Amino Acid o Sssss

iii
o jri

presidente Prof. Doutora Maria Ins Purcell de Portugal Branco
Professora auxiliar do Departamento de Qumica da Universidade de Aveiro

Prof. Doutora Maria Alice Zarur Coelho
Professora associada nvel 1 da Escola de Qumica da Universidade Federal do Rio de Janeiro

Prof. Doutor Francisco Avelino da Silva Freitas
Professor auxiliar do Departamento de Qumica da Universidade de Aveiro

Prof. Doutor Carlos Manuel Santos Silva
Professor auxiliar do Departamento de Qumica da Universidade de Aveiro

iv

agradecimentos

Gostaria de agradecer em primeiro lugar aos meus orientadores, Doutor Carlos
Manuel Silva e Doutor Avelino Silva, pelo seu incentivo na realizao deste
trabalho, pela sua orientao e disponibilidade e pela oportunidade que tive de
evoluir, quer cientificamente quer como pessoa, ao longo deste ltimo ano.

Um agradecimento ainda aos meus pais e ao meu irmo pelo apoio, no s
durante este ltimo ano, mas em todo o meu percurso acadmico.

Queria agradecer Helena, pelo incentivo e companheirismo ao longo dos
ltimos 3 anos, em que me transmitiu sempre confiana de que eu iria
conseguir atingir os meus objectivos.

Por fim, um agradecimento ainda a todos os meus amigos, quer da residncia
quer do curso, em especial Andreia, pela sua amizade e pela ajuda que
sempre me deu.

A todos, muito obrigado

v

palavras-chave

Aminocidos, Peptdeos, Equilbrio, Coeficiente de Actividade, UNIFAC,
Debye-Hckel, Modelo

resumo

O objectivo deste trabalho foi desenvolver um modelo para coeficientes de
actividade de aminocidos/peptdeos em soluo aquosa que exiba uma boa
capacidade de correlao e de previso.
O modelo proposto compreende quatro aspectos fundamentais: (i) calcula o
equilbrio qumico do aminocido (AA) em soluo aquosa, que d origem s
espcies AA

(zeuterio), AA
+
, AA
, H
+
e OH
; (ii) calcula os desvios

idealidade das interaces de curto alcance entre as espcies em soluo,
utilizando o mtodo de contribuies de grupo de UNIFAC; (iii) as interaces
de longo alcance, de natureza electrosttica, so tambm quantificadas com a
incluso de um termo de Debye-Hckel (DH); (iv) o zeuterio considerado
uma molcula contendo dois grupos distintos carregados electricamente. Por
este motivo tambm contribui para os desvios idealidade calculados por DH.
Com o objectivo de optimizar os parmetros de interaco energtica de
UNIFAC foi compilada uma base de dados com 14 aminocidos/peptdeos e
desenvolvido um programa em Matlab. Foram tambm efectuadas previses.
A qualidade dos resultados foi medida pelo rmsd (root mean square deviation).
De forma a interpretar correctamente os dados experimentais de aminocidos
de cadeia aberta contendo substituintes alquilo no carbono- foi definido um
grupo CH
3
modificado (mCH
3
). Globalmente foram optimizados 17 parmetros
de interaco energtica.
O modelo apresentado correlacionou com preciso os dados experimentais de
oito aminocidos/peptdeos, fornecendo rmsd
correl
= 0,90%. A previso de seis
sistemas foi efectuada com um rmsd
prev
= 5,65%. Estes resultados so muito
bons quando comparados com outros trabalhos baseados no mtodo de
UNIFAC, como o de Gupta e Heidemann (1990) (rmsd
correl
= 3,74% e rmsd
prev

= 14,94%) e o de Pinho et al. (1994) (rmsd
correl
= 0,80% e rmsd
prev
= 20,17%).

vi

keywords

Amino Acids, Peptide, Equilibrium, Activity Coefficient, UNIFAC, Debye-Hckel.
Model

abstract

The purpose of this work was the development of a model for the activity
coefficients of amino acids/peptides in aqueous solution with good correlation
and prediction capabilities.
The proposed model comprises four aspects: (i) the chemical equilibrium
calculation of the amino acid (AA) in aqueous solution, which originates species
AA
(zwitterion), AA
+
, AA
-
, H
+
and OH
-
, (ii) the deviations from the ideal solution
behaviour due to the short-range interactions between species in solution are
taken into account by the UNIFAC group contribution method, (iii) the long-
range interactions, owing to electrostatic forces, are accounted for a Debye-
Hckel (DH) term, (iv) the zwitterion is assumed to be a molecule with two
distinct groups electrically charged, which contribute to additional deviations
from ideal behaviour.
In order to optimize the interaction parameters of the UNIFAC model, a
database containing 14 amino acids/peptides was compiled and a Matlab
program was developed. Predictions were also accomplished for the activity
coefficients. The accuracy of the results for both correlation and prediction was
measured via rmsd (root mean square deviation). A mCH
3
(modified CH
3
)
group was introduced to interpret the experimental data of amino acids
containing alkyl groups on its alpha-carbon. Altogether 17 interaction
parameters were fitted.
The proposed model correlated accurately the experimental data of 8 amino
acids/peptides, providing rmsd
correl
= 0.90%. The predictions achieved for the
remaining 6 systems gave rise to rmsd
pred
= 5.65%. These results are very
good in comparison with other UNIFAC based models, such as those by Gupta
and Heidemann (1990) (rmsd
correl
= 3.74% and rmsd
pred
= 14.94%) and Pinho et
al. (1994) (rmsdcorrel = 0.80% and rmsdpred = 20.17%).

NDICE DE TABELAS

Tabela 1.1: Produo de alguns aminocidos, em toneladas por ano............................... 7
Tabela 1.2: Lista de aminocidos usados no estudo e algumas propriedades fsicas. ....... 9
Tabela 3.1: Grupos constituintes da espcie zeuterinica de aminocidos e peptdeos. .. 30
Tabela 3.2: Parmetros para o clculo de pK1 e pK2, para cada aminocido .................. 38
Tabela 3.3: Valores de pK1 e pK2 para alguns aminocidos/peptdeos a 25C................ 38
Tabela 3.4: Dados experimentais de coeficientes de actividade ..................................... 39
Tabela 4.1: Principais parmetros de interaco entre grupos m e n utilizados.............. 40
Tabela 4.2: Nmero de pontos experimentais, parmetros de interaco usados na
correlao e rmsd obtido para cada aminocido/peptdeo. ........................... 41
Tabela 4.3: Comparao dos resultados obtidos neste trabalho com outros modelos
publicados. ................................................................................................ 44

Tabela A.1: Converso entre escalas de concentrao................................................... 48
Tabela A.2: Converso entre coeficientes de actividade na conveno no simtrica ...... 48
Tabela A.3: Parmetros Rk e Qk do modelo UNIFAC....................................................... 49
Tabela A.4: Parmetros de interaco do modelo UNIFAC utilizados neste trabalho....... 50

NDICE DE FIGURAS

Figura 1.1: Estrutura bsica de um -aminocido. ........................................................ 2
Figura 1.2: Curva de titulao da alanina por adio de uma base. ................................ 5
Figura 1.3: Reaco de desidratao de dois aminocidos formando um dipeptdeo. ....... 6
Figura 1.4: Mercado de aminocidos relao entre preo e consumo. ........................... 7
Figura 1.5: Esquema do processo de produo de um aminocido, por fermentao....... 8
Figura 2.1: Representao esquemtica da distncia a, entre as espcies i e j............... 22
Figura 3.1: Interaces electrostticas entre as espcies com carga. ............................. 29
Figura 3.2: Coeficientes de actividade experimentais em funo da molalidade para 5
aminocidos de cadeia lateral aliftica. ....................................................... 31
Figura 3.3: Representao esquemtica da estrutura do programa de clculo............... 33
Figura 3.4: Exemplo de ficheiro de dados da glicina. .................................................... 34
Figura 3.5: Algoritmo de clculo usado na optimizao. ............................................... 35
Figura 4.1: Coeficientes de actividade (conveno no simtrica e escala molal) de
aminocidos em gua: dados experimentais e correlao obtida com o modelo
deste trabalho. ........................................................................................... 41
aminocidos/peptdeos em gua: dados experimentais e correlao obtida com
o modelo deste trabalho. ............................................................................ 42
aminocidos/peptdeos em gua, experimentais e previstos pelo modelo. .... 43
aminocidos/peptdeos em gua, experimentais e previstos pelo modelo. .... 43

NOMENCLATURA

Smbolos

a actividade; distncia entre ies
amn parmetro interaco UNIFAC
A parmetro Debye-Hckel
AA aminocido
B parmetro Debye-Hckel
c molaridade
f fugacidade
G energia livre de Gibbs
H constante de Henry
I fora inica
i soluto ou espcie
j espcie
Ka constante de acidez
K1 constante de equilbrio qumico
K2 constante de equilbrio qumico
Kb constante de basicidade
KD constante de equilbrio qumico
KW produto inico da gua
M massa molar
m molalidade
n nmero de moles
Nsolu nmero de solutos
Nsolv nmero de solventes
P presso
P
s
presso de vapor
q parmetro de superfcie de molcula
Q parmetro de superfcie de grupo
R constante universal dos gases
r parmetro de volume de van der Waals de molcula
R parmetro de volume de van der Waals de grupo
S solubilidade
s solvente
T temperatura absoluta
V volume
x fraco molar
y fraco molar na fase gasosa
z carga do io

Smbolos gregos

ndices
1 AA

2 AA
+

3 AA

4 H
+

5 OH

i espcie
0 condio inicial
c escala molaridade
DATA dados experimentais
DH modelo de Debye-Hckel
j reaco; espcie
k nmero grupos funcionais (UNIFAC)
l soluto
m escala molalidade; grupo funcional (UNIFAC)
n grupo funcional (UNIFAC)
s solvente
UNIFAC modelo UNIFAC
w gua
x escala fraco molar

Expoentes
o estado padro
livre de soluto
estado padro para o solvente
* conveno no simtrica
id ideal
conveno no simtrica para fugacidade
coeficiente estequiomtrico
coeficiente de actividade
escala de concentrao
avano de reaco
avano de reaco intensivo
fraco de volume de molcula
fraco de rea de molcula
fraco de rea de grupo
coeficiente de actividade de grupo
parmetro UNIFAC
critrio de paragem da funo objectivo
massa volmica da soluo
o
massa volmica do solvente
potencial qumico

conveno simtrica para fugacidade
diluio infinita
+ catio
- anio
zeuterio
E propriedade em excesso
DH modelo de Debye-Hckel
UNIFAC modelo UNIFAC
C termo combinatorial (modelo UNIFAC)
R termo residual (modelo UNIFAC)
calc valor calculado
exp valor experimental
k iterao

NDICE

1. QUMICA DOS AMINOCIDOS................................................. 1
1.1. Caracterizao e classificao de aminocidos....................... 2
1.2. Propriedades cido-base dos aminocidos............................. 4
1.3. Reaces dos aminocidos .................................................... 5
1.4. Produo e mercado de aminocidos..................................... 6
1.5. Estrutura dos aminocidos/peptdeos estudados.................. 9
2. FUNDAMENTOS TERICOS.................................................. 11
2.1. Termodinmica de solues de electrlitos .......................... 11
2.1.1. Escalas de concentrao ............................................... 11
2.1.2. Solues de electrlitos.................................................. 13
2.2. Equilbrio qumico de aminocidos em soluo aquosa........ 16
2.3. Modelos de coeficientes de actividade.................................. 18
2.3.1. Modelo UNIFAC............................................................. 18
2.3.2. Modelo de Debye-Hckel ............................................... 21
2.3.3. Reviso de modelos de coeficientes de actividade para
aminocidos ................................................................................. 23
3. MODELO PROPOSTO PARA COEFICIENTES DE ACTIVIDADE DE
AMINOCIDOS ................................................................... 25
3.1. Clculo do equilbrio qumico.............................................. 25
3.2. Descrio do modelo ........................................................... 28
3.3. Programa de clculo............................................................ 32
3.4. Estratgia de clculo........................................................... 36
3.5. Base de dados utilizada neste trabalho ............................... 36
4. RESULTADOS E DISCUSSO................................................ 40
5. CONCLUSES...................................................................... 45
6. REFERNCIAS BIBLIOGRFICAS ......................................... 46
7. APNDICES......................................................................... 48

Captulo 1 QUMICA DOS AMINOCIDOS

1

1. QUMICA DOS AMINOCIDOS

As protenas so as macromolculas mais abundantes nas clulas,
constituindo mais de 50% do seu peso seco [1]. J presentes nas mais antigas
formas de vida na Terra, as protenas so constitudas a partir do mesmo
conjunto bsico de blocos, os aminocidos, unidos entre si por ligaes
covalentes. Entre as diversas funes desempenhadas pelas protenas, h a
destacar [2]:

Funes estruturais em tecidos vivos, como por exemplo o colagnio;
Funes especficas sobre rgos ou determinadas estruturas de um
organismo (como o caso da insulina);
Funes de defesa no que diz respeito ao reconhecimento e neutralizao
de vrus, bactrias e outras substncias estranhas, como o caso dos
anticorpos;
Funes energticas, a partir dos aminocidos que as compem;
Funes enzimticas, com por exemplo as lipases;
Funes de transporte de gases, como por exemplo a hemoglobina.

Dada a importncia destas macromolculas nos sistemas biolgicos, torna-se
fundamental aprofundar o conhecimento das propriedades dos seus blocos
bsicos. Para alm de formarem as protenas, os aminocidos na sua forma livre
esto presentes em alimentos e bebidas, em medicamentos e outros produtos de
elevada importncia econmica. Quanto maior o conhecimento das propriedades
destas pequenas molculas, melhor ser possvel optimizar os seus processos de
produo, em busca de produtos de melhor qualidade e, consequentemente, de
maior valor comercial. Os aminocidos so geralmente obtidos por sntese ou
fermentao, processos estes que originam muitas vezes misturas complexas de
biomolculas e que requerem o recurso a processos de separao, de modo a
extrair o produto desejado de subprodutos, excesso de reagentes ou impurezas,
geralmente por processos de cristalizao ou precipitao. Uma vez que os
processos de separao podem representar cerca de 50% [2] do custo total de
produo, essencial conhecer o comportamento dos aminocidos em soluo,
nomeadamente os seus coeficientes de actividade e a sua solubilidade.


2

Esta dissertao surge tambm da necessidade de encontrar um modelo
preditivo que descreva o equilbrio qumico e fsico de uma gama de
aminocidos/peptdeos, uma vez que apesar de j existirem alguns modelos que
efectuam essa descrio, se continuar a verificar uma fraca capacidade preditiva.

1.1. Caracterizao e classificao de aminocidos

Como j foi referido, os aminocidos so uma classe de compostos orgnicos
que podem ser encontrados em todos os organismos vivos, sendo os elementos
bsicos na formao das protenas.
Desde o seu isolamento, efectuado pela primeira vez na segunda metade do
sculo XIX, as suas propriedades fsicas e qumicas tm vindo a ser estudadas,
no s pela sua importncia em inmeros processos fisiolgicos e seu valor como
elementos base de todas as formas de vida, mas tambm pela sua importncia
na indstria alimentar e farmacutica, onde se pretende obter um produto com o
mximo grau de pureza e com o mnimo custo possvel.
Quimicamente tm em comum a presena de um grupo carboxilo e um grupo
amina ligados a um tomo de carbono central, denominado carbono-, e diferem
entre si pela cadeia lateral representada por R na Figura 1.1, varivel em
estrutura, tamanho, carga elctrica e solubilidade em gua [3].
Dos cerca de setecentos aminocidos descobertos nos sistemas biolgicos,
vinte fazem parte de um grupo especial por serem utilizados pela natureza como
blocos bsicos na sntese de peptdeos e protenas, sendo conhecidos como
aminocidos naturais [4].
Os aminocidos mais comuns so os aminocidos, onde o grupo amina
est ligado ao carbono (ver Figura 1.1) [5].

Figura 1.1: Estrutura bsica de um -aminocido.


3

O mais simples destes a glicina, de frmula molecular C2H5NO2, e o nico
aminocido que no opticamente activo (no apresenta estereoismeros), uma
vez que no contm nenhum centro quiral. excepo da glicina, todos os outros
aminocidos possuem um tomo de carbono assimtrico, o carbono, ao qual
se encontram ligados quatro grupos constituintes diferentes como representado
na Figura 1.1 [1]. Apresentam portanto actividade ptica, devido ao centro quiral
no carbono, existindo os estereoismeros D e L, predominando no entanto o
ismero L [6].
Os aminocidos podem classificar-se segundo o seu grupo R, distinguindo-se
quatro classes [4]:

1. Grupo R no polar (hidrofbico).
Os aminocidos desta classe possuem grupos hidrocarbonados, apresentando
menor solubilidade em gua que os aminocidos com grupo R polar. A esta
classe pertencem, por exemplo, a leucina, a valina e a alanina, este ltimo, o
menos hidrofbico desta classe [4].

2. Grupo R polar sem carga (hidroflico).
Estes aminocidos so relativamente mais solveis em gua do que os
anteriores. Os seus grupos R so constitudos por grupos funcionais neutros
polares, que podem formar pontes de hidrognio com as molculas de gua.
Como exemplo desta classe tem-se a serina, a treonina e a glicina [4].

3. Grupo R carregado negativamente (acdico).
Os dois aminocidos cujos grupos R possuem uma carga negativa a pH=7,0
so o cido asprtico e o cido glutmico, cada um deles com um segundo grupo
carboxilo [1].

4. Grupo R carregado positivamente (bsico).
So aminocidos bsicos em que os grupos R apresentam uma carga positiva
em pH=7,0. Como exemplo tem-se a lisina e a arginina [1].


4

1.2. Propriedades cido-base dos aminocidos

O conhecimento do comportamento cido-base dos aminocidos
fundamental para se entender algumas das suas propriedades fsico-qumicas.
Embora sejam representados como contendo um grupo amina e um grupo cido
carboxlico, os aminocidos apresentam algumas propriedades que no condizem
com esta estrutura [7].

Ao contrrio das aminas e dos cidos carboxlicos, os aminocidos so
slidos cristalinos, no volteis, que fundem, com decomposio, a
temperaturas bastante elevadas (tipicamente superiores a 200C).
So solveis em solventes apolares e so apreciavelmente solveis em
gua.
As respectivas solues aquosas comportam-se como solues de
substncias de elevado momento dipolar.
As constantes de acidez e basicidade so anormalmente pequenas, para
grupos como COOH e NH2.

Estas caractersticas so as esperadas para sais onde a rede cristalina
estabilizada por foras electrostticas de atraco entre grupos com cargas
opostas, como o cloreto de sdio. Se os aminocidos cristalizassem numa forma
no inica seriam estabilizados por foras de van der Waals, bastante mais
fracas que as foras electrostticas, e apresentariam pontos de fuso abaixo do
que apresentam [4].
Todas as propriedades acima referidas esto perfeitamente concordantes com
uma estrutura inica dipolar dos aminocidos, uma estrutura do tipo:

N H
3
+
CHR
COO

Propriedades fsicas como a solubilidade, ponto de fuso e momento dipolar
elevado correspondem ao que expectvel de um sal com estrutura semelhante
acima representada [7].


5

Ponto isoelctrico

Quando um aminocido dissolvido em gua, forma-se um io dipolar, o
zeuterio, e este pode agir como dador e receptor de protes. portanto uma
substncia anfotrica, uma vez que pode participar em reaces quer como cido
quer como base, dependendo da espcie com a qual reage.
A Figura 1.2 mostra a curva de titulao da alanina, onde se observam duas
fases distintas na zona dos pontos a e b. Nesta zona, apesar de incrementos
progressivos de OH-, h uma menor alterao do pH. No ponto a, a concentrao
da espcie catinica, dadora de protes e representada por 1, igual
concentrao da espcie zeuterinica, receptora de protes e representada por 2.
No ponto b, a espcie 2 agora dadora de protes e de concentrao igual a 3,
receptora de protes. Em pH=6,01 existe um ponto de inflexo, chamado ponto
isoelctrico, cujo valor calculado pela mdia aritmtica de pKa e pKb, isto ,
( )
b a
pK pK pI + =
2
1
[4].
Na seco 3.3.1 apresentam-se todos os parmetros necessrios para calcular
os valores de pKa e pKb dos aminocidos em estudo.

Figura 1.2: Curva de titulao da alanina por adio de uma base. Adaptado de [8].

1.3. Reaces dos aminocidos

As reaces dos aminocidos, como em todos os compostos orgnicos, so as
reaces caractersticas dos seus grupos funcionais, os grupos amina e cido


6

carboxlico. No sendo objectivo deste trabalho analisar as reaces dos
aminocidos, importa referir a formao dos peptdeos. Atravs de uma reaco
de desidratao, dois aminocidos podem ligar-se covalentemente por uma
ligao peptdica formando um dipeptdeo Figura 1.3. Uma sucesso destas
reaces pode levar formao de uma protena, sendo os grupos R responsveis
pela grande variedade de protenas que podem ser formadas.
Dos 20 aminocidos naturais, o organismo humano apenas tem capacidade
de produzir 11 destes, pelo que os restantes 9 devem fazer parte da alimentao,
sendo conhecidos como aminocidos essenciais. Os 20 aminocidos naturais
so: valina, leucina, isoleucina, lisina, treonina, metionina, histidina,
fenilalanina, triptofano, alanina, arginina, glutamina, cido asprtico, cido
glutmico, prolina, cistena, tirosina, asparagina, glicina e serina, sendo que os
primeiros 9 aqui enunciados so os aminocidos essenciais.

Figura 1.3: Reaco de desidratao de dois aminocidos formando um dipeptdeo.

1.4. Produo e mercado de aminocidos

A produo de aminocidos teve a sua origem no Japo, aps trabalhos de
investigao onde se descobriu que o glutamato monossdico, obtido a partir do
cido glutmico, que acentuava e melhorava o sabor de alguns alimentos [9].
Iniciou-se ento o utilizao do glutamato monossdico na alimentao, sendo
ainda hoje adicionado a uma grande variedade de alimentos.
Devido sua vasta gama de aplicaes, como a alimentao, a cosmtica, a
indstria farmacutica, entre outras, a procura de aminocidos cresceu
rapidamente e foi acompanhada pelo desenvolvimento de tecnologias de
produo. Nas ltimas trs dcadas, o aumento da procura originou um
crescimento de mercado de cerca de 5 a 10% ao ano [10]. Na Tabela 1.1 e Figura
1.4 podem ver-se, respectivamente, a quantidade de alguns aminocidos
produzidos, em toneladas por ano, e a relao entre o preo e o consumo:


7

Tabela 1.1: Produo de alguns aminocidos, em toneladas por ano. Adaptado de [10].
Aminocido
Produo
(ton/ano)
Mtodo de
produo
Aplicao
cido Glutmico 1200000 Fermentao Aditivo alimentar
Lisina 600000 Fermentao Aditivo alimentar
Metionina 550000 Sntese Aditivo alimentar
Treonina 40000 Fermentao Aditivo alimentar
Glicina 16000 Sntese Aditivo alimentar, edulcorante
Aspartato 14000 Catlise enzimtica Aspartamo, polmeros
Fenilalanina 13000 Fermentao Aspartamo
Csteina 4500 Fermentao
Aditivo alimentar, indstria
farmacutica
Cistina 3500
Extraco,
fermentao
Indstria farmacutica
Alanina 1500
Extraco,
fermentao
Edulcorante
Leucina 1200
Extraco,
fermentao
Valina 1000
Extraco,
Fermentao
Indstria farmacutica,
Pesticidas
Isoleucina 500
Extraco,
fermentao

Figura 1.4: Mercado de aminocidos (publicado em 2006) relao entre preo e
consumo. Adaptado de [10].
P
r
e
o

(
U
S
$

/

k
g
)

Consumo (ton/ano)


8

Na Figura 1.4 observa-se que a quantidade produzida inversamente
proporcional ao preo de mercado, sendo o glutamato monossdico o aminocido
mais produzido e o mais barato.
Como se observa na Tabela 1.1, os principais mtodos de obteno de
aminocidos escala industrial so a fermentao, a extraco aps hidrlise de
protenas e sntese qumica [11].
A fermentao um mtodo que utiliza microrganismos que, atravs do seu
metabolismo, convertem nutrientes que lhes so fornecidos em produtos, neste
caso um ou vrios aminocidos. Na fermentao, acares (fonte de carbono) so
adicionados ao meio de cultura onde os microrganismos se encontram, e o seu
metabolismo, por aco de enzimas, pode produzir vrios aminocidos atravs de
sucessivas reaces. Na Figura 1.5 pode observar-se uma representao
esquemtica da produo do glutamato monossdico.
No sendo um objectivo deste trabalho, mais detalhes acerca do processo de
fermentao para produo de aminocidos podem ser encontrados nas
referncias [9] e [10].

Figura 1.5: Esquema do processo de produo de um aminocido, por fermentao [12].


9

1.5. Estrutura dos aminocidos/peptdeos estudados

Na Tabela 1.2 so apresentadas as estruturas de todos os 14
aminocidos/peptdeos estudados neste trabalho, bem como a sua temperatura
de fuso, massa molar e solubilidade em gua a 25C.

Tabela 1.2: Lista de aminocidos usados no estudo e algumas propriedades fsicas.
Adaptado de [13].

Aminocido Estrutura
Tfuso
(C)
M
(kg/mol)
Solubilidade em
gua a 25C
(g/kggua)
Glicina

290 75,07 250,9
Alanina

297 89,10 165,0
c. Amino
Butrico

304 103,12 210,0
Valina

315 117,15 88,5
c. Amino
Valrico

n.d. 117,15 n.d.
Hidroxiprolina

274 131,13 361,0
Prolina

221 115,14 1623,0
Serina

228 105,10 421,7


10

Treonina

256 119,12 98,1
Glicilglicina

263 132,12 n.d.
Glicilalanina

n.d. 146,15 n.d.
Alanilglicina

n.d. 146,15 n.d.
Alanilalanina

n.d. 160,17 n.d.
Triglicina

n.d. 189,17 n.d.
n.d.: dados no disponveis.

Tabela 1.2: (concluso).

Captulo 2 FUNDAMENTOS TERICOS

11

2. FUNDAMENTOS TERICOS

Apresentam-se neste captulo os conceitos fundamentais necessrios
modelao dos coeficientes de actividade de aminocidos e peptdeos em soluo
aquosa de acordo com a abordagem adoptada nesta dissertao. Assim, comea-
se pelas ferramentas termodinmicas utilizadas para descrever solues de
electrlitos e o equilbrio qumico e aminocidos em soluo aquosa, faz-se uma
breve apresentao dos modelos de UNIFAC e Debye-Hckel, concluindo-se com
uma reviso dos principais modelos existentes na literatura para calcular os
coeficientes de actividade destas molculas.

2.1. Termodinmica de solues de electrlitos

A termodinmica de solues de electrlitos difere da termodinmica de
solues de no electrlitos, devido presena de cargas elctricas nas espcies
em soluo e que do origem a interaces electrostticas que no so de todo
desprezveis. O comportamento da fase lquida mais difcil de descrever, onde
as interaces electrostticas de longo alcance so responsveis por fortes
desvios idealidade mesmo em solues diludas. Tambm outros aspectos so
diferentes e devem ser tidos em conta, como as escalas de concentrao usadas e
a definio de estados padro [14].

2.1.1. Escalas de concentrao

As escalas de concentrao geralmente usadas para exprimir a composio de
uma soluo de electrlitos so: molalidade, molaridade e fraco molar.

Escala de molalidade
A molalidade, mi, definida como o nmero de moles (ni) de soluto i por kg de
solvente s:

=
=
solv
N
s
s s
i
i
M n
n
m
1
(1)


12

em que ns o nmero de moles do solvente s, Ms a sua massa molecular em
kg/mol e Nsolv o nmero total de solventes em soluo.

Escala de molaridade
A molaridade, ci, definida como o nmero de moles de soluto i por dm
3
de
soluo:

V
n
c
i
i
= (2)

em que V o volume do sistema.

Escala de fraco molar
a escala mais usada para sistemas de no electrlitos; a fraco molar da
espcie i, xi, definida como:

=
=
espcies
N
i
i
i
i
n
n
x
1
(3)

em que ni o nmero de moles da espcie i e Nespcies o nmero de espcies,
solutos e solventes em soluo. A relao entre fraco molar e a molalidade
dada por:

= =
+
=
solv solu
1
'
1
1
N
s
s
s
N
l
l
i
i
M x m
m
x (4)

Considerando o caso particular de um sal, a molalidade e a fraco molar so
dadas por, respectivamente:

=
s
s s
sal
M n
n
m
sal
(5)

+
=
s
sal s
sal
sal
n n
n
x (6)


13

em que nsal e ns so o nmero de moles do sal e do solvente respectivamente e Ms
a massa molar do solvente, em kg/mol. As equaes (5) e (6) esto relacionadas
por:

=
s
s s
M x x
x
m
'
1
1
sal
sal
sal
(7)

Na equao (7),
s
' x representa a fraco de solvente em base livre de soluto.
Mais converses entre cada uma das escalas de concentrao podem ser
obtidas, sendo apresentadas em apndice na Tabela A.1.

2.1.2. Solues de electrlitos

importante analisar a termodinmica de solues contendo um soluto
involtil num solvente, antes de introduzir o efeito de ionizao dos aminocidos
em soluo. Esta discusso torna-se importante na medida em que os
aminocidos se comportam como slidos no volteis temperatura ambiente.

Quando se fala em solues ideais de no-electrlitos, estas seguem a Lei de
Raoult, dada pela equao (8):

i i i
P x P y = (8)

em que xi e yi so as fraces molares do componente i nas fases lquida e
gasosa, respectivamente, P a presso total e Pi
a presso de vapor do
componente i. Quando se lida com solues reais, o comportamento do solvente
segue a Lei de Raoult quando a concentrao dos solutos tende para zero. Uma
soluo diluda tem comportamento ideal quando o solvente segue a Lei de
Raoult e o soluto segue a Lei de Henry, equao (9) [15]:

i i i
H x P y = (9)

No entanto, em solues de electrlitos, os ies interagem fortemente entre si
e com o solvente, ainda mais no caso de solventes polares como a gua,
originando fortes desvios idealidade, mesmo a baixas concentraes.


14

Solues reais de electrlitos podem ser descritas termodinamicamente em
termos das suas propriedades em excesso, calculadas a partir dos potenciais
qumicos de cada espcie, i.
Da termodinmica de no electrlitos, para um componente i a uma dada
temperatura, presso e composio, o potencial qumico i relaciona-se com a
actividade ai por:

i
o
i i
a RT ln + = (10)

onde
o
i
o potencial qumico de i num estado padro convenientemente
definido, que, para misturas de no electrlitos volteis, corresponde a lquido
puro temperatura e presso do sistema [16].

Actividade para solvente
Para uma mistura contendo um soluto involtil num solvente, aplica-se
directamente a equao (10) para o solvente s, ou seja:

s
o
s s
a RT ln + = (11)

onde a actividade do solvente, as, se calcula por:

s x s s
x a
,
= (12)

em que
x s,
o coeficiente de actividade para o solvente, escrito na conveno
simtrica e em fraco molar. Numa soluo real, os coeficientes de actividade
so normalizados de acordo com a conveno simtrica em que s,x 1 quando
xs 1.

Actividade para soluto
No entanto, para um soluto involtil no conveniente escolher para estado
padro o lquido puro temperatura e presso do sistema, na medida em que
nessas condies o soluto no lquido [14].
Escrevemos ento o potencial qumico como:

( )
i i i i
RT
,
ln + =
+
(13)


15

em que
+
i
o potencial qumico padro da espcie i (a uma dada composio
fixa, mas dependente da temperatura, presso e natureza do soluto e solvente), i
a escala de concentrao adoptada (mi, ci ou xi) e
, i
o coeficiente de
actividade do soluto nesta escala de concentrao e em conveno simtrica. No
caso de involteis selecciona-se comummente a conveno no simtrica,
segundo a qual os coeficientes de actividade,
*
i
, so unitrios a diluio infinita.
Assim, a actividade de um componente i pode calcular-se de vrias formas:

i x i x i
x a
*
, ,
= (14)

i m i m i
m a
*
, ,
= (15)

i c i c i
c a
*
, .
= (16)

Onde, por definio, os coeficientes de actividade assimtricos escritos em
fraco molar (

x i ,
), molalidade (

m i ,
) e molaridade (

c i ,
) satisfazem as condies
*
,x i
1 ,
*
,m i
1 e
*
, c i
1, quando
=
solu
1
N
i
i
0.
Os valores tabelados de coeficientes de actividade surgem normalmente em
conveno no simtrica e escala molal, enquanto os calculados por modelos
termodinmicos surgem maioritariamente em conveno simtrica e escala de
fraco molar. Tal como para as escalas de concentrao, tambm possvel
relacionar essas duas convenes. Partindo ento da definio de coeficiente de
actividade e usando fraces molares tem-se que:

=
i i
i
id
i
i
x i
f x
f
f
f
,
,
(17)

=
i i
i
id
i
i
x i
f x
f
f
f
,
*
,
(18)

em que
i
f a fugacidade do componente i na soluo temperatura T e presso
P e
i
f e
i
f so as fugacidades do componente i no estado padro nas


16

convenes simtrica e no simtrica, respectivamente. Igualando a fugacidade
calculada pelas duas equaes anteriores, vem:

=
i i x i i i x i
f x f x
*
, ,
(19)

No limite, quando xi 0 verifica-se que
*
,x i
1 e
i

i
. Logo:

=
i i i
f f (20)

em que
i
o coeficiente de actividade do componente i a diluio infinita.
Combinando as equaes (19) e (20), obtm-se a relao que se procurava:

=
i
x i
x i
, *
,
(21)

Podem consultar-se em apndice (ver Tabela A.2) outras relaes entre os
coeficientes de actividade de diferentes escalas e convenes.

2.2. Equilbrio qumico de aminocidos em soluo
aquosa

Como se referiu no Captulo 1, os aminocidos e peptdeos apresentam na
sua estrutura os grupos carboxilo e amina, grupos estes que em gua se ionizam
e do origem a uma espcie dipolar com carga global zero, AA
, chamada de
zeuterio, e a espcies catinicas e aninicas, AA
e AA
+
respectivamente.
Dependendo do pH a que se encontra a soluo, as espcies AA
e AA
+
podem
existir em maior ou menor quantidade, sendo que no ponto isoelctrico
predomina a espcie zeuterinica, AA
. Estas molculas apresentam um

momento dipolar elevado o que d origem a interaces importantes quer entre
os seus ies quer com solventes polares como a gua.

Considerando ento a ionizao de um aminocido genrico (AA) em gua,
podem escrever-se as seguintes equaes de equilbrio:


17

AA AA
D
K
KD (R0)

+ +
+ AA H AA
1
K1 (R1)

+
+ AA H AA
2
K2 (R2)

+
+ OH H O H
3
2
KW (R3)

Na reaco R0 forma-se o zeuterio que, ao aceitar um proto na reaco R1,
forma o catio AA
+
. O zeuterio pode tambm ceder um proto, reaco R2,
dando origem ao anio AA
[17]. A reaco R3 representa a autoprotlise da gua.

As constantes de equilbrio KD, K1, K2 e KW permitem escrever:

AA
AA
D
a
a
K

=
(22)

+
+
=
AA
AA H
a
a a
K
1
(23)

+
=
AA
AA H
a
a a
K
2
(24)

+
=
OH H
W
a a K (25)

Para aminocidos alifticos o valor de KD da ordem de 10
5
a 10
6
[18], o que
significa que quase todo o aminocido AA presente em soluo est na forma de
AA
, AA
+
e AA
. Adoptando-se a conveno simtrica e a escala molal, vem que:

i m i i
m a =
*
,
, pelo que as constantes das equaes (22)-(25) se podem exprimir
como o produto de um termo de coeficientes de actividade por outro de
molalidades. Por exemplo, para a equao (23) obtm-se:

m
AA
AA H
AA
AA H
AA
AA H
K K
m
m m
a
a a
K
, 1
, 1 *
* *
1
*
= =
+
+
+
+
+
+

(26)

Relaes idnticas podem ser escritas para K2 e KW.


18

2.3. Modelos de coeficientes de actividade

Apresenta-se nesta seco uma breve descrio dos modelos de coeficientes
de actividade de UNIFAC e Debye-Hckel, dado terem sido escolhidos neste
trabalho para o estudo de aminocidos. Termina-se com uma reviso de alguns
modelos existentes na literatura para este efeito.

2.3.1. Modelo UNIFAC

O modelo UNIFAC (UNIversal Functional Activity Coefficient) um modelo
semi-emprico, preditivo, desenvolvido por Fredeslund et al [19], baseado em
termodinmica molecular e bastante usado para descrever o equilbrio lquido-
vapor em sistemas de no-electrlitos. No entanto, vrias extenses deste mtodo
foram sendo aplicadas em outros tipos de solues, nomeadamente polimricas e
electrolticas. O objectivo de mtodos preditivos como o UNIFAC utilizar
informao obtida a partir de sistemas conhecidos (i.e., parmetros) para prever
o comportamento de sistemas distintos para os quais no exista informao
disponvel [20].
A ideia principal dos mtodos de contribuio de grupos que apesar de
existirem milhares de compostos qumicos com interesse para a indstria, o
nmero de grupos funcionais que os compem muito inferior. Utiliza-se ento o
princpio de que uma propriedade fsica de um componente a soma das
contribuies de cada um dos grupos funcionais da molcula para essa mesma
propriedade. No entanto, qualquer que seja o mtodo de contribuio de grupos,
produzir resultados aproximados, uma vez que a contribuio de um
determinado grupo numa molcula no exactamente a mesma que a
contribuio desse mesmo grupo noutra. Outro pressuposto que a contribuio
de um grupo dentro de uma molcula independente da contribuio de outro
grupo na mesma molcula [20]. Quanto menor o nmero de grupos em que a
molcula dividida, maior a exactido do mtodo. No limite, pode considerar-se
toda a molcula como um grupo, perdendo-se no entanto as vantagens desta
abordagem. Para ter utilidade prtica, deve ser efectuada uma diviso sensata da
molcula: o nmero de grupos deve permanecer pequeno, mas no to pequeno


19

que se percam os efeitos da estrutura molecular para as propriedades da
mistura.
Usando as interaces entre cada um dos grupos funcionais presentes nas
molculas da mistura ento possvel calcular o coeficiente de actividade de
cada um dos componentes.
O mtodo original de UNIFAC, proposto por Fredeslund et al. [19], prope o
clculo do coeficiente de actividade da espcie i na conveno simtrica e escala
de fraco molar, como sendo a combinao de dois termos, um termo
combinatorial e um termo residual:

R C UNIFAC
ln ln ln
i i i
+ = (27)

O primeiro igual ao termo combinatorial do mtodo UNIQUAC e representa o
desvio idealidade devido s diferenas de tamanho e forma das molculas em
soluo. Neste trabalho usada a correco de Kikic et al. [21], introduzida para
solues diludas:

|
|
\
|
=
i
i
i
i
i
i
c
i
i
c
i C
i
q
x x
1 ln 5 1 ln ln (28)
em que,

=
j
j j
i i c
i
x r
x r
3 2
3 2
(29)

=
j
j j
i i
i
x r
x r
(30)

=
j
j j
i i
i
x q
x q
(31)

Nas equaes anteriores o ndice j representa o nmero total de molculas
presentes na soluo. Os parmetros ri e qi so, respectivamente, volume de van
der Waals e rea superficial das molculas e so calculados pelos parmetros de
rea e volume de cada um dos grupos k que constituem a molcula, Rk e Qk:


20

=
k
k
i
k i
R r (32)

=
k
k
i
k i
Q q (33)

onde o ndice k representa o nmero de diferentes grupos funcionais na molcula
i e
i
k
o nmero de grupos k presentes na molcula i. Na Tabela A.3 em
apndice so apresentados todos os parmetros Rk e Qk utilizados nas equaes
(32) e (33).
O termo residual,
R
i
, conhecido como o termo energtico e tem em conta as
interaces energticas de curto alcance entre grupos. calculado por:

( )
=
k
i
k k
i
k i
ln ln ln
R
(34)

em que
k
o coeficiente de actividade do grupo k na soluo e
i
k
o coeficiente
de actividade do grupo k numa soluo contendo apenas molculas do tipo i.
O coeficiente de actividade
k
calculado por:

(
(
(
\
|
=

m
n
nm n
km m
m
mk m k k
Q
ln 1 ln (35)

onde os ndices m e n correspondem a todos os grupos presentes em soluo. A
partir da equao (36) obtm-se a fraco de rea do grupo m,
m
:

=
n
n n
m m
m
X Q
X Q
(36)

=
j n
j
i
n
j
j
i
m
m
x
x
X
(37)

onde Xm a fraco de grupos m. Por fim, o parmetro
nm
calcula-se por:


21

|
\
|
=
T
a
mn
nm
exp (38)

onde T representa a temperatura absoluta da mistura e
mn
a o parmetro de
interaco entre os grupos m e n, sendo uma constante ajustvel neste trabalho.
Importa ainda referir que as equaes (35)-(38) so tambm usadas no clculo de
i
k
ln .

2.3.2. Modelo de Debye-Hckel

Os aminocidos so electrlitos fracos em soluo aquosa. De modo a incluir
as interaces electrostticas (de longo alcance) que se estabelecem entre as
espcies carregadas em soluo (AA
, AA
+
, AA
, H
+
e OH
) no desvio idealidade,
vai recorrer-se ao modelo de Debye-Hckel apresentado a seguir.

Lei limite de Debye-Hckel
sabido que ies com cargas opostas se atraem mutuamente. Como
resultado, mais provvel encontrar anies perto de caties e vice-versa. A
energia elctrica do io central e, consequentemente, o seu potencial qumico
reduzido em resultado das interaces com a sua atmosfera inica de carga
oposta [22]. Esta diminuio de energia corresponde diferena entre a energia
livre de Gibbs e o seu valor em soluo ideal, podendo representar-se por
ln RT . Mesmo em solues muito diludas, as foras atractivas e repulsivas

so significativas, pelo que a sua contribuio para os desvios idealidade deve
ser contabilizada.
Peter Debye e Erich Hckel desenvolveram, em 1923, um modelo simples
para solues de electrlitos e obtiveram expresses para os coeficientes de
actividade de espcies inicas, representados por
+
e
. Neste modelo os ies

so tratados simplesmente como esferas rgidas carregadas e com dimetro fixo.
O modelo inicialmente proposto por eles permite calcular coeficientes de
actividade de ies em solues muito diludas, tomando a designao de lei limite
de Debye-Hckel [22]:

2
1
log I A z z =
+
(39)


22

em que
+
z e
z so as cargas elctricas do catio e do anio, respectivamente, a

constante A vale 0,509 para solues aquosas a 25C e I representa a fora
inica da soluo dada por:

=
2
2
1
i i
z m I (40)

Neste caso, a fora inica tende para zero a diluio infinita. A equao de
Debye-Hckel mostrou ser aplicvel para foras inicas muito baixas, inferiores a
1 mmol/kg.

Extenso da lei de Debye-Hckel
Para solues onde a fora inica mais elevada, o coeficiente de actividade
da espcie i pode ser estimado por uma extenso da lei de Debye-Hckel (usada
neste trabalho):

I Ba
I Az
i
i
+
1
log
2
DH ,
(41)

em que zi a carga da espcie i e a a distncia de maior aproximao entre as
espcies i e j, representada na Figura 2.3.

Figura 2.1: Representao esquemtica da distncia a, entre as espcies i e j.


23

2.3.3. Reviso de modelos de coeficientes de actividade
para aminocidos

H vrias dcadas que so conhecidos estudos experimentais de medio de
coeficientes de actividade de aminocidos [23-27], dados que foram utilizados
neste trabalho (ver seco 3.5). No entanto, quanto a modelos termodinmicos
capazes de prever o seu comportamento em soluo, s nos ltimos vinte anos
foram surgindo e sendo publicados alguns resultados. Segundo Macedo [28], os
modelos publicados podem distinguir-se em duas grandes categorias:

1. Modelos que apenas consideram as interaces de curto alcance entre as
partculas, considerando o aminocido em gua apenas na sua forma
zeuterinica, como os modelos publicados por Gupta e Heidemman [17],
Kuramochi et al. [29] e Xu et al. [30].
No trabalho publicado por Gupta e Heidemann [17] usado o mtodo UNIFAC
para alguns aminocidos e antibiticos. Neste modelo considerado o equilbrio
qumico e usadas as respectivas constantes de ionizao. Foram ainda
introduzidos dois novos grupos, correspondentes s molculas da glicina e
prolina.
No trabalho de Kuramochi et al. [29] foi usado o modelo UNIFAC e foram
introduzidos novos grupos. O zeuterio considerado uma molcula neutra e
proposta uma alterao ao mtodo UNIFAC de Larsen et al [31] de modo a ser
estendido a solues de biomolculas. Para que o mtodo representasse
correctamente os coeficientes de actividade foram definidos novos grupos. Nesse
trabalho, os aminocidos foram divididos em quatro grupos: -CH, NH2, COOH e
sc-CH2, e ainda foi introduzido o novo grupo CONH para os peptdeos.
No trabalho publicado por Xu et al. [30] foi usado o modelo de Wilson para
solues aquosas de polmeros para calcular os coeficientes de actividade e as
solubilidades de aminocidos e peptdeos em gua, usando dois parmetros
ajustveis por aminocido. Nos parmetros de energia foi introduzida a
influncia da temperatura, podendo obter-se, segundo os autores, uma melhor
representao da solubilidade a temperaturas elevadas [30].


24

2. Modelos que, para alm das interaces de curto alcance, tm em conta as
interaces de longo alcance devidas s foras electrostticas entre ies. Para
isso usam a equao de Debye-Hckel. Nesta abordagem inserem-se os trabalhos
publicados por Peres e Macedo [32], Pinho et al. [33] e o modelo desenvolvida no
mbito desta dissertao.
No artigo de Pinho et al. [33] foi combinado o modelo UNIFAC modificado por
Kikic et al. [21] com a equao de Debye-Hckel. Novos grupos inicos foram
definidos, tendo em conta as cargas das espcies em soluo, e os dados
experimentais da literatura foram usados para ajustar os parmetros de
interaco entre esses novos grupos e os j existentes, obtendo-se resultados
satisfatrios como se ver no Captulo 4.
O modelo de Peres e Macedo (1994) [32] utiliza os modelos de Debye-Hckel e
de UNIQUAC para descrever o equilbrio slido-lquido de aminocidos/peptdeos
em solues aquosas. Tal como nos modelos anteriormente indicados, os dados
experimentais de coeficientes de actividade foram usados para optimizar novos
parmetros, obtendo-se tambm resultados satisfatrios.

Captulo 3 MODELO PROPOSTO

25

3. MODELO PROPOSTO PARA COEFICIENTES DE
ACTIVIDADE DE AMINOCIDOS

Neste captulo apresenta-se o desenvolvimento do modelo proposto neste
trabalho para calcular coeficientes de actividade de aminocidos e peptdeos em
soluo aquosa. um modelo que integra interaces de curto e de longo
alcance, traduzidas pelas equaes de UNIFAC e Debye-Hckel, respectivamente.
Faz-se tambm uma descrio do programa e do algoritmo utilizados na
optimizao dos parmetros do modelo. Apresenta-se ainda a base de dados
compilada.

3.1. Clculo do equilbrio qumico

O equilbrio qumico de aminocidos em soluo aquosa encontra-se descrito
na seco 2.2. O clculo deste equilbrio imprescindvel para se conhecer a
concentrao de cada espcie em soluo, pelo que ser abordado em primeiro
lugar.
De modo a simplificar as expresses a desenvolver, adopta-se a notao
seguinte para as espcies envolvidas: AA
1, AA
+
2, AA
3, H
+
4 e OH
5.
O nmero de moles de cada espcie pode calcular-se pelas relaes
estequiomtricas correspondentes aos equilbrios traduzidos pelas equaes
qumicas R1 a R3 (ver seco 2.2):

=
+ =
3
1
, 1 0 , 1 1
j
j j
AA
n n n (42)

=
+ =
+
3
1
, 2 0 , 2 2
j
j j
AA
n n n (43)

=
+ =
3
1
, 3 0 , 3 3
j
j j
AA
n n n (44)

=
+ =
+
3
1
, 4 0 , 4 4
j
j j
H
n n n (45)


26

=
+ =
3
1
, 5 0 , 5 5
j
j j
OH
n n n (46)

onde
j i,
representa o coeficiente estequiomtrico da espcie i na reaco j,
j
o
avano da reaco j e
0 , i
n o nmero inicial de moles do componente i.
Substituindo os coeficientes estequiomtricos obtm-se:

2 1 0 , 1 1
+ = n n (47)

1 0 , 2 2
= n n (48)

2 0 , 3 3
+ = n n (49)

3 2 1 0 , 4 4
+ + + = n n (50)

3 0 , 5 5
+ = n n (51)

No incio, apenas temos as espcies AA
, H
+
e OH
, pelo que o nmero total de

moles,
0
n , dado por:

=
+ + = =
NC
i
i
n n n n n
1
0 , 5 0 , 4 0 , 1 0 , 0
(52)

Dividindo as equaes (47) a (51) pela massa de solvente, estas aparecem
escritas em termos das molalidades de cada componente ( )
s s i i
M n n m = e do
avano intensivo de cada reaco j ( )
s s j j
M n = :

2 1 0 , 1 1
+ = m m (53)

1 2
= m (54)

2 3
= m (55)

3 2 1 0 , 4 4
+ + + = m m (56)

3 0 , 5 5
+ = m m (57)


27

Como as reaces em que o zeuterio intervm para originar o AA
+
e o AA
-
so
pouco extensas, pode introduzir-se a aproximao:

0 , 1 2 1 0 , 1 1
m m m + = (58)

Substituindo as relaes (54)-(58) nos equilbrios (23)-(25) obtm-se:

( )
1
3 2 1 0 , 1
, 1
1
, 1

+ +
=
m
K
K
K
m
(59)

( )
0 , 1
3 2 1 2
, 2
2
, 2
m K
K
K
m

+ +
=
(60)
( )
3 3 2 1
,
,

+ + =
W
W
m W
K
K
K (61)
onde se atendeu notao definida na equao (26). A soluo do sistema de
equaes no linear obtm-se facilmente por manipulao algbrica:

m m
m m W
K m K
K m K m
, 1 0 , 1
2
, 1
, 2
3
0 , 1 ,
2
0 , 1 2
1
+
+
= (62)

m
m
K
K m
, 1 1
, 2
2
0 , 1
2
(63)

m
m W
K
K m
, 1 1
, 0 , 1
3
(64)

Assim, conhecendo-se a molalidade inicial do aminocido,
0 , 1
m , as constantes de
equilbrio termodinmicas ( )
W
K K K , ,
2 1
e as constantes expressas em termos de
coeficientes de actividade ( )
, , 2 , 1
, ,
W
K K K calculam-se
1
,
2
e
3
pelas equaes
(62)-(64), que substitudos nas equaes (54)-(58) permitem determinar a
concentrao do sistema. Este clculo iterativo: inicia-se com coeficientes de
actividade unitrios e obtm-se uma primeira estimativa para
i
m ; com estes
valores calculam-se os
i
s que sero utilizados na obteno de novas
molalidades; o procedimento repete-se at se atingir convergncia.


28

3.2. Descrio do modelo

O modelo proposto nesta dissertao compreende as interaces de curto e de
longo alcance, traduzidas pelas equaes de UNIFAC e Debye-Hckel,
respectivamente. Desta forma, a funo de Gibbs em excesso do sistema, na
conveno assimtrica pode escrever-se como:

E E E
G G G
*,
DH
*,
UNIFAC
*,
+ = (65)

Em todas as publicaes existentes na literatura, a contribuio das cargas
do zeuterio, AA
, no foi tida em conta por ser uma molcula globalmente

neutra. No entanto, neste trabalho, o efeito das cargas dos grupos NH3
+
e COO

do AA
considerado muito importante para os desvios idealidade, pois grande

parte do aminocido existe na forma AA
.

Este facto levou-nos

a introduzir esta
contribuio. Como se observa na Figura 3.1, os grupos inicos interagem
electrostaticamente com os restantes grupos em soluo, quer sejam espcies
positivas, negativas ou zeuterinicas, afectando dessa forma o coeficiente de
actividade do AA
.
Partindo da equao (65) deriva-se o coeficiente de actividade no simtrico,
obtendo-se:

DH ,
,
UNIFAC ,
, ,
ln ln ln

+ =
m i m i m i
(66)

O termo de Debye-Hckel para o caso particular do zeuterio,
DH
m AA
,
,
ln

, ser
ento calculado por:

DH ,
,
DH ,
,
DH ,
,
3
ln ln ln

+
+ =
m NH m COO m AA
(67)

Grupos UNIFAC usados neste trabalho. Novo grupo mCH3.

Na Tabela 3.1 encontram-se listados os grupos que compem as espcies
zeuterinicas de aminocidos e peptdeos. Como se pode observar na Tabela 3.1
foi introduzido um novo grupo neste trabalho, chamado mCH3 (modified CH3),
cuja justificao passamos a expor.


29

O
NH
3
+
O
-
O
NH
3
+
O
-
O
N H
3
+
O
-
O
N H
3
+
O H
O NH
2
O
-
AA
AA
AA
+
AA
AA
Interaces
electrostticas entre
cargas opostas

Figura 3.1: Interaces electrostticas entre as espcies com carga.

Na Figura 3.2 encontram-se representados coeficientes de actividade
experimentais em funo da molalidade para 5 aminocidos que diferem entre si
pela presena de um ou mais grupos CH3 na cadeia lateral aliftica (ver Tabela
1.2). A alanina, com o grupo
3
CH R = (ver Figura 1.1), apresenta um coeficiente
de actividade superior glicina ( H R = ) e inferior ao cido aminobutrico
(
3 2
CH CH R = ). Prosseguindo para o cido aminovalrico (
3 2 2
CH CH CH R = ), o
seu coeficiente de actividade superior ao do cido aminobutrico e inferior ao da
valina (
3 3
CH CHCH R = ). Como a nica diferena entre este pequeno grupo de
aminocidos reside na estrutura da sua cadeia lateral, o comportamento distinto
dos seus coeficientes de actividade pode ser atribudo ao grupo CH3 e aos
subgrupos CH2 e CH.
Por outro lado, os parmetros originais UNIFAC para a interaco energtica
(amn) entre o grupo CH3 e os demais da mistura j publicados no so capazes de
descrever correctamente o andamento das curvas apresentadas na Figura 3.2.
Pelo contrrio, a adio de grupos CH3 faz diminuir o valor do coeficiente de
actividade, contrariando os dados experimentais. Por este motivo, define-se neste
trabalho o grupo mCH3 (modified CH3), especfico para este tipo de sistemas.


30

Parmetros de interaco energtica a optimizar

Os parmetros de interaco energtica entre os grupos que aparecem na
Tabela 3.1 dividem-se em dois tipos: os que j esto publicados e os que foram
definidos/redefinidos neste trabalho. Os valores dos primeiros foram tirados de
tabelas existentes na literatura (ver Tabela A.4 no Apndice); os restantes foram
optimizados (ou fixados ao longo do trabalho) utilizando a base de dados da
seco 3.3. Os pares ajustados so: H2O/CNH3
+
, CNH3
+
/H2O, COO
/H2O, COO
/CNH3
+
, CNH3
+
/mCH3, mCH3/COO
, mCH3/H2O, H2O/mCH3, COO
/OH,
OH/CNH3
+
, OH/COO, NH3
+
/OH, OH/CNH2
+
, H2O/CNH2
+
, CNH2
+
/H2O,
CONHCH2/COO
, CONHCH2/CNH3
+
, CONHCH2/mCH3 e mCH3/CONHCH2.

Tabela 3.1: Grupos constituintes da espcie zeuterinica de aminocidos e peptdeos.

Aminocido/peptdeo Grupos constituintes
glicina
CH2NH3
+
; COO

alanina
mCH3; CHNH3
+
; COO

c. aminobutrico
mCH3; mCH2; CHNH3
+
; COO-
valina
2 mCH3; mCH; CHNH3
+
; COO-
c. aminovalerico
mCH3; 2 mCH2; CHNH3
+
; COO-
hidroxiprolina
CH2; 2 CH; OH; CH2NH2
+
; COO-
prolina
2 CH2; CH; CH2NH2
+
; COO-
serina
mCH2; OH; CHNH3
+
; COO-
treonina
mCH3; mCH; OH; CHNH3
+
; COO-
alanilalanina
2 mCH3; CONHCH; CHNH3
+
; COO-
alanilglicina
mCH3; CHNH3
+
;

CONHCH2; COO-
glicilalanina
mCH3; CONHCH; CH2NH3
+
; COO-
glicilglicina
CH2NH3
+
; CONHCH2; COO-
triglicina
2 CONHCH2; CH2NH3
+
; COO-


31

0 0.5 1 1.5 2 2.5 3 3.5
0.7
0.8
0.9
1
1.1
1.2
molalidade
C
o
e
f
.

d
e

A
c
t
i
v
i
d
a
d
e
,

*

glicina
alanina
c.aminobutrico
c.aminovalrico
valina

Figura 3.2: Coeficientes de actividade experimentais em funo da molalidade para 5
aminocidos de cadeia lateral aliftica.

Coeficientes de actividade real e aparente

O coeficiente de actividade real de um aminocido decorre do desvio
idealidade das diversas espcies que aparecem com a sua ionizao. No entanto,
os dados experimentais publicados so apresentados para o aminocido no
dissociado AA. Este valor passa a ser designado por aparente ( )
*
ap , m
, em
contraposio ao coeficiente real ( )
*
m
.
Torna-se necessrio relacionar os dois coeficientes. Para isso parte-se da
igualdade das fugacidades para a soluo real e aparente:

=
p x, x
f x f x
a ap ap
( 68)

Atendendo a que, quando 1 x , 1
ap
x e 1
ap ,
=
x x
, conclui-se que

=
ap
f f , pelo que
ap , ap x x
x x = . Dividindo ambos os membros pelo coeficiente


32

de actividade a diluio infinita, aparecem os coeficientes em conveno
assimtrica:

*
ap
*
ap , x x
x
x
= (69)

O quociente entre a fraco molar real e a aparente dado por:

( )
AA
AA
AA
AA
AA AA AA
AA
AA AA AA
AA
m
m
n
n
n n n
n
n n n n
n n
x
x
+
= =
+ +
=
+ +
=
total
total
ap
real
(70)

Combinando as duas equaes anteriores, obtm-se:

* *
ap , x
AA
AA
x
m
m
=

(71)

e como nestes sistemas o valor de
*
x
coincide com
*
m
(ver Tabela A.2), a relao
final pretendida :

* *
ap , m
AA
AA
m
m
m
=

(72)

3.3. Programa de clculo

No desenvolvimento desta dissertao foram usados o software de clculo
MATLAB e a aplicao de clculo e base de dados termodinmicos THERMOLIB
[34]. A estrutura do programa feito em MATLAB pode observar-se na Figura 3.3.
A base do programa assenta no gestor de optimizao representado pelo bloco
1. Neste gestor, so definidos os aminocidos que iro ser ajustados e as
estimativas iniciais dos parmetros a optimizar, amn_iniciais. No bloco 1 usada a
funo fminsearch, uma funo do MATLAB que usa o algoritmo de Nelder-Mead
para procurar mnimos relativos; a funo objectivo dada por:

( )

=
i
m i m i
Fobj
2
exp ,
,
calc ,
,
(73)


33

i
n
p
u
t
i
n
p
u
t
( )
2
exp ,
,
calc ,
,

=
i
m i m i
Fobj
calc *,
,m i

Figura 3.3: Representao esquemtica da estrutura do programa de clculo.

Dentro da rotina de optimizao, bloco 4, so definidos os parmetros amn a
ajustar, isto , os grupos m e n do mtodo UNIFAC cuja interaco permitir
ajustar a curva do modelo aos dados experimentais. Neste bloco entra a
informao do bloco 5, bloco composto por ficheiros individuais para cada
aminocido/peptdeo que contm os dados experimentais de coeficiente de
actividade e constante de equilbrio de cada um e ainda a construo da
molcula a partir dos vrios grupos que a compe (de modo a ser usada na
aplicao THERMOLIB). Na Figura 3.4 encontra-se um exemplo de um ficheiro do
bloco 5, neste caso para a glicina. O bloco 4 tem ainda como entrada o resultado
do clculo de
i
do bloco 6. Este um bloco importante, visto que onde so
combinados o equilbrio qumico e as contribuies para os coeficientes de
actividade de UNIFAC e de Debye-Hckel,
UNIFAC ,
i
e
DH ,
i
, respectivamente,
provenientes do bloco 7. O clculo do equilbrio qumico fundamental, uma vez
que, tendo em conta os avanos das reaces R1 a R3, necessrio saber o
nmero de moles de cada uma das espcies, AA
, AA
+
e AA
, H
+
e OH
. Para o
clculo do equilbrio so resolvidas as equaes (54)-(58) e (62)-(64) e obtm-se
um vector-molalidade que contm a concentrao de cada espcie em soluo.
Relativamente ao clculo dos coeficientes de actividade e optimizao dos
parmetros de interaco em particular (blocos 4 a 7 da Figura 3.3), a estrutura
do algoritmo que foi desenvolvido mostra-se na Figura 3.5.


34

Figura 3.4: Exemplo de ficheiro de dados da glicina, bloco 5 da Figura 3.3.

Como se pode constatar, o clculo dos coeficientes de actividade e obteno
dos parmetros amn um processo iterativo. No incio, so introduzidos os dados
de temperatura do sistema, constantes de equilbrio em funo da temperatura,
molalidades de cada uma das espcies, coeficientes de actividade experimentais e
as estimativas iniciais dos parmetros ajustveis do modelo UNIFAC, amn_iniciais.
De seguida, a rotina verifica se a primeira iterao, isto , se 0 = k , e em caso
afirmativo os coeficientes de actividade so assumidos como sendo iguais a 1.
Atravs do clculo do avano de cada uma das reaces dados pelas equaes
(62) a (64) possvel determinar a molalidade de cada uma das espcies em
soluo,
0 = k
i
m , pelas equaes (54)-(58). As molalidades calculadas so
convertidas para fraces molares e, atravs da biblioteca THERMOLIB, a
contribuio pelo modelo de UNIFAC para o coeficiente de actividade calculada.
function glicina(T)
global AMINOACIDOS

%% Massa molecular de cada espcie
solucao.MW = [18.015 75.07 76.07 74.07 17.007 1.008]/1000; %Massa molecular (kg/mol)

%% Carrega a base de dados termodinmicos na memria.
carregarBasedeDados;

%%Preparar os componentes
solucao.zwiterion = gerarCompMinimo('GLICINA','COO-:CH2NH3+',nan);
solucao.Amais = gerarCompMinimo('GLICINA+','COOH:CH2NH3+',nan);
solucao.Amenos = gerarCompMinimo('GLICINA-','COO-:CH2NH2',nan);
solucao.Solvente = LerComponentePuro('AGUA');

%% Dados de Equilibrio
pK1 = 7.1157-2.9548e-2*T+4.5506e-5*T^2; %pK1 em funo da temperatura
pK2 = 26.155-8.3834e-2*T+9.6965e-5*T^2; %pK2 em funo da temperatura
pKW = 4471.33/T-6.0846+0.017053*T; %pKw em funo da temperatura

solucao.K1=10^(-pK1); %Valor de K1
solucao.K2=10^(-pK2); %Valor de K1
solucao.KW=10^(-pKW); %Valor de K1

%% Dados experimentais da Glicina
dadosexp = ...
[0.2 0.0176; ...
0.3 0.0232; ...
0.5 0.0421; ...
0.7 0.0489; ...
1.0 0.0579; ...
1.5 0.0868; ...
2.0 0.1041; ...
2.5 0.1181; ...
3.0 0.1297; ...
3.114 0.1321; ...
];

%% Construo da estrutura AMINOACIDOS
AMINOACIDOS.carregados{end+1}={'glicina',solucao,dadosexp};


35

T, K(T), mi
exp
, i,m
exp
, amn_iniciais
k = 0
Resultados
amn_finais
Equilbrio Qumico
Clculo de mi
k=0
UNIFAC + Debye-Hckel
Clculo i,m*
sim
Incio
( )
=
j
m i
calc
m i
Fobj
2
exp *,
,
*,
,

i,m
k=0
= 1 k 0 ? no
k=k+1
amn
k-1
=amn
k
no
Equlibrio Qumico
Clculo de mi
k
com i,m
k-1
sim
Fim ? Fobj

Figura 3.5: Algoritmo de clculo usado na optimizao.

A biblioteca tem como parmetros de entrada apenas a temperatura do sistema e
a composio em fraco molar de cada espcie, obtendo-se
UNIFAC ,
,
m i
. ainda
calculada a contribuio para o coeficiente de actividade pela equao de Debye-
Hckel,
DH ,
,
m i
, tendo em conta as contribuies de todas as espcies com carga,
incluindo o zeuterio, obtendo-se pela equao (66) o coeficiente de actividade
m i,
. Como j foi referido, para obter os parmetros amn usa-se a funo objectivo
definida pela equao (73).
Neste momento, o programa verifica se a condio estabelecida para finalizar
o clculo cumprida. A condio usada que a variao () do valor da funo
objectivo seja inferior a 110
-3
. Para k = 0 a condio no verificada e avana-se
para uma nova iterao. Neste ponto, o nmero de iteraes incrementado e
calcula-se novamente o equilbrio qumico, desta vez no com 1 =
i
, mas com o
valor do coeficiente de actividade calculado no passo anterior,
1 , k
i
, e obtm-se o
novo vector-molalidade,
k
i
m . Retoma-se ento o clculo de coeficientes de
actividade com as duas contribuies. Este ciclo segue at que seja satisfeita a
condio de paragem. Nesta altura os parmetros obtidos correspondem ao
resultado final.


36

3.4. Estratgia de clculo

Apresenta-se nesta seco a estratgia adoptada para a optimizao dos
parmetros de interaco de UNIFAC apresentados em 3.2.
Comeou-se pela glicina, uma vez que o aminocido mais simples (ver
Tabela 1.2) e os grupos que o compem fazem tambm parte de outros
aminocidos. Para a glicina, os parmetros de interaco usados no ajuste foram
H2O/CNH3
+
, CNH3
+
/H2O, COO
/H2O e COO
/CNH3
+
.
De seguida tratou-se simultaneamente a alanina e o cido aminobutrico,
dada a semelhana entre eles (ver Tabela 1.2). Os pares que se revelaram mais
importantes foram: CNH3
+
/mCH3, mCH3/COO
, mCH3/H2O e H2O/mCH3.
Para a serina foram escolhidos 2 parmetros de interaco, COO
/OH e
OH/CNH3
+
, que foram mantidos iguais a OH/COO e CNH3
+
/OH,
respectivamente.
Para a prolina e hidroxiprolina usaram-se 3 parmetros no processo de
minimizao: OH/CNH2
+
, H2O/CNH2
+
e CNH2
+
/H2O, pois foram os que revelaram
maior influncia sobre a funo objectivo.
Por fim, foram ajustados dois peptdeos, a glicilglicina e a alanilalanina,
recorrendo-se a 4 parmetros de interaco. Comeou por se ajustar a
glicilglicina com os 2 parmetros: CONHCH2/COO
e CONHCH2/CNH3
+
. Para a
alanilalanina, os parmetros usados foram: CONHCH2/mCH3 e mCH3/CONHCH2.
importante referir que medida que os parmetros se iam ajustando, iam
sendo fixados durante as optimizaes seguintes.
Neste trabalho foram testados muitos outros parmetros, mas durante a
optimizao os seus valores evoluam para nmeros que j no influenciavam o
coeficiente de actividade, no alterando o valor da funo objectivo. Por este
motivo, os pares de grupos cujos coeficientes foram optimizados foram aqueles
que se revelaram mais importantes para o ajuste.

3.5. Base de dados utilizada neste trabalho

Na Tabela 3.2 esto compilados os parmetros usados no clculo das
constantes de equilbrio K1 e K2 em funo da temperatura. Na Tabela 3.3 so


37

apresentados os valores de pK1 e pK2 de aminocidos/peptdeos a 25C para os
quais no existe informao da sua variao com a temperatura. Para determinar
o produto inico da gua, Kw, em funo da temperatura foi usada a equao
seguinte proposta por Robinson e Stokes [35]:

T
T
pK
w
+ = 017053 , 0 0846 , 6
33 , 4471
(74)

Na Tabela 3.4 apresentam-se os coeficientes de actividade experimentais
utilizados neste trabalho.
Remeteram-se para apndice (Tabelas A.3 e A.4) os parmetros de rea,
volume e de interaco energtica do modelo UNIFAC. Relativamente equao
de Debye-Hckel, equao (41), foi usado
10
10 4

= a m [14]; as constantes A
e B dependem da temperatura e foram calculadas por [14]:

0,5 0,5 2 5 3 4
mol kg 10 1863 , 1 10 9865 , 4 10 6096 , 1

+ = T T A (75)
0,5 0,5 2 3 6 9
mol kg 10 8675 , 8 10 3349 , 3 10 4974 , 3

+ = T T B (76)


38

Tabela 3.2: Parmetros para o clculo de pK1 e pK2, para cada aminocido [14]:
2
2 1 0
T T pK + + = . A 1 linha refere-se a pK1 e a 2 linha a pK2.
Aminocido
0

2
1
10
5
2
10
7,1157 -2,9548 4,5506
Glicina
26,155 -8,3834 9,6965
7,7018 -3,8881 5,3411
Alanina
28,345 -9,7007 11,750
6,5886 -2,8617 4,7586
Valina
26,936 -8,9094 10,514
7,2273 -3,4139 5,3636
Hidroxiprolina
24,770 -7,8220 9,2390
7,3987 -3,5533 5,7879
Prolina
25,672 -7,5599 8,4482
7,6139 -3,3074 4,9864
Serina
25,569 -8,4130 9,8118
6,9981 -3,0640 5,0129
Isoleucina
27,555 -9,2760 11,087
7,0040 -3,0337 4,9161
Leucina
27,433 -9,1848 10,910
6,8528 -2,8962 4,6299
Norleucina
27.405 -9.0778 10.681

Tabela 3.3: Valores de pK1 e pK2 para alguns aminocidos/peptdeos a 25C [14].
Aminocido pK1 pK2
c. Aminobutrico 2,291 9,832
c. Aminovalrico 2,318 9,808
Treonina 2,090 9,100
Alanilalanina 3,120 8,296
Alanilglicina 3,160 8,240
Glicilalanina 3,170 8,230
Glicilglicina 3,060 8,130
Triglicina 3,260 7,910


39

4
,
0

1
,
4
9
3
[
c
]

0
,
6
0
3

3
,
5

1
,
4
0
6

0
,
6
2
1

3
,
0

0
,
7
4
2
[
a
]

1
,
3
3
7

0
,
6
4
1

2
,
5

0
,
7
6
2

1
,
2
6
8

0
,
6
7

2
,
0

0
,
7
8
7

1
,
1
6
5

1
,
0
2
6

1
,
2
0
5

0
,
7
0
5

0
,
9
4
4

1
,
5

0
,
8
1
9

1
,
0
3
5
[
b
]

1
,
1
0
2

1
,
0
1
4

1
,
1
4
8

0
,
7
4
6

0
,
9
5
1

0
,
6
8
9

1
,
0

0
,
8
7
5

1
,
0
2
3

1
,
0
6
5

1
,
0
7
2

1
,
0
0
7

1
,
0
9
6

0
,
8
0
5

0
,
9
5
9

1
,
0
3
5

0
,
8
5
5

0
,
8
5
5

0
,
7
0
3

0
,
7

0
,
8
9
4

1
,
0
1
6

1
,
0
4
2

1
,
0
5
5

1
,
0
0
2

1
,
0
6
9

0
,
8
5
1

0
,
9
6
6

1
,
0
0
2

0
,
8
6
3

0
,
8
6
9

0
,
7
8
2

0
,
5

0
,
9
0
8

1
,
0
1
2

1
,
0
2
8

1
,
0
7
6

1
,
0
4
4

1
,
0
0
2

1
,
0
4
7

0
,
8
8
7

0
,
9
7
5

0
,
9
8
6

0
,
8
6
9

0
,
8
8
3

0
,
8
2
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0
,
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0
,
9
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1
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0
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1
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1
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3
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4
:

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[
1
3
,

2
3
-
2
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]
.

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a

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g
l
i
c
i
n
a

[
a
]

P
a
r
a

m

=

3
,
1
1
4

=

0
,
7
3
7
;

[
b
]

P
a
r
a

m

=

1
,
8
6

=

1
,
0
4
5
;

[
c
]

P
a
r
a

m

=

5
,
0

=

1
,
6
7
5
;

m

=

6
,
0

=

1
,
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2
8
;

m

=

7
,
0

=

1
,
9
7
7
;

m

=

7
,
3

=

2
,
0
0
4
.

Captulo 4 RESULTADOS E DISCUSSO

40

4. RESULTADOS E DISCUSSO

Na Tabela 4.1 esto listados os principais parmetros obtidos neste trabalho
segundo a estratgia delineada na seco 3.4. A Tabela 4.2 contm o nmero de
pontos experimentais utilizado para cada aminocido/peptdeo, o nmero de
parmetros de interaco envolvidos na correlao e o rmsd (root mean square
deviation) resultante. O rmsd mede a qualidade de um ajuste ou de uma
previso, calculando-se por:
( )
( )
100 %
DATA
1
2
exp ,
,
calc ,
,
DATA
=

N
rmsd
N
i
m AA m AA

(77)

Nas Figuras 4.1 e 4.2 esto representados os coeficientes de actividade
(experimentais e modelados) em funo da molalidade para seis aminocidos
glicina, prolina, hidroxiprolina, serina, alanina e cido aminobutrico e ainda
dois peptdeos a glicilglicina e a alanilalanina. As duas figuras correspondem s
molculas cujos parmetros de interaco foram optimizados. Pode constatar-se
que se obtiveram resultados muito bons. Por exemplo, no caso da alanilalanina
(ver Figura 4.2) o modelo mostra-se inclusivamente capaz de traduzir a inverso
de comportamento do
*
,m AA
: diminui inicialmente com o aumento concentrao
para comear a aumentar de seguida. O rmsd global para estas oito biomolculas
foi de 0,90%. Pinho et al. [33] e Gupta e Heidemann [17] obtiveram 0,80% e
3,74%, respectivamente (ver Tabela 4.3).

Tabela 4.1: Principais parmetros de interaco entre grupos m e n utilizados.
CH3 H2O CNH3
+
CNH2
+
COO
CNH OH mCH3 CONHCH2

CH3 1318* 5000 5000 5000 255,7* 986,5* 0,0 390,9*
H2O 300,0* 621,1 -68,3 -1000 168,0* -229,1* -686,8 835,6*
CNH3
+
5000 284,0 n.d. -1000 -768,4 99,9 -1037,6 5000
CNH2
+
5000 -245,3 n.d. 5000 n.d. 5000 n.d. n.d.
COO
5000 -422.1 414,8 5000 5000 -485,0 5000 5000

CNH 65,33* -448,2 -335,9 n.d. 5000 -150,0* n.d. n.d.
OH 156,4* 353,5* 99,9 -234,6 -485,0 42,7* 156,4 -382,7*
mCH3 0,0 -324,2 5000 n.d. -1689,6 n.d. 986,5 5000
CONHCH2 27,97* -509,3* 62,7 n.d. -1792,5 n.d. 394,8* -1378,9
*Parmetros disponveis em [36]. n.d.: dados no disponveis.


41

Tabela 4.2: Nmero de pontos experimentais, parmetros de interaco usados na
correlao e rmsd obtido para cada aminocido/peptdeo.

Aminocido
n pontos
exp.
n parmetros rmsd (%)
rmsd (%)
mdio
glicina 10 4 0,52
alanina 7 0,15
c. aminobutrico 7
4
1,24
serina 11 2 0,46
prolina 15 1,39
hidroxiprolina 7
3
0,97
glicilglicina 6 2 1,74
C
o
r
r
e
l
a
o

alanilalanina 5 2 0,68
0,90
c. aminovalrico 5 2,29
treonina 7 11,89
valina 3 0,31
alanilglicina 5 3,04
glicilalanina 5 6,98
P
r
e
v
i
s
o

triglicina 2 3,46
5,65

0 1 2 3 4 5 6 7 8
0.6
0.8
1
1.2
1.4
1.6
1.8
2
2.2
Molalidade
C
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n
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d
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A
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d
a
d
e
,

*

Glicina
Prolina
Hidroxiprolina
Serina

aminocidos em gua: dados experimentais e correlao obtida com o modelo deste
trabalho.


42

0 0.2 0.4 0.6 0.8 1 1.2 1.4 1.6 1.8 2
0.6
0.7
0.8
0.9
1
1.1
1.2
Molalidade
C
o
e
f
i
c
i
e
n
t
e

d
e

A
c
t
i
v
i
d
a
d
e
,

*

Alanina
c. Amino-butrico
Alanilalanina
Glicilglicina

aminocidos/peptdeos em gua: dados experimentais e correlao obtida com o modelo
deste trabalho.

Sendo este modelo uma combinao do mtodo de contribuio de grupos de
UNIFAC e da equao de Debye-Hckel, era importante avaliar a sua capacidade
preditiva.
Nas Figuras 4.3 e 4.4 mostram-se resultados previstos pelo modelo
desenvolvido neste trabalho juntamente com os pontos experimentais. Pode
observar-se que para a valina, triglicina e cido aminovalrico o modelo exibe
uma excelente capacidade de previso, obtendo-se um rmsd de 0,31%, 3,46% e
2,29%, respectivamente. Note-se que Pinho et al. [33] fornecem 16,43%, 10,00%
e 16,40% (ver Tabela 4.3); Gupta e Heidemann [17] apresentam apenas o rmsd
para a valina, sendo igual a 12,05%.
O modelo tambm exibe uma boa capacidade preditiva para a alanilglicina,
com rmsd de 3,04%, diminuindo a sua eficincia no caso da glicilalanina e da
treonina, com 6,98% e 11,89%, respectivamente. No entanto, estes resultados
no deixam de ser satisfatrios, quando comparados com outros autores: Pinho
et al. [33] fornecem previses com rmsds iguais a 28,22%, 26,12%, 17,06%, e
17,87% (ver Tabela 4.3) para alanilglicina, treonina, glicilglicina e cido
aminobutrico, respectivamente. Por seu lado, Gupta e Heidemann [17]
apresentam rmsds para a treonina e cido aminobutrico iguais a 13,78% e
17,34%, respectivamente.


43

Em termos globais, o modelo proposto nesta dissertao oferece previses de
coeficientes de actividade com rmsd = 5,65%, Pinho et al. [33] 20,17% e Gupta e
Heidemann [17] 14,94%.
Para concluir este captulo, importa referir que Kuramochi et al. [29]
tambm usaram o mtodo UNIFAC. No entanto no foi includo nesta
comparao, porque calcularam o rmsd de forma diferente. No trabalho de Xu et
al. [30] foi usado o modelo de Wilson e os dados experimentais de todos os
aminocidos foram correlacionados.

0 0.2 0.4 0.6 0.8 1
0.75
0.8
0.85
0.9
0.95
1
1.05
1.1
Molalidade
C
o
e
f
i
c
i
e
n
t
e

d
e

A
c
t
i
v
i
d
a
d
e
,

*

Valina
Alanilglicina
Triglicina

aminocidos/peptdeos em gua, experimentais e previstos pelo modelo.

0 0.2 0.4 0.6 0.8 1 1.2 1.4 1.6 1.8 2
0.7
0.75
0.8
0.85
0.9
0.95
1
1.05
1.1
1.15
1.2
Molalidade
C
o
e
f
i
c
i
e
n
t
e

d
e

A
c
t
i
v
i
d
a
d
e
,

*

Treonina
Glicilalanina
c.amino-valrico

aminocidos/peptdeos em gua, experimentais e previstos pelo modelo.


44

Tabela 4.3: Comparao dos resultados obtidos neste trabalho com outros modelos
publicados.

rmsd (%)
Aminocido n ptos exp. Gupta e Heidemann[17] Pinho et al.[33] Este trabalho
glicina 10 4,20 0,60 0,52
alanina 7 8,97 0,19 0,15
c. aminobutrico 7 17,34 17,87(p) 1,24
serina 11 3,32 0,24 0,46
prolina 15 3,01 1,21 1,39
hydroxiprolina 7 0,06 0,39 0,97
glicilglicina 5 17,06(p) 1,74
alanilalanina 6 0,52 0,68
rmsd mdio global para correlao (%)
C
o
r
r
e
l
a
o

3,74 0,80 0,90
c. aminovalrico 5 16,40 2,29
treonina 7 13,78 26,12 11,89
valina 3 12,05 16,43 0,31
alanilglicina 5 28,22 3,04
glicilalanina 5 0,59(c) 6,98
P
r
e
v
i
s
o

triglicina 2 10,00 3,46
rmsd mdio global para previso (%)
14,94 20,17 5,65
Nota: (p) resultado da previso. (c) resultado da correlao.

Captulo 5 CONCLUSES

45

5. CONCLUSES

O objectivo deste trabalho foi o desenvolvimento de um modelo para
coeficientes de actividade de aminocidos/peptdeos em soluo aquosa que
exiba uma boa capacidade de correlao e de previso.
O modelo proposto combina o mtodo UNIFAC com a equao de Debye-
Hckel para contabilizar as interaces de curto e de longo alcance que existem
entre as espcies em soluo. O equilbrio qumico tambm includo para se
quantificar a abundncia das espcies inicas resultantes da ionizao das
biomolculas. O zeuterio, que vulgarmente considerado uma molcula
globalmente neutra, foi aqui encarada como possuindo dois grupos distintos
carregados electricamente e cujas interaces electrostticas no podem ser
desprezadas. De forma a interpretar correctamente os dados experimentais de
aminocidos de cadeia aberta contendo cadeias alifticas no carbono- foi
tambm definido um grupo mCH3 (modified CH3).
Optimizaram-se no total 17 parmetros de interaco energtica. O modelo foi
capaz de representar muito bem os dados experimentais, fornecendo um rmsd de
0,90%. Os trabalhos de Pinho et al. [33] e Gupta e Heidemann [17] apresentam
0,80% e 3,74%, respectivamente.
Relativamente capacidade preditiva do modelo proposto, obtiveram-se
resultados muito superiores aos dos autores citados. Obtivemos um rmsd =
5,65%, enquanto Pinho et al. [33] conseguiram 20,17% e Gupta e Heidemann
[17] 14,94%.
Concluindo, o modelo desenvolvido no mbito desta dissertao apresenta um
ptimo comportamento na correlao e previso dos coeficientes de actividade
das biomolculas aminocidos e peptdeos.
Como trabalho futuro, seria recomendvel avaliar a capacidade do modelo
para estimar solubilidades de aminocidos/peptdeos, analisando-se a influncia
do pH sobre os resultados. A sua extenso ao clculo de coeficientes de
actividade de algumas protenas e antibiticos seria tambm interessante.


46

6. REFERNCIAS BIBLIOGRFICAS

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Biology; CRC Press, 1 vol., Cleveland: 1976,104-125.
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Captulo 5 CONCLUSES

47

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Twenty-Five Degrees. J. Biol. Chem. 121, 1937, 607-613.
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Relative Viscosity Data for Several Amino Acids, Lactamide, and Raffinose in Aqueous
Solution at 25. J. Phys. Chem. 68, 1964, 398-402.
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159-161.

APNDICES

48

7. APNDICES

Converso entre escalas de concentrao.

Nas Tabelas A.1 e A.2 encontram-se as relaes entre diferentes escalas de
concentrao e entre coeficientes de actividade em conveno simtrica e no
simtrica, respectivamente.

Tabela A.1: Converso entre escalas de concentrao molalidade, molaridade e fraco
molar. Tabela adaptada de [14].

Tabela A.2: Converso entre coeficientes de actividade na conveno no simtrica
escalas de molalidade, molaridade e fraco molar. Tabela adaptada de [14].

Para: mi ci xi
mi
=
+
solu
1
1
N
l
l l
i
M m
m

= =
+
solv solu
1
'
1
1
N
s
s
s
N
l
l
i
M x m
m

ci
solu
1
N
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l l
i
M c
c
=
=
=
+
solv
solu
solu
1
'
1
1
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s s
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l
i
M x
M c
c
c

De:
xi
=
solv
1
N
s
s s
i
M x
x

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j j
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l
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l
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De:
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solv
solv
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M x
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N
j
j j
o
M x
M x
=
=

APNDICES

49

Parmetros do modelo UNIFAC

Na Tabela A.3 so apresentados os parmetros Rk e Qk utilizados no clculo
do coeficiente de actividade pelo mtodo UNIFAC. Para o novo grupo mCH3, os
parmetros usados foram os j existentes para o grupo CH3.
Na Tabela A.4 so publicados todos os parmetros amn

utilizados no clculo
dos coeficientes de actividade.

Tabela A.3: Parmetros Rk e Qk do modelo UNIFAC [20].

Grupo Subgrupo Rk Qk
CH 0,4469 0,228
CH3
CH2 0,6744 0,540
CH3NH CH2NH 1,2070 0,936
CH2NH2 1,3692 1,236
CH3NH2
CHNH2 1,1417 0,924
CONHCH 1,7508 1,264
CONH2
CONHCH2 1,9637 1,488
COO- COO- 1,3013 1,224
COOH COOH 1,3013 1,224
H2O H2O 0,9200 1,400
OH OH 1,0000 1,200
CH2NH3
+
1,3692 1,236
CNH3
+

CHNH3
+
1,1417 0,924
CNH2
+
CH2NH2
+
1,2070 0,936
mCH3 0,9011 0,848
mCH2 0,6744 0,540 mCH3
mCH 0,4469 0,228

APNDICES

50

1
7

0
,
0

0
,
0

1
5
6
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4

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0

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3
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4
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1
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1
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Amino Acid o Sssss

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Formate disponibile

iii

; (ii) calcula os desvios

. Estas molculas apresentam um

[17]. A reaco R3 representa a autoprotlise da gua.

. Adoptando-se a conveno simtrica e a escala molal, vem que:

ln RT . Mesmo em solues muito diludas, as foras atractivas e repulsivas

. Neste modelo os ies

z so as cargas elctricas do catio e do anio, respectivamente, a

, pelo que o nmero total de

, no foi tida em conta por ser uma molcula globalmente

considerado muito importante para os desvios idealidade, pois grande

, mCH3/H2O, H2O/mCH3, COO

CNH OH mCH3 CONHCH2

5000 -422.1 414,8 5000 5000 -485,0 5000 5000

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