Estructura del genoma humano

Definiremos genes y genomas. Analizaremos los tipos de secuencias presentes en el genoma humano. Analizaremos su distribucin y funcin. Describiremos algunas aplicaciones del conocimiento derivado de la estructura genmica.

El genoma
El genoma es el contenido total de ADN de la clula.

Incluye no slo la porcin codificante (genes) sino tambin las regiones intergnicas y los ADN repetidos.
Los eucariotas tienen 2 o 3 genomas: Genoma nuclear Genoma mitocondrial Genoma plastido

Generalmente genoma se utiliza para referirse al genoma nuclear.

La genmica se dedica al estudio de los genomas.

El tamao del genoma

Valor C= Cantidad de ADN por genoma haploide PARADOJA DEL VALOR C : No existe correlacin entre la cantidad de ADN de un organismo y su complejidad Distintos organismos tienen genomas de distinto tamao

El genoma de cada especie se organiza en cromosomas con forma, tamao y cantidad carctersticos

La cantidad, morfologa y tamao de los cromosomas de cada especie es caracterstico Es independiente del tamao del genoma.

Tamao de los genomas y nmero de genes

No existe correlacin entre el tamao del genoma y la cantidad de genes
ORGANISMO Tamao del genoma (millones de pares de base) 4.6 Genes genes de funcin desconocida Fecha de finalizacin

Escherichia coli

4289

720 (16%)

1996

Neisseria meningitidis Vibrio cholerae Saccharomyces cerevisiae Caenorhaditis elegans Drosophila melanogaster Homo sapiens

2.3 4.0 13.5 97 137 3300

2025 3885 6241 18891 13601 35000 7600 (55%) ??? 1163 (29%)

2000 2000 1997 1998 2000 2000

Genmica comparada: la evolucin de la funcin

grupos funcionales de genes

El camino por delante

Estructura de un gen
DEFINICION MOLECULAR Un gen es una secuencia de nucletidos que contiene la informacin necesaria para la sntesis de un polipptido o un ARN funcional. Se incluyen en esta definicin operacional, la secuencia codificante del gen y las secuencias seaI adyacentes que indican el comienzo y fin de la unidad transcripcional. En procariotas y eucariotas la estructura de los genes es levemente diferente.
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Las unidades transcripcionales procariotas y eucariotas tienen organizaciones diferentes

En los procariotas genes funcionalmente vinculados estn fisicamente asociados en operones. Un opern es una unidad reguladora formada por genes estructurales adyacentes que se transcriben como un ARNm policistrnico, que luego es procesado para dar lugar a productos proteicos diferentes. En los eucariotas los ARNm son monocistrnicos, pero estn interrumpidos por secuencias no codificantes, denominadas intrones.

En los genomas eucariotas se encuentran unidades transcripcionales simples o complejas

En los genomas eucariotas pueden existir unidades transcripcionales simples o complejas. La complejidad est dada por el procesamiento diferencial de intrones.

Es posible obtener varios polipptidos diferentes a partir de un mismo gen.

Si bien existen 35000 genes en el genoma humano, se pueden generar muchas ms protenas diferentes.

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Distintos organismos tienen diferente estructura genmica

Los genomas procariotas son muy pequeos y compactos casi sin espacio entre los genes. El genoma de las levaduras contiene 6000 genes y es compacto. Los genomas de algunas plantas son muy grandes pero dominados por secuencias de ADN repetidas no funcionales. El genoma humano contiene aproximadamente 25.000 genes pero las regiones codificantes de estos genes ocupan solo un 3% del genoma. Existen muchas secuencias repetidas.

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Complejidad del genoma

La cintica de reasociacin del ADN permite analizar la complejidad de un genoma
Rotura del ADN en fragmentos de 300 pb Desnaturalizacin por temperatura Incubacin a distintos tiempos para permitir la reasociacin Medida del ADN no reasociado
proceso lento limitante Reaccin de 2 orden K2 encontrar secuencias complementarias proceso rpid zippering formacin de cadenas largas de doble cadena

10,000

Secuencias repetidas reasocian rpidamente. k2 >>>>>>>>> k2 Secuencias nicas reasocian lentamente.

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Tres fracciones principales en el genoma eucariota

Co x t1/2

ADN altamente repetido ADN de secuencia simple ADN satlite (10-15%) ADN moderadamente repetido repetidos intermedios (15-40%)
ADN copia nica (50-75%) Contiene la mayora de los genes codificantes para protenas

Reasociacin lenta

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Tipos de ADN Repetido

Repetidos dispersos

Repetidos en tandem

Unico que contiene genes

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Usados en identificacin

Panorama General del Genoma Humano

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ADN Satlite centromrico

Largos trechos de ADN altamente repetido Consiste en secuencias cortas repetidas muchas veces, localizado en la regin del centrmero de los cromosomas. Demostrable por hibridizacin sobre cromosomas (FISH)

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ADN telomrico
100-1500 copias de tandem repeats cortos GGGATTGGGATT

Mantenido por un tipo especial de polimerasa, la telomerasa.

La actividad telomerasa es necesaria para prevenir el acortamiento de los cromosomas

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Minisatelites y Microsatelites: Marcadores moleculares

Ambas son tiles para identificar individuos por DNA fingerprinting, puesto que la longitud de la regin repetida es muy variable entre individuos.
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VNTRs e identificacin

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Marcadores moleculares: mapeo de genes de enfermedades

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Los repetidos dispersos son elementos transponibles

Las secuencias son copiadas y se insertan en nuevos sitios del genoma por el proceso de transposicin. Existen dos tipos bsicos: Transposones (ADN como intermediario)

Retrotransposones (intermediario de ARN)

Algunos contienen las enzimas que median su propia transposicin (autnomos). Otros dependen de las enzimas producidas en otra parte (no autonomos).

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Distintos tipos de repetidos dispersos en el genoma

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Esquema de un fragmento de ADN del genoma

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Nmeros del genoma

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La densidad de genes no es homognea

Regin del HLA de tipo III en el cromosoma 6p21.3

Gen de la distrofina en el cromosoma Xp21

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La densidad gnica se correlaciona con el bandeo cromosmico

6p21.3

Xp21

Claras

BANDA G

Oscuras Comparativamente ricas en AT Insensibles a la DNAsa Condensacin temprana en el ciclo celular Replicacin tarda Baja densidad gnica Ricas en secuencias repetidas Claras

Comparativamente ricas en GC Sensibles a la DNAsa Condensacin tarda en el ciclo celular Replicacin temprana Alta densidad gnica Pobres en secuencias repetidas Oscuras BANDA R

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Los genes humanos varan enormemente en tamao y cantidad de exones

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Familias gnicas
Genes codificantes para productos idnticos repetidos en cluster (agrupados) o dispersos
HISTONAS 11 clusters contienen los 60 genes de histonas. 2 clusters mayores en el cromosoma 6 y clusters menores incluyendo solo uno o dos subtipos.

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rRNA 1 nica unidad transcripcional repetida unas 50 veces en 5 clusters ubicados en los cromosomas 13, 14, 15, 21 y 22. El rRNA 5S codificado por varios cientos de genes en 3 clusters en el cromosoma 1.

5S

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Genes codificantes para productos con alta homologa agrupados en clusters

Distintos genes del grupo se expresan en diferentes momentos del desarrollo o en distintos tejidos

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Pseudogenes y fragmentos de genes

En los clusters gnicos son frecuentes los pseudogenes Copias defectuosas no funcionales de genes Pseudogenes no procesados (copias genmicas con intrones) Pseudogenes procesados (copias de regiones exnicas generadas por transcripcin reversa) Fragmentos de genes truncados

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Dos Cromosomas eXtraordYnarios!!

Esto est muy aburrido!!!

Tenes razn hablemos de sexo!!!

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El cromosoma Y

Uno de los cromosomas ms pequeos

Regin Pseudoautosmica (recombinante de 3 MB) Region especifica (MSR) de 55MB no recombina con el cromosoma X
gran regin heterocromtica

Estructura particular con grandes repetidos palindrmicas familias de genes repetidos Porta genes vinculados con el desarrollo masculino y la fertilidad

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Cromosoma del grupo C Baja densidad gnica (1336 genes en 155 MB)

El cromosoma X

99 genes (10%) expresados en testculo y asociados a tumores

Rico en repetidos (56% vs 45% promedio) 29% LINE1 disperso, asociado a Silenciamiento 10% de las enfermedades mendelianas asigadas (OMIM) Compensacin de dosis mediante inactivacin de uno de los cromosomas X en las mujeres.

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Propiedades por cromosoma

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Vallender et al. Nature Genetics (2005)37:343

GENOMA NUCLEAR

ORGANIZACION GENERAL DEL GENOMA HUMANO

GENOMA MITOCONDRIAL

2 genes rRNA

22 genes tRNA

13 genes proteinas

Genoma mitocondrial
Genoma compacto 16.6 Kb 97 % codificante Transcripcin policistrinica

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Organizacin general del genoma humano

GENOMA NUCLEAR
3300 Mb 23 (XX) 24 (XY) lineales 23 (n), 46 (2n) cromatina 35000 1/ 40 Kb 3% en la mayoria de los genes mayoritario Universal Bidireccional, origenes multiples Monocistrnica Al menos 1 vez para cada par de cromosomas Mendeliana para autosomas y X, Paterna para Y
Tamao Cantidad de molculas de ADN distintas Cantidad de molculas de ADN / clula Organizacion estructural (prot. Asociadas) Cantidad de genes Densidad de genes Porcentaje codificante Intrones ADN repetido Uso de cdigo gentico Duplicacin Transcripcin Recombinacin Herencia

GENOMA MITOCONDRIAL
16.6 Kb 1 circular Varios miles libre 37 1/ 0.45 Kb 93 % Ausentes Casi ausente Mitocondrial Unidireccional, origen nico para c/hebra Policistrnica No detectada Materna

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El camino por delante

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