Biomolculas y Energa

Como un bioingeniero, que va a utilizar los sistemas, subsistemas y unidades moleculares diseadas por la naturaleza hacia sus propios fines. Por supuesto, cuanto ms sepa sobre la manera natural de las cosas, ms eficaz ser en el uso y la modificacin de la naturaleza. Uno de los grandes beneficios cosechados por la reciente proliferacin de iniciativas de la biotecnologa es un avance sin precedentes en el conocimiento de los sistemas celulares. Antes de discutir los recientes avances en nuestro conocimiento, vamos a revisar los conceptos bsicos. Antes de empezar, debe tener algn conocimiento de lo que tiene que trabajar con ellos. En primer lugar, tenemos que hacer una revisin rpida de las fuerzas moleculares y, a continuacin vamos a describir los bloques de construccin para la construccin de la ms compleja de todos los sistemas de un organismo vivo.

Revisin de las Fuerzas Moleculares

Usted necesitar un conocimiento bsico de cmo las molculas interactan para entender cmo funcionan las clulas. No es necesario profundizar en la qumica de muy lejos, pero usted debe entender cmo los tomos se pegan para formar molculas. Biomolculas (molculas en los sistemas biolgicos) acatan las mismas leyes fsicas que cualquier otra estructura fsica.

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Hay dos maneras de que los tomos se pueden asociar entre s para formar molculas, a travs de enlaces inicos o covalentes. Para entender esta revisin, usted debe saber que los protones de carga positiva existen en el ncleo de un tomo, junto con los neutrones neutrales. Los electrones de carga negativamente viajan en capas alrededor del ncleo. Los tomos tienen el mismo nmero de electrones que de protones por lo que el tomo se carga neutra. Bastante simple. Para la discusin de las capas de electrones, imaginar las capas como una serie de estantes que deben ser llenados en un orden determinado. Cada depsito puede acomodar un nmero especfico de electrones. El hidrgeno, por ejemplo, tiene un electrn en la primera capa que existe, la capa con el estado de menor energa posible. (La naturaleza busca el estado de menor energa disponible). Hay un electrn porque el hidrgeno tiene slo un protn y el nmero de electrones en un tomo es igual al nmero de protones. La primera capa debe tener dos electrones antes de que sea completada, s quiere un electrn ms de lo que tiene protones. As, el hidrgeno reacciona fcilmente con otras molculas que renuncian a un electrn. Contrasta el comportamiento de hidrgeno con la de helio. El helio tiene dos electrones. La capa de electrones es perfectamente feliz, y el helio no reacciona con nada. Cuando la primera capa est llena, la siguiente capa, con un mayor nivel de energa, recibe los electrones adicionales. El siguiente elemento es el litio, que tiene tres protones y tres electrones. La primera capa tiene dos electrones y es estable. Sin embargo, ese tercer electrn en la capa exterior quiere un compaero mal, as que el litio es altamente reactivo y se dar por vencido el tercer electrn en la cada de un sombrero. Vamos a utilizar el hidrgeno y el litio para explicar la diferencia entre los enlaces inicos y covalentes. Los enlaces inicos, que se muestran en la figura 1.1, se forman cuando un tomo cede un electrn a otro tomo. Litio donar su tercer electrn adicional se produce, el litio se supone una carga positiva porque el tomo ha perdido un electrn con carga negativa, y el cloro recibe una carga negativa al recoger un electrn ms que tiene protones cargados positivamente. Si esta reaccin se produce mientras estos tomos estn en solucin, la carga positiva y la carga negativamente del cloro flotar alrededor independientemente uno de otro. Si se mantiene la adicin de litio y el cloro, a la larga no son tomos de tantos que el agua no puede mantenerlos separados. Las cargas sobre stos, har que estos tomos de asociarse con una otra y la sal forma cloruro de litio. La sal de cloruro de litio es una molcula, sin embargo, las fuerzas de mantenimiento de estos dos tomos juntos no son fuertes y puede ser fcilmente interrumpida mediante la adicin de ms agua. Y un tomo o molcula con una carga ms fuerte sin duda puede competir por uno de los "socios". La sal de mesa (cloruro de sodio) es un ejemplo familiar de una molcula que forma enlaces inicos de esta manera.

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Litio pierde un electrn y se convierte en electropositivo

Cloro gana un electrn y se convierte en electronegativo

FIGURA 1-1 Enlace inico

Ahora que entendemos en un nivel simplificado como el sistema de informacin trabaja, los bioingeniros estn interesados en cambiar esto y ya que todos los seres vivos usan el mismo cdigo de informacin de protenas, podemos inducir a cualquier clula a producir cualquier producto proveyendo le un cdigo conocido. Tambin hemos discutido por que las clulas procariotas son buenas para este trabajo, son relativamente fciles de mantener en el laboratorio o fabrica y son diseadas para que vivan solas. Su genoma es relativamente simple y es mayoritariamente devoto de codificar protenas. Ahora aprenderemos como hacer que una bacteria produzca una protena de inters. Dos ejemplos claros son la insulina y el factor de crecimiento humano. Dichos productos vienen de animales donde se aplico los mtodos de bioingeniera. Eran caros de producir y no eran humanos asi que tenan un riesgo de inducir aqu la respuesta inmune dependa de la fuente del animal. En este captulo aprenderemos como producir nuestras propias protenas humanas usando bacteria. Los enlaces covalentes, que se muestran en la figura 1.2, se forman cuando los tomos comparten un electrn, el electrn en realidad pertenece a ambas molculas. Los enlaces covalentes son mucho ms fuertes que los enlaces inicos. Volvamos a nuestro ejemplo del hidrgeno. El hidrgeno, como se recordar, es un electrn de una capa llena. Dos tomos de hidrgeno comparten sus electrones, formando el gas de hidrgeno, H2. Hay dos protones, uno por cada tomo de hidrgeno, y dos electrones, compartidos por igual por estos tomos. A menudo, un tomo tiene una traccin ms fuerte que el otro, dando lugar a una regin "polar" de la molcula. Considerar agua. El agua se forma cuando el oxgeno toma dos electrones, uno de cada uno de los dos tomos de hidrgeno, y las cuotas de estos electrones con los tomos de hidrgeno. Sin embargo, la distribucin no es igual, como se muestra en la figura 1-3

Formacin de los Enlaces de Hidrogeno

Los enlaces de hidrgeno se forman entre el hidrgeno en una molcula y una molcula electronegativa en otra molcula. El hidrgeno tiende a formar molculas con elementos que son fuertemente electronegativos, lo que significa que el hidrgeno tiene una carga positiva parcial.

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Figura 1-2 Enlace covalente

Figura 1-3 Formacin de polos en una molcula unida covalentemente Esta carga positiva causa la formacin de enlaces de hidrgeno. El agua es el ejemplo perfecto de enlaces de hidrgeno. Considere la posibilidad de dos molculas de agua que vienen juntos como en la figura1.4. El hidrgeno es fuertemente atrado hacia los polos electronegativos del oxgeno. Observe que el oxgeno tiene dos polos, que corresponden a los dos electrones compartidos. Los enlaces de hidrgeno tienen una dcima parte de la fuerza de un enlace covalente promedio. Ellos se rompen fcilmente y reformado. Sin embargo, son significativamente ms fuerte que una ordinaria dipolo-dipolo (inico) interaccin. Cada molcula de agua potencialmente puede formar enlaces de hidrgeno con forma molculas de agua circundantes. El agua forma una matriz como la forma dipolos entre las molculas.

Figura 1-4 Agua y la formacin de enlaces hidrogeno

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Esta es la razn por las molculas de agua aparecen como si estuvieran tratando de agruparse y expulsar cualquier cosa en el camino. Las biomolculas se forman a travs de enlaces covalentes, pero los enlaces inicos son importantes en sus interacciones y en la relacin entre las diferentes secciones de una molcula dada. Los enlaces de hidrgeno son muy importantes en las interacciones de las biomolculas. Muchas biomolculas, literalmente, se erizan con el hidrgeno. Entre otras cosas, la formacin de enlaces de hidrgeno es una fuerza primaria en la forma en las protenas se pliegan sobre s mismas.

Bloques de Construccin y Reactivos: Carbohidratos, Protenas y cidos Nucleicos

Lpidos,

En general, usted tiene cuatro tomos de trabajar con en la formacin de las biomolculas: carbono, oxgeno, nitrgeno e hidrgeno (Nota: algunas molculas celulares contienen metales y azufre se presenta con frecuencia en los enlaces disulfuro) Estos elementos forman slo cuatro tipos de materiales a utilizar en el diseo de este organismo: lpidos, carbohidratos, protenas y cidos nucleicos. Todos estos materiales construir fuera de de un columna vertebral de carbono. El carbono es maravilloso porque tan fcilmente recoge las otras tres molculas de formar enlaces covalentes. Cada tomo de carbono puede adjuntar hasta cuatro de los otros tomos o adjuntar otros tomos de carbono tambin. Carbones tambin formar un anillo donde los tomos de carbono cada una cuota de uno o dos electrones. En los diagramas que se muestran en la figura 1.5, la distribucin de los dos electrones se representa por una lnea doble, mientras que el intercambio de un solo electrn se representa por un solo la lnea. Una biomolcula normalmente consiste en una serie de unidades similares conectadas entre s como una estructura hecha de LEGO. La unidad de construccin individual que se conoce como un monmero y toda la estructura es un polmero. Al pasar por esta discusin, recuerde que la construccin modular es la norma.

Figura 1-5 El maravilloso tomo de carbono

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Polmeros puede consistir en unidades repetidas del mismo material o las unidades puede ser nica. A veces, un polmero que tiene una funcin determinada y tirando con otra unidad monomrica le dar una funcin diferente. Hay cuatro clases de biomolculas sobre la base de su estructura y funcin de lpidos, carbohidratos, protenas y cidos nucleicos.

LPIDOS:
Las clulas individuales deben su forma a la conducta fsica de los lpidos, que son el nico tipo de molcula identificada slo por su comportamiento fsico. Los lpidos son hidrfobos, lo que significa que no se disuelven en agua (mientras que las molculas hidrfilas son "agua amoroso" y puede disolverse en agua).

Figura 1-6 Ejemplo de molcula de grasa: fosfatidilcolina (Basado en la Figura 2-7 de Schaum. Describe la biologa molecular y celular por William D. Stansfield) Esta caracterstica hace que los lpidos ideales para la formacin de membranas. Los lpidos forman polmeros de gran tamao que proporcionan un mecanismo para calrico alto - el almacenamiento de contenido, en forma de grasas (figura 1.6 muestra un ejemplo de molcula de grasa). Algunos lpidos influir en las reacciones bioqumicas en la clula, en otras palabras, son bioactivo. Un ejemplo es el colesterol. Los lpidos son los componentes principales de la membrana celular. Vase el captulo 2 para una discusin sobre cmo la naturaleza hidrofbica de los lpidos en la estructura membrana celular.

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CARBOHIDRATOS
Los carbohidratos son la fuente ms importante de energa para los organismos vivos y tienen un Formule que es un mltiplo de CH2O. Para todos los hidratos de carbono, si se quita el agua, sigue siendo slo una de carbono. Para los organismos multicelulares, como nosotros, la fuente de energa fundamental es un cinco - el azcar de carbono conocido como la glucosa, un monmero de hidratos de carbono pequeo. Si los monmeros pequeos se apilan en grandes polmeros, que forman hidratos de carbono complejos (vase la Figura 1 a 7 abeto un ejemplo), las molculas resultantes pueden proporcionar unidades estructurales. Ejemplos son la celulosa y colgeno. Otros hidratos de carbono complejos (compuesto por polmeros de gran tamao que contienen muchos monmeros similares conectados entre s) se utilizan para el almacenamiento de energa. Las molculas de energa de los carbohidratos de almacenamiento son en las plantas y glucgeno en animales. Esta forma de almacenamiento de energa tiene un menor contenido de caloras que la grasa, pero es ms fcil de acceder.

PROTENAS:
Los lpidos e hidratos de carbono tienden a formar grandes polmeros y montonas. Las protenas son mucho ms interesantes. De hecho, las protenas son tan interesantes y tan diversos que es difcil convencer a los investigadores a mediados de la dcada de 1900 que las protenas no eran las molculas de almacenamiento de informacin para el organismo. (Ahora se sabe que los cidos nucleicos son las molculas de almacenamiento de informacin) Protenas formar algunas estructuras, sin embargo, la funcin ms importante de las protenas es de orquestar las reacciones bioqumicas que se producen en la clula.

Figura 1 -7 Ejemplo complejo de hidratos de carbono

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Figura 1 -8 Ejemplo de amino cido Protenas son el modo de aminocidos, ejemplos de los cuales se muestran en la Figura 1-8. Estas son diferentes de los carbohidratos y grasas, ya que contienen nitrgeno. Todas las protenas contienen una estructura de columna vertebral con dos tomos de carbono y un tomo de nitrgeno. El nitrgeno tiene dos tomos de hidrgeno unidos, y el carbono en el extremo tiene una molcula de oxgeno y un grupo hidroxilo (OH) unido. El carbono central proporciona la diversidad de las protenas, ya que, en teora, casi cualquier cosa que se le pueda atribuir. En la prctica, slo hay 20 aminocidos, 12 de los cuales el cuerpo humano puede fabricar. Los otros ocho debemos consumir y se llaman aminocidos esenciales. Los aminocidos unir mediante la formacin de un enlace peptdico, como se muestra en la Figura 1-9. Ntese que la formacin del enlace implica que los tomos en el extremo, pero deja que tomo de carbono central para retener las cadenas laterales caractersticos. Las molculas de protenas son grandes, con el promedio contiene alrededor de 300 aminocidos. Con 20 aminocidos disponibles en cada posicin, son miles de protenas diferentes que podran ser formados a partir de 300 aminocidos. La protena se forma es una cadena larga con cadenas laterales numerosas que pueden ser hidrfobo o hidrfilo. Las cadenas laterales pueden atraer entre s por la carga elctrica o puede reaccionar qumicamente. Los enlaces de hidrgeno se forman entre las cadenas laterales. Dependiendo de las cadenas laterales que estn presentes y en qu orden, la molcula se pliega sobre s misma para formar una forma particular. Las protenas tienen una estructura primaria (lineal), y como la molcula comienza a pliegues sobre s mismo, un secundario, terciario y una forma final. Esta forma es importante para permitir la protena para llevar a cabo su funcin particular. Captulo 8 discutir metabolismo de las protenas (La produccin, uso y destruccin de las protenas) en detalle debido a la importancia de las protenas en la funcin celular y la posibilidad de un bioingeniero de intervenir en la forma en protenas es manejada por el organismo.

Figura 1 -9 Enlace peptdico

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CIDOS NUCLEICOS:
Los cidos nucleicos fueron descubiertos en 1868 por Friedrich Miescher. El nombre de "cido nucleicos" es de origen histrico, los cidos nucleicos son molculas de cidos que slo los primeros cientficos que se encuentran en los ncleos celulares. La discusin de la estructura de los cidos nucleicos tiende a ser confusa porque la parte ms importante de la estructura se compone de bases orgnicas. Hay cinco de estas bases, cuatro se encuentran en el cido desoxirribonucleico (ADN) y el quinto se encuentra en el cido ribonucleico (ARN). Las cuatro bases del ADN son la adenina, guanina, timina, citosina y la quinta base en el ARN es uracilo. A pesar de estos nombres significan poco, lo mejor es que se familiarice con ellos, porque cuatro de ellos (con exclusin de uracilo) son el cdigo lo ms importante de la vida. Uso de la informacin codificada en estos cuatro compuestos, todas las estructuras que se encuentran en el organismo vivo puede ser estructurada de cara. A explicacin completa de cmo se hace esto se presenta en el captulo 3. En ese captulo, que en realidad se rompa el cdigo-el conjunto de instrucciones para todas las formas de vida en la tierra. Las bases estn unidas a un azcar. El azcar de cinco carbonos es ribosa, el ARN. Un azcar similar, excepto que hay un oxgeno menos, es desoxiribosa, para el ADN. Cuando una base est enlazada con el azcar, la molcula resultante se conoce como un nuclesido. El azcar recoge hasta un fosfato en el carbono quinto, que hace que el cido todo. En este punto, la molcula se conoce como un nucletido. Si slo se recordar uno de estos nombres, recuerda el azcar nucletido-base y fosforilada. Los azcares unir cuando una molcula de oxgeno forma el grupo fosfato en uno enlaces de azcar con una molcula de carbono en otro azcar. Esto se llama un enlace fosfodister. El azcar segundo es fosforilada y enlaces con un tercer azcar, y as sucesivamente. La conexin entre los resultados azcares fosforilados en un andamiaje que apoyar las bases orgnicas. La estructura de azcar forma la barandilla de la escalera de caracol familiar que es el ADN. Las bases adherirse al interior, formando los peldaos de la escalera. Vamos a construir, como se muestra en las figuras 1-10 a 1-13. En primer lugar, la figura 1-10 muestra el nivel de azcar. Figura 1-11 aade un grupo fosfato. Figura 1-12 a continuacin, vincula los azcares juntos, y, por ltimo, la Figura 1.13 la base que se une a la del azcar.

Figura 1 -10 Ribosa y desoxiribosa

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Figura 1 -11 Desoxiribosa fosforilada

Figura 1 -12 Estructura del ADN

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Figura 1 -13 Las bases organicas Una vez ms, como los azcares fosforilados forman la columna vertebral de la molcula, las bases se adhieren a la parte interior como escalones en una escalera, como en la figura 1.14. Es necesario recordar que la mayor parte del ADN es una asociacin de dos cadenas, por lo que hay andamios a la derecha e izquierda y el par de bases de forma en el interior. Como la mayora de los fenmenos que hemos discutido, el xito de esta operacin depende de los agentes encajando fsicamente. Recuerde que estas molculas crear formas nicas y complejas que slo se ajustan a los compuestos que reaccionan con o caucin para. Las bases dentro de las molculas de ADN estn dispuestos de tal manera que el formador de enlaces de hidrgeno se habilita, como uniendo sus brazos. Las formas de las molculas son tales que la adenina con la timina siempre los vnculos y enlaces de guanina con citosina, a travs de enlaces de hidrgeno. A pesar de que un enlace de hidrgeno no es especialmente potente, la serie de ellos forma una estructura fuerte, algo as como una cremallera. Los lazos crear un par motor que gira la hlice en cada lado, lo que resulta en la doble hlice familiarizado. Los enlaces de hidrgeno son grandes porque los enlaces de hidrgeno son lo suficientemente fuertes para mantener la estructura unida, pero lo suficientemente dbil como la que separa las hebras de ADN no tiene mucha energa. Hay que separar las hebras cuando se tiene la intencin de duplicar el ADN.

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Figura 1 -14 La escalera Las fuerzas internas causan la escalera se tuerza, parece que la escalera de caracol se muestra en la figura 1.15. Las mismas parejas se encuentran siempre juntas, si usted es un bacilo, un alga, o gorila. Estos pares son la adenina con timina y guanina con citosina. En el ARN, la timina es reemplazada por uracilo. Esta es una regla muy importante y se conoce como el apareamiento de bases complementarias. Los primeros cientficos dieron cuenta de que estos compuestos se encuentran siempre en la misma cantidad. En la actualidad, sabemos cmo se emparejan para construir una doble cadena de ADN de una sola hebra... Pero que viene despus. Hay otros nucletidos importantes, el ms notable de los cuales es el ATP o trifosfato de adenosina. El ATP es una oportunidad de almacenamiento de energa que nos encontraremos en una seccin posterior. Ahora usted tiene los fundamentos para la construccin de una celda.

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Figura 1 -15 La doble hlice

Energa
La energa para la vida proviene del intercambio de electrones entre las molculas en una reaccin que libera energa. Especficamente, la energa para la inmensa mayora de la vida en la tierra proviene de la oxidacin de una forma reducida de carbono. La suerte quiso que esta reaccin particular, libere una cantidad inusualmente grande de energa. Pero ustedes lo saben Usted oxidar una forma reducida de carbono en su chimenea para generar calor! Djeme explicar. En primer lugar, vamos a revisar lo de oxidacin / reduccin de los medios. La oxidacin es el nombre de oxgeno (duh). Las sustancias que tienen la capacidad de oxidar otras sustancias se dice que son la oxidacin y se conocen como agentes oxidantes, oxidantes, u oxidantes. El oxgeno es un muy buen oxidante, ya que es electrn-hambre y separar los electrones de otra sustancia. Las sustancias que tienen la capacidad de reducir otra sustancia se dice que son reductora y son conocidos como agentes reductores, reductores, o reductoras. El reductor de transferencia de electrones de la otra sustancia. Esto es muy difcil mantener recta, porque en ltima instancia, el reductor se han oxidado y el oxidante se han reducido. La cosa importante a recordar para nuestros propsitos es que el oxgeno se oxida material carbonoso. La resultados de la reaccin ms completos en la formacin de CO2. En su chimenea, el carbono en la madera se encuentra en las molculas que contienen un gran contenido de hidrgeno,

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lo que significa que el carbono est tomando electrones del hidrgeno. Cuando el oxgeno en el aire se oxida este carbono en dixido de carbono, el son transferidos al oxgeno y se beneficiar de la liberacin de energa grande. La forma ms eficiente de la energa para las formas de vida se llama metabolismo aerbico. Las reacciones especficas son capturadas en una serie de eventos conocidos como el ciclo de Krebs o ciclo del cido tricarboxlico. Los detalles de este ciclo estn fuera del alcance de este libro. Nota, sin embargo, que el ciclo de Krebs no utiliza oxgeno; que viene despus. El ciclo de Krebs genera reduccin de la potencia mediante la adicin de hidrgeno a las pequeas molculas de nucletidos (NAD y FAD). Cuando este poder se encuentra la reduccin de oxgeno, existe un potencial para la generacin de energa de gran tamao. La reaccin de oxidacin / reduccin de la participacin de oxgeno se encuentra en la cadena de transporte de electrones, llamado as porque los electrones se entregan en una serie de reacciones entre molculas. Esta serie de reacciones requiere oxgeno. Con cada transferencia, la energa producida conduce a la produccin de trifosfato de adenosina (ATP). Los enlaces de fosfato en el ATP tener mucha energa para formar y liberar una energa mucho cuando se rompen. Por lo tanto, se puede ver que la clula no se quema de carbono como lo hace en su chimenea. En cambio, la energa que se sentira como el calor de su chimenea se utiliza para crear estos enlaces fosfato de alta energa en las clulas. Piense en la comodidad! La energa se almacena en una forma altamente accesible (ATP) y se puede utilizar siempre que sea necesario por la clula. Al final, usted tiene la siguiente frmula:

Ahora, despus de jugar el papel del oxgeno, que te dir que hay veces que no lo necesitan. Hay momentos en los que ni siquiera lo desee. Metabolismo sin oxgeno se denomina metabolismo anaerbico. Es posible porque hay otros agentes oxidantes, adems de oxgeno libre, aunque otros de oxidacin / reduccin de reacciones generan menos energa. Sin embargo, el metabolismo anaerbico crea muchos subproductos de inters para bioingenieros, tales como los cidos lctico, butrico, succnico, o propinico, y etanol, butanol, o propanol. La fermentacin es un ejemplo de metabolismo anaerbico. La fermentacin de las uvas y otros productos de etilo produce el alcohol. La presencia de oxgeno mata esta reaccin. Bueno, no se matan tanto como lo conduce a la terminacin. Por lo tanto, si usted est tratando de producir alcohol etlico de la fermentacin de las uvas y el oxgeno entra en las imgenes, se obtiene dixido de carbono y agua en lugar de alcohol. La ingeniera de la reaccin de fermentacin para producir alcohol requiere de mtodos para mantener el oxgeno, los mtodos que tienen existe desde hace milenios. Un resumen de las formas en que las clulas generan energa se da en la figura 1 a 16.

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Figura 1 -16 Resumen de las estrategias de energa las clulas