral le plus lev. Optimisation de lexpression htrologue de protines chez la levure Yarrowia lipoly tica Nous avons dmontr que Yarrowia peut tre considre comme un systme trs prometteur pour la production de protines dorigine humaine usage thrapeutique, dont linterfron alpha 2b et le GMCSF humain. Pour optimiser la production du hGM-CSF par Y.lipolytica, nous avons tudi en particulier leffet dajout du glycrol, dthanol, dactate et du glucose. Les rsultats obtenus ont montr que lthanol a aboutit au niveau de production le plus lev, toutefois en terme de productivit spcifique le glucose reste le plus efficient. Nous avons aussi tudi limpact du profil dajout de lacide olique qui joue le rle dinducteur, nous avons tudi les stratgies s uivantes : pallier, vitesse fixe et exponentielle. La dernire stratgie a aboutit au rendement de production le plus lev. Dautres travaux ont montr que le maintien dune limitation en oxygne dissous pendant la phase dinduction (hypoxie) est favorable lexpression du hGM-CSF. En outre, nous avons montr quune famille dacides amins a un effet bnfique sur la production de la protine dintrt.

Les chiffres cls du laboratoire en 2012

9 publications internationales 8 communications nationales 7 communications internationales (orales et affiches) 5 confrences 9 participations des Jurys pour lobtention de diplmes en Tunisie et ltranger 1 participation des Commissions Nationales et Internationales 12 diplmes soutenus 26 diplmes en cours 4 projets en cours 2 formations continues nationales et 2 ltranger

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LABORATOIRE DE TRANSMISSION, CONTROLE ET IMMUNOBIOLOGIE DES INFECTIONS

(LR 11 IPT 02) Composition de lquipe Prnom, Nom Ridha Barbouche Hechmi Louzir Afif Ben Salah Koussay Dellagi Dhafer Laouini Elyes Zhioua Melika Ben Ahmed Imen Ben Mustapha Jihne Bettaieb Makram Essafi Narges Bahi Fatma Zahra Guerfali Chaouki Benabdessalem Meriem Ben Ali Nathalie Ben Messaoud Eveline Guedri Sadok Chlif Aymen Bali Amine Toumi Wissem Zid Ferdaous Wertani Sana Chabne Ben Jomaa Ali Ifhem Chelbi Thouraya Bousoffara Ikbel Naouar Amel Ayadi Ghouila Nadia Kef BelhadjHamida Sada Kammoun Nabiha Ben Hassouna Soumaya Marzouki Acha Boukthir Nebil Bel Hadj Hmida Mohamed Ali Snoussi Kamel Belgacem Amor Zaatour Saloua Chater Adel Gharbi Mongi Dellagi Rabia Harrabi Chadha Dawahi Hayet Mhenni Monia Ajmi Hela Dridi Aymen Tlili Khaled Chourabi Meriem Ben Mahmoud Chiraz Atri Wael Fraihi Amine Toumi Position/Fonction Professeur hospitalo-Universitaire/Chef du laboratoire Professeur hospitalo-Universitaire Professeur hospitalo-Universitaire Professeur hospitalo-Universitaire Biologiste Principal Biologiste Principal Matre de Confrence Assistant hospitalo-Universitaire Assistant hospitalo-Universitaire Biologiste Biologiste Adjoint Maitre Assistant Maitre Assistant Biologiste Adjoint Medecin Gnraliste Medecin Gnraliste Ingnieur Principal Ingnieur Principal (contractuel)

Ingnieurs (contractuel)

Post Doc/Technicien Principal Technicien Suprieur Principal Post Doc/Technicien Suprieur Principal Technicien Suprieur Principal Technicien Suprieur Principal Technicien Vtrinaire Principal (contractuel) Technicien sup (contractuel) Technicien Suprieur Major/ Surveillant Technicien Suprieur Major/ Secrtaire/Surveillant Technicien Technicien Infirmire (contractuelle) Aide Soignante (contractuelle) Gestionnaire (contractuelle) Ouvrier Ouvrire (contractuelle) Etudiants en Master Etudiants en Master

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Wajdi Zaatour Sadok Jarraya Salma Bayoudh Jouda Gamara Lela Ben Khemiss Nadia Sendi Hajer Chebbi Nourhne Agrebi Sadok Jarraya Rihab Yazidi Ikbal Naouar Ghada Mkannez Rabiaa Manel Sghaier Hanne Attia Sameh Amouri Rekik Hanen Ouadhani Khaoula Ben Farhat Nourhene Agrebi Meriem Haoues Refai Amira Soumaya Marzouki Nadia Belhadj Hmida Maha Abdeladhim Raja Rekik Aymen Tlili Ferdaous Wertani Wissem Ghawar Bilel Chalghaf Myriam Harrabi Soumaya Marzouki Khalil Dachraoui Mohamed Derbali Malek Trimeche Walid Barhoumi Rahma Goussi Sonia Sakhria

Projet de fin dEtude

Etudiants en thse en Sciences

Prsentation des activits du laboratoire Lanne 2012 a t lanne de dmarrage effectif des activits du laboratoire nouvellement cr dans le cadre du contrat-programme institutionnel avec le Ministre de lEnseignement Suprieur et la Recherche (MESRS) et qui fait suite au Laboratoire LR00SP06 (LIVGM). Il est intitul: Laboratoire de recherche LR11IPT02 Transmission, Contrle et Immunobiologie des Infections (LTCII). Lobjectif de ce nouveau laboratoire est dapprofondir les connaissances sur des maladies transmissibles prioritaires en sant humaine dans le pays, notamment les leishmanioses et la tuberculose. Lapproche choisie est la matrise doutils permettant lanalyse rigoureuse de leurs transmission et surveillance, couple une meilleure investigation des rponses immunes de lhte aux pathognes responsables, en vue dun meilleur contrle de ces maladies. Notre programme de recherche sarticule ainsi autour de trois axes principaux qui constituent les objectifs de recherche des trois groupes de recherche constitus dirigs respectivement par Afif Ben Salah (Groupe 1), Dhafer Laouini (Groupe 2) et Ridha Barbouche (Groupe 3): - un axe Epidmiologie, Surveillance et Contrle du Groupe 1 avec : i) tude de cohortes populationnelles tunisiennes en rapport avec la leishmaniose et la tuberculose, ii) renforcement de la surveillance pour la leishmaniose cutane par un systme dinformation gographique et le dveloppement de modles mathmatiques et iii) promouvoir les normes de bonnes pratiques internationales en recherche clinique et mener des essais cliniques.

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- un axe Immunobiologie des leishmanioses du Groupe 2 qui tudie par des outils molculaires les acteurs du triangle infectieux que sont lhte, le vecteur et le parasite par : i) identification de corrlats de protection dans des cohortes dindividus risque, ii) tude de linteraction hte parasite par des approches transcriptomiques, protomiques et rgulomiques et iii) tude des rponses immunes innes et adaptatives induites par les composants vectoriels. - un axe Dysimmunit et Infection du Groupe 3 qui aborde les bases molculaires des mcanismes de dysfonctionnement immunitaire au cours des infections notamment mycobactriennes et leur contribution la maladie par ltude de : i) lchappement du pathogne aux rponses immunes, ii) la susceptibilit gntique de lhte linfection et iii) des altrations immunologiques associes au stress infectieux dans des pathologies auto-immunes. Comme prvu dans le nouveau texte de loi rgissant les activits des laboratoires de recherche financs par le MESRS (Dcret n 2009-644), un conseil de laboratoire a t constitu par les membres corps A et B du laboratoire, deux reprsentants des tudiants doctorants qui ont t lus et deux membres externes qui sont des comptences du domaine conomique nommment Mme Amel Chouaib (Pharmacienne, exerant dans un laboratoire pharmaceutique priv) et Mr Abdelkader Missaoui (Ingnieur, sous-directeur au centre technique de la chimie au Ministre de lIndustrie). Quatre runions du conseil ont t faites en 2012 dont une runion initiale qui tait prparatoire. Au cours de lanne 2012 les objectifs tablis ont t poursuivis et les principales ralisations de chaque groupe sont ci-dessous rsumes : Groupe 1 Epidmiologie, Surveillance et Contrle (Chef dEquipe: Afif Ben Salah) A- Les systmes de surveillance pidmiologiques (Jihene Bettaieb, Sadok Chlif, Wisem Ghawar, Amine Toumi) : L'quipe dEpidmiologie participe l'laboration et la mise en place des nouveaux systmes de surveillance et de veille sanitaire qui incorpore en plus des donnes temporelles sur les maladies (essentiellement celles dclaration obligatoire, les maladies mergentes et r-mergentes et les maladies potentiel pidmique), des informations dmographiques, cologiques et gographiques superposes dans des cartes lectroniques plusieurs couches. Ces outils permettraient la modernisation et l'amlioration de la performance des systmes d'informations sanitaires actuels pour une meilleure gestion des risques sanitaires. Cette activit se droule dsormais en collaboration avec la Direction des soins de sant de Base pour mettre niveau le systme de surveillance pidmiologique. B- La Recherche clinique selon les standards internationaux des Bonnes Pratiques Cliniques pour l'essai de mdicaments anti-leishmaniens sous forme topique (Afif Ben Salah, Nathalie Ben Messaoud, Amor Zaatour, Nabil Bel Haj Hmida) : La recherche clinique reprsente un volet trs actif au sein du service. En effet, notre quipe en collaboration avec des organismes de recherche nationaux et internationaux contribue au dveloppement et lenregistrement, en Tunisie et aux Etats Unis dAmrique, dun nouveau mdicament anti-leishmanien sous forme de pommade. Il sagit dun produit compos de paromomycine 15%, gentamycine 0,5% dans un vhicule hydrophile. Pour la premire fois en Tunisie, un centre de recherche clinique oprant selon les normes internationales de bonnes pratiques cliniques a t implment dans le gouvernorat de Sidi Bouzid, en pleine zone dendmie leishmanienne. Ce centre est totalement intgr aux soins de sant de base, et comporte par ailleurs un local pour la logistique, un laboratoire et une unit mobile (2 mdecins, 2 infirmiers, 2 vhicules tout terrain avec 2 chauffeurs) pour la mise en uvre des essais sur le terrain. Il se base sur le systme des soins de sant primaires pour le recrutement des sujets volontaires. Une srie dessais thrapeutiques (deux tudes en phase II et une tude en phase III) pour tester un nouveau mdicament anti-leishmanien sous forme de pommade (WR279396) ont t ralises. Ces essais ont conclu l'efficacit du nouveau produit test (80 94%) et sa trs bonne tolrance (absence de toxicit systmique). Il s'agit d'essais cliniques multi-centriques regroupant trois institutions internationales (l'Institut Pasteur de Tunis, L'Institut Pasteur Paris et l'Institut Walter Reed, USA). Cette activit sera renforce par un centre de recherche international en cours de construction dans la rgion de Sidi Bouzid avec un financement international. C- Conception et ralisation dune banque de souches de leishmanies pour lpidmiologie molculaire des parasites (Myriam Harrabi, Amor Zaatour , Rihab Yazidi, Sana Chabne) : Le groupe continue alimenter sa banque de souches de leishmanies afin de tester des hypothses en

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rapport avec la variabilit gntique des souches en fonction du type de rongeur et de lexpression clinique de la maladie chez lhomme. Des comparaisons entre le profil gntique des souches anciennes (collectes en 1990) et les souches rcentes (collectes 20 ans plus tard) permettront dvaluer leffet du temps sur le profil gntique des souches de le ishmanies. D. Etude de la dynamique spatiale des rongeurs Mrions (Sadok Chlif , Wajdi Zaatour, Amine Toumi, Ali Ben Jomaa) : Une tude pidmiologique a vis lvaluation de la dynamique spatiale du rongeur Mriones Shawi : 30 rongeurs ont t quips de colliers metteurs et ont t suivis de faon hebdomadaire par tlmtrie. Cette tude a montr pour la 1re fois que ce rservoir se dplace et on a pu quantifier ses dplacements (distance moyenne parcourue pendant 6 mois = 1.4 km). Groupe 2 Immunobiologie des Leishmanioses (Chef dEquipe : Dhafer Laouini) A- Analyse de limmunognicit dun set de protines leishmaniennes, potentiels candidats vaccins (Thouraya Boussofara, Hechmi Louzir et collaborateurs Projet LeishDNAvax). Dans ce travail, dont lobjectif principal st le dveloppement prclinique d'un vaccin ADN prophylactique et thrapeutique contre les formes viscrale et cutane de la leishmaniose, limmunognicit de cinq peptides leishmaniens prslectionns a t ralis en utilisant la technique ELISPOT spcifique de lIFN-. Les rsultats indiquent que les cinq antignes candidats vaccins sont en effet capables dinduire une rponse immune spcifique de Leishmania mdie par les lymphocytes T chez les individus ayant des antcdents de leishmaniose. La source cellulaire de lIFN- est en cours didentification. B- Analyse de la rponse immune contre les protines excrtes/scrtes de Leishmania major (Ikbel Naouar, Thouraya Boussofara, Hechmi Louzir et collaborateurs). Cette tude a clairement dmontr que les protines excrtes secrtes de Leishmania major (LmES) sont capables dinduire une prolifration lymphocytaire avec production dIFN et de granzyme B chez les individus immuns. Lexploration de la source de ces molcules bioactives a montr que les deux sous populations TCD4+CD25+ et TCD4+CD25- , mais non la sous population CD4+CD25+CD127dim/-, sont impliques dans leur production. Ce rsultat impliquant des lymphocytes TCD4+ potentiellement cytotoxiques dans la rponse immune contre LmES est en cours de confirmation. C- Analyse du transcriptome des glandes salivaires de Phlebotomus papatasi, vecteur de la leishmaniose cutane zoonotique L. major (Maha Abdeladhim, Melika Ben Ahmed, Elyes Zhioua, Ifhem Chalbi, Hechmi Louzir et collaborateurs). Les travaux mens ont permis de revisiter le transcriptome global exprim par les glandes salivaires du vecteur en tablissant un nouveau rpertoire de protines exprimes chez lespce tunisienne mais galement chez des espces du Moyen Orient. Ces protines pourraient ainsi tre utilises comme marqueurs dexposition ou comme inducteurs de rponses immunes cellulaires dans des rgions endmique gographiquement diffrentes. D- La protine vectorielle SP32 antigne cible immunodominant (Soumaya Marzouki, Maha Abdeladhim, Melika Ben Ahmed, Hechmi Louzir et collaborateurs). Un travail qui sintresse lidentification de bio-marqueurs dexposition a pu mettre en vidence quune protine SP32, exprime par les glandes salivaires de Phlebotomus papatasi, est fortement reconnue sous sa forme recombinante par des anticorps sriques dindividus vivant dans des zones dendmie la LCZ. Lutilisation de cette protine immunodominante en tant que marqueur dexposition aux piqures du phlbotome dans le cadre dtudes pidmiologique est en cours. E- Lanalyse par MLMT rvle une micro-htrognit gntique lie lanciennet du foyer (Hanene Attia, Rabiaa Manel Sghaier, Aymen Bali, Fatma Z Guerfali, Ghada Mkannez, Khaled Chourabi, Koussay Dellagi, Dhafer Laouini et collaborateurs). Cette approche applique sur plusieurs dizaines disolats de L. major collectes partir de patients vivant dans diffrents foyers a permis de rvler une variabilit gntique lie un marqueur satellitaire. De faon intressante, cette variabilit est foyer-dpendante puisque directement lie lanciennet de ce foyer. Ce rsultat a t confirm par une autre approche, la PCR-RAPD. Des tudes fonctionnelles ont montr que cette variabilit gntique est directement fonction de la rsistance des parasites de ces isolats la lyse par les composants humains du complment. F- La rponse inne anti-parasitaire et sa modulation par L. major et par les composant salivaires du vecteur (Ghada Mkannez, Fatma Z Guerfali, Rabiaa Manel Sghaier, Hanene Attia, Aymen Bali, Chiiraz Atri, Mariem Ben Mahmoud, Sameh Amouri, Elyes Zhioua, Koussay Dellagi, Dhafer Laouini et

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collaborateurs). Ce volet constitue une composante principale des travaux de notre groupe. Les travaux mens dans ce cadre nous ont permis didentifier essentiellement un set de microRNA dont lexpression est diffrentiellement rgule au niveau des macrophages ou des PMN dindividus sains, suite leur infection par le parasite et/ou leur incubation avec des extraits de glande salivaires du vecteur. Des expriences de silencing de ces ARN non codants sont en cours afin dvaluer leur impact relle sur la rponse inne anti-parasitaire Dautre part, et dans un but didentifier les corrlats dune rponse immune inne protectrice, nous avons pu mettre en vidence, par des approches de polarisation diffrentielle de macrophages (M1, M2a, etc), mais galement par le criblage de la rponse des diffrentes sous-populations macrophagiques (CD14+, CD14-, etc), plusieurs biomarqueurs spcifiques. Ces bio-marqueurs sont en cours dvaluation pour les utiliser en tant quimmuno-modulateurs. Groupe 3 Dys-immunit et infection (Chef dEquipe : Ridha Barbouche) : A - Echappement des mycobactries aux rponses immunes et tude de facteurs de virulence (Makram Essafi, Meriem Houas, Amira Refa) : Nous avons analys les voies de signalisation impliques dans la mort des macrophages humains infects par les mycobactries et dmontr le rle important jou par FOXO3 dans l'apoptose des macrophages humains infects par le BCG. Ce projet a t partiellement financ par le PNUD/OMS (TDR) A70529. Une deuxime partie de notre travail est consacre l'tude des interactions des macrophages humains avec les facteurs de virulence de la souche pathogne, Mycobacterium tuberculosis (Mtb), principalement le complexe ESAT-6/CFP10. Nos rsultats prliminaires montrent que le facteur ESAT-6 adopterait deux conformations spatiales diffrentes dotes de fonctions biologiques diffrentes. B- Rle des antignes de dormance/ractivation de M .tuberculosis dans la physiopathologie et le diagnostic de la tuberculose (Chaouki Benabdessalem, Nadia Sendi) : En vue dinvestiguer leur potentiel serodiagnostique, nous avons clon lADN codant pour lantigne de dormance Rv2660c afin de lexprimer sous forme recombinante. Dautre part, nous avons russi la production et la purification de lantigne de ractivation Rv0140 sous forme recombinante. Les rsultats obtenus montrent que le test ELISA, bien quil ne dispose pas dexcellente sensibilit, a la capacit de discriminer de faon significative entre le groupe de tuberculeux et celui dindividus infects de faon latente. Dans un autre volet, et afin didentifier in silico des pitopes antignique s HLA classe I restreints associs respectivement la phase de dormance et de ractivation, les logiciels de prdiction utiliss ont montr la prsence de 5 pitopes spcifiques pour lantigne Rv0081 et de trois pour lantigne Rv1733c. C- Etude de la susceptibilit gntique aux infections (Imen Ben Mustapha, Meriem Ben Ali, Hanen Ouadhani, Khaoula Ben Farhat, Najla Mekki) : Ltude des bases molculaires des dficits immunitaire primitifs en constituent un modle privilgi, notamment dans notre contexte de consanguinit. Le syndrome Hyper-IgM, modle danomalie de la commutation de classe des immunoglobulines, nous a permis didentifier de nouvelles mutations du gne CD40 ligand. Parmi les dfauts intrinsques du lymphocyte B identifis dans ce syndr ome, ltude du gne autosomique rcessif AID a permis de faire une corrlation gnotype-phnotype par ltude de leffet de diffrentes mutations sur les hypermutations somatiques. Ltude de lagammaglobulinmie nous a permis de dmontrer quune majorit de garons ont des mutations du gne BTK mais que des formes autosomiques rcessives existent avec lidentification de mutations des gnes IGHM et CD79A. Par ailleurs, des tests fonctionnels ont t dvelopps pour identifier les patients ayant une prdisposition -IL12 dpendant avec identification des profils caractrisant les dficits gntiques en IL12p40, IL12R et IFNgR respectivement) ce qui a permis didentifier plusieurs mutations de ces gnes , ii) pneumococciques (voie NF-kB avec dosage de cytokines pro-inflammatoires) et lidentification de mutations de gnes impliqus est en cours et iii) aspergillaires avec tude de limplication potentielle du facteur soluble PTX3 incrimin dans limmunit anti-aspergillaire. Le dosage de ce facteur a montr la prsence dun taux effondr chez 2 patients. Le squenage de ce gne na permis didentifier aucune mutation chez les patients ce qui pourrait suggrer la prsence dun dfaut en amont de ce facteur. D-Etude de pathologies auto-immunes et du rle de cytokines pouvant tre lies au stress infectieux (Melika Ben Ahmed, Imen Ben Mustapha, Nadia Belhadj Hmida, Nourhne Agrebi). Etude de lIL -15 et des fonctions suppressives des lymphocytes T rgulateurs au cours de la maladie coeliaque : nous avons rcemment dmontr que lIL-15, cytokine pro-inflammatoire surexprime dans lintestin des patients cliaques est capable in vitro de sopposer aux actions suppressives des lymphocytes T rgulateurs. Nous avons test cette hypothse in vivo et dmontr que les lymphocytes T intestinaux

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des patients cliaques taient rsistants aux effets suppresseurs des lymphocytes T rgulateurs. Cette rsistance semble corrler avec le niveau de production de lIL -15 dans la muqueuse intestinale et en priphrie. Les rsultats de ces travaux ont t publis dans Am J Gastroenterol 2012 Apr;107(4):604-11. Le syndrome lymphoprolifratif avec autoimmunit : modle privilgi dtude de lapoptose chez lhomme, nous a permis didentifier deux malades ayant une absence complte dexpression de la molcule Fas (ALPS 0) prsentant sur le plan gntique deux mutations diffrentes germinales homozygotes responsables de cette absence dexpression. Dans une large famille Tunisienne multiplexe consanguine, nous avons identifi une nouvelle forme de transmission autosomique rcessive dALPS avec la prsence de mutations germinales homozygotes du gne FAS et une expression normale de la protine Fas. Pour les malades fortement suspects d ALPS sur le plan immunologique et fonctionnel (IL10 et FasL soluble) et qui ne prsentent aucune mutation germinale du gne FAS, une tude des mutations somatiques au niveau de la population lymphocytaire T double ngative est en cours. Les chiffres cls du laboratoire en 2012

15 confrences 5 vacations et cours rmunrs 1 publication nationale 22 publications internationales 82 communications orales et affiches internationales 10 participations des Jurys pour lobtention de diplmes en Tunisie et ltranger 7 projets en cours 6 projets obtenus 1 demande de brevet ou d'invention dpose et 1 brevet dinvention 7 formations continues nationales 2 ltranger

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LABORATOIRE DEPIDEMIOLOGIE ET DE MICROBIOLOGIE VETERINAIRE

(LR 11 IPT 03) Composition de lquipe Nom /Prnom, Ghram Abdeljelil Bouattour Ali Maroufi Abderrazak Kabi Belhassen Houimel Mhdi Mghirbi Youmna Hmila Issam Kharmachi Habib Miled Khaled Larbi Imen Diouani Med Fethi Ben Maz Samia Nsiri Jihne Griba Latifa El Bhi Imen Triki Souad Ammouna Faten Adel Rhaim Raja Ayachi Frihi Faouzi Ghorbel Abderrazak Chabchoub Ahmed Turki Imed Krifi Mohamed Naceur Krida Ghazi Daoud Salma Landalousi Ramzi Attia Annabi Thouraya Ben Khlifa Jamel Khlifi Khawla Ghrabi Reem Larbi Imen Fathallah Imen Haj Ammar Hni Ben Ghalia Anis Idoudi Faten Chrif Chayma Bji Marwi Ben Younes Omar Rouissi Zeineb Omri Yousri Melki Amira Mekni Toujani Marwa Ferchichi Asma Jlassi Abir Arbi Marwa Kdissa Ichraf Mabrouk Intissar Abdelghani Nader Aslam Bouattour Zargouni Salma Position/Fonction Biologiste Principale Biologiste Biologiste Matre Assistant Biologiste Adjoint Vtrinaire Spcialiste Principal Vtrinaire Principal Ingnieur Principal Vtrinaire Infirmire Principale/ Surveillante Technicienne Suprieure Technicienne Suprieure Principale Technicienne Suprieure Technicien Suprieur et Surveillant Technicienne Suprieure Ouvrier Prof. HU Prof. HU Prof. HU Pr Universitaire Matre Assistant Matre Assistante Matre Assistant Mdecin Malor Vtrinaire, Inspecteur rgional de Sant

Etudiants en Mastre

Etudiants en Mastre Spcialis Projet Fin dEtudes Etudiante en thse Vtrinaire Etudiant en thse Vtrinaire

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Jaballah Hla Nbih Chayma Ghorbel Hichem Chouchne Sawsan Karmous Nouha Hazgui Rim Fki Fatma Faza Ons Bji Marwa Mezni Faten Trakhna Faten Rezgui Raja Aouadhi Chadia Tombari Wafa Hassen Jihne Kort Hellal Ymen Douagi-Lakhoua Friel

Etudiants en thse Vtrinaire

Etudiants en thse es Sciences

Prsentation gnrale des activits du laboratoire Les travaux du Laboratoire dEpidmiologie et de Microbiologie Vtrinaire sintressent aux trois axes de recherche relatifs lEpidmiologie et la virologie animale, la Bactriologie et le dveloppement biotechnologique et les Vecteurs et les maladies vectorielles et lenvironnement. Lobjectif gnral du programme de recherche est ltude des pathognes animaux impact conomique et/ou mdical (zoonotique) important, tout en orientant les travaux des groupes sur lpidmiologie et la surveillance des maladies, les moyens de lutte et la mise en place doutils de diagnostic fiables et rapides. Ainsi, chaque groupe de recherche suit un programme de travail permettant de raliser ses objectifs. Les principaux rsultats sont prsents. Caractrisation molculaire du virus de linfluenza aviaire (IA): Ltude sro pidmiologique rtrospective, prenant en considration la zone gographique, le type de spculations, la proximit des zones humides et les mesures de bioscurit en tant que variables, montre un taux de sroprvalence globale l'chelle des levages de 28.7% ; ce taux semble tre plus lev en automne et en hiver et atteint un pic au dbut du printemps. Les taux dinfection les plus levs ont t observs Tunis, Nabeul et Sfax , zones plus forte concentration en levages. Linfection par IA est moins prvalente avant la ponte et augmente considrablement durant et aprs la ponte chez les poules pondeuses et les reproducteurs de chair, respectivement . Lisolement viral, fait sur des ufs embryonns EOPS et des cultures de cellules fibroblastiques primaires, suivi de lidentification du sous-type par ELISA-Antigne, IHA et RT-PCR en temps rel, indique la prsence de virus IA de type A, srotype H9N2. Pour dterminer les relations volutives entre les isolats Tunisiens H9N2 et ceux slectionns partir du Genbank, des analyses phylogntiques ont t ralises pour les six gnes (HA, NA, M, NP, NS, et PB2). Les analyses se basant sur les gnes HA et NA rvlent lappartenance de tous les isolats Tunisiens H9N2 au mme groupe que ceux isols en Asie et quils drivent de la ligne G1. Les gnes M et NP des souches Tunisiennes semblent tre acquis suite un rassortiment avec dautres sous types. Au fait, les gnes NP et NS pro viennent de plusieurs sous types, tels H5 et H6 ; tandis que le gne M montre moins de diversit et une haute 333 341 similarit avec celui du sous type H7N3. Le motif en aa du site de clivage tait PARSSR*GLF , similaire celui des virus H9N2 dorigine asiatique. Labsence des aa basiques ce niveau confirme la nature peu pathogne des isolats Tunisiens ; la seule substitution nuclotidique est CA or G, responsable du changement de la Ser en Arg (position 337), aa basique spcifique des souches hautement pathognes. Ces rsultats suggrent que les souches influenza H9N2 circulant en Tunisie sont potentiellement capables de devenir des virus hautement pathognes, do la ncessit dune surveillance stricte et rigoureuse. Dautre part, une souche Tunisienne H9N2 porte la substitution Q234L corrle au shift vers le rcepteur sialique de type humain et dune prfrence pour la .. . .. . liaison 2 3 Gal par rapport celle 2 6 Gal, ce qui nexclue pas une possible transmission lhomme. En outre, La prsence de la N-glycosylation additionnelle en position 168 peut aussi altrer la pathognicit et lantignicit du virus et laider schapper de la rponse immune de lhte. Des nouvelles mutations ont t aussi dtectes au niveau des gnes internes dont la signification biologique est encore inconnue. Dans le but de tester leffet de telle mutation sur la rplication virale,

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des cultures primaires dembryons de poulet ont servis de support pour la multiplica tion de deux mutants du virus influenza H9N2 de type A, diffrant par un seul acide amin en position 226, en absence et en prsence de trypsine. Ces essais ont montr que la seule substitution Q226L est capable dinfluencer le tropisme cellulaire et la rplication virale. Dveloppement dun panel daptamres dirig contre la protine HA du virus influenza Un projet ayant pour objectif le dveloppement dun panel daptamres dirigs contre la protine HA du virus de la grippe aviaire H9N2 est en cours de mise en place. Ces aptamres seront slectionns partir de banques dacides nucliques par la mthode d e slection SELEX et permettront de disposer doutils dont le potentiel thrapeutique sera explor par des tests in vitro et in vivo pour la prvention et le contrle de linfection virale par H9N2. Ces aptamres vont tre aussi utiliss pour la gnration doutils pour une dtection sensible et rapide du virus de la grippe aviaire partir dune matrice biologique complexe. Une quipe franaise a t identifie pour la mise en place de projet en collaboration. Cette quipe du Dr. Frdric Ducong au Centr e dEnergie Atomique dOrsey a accept daccueillir Dr I. Hmila pour un stage de deux mois pour la slection des aptamres spcifiques du virus H9. Un autre projet visant lidentification et la caractrisation de protines bioactives extraites partir des glandes salivaires de la tique Hyalomma dromedarii, est en cours de ralisation en collaboration avec Dr. Youmna Mghirbi du groupe Vecteurs, Maladies vectorielles et Environnement. Lextraction des protines des glandes salivaires et leur caractrisation biochimique par lectrophorse SDS-PAGE suivie dtapes de purification par HPLC permettront de caractriser des protines activit angiognique, anti migratoire ou anti prolifrative. Etude de pathognicit du virus de la maladie de Newcastle Ce travail est consacr ltude molculaire disolats de terrain du virus de la Maladie de Newcastle (MN), un flau de llevage avicole. Les analyses vir ologiques et molculaires (RT-PCR) ont confirm la nature des isolats identifis et le squenage du site de clivage du gne F permettra de dterminer leur pathognicit. En effet, une souche isole partir dun cadavre de verdier ( Carduelis chloris ou Chloris chloris), collect dans la rgion de Mdenine, a pu tre identifie et sa nature vlogne dtermine aprs squenage et tests de pathognicit in vitro. Ainsi, la prsence de quatre acides amins basiques au niveau de la squence du gne F a permis de la classer parmi les gnotypes rcents (V-XI) qui ne semblent pas tre les descendants directs de gnotypes anciens (II-IV) mais survenus suite une pression vaccinale contre la maladie. Paralllement, le typage gntique de cette souche et lanalyse dautres protines dont celles de la matrice et de la polymrase permettra dtudier les diffrences inter gniques, damliorer le diagnostic molculaire et par consquent adapter les moyens de lutte. Epidmiologie molculaire de la rage Une recrudescence de la rage, lie essentiellement aux vnements exceptionnels vcus par notre pays en 2011, a t note ds le dbut de 2012 ; les oprateurs du programme de vaccination de masse des chiens propritaires, axe de lutte primordial et incontournable pour toute matrise de la rage, nayant pas pu raliss leurs objectifs. Au fait, lapparition des premiers cas condenss a t ainsi enregistre depuis dcembre 2011 dans le gouvernorat de Jendouba et confirme par une augmentation ds le prem ier trimestre 2012, avec des cas sporadiques dans dautres rgions du pays. Le reste de lanne a pas vu une propagation du virus dans les gouvernorats mitoyens, Bja, Siliana et Le Kef. Llment considr positif dans ce dveloppement alarmant de la situ ation pidmiologique chez lanimal Jendouba tait labsence de cas de rage humaine. Le district de Tunis, qui a connu une priode daccalmie depuis lanne 2002 jusqu 2011, a enregistr les premiers cas de rage animale de lanne 2012 Ben Arous en janvier (Fouchana), Mannouba en fvrier (Douar Hicher), Tunis et Ariana en mars (Le Bardo et Mnihla). Lanalyse de ces cas na pas permis de dtecter des liens directs entre eux. Une lgre augmentation de cas autour de ces foyers me me sest poursuivie durant le 2 et le 3 trimestre 2012. Par contre, partir du mois de novembre 2012, un nombre plus important de cas de rage a t enregistr chez lespce fline dans un laps de temps court. Le virus rabique a pu semble- t- il contourner la pseudo barrire vaccinale tablie autour des chiens en progressant vers lintrieur des villes par lintermdiaire des chats. Cette prsence de virus peut tre consolide et entretenue par le contact rapproch entre chats et rats en milieu urbain. Au fait, la dtrioration des conditions dhygine gnrale constate dans les zones urbaines et semi urbaines du grand Tunis, un biotope trs favorable la multiplication des chats et des rats, constituera pour les annes venir une nouvelle source de danger dans les zones forte densit de population humaine. Ainsi et dans le cadre du suivi du PNLCR et devant la nouvelle situation de

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recrudescence de la rage, le LEMV (unit spcialise de la rage) organise en coordination avec la direction rgionale de lAriana, la DSSB et l a DGSV, une table ronde sur la rage pour la recherche de mcanismes valides permettant darrter la transmission du virus rabique entre animaux et stopper sa progression vers les zones urbaines. Dveloppement de peptides neutralisant humains antirabiques, vise thrapeutique Lobtention danticorps monoclonaux humains antirabiques par la technologie de phage display sans passer par la production dhybridomes offre de relles perspectives innovantes aux immunoglobulines antirabiques quines actuellement utilises en srothrapie. Plusieurs fragments Fabs humains antirabiques ont montr un pouvoir de neutralisation contre la souche virulente CVS-11. Les fragments Fabs se lient la glycoprotine G du virus rabique et bloquent 100% lentre aux cellules BHK-21 avec un titre de neutralisation suprieur 1.5 UI/ml. Le pouvoir de sroneutralisation de 3 fragments Fab anti-rabiques (Fab1-3) in vivo sur des souris Swiss a t tudi. Les souris ont t inocules par voie intracrbrale avec 100DL50 de CVS-11 pralablement incubs avec 10g/ml de Fab1-3 et ont t suivies pendant une priode de 60 jours. Le fragment Fab1 a induit une protection quivalente 90% alors que le taux de protection des souris administres avec Fab2 est de 100% ; Fab3 nayant protg que 25% des souris et seul le Fab2 pourrait tre utilis en prophylaxie post-exposition (PEP) antirabique. Dun autre ct, nous avons identifi des peptides immunognes qui miment le site antignique III sur la glycoprotine G du virus de la rage. Les peptides renferment dans leurs squences les trois rsidus K330, R333 et W335 indispensables la formation et au maintien dpitope fonctionnel (site III) de la glycoprotine reconnue par les anticorps neutralisants antirabiques. Linjection , aux souris Balb/C, de ces peptides homologues au site antignique III de la glycoprotine G, induit une rponse immunitaire humorale chez les souris immunises, caractrise par la prsence danticorps polyclonaux antirabiques se liant au virus rabique et prcisment la glycoprotine G. Les expriences dimmunisation des souris Balb/C laide du phage-CKRDSTWC, suivies par linjection (challenge) de 1000DL50 de la souche virulente CVS-11, ont montr que 100% des souris pr immunises sont protges contre le virus de la rage. De plus, la bta2 intgrine CD11b/CD18 (Mac-1), une molcule dadhsion majeure des neutrophiles, intervient dans ladhrence de ces cellules aux surfaces protique et joue un rle important dans les ractions inflammatoires chez lhomme. Pour dvelopper des peptides antagonistes capables de bloquer slectivement lactivit de Mac-1, une banque de peptides contraints (cys-6aa-cys) a t utilise pour dterminer les caractristiques structurales de CD11b reconnu par un anticorps neutralisant anti-CD11b (mAb 44a). Des conditions de slection stringentes ont t mises au point et ont permis didentifier un peptide qui mime un pitope structural du domaine I de CD11b, reconnu par mAb 44 a. Les tests de comptition ont montr que le peptide slectionn est capable de se fixer au fibrinogne, iC3b, et C1q. En parallle, nous avons confirm par des tests dose-rponse, que le peptide inhibe de faon spcifique la liaison du fibrinogne radiomarqu au Mac-1 (CI50 = 3.35 0.1 M). La structure 3D du peptide inhibiteur/antagoniste fournit lemplacement prcis des acides amins localiss dans le domaine I du CD11b, indispensables dans les interactions entre Mac-1 et ses ligands naturels (fibrinogne, iC3b, C1q). Des tests dinhibition dadhsion des cellules neutrophiles (PMN) in vitro et in vivo ont confirm un effet anti-inflammatoire du peptide caractris. Le dveloppement de nouvelles molcules antagonistes capables de lier les rcepteurs CXCR1 et CXCR2 pourraient constituer des outils thrapeutiques anti-inflammatoires rels. En effet, la chimiokine CXL8 (IL8) joue un rle important dans les ractions inflammatoires par sa liaison aux rcepteurs CXCR1 et CXCR2 exprims la surface des cellules neutrophiles et il arrive que cette raction se retourne contre lorganisme provoquant diverses pathologies inflammatoires. Nous avons pu identifis, par le biais des banques combinatoires, 4 peptides diffrents qui miment les domaines N- et C-terminaux de CXCL8 et qui bloquent de manire comptitive sa liaison aux rcepteurs CXCR1 et CXCR2 avec des CI50 qui varient entre 8, 5 et 10 M. Plus particulirement, les peptides isols ont un effet dose-rponse sur la libration de calcium intracellulaire et sur la migration des cellules neutrophiles in vitro. Le blocage de linfiltration des leucocytes pourrait constituer une approche utile dans le traitement des maladies inflammatoires. Effets antimicrobiens de fractions de venin de scorpion (en collaboration avec Dr M. El Ayeb) La recherche de peptides thrapeutiques antimicrobiens partir dorganismes vivants progresse avec lenteur car elle s'attaque des micro-organismes ne se multipliant qu' l'intrieur des cellules vivantes dont ils dtournent le mtabolisme leur profit, mais a reste quand mme un grand pas dans le domaine de la thrapeutique puisquelle reprsente une alternative pour la rduction de lutilisation des produits de la synthse chimique. Au cours de ce travail, nous avons dcouvert, pour la premire

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fois, de nouvelles molcules d'intrt thrapeutique issues de venin de scorpion Buthus occitanus tunetanus, Aprs purification sur chromatographie d'exclusion molculaire, puis sur FPLC et enfin sur HPLC, des molcules de nature peptidique bien spares et bien purifies, ont t obtenues puis testes sur deux virus envelopps: les virus de la maladie de Newcastle (NDV) et de la Rhinotrachite Infectieuse Bovine (IBR) pour mettre en vidence leurs activits antivirales. Les rsultats montrent quaucune de ces fractions na deffet inhibiteur sur le virus IBR alors qu'une des fractions issues de HPLC prsente une activit antivirale nette contre le virus NDV. Trois fractions issues de la purification par FPLC et testes sur des bactries E. coli rsistante, Enterococcus faecalis et Staphylococcus aureus, ont montr aussi une activit antibactrienne assez spcifique et importante. Ceci sest confirm encore aprs purification plus pousse par HPLC. Ce travail doit tre complt par une estimation de la taille des peptides actifs par lectrophorse sur un gel SDS-page ; la masse exacte sera value par spectromtrie de masse, suivie par la dtermination de la squence complte. Une tude de la structure et du mcanisme daction de ces peptides seront aussi ncessaires en ayant recours des techniques plus sophistiques tels que CDS (Dichrosme circulaire spectroscopique), le Patch clamp et le microscope lectronique. Il est galement recommand deffectuer des tests immunologiques pour pouvoir envisager plus tard de tester ces peptides sous forme de mdicaments. Et finalement, la synthse chimique de ces peptides et surtout leur synthse par clonage dans des vecteurs biologiques ou de manire chimique se montre intressante. Les rsultats obtenus restent prliminaires et nous encouragent mieux matriser les techniques utilises afin dobtenir de nouveaux outils thrapeutiques dans le domaine du traitement des maladies infectieuses. Les chiffres cls du laboratoire en 2012

15 publications internationales 9 communications nationales et 9 internationales (orales et affichs) 6 confrences 2 vacations et cours rmunrs 22 participations des jurys pour lobtention de diplmes en Tunisie et ltranger 2 participations des commissions nationale et internationale 2 projets en cours et 3 obtenus 23 diplmes soutenus 26 diplmes en cours

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LABORATOIRE DEPIDEMIOLOGIE MOLECULAIRE ET PATHOLOGIE EXPERIMENTALE APPLIQUEE AUX MALADIES INFECTIEUSES

(LR 11 IPT 04) Composition de lquipe Prnom, Nom Ikram Guizani Habib Karoui Emna Ennaifer Akila Fathallah-Mili Leila Attia Khadija Ben Khadir-Essafi AtfaSassi Mourad Barhoumi Zakaria BenLasfer Souheila Guerbouj Khedher Thouraya Mejri Rahima Belhaj Rhouma Ben Houria Zohra Aloui Jomaa Chemkhi Thalja Laasili Imen Bassoumi-Jamoussi Ahmed Chakroun YusrSaadi Ben Aoun Chema Zoghlami Bouchrara Rym Chakroun Abroug Amina Sellami Krichen Mohamed Selim Ben Hassine InesEnnine Alia Yaacoub Abdallah Helal Houaida Kebaier Hachemi Imen Mkada Nessrine Essid EmnaFehri Maaouia Noura Naffati Monia Ardhaoui Emna Harigua Hela Abid Rafeh Oualha Kaouther OuerhaniGuermazi Feten Salhi Ichrak Riahi Ons Zakraoui Hejer Souguir Alia Yaacoub M ongia Kraiem Latifa Chamekh Amal Chihi Asma Marzougui Najla Hajji Nahed Nefzi Position/Fonction Biologiste Principal/ Chef de Laboratoire Biologiste Principal/ Chef dquipe Matre de confrences hospitalo-Universitaire agrge/ Chef dquipe Matre de confrences hospitalo-Universitaire agrge/ Chef de projet Matre de confrences hospitalo-Universitaire agrge/ Membre Biologiste Adjoint Habilit/ Chef de projet Biologiste Adjoint Habilit/Chef de projet Biologiste Adjoint / Chef de projet Mdecin Vtrinaire Principal/ Membre Maitre Assistant/ Chef de projet Maitre Assistant/ Chef de projet Maitre Assistant/ Chef de projet Biologiste Adjoint/Membre Technicien Suprieur Majeur/ Surveillant LEEP Technicienne Suprieure Ingnieur Principal Ingnieur Principal Ingnieur Principal Gestionnaire Mdecin Spcialiste Mdecin Spcialiste Mdecin Spcialiste Mdecin Spcialiste Rsidente / Etudiante en Mastre Ouvrier

Etudiants en Thse es science

Etudiante en Master

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Prsentation gnrale des activits du laboratoire Le laboratoire de recherche financ par le MESRST sous le code LR11IPT04 regroupe 3 quipes de recherche appartenant au Service de Laboratoire dEpidmiologie et dEcologie Parasitaire (prcdemment sous contrat LR00SP04), au Service de Labor atoire dAnatomo-pathologie humaine et exprimentale (prcdemment financ sous contrat UR02SP04 et lquipe de recherche indpendante en biochimie et pathologie exprimentale supporte par le MESRST sous le contrat UR06SP02. Les objectifs de ce programme de laboratoire de recherche sont de : - Etudier au plan molculaire lpidmiologie de pathognes hautement prvalent aux chelles nationales et globale par la caractrisation des pathognes et des dterminants molculaires impliqus dans la transmission, linfection ou la pathognie; - Dvelopper des outils de diagnostic et des marqueurs/ biomarqueurs qui permettent dvaluer les risques associs aux diffrents gnotypes de pathognes et leur mergence ; - Dterminer les mcanismes et voies cellulaires impliques dans des pathologies naturelles ou exprimentales avec des vises translationnelles et la valorisation de produits naturels. Ces objectifs dfinissent les 3 axes transversaux de recherche du laboratoire: marqueurs, diagnostic, et thrapie. Ils se dveloppent dans le cadre de 3 programmes / quipes. I- Programme 1 : Epidmiologie molculaire des leishmanioses : Gntique et gnomique compares et fonctionnelles appliques Les activits du laboratoire dEpidmiologie et dEcologie Parasitaire en matire de recherche sur les leishmanioses en 2011 et 2012 ont t poursuivies en continuit avec celles de lanne 2010 et en conformit avec les activits annonces pour le contrat programme du laboratoire LR11IPT04. Elles sorganisent aussi dans le cadre de collaborations nationales et internationales (financements MERST, AIEA, CRDF, AUF & IP-PTR). Ce rapport intgre aussi les activits du Dr. Atfa Sassi inities lors de son ancienne affectation au LIVGM dont certaines sont en cours de finalisation. Les objectifs de ce programme sont le dveloppement ou la mise en place doutils, procdures et modles permettant ltude pidmiologique fine et innovante des leishmanioses (Projet 1) ; le dveloppement de kits de diagnostic molculaires incluant de nouvelles gnrations doutils (Projet 2); et la caractrisation de dterminants du parasite, cibles potentielles en (immuno-) thrapie (Projet 3). A- Etude gntique des parasites du genre Leishmania (Projet 1.1): A-1 : Mise en place de marqueurs molculaires et procdures pour ltude gntique fine des parasites : Lidentification et la caractrisation des parasites ncessitent des outils molculaires bass sur des marqueurs ADN ayant un potentiel taxonomique et discriminatoire diversifi. Certains marqueurs gnomiques pralablement dcrits ont t slectionns pour une validation des fins de caractrisation taxonomique ou gntique des parasites y compris dans des prlvements biologiques frais ou archivs. Deux catgories de marqueurs ont t ainsi tudies : marqueurs correspondant des squences non codantes (A. Yacoub, Y. Saadi, M. Kraiem, A. Chakroun, A. Fathallah Mili, I. Guizani ; I. Mkada, A. Chakroun, I. Guizani) ; marqueurs correspondant des antignes de surface et cibles codantes (L. Chemkhi, A. Chihi, A. Fathallah Mili, A. Chakroun, I ; Guizani, S. Guerbouj) avec lobjectif dvaluer leur pouvoir pour identifier les espces dune part et/ou caractriser les polymorphismes dautre part constituant ainsi les outils de rfrence dans les divers es tudes envisages. Pour les besoins trs spcifiques de ltude gntique des parasites du genre Leishmania, divers nouveaux marqueurs molculaires correspondant des SNP et des microsatellites ont t dvelopps par la mise en place de PCR et analyse par squenage. Plus de 40 nouveaux marqueurs ont ainsi t dvelopps (A. Sahli, M. Barhoumi, I. Guizani). Par ailleurs, nous avons tabli des techniques de clonage rapide des parasites (I. Bassoumi, Y. Saadi, S. Guerbouj, A. Fathallah Mili, I. Guizani). Ces travaux sont effectus en collaboration avec des quipes Tunisienne (Pr. Moncef Ben Said) et Algrienne (Dr. Z. Harrat)

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A-2 : Application et validation de marqueurs pour ltude gntique des parasites du genre Leishmania : A-2-1 : Bases molculaires ltude pidmiologique des leishmanioses en Tunisie Limplication de lagent causal est souvent effectue sur la base de prsomptions de nature clinique, ou co-pidmiologique avec une identification de lagent causal souvent circonstancielle. Nous avons initi la mise en place de protocoles visant tudier les parasites au plan molculaire dans du matriel archiv en particulier pour explorer les pics pidmiques de la maladie en relation avec le temps, lespace et les agents pathognes (A. Yacoub, Y. Saadi, M. Kraiem, A. Chihi, H. Souguir, S. Guerbouj, I. Guizani, A. Fathallah Mili). Ce travail est effectu dans le cadre dune collaboration avec lquipe du Pr. M. Ben Said (EPS F. Hached, Sousse). A-2.2 : Vers une approche universelle de caractrisation gntique des parasites Avec lobjectif de mettre en place des outils utiles ltude gntique des parasites transmis en rgion MENA et dterminer les modalits gntiques de propagation des parasites, un chantillonnage de 320 parasites de diverses espces ayant diverses origines gographiques a t organis et les ADN ont t extraits pour tre analyss par squenage des produits PCR dune slection de 29 marqueurs gnomiques nuclaires (N=25) et mitochondriaux (N=4) parmi ceux dvelopps plus haut (M. Barhoumi, Y. Saadi, I. Bassoumi, A. Fathallah Mili, I. Guizani). Cette analyse valide les outils et met en lumire les caractristiques gntiques de ces parasites et les mcanismes gntiques qui sous tendent la transmission de ces parasites (Barhoumi et al, en prparation). Ce travail majeur est effectu en collaboration avec des quipes amricaines (Drs. D. Sacks & M. Grigg) et algrienne (Dr. Z. Harrat). B- Modles exprimentaux de linfection leishmanienne : Rponses immunes de lhte et intrt pour les stratgies lutte (Projet 1.1) C-1 : Effet du fond gntique de la souris dans le dveloppement de la rponse immune humorale anti- leishmanienne. Le modle murin utilisant les souris de la ligne BALB/c, sensible linfection par le parasite Leishmania (L.) major, et C57BL/6 rsistante ce parasite, est le systme le plus utilis dans la littrature pour linvestigation des mcanismes de rsistance/susceptibilit linfection par Leishmania et lidentification de protine(s) pouvant servir doutils de srodiagnostic ou de vaccination chez lhomme. Dans ce projet, nous avons analys dans un modle murin les rponses humorales vis vis dextraits antigniques de L. major, ou recombinants telles que les protines LeIF et LACK, dveloppes aprs immunisation ou infection exprimentale par L. major. Des diffrences quantitatives et qualitatives notables sont observes par les expriences dELISA et dimmuno-empreinte. Elles seraient dues non seulement la rsistance ou susceptibilit Leishmania des souris utilises mais aussi leur fond gntique, BALB/c tant de CMH H2d alors que C57BL/6 tant de CMH H2b (R. Ouelha, O. Kaak, A. Sassi). Les antignes impliqus sont en cours didentification. C-2 : Rponses innes des cellules humaines polynuclaires neutrophiles contre le parasite Leishmania. Au site dinoculation, le parasite Leishmania (ou ses composants antigniques) active les cellules environnantes ce qui provoque un appel des cellules de la rponse immunitaire inne soit principalement les polynuclaires neutrophiles puis les monocytes (cellules prcurseurs des macrophages et des cellules dendritiques) et les cellules Natural killers (NK). Neutrophiles et macrophages ont un rle crucial dans la destruction des parasites phagocyts. Notre objectif est danalyser le pouvoir infectant de diffrentes souches: souches de rfrence ou nouv eaux isolats tunisiens des complexes L. major et L. infantum, de cellules neutrophiles humaines. Nous comparerons aussi leur capacit de stimuler la synthse par les neutrophiles de molcules ayant un pouvoir anti-microbien telles que les alpha et beta dfensines. Ces molcules appartiennent des familles de peptides antimicrobiens naturels. Elles sont considres comme des agents thrapeutiques idals en raison de leur capacit potentielle contourner les problmes de rsistance souvent observs lors dautres thrapies antimicrobiennes (R. Ouelha, A. Sassi). C-3 Nouvelles gnrations doutils de diagnostic molculaire des leishmanioses (Projet 1.2) : Des outils de diagnostic molculaires simples, rapides et fiables sont cibls. Cette activit est bien avance et des prototypes de kits sont en cours de mise en place en collaboration avec Skuldtech (Dr. D. Piquemal) pour leur transfert pour validation en conditions routinires. Des dveloppements R&D sont en cours qui incluent la mise en place de puces ADN, des amplifications isothermes et

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des PCR HRM (Y. Saadi, M. Kraiem, H. Souguir, A. Chakroun, S. Guerbouj, A. Fathallah Mili, I. Guizani ; M. Chaouech, S. Ben Abderrazak, I. Guizani). Une dclaration dinvention relative certaines des cibles utilises pour dvelopper ces tests, transmise en Janvier 2010 la DARI (IP) est encore en souffrance attendant la mise en place dune convention entre lIPT et lIP. D- Caractrisation gntique, molculaire, et fonctionnelle de protines parasitaires de Leishmania infantum et validation de leur intrt pour la lutte anti-leishmanienne: (Projet 1.3) D-1 : Etude de la protine eIF4A de Leishmania, LeIF : Cette protine prsente un intrt vaccinal prouv dans la littrature en particulier par ses proprits immunomodulatrices qui en font un adjuvant naturel de type Th1. Nos travaux ont permis sa caractrisation biochimique et gntique ainsi que ltude de certaines proprits immunologiques (Barhoumi et al., 2011 ; Barhoumi et al., Sous presse). Cette tude sest poursuivie pour mieux caractriser leffet adjuvant de cette protine et son interaction avec le macrophage (M. Barhoumi, I. Guizani) en collaboration avec une quipe hellnique (Dr. E. Dotsika). Par ailleurs, dans le cadre de sa validation en tant que cible pour la thrapie, nous avons initi ltude structurale in silico de cette protine par modlisation et dynamique molculaires afin de dfinir des poches cibles au dveloppement de petites molcules ; des dveloppements mthodologiques et des criblages in silico sont en cours (E. Harigua, M. Barhoumi, I. Guizani) en collaboration avec une quipe franaise (Drs. M. Nilges) et Ariana Pharma (Dr. M. Afshar). Afin de produire cette protine en grande quantit, nous avons initi sa production partir de levures (S. Khemakhem Gargouri, I. Guizani, M. Barhoumi) en collaboration avec le CBS (Dr. R. Mokdad- Gargouri). Un financement dans le cadre dun appel propositions PTR a t accord pour dvelopper lexploration fonctionnelle de cette protine dans une approche transversale (dossier 426, I. Guizani & M. Barhoumi, K. BenKhadir Essafi, E. Dotsika, M. Nilges). D-2 : Etude de la protine Methylthioadnosine phosphorylase, MTAP : Cette protine prsente un intrt potentiel pour la thrapie. Nos travaux visent sa caractrisation compare in silico afin den dfinir les caractristiques uniques. Lanalyse phylogntique a rvl des caractristiques uniques au parasite au plan de la squence primaire de la protine qui sont explores au plan structural. A cet effet des modles 3D par homologie ont t dvelopps et analyss (H. Abid, M. Kaffela, T. Mejri, I. Guizani). Un essai enzymatique a par ailleurs t mis en place pour tudier les proprits biochimiques de cette protine, (M. Kaffela, L. Borchani, T. Mejri, I. Guizani). Son clonage et ltude de son profil dexpression chez le parasite ont t initis (H. Abid, T. Mejri, I. Guizani). E- Travaux de recherche poursuivis en collaboration (initis avant 2012 par Dr. A. Sassi) E-1 : Etude gntique du Syndrome de Buckley. (Collaboration avec Dr R. Barbouche et Dr L. Borchani). Les malades atteints du syndrome de Buckley ou syndrome dHyper IgE sont caractriss par des infections articulaires et pulmonaires, des infections staphylococciques et une synthse accrue danticorps de type IgE. Nous avons recrut plusieurs familles o un deux membres sont atteints de cette maladie. Une tude gntique ralise en collaboration avec le Dr S. Holland des Instituts nationaux de la sant (NIH-USA), nous a permis dexclure la prsence dune mutation du gne STAT3, gne qui a t retrouv parfois mut dans les formes autosomiques dominantes. Dans le cadre dune collaboration avec B. Grimbacher (Royal Free Hospital & University College Medical School (Londres. UK), A. Schaffer (NIH. USA), D. Pfeifer (University Hospital Freiburg, Germany), E. Smith (Karolinska Institute, Stockholm, Sweden) et Ann Dell (Imperial College of London. UK) nous avons identifi deux types de mutations touchant un gne codant pour une enzyme jouant un rle important dans le mtabolisme des sucres. La purification de cette protine ainsi que celle des IgE des malades a t aborde par le Dr L. Borchani. Lactivit pharmacologique de cette protine est en cours dinvestigation. Le manuscrit est en prparation. Ce projet en cours de finalisation a t initi au LIVGM. E-2 : Caractrisation pharmacologique et immunologique de protines scorpioniques. Collaboration avec Dr Lamia Borchani. (Laboratoire des venins et biomolcules thrapeutiques). Le projet vise lidentification, la purification et la caractrisation partir du venin du scorpion iranien Hemiscorpius (H.) lepturus de nouvelles protines ; parmi ces protines, on cite : lHeminecrolysin et des protines possdant une activit phospholipasique (PLA2). Les proprits pharmacologiques et biochimiques de lHeminecrolysin, protine responsable de leffet hmolytique et dermo-ncrotique, ont t tudies et les rsultats obtenus ont fait lobjet de deux articles (Borchani et

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al., 2011a, 2011b). Dans une continuit de ce travail, nous avons identifi le mcanisme utilis par lHeminecrolysin: activit lysoPLD, induction de taux levs de c ytokines inflammatoires, mcanisme qui explique ses effets pathologiques observs aprs envenimation. (Borchani L, Sassi A, et al, Toxicon, sous presse). Quatre PLA2s ont t purifies partir du venin de H. lepturus. Ltude de leurs activits biochimiques et pharmacologiques a montr quil sagit de molcules diffrentes. Testes sur des cellules macrophagiques, nous avons observ quelles induisent des panels diffrents de cytokines inflammatoires et/ou anti-inflammatoires. II- Programme 2: Epidmiologie molculaire des infections gnitales HPV et du Cancer du col de lutrus A- Objectifs poursuivis en 2012 : 1- Dfinir les donnes pidmiologiques relatives linfection HPV en termes de prvalence nationale, de gnotypes circulants et des principaux gnotypes impliqus dans la cancrisation 2- Caractriser au niveau cellulaire et molculaire des gnotypes risque observs en Tunisie, les mcanismes immuns impliqus dans la pathogense de cette infection pouvant conduire non seulement la dcouverte de nouvelles pistes thrapeutiques ou vaccinales mais aussi pour valider lefficacit relative des traitements ou des vaccins actuellement disponibles contre ce virus. B- Rsultats saillants obtenus en 2012 : Les objectifs dfinis pour 2012 ont t atteints et leurs perspectives seront laboutissement des travaux de 2013. Les donnes obtenues sont les suivantes : B.1 : Epidmiologie molculaire des infections HPV en Tunisie (Projet 2.1) : 1.1. Identification des gnotypes de HPV impliqus dans les cancers invasifs du col utrin tunisiens. Le travail a t ralis dans le cadre dun master et fait lobjet dune publication en cours (Faten Salhi, Directeur de recherche : Pr. Ag Emna Ennaifer) Il a mis en vidence la prvalence dominante du HPV16, cible des vaccins prophylactiques actuellement en circulation. Les chantillons proviennent de 4 grands centres hospitaliers de la Rpublique incluant Tunis, le Cap bon et Sfax. 1.2. Mise en vidence de la prsence de souches gnitales de HPV au niveau de la peau et de la cavit buccale en milieu familial. Cette tude ralise sur des familles de conditions socioconomiques moyennes a permis la ralisation dune tude statistique qui a dmontr que les contaminations parents-enfants par des gestes de la vie quotidienne sont possibles. (Master Kaouther Ouerhani. Directeur de recherche : Pr. Ag Emna Ennaifer). 1.3. Dmarrage de ltude de la prvalence nationale des infections HPV et des facteurs de risque, ralise en collaboration avec lObservatoire National des maladies Nouvelles et mergentes (Principaux investigateurs : Pr Ag Emna Ennaifer (IPT), Pr Ag Nissaf Ben Alaya (ONMNE)). Elle fait lobjet dune thse (Monia Ardhaoui, Directeur de recherche : Pr. Ag Emna Ennaifer). Ce travail vise mesurer la prvalence de linfection HPV en Tunisie et didentifier les principales souches en circulation afin de fournir des renseignements permettant de guider une rflexion sur lintro duction vaccinale. Le but est de donner une ide assez claire sur la situation pidmiologique de linfection en Tunisie afin de fournir des renseignements permettant de guider la rflexion sur la question de lintroduction du vaccin. Elle est ralise che z des femmes ges de 18 65 ans rparties en fonction des grandes rgions de la rpublique tunisienne. Cette tude permettra aussi de fournir des informations pidmiologiques et cytologiques pouvant amliorer les outils de diagnostic courant et de raliser une banque de souches virales tunisiennes qui seront clones pour les tudes supplmentaires et complmentaires. B .2 : Etude des interactions hte - pathognes pour caractriser des protines cibles thrapeutiques (Projet 2.2) : 2.1. Mise en vidence dune augmentation significative de lexpression des TLR9 dans les stades croissants des tats pr-noplasiques vers le cancer invasif du col utrin. Les rsultats font lobjet dune publication soumise. (Thse Emna Fehri, Directeur de recherche : Pr. Ag Emna Ennaifer) Cette tude a t ralise avec des tmoins de col normal et de condylomes. Elle doit tre complte par une valuation par PCR quantitative. Lidentification du rle des TLR dans la stimulation et la progression du processus oncogne au niv eau du col ouvre des opportunits dapplications thrapeutiques anticancreuses et doit tre ralise sur les principaux gnotypes oncognes impliqus dans le cancer du col en Tunisie. Ceci est prvu pour une tude complmentaire (Thse ou post-doc).

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2.2. Dmarrage de ltude du polymorphisme du gne E6 du HPV 16 dans des lsions pr noplasiques du col de lutrus. Le rle de ce polymorphisme de la protine oncogne E6 est fondamental dans la cancrognse utrine. Un polymorphisme du gne E6 dans des souches dHPV16 tunisiennes pourrait intervenir dans la progression des lsions vers le cancer invasif (Master Asma Marzougui, Directeur de recherche : Rahima Belhadj Rhouma). Ce travail doit tre poursuivi et complt dans le cadre dune thse. C- Projets poursuivis ou amorcs pour 2013 C.1 : Perspectives du projet 1 : 1.1. Etude de lpidmiologie molculaire des HPVs gnitaux dans la population fminine tunisienne (Thse Monia Ardhaoui, Directeur de recherche : Pr. Ag Emna Ennaifer) Lidentification des souches circulantes de HPV lchelle nationale permet de dresser le profil pidmiologique des gnotypes circulants et damliorer les outils techniques didentification de ces gnotypes . 1.2. Etude de la prvalence des HPV gnitaux au niveau du col de la peau et de la cavit buccale : (Thse Kaouther Salhi, Directeur de recherche : Pr. Ag Emna Ennaifer) Cette tude vise valuer le risque dune auto-infection par les HPV de type gnital chez les femmes infectes et leur potentiel contaminant par voie extra-gnitale. L'infection par le HPV constitue l'infection sexuellement transmissible (IST) la plus rpandue dans le monde mais le mcanisme de contamination ne fait pas uniquement intervenir les voies gnitales. Ainsi, la transmission se fait surtout suite un contact direct de peau peau ou de muqueuse muqueuse et il est essentiel de dterminer les risques de linfection par contamination non sexuelle. C.2 : Perspectives du projet 2 : 2.1. Dfinition quantitative de la relation entre lexpression de TLR9 et la progression des lsions noplasiques du col utrin par RT-PCR (Thse Emna Fehri). 2.2. Poursuite de ltude du polymorphisme du gne E6 du HPV 16 dans des lsions pr noplasiques du col de lutrus. (Thse Asma Marzougui, Directeur de recherche Rahima Belhaj Rhouma). Il sagit dtudier la relation entre la progression des lsions pr -noplasiques du col utrin lie HPV16 et des variations de la virulence de ce gnotype par la slection d'aptamers spcifiques la protine E6 qui est associe aux stades les plus malins. 2.3. Etude du statut virologique des infections HPV en Tunisie : tude de la charge virale et du statut de E6-et E7 dans les diffrents grades des tats pr-noplasiques et les cancers invasifs du col utrin (Thse Faten Salhi, Directeur de recherche : Pr. Ag Emna Ennaifer). Lobjectif de ltude est dutiliser la PCR en temps rel et la PCR quantitative pour dterminer la prvalence des formes intgres et pisomales de E6 et la charge virale chez des femmes tunisiennes prsentant des lsons pr-noplasiques et le cancer in invasif du col de lutrus. Linfection persistante par un HPV haut risque, notamment le HPV16, est considre comme une tape importante de la carcinognse du col de lutrus. Lintgration de lADN viral dans le gnome de la cellule hte travers la destruction des squences du gne E2 de lHPV augmente lexpression des protines virales oncognes E6 et E7 ainsi que leur participation la transformation cancreuse. III- Programme 3: Biochimie et Pathologie Exprimentale Appliques aux Maladies Infectieuses Lobjectif gnral de ce programme est didentifier et de valider des cibles dintrt thrapeutique dans des pathologies dorigines infectieuses ou lies un excs ou un dfaut d e vascularisation avec trois objectifs spcifiques : - 1 objectif: Dveloppement de modles de pathologie exprimentale applique en se basant sur la mise en vidence du potentiel thrapeutique des protines du venin dans la stimulation ou linhibition de langiogense. me -2 objectif: Recherche de corrlation entre lexpression de certains marqueurs de langiogense et lvolution de pathologies associes (Maladie de Kaposi comme exemple) me 3 objectif: Le criblage et la caractrisation de substances naturelles bioactives
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A- Dveloppement de modles de pathologie exprimentale applique : Potentiel thrapeutique des protines du venin apparentes VEGF dans la stimulation de langiogense (Projet 3.1): (Zohra Aloui, Essafi-Benkhadir Khadija, Ammar Gasmi et Habib Karoui). Les protines du venin de type VEGF ont une capacit importante augmenter la permabilit capillaire et ainsi diminuer la pression artrielle. En se basant sur leffet pro -angiognique de la protine ICPP du venin de Macrovipera lebetina, nous avons examin son effet thrapeutique dans un modle exprimental dischmie aigue. En ischmie/reperfusion (IR) cardiaque, nous avons montr quune simple administration de ICPP par voie intraveineuse, est capable de rduire dune faon significative, la taille de linfarctus par rapport une solution saline utilise comme tmoin ngatif. Leffet de ICPP est quipotent au contrle positif VEGF, qui provoque une diminution de 57% de la taille de linfarctus. Un prtraitement avec l'antagoniste du rcepteur VEGFR2, le SU1498 aboli cet effet. Les deux facteurs de croissance (ICPP et VEGF) induisent la phosphorylation de la kinase ERK dans le myocarde ischmique. Nous avons par la suite tudi la fonction mitochondriale du myocarde, un facteur dterminant de l'apoptose, en valuant leffet de ICPP s ur la fonction respiratoire mitochondriale et sur la permabilit de la membrane mitochondriale. ICPP, tout comme VEGF, augmente la capacit de rtention du calcium mitochondrial et amliore la fonction respiratoire mitochondriale. Ces donnes montrent que l'administration intraveineuse de ICPP provoque un puissant effet cardioprotecteur en IR, ce qui rend cette molcule une alternative potentielle lutilisation du VEGF. Ce travail a fait lobjet dune collaboration scientifique avec le Dr Erij Messadi de lIPT et les laboratoires des Drs Alhenc-Gelas F. et Richer C. (INSERM U872, Paris, France) et du Dr Ovize M. (INSERM U1060-CarMeN, Lyon, France). Ce travail fait lobjet dun article soumis au journal The Journal of pharmacology & Experimental Therapeutics. Ce travail a bnfici du support de lINSERM, du Rseau International des Instituts Pasteur (RIIP) et du Ministre de lEnseignement Suprieur et Recherche Scientifique en Tunisie. B- Recherche de corrlation entre lexpression de certains marqueurs de langiogense et lvolution de pathologies associes (le sarcome de Kaposi comme exemple) (Projet 3.2) (Zakraoui Ons, Karoui Habib et Benkhadir-Essafi Khadija) La maladie de Kaposi (MK) est une tumeur fortement vasculaire associe une infection par le virus HHV-8 (Human Herpes Virus-8). Le rle oncogne de ce virus dans linflammation chronique et langiogense tumorale peut sexercer par le biais dun mcanisme autocrine et paracrine induisant la scrtion de plusieurs facteurs pro-angiogniques et pro-inflammatoires. Dans le but didentifier des marqueurs pronostiques pour lvolution de la maladie de kaposi, nous avons cherch lexistence dune corrlation entre lexpression de certains marqueurs de langiogense VEGF (Vascular Endothelial Growth Factor), lIL-8 (Interleukin 8) et lIL-6 (Interleukin 6) et le stade volutif de la maladie. Nous avons tudi de faon prospective les particularits cliniques, et srologiques de cette pathologie travers une srie de patients Tunisiens. Il en est ressorti que la MK dans sa forme classique est la plus prpondrante avec une atteinte majoritaire des patients gs de sexe masculin. Lanalyse comparative des taux sriques du VEGF (Vascular Endothelial Growth Factor), lIL-8 (Interleukin 8) et lIL-6 (Interleukin 6) a fait ressortir une expression plus importante de ces facteurs angiogniques chez les patients MK+ par rapport aux tmoins. Nos rsultats suggrent que lIL-8 pourrait servir de marqueur de mauvais pronostic dans la MK+ et constituer ainsi une cible elle de choix dans toute stratgie thrapeutique. (Projet de Mastre de M Ons Zakraoui). Ce travail a fait lobjet dune collaboration avec les Docteurs Mourad Mokni et Sondes Trojjet du service de Dermatologie de lhpital la Rabta et le Professeur S amir Boubaker et le docteur Haifa Tounsi du service dAnatomie Pathologique de lInstitut pasteur de Tunis. C- Le criblage et la caractrisation de substances naturelles bioactives (Projet 3.3): C-1- Activit anti-tumorale (Riahi Ichrak, Zakraoui Ons, Houda Ayari, Soumaya Souid, Karoui Habib, et Essafi-Benkhadir Khadija) Dans le cadre de la valorisation des extraits de plantes comme une source de biomolcules actives et un outil pour la dcouverte de nouveaux agents thrapeutiques, nous nous sommes intresss l'tude des polyphnols de lcorce du coing Tunisien, Cydonia Oblonga Miller. Nos tudes ont montr que l'extrait phnolique du coing est dot d'un fort pouvoir anti-inflammatoire. Nous avons associ cet effet l'inhibition de deux voies de signalisation majeures de l'inflammation cellulaire, la voie NFcelle activant la kinase Akt (Essafi-Benkhadir et coll., 2012). Vu le lien entre linflammation chronique et le cancer et l'importance majeure de ces deux voies dans le contrle de la survie cellulaire, nous avons valu par la suite l'effet anti-tumoral potentiel des polyphnols du coing sur deux lignes cellulaires issues dun adnocarcinome du colon. Nos rsultats ont montr que les polyphnols du

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coing bloquent la prolifration des cellules cancreuses et induisent leur apoptose. Cet effet passe travers une modulation des voies impliques dans la prolifration et la survie cellulaire et une modulation de lexpression de certains facteurs pro-angiogniques (Riahi et coll., publication en prparation) Ce travail fait lobjet dune collaboration scientifique avec le Dr Sami Fattouch de l Institut National des Sciences appliques et de Technologie (INSAT) et Le Dr Makram Essafi (LR02, IPT). Il sest elles concrtis par une validation de deux Projets de Mastre (M Riahi Ichrak et Houda Ayari, Publication en prparation) et un article paru dans le journal BBRC (Essafi-Benkhadir et coll., 2012). De mme, dans le cadre dune collaboration scientifique avec le groupe du Dr Mohamed Neffati du laboratoire dEcologie pastorale, Institut des rgions arides de Mdenine, nous avons pu mettre en vidence le pouvoir anti-tumoral dun extrait dail sur des cellules originaires dune Leucmie Mylode elle Chronique (Projet de Mastre de M Soumaya Souid). Actuellement, ces travaux se poursuivront par dautres tudes complmentaires qui font lobjet de deux thses en cours (Ichrak Riahi et Soumaya Souid) et visant : 1)- Identifier le ou les composs responsables de lactivit anti-tumorale de ces extraits de plantes. 2)- Dcrire leur mcanisme daction 3)- Rechercher et proposer une combinaison de composs phnoliques avec des mdicaments synthtiques pour inhiber le dveloppement des tumeurs et rduire les effets nfastes lis la chimiothrapie et la radiothrapie. C-2- Activit anti-parasitaire (Zohra Aloui, Noura Neffati, Nefzi Nahed, Ikram Guizani et Habib Karoui) A partir de plantes mdicinales, collectes dans plusieurs localits gographiques en Tunisie, diffrents types dextraits ont t cribls pour leur effet anti-parasitaire contre la croissance et la viabilit de souches dermotropes et viscerotropes du genre Leishmania. Nos rsultats montrent que des extraits partir de la famille des Astraces provoquent des effets inhibiteurs importants de la viabilit dune souche viscerotrope de L. infantum. Les huiles essentielles extraites partir des espces de cette famille ainsi que les extraits hydro-alcooliques prsentent des activits doses-dpendantes plus importantes. Cependant, les extraits aqueux nont pas induit elle dinhibition significative de la croissance parasitaire (Projet de fin dtude M Nefzi Nahed, 2012). Dautres extraits partir dautres espces (Zygophylaces, Lamiaces, Apiaces...) sont en cours de elle valorisation dans notre laboratoire, dans le cadre de la thse de M Noura Neffati et le stage me Postdoctoral de M Zohra Aloui. Leffet anti-prolifratif ou apoptotique de ces extraits de plantes contre le stade intracellulaire du parasite sera test sur des macrophages infects ou non par le parasite Leishmania. Ce travail fait lobjet dune collaboration scientifique avec le Pr. Mohamed Bo ussaid (Unit Ressources Phytogntiques et Biotechnologie Vgtale, INSAT) et ses collaborateurs les Drs Chokri Messaoud et Yosr Zaouali. Le laboratoire de recherche financ par le MESRST sous le code LR11IPT04 regroupe 3 quipes de recherche appartenant au Service de Laboratoire dEpidmiologie et dEcologie Parasitaire (prcdemment sous contrat LR00SP04), au Service de Laboratoire dAnatomo-pathologie humaine et exprimentale (prcdemment financ sous contrat UR02SP04 et lquipe de recherche indpendante en biochimie et pathologie exprimentale supporte par le MESRST sous le contrat UR06SP02. Les objectifs de ce programme de laboratoire de recherche sont de : Etudier au plan molculaire lpidmiologie de pathognes hautement prvalent aux chelles nationales et globale par la caractrisation des pathognes et des dterminants molculaires impliqus dans la transmission, linfection ou la pathognie; Dvelopper des outils de diagnostic et des marqueurs/ bio marqueurs qui permettent dvaluer les risques associs aux diffrents gnotypes de pathognes et leur mergence ; Dterminer les mcanismes et voies cellulaires impliques dans des pathologies naturelles ou exprimentales avec des vises transrationnelles et la valorisation de produits naturels. Les chiffres cls du laboratoire en 2012

7 confrences 8 vacations et cours rmunrs 2 publications nationales, 6 publications internationales

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4 communications nationales 14 communications internationales (orales et affichs) 12 participations des Jurys pour lobtention de diplmes en Tunisie et ltranger 2 Participation des Commissions Nationales et Internationales 2 brevets dinventions acquis et contrats de valorisation 2 projets en cours 4 projets en obtenus 9 diplmes soutenus 23 diplmes en cours 9 formations continues nationales, 7 ltranger

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LABORATOIRE DE GENOMIQUE BIOMEDICALE ET ONCOGENETIQUE

(LR 11 IPT 05) Composition de lquipe Nom et Prnom Mohamed Samir Boubaker Hamouda BOUSSEN Becima FAZAA Hla BEN ABID Henda JAMMOUSSI Rachid MECHMECHE Abdelmajid ABID Salma FEKI Ahlem AMOURI Aida KHALED Amel ZHIOUA Olfa KILANI Haifa TOUNSI Wiem AYED Meriem JONES Amira ZAROUI Houda HAMMAMI Sonia ABDELHAK Houda YACOUB Mbarka BCHETNIA Fattouma BCHIR Chrine CHARFEDDINE Habib MESSAI Rym KEFI Hela AZAIEZ Lilia ROMDHANE Safa ROMDHANE Sihem BEN FADHEL Meriem CHARGUI Fatma HABACHI Ines ALLAGUI Sahar ELOUEJ Malek CHOUCHI Maryem OUESLATY Sondos KLIBI Yassine ZOUAOUI Meriam CHARGUI Amira JABALLAH Ines BEN AYED Marwa BAYOULI Boutheina MERNISSI Wiem AYED Insaf REJEB Lamia Cherif Ben Abdallah Afaf TIAR Faten BEN RHOUMA Faten TALMOUDI Khaled LASRAM Majdi NAGARA Nizar BEN HALIM Position/fonction Professeur hospitalo-universitaire /chef svices

Prof. En Hmatologie Clinique

Maitre de confrences hospitalo-universitaire agrg

Assistant hospitalo-Universitaire

Biologiste Principal/chef laboratoire Biologiste Biologiste Adjoint Pharmacien Major Maitre Assistant

Assistante Technicien Suprieur Ingnieur Ouvrier

Etudiant en Mastre

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Sabrine BEN BRICK Sana HSOUNA Yosra BOUYACOUB Wajih HAMAMMI Meriem BEN KHELIFA Nadia LAROUSSI Zied RIAHI Chokri NAOUALI Manel JERBI Ines ALLEGUI Sahar ELOUEJ Insaf REJEB Om Kalthoum Sallem Jihen GHABRI Amira BEN SALEM Sabra BEN TAAZAYET

Etudiant en thse es Sciences

Rsidents

Prsentation des activits du laboratoire Le laboratoire de gnomique biomdicale et oncogntique a deux programmes de recherche, qui sinscrivent dans le cadre dune thmatique globale, portant sur la diversit gntique et la sant des populations. Le premier programme intitul gnomique et maladie gntique vise mettre en place et appliquer une approche gnomique pour identifier la base molculaire de maladies monogniques et multifactorielles dans la population tunisienne. Le deuxime programme gnomique et cancer porte sur ltude de facteurs gntiques prdisposant aux cancers et affectant leur progression. Dans les deux programmes, linvestigation des affections cible est pluridisciplinaire associant la biologie clinique, la biochimie, lhormonologie, la cytogntique, lpidmiologie et la gntique molculaire. La recherche sur les maladies gntiques vise dvelopper des outils de dpistage et de prvention de lhandicap svre dorigine gntique. La recherche en oncogntique permettra lidentification de biomarqueurs valeurs prdictives, diagnostiques et/ou pronostiques. En plus de ces deux programmes, nous avons un programme de soutien la recherche qui comprend deux projets transversaux: un de formation en gnomique qui vise dvelopper les comptences en gnomique applique au domaine biomdical. Et un autre qui vise la valorisation des biomarqueurs identifis, dans les diffrents projets du laboratoire, par le dveloppement de kit diagnostic et de tests compagnons. Enfin, tous nos programmes de recherche sinscrivent dans une recherche translationnelle saccordant avec les missions de sant publique et de diagnostic spcialis de ltablissement. Gnomique et maladies gntiques Responsable du programme: Sonia Abdelhak, Biologiste Principal, Gntique Molculaire Humaine Objectifs du programme: Notre premier programme de recherche porte sur une approche gnomique des maladies monogniques et multifactorielles dans la population tunisienne afin damliorer leur prise en ch arge. Linvestigation de ces affections est pluridisciplinaire associant la biologie clinique, la biochimie, lhormonologie, la cytogntique, lpidmiologie et la gntique molculaire. Projet 1 : Investigation multidisciplinaire des Gnodermatoses svres isoles et syndromiques Chef du projet: Houda Yacoub Projet 2 : Investigation des formes mendliennes des maladies endocriniennes et de la reproduction Chef du projet: Ahlem Amouri Gnomique et cancers Responsable du programme: Samir Boubaker Professeur, Histologie-Pathologie Objectifs du programme: Etude de facteurs gntiques prdisposant aux cancers et affectant leurs progressions. Ce programme est galement abord par une approche gnomique et multidisciplinaire. Projet 1: Caractrisation cytogntique, gntique et gnomique fonctionnelle des maladies de rparation de lADN Chef du projet:Sonia Abdelhak Projet 2: Etude des formes familiales de cancer

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Chef du projet:Samir Boubaker Rsultats marquants obtenus en 2012: Les rsultats marquants de cette anne sont les suivants : Dans le cadre de ltude de la consanguinit et son impact sur la population tunisienne, nous avons dmontr la persistance de taux levs de consanguinit et dendogamie dans la population tunisienne (Ben Halim et al. 2012). Nous avons galement dmontr limpact sur la frquence des maladies autosomiques rcessives ainsi que limpact sur le spectre mutationnel. Nous avons publi une partie des rsultats obtenus par Melle Lilia Romdhane au cours de sa thse (thse soutenue en Novembre 2012) sur les mutations fondatrices dans la population tunisiennes et limpact sur le diagnostic molculaire en Afrique du Nord. Cet article publi dans lOrphanet Journal of Rare Diseases, IF : 5.07, a t class ds le premier mois de mise en ligne comme tant fortement consult ( highly accessed). Dans le cadre de ltude des gnodermatoses, nous avons men une tude du spectre mutationnel des pidermolyses bulleuses dystrophiques(EBD) focalise spcifiquement sur la population du sud tunisien (thse en cours par Melle Ahlem Sabrine BEN BRICK). En termes de svrit, il sagit de la deuxime gnodermatose, trs frquente dans la population tunisienne. Aussi bien des mutations prives, que des mutations rcurrentes, spcifiques de population ou au contraire rapportes dans dautres populations, ont t identifies chez les patients tunisiens. Une corrlation phnotype-gnotype a t observe chez la population du sud o deux effets fondateurs ont t identifis (article en cours de soumission). Pour la gnodermatose la plus svre savoir le Xeroderma pigmentosum (XP), nous avons identifi des mutations responsables de forme particulirement svre de XPA (Messaoud et al. 2012). Nous avons galement contribu la caractrisation molculaire de XPC dans la population marocaine (Senhaji et al. 2012). Pour la maladie de Fanconi, nous avons contribu llaboration dun registre national (Mseddi et al. 2012). Ce travail initi en 1998, avec la cration du Groupe T unisien dEtude de la Maladie de Fanconi a conduit la caractrisation cytogntique et molculaire dans la population Tunisienne. Pour les maladies mtaboliques monogniques et multifactorielles: -Pour les maladies monogniques, notre tude molculaire a port sur la maladie de Wilson, la maladie de Gaucher et la Glycognose de type Ia et III. Ce travail est effectu dans le cadre de la thse de Mme Faten Ben Rhouma dont la soutenance est prvue courant 2013. - Nous avons continu la caractrisation du spectre mutationnel de la maladie de Gaucher en Tunisie en augmentant le nombre des patients explors. Nous avons analyss des formes adultes de maladies de Gaucher (Ben Rhouma et al. 2012, Mseddi et al. 2012). En collaboration avec le service de biochimie de lhpital La Rabta, avons contribu la dtermination du spectre mutationnel de la phenylctonurie en Tunisie (trois publications de Melle Sameh Khemir). - Pour les maladies multifactorielles nous avons commenc limplmentation du projet europen FP7 MEDIGENE il sagit dun projet Specific International Cooperation Activity (SICA) intitul Genetic and environmental factors of insulin resistance syndrome and its long-term complications in immigrant Mediterranean populations lacronyme du projet est MEDIGENE www.medigene-fp7.eu. Nous avons galement commenc limplmentation du projet Projet GENOMEDIKA : Reinforcing IPT capacities in Genomic Medicine, non communicable diseases investigation and international cooperation acronyme GM_NCD_InCo FP7-INCO.2011-6.2, contrat N 295097 ; www.genomedika.org . Dans le cadre de ce projet, deux ateliers internationaux ont t organiss, un sur la diversit gntique et la sant des populations et un second sur le montage de projets internationaux. Au cours de cette anne, 10 articles scientifiques avec une contribution majeure des membres de notre unit de recherche ont t publies dans des revues internationales indexes. Notre quipe a galement contribu avec 3 chapitres dans un livre publi par Oxford University Press, intitul Genomics and Health in the Developing world. Ceci tmoigne de la place de nos activits de recherch sur les maladies rares dans les pays en dveloppement. Les chiffres cls du laboratoire en 2012

1 vacations et cours rmunrs 26 publications internationales

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1 communication orale et affiche nationale 4 participations des Jurys pour lobtention de diplmes en Tunisie et ltranger 1 participation des Commissions Nationales et Internationales 8 communications nationales 16 internationales (orales et affiches) 8 diplmes soutenus 25 en cours 1 projet obtenu 1 projet en cours 3 formations continues nationales

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LABORATOIRE DE PARASITOLOGIE MEDICALE, BIOTECHNOLOGIE ET BIOMOLECULES

(LR 11 IPT 06) Composition de lquipe Nom Prnom Bouratbine Ada Aoun Karim Chenik Mehdi Siala Emna Gala Yousr Ben Abdallah Rym Kanoun Fakher Maamouri Nadia Ben Mously Rym AbelMalek Rim Mousli Mohamed Guizani-Tabbane Lamia Ben Abderrazak-Klilib Souha Garnaoui Amel Imen RABHI-Essafi Ben Abda-Driss Imen AIssa Sameh Bach Hamba Donia Ghedira, Kais Benkahla Alia Chelbi-Ben Amor Hanen Zribi-Saadi Lilia Tabbabi Ahmed Noureddine Ben Khalaf Foudhaili-Ben kara Hela Gasmi Zied Boukraa-Laouiti Farah Abid Zied Gdoura Safa Kechaou-Cherif, Sonia Ben Sghaier Ines Ben Ammar Malek Ben Othman Souad Ben Hamda Cherif Gabsi Sarra Bouazizi Hana Belakhoua-Dogui Emira Ben Abda Imne Ayari Chiraz Sameh Rabhi Chamakh-Ayari Rym Kamoun-Jardak Wafa Chaouch Melek Smandi, Sondos Bel-ochi-Chahed Nouha Bousslimi Nadia Ben Abid Meriem Markikou-Ouni Wafa Jelassi Rifka Ben Rejeb Syrine/ Ben Haida Maroua Position/Fonction Professeur hospitalo-Universitaire (IPT) / Chef de LR Professeur hospitalo-Universitaire (IPT) Biologiste principal (IPT) Maitre de confrences Agrg (IPT) Maitre de confrences Agrg (IPT) Maitre de confrences Agrg (IPT) Maitre de confrences Agrg (Hpital la Rabta) Maitre de confrences Agrg (Hpital la Rabta) Maitre de confrences Agrg (Hpital H Thameur) Maitre de confrences Agrg (Hpital la Rabta) Biologiste (IPT) Biologiste (IPT) Biologiste (IPT) Biologiste (IPT) Maitre Assistant (chercheur associ) Assistante hospitalo-Universitaire (IPT)/Doctorante Assistante hospitalo-Universitaire (Hpital la Rabta) Assistante (Facult de Mdecine Tunis) Assistant contractuel Biologiste adjoint (IPT) Biologiste adjoint (IPT) Vtrinaire Biologiste (IPT) / Doctorante Post-doctorant (contractuel) Technologue (chercheur associ) Rsidente Parasitologie (thse de Mdecine) Rsident Parasitologie (thse de Mdecine) Rsidente Parasitologie Rsident Parasitologie (thse de Mdecine) Rsidente Parasitologie Mdecin Technicienne contractuelle

Doctorant (Thse de Biologie)

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Prsentation gnrale des activits du laboratoire Le laboratoire de recherche Parasitoses mdicales, Biotechnologies et Biomolcules , cr en 2011, est financ par le Ministre de lEnseignement Suprieur et de la Recherche Scientifique (LR 11-IPT-06). Il compte une quipe multidisciplinaire, dont plusieurs chercheurs associs bass dans diffrents centres hospitaliers du grand Tunis. Ses activits de recherche s'intressent aux parasitoses prsentant un intrt de sant publique en Tunisie, quelles soient endmiques (leishmanioses, toxoplasmose), mergentes (cryptosporidiose, microsporidiose) ou risque de rmergence (paludisme). Un intrt particulier est port ltude des leishmanioses qui constituent un axe de recherche bien dvelopp lInstitut Pasteur de Tunis. Les approches dveloppes da ns ltude de ces parasitoses mdicales sont mthodologiques et transversales. Elles sont structures en 3 programmes de recherche complmentaires concernant i) lco-pidmiologie parasitaire, ii) lidentification de biomarqueurs de linfection parasitaire et la mise au point doutils danalyses biologiques issus de la biotechnologie iii) la comprhension des tapes prcoces de linfection parasitaire et les lments cellulaires et molculaires qui combattent ou concourent son dveloppement, la modlisation bioinformatique des mcanismes qui rgissent la rponse cellulaire linfection et la caractrisation et lvaluation de molcules parasitaires prsentant un intrt thrapeutique ou vaccinal. Nous avons choisi de prsenter les diffrents objectifs poursuivi et rsultats obtenus lors de lanne 2012 par parasitose dintrt. PALUDISMELe paludisme svissait en Tunisie sous une forme endmo-pidmique. En 1967, un programme national a t mis en place et a permis larrt de la transmission locale en 1979. Depuis, seuls des cas dimportation sont rpertoris. Cependant, le paludisme constitue toujours une proccupation de sant publique en Tunisie. En effet, le pays reste vulnrable et rceptif au risque potentiel de rsurgence cause de laugmentatio n du nombre des cas imports et de la persistance des Anophles vecteurs. En 2012, les activits du LR ont concern la fois le volet humain et le volet entomologique. Concernant lhomme, le recrutement dun nombre important de patients et de sujets porteurs asymptomatiques du parasite a permis dinitier la cartographier les cas de paludisme imports et lvaluation de techniques diagnostiques telles que les Tests Rapides et la PCR. Concernant la partie entomologique, la capture de larves dAnophles des s ites slectionns selon lhistorique du Paludisme en Tunisie et leur importance pidmiologique a pu tre ralise. Leur identification morphologique et molculaire est en cours. TOXOPLASMOSE La srologie toxoplasmique est un examen biologique essentiel dans le suivi des femmes enceintes. Actuellement, ces techniques srologiques font appel des prparations dantignes constitues de parasites entiers ou dextraits bruts. Leurs sensibilits et leurs spcificits sont variables dun lot lautre. Il est souvent recommand dutiliser des protines pures partir dun micro -organisme parasitaire ce qui nest pas une tche facile et le cot rel de la prparation est lev. Grce au dveloppement des technologies de lADN recombinant, il est possible de pro duire des antignes recombinants dans des systmes dexpression htrologues, en grande quantit, avec des degrs de puret trs levs tout en prservant les activits biologiques initiales. Par ailleurs, la srologie tant pratique sur des prlvements sanguins, il est intressant dvaluer lapport de prlvements moins invasifs tel que le fluide oral dans la dtermination du statut immunitaire des femmes enceintes vis-vis de la toxoplasmose. Dans un premier temps nous avons produit un antigne toxoplasmique recombinant (rSAG1) et nous avons valu ses performances sur des chantillons de sang et de salive collects chez 91 parturientes (49 sro positives et 41 srongatives vis--vis du toxoplasme. La sensibilit et la spcificit de lELISA utilisant cet antigne taient de 100%. La dtection des IgG antitoxoplasmiques dans la salive tait moins performante, avec une sensibilit de 69,4% pour une spcificit de 100% (Chahed Bel-Ochi N, Bouratbine A and Mousli M. Enzyme-linked immunosorbent assay using recombinant SAG1 antigen to detect Toxoplasma gondii-specific immunoglobulin G me antibodies in human sera and saliva. Clinical and Vaccine Immunology, 2013, 20 (4) ). Dans un 2 travail nous avons cherch concevoir une nouvelle immunochimie base sur les conjugus immunoenzymatiques recombinants en utilisant le gnie gntique comme moyen de fusion entre les deux entits protiques : lantigne de surface majeur SAG1 de T. gondii et la phosphatase alcaline bactrienne. Cette protine de fusion chimrique a t produite dans un systme dexpression bactrien, directement dans la fraction priplasmique sous la forme soluble. Une fois exprime et purifie, lactivit de la phosphatase alcaline et la fonction de reconnaissance srologique de ce conjugu, ont pu tre tests. Les rsultats ont montr que la protine de fusion recombinante (SAG1PhoA) est bifonctionnelle et permet une dtection des anticorps anti-toxoplasmique par ELISA et par

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Dot-Immunoblot en une seule tape, sans anticorps secondaire. La sensibilit et la spcificit du ractif recombinant restent dterminer sur un grand nombre dchantillonnage (Chahed Bel-Ochi N, Bouratbine A and Mousli M. Design and characterization a recombinant colorimetric SAG1 alkaline phosphatase conjugate to detect specific antibody responses against Toxoplasma gondii. Article en cours de rdaction) MICROSPORIDIOSES ET CRYPTOSPORIDIOSES Les microsporidioses intestinales sont parmi les infections opportunistes les plus frquentes chez les sujets infects par le VIH. Une premire tude, effectue sur 119 patients tunisiens infects par ce virus la recherche de microsporidies par la coloration au trichrome et par PCR ciblant un fragment du gne de la petite sous-unit ribosomale SSU-rRNA des microsporidies, a confirm les meilleures performances de la PCR en rvlant un taux dinfection de 14,3% significativement suprieur celui de 6,7% obtenu par la microscopie (p = 0,03). Le squenage des amplifias de 15 des 17 patients positifs en PCR a confirme dans tous les cas les identifications prsomptives bases sur la taille des bandes obtenues, 250 pb pour Enterocytozoon bieneusi (sept cas) et autour de 270 pb pour Encephalitozoon intestinalis (neuf cas) ; un patient ayant prsent une infection mixte (Chabchoub N, Abdelmalek R, Issa S, Kanoun F, Ben Chaabene T, Bouratbine A et Aoun K. Apport de la PCR dans la recherche et lidentification des microsporidies intestinales chez les sujets infectes par le VIH. Pathologie Biologie 2012, 60, 9194). Par ailleurs, le gnotypage des souches dE. bieneusi a t effectu pour la premire fois en Tunisie. Trois gnotypes diffrents ont t identifis. Le gnotype D et le gnotype B ont t dtects respectivement dans 4 et 2 isolats alors que le gnotype Peru 8 a t trouv dans un cas. Ces rsultats tmoignent de la diversit gntique des souches d E. bieneusi en Tunisie et suggrent la coexistence de modes de transmission aussi bien zoonotiques quanthroponotiques (Chabchoub N, Abdelmalek R, Breton J, Kanoun F, Thellier M, Bouratbine A and Aoun K. Genotype identification of Enterocytozoon bieneusi isolates from stool samples of HIVinfected Tunisian patients. Parasite 2012, 19, 147-51). Concernant les cryptosporidioses nos recherches se sont focalises sur ltude de la d ynamique de transmission des cryptosporidies dans les zones rurales du Nord de la Tunisie. Pour cela, nous avons tudi les espces prvalentes chez les enfants et les veaux de cette rgion, puis nous avons analys le polymorphisme gntique de la gp60 au sein de lespce. Cryptosporidium parvum tait la seule espce trouve chez les veaux et la famille de sous type IIa tait la plus frquente. Chez les enfants, 2 espces ont t trouves : C. meleagridis dont les rservoirs sont les volailles et C. parvum dont les rservoirs sont les jeunes ruminants. Cinquante pour cent des souches de C. parvum dorigine humaine taient de la sous famille IIa identique celle trouve chez les bovins et 50% de la sous famille IId dont le rservoir reste encore hypothtique (Rahmouni I, Essid R, Aoun K et Bouratbine A. Zoonotic transmission of Cryptosporidium in rural areas of Northern Tunisia. Article soumis). LEISHMANIOSES Eco-pidmiologie : Les extensions rcentes des aires de rpartition des trois formes de leishmaniose cutane (LC) endmiques en Tunisie font que dsormais plus dune espce coexistent dans certains foyers, ce qui empche la discrimination entre ces diffrentes formes partir des seuls critres gographiques. Devant cette nouvelle situation pidmiologique, nous avons recherch des critres cliniques qui seraient associs la LC sporadique (LCS) due Leishmania infantum, la LC zoonotique (LCZ) due L. major et la LC chronique due L. tropica. Cent douze cas de LC confirms biologiquement ont fait partie de ltude. Lespce de leishmanie en cause a t systmatiquement identifie par lectrophorse des iso-enzymes et/ou PCR-RFLP. Les lsions de LCS semblent se dclarer plus tardivement que celles de LCZ (53,8% partir de dcembre vs. 23,6%, p < 0,001). Les lsions de LCZ sont souvent multiples (75%) et localises aux membres (84,7%), alors que celles de LCS sont plutt uniques (92,3%, p < 0,001) et touchent le visage (84,6%, p < 0,001). La LCC se prsente galement sous forme de lsions uniques (78,6%) du visage (71,4%). Laspect ulcro croteux dominait les prsentations des lsions de LCZ (69,4%) et laspect rythmateux infiltr celles de LCS (75%, p < 0,001) (Aoun K, Ben Abda I, Bousslimi N, Bettaieb J, Siala E, Ben Abdallah R, Benmously R et Bouratbine A. Comparative characterization of skin lesions observed in the three endemic varieties of cutaneous leishmaniasis in Tunisia. Ann Dermatol Venereol 2012, 139, 452-8.) Ltude des rservoirs de leishmanioses cutanes en Tunisie est galement parmi les objectifs du LR. La prospection incriminant Ctenodactylus gondi en tant que rservoir de L. tropica dans le Sud-Est Tunisien a t finalise. Linfection leishmanienne a t recherche chez 13 g oundis par culture sur milieu NNN et PCR en temps rel ciblant lADN kintoplastique. Le diagnostic despce a t ralis par PCR-RFLP ciblant le gne de lITS1 et par lanalyse des courbes de fusion (HRM) du gne 7SL. La PCR en temps rel a permis didentifier 6 goundis infects par Leishmania. L. tropica a t identifi

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dans 5 cas. Lanalyse molculaire a montr que les genotypes en cause sont similaires ceux trouvs chez lhomme dans les lsions cutans et chez le vecteur Phlebotomus sergenti trouv infect dans la mme rgion (Bousslimi N, Ben-Ayed S, Ben-Abda I, Aoun K et Bouratbine A. Natural infection of North African gundi (Ctenodactylus gundi) by Leishmania tropica in the focus of cutaneous leishmaniasis, Southeast Tunisia. Am J Trop Med Hyg. 2012 Jun;86(6):962-5). Dautres travaux en cours concernent ltude phylogntique des populations naturelles de phlbotomes potentiellement vecteurs de leishmanioses en Tunisie et particulirement les vecteurs incrimins dans la transmission de la leishmaniose cutane du Sud-Est tunisien. Diagnostic : Nous avons explor les performances dun test ELISA utilisant un antigne brut dhistone dans le diagnostic de la leishmaniose viscrale. Un protocole en plusieurs tapes a t tabli : (i) prparation de lantigne brut dhistones leishmaniens (ii) cara ctrisation des diffrentes fractions dhistones contenues dans cet antigne ; (iii) mise au point dune technique ELISA utilisant lantigne brut dhistones ; (iv) et comparaisons des performances de lantigne brut dhistones leishmaniens, de lantigne leishmanien soluble et de lantigne recombinant rK39 dans le diagnostic de la leishmaniose viscrale infantile. Lanalyse statistique, utilisant les courbes ROC, rvle que les performances de lantigne brut dhistones et le rK39 tait statistiquement no n diffrentes (P = 0,8992 > 0,05) alors quune diffrence statistique a t trouv avec lantigne soluble (P = 0,0452 < 0,05). Ce rsultat prouve que lantigne brut dhistones leishmaniens prsente une excellente spcificit et sensibilit de 100% et 91% respectivement. Ces rsultats sont encourageants puisquils donnent une nouvelle alternative qui pourra remplacer le rK39 dans le srodiagnostic de la LV (Lakhal S, Mekki S, Ben-Abda I, Mousli M, Amri F, Aoun K, Bouratbine A. Evaluation of an enzyme-linked immunosorbent assay based on crude Leishmania histone proteins for serodiagnosis of human infantile visceral leishmaniasis. Clin Vaccine Immunol. 2012 Sep;19(9):1487-91). Certaines tudes, concernant le diagnostic molculaires, inities en collaborations avec les membres dautres LR ont t finaliss en 2012. Il sagit tout particulirement du dveloppement de PCRs permettant lidentification despce ainsi que du dveloppement dune technique Lamp pour le diagnostic rapide de L. infantum (Chaouch, M., Fathallah-Mili, A., Driss, M., Lahmadi, R., Ayari, C., Guizani, I., Ben Said, M. and BenAbderrazak, S, Identication of Tunisian Leishmania spp. by PCR amplication of cysteine proteinase B (cpb) genes and Phylogenetic analysis, Acta Tropica 2013, 125 : 357-365). Comprhension des tapes prcoces de linfection parasitaire et des lments cellulaires et molculaires qui combattent ou concourent son dveloppement : Nous nous intressons linteraction hte/pathogne et plus prcisment linteraction macrophage/parasite Leishmania. Nos projets comportent deux niveaux dtude : laltration des signaux de transduction et celle du transcriptome du macrophage infect. Nous avons dans le cadre de ce dernier volet ralis une cintique dinfection par le parasite L. major vivant ou tus, au niveau des macrophages drivs partir de la moelle osseuse (BMdM) de souris sensibles linfection par le parasite Leishmania. Les ARNs de ces BMdM infects ont ensuite t hybrid des puces affymetrix murines. Les rsultats de ces hybridations nous ont permis danalyser la rponse transcriptomique des macrophages de souris Balb/c sensibles linfection par Leishmania. Nos rsultats montrent notamment laltration de diffrentes voies mtaboliques : le mtabolisme des lipides et le mtabolisme des carbohydrates. Laccumulation de triglycerides et du cholesterol suggrs par ces rsultats ont t valids par microscopie confocale au niveau biologique (Rabhi I, Rabhi S, Ben-Othman R, Rasche A, Daskalaki A, Trentin B, Piquemal D, Regnault B, Descoteaux A, Guizani-Tabbane L. Transcriptomic signature of Leishmania infected mice macrophages: a metabolic point of view. PLoS Negl Trop Dis. 2012;6(8):e1763). Nous avons galement valu lexistence dune corrlation entre virulen ce de diffrents isolats de L. major et activation diffrentielle de cellules de limmunit inne. Nous avons montr quil y avait une corrlation entre virulence du parasite et sa capacit infecter des cellules dendritiques humaines et que, indpendamment de leur virulence, des clones de L. major, avaient la capacit de moduler lexpression de molcule de surface (CD1a) et la production de cytokines (IL12) (Markikou-Ouni W, Ben Achour-Chenik Y, Meddeb-Garnaoui A. Effects of Leishmania major clones showing different levels of virulence on infectivity, differentiation and maturation of human dendritic cells. Clin Exp Immunol. 2012 Sep;169(3) :273-80). Nous avons aussi analys leffet de 4 protines secrtes excrtes de Leishmania sur la diffrentiation, la maturation et la production de cytokines (IL12, TNF- et IL10) par des cellules dendritiques humaines gnres in vitro et par des monocytes humains, dans le but didentifier des protines parasitaires susceptibles d activer les cellules de limmunit inne de lhte. Ce travail est en cours de finalisation et un article est en cours de rdaction.

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Modlisation bioinformatique des mcanismes qui rgissent la rponse cellulaire linfection leishmanienne : Dans ce cadre nous nous sommes intresss au dveloppement d'une technique permettant l'optimisation de l'analyse des donnes SAGE dexpression des gnes de Leishmania major. L'implementation de cette technique a permis l'identification d'un maximum de gne moduls durant la diffrenciation promastigite-amastigote et a montr que la liste de de ces gnes tait enrichie en protines impliques dans la traduction.Smandi S, Guerfali FZ, Farhat M, Ben-Aissa K, Laouini D, Guizani-Tabbane L, Dellagi K, Benkahla A. Methodology optimizing SAGE library tag-to-gene mapping: application to Leishmania. BMC Res Notes. 2012 Jan 27, 5:74) Caractrisation et valuation de molcules parasitaires prsentant un intrt thrapeutique ou vaccinal : Lune des approches visant identifier des candidats vaccin protique est danalyser le profil de la rponse immune cellulaire et humorale engendre in vitro par diverses protines recombinantes ou native-like dorigine parasitaire, chez des individus identifis comme tant rsistants la leishmaniose. Dans ce contexte, nous avons analys limmunognicit de 2 protines de Leishmania (L.): i) LmRab (Rab de L. major) et sa partie C-terminale divergente, LmRabC. La protine LmRab est une Rab-GTPase appartenant la superfamille Ras des GTP binding protines, qui a t caractrise dans notre laboratoire comme tant implique dans la virulence du parasite. ii) PSA (Promastigote Surface Antigen) et des peptides drivs de cette protine. Cette tude sinscrit dans le cadre dun projet Europen RAPSODI (PI M. Chenik) dont lobjectif a t de dvelopper un candidat vaccin humain ciblant la plupart des espces de Leishmania. Ces tudes ont montr que les protines LmRab, LmRabC et PSA taient capables dinduire de faon spcifique chez les individus immuns, des rponses cellulaires prdominance Th1, associes la protection contre la leishmaniose et pourraient constituer des candidats vaccin potentiels contre linfection par L. major et L. infantum. Ces rsultats font actuellement lobjet de deux articles qui sont en cours de rdaction. Par ailleurs, les mdicaments utiliss contre la leishmaniose sont toxiques et coteux, et les parasites dveloppent de plus en plus de rsistance la chimiothrapie. La recherche de nouveaux traitements est donc ncessaire. Dans ce travail, nous rapportons la caractrisation enzymatique et fonctionnelle d'un facteur de virulence de Leishmania, la Protein Disulfide Isomerase de Leishmania major (LmPDI), qui pourrait constituer une cible potentielle de drogues. La PDI joue un rle crucial dans le repliement des protines en catalysant le rarrangement des ponts disulfures dans les protines substrats aprs leurs synthses. Nous avons montr que la LmPDI prsente une organisation structurale de domaines similaire d'autres membres de la famille PDI (domaines a, a', b, b' et c) ainsi quune aptitude loligomrisation. Nous avons galement caractris les trois activits enzymatiques et fonctionnelles spcifiques des membres de la famille PDI: lactivit isomrase, rductase et chaperonne. Ces rsultats suggrent que la LmPDI joue un rle cl en aidant le repliement des protines de Leishmania par sa capacit catalyser la formation, le clivage et le rarrangement des ponts disulfure dans les polypeptides naissants. Par ailleurs, la bacitracine, un inhibiteur de l'activit rductase, et la ribostamycine, un inhibiteur de l'activit chaperonne, ont t tests dans des essais enzymatiques en prsence de LmPDI ; sur la croissance in vitro des parasites et sur leur prolifration dans les drivs de macrophages THP-1 infects. La bacitracine inhibe la fois les activits isomrase et rductase alors que la ribostamycine n'a eu aucun effet sur lactivit chaperonne. Fait intressant, la bacitracine a bloqu in vitro la croissance des promastigotes ainsi que la multiplication des amastigotes l'intrieur des macrophages. Ces rsultats suggrent que LmPDI peut constituer une cible intressante pour le dveloppement de nouveaux mdicaments anti-Leishmania. Nous avons choisi d'utiliser la technique de criblage haut dbit pour l'identification d'inhibiteurs de LmPDI. Nous avons utilis une mthode base sur la rduction des ponts disulfure de l'insuline en prsence de dithiothritol. Le criblage d'une librairie de 1920 composs a t ralis et a conduit l'identification de 27 composs prsentant une activit inhibitrice contre LmPDI. Nous avons galement test la cytotoxicit de ces composs en utilisant des cellules Jurkat ainsi que leur effet sur des amastigotes de Leishmania donovani infectant les cellules THP-1. Les rsultats montrent que lhexachlorophne et un mlange de thaflavine monogallates inhibent la multiplication des amastigotes de Leishmania dans les macrophages infects provenant des cellules THP-1 (Ben Khalaf N, De Muylder G, Louzir H, McKerrow J, Chenik M. Leishmania major-protein disulfide isomerase as a drug target: enzymatic and functional characterization. Parasitol Res. 2012 May;110(5):1911-7). Nous envisageons comme suite ce travail, de mettre au point un test in vitro bas sur lutilisation de macrophages humains fraichement isols, afin dvaluer le pouvoir anti-prolifratif des molcules slectionnes, au pralable par le criblage enzymatique, sur les parasites de L. major. Nous envisageons galement de raliser

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un criblage virtuel par Bioinformatique afin didentifier de nouvelles molcules potentiellement inhibitrices de la LmPDI. Les chiffres cls du laboratoire en 2012

17 confrences 19 publications internationales 7 communications nationales 14 communications internationales (orales et affichs) 2 projets obtenus 2 projets en cours 17 diplmes soutenus 29 diplmes en cours

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LABORATOIRE DHEMATOLOGIE MOLECULAIRE ET CELLULAIRE

(LR 11 IPT 07)
Composition de lquipe Prnom, Nom Salem Abbes Slim Ben Ammar Mohamed Bjaoui Samia Menif Fthi Mellouli Ines Safra Nadia Guellouz Slah Ouarhani Saida Aroua Saloua Khattech Leila Chaouch Houda Hmida Imen Moumni Houem Ourajini Dorra Chaouachi Chaker Fouzai Imen Boudrigua Imen Darragi Mbarka Barmet Zouhour Barbata Marwa Ben Brahim Yamina Darwich Olfa Maghrebi Ghada Bouguerra Dorra Gallala Hind Ben Haj Othman Miniar Kalai Mouna Jaouani Hanene Gharbi Mouna Ben Sassi Faten Hddad Amel Mechaal Ismail Soltani Islam Ben Hassine Kais Douzi Emna Mahfoudhi Fatma Doghri Ines Smiti Position/Fonction P U, Chef de laboratoire P H U, Chef de service P H U, Chef de service PAHU PAHU AHU AHU Maitre assistant Maitre Assistant Maitre Assistant Ass Univ Pharmacinne biologiste Chercheur associe Chercheur associ Technicienne principale sup Technicien principal Technicienne suprieure Technicienne suprieure Technicienne suprieure

Etudiants en Master

Etudiant en thse de sciences

Etudiant en thse de Mdecine

Prsentation des activits du laboratoire

Le laboratoire dhmatologie molculaire et cellulaire (LHMC) est en charge de la ralisation de deux programmes impliquant deux thmatiques : Les anomalies hrditaires de globule rouge et les hmopathies malignes ( fig)

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Les anomalies hrditaires de globule rouge Hmoglobinopathies Drpanocytose Actuellement notre travail sur la drpanocytose est orient, vers la comprhension de lhtrognit phnotypique observe chez les patients drpanocytaires. Comment une mutation unique pourrait tre lorigine dune telle variabilit phnotypique ? Cest ainsi que nous sommes en cours dinvestigation du rle de certains gnes dits modificateurs dans lexpression de la maladie drpanocytaire. Certains de ces gnes ont un rle dterminant dans la modulation de la maladie drpanocytaires comme ceux impliqus dans lexpression de lHb Foetale, de la prsence dune thalassmie, du dficit en G6PD, en pyruvate kinase ou une anomalie membranaire pouvant accentuer lhmolyse. Cest ainsi que des polymorphismes de gnes de globine et non globine sont explors. Nous citons les variations dexpression des gnes foetaux et limp lication de gnes alpha ainsi que dautres gnes ports par dautres chromosomes. Il sagit en particulier de gnes impliqus dans ladhrence cellulaires, dans les infections ou dans la survenue daccidents vasculaires et de lithiases vsiculaires. Nous avons commenc par lexploration des gnes UGT1A1, RENTES, BMP6 et CCL2 Le travail sur les complications cliniques et les haplotypes montrent labsence de liaison significative (p> 0.05) entre les haplotypes et les complications cliniques. Toutefois, ltud e statistique multi-varie, montre une liaison significative du motif (AT)9T4 avec les complications vasculaires. En outre, un travail fondamental (en collaboration avec un groupe de lINSERM U790) est port sur le rle des microparticules rythrocytaires dans les changes transfusionnels chez les drpanocytaires. Les rsultats prliminaires montrent que les changes transfusionnels ont En raison de la consanguinit, le manque dducation sanitaire et le retard dans la prise en charge ces anomalies continuent reprsenter un flau social non ngligeable car le nombre de syndromes majeurs ne cesse daugmenter au fil des annes. Thalassmie Contrairement la drpanocytose o ltude des gnes modificateurs dans les thalassmies est en pleine expansion, ltude de tels gnes dans les - thalassmies est encore ses dbuts. Les complications du phnotype -thal viennent essentiellement de la prdisposition de certains malades dvelopper des lithiases biliaires, de surcharge en fer, de problmes osseux, de complications cardiaques et de prdispositions aux infections. Certains loci en relation avec ces complications sont en cours dtude. Ils suivent la mme stratgie que celle prconise dans la drpanocytose. Le tableau 3 ci-dessous rsume lessentiel des complications et les SNP qui leur sont associs. Ces modificateurs naffectent pas directement le dsquilibre des chaines de globine mais pourraient modrer la - thamlassmie selon dautres moyens. Cela implique des gnes du mtabolisme de la bilirubine(UGT1A1), de la surcharge en fer (HFE) des anomalies osseuses (VDR, COL1A1, COL1A2, TGFB1) cardiaques (allles APOE) et la prdisposition aux infections (allles HLA). A titre dexemple

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lictre et la cholelithiase sont deux complications communes chez les -thalassmiques attribues lhmolyse et lhyperbilirubinmie. Le dveloppement de calcul biliaire est plus accentu chez les thalessemiques homozygotes [(AT)7/(AT)7] pour le polymorphisme du promoteur du gne UGT1A. (Galanello et al, 2001 : British Journal of Haematology, 115, 926928.). Plusieurs autres gnes impliqus dans lquilibre du fer semblent tre incrimins. Il sagit des gnes de lhmochromatose, (HFE) du rcepteur 2 de la transferrine (TFR2), de la ferroportine (SLC4OA1 ou FPN), de l hepcidine (HAMP) et de l hemojuveline (HFE2, ou HJV) (Hentze et al, 2004). En effet les patients thalassmiques homozygotes pour le variant HFE H63D ont une absorption de fer plus accrue que ceux nayant pas ce polymorphisme.

Enzymopathies Dficit en Glucose 6-phosphate dshydrognase (G6PD) La (G6PD) est la premire enzyme intervenant dans la voie des pentoses. Sa fonction est lorigine de la production dun agent rducteur, le glutathion rduit, impliqu, entre autre, dans la stabilisation de la membrane cellulaire. Chez les sujets dficitaires en cette enzyme, la membrane cellulaire des globules rouges (GR) devient fragile, ce qui est lorigine dune hmolyse en prsence du stress oxydatif exogne ou endogne. Le classement des diffrents variants de la G6PD est bas sur le taux dactivit enzymatique de la G6PD rticulocytaire. On estime qu travers le monde, plus de 400 millions de personnes portent aujourdhui ce dficit (WHO Working Group, 1989) On connat aujourdhui environ 150 variantes de la G6PD classes selon lOMS (1985) en quatre types biologicocliniques, de la classe I, la plus svre, la classe IV fonctionnellement normale . Les mutants de la classe I sont toujours responsables danmie hmolytique chronique. Les mutants les plus frquents appartiennent nanmoins aux classes II et III, illustrs respectivement par la G6PD mditerranenne (C563T) et A- (G202A associe A376G) (Mason PJ. et al., 2007). En Tunisie , peu de donnes pidmiologiques sont disponibles (R. Blibech et al, Nouv Rev Fr Hematol. 1989;31(3):189-91) mais ltude du gne de la G6PD a t ralise au niveau mutationnel et haplotypique. Cela tait possible travers les cas de dficit rencontrs en diagnostic. La premire approche a montr un spectre mutationnel avec 12 allles diffrents. Il sagit des variants prdominants A- et Med, des variants Santa Maria, Kaiping , Chatham, Aurs, Malaga, Canton, Abno, A-Btica et deux nouvelles mutations baptises respectivement G6PD Nefza (968T/C) et G6PD Tunis (920A/C). Ltude haplotypique considrant 6 sites polymorphes (PvuII, ScaI, BspHI, PstI, BclI et NlaIII) situs respectivement de 5 3 au niveau des introns 5,7, 8 et 11 et des exons 10, 11 met en vidence huit haplotypes diffrents dont trois sont lis la seule mutation A-suggrant lorigine multicentrique du variant G6PD A- en Tunisie . Paralllement aux haplotypes de restriction, un travail portant sur les haplotypes de squence 3 du gne G6PD confirme lhtrognit de restriction et montre que les donnes tunisiennes sont diffrentes de celles rapportes sur les populations africaine et mexicaine (S.A.Tishkoff et al, Science 2001.20;293(5529):455-62 ; G. Vaca, Blood cells Mol. Diseases 2006,38, 238- 241) la encore la question de lorigine des variants G6PD et leur corrlation avec le phnotype se pose (thse de Ikbel Mosbahi dpose ) Dficit en pyruvate kinase (PK) La pyruvate kinase PK est une des enzymes cl de la glycolyse elle convertit le phosphonol pyruvate en pyruvate en gnrant de lATP. Le dficit enzymatique entrane une diminution du niveau de lATP cellulaire qui retentit sur le fonctionnement global de la cellule, et conduit son vieillissement acclr et une hmolyse intra vasculaire (Zanella et al 2000 : Bailliere clin hemai,13,57_81). Le dficit en (PK) est une affection hrditaire rare transmise sous le mode autosomique rcessif. La prvalence du dficit est de lordre de 1.20 000 dans la population caucasienne (Zanella et al 2007: Hematologica,92(06) 721-723). Le gne de la PK-LR occupe une rgionde 9.5 kb en position 1q21. LADNc de la PKR est de 2060 pb et code pour une protine de 574 acides amins( Valentini et al 2002 : jof biological chemistry, 277, 2387-14). On connat actuellement au moins 200 mutations lorigine de dficit en PK mais certaines sont plus frquentes que dautres(www.PKLRmutationdata) base. La mutation 1529A est la plus courante aux tats unis (Baronciani and Beutler 1995 : J of clinical investigation 95, 1702-9)), en Europe du nord et en Europe centrale (Lenzner et al 1997 : Blood 89, 1793-99). La mutation 1456 T est la plus rpondue en Europe du sud (32% en Espagne, 35% Portugal et 29% en Italie), la mutation 1468 T est retrouve frquemment en Asie (Kanno et al). Alors que la mutation 1228 A semble affecter les personnes originaires dAfrique du Nord. (Pissard et al 2007 : BJH ,133, 683-89 )

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La revue de la littrature montre que le dficit en PK peut tre associ dautres anomalies du globule rouge tel que la drpanocytose, le dficit en G6PD et le dficit e n hexokinase Lassociation entre un trait Hb S et un dficit en PK peut conduire une drpanocytose dominante chez des sujets htrozygotes : en effet, le dficit en pk entrane laugmentation du 2 ,3 DPG intra rythrocytaire ce qui a pour effet la diminution de laffinit de lhmoglobine pour loxygne et favorise ainsi la falciformation du globule rouge (Cohen Solal et al 1998 :BJH,103,950-56 ). Le dficit en pk peut aggraver un dficit htrozygote en G6PD : le 2,3 DPG inhibe la G6PD. Le patient souff re dune hmolyse lie la carence nergtique et dun dficit prononc du mtabolisme anti oxydant. En Tunisie, on ne dispose pas encore de donnes pidmiologiques, biologiques ou cliniques sur cette affection. Nanmoins une tude molculaire a t ralise chez une famille dficitaire montrant la prsence de la mutation 1079G>A an niveau de lexon 8 ltat homozygote chez le propositus et ltat htrozygote chez les 2 parents. Cette mutation qui a t rapporte pour la premire fois par Pissard et al en 2007 semble affecter la stabilit de lenzyme en agissant sur lineraction entre les deux sous units de lenzyme (Pissard et al 2007 : British journal of Haematology 133, 683-689 (thse de Mouna Jaouani en cours). hmoglobinopathies et parcours scolaire des patients Les intrts des laboratoires de recherches sur les maladies de lhmoglobine sont orients essentiellement vers une coopration entre des quipes de scientifiques de mdecins pratiquants souhaitant retrouver des donnes permettant damliorer la prise en charge mdicale des patients. Seulement, plusieurs de ces maladies sont srieusement handicapantes pour les malades. De ce fait, il y aurait sorienter vers une considration des dimensions affective, psychologique, sociale des malades pour aller vers une amlioration franche de la situation. Nous pensons particulirement au parcours scolaire des enfants et adolescents tunisiens atteints de ces maladies. En Tunisie, cette orientation de recherche ne parait pas avoir un intrt particulier. En effet, il ne semble pas y avoir dautres travaux que celui de Hamza & al. (1999) qui a montr, entre autre, une tude prliminaire montrant limpact de la drpanocytose sur le parcours scolaire des coliers malades dans la rgion de Bizerte. Les hmopathies malignes Comme les autres cancers, la leucmie est actuellement considre comme une maladie gntique. Les altrations gntiques peuvent tre hrditaires ou acquises (clonales). Dans les formes sporadiques des leucmies les altrations gntiques; touchant dans la majorit des cas des gnes de faible pntrance; interagissent avec les facteurs environnementaux pour augmenter le risque datteinte par un cancer et on parle alors dune prdisposition gntique. A lchelle somatique (clonale) et en plus des altrations gntiques, de nombreux arguments exprimentaux soulignent limportance des modifications pigntiques dont la mthylation de lADN. Au cours de son volution, ces altrations gntiques et pigntiques sont impliques dans la progression tumorale, le phnomne mtastatique et la rsistance aux thrapeutiques. Trs schmatiquement deux types de gnes interviennent dans la formation dune leucmie: les protooncognes et les gnes suppresseurs de tumeur. En effet, il existe un quilibre dynamique entre un contrle positif, exerc par les proto-oncognes, et un contrle ngatif, dpendant des gnes suppresseurs de tumeur. Dans la cellule normale, ces deux types de gnes rgulent la prolifration et la diffrenciation. La transformation dune cellule normale en cellule cancreuse est le rsultat de la rupture de lquilibre entre les deux types de gnes. Cependant, il faut signaler que la sparation entre laspect prdisposition gntique et la partie altrations somatiques nest quune subdivision schmatique puisque la nature daltrations somatiques dpend en une trs grande partie des facteurs de risque gntiques et/ou environnementaux. En plus des leucmies, il existe dautres maladies hmatopotiques malignes regroupe s sous le nom de syndromes myloprolifratifs (SMP). Les SMP classiques regroupent la polyglobulie de Vaquez (PV), la thrombocythmie essentielle (TE) et la mylofibrose primitive (MF). Il sagit de maladies hmatopotiques malignes, clonales, qui impliquent une CSH multipotente et qui sont caractrises par une production exagre de cellules sanguines sans trouble patent de la diffrenciation. Cet avantage prolifratif est li des anomalies de signalisation qui correspondent dans la plupart des cas des activits kinases constitutives (Delhommeau et al., 2006). Ainsi durant ce programme trois parties seront abords. La premire et la deuxime partie consistent tudier la susceptibilit gntique aux leucmies ainsi que les altrations gntiques et pigntiques associes avec lmergence dun clone tumoral. La troisime partie consiste tudier anomalies de signalisation associes aux SMP.

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Prdisposition gntique aux leucmies Plusieurs facteurs thologiques sont associs la survenue des leucmies tel que le tabac, les traitements chimio-thrapeutiques antrieurs et les expositions aux rayonnements. Une fois introduits dans lorganisme, tous les xnobiotiques (drives exognes lorganisme) seront mtaboliss pour tre utiliss par les cellules et/ou pour tre limins. Une perturbation du systme mtabolique des xnobiotiques, suite une modification dune ou de plusieurs activits enzymatiques, peut tre associe laugmentation du risque des leucmies (Krajinovic et al, 2002 ; Bolufer et al, 2007 ; Da Silva Silveira et al, 2009). Le mcanisme essentiel de leucmogense serait une augmentation de la frquence daltrations somatiques (suite une interaction entre les molcules dADN et les drivs cancrignes actifs non mtaboliss). En plus de ces carcinognes, un lien de causalit entre l'alimentation et la leucmie a t tabli. En effet une carence en folate (lment essentiel pour la synthse de la thymine et pour la mthylation de lADN et des protines) ainsi quune perturbation du cycle du folate peuvent tre associes la survenue des leucmies (Kim et al, 2009). Dans ce cas, linstallation de la maladie peut tre explique par une perturbation des processus de rgulation de lexpression des gnes (hypo et hypermthylation de lADN) ainsi que par une instabilit gntique (suite lincorporation de luracile la place de la thymine lors de la synthse de lADN). Enfin, la persistance de ces altrations suite une dfaillance dans le systme de rparation de lADN pourrait accentuer le risque datteinte par une leucmie (Da Silva Silveira et al, 2009). Le principal mcanisme lorigine de la modification de lactivit de ces 3 systmes enzymatiques (mtabolisme des xnobiotique, mtabolisme du folate, et systme de rparation de lADN) est laltration molculaire des gnes codants ces enzymes, dont les polymorphismes gntiques. Dans le monde, des nombreux polymorphismes gntiques denzymes du mtabolisme des xnobiotiques (EMX) ont t dcouverts et peuvent tre associs avec une modification de lactivit et/ou de lexpression des enzymes correspondantes. Ces polymorphismes touchent aussi bien des enzymes de la phase I (CYP) que des enzymes de phase II (NAT, UGT, GST, EH, sulfo- et mthyltransfrases) et peuvent tre associes au dveloppement des cancers et entre autre les leucmies (Mossallam et al, 2006 ; Bolufer et al, 2007; Taspinar et al; 2008). Certains polymorphismes gntiques touchant les EMX jouent un rle important dans la rponse au traitement (Naoe et al, 2000; Krajinovic et al, 2002; Bolufer et al, 2007, Da Silva Silveira et al, 2009). Par ailleurs beaucoup des travaux ont montr quil existe une association entre les polymorphismes au niveau des gnes du mtabolisme du folate et la survenue des leucmies (Kim et al, 2009). En Tunisie et daprs notre connaissance il ny a pas des travaux qui ont abord la prdisposition gntique aux leucmies. En effet la plupart des travaux reports pour la population Tunisienne se sont plutt intresss ltude de la prdisposition gntique dans les tumeurs solides tels que les tumeurs vsicales (Ouerhani et al, 2006, 2007, 2008, 2009, 2010 and 2011). Malgr quil ne sagit pas de mme type de cancer, nous pensons que les mcanismes de prdisposition ne sont pas trs diffrents. Ainsi la premire partie de ce projet a t consacre lanalyse des principaux polymorphismes en association avec la survenue des leucmies. Ltude des polymorphismes gntiques, base sur des analyses du type cas-tmoins, a pour but de dgager un profil gntique de la population Tunisienne et de rechercher une ventuelle interaction entre les polymorphismes gntiques, les facteurs environnementaux et les paramtres cliniques (rponse au traitement). Pour se faire, 3 systmes enzymatiques diffrents ont fais lobjet de n otre tude : les gnes codant les enzymes du mtabolisme des xnobiotiques (GSTM1, GSTT1, NAT2, NQO1, TPMT, MDR, CYP1A1), les gnes codant les enzymes du mtabolisme des folates (MTHFR, MTR, MTRR,TYMS) et les gns codant les enzymes de rparation (XPC, XPD, XPG, XRCC1, XRCC3) Il a t montr que les variants GSTM1*0 et GSTT1*0 sont associs une augmentation du risque de LAL. Ce risque est plus important (11,81) chez les patients qui prsentent la fois les deux dltions homozygotes GSTM1*0 et GSTT1*0 c e qui tmoigne de la prsence dun effet additif entre les deux variants. En ce qui concerne les SNP au niveau du gne NAT2, nos rsultats montrent que les gnotypes codant aux phnotypes actylateurs lents sont associs un effet protecteur contre la survenue de LAM. Ainsi lensemble de cesrsultats tmoignent limplication du facteur environnemental dans la survenue de leucmies aigue (LAL et de LAM). Par ailleurs nous arrivons dduire que ltiologie des sous groupes leucmiques diffre dun groupe un autre. Dautre part , des SNP au niveau des gnes TPMT, NQO1 et CYP2D6 sont tudis en association avec la survenue des leucmies de type LAL. Le travail a t entam par les analyses molculaires relatives aux gnes du mtabolisme des folate et des gnes de rparation.

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Les altrations pigntiques en association avec le dveloppent des leucmies A lchelle somatique (clonale) et en plus des altrations gntiques, de nombreux arguments exprimentaux soulignent limportance des modifications pigntiques dont la mthylation de lADN. La mthylation de lADN est une des modifications pigntiques qui modifient lexpression du gnome. Cette modification consiste dans le transfert dun radical mthyle sur le carbone 5 dune Cytosine, au sein dune position CpG. Cette raction est stable et hritable et elle est mdie par lADN mthyle transfrase (DNMT). Dans les cellules normales, trois six pour cent des lots CpGs sont mthyls et cinquante pour cent des gnes prsentent un lot CpG recouvrant leur extrmit 5. Leur mthylation entrane la rpression de la transcription soit par encombrement strique (la mthylation de positions CpGs peut empcher la fixation des facteurs de transcription) soit par lintermdiaire des inhibiteurs de la transcr iption qui reconnaissent spcifiquement les positions CpGs mthyles (protines possdant un methyl-binding domain). Dans une cellule cancreuse, ces modifications peuvent tre drgules et participer ainsi la cancrogense soit par lactivation des oncognes soit par linactivation des gnes suppresseurs des tumeurs. Pour tudier la mthylation de lADN dans les cancers, nous avons collabor avec Mr. Franois Radvanyi chef dquipe doncologie molculaire et cellulaire de lUMR144 de linstitut Curie de Paris. Nous avons commenc cette collaboration par tudier la mthylation du gne RUNX3. Rle des membres de la famille TET sur les mcanismes de rparation des cassures double brin de lADN et linstabilit gntique dans les syndromes myloprolifratif s.( collaboration du Dr Isabelle Plo de lINSERM U799) Les syndromes myloprolifratifs (SMP) dit classiques regroupent la polyglobulie de Vaquez (PV), la thrombocythmie essentielle (TE) et la mylofibrose primitive (MF). Il sagit de maladies hmatopotiques malignes, clonales, qui impliquent une CSH multipotente et qui sont caractrises par une production exagre de cellules sanguines sans trouble patent de la diffrenciation. Cet avantage prolifratif est li des anomalies de signalisation qui correspondent dans la plupart des cas des activits kinases constitutives (Delhommeau et al., 2006). En effet une mutation rcurrente activatrice du gne JAK2 a t dcouverte dans les cellules de 90% des patients atteints de PV et denviron 50% des patien ts atteints de TE et de MF( James et al., 2005). Cette mutation (JAK2V617F) gnre une activit tyrosine kinase spontane, une activation constitutive des voies de signalisation en aval et une hypersensibilit vis--vis de certains facteurs de croissance (James et al. 2005). De plus, la mutation JAK2V617F permet de rcapituler les diffrentes maladies selon son degr dactivation chez la souris (Marty et al., 2009). Habituellement 2 allles dun nouveau gne appel TET2 sont trouvs dans environ 15% des ca s sporadiques de SMPs JAK2V617F positifs ou ngatifs, indpendamment de leur phnotype (Delhommeau et al., 2009). Cette altration a aussi t retrouve dans dautres hmopathies (Delhommeau et al.,2009; Kosmider et al., 2009; Langemeijer et al., 2009; Tefferi et al., 2009). TET2 semble donc se comporter comme un suppresseur de tumeur car ses deux allles sont habituellement altrs. Lobjectif gnral de cette partie est de dterminer la fonction des protines TET dans les SMP en centrant ltude sur son rle dans le contrle de la stabilit gnomique. Les objectifs spcifiques seront dtudier le rle des protines TET 1) sur lhydroxylation des 5 - mthylcytosines, 2) sur linstabilit gnomique en caractrisant la mutagense et linstabilit chromosomiq ue et centromrique et 3) das la rgulation des mcanismes de rparation des cassures double brin en particulier les recombinaison homologue et non-homologue (test intrachromosomique, test in vitro, foyers de rparation nuclaire...:Toutes ces approches seront ralises grce diffrents outils : des vecteurs lentiviraux codant pour des shARN contre TET2 soit surexprimant TET2 . Les chiffres cls du laboratoire en 2012

11 confrences 10 participations des Jurys pour lobtention de diplmes en Tunisie et 19 communications internationales (orales et affiches) 8 publications internationales 1projet en cours 9 diplmes soutenus 14 diplmes en cours
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1 ltranger

LABORATOIRE DES VENINS ET BIOMOLECULES THERAPEUTIQUES

(LR 11 IPT 08) Composition de lquipe Nom, Prnom El Ayeb Mohamed Kharrat Riadh Srairi Abid Najet Benkhalifa Rym Marrakchi Naziha Bouhaouala-Zahar Balkiss Daoud Salma Sarray Sameh Borchani Lamia Messadi Erij Bazaa Amine Cheikh Amani Bellalouna Saoussen Chagour Thouraya Ellafi Amen Allah Ben Chaaben Bechir Maatoug Riadh Abdelkafi-Koubaa Zeineb Bairam Douja Morjen Maram Bellalouna Saoussen Fekih Sonia Landoulsi Zied El Fessi Rym Hassiki Rym Othman Houssem Eddine Mabrouk Hazem Gargouri Khemakhem Souhir Montasar Fadoua Kraiem Hazar Bochra Tourki Jridi Imen Ferchichi Asma Ksouri Ayoub Idoudi Faten Fersi Rabeb Aissaoui Dorra Emna Maalej-Ayadi Zaghmi Ahlem Ben Cheikh Marwa Position/Fonction Biologiste Principal Biologiste Principal Biologiste Biologiste Professeur Universitaire Professeur Universitaire Maitre Assistant Maitre Assistant Maitre Assistant Biologiste Adjoint Biologiste Adjoint Maitre Assistant Technicien/ Surveillant Technicien Suprieur Technicien Suprieur Ouvrier

Etudiants en thse es Sciences

Etudiants en Master

Prsentation gnrale des activits du laboratoire Nos travaux de recherche visent, dune part une caractrisation pousse des biomolcules identifies et slectionnes principalement partir des venins de scorpions et de vipres tant sur les plans structural, pharmacologique, lectrophysiologique et cell ulaire. Dautre part ltude de leur mcanisme daction au niveau de leur cible cellulaire et molculaire est apprhende. Nous focalisons nos efforts au dveloppement de molcules affines et slectives, modles de mdicaments vise thrapeutique

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dans les domaines du cancer, de lauto-immunit, des maladies neurodgnratives et de limmunothrapie anti scorpionique. Objectifs: 1- Recherche, conception et dveloppement de molcules antitumorales, antiangiogniques proapoptotiques. 2- Dveloppement de biomolcules partir des venins de scorpions vises thrapeutiques. 3- Dveloppement dune immunothrapie antiscorpionique innovante et performante.

et/ou

Programme I : Biomolcules, rcepteurs et cancer Le dfi des thrapies anti-cancer est de dvelopper des agents anticancreux puissants et non toxiques prsentant une double action: bloquer la multiplication des cellules cancreuses mais entraver la formation des vaisseaux qui nourrissent la tumeur. Ltude des venins de serpents a dj t lorigine de la conception et du dveloppement dun certain nombre de composs utiliss en pharmacope. Les structures de tels composs actifs, outils de diagnostic ou mdicaments en cours dapplication, ont t calques sur celles de molcules naturel les et ce aprs que les activits biologiques de ces dernires aient t clairement dfinies et lucides. Cest dans ce contexte, que nous avons cibl des peptides et des protines des venins animaux ayant des effets antiagrgants plaquettaires, anti tumoraux, anti angiogniques et proapoptotiques. Nous avons montr prcdemment, que les protines purifies des venins de serpent appartiennent plusieurs familles diffrentes (Les natriurtiques like, dsintgrines, lectines de type C, Phospholipases A2, Kunitz inhibiteurs, L Amino oxydase) et agissent via des rcepteurs intgriniques. Au cours de lanne 2012, nous avons montr que la Phospholipase A2 (CCPLA2) du venin de Cerastes cerastes inhibe la croissance dune tumeur induite au niveau de la membrane chorioallantodinne de poulet, la prolifration des cellules tumorales ainsi que leurs mtastases. Ceci a t prouv par des tudes molculaires (Alu PCR), par des coupes histologiques ainsi que par microscopie optique (Logiciel ImageJ). Nous avons galement lucid le mcanisme daction de la phospholipase A2 du venin de la vipre Macrovipera lebetina (MVL-PLA2) qui agit probablement par la voie de signalisation MAPKinase /ERK. De nouvelles protines activit phospholipasique purifies partir dun venin de scorpion iranien, Hemiscorpius lepturus (Hl), montrent galement des effets similaires. Une lysophospholipase D, lHemincrolysine induit sur les cellules nucles un effet apopto tique. Cette activit est spcifique et a t confirm par la fragmentation de lADN des cellules traites. Des phospholipases A2 htrodimriques et calcium dpendantes purifies partir du mme venin montrent des activits anti angiognique et proapoptotique lies une induction du TNF. Le squenage de leurs extrmits Nterminales rvle un polymorphisme structural associ des proprits pharmacologiques varies. Nous avons galement identifi un inhibiteur des srines protases de faible masse molculaire. On a montr quil nest pas toxique et capable dinhiber ladhsion, linvasion et la migration des cellules drivant de glioblastome (U87), un cancer crbral particulirement agressif et rsistant aux thrapies anticancreuses actuelles. Il induit galement un changement morphologique, notamment la disparition de la lamellipode qui dirige la migration de la cellule. On a montr clairement par synthse chimique que le peptide RGN est responsable de lactivit anti tumorale de cette molcule (Mor gen et al, 2012). On sest galement intress valuer leffet proapoptotique des dsintgrines en particulier CC5 et CC8 et une L Amino Oxydase. Nous avons montr que ces 3 molcules sont capables dinduire lapoptose des cellules endothliales et les cellules U87, respectivement. Leffet pro apoptotique de CC5 et CC8 passe par la voie intrinsque mais galement extrinsque de mort cellulaire programme via lactivation des caspases 8 et 9 qui activent leurs tours la caspase effectrice 3. Dans un secon d temps nous avons pu prouver que leffet pro apoptotique rsulte dune dphosphorylation des protines Akt et Pi3k, en utilisant des Anticorps spcifiques des protines kinases. A partir de venin du scorpion Androctonus australis hector (Aah), nous avons identifi de nouvelles biomolcules peu reprsentes dans le venin de scorpion Aah (0,08%) ayant un effet anti-migratoire des cellules gliomateuses. Lanalyse par spectromtrie de masse ESI Q-tof de ces molcules dsignes H8 et H9 montre quelles ont des masses respectives de 466,5 et 533,3 Da. Une quantit importante de ces molcules a t purifie pour entamer une tude RMN afin de dterminer leurs structures. Du moment que plusieurs tests ont t mis en place au laboratoire, et a fin didenti fier de nouvelles molcules potentiellement valorisables nous nous sommes intresss aux extraits de plantes et aux venins de mduses. Nous avons ainsi montr que le venin de mduse Pelagia noctiluca et ses fractions, particulirement (F1 et F2), possdent des proprits anti-tumorales puissantes. En plus,

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nous avons montr que lHydroxytyrosol, un compos phnolique purifi partir de feuilles de lolivier est capable de bloquer ladhsion des cellules U87 drivant dun glioblastome ainsi que leur apoptose. Dans le cadre dun programme collaboratif interne (PCI) intitul : le mlanome cutan: implication des macrophages et nouvelles perspectives thrapeutiques via les nano-anticorps , on se propose de dvelopper des nanoanticorps vis--vis de bio marqueurs tumoraux. Sachant que le mlanome cutan est la forme la plus svre du cancer de la p eau, lide consiste envisager (du fait que les MPs pourraient intervenir dans la cytotoxicit cellulaire dpendante danticorps) que les interactions des MPs avec les anticorps et plus particulirement avec les lymphocytes B puissent avoir un effet bnfique anti-tumoral, do la stratgie de dveloppement de nanoanticorps envisage. Pour ce qui est de la stratgie du Laboratoire pour valoriser les biomolcules actives issues de venins de serpents et/ou de scorpions, Dr Erij Messadi travaille sur le dve loppement de laxe de recherche qui sintresse ltude pr-clinique de ces biomolcules et notamment celles qui auraient un intrt potentiel dans les pathologies impliquant des altrations de lhomostasie cardiovasculaire et/ou de langiognse (peptides/protines anti-intgrines, natriurtiques-like, modulateurs des canaux calciques etc). Dans ce contexte, des collaborations et la mise en fonction courant 2013 dune unit dexplorations fonctionnelles chez le petit animal de laboratoire ont t dveloppes. Ces molcules seront testes dans des modles de pathologies exprimentales in vivo, ex vivo et in vitro , le but tant, in fine, den faire des mdicaments candidats potentiels chez lhomme et/ou didentifier des nouvelles cibles thrapeutiques dans les pathologies ischmiques et/ou angiogniques. Lunit exprimentale comportera des systmes dtudes hmodynamiques, dexplorations fonctionnelles et danalyse dimage ddis la caractrisation pharmacologique des biomolcules. Programme II: Biomolcules, canaux ioniques et pathologies associes Biomolcules ciblant les pathologies autoimmunes: Le traitement des maladies auto-immunes fait souvent appel une stratgie dimmunosuppression non spcifique associant habituellement la corticothrapie et les anti-mitotiques. Ces traitements ne sont pas dnus deffets indsirables tels que laffaiblissement des dfenses de lhte. Des nouvelles stratgies dimmunosuppression ciblant slectivement les cellules T auto -ractives sont explorer afin de limiter les effets secondaires. Une srie d'tudes rcentes ont mis l'accent sur le rle de canaux potassium Kv1.3 dans la modulation de sous-populations lymphocytaires mmoires (T EM). Ces tudes rvlent que Kv1.3 joue un rle cl dans lacti vation et la prolifration des clones auto-ractifs TEM chez lhomme ainsi que dans plusieurs modles de maladies auto -immunes. On a pu dmontrer que l'inhibition de canaux Kv1.3 conduit la baisse des activits des T EM et lamlioration des manifestations cliniques des maladies auto-immunes dans des modles animaux. Les toxines peptidiques ont t explores pour leur effet de blocage des canaux Kv1.3, cependant, un bon nombre d'entre elles manquent de slectivit et prsentent une tendance gnrale + bloquer les canaux homologues des canaux K . Nous avons ainsi particip ce mouvement de recherche en suivant deux approches : La premire approche consiste en une analyse des donnes et la bioinformatique structurale. Des squences de toxines de scorpions ainsi que leurs activits respectives (IC50) sur les trois sous types de canaux, Kv1.1, Kv1.2 et Kv1.3 ont t collectes partir des bases de donnes spcialises et ont subit un traitement avec le programme KEM. La modlisation par homologie et larrimage molculaire guide par des informations exprimentales, nous ont permis de concevoir in silico 16 peptides potentiels dont deux (les plus slectifs) sont en cours de synthse. La deuxime approche, biochimique consistait en ltude de leffet de huit diffrents venins de scorpion (5 iraniens et 3 tunisiens), sur linhibition de la prolifration des lymphocytes T ME. Les rsultats ont montr que les venins hemiscorpius lepturus (HL), Scorpio maurus (SM) et un degr moindre le venin de Buthus occitanus (Bot), ont donn le meilleur effet (collaboration avec Laouini D). A partir du venin de scorpion SM deux polypeptides MTX1 et MTX2 de 34 acides amins chacun, trs basiques prsentant 85% dhomologie de squences ont montr des spcificits fonctionnelles diffrentes. En effet la MTX2 prsente une forte affinit sur les canaux Kv1.1 et Kv1.2 de lordre du nM mais compltement inactive sur les canaux Kv1.3 contrairement la MTX1 trs active sur les canaux Kv1.3 et qui dispose dune activit inhibitrice de la prolifration des lymphocytes par la PHA. Dautres fractions mais de caractre acide, de ce mme venin et du venin HL ont montr un effet trs important sur les cellules TME. Ces fractions sont en cours de caractrisation biochimique et structurale.

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- La KBot3 isole partir du venin Bot, inhibe la rponse prolifrative des lymphocytes priphriques, projet PCI (en collaboration Ben Abdessalem C et coll). Cette molcule, non toxique, de 36 acides amins rticule par 3 ponts disulfures a t squence puis synthtise par voie chimique. Ce peptide, aussi bien la forme native que synthtique montre une inhibition de l'ordre de 60% du courant Kv1.3 100 nM. Nous nous proposons galement de purifier les cellules mmoires partir du sang priphrique et vrifier leffet immunosuppresseurs de cette toxine par ltude de lindex de prolifration par cytomtrie en flux. Biomolcules ciblant les neuropathologies: Cibles thrapeutiques les canaux Kv4.2 et Kv1.2 Nous avons mis en vidence la prsence dun peptide de faible masse molculaire, issue de venin du scorpion Aah qui bloque le canal Kv4.2 mais active le courant Kv1.2. Ce peptide dplace la dendrotoxine de son site de fixation sur synaptosomes de rat et diminue lexcitabilit des cellules neuronales de lhippocampe. Sa modlisation molculaire et son arrimage avec les canaux Kv1.2 et Kv4.1, ont conduit identifier des sites daction potentiels sur les deux sous types du canal potassium. Tous ces rsultats suggrent que ce peptide pourrait avoir effet antipileptique potentiel. Cible thrapeutique les canaux Kv3.1 Les canaux potassium appartenant la sous-famille Kv3, sont prsents dans le systme nerveux central. Ils jouent un rle important dans la rgulation de la repolarisation membranaire aprs mission de potentiels d'action. Le canal Kv3.1 est prsent au niveau des cellules de lhippocampe, des neurones du systme nerveux central tels que les neurones du cortex auditif, des nuds de Ranvier, des fibres mylinises centrales, etc, Son absence est lorigine de plusieurs anomalies telle que laugmentation de lactivit motrice, linsomnie Peu de travaux ont dcrit la pharmacologie du canal Kv3.1. Leffet de lAahG50, la fraction toxique du venin de scorpion Aah a t tudie sur les canaux Kv3.1 exprims de faon stable dans des ovocytes de Xenopus par la technique de doubles microlectrodes intracellulaire. AahG50 rduit les courants Kv3.1 de manire dose-dpendante et rversible, avec une valeur de CI50 et un coefficient de Hill respectivement, de 40,40.2 g/ml et 1,30,05. AahG50 inhibe le courant IKv3.1 sans modifier la cintique d'activation mais de manire dpendante du potentiel membranaire. Parmi les toxines, pralablement isoles partir de AahG50, KAaHI et KAaHII n'ont montr aucun effet sur IKv3.1. Ces rsultats suggrent que AahG50 pourrait contenir un composant peptidique actif sur les canaux Kv3.1 qui agit comme un bloqueur des canaux ltat ouvert. La caractrisation biochimique, cintique et structurale de ces peptides est en cours dtude. Cible thrapeutique les canaux Kv7.4 Les canaux de la famille Kv7 contrlent lexcitabilit membranaire dans une grande varit de cellules, telles que les myocytes cardiaques, les neurones, les cellules musculaires lisses et squelettiques et des cellules sensorielles primaires (Soldovieri et al., 2011). Les mdicaments agissant comme activateurs des canaux Kv7 pourraient tre efficaces contre les troubles neuropsychiatriques tels que la migraine, l'pilepsie, la douleur neuropathique (Miceli et al., 2008), ainsi que l'anxit, l'hyperactivit et les troubles de l'attention (Redrobe et Nielsen, 2009), la maladie bipolaire et la schizophrnie (Hansen et al 2008). De plus, en ciblant les sous-units Kv7 exprimes dans les tissus non neuronaux, les activateurs des canaux Kv7 peuvent tre bnfiques pour le traitement de maladies telles que l'incontinence urinaire (Rode et al., 2010) ou l'hypertension artrielle (Morecroft et al., 2009). Nous avons optimis une procdure combinant la purification / criblage de modulateur(s) spcifique(s) des canaux partir du venin d Aah. Nous avons constat que la fraction de venin non-toxique appel M2, spare par filtration sur gel du venin brut, amplifiait de manire dose-dpendante les courants Kv7.4 exprims dans les ovocytes de Xenopus, effet absent dans la fraction toxique AahG50. Diffrentes tapes de purification ont t ralises par HPLC, un seul pic reprsentant environ 0,8% du total des protines du venin Aah montre un effet activateur sur le courant IKv7.4. La spectromtrie de masse (MALDI-MS, LC-MS/MS) a rvl que ce pic correspond AaTXK (couverture de squence de 89%), une toxine type -KTx dont la squence a t dduite lors de criblage d'une banque de glandes venin d'ADNc partir Aah (Legros et al.,1998). Ces rsultats sont en cours de rdaction sous forme darticle et de brevet.

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Les chiffres cls du laboratoire

4 confrences 2 vacations et cours rmunrs 2 publications nationales 10 publications internationales 6 communications nationales 5 internationale (orales et affichs) 11participation des Jurys pour lobtention de diplmes en Tunisie et ltranger 5 participations des Commissions Nationales et Internationales 20 diplmes soutenus 27 diplmes en cours 6 formations continues ltranger

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LABORATOIRE DEPIDEMIOLOGIE ET DE GENETIQUE DES VIRUS HEPATIQUES ET ENTERIQUES

(LR 11 IPT 09) Composition de lquipe

Nom Et Prnom TRIKI Henda BEN MAMI Nabil AZOUZ Msaddek BAHRI Olfa CHEIKH Imed BEN ALAYA Nissaf DJEBBI Ahlem CHOUAIEB Sofine Nadia Ben Mahmoud Ben Hmida Sonia REZIG Dorra CHOUIKHA Anissa Ben Dhifallah Imne KHOUFI Sami SIAI Karima Hamdoun Manel CHEBBI Yosra HANNACHI Hela FARES Wasfi BEN HALIMA Samar OUNAISSA Rym DRISS Ndia Rajhi Mouna BEN AYED Yousr Azraiel Khaoula Ghoubra Faten Yacoubi Lamia Aissa Larous Jameleddine Dhifallah Ines Abdelkhalek Ichrak Gadgadi Nadia Ben Hafaiedh Nahla HAJJAJI Boutheina Daoulati El Matri Emna

Position/Foction Professeur Hospitalo-Universitaire/Chef Du Laboratoire Professeur Hospitalo-Universitaire TRIKI Henda BEN MAMI Nabil Matre De Confrence Agrg Hospitalo-Universitaire Matre De Confrence Agrg Hospitalo-Universitaire Matre De Confrence Assistant Hospitalo-Universitaire Assistant Hospitalo-Universitaire Assistant Hospitalo-Universitaire Matre Assistant Biologiste Mdecin De La Sant Publique Mdecin De La Sant Publique Rsident En Mdecine Rsident En Mdecine Rsident En Mdecine Etudiant En Thse Es Sciences Etudiant En Thse Es Sciences

Etudiant En Thse Es Sciences

Etudiant En Master

Prsentation des activits du laboratoire Des activits de recherche sur les hpatites et certaines maladies virales potentiel pidmique ont t conduites depuis le dbut des annes 1990, en complment des activits de diagnostic et de sant publique conduites par lquipe du Laboratoire de Virologie Clinique lInstitut Pasteur de Tunis. En 2002, cette activit sest organise en Unit de Recherche (UR03/02) laquelle a t promue au statut Laboratoire de Recherche en 2005. Unit de Recherche ainsi que le Laboratoire de Recherche portent la mme dnomination : Hpatites et maladies virales pidmiques. Les thmatiques de recherche portaient essentiellement sur les hpatites virales et sur les entrovirus comme principaux agents responsables de certaines maladies pidmiques (poliomylite, mningites et conjonctivites virales). Toutefois, certains travaux ont galement port sur dautres agents viraux potentiel pidmique notamment virus West Nile, Phlbovirus, adnovirus, virus de la rougeole et virus de la rubole.

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En fin 2011, le laboratoire de recherche a t reconduit sous la nouvelle dnomination : Epidmiologie et Gntique des virus hpatiques et entriques . En effet, et sur recommandation de la commission charge par le CNEAR dvaluer les activits du laboratoire durant la pri ode 20052010, il a t dcid de rduire la diversit des travaux de recherche en retenant deux thmatiques uniquement : hpatites virales et virus entriques. Par ailleurs, il a t aussi recommand de faire ressortir dans la nouvelle dnomination le type de travaux conduits par lquipe et qui sont essentiellement de la sro-pidmiologie, de lpidmiologie molculaire et de ltude de la diversit gntique des virus impliqus en rapport avec la prsentation clinique de linfection, lefficacit des moyens de prvention (vaccination en particulier) et les performances des mthodes de laboratoire appliques au diagnostic et la surveillance des ces agents viraux. Problmatiques Hpatites virales: Le problme de l'infection par les virus des hpatites B et C (VHB et VHC) en Tunisie et des complications hpatiques qu'elle engendre a t largement dmontr. L'introduction de la vaccination systmatique anti-VHB en 1995 aura certainement un impact important sur l'endmicit du VHB ; par contre, la prvention de l'infection VHC reste tributaire de mesures uniquement non spcifiques, aucune vaccination n'tant disponible pour le moment. Les tudes antrieures s'accordent sur un taux de portage chronique de l'antigne de surface HBs du VHB, dans la population gnrale, de l'ordre de 5 7% et sur un taux de portage chronique des anticorps anti-VHC de l'ordre de 0.5%. Peu de donnes sont disponibles concernant les caractristiques gntiques des souches virales circulant en Tunisie. La cintique de ces infections en fonction de l'ge est peu documente, leur distribution travers le pays serait htrogne: certaines localits, notamment dans le sud du pays, auraient des taux de portage de l'AgHBs beaucoup plus levs, l'infection VHC serait plutt plus frquente dans au nord-ouest. Ces constatations sont confirmer par l'tude d'un chantillon assez large et reprsentatif, notamment dans ces deux rgions. Si c'est le cas, il est intressant de tenter d'identifier les facteurs contribuant l'hyper-endmicit de l'une ou l'autre des deux infections, dans l'une ou l'autre de deux rgions; ces facteurs pouvant tre lis aux souches virales en circulation, au background gntique de la population ou des conditions socioconomiques particulires. La surinfection Delta chez les sujets VHB positifs a t jusque l peu tudie en Tunisie. Pour les virus transmission oro-fcale, la haute endmicit de l'infection au virus A (VHA) est connue, toutefois, l'absence des donnes chiffres et prcises notamment sur la cintique de l'infection en fonction de l'ge est noter. Pour l'infection virus E, aucune tude consistante n'a t jusque l publie dans le pays, ni sur les cas d'infection aigu, ni dans des populations saines. Virus entriques: Le Laboratoire de Virologie Clinique conduit depuis plusieurs annes des activits de surveillance des entrovirus (EV), dans le cadre du programme mondial de l'radication de la poliomylite. Cette activit permet de dresser le profil de circulation de ces virus et incite souvent pousser les investigations pour une caractrisation plus fine des souches virales en circulation et d'valuer l'impact sur la population de la vaccination anti-poliomylitique. Les tudes sur les souches de poliovirus vaccinales sont actuellement fortement sollicites sur le plan international afin de rpondre des questions cruciales pour l'tape finale du programme mondial d'radication: ces souches sont elles capables de persister dans la population et sous quelles formes, leur potentiel de transmissibilit et/ou de neurovirulence peut-il augmenter avec la disparition des souches sauvages ou suite la diminution du niveau de l'immunit anti-poliomylitique de la population induite par relchement au niveau des stratgies de vaccination, voire mme l'arrt total de cette vaccination, tape ultime du programme. Des EV non poliomylitiques (chovirus et coxsackievirus) sont trs frquemment isols dans le cadre de cette surveillance des poliovirus. Il sont souvent responsables de pousses pidmiques de mningites ou de conjonctivite et ont t galement incrimins dans la gense de maladies chroniques telles que les myocardites et le diabte insulino-dpendant. Leur diagnostic a longuement souffert de la lenteur et la lourdeur des mthodologies classiques bases sur des techniques de culture sur cellules. Grce au dveloppement rcent de outils molculaires, les tudes publies et portant sur la caractrisation de souches particulires et l'pidmiologie molculaire de ces virus se font de plus en plus nombreuses.

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Objectifs gnraux de la recherche Thmatique 1 : Hpatites virales 1) Etudier lpidmiologie molculaire de lhpatite virale C en sintressant particulirement aux gnotypes autres que 1b, encore trs mal tudis en Tunisie 2) Etudier le profil gntique des souches du VHB dans les gnes S et C, dterminer les gnotypes et sous-types circulants dans le pays et recherche de mutants spcifiques 3) Etudier le phnomne de recombinaison gntique du VHC circulantes 4) Etudier les facteurs viraux et les facteurs lis lhte pouvant influencer lvolution clinique des hpatites chroniques B et C et leur rponse au traitement chez limmunocomptent 5) Etudier les facteurs viraux et gntiques lis la carcinogense des virus B et C 6) Etudier la co-infection VHB/VHC en particulier linfection B occulte chez les sujets VHC+ 7) Etudier limpact de la vaccination anti-hpatite B sur les populations vaccines et non vaccines, 15 20ans ans aprs lintroduction de la vaccination systmatique du nouveau-n 8) Etudier la surinfection Delta chez des porteurs chroniques du VHB (frquence, gnotypes viraux et impact sur lvolution clinique et la rponse au traitement) 9) Etudier la sroprvalence et lpidmiologie molculaire du virus de lhpatite E dans la population gnrale, chez des sujets multi-transfuss et les immunodprims 10) Introduction, mise au point et valuation comparative de techniques molculaires pour le diagnostic et ltude des virus B, C, D et E Thmatique 2 : Virus entriques 1) Etudier la diversit gntique des srotypes dentrovirus les plus frquemment isols en Afrique du Nord et dans le monde, Coxsackievirus et Echovirus type 6, 11 et 30 notamment (variabilit gntique dans la rgion VP1 du gnome et recherche des recombinants inter et intrasrotypiques) 2) Etudier linfection entrovirus chez des sujets atteints de diffrents types de dficits immunitaires primaires (DIP) ; en particulier, rechercher des excrteurs chroniques de poliovirus et dentrovirus non poliomylitiques et tudes des cintiques dexcrtion et de lvolution gntique des souches avec le temps 3) Etudier les infections adnovirus chez des patients atteints de conjonctivites virales pidmiques ou sporadiques en Tunisie 4) Etudier les spcificits des infections virus entriques autres quentrovirus (Adnovirus, Rotavirus en particulier) chez des sujets atteints de dficits immunitaires diverses et dans diffrents contextes cliniques 5) Mise au point et valuation comparative des diffrentes techniques molculaires pour la dtection et ltude gntique des virus entriques Organisation actuelle de lquipe Programme 1 : Virus des hpatites Chef de programme : Olfa Bahri Projet 1 : Virus de lhpatite B Chef du projet : CHOUAIB Sofine Chercheurs impliqus : BAHRI Olfa, TRIKI Henda, BEN MAMI Nabil AZOUZ Msaddek, BEN ALAYA Nissaf, CHEIKH Imed, BEN MAHMOUD Nadia, BEN HAMIDA Sonia, KHOUFI Sami, SIAI Karima, HAMDOUN Manel Doctorants: OUNEISSA Rym, DHIFALLAH Ines, HFAIEDH Nahla Virus de lhpatite C Chef du projet :DJEBBI Ahlem Chercheurs impliqus : BAHRI Olfa, TRIKI Henda, BEN MAMI Nabil, AZOUZ Msaddek, BEN ALAYA Nissaf, CHEIKH Imed, BEN MAHMOUD Nadia, BEN HAMIDA Sonia, CHOUEIB Sofine, SIAI Karima, RAJHI Mouna, GHOUBRA Faten, AZRAIEL Khaoula, AISSA LAROUS Jameleddine Virus des hpatites D et E et infections mixtes (VHB/VHD, VHC/VHB et autres) Chef du projet : BAHRI Olfa

Projet 2 :

Projet 3 :

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Chercheurs impliqus : TRIKI Henda, BEN MAMI Nabil, AZOUZ Msaddek, BEN ALAYA Nissaf, CHEIKH Imed, DJEBBI Ahlem, CHOUAIEB Sofine, BEN MAHMOUD Nadia, BEN HAMIDA Sonia, SIAI Karima, CHEBBI Yosra, HANNACHI Hela, Doctorants: BEN HALIMA Samar, BEN AYED Yousr, ZRIBI Nefissa, YACOUBI Lamia Programme 2: Virus entriques Chef de programme : Henda Triki Projet 1 : Bio-diversit et volution gntiques des virus entriques Chef du projet : REZIG Dorra Chercheurs impliqus : TRIKI Henda, BAHRI Olfa, BEN ALAYA Nissaf, CHOUIKHA Anissa, CHEBBI Yosra Doctorants: FARES Wasfi, ABDELHAK Ichrak, HAJJEJI Boutheina Patho-biologie des virus entriques Chef du projet : CHOUIKHA Anissa Chercheurs impliqus : TRIKI Henda, BAHRI Olfa, BEN ALAYA Nissaf REZIG Dorra, KHOUFI Sami, HANNACHI Hela Doctorants: DRISS Nedia, GADGADI Nedia

Projet 2 :

Les chiffres cls du laboratoire en 2012

9 confrences 3 participations des commissions nationales et internationales 2 diplmes soutenus 14 diplmes en cours

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Services dinvestigation clinique et de sant publique

LABORATOIRE CENTRAL DE BIOLOGIE MEDICALE ......................................................................................................................................... 70 LABORATOIRE DIMMUNOLOGIE CLINIQUE ...................................................................................................................................................... 72 LABORATOIRE DE CYTO-IMMUNOLOGIE .......................................................................................................................................................... 73 LABORATOIRE DE CONTROLE DES EAUX ET DENREES ALIMENTAIRES .................................................................................................... 75 LABORATOIRE DHORMONOLOGIE ET DE RADIOIMMUNOLOGIE ................................................................................................................. 78 LABORATOIRE DE VIROLOGIE CLINIQUE ........................................................................................................................................................ 79 LABORATOIRE DES MYCOBACTERIES .............................................................................................................................................................. 82 LABORATOIRE DANATOMIE PATHOLOGIQUE ................................................................................................................................................. 83 LABORATOIRE DE LA RAGE ............................................................................................................................................................................. 85 LABORATOIRE DE PARASITOLOGIE-MYCOLOGIE .......................................................................................................................................... 89 LABORATOIRE DHEMATOLOGIE ....................................................................................................................................................................... 91 LABORATOIRE DES MYCOPLASMES ................................................................................................................................................................. 92 LABORATOIRE DE PATHOLOGIE ANIMALE ....................................................................................................................................................... 94 LABORATOIRE DES TOXINES ALIMENTAIRES ................................................................................................................................................. 95 SERVICE DEPIDEMIOLOGIE MEDICALE ............................................................................................................................................................ 98 SERVICES DES VACCINATIONS ANTIRABIQUES ET INTERNATIONALE ..................................................................................................... 100 SERVICES DES CONSULTANTS EXTERNES ................................................................................................................................................... 101

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LABORATOIRE CENTRAL DE BIOLOGIE MEDICALE

LABORATOIRE DE BIOCHIMIE CLINIQUE Composition de lquipe Nom et Prnom Ben Ammar Slim Hammadi Mejri Zorgati Mohamed Majdi Bachali Asma Bahri Sonia Bayoudh Amel Trabelsi Awatef Labbne Nejla Lamouchi Hanen Daghrach Imen Behija Ben Cheikh Benzarti Ahmed Samiha Ben Hadj Ali Manel Gharbi Mouna Haddad Sawssen Agili Position/fonction Professeur hospitalo-Universitaire/-Chef de Service de Biochimie clinique Responsable du Laboratoire central de biologie mdicale infirmier major/ Surveillant du Laboratoire central de biologie mdicale Assistant hospitalo-Universitaire jusqu'au 01/03/2012/ Mdecin biologiste Assistante hospitalo-Universitaire partir du 01/10/2012/ Mdecin Biologiste Biologiste Principal/ Mdecin Biologiste Technicienne Suprieur Majeur/ Surveillante Technicienne Suprieur Technicienne Suprieur Technicienne Technicienne Infirmire Ouvrier Etudiante en Mastre Etudiante en Mastre Etudiante en Mastre Etudiante en Mastre

Prsentation des activits du laboratoire Le laboratoire de biochimie clinique mdicale pratique des analyses effectues la demande : - du public, des hpitaux et instituts de la sant publique - des laboratoires danalyses mdicales et cliniques prives - de certaines socits pour leur personnel (bilan biochimique et hmatologique) - des laboratoires de diagnostic et de recherche de lInstitut pasteur de Tunis - du laboratoire de contrle de lInstitut Pasteur de Tunis - du laboratoire de production de lInstitut pasteur de Tunis Le laboratoire effectue des examens de routine et des analyses spcialises. Par ailleurs le laboratoire de biochimie clinique accueille comme chaque anne de nombreux tudiants stagiaires et assure lencadrement de certains tudiants pour lobtention du diplme de doctorat en mdecine, dun mastre ou dun projet de fin dtude. Prsentation en anglais The biochemistry laboratory practice medical analyzes for : - The public, hospitals and institutes of public health - medical laboratories and private clinics - Some companies for their staff (biochemical and haematological analysis) - Diagnostic laboratories and research of the Institut Pasteur of Tunis - Control Laboratory of the Institut Pasteur of Tunis. - The production laboratory of the Institut Pasteur of Tunis. The laboratory carries out routine examinations and expert analysis Moreover, the biochemistry laboratory hosts each year many students and supervise some students for graduation from medical degree, a Masters or a final project study. Les chiffres cls du laboratoire en 2012

2 confrences 2 communications nationales 2 communications internationales (orales et affichs) 1 projet en cours 2 diplmes soutenus
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LABORATOIRE DE BACTERIOLOGIE Composition de lquipe Nom et Prnom Ben Ammar Slim A. Zarrouk S.Ben Hadj Ali S. Bouras Benzarti Ahmed Position/Fonction Professeur hospitalo-Universitaire/Responsable du laboratoire Technicienne suprieure principale/surveillante Technicienne Suprieure Major Technicienne Suprieure Ouvrier

Prsentation des activits du laboratoire Le laboratoire de bactriologie gnrale assure quatre types dactivits : - Les analyses de bactriologie mdicale : diagnostic bactriologique et srologie bactrienne. - Lanalyse du sperme (spermogramme) - Les analyses de bactriologie de lenvironnement (pour les services de production de lIPT et les centres hospitaliers externes) - Les tests de contrles des milieux de culture (pour les services de lIPT et le Laboratoire National de Contrle des Mdicaments) Par ailleurs ce laboratoire assure la formation chaque anne de nombreux stagiaires . On attend toujours larrive dun biologiste spcialis en bactriologie pour prendre en mai n et dvelopper les activits de recherche. Prsentation en anglais The bacteriology laboratory provides four general types of activities: - Analyses of medical bacteriology : bacterial serology and bacteriology. - Semen analysis (sperm) - Analyzes of bacteriology of the environment (for production services of IPT and external hospitals) - Tests of controls culture media (for services of IPT and the National Laboratory of Drug Control) This laboratory also provides training every year many students . We are still waiting for the arrival of a biologist specializing in bacteriology to learn and develop research activities. Les chiffres cls du laboratoire en 2012 1 communication orale et affiches nationales 1 participation des Jurys pour lobtention de diplmes en Tunisie et ltranger 1 formation continue ltranger 1diplomes soutenus LABORATOIRE DHEMATOLOGIE Composition de lquipe Nom et Prnom KRAIEM Imen DHAHAK Amina RHAIEM Rym FARES Nadia Position/Fonction Matre de Confrence Agrg en Mdecine/ Biologiste responsable Technicien Suprieur Principal/Surveillante Technicien Suprieur Technicien Suprieur

Les chiffres cls du laboratoire en 2012

2 confrences 3 participations des Jurys pour lobtention de diplmes en Tunisie et ltranger 1 diplme soutenu

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LABORATOIRE DIMMUNOLOGIE CLINIQUE

Composition de lquipe Prnom, Nom Hechmi Louzir Mlika Ben Ahmed Yousr Galai Hayet Kbaier Soumaya Marzouki Amira Lassoued Walid Hamdi Mouldi Hidri Abderrazek Jaafri Ahlem Ben Hmid Alia Fezaa Nadia Belhadj Hmida Maha Abdeladhim Imen Ayadi Ghassen Belaiba Hela Mnif Mohamed Chakroun Position/Fonction Professeur hospitalo-Universitaire/ Chef de service Maitre de confrences hospitalo-Universitaire/ Chef de Service par intrim Maitre de confrences hospitalo-Universitaire Technicien Suprieur Principal/ Surveillante Technicien Suprieur Principal Technicien Suprieur Technicien Suprieur Technicien Suprieur Ouvrier Rsidente/ Etudiante en thse de Mdecine Etudiante en thse de Mdecine Etudiante en thse de Sciences Etudiante en thse de Sciences Rsidente en mdecine Rsident en pharmacie Rsidente en pharmacie Interne en pharmacie

Prsentation des activits du service Lactivit du laboratoire dimmunologie clinique est oriente principalement vers le diagnostic immunologique de deux grands groupes de pathologies, dune part, les gammapathies monoclonales et dautre part, les maladies auto-immunes systmiques et certaines maladies auto-immunes spcifiques dorganes telles que les hpatopathies auto-immunes, le diabte auto-immun ou la maladie cliaque. Le laboratoire dimmunologie clinique assure galement le suivi des patients infects par le VIH par la dtermination du taux des lymphocytes T CD4+ ainsi que le contrle de qualit de certains vaccins et srums thrapeutiques Les chiffres cls du laboratoire en 2012

3 confrences 3 vacations et cours rmunrs 6 publications internationales 10 communications internationales (orales et affiches) 4 participations des Jurys pour lobtention de diplmes en Tunisie et ltranger 3 diplmes soutenus 4 diplmes en cours
Selon le nombre danalyses
11000 9000 7000 5000 3000 2004 2006 2008 2010 2012 2014 150000 100000 50000 2004 2006 2008 2010 2012 2014

Selon le chiffre daffaires

200000

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LABORATOIRE DE CYTO-IMMUNOLOGIE
Composition de lquipe Prnom, Nom Mohamed Ridha Barbouche Imen Ben Mustapha Beya Largueche Rachid Riahi Amira Safi Ali El-Ghouili Position/Fonction Professeur hospitalo-Universitaire/Chef de service Assistant Hospitalo-Universitaire Technicien Suprieur Major/Surveillante Technicien Suprieur (jusquen Juin 2012, en dtachement) Technicien Suprieur (depuis Juillet 2012) Ouvrier

Prsentation des activits du laboratoire Le Laboratoire de Cyto-Immunologie a poursuivi au cours de lanne 2012, en troite collaboration avec les Pdiatres de tous les CHU de Tunis, Sousse, Sfax, Kairouan, Mahdia, Bizerte, Nabeul et Monastir, son activit de biologie clinique spcialise orient e notamment vers lexploration immunologique cellulaire et molculaire des enfants suspects de dficits immunitaires primitifs (DIPs). Par ailleurs, des patients venant de Libye, Algrie et Mauritanie sont rgulirement explors au laboratoire. L'exploration de ces patients est particulirement intressante dans notre population Maghrbine caractrise par une forte endogamie. En effet, l'incidence de ces dficits immunitaires est beaucoup plus leve que dans d'autres rgions du monde, en raison de la frquence des formes transmission autosomale rcessive favorises par la consanguinit. L'exploration immuno-gntique de ces dficits permet de porter un diagnostic prcis ncessaire la prise en charge approprie de ces patients la fois curative (greffe de moelle osseuse, IVIg, IFNg) et prventive (conseil gntique et diagnostic prnatal). En effet, ct de la greffe de moelle osseuse lance depuis quelques annes au Centre National de Greffe de Moelle Osseuse pour des enfants atteints de DIPs, nous avons commenc proposer aux familles affectes un diagnostic prnatal avec dj pour le dficit en LFA1 quatre enfants indemnes, cette mme approche a t introduite pour les familles atteintes de dficit HLA de Classe II avec trois enfants indemnes et un malheureusement affect, ces pathologies sont caractrises par lexistence dun effet fondateur dans notre population avec une mutation unique responsable de la majorit des cas observs. En chiffres, lactivit du laboratoire continue de progress er avec un chiffre total en quivalents B de 264870. Nous avons ainsi effectu prs de 230 explorations d'enfants suspects de DIPs incluant ltude des sous populations lymphocytaires aprs immunomarquage et lecture au cytomtre en flux [sur PBMCs avec plusieurs marqueurs tudis (CD3, CD4, CD8, CD19 et ventuellement DR, LFA1/CD18, NK, RIFNg, Fas...) et sur lymphoblastes aprs stimulation PHA (DR, RIL12) ou PMAIONO (Ligand du CD40), les tests de prolifration aux mitognes et aux antignes vaccinants et ltude des fonctions des cellules phagocytaires (test semi -quantitatif NBT au LPS et au PMA et test quantitatif avec lecture en cytomtrie en flux maintenant instaur en routine). Le dosage pondral des immunoglobulines a t demand pour tous les patients et effectu en sous-traitance l'Institut. La sous-estimation du B de beaucoup de ces analyses comme dans la nomenclature actuelle ou leur non inclusion est souligner. Les activits de recherche (investigation cellulaire et molculaire des DIPs) et de service (station de cytomtrie en flux) du Laboratoire sont dans les rapports respectifs.

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Les chiffres cls du laboratoire en 2012

7 confrences 2 publications internationales 46 communications internationales (orales et affichs) 4 participations des Jurys pour lobtention de diplmes en Tunisie et ltranger 1 projet obtenu 1 projet en cours 2 diplmes soutenus 4 diplmes en cours 1 formation continue ltranger

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LABORATOIRE DE CONTROLE DES EAUX ET DENREES ALIMENTAIRES

Composition de lquipe Nom et Prnom Ben Aissa Ridha Al-Gallas Nazek Mannai Naima Gharbi Becher Mannai Molka Jedidi Ines Ben Omran Hela Ben Ghourbel Ghoufrane Frayou Imen Moknassi Faouzia Troudi Hind Ghouila Amel Chaalia Samir Ouni Khaled Chihi Raghda Yeddes Nizar Position/ Fonction Professeur hospitalo-Universitaire/ Chef de Service Biologiste Adjoint/ Assistant Professeur

Technicien Suprieur

Technicien Suprieur Major Infirmire/ Surveillant Secrtaire Ouvrier Etudiant en Master Etudiant en thse es Sciences

Prsentation des activits du laboratoire Le Laboratoire de Contrle des Eaux et Denres Alimentaires est spcialis dans lanalyse Bactriologique des Eaux, des Aliments et dans ltude des Bactries entropathognes. Le Laboratoire de Contrle des Eaux et Denres Alimentaires contribue aux activits de Sant Publique suivantes : -Diagnostic de ltiologie et Prvention des maladies diarrhiques par la recherche et ltude des entropathognes. -Epidmiosurveillance des entropathognes par lidentification des marqueurs pidmiques des Salmonella, Shigella et Vibrio Cholerae, (Centre de Rfrence). -Surveillance de la qualit sanitaire des eaux de boisson, de baignade et de lenvironnement dans les gouvernorats de Tunis, Ben Arous, Ariana et Manouba par lanalyse bactriologique des eaux. -Surveillance de la qualit sanitaire des produits alimentaires et Prvention des Toxi-infections alimentaire par lanalyse bactriologique des produits alimentaires desservis et commercia liss dans les gouvernorats de Tunis, Ben Arous, Ariana et Manouba et/ou destins lexportation. Au cours de lanne 2011, le laboratoire de Contrle des Eaux et Denres Alimentaires, a poursuivi sa mission de Sant Publique regroupant les activits suivantes : Recherche des Bactries entropathognes Centre National des Salmonella, Shigella et Vibrio Cholerae Contrle de la Qualit Bactriologique des Eaux et Denres Alimentaires Dans le cadre de ces activits, le Laboratoire a t rpertori en qualit de Centre National des Salmonella, Shigella et Vibrio Cholrae : 1519 souches de Salmonella et 18 souches de Shigella. Ltude des marqueurs pidmiologiques dmontre que Salmonella enterica serovar Entritidis et Salmonella enterica serovar Kentucky reprsentent les serovars les plus frquents pour les souches dorigine humaine. Salmonella enterica serovar Entritidis et Salmonella enterica serovar Kentucky pour les souches dorigine animale. Salmonella enterica serovar Zanzibar et serovar Entritidis pour les souches dorigine alimentaire, Salmonella enterica serovar Entritidis et serovar Zanzibar pour les souches de lenvironnement. Shigella Sonnei reprsente le srotype le plus frquent des Shigella rpertories. 10 Souches de Vibrio Cholerae O1 ont t rpertories, ces souches ont t isoles partir deaux uses (8 souches) et eaux de mer (2 souches). Au niveau du Contrle de la qualit bactriologique des Eaux et Denres Alimentaires, le Laboratoire a poursuivi sa collaboration aux programmes du Ministre de la Sant Publique de Surveillance Sanitaire des Eaux et Consommation (eaux de distribution publique, eaux de puits) des eaux de baignade (eaux de mer, piscine ) et des denres alimentaires (desservies dans les rgions de Tunis, Ben Arous, Manouba et Ariana ).

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Le Laboratoire rpond aussi aux besoins du secteur priv (industrie agroalimentaire, importateurs et exportateurs de produits alimentaires, producteurs deaux minrales et bureaux dtudes ). Mission du Centre National des Salmonella, Shigella et Vibrio spp.: I. Contribution aux Rseaux de Surveillance Internationaux : Le Laboratoire et le Centre National il est membre du : Programme international Global Foodborne Infections Network (GFN)- depuis lanne 2000. Programme E.Q.A.S (External Quality Assurance System) de lOMS et ce depuis lanne 2000. Programme PulseNet de lOMS EMRO depuis lanne 2006. II. Contribution aux Rseaux de Surveillance National : 1. Epidmiosurveillance des enteropathognes par lidentification des marqueurs pidmiques des Salmonella, Shigella et Vibrio spp.2. Le srotypage complet de lensemble des souches adresses au Centre. Ces souches sont envoyes au Centre National (accompagnes des renseignements pidmiologique essentiels) sur une base volontaire par prs de 45-50 laboratoire / anne s danalyses de biologie mdicale, vtrinaire et agro-alimentaire (Publics et privs- Tunisie). Environ 1500-2000 souches/ anne de Salmonella dorigine humaine, animale, alimentaire et environnementale sont rpertories. Identifies et serotypes par an (avec 100 srums). Le srotypage est ralis selon la technique se sro-agglutination sur lame. 3. La dtection des gnes de virulence de diffrents pathovars d E.coli. 4. Typage molculaire par Technique l'lectrophorse en champs puls (P.F.G.E) dans le cadre de travaux de recherche. 5. Etude de la sensibilit aux antibiotiques suivant les recommandations du Comit de lAntibiogramme de la Socit Franaise de Microbiologie (par le systme OSIRIS Software version 3x- Bio-Rad/France).

Prsentation en anglais The Laboratory of Water and Food Control specializes in the Bacteriological analysis of Water, Food and the study of enteropathogens. It contributes to the following activities of Public Health: -Diagnosis the etiology and prevention of diarrheal diseases through research and study of enteropathogens. -Epidemiological surveillance of enteric pathogens by identifying markers epidemic of Salmonella, Shigella and Vibrio cholerae (Reference Center). -Monitoring the sanitary quality of drinking water, bathing and the environment in the governorates of Tunis, Ben Arous, Ariana and Manouba through the bacteriological analysis of water. -Monitoring the quality of food products and prevention of food poisoning by the bacteriological analysis of food preserved, commercially distributed and sold in the governorates of Tunis, Ben Arous, Ariana and Manouba and / or for export. During 2011, the laboratory of Water and Food Control, continued its Public Health mission involving the following activities: Search for enteric bacteria National Center for Salmonella, Shigella and Vibrio cholerae Bacteriological Quality Control of Water and Food As part of the activities, the Laboratory is identified as a National Center of Salmonella, Shigella and Vibrio cholerae: During the year 2011; 1519 Salmonella strains and 18 strains of Shigella have been identified and confirmed. The Genotyping and phenotyping study showed that molecular typing of Salmonella enterica serovar Enteritidis and Salmonella enterica serovar Kentucky represented the most frequent strains of human origin; Salmonella enterica serovar Enteritidis and Salmonella enterica serovar Kentucky represented the most frequent strains of animal origin. Salmonella enterica serovar Zanzibar and serovar Enteritidis represented the most frequent strains for food-borne; Salmonella enterica serovar Enteritidis and serovar Zanzibar represented the most frequent strains of the environment. Shigella sonnei is the most frequent serotype of Shigella listed. 10 strains of Vibrio cholerae O1 have been identified; these strains were isolated from wastewater (8 strains) and seawater (2 strains).On the level of the bacteriological quality control of water and Foodstuffs, the Laboratory has continued its collaboration programs of the Ministry of Health Public Health Surveillance and Water Consumption (public water supply, well water) bathing water ( seawater, swimming ...) and food (served in regions

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of Tunis, Ben Arous, Ariana and Manouba). The laboratory also meets the needs of the private sector (food industry, importers and exporters of food products, mineral water producers and consulting firms ...). Mission of the National Center of Salmonella, Shigella & Vibrio spp I. Contribution to the International Surveillance Networks: The Laboratory and the National Centre are member of: Global Foodborne Infections Network (GFN) - International Program - since the year 2000. E.Q.A.S Program (External Quality Assurance System) of the W.H.O. since the year 2000. PulseNet Program of the W.H.O., EMRO since the year 2006. II. Contribution to the National Surveillance Networks: 1. Surveillance-epidemiologic for the enteropathogens by the identification of epidemiological markers of Salmonella, Shigella & Vibrio spp. 2. Complete serotyping for all the strains received by the Centre for identification or confirmation. These strains were sent to the National Center (accompanied with essential epidemiological information) on a voluntary basis by 45-50 laboratory / year of bio-medical analysis, veterinary and food laboratories (public and private-Tunisia). Approximately 1500-2000 Salmonella strains / year were received by the National Center from different sources (humans, animals, food and environment). These strains were Identified and serotyped with 100 sera. Serotyping is performed by l slide agglutination test. 3. Detection of virulence genes of different pathotypes of Escherichia coli. 4. Molecular typing by the technique of pulse-Field gel electrophoresis (P.F.G.E) in the context of research works. 5. Studying the sensitivity of the Salmonella strains to the antibiotics according to the guidelines of the Antibiogram Committee of the French Society for Microbiology. The characterization of the strains. Les chiffres cls du laboratoire en 2012

1 publication internationale 1 communication orale et affiche internationale 1 participation des commissions nationales et internationales 6 diplmes soutenus 4 diplmes en cours

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LABORATOIRE DHORMONOLOGIE ET DE RADIOIMMUNOLOGIE

Composition de lquipe Nom et Prnom Bchir Fatouma Feki Salma Hmida Amel Rassaa Henda Mabrouk Ilhem Sayadi Mounira Meddeb Nedia Sekri Nama Welha Selma Position/ Fonction Pharmacien Biologiste Major/ Chef de Service Professeur en Immunologie Technicien Suprieur Principal/ Surveillante Technicien Suprieur Principal Technicien Suprieur Principal Technicien Suprieur Principal/ Secrtaire Technicien Suprieur Technicien Suprieur Technicien Suprieur

Prsentation des activits du laboratoire En 2012, nous avons continu nos activits de diagnostic. Malheureusement, nous navions pas pu dmarrer les paramtres planifis parce que nous tions dbordes par linvestigation des paramtres dj en place. Le Pr S.Feki matrise prsent les explorations in vitro en Hormonologie, Allergologie et Oncologie. Quant au dpistage des trisomies, un effort srieux reste faire afin que Madame Feki puisse en assumer la responsabilit. Nos recettes ont un peu augment, mais le nombre danalyses gratuites aussi, puisque nous avons ralis 364 720 B soit 58 355 DT surtout du fait du personnel de la sant publique. Nos dpenses ont concern, comme dhabitude, environ 85% pour lacquisition de ractifs, le reste pour les quipements et le consommable. Rsum en Anglais. During 2012, we continued our in vitro investigations in Allergology, Endocrinology, Oncology and Downs syndrom screening. We were too busy to begin the investigation of IgF1 and AMH in our lab. Pr S. Feki is now competent for the daily practice of our diagnostic activities concerning Allergology, Endocrinology and Oncology. For the Down syndrome screening, she has to make a great effort to be skilful. Les chiffres cls du laboratoire en 2012

1 communication orale et affiches nationales 2 diplmes en cours 23051 analyses et tests raliss

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LABORATOIRE DE VIROLOGIE CLINIQUE

Composition de lquipe Nom et Prnom Henda TRIKI Anissa Chouikha Imne Ben Dhifallah Ahlem Ben Yahia Nahed Hogga Walid Hammami Amel Abderrahmen Henda Touzi Zina Meddeb Sana Rajhi Khaled Hamlaoui Prsentation des activits du laboratoire Le Laboratoire de Virologie Clinique assure des activits de diagnostic de routine en virologie clinique et des activits de sant publique. - Diagnostic Les activits de diagnostic comportent des analyses de biologie mdicale ralises pour des patients, la demande de leur mdecin traitant. Les techniques utilises sont srologiques et molculaires (recherche, dosage et/ou caractrisation des gnomes viraux). - Sant Publique Les activits de sant publique rentrent essentiellement dans le cadre des programmes internationaux dradication de la poliomylite et dlimination de la rougeole, le laboratoire tant laboratoire de rfrence OMS dans la rgion de la Mditerrane orientale pour la surveillance des poliovirus depuis 1991 et la surveillance de la rougeole depuis 2002. Il rpond aussi la demande du ministre de la sant et des directions rgionales de la sant pour linvestigation virologique de maladies allure pidmique notamment mningites virales, fivres inexpliques et conjonctivites virales. Activits dans le cadre du programme mondial de lradication de la poliomylite En tant que Laboratoire de Rfrence Rgional OMS pour la poliomylite, nous sommes chargs de linvestigation des cas paralytiques notifis en Tunisie en Libye; nous assistons galement les autres pays de la rgion EMR dans la caractrisation gntique des isolats de poliovirus et, en cas de difficults techniques, dans lisolement et lidentification primaire de souches dentrovirus ; en plus des activits de formation. Linvestigation primaire des cas paralytiques repose sur la recherche dentrovirus par isolement viral sur culture de cellules. Dans tous les pays du monde et depuis le dmarrage du programme dradication de la poliomylite, ce diagnostic est centralis dans un seul laboratoire dsign Laboratoire National . Nous assurons ce rle pour la Tunisie, mais aussi la Libye (qui ne dispose pas de Laboratoire National). Le typage des virus isol sur cellules et leur caractrisation gntique se fait dans les laboratoires de rfrence rgionaux (environ 15 de part le monde). Nous assumons ce rle pour les 23 pays de la rgion de la Mditerrane orientale, avec les deux autres laboratoires de rfrence dans la rgion (Pakistan et Egypte). Position/ Fonction Professeur hospitalo-Universitaire / Chef de Service Matre Assistant Biologiste Technicien Suprieur Principal Surveillant / Technicien Suprieur Majeur Technicien Suprieur Technicien Suprieur Principal Technicien Suprieur Technicien Suprieur Secrtaire Ouvrier

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Rseau mondial OMS des laboratoires de la poliomylite

Laboratoires nationaux Laboratoires de rfrence rgionaux Laboratoires spcialiss

Le typage et la caractrisation gntique des virus isols se fait en plusieurs tapes. La premire permet de dterminer si le virus isol est un poliovirus ou un entrovirus non poliomylitique. Les isolats de poliovirus, sont ensuite analyss afin de dterminer sil sagit de souches sauvages ou dorigine vaccinales (Diffrenciation intra-typique). Pour les souches sauvages on dterminera leur origine autochtone ou importe. Pour les souches dorigine vaccinales, on tudiera le degr de drive gntique par rapport aux souches dorigine et sil sagit ou non de souches recombinant es. Tout ce diagnostic repose sur une panoplie de tests molculaires, du type PCR en temps rel et squenage partiel du gnome pour la plupart. Il est standardis pour tous les laboratoires qui le font et est soumis un processus de contrle de qualit et daccrditation annuelle de la part de lOMS. Activits dans le cadre du programme mondial de llimination de la rougeole Comme pour les poliovirus et depuis le lancement du programme dlimination de la rougeole de part le monde, la confirmation des cas suspect de rougeole est centralise dans un seul laboratoire dans chaque pays et cest le Laboratoire de Virologie de lHpital Charles Nicolle assure les activits de Laboratoire National en Tunisie. Les analyses gntiques plus pousses sont conduites dans les laboratoires rgionaux et cest notre laboratoire avec le Laboratoire national de Oman qui se partagent cette tche pour les pays de la rgion de la Mditerrane Orientale. Dans ce cadre, nous assistons les laboratoires nationaux des autres pays de la rgion dans lisolement des souches pidmiques de rougeole et leur caractrisation gntique ; nous validons les rsultats srologiques obtenus par ces laboratoires en analysant en double quelques srums slectionns.
Rseau mondial OMS des laboratoires de la rougeole

National Laboratories Regional Reference Labs Global Specialised Labs

La caractrisation gntique des souches de rougeole et de rubole repose sur leur dtection par PCR en temps rel et isolement viral sur cellules. En cas de positivit, des rgions gnomiques variables sont amplifies par PCR classique et squences. Les souches sont ensuite compares aux souches de rfrence OMS et aux autres souches isoles de part le monde pour en dterminer le gnotype et lorigine gographique. Comme pour les poliovirus, ce diagnostic est standardis pour

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tous les laboratoires qui le pratiquent et est soumis un processus de contrle de qualit et daccrditation annuelle de la part de lOMS. - Activits dencadrement et de formation Nous servons aussi de centre de formation sur la surveillance virologique de la poliomylite et des ruptions fbriles. En novembre 2011, nous avons accueilli au laboratoire deux biologistes travaillant au laboratoire national de la rougeole dEgypte, pour un stage de formation sur les techniques molculaires appliques la surveillance des virus de la rougeole et de la rubole et aux procdures standards dinvestigations virologiques et de gestion dun laboratoire de rfrence. Les chiffres cls du laboratoire en 2012

4 publications internationales 9 confrences 3 participations des Commissions Nationales et Internationales 2 diplmas soutenus 14 diplmes en cours 2 Projets en cours 2 formations continues nationales

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LABORATOIRE DES MYCOBACTERIES Composition de lquipe Prnom, Nom Helmi Mardassi Besma Mhenni Neila Khabouchi Saloua Ben Fredj Maherzia Lahmar Position/Fonction Biologiste Principal/Chef de Service Technicienne suprieure majeure/Surveillante Technicienne suprieure Technicienne suprieure Ouvrire

Prsentation des activits du laboratoire Le laboratoire des mycobactries assure une activit de biologie clinique qui consiste identifier les cas dinfections aux mycobactries et tester leur susceptibilit aux anti-tuberculeux. Le laboratoire reoit des chantillons de la part de diffrents hpitaux et instituts de la capitale ainsi que certains hpitaux rgionaux. Le laboratoire traite aussi les demandes danalyse du secteur priv qui sont soient achemines par diffrents laboratoires et cliniques privs, soit suite la prsentation du patient au centre de prlvement de lInstitut Pasteur. Hormis les tests de diagnostic classiques (examen direct, culture, identification et antibiogramme), nous avons introduit depuis 2002 plusieurs tests molculaires dont : - La technique PCR en complment lexamen direct. Il sagit dune PCR in house qui cible llment IS6110 - La technique PCR ciblant le gne RecA pour la confirmation des mycobactries atypiques - La technique PRA pour lidentification des mycobactries atypiques - Le squenage du gne rpoB ( la demande des cliniciens) lors dune forte suspicion dune transmission dune souche MDR (multirsistante) Les chiffres cls du laboratoire en 2012

1000 analyses ralises

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LABORATOIRE DANATOMIE PATHOLOGIQUE Composition de lquipe Nom et Prnom Med. Samir BOUBAKER Emna Ennaifer-Jerbi Hafa Tounsi-Kettiti Selma Feriani Ferida Amri Tabboubi Afifa Maaloul Thalja Assili Chayma Ben Fayala Leila Bouhajja Salma kamoun Chokri Smaali Position/ Fonction Professeur / Chef de Service Pr. Agrg Assistante Hospitalo-Universitaire TS*/ Surveillante TS*/ Secrtaire TS* TS* Cytomorphologie TS* Cytomorphologie Rsidente Rsidente Entretien

Prsentation des activits du laboratoire Les examens anatomopathologiques raliss par le laboratoire concernent en particulier les domaines de la dermatopathologie, la pathologie gyncologique, les pneumopathies interstitielles, les complications post-allogreffe de cellules souches hmatopotiques et la pathologie infectieuse. Les demandes danalyses proviennent dtablissements hospitalo-universitaires, dhpitaux rgionaux et du secteur priv. Les activits du laboratoire reposent sur : - les examens histopathologiques et cytologiques conventionnels -les explorations spcialises dimmunomarquages et de pathologie molculaire, appliques dansle domaine de lhistopathologie. Le laboratoire fait partie du Rseau International de lOMS des laboratoires HPV (http://www.who.int/vaccines-documents/DocsPDF06/845.pdf) en qualit de Laboratoire deRfrence pour la rgion Mditerrane Sud. Ses principales missions dans le cadre de ce rseau HPV sont de : contribuer une surveillance effective de linfection HPV, par la dtection de lADN viral partir de spcimen biologiques offrir un support dinformation, des stages de formation, des supports techniques et des conseils pour les laboratoires de faibles ressources de la rgion Mditerrane sud. -Ralisation dans le cadre des activits de diagnostic : *Lactivit de diagnostic du laboratoire a connu une augmentation substantielle (+50%) des demandes dexamens conventionnels et notamment en pathologie gyncologique ainsi quun doublement des demandes danalyses spcialises (Immunomarquages IFD cutanes et rnales; dtection et typage HPV). *Le laboratoire a obtenu la certification auprs du Laboratoire de rfrence KRAS-Expert Laboratory, Munich (German Society of Pathology and Union of Gernman Pathologists). Une convention a t mise en place, pour la ralisation des tests de recherche des mutations du gne K-ras chez les patients porteurs de cancers colo-rectaux mtastatiques. Le dmarrage est prvu pour le mois de janvier 2013. -Ralisation dans le cadre des activits se sant public : Une convention a t passe entre lInstitut Pasteur de Tunis en qualit de Laboratoire de rfrence HPV et lObservatoire National des Maladies Emergentes(ONME) pour la conduite dune tude de prvalence des infections HPV lchelle nationale. Ce projet bnficie dun financement par la B.A.D. et implique outre lInstitut Pasteur de Tunis et lONME, les structures de la Direction des Soins de Sant de Base et de lOffice National de la Famille et de la Population. Le projet a dmarr au mois de Dcembre 2012, aprs plusieurs tapes prparatoires et de coordination entre les diffrents intervenants. Il prvoit linclusion de 1400 femmes.

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Les chiffres cls du laboratoire en 2012

6 publications internationales 3 communications nationales et 14 communications internationales (orales et affichs) 3 diplmes soutenus 1 diplme en cours 2937 analyses et tests raliss

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LABORATOIRE DE LA RAGE
Composition de lquipe Nom et Prnom Kharmachi Habib Ben Maz Samia Basdouri Nourhne Ben Salem Jihne Hassen Badrouni Position/ Fonction Mdecin Vtrinaire Spcialiste Principal/ Chef de Service Ingnieur Principal Technicien suprieur Infirmire (Technicienne) Ouvrier

Prsentation des activits du laboratoire 1. Activits de Biologie Clinique et de Sant Publique, o sont assures les analyses de diagnostic spcialis de la rage animale et humaine ; cette activit constitue une des composantes essentielles du Programme National de Lutte contre la Rage, o le Laboratoire de la Rage de lInstitut Pasteur de Tunis constitue actuellement le seul laboratoire de diagnostic de la rage fonctionnel dans notre pays. 2. Activits de recherche sur la rage. Ce chapitre qui dcrit les activits de recherche entreprises dans le cadre du Laboratoire de Recherche financ par le Ministre de la Recherche Scientifique, figure dans le rapport des activits du Laboratoire de Microbiologie Vtrinaire. 3. Activits dencadrement et de formation. Activits de diagnostic et de sante publique: Le Laboratoire de la Rage de lInstitut Pasteur de Tunis est le Laboratoire de rfrence pour le diagnostic de cette maladie dans notre pays : - Le diagnostic biologique de la rage chez lHomme est exclusivement effectu dans notre Laboratoire. - Durant lanne 2012 la totalit des analyses pour diagnostic de la rage animale ont t effectus au Laboratoire de la la Rage de lIPT ; par consquent tous les cas de rage animale confirms ont t diagnostiqus dans notre Laboratoire. De ce fait, lanalyse des rsultats du diagnostic de la rage lIPT permet dvaluer la situation pidmiologique de cette enzootie et le suivi de son volution dans le temps et dans lespace chez les diffrentes espces animales. Les techniques utilises sont les techniques de rfrence, recommandes par lOrganisation Mondiale de la Sant et lOffice International des Epizooties (Organisation Mondiale de la Sant Animale), savoir limmunofluorescence directe (IFD) et lisolement viral par inoculation aux cultures cellulaires (neuroblastomes murins N2a.). A. Rsultats du diagnostic de la rage animale lI.P.T. : Tous les prlvements danimaux (ttes ou cadavres entiers) envoys notre Laboratoire pour diagnostic de rage suite une suspicion clinique, subissent en premier lieu, aprs autopsie et prlvement des chantillons appropris, le test dIFD et sils se rvlent ngatifs en IF ils font lobjet dune preuve disolement viral sur culture cellulaire (IVCC) par recours linoculation aux cultures de neuroblastomes murins N2a. Au total 627 prlvements, en 2012, 283 se sont rvls positifs, 314 taient ngatifs (en IFD et IVCC) et les rsultats de 30 prlvements reus en tat de putrfaction avance taient non interprtables. Une nette augmentation du nombre danalyses a t note durant lanne 2012 par rapport lanne 2011 (o le nombre danalyses tait de 282). Cette augmentation de 122,3% est due une reprise intensifie des activits de surveillance de la rage par les services vtrinaires qui a permis de rvler une importante recrudescence de la rage animale. Sont prsentes ci-dessous (Taleaux n 1 3), la rpartition par espces animales, puis la rpartition gographique et enfin la rpartition mensuelle des cas de rage animale confirms durant lanne 2012:

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Tableau n1 : Rsultats du diagnostic de la rage animale lIPT, durant lanne 2012 Rpartition par espces:
ANIMAUX Nbr. de Prlvements
POSITIFS

RESULTATS DU DIAGNOSTIC
NEGATIFS NON INTERPRETABLE % de POSITIFS

CHIEN 369 167 181 21 48,0 % BOVIN 59 51 05 03 91,1 % CHAT 125 23 99 03 18,9 % EQUIN 27 22 05 00 81,5 % OVIN 16 09 07 00 56,2 % CAPRIN 11 09 02 00 81,8 % LAPIN 04 00 03 01 HAMSTER 01 00 01 00 RAT 08 00 07 01 GAZELLE 02 00 02 00 CHACAL 01 01 00 00 RENARD 02 01 00 01 SANGLIER 01 00 01 00 LION 01 00 01 00 TOTAUX: 627 283 314 30 47,4 % Tableau n1 : Rsultats du diagnostic de la rage animale lIPT, durant lanne 2012 Rpartition par espces: * Pourcentage des Positifs = ( Nombre des Positifs / Nombre des Positifs + Nombre des Ngatifs) ; les Non Interprtables ne sont pas pris en considration dans ce calcul. Tableau n 2: Rsultats du diagnostic de la rage animale lIPT, durant lanne 2012. Rpartition gographique Nbr. de Prlvements Reus Nbr. de Prlvements Positifs GOUVERNORAT ANIMAUX (Tot.) CHIENS ANIMAUX (Tot.) CHIENS ARIANA 72 41 07 05 BEJA 33 20 28 18 BEN AROUS 68 38 15 05 BIZERTE 13 07 04 03 GABES 00 00 00 00 GAFSA 07 01 00 00 JENDOUBA 99 55 83 43 KAIROUAN 41 29 13 11 KASSERINE 25 13 13 06 KEBILI 00 00 00 00 KEF 30 19 21 11 MAHDIA 10 09 03 02 MANOUBA 22 11 08 05 MEDENINE 15 10 11 07 MONASTIR 20 16 09 08 NABEUL 09 08 02 02 SFAX 07 02 00 00 SIDI BOUZID 19 14 08 06 SILIANA 13 09 08 05 SOUSSE 22 13 18 11 TATAOUINE 15 13 06 05 TUNIS 75 34 14 08 TOZEUR 00 00 00 00 ZAGHOUAN 12 07 11 06 TOTAUX: 627 369 283 167 Tableau n 3: Rsultats du diagnostic de la rage animale lIPT, durant lanne 2012. Incidence mensuelle:

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MOIS JANVIER FEVRIER MARS AVRIL MAI JUIN JUILLET AOUT SEPTEMBRE OCTOBRE NOVEMBRE DECEMBRE TOTAUX:

Nbr. Prlvements Reus 40 33 36 44 58 59 38 45 62 74 71 67 627

de Nbr. de Prlvements Positifs Animaux(Tot.) CHIENS 21 16 20 24 26 22 13 29 29 25 27 31 283 13 8 13 18 20 13 10 15 13 15 10 19 167

% CHIENS + PARMI LES ANIMAUX + 61,9% 50,0% 65,0% 75,0% 76,9% 59,1% 76,9% 51,7% 44,8% 60,0% 37,0 61,3% 59,0%

B. Rsultats du diagnostic de la rage chez lHomme lI.P.T. : Le diagnostic de la rage chez lHomme en Tunisie tant exclusivement ralis dans notre Laboratoire, toutes les suspicions de rage tablies par les diffrents services hospitaliers sont suivies denvoi dchantillons appropris (matire crbrale pour le diagnostic en post-mortem et LCR et salive pour le diagnostic en ant-mortem). Les autopsies sont ralises par les services de Mdecine Lgale rgionaux et les prlvements de salive et de LCR sont raliss par les services mdicaux des hpitaux o ont t hospitaliss les patients ayant fait lobjet dune suspicion de rage. Les chantillons biologiques sont adresss lInstitut Pasteur de Tunis et sont analyss pour confirmer ou infirmer ltiologie rabique. Les techniques utilises sont les techniques de rfrence, recommandes par lOMS, savoir limmunofluorescence directe et lisolement viral sur culture cellulaire de neuroblastomes murins. Durant lanne 2012, trois prlvements de matire crbrale ont t reus : Le premier a t reu 15/3/2012 aprs autopsie effectue au service de Mdecine Lgale de lHpital Rgional Ibn El Jazzar de Kairouan. Il sagit dune patiente, ge de 72 ans, originaire dEl a la (gouvernorat de Kairouan) ayant t mordue le 21/02/2012 par un chiot au niveau de la joue et ayant entam un traitement en post-exposition ; elle a prsent une hydrophobie et des troubles de comportement et hospitalise le 13/3/2012 ; le dcs est survenu le 15/3/2012 et ltiologie rabique a t confirme au Laboratoire de la Rgae de lIPT le 16/3/2012. Le second prlvement a t reu le 22/5/2012 aprs autopsie ralise au service de Mdecine Lgale de lHpital Rgional de Kasserine. Il sagit dun patient g de cinq ans, originaire de Dahmani (gouvernorat du Kef), mordu le 27/4/2012 par un chien au visage (morsures multiples et profondes au niveau de la joue et de lil) et au niveau de la cuisse ; le chien mordeur est mort 02/5/2012 et a t confirm enrag par diagnostic de laboratoire lIPT le 03/5/2012. Le patient a entam un traitement antirabique en post-exposition le 28/4/2012 et un traitement chirurgical des plaies ; il a t ensuite hospitalis le 19/5/2012 et le dcs est survenu le 20/5/2012 dans un tableau de dtresse respiratoire. Lautopsie a t effectue le 22/5/2012 et ltiologie rabique a t confirme au Laboratoire de la Rgae de lIPT le 23/5/2012. Le troisime prlvement a t reu le 06/12/2012 aprs autopsie ralise au service de Mdecine Lgale de lHpital Rgional Ibn El Jazzar de Kairouan. Il sagit dun patient g de 73 ans, originaire de Jelma (gouvernorat de Sidi Bouzid), qui a t hospitalis le 01/12/2012 au service de Mdecine de lHpital de Kairouan o une suspicion de rage a t tablie. Lanamnse a rvl que le patient a t mordu par un chiot errant quil a tent de rcuprer deux mois auparavant. Le dcs est survenu le 05/12/2012 et ltiologie rabique a t confirme au Laboratoire de la Rgae de lIPT le 06/12/2012. Durant lanne 2012 trois cas de rage Humaine ont t enregistrs en Tunisie. C. Activits de contrle: Dans le cadre de la collaboration avec le Service de Production des Vaccins et Srums de lIPT, le Laboratoire de la Rage a fourni les stocks de virus rabique de la souche CVS produite sur cerveaux de souris ; 37 cryotubes de CVS (29 du lot R7 et 8 du lot R8) ont t fournis pour assurer les titrages des srums antirabiques par le service de Contrle Qualit. Un nouveau lot de CVS, le lot R 8, a t produit en juin 2012 (il tait constitu de 192 cryotubes).

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En outre, est effectu un contrle systmatique de la rponse en anticorps neutralisants chez les personnes vaccines en prventif (personnel des laboratoires de l IPT exposes la rage et qui sont pris en charge par le Service des Vaccinations antirabique et internationale de lIPT. Ces contrles sont effectus par des titrages des anticorps neutralisant en utilisant la technique de sroneutralisation sur cellules (RFFIT). Au total 30 srums ont t titrs par la technique RFFIT. Activits dencadrement et de formation Lencadrement dune tudiante, en cours de prparation dune thse au Laboratoire de la Rage, est dans une phase terminale. Des tudiants de lEcole Nationale de Mdecine Vtrinaire, rpartis en plusieurs groupes ont t reus un stage de courte dure pour initiation aux techniques de diagnostic de la rage pendant. Les chiffres cls du laboratoire en 2012

1 diplme soutenu 1101 analyses et testes raliss 37 services raliss

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LABORATOIRE DE PARASITOLOGIE-MYCOLOGIE
Composition de lquipe Prnom, Nom Bouratbine Ada Aoun Karim Siala Emna Ben Abdallah Rym Ben Abda-Driss Imen Chelbi-Ben Amor Hanen Zribi-Saadi Lilia Gasmi Zied Boukraa-Laouiti Farah Abid Zied Gdoura Safa Zallaga Najette Souissi olfa Maatoug Rania Bechini Ouidad Ghazouani Habib Position/Fonction Professeur hospitalo-Universitaire : Chef de Service Professeur hospitalo-Universitaire Maitre de confrences Agrg Maitre de confrences Agrg Assistante hospitalo-Universitaire Biologiste adjoint Vtrinaire Biologiste Rsident Parasitologie Rsidente Parasitologie Rsident Parasitologie Rsidente Parasitologie Infirmire principale (Surveillante) Technicienne suprieure Technicienne suprieure Technicienne suprieure Ouvrier

Prsentation des activits du laboratoire Le Service de Parasitologie-Mycologie est un laboratoire hospitalo-universitaire spcialis en Parasitologie-Mycologie qui a des activits de diagnostic biologique et dencadrement. Il est galement laboratoire de rfrence national pour le paludisme et travaille en troite collaboration avec certaines directions du ministre de la sant publique (DSSB, DHMPE, DMSU) dans le cadre de programmes nationaux de contrle des maladies parasitaires en Tunisie (Paludisme, bilharziose et leishmaniose). Il reoit des prlvements du secteur priv (mdecins de libre pratique) mais galement du secteur public (hpitaux universitaires et rgionaux, CRDA). A cot de lactivit de diagnostic biologique, lencadrement est lune des missions principales du service. Elle consiste en linitiation la parasitologie, lacquisition de techniques parasitologiq ues et au perfectionnement en biologie de stagiaires originaires de diverses structures universitaires. Il est organis en 5 sous units : 1- Unit de diagnostic parasitologique direct : Cette unit assure dans son activit routinire la recherche de parasite dans les selles (coprologie parasitaire), dans les urines, le sang (hmatozoires), la peau et la moelle osseuse (leishmanies), le placenta et le liquide amniotique (toxoplasme). Il sagit essentiellement dexamens microscopiques (directs ou aprs conce ntration et/ou coloration) et de cultures de parasites (sur milieux spcifiques in vitro ou par inoculation la souris). 2- Unit de Mycologie : Cette unit assure dans son activit routinire les prlvements de peau et phanres la recherche de levures ou de champignons filamenteux. 3- Unit de Srologie : Cette unit assure dans son activit routinire les examens de srologie parasitaire. Il sagit essentiellement de srologies toxoplasmiques mais galement de srologies la recherche danticorps anti-hydatique, anti-leishmaniens, anti-plasmodium, anti-aspergillaires, anti Toxocara canis ou anti-amibiens. 4- Unit de Biologie molculaire : La PCR quantitative est actuellement pratique dans le diagnostic antnatal de la toxoplasmose congnitale et le diagnostic et le suivi thrapeutique des leishmanioses viscrales. Les techniques molculaires de diagnostic despce d Entamoeba histolytica/E. dispar et des 3 espces de leishmanies prsentes en Tunisie sont galement entreprises en pratique courante 5- Unit de recherche de parasites dans les eaux uses traites : Elle assure la recherche des ufs dhelminthes dans les eaux uses traites. Parmi les diffrents tests, certains ne sont pratiqus en Tunisie qu lIPT. Tel est le cas des PCR quantitatives raliss pour le diagnostic de la toxoplasmose et de la leishmaniose viscrale. Le diagnostic de la toxoplasmose materno-ftale est lun des points fort du laboratoire. En effet, le laboratoire propose de nombreux tests srologiques et molculaire permettant de suspecter une

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toxoplasmose maternelle (ELISA IgG, ELISA IgM, Avidit IgG), de la confirmer en priode antnatale (PCR) et/ou en periode nonatale (ISAGA IgM, profils compars mre-enfant en WB) Les chiffres cls du laboratoire

4284 analyses et tests raliss

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LABORATOIRE DHEMATOLOGIE
Composition de lquipe Prnom, Nom Pr Ag Menif samia Pr Ag Imen Kraiem Dr Ines safra Pr salem abbes Houda Hmida Amina Dhahak Dorra chaouechi Fouzai chaker Rhayem Rym el elj Teber mouheb Fares nadia Farrah ahlem Amouri hassiba Hind ben hadj othmen Mbarka barmett Kacem monia Position/Fonction Pr Ag mdecine /Chef de service Pr Agrege en medecine Assistante hospitalo-universitaire Professeur en biochimie Pharmacien biologiste Technicien Suprieur Principal/ surveillant Technicien superieur Technicien superieur principal Technicien superieur Technicien superieur Technicien superieur Technicien superieur Technicien superieur Technicien superieur principal Technicien superieur Technicien superieur

Prsentation des activits du laboratoire Le laboratoire dhmatologie de linstitut pasteur de Tunis comporte 4 secteurs dactivit : Laboratoire central dhmatologie clinique assure essentiellement des activits diagnostiques dans le domaine de lhmostase gnrale et spcialise en particulier exploration des pathologies thrombotiques et hmorragiques, mais aussi dans le domaine de l hmatologie cellulaire notamment hmogrammes et cytologie sanguine. Unit dexploration du globule qui reprsente un centre de rfrence dans lexploration de lhmoglobine et des enzymes rythrocytaires Unit de diagnostic molculaire des leucmies qui effectue la recherche par RT-PCR qualitative et quantitative les transcrits chimriques acquis au cours des leucmies dans un but diagnostique, pronostique et suivi post thrapeutique. Unit dimmunophenotypage des hmopathies malignes. En plus de son activit diagnostique Le laboratoire dhmatologie contribue a la formation des etudiants.En effet nous accueillons les stagiaires de diffrentes institutions : rsidents et externes en Mdecine, tudiants en biologie, tudiants en biotechnologie pour une formation pratique ou pour un encadrement. Les chiffres cls du laboratoire en 2012

2 publications nationales 2 publications internationales 5 confrences 4 vacations et cours rmunrs 7communications internationale 12 Communications nationales (orales et affichs) 15 participations des Jurys pour lobtention de diplmes en Tunisie et ltranger 1 participation des Commissions Nationales et Internationales 5 diplmes soutenus

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LABORATOIRE DES MYCOPLASMES

Composition de lquipe Prnom, Nom Boutheina Mardassi Amina Alaya Nabiha Bel Hadj Bhija Mlik Houssem Mejri Position/Fonction Biologiste Principale Technicien Suprieur Technicien Suprieur Principal Technicien/ Surveillant Ouvrier

Prsentation des activits du laboratoire LUnit Spcialise des Mycoplasmes de lInstitut Pasteur de Tunis assurant les activits de diagnostic et de contrle des mycoplasmes par mise en culture (milieux liquides et solides prpars par le laboratoire mme) est lunique en Tunisie. Lactivit du diagnostic porte essentiellement sur lisolement et lidentification des espces de mycoplasmes dorigine animale, humaine, vaccinale, srique ou cellulaire. Diagnostic des mycoplasmes dorigine humaine Aprs amlioration de sa spcificit et valuation de sa reproductibilit, le test ELISA Double Sandwich dvelopp par le laboratoire est utilis de faon routinire pour le dpistage des IgGs diriges contre Mycoplasma pneumoniae. Actuellement, ce test est modifi en ELISA protines recombinantes, adhsine P1 type 1 et type 2, pour une identification srologique plus fiable et un typage molculaire de M. pneumoniae. Le diagnostic srologique des mycoplasmes urognitaux ( Mycoplasma hominis et Ureaplasma spp.) est ralis par la technique dImmunofluorescence Indirecte (IFI) dont lantigne est produit et purifi dans le laboratoire des mycoplasmes. Aujourdhui, on travaille sur lamlioration du dpistage srologique de ces mycoplasmes en dveloppant un test ELISA protines recombinantes de M. hominis (les diffrents antignes de surface variables : P120, P120, Lmp et Vaa) et dUreaplasma spp (MBA (Multiple Banded Antigen)). Quant au diagnostic molculaire, il repose surtout, sur lapplication de la technique PCR sur des prlvements bronchiques, urognitaux, ou sriques en ciblant des gnes, ou une partie de gnes spcifique de chacune des espces de mycoplasmes identifier. Le diagnostic des mycoplasmes par mise en culture sur milieu SP4 liquide et solide (prpar par le laboratoire) suivie dune caractrisation biochimique reste toujours le moyen le plus sr que le laboratoire continue assurer pour confirmer la prsence des colonies typiques de mycoplasmes dites enuf sur plat.

Diagnostic des mycoplasmes dorigine animale Dans son rle de surveillance des mycoplasmoses aviaires ou de contrle de lefficacit dun vaccin mycoplasme, le laboratoire utilise comme tests srologiques lELISA Triplex, dvelopp par le laboratoire, pour le dpistage simultan des trois mycoplasmes aviaires les plus pathognes savoir, Mycoplasma gallisepticum, Mycoplasma synoviae et Mycoplasma meleagridis, ainsi que lagglutination rapide sur lame (SARL). Il est important de mentionner que le laboratoire dispose, tout comme pour les mycoplasmes humains, de stocks danticorps polyclonaux dirigs contre chacune des espces de mycoplasmes, souche de rfrence (ATCC) tudie. Ces anticorps sont rendus spcifiques par adsorption avec les antignes de mycoplasmes et des bactries prsentant des ractions croises avec lespce dintrt. La technique damplification par PCR duplexe, dvelopp par le laboratoire, estpratique surtout sur les poussins dun jour imports et ce, afin dassurer lindemnit des levages des volailles adultes en Tunisie. Le diagnostic bactriologique par mise en culture des prlvements trachaux sur milieu Frey (prpar par le laboratoire) liquide et solide Les chiffres cls du laboratoire en 2012

1 confrence 1449 analyses et tests raliss

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LABORATOIRE DHISTOLOGIE ET DE CYTOGENETIQUE MEDICALE

Composition de lquipe Prnom, Nom Ahlem Amouri Wiem Ayed Olfa Kilani Imen El Kamel Sofien Hentati Helmi Guermani Nabila Abidli Imen Chemkhi Faten Talmoudi Mariem Ben Khelifa Wajih Hammami Position/Fonction Professeur Agrg Hospitalo-Universitaire/Chef de service Assistante hospitalo-Universitaire Assistante Hospitalo-Universitaire Assistante Hospitalo-Universitaire Technicien Suprieur Technicien Suprieur contractuel Technicienne Suprieure contractuelle Technicienne Suprieure contractuelle Etudiante en Thse Es Sciences Etudiante en Thse Es Sciences Technicien Suprieur Principal

Prsentation des activits du laboratoire Le laboratoire rpond aux demandes de caryotypes provenant dtablissements hospitalouniversitaires, dhpitaux rgionaux et du secteur priv. Ces demandes concernent la Pdiatrie, la Gyncologie-Obsttrique et lHmatologie pour la cytogntique constitutionnelle post natale et lhmato-oncologie pour le diagnostic et le suivi des hmopathies malignes. Les activits du diagnostic cytogntique du laboratoire reposent sur des caryotypes conventionnels appuys dans certains cas de cytogntique molculaire. Les chiffres cls du laboratoire en 2012

5 publications internationales 8 communications orales et affiches internationales 6 participations des Jurys pour lobtention de diplmes en Tunisie et ltranger 1 vacation et cours rmunr 2 diplmes soutenus 3 diplmes en cours

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LABORATOIRE DE PATHOLOGIE ANIMALE

Composition de lquipe Prnom, Nom Abdeljelil Ghram Issam Hmila Jihne Nsiri Imen Larbi Latifa Gribaa Imen Behi, Feten Amouna Souad Triki Faouzi Frihi Wafa Tombari Jihne Hassen Imen Larbi Imen Fathallah Aslam Bouattour Wouroud Ltaief Intissar mabrouk Marwa Arbi Ichraf Kdissa Position/Fonction Biologiste Principal Biologiste Adjoint Vtrinaire Vtrinaire Principal Infirmire Principale/ Surveillant Technicien Suprieur Technicien Suprieur Technicienne Suprieure Principale Ouvrier Etudiante en thse es Sciences Etudiante en thse es Sciences Etudiante en Master Etudiante en Master Etudiant en thse de Mdecine vtrinaire Etudiante en thse de Mdecine vtrinaire Etudiante en thse de Mdecine vtrinaire Mastre Professionnel Etudiante en PFE/Licence

Prsentation des activits du laboratoire Le laboratoire de pathologie animale sintresse au diagnostic des principales maladies animales dimportance conomique et sociale, en particulier les maladies aviaires. Il participe, en collaboration avec le Ministre de lAgriculture, la surveillance de certaines pathologies graves touchant aussi bien le secteur avicole (grippe aviaire et maladie de Newcastle) que les ruminants (clavele ovine). Il est appel aussi, en collaboration avec le Ministre de lAgriculture, raliser des enqutes ponctuelles sur certaines maladies impact sanitaire et conomique important, dans le but de dterminer leur prvalence et disoler et identifier les agents en circulation : Blue tongue, West Nile (Centre National Zoo Sanitaire) ; la fivre de la Valle du Rift, la peste des petits ruminants, lentrotoxmie des ovins. Le laboratoire participe la ralisation dtude dinnocuit et defficacit de vaccins vtrinaires nouvellement introduits sur le terrain pour la prvention dune pathologie donne (Vectormune HVT NDV) Il contribue lencadrement dtudiants stagiaires de diffrentes institutions de lenseignement suprieur, dont lEcole de Mdecine Vtrinaire, ISSBAT, INSAT. Le laboratoire a aussi particip des tests inter laboratoires (Ring Tests), dans le cadre de la mise niveau du laboratoire en vue de son accrditation. Les chiffres cls du laboratoire en 2012

1 publication internationale 1 communication internationale 3 Communications nationales (orales et affichs) 10 diplmes soutenus 5 diplmes en cours 3 formations continues nationales et 1 ltranger

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LABORATOIRE DES TOXINES ALIMENTAIRES

Composition de lquipe Prnom, Nom Kharrat riadh Marrouchi riadh Chater Rim Belayouni Nawel Safa Tarhoumi Dziri faten Mohamed Kamel Ferchichi Houki hassen Bou Ali Mohamed Bechir Prsentation des activits du laboratoire 1) Diagnostic et sant publique Contrle de la qualit et de la salubrit des coquillages afin de permettre aux conchyliculteurs l'coulement de leurs marchandises sur le march tunisien avec une garantie d'absence de biotoxines. Trois groupes de phycotoxines sont contrls . ; liposolubles. , paralysantes et amnsiantes Mthode de rfrence danalyse Le dpistage sur souris des toxines liposolubles partir des glandes digestives de coquillages sont effectus selon la mthode danalyse dite de Ya sumoto et al. 1984 modifie, reconnue au plan international. Les coquillages sont considrs contamins si on observe, sur une priode de 24 heures, la mort d'au moins deux souris sur les trois inocules avec des extraits de glandes digestives (ou de chair totale) des chantillons tester. Ceci signe la prsence, dans des proportions suprieures aux limites fixes, dune ou de plusieurs toxines (acideokadaque, dinophysistoxines, pectnotoxines, yessotoxines et azaspiracides). La mthode de rfrence pour lanalyse des phycotoxines paralysantes est un bio-essai sur souris selon la mthode valide par lAOAC (Association of Official Analytical Chemist) rfrence 959-08 (AOAC, 1990).Les coquillages sont considrs impropres la consommation lorsque lchantillon analys contient plus de 80 g quivalent saxitoxine pour 100 g de chair totale La mthode danalyse des phycotoxines amnsiantes est une analyse chimique en chromatographie liquide haute performance couple une dtection par UV. Un rsultat est considr comme positif lorsque lchantillon contient plus de 20 g dacide domoque/g de chair. 2) Rsums des rsultats de recherche obtenus lors de lannee 2012 Les thmes de recherche peuvent tre regroups sous deux thmatiques : Biotoxines et Molcules et cibles thrapeutiques extraits partir dalgues marines -Biomolcules dintrt thrapeutique, diagnostique et dveloppement biotechnologique Molcules et cibles thrapeutiques extraits partir dalgues marines Alors que les premires formes de vie sont apparues dans les ocans il y a prs de 4 milliards dannes, les premires espces terrestres remontent seulement 400 millions d'annes. Malgr cela, les substances naturelles dorigine marine ne reprsentent que 10% de lensemble des molcules isoles ce jour partir dorganismes vivants. Ces composs chimiques sont pourtant trs spcifiques du fait des particularits du Monde Marin. Au sein des organismes qui les biosynthtisent, ils peuvent notamment intervenir dans la dfense chimique contre les parasites et les autres comptiteurs. Ces molcules apparaissent donc comme des alternatives ou des complments potentiels des mdicaments dj connus mais parfois contre indiqus du fait de leurs effet secondaire indsirable. Dans ce contexte et dans le cadre dune tude pluridisciplinaire, ltude pharmacologique et structurale de plusieurs organismes marins mditerranens (algues rouge, brunes et verte ) a t entreprise. Ces travaux ont permis lisolement a et la caractrisation structurale partir lalgue rouge Position/Fonction Biologiste principale/responsable du laboraoire Etudiant en thse Etudiant en thse tudiante en Master Etudiante en thse Surveillante du laboratoire Technicien suprieur ouvrier ouvrier

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Laurencia glandulifera de deux mtabolites secondaires terpniques broms : le NEROROGIOLTRIOL et le VLC5 . Lidentification et la caractrisation structurale de ces deux molcules a t ralise par le biais dun criblage biodirig de diffrents extrait de lalgue en utilisant des tests in vivo de types analgsique et anti-inflammatoire et lutilisation de diffrentes mthodes chromatographique , par spectromtrie de masse et par RMN 1D et 2D, Par ailleurs, le mcanisme daction et le potentiel en tant quagents analgsique et anti inflammatoire a t tudi en utilisant une batterie de test in vivo et in vitro . Cette tude montre que le neorogioltriol est dote de la double activit analgsique et antiinflammatoire et savre avoir un effet semble aux AINS. En effet, faible dose, il agit sur les cyclooxygnases et bloque la production des mdiateurs de linflammation et de la douleur : les prostaglandines. Alors qu forte dose, le neorogioltriol, inhibe lexpression NF -B tout en activant lexpression de COX2 via une voie de signalisation indpendante de NFB et des MAPKinase et ceci par activation du facteur nuclaire PPARs. Dautre part leffet analgsique du diterpenoide brom le O,1115-cyclo-14-bromo- 14, 15dihydrorogiol-3,11-diol, (VLC5) a t dmontr aussi bien in vivo, par inhibition du comportement douloureux induit par lacide actique ou lhuile de mouta rde, et in vitro en interfrant avec le signal calcique au niveau des neurones sensitifs. De plus, nous avons dmontr, aussi bien in vivo que in vitro, que cet effet est du lactivation des rcepteurs opiodes. Finalement, nous avons dmontr que leffet inhibiteur du VLC5 sur les affrences primaires est dpendant spcifiquement de lactivation de deux rcepteurs opiodes Kappa et mu. Mots cls : Algues marines, Activit anti-inflammatoire, activit analgsique, diterpenoide brom, mode daction Recherche lie aux phycotoxines Le problme pos par ces biotoxines est complexe la fois par la diversit des domaines scientifiques impliqus et par le fait que ces phnomnes soient encore, pour la plupart, mal connus. Lobjectif de nos recherches vise identifier les causes des toxicits observes chez la souris lorsquelles ne sont pas lies des toxines connues, tudier les pistes pour lamlioration des outils de dtection et de caractrisation des dangers sanitaires La sphinganine-C17 :une nouvelle toxine mergente contaminant les mollusques bivalves de la lagune de Bizerte En Tunisie, jusqu' aujourdhui, trois risques potentiels d'intoxication alimentaire humaine (DSP, PSP et ASP) sont surveills en raison de la prsence des pces productrices de phycotoxines. Cependant, des vnements toxiques inexpliqus, observs sur les ctes Tunisiennes ou dcrits dans la littrature, ont conduit faire une prospection vers de nouvelles toxines accumules dans les mollusques bivalves et dont on ignore leur(s) cible(s) molculaire(s) et leur(s) effet(s). En particulier, depuis plus de cinq ans, une toxicit rcurrente mais atypique a t dtecte au niveau de la lagune de Bizerte (Nord de la Tunisie) lors des tests de routine, par le test biologique sur souris, chez des moules et des huitres en culture. Cette toxicit nest pas associe lefflorescence dun phytoplancton toxique connu. Lobjectif de nos recherches a vis, dans un premier temps, identifier lagent biotoxique marin ainsi que le micro-organisme producteur responsables de la toxicit des moules collectes dans la lagune de Bizerte et, dans un deuxime temps, dterminer le mcanisme daction de cet agent. Les rsultats obtenus sont rsums ci-dessous. En utilisant des mthodes de sparation chromatographique et de spectromtrie de masse pour dtecter et caractriser la fraction responsable de la toxicit des moules, nous avons montr que seule la sphinganine-C17 (C17-SAMT), un analogue des mycotoxines ayant une masse molculaire de 287,289 Da, est prsente dans les mollusques contamins. L'aspect macroscopique gnral des cultures et les caractristiques morphologiques des souches isoles partir des moules rvlent que les pisodes de toxicit sont associs la prsence de champignons microscopiques marins (Fusarium sp., Aspergillus sp. et Trichoderma sp.) dans les chantillons contamins. Leffet principal de C17-SAMT in vivo, sur le systme neuromusculaire de souris Les tudes lectrophysiologiques in vitro montrent que C17-SAMT provoque galement une diminution de la force contractile isomtrique de lhmidiaphragme isol de souris. Ce premier rapport de la contamination des moules de Tunisie par une toxine marine fongique est d'une grande importance car il ouvre la voie d'autres tudes visant dterminer la(les) cible(s) molculaire(s) de cette toxine et ses ventuels effets toxicologiques sur l'homme, ainsi qu identifier prcisment lorganisme producteur.

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Les chiffres cls du laboratoire en 2012

2 vacations et cours rmunrs 2 publications nationales 3 publications internationales 1 communication nationale 5 Communications internationales (orales et affiches) 1 projet obtenu 4 diplmes soutenus

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SERVICE DEPIDEMIOLOGIE MEDICALE

Composition de lquipe Prnom, Nom Afif Ben Salah Jihne Bettaieb Mohamed Fethi Diouani Sadok Chlif Amor Zatour Aicha Boukthir Mr Nebil Bel Haj Hmida Mohamed Ali Snoussi Adel Gharbi Amine Toumi Wissem Zid Sana Chabne Rihab Yazidi Position/fonction Professeur hospitalo-Universitaire/ Chef de Service Assistante hospitalo-Universitaire Vtrinaire Principal Ingnieur Gnral Technicien Sup Major/ Surveillant Technicien Sup Major Technicien Sup Principal Technicien Vtrinaire Principal Technicien Ingnieur Ingnieur Ingnieur Iingnieur

Prsentation des activits du laboratoire Le service dEpidmiologie Mdicale lInstitut Pasteur de Tunis est une structure hospitalo universitaire qui assure en plus de la participation l'enseignement de la Mdecine Prventive et de l'pidmiologie la facult de Mdecine de Tunis, une mission de sant publique. En effet, le service apporte un appui technique au programme de surveillance pidmiologique du Ministre de la Sant. Cet appui s'articule autour de deux grands axes: - La modernisation et l'amlioration de la performance des systmes d'informations sanitaires actuels par le dveloppement de nouveaux systmes d'alerte prcoce et de veille sanitaire afin de renforcer la gestion des situations de crise sanitaires. Ces systmes incorporent en plus des donnes temporelles sur les maladies (essentiellement celles dclaration obligatoire, les maladies mergentes et r mergentes et les maladies potentiel pidmique), des informations dmographiques, cologiques et gographiques superposes dans des cartes lectroniques plusieurs couches. - La ralisation d'tudes de cohortes et d'enqutes transversales pour amliorer les connaissances et mettre jour le profil pidmiologique des maladies transmissibles prioritaires en Tunisie, notamment les leishmanioses, les hpatites virales et les risques sanitaires lis aux changements climatiques. Ces tudes s'inscrivent dans une perspective d'aide la dcision et d'action de sant publique. Les informations recueillies servent plus ou moins directement la prise de mesures de prvention ou de contrle efficaces et appropries par l'identification des groupes risque et la dtection de modifications observes au cours du temps. Pour cela, le service possde une quipe de terrain pluridisciplinaire dote de moyens de mobilit adapts pour rpondre au mieux aux besoins des enqutes pidmiologiques menes dans diffrentes rgions du territoire tunisien et aux besoins dintervention du Ministre de la Sant lorsqu'il est sollicit. Afin d'optimiser la gestion de ses interventions et de dvelopper sa capacit oprationnelle, l'quipe sera renforce par la cration d'un nouveau centre de recherche clinique dans le centre tunisien (gouvernorat de Sidi Bouzid) qui sera inaugur trs prochainement. Le service dispose galement d'un laboratoire oprant selon les normes internationales de bonnes pratiques et dot d'outils technologiques de pointe qui lui permet de raliser des analyses biologiques portant sur le matriel biologique prlevs dans le cadre de ses enqutes. Ce qui lui assure une certaine autonomie oprationnelle. Par ailleurs, la recherche clinique est au centre des activits du service. En effet, notre quipe en collaboration avec des organismes de recherche internationaux contribue l'avancement de la recherche biopharmaceutique par le dveloppement de nouveaux mdicaments anti-leishmaniens plus srs sous forme de pommade pour application cutane travers une srie dessais cliniques multicentriques (WR279396) menes depuis 2002. Le produit test est compos de 15% de paromomycine avec et sans 0,5% de gentamycine dans un vhicule hydrophile.

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Toutes ces activits se font en troite collaboration avec des structures et organismes nationaux (Direction des soins de sant de Base et l'Observatoire national des maladies nouvelles et mergentes) et internationaux (Institut pasteur de Paris, Institut de recherche pour le dveloppement de Montpellier, Institut Walter Reed) et bnficient de financements de diffrents bailleurs de fonds (Ministre de lenseignement suprieur et de la recherche, OMS, NIH, Communaut europenne, USAMMDA). Les chiffres cls du laboratoire en 2012

3 confrences 5 communications orales et affiches internationales 1 publication internationale 1 projet obtenu 1 projet en cours 8 diplmes soutenus 3 diplmes en cours 3 formations continues ralises en Tunisie 1 ltranger

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SERVICES DES VACCINATIONS ANTIRABIQUES ET INTERNATIONALE

Composition de lquipe Prnom et Nom Samy Khoufi Karima Hachemi Khaoula Ouchtati Moez Rihani Abdelhamid Khatib Hanne Dabboussi Anissa Khlifi Nada Okkez Imne Manna Hajer Ben Ayed Rym Tabbouri Position/ Fonction Mdecin Principal/ Chef de Service Infirmire/ Surveillante Infirmire Infirmier Infirmier Infirmire Infirmire Infirmire Technicienne de gestion contractuelle/ secrtaire Attache contractuelle Prparatrice de pharmacie contractuelle

Prsentation des activits du laboratoire Dans le cadre du programme national de lutte antirabique, le service prend en charge le traitement antirabique spcifique des personnes rsidantes dans les gouvernorats de Tunis, Ariana, Mannouba, Ben Arous et ventuellement ceux provenant d'une autre rgion ou d'un autre pays. Notre service constitue le service de rfrence pour les recommandations nationales en matire de vaccination et de lutte antirabique en collaboration avec le laboratoire de la rage. Pour la vaccination internationale, le service est le seul centre agre pour la vaccination contre la fivre jaune. Il assure les vaccinations obligatoires, ncessaires et recommands pour les voyageurs. Nous prodiguons en plus des conseils d'hygine et de comportement, les mesures de protection du paludisme ainsi que la chimio-prophylaxie adapte selon le pays impalud de destination et sa situation pidmiologique. Prsentation en anglais Under the national program for rabies control the service supports the post-exposure treatment for rabies specific to persons resident in the great district of Tunis and possibly those from another region or another country. Our service is the referral service to national recommendation for rabies vaccination and control in collaboration with rabies laboratory. For traveler immunization, service is the only approved centre for vaccination against yellow fever, it provides mandatory, required and recommended vaccinations for travelers. We provide more advice on hygiene and behavior, protective measures and adapted malaria chemoprophylaxis according to the malaria-endemic country of destination and its epidemiology. Les chiffres cls du laboratoire en 2012

2 confrences 1 formation continue nationale

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SERVICES DES CONSULTANTS EXTERNES

Composition de lquipe Prnom, Nom Dr Radhia Ammi Mme Saida Belhafnaoui Mme Amira Ammar Mme Faiza Lajrab Mme Nejia Mohamed Mr Abderrazek Ben Abdallah Mr Khaled Ben Djeddou Mr Amor Baccouche Mme Rim Ben Mansour Melle Faten Abdrabbou Melle Yosra Moknessi Mr Bchir Ben Saad Position/Fonction Mdecin de la sant publique / Responsable du service Infirmire Major/Surveillante Infirmire Technicien Suprieur Infirmire Infirmier Infirmier Aide Soignant Attach Administratif Attach Administratif Agent Administratif Ouvrier

Prsentation des activits du laboratoire Le service des consultants externes assure l'activit pr et post diagnostique. Il centralise l'ensemble des prlvements destination des diffrents laboratoires d'analyses biomdicales concernant tant les analyses de routine que les analyses spcialises. Les chiffres cls du laboratoire en 2012

18226 services raliss

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Production de vaccins et srums thrapeutiques

DIRECTION DE PRODUCTION ........................................................................................................................................................................... 103 UNITE DE PRODUCTION DES PLASMAS BRUTS ............................................................................................................................................ 104 PRODUCTION DES SERUMS THERAPEUTIQUES ........................................................................................................................................... 105 PRODUCTION DU VACCIN ET IMMUN BCG ..................................................................................................................................................... 107 SERVICE CONTROLE QUALITE ......................................................................................................................................................................... 109 SERVICE ASSURANCE QUALITE....................................................................................................................................................................... 110 UNITE DE RECHERCHE ET DEVELOPPEMENT POUR LAMELIORATION DES PROCESS ....................................................................... 112

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DIRECTION DE PRODUCTION
Composition de lquipe Prnom, Nom Ali Mhenni Ines Kessentini Position / Fonction Pharmacien biologiste major/ Pharmacien responsable et directeur technique de lunit parti la retraite en mai 2012 Pharmacien / Pharmacien responsable et directeur technique de lunit depuis mai 2012

Liste du personnel de lunit Fonction/nombre Pharmacien Vtrinaire Ingnieur Technicien suprieur Infirmier Secrtaire Ouvrier Consommation en 2012 : PPB 1 6 1 5 1 3 2 3 1 8 1 1 2 1 3 ST 1 BCG CQ AQ MN SD 1 TOTAL 2 1 4 19 4 2 19

1 5

1 3

Prod Plasma Brut Purification des serums BCG Contrle Qualite Assurance Qualite Maintenance TOTAL Consommation par service 2011-2012 150000 100000 50000 0

2012 46331,682 61941,262 103584,494 40688,934 14835,385 84355,199 351736,956 Total de consommation de lunit 2011-2012 600000 500000 400000 300000 200000 100000 0 2011 2012

480481

351736, 956

Perspectives 2013 Produire et livrer :

15000 ampoules de srum antirabique 10 000 ampoules de srum antiscorpionique 2000 ampoules de serum antiviperin 54000 flacons de vaccins BCG pour les besoins de la DSSB et de l 7000 flacons dimmun BCG

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UNITE DE PRODUCTION DES PLASMAS BRUTS

Composition de lquipe Nom/Prnom Bachraoui Sana Mathlouthi Azzouz Bellafa Yassine Badraoui Mokthar Nefzi Slim Benya Adel Ghazouani Arbi Position / Fonction Vtrinaire Principal/ Responsable de lunit Infirmier Major / Surveillant (part la retraite partir du 01/07/2013 Ouvrier Ouvrier Ouvrier Ouvrier Ouvrier

Indicateurs de Performance Volume des plasmas produits Type de produit Plasma Antirabique Plasma Antiscorpionique Plasma Antiviprin TOTAL Problmes rencontrs : 1- Problme de titre des srums antiscorpioniques aprs changement du protocole dimmunisation Action corrective : Vente des 7 plus mauvais rpondeurs et Achat de 9 autres chevaux. Immunisation dmarre au mois de janvier 2013 2- Quantit du srum antirabique insuffisante pour couvrir les demandes de la DSSB : Action corrective : Renforcer le nombre des chevaux avec 3 chevaux (dont 1 cart vu quil tait mauvais rpondeur) et 3 mulets (immunisation en cours) Perspectives pour 2013 : Produire : 2000 litres de Plasmas Antirabique 1000 litres de plasmas Antiscorpionique 300 litres de plasmas antiviprin litres 1780 587 300 2667 Nombre de chevaux ddis 16 18 3 37

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PRODUCTION DES SERUMS THERAPEUTIQUES

Composition de lquipe Prnom, Nom Rachida Ben Zakkour Thouraya Hamza Imen Hazemi Omrane Ben Mansour Meherzia Mahjoub Majdi Turki Soufine Dhiflaoui Amira Rzig Mohamed Ezzine Elarbi Walid Ben Saiida Ahmed Taiib Mohamed Yaakoubi Saiida Hlel Nombre de doses vendues Type de produit Srums antiscorpionique Srums antiviprins Srums antirabique TOTAL Nombre de doses vendues en 2012 8070 3284 12550 23 904 Chiffres daffaire en DT 284 438.180 131 237.594 376 500 792 175, 774 Position/ Fonction Infirmire principale / Surveillante Technicien Suprieur Principal/ Surveillante Technicien Suprieur Principal Technicien Suprieur Technicien Suprieur Technicien Suprieur Technicien Suprieur Infirmire principale Ouvrier Ouvrier Ouvrier Ouvrier Ouvrire

Livraison 2011- 2012 en nombre dampoules 25 000 20 000 15 000 10 000 5 000 0 Besoin National 2011 2012
serum antiviper in srum antiscor pionique

Chiffre d'affaire en DT (srum thrapeutique) par produit

serum antirabi que

450000 400000 350000 300000 250000 200000 150000 100000 50000 0 2011 2012

serum antirabique

srum antiscorpio nique serum antiviperin

Nombres de lots fabriqus en 2012

Type de produit Nombre de lots fabriqus en 2012 Taille des lots (approximatifs)

Srums antiscorpioniques Srums antiviprins Srums antirabiques TOTAL

13 2 26 41

2 500 4000 12 000 18 500

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Problmes rencontrs : 1. Problme de titre du srum antiscorpionique du a un changement du protocole dimmunisation lanne dernire. : clarifis avec des titres non-conformes ou bien avec un titre la limite de la conformit. Action corrective : Modifier le protocole dimmunisation, maintenir les chevaux qui ont bien rpondu et carter les mauvais => 7 chevaux ont t carts et replacs par 9 nouveaux chevaux 2. La machine de rpartition des srums thrapeutique acquise depuis 1993 nest plus qualifie et son remplacement savre une ncessit. Dailleurs, elle nous a caus un retard de livraison de plus que 2000 ampoules de srums antirabiques et la commercialisation du lot a t faite fin janvier 13 au lieu de dbut dcembre 2012. Action corrective est faite par les techniciens de la maintenance, ce qui a pris plus quun mois. Action prventive : Courrier adress au ministre pour un financement dune nouvelle machine Perspectives pour 2013 Produire et livrer :

15000 ampoules de srum antirabique 10 000 ampoules de srum antiscorpionique 2000 ampoules de serum antiviperin

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PRODUCTION DU VACCIN ET IMMUN BCG

Liste du personnel Prnom, Nom Nizar Laabidi Imen Ferchichi Rachid Khzmi Abir Agoubi Mariem Lahyni Wajdi Khouja Saida Rouahi Mahdi Maghraoui Sabeh Kacem Latifa Jlassi Nombre de doses vendues Type de produit Vaccin BCG Immun BCG TOTAL 60000 50000 40000 30000 20000 10000 0 Besoin national 2011 2012 Nombre de doses vendues en 2012 46 790 7314 54 378 8000 7000 6000 5000 4000 3000 2000 1000 0 Besoin national livraison 2012 Chiffres daffaire en DT 510 992.500 449 876 960 868, 500 Position/ Fonction Pharmacien/ Responsable de Fabrication Ingnieur Principal Infirmier Principal/ Surveillant du laboratoire Technicien Suprieur Technicien Suprieur Technicien Suprieur Infirmire Ouvrier Ouvrier Ouvrier

Livraison du vaccin BCG en 2011 et en 2012 Nombres de lots fabriqus en 2012 :

Livraison de limmun BCG en 2012

Type de produit Vaccin BCG Immun BCG Solvant

Nombre de lots fabriqus en 2012 12 5 7

Taille des lots 79508 9841 55024

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80000 60000 40000 20000 0 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 Evolution de la production du vaccin BCG depuis 2006 Perspectives pour 2013 Produire et livrer : PCT Solvant pour Vaccin BCG Immun BCG Frais Vaccin BCG

54000 flacons de vaccins BCG pour les besoins de la DSSB et de la 7000 flacons dimmun BCG

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SERVICE CONTROLE QUALITE

Composition de lquipe Prnom, Nom Ins KESSENTINI Safa HAMDI Salwa MANSALI Emna SIOUD Emna GHRIBI Olfa SASSI Asma HAMMAMI Safia HAMDA Maroua BEN KHEDER Issam BELGHAOUI Abdejlil AMERI Taher TABBOUBI Ahmed AYARI Position/ Fonction Pharmacien/ Responsable Ingenieur principal Technicien Suprieur Major/ Surveillante Technicien Suprieur Technicien Suprieur Technicien Suprieur Technicien Suprieur Technicien Suprieur Technicien Suprieur Technicien Suprieur Ouvrier Ouvrier Ouvrire

Nombre d'analyses du laboratoire de contrle qualit Type danalyse Test de numration des untes viables BCG Contrle de matire premire et articles de conditionnement Contrle de strilit du BCG Contrle de strilit du srum Contrle denvironnement BCG Monitoring du personnel BCG Contrle denvironnement des srums Monitoring du personnel ST Contrle de lEau Pour Prparation injectable Test in vivo du ST : Toxicite anormale Vrac Test in vivo du ST : Toxicite anormale PF Seroneutralisation (PAR) Seroneutralisation (PAS ) Seroneutralisation (PAV) Recerche de mucobacterie virulante Hypersensibilite retarde du vaccin BCG Reactivite cutane du vaccin BCG Hypersensibilite la rception TOTAL

Nombre 271 30 24 30 327 697 264 250 46 15 21 29 44 15 18 14 15 15 2125

Problmes rencontrs : 1- Problme de titrage au mois de novembre/dcembre : Stock de CVS dtenu au niveau du service de la rage est puis. => lutilisation du nouveau CVS et loptimisation du test a ncessit du temps pour cerner la bonne DL50 engager Action prventives ; Programmer lachat dun nouveau conglateur pour le stockage des chantillons CVS et venins 2- Absence de responsable temps complet => Demande auprs du ministre faite depuis mai 2012 => recrutement dun pharmacien en janvier 2013 Perspectives pour 2013 1. Contrler les chantillons des services producteurs 2. .Raccourcir le temps et les dlais de contrles par une meilleure organisation 3 . .Installer un nouveau logiciel pour le LABO pour un meilleur suivi des rsultats 4 . Introduire dautres tests au niveau du service savoir : le dosage du conservateur, lefficacit du conservateur, SDS page

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SERVICE ASSURANCE QUALITE

Composition de lquipe Prnom, Nom Dorra Ben Abdesslem Soumaya Ben Amor Position/ Fonction Ingenieur principal / Responsable validation/Qualification Secretaire

Nombre des dossiers tudis pour la libration des lots fabriqus Dossiers tudis pour la libration des lots fabriqus Plasma Antiscorpionique Plasma Antirabique Plasma Antiviprin Vaccin BCG Immun BCG TOTAL lot 83, 87 120, 123, 114, 122, 129, 132, 135, 08, 07 28/11, 29/11, 31/11, 32/11, 33/12, 34/12, 30/11 , 27/11, 35/12, 34/12 , 58/11, 60/11, 61/12, 62/12 NA Nombre 2 7 2 10 4 25

Nombre de process qualifis et d'quipements talonns pour le service dassurance qualit Process qualifis et d'quipements talonns pour le service dassurance qualit Qualification du process de production du vaccin BCG Qualification de la boucle dEPPI Qualification du systme de traitement dair Qualification du systme dair comprim Etalonnage du compteur de particule Etalonnage du biocollecteur et de lanmomtre Etalonnage et caractrisation des quipements du service ST Etalonnage et caractrisation des quipements du service BCG Etalonnage et caractrisation des quipements du service CQ Etalonnage et caractrisation des quipements du service de production des plasmas bruts Etalonnage des manomtres colonne deau TOTAL Nombre de protocoles et procdures rdiges/ rvises Nombre 1 1 1 1 1 1+1 10 16 12 3 1 49 Date Septembre 2012 Mai 2012 Aout 2012 Mai 2012 Octobre 2012 Octobre 2012 Juillet /aout 2012 Juillet /aout 2012 Juillet /aout 2012 Mars 2012 Janvier 2013 -

- G2/2-11/006 : pour validation de nettoyage de la rpartiteuse Macofar A2FA. QP D2 : traitement dair pour le service de production des srums thrapeutiques QP-G2 : ralisation de 3 essais pour validation de nettoyage de la zone classe B de service des srums thrapeutiques - Rvision de la procdure de rcolte du BCG et prparation dune solution mre : 04BC002 et lenregistrement associe : 04BC002-1 - Rdaction de la procdure de contrle de lautolysat de casine : 06CQ052 et les enregistrements associes : 06CQ052-1, 06CQ052-2

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Nombre de fiche dincident Service Service BCG Service ST Service CQ Service AQ Serice de production du plasma brut Service MN TOTAL Problmes rencontrs : 1- Procdures non rvises depuis plusieurs annes 2- Fiches dincidents sans suivi et sans clture Action corrective : Demande de renfort en personnel faite depuis 2012 => recrutement dun pharmacien en janvier 2013 Perspectives pour 2013 1- Rvision de 30% des Procdures de chaque service 2- Faire un tableau de bord pour les fiches dincident et assurer le suivi des actions correctives et prventives 3- Insister sur la formation interne et externe du personnel et tablir le planning des formations Nombre 18 60 126 1 5 2 212

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UNITE DE RECHERCHE ET DEVELOPPEMENT POUR LAMELIORATION DES PROCESS

Liste du personnel Nom/Prnom Emna BEN SNOUSSI Indicateurs de Performance Activits ralises en 2012: 1Activites realises Mise en place du test ELISA Pour les srums antirabiques Participer la relisation du test ELISA Pour les srums antiscorpioniques Position / Fonction Ingnieur Principal

Nombre de test ralis 16 10

2- Faire le suivi des rsultats et participer la slection et le suivi des chevaux 3- Rdiger les procdures et les enregistrements ncessaires pour entreprendre les test sus mentionns 4Perspectives pour lanne 2013: - Optimisation du process actuel de purification de srums thrapeutiques avec le sulfate dammonium : essai du scale down - Mise au point dun nouveau process de purification de srum thrapeutiques avec le caprylate de sodium - Continuer le suivi de lhyperimmunisation des chevaux producteurs de srum antirabique et antiscorpionique par le test ELISA - Instaurer la technique SDS-PAGE dans le laboratoire de contrle qualit

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Soutien technique
UNITES ANIMALIERES .................................................................................................................. 114 UNITE DE CYTOMETRIE EN FLUX ............................................................................................... 115 SERVICE COMMUN SEQUENAGE GENETIQUE ...................................................................... 116 SERVICE DE TYPAGE GENETIQUE ............................................................................................. 117 DIRECTION TECHNIQUE............................................................................................................... 118 SERVICE DE PRODUCTION DE MILIEUX DE CULTURE ET REACTIFS ................................... 122

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UNITES ANIMALIERES
Composition de lquipe
Nom et Prnom Benlasfar Zakaria, Bassoumi Imen, Marouani Ammar, Gacemi Kacem CHIHI Adel BENSOLTANE Adel, , NJAI Chokri, RAMMEH Samy, HOUKI Khmaies MEJRI Slim Fonction/Position Mdecin Vtrinaire Principal Ingnieur Principal Technicien suprieur en Hygine et Sant Animale Technicien suprieur charg de llevage des animaux venimeux. ouvrier ouvrier ouvrier ouvrier ouvrier ouvrier

Prsentation des activits du laboratoire Le Service des Units Animalires a continu assurer ses missions classiques : -Elevage des animaux de laboratoire dans les conditions requises, en fonction des particularits de l'espce et de la souche, dans la limite des moyens mis la disposition. -Fourniture aux utilisateurs internes des animaux de laboratoire (souris, rats, cobayes, lapins) dont ils ont besoin selon les caractristiques d'espce, de souche, de ligne, de sexe, dge ou de poids. -Vente des animaux pour les institutions de recherche et denseignement (universits, lyces, laboratoires). -Hbergements et soins apports aux animaux en cours dexprimentation. -Assistance technique aux utilisateurs internes pour ce qui est de la manipulation des animaux au cours de la ralisation de leurs protocoles exprimentaux. -Assistance scientifique aux intervenants externes et internes pour la conception et la ralisation de certains protocoles exprimentaux. -Formation des utilisateurs en vue de leur habilitation la manipulation des animaux. -Accueil de stagiaires dans le cadre de leur cursus universitaire (stages ouvriers, stages de fin dtudes). -Elevage des animaux venimeux et fournir les venins aux utilisateurs en recherche et en Production. Fourniture danimaux : Une nette reprise de lutilisation des animaux a t enregistre, suite au rythme hsitant de 2011. Cette est enregistre tant pour lutilisation des souris que pour celle des rats. Ainsi, la consommati on de souris a atteint 19225 animaux, dont la rpartition est consigne sur figure 1. La consommation de rat est 970 animaux, tous destins la vente des institutions universitaires. Encadrement et stages : Les stages dt ont concern des tudiants de lEcole Nationale de me Mdecine Vtrinaire (ENMV Sidi-Thabet) et des lves ingnieurs (5 anne) de lEcole Suprieure dElevage de Mateur (ESAM).

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UNITE DE CYTOMETRIE EN FLUX

Composition de lquipe Prnom, Nom Mohamed Ridha Barbouche Beya Largueche Rachid Riahi Amira Safi Position/Fonction Professeur hospitalo-Universitaire/Chef de service Technicien Suprieur Major/Surveillante Technicien Suprieur (jusquen Juin 2012, en dtachement) Technicien Suprieur (depuis Juillet 2012)

Prsentation des activits du lunit En 2012 lUnit a poursuivi son activit de service en cytomtrie, utilisant le cytomtre 6 couleurs BD FACS Canto II acquis en 2010, les capacits de lUnit ont t significativement amlior es et remises niveau. Le fonctionnement du matriel est optimal et la nouvelle organisation du travail sur ce matriel plus compact a facilit laccs de plus en plus dutilisateurs avec un choix de paramtres danalyses plus large et un logiciel plus moderne. Les interventions dentretien rgulier ont t effectues comme prvu dans le contrat de maintenance. Lancien quipement BD FACS Vantage Cell sorter reste parfaitement fonctionnel, cependant il est hors dusage actuellement en raison de la non rparation par le service technique et ceci depuis plusieurs mois de la tour de refroidissement. Les analyses de cytomtrie en flux sont effectues au profit des diffrents laboratoires de lInstitut incluant: - Tous les groupes du Laboratoire dImmunologie pour les activits de diagnostic ( DIPs, HIV) et de recherche ( DIPs, leishmaniose, adhsion leucocytaire). - Laboratoire dAnatomie pathologique et de Cytologie ( cycle cellulaire et cytologie des LBA). - Laboratoire dHmatologie (Phnotypage des leucmies, Etude de lHb ftale intra -erythrocytaire). Plus de 5500 chantillons ont t analyss en 2012, lactivit diagnostic est reste constante mais lactivit de recherche a rgress.

Les chiffres cls du lunit en 2012

5500 services raliss

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SERVICE COMMUN SEQUENAGE GENETIQUE

Composition de lquipe Nom et Prnom Sonia ABDELHAK Rym KEFI Mbarka BCHETNIA Sihem BEN FADHEL Fatma HABACHI Position /fonction Biologiste Principal/ Responsable du Service Maitre Assistant universitaire Biologiste adjointe Technicien suprieur Ouvrire

Prsentation gnrale des activits du service Suite lacquisition, en 1998, dun squenceur automatique dADN, ABI377, nous avons propos lutilisation de cette plateforme en commun lIPT, do la cration de ce service. Ce service a donc t cr en 1998, sans personnel spcifique. Un technicien suprieur t affect ce service en 2000, Mme BEN FADHEL qui a quitt le service fin 2011. Le service a pour mission de raliser les ractions de squences pour les membres de lIPT et pour rpondre des demandes dautres institutions universitaires et hospitalires. Concernant lquipement disponible dans ce service l'exception dun rfrigrateur combin, et un thermocycleur (en panne), il n'y a aucun quipement spcifique l'unit de squenage gntique. Un squenceur automatique 4 capillaires ABI3130 est exploit en commun avec le service de typage gntique. Lappareil de Q-RT-PCR, obsolte par rapport l'quipement disponible actuellement sur le march, est en panne, nous attendons encore son remplacement. La Socit Roche a mis la disposition de lIPT dune plateforme LightCycler 480II. Il faut noter quen cas de non disponibilit du squenceur du service commun, des squences ont t injectes sur la nouvelle plateforme mise en place dans le Laboratoire de Microbiologie du Prof. Boudabbous. Des squences urgentes ont galement t effectues par le Service de Virologie Clinique. Il faut noter quen cas de non disponibilit du squenceur du service commun, des squences ont t injectes sur la nouvelle plateforme mise en place dans le Laboratoire de Microbiologie du Prof. Boudabbous. Des squences urgentes ont galement t effectues par le Service de Virologie Clinique. Notons galement que pour une meilleure qualit de service et pour rpondre des demandes croissantes de dtermination et de quantification de squence, ainsi que de gnotypages qui se font sur la mme plateforme, une restructuration du service commun squenage est rclame depuis longtemps et reste sans rponse en attente de laffectation dune personne spcifiquement et exclusivement en charge de ce service.

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SERVICE DE TYPAGE GENETIQUE

Composition de lquipe Prnom ,Nom t Sonia ABDELHAK Rym KEFI Safa ROMDHANE Sihem BEN FADHEL Meriem CHARGUI Fatma HABACHI Position/fonction Biologiste Principal/ Responsable du Service Maitre Assistant universitaire Technicien Suprieur Technicien Suprieur Technicien en gnie biologique (contractuelle sur un projet de recherche) Ouvrier

Prsentation gnrale de lactivit du service Le service de typage gntique a t cre en 1998, il a pour mission de vrifier la filiation par analyse de l'empreinte gntique. Ce service rpond aux demandes de recherche de paternit dans le cadre de la loi n98-75 du 28 octobre 1998, relative lattribution dun nom patronymique aux enfants abandonns ou de filiation inconnue. Cette loi institue pour la premire fois en droit tunisien, la possibilit pour lenfant naturel ou abandonn, dintenter une action pour la recherche de paternit par le biais de lanalyse gntique. Les laboratoires o sont excutes les tests de paternits doivent rpondre des exigences trs strictes, en infrastructure et quipement adapts aux techniques de biologie molculaire, une garantie dabsence de toute contamination, des locaux assurant une confidentialit absolue, un personnel comptent tels que dfini dans la circulaire n 52/99 relative la ralisation de la recherche de paternit par analyse dempreintes gntiques et justifiant de travaux ou dexprience dun niveau suffisant dans les activits dapplication de la biologie molculaire. Concernant lquipement disponible, l'exception de deux conglateurs -20C, qui permettent de maintenir la banque de matriel biologique dans les conditions de confinement requise pour les tests de paternits, il n'y a aucun quipement spcifique l'unit de typage gntique. Pour raliser les traitements des chantillons, nous utilisons l'quipement de biologie molculaire du laboratoire de Gnomique Biomdicale et dOncogntique et un squenceur automatique 4 capillaires ABI3130, venant dune donation en 2006 du Ministre des Affaires Sociales et exploit en commun avec le service de squenage gntique. En plus de la vrification de la filiation par analyse de l'empreinte gntique, le service de typage gntique fourni de nouvelles analyses telle que le diagnostic molculaire antnatal et post natal pour les maladies gntiques rares et lidentification de reste humain sur du matriel biologique post mortem dgrad. Nous sommes de plus en plus sollicits par le Ministre de lIntrieur et le Ministre de la Justice pour la dtermination de profil gntique de victimes dans le cadre daffaires criminelles et dimmigrations illgales. Au cours de 2012, nous avons eu un ddoublement du nombre de dossiers traiter, sans renfort en ressources humaines. Par ailleurs, il ne nous ai plus possible de rpondre aux demandes de squenages pour deux raisons, labsente totale de personnel ddi et limpossibilit danalyser des chantillons de squences tant que les demandent de typage gntique ne sont pas satisfaites Les chiffres cls en 2012

1 communication nationale 2 communications internationales (orales et affiches) 253 services raliss

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DIRECTION TECHNIQUE
Composition de lquipe Nom et Prnom Position/ Fonction Ingnieur Gnral/ Directeur de la maintenance et des services communs Ingnieur en Chef/ Sous directeur des tudes / Nouvelle Unit de Production Ingnieur Principal/ Sous directeur de la maintenance gnrale Ingnieur Principal/ Chef de service Hygine et Scurit Technicien/ Responsable unit dlectricit Technicien/ Responsable unit entretien gnral Technicien/Gestion de la maintenance / Responsable nergi Technicien/ Unit de maintenance des quipements scientifiques Technicien/ Gestion de la maintenance Technicien Technicien Technicien Technicien Technicien Technicien Suprieur de la sant publique Secrtaire dadministration/ Gestion des immobilisations Agent Technique Ouvrier/ Unit de maintenance des quipements scientifiques Ouvrier/ Plombier/ Chauffagiste Ouvrier/ Plombier/ Chauffagiste Ouvrier/ Responsable unit frigorifique Ouvrier/ Unit lectricit Ouvrier/ Unit lectricit Ouvrier/ Unit entretien gnral (peinture) Ouvrier/ Unit entretien gnral (peinture / menuiserie) Ouvrier/ Unit entretien gnral (menuiserie) Ouvrier/ Nouvelle Unit de Production Ouvrier/ Nouvelle Unit de Production

Sonia Khayat Naceur El Ouni

Moncef Zaidi Badii Kamoun Akacha Ksouri Bechir Doufani Med Ali Ben Amara Ines Ben Moussa Faten Saalaoui Hakim Ben Issa Moez Bali Wafa Agrebi Lassaad Ayadi Riadh Laajili Rakia Gouja Ghaieth Mahmoud Arbi Rekaya Jalel Tiouiri Ezzedine Taghouti Fathi Ayari Imed Aloui Abdelkarim Hechmi Houcine Bejaoui Med Ali Rajhi Anis Hajri Khaled El Elj Med Ben Zakkour Mohamed Hechmi

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Environnement et missions

Fournisseurs de nouveaux quipements

Clients : Laboratoires et Services Recevoir Satisfaire le les nouveaux client Grer quipemen et tsles contrler interventions Direction Technique Commission Interne dAchat Garantir le meilleur rapport QualitPrix pour lachat des Etre en vigueur quipements avec Etat : Ministre de la la rglementation Sant & CETEM BH

Prestataires de services externes

Elaborer les caractristiques des achats techniques Sous-direction des Approvisionnements

Respecter les limitations budgtaires Administration

Activit de la direction de la maintenance et des services communs durant lanne 2012 Plusieurs efforts ont t consentis afin damliorer diffrents aspects de la gestion, de lentretien et de la rparation du matriel scientifique. En effet, plusieurs actions ont t entreprises axes sur la ncessit de sensibiliser davantage les parties concernes par ces questions. Il sest agi notamment dinsister sur la ncessit dlaborer des procdures spcifiques afin damliorer les capacits techniques de tous les intervenants concerns par la gestion et la maintenance des quipements scientifiques. Ceux-ci deviennent de plus en plus performants et fiables tant au niveau de lacquisition que de lexploitation en temps rel. Linventaire physique des immobilisations a t plac parmi les priorits de la Direction et cet effet, une action a t entreprise pour identifier un bureau dexperts pour nous assister dans cette opration. Durant lanne 2012, le nombre total de demandes de travaux reu par la direction technique est de 1182 rparti par unit comme suit :

Taux de ralisation des interventions Froid 42% 81% Maintenance des quip. scientifiques Electricit 80% Entretien gnral

81%

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Unit Froid Maintenance des quip. scientifiques Electricit Entretien gnral

Nombre total des demandes de travaux 183 318 195 486

Nombre d'interventions ralises 148 256 159 205

Taux de ralisation 81% 80% 81% 42%

Le taux moyen de ralisation des interventions est de prs de 71%. Par ailleurs, un grand nombre dinterventions a t confi aux reprsentants de matriel scientifique en raison de lindisponibilit des pices de rechange, labsence de documentation ou de qualification du technicien biomdical ne lui permettant pas dintervenir sur le type de matriel. En outre, certains quipements lourds et installations techniques de lInstitut sont sous contrat tels que le squenceur dADN, le cytomtre en flux 6 couleurs, les pompes chaleur de btiment de Recherches et Enseignement, ... Cette approche nous a permis damliorer la prise en charge du matriel et notamment par lamlioration des dlais de rponses aux rclamations des divers laboratoires et par une rpercussion positive sur la qualit du service rendu. Une enveloppe slevant 305 mille sur le budget de fonctionnement de lInstitut dinars a t alloue la maintenance des quipements et installations techniques au titre de lanne 2012. Service dHygine et Scurit : Le service dhygine et scurit assure des missions en relation avec la prvention des risques sanitaires, l'hygine gnrale des laboratoires, l'amtes rencontreslioration des conditions de travail du personnel et la protection de l'environnement. A cet effet, le service d'hygine et scurit a ralis au cours de l'anne 2012 les actions suivantes : - Linstallation des distributeurs de savon liquide et de gel hydro -alcoolique au niveau des laboratoires, - La formation du personnel de lIPT concernant les bonnes pratiques de lhygine des mains aux laboratoires, - La confection de conteneurs pour sacs dautoclavage pour prvenir les pannes dues au bouchage des conduites des autoclaves, - La veille continue sur la propret gnrale des espaces communs et des locaux de lIPT (nettoyage, dsherbage, curage des regards et des canalisations des eaux pluviales et des eaux uses, taille des arbres, nettoyage des toits des diffrents btiments, installation de nouvelles corbeilles de jardin...), - La dsinsectisation et la lutte contre les nuisibles (blattes, rongeurs,). - La coordination des oprations de collecte et de traitement des dchets risques infectieux (DASRI) issus de lactivit des laboratoires, - La ralisation dune tude concernant la gestion des dchets chimiques au niveau des laboratoires de lIPT. Cette tude sinscrit dans le cadre dun projet de fin dtudes de deux tudiantes de lInstitut Suprieur des Sciences et Technologies de Bordj Cedria ISST, - Lencadrement des tudiants (stages et projets de fin dtudes). * Contraintes rencontres Les contraintes rencontres peuvent se rsumer en ce qui suit : - Un besoin urgent en renforcement de lquipe technique (ingnieurs et techniciens) car le taux dencadrement reste trs faible par rapport aux postes vacants dans lorganigramme de la direction de la maintenance et des services communs et notamment au niveau de la sous-direction de la maintenance gnrale, - La non actualisation de linventaire physique des immobilisations pour rationaliser la mise en uvre de lapplication BIOMED, logiciel dvelopp par le Centre d Informatique du Ministre de la Sant, - La rapidit dans lexcution des interventions reste un souci pour la direction technique et ce, cause de la charge de travail de lquipe qui est importante,

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- La difficult pour la ralisation de la maintenance prventive et curative cause de la non disponibilit doutillage spcifique, de la non qualification ncessaire du technicien pour raliser certains travaux et de labsence de la documentation technique pour un grand nombre dquipements, - Le Service Aprs Vente de la plupart des socits nest pas satisfaisant (retard dans lintervention, prix excessifs,) car la plupart de ces reprsentants nont pas donn limportance voulue quant la qualit de leur service aprs vente : non disponibilit des pices de rechange et personnel non qualifi avec une lenteur dans lintervention.

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SERVICE DE PRODUCTION DE MILIEUX DE CULTURE ET REACTIFS

Composition de lquipe Nom et Prnom Ridha ben Aissa Tawfik Jendoubi Haifa ben Sedrine Salhi Mohamed Ali Mayssa ben naceur Mohamed el Ksouri Hassen Jouini Houda Jraidi Position /Fonction Professeur hospitalo-universitaire/ Chef de service infirmier principal/ Surveillant technicien superieur principal technicien infirmire ouvrier ouvrier ouvrire

Prsentation gnrale du service Le laboratoire de prparation des milieux de culture et ractifs assure la production de milieux de cultures gloss ou bouillons, ractifs et colorants et ce partir de matires premires ou de bases dshydrates prtes lemploi. Ainsi, il approvisionne les services de bactriologie, parasitologie, denres alimentaires, contrle des eaux, entrobactries et le centre nationale des salmonelles, shiguelles et vibrio cholriques en ces milieux dj cits. Le stockage de ces milieux ce fait dans une chambre froide dont la temprature est prlev quotidiennement. Les lots sont livrs selon la loi du first in first out et subissent un contrle de strilit et de fertilit nous assurons aussi lautoclavage du matriel et milieux des services dmunie dautoclave ainsi que la strilisation des tambours du service vaccination. Des logs book sont instaurs tous les niveaux: stock des bases deshydrats, prparation de milieu, conditionnement secondaire et primaire, autoclavage, envoi pour le contrle, gestion de stock au niveau de la chambre froide et de la verrerie. Les chiffres cls en 2012

326 lots prpars

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Soutien logistique
SERVICE DINFORMATION SCIENTIFIQUE ET PUBLICATIONS.............................................. 124 CELLULE COMMUNICATION, VALORISATION ET TRANSFERT TECHNOLOGIQUE (CVT) 127 METROLOGIE ................................................................................................................................. 133

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SERVICE DINFORMATION SCIENTIFIQUE ET PUBLICATIONS

Composition de lquipe Prnom, Nom Habib Karoui Ben Hassine Abdelhakim Smia Ben Romdhane Ammari Hayet Manai Mohamed Position/Fonction Biologiste Principal/Responsable de la bibliothque Archiviste adjoint secrtaire Commis de la Sant Publique Ouvrier (parti la retraite le 10 Mai 2012)

Mise au point dune procdure de fonctionnement de la Bibliothque de lIPT en collaboration avec le service dAssurance Qualit et la Sous Direction de lAudit Interne. 1. OBJET Lobjet de cette procdure est didentifier les mesures dployes par linstitut Pasteur de Tunis, au niveau de la gestion de la bibliothque, pour raliser: - la consultation sur place et lemprunt des documents; - lacquisition de nouveaux documents pour la bibliothque. 2. DOMAINE DAPPLICATION Cette procdure sapplique tous les utilisateurs des documents de la bibliothque de lIPT. 3. RESPONSABILITES Le Responsable de la bibliothque pour la mise en application de cette procdure.

4. REFERENCES ET DOCUMENTS ASSOCIES La norme ISO 9001 version 2008: systme de management de la qualit: exigences Registre demprunteur: PO25BT-EN01 Fiche demprunt: PO25BT-EN02 Registre rpertoire bibliothque: PO25BT-EN03 Registre des usagers de la bibliothque: PO25BT-EN04 6. DESCRIPTION: 6.1 ORGANISATION DE LA BIBLIOTHEQUE DE LIPT: a) Prsentation de la bibliothque: La bibliothque de linstitut Pasteur de Tunis est une bibliothque scientifique spcialise et ouvert la communaut nationale. Situe au btiment Etienne Burnet, dans linstitut Pasteur de Tunis, la bibliothque est ouverte au public de 08h15 17h, durant la priode normale et de 08h 14h pendant la priode estivale. b) Les bnficiaires des services de la bibliothque: La bibliothque de linstitut fournie ses services aux: personnels de lIPT, les tudiants stagiaires inscrits linstitut, les enseignants de lenseignement suprieur, les candidats en instance de thses ou D.E.A, les rsidents en formation de spcialit et les titulaires de doctorat en mdecine dans un espace se composant de trois salles: une salle de lecture, une salle de sminaire et une salle darchive. c) Le rglement interne de la bibliothque: Durant lhoraire administratif de la bibliothque: - Les agents de la bibliothque sont tenus de vrifier lidentit de s utilisateurs sur prsentation de leurs cartes dtudiants ou dune pice didentit officielle pour les non -tudiants. Ils remplissent le registre des usagers de la bibliothque comprenant les noms des utilisateurs et la date de leurs visites la bibliothque. - Les utilisateurs sont tenus de respecter le silence, lordre et la propret et de maintenir en bon tat le matriel existant dans la salle de lecture. Ils doivent sabstenir de fumer et viter tout acte pouvant perturber les conditions normales de travail.

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Les utilisateurs peuvent adresser leurs rclamations ou suggestions sur le fonctionnement de la bibliothque au responsable de la bibliothque. d) Le fond documentaire de la bibliothque: La bibliothque de lIPT comporte un fond documentaire spci alis, qui concerne les domaines suivants: la biologie gnrale et cellulaire, la mdecine interne et clinique, biochimie, immunologie et hmatologie, gntique, microbiologie (bactriologie virologie), parasitologie, mdecine tropicale, et des sujets divers. Les langues prdominantes du fond documentaire de la bibliothque sont: la langue anglaise et franaise. Et il y on a des documents de langue arabe, russe, espagnol et chinoise pour certaines revues. 6.2 LES SERVICES DE LA BIBLIOTHEQUE DE LIPT: 1) La photocopie des documents de la bibliothque: A la bibliothque de linstitut, les visiteurs peuvent effectuer la photocopie des documents existant dans ses locaux. Le paiement de la photocopie des documents est ralis chez lagent de la bibliothque, qui pr pare un bon de reu en double souche pour cette opration. 2) La consultation des documents: La consultation des documents de la bibliothque de linstitut se fait sur place, dans la salle de lecture, ou par emprunt. a) Consultation sur place des documents de la bibliothque: La bibliothque de linstitut permet aux utilisateurs un accs libre aux documents, c..d. les utilisateurs consultent les documents laide dun registre rpertoire bibliothque, contenant les titres et les codes des catalogues, des ouvrages de rfrences, des priodiques, des thses et D.E.A, et en cherchant personnellement les documents quils veulent dans les rayons. Durant la consultation, les documents sont sous lentire responsabilit de lutilisateur qui est tenu de les restituer au personnel de la bibliothque et de rcuprer sa carte dtudiant ou sa pice didentit officielle avant de quitter la bibliothque. Tout document dtrior est rembours par lutilisateur, qui paye le prix du document chez lagent de la bibliothque contre un bon reu rempli pour cette opration. b) Lemprunt des documents de la bibliothque: Le systme demprunt de la bibliothque de linstitut, est rserv exclusivement au personnel de LIPT et aux tudiants et internes rgulirement inscrits LIPT . Lemprunt des documents de la bibliothque se fait sur prsentation de la carte dtudiant ou la pice didentit du demandeur, qui sera garde au fichier demprunt et en mentionnant dans le registre demprunt: la date demprunt, le code dinventaire pou r les ouvrages, le volume et le numro pour le cas des revues. Deux documents au maximum peuvent tres prts pour une dure ne dpassant les 15 jours. Chaque retard enregistr par lutilisateur dans la restitution du document emprunt dans les 15 jours de la date prvu sera exclu du prt domicile, pour une priode allant de 1 3 mois sur dcision du responsable de la bibliothque. me A dfaut de restitution aprs un 2 rappel une poursuite administrative sera exerce: transmission dun rapport la Direction Gnrale c) La mise disposition: Certains ouvrages sont mis disposition de certains services ou laboratoires pour un usage continu pour la ncessit du service. Ces emprunts sont remis la disposition de la bibliothque chaque fois que cest ncessaire. Ils sont inclus dans linventaire annuel et enregistr comme ouvrages mis disposition, avec identification de la personne responsable (ceci reste valable pour les dons douvrages offerts linstitut) 3) Lacquisition de nouveaux documents: Cette opration consiste amliorer le contenu documentaire de la bibliothque de linstitut, pour satisfaire et exaucer les besoins des utilisateurs.

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Les acquisitions des documents sont effectues sur les propositions du personnel scientifique de LIPT dans les limites du montant budgtaire. Les listes des nouvelles acquisitions des revues scientifiques sont diffuses selon ces tapes: - Rception des factures proforma envoyes par les maisons ddition des revues abonnes. - Prparation dun bordereau contenant la liste des prix des revues abonnes avec les factures proforma originales - Transfert de ce bordereau avec les factures au service financier pour payement. Les listes des nouvelles acquisitions des ouvrages scientifiques sont diffuses selon ces tapes: Prparation dune liste des ouvrages et des fournisseurs proposs Excution de lachat par la Direction des approvisionnements et sous la supervision de la Direction Gnrale Transfert des factures dachat au service financier pour payement.

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CELLULE COMMUNICATION, VALORISATION ET TRANSFERT TECHNOLOGIQUE (CVT)

Communication

Hichem Ben Hassine : charg de communication Les missions du charg de communication de lInstitut Pasteur de Tunis ont pour objectif de promouvoir limage et les activits de lIPT, en interne, au niveau national et international.
Relation mdia (Presse, TV), relation extrieure (Ministre, salons, RIIP) 13% Participation la rdaction et la communication de projets institutionnels et de recherche 10% Administratif (demandes diverses, suivi de dossier, relances) 20%

Evnementiel (smianires, colloques, salons) 20%

Conseil en communication 7%

Rponses aux demandes d'information via pasteur.tn 5% Ralisation de documents de communication 10%

Rdaction (site web, articles, communiqu, rseaux sociaux) 15%

Organisation ou participation lorganisation dvnements (cours, sminaires, confrences) En raison du report de certains vnements qui devaient se drouler en 2011, et de laccalmie constate durant lanne 2012, le nombre dvnements organiss lIPT et/ou par des membres de lIPT a fortement augment en 2012 (une quarantaine). Le charg de communication a organis ou a contribu lorganisation et la communication de la majorit de ces vnements, notamment ceux qui se sont drouls lIPT. Parmi ces manifestations, on peut citer le sminaire Prvention et prise en charge des addictions en collaboration avec la direction de la recherche mdicale du ministre de la Sant, le sminaire sur lHistoire des Instituts Pasteur du Maghreb qui fera lobjet dun documentaire audiovisuel ou encore le cours diversit gntique des populations organis dans le cadre du projet europen Genomedika Par ailleurs, plusieurs visites de laboratoires pour des lycens et tudiants ont t organises et un cycle de confrences hebdomadaires a t mis en place sous la coordination dAli Bouattour. Enfin lInstitut a particip trois salons en 2012 (Health expo, Salon de lenseignement suprieur et CAT 2012).
Sminaire sur lHistoire des IP du Maghreb

Documents de communication Les documents raliss par le charg de communication sont souvent lis des vnements organiss par lIPT (affiche, programmes, porte -documents, annonces), mais on compte galement plusieurs documents institutionnels raliss en 2012, comme le rapport dactivit 2011, des posters en arabe et en anglais avec notamment un poster valorisation prsentant les activits de la cellule de communication, valorisation et transfert

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technologique, des plaquettes actualises, des fiches formation destination des tudiants, des cartes pour les ftes religieuses et la nouvelle anne et plusieurs fiches dinformation pour le Rseau International des Instituts Pasteur.

Relations extrieures et mdias Nos tutelles sont rgulirement informes de nos activits, via des envois rguliers dinformations par le rseau tout RNS et le service presse du Ministre de la Sant, ainsi que par le biais de lUniversit Tunis El Manar, avec laquelle lchange dinformation sest fortement accentu. Les relations se sont galement accrues avec lANPR travers la mise ne place des BUTT, avec des partenaires comme le CBS, lISBAT, la FST notamment en terme de valorisation de la recherche, le CNUDST pour laccs linformation scientifique. LInstitut est actif et encourage les rseaux autou r de thmatiques porteuse comme la valorisation et le transfert technologique. La collaboration avec le Rseau International des Instituts Pasteur et notamment Eliane Coffier, est toujours aussi active, avec un partage et la diffusion rgulire des informations et la rdaction de documents en commun pour le rseau. Enfin, le charg de communication apporte galement un support aux associations dont sont membres le personnel de lIPT (Amicale de lIPT, Association des surveillants, ATSAL) En terme de communication presse, la mdiatisation de lInstitut tait plus parpille et pas toujours lie une actualit particulire, excepte lannonce faite par la TAP sur la dcouverte dun mdicament contre les leishmanioses cutane en fvrier 2012, qui a t trs fortement relaye et laquelle nous avons rpondu en temporisant et en prcisant que le projet tait toujours en cours, puisque la publication officielle des rsultats de cette tude de phase III, dans New England Journal of Medicine sest faite en fvrier 2013. Site web et communication web Rgulirement actualis en particulier pour annoncer les vnements qui se droulent lIPT, le site web de lIPT a vu sa frquentation plus que doubler en un an, avec une moyenne de 120 visites par jour (si lon ne tient pas compte de la baisse de frquentation, les dimanches), avec des pics plus de 400 visites par jours, de la part de visiteurs venant pour la plupart de Tunisie, Algrie, France. La page qui reste la plus vues, aprs la page daccueil, est la page prsentant nos laboratoires de recherche. Mais les pages contenant des informations pratiques sur nos activits de Sant Publique sont galement assez frquentes. Les demandes dinformation via le contact institutionnel du site web contact@pasteur.rns.tn sont aussi en augmentation, avec une moyenne de 7 demandes par jour. On remarque galement une fidlisation grandissante dans la frquentation du site, puisque 40% des visiteurs en moyenne ont dj visit le site et que certains articles du site sont repris dans la presse crite, les journaux en ligne et dans certains sites institutionnels. Par ailleurs, lanne 2012 a galement t marque par la cration de pages spcifiques sur les rseaux sociaux (facebook, linkedin), concernant des laboratoires de linstitut, ainsi que le lancement du site web du projet genomedika (www.genomedika.org) et des ces pages sur les rseaux sociaux. Ces pages spcifiques aux laboratoire, sur les rseaux sociaux et sur le site de lIPT sont ou seront gres par les correspondants communication des laboratoires avec le soutien de charg de communication de lIPT. Ces correspondants seront regroups en un rseau qui est en cours dlaboration. Lobjectif est de donner davantage dautonomie aux laboratoires pour communiquer sur leurs activits, notamment sur le web. Enfin, le site de lIPT ayant t pirat plusieurs fois fin 2012, il est ncessaire den faire une refonte et de le scuriser. Ce sera lun des objectifs de lanne 2013.

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Valorisation, veille aux appels projets et publications

Najet Hadhri : charge de valorisation Il sagit de mener une activit de veille afin de trouver les informations ncessaires et les conditions Propices la valorisation de la recherche, par ailleurs, amliorer la visibilit des rsultats de recherche, multiplier les opportunits de collaborations pertinentes et les actions de leve de fonds. Ralisations 2012 : Projets et leve de fonds : 1. Informer et sensibiliser sur les opportunits de financement adquates. Organisation dune sance dinformation (5 avril 2012) autour des programmes de coopration transfrontalire de la CE aux profits des chercheurs de lIPT, donne par Mme Karima Ghribi, directeur gnral de lunit de gestion par objectifs des programmes de coopration transfrontalire au Ministre de l'Investissement et de la Coopration Internationale. Organisation dune sance d'information (6 dcembre 2012) portant sur l'instrument de mobilit du programme FP7 sous lintitul de :"Systme international d'change de personnel de recherche (IRSES) - Actions Marie Curie". La sance a t prsente par le Point de Contact Institutionnel FP7 de lIPT Dr Fatma Guerfali . 2. Aider au montage des dossiers de projets soumettre, identification des partenaires et des quipes, rdaction, documentation. 3. Assister le comit de pilotage du programme collaboratif interne de lIPT dans les diffrentes taches de gestion (communication, prparation des contrats..). 4. Renforcer le portefeuille de lIPT en termes de projets, ressources et bailleurs de fonds. En effet lIPT a particip des programmes de la CE qui demeuraient inexploits: Programme de coopration Italie-Tunisie: 3 projets soumis en deuxime phase dvaluation. Programme de coopration Bassin Maritime : 3 projets en cours dvaluation. Centre dExcellence CBRN : participation deux projets qui permettront dintgrer un rseau internationale de centres dexcellences pour la diminution des risques lis aux agents pathognes. Nouveaux bailleurs de fonds : Fondation AXA pour la recherche LIPT a russit joindre la liste des institutions dexcellences pour ce bailleur de fond et a acquis ainsi lavantage de bnficier des diffrents dispositifs financiers quil propose. Bourse Postdoctorale Axa : lIPT a candidat une bourse postdoctorale dune valeur de 120 000 euro . Japan Grants AID : IPT a postul pour loffre japonaise daide aux pays en dveloppement pour lacquisition dquipements scientifiques (HPLC, systme de Bio-fermentation, synthtiseur peptidique.). Elseiver fondation /Programme Innovative Libraries in Developing Countries Program 2012: Projet pass la phase deuxime phase devaluation: Platform for Scientific Information Management and Research Assessment. Budget : 90 000 dollars Principal Partenaire : Mdiathque IPP Le but du projet est damliorer l'accs l'information scientifique, renforcer la visibilit de lactivit de recherche par la mise en place d'une interface de gestion de l'information scientifique (catalogue de bibliothque, archive institutionnel et le dveloppement des outils de mesures bibliomtriques pour lvaluation de la production scientifique). Des activits de formations (portant sur la mthodologie et les outils de recherche bibliographique, Open Access, stratgie de publication, Norme Adresse ...) sont galement envisages. Coordination de linformation scientifique et technique : 1. Ralisation du suivi des publications scientifiques et actualisation de listes sur le web. 2. Veiller la disponibilit des accs aux ressources de documentations lectroniques par la coordination entre les diffrentes parties concernes (CNUDST, scientifiques, service informatique, bibliothque). 3. Prparation des supports de communication : rapport, diapos, posters, affiches et assurer la traduction des documents la langue arabe.

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4. Ralisation du guide de normalisation des affiliations des structures de recherches de lIPT dans les publications scientifiques(en pice jointe) et participation la prparation dun document similaire pour lUniversit Tunis el Manar. 5. Organisation dune formation sur les outils de plateforme Web of Science au profit du public de l'IPT et qui a t anim par Dr Ahmed Bourghida, Responsable Maghreb, Section Scientifique et Acadmique chez Thomson Reuters. 6. Archiver les publications de lIPT dans la base de donnes bibliographiqes Hal -RIIP : Nombres de dpts des membres du RIIP sur le Hal en septembre 2012

Nombres de consultations des articles de lIPT sur Hal -RIIP

-Rpertoire bibliographique de lIPT sur Hal-RIIP en novembre2012

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Transfert technologique et valorisation des resultats de recherche

Oussama Ben Fadhel : charg de projet en transfert technologique Les missions du charg de projet en transfert technologique ont pour objectif de : Valoriser les innovations issues des laboratoires de recherche de lIPT, Renforcer les partenariats public-privs Transfrer des savoir-faire, des comptences et des technologies Parmi les activits effectues durant lanne 2012 (signature de la convention BuTT avec LANPR en mai 2012) : - Gestion du portefeuille de brevets de lIPT en coordination avec le Service des Brevets et Inventions de lInstitut Pasteur Paris et le service financier de lIPT. - Elaboration de fiches descriptives des inventions, Fiches ID (Invention Disclosure) - Participation la mise en place dune stratgie de valorisation des rsultats de recherche de lIPT. - Participation au projet TEMPUS-PARENIS sous lgide de lENIT, dans le cadre dune formation sur la thmatique : Setting up a Knowledge Transfer Office - Rdaction, Elaboration et Coordination dun projet dans le cadre de lappel propositions pour les projets standards de Programme de Coopration transfrontalire Italie Tunisie 2007-2013 en collaboration avec la technopole Borj Cedria et deux partenaires siciliens (Italie) : lintitul du projet PIGNON, Rseau Acclrateur du Transfert Technologique, le projet a t accept suite la premire phase dvaluation. - Gestion et ngociation de contrats de recherche dans le cadre de collaborations internationales avec des industriels et des acadmiques. - Gestion et ngociation de contrats de sous-traitance avec des industriels (Brystol Myers and Squib - Gestion des aspects PI dans le cadre du projet GENOMEDIKA (FP7 ERA-WIDE), participation aux diffrents workshops et notamment travers le montage du Business Unit Valorisation de lIPT et la dtection dopportunits de collaborations dans le cadre des appels doffres europens (FP7, H2020, TEMPUS, etc.) - Gestion des aspects de proprit intellectuels dans le cadre du consortium europen LEISHDNAVAX (projet FP7) : Participation la gestion de la coproprit et aspects scientifiques dans le cadre dun projet de dpt de brevet Recherche dantriorit et analyse juridique. Gestion contractuel et de la proprit intellectuelle dans le cadre du projet Rage : Dveloppement dun vaccin antirabique usage humain produit . Coordination avec lOrganisation Mondiale de la Proprit Intellectuelle (OMPI), lINNORPI et lANPR (Agence Nationale de Promotion de la Recherche) pour lidentification des besoins institutionnels pour lamlioration de la valorisation de la recherche et la gestion de la proprit intellectuelle de lInstitut. Participation une comptition de cration de Start-up :Maghreb Start-Up Initiative, conseil en innovation dans le domaine des biotechnologies Participation dans le comit dorganisation de lInnovation Lab (organis par lENIT) dans le cadre du TEMPUS-PARENIS, projet destin favoriser le lien entre les universits et le monde socio-conomique. Participation la confrence BioProtech International Conference 2012 qui sest droul Sfax du 5 au 8 novembre 2012, montage de projets et networking. Participation dans le comit dorganisation dune rencontre Universit -Entreprise dans le cadre du projet TEMPUS-Osmose : contacts avec les industriels (industrie pharma, prestataires de service) et chercheurs de lIPT. Participation au cycle de formation- action en transfert de savoir-faire et technologies, lanc par la GIZ en octobre 2012, en partenariat avec lANPR et lINNORPI (10 modules hauteur dun module par mois. Participation aux 3 premiers modules de formation : M1: Introduction au transfert technologique / Valorisation de la recherche et lien avec l'innovation

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M2 : Proprit Intellectuelle: Stratgie de PI, les diffrentes formes de protection, diagnostic de brevetabilit, Recherche dans les bases de donnes des brevets/ Recherche dantriorit, initiation la rdaction de brevets M3 : Ngociation de contrats: Non-disclosure agreement, Contrat de recherche collaborative, licencing, calcul des cots, Techniques de ngociation

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METROLOGIE
Sonia Khayat, directrice du service technique Le service Mtrologie a t cr pour rpondre aux exigences de diffrents rfrentiels de diffrentes activits de recherche, de production, de contrle et de diagnostic des laboratoires de lInstitut. Chacun de ces rfrentiels (BPF, BPL, GBEA, ISO 17025,) possde nombre dexigences en matire de caractrisation des quipements et quipements et de ltalonnage des instruments de mesures, de contrle et dessai ayant un caractre critique. Lquipe se compose de deux techniciens suprieurs en instrumentation et me sures industrielles travaillant sous la responsabilit du directeur de la maintenance et des services communs. Prnom et Nom Sonia KHAYAT Wafa AGREBI Lassaad AYADI Ralisations en 2012 La grandeur Temprature 1. Raccordement des talons de rfrence (chane de rfrence de temprature et masses talons). Ce raccordement a t ralis lLNE (Laboratoire National de mtrologie et essai franais). 2. Raccordement en temprature de la chane de travail par rapport la chane de rfrence 3. Vrification mtrologique des quipements sur site des diffrents laboratoires de lIPT: cette vrification se fait en se basant sur la norme NFX 15 140 pour les Enceintes thermiques et climatiques, la EN 285 pour la validations de routine des strilisateurs et la EN 554 grands strilisateurs . 4. Etalonnages des thermomtres et des enregistreurs de tempratures des diffrents laboratoires de lIPT. 5. Pour les quipements caractriss, des rapports de vrification mtrologique et des certificats dtalonnages ont t tablis et ils sont transmis aux responsables des laboratoires. La grandeur Masse Dans le cadre des ses activits mtrologiques au sein de lIPT, lquipe continue laborer, en collaboration avec tous les laboratoires, un programme dtalonnage annuel pour toutes les balances et dfinir lorganisation de son intervention dans ce cadre. 13 balances ont t caractri ses et ce selon un planning, une priodicit de rtalonnage systmatiquement a t fixe une fois par an. La grandeur volume La micropipette est linstrument volumtrique piston le plus utilis dans les laboratoires de lIPT. Pour rpondre aux exigences normatives telles celle de la norme EN ISO 8655, et afin de garantir la fiabilit des rsultas des mesures volumtrique, la solution actuellement adopte, consiste intervenir nous mme sur les pipettes pour les vrifier, les calibrer, les entretenir et les rparer. En utilisant la mthode gravimtrique : La vrification et lintervention de rparation, si ncessaire, seffectue systmatiquement chaque anne selon un planning. Autres activits La gestion de la qualit au sein du service. Rvision de quelques tapes du travail qui a entran llaboration dune procdure de travail. Ralisations entreprendre en 2013 Rtalonnage de la chane de travail par rapport la chane de rfrence. Etalonnage des thermomtres dilatation de liquide. Etalonnage des sondes de temprature installes sur quelques quipements de production (lyophilisateur, autoclave, la chane de purification RHEO-MIX,). Recaractrisation des enceintes thermiques selon les dates prtablis : priodicit 1 anne. Intercomparaison des rsultats de nos talonnages avec un autre laboratoire pour valider notre mthode. Position/Fonction Ingnieur gnral/ Directrice de la maintenance et des services communs Technicien Suprieur Technicien Suprieur

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Etude des autres grandeurs. Amlioration des pratiques. Etablissement dun systme documentaire qui assure la traabilit de nos rsultats de mesures.

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Annexes
Publications de lInstitut Pasteur de Tunis par domaines de recherche ......................................... 136 Projets de recherche de lInstitut Pasteur de Tunis en 2012 ........................................................... 142 Brevets dinvention dposs, acquis et contrats de valorisation en 2012 ....................................... 146

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Publications de lInstitut Pasteur de Tunis par domaines de recherche

Immunologie des maladies infectieuses de lhomme et de lanimal 1. Salivary Antigen SP32 Is the Immunodominant Target of the Antibody Response to Phlebotomus papatasi Bites in Humans Marzouki, S., Abdeladhim, M., Abdessalem, C.B., Oliveira, F., Ferjani, B., Gilmore, D., Louzir, H., Valenzuela, J.G., Ahmed, M.B. PLoS Neglected Tropical Diseases , 6 ( 11 ) , art. no. e1911, 2012 Transcriptomic Signature of Leishmania Infected Mice Macrophages: A Metabolic Point of View Rabhi, I., Rabhi, S., Ben-Othman, R., Rasche, A., Consortium, S., Daskalaki, A., Trentin, B., Piquemal, D., Regnault, B., Descoteaux, A., Guizani-Tabbane, L. PLoS Neglected Tropical Diseases , 6 ( 8 ) , art. no. e1763 Amoebome iloccal: un cas diagnostiqu par lanatomie pathologique et la biologie molculaire , par E. Siala, R. Ben Abdallaha, S. Ben Ayed, K. Haouet, S. Haouet, O. Souissi, K. Aoun et A. Bouratbine. A. Archives Institut Pasteur de Tunis,.Volume 89- (2012). Differentially expressed Leishmania major genes might discriminate between clinical isolates of contrasted virulence Guerfali, F.; Sghaier, R. M.; Laouini, D.; et al. Source: INTERNATIONAL JOURNAL OF INFECTIOUS DISEASES Volume: 16 Supplement: 1 Pages: E160-E161 DOI: 10.1016/j.ijid.2012.05.693 Published: JUN 2012 In vitro growth kinetics, differentiation and morphological characterisation of Tunisian Leishmania infantum parasites.Hachemi, H., Guerbouj, S., Turki-Mannoubi, L., Kaabi, B., Guizani, I.Transactions of the Royal Society of Tropical Medicine and Hygiene, 106 (1) pp. 20-25. Le Macrophage: Chef D'orchestre de limmunit anti-tuberculeuse , M. Essafi et M. Haoues. Archives Institut Pasteur de Tunis,.Volume 89- (2012). Age related efficiency of Leishmanin skin test as a marker immunity to human visceral Leishmaniasis. AtfaSassi, Ben Salah A, Bel HajHamida N, Zaatour A. Archives Institut Pasteur de Tunis,.Volume 89- (2012). Updating the Salivary Gland Transcriptome of Phlebotomus papatasi (Tunisian Strain): The Search for Sand FlySecreted Immunogenic Proteins for Humans. Maha Abdeladhim, Ryan Jochim, Melika Ben Ahmed, Elyes Zhioua, Ifhem Chelbi, Saifedine Cherni, Hechmi Louzir, Jos M.C. Ribeiro and Jesus G. Valenzuela. Plos One. 2012; 7(11):e47347. Effects of Leishmania major clones showing different levels of virulence on infectivity, differentiation and maturation of human dendritic cells Markikou-Ouni, W.; Ben Achour-Chenik, Y.; Meddeb-Garnaoui, A.CLINICAL AND EXPERIMENTAL IMMUNOLOGY Volume: 169 Issue: 3 Pages: 273-280 DOI: 10.1111/j.1365-2249.2012.04611 MBT/Pas mouse: a relevant model for the evaluation of Rift Valley fever vaccines Author(s): Ayari-Fakhfakh, Emna; do Valle, Tania Zaverucha; Guillemot, Laurent; et al. Source: JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY Volume: 93 Pages: 1456-1464 DOI: 10.1099/vir.0.042754-0 Part: Part 7 Published: JUL 2012 Random phage-epitope library based identification of a peptide antagonist of Mac-1 2 integrin ligand binding. Houimel M. and L. Mazzucchelli (2012). Matrix Biol.; 31(1):66-77 Pulsed-field gel electrophoresis, plasmid profile and antimicrobial resistance pattern of Salmonella typhimurium isolated from human and retail meats Abbassi-Gfhozzi, Ines; Hammami, Salah; Ben Aissa, Ridha; et al.AFRICAN JOURNAL OF MICROBIOLOGY RESEARCH Volume: 6 Issue: 22 Pages: 4680-4686 DOI: 10.5897/AJMR11.1109 Published: JUN 14 2012 Effect of Ultraviolet-C (UV-C) irradiation on the virulence genes expression in Vibrio parahaemolyticus and Vibrio alginolyticus Lagha, Rihab; Ben Abdallah, Fethi; Ellafi, Ali; et al. AFRICAN JOURNAL OF MICROBIOLOGY RESEARCH Volume: 6 Issue: 20 Pages: 4256-4260 DOI: 10.5897/AJMR11.651 Published: MAY 30 2012 Efficacy of Hyalomma scupense (Hd86) antigen against Hyalomma excavatum and H. scupense tick infestations in cattle. Gala Y, Canales M, Ben Sad M, Gharbi M, Mhadhbi M, Jedidi M, de La Fuente J, Darghouth MA. Vaccine 2012, 30, 7084-9. Biofilm formation, virulence gene and multi-drug resistance in Salmonella Kentucky isolated in Tunisia Turki, Y., Ouzari, H., Mehri, I., Ben Aissa, R., Hassen, A.Food Research International Food Research International 45 (2) , pp. 940-946 Leishmania major protein disulfide isomerase as a drug target - Enzymatic and functional characterization Ben Khalaf, N., De Muylder, G., Louzir, H., McKerrow, J., Chenik, M. Parasitology Research ,Parasitology Research, 110 (5) pp. 1911-1917. Contribution of PCR for detection and identification of intestinal microsporidia in HIV-infected patients | [Apport de la PCR dans la recherche et l'identification des microsporidies intestinales chez les sujets infects par le VIH] Chabchoub, N., Abdelmalek, R., Issa, S., Kanoun, F., Ben Chaabene, T., Bouratbine, A., Aoun, K.Pathologie Biologie 60 (2) , pp. 91-94

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Implication of genetic variation at the promoter and exon1 of UGT1A1 in occurrence of cholelithiasis in Tunisia Chaouch, L., Said, Y., Moumni, I., Mahjoubi, I., Chaabene, A.B., Darragi, I., Ghanem, A., Abbes, S. Annales de Biologie Clinique , 70 ( 6 ) pp. 702 706 A Meta-Analysis of the Relationship between FGFR3 and TP53 Mutations in Bladder Cancer Relationship between FGFR3 and TP53 Mutations in Bladder CancerNeuzillet, Y., Paoletti, X., Ouerhani, S., Mongiat-Artus, P., Soliman, H., de The, H., Sibony, and all PLoS ONE , 7 ( 12 ) , art. no. e48993 Screening of three Mediterranean phenylketonuria mutations in Tunisian families Khemir, S., Siala, H., Taieb, S.H., Cherif, W., Azzouz, H., KFI, R., Abdelhak, S., Khouja, N., Tebib, N., Massaoud, T., Dridi, M.F.B., Kaabachi, N. Journal of Genetics, pp. 1-4. Journal of Genetics, 91 (1) pp. 91-94. 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Proinflammatory macrophages enhance the regenerative capacity of human myoblasts by modifying their kinetics of proliferation and differentiation; Bencze M, Negroni E, Vallese D, Yacoub-Youssef H, Chaouch S, Wolff A, Aamiri A, Di Santo JP, Chazaud B, Butler-Browne G, Savino W, Mouly V, Riederer I. 2012 Nov;20(11):2168-7 Pseudotumoral cutaneous aspergillosis in chronic granulomatous disease, report of a pediatric case. Khemiri M, El Fekih N, Borgi A, Kharfi M, Boubaker S, Barsaoui S. Am J Dermatopathol. 2012 Oct; 34(7):749-52. Severe phenotypes in two Tunisian families with novel XPA mutations: evidence for a correlation between mutation location and disease severity; Messaoud O, Rekaya MB, Ouragini H, Benfadhel S, Azaiez H, Kefi R, Gouider-Khouja N, Mokhtar I, Amouri A, Boubaker

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Chapitres douvrages 1. Emerging Approaches for the Treatment of Fat Malabsorption Due to Exocrine Pancreatic Insufficiency, New Advances in the Basic and Clinical Gastroenterology, Turki S and Kallel K (2012). Prof. Tomasz Brzozowski (Ed.), ISBN: 978-953-51-0521-3, InTech Immunological Aspects of Systemic Vasculitis Melika Ben Ahmed,Hechmi Louzir Editors Lotfi Hendaoui,Anthony W. Stanson, M. Habib Bouhaouala,Francis Joffre Medical Radiology 2012 Systemic Vasculitis Im aging Features ISBN: 978-3-642-02483 Genetic Disorders in North African Populations Lilia ROMDHANE and Sonia ABDELHAK, Edition Oxford University Press, Genomics and Health in the Developing world. New York May 2012. Genetic Skin Diseases in the Arab World Mourad MOKNI, Chrine CHARFEDDINE and Sonia ABDELHAK; Edition Oxford University Press, Genomics and Health in the Developing world. New York May 2012. Anthropology and Population Heterogeneity in North Africa, Rym KEFI, Edition Oxford University Press, Genomics and Health in the Developing world. New York May 2012. Etude gntique de la maladie de Buschke-fischer-Brauer : analyse bioinformatique et gntique ; Mbarka BCHETNIA ; Edition universitaire europennes, Copyright 2012.

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Projets de recherche de lInstitut Pasteur de Tunis en 2012

Projets financs par le Ministre de lEnseignement Suprieur et de la Recherche Etude comparative de la diversit gntique de Leishmania infantum en Algrie et en Tunisie Investigateur principal : Souheila Guerbouj Dure du projet : 2012-2013 Caractrisation structurale et pharmacologique de biomolcules bioactives de venins de scorpions et de serpents : implication dans linflammation et le cancer. Investigateur principal : Mohamed El Ayeb Dure du projet : 2012-2014 Gnration et caractrisation post-gnomique de molcules pharmacologiquement actives par la technologie phage dislay (projet CMCU : 2007 n09G 0806) Investigateur principal : Mohamed El Ayeb Dure du projet : 2009-2012 Evaluation du potentiel antitumoral de la lebectine et de la lebctine, deux lectines de type C de venin de serpent (projet ARCUS) Investigateur principal : Mohamed El Ayeb Dure du projet : 2009-2012 Caractrisation d'un peptide de venin de scorpion activateur des canaux potassium : implication dans l'pilepsie (projet Projet CMCU N 09G0816) Investigateur principal : Mohamed El Ayeb Dure du projet : 2009-2012 Biomolcules potentiellement cardioprotectrices issues de venins de serpents: Intrt dans lIschmie Myocardique Exprimentale Aigue. Equipes fr Investigateur principal : Erij Messadi Dure du projet : 2009-2012 Etude de nouvelles biotoxines marines accumules dans les mollusques bivalves (Projet CMCU) Investigateur principal : Riadh Kharat Dure du projet : 2011-2013 Biomolcules spcifiques (activatrices) des canaux Kv7.4 potentiellement impliqus dans la surdit, lpilepsie et lanxit Investigateur principal : Rym Ben Khalifa Dure du projet : 2011-2013 Amlioration du procd de production du srum antirabique usage thrapeutique et mise au point de kits de diagnostic de la rage et de dosage de la glycoprotine rabique Investigateur principal : Hla Kallel Dure du projet : 2010-2012 Phenotypage et suivi clinique des hmoglobino-pathies et dficit enzymatiques Investigateur principal : Slim Ben Ammar Dure du projet : 2011-2014 Expression of foot and mouth disease virus VP-1 and 2B proteins in insect cells using the baculovirus expression system and evaluation of the immunogenicity of the subunit vaccine in a guinea pig model Investigateur principal : Hla Kallel Dure du projet : 2010-2012 Development of an integrated electronic polyphenols-based device to assess oxidative and inflammatory status of human macrophages Investigateur : Mohamed El Ayeb Dure du projet : 2012-2015 Projets financs par lInstitut Pasteur de Tunis (Projets collaboratifs internes) Le mlanome cutan : implication des macrophages et nouvelles perspectives thrapeutiques va les nano-anticorps Investigateur principal : Houda Yacoub Dure du projet : 2012-2014 Portail pour la mta-anlayse de donnes large chelle ddie ltude des trypanosomatidae Investigateur principal : Kas Ghedira Dure du projet : 2012-2014 Identification des Composants Organiques Volatiles de lHte atteint de leishmaniose Investigateur principal : Fatma Guerfali Dure du projet : 2012-2014

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 Etude de leffet immunosuppresseur de molcules de venin de scorpion en vue du dveloppement doutils thrapeutiques spcifiques et efficaces pour le traitement des maladies auto-immunes. Investigateur principal : Chaouki Benadessalem Dure du projet : 2012-2014 Identifications de marqueurs gntiques et immunologiques prdictifs de la rponse la BCG thrapie dans le cancer de la vessie Investigateur principal : Meriem Ben Ali Dure du projet : 2012-2014 Identification et caractrisation de protines bio actives extraites partir des glandes salivaires des tiques (Acarien : Ixodidea) Investigateur principal : Youmna Mghirbi Dure du projet : 2013-2014 Rle des polyphnols de Cydoniaoblonga Miller dans la rversion de la rsistance des cellules tumorales colorectales au traitement base de 5-Fluorouracile" Investigateur principal : Khadija Essafi-Benkhadhir Dure du projet : 2012-2014 Projets financs par la Commission Europenne LEISHDNAVAX: Development of a DNA vaccine for visceral leishmaniasis (Health-2007-2.3.4-2) Investigateur principal : Hechmi Louzir Dure du projet : Jan 2009-Dc 2012 RAPSODI : Against Leishmaniasis Investigateur principal : Mehdi Chenik Dure du projet : 2009-2012 EUMEDNETvsTB Building a cooperative strategy between Europe and Mediterranean Countries for upgrading tuberculosis research and control Investigateur principal : Helmi Mardassi Dure du projet : 2010-2013 SPHINX : Euro-Med scientific cooperation to fight Hepatitis in Egypt Investigateur principal : Olfa Bahri Dure du projet : 2011-2013 GENOMEDIKA : GM NCD Inco Investigateur principal : Sonia Abdelhak Dure du projet : 2011-2014 MEDIGENE: Genetic and environmental factors of insulin resistance syndrome and its long-term complications in immigrant Mediterranean populations Investigateur principal : Sonia Abdelhak Dure du projet : 2012-2015 Projets financs par lOMS Mycobacteria control of host macrophage survival: role of FOXO transcription factors Investigateur principal : Makram Essafi Dure du projet : 2010-2012 Laboratoire de Rfrence Rgional OMS pour la surveillance des poliovirus dans la rgion de la Mditerrane Orientale Investigateur principal : Henda Triki Dure du projet : Renouvel tous les deux ans depuis 1992 Laboratoire de Rfrence Rgional OMS pour la surveillance de la rougeole dans la rgion de la Mditerrane Orientale Investigateur principal : Henda Triki Dure du projet : Renouvel tous les ans depuis 1994 Projets financs par le NIH Intra-species diversity among L. major isolates as determinant of ZCL polymorphism Investigateur principal : Dhafer Laouini Dure du projet : 2007-2012 Key determinants of the natural history of leishmania major infection Investigateur principal : Pr Afif Ben Salah Dure du projet : 2007-2012

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Convention entre lInstitut Pasteur de Tunis et lUniversit de Cape Town Investigateur principal : Alia Benkahla Dure : 2012 Correlates of protection in ZCL Investigateur principal : Hechmi Louzir Dure du projet : 2007-2012 Projets financs par le Rseau International des Instituts Pasteur et lInstitut Pasteur, Paris Systems-wide analysis of Leishmania virulence Investigateur principal : Fatma Guerfali Dure du projet : 2011-2013 Etude des bases molculaires du deficit immunitaire primitive par agammaglobulinmie dans une population maghrbine fortement consanguine Investigateur principal : Ridha Barbouche Dure du projet :2012-2013 Structural Experimental approaches to validate LeishmaniaLeIF antigen as drug target and immunotherapeutic molecule. Investigateurs principaux : Ikram Guizani et Mourad Barhoumi Dure du projet : 2012-2014 ACIP : La transmission des arbovirus entre les vertbrs : rle et statut taxonomique dun vecteur potentiel Cu lex pipiens Investigateur principal : Ali Bouattour Dure du projet : 2009-2012 Projet ACIP (Actions Concertes Inter-Pasteuriennes) : Etude des bases molculaires du dficit immunitaire primitif par agammaglobulinmie dans une population Maghrbine fortement Investigateur principal : Ridha Barbouche Dure du projet : 2011-2012 PTR:392: Systems-wide analysis of Leishmania virulence Investigateur principal : Fatma Z Guerfali Dure du projet : 2011-2013 Projets financs par le CRDF Study of genetic exchange involving Leishmania parasites in th MENA region Investigateur principal : Ikram Guizani Dure du projet : 2010-2012 miRNA Modulation During Host-Vector-Pathogen Interaction In Zoonotic Cutaneous Leishmaniasis Investigateur principal : Dhafer Laouini Dure du projet : 2011-2012 Projets financs par lINSERM Recherche de nouveaux ligands effets analgsiques hautement slectifs de canaux ioniques partir danimaux venimeux Investigateur principal : Mohamed El Ayeb Dure du projet : 2008-2012 Biomolcules activit anti-intgrines issues de venins de serpents: Intrt dans le traitement des pathologies ischmiques de la rtine et les DMLA Investigateur principal : Erij Messadi Dure : 2012-2014 Projets financs par dautres bailleurs de fonds Biologie et technologie molculaire appliques au diagnostic, lpidmiologie et la pathognie des leishmanioses Financ par lAgence universitaire de la francophonie Investigateur principal : Ikram Guizani Dure du projet : 2011-2013 Breast cancer in Middle Eastern/Northern African (MENA) populations : From cancer-oriented genomic and proteomic approaches towards preventive and predictive medicine. Financ par Qatar National Research Foundation Investigateur principal : Sonia Abdelhak Dure du projet : 2010-2012

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Development of a novel vectored vaccine against Hepatitis E using Adeno-Associated Virus expressing truncated HEV capsid protein Financ par lICGEB Investigateur principal : Hla Kallel Dure du projet : 2010-2012 An open Label treatement of Non-complicated, Non-severe, Cutaneous Leishmaniasis in Tunisia with WR 279,396 (Paromomycin +Gentamicin Topical Cream) Financ par lUSAMMDA Investigateur principal : Afif Ben Salah Dure du projet : 2012 Phlebovirus mergents autour de la Mditerrane Financ par lAgence Nationale de la Recherche/France Investigateur principal : Elyes Zhioua Dure du projet : 2009-2012 IAEA RAF/6/0/40: Applying Molecular Techniques to Interventions Against the Major Poverty Related Diseases (TB and Malaria) for Improving Disease Control Financ par lAIEA Investigateur principal : Helmi Mardassi Dure du projet : 2010-2012 Projet dans le cadre Etude sur les maladies mergentes et r-emergentes : Prvalence des papillomavirus humains (HPV) et lidentification des souches en circulation en Tunisie Financ par la BAD et lOMNE Investigateurs principaux : EmnaEnnaifer/Nissaf Ben Alaya Dure du projet : 2012-2015 Conception de vaccin peptidique anti-leishmanioses et dveloppement de nouvelles technologies de biologie cellulaire pour cribler ex vivo leur efficacit induire une protection chez lhomme Financ par lIRD Investigateur principal : Amel Garnaoui Dure : 2012-2014 Laboratory and field evaluation of an imidacloprid treated rodent bait for feed through and systemic control of Phlebotomus papatasi. Financ par Genesis Laboratories Inc. Investigateur principal : Elyes Zhioua Dure : 2012 Infection naturelle des chiens beagles par Phlebotomus perniciosus en zone endmique. Financ par Mrial Investigateur principal : Elyes Zhioua Dure : 2012

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Brevets dinvention dposs, acquis et contrats de valorisation en 2012

Dposs : Louzir H, Bousoffara T, et collaborateurs Date : 30 Avril 2012. Office Britannique des brevets (Numro de la demande de brevet britannique 1207476.1) Acquis : Activit immunomodulatrice de certaines proteins DEAD box de mammifres et de levure . Use of DEAD-Box RNA helicase for inducing cytokine production. Auteurs : Guizani I, Barhoumi M, Garnaoui A, Tanner NK. Partie contractante: EP2130550 published on December 9, 2009 WO2009147331 publi le 10 Dcembre 2009 Brevet US N12/996,210. Gnes de virulence potentiels de Leishmania Infantum. Methodes to identify Leishmania virulence factores and use of such virulence factores as therapeutic, diagnostic and vaccine targets.. Auteurs : Guizani I, Kbaier-Hachemi H, Chakroun A, Kaabi B.2011 Partie contractante : EP08290656 filed on July 07, 2008 EP2141248, published on January 6, 2010 Brevet EP dlivr le 12 Dcembre 2012. Brevet valid uniquement en France Evaluation de lintrt vaccinal de polypeptides de Leishmania major chez lanimal. Louzir H, Auteurs : Dellagi K, Chenik M, & Lakhal S. 2009 Partie contractante : Whyeth Fort Dodge Animal Health Division

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Institut Pasteur de Tunis 13, Place Pasteur B.P. 74 - 1002 TUNIS BELVEDERE Tl. : (+216 71) 843 755 Fax : (+216 71) 791 833

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Ralisation : Communication IPT Photos : Institut Pasteur de Tunis, Institut Pasteur