La qumica de la clula Cap.

2 Biologa Celular y Molecular

DRA. ANA MARA LUGO UNIVERSIDAD INTERAMERICANA DE PUERTO RICO

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La qumica de la clula
Cinco principios importantes para la biologa celular:
Caractersticas del carbono Caractersticas del agua Permeabilidad selectiva de las membranas Sntesis de macromolculas mediante la polimerizacin de pequeas molculas Auto-ensamblaje molecular

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PARTE I: La Importancia del Carbono

Qumica orgnica: estudio de compuestos que continen carbono Bioqumica: es el estudio de la qumica de los sistemas vivos. El tomo de C es el mas importante en las molculas biolgicas.
Propiedades especficas de enlazamiento

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Propiedades de enlazamiento del tomo de carbono

Valencia de 4

Forma enlaces covalentes (comparten un par de electrones) con O, H, N, y S Forma enlaces sencillos, dobles o triples.
4 es el mximo de enlaces que puede formar

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Figure 2-1A

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Figure 2-1B-D

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Las molculas que contienen carbono son estables

La estabilidad se expresa como energa de enlace: la cantidad de energa requerida para romper los enlaces que hay en 1 mol (~6x 1023). La energa de enlace se expresa como calorias por mol (cal/mol). Una calora es la cantidad de energa necesaria para aumentar la temperatura de 1g de agua por 1 oC Una kcal (kilocalora) es igual a 1,000 caloras.
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Energa de enlace de algunos enlaces covalentes

Se necesita mucha energa para romper estos enlaces:
C-C, 83 kcal/mol C-N, 70 kcal/mol C-O, 84 kcal/mol C-H, 99 kcal/mol

Enlaces dobles y triples son mas difciles de romper:

C=C, 146 kcal/mol CC, 212 kcal/mol
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Figure 2-2

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La vida necesita enlaces covalentes fuertes

La radiacin solar tiene una relacin inversamente proporcional entre y el contenido de energa. La luz visible tiene menos energa que un enlace de C-C. Por lo tanto, la luz visible no puede romper las molculas orgnicas. La luz ultravioleta es mas daina pues tiene mas energa.

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Figure 2-3

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Las molculas que contienen carbono son diversas

Una gran variedad de compuestos se pueden formar a partir de relativamente pocas clases de tomos.
Anillos o cadenas de carbono se pueden formar. Cadenas pueden ser ramificadas y con enlaces sencillos o dobles entre C. Esto es posible debido a la naturaleza tetravalente del tomo de C.
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Hidrocarburos
Son cadenas o anillos compuestos nicamente de C y de H.

Ej. gasolina, gas natural, derivados de petroleo etc.

Debido a que no se disuelven en agua son de limitada importancia para la biologa.

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Figure 2-4

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Compuestos biolgicos
Normalmente contienenen carbono, hidrogen y uno o mas tomos de oxgeno, o nitrgeno, fsforo, o azufre. Estos (O, N, P, S) son usualmente parte de grupos funcionales, arreglos especficos comunes de tomos que confieren a las molculas propiedades qumicas especficas.

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Grupos funcionales incluyen:

Grupo Carboxilo y grupo fosfato (cargados negativamente) Amino (cargado positivamente) Hidroxilo, sulfidrilo, carbonilo, aldehido (no cargados; pero polares)

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Figure 2-5A,B

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Figure 2-5C

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Polaridad de enlace
En los enlaces polares los electrones no se comparten igualmente entre los tomos. Los enlaces polares se deben a una mayor electronegatividad (afinidad por los electrones) de oxgeno y azufre en comparacin con la del C y del H. Los enlace polares tienen una mayor solubilidad al agua en comparacin con los enlaces como C-C o C-H, en los que los electrones se comparten de forma igual.
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Las molculas que contienen carbono pueden formar esteroismeros

Cuando el C se une a 4 grupos diferentes es posible dos arreglos o configuraciones espaciales. Estas configuraciones no se sobreponen y son imgenes espejo. Se llaman esteroismeros
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Figure 2-6

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Nmero de carbonos asimtricos

Hay dos posibles estereoismeros por cada carbono asimtrico.

Un compuesto con n carbonos asimtricos puede tener 2n posibles estereoismeros.

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Figure 2-7A

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Figure 2-7B

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PARTE II: La Importancia del agua

Posee rol indispensable como solvente universal en los sistemas biolgicos. Es el componente mas abundante en las clulas y organismos. 75-85% del peso de una clula es agua.

Sus caractersticas qumicas la hace indispensable para la vida.

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La molcula del agua es polar

Distribucin desigual de sus electrones en sus enlaces O-H.

No es lineal sino angular.

El oxgeno es mas electronegativo, atrae los ehacia l. Resultado: carga parcial negativa para el O y carga parcial positiva para los H.

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Figure 2-8A

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Las Molculas del agua son cohesivas

Debido a la polaridad, las molculas se atraen. El oxgeno electronegativo atrae a los H electropositivos de otras molculas adyacentes. Estas asociaciones se llaman puentes de hidrgeno y son 1/10 tan fuertes como enlaces covalentes.

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Puentes de hidrgeno y la cohesividad

El agua se caracteriza por formar una red extensa la cual la hace cohesiva.

Los efectos de esta red de puentes de H hacen que tenga un alto (a)
Tensin de superficie Punto de ebullicin Calor especfico Calor de evaporizacin

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Figure 2-9

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Agua es excelente solvente

Un solvente es un fludo en el cual otra sustancia, el soluto, puede disolverse. Agua tiene la capacidad de disolver gran variedad de sustancias debido a su polaridad. La mayora de las molculas en las clulas son polares y pueden formar puentes de H o enlaces inicos con el agua.

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Solutos
Solutos que tienes afinidad por el agua y se disuelven en ella se llaman hidroflicos (generalmente molculas polares iones) Muchas molculas pequeas azcares, o cidos orgnicos, algunos amino cidos - son hidroflicos Molculas que no se disuelven en agua como los lpidos y las protenas en las membranas se llaman hidrofbicas (generalmente no-polar)
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NaCl en agua
Sal, NaCl, existe como un latice de cationes de Na+ (cargados positivamente) y aniones de Cl(cargados negativamente). En agua, los aniones y los cationes toman parte en una interaccin electrosttica, causando que los iones se separen. Las molculas de agua forman esferas de hidracin alrrededor de los iones, disminuyendo la reasociacin.

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Figure 2-10

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Figure 2-10A

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Figure 2-10B

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PARTE III: La importancia de las membranas semi-permeables

Barrera fsica para las clulas necesaria. Deben ser:
Impermeables al contenido celular No completamente impermeables Insolubles al agua para mantener integridad Permeables al agua flujo de agua dentro y fuera

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Las membranas que rodean las clulas

Son barreras hidrofbicas permeables Consisten de una bicapa de: fosfolpids, glucolpidos y protenas Las membranas de la mayora de los organismos tambien contienen: esteroles - colesterol (animales), ergoesteroles (hongos), o fitoesteroles (plantas).

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Lpidos membranales son anfipticos

Tienen cabezas polares, negativas (PO4-) enlazados a grupos positivos. Contienen colas no polares (hidrocarburos)

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Figure 2-11

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Figure 2-11A

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Figure 2-11B

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Figure 2-12

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Figure 2-13A

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Figure 2-13B

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Protenas membranales
Juegan diversas funciones:
Transporte Enzimas Receptores

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Membranas son selectivamente permeables

Son permeables a molculas no-polares
Sin embargo, son impermeables a molculas polares y a iones Constituyentes celulares son mayormente polares y cargados para que no salgan o no entren a la clula. Sin embargo, molculas bien pequeas se difunden.
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Los iones deben ser transportados

No cruzan la membrana por mas pequeos que sean. Esto se debe a la carga y a su coraza hidratada que los rodea.

Iones pueden ser transportados por protenas de transporte especializadas.

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PARTE IV: Importancia de la Sntesis por Polimerizacin

La mayora de las estructuras celulares estan compuestas de arreglos ordenados de polmeros lineales llamados macromolculas. Incluye a: protenas, cidos nuclicos, polisacridos Lpidos son macromolculas pero se sintetizan de forma diferente.
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Macromolculas son responsables por la mayora de la forma y funcin de los sistemas vivos.
Gerarqua Celular: estructuras y molculas biolgicas estan organizadas en niveles en serie, cada uno construdo con el que lo precede.
La mayora de las estructuras celulares se componen de molculas orgnicas pequeas solubles en agua, obtenidas de otras clulas o sintetizadas de molculas no-biolgicas (CO2, NH4, PO4, etc.)
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Figure 2-14

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Ensamblaje en gerarqua
Pequeas molculas orgnicas se polimerizan para formar las macromolculas biolgicas. Las macromolculas biolgicas pueden funcionar por cuenta propia, y ensamblarse para formar estructuras supramoleculares. Las estructuras supramoleculares son componentes de organelos y otras estructuras subcelulares que forman la clula.
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Principio fundamental de la bioqumica

Las macromolculas son responsables de la mayora de la forma y orden de los sistemas vivos. Se generan mediante polimerizacin de monmeros pequeos.

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Figure 2-15

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Table 2-1

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La produccin de los polmeros sigue los siguientes principios bsicos:

1. Siempre son sintetizadas mediante la polimerizacin paso a paso de monmeros. 2. Al aadirse un monmero se remueve una molcula de agua ( reaccin de condensacin)

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Principios bsicos
3. Los monmero deben estar presentes como monmeros activados.

4. Para estar activados, los monmeros deben estar acoplados a una molcula carrier
5. La energa para acoplar el monmero a la molcula cargadora es provista por ATP. 6. Macromolculas tienen direccionalidad

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Figure 2-17

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Figure 2-17A

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Figure 2-17B

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Figure 2-17C

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Molculas Cargadoras (carrier)

Diferentes clases de cargadores son usados para polimerizar las diferentes macromolculas:
Para las protenas: tRNA cargan loa amino cidos Para los azcares: los monosacridos son activados por ADP o UDP (uridina difosfatada) Para el DNA o RNA: los nucletidos por si mismos son molculas de alta energa (ATP, GTP)

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Parte V: La importancia de auto ensamblaje

Luego que la macromolcula a sido sintetizada, se requieren pasos adicionales para ensamblarla en estructuras de mas alto orden. Los principios de auto ensamblaje establecen que la informacin necesaria para el doblado de la macromolcula y la interaccin con estructruras mas complejas se encuentran inherentes en el polmero mismo.

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Figure 2-18A

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Figure 2-18B

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Tipos de auto-ensamblaje de protenas

Auto ensamblaje estricto

Auto ensamblaje asistido requiere chaperonas

Importante:
Puentes de H Enlace inicos Van der Waals Interacciones Hidrofbicas

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Figure 2-19

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El auto-ensamblaje ocurre en otras estructuras celulares

Protenas, ribosomas, membranas, paredes celulares (plantas), virus

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Figure 2-20

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Figure 2-21A,B

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Figure 2-21C,D

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Auto ensamblaje tiene lmites

Algunos sisteman dependen de informacin adicional provista por estructuras pre-existentes Examplos
Membranas Pared celular Cromosomas

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Ventajas del ensamblaje

Qumicamente es simple

Efectivo
Hay control de calidad

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