Communications PPD2013 Print

35 me runion annuelle du groupe dEtude de Biologie et Gntique des Populations
Communications
Du mardi 27 au vendredi 30 Aot 2013
Ecole Nationale Suprieure Maritime 39 avenue du Corail 13008 Marseille Lyce des Calanques 89 Traverse Parangon 13008 Marseille
Communications orales
Ecologie et Evolution
Besson Mathilde Rseau tri-trophique parasitode-puceron-plante : interactions entre milieu cultiv et non cultiv
Les rseaux dinteractions dans les cosystmes jouent un rle important dans le maintien de services cosystmiques comme la pollinisation ou la rgulation des ravageurs de culture. Afin de prserver ces services, il nous faut bien comprendre le fonctionnement de ses rseaux, do lutilit de leur tude. Le but de notre tude est danalyser la structure dun rseau tri-trophique parasitode/phytophage/plante afin de mettre en vidence une possible compartimentation en fonction du caractre cultiv ou non des plantes htes et de leur type vgtatif, mais galement de voir comment se distribuent les espces gnralistes ou spcialistes. Aprs recensement des associations parasitode-puceron-plante dcrites dans la littrature en Europe, nous avons analys limportant jeu de donne obtenu au moyen de tests de permutation. Nous avons mis en vidence une compartimentation entre les strates ligneuses et herbaces, et la possibilit dchange de parasitodes gnralistes entre les plantes cultives et non cultives. Le mme type danalyses a t ralis sur un rseau issu dobservations acquises dans lcosystme agricole breton, confirmant qualitativement les rsultats observs lchelle de lEurope. Enfin, lexcs despces spcialistes observes suggre une efficacit plus grande de celles-ci dans lexploitation des patchs dhtes.
Leclair Mlanie Co-infection symbiotique : cots et bnfices associs
Les associations symbiotiques entre microorganismes et eucaryotes sont omniprsentes. Le plus souvent, ces microorganismes jouent un rle crucial dans lvolution et lcologie de leurs porteurs en modifiant leur phnotype. Bien que de nombreuses espces eucaryotes abritent plusieurs microorganismes symbiotiques, la majorit des tudes privilgie une approche un symbiote - un porteur , ignorant cette multiplicit des associations symbiotiques. Ainsi, les questions de leffet des infections multiples sur le phnotype du porteur et des processus lis la diversit et la distribution des symbiotes dans les populations htes restent ouvertes. Une nouvelle conception des associations symbiotiques est ncessaire ; elle doit saffranchir de cette vision simplifie et intgrer un niveau cologique et volutif essentiel : la communaut symbiotique. En utilisant pour modles biologiques des pucerons, lobjectif de ces travaux est de dterminer les processus impliqus dans la diversit et la structure des communauts symbiotiques dans les populations naturelles. Nos exprimentations montrent que la prsence de plusieurs symbiotes microbiens chez un mme puceron gnre une diminution de dure de vie et de fcondit chez le porteur. Nos rsultats montrent galement que la prsence de plusieurs symbiotes chez un mme porteur peut influencer lintensit des effets phnotypiques de ces symbiotes sur leur porteur. Cependant, notre tude montre que ces effets de la communaut symbiotique dpendent de nombreux facteurs comme le gnotype du porteur. Ces travaux permettent de poster des hypothses sur la dynamique volutive des associations symbiotiques chez le modle biologique.
Valette Victorien, Frederic Grandjean, Bech Nicolas Evaluating the impact of Wolbachia on the demographic history of terrestrial crustaceans: hypotheses and project
Evaluating the impact of Wolbachia on the demographic history of terrestrial crustaceans: hypotheses and project Currently, one of the state of the art methods used to reconstruct populations demographic history is implemented in the MSVAR 1.3 software (Storz and Beaumont, 2002). Because demographic events impact on genetic diversity and organization, this method analyzes the information from the full allelic distribution in order to assess changes in effective populations size. Traditionally, this method is used in order to detect any collapses and growths of populations further to the climatic fluctuations and human colonization during the Quaternary. This method is able to detect whether populations experienced a decrease (like rock ptarmigan in the Pyrenees) or an increase (like yellow sea kraits in New Caledonia) in their effective size. Oniscidea are terrestrial crustaceans with a worldwide range. Like many other arthropods, several Oniscidea harbor alpha-proteobacterial endosymbionts of the genus Wolbachia. This bacteria is able to manipulate host reproduction to enhance its own transmission, for example by transforming infected genetic males into functional females. As a consequence, several Oniscidea populations harbouring Wolbachia often exhibit a strong sex ratio distortion. It has been suggested that, in the infected populations, females may experience an increase in effective size whereas males may experience a bottleneck. We are testing this hypothesis using classical genetic population tools and the Storz and Beaumont method (2002).
Husse Latitia, Dalecky Ambroise, Granjon Laurent, Mediannikov Oleg, Brouat Carine Comprendre le succs des rongeurs invasifs au Sngal : une histoire de bactries ?
Le rat noir, Rattus rattus, et la souris domestique, Mus musculus, sont deux espces commensales de lHomme fort potentiel invasif. Dorigine asiatique, ils ont accompagn ce dernier dans tous ses dplacements et on les retrouve aujourdhui sur tous les continents. Une des hypothses invoques pour expliquer ce succs invasif est la perte dennemis naturels (Enemy Release Hypothesis) lors des vnements de colonisation de nouvelles aires gographiques. Nous voulons vrifier cette hypothse au Sngal, o lexpansion du rat et de la souris travers le pays est relativement rcente. R. rattus et M. musculus ont t introduits au Sngal avec les premiers bateaux arrivs dEurope. Longtemps cantonns aux zones ctires et la partie ouest du pays, ils nont apparemment colonis la partie orientale du Sngal que lors des dernires dcennies, en profitant du dveloppement des axes routiers. Une premire campagne de pigeage a t mene dans 8 villes et villages du Sngal Oriental. Des PCR en temps rel ont t ralises sur 472 rongeurs et insectivores, locaux (natifs) et introduits (invasifs), afin de dterminer les prvalences de diffrentes bactries chez ces diffrentes espces htes. Si pour certaines bactries, comme pour Borrelia, le rat et la souris semblent bien moins infects compars aux espces locales, pour dautres bactries, la diffrence nest pas aussi nette. De prochaines analyses porteront sur des localits anciennement envahies. Ces nouvelles donnes permettront dtablir des comparaisons entre localits anciennement envahies et rcemment envahies et nous pourrons dterminer sil existe un lien entre la prvalence des infections bactriennes et les diffrentes phases de la colonisation.
Tougeron Kvin, Caterine Maureen Diffrenciation de niche chez les carabes
Les agrosystmes sont des milieux relativement homognes qui offrent des ressources a priori peu diversifies pour les espces qui y habitent et donc un nombre limit de niches cologiques disponibles. Nanmoins, lanalyse des donnes de pigeage dinsectes au sein dun paysage agricole breton typique montre que malgr lhomognit relative des agro-systmes, plus de 165 espces diffrentes sont prsentes dans la seule famille des carabids. Les coloptres carabiques exhibent une grande varit de comportements, que ce soit au niveau de leurs prfrences alimentaires ou de leur rythme nycthmral. Notre hypothse est que leur coexistence dans les agrosystmes rsulte dune diffrenciation de niche selon au moins un des 3 axes majeurs que sont la diffrenciation temporelle, spatiale et trophique. Dans notre tude nous avons consacr une premire partie lanalyse dun important jeu de donnes de pigeage qui nous a permis de mettre en vidence lexistence dune diffrenciation temporelle lchelle de la saison et spatiale des espces de coloptres carabiques rcoltes. Pour affiner les rsultats, ltude a ensuite t poursuivie en laboratoire avec un suivi vido du comportement de deux espces de carabes proches, Bembidion quadrimaculatum et Phyla obtusa. Aucun lment na montr de faon certaine une diffrenciation spatiale. De plus, les deux espces montrent un fort recouvrement de niche trophique. En revanche, nous avons mis en vidence une diffrenciation de niche temporelle au niveau du cycle nycthmral, la premire espce cite tant diurne et lautre nocturne. Cette diffrenciation a t explique travers une approche volutive et comportementale.
Marie Alexia, Plantegenest Manuel Influence du mode de production agricole sur les traits dhistoire de vie chez les coloptres carabiques deux chelles dorganisation
Les pratiques agricoles conventionnelles, et notamment lusage des produits phytosanitaires ont un impact souvent ngatif sur les organismes frquentant les milieux agricoles : perte de biodiversit ou encore perturbation du dveloppement notamment pour les communauts dauxiliaires des cultures. Cependant les tudes se concentrent souvent sur limpact des pratiques culturales sur la prsence des espces et non les caractristiques de celles-ci. De mme, la variabilit intra-spcifique de ces traits est souvent nglige par rapport la variabilit interspcifique. Or comparer les traits slectionns, ces deux chelles dorganisation peut apporter un clairage sur limportance relative des perturbations environnementales et des interactions entre les diffrentes espces sur lorganisation des communauts. En effet, une forte influence des conditions environnementales devrait homogniser les rponses des diffrentes espces de la communaut, comme la rponse des individus au sein dune espce. Une prpondrance des interactions, en revanche, du fait de lexclusion comptitive, pourrait conduire des rponses contrastes. Dans notre tude, une gamme de traits (morphologie alaire, taille, sexe) ont t mesurs individuellement chez des coloptres carabiques chantillonns dans des parcelles de bl de conduites en agriculture biologique ou conventionnelle. La distribution et la variabilit des traits observs ont t compares dans les deux situations de production, aux chelles intra- et inter-spcifique.
Couceiro Luca, Peters Akira, Le Gac Mickael, Hunsperger Heather, Mauger Stphane, Destombe Christophe, Cock Mark, Ahmed Sophia, Coelho Susana, Valero Myriam Niche-partitioning between gametophytes and sporophytes in field-collected Ectocarpus
The brown alga Ectocarpus has become a model for the genetic analysis of haploid diploid life cycles in the lab, but very little is known about the occurrence of different species and the succession of developmental stages in nature. We used a population genetics approach to determine which phases of its complex life cycle are exploited under field conditions. At a site near Roscoff (NW France), we investigated the spatio-temporal distribution and ecological preferences of Ectocarpus species collected on the shore. More than 900 individuals were sampled along a shoreline gradient during three consecutive years. Isolates were cultured in the laboratory for subsequent genetic identification of taxonomic status, sex, and ploidy level. Using molecular markers, we identified three main species, with E. crouaniorum (Ecro) living in the upper intertidal, E. siliculosus (Esil) in the mid intertidal, and E. fasciculatus (Efas) in the lower intertidal. Using sex markers and microsatellite loci, we aimed to determine whether sporophytes and gametophytes co-occur or whether they occupy different ecological niches. Sporophytes of Ecro were found as microscopic, epilithic thalli year-round, while gametophytes were only found as macroscopic thalli epiphytic on Scytosiphon lomentaria during spring. In contrast, all Esil isolates were identified as sporophytes, whether found as epilithic microscopic thalli during winter or as epiphytic macroscopic thalli on 11 different species of macro-algal hosts from spring to summer. To test the generality of this pattern, we isolated ca. 300 Ectocarpus strains from a distant region (Naples, Italy). Interestingly, Esil in Naples appears to occupy the same ecological niche as Ecro at Roscoff.
Alexandre Hermine, Lambert Franois, Clark John L., Joly Simon Variation des niches cologiques en fonction des syndromes de pollinisation au sein des genres antillais Gesneria et Rhytidophyllum
Les genres Gesneria et Rhytidophyllum (Gesneriaceae) constituent un groupe monophyltique dangiospermes ayant subi une radiation depuis environ 8 millions dannes. Ces deux genres comprennent une soixantaine despces, principalement rparties dans les grandes Antilles. Le groupe montre une grande diversit de morphologies florales qui correspondent deux syndromes de pollinisation. Dun ct les espces qui possdent des fleurs large ouverture et de couleur ple (jaune, verdtre) qui ont une pollinisation de type gnraliste ou spcialise sur les Chiroptres, et de lautre les espces fleurs tubulaires et brillantes (rouge, oranges) qui sont spcialises sur la pollinisation par les colibris. Des tudes antrieures ont dmontr que lanctre du groupe tait pollinis par des colibris et que le syndrome gnraliste a volu plusieurs reprises dans le groupe. Nous testons lhypothse selon laquelle ladaptation diffrents modes de pollinisation a permis une radiation adaptative du groupe. Dans un contexte de spciation cologique, nous nous attendons ce que les niches cologiques refltent davantage les syndromes de pollinisation que les relations phylogntiques entre espces. Pour tester cette hypothse, nous avons modlis la niche bioclimatique de 15 espces endmiques Cuba partir de donnes doccurrence avec le logiciel Maxent. Puis les niches ont t compares laide de lindice D de Schoener et lindice de similarit I (Warren et al. 2008). Les rsultats prliminaires suggrent que les niches cologiques sont trs variables, et que les espces spcialistes ont des niches plus similaires entre elles que les espces gnralistes.
Gervais Camille, Roze Denis, Billiard Sylvain Maintien de lauto-incompatibilit et volution de la dpression de consanguinit en populations finies
Lauto-incompatibilit est un mcanisme gntique trs rpandu chez les Angiospermes. Elle permet aux plantes hermaphrodites dviter lautofcondation et les croisements entre individus apparents par un mcanisme de reconnaissance et de rejet du pollen par le pistil, lorsque ceux-ci expriment la mme spcificit. Nous avons tudi lvolution conjointe de lauto-incompatibilit et de la dpression de consanguinit en populations finies en utilisant des simulations multilocus : les gnomes des individus sont composs dune infinit de locus sous slection purifiante. Nous nous sommes particulirement intresss aux conditions permettant le maintien de lauto-incompatibilit lorsque des mutants auto-compatibles sont introduits de faon rcurrente dans la population. Nos rsultats confirment les attendus thoriques des modles considrant la dpression de consanguinit comme un paramtre fixe : le maintien de lauto incompatibilit est associ une forte dpression de consanguinit et est facilit par des taux levs dauto-pollinisation. Hormis dans le cas de mutations rcessives ltales, linvasion dun mutant auto-compatible ne dpend que de la valeur de la dpression de consanguinit, indpendamment des valeurs des coefficients de slection et de dominance des allles dltres.
Muller Karen, Thiery Denis, Moret Yannick, Moreau Jrme Influence du cpage de vigne sur le succs reproducteur des mles chez lEudmis (Lobesia botrana) et consquences sur le potentiel reproductif des femelles
Labondance des insectes phytophages est dtermine par de nombreux facteurs biotiques et abiotiques affectant leurs traits dhistoire de vie. Pour les insectes reproduction sur capital ( capital breeders ), la qualit de la nourriture ingre ltat larvaire est lun des principaux facteurs expliquant le succs reproducteur des femelles adultes. Curieusement, si leffet de la plante hte est bien connu sur le succs reproducteur des femelles phytophages, il na t que peu tudi sur celui des mles. Par ailleurs, chez les Lpidoptres, lors de laccouplement, la femelle reoit du mle un spermatophore contenant des spermatozodes mais galement des substances nutritives quelle pourra remobiliser pour sa propre fcondit. Il apparait donc indispensable dintgrer cet effet mle dans ltude du potentiel reproductif des femelles. Chez les ravageurs de la vigne, il a t dmontr que le cpage influenait le succs reproducteur des femelles. Dans cette tude, nous nous proposons de tester linfluence du cpage sur le succs reproducteur des mles ainsi que les consquences sur le potentiel reproductif des femelles. Des larves dEudmis (Lobesia botrana) ont t leves sur diffrents cpages et les capacits reproductives des mles adultes ont t testes. Les rsultats dmontrent une influence du cpage sur le succs daccouplement des mles, sur le volume du spermatophore et sur le nombre de spermatozodes transfrs. De plus, le succs reproducteur des femelles (fcondit et fertilit) dpend du cpage dont provient le mle avec lequel elle saccouple. Ces rsultats soulignent donc un rle primordial du cpage sur les performances reproductrices des mles et des consquences importantes pour les femelles.
Van Rossum Fabienne, Mayer Carolin, Jacquemart Anne-Laure, Brdat Elise, Rasp Olivier, Raabov Jana, Somme Laurent, Michez Denis Rare plant species from fens and bogs and their pollinators: intertwined destinies
Fens and bogs are home to a high diversity of plants. In Belgium the area of these biotopes has been considerably reduced and fragmented, accompanied by the decline of plant species they contain. Many of these species depend on gathering insects for pollination and dispersion of their genes. But pollinators also depend on their host plants, and if habitats are fragmented, which would suffer first: the plant or the pollinator? Four rare species of fens and bogs and their pollinators have been studied in Belgium (Plateau des Tailles and Lorraine): Marsh Cinquefoil (Comarum palustre), Bogbean (Menyanthes trifoliata), Bog Bilberry (Vaccinium uliginosum) and Cranberry (V. oxycoccos). Our results show that in these fragmented landscapes, pollinator and pollen movements are absent between populations, even at less than 1 km. Moreover, it appears that pollinator decline precedes the decline of the plant species dependent on their services. This decrease in pollinators may result in disruption of pollination processes in small or isolated populations, thus accelerating their genetic isolation. The long-term persistence of plant populations in bogs and fens does not only need reconnecting populations (by enlarging surfaces or by the development of biological corridors that facilitate pollinator dispersal), but also by the implementation of management measures favouring pollinator guilds.
Damien M. de Vienne, Tatiana Giraud, Pierre-Henri Gouyon Slection Phyltique et Maintien du Sexe
Le sexe est frquent chez les tres vivants pluricellulaires. Cette observation banale est devenue une nigme lorsque, dans les annes 1970, des volutionnistes ont montr que la reproduction asexue tait, en gnral, au moins deux fois plus efficace que la reproduction sexue. Lapparition dune femelle asexue dans une espce sexue devrait donc aboutir, en quelques dizaines de gnrations, la disparition du sexe (et, accessoirement, des mles) dans lespce. On sait par ailleurs que le sexe fournit un avantage long terme aux groupes qui le pratiquent. Nous avons, pour comprendre ce fonctionnement volutif, formalis le diagramme qui constitue la seule figure de Lorigine des Espces de Darwin. Dans ce diagramme, les lignes volutives produisent constamment de nouvelles formes qui sont plus ou moins diffrencies les unes par rapport aux autres. Le temps scoule de bas en haut (une manie de gologue) et la diffrence cologique entre les diffrentes lignes se mesure par leur distance horizontale. Les lignes qui sont proches dautres ont alors plus de chances de steindre du fait de la comptition que des lignes se trouvant moins proches. En introduisant des mutantes asexues dans un tel arbre, notre modle montre que, bien quil puisse tre perdu dans une ligne donne, le sexe reste majoritaire du fait dun succs suprieur des lignes sexues. Sous diverses conditions, on trouve ainsi des patterns comparables aux patterns observs dans la nature cest-dire des lignes majoritairement sexues et des lignes, souvent rcentes pratiquant la reproduction asexue. La slection, dans ce modle, se situe dune part entre individus lintrieur de chaque ligne, (o elle aboutit la perte du sexe, les femelles asexues laissant plus de descendants que les autres) et entre lignages volutifs (o les lignages sexus se diffrenciant plus, steignent moins).
Variation et Adaptation
Bierne Nicolas Adaptation et spciation chez les moules du complexe despces Mytilus edulis
Les zones dhybridation sont considres par les volutionnistes comme de vritables laboratoires naturels pour ltude de lvolution. Depuis une quinzaine danne nous tudions la zone dhybridation des moules Mytilus edulis et M. galloprovincialis. Nous avons mis jour une structure spatiale originale en mosaque double chelle, et nous avons identifi une multitude de mcanismes disolement reproductif responsables du maintien de la structure gntique. Actuellement nous analysons la variation des gnalogies de gnes dans les gnomes et nous essayons dillustrer comment larchitecture gnomique de la diffrenciation varie dans le temps et dans lespace afin de caractriser les processus lorigine de ces variations. Je ferai une synthse de nos recherches sur ce modle passionnant.
Abu Awad Diala, Billiard Sylvain, Tran Chi The numerical load : Understanding the interaction between genetics and demography
New mutations are constantly introduced into populations, most of which are deleterious. The genetic load L, or the effect of segregating deleterious mutations on population fitness, has been considered to be independent of demographic parameters, and calculated depending on a fixed effective population size. In literature, the effect of L on population demography remains ambiguous, as does the effect of the timing of selection. We propose a model that explicitly takes into account the interaction between and co-evolution of L and population demography. The numerical load NL is defined as effect of segregating muations on population size at equilibrium. We consider that the evolution of L at a single bi-allelic locus in a sexually reproducing population. We first analyze the deterministic behavior of such a model when considering either deleterious or advantgeous mutations. We find that the timing of selection has an effect on both L and NL, and that prediction of L from the Wright-Fisher model is valid only when mutation and selection occur during reproduction.
Fariello Rico Mara Ins Local score based method on pool-sequenced behaviour-divergent quail lines precisely detected selection signatures related to autism
Detecting genomic targets of selection has been of great interest in general. In domesticated species detecting traits under selection helps to pinpoint interesting characters such as domestication traits or adaption to different environments. These types of traits, sometimes cannot be detected through a direct QTL detection procedure, because sometimes the phenotypes are not sufficiently clear to proceed in such way. With the increasing sequence data available for different species, genome-wide scans for selection gained importance and interest. With the densification of the observed data, more information has being available, but more challenges also. With denser data, we gain information about the linkage disequilibrium (LD). In general, methods that account for LD are computational demanding and require individual information (genotypes at least). A lot of species that have been pool sequenced, instead of individuals alone, to gain genome density, (sequencing instead of low density genotyping). For accounting for LD using methods that are based just in allele frequencies, windowing approaches have been proposed. The problem is that windows have an arbitrary length, that is difficult to optimize, and that different lengths should be considered depending on the genome region, because of heterogeneity in recombination rates along the genome. We propose a local score approach that has been used in sequence alignments techniques to find the best alignment between two sequences locally. The underlying idea is to find regions with an excess of sufficiently high signals, but that in general are not significant alone. This method is really fast, because is not computationally complicated. We tested the local score method in two benchmark species that have been previously tested for selection (sheep and human) and a new quail dataset, that have been divergently selected for social motivation. We have precisely located 4 candidate genes for this trait.
Ressayre Adrienne, Dillmann Christine, Montalent Pierre, Serres-Giardi Laurana, Glmin Sylvain, Joets Johann Large influence des introns sur la composition en nuclotides des gnes chez Arabidopsis thaliana et chez le riz (Oryza sativa)
Les gnomes des plantes comprennent plusieurs dizaines de millier de gnes codants pour des protines dont les squences codantes sont souvent interrompues par la prsence de squences non codantes appeles introns. Les introns sont transcrits mais pisss au cours de la formation ou de la maturation des ARN messagers, ces derniers tant forms de squences non traduites (les UTRs) et de la squence codante de la protine. Nous nous sommes intresss aux consquences de la segmentation des gnes (nombre dintrons et positions des rgions spares par les introns le long des gnes) sur la composition en nuclotides des squences codantes. Les deux espces tudies se caractrisent non seulement par des taux de G+C trs contrasts dans les squences des gnes codants pour les protines mais aussi dans la variance de ces taux entre gnes lintrieur dun gnome. Nous avons cherch dterminer si les introns taient impliqus dans les variations des taux de G+C au sein dun gnome. Dans les deux espces tudies, on observe une dcroissance significative du taux de G+C de la squence codante des gnes en fonction de leur nombre dintrons. Cette dcroissance semble provoqu par lexistence dun gradient en forme de U le long des gnes, li la prsence des introns et modul par leur nombre. Ces variations de composition en nuclotides ne se limitent pas auxsites silencieux des squences codanteset la composition en acides amins des protines varie aussi avec le nombre dintrons. .
Gallet Romain Les niches cologiques de la rsistance aux antibiotiques
Lvolution de la rsistance des pathognes aux pesticides est un thme central en cologie volutive. Deux types denvironnements - avec et sans pesticide - sont gnralement contrasts dans les tudes relatives lvolution de la rsistance, alors quen ralit la diffusion des antibiotiques dans lenvironnement par exemple (cosystme ou corps humain), cre un vaste gradient de concentrations. Cette complexit environnementale jusqu prsent nglige suppose lexistence potentielle de niches cologiques distinctes aux diverses doses dantibiotique. La prise en compte de cette complexit apparait aujourdhui cruciale pour grer lmergence et la dispersion de super-rsistances. Le premier objectif de notre tude consiste prdire leffet de mutations bnfiques dans diffrents paysages adaptatifs le long dun gradient de concentration en antibiotique. Nous avons ensuite tester exprimentalement ces hypothses en dterminant les valeurs slectives de mutants rsistants dEscherichia coli slectionns diffrentes doses dacide nalidixique, un antibiotique de la famille des quinolones, dans des milieux de cultures diffrentes concentrations de cet antibiotique. La confrontation de nos donnes exprimentales nos prdictions thoriques met en avant lexistence de pics adaptatifs disjoints tmoignant de lexistence de plusieurs niches de rsistance correspondant des doses dantibiotiques diffrentes. Nos rsultats montrent galement que diffrentes stratgies de rsistances sont slectionnes diffrentes doses dantibiotique. Finalement nos donnes sont en accord avec une trajectoire adaptative courbe rsultant dun changement de stratgie adaptative en fonction de la concentration en antibiotique.
Villoutreix Romain, Glorieux Cdric, Huynh Stella, Cuguen Jol, Roux Fabrice Htrognit de la slection chez lespce annuelle Arabidopsis thaliana : la variation temporelle nest pas ngliger !
Connatre le type de slection (directionnel, disruptive, stabilisante) et son intensit est crucial pour comprendre et prdire lvolution phnotypique des populations naturelles. Alors que lhtrognit spatiale de la slection est souvent prise en compte notamment dans ltude des processus dadaptation locale, lhtrognit temporelle de la slection est souvent nglige dans la majorit des tudes, pouvant ainsi conduire des scnarios volutifs errons. Cette tude a pour but dtudier lhtrognit temporelle de la slection en utilisant lespce annuelle Arabidopsis thaliana. Nous avons utilis un pool de 800 familles rcoltes dans quatre rgions franaises climatiquement contrastes (Bretagne, Bourgogne, Languedoc, Nord). Ces familles ont t semes sur le mme terrain exprimental (i) suivant deux cohortes de germination au sein dune mme anne et (ii) suivant deux annes en simulant la mme cohorte de germination. Neufs traits phnotypiques (phnologie, croissance vgtative, architecture) ainsi quun estimateur de la fitness ont t mesurs. Les mmes traits phnotypiques sont sous slection dans ces trois environnements. Bien que le type de slection pour un trait phnotypique donn varie peu entre les environnements, lintensit de la slection et la hirarchie de slection entre les traits phnotypiques varient fortement selon lenvironnement et le pool gographique considrs. Une perspective trs intressante de ce travail sera de dterminer si la plasticit phnotypique exprime par nos 800 familles entre ces 3 environnements est adaptative, i.e. les familles les plus plastiques sont-elles celles qui ont la fitness moyenne calcule sur lensemble des environnements la plus leve?
Claude Julien, Auffray Jean-Christophe, Siahsarvie Roohollah La morphologie du contour des dents chez la souris domestique est-elle transmise dune gnration lautre?
Parce quelles sont en gnral souvent prsentes dans le registre fossile, les dents des rongeurs sont depuis trs longtemps utilises par les palontologues comme sources de caractres diagnostiques et systmatiques ou pour tablir des tendances volutives. Certains modles de dveloppement expliquent en partie leur morphologie et les processus molculaires dont dpend leur formation commencent tre connus; malgr cela on ignore presque tout sur la manire dont ces morphologies sont transmises par les parents leur descendance. Un croisement frres demi-frres issus de parents sauvages est tabli dans cette perspective. La variation morphologique du contour des premires molaires infrieures et suprieures est quantifie dans ce travail laide de diffrentes techniques de morphomtrie. Les composantes gntiques et non gntiques sont extraites de cette variation phnotypique pour la forme (multivarie) et pour la taille (univarie). Tandis que la taille des dents apparat comme un trait dont le dterminisme serait fortement gntique, la morphologie du contour semble en partie plastique, et pourrait tre associe des microvariations environnementales lors du dveloppement de lembryon et de la trs jeune souris. Les patrons de variations et de covariations gntiques et non gntiques ne sont par ailleurs pas similaires. Ceci suggre que les contraintes de dveloppement dordre gntique et environnemental ne sont pas les mmes pour la population tudie.
Siahsarvie Roohollah, Auffray Jena-Christophe, Claude Julien Rle de la nourriture sur lhritabilit de la morphologie de la mandibule de la souris : implications volutives
La souris domestique est depuis longtemps un modle pour les tudes de dveloppement et de gntique; par ailleurs la variation de certains traits squelettique de cette espce dans les populations naturelles commence tre bien documente. Cest en particulier le cas de la mandibule. Notre connaissance de lhritabilit des traits composant cette structure est paradoxalement trs incomplte dans les populations naturelles. Ainsi nous avons tabli deux pedigrees issus de populations sauvages pour la souris domestique, lun chez M. musculus musculus et lautre chez M. m. domesticus afin de dterminer dans quelle mesure les covariances et variances phnotypiques de cette structure anatomique dpendaient de la gntique. Dans ces pedigrees, la descendance a t soumise deux types de nourriture (dure et molle) afin dvaluer quel point le paramtre nourriture pouvait modifier de manire pigntique les interactions entre les traits, sachant que la mandibule osseuse est sujette dimportantes interactions avec les muscles de la mastication. Nos analyses indiquent que la mandibule de la souris a une forte hritabilit de la forme et de la taille. Nous montrons, de manire prliminaire, que le remodelage osseux associ au rgime alimentaire lors du dveloppement de la mandibule de la souris domestique peut influencer son hritabilit et son structure gntique. Pourtant, cet effet nest pas identique pour les deux populations tudies. Les variances covariances gntiques chez M. m. musculus semblent plus robustes par rapport aux modifications de rgime alimentaire par rapport M. m. domesticus suggrant que la canalisation gntique a volu, ou tout du moins varie entre populations.
Gonneau Cedric, Noret Nausicaa, Sterckeman Thibault, Sirguey Catherine, Gode Ccile, Frrot Hlne, Pauwels Maxime Structure gntique chez lhyperaccumulateur de mtaux Noccaea caerulescens lchelle rgionale
Une minorit despces vgtales, dites hyper-accumulatrices, est capable daccumuler les mtaux dans leurs parties ariennes des concentrations pouvant dpasser 1% de la matire sche. La nature des pressions volutives pouvant tre lorigine de lvolution de lhyper-accumulation sont encore trs discutes. Les paramtres daphiques, en particulier les concentrations en mtaux dans le sol, pourraient avoir jou un rle important. Ces espces ont un intrt agronomique en vue de la phytoremdiation des sols pollus. Noccaea caerulescens est la principale Brassicace hyper-accumulatrice de mtaux candidate pour la phytoremdiation. La distribution franaise lespce se caractrise par une importante htrognit environnementale, notamment la nature des sols. On constante des variations importantes des capacits daccumulation entre populations. Nous avons souhait dterminer quels taient les facteurs expliquant la distribution actuelle de la variation quantitative de lhyper-accumulation entre les populations, en discutant notamment les rles respectifs de la dmographie et de la slection. Un chantillonnage de 52 stations a t ralis dans 4 massifs franais. Lanalyse de la diversit gntique neutre a t effectue laide de 16 SNP chloroplastiques et 12 microsatellites nuclaires. Les groupes gntiques dtermins par deux mthodes de regroupement diffrentes montrent 3 zones gographiques fortement diffrencies, sans cohrence avec le type daphique. Les diffrents scnarios dmographiques ont t tests par analyse baysienne. Le rle potentiel de la slection a t test en comparant la structure en populations de la variation quantitative de lhyper-accumulation (Qst) avec la structure en populations de la diversit gntique neutre (Fst).
Lopez Valrie, Cte Jessica, Evanno Guillaume, Coutellec MarieAgns, Roussel Jean-Marc Influence de stress environnementaux sur les performances dembryons hybrides de saumon de lAtlantique et de truite commune
Lhybridation interspcifique peut avoir des consquences importantes pour lvolution des espces. Des hybrides viables et fertiles pourraient ainsi contribuer accrotre le potentiel dadaptation des espces parentales face des changements environnementaux. Les organismes tels que les Salmonids sont particulirement sensibles aux variations environnementales lies aux changements globaux actuels. En outre, les hybrides entre la truite commune et le saumon de lAtlantique sont de plus en plus frquemment observs en milieu naturel. Dans cette tude, nous nous sommes intresss aux performances dembryons hybrides truite-saumon face la variation combine de deux stress environnementaux: laugmentation de la temprature de leau et lhypoxie. Les embryons intra- et interspcifiques ont t levs en conditions exprimentales selon quatre traitements de temprature et doxygne dissous. En conditions stressantes, nos rsultats ont mis en vidence une hybridation asymtrique, les hybrides issus de mre saumon ne survivant pas lexprience, et les hybrides issus de mre truite ayant une meilleure survie que les embryons de saumon. La dure dincubation des embryons tait galement plus courte pour les deux types dhybrides que pour les saumons. Enfin, les hybrides issus de mre truite taient ceux qui prsentaient la plus petite taille. Notre tude met en vidence la ncessit de prendre en compte les effets dinteraction entre facteurs environnementaux pour comparer la valeur slective des hybrides et de leurs parents. Dans des conditions environnementales stressantes, il semble quune stratgie des mles saumons visant saccoupler avec des femelles truites puisse tre slectionne sous rserve de la fertilit des hybrides.
Marchant Axelle, Mougel Florence, Jacquin-Joly Emmanuelle, Harry Myriam Transcriptomes chemosensoriel (OBP, CSP) de deux punaises hmatophages vectrices de la maladie de Chagas
En Amrique latine, des punaises hmatophages sont vectrices du parasite Trypanosoma cruzi, responsable de la maladie de Chagas, vritable problme de sant publique. Afin de lutter contre cette maladie, des programmes de contrle par radication chimique des vecteurs ont t mis en place. Cependant, la domiciliation de nouvelles espces est observe. Ce processus de domiciliation, cest--dire de colonisation de lhabitat domestique est amplifi lors de la destruction des habitats sylvatiques des punaises, notamment par dforestation. Le systme chemosensoriel permet aux punaises dinteragir avec leur environnement et dinfluencer leur comportement. Il pourrait donc jouer un rle important dans le processus de domiciliation. Chez les insectes, on distingue deux classes de protines impliques dans le transport des molcules odorantes aux rcepteurs: les odorant-binding protein (OBP) et les chemosensory proteins (CSP). La famille multignique des OBP montrent de fortes variations intra et interspcifiques. Les CSP au contraire sont plus conserves. Aprs extraction dARNs des organes sensoriels (antennes et rostres), le squenage haut dbit (454 et Illumina) a t utilis afin de dcrire le transcriptome chemosensoriel de Triatoma brasiliensis et Rhodnius prolixus. Il a t identifi respectivement chez T. brasiliensis et chez R. prolixus 25 et 27 OBP ainsi que 17 et 19 CSP. Lanalyse phylogntique de ces protines chez les Paraneoptera suggre un processus dvolution plus dynamique pour les OBP et les CSP chez les Triatominae qui pourrait tre li leur adaptation lhmatophagie.
Forcioli Didier, Mallien Cdric, Porro Barbara, Furla Paola Espces cryptiques, Ecomorphes et profils GFP/GFP-like chez un cnidaire
Les protines GFP-like sont responsables des vives couleurs que peuvent revtir les coraux et anmones de mer (Cnidaires). Ces protines sont codes et produites dans les tissus animaux, et leur fluorescence permet didentifier des morphes colors sur le terrain mme. Cependant, le statut taxonomique de ces mophes colors reste encore relativement inexplor ce jour. Ainsi chez Anemonia viridis (synonyme A. sulcata), cinq morphes colors, diffrant par le jeu de pigments exprims, ont t dcrits. Les morphes les plus pigments sembleraient tre plus frquents en basses eaux, ce qui serait cohrent avec le rle anti-oxidatif suppos de ces GFP-like. Mme si des diffrences gntiques ont pu tre trouves localement (en allozymes), les ressemblances morphologiques, hors pigmentation, entre morphes colors sont flagrantes. Nous avons donc entam une tude plus approfondie de la diffrentiation gntique entre morphes colors dAnemonia, en chantillonnant plus largement les deux morphes les plus rpandus (smaragdina et rustica) aux mmes sites en Mditerranne et en Manche, et en dveloppant des marqueurs plus rsolutifs du polymorphisme. En loccurrence, nous avons mis au point des marqueurs microsatellites issus dune banque dESTs dA. viridis obtenue par ailleurs au laboratoire. Nous pourrons ainsi tester si les morphes rustica et smaragdina forment des pools gntiques spars, et donc, si les profils dexpression des protines GFP-like pourraient tre un trait diagnostic des espces cryptiques au sein dAnemonia viridis
Diversits, histoires et connectivits

Boissin Emilie The use of scenario testing in understanding biodiversity patterns
The need to a more robust statistical framework to test among contrasting hypotheses in evolutionary biology has been emphasized over recent years. The development of the coalescent theory coupled with approximate Bayesian computation (ABC) now makes it possible to test complex demographic scenarios, and estimate and compare their likelihood. Here I exemplify the use of such coalescent-based ABC scenario testing in the understanding of biodiversity patterns: both recently human-induced patterns (spread of invasive species) and patterns naturally shaped over evolutionary times (the Indo-Pacific hotspot of biodiversity). Scenario testing is therefore used here (i) to retrace the route of introduction of the invasive woodwasp species Sirex noctilio and (ii) to test for simultaneous divergence among 14 ophiuroid species co-distributed across an intermittent biogeographic barrier. (i) Clustering analyses coupled with scenario testing considered against historical data suggest that the invasion history of Sirex noctilio is much more complex than previously believed, with both independent introductions from Europe and spread among the invaded areas. By also suggesting an as yet un-sampled second source population, the scenario testing drastically altered our understanding of the invasion history of the pest and will have important implications for the strategies employed to fight its spread. (ii) The test of simultaneous divergence applied on the ophiuroid dataset of species spanning the Indo-Pacific barrier did not reveal a single simultaneous event but instead 5 waves of diversifications were most likely. The results are discussed in terms of processes underlying the high biodiversity in the central Indo-Pacific area with a special emphasize on the recurrent effects of past climate changes on community assemblages and the parallel between macro- and micro-evolutionary processes.

Migliore Jrmy, Baumel Alex, Leriche Agathe, Juin Marianick, Diadema Katia, Mdail Frdric Pour une pluralit des mthodes en biogographie : illustrations et nouveaux clairages en Mditerrane
En raison de la diversit des paramtres que la biogographie doit aborder, elle constitue une discipline de synthse qui permet de dgager, parmi la somme des cas particuliers quoffre le monde vivant, certaines lois fondamentales de la distribution des organismes. Etudier lorigine et lvolution de la riche biodiversit vgtale mditerranenne implique ainsi une dmarche pluridisciplinaire. Les approches par enqute et consilience visent rassembler les pices dun puzzle complexe, mlant histoires palogographique et paloclimatique multiples, htrognit des facteurs environnementaux, nature et magnitude de lisolement gographique, auxquelles sajoutent les multiples influences humaines plurimillnaires. Dans ce contexte, une tude multi-marqueurs et multi-chelles a t mene sur un arbuste emblmatique des cosystmes littoraux du pourtour mditerranen, le myrte commun, Myrtus communis (Myrtaceae). Donnes de structuration spatiale des lignes gntiques, donnes fossiles et reconstructions paloenvironnementales ont t combines selon une dmarche phylogographique incluant datation molculaire et reconstruction des aires ancestrales. Nous avons galement confront les patrons de coalescence obtenus chez dautres ligneux de la paloflore mditerranenne aux modlisations de distribution sous diffrents paloclimats. Dans une perspective de conservation biogographique, il est ncessaire de dvelopper des approches comparatives, afin didentifier les zones cls de conservation des paysages aux gnes. Une mta-analyse en cours de ralisation lchelle du hotspot rgional de biodiversit des Alpes maritimes et ligures sattache ainsi identifier les centres de diversit gntique, les voies de migrations des lignes gntiques et les principales barrires aux flux de gnes, afin de dvelopper des analyses de congruence entre diversits spcifique et volutive, visant mieux prendre en compte la conservation multi-facette de la biodiversit.

Fady Bruno Gradients de diversit gntique en Mditerrane : une mta-analyse multi-taxon
Predicting biodiversity patterns of variation across the globe is a fundamental issue in ecology and evolution. Diversity within species, that is, genetic diversity, is of prime importance for understanding past and present evolutionary patterns, and highlighting areas where conservation might be a priority. Using published data on the genetic diversity of species whose populations occur in the Mediterranean basin, we calculated a coefficient of correlation between within-population genetic diversity indices and longitude. Using a meta-analysis framework, we estimated the role of biological, ecological, biogeographic, and marker type factors on the strength and magnitude of this correlation in six phylla. Overall, genetic diversity increases from west to east in the Mediterranean basin. This correlation is significant for both animals and plants, but is not uniformly expressed for all groups. It is stronger in the southern than in the northern Mediterranean, in true Mediterranean plants than in plants found at higher elevations, in trees than in other plants, and in bi-parentally and paternally than in maternally inherited DNA makers. Overall, this correlation between genetic diversity and longitude, and its patterns across biological and ecological traits, suggests the role of two non-mutually exclusive major processes that shaped the genetic diversity in the Mediterranean during and after the cold periods of the Pleistocene: east-west recolonization during the Holocene and population size contraction under local Last Glacial Maximum climate in resident western and low elevation Mediterranean populations.

Marzouk Zined, Aurelle Didier, Said Khaled, Chenuil Anne Phylogographie et structure des populations du Murex mditerranen Hexaplex trunculus en Mditerrane et en Atlantique: approches morphologique et molculaires
Hexaplex trunculus est un gastropode marin trs rpandu en Mditerrane et sur les ctes Atlantiques adjacentes. Cette espce est soumise des pressions slectives leves en raison de la surexploitation de son stock naturel dans certains pays Mditerranens, notamment lEspagne, le Portugal et la Tunisie. Ces facteurs conjugus la faible mobilit de lespce, labsence dune phase larvaire et au rle potentiel de barrires gographiques ou hydrographiques suggrent un niveau lev de structuration des populations, sur lensemble de son aire de rpartition. Afin de vrifier cette hypothse, nous avons ralis une analyse gntique par squenage dun gne mitochondrial (COI) et de lintron du gne DMD (i29) combine une analyse morphomtrique chez 17 populations de H. trunculus des ctes mditerranennes et atlantiques. Les rsultats ont mis en vidence lexistence de variations morphologiques et gntiques significatives entre les populations tudies. Les analyses des donnes molculaires ont rvl une forte diversit haplotypique et une diffrenciation gntique significative entre paires de populations suggrant une forte structuration (0,008 < FST < 0,915) des populations tudies en deux entits gntiques bien diffrencies et isoles lune de lautre par une barrire au flux gnique. Par ailleurs, cet isolement semble tre incomplet. En effet, nos rsultats suggrent lexistence dune zone dhybridation quelque part au niveau du dtroit Siculo-Tunisien o les flux gniques sont maintenus entre les deux groupes. Les analyses morphomtriques ont rvl, quant elles, la prsence de quatre stocks morphologiquement distincts. Cette variation pourrait tre rattache une adaptation aux variations environnementales locale ou une plasticit de dveloppement. La grande diversit gntique observe lors de ce travail est rassurante quant lavenir du stock de cette espce sur les ctes mditerranennes et atlantiques. Cependant, ces populations restent vulnrables et plusieurs facteurs peuvent conduire leurs effondrements tels que la surexploitation, les pidmies et la pollution. Ces rsultats reprsentent une contribution trs importante ltude de la dynamique des populations de cette espce et fournissent une base pour une future gestion des populations de H. trunculus.

Postaire Bautisse, Bruggemann Johann, Bourmaud Chlo, Magalon Hlne Histoire volutive du point chaud de biodiversit marine du SudOuest de lOcan Indien : le cas de la famille des Aglaopheniidae
La biodiversit marine des espaces isols, tels que les les, est principalement le rsultat dune connectivit entre les populations existantes et les vnements de spciation passs ou prsents. Le but de notre tude est destimer le rle des traits biologiques et des vnements gologiques et climatiques dans la mise en place et le maintien de la biodiversit du le SudOuest de lOcan Indien (SOOI), un des 10 points chauds de biodiversit marine. Le groupe zoologique des Hydraires est particulirement intressant pour ce type de recherche car il regroupe des espces aux traits dhistoire de vie divers et contrasts. Le cycle de vie classique comprend une phase planctonique sous forme de mduse. Cependant, des espces ont perdu ce stade au cours de leur volution, les larves tant incubes jusqu maturit (espces incubatrices). De nombreux stades intermdiaires existent entre ces deux extrmes, que lon nomme de manire gnrale mdusode. Cette caractristique pourrait influer sur les capacits de dispersion de ces espces et donc sur leurs patrons de spciation. Notre tude porte sur la famille des Aglaopheniiidae qui comprend actuellement 4 genres et 17 espces dans le SOOI. La plupart des espces de cette famille sont incubatrices, mais certains genres ont conserv un stade mdusode. Nous avons ralis une phylognie base sur un fragment de gne mitochondrial (16S) et trois fragments de gnes nuclaires (calmoduline, 18S et 5.8S) de 168 individus chantillonns travers le SOOI. Nos premiers rsultats ont permis didentifier des clades spcifiques au SOOI, mettant en vidence la biodiversit unique de la rgion. En outre, ils semblent soutenir lorigine indopacifique de la biodiversit marine du SOOI et permettent une clarification de la taxonomie existante. En contribuant la comprhension de la dynamique des populations des organismes de la zone, ces donnes fourniront des lments daide la dcision essentiels pour toute action de conservation, comme la mise en place de rseaux daires marines protges.

Pouget Marine, Baumel Alex, Mdail Frdric Apports de la phylogographie dans ltablissement des priorits de conservation de la flore de basse Provence calcaire : cas de la Sabline de Provence (Arenaria provincialis, Caryophyllaceae)
Plusieurs tudes rcentes montrent que la richesse spcifique est gographiquement peu corrle avec dautres facettes de la biodiversit, comme la diversit gntique, phylogntique ou fonctionnelle. Comme il est difficile, long et couteux de mesurer toutes ces facettes, il est ncessaire de dfinir des indicateurs biologiques ou cologiques. Ces porteurs ( surrogate ) des diffrents niveaux de biodiversit et des processus qui les gnrent, devraient permettre doptimiser la conservation de la biodiversit sur un territoire donn. Dans le cadre des rflexions menes sur les porteurs de la biodiversit, ce travail tente de mieux dfinir ce quapportent les recherches consacres la phylogographie dArenaria provincialis, plante endmique de basse Provence calcaire, en vue de la conservation globale de la flore des milieux rocheux. Nous valuons dune part les diversits spcifique et phylogntique alpha et beta associes la Sabline, notre hypothse tant que des phnomnes historiques aient pu affecter la fois la distribution de la flore et les phnomnes de migration et de persistance de la Sabline. linverse, on peut galement se demander si la protection de zones forte diversit spcifique favorise la conservation de la structure phylogographique de lespce endmique. Nous recherchons dautre part les combinaisons dindicateurs cologiques (htrognit de lhabitat, structures floristiques) qui pourraient optimiser la complmentarit des efforts de conservation en termes de diversit spcifique et de processus volutifs. Ces rsultats pourront tre utiliss pour mieux valuer la pertinence spatiale des aires protges actuelles.

Quillery Elsa, Plantard Olivier InferringTickMovementsattheLandscapeScaleBySnpGenotyping
En Europe, la tique Ixodes ricinus est la principale espce vectrice de maladies vectorielles humaines et animales. Evaluer la dispersion dI. ricinus est une question centrale afin de comprendre lco-pidmiologie de ces maladies mais galement pour mettre au point des mthodes de lutte. La dispersion des tiques est principalement due aux mouvements des htes. Toutefois, ces htes, dune grande diversit, ont des capacits de dispersion trs variables et leur contribution relative est inconnue. La gntique des populations, par lvaluation des flux de gnes, permet destimer la dispersion des tiques. Cependant les marqueurs dvelopps jusqu prsent (3 jeux de microsatellites-soit au total une trentaine de loci prsentent dimportants dficits en htrozygotes ainsi que des allles nuls, induisant des biais dans les tudes de gntique des populations. Afin de pallier ces problmes, nous avons dvelopp un set de SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms), pour lesquels lidentification du gnotype est facilit par le caractre bi-alllique de ces marqueurs. Nous avons effectu un squenage dune partie rduite de son gnome utilisant le 454 de Roche afin disoler 384 SNPs. Enfin, 500 nymphes collectes dans un paysage (avec des forts, des haies et des pturages) en Bretagne ont t gnotypes par le systme Fluidigm. Les premiers rsultats concernant lanalyse de la variabilit des tiques une telle chelle locale rvlent une forte diffrenciation gntique entre les tiques chantillonnes dans le cur dune fort et celles chantillonnes dans des haies. Des diffrences microclimatiques ainsi que les diffrences dans la prsence des diffrentes espces htes utilises par les tiques pourraient tre responsables de la divergence gntique observe. Lensemble de ces tiques seront analyses, afin didentifier lhte utilis pour son repas de sang prcdent et pour rechercher des agents pathognes. Il sera donc possible de rechercher des associations prfrentielles entre un gnotype et un hte ou un agent pathogne particulier.

Morel Journel Thibaut, Girod Pierre, Mailleret Ludovic, Vercken Elodie Effect of Propagule Pressure and Connectivity of the Introduction Site on the Invasion of an Experimental Discrete Landscape
La capacit dindividus stablir et prolifrer dans une nouvelle aire gographique est un aspect essentiel de ltude des populations introduites. Laire envahie sapparente gnralement une mosaque de micro-habitats favorables ou non lespce introduite (appele paysage), dans lequel elle peut disperser. Ltablissement et la dispersion des populations introduites dpendent de facteurs tels que le nombre dindividus introduits (la pression de propagule) et la connectivit du site dintroduction avec le reste de laire envahie. Une pression de propagule forte augmente les chances dtablissement des populations introduites en rduisant leur sensibilit des mcanismes de densit-dpendance positive (effets Allee, stochasticit dmographique). Une connectivit importante du site dintroduction au le reste du paysage peut faciliter lexpansion, mais risque de dstabiliser la population initiale cause de lmigration associe. Afin de mieux comprendre limpact de ces facteurs, nous avons reproduit en laboratoire des invasions de Trichogramma chilonis dans des paysages linaires. Nous avons tudi leffet de la pression de propagule (deux effectifs initiaux) et la connectivit du paysage (colonisation dans une ou deux directions) sur deux souches gographiques diffrentes dans leurs performances ltablissement. Les rsultats indiquent une phase de croissance de la population initiale avant lexpansion travers le paysage. Conformment aux attendus, la connectivit du site dintroduction augmente la vitesse de linvasion et favorise les extinctions locales dans le cas dune pression de propagule faible. Les diffrences defficacit entre les souches suggrent lexistence de traits gntiques favorables linvasion.

Gelin Pauline, Bigot Lionel, Magalon Hlne Connectivit du corail Pocillopora eydouxi dans le Sud-Ouest de lOcan Indien : un dfi taxonomique
Les rcifs coralliens sont menacs par les pressions anthropiques et les changements globaux. Les capacits de rsilience des rcifs coralliens dpendent largement des capacits de dispersion et de colonisation des coraux. Nous nous sommes intresss lun des constituants majeurs des rcifs du Sud-Ouest de lOcan Indien (SOOI), le corail Pocillopora eydouxi. Cette espce branchue est abondante et bien distribue dans tout lIndoPacifique. Le but de cette tude fut destimer la connectivit de 9 populations (340 colonies) chantillonnes sur la pente externe de trois les du SOOI (Runion au Sud-Est de Madagscar, Europa au Sud du canal du Mozambique et Tromelin au Nord-Est de Madagascar) grce lutilisation de 9 loci microsatellites. La distance entre les paires de populations varie de 2 1600 km. Les 9 populations prsentent un important dficit en htrozygotes (FIS = 0.247-0.415***). Parmi toutes les paires de populations, peu de diffrenciation gntique a t observe (FST = 0-0.07). Seules les populations de Tromelin sont diffrencies des autres (FST moyen = 0.037**), mais aucun patron disolement pas la distance na t identifi. Les tests dassignement, bass sur des statistiques bayesiennes, montrent parmi lensemble des individus de P.eydouxi lexistence de quatre groupes gntiques distincts. Ces derniers sont fortement diffrencis (FST = 0.129-0.236) mais ne prsentent aucune corrlation avec lorigine gographique des individus. Ainsi, lexistence de ces groupes pourrait tre lie lexistence despces cryptiques au sein du morphotype de P.eydouxi ou des phnomnes dhybridation entre diffrentes espces du genre Pocillopora. Tous ces rsultats nous permettent de nous interroger sur la taxonomie du genre, base essentiellement sur des critres morphologiques.

Muths Delphine Connectivit de populations de poissons rcifaux dans le SudOuest de lOcan Indien
Genetic studies constitute an indirect mean to determine effective dispersal, that remains an important component of marine biodiversity protection and therefore in Marine Protected Areas delineation at a regional scale. However, single-species and single-marker studies are clearly insufficient to be used by managers. The present study aim to compare results of connectivity pattern obtained on three reef fish species (E. merra, L. kasmira and M. berndti) with two genetic markers. Each species was sampled in more than 10 localities of the South-West Indian Ocean (SWIO), with a total of 350 to 650 fishes collected per species and analyzed with both mitochondrial sequencing and microsatellite genotyping. Even if each species present its own genetic structure (e.g. higher level of differentiation for E.merra than for the 2 other species, that could be here related to history traits of life of each species), some shared spatial pattern of differentiation are observed within the SWIO. The isolation of some localities could be explained by geographical distance, biogeographical boundaries and important hydrodynamic fronts. These results are partly consistent with previously reported isolation in other reef species of the SWIO. This study thus gives some crucial information about fish connectivity that could be used by managers to elaborate an efficient MPA network for the SWIO.

Weber Alexandra, Sthr Sabine, Chenuil Anne Comparaison de la structure gntique dans le complexe despces Ophioderma longicauda: influence de la capacit de dispersion sur la connectivit et la diversit gntique.
Les ophiures Ophioderma longicauda forment un complexe despces intressant pour mettre en vidence les consquences du mode de reproduction sur la structure et la diversit gntique car il prsente des lignes mitochondriales qui produisent des larves planctoniques (L1-L5-L6) et des lignes qui incubent leur progniture et prsentent un dveloppement direct (L2-L3-L4) tabli au cours dun suivi de terrain. Les lignes sympatriques et syntopiques L1 et L3 sont diffrencies pour les deux marqueurs nuclaires tests, ce qui indique un isolement reproducteur, soutenu par des diffrences biologiques. La dispersion est donc potentiellement contraste entre ces lignes. La diversit gntique tait plus leve pour deux marqueurs (squences mitochondriales de COI et marqueur codominant microsatellites issu de lintron i51) chez les dispersants, et lanalyse globale des transcriptomes de L1 et L3 a confirm cette diffrence de diversit gntique. Lanalyse de ces deux marqueurs sur 829 individus a montr des haplotypes majoritaires partags entre les trois bassins mditerranens et lAtlantique pour la ligne L1, mais une diffrenciation entre populations cre par des diffrences de frquence. De faon contraste, les trois lignes incubantes L2-L3-L4 ont montr une trs forte structuration gntique, avec des haplogroupes privs certaines rgions et les, et des diffrenciations gntiques importantes mme entre populations distantes de 1 km seulement. Le marqueur nuclaire i51 tait monomorphe pour les trois lignes incubantes, indiquant une perte de diversit gntique importante lexception dune population de Tunisie. En Crte, lanalyse compare de six populations prsentant chacune un mlange de lignes L1 et L3 (distantes de un 300 km) a permis destimer que le nombre de migrants tait dcupl par la phase larvaire.
Posters
Marchi Nina, Georges Myriam, Romain Laurent, Aldashev Almaz, Hegay Tatiana, Mennecier Philippe, Balaresque Patricia, Sgurel Laure, Heyer Evelyne Y chromosome genetic diversity in Central Asian human populations
Using genetic data of males from different ethnic groups that Heyers team collected in Central Asia, in addition to data from the literature, we aimed at understanding better the demographic history of particular Central Asian ethnic groups, from a male perspective. First, we described the Y chromosome genetic diversity of populations using several genetic estimators. Then, we addressed how ethnicity influenced the shaping of genetic differences in Central Asian human populations. Our results showed that the genetic differences between Central Asian populations were mostly explained by their geographical distances and that pastoralist populations were less genetically diversified than farmer populations. Structure of genetic diversity explored for ethnical groups shown more differences between populations within the same ethnic group than between ethnic groups. We resolved the phylogenetic tree and demographic history of each ethnic group, finding older ages of the group than what is described in historical records, lending Barths integrationist model of ethnic groups and less genetic differentiation in farmer group than in pastoral groups maybe due to identity cores structure of pastoralists. As Central Asia is a vast region, we considered separately the West and East of this area. We showed a genetic continuity of ethnicity for ethnic groups that exist in both Western and Eastern Central Asia, therefore geographically separated, and of mode of subsidence: pastoralists from West and East Central Asia had the same pattern of genetic diversity.
Glin Pauline(, Riou Antoine, Collet Adeline, Fauvelot Ccile, Magalon Hlne Approche gntique de la colonisation des rcifs de la Runion par un poisson chirurgien (Acanthurus triostegus)
La rsilience des rcifs coralliens dpend fortement de la capacit des organismes rcifaux coloniser et survivre, et maintenir ainsi les rcifs connects. Le but de cette tude est de mieux comprendre, grce la gntique des populations, le modle de recrutement spatio-temporel fine chelle dun poisson chirurgien, Acanthurus triostegus. Cette espce est bien reprsente dans les rcifs de lIndo-Pacifique et parat tre un bon modle pour tudier la variabilit du succs reproducteur chez les organismes marins. Ainsi, des post-larves ont t captures laide de piges lumineux sur deux sites de la Runion, spars de 20 km. Les captures se sont droules sur deux ans, de mars 2011 fvrier 2013. Au total, 520 post-larves ont t captures. Lchantillonnage a t divis en plusieurs groupes emboits: chaque site peut tre divis selon 4 saisons de reproduction (dure moyenne: 3 mois), puis 17 campagnes de pche (6 jours autour de la nouvelle lune), et enfin 64 jours de capture (lorsque le nombre dindividus tait suprieur 25). La diffrenciation gntique des populations des post-larves a t value grce 14 loci microsatellites.
Leys Marie, Keller Irene, Rsnen Katja, Robinson Christopher Fine-scale genetic structure of an aquatic insect (Ephemeroptera, Baetis alpinus) in glacier-fed and spring-fed alpine streams
Alpine stream ecosystems are highly dynamic and show pronounced ecological variation at small temporal and spatial scales. Due to glacial runoff, summer conditions are often harsh (cold, turbid, unstable) in glacial main-streams, whereas conditions in spring-fed tributary streams remain more stable. To gain insight to the underlying processes influencing intraspecific diversity of alpine stream taxa, we investigated the fine-scale population genetic structure of a common alpine stream-dwelling mayfly,
Baetis alpinus, among streams with contrasting glacial and groundwater hydrology in four Swiss headwater basins. Using Bayesian clustering and multivariate methods on 10 microsatellite loci, we found three highly differentiated lineages, which occur sympatrically over broad spatial scales with no obvious geographic pattern. However, the frequency of the different lineages varied strongly at very small geographical scales. In addition to explore whether particular lineages are associated with particular environments, the cryptic genetic variation observed in this broadly distributed morpho-species highlights the need to understand the causes and consequences of cryptic species diversity in alpine stream taxa.
Pratlong Marine, Aurelle Didier, Postaire Bautisse, Magalon Hlne Structure gntique des populations de lhydraire incubant Macrorhynchia phoenicea lchelle de lle de la Runion et du SudOuest de locan Indien
La question de la connectivit est au cur des problmatiques dcologie, de biologie et de conservation. Elle permet dapprhender les flux de gnes et leurs barrires passes ou actuelles, destimer les flux de migrants contemporains et donc les capacits de dispersion et de recolonisation dune espce. Les hydrozoaires sont des organismes trs peu tudis de ce point de vue. Ils offrent pourtant dimportantes opportunits danalyse de la connectivit pour des espces proches prsentant des cycles de vie trs diffrents. Nous avons tudi ici la connectivit entre plusieurs populations de Macrorynchia phoenicea, un hydrozoaire incubant faibles capacits de dispersion. Neuf marqueurs (dont six EPICs) ont t tests sur Macrorhynchia phoenicea ; deux dentre eux ont t retenus pour les analyses populationnelles (ITS et EV3) sur quatre populations la Runion. Ces populations sont diffrencies pour les deux marqueurs, ce qui indique une structuration courte distance, inhabituelle pour une espce marine. Ces donnes sont cohrentes avec la biologie de lespce tudie. Les rsultats de structure gntique obtenus ne sont globalement pas comparables entre les marqueurs. A lchelle rgionale du Sud-Ouest
de locan Indien, la structure gntique obtenue avec ITS prsente une certaine cohrence gographique, ce qui nest pas le cas pour EV3, marqueur plus variable mais mettant en vidence une structure gntique moins forte. Ces rsultats soulignent limportance de lutilisation de plusieurs marqueurs de prfrence avec des vitesses dvolution diffrentes.
Suez Marie, Parichault Stphane, Vignon Vincent, Higuet Dominique Effet de lanthropisation sur les populations de Cervus elaphus en le-de-France
En Ile-de-France, au cours des 60 dernires annes le dveloppement des zones urbaines et des axes routiers et ferroviaires a fragment lhabitat des cerfs laphe (Cervus elaphus). Daprs des observations naturalistes cela se traduirait par la formation de 7 noyaux de population dans le Sud au lieu des deux existants, alors que dans le Nord il y en aurait peut-tre deux au lieu dun. Dans le cadre de ltude des consquences de lanthropisation sur les populations de cerfs en Ile-de-France, nous avons voulu tester si dans ce court laps de temps les populations prsentaient une structuration gntique forte due la fragmentation de lhabitat. Cette tude est ralise en partenariat avec la socit Cofiroute, le Parc Naturel Rgional de la Haute Valle de Chevreuse, et lOffice de Gnie Ecologique. Lchantillonnage de chacune de ces populations est effectu par les chasseurs des diffrentes fdrations couvrant lensemble de nos zones dintrts. Cet chantillonnage est ensuite complt par des fces prleves sur le terrain. Dans ce cas lespce correspondante et le sexe sont dtermins en utilisant respectivement le gne mitochondrial de la cytochrome oxydase I, et le gne de lamlognine. Lanalyse gntique est ralise en utilisant 38 locus microsatellites dessins chez les Bovidae (groupe frre des Cervidae), dont 32 ont dj t utilis chez le cerf laphe. Parmi ces locus, 11 permettent de dterminer dventuels hybrides entre le cerf laphe et le cerf sika, Cervus nippon, introduit en Ile-de-France en 1890 du Japon. Nous prsenterons les rsultats de ltude pilote qui porte sur 100 individus, issus de la chasse, provenant uniquement du Sud de lle-de-France.
Valette Victorien, Johnson Monique, Bech Nicolas, Grandjean Frdric Characterization and dynamics of multifonctions of feminizing Wolbachia strains in natural populations of the terrestrial isopod Armadillidium vulgare
Maternally inherited Wolbachia (Proteobacteria) are widespread parasitic reproductive manipulators. A growing number of studies have described the presence of different Wolbachia strains within a same host. However, to date, no naturally occurring multiple infections have been recorded in terrestrial isopods. Traditionally, Wolbachia are detected by PCR amplification of the wsp gene and strains are characterized by sequencing. The presence of nucleotide deletions or insertions within the wsp gene, among three different strains, provides the opportunity to test a novel genotyping method. Herein, we describe this methodology that allows the detection of multi-infections in Armadillidium vulgare. Experimental injections of Wolbachia strains in Wolbachia-free females were used to validate the methodology. We re-investigated, using this novel method, the infection status of 40 females sampled in 2003 and previously described as mono-infected based on the classical sequencing method. Among these 40 females, 29 were identified as bi-infected females. It is the first time that multiple infections of Wolbachia in A. vulgare are detected in nature. Additionally, we resampled 6 of the populations investigated in 2003 in order to evaluate the dynamics of these multi-infections over time. Our results suggest that bi-infection is a transitory phase towards the fixation of the most virulent bacterial strain.
EchEch-Chaouny Rahma, Bouziane Hassan Etude de la Biodiversit des Macromyctes dans le massif forestier de Bouhachem et le massif forestier de Tanghaya-Kourt
Au Maroc, sous des conditions climatiques typiquement mditerranennes, nos forts en particulier, celles du Rif situes essentiellement dans les par-
ties les bien arross, constituent de vritables biotopes pour le dveloppement des champignons. Concernant la mycologie, les donnes actuellement disponibles pour le Maroc demeurent, malgr les travaux entrepris, ltat embryonnaire, si on les compare aux informations recueillies sur les plantes vasculaires. Dans le but dlaborer une liste la plus complte de la flore fongique du Maroc, et contribuer une meilleure connaissance de la diversit mycologique des forts Marocaines, Nous avons entam dans le cadre de la prparation de thse, une tude des champignons suprieurs dans le massif de Bouhachem qui est retenu par ladministration forestire, depuis 1995, en tant que Site dIntrt Biologique et Ecologique (SIBE), et le massif forestier de Tanghaya-Kourt. Aprs chaque priode de prcipitation, condition favorable lapparition des Basidiocarpes et les Ascocarpes, des excursions ont t ralises dans diffrents biotopes de la zone dtude. Aprs lchantillonnage au terrain, une identification systmatique des espces recueillies a t ralise laide des cls de dtermination. Notre travail a permis dinventorier une centaine despces identifies et dcrites pour les deux sites, parmi elles, il y en a certaines qui ont t cites et dcrites pour la premire fois dans la rgion du Rif, venant enrichir la biodiversit mycologique rifaine.
Bouksir Hajar, Riadi Hassane Composition et structure de la communaut dalgues marines bentiques du substrat rocheux de Cabo Negro
Le Maroc est un pays Nord africain trs influenc par la mer, il est ouvert sur deux faades maritimes, Atlantique et Mditerranenne, qui stendent sur 3500 Km. Les premires investigations sur la flore marine benthiques furent tablies par P.K.A. Schousboe, pionnier de lalgologie au Maroc, entre 1815 et 1829 rvise et publie par BORNET en 1892. A lchelle globale, les orientations actuelles font des algues des espces importantes pour la surveillance de ltat du littoral et particulirement en mer mditerrane. Dans ce sens, nos tudes constituent une contribution la connaissance de la composition et la structure du peuplement algal benthique du substrat rocheux du site de Cabo Negro situ en mditerrane occidentale marocaines
et qui est soumis dimportantes activits halieutiques et touristiques. Lchantillonnage t ralise priodiquement entre mars 2011 et mars 2013. Un total de164 espces a t recens (28 Chlorophyceae, 29 Phaeophyceae et 107 Rhodophyceae). Ltude de la structuration de la phytocnose algale a montr des valeurs leves des taxa affinit photophile au sens large notamment au niveau du recouvrement moyen global, la dominance par rapport au recouvrement et la dominance qualitative.. Ltude a permis aussi un apport de 11 nouvelles espces pour la flore algale du Maroc.
Kamenova Stefaniya Molecular high-throughput analysis of diet spectrum of an emblematic bird species, the stone curlew (Burhinus oedicnemus)
Beyond the production service that agroecosystems provide to man, they also provide a habitat to a large number of emblematic species, often threatened. Their protection is rarely taken into consideration in current management strategies of agroecosystems. Stone curlew (Burhinus oedicnemus) is one of many bird species strongly declining in Western European agricultural landscapes. In France, this species has lost 96% of its population in the laps of thirty years. Agricultural intensification is frequently designed as a major cause for this spectacular decline. However, the mechanisms involved are not completely elucidated, primarily because little is known about stone curlew biology, in particular about its diet and trophic preferences. In this context, we developed molecular approach to study stone curlews diet, hypothesizing that diet spectrum and diet preferences are key factors for conservation management of Burhinus oedicnemus threatened populations. 21 fresh feces were collected in 2011 from the French population in the department of Deux-Svres. Prey DNA was PCR amplified and 454 sequenced. We adopted a without a priori approach using two 16S general primer sets for arthropods/mollusks and earthworms, one 16S specific primer set for ground beetles, one universal COI primer set and one universal chloroplastic primer set (trnL) for plants in order to identify exhaustively stone curlew regime.
Malfant Marine, Dabat Pivotto Isabelle, Topcu Nur Eda, Aurelle Didier Phylogographie et histoire volutive des gorgones du genre Eunicella en Mditerrane : horizons dmographiques et paysages inter-spcifiques
Les cosystmes marins ont t et sont affects par les changements climatiques passs et actuels. Rtrospectivement, les espces marines benthiques de Mditerrane ont t soumises aux fluctuations du niveau marin et de temprature lors des alternances glaciaire / interglaciaire. Plus rcemment des pisodes de mortalits massives ont t observs en Mditerrane Nord-Occidentale en 1999, 2003 et 2006. Ces augmentations de temprature ont conduit une forte mortalit par ncrose de diverses espces benthiques dont des octocoralliaires. Ces observations nous interrogent sur la rponse des octocoralliaires aux fluctuations environnementales passes et actuelles et sur le devenir des gorgones dans un contexte de changement climatique. Afin dtudier limpact des fluctuations environnementales sur la dynamique et lvolution des populations de cette espce nous avons entrepris une tude de phylogographie. Le but est dtudier lhistoire volutive de populations dune espce benthique issues de recolonisation post-glaciaire ainsi que dtudier la connectivit entre populations et environnements contrasts. Lobjet dtude est la gorgone Eunicella cavolinii endmique de Mditerrane. Elle a t fortement impacte par des mortalits massives dans la baie de Marseille entre 10 m et 40 m de profondeur avec une variation du taux de mortalit entre profondeurs. Deux marqueurs EPICs spcifiquement dvelopps chez cette espce ont t appliqus des populations provenant de la baie de Marseille des profondeurs de 20 m et 40 m, ainsi que des populations loignes (Corse et Turquie), et deux espces proches: Eunicella verrucosa et E. singularis. Les trois espces ne sont pas bien diffrencies par les marqueurs utiliss. Ce rsultat suggre des phnomnes dhybridation, dintrogression ou de rtention de polymorphisme ancestral. Lhistoire dmographique reconstitue des populations de la baie de Marseille suggre une relative stabilit deffectif sur une priode ancienne, rvlant un faible impact des fluctuations climatiques passes.
Manon Lounnas, A.C. Correa, A. Vazquez, A. Dia, J.P. Pointier, S. Hurtrez-Bousss Genetic variability in Native and Invasive Populations of Pseudosuccinea columella (Pulmonata : Basommatophora)
Biological invasions not only pose problems to the invaded community but also to the invader itself. One of these problems is the reduced genetic variability of introduced populations. In the context of host-parasite interactions, low genetic variability in host populations can increase susceptibility to parasites. We here study Pseudosuccinea columella, an hermaphroditic freshwater snails known to act as intermediate host of the liver fluke, Fasciola hepatica. Using eight microsatellites, we screen the neutral genetic diversity of 80 populations of P. columella, including five resistant populations, from different continents. We test the hypothesis that introduced populations have lower genetic variation than native populations. Our results indicate that most introduced populations of P. columella, as distant as South America, the Caribbean region, South Africa, Madagascar, the Indic Ocean and the pacific Islands, bear the same multi locus genotype, suggesting a common path to invasion by very few individuals, probably only one. In contrast, some populations from Colombia have genetic diversity as high as the diversity found in the original area (USA), suggesting repeated introductions. Remarkably, resistant populations have a different genetic make up. We discuss the implications of these results for the expansion of fasciolasis.

Communications PPD2013 Print

Încărcat de

Informații document

Drepturi de autor

Formate disponibile

Partajați acest document

Partajați sau inserați document

Opțiuni de partajare

Vi se pare util acest document?

Este necorespunzător acest conținut?

Drepturi de autor:

Formate disponibile

Communications PPD2013 Print

Încărcat de

Drepturi de autor:

Formate disponibile

35 me runion annuelle du groupe dEtude de Biologie et Gntique des Populations

Diversits, histoires et connectivits

Diversits, histoires et connectivits

Diversits, histoires et connectivits

Diversits, histoires et connectivits

Diversits, histoires et connectivits

Diversits, histoires et connectivits

Diversits, histoires et connectivits

Diversits, histoires et connectivits

Diversits, histoires et connectivits

Diversits, histoires et connectivits

Diversits, histoires et connectivits

S-ar putea să vă placă și