TEMA 5.

PROTENAS
1. AMINOCIDOS. ESTRUCTURA MOLECULAR Los aminocidos son los componentes (monmeros) de las protenas (polmeros). Existen 20 aminocidos proteicos. Todos los aminocidos tienen un grupo amino (-NH2) y un grupo carboxilo (-COOH), unidos covalentemente a un tomo de carbono central (Carbono alfa: C) , al cual se unen tambin un tomo de hidrgeno (-H) y una cadena lateral (-R) distinta para cada aminocido. El carbono alfa es asimtrico y, por tanto, los aminocidos presentan estereoisomera y actividad ptica. Los aminocidos son sustancias anfteras ya que poseen una parte de la molcula con carcter cido (grupo carboxilo) y otra con carcter bsico (grupo amino). En condiciones fisiolgicas estos grupos se hallan cargados elctricamente formando iones hbridos (formas zwitterinicas) NH2 NH3+ H-C-R COOH H-C-R COO-

(Estructura general de los aminocidos) Debido a su estructura los aminocidos tienen accin tamponadora sobre el pH. Se denomina punto isoelctrico (pI) a aquel valor de pH en el cual un aminocido tiene una forma dipolar neutra. CLASIFICACIN.

TIPO Apolares Alifticos

CADENA LATERAL Cadena sin dobles enlaces

AMINOCIDOS
Alanina (Ala); Valina (Val); Leucina (Leu); Isoleucina (Ile); Metionina (Met); Prolina (Pro) Fenilalanina (Phe); Triptfano (Trp)

Aromticos Cadena cclica con dobles enlaces

Polares sin carga

Grupo polar (forma puentes de hidrgeno) Grupo carboxilo Grupo amino

Polares con carga

cidos Bsicos

Glicina (Gly); Serina (Ser); Treonina (Tre); Tirosina (Tyr); Cistena (Cys); Glutamina (Gln); Asparagina (Asn) cido asprtico (Asp); cido glutmico (Glu) Lisina (Lys); Arginina (Arg); Histidina (His)

Los aminocidos cistena y metionina contienen azufre. La prolina tiene su nico grupo amino incluido dentro de un anillo o ciclo, lo que provoca distorsiones en las cadenas de aminocidos. 2. ENLACE PEPTDICO. PPTIDOS. PROTENAS. Los aminocidos interaccionan entre s mediante enlaces de tipo amida denominados enlaces peptdicos. En este enlace el grupo carboxilo de un aminocido se une al grupo amino del que le sigue en la cadena, desprendindose una molcula de agua. O=C-OH + H-N-H O=C-N-H + H2O

Todos los tomos que participan en el enlace peptdico se encuentran en un mismo plano, debido a la deslocalizacin del doble enlace, y ello provoca restricciones en el plegamiento de la cadena ya que los carbonos alfa constituyen los nicos puntos de giro de la misma. Cualquier cadena de aminocidos unidos mediante enlaces peptdicos recibe el nombre de pptido. Si la cadena es larga se denomina polipptido. Una protena siempre est formada uno o ms polipptidos. Los pptidos, y las protenas en general, se diferencian entre s por el nmero, la naturaleza y el orden o secuencia de sus aminocidos. 3. ESTRUCTURA DE LAS PROTENAS. A medida que son sintetizadas en los ribosomas, las protenas sufren procesos de plegamiento que les hacen adquirir una estructura tridimensional (configuracin o conformacin proteica) que es esencial para su actividad biolgica. Pueden distinguirse cuatro niveles estructurales: estructura primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria. ESTRUCTURA PRIMARIA.

 Es la disposicin lineal de los aminocidos en la cadena (o cadenas) polipeptdica que constituye la protena. Los aminocidos, unidos por enlaces peptdicos, siguen un orden particular en cada protena. Cualquier cambio (mutacin) en la secuencia de aminocidos de la protena puede provocar alteraciones en la estructura y en la funcin de la protena. En todas las protenas se considera el extremo inicial el del aminocido que lleva el grupo amino libre (extremo Ninicial), y como extremo final el que lleva el grupo carboxilo libre (extremo C-terminal). La estructura primaria condiciona el posterior plegamiento de la protena y, por tanto, el resto de las estructuras proteicas. ESTRUCTURA SECUNDARIA. Las cadenas polipeptdicas se pliegan por la interaccin entre los diferentes enlaces peptdicos. Este plegamiento adopta dos formas bsicas: hlice y lmina plegada. -hlice. La estructura primaria se enrolla sobre s misma formando una hlice dextrgira y apretada (3,6 aminocidos por vuelta) que se estabiliza exclusivamente mediante los puentes de hidrgeno (un puente cada 4 aminocidos) que se forman entre los grupos -NH- y CO- de los enlaces peptdicos. hlice de colgeno. Es una hlice levgira y ms extendida que la hlice alfa (3 aminocidos por vuelta), debido a que contiene mucha cantidad de prolina e hidroxiprolina que distorsionan el arrollamiento, al dificultar la formacin de puentes de hidrgeno. El colgeno es una protena muy estable, formada por el arrollamiento de tres de estas hlices (superhlice de colgeno). Lmina- . La cadena polipeptdica se pliega en zigzag sobre s misma, de tal forma que hay tramos de la cadena en el mismo sentido (paralelos) y tramos en sentido contrario (antiparalelos), formndose en conjunto una estructura laminar plegada como un acorden. Los enlaces que estabilizan esta estructura son del mismo tipo que las estructuras helicoidales. Esta estructura en lmina tambin se puede formar entre dos o ms cadenas polipeptdicas diferentes.

ESTRUCTURA TERCIARIA. Es la conformacin espacial definitiva que adopta la estructura secundaria cuando se pliega sobre s misma y origina una forma globular

 Las protenas globulares Poseen una forma esferoidal, a modo de un ovillo ms o menos apretado. Cuando se hallan en medio acuoso (ej.: protenas citoplasmticas) el plegamiento sita los aminocidos polares (hidrfilos) hacia el exterior y los apolares (hidrfobos) en el interior, lo que permite su solubilidad. Esta situacin se invierte en las protenas membranales debido a que se hallan en un medio apolar (bicapa lipdica). Es caracterstica la presencia de dominios estructurales, formados por determinadas combinaciones de hlices alfa y lminas beta, tan estables y de tanta eficacia biolgica, que aparecen los mismos dominios en protenas diferentes. La estructura terciaria de una protena se estabiliza mediante enlaces entre grupos de las cadenas laterales R. Enlaces que estabilizan la estructura terciaria Puente de Entre las cadenas laterales de aminocidos polares hidrgeno sin carga (Serina, treonina, tirosina, cistena, glutamina y asparagina). Enlaces Entre grupos carboxilo (-COO-) y grupos amino (electrosttico NH3+) de aminocidos polares con carga (cidos y s bsicos). (cido glutmico, cido asprtico) (lisina, arginina e histidina) Enlaces Entre radicales alifticos y aromticos de cadenas hidro-fbicos. laterales correspondientes a aminocidos apolares. Fuerzas de Van der Waals Puente Entre dos grupos tiol (-SH) correspondiente a dos disulfuro aminocidos cistena. Es un enlace covalente. Las protenas que no llegan a formar estructuras terciarias, mantienen la estructura secundaria alargada, dando lugar a protenas fibrilares o filamentosas. La estructura fundamental de estas protenas es la secundaria (hlice alfa en la queratina; hlice de colgeno; lmina beta en la fibrona de la seda). Son protenas insolubles en agua y en disoluciones salinas, que ejercen funciones esquelticas o estructurales. ESTRUCTURA CUATERNARIA. Slo la presentan las protenas que poseen ms de una cadena polipeptdica, cada una de las cuales se denomina protmero. Segn el nmero de protmeros, las protenas se llaman 4

dmeros (insulina), trmeros (colgeno), tetrmeros (hemoglobina), pentmeros (ARN-polimerasa), etc. La asociacin entre las cadenas se realiza generalmente con enlaces dbiles (puentes de hidrgeno, fuerzas de Van der Waals, etc.) pero en algunos casos, como en los anticuerpos, pueden aparecer puentes disulfuro entre dos cadenas. ESTRUCTURA Y FUNCIONALIDAD BIOLGICA. La estructura cuaternaria de las protenas (o terciaria si la protena slo alcanza esta estructura) es la responsable de su actividad biolgica. La estructura cuaternaria depende de la terciaria, y sta de la secundaria, la que a su vez depende de la primaria, es decir de la secuencia de aminocidos. Por tanto, cualquier variacin de la secuencia puede afectar a la funcionalidad de la protena. Los enlaces covalentes que mantienen el esqueleto de la protena son rgidos; pero los enlaces dbiles pueden formarse y romperse con facilidad convirtiendo a la protena en una estructura adaptable a las condiciones ambientales, lo cual es fundamental para su actividad. 4. PROPIEDADES DE LAS PROTENAS. Especificidad. Las protenas son muy selectivas tanto en el tipo de actividad como en el tipo de molculas con las que interactan. Esta especificidad se basa en el plegamiento particular de cada protena ya que, los grupos funcionales de las cadenas R de los aminocidos definen una superficie activa (centro activo) capaz de interaccionar con otras molculas. Los aminocidos que no intervienen en esta funcin se encargan de mantener la forma y la estructura de la protena. Solubilidad. Las protenas globulares son solubles en medio acuoso y forman dispersiones coloidales. Las protenas fibrilares son, generalmente, insolubles. La solubilidad es debida a la presencia de cargas elctricas (de los grupos laterales de los aminocidos) en la superficie de la protena que interaccionan con el agua. Desnaturalizacin. Es la prdida de la conformacin espacial de una protena cuando es sometida a condiciones desfavorables. La desnaturalizacin provoca la prdida de su funcionalidad biolgica. Los agentes desnaturalizadores pueden ser fsicos (calor, radiaciones, electricidad, presin...) o qumicos (cambios de pH, de salinidad). La desnaturalizacin no afecta a la estructura primaria (debido a la fortaleza de los enlaces peptdicos) pero si a las dems estructuras. Dependiendo de las condiciones ambientales la desnaturalizacin puede ser reversible (la renaturalizacin es 5

la recuperacin de la conformacin proteica) o irreversible. La desnaturalizacin conlleva con frecuencia una prdida de solubilidad. Capacidad amortiguadora. Al estar constituidas por aminocidos y ser stos anfteros (pueden comportarse como cidos y como bases), las protenas tienen un efecto tampn o amortiguador sobre el pH. 5. CLASIFICACIN DE LAS PROTENAS.

HOLOPROTENAS: Compuestas exclusivamente por aminocidos Albminas (ovoalbminas, lactoalbminas y Protenas seroalbminas, con funcin de reserva y transportadora) globulares

Protenas fibrosas (Escleroprotenas)

Globulinas ( y - globulinas de la hemoglobina y globulinas de los anticuerpos). Histonas y protaminas (asociadas al ADN eucariota) Insolubles en agua. Desempean funciones estructurales ( y queratina (fibrona), elastina, miosina y colgeno).

HETEROPROTENAS: Formadas por cadenas peptdicas (grupo proteico) y sustancias no proteicas (grupo prosttico) Realizan muchas funciones. La parte glucdica presenta Glucoprotenas Lipoprotenas Cromoprotenas

Nucleoprotenas Fosfoprotenas

una gran variabilidad. Proteoglucanos, glucoprotenas de membrana, protrombina, algunas hormonas... Asociaciones de protenas sanguneas con triglicridos, coleste-rol, etc., para su transporte. Tambin estn presentes en la membrana plasmtica. Su grupo prosttico es un pigmento porfirnico (con anillo te-trapirrlico) como el grupo hemo de la hemoglobina y mioglo-bina o un pigmento no porfirnico (hemocianina y hemeritrina) Asociacin de protenas y cidos nucleicos (cromosomas eucariotas) El cido fosfrico es su grupo prosttico (casena de la leche, vitelina de la yema de huevo)

6. FUNCIONES DE LAS PROTENAS. Funcin de reserva. Constituyen un almacn de aminocidos, utilizables por el organismo en desarrollo. (Ej.: ovoalbmina de la clara de huevo; casena de la leche; gluten de la semilla de trigo). Funcin estructural. Son los elementos plsticos a partir de los cuales se construyen la mayora de las estructuras celulares (Ej.: colgeno y elastina del tejido conjuntivo; queratina de la piel y el pelo; fibrona de araas y gusanos de seda; glucoprotenas de membrana; protenas del citoesqueleto; protenas del huso y de los cilios...). 6

 Funcin homeosttica. Las protenas intervienen en el mantenimiento del equilibrio osmtico actuando como amortiguadores de las variaciones del pH (tampones). Otro ejemplo son la trombina y el fibringeno, que participan en la coagulacin sangunea para evitar hemorrgias. Funcin hormonal. Algunas hormonas estn constituidas por uno o ms fragmentos peptdicos. A diferencias de las hormonas lipdicas, no penetran en las clulas-diana sino que se unen a receptores membranales. (Ej.: insulina y glucagn, regulan el metabolismo de los glcidos; hormona del crecimiento, tiroxina...). Funcin transportadora. Hay protenas de membrana que ayudan a la entrada y salida de sustancias de la clula (transporte de membrana). Otras transportan sustancias de unas regiones a otras del organismo (Ej.: hemoglobina, transporta oxgeno en la sangre; mioglobina, transporta oxgeno en el msculo; seroalbmina, transporta cidos grasos, frmacos, toxinas, etc.; lipoprotenas, transportan triglicridos, colesterol, etc.) Funcin defensiva. Protegen al organismo de diferentes maneras. Ej.: las mucinas (proteoglucanos), tienen accin antimicrobiana y protegen las mucosas; las inmunoglobulinas o anticuerpos, actan frente a los agentes extraos que invaden el organismo. Funcin contractil. El movimiento de los organismos depende de protenas contrctiles. stas provocan acortamientos celulares (contraccin) seguidos de una vuelta al estado normal (relajacin) que son la base del movimiento. (Ej.: actina y miosina, del msculo; dinena, de cilios y flagelos). Funcin catalizadora o enzimtica. Numerosas protenas tienen como funcin facilitar la ocurrencia de reacciones (catlisis). Estos enzimas biocatalizadores ejercen la funcin ms importante de cuantas realizan las protenas ya que la vida depende de estas reacciones que, colectivamente, constituyen el metabolismo (amilasas, maltasa, lipasas, proteasas). 7. ENZIMAS. Los enzimas son protenas (a excepcin de algunos ARN: los ribozimas) que actan como biocatalizadores y, como todos los catalizadores, aceleran las reacciones qumicas. Se unen a sustancias especficas, sustratos (S), provocando en stos modificaciones qumicas (ruptura, formacin y redistribucin de enlaces o introduccin o prdida de grupos funcionales), transformndose as en otra molcula: producto (P). La mayora de los enzimas y de los sustratos estn en pequea concentracin en la clula. Por este motivo numerosas reacciones se producen en orgnulos membranosos (estrategia 7

de compartimentacin celular) donde hay mayor concentracin. Adems es frecuente que se produzca un efecto cascada en muchos procesos, lo que permite ampliar la respuesta enzimtica. Tambin se aumenta la eficacia con los complejos multienzimticos o agrupacin de enzimas (generalmente unidos a una membrana) que trabajan en cadena de modo que el producto de una reaccin es el sustrato de la siguiente. La catlisis enzimtica se produce en condiciones generalmente suaves de presin, temperatura, pH, etc. Los enzimas participan en concentraciones muy bajas y no sufren modificaciones en la reaccin. Los enzimas aceleran las reacciones qumicas disminuyendo la energa de activacin de la reaccin (Ea), que es la energa necesaria para que el sustrato alcance un estado energtico activado (Estado de transicin o estado activado: S*) , a partir del cual tiene lugar la reaccin y la transformacin del sustrato en producto. La especificidad de los enzimas se debe a que estos poseen un centro cataltico o centro activo, en el cual encaja la molcula de sustrato (modelo de llave-cerradura). El propio sustrato induce el cambio en el centro activo, que slo adopta su forma cataltica tras su unin con el sustrato (modelo del acoplamiento inducido). El centro activo de un enzima es pequeo en relacin al tamao de la protena. Los aminocidos del centro activo aportan generalmente grupos funcionales activos (iones, hidroxilos, tioles...) Algunos enzimas son totalmente proteicos, en cambio otros, los holoenzimas, necesitan para su actividad que su parte proteica (apoenzima) est unida a determinadas sustancias no proteicas (cofactores). TIPOS DE COFACTORES Tipo de Unin al molcula apoenzima Complejo orgnico Enlaces dbiles o metaloorgnico Complejo orgnico Enlaces covalentes o metaloorgnico Iones metlicos Enlaces dbiles y (Mg, Zn, Cu...) covalentes Ejemplos
NAD+, FAD, vitaminas hidrosoluble s

Cofactor COENZIMA

GRUPO PROSTTICO COFACTOR METLICO

Grupo hemo

La eficacia de un enzima se mide por su actividad, es decir, por la velocidad de transformacin del sustrato en producto. Por regla general la velocidad de reaccin de un enzima responde a la ecuacin de Michaelis-Menten:

V=Vmax. [S]/KM+[S] V=velocidad de reaccin; KM (cte. De Michaelis)= concentracin de sustrato a la que v=1/2 Vmax.; es un valor caracterstico de cada enzima La velocidad de reaccin es el nmero de molculas de sustrato transformadas por unidad de tiempo y depende de tres factores: La concentracin de sustrato La concentracin de enzima La actividad del enzima La actividad de un enzima es caracterstica y slo puede ser modificada por ciertos factores: Inhibidores. Son sustancias que disminuyen, e incluso anulan, la velocidad de la reaccin catalizada y no sufren la transformacin enzimtica. Pueden ser de dos tipos: Inhibidores reversibles. Su unin al enzima es temporal. Su accin se anula aumentando la concentracin de sustrato. Los hay competitivos, muy parecidos al sustrato y con el que compiten por el mismo centro activo, y no competitivos, cuyo sitio de unin al enzima es distinto del centro activo. Inhibidores irreversibles o venenos. Se unen de forma permanente a determinados grupos del centro activo y anulan su capacidad cataltica. Alosterismo. Los enzimas alostricos son capaces de adoptar al menos dos conformaciones distintas y estables: una activa y otra inactiva. El paso de una a otra lo inducen ciertas molculas (ligandos o efectores) al unirse a un centro regulador del enzima (distinto del centro activo). Al comportarse los sustratos de estos enzimas como ligandos activadores y los productos como ligando inhibidores, desempean un papel fundamental en la regulacin de la actividad cataltica en el metabolismo. Variaciones de temperatura. La mayora de los enzimas se inactivan a temperaturas de 50-60 C (la excepcin son los enzimas de las bacterias termfilas) debido a la desnaturalizacin de la protena. El fro disminuye la actividad enzimtica pero no provoca la desnaturalizacin. Cambios de pH. Pequeas variaciones de pH pueden provocar grandes cambios de actividad enzimtica, pues de modifican las cargas superficiales y se altera la conformacin proteica. Distintos enzimas pueden tener un pH ptimo tambin diferente. 8. CLASIFICACIN DE LOS ENZIMAS.

Tipo de enzima 1. OXIDORREDUCTASAS 2. TRANSFERASAS 3. HIDROLASAS 4. LIASAS

Tipo de reaccin
Oxidorreduccin de sustratos, generalmente para obtener energa Transferencia de grupos funcionales de un sustrato a otro Hidrlisis de enlaces ster, enlaces glucosdicos, enlaces peptdicos... Adicin de grupos funcionales a molculas que poseen un doble enlace (-C=C-; -C=O-) Reordenacin interna o trans-ferencia de radicales de una parte a otra de la molcula Formacin de enlaces entre dos o ms molculas o grupos funcionales

Ejemplos Deshidrogenasas, oxidasas Transaminasas, transmetilasas Lipasas, fosfatasas, ami-lasas, tripsina, pepsina

5. ISOMERASAS

Glucoisomerasas

6. LIGASAS

Sintetasas (ATP depen-dientes), sintasas

10