Aminocidos

Es esencial tener un conocimiento bsico acerca de la qumica de las protenas, para entender la nutricin y otros conceptos del metabolismo. Las protenas se componen de carbono, hidrgeno, oxgeno, nitrgeno y a veces, azufre. Los tomos de estos elementos suelen formar subunidades moleculares denominadas aminocidos. Los veinte tipos distintos de aminocidos que se encuentran en condiciones normales en las protenas contienen un grupo amino (-NH2) y un grupo carboxilo (COOH) unidos al mismo tomo de carbono, llamado carbono alfa. Los aminocidos difieren en su grupo R o cadena lateral unida al carbono alfa. La glicina, el aminocido ms simple presenta un hidrgeno como grupo R o cadena lateral; la alanina un grupo metilo (-CH3). Los aminocidos puestos en una solucin de pH neutro se comportan como iones dipolares. Esta es la forma en que se comportan en el pH celular. El grupo amino (NH2) acepta un protn hasta convertirse en -NH3+ y el grupo carboxilo dona un protn convirtindose en -COO- disociado. Segn se mencion, la solucin de un cido y su base conjugada sirve de amortiguador y resiste cambios en el pH cuando se agrega un cido o una base. Gracias a los grupos amino y carboxilo de una protena, al encontrarse sta en una solucin, resiste cambios en la acidez o alcalinidad y, por lo tanto, desempea las funciones de un importante amortiguador biolgico. El carbono alfa de un aminocido es un carbono asimtrico. Por tanto, cada aminocido puede presentarse en dos enantimeros distintos, o imgenes en espejo. Ambas imgenes se Ilaman L-ismero y D-ismero. Cuando se sintetiza un aminocido en el laboratorio se produce una mezcla de ismeros L y D. Sin embargo los de los seres vivos son casi exclusivamente L-ismeros. Una excepcin seran los pocos aminocidos D presentes en los antibiticos producidos por los hongos. Los aminocidos se agrupan en la figura segn las propiedades de sus cadenas

laterales. Los aminocidos con cadenas laterales no polares son hidrfobos, en tanto que aqullos con cadenas laterales polares son hidrfilos. Los aminocidos cidos tienen cadenas laterales con un grupo carboxilo. En el pH celular, el grupo carboxilo se disocia de manera que el grupo R tiene una carga negativa. Los aminocidos bsicos tienen carga positiva debido a la disociacin del grupo amino en su cadena lateral. Las cadenas laterales cidas o bsicas son inicas y por tanto, son hidrfilas. Adems de los veinte aminocidos conocidos, algunas protenas contienen otros aminocidos menos comunes. Estos se producen por la modificacin de aqullos, al formar parte de una protena. Por ejemplo, la lisina y la prolina pueden convertirse en hidroxilisina e hidroxiprolina respectivamente despus de incorporarse al colgeno. Estos aminocidos dan origen a enlaces cruzados entre las cadenas peptdicas del colgeno. Dichos enlaces aportan la firmeza y la fuerza de las molculas del colgeno, que es uno de los principales componentes del cartlago, del hueso y de otros tejidos conectivos. Con excepciones, las plantas sintetizan todos sus aminocidos a partir de sustancias ms simples. Las clulas humanas y animales fabrican algunos de importancia biolgica, aunque no todos, si cuentan con la materia prima necesaria. Aquellos que los animales no pueden sintetizar, deben obtenerlos en la dieta: stos son los llamados aminocidos esenciales. Los animales tienen distintas capacidades de biosntesis; lo que para un animal es un aminocido esencial, para otro puede no serlo.

Las cadenas de polipptidos se forman a partir de aminocidos

Los aminocidos se combinan por medios qumicos unos con otros enlazando el carbono del grupo carboxilo de una molcula con el nitrgeno del grupo amino de otra. El enlace covalente que une dos aminocidos se denomina enlace peptdico. Cuando dos aminocidos se combinan, se forma un dipptido; una cadena ms larga recibe el nombre polipptido. El elaborado proceso por medio del cual se sintetizan polipptidos se tratar ms adelante. Un polipptido contendr cientos de aminocidos unidos en un orden lineal especfico. Una protena se forma por una o varias cadenas de polipptidos. Puede formarse una variedad casi infinita de molculas protenicas. Debe aclararse que una protena difiere de otra en cuanto al nmero, tipo y secuencia de los aminocidos que la conforman. Los veinte tipos que se encuentran en las protenas biolgicas podran considerarse como letras de un alfabeto de protenas, de manera que cada protena sera una palabra formada por distintas letras.

Estructura de las protenas: niveles de organizacin

Las cadenas de polipptidos que forman una protena se encuentran enrolladas o plegadas de modo que forman una macromolcula con una conformacin especfica, tridimensional. Esta conformacin determina la funcin de la protena. Por ejemplo, la conformacin nica de una enzima le permite "identificar" y actuar sobre su sustrato, sustancia que dicha enzima regula. La forma de una protena hormonal le permite combinarse con su receptor en el sitio de la clula blanco. (La clula sobre la cual la hormona est diseada para actuar.) Las protenas se clasifican en fibrosas o globulares. En las protenas fibrosas, las cadenas de polipptidos estn dispuestas en lminas largas; en las protenas globulares las cadenas de polipptidos se encuentran plegadas en forma estrecha a fin de producir una molcula compacta, de forma esfrica. La mayor parte de las enzimas son protenas globulares. Hay varios niveles de organizacin en una molcula protenica: primario, secundario, terciario y cuaternario.

Estructura primaria La secuencia de aminocidos en una cadena de polipptidos determina su estructura primaria. Esta secuencia, se especifica por la informacin gentica. Utilizando mtodos analticos ideados al inicio del decenio de 1950, algunos investigadores determinaron la secuencia exacta de los aminocidos que constituyen una molcula de protena. La insulina, hormona secretada por el pncreas, que se utiliza en el tratamiento de la diabetes, fue la primera protena cuya secuencia de aminocidos en la cadena polipeptdica pudo determinarse. La insulina contiene 51 unidades de aminocidos unidos en dos cadenas enlazadas. Estructura secundaria La estructura secundaria de las protenas implica que las cadenas se pliegan y forman un hlice u otra estructura regular. Esta uniformidad se debe a las interacciones entre los tomos del esqueleto regular de la cadena peptdica. Los grupos funcionales no intervienen en la formacin de enlaces de la estructura secundaria. Las cadenas peptidicas no suelen encontrarse aplanadas ni se pliegan al azar sino que se pliegan y dan lugar a una estructura tridimensional especfica. Una estructura secundaria que se observa con frecuencia en las molculas de protena es la llamada hlice alfa. Esto abarca la formacin de espirales de una cadena peptdica. La hlice alfa es una estructura geomtrica muy uniforme y en cada giro se encuentran 3,6 aminocidos. La estructura helicoidal se determina y mantiene mediante puentes de hidrgeno entre los aminocidos en los giros sucesivos de la espiral. En la estructura alfahelicoidal, los puentes de hidrgeno ocurren entre tomos de una misma cadena peptdica.La hlice alfa es la unidad estructural bsica de las protenas fibrosas como la lana, cabello, piel y uas. Las fibras son elsticas porque los enlaces de hidrgeno pueden reformarse. Este es el motivo por el cual el cabello humano puede estirarse hasta cierto largo y luego recupera su longitud.

Otro tipo de estructura secundaria es el denominado lmina plegada beta. En stas los puentes de hidrgeno pueden ocurrir entre diferentes cadenas polipeptdicas (lmina intercatenaria); cada cadena en forma de zigzag est completamente extendida y los enlaces de hidrgeno ocasionan la formacin de la estructura en forma de lmina. Pero tambin se pueden formar lminas plegadas entre regiones diferentes de una misma cadena peptdica (lmina intracatenaria). Esta estructura es ms flexible que elstica. La fibrona, la protena de la seda, est caracterizada por una estructura de lmina plegada beta; el ncleo de muchas protenas globulares tambien est formado por lminas beta. Las estructuras laminares intracatenarias ocurren sobre todo en protenas globulares, en tanto que las intercatenarias entre las fibrosas. En ambos casos son posibles dos formas laminares, segn el alineamiento de las diferentes cadenas o segmentos: si stos se alinean en la misma direccin (de extremo N- a C-terminal, por ej.) la disposicin es una lmina beta paralela, en tanto que si estn alineados en sentido opuesto, la lmina es beta antiparalela. Si bien ambos casos ocurren en la naturaleza, la estructura antiparalela es ms estable porque los dipolos C=O y NH estn mejor orientados para una interaccin ptima. En las protenas fibrosas la estructura es exclusivamente helicoidal (colgeno) o exclusivamente laminar, pero en las protenas globulares la estructura secundaria siempre tiene una porcin que no es ni helicoidal ni laminar, denominada aleatoria (zonas de conexin); estas protenas pueden ser parcialmente helicoidales y aleatorias, parcialmente laminares y aleatorias, totalmente aleatorias o una mezcla variable de partes de ordenamiento helicoidal, laminar y aleatorio. Un concepto muy utilizado en la estructura tridimensional de una protena es el dominio, que corresponde a una zona de la molcula que tiene caractersticas estructurales definidas. En una molcula de protena puede haber ms de un dominio y este hecho est relacionado con la funcin de la misma. Los dominios suelen ser muy conservados a lo largo de la evolucin: las proteasas tipo papana de virus, bacterias, plantas y animales tienen una estructura compuesta de dos dominios entre los cuales se ubica el sitio activo de la enzima.

Estructura terciaria La estructura terciana de una molcula de protena est determinada por la forma que adopta cada cadena polipeptdica. Esta estructura tridimensional est determinada por cuatro factores que se deben a interacciones entre los grupos R: 1. Puentes de hidrgeno entre los grupos R de las subunidades de aminocidos en asas adyacentes de la misma cadena de polipptidos. 2. Atraccin inica entre los grupos R con cargas positivas y aqullos con cargas negativas. 3. Interacciones hidrfobas derivadas de la tendencia de los grupos R no polares para asociarse hacia el centro de la estructura globular, lejos del Iquido que los rodea. 4. Los enlaces disulfuro, que son covalentes (-S-S-), unen los tomos de azufre de dos subunidades de cistena. Estos enlaces pueden unir dos porciones de una misma cadena o dos cadenas distintas. Estructura cuaternaria Las protenas compuestas de dos o ms cadenas de polipptidos adquieren una estructura cuaternaria: cada cadena muestra estructuras primaria, secundaria y terciaria y forma una molcula protenica biolgicamente activa. La hemoglobina, protena de los glbulos rojos encargada del transporte de oxgeno, es un ejemplo de protena globular con estructura cuaternaria. La hemoglobina est compuesta por 574 aminocidos dispuestos en cuatro cadenas polipeptdicas: dos cadenas alfa idnticas y dos cadenas beta idnticas entre s. Su frmula qumica es C3032H48160872S8Fe4

La estructura de las protenas determina su funcin

La estructura de las protenas determina la actividad biolgica de stas. De entre las innumerables conformaciones tericamente posibles de una protena, generalmente hay una que predomina. Esta conformacin es generalmente la ms estable y en ese caso se dice que la protena se encuentra en estado nativo (protena nativa). La actividad biolgica de una protena puede ser afectada por cambios en la secuencia de aminocidos o en la conformacin de la protena. Cuando ocurre una mutacin (cambio qumico en un gen) que ocasiona un cambio en la secuencia de aminocidos de la hemoglobina, puede producirse un trastorno: anemia de cIulas falciformes. Las molculas de hemoglobina en una persona con anemia de clulas falciformes tienen el aminocido valina, en vez de cido glutmico en la posicin 6, es decir, el sexto aminocido del extremo terminal de la cadena beta. La sustitucin

de la valina con una cadena lateral sin carga por glutamato con una cadena lateral con carga hace que la hemoglobina sea menos soluble y ms propensa a formar estructuras en forma de cristal, lo que provoca un cambio en la forma de los glbulos rojos. Los cambios en la estructura tridimensional de una protena tambin alteran su actividad biolgica. Cuando una protena se calienta o se trata con algunas sustancias qumicas, su estructura terciaria se distorsiona y la cadena peptdica en espiral se desdobla para dar lugar a una conformacin ms al azar. Este desdoblamiento se acompaa de una prdida de su actividad biolgica; por ejemplo de su capacidad de actuar como enzima. Este cambio en la forma de la protena y la prdida de su actividad biolgica se Ilama desnaturalizacin. En general, la desnaturalizacin no puede revertirse; sin embargo, en determinadas condiciones, algunas protenas que han sido desnaturalizadas recuperan su forma original y su actividad biolgica cuando se restauran las condiciones normales del medio. Las protenas no son eternas y en las clulas es frecuente que las molculas de protena se sinteticen y se degraden de acuerdo a las necesidades celulares. La degradacin de una protena es llevada a cabo por proteasas o peptidasas que hidrolizan algunas o todas las uniones peptdicas, con lo que la protena puede quedar reducida a sus unidades constitutivas, los aminocidos, que pueden luego ser utilizados para construir molculas de la misma o de otra protena. El proceso de hidrliisis destruye la estructura primaria y en el laboratorio puede ser llevado a cabo por la accin de enzimas o por cidos o lcalis concentrados y a elevadas temperaturas.