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Aurenvia Bonifcio
aurenivia@uft.edu.br
UFT - Gurupi
Aminocidos
Caractersticas bsicas -grupo carboxila + grupo amino no carbono -diferem em suas cadeias laterais (grupos R)
Neurotransmissores:
Grupos NH2
Projeo de Fischer
L-Gliceraldedo
D-Gliceraldedo
L-aminocido
D-aminocido
Fenilalanina
Histidina
Alanina
Arginina
CH2
O C HO NH 2 CH
CH 3 CH
Valina
Isoleucina
Leucina
Aspartato
Asparagina
CH 3
Lisina
Metionina
Cistena
Glicina
O C HO NH2
O C HO NH 2 CH
Treonina
Triptofano
Glutamato
Glutamina
Valina
Prolina
Serina Tirosina
CH 3 CH CH 2 CH 3
Isoleucina
Fenilalanina Metionina
Tirosina
Valina Leucina Isoleucina Triptofano
Glutamina
Cistena
Serina
Histidina
Treonina
Arginina
Lisina
pK1
(-NH3+)
pK2
(grupo R)
pKR
pI
Valina
Leucina
Val
Leu
V
L
117
131
2,32
2,36
9,62
9,60
5,97
5,98
Isoleucina
Metionina Grupos R aromticos
Ile
Met
I
M
131
149
2,36
2,28
9,68
9,21
6,02
5,74
Fenilalanina
Tirosina
Phe
Tyr
F
Y
165
181
1,83
2,20
9,13
9,11 10,07
5,48
5,66
Triptofano
Trp
204
2,38
9,39
5,89
Aminocidos
Abreviao
Mr
(-COOH)
pK1
(-NH3+)
pK2
(grupo R)
pKR
pI
pK1
(-NH3+)
pK2
(grupo R)
pKR
pI
Lisina
Histidina
Lys
His
K
H
146
155
2,18
1,82
8,95
9,17
10,53
6,00
9,74
7,59
Arginina
Grupos R carregados negativamente
Arg
174
2,17
9,04
12,48
10,46
Aspartato
Glutamato
Asp
Glu
D
E
133
147
1,88
2,19
9,60
9,67
3,65
4,25
2,77
3,22
Aminocidos incomuns
4-hidroxiprolina
Ornitina
Citrulina
5-hidroxilisina
Selenocistena
Desmosina
Carga lquida:
+1
-1
OH- (equivalentes)
pI ponto isoeltrico, onde a carga lquida zero pI = pK1 + pK2 2 pH < pI Carga lquida positiva pH > pI Carga lquida negativa
OH- (equivalentes)
pH 0.5
pH 5
pH 11
Carga lquida
Protenas
Caractersticas gerais
Protenas
Caractersticas gerais
- So estabilizadas por pontes dissulfeto e pelas interaes fracas no covalentes (pontes de hidrognio e interaes inicas)
Fosfoprotena
Hemoprotena
Grupos fosfato
Heme (Fe)
Flavoprotena
Metaloprotena
Nucleotdeo flavina
Ferro
Zinco
Clcio
Molibdnio
Cobre
-hlice
N-terminal C-terminal 2 1
Ligaes peptdicas
Estrutura rgida e planar Interaes de ressonncia Aprox. 40% de caracterstica de dupla ligao Conformao trans mais frequente que cis
ngulos de toro
Cadeia lateral
Amida plana
Cadeia principal
Grupo lateral
Amida plana
Diagrama de Ramachandran
-Indica os ngulos de toro estericamente permitidos;
-Algumas estruturas secundrias j so prdeterminadas: - folha paralela - folha antiparalela - hlice (direita) C - hlice do colgeno L - hlice (esquerda)
A hlice
A folha
Antiparalela (conformao amino-carboxil oposta)
6.5
Dobras
Conecta estruturas de hlice e folha Conecta folhas antiparalelas Envolve quatro resduos de AA onde o O do 1 se liga ao H do 4 AA Glicina e prolina so os AA mais frequentes
Cadeia
Estrutura secundria
Mioglobina
Lao --
Quilha -
Barril
Folha retorcida
Mioglobina
Protenas de reconhecimento
Homogeneizador
Filtro
Tecido
tampo
Centrifugao
Tipos:
citosol
Sobrenadante Pellet
Ribossomos Macromolculas
Ncleo Citoesqueleto
Centrifugao
Tipos:
Amostra Gradiente de sacarose Componente menos denso Componente mais denso Fracionamento
salting in
Solubilidade
Camada de hidratao
Concentrao de sal
Sobrenadante
salting out
Purificao: dilise
- Processo fsico-qumico - Separa as protenas do solvente - Baseado no tamanho das protenas
on
Soluo tampo
Agitador
Soluo tampo
No incio da dilise
No equilbrio
Purificao: cromatografia
- Interao diferencial dos seus componentes entre a fase estacionria (lquida/slida) e a fase mvel (lquida/gasosa)
A coluna cromatogrfica deve ser de material inerte: Carvo, slica, alumnio, fosfato de clcio, hidroxiapatita, etc...
- Beneficia-se das diferenas de carga, tamanho, afinidade de ligao e outras propriedades da protena
Carga positiva lquida grande Carga positiva lquida Carga negativa lquida Carga negativa lquida grande
Trocadores inicos
+ + + + + + + + +
Os contra-ons podem ser trocados reversivelmente com outros ons sem alterar as propriedades da matriz
Trocadores aninicos Dietilaminoetil (DEAE) Aminoetil quaternrio (QAE) Amnio quaternrio (Q) Trietilaminoetil (TEAE) Tocadores catinicos Carboximetil (CM) Sulfopropil (SP) Sulfoetil (SE) Fosfo (P) Metilsulfonato (S)
grnulo de gel
Matriz do gel
Cromatografia de afinidade
As protenas so purificadas de acordo com sua especificidade por um substrato ou cofator particular
Mistura de protena Protena de interesse ligante
Soluo do ligante
Adiciona glicose
Protenas ligantes da glicose se ligam aos stios de glicose (G) nas esferas do gel
Coluna do HPLC
Dados
Tempo (minutos)
Injetor
Bomba
Detector
Descarte
Absorbncia a 220nm
Eletroforese
- A protena desnaturada e as subunidades se separam - As protenas migram de acordo com tamanho e forma em um campo eltrico - As molculas menores migram mais rapidamente atravs da matriz porosa do gel
Distncia
Amostra Poo
Direo da migrao
Protenas
Eletroforese bidimensional
Baixo pH (-) Alto pH (+)
Baixo pH (-)
Alto pH (+)
Focalizao isoeltrica