SERVICIO DE GENMICA Y PROTEMICA UNIDAD DE EXPRESIN GNICA SERVICIOS OFERTADOS 2100 BIOANALYZER

El bioanalizador 2100 Bioanalyzer de Agilent Technologies es una plataforma basada en la microfludica, que permite el anlisis electrofortico en slo 30 minutos de 11 o 12 muestras de RNA, DNA y protenas.

La combinacin de los chips de RNA y el software permite determinar con gran fiabilidad tanto la cantidad como la integridad del RNA total y del RNA mensajero (UNAM), utilizando mnimas cantidades de muestra: slo se requiere 1 l de muestra a una concentracin mnima de 25 ng/ l. Dada la rapidez, sensibilidad y precisin de los resultados, el Bioanalizador 2100 de Agilent se ha convertido en requerimiento esencial para determinar la calidad de las muestras de RNA previamente al experimento de microarrays de expresin gnica, dada su mayor fiabilidad frente a los geles de agarosa o poliacrilamida.
18S 28S

Figura 1: Electroferograma obtenido para una muestra de RNA total tras su migracin en el Bioanalizador 2100 en combinacin con un RNA 6000 Nano LabChip

5S

El software calcula la concentracin del RNA, y dos parmetros numricos que indican la integridad del RNA: la relacin entre los RNA ribosmicos 28S y 18S (28S/18S), y el nmero RIN (RNA Integrity number). El parmetro RIN fue introducido por Agilent Technologies con el fin de estandarizar el proceso de interpretacin de la integridad del RNA y eliminar el sesgo asociado a la interpretacin individual. El algoritmo del RIN permite la clasificacin de las muestras de RNA eucaritico total en base a un sistema numrico de 1 a10, siendo 1 el valor para una muestra de RNA totalmente degradada y 10 el valor obtenido para un muestra intacta. Este sistema permite comparar cuantitativamente la integridad de todas las muestras de RNA del experimento, ya que para que los resultados de microarrays sean comparables todas las muestras deben tener una calidad similar. Por otro lado, permite analizar el grado de contaminacin de DNA genmico de las muestras de RNA. Para ms informacin sobre el RNA Integrity Number y sus aplicaciones lea las siguientes Application notes de Agilent Technologies:

RNA Integrity Number (RIN)- Standardization of RNA Quality Control: http://www.chem.agilent.com/scripts/LiteraturePDF.asp?iWHID=37507 Stringent RNA quality control using the Agilent 2100 Bioanalyzer: http://www.chem.agilent.com/scripts/LiteraturePDF.asp?iWHID=40128 Interpreting mRNA electropherograms: http://www.chem.agilent.com/scripts/LiteraturePDF.asp?iWHID=22555 Characterization of RNA quality using Agilent 2100 Bioanalyzer: http://www.chem.agilent.com/scripts/LiteraturePDF.asp?iWHID=28049

Existen dos tipos de chips para el anlisis de RNA total y RNA mensajero (mRNA): RNA Series II kits: http://www.chem.agilent.com/scripts/LiteraturePDF.asp?iPubNo=5989-4571EN RNA 6000 Nano LabChips: 12 muestras en 30 minutos, 1 l de 25-500 ng/l de RNA total, 25-250 ng/l de mRNA: RNA 6000 Pico LabChips: 11 muestras en 30 minutos, 1 l de 50-5000 pg/l de RNA total, 250-5000 ng/l de mRNA. Application: High sensitivity quality control of RNA simples using the RNA 6000 Pico LabChip kit: http://www.chem.agilent.com/scripts/LiteraturePDF.asp?iWHID=32250 Agilent Technologies comercializa un tercer kit para el anlisis de microRNAs: Small RNA kit, que permite resolver y analizar de forma rpida y sensible los RNAs de rango entre 6-150 nt, utilizando mnimas cantidades de muestra: 1 l de 50-2000 pg/l de miRNA puro o 10-100 ng/l de RNA total. http://www.chem.agilent.com/scripts/LiteraturePDF.asp?iPubNo=5989-6681EN Para ver las especificaciones de los 3 kits y ms informacin sobre el anlisis de RNA visite la pgina web de Agilent: Lab-on-a-chip: 2100 Bioanalyzer: RNA solutions: http://www.chem.agilent.com/Scripts/PDS.asp?lPage=1288 La Unidad oferta como rutina el anlisis de RNA total y mRNA con RNA 6000 Nano y Pico LabChips (. Para el anlisis con RNA 6000 Pico Chips y Small RNA kit, consulte con el personal tcnico de la unidad. Para ms informacin sobre los requisitos de las muestras para su anlisis visite el apartado Protocolo de acceso: Recomendaciones para el envo de muestras. Entrega de resultados La Unidad enva al usuario por email un archivo pdf con los resultados del anlisis (concentracin, relacin 28S/18S, RIN) y las imgenes (gel, electroferogramas), as como el archivo original de la migracin en 2100 Bioanalyzer.