ndice

Nota de abertura
Domingos Fernandes

...........................................5

Biologia / Didctica da Biologia

Cultura in vitro de plantas
Manuel Pedro Fevereiro e Lucinda Neves

.......................6

...............................9

H. Gil Ferreira

Ensino Experimental da Biologia . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13

Geologia / Didctica da Geologia

Filomena Amador

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16

O ciclo geolgico de James Hutton . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19

Fsica / Didctica da Fsica

J. M. B. Lopes dos Santos

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26

Porque que a Lua no cai? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29

Qumica / Didctica da Qumica . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36

Na sala de jantar com a qumica Elvira Callapez e Paulina Mata . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39 Qumica computacional
Fernando M. S. Silva Fernandes

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55

Didctica das Cincias

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76

Contributos para uma utilizao mais fundamentada do trabalho laboratorial no ensino das cincias Laurinda Leite . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79 3

Qumica computacional
Uma seta na direco do sculo XXI
Fernando M.S. Silva Fernandes

1. Introduo
A maioria dos trabalhos de rotina e de investigao em Qumica partilha um problema comum: a manipulao e a reduo de uma quantidade muito grande de dados de modo a extrair deles a informao crucial que conduza resoluo de questes concretas e a decises acertadas, em reas fundamentais ou de aplicao imediata. O advento de instrumentos controlados por computadores tornou possvel um tal aumento de aquisio de dados que mesmo o pessoal de laboratrio mais treinado e competente no tem capacidade para extrair desses dados, por meios tradicionais, as informaes importantes. De facto, a razo de ser desses instrumentos desapareceria sem a aplicao de mtodos computacionais para o tratamento e reduo dos dados. Actualmente, os qumicos orgnicos e inorgnicos realizam uma vasta srie de snteses qumicas. Os grupos de investigao farmacutica testam milhares de potenciais medicamentos. Os bioqumicos e bilogos analisam longas cadeias de aminocidos em diferentes molculas vitais. Os analistas comparam enormes bases de dados de espectros ou trabalham em imagens multidimensionais produzidas por espectrmetros sofisticados. Os qumicos tericos, com base nos princpios unificadores das Mecnicas Quntica, Clssica e Estatstica produzem quantidades enormes de resultados a partir de modelos cada vez mais sofisticados. Em complexos industriais, milhares de procedimentos so manipulados, monitorados e alterados de modo a encontrarem-se os melhores requisitos de controlo, tendo em conta os aspectos ecolgicos e econmicos. A formao cientfica dos qumicos actuais no ficar completa sem uma ateno sria s tcnicas de computao cientfica. Assim, os professores tm a 55

Quimica
Cadernos Didcticos de Cincias

responsabilidade de expor s novas geraes de qumicos o poder de mais um instrumento de laboratrio insubstituvel: o computador. claro que a aplicao de qualquer instrumento cientfico deve ser julgada de acordo com o projecto ou estudo a realizar. O computador no excepo. Apenas ser um instrumento til quando usado com senso em aplicaes para as quais esteja bem adaptado. Isto significa que a apreciao das possibilidades e limitaes do computador deve acompanhar a aprendizagem das tcnicas de computao cientfica. A aprendizagem e divulgao das tcnicas de computao em Qumica fundamental de modo a que os qumicos sejam capazes de realizar manipulao de dados e modelao, resolvendo os problemas pelo caminho que eles efectivamente desejem, sem ficarem dependentes de um menu que os produtores de software, eventualmente, forneam. Isto no significa, de modo algum, que o software orientado para o utilizador, fornecido com os computadores, ou adquirido comercialmente, seja intil. Pelo contrrio, em muitas ocasies, ele oferece a nica possibilidade de se resolver um problema de rotina em tempo til. Contudo, o ponto essencial que o trabalho mais importante de um qumico comea aps o tratamento inicial e rotineiro dos seus dados. A compreenso dos fundamentos dos mtodos computacionais fundamental para uma continuao bem sucedida da sua investigao. Os procedimentos que se seguem tm de ser programados, os arquivos de dados manipulados e os resultados avaliados, transformados, projectados, comparados, visualizados e arquivados. No existe software comercial que oferea tudo o que um qumico pretende. Aps esgotar as opes do software comercial os qumicos s podem contar com eles prprios. Os cdigos fonte desse software no esto normalmente disponveis. Assim, os qumicos no podem reprogram-los, ou executar alteraes, sendo forados a partir do princpio. Mas, mesmo que esses cdigos sejam disponibilizados, imprescindvel um conhecimento dos mtodos computacionais envolvidos, de modo a executar alteraes nas respectivas rotinas. Finalmente, a outra razo fundamental para que os qumicos dominem os mtodos computacionais de tratamento de informao e de modelao a capacidade para avaliarem o software fornecido com os instrumentos laboratoriais. Infelizmente, a documentao que os acompanha , tipicamente, insuficiente, inconsistente e com enormes falhas nos fundamentos. Nos manuais, as operaes de entrada/sada, opes e formatao dos dados so mal des56

Qumica computacional

critas e no contm sugestes sobre os algoritmos, frmulas ou modo como as rotinas executam as tarefas. Os utilizadores confrontam-se com os resultados finais tal como eles so impressos. As limitaes dos mtodos utilizados, as simplificaes e assunes realizadas antes e durante os procedimentos, os erros expectveis ou a possibilidade de se aplicarem outras tcnicas no so, em geral, mencionados. E, afinal, todos esses detalhes so cruciais para estimar a credibilidade dos resultados.

2. Qumica Computacional
Sob o nome de Qumica Computacional entende-se, de um modo geral, o domnio dos mtodos computacionais aplicados Qumica. Dado que existe um largo nmero de procedimentos computacionais, a Qumica Computacional apresenta-se como um domnio interdisciplinar, ramificando-se pelas diferentes reas em que, tradicionalmente, costume dividir a Qumica (Qumica-Fsica, Qumica Orgnica, Qumica Farmacutica, Bioqumica, Qumica Inorgnica, Qumica Analtica, Qumica Tecnolgica, etc.) e, tambm, pela Cincia dos Computadores. Nos ltimos 25 anos muitas das reas de aplicao da Qumica Computacional sofreram um desenvolvimento significativo devido ao aparecimento de novos computadores, de software sofisticado e de uma melhor compreenso dos princpios bsicos. O potencial oferecido pela actual tecnologia de hardware e software teve como consequncia o desenvolvimento de uma grande variedade de tcnicas para clculos numricos e simblicos. Esses mtodos abriram muitas reas de aplicao e o aumento espectacular do potencial da referida tecnologia torna a Qumica Computacional um dos domnios interdisciplinares mais promissores na direco do sculo XXI. A Qumica Computacional um vector na direco da unificao. Ao identificar-se como um domnio interdisciplinar com base num omnipresente instrumento laboratorial - o computador -, a ferramenta capaz de tratar simultaneamente a modelao quntica e clssica, a geometria e a informao qumica. Esta caracterstica essencial e, porventura, nica fez surgir uma nova comunidade cientfica baseada na habilidade do computador para resolver problemas qumicos e na reunio de cientistas de diferentes reas, tradicional57

Quimica
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mente separadas. A interaco entre eles tem conduzido a realizaes cientficas e tecnolgicas de grande importncia, bem como ao estmulo de novas geraes de jovens investigadores. As bases da interpretao de todos os fenmenos qumicos residem nos princpios unificadores das Mecnicas Quntica, Clssica e Estatstica e da Geometria (melhor dizendo, das Geometrias), sejam quais forem as reas tradicionais da Qumica: Inorgnica, Orgnica, Qumica-Fsica, Qumica Analtica, Bioqumica, etc. Essas bases esto, actualmente, bem estabelecidas e conduzem a clculos qunticos que englobam problemas to importantes como a reactividade qumica, espectroscopia, mecnica e dinmica moleculares. As simulaes qunticas e clssicas, baseadas nos mtodos de Monte Carlo, dinmica molecular e dinmica browniana, so ferramentas indispensveis no estudo dos estados slido e lquido, de misturas de sistemas simples e complexos, assim como no teste de potenciais, intra- e intermoleculares, e de teorias mecnico-estatsticas. Adicionalmente, como se referiu atrs, qualquer dessas reas, quer numa perspectiva fundamental, quer numa perspectiva de aplicaes bioqumicas e tecnolgicas, confronta-se, actualmente, com o problema do tratamento de quantidades brutais de informao. Esse problema pode, tambm, ser resolvido de uma forma unificada no mbito da Qumica Computacional. Assim, os mtodos de aquisio e processamento de dados com vista obteno de concluses finais, ou de decises vitais, so actualmente um dos objectivos da Qumica Computacional. Esses mtodos so, normalmente, catalogados sob nomes sonantes como Quimiometria, Redes Neuronais, Sistemas Inteligentes, Algoritmos Genticos, Geometria Fractal, Grafismo Molecular, etc. As enormes bases de dados de compostos qumicos - mais de 14 milhes de compostos esto actualmente identificados e registados -, acompanhadas de dados obtidos por variadssimas tcnicas (Infravermelho, Raman, RMN, Espectrometria de Massa, Cromatografia, etc.) e de outras informaes especficas, s podem ser manipuladas, de uma forma unificada, pela presente tecnologia computacional. A manipulao dessas bases de dados conduz resoluo de uma enorme gama de problemas: planeamento de snteses, relaes quantitativas de estrutura-reactividade, projeco de potenciais electrostticos, anlise de dados espectroscpicos, reconhecimento de estruturas qumicas, anlise de populaes, etc. 58

Qumica computacional

Finalmente, a Qumica Computacional tornou-se parte da investigao e desenvolvimento industrial. As alteraes econmicas e tecnolgicas na indstria qumica, provenientes da necessidade de novos produtos e requisitos para controlo de custos e processos qumicos aceitveis sob o ponto de vista econmico e ecolgico, apresentam oportunidades extremamente importantes para a Qumica Computacional. O desenvolvimento de novos medicamentos, drogas e materiais est fortemente dependente dos mtodos computacionais. Assim, o sucesso futuro da indstria qumica, como uma das geradoras importantes de empregos, est directa e criticamente dependente dos desenvolvimentos da Qumica Computacional. Nada ilustra melhor a situao do que o estado presente do desenvolvimento de novos medicamentos. Actualmente, 35 000 compostos novos, em mdia, tm de ser sintetizados para encontrar um novo medicamento. Estes compostos so avaliados, sob o ponto de vista da sua actividade, para encontrar estruturas-chave que tm de ser posteriormente optimizadas de modo a serem submetidas a testes clnicos. Tudo isto consome muito tempo e tem custos muito elevados: em mdia, o desenvolvimento de um novo medicamento leva 12 anos e custa 200 milhes de dlares. A Qumica Computacional considerou este desafio e, cada vez mais, mtodos racionais de desenvolvimento de medicamentos e drogas so explorados de modo a fornecer guias eficientes sob o ponto de vista de tempo e de custos. O progresso na tecnologia de hardware acompanhado de desenvolvimentos no software de modo a tratar sistemas de grande complexidade. Do exposto acima, parece evidente que a Qumica Computacional contribui para uma unificao da Qumica, e dos qumicos, conferindo-lhe uma caracterstica multidimensional em que as diferentes dimenses no podem jamais ser desligadas como entidades independentes e isoladas. O carcter unificador da Qumica Computacional , em princpio, conferido pelas enormes capacidades de armazenamento e de clculo dos computadores. No entanto, o computador um produto da inteligncia humana e , afinal, nessa inteligncia que, em ltima anlise, reside a procura incessante da unificao. O computador , porventura, to-somente e no mais, do que a ferramenta. A dimenso humana est sempre presente e inseparvel de todo o complexo multidimensional que no s a Qumica, mas toda a Cincia, Arte e Tcnica, ou seja, todas as expresses da Realidade Universal. A procura da unificao um instinto universal do qual a Qumica Computacional , por sua vez, uma dimenso. 59

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3. Algumas aplicaes concretas dos computadores em Qumica

Nos pargrafos anteriores tentmos dar uma perspectiva muito geral da importncia do computador como o instrumento laboratorial que deu origem Qumica Computacional, um domnio interdisciplinar unificador da Qumica e dos qumicos. No que se segue especificaremos algumas aplicaes concretas. Para tal, daremos os conceitos bsicos dessas aplicaes e remeteremos os leitores interessados para artigos, livros e para a Internet, onde podero apreciar aspectos tcnicos, resultados numricos, grficos e animaes. Podemos sistematizar o uso dos computadores em Qumica em cinco reas fundamentais: - Anlise Numrica. - Anlise Simblica. - Simulao. - Controlo em tempo real, aquisio e tratamento de dados. - Inteligncia Artificial.

3.1. Anlise Numrica

Quem leia um pouco de Histria da Matemtica ficar certamente impressionado com o esforo dos matemticos ao tentar resolver problemas aparentemente insolveis. Embora tenham sido realizados enormes progressos, a verdade que muitos problemas continuam sem resposta. Quando um problema resolvido, d lugar, frequentemente, a novos problemas mais difceis do que o original. Em qualquer momento existem sempre situaes que desafiam os matemticos. O desenvolvimento cientfico e tecnolgico conduz a casos que exigem soluo imediata, mas para os quais ainda no se encontrou uma resposta exacta. Os cientistas e engenheiros, postos perante esses problemas, no podem esperar por uma gerao de super-matemticos, pois necessitam duma resposta agora! Um problema da maior importncia, por exemplo, a previso meteorolgica. O clima superfcie da Terra obedece a equaes matemticas muito complicadas, as quais no so resolveis exactamente. No entanto, ns queremos 60

Qumica computacional

saber como vai ser o tempo amanh. A resposta para esta situao aceitar uma aproximao da soluo requerida, em vez de exigir uma soluo exacta para o problema. Ficaremos certamente satisfeitos se o meteorologista prev chuva, vento de 30 Km/h, temperatura de 10oC, etc. O rigor de tal previso depende, contudo, do mtodo de aproximao utilizado. O objectivo da Anlise Numrica , precisamente: a) Aproximar um modelo matemtico por outro mais simples (mais simples no sentido de ser capaz de produzir respostas). b) Especificar qual o rigor da aproximao. Dum modo geral podemos definir a Anlise Numrica como o estabelecimento e anlise de mtodos aproximados. No estabelecimento desses mtodos deve-se ter sempre presente que o objectivo obter uma resposta de um modo eficiente. Em relao previso do tempo, por exemplo, no tem qualquer utilidade obter uma soluo aproximada que leve tanto tempo a calcular que s obtenhamos amanh a previso para hoje. Assim, existem problemas prticos que do lugar a modelos matemticos para os quais no h solues exactas (analticas, expressas por uma frmula), ou porque ainda no foram estabelecidas, ou porque mesmo impossvel obt-las, mas que exigem alguma forma de resoluo. A Anlise Numrica fornece um meio de propor e analisar mtodos que produzem aproximaes soluo requerida. Essas aproximaes devem, contudo, ser eficientes e ter um grau de rigor conveniente. Em contraste com os problemas analiticamente insolveis aparecem, frequentemente, problemas para os quais existem solues analticas, mas cujas formas so to complicadas que se tornam inconvenientes para a obteno de valores. Por exemplo, um problema de grande importncia fundamental, tecnolgica e biolgica, o estabelecimento dos mecanismos das reaces qumicas. bem sabido que, em geral, uma reaco qumica no se realiza num nico passo, mas a conjugao de uma srie de passos elementares em que o passo mais lento o determinante da velocidade global da reaco. O estabelecimento dos diferentes passos elementares e das respectivas velocidades precisamente o que se denomina como a determinao do mecanismo da reaco, o objectivo fundamental da Cintica Qumica. O estudo experimental de uma reaco atravs de diversos mtodos (condutimtricos, espectroscpicos, 61

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etc.) leva a que seja proposto um determinado mecanismo. Suponhamos, por exemplo, a seguinte reaco: AD Se a reaco se der no nico passo explcito no esquema, ento, trata-se de uma reaco de 1 ordem, muito simples de analisar experimentalmente sem necessidade de recorrermos a mtodos numricos. De facto, nesse caso, a velocidade da reaco d [A]/dt ser dada por: d [A] = -k [A] dt onde k a constante de velocidade da reaco e [A] a concentrao molar do composto A. Basta determinar, por um mtodo adequado, a evoluo temporal da concentrao de A e represent-la graficamente em funo do tempo. Obter-se- uma recta cujo declive a constante k. Se o grfico experimental no for uma recta, isso sintoma de que a reaco no se realiza num nico passo, e teremos de propor um mecanismo mais elaborado. Por exemplo, possvel que o mecanismo seja: k1 k2 A B+CD k3 --------------- onde temos trs passos elementares com diferentes velocidades e dois compostos intermedirios. Neste caso, teremos de considerar o seguinte sistema de equaes diferenciais de 1 ordem acopladas: d [A ] = -k1 [A] - k3 [A] dt d [B ] d [C ] = = k1 [A ] - k2 [B ] [C ] dt dt d [D ] = k3 [A ] + k2 [B] [C ] dt Experimentalmente, necessrio determinar a evoluo temporal das concentraes dos compostos A, B, C e D e represent-las graficamente em funo do tempo. Contudo, nesta situao, no possvel calcular directamente, a partir dos grficos, as diferentes constantes de velocidade, uma vez que cada passo contm as interferncias dos outros passos. 62

Qumica computacional

primeira vista, o que haver a fazer ser atribuir valores s constantes e integrar as respectivas equaes de modo a obter expresses analticas das diferentes concentraes em funo do tempo. Representando essas expresses graficamente, em conjunto com as curvas experimentais, analisam-se as formas das curvas tericas e experimentais e a sua eventual sobreposio. Se as formas forem semelhantes, isso indica que o tipo de mecanismo proposto deve ser o correcto. Mas se, nesse caso, no houver sobreposio das curvas, ento teremos, por tentivas sucessivas, de alterar os valores das constantes de modo a que se consiga a sobreposio. Se a forma das curvas tericas for diferente das experimentais, ento o mecanismo proposto no correcto e teremos de estabelecer outras hipteses. O problema que, embora o sistema de equaes anterior seja analiticamente resolvel, as respectivas frmulas so extremamente complexas (em termos das chamadas funes de Bessel), no sendo, por isso, facilmente manejveis. Por outro lado, o mecanismo anterior relativamente simples e, de um modo geral, as reaces qumicas e biolgicas realizam-se atravs de mecanismos incomparavelmente mais complexos que o anterior. Nesse caso, os sistemas de equaes diferenciais no tm solues analticas. Assim, de todo o interesse estabelecer mtodos numricos gerais que possam resolver os problemas de um modo unificado. Aos leitores interessados sugerimos a consulta das referncias [1- 3]. Adicionalmente, existem problemas para os quais existem solues analticas que, embora no sejam demasiadamente complexas, podero, no entanto, ser mais facilmente obtidas por um mtodo numrico. Consideremos, por exemplo, o clculo do pH de uma soluo de cido fraco e base forte. Os leitores interessados encontraro todos os detalhes deste problema nas referncias [4,5]. A concentrao hidrogeninica [H3O+] uma das solues da equao cbica: [H3O+]3 + (Ka + [ B ]i )[H3O+]2 + (Ka + [B ]i ) - Ka [HA ]i - Kw )[H3O+]- Ka Kw= 0 onde [B]i , [HA]i , ka e kw so, respectivamente, as concentraes iniciais da base e do cido, a constante de acidez e o produto inico da gua. Embora a equao anterior tenha uma frmula resolvente (somente as equaes algbricas de grau igual ou superior a cinco no tm solues analticas), torna-se mais simples implementar a resoluo computacional da equao anterior com 63

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base num mtodo numrico (por exemplo, o mtodo das bisseces sucessivas). Nas referncias [4,5] utiliza-se essa equao para traar as curvas de titulao cido-base com escolha de indicadores. Uma outra aplicao numrica importante neste contexto descrita na referncia [6]. Finalmente, encontramos uma classe de problemas cujas solues podem ser escritas formalmente e que, em certos casos, podem ser calculadas simplesmente utilizando um mtodo clssico, mas que, noutros casos (que so os que ocorrem mais frequentemente), conduzem a um processo to moroso que se tornam praticamente inteis. Essa classe de problemas surge, por exemplo, na resoluo de sistemas de equaes lineares. Em Qumica, problemas como anlise de multicomponentes em espectroscopia, anlise de reactores qumicos, ajuste de dados e qumica quntica implicam sempre a resoluo de sistemas do tipo: aij xj = bj ; i = 1, 2, , N
N

j=1

Aos leitores interessados sugere-se a consulta das refercias [7-9]. Na lgebra Linear estuda-se a regra de Cramer para a resoluo de sistemas de equaes lineares (baseada no clculo de determinantes). Sucede que, para

N suficientemente pequeno (N<6), a regra praticvel, mas, medida que N

aumenta, os clculos requeridos so brutais. Para N=26, por exemplo, o nmero de multiplicaes requeridas na execuo da regra de Cramer so 25x26! (! de factorial). Num computador que realize 100 000 multiplicaes por segundo o clculo demoraria cerca de 1017 anos. Deparamos, assim, com uma situao para a qual existe um mtodo de clculo conhecido, mas que to moroso que se torna intil. A Anlise Numrica tem, mais uma vez, um papel a desempenhar: encontrar um mtodo alternativo que conduza a uma soluo num tempo razovel. Em concluso, a Anlise Numrica tem como objectivo a resoluo de problemas complexos dum modo aproximado ou mais eficiente do que os mtodos analticos. A realizao desse objectivo implica, no entanto, vrios passos essenciais, nomeadamente : a) Definio exacta do problema: o problema deve ser claramente enunciado, evitando-se quaisquer ambiguidades. A informao disponvel deve ser suficiente de modo a garantir uma resposta com uma preciso pr-estabelecida. 64

Qumica computacional

b) Derivao do mtodo ( ou classe de mtodos ) apropriado para a resoluo do problema e a sua representao em termos computacionais. Isto no mais do que o estabelecimento do algoritmo para a resoluo do problema. c) Codificao do algoritmo numa linguagem de programao apropriada, produzindo um programa que ser executado pelo computador. Actualmente, as linguagens de programao mais utilizadas na resoluo de problemas cientficos e tcnicos so o FORTRAN, Pascal, C++ e BASIC. d) Anlise dos resultados produzidos pela execuo do programa e deciso sobre se os resultados obedecem ou no s especificaes do problema. O trabalho de clculo propriamente dito executado pelo computador (o qual no mais do que um autmato) e a pessoa no desempenha um papel activo neste ponto. O seu papel importante desempenhado na anlise do modelo, dos mtodos e dos resultados. Assim, o qumico deve ser um analista competente e possuir, pelo menos, conhecimentos bsicos de cincia computacional. Presentemente existem nossa disposio pacotes de programas de Anlise Numrica. Assim, os passos b) e c), descritos anteriormente, encontram-se muito facilitados: em muitos casos bastar escolher-se o mtodo e adaptaremse os programas, em vez de desenvolver todo o trabalho desde o princpio. Dever, no entanto, ser-se extremamente cuidadoso e certificar-se (lendo a literatura que acompanha os pacotes e realizando testes ) se o mtodo e a respectiva preciso so os apropriados para o problema em questo. Nunca utilizar os pacotes como uma black box. Por outras palavras, ter de ser-se sempre um analista competente.

3.2. Anlise Simblica

A anlise simblica fundamental em Qumica. No campo terico ela mesmo o primeiro passo na resoluo dum problema. Uma vez estabelecido um modelo para o sistema em estudo, tenta-se descrev-lo por equaes matemticas. A manipulao simblica das equaes tem como objectivo encontrar solues gerais e analticas (isto , exprimveis por uma frmula), independentemente de valores especficos dos parmetros das equaes. Se for encontrada a soluo e se a sua forma analtica for conveniente em termos de clculo, ento o problema fica resolvido. De contrrio, tero de ser utilizados mtodos numricos. 65

Quimica
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Consideremos, por exemplo, a equao quadrtica ax2+bx +c =0. Um programa de anlise simblica pode dar-nos a soluo na forma simblica x = (-b b2 - 4 ac ) / 2a. Adicionalmente, o programa pode fornecer-nos as solues numricas para valores especficos dos parmetros a, b e c. As operaes matemticas de integrao, diferenciao, desenvolvimento em sries, lgebra de matrizes, etc. podem ser realizadas por um programa de manipulao simblica, o qual , obviamente, um auxiliar precioso em Qumica. Presentemente temos nossa disposio programas de anlise simblica facilmente implementveis em computadores pessoais como, por exemplo, Mathematica (Wolfram Research, Inc.) e MATLAB ( Math Works, Inc.). Uma caracterstica importante desses programas a possibilidade da representao grfica de funes a duas e trs dimenses. Uma outra caracterstica a sua interactividade, permitindo que o utilizador programe as suas prprias aplicaes. Para aplicaes especficas em Qumica sugere-se aos leitores interessados a consulta da referncia [10].

3.3. Simulao
Consideremos a seguinte questo expressa por Richard Feynman nas suas famosas Lectures on Physics [11]: Suponhamos que num cataclismo todo o conhecimento cientfico era destrudo, mas que tnhamos possibilidade de passar uma nica mensagem para as prximas geraes de criaturas. Qual a mensagem que conteria mais informao no menor nmero de palavras? Richard Feynman acredita que essa mensagem seria : Todas as coisas so feitas de tomos - pequenas partculas que se movem perpetuamente -, atraindo-se quando se encontram a pequenas distncias umas das outras e repelindo-se quando se interpenetram. Nesta mensagem existe, de facto, uma quantidade enorme de informao acerca do universo fsico, a qual pode ser explorada com um pouco de meditao e de imaginao. Pensemos no imenso progresso cientfico e tcnico deste sculo, proveniente do conhecimento dos tomos e das molculas e das leis do seu comportamento. O microscpio electrnico, a biologia molecular, a engenharia gentica, o semicondutor, o computador, etc. so afinal realizaes, entre muitas outras, baseadas na estrutura atmica da matria. O contedo da mensagem anterior est sempre presente quando se interpretam os 66

Qumica computacional

resultados das experincias e se sugerem novas experincias. O computador um instrumento precioso para analisar a estrutura atmico - molecular, visualizar os movimentos das molculas e fornecer informaes que outros meios no permitem. Surge, assim, o conceito de experincia computacional e a aceitao do computador como um instrumento de laboratrio insubstituvel. As experincias computacionais no substituem, em geral, as experincias laboratoriais, mas complementam-nas. este sentido de complementaridade que deve ser explorado na aplicao dos computadores em Qumica. No deve sobrevalorizar-se o computador como varinha - mgica, mas tambm no se deve subvaloriz-lo classificando-o como modernismo de tericos que no sabem manejar a proveta ou exclamando que nos bons velhos tempos no existiam computadores e fizeram-se notveis progressos. Nunca perdendo o sentido da complementaridade, o computador deve ser considerado, actualmente, como um meio indispensvel no ensino e na investigao. E uma das reas de investigao mais propcias para a utilizao do computador a simulao. Mas, afinal, o que simular? Em termos gerais, simular imitar. Sob o ponto de vista fsico , a simulao pressupe a existncia de um modelo que nos parea capaz de interpretar os factos experimentais conhecidos. Os modelos so traduzidos por equaes matemticas, as quais so normalmente resolvidas por mtodos numricos. Os resultados obtidos a partir dos modelos so comparados com os resultados experimentais e pode, ento, discutir-se a validade do modelo escolhido, o seu eventual aperfeioamento ou mesmo a sua substituio por outro modelo. A mensagem de Feynman, acompanhada do estabelecimento de uma forma explcita para a interaco das molculas (designada por energia potencial intermolecular ou potencial intermolecular ), constitui um modelo de simulao molecular. A partir do potencial intermolecular pode calcular-se a fora total F que actua em cada molcula, devida s interaces com as restantes molculas do sistema. Recorde-se que a fora est directamente relacionada com a derivada do potencial. Se distribuirmos um conjunto de N molculas num recipiente de volume V, conhecendo a fora total F que actua em cada uma delas possvel calcular a trajectria de cada molcula atravs do tempo, com a ajuda de um computador e com base na 2 Lei de Newton: F = m a onde m a massa de cada molcula e a o vector acelerao. 67

Quimica
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Este o objectivo do mtodo da Dinmica Molecular, uma das tcnicas actuais de simulao molecular mais poderosas. As propriedades termodinmicas que medimos no laboratrio (temperatura, presso, energia interna, entalpia, etc.) esto directamente relacionadas com as trajectrias moleculares, as quais, como vimos, so determinadas pelas interaces moleculares. As trajectrias moleculares no so mais do que a sucesso temporal das diferentes posies das molculas. Representando essa sucesso de posies moleculares num monitor
Fig. 1 . Antes da fuso

grfico, obteremos uma animao molecular onde se podem apreciar os detalhes microscpicos das colises moleculares. Assim, o mtodo da Dinmica Molecular, alm de estabelecer uma ponte entre as interaces moleculares e as propriedades termodinmicas, medidas no laboratrio, pode revelar-nos a dinmica microscpica dos sistemas atravs da realizao de filmes construdos a partir das trajectrias moleculares calculadas pelo computador. Aos leitores interessados sugere-se a consulta das referncias [12,13] e da pgina da Internet http://elixir.cc.fc.ul.pt/clusters. Nessa pgina podem apreciar-se os resultados de simulaes, por Dinmica Molecular, de microagregados de

Fig. 2. Depois da fuso

cloreto de potssio. As simulaes permitiram o clculo de diferentes propriedades termodinmicas e estruturais, assim como a produo de animaes computacionais sobre transies de fase slido-lquido, lquido-slido e formao de vidros. As figuras 1. e 2 . mostram, por exemplo, as configuraes instantneas de um microagregado de cloreto de potssio, antes e depois da fuso. Um outro problema com interesse para a Qumica o respeitante distribuio de Boltzmann. A Termodinmica Estatstica mostra-nos que as molculas,

68

Qumica computacional

num sistema em equilbrio termodinmico, se distribuem pelos diferentes nveis de energia permitidos de acordo com aquela distribuio:

exp ni kBT = i N exp k T B i

onde exp a funo exponencial, ni o nmero mdio de molculas no nvel de energia

i , N o nmero total de molculas no sistema, a temperatura T e

com energia total mdia:

E = n i i
Adicionalmente, a entropia, S, associada a uma dada distribuio, caracterizada pelos valores de n i (no necessariamente a distribuio de equilbrio) , est relacionada com o nmero das diferentes combinaes moleculares (microestados) que sejam compatveis com a distribuio:

S = kB ln
onde: N! ni ! i em que ! designa o factorial.

A imagem molecular transmitida pela Termodinmica Estatstica , fundamentalmente, a seguinte: um sistema que no se encontre num estado de equilbrio termodinmico (isto , cujas molculas no se distribuam pelos diferentes nveis de acordo com a distribuio de Boltzmann) tende, por efeito de colises moleculares aleatrias, a caminhar, espontnea e irreversivelmente, para o estado de equilbrio. Na sua evoluo para o equilbrio a entropia aumenta at a um mximo correspondente ao equilbrio termodinmico. As concluses da Termodinmica Estatstica podem ser facilmente testadas pela simulao muito simples de, por exemplo, um sistema de osciladores harmnicos, seguindo a evoluo do nmero de molculas em cada nvel e da respectiva entropia. As palavras-chave nesse tipo de simulao so as colises aleatrias, as quais podem ser simuladas atravs de um gerador de nmeros aleatrios disponvel em qualquer computador pessoal. Este tipo de simulao tipifica um dos mtodos mais importantes em Qumica Computacional, desig69

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nado por mtodo de Monte Carlo. Aos leitores interessados sugere-se a consulta das referncias [14-16]. As simulaes moleculares permitem estabelecer uma ponte entre a estrutura e interaces moleculares e as propriedades macroscpicas medidas experimentalmente. Por outro lado, pode ser difcil ou impossvel realizar experincias sob condies extremas de presso e temperatura, enquanto que a simulao do material numa onda de choque, num plasma a alta temperatura, num reactor nuclear ou no centro dum planeta perfeitamente realizvel. Os detalhes moleculares em catlise heterognea, conduo inica ou aco enzimtica so difceis de explorar experimentalmente, mas podem ser mais facilmente analisados por simulao computacional. Em resumo, pode-se afirmar que um largo espectro de fenmenos fsico-qumicos, desde a escala molecular escala galctica, podem ser estudados utilizando alguma forma de simulao. importante sublinhar o papel crucial que a Anlise Numrica desempenha na simulao molecular: os modelos so traduzidos matematicamente e resolvidos, na maioria dos casos, numericamente. A simulao molecular , em ltima instncia, a aplicao da Anlise Numrica a problemas moleculares concretos. Presentemente, existe uma vasta srie de programas comerciais, facilmente implementveis em computadores pessoais, que permitem simular e manipular as mais diversas situaes em Qumica. Como exemplos, citaremos o ChemOffice (Cambridge Scientific Computing, Inc.), e o Chemistry Explorer (Prentice-Hall, Inc.). Adicionalmente, os livros de Qumica Computacional, como os citados nas referncias [9] e [10], so normalmente acompanhados de disquetes ou CD com vrios programas de aplicao. Por outro lado, a Sociedade Portuguesa de Qumica dispe de uma biblioteca de programas de Qumica Computacional. Outras fontes muito importantes de programas e aplicaes da Qumica Computacional so, por exemplo, a Internet, o Journal of Chemical Education e a revista Education in Chemistry.

3.4. Controlo em tempo real, aquisio e tratamento de dados

Actualmente, o funcionamento de grande parte dos aparelhos mais sofisticados, nos laboratrios de Qumica, controlado, directa e automaticamente, por computadores. Adicionalmente, os computadores acoplados aos sistemas 70

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permitem a aquisio e tratamento dos resultados de acordo com programas previamente desenhados e codificados para objectivos especficos. Aos leitores interessados sugere-se a consulta das referncias [17,18].

3.5. Inteligncia Artificial

As aplicaes referidas anteriormente pressupem, de um modo geral, que os problemas esto exactamente definidos e que a sua resoluo pode ser sempre realizada atravs de algoritmos convencionais (isto , por um conjunto de operaes sequenciais sem qualquer ambiguidade que processam dados completos e precisos e que conduzem a uma nica resposta) utilizando mtodos numricos sofisticados e recorrendo ao cada vez maior poder de clculo dos computadores. Nos ltimos anos, no entanto, tm-se identificado uma vasta srie de problemas qumicos de extrema complexidade, cuja resoluo no pode ser realizada, de um modo eficiente, atravs desses mtodos. Para esses problemas, o ponto essencial no mais poder computacional ou mais sofisticao matemtica, mas sim uma aproximao inteiramente diferente. Suponhamos, por exemplo, a determinao do nmero de ismeros de C26H54O que so lcoois, o reconhecimento de uma imagem distorcida que possa corresponder a um grande nmero de objectos, o planeamento de snteses qumicas com vista a novos medicamentos e materiais, o projecto do genoma humano, a estereoqumica de protenas, a seleco de parmetros ptimos em anlise instrumental, o controlo automtico e inteligente de instrumentos numa planta industrial de larga escala, o estudo da disperso de poluentes, a cintica em fase gasosa, a anlise orientada de bases de dados, etc. claro que poderamos pensar em mtodos convencionais para resolver os problemas. Contudo, estes problemas tipificam aquilo que se denomina como exploso combinatria, isto , o nmero de hipteses e detalhes a considerar to grande que dificilmente um mtodo convencional produzir uma resposta satisfatria em tempo til, mesmo que se utilizem a fora bruta de um supercomputador ou mtodos numricos sofisticados. Adicionalmente, quer os dados, quer os resultados associados a esses problemas possuem, geralmente, uma incerteza intrnseca, a qual tem como consequncia que a sequncia de operaes para a sua resoluo seja frequentemente imprevisvel e que a 71

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soluo no seja nica, existindo vrias respostas, cada uma delas com um certo nvel de confiana. Actualmente, a abordagem de muitos desses problemas realizada com base nos mtodos da inteligncia artificial. Esses mtodos tentam reproduzir o raciocnio inteligente num computador. A aproximao-chave o reconhecimento de que o crebro humano no funciona sequencialmente, mas possui uma rede massivamente paralela de neurnios. Os neurnios tm, individualmente, um funcionamento semelhante e porventura simples, mas, quando dispostos em arquitecturas paralelas convenientes que permitam o processamento simultneo e integrado, trocando entre eles a informao recebida do exterior ou processada internamente, manifestam, entre muitos outros, dois aspectos essenciais do raciocnio: os saltos intuitivos e a capacidade de aprendizagem com a experincia. Os mtodos de inteligncia artificial tentam reproduzir, num computador, essas caractersticas com notvel sucesso. Eles permitem, tambm, manipular dados mal definidos ou dados errados. Adicionalmente, tornam possvel o uso de uma rea de grande e crescente importncia em Qumica: a lgica difusa (fuzzy logic). A lgica difusa mostra que, afinal, as nossas regras formais de raciocnio, estabelecidas por Aristteles, so demasiadamente rgidas e no permitem uma abordagem correcta de problemas complexos. Todos sabemos que, em geral, a resposta a um problema complexo pode no ser exactamente sim ou no, mas talvez; que a cor de um objecto pode no ser exactamente preto ou branco, mas cinzento, e dentro do cinzento existem infinitas possibilidades. Os progressos realizados permitem afirmar que a Inteligncia Artificial ser uma das reas fundamentais da Qumica Computacional nas prximas dcadas. As redes neuronais artificiais, os sistemas-perito ou sistemas-especialista (expert systems) e os algoritmos genticos passaro a ser, indubitavelmente, ferramentas usuais para qualquer qumico. Aos leitores interessados recomenda-se a consulta da referncia [19].

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4. Comentrios Finais
Presentemente, no existe uma nica rea da Qumica que no utilize o computador, quer como instrumento bsico (no caso das reas da Qumica Terica e da Simulao Molecular), quer como instrumento auxiliar e de controlo (no caso das reas tpicamente experimentais). O progresso espectacular no desenvolvimento de software e de hardware, acompanhado de uma substancial e constante descida dos custos do material informtico, torna a Qumica Computacional um dos vectores mais promissores na direco do sculo XXI. claro que o desenvolvimento de um domnio no se pode avaliar apenas sob o ponto de vista das infraestruturas. No caso da Qumica Computacional, de interesse vital o desenvolvimento de novos mtodos e modelos baseados em velhos e novos conceitos, os quais, sublinhe-se, tm o seu ponto de partida e o seu teste de validade na experincia laboratorial. Esta sempre imprescindvel. O computador pessoal , hoje, um instrumento to vulgar que at pode ser adquirido em qualquer hipermercado. As suas utilizaes mais populares so, porventura, os jogos e o processamento de texto. No entanto, note-se que qualquer computador pessoal que se adquira presentemente tem um poder de clculo muitas vezes superior ao dos primeiros computadores das dcadas de 40 e 50 com que se iniciaram os mtodos de simulao molecular, ou mesmo, dos computadores utilizados na primeira viagem humana Lua na dcada de 60. Isto significa que qualquer pessoa pode utilizar o seu computador pessoal para realizar experincias de Qumica Computacional e contribuir at para o seu progresso. Para tal so apenas necessrias a curiosidade e a persistncia para a aprendizagem e a aplicao dos princpios e das tcnicas fundamentais. Enfim, um verdadeiro desafio para todos aqueles que desejem iniciar-se no domnio apaixonante da Qumica Computacional.

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Referncias
[1] [2] Numerical Integration of Rate Equations on a Microcomputer E. Ercolani and P. Mencarelli, Education in Chemistry, November, 176, 1986. O Computador e as Reaces Qumicas Fernando M. S. Silva Fernandes e Csar A. Nunes Viana, Actas do 2 Congresso Portugus de Informtica, Lisboa, 1982. Os Mtodos das Cadeias de Markov e de Monte Carlo na Cintica Qumica Filomena Ftima Martins Freitas. Departamento de Qumica, FCUL, 1988. Simulao de uma Curva de Titulao cido Fraco-Base Forte Fernando M. S. Silva Fernandes e Leonel T. P. Neves, Bol. Soc. Port. Qum., n 22, Srie II, 67, 1985. Curvas de Titulao Experimentais vs Curvas de Titulao Simuladas Carlos A. Costa Campos, Bol. Soc. Port. Qum., n31, Srie II, 36, 1988. Equilibrium in Saturated Ca(OH) 2 Solutions:Parameters and Dissociation Constants M.J. Guiomar H.M. Lito, M. Filomena G. F. C. Cames and Arthur K. Covington, Journal of Solution Chemistry, 27, 925, 1998. Ajuste Computacional de Dados Experimentais F.F.Martins Freitas, Fernando M. S. Silva Fernandes e Ldia C.Albuquerque, Bol. Soc. Port. Qum., n 34, Srie II, 19, 1988. Ajuste de Dados Experimentais a uma Funo Filomena Ftima Martins Freitas Departamento de Qumica, FCUL, 1988. [9] Computational Chemistry using the PC Donald W. Rogers, VCH Publishers, Inc., 2nd Edition, 1994.

[3] [4]

[5] [6]

[7]

[8]

[10] Mathematica Computer Programs for Physical Chemistry W. Cropper, Springer, 1998. [11] The Feynman Lectures on Physics Richard Feynman, R. Leighton and M. Sands, Addison Wesley, 1963. [12] Simulao de Microagregados Moleculares. O Mtodo da Dinmica Molecular Fernando M. S. Silva Fernandes, Bol. Soc. Port. Qum., n 23, 59, 1986. [13] Simulao Computacional. O Mtodo da Dinmica Molecular Fernando M. S. Silva Fernandes, Cincia, 2, Srie V, 10, 1988. [14] A Computer Problem in Statistical Thermodynamics P. Schettler, Journal of Chemical Education, 51, 250, 1974. [15] Simulao Computacional. Fundamentos do Mtodo de Monte Carlo Fernando M. S. Silva Fernandes e J. P. Prates Ramalho, Cincia, 3, Srie V, 7, 1989. [16] Simulao Computacional. O Mtodo de Monte Carlo de Metropolis Fernando M. S. Silva Fernandes e J. P. Prates Ramalho, Cincia, 1, Srie VI, 15, 1991. [17] Personal Computers in Chemistry Edited by Peter Lykos, John Wiley and Sons, New York, 1981. [18] Algorithms for Chemists J. Zupan, John Wiley and Sons, Chichester, 1989. [19] Applications of Artificial Intelligence in Chemistry H. M. Cartwright, Oxford Chemistry Primers, N11, 1995.

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