SVT TermS PARTIE A Chap.

TP n°1 : Établir des parentés à partir de données moléculaires

Problème: Comment utiliser les données moléculaires pour construire un arbre phylogénétique?

Utiliser la fiche méthode phylogène, pour chacune des activités ci-dessous.

Activité Capacités Barème

1. Molécules homologues
•Choisir la collection « vertébré lycée ». Ouvrir un fichier de séquences. Choisir le
fichier « HBA-vertébrés.aln »
•Sélectionner les séquences suivantes : Homme, chat, pigeon, crocodile, Thon,
Utilisation maîtrisée des fonctionnalités d'un
Grenouille.
logiciel
•Dans le tableau sont répertoriées les séquences d'acides aminés de la protéine
/1
d'Hémoglobine A chez les vertébrés choisis. Indiquer comment apparaissent les différences
de séquence en acide aminés, et rappeler ce qu'est un acide aminé.
•A quoi correspondent les différences dans les séquences? /1
•Les molécules étudiées sont des molécules homologues. Proposer une définition. /1
•En déduire le rôle de l'étude des molécules homologues sur la parenté des êtres vivants. /1

2. Matrice des distances

Utilisation maîtrisée des fonctionnalités d'un /1
•Réaliser la matrice des distances et recopier les résultats obtenus (option, choisir
logiciel
pourcentage de différence). Proposer une définition pour « matrice des distances ».
•Indiquer les êtres vivants ayant une séquence la plus proche et ceux ayant une séquence /1
la plus éloignée.
•Que peut-on en déduire concernant la molécule homologue possédée par l'ancêtre /2
commun?
3. Arbre de parenté
/1
•Réaliser l'arbre de parenté et recopier l'arbre obtenu. Utilisation maîtrisée des fonctionnalités d'un
logiciel
•Faire la même chose mais pour la molécule HBB (hémoglobine béta), à partir du fichier /2
« HBB-vertébré.aln ». Recopier la matrice des distances et l'arbre obtenu et analyser les
résultats.
•Sachant que les séquences obtenues sont partielles, et que celles-ci sont deux chaines de /1
la macro-molécule d'hémoglobine, proposer une hypothèse pour expliquer la différence
observée.

4. Comparaison avec des données anatomiques et morphologiques

Utilisation maîtrisée des fonctionnalités d'un /1
•Construire une matrice de caractères avec les mêmes vertébrés et les caractères
logiciel
suivants: amnios, crâne et vertèbres, membre basal, placenta, plumes et la compléter.
•Polariser les états des caractères. Pour choisir l'extra-groupe, choisir le vertébré
possédant le moins d'innovation évolutives. Cohérence ou exactitude du résultat /1
•Établir des parentés, en créant l'arbre de parenté.
/4
•Imprimer « l'arbre à colorier ». Légender l'arbre. Comparer l'arbre obtenu avec celui des Traduction graphique des informations
données moléculaires.
•Conclure sur l'intérêt des données moléculaires pour la construction d'arbres /2
phylogénétique et leur étude.