Universidad Abierta y a Distancia de Mxico

Computacin I. Unidad 1. Evidencia de aprendizaje. Utilizacin de modelos del ciclo de vida del software Rodrigo Galindo Murillo. AL10507103.

Especifica una aplicacin de software que te gustara desarrollar y que resuelva algn problema.
Actualmente me gustara desarrollar una herramienta que me ayude en mi trabajo. Yo soy Qumico de profesin y me dedico al diseo de frmacos asistido por computadora. Para esto, utilizamos centros de cmputo de alto rendimiento para simular interacciones de frmacos con protenas. Estas simulaciones requieren la construccin de la molcula que se desea probar, as como el sitio activo de alguna protena o enzima. Me gustara mucho disear y programar una herramienta en la cual le pueda decir un nmero de identificacin de la Base de Datos de Protenas (Protein Data Bank) y como segundo argumento de entrada, un archivo con las coordenadas de un frmaco, y el programa construya los archivos que se requieren para realizar la simulacin.

Selecciona uno de los modelos (en cascada, en cascada con retroalimentacin o en V) y desarrolla detalladamente cada una de sus etapas para la aplicacin que especificaste

Requerir el PDB ID Requerir el archivo del farmaco en formato PDB

Lectura de archivos
Leer las coordenadas del receptor Leer las coordenadas del farmaco

Receptor: Transformar coordenadas XYZ a parametros de simulacion Farmaco: Transformar coordenadas XYZ a parametros de simulacion

Envio
Generar parametros para el sistema HPC Enviar a cola de simulacion

Ejecucion

Generacion

Explica cmo podran llevarse a cabo las pruebas.

Las pruebas se pueden hacer con sistemas ejemplo, por ejemplo, el sistema de receptor-frmaco modelo de los inhibidores del material gentico del VIH. El programa deber identificar correctamente el formato de los

archivos de entrada, generar los archivos de entrada para realizar la simulacin y ordenar al sistema de supercomputo que se desea realizar la simulacin del complejo frmaco-receptor.

Menciona los problemas que, segn tu criterio, podran encontrarse y cmo podran resolverse.
El principal problema ser la falta de homogeneidad en los archivos de entrada, pues el PDB consta de una infinidad de variaciones, pues los datos vienen de datos experimentales. El principal problema es la duplicacin de tomos en el archivo de entrada. Se deben de leer los archivos de una manera tal que se eliminen las lneas de coordenadas que contengan tomos duplicados. El modelo seleccionado es adecuado para la correcta explicacin e interpretacin de este programa, debido a que el programa es bsicamente lineal y no consta de llamadas a si mismo, despus de la ejecucin de cada paso.