Gua para el Uso de EstimateS

Diego Delgado, mayo 2013

Pasos para utilizar el programa EstimateS para el clculo de ndices de diversidad.

1. Cmo crear un archivo para ser utilizado por el programa EstimateS? Los datos a utilizar pueden provenir de cualquier programa (como Excel), lo importante es que deben tener un formato especfico porque as lo solicita el programa. Para correr el programa EstimateS los datos deben venir en un archivo con formato de texto (delimitado por tabulaciones) (*.txt). El archivo est establecido de modo que cada fila representa una especie, y cada columna una unidad muestral (llmese transectos, parcelas, horas de muestreo, etc). Los datos que aparecen son las abundancias de las especies registradas en cada unidad muestral. El archivo no debe presentar los nombres de las especies ni los nombres de las unidades muestrales. La estructura del archivo es la siguiente (ver ejemplo en la Figura): a) En la primera celda de la primera columna (A1) se escribe un ttulo del archivo (puede ser cualquier nombre, lo que se recomienda es que este ttulo identifique al archivo) b) En la segunda celda de la primera columna (A2) se digita el nmero de especies que contiene el archivo. c) En la segunda celda de la segunda columna (B2) se digita el nmero de unidades muestrales (o que es lo mismo, el nmero de columnas). EstimateS se refiere a esta campo como Samples (y que pueden ser transectos, parcelas, fincas, trampas, etc) d) El resto de datos que aparecen son las abundancias de las especies registradas en las unidades muestrales. Ntese que no se necesitan colocar en el archivo las identidades de las especies!!

Ttulo del archivo

Nmero de especies

Nmero de unidades Abundancias muestrales o columnas de las especies

Cuando se disponga a grabar el archivo debe escoger el formato Texto (delimitado por tabulaciones) como se muestra en la siguiente Figura.

2. Cmo utilizar el programa EstimateS para el clculo de ndices de diversidad? El programa EstimateS est disponible en Internet en la direccin electrnica (http://viceroy.eeb.uconn.edu/estimates). Una vez cargado el programa se procede a importar el archivo con la informacin (ver paso 1). Para ello debe dar clic a File y luego escoger Load Input File.

En EstimateS 9 el comando Load Data Input File (del men) presenta un conjunto de 4 opciones de tipos de archivos. Para esta prctica seleccione: Sample-based of replicated sampling units (classic EstimateS input) y One set of replicated sampling units (classic EstimateS input)

Luego debe buscar el archivo tipo texto (delimitado por tabulaciones) que hemos creado dando clic al comando Abrir.

El programa muestra la siguiente pantalla indicando la lectura de los datos. Una forma de saber si todo anda bien es corroborando que el nmero de especies (Species) y columnas (Samples) que aparece en la pantalla coincida con el que existe en el archivo.

Al dar Ok a la pantalla anterior se despliega la siguiente pantalla que indica el tipo de formato que presenta el archivo. En nuestro caso se debe escoger el formato 1, que indica que el archivo est estructurado de modo que las especies se presentan en lneas (row) y las unidades muestrales (Samples) en columnas. Al dar Ok el programa regresa al men principal.

Una vez cargado el archivo, y desde el men principal se selecciona Diversity, y se da click a la opcin Diversity Setting....

A continuacin se muestra una pantalla para definir el nmero de aleatorizaciones que queremos se d en el clculo de los ndices de diversidad. En el ejemplo se muestra el nmero 100, la recomendacin es que el nmero de aleatorizaciones sea igual al tamao de muestra (Sample) que tengamos. Tambin se debe dar clic a Estimators & Indices y ah activar el campo Compute Fishers alpha, Shannon, & Simpson indexes si se quiere que se calculen estos ndices.

Al dar aceptar el programa calcula los estimadores de riqueza y diversidad de especies y muestra la siguiente pantalla:

Para grabar los datos se debe seleccionar la opcin Export que queda junto a la palabra Done, y grabar el archivo con los datos de clculos de EstimateS. Este archivo se puede abrir luego con el programa Excell. Hasta aqu hemos logrado usar satisfactoriamente el programa EstimateS para calcular los valores acumulados de especies y de ndices de diversidad de las muestras.