Biologia Molecular - Primer Parcial

Biologa molecular 1er Parcial
Biologa molecular
Alberto Gmez Esteban
2 Medicina
Alberto Gmez Esteban & Laura del Olmo
ndice de contenidos
Tema 1. Estructura y caractersticas del DNA________________________3 Tema 2. Organizacin del DNA: Genoma y epigenoma_______________18 Tema 3. Replicacin____________________________________________24 Tema 4. Transcripcin__________________________________________30 Tema 5. Traduccin____________________________________________46 Tema 6. Regulacin de la expresin gnica_________________________57
Tema 1. Estructura de los cidos nucleicos. Tipos y funciones

Dogma central
El dogma central de la biologa molecular habla del flujo de informacin gentica contenida en el DNA, que esta implicado en la autocopia y en la transcripcin en su camino hacia la sntesis de protenas.
La sntesis de protenas no est necesariamente asociada a la divisin celular ya que pueden requerirse protenas en fase de quiescencia del ciclo celular, por ejemplo para renovar protenas de la clula, o para formar producto de secrecin. Las protenas diferencian tipos celulares, cosa que el DNA no puede hacer ya que es el mismo en todos los tipos celulares, pero la expresin de unas u otras protenas determina la morfologa y funcionalidad de las clulas.
Componentes estructurales
Disponemos de dos cidos nucleicos: DNA y RNA Los elementos comunes a ambos son: Pentosa, que ser ribosa o desoxirribosa. Los carbonos son nombrados con numeracin N (1, 2 ,3 ,4 ,5) Bases nitrogenadas. Existen dos tipos de ciclos Purinas. Dos ciclos (N9). Adenina y Guanina. Pirimidinas. Un ciclo (N1). Citosina, Timina y Uracilo. Si unimos la pentosa a la base mediante un enlace N-Glucosdico dispondremos de un nuclesido. El enlace N-Glucosdico se establece entre el C1 de la pentosa y el N9 (purinas) o N1 (pirimidinas).
Nomenclatura del nuclesidos: Adenosina, Citidina, Guanosina, Timidina, Uridina.
Biologa molecular 1er Parcial Un nucletido se forma al establecerse un enlace ster fosfrico el cual se produce entre un fosfato y el C5 de la pentosa. Nomenclatura de nucletidos: Adenilato (A), Citilidato (C), Guanilidato (G), Timidilidato (T), Uridilidato (U). Los nucletidos tambin pueden estar en sus formas di y trifosforilados. Estos nucletidos fosforilados sirven de vector energtico y como monmeros de las cadenas de DNA y RNA. Los nucletidos polimerizan mediante uniones que se conocen como enlaces fosfodister que se lleva a cabo mediante carbonos 3-5. El primer nucletido deja libre su carbono 5 y el ultimo su carbono 3 de forma que afirmamos que la direccin de sntesis es 53.
Generalidades del DNA

Funcin
La funcin del DNA es la de almacenar la informacin gentica, lo que sirve para programar en el tiempo y el espacio la biosntesis de componentes celulares, es decir, cuando la clula necesite una protena, el DNA se encargara de promover su fabricacin. Tambin define la individualidad de cada organismo.
Composicin
Su azcar es la desoxirribosa Sus bases nitrogenadas son Adenina, Guanina, Citosina y Timina. Tiene gran tamao (109 Daltons) No es una molcula lineal aislada, sino que es bicatenaria en forma de doble hlice con giro dextrgiro
Claves estructurales
Composicin 1-1-1 (1 base 1 fosfato 1 azcar) Se trata de una molcula anfiptica. El grupo fosfato es hidrfilo mientras que las bases y el azcar son hidrfobas y se disponen hacia el interior. La difraccin de rayos X ayud a establecer el modelo de doble hlice. Un anlisis qumico nos aporta que hay el mismo numero de purinas que de pirimidinas, tambin nos informa de que el apareamiento es (A - T / G - C).
Biologa molecular 1er Parcial Las dos cadenas son antiparalelas (5 3 se aparea con 3 5) y se aparean mediante puentes de hidrogeno entre bases complementarias. Timina aparea con Adenina mediante 2 puentes de hidrgeno (A=T) Citosina aparea con Guanina mediante 3 puentes de hidrgeno (CG)
Estructura
Hacia el interior del DNA quedan las partes mas apolares (BN + pentosa) El dimetro de la doble hlice es de 2 nm en toda su longitud. Entre dos pares de bases en la escalera hay 0,34 nm y un desfase de 36. El desfase de 36 causa que cada vuelta de hlice (360) contenga 10 pares de bases, as pues, la distancia entre una vuelta de hlice y la siguiente es de 34 nm. Hay un surco mayor y un surco menor. Estas zonas son importantes, ya que en algunas zonas del surco mayor existen interacciones con protenas, con funcin reguladora promotora de genes. Los surcos surgen ante la siguiente estructura qumica del DNA:
Biologa molecular 1er Parcial Aparte de sta estructura (B-DNA) existen otras estructuras menos comunes. Las diferentes estructuras de organizacin del DNA son las siguientes: A-DNA B-DNA Si comparamos el B-DNA con el A-DNA, observamos que las bases del BDNA son perpendiculares al eje mientras que las del A-DNA estn mas inclinadas. En un corte transversal encontramos que el B-DNA tiene bases mas concentradas y el A-DNA es menos denso. El A-DNA se encuentra como forma deshidratada con altas concentraciones de sales en el medio. En cambio si comparamos el Z-DNA con el B-DNA encontramos que el B-DNA es dextrgiro y el Z-DNA es levgiro. El Z-DNA se encuentra en ocasiones en nuestras clulas como modo de regulacin, ya que en esta configuracin el surco mayor queda inaccesible para las protenas reguladoras, inutilizando el gen. Suele darse en regiones de Guanina y Citosina ante condiciones concretas del medio. Z-DNA
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Propiedades
1er Parcial
El DNA se trata de un cido muy cargado negativamente (polianin) debido a los fosfatos presentes en su estructura. Esta caracterstica hace que pueda interaccionar con cationes como magnesio (Mg), calcio (Ca) y en condiciones patolgicas por ejemplo puede interaccionar con plomo (Pb). Tambin puede interaccionar con protenas bsicas como las histonas, encargadas de estabilizar su plegamiento en el ncleo. Al interaccionar con cargas positivas que neutralizan sus cargas negativas el DNA se pliega. Es una molcula muy estable debido a sus numerosos puentes de hidrgeno establecidos cada par de bases. Los DNA mas estables son los ms ricos en citosina y guanina debido a que entre estas bases se establece triple enlace, a pesar de ello los DNA de organismos superiores no son especialmente ricos en C y G por lo que son ms inestables. Es una estructura de tipo cooperativo debido a los mencionados puentes de hidrgeno, y a las interacciones hidrofbicas establecidas entre bases contiguas de una misma hebra. El DNA tiene una alta viscosidad debido a que se trata de una estructura muy alargada y de elevado peso molecular. El DNA por tanto cuando se pliega disminuye su viscosidad debido a que se compacta. Una importante caracterstica es que absorbe luz a 260 nm, debido a sus bases nitrogenadas. Las bases nitrogenadas libres absorben mas luz que aquellas que forman parte del DNA debido a que la organizacin estructural interfiere en la absorcin de luminosidad. Esto ayuda a detectar si el DNA est en estructura nativa o desnaturalizado. A la mayor absorcin de luz del DNA desnaturalizado se denomina efecto hipercrmico. Decimos que un DNA esta desnaturalizado cuando ha perdido la estructura duplohelicoidal nativa. Se produce en los siguientes pasos: 1. DNA duplohelicoidal nativo 2. Se produce una perturbacin que provoca una desnaturalizacin local 3. DNA monocatenario desnaturalizado Si el DNA es una estructura cooperativa, los primeros pasos para la desnaturalizacin local son muy lentos, pero a partir de ah, una vez producidos la desnaturalizacin se da muy rpidamente. Los agentes desnaturalizantes son los siguientes entre otros: Calor. El calor aumenta la vibracin de las molculas, y desestabiliza los puentes de hidrgeno lo que causa la separacin de ambas hebras. pH extremos. Ioniza los grupos funcionales de las bases nitrogenadas lo que causa la ruptura de los puentes de hidrgeno. Variacin de la fuerza inica Alberto Gmez Esteban & Laura del Olmo 7
Biologa molecular 1er Parcial Agentes desnaturalizantes. Como detergentes, urea, etc La desnaturalizacin del DNA se realiza mediante la curva de fusin que enuncia que al principio es difcil la desnaturalizacin, pero una vez se inicia la desnaturalizacin esta se realiza de forma prcticamente inmediata. Estas curvas de fusin se construyen midiendo la absorbancia del DNA con respecto al tiempo una vez se realiza la perturbacin. Definimos la Tm (temperatura de fusin o desnaturalizacin) como la temperatura a la que se desnaturaliza la mitad del DNA (50%). Esta temperatura depende inicialmente del medio, y una vez fijado ste, nicamente depender de la proporcin de A/T y C/G presentes en el DNA debido a la diferencia de estabilidad de los puentes de hidrgeno entre ambos tipos de bases. Mientras que las protenas una vez desnaturalizadas, tericamente son renaturalizables pero es muy difcil revertir esta desnaturalizacin, en cambio el DNA es posible prcticamente siempre de renaturalizar. El proceso de renaturalizacin del DNA comienza de forma lenta pero se lleva a cabo de forma muy rpida una vez iniciada, y se suele hacer con fro. Este proceso es muy importante debido a que nos ayuda a conocer la similitud entre dos DNA de distinto origen, es decir: a. Tenemos dos hebras de DNA muy diferentes, si las desnaturalizamos y renaturalizamos dispondremos de las mismas hebras (no se aparean entre hebras de distinto origen, es decir, no se produce hibridacin) b. Tenemos dos hebras de DNA de procedencias distintas pero muy similares, si desnaturalizamos y renaturalizamos dispondremos de hebras hibridadas, o mezcladas. Esto ayuda a diagnosticar ciertas enfermedades genticas al comparar genes potencialmente patolgicos con los de personas sanas.
Superenrrollamiento del DNA

Con la estructura de doble hlice desplegada, el DNA no cabria en la clula, por lo que se debe compactar mucho ms para caber dentro de las clulas. La estructura ms comn es lo que se denomina DNA superenrrollado y se da en organismos procariotas.
El superenrrollamiento es un cruzamiento superior a la doble hlice. Si imaginamos un DNA bacteriano circular, al que estiramos y enrollamos, sera el superenrollamiento del que hablamos: Superenrrollamiento negativo. En sentido levgiro, en sentido contrario al DNA y es mucho ms estable y permite el desenrrollamiento rpido del DNA Superenrrollamiento positivo. En sentido dextrgiro, en el mismo sentido del DNA, es poco comn ya que queda en forma muy tensa e inestable. A esta estructura se la suele conocer como superhlice. Al DNA superestirado le cuesta mucho avanzar en electroforesis, pero si est superenrrollado ser ms compacto que el DNA relajado, lo que sirve para cuantificar la proporcin de DNA superenrrollado en la clula. Hay enzimas celulares que regulan el enrollamiento, positivo o negativo y el desenrrollamiento del DNA que denominamos topoisomerasas.
Niveles de organizacin
En organismos eucariticos el DNA debe estar aun ms compactado ya que debe caber en el ncleo, y en ocasiones estructurarse en cromosomas. El material nuclear est formado fundamentalmente por cromatina, la cual a su vez est formada fundamentalmente por DNA, histonas y el resto de protenas que se engloban todas dentro de las siglas PNH (Protenas No Histonas) que pueden ser de todo tipo, las hay que estabilizan el DNA, participan en la transcripcin, etc Las histonas son las protenas ms importantes que ayudaran a plegarse al DNA, y pertenecen a 5 clases en prcticamente todo tipo de organismos H1. Rica en Lys H2A, H2B. Ricas en Lys H3. Rica en Arg H4. Rica en Arg
Son protenas bsicas que ayudan a la organizacin del DNA en la estructura nucleosomal, que es una estructura peridica en la que se repite un fragmento Alberto Gmez Esteban & Laura del Olmo 9
Biologa molecular 1er Parcial denominado nucleosoma, que consta de unos 200 pares de bases de DNA y contiene adems: 2x (H2A, H2B, H3, H4) 1x H1 Se denomina tambin fibra de 10 nm. Se compone por un core o ncleo de DNA unido a histonas y una fibra de DNA desnudo llamado linker o espaciador. El core nucleosomal esta formado por un tetrmero de histonas H3 y H4 y dos dmeros de H2A y H2B estructura completa que se denomina como octmero de histonas. El DNA rodea esta estructura por fuera de la misma interaccionando con las cargas positivas de las histonas, realizando un arrollamiento levgiro equivalente al superenrrollamiento negativo de las bacterias. La histona H1 se coloca interaccionando con el DNA de fuera cerrando esa estructura para estabilizar de forma definitiva el superenrrollamiento. Este tipo de estructura en nucleosoma es aun insuficiente para que el DNA quepa en la clula, por lo que es preciso otro nivel superior de compactacin conocido como solenoide o fibra de 30 nm, lo cual se forma cuando esta estructura nucleosomal se arrolla en torno a un eje imaginario formando una estructura helicoidal con unos 6 nucleosomas por vuelta. Para la estructura de solenoide se precisan PNH. Los grados de compactacin a partir del solenoide no se conocen con detalle.
DNA mitocondrial
La mayor parte del DNA en los organismos eucariticos se encuentra en el ncleo, pero una pequea parte de este DNA se localiza en las mitocondrias. El DNA mitocondrial es ms pequeo con 16.569 pares de bases y es completamente diferente del nuclear, ya que es circular y cerrado, muy similar al bacteriano y con escasas interacciones con protenas Suele haber entre 3 y 10 molculas de DNA por mitocondria, y tiene tambin muy pocos genes (sobre 37) que codifican diferentes RNA mitocondriales y toda una serie de protenas las cuales en su mayora pertenecen a la cadena respiratoria. Este DNA es muy importante ya que variaciones en algunos genes pueden producir patologas importantes, en general de tipo neurolgico (p.e. Parkinson, distona)
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Estructura y caractersticas de los RNA

Los RNA se sintetizan a partir de una secuencia de DNA y tenemos tres tipos principales: RNA mensajero (mRNA). Tiene funcin en la sntesis de protenas. Representa aproximadamente el 5% del RNA. Es muy inestable RNA transferente (tRNA). Tiene funcin en la sntesis de protenas. Representa aproximadamente el 15% del RNA RNA ribosmico (rRNA). Tiene funcin estructural en la formacin de ribosomas. Representa aproximadamente el 80% del RNA A diferencia del DNA los RNA estn localizados en el citoplasma, la parte mayoritaria en ribosomas, otra parte circulante por el citoplasma, y la mnima parte en el ncleo. Los eucariotas, concretamente los animales en la mayor parte de las tienen mucha mas cantidad de RNA que de DNA (8:2), aunque depende de su sntesis de protenas. En aquellas clulas que sintetizan muchas protenas esta diferencia es muy marcada, pero en otras clulas como las musculares la proporcin es ms baja. El RNA suele ser monocatenario, apareciendo bicatenario solo en algunos virus. Las diferencias con el DNA son: Composicin de bases. La mayor parte de los RNA tienen uracilo en vez de timina. Pentosa. Ribosa en lugar de desoxirribosa. Longitud. Las longitudes del RNA son mucho mas variables que el DNA aunque siempre ms pequeas (65 a miles de nucletidos) Estructura. Al ser monocatenarios no necesitan complementariedad de bases, pero es frecuente que aparezcan estructuras complementarias en una misma cadena de RNA, lo que causa la existencia de tramos en horquilla. En estas estructuras la zona apareada se denomina brazo y la zona desapareada se llama bucle. Esta estructura se suele presentar en aproximadamente un 50% de la cadena de RNA.
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La doble hlice que se forma en las horquillas es muy similar a la forma A-DNA que no existe fisiolgicamente en el organismo. La similitud se debe al apareamiento (A-U), diferente al (A-T). Este tipo de estructura se pliega para dar lugar en los ribosomas a estructuras globulares similares a las protenas
RNA mensajero
El mRNA tiene como funcin codificar las protenas, de manera que la parte ms importante de un mensajero es lo que denominamos codn: el triplete que codifica un aminocido en la protena, y es la parte funcional del mRNA. Los mRNA tienen por lo tanto una longitud muy variable dependiendo de la protena que codifiquen, de forma que son muy variables en tamao, y muy heterogneos. Hay una gran diferencia en bacterias y en eucariotas. En bacterias los mRNA suelen llevar informacin para varias protenas (RNA policistrnico: contiene varios genes).
El RNA bacteriano suele tener un extremo que no codifica nada, a continuacin un gen, un segmento intergnico que no codifica nada, otro gen, etc Las protenas codificadas en el RNA policistrnico suelen estar relacionadas en una misma funcin.
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Biologa molecular 1er Parcial El RNA de eucariotas suele ser monocistrnico, es decir, contiene un solo gen por fragmento, aunque estos genes estn entrecortados por secuencias inservibles. Los extremos 5 y 3 estn protegidos en todos los mRNA eucariticos. El extremo 5 tiene lo que denominamos CAP caperuza, que es una estructura que sirve para proteger el 5 debido a que no es reconocido por nucleasas, y tiene una participacin directa en la sntesis. El CAP es un nucletido raro con ciertas caractersticas anormales: Se trata de un nucletido unido a otro mediante un enlace 5-5, en lugar de la unin tpica 5-3 En la unin entre ambos nucletidos existen tres fosfatos en vez del uno habitual La base nitrogenada del ltimo nucletido (de la unin 5-5) es una guanina modificada (7-metilguanina)
En el fin de la secuencia gnica existe una cola de adeninas (secuencia poliA) que tiene entre 100-200 adeninas lo que protege el extremo final de las nucleasas, retrasando su llegada a la parte codificante. La cola poli-A tambin estabiliza el mRNA y regula su salida del ncleo. Respecto a la estructura del mRNA no presenta apenas estructura doblehelicoidal, debido a que es una molcula que no suele permanecer mucho tiempo en la clula.
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RNA de transferencia
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Sirve para formar el complejo aminoacil-RNA y activar un aminocido especfico para su incorporacin a una protena. Tienen una zona complementaria al codn del mensajero que se denomina anticodn, interacciona con el codn para participar en la sntesis de protenas. Si los tRNA son especficos de los aminocidos deberan existir alrededor de 20 tipos, pero realmente en las clulas existen unas 60 molculas distintas de tRNA debido a que la mayora de los aminocidos tienen varios tRNA especficos (DNA degenerado). Los tRNA que se unen al mismo aminocido se denominan isoaceptores y se representan como tRNAaminocido El tamao de los tRNA es de unos 75-80 nucletidos, muy parecido en todas las molculas. Los tRNA tienen mltiples bases diferentes de las normales, lo que se denomina bases raras. De los 75 nucletidos que tienen aproximadamente 10 son bases raras. Las ms frecuentes son: Timina/T (ribotimidina). Ya que es exclusiva del DNA. Dihidrouracilo/DHU (dihidrouridina). Es un uracilo con su doble enlace saturado. Hipoxantina/Hx (inosina) Uracilo/ (Pseudouridina). Se une de forma anormal a la ribosa Bases metiladas
La funcin de estas bases no se conoce. Sobre todo en el caso de la hipoxantina que aparece muchos casos en el anticodn. La hipoxantina no tiene interaccin correcta con el codn al carecer de base complementaria. Esto causa que la unin sea inestable, lo que aumenta la velocidad de la sntesis proteica al promover la rpida separacin del codn-anticodn, y el reconocimiento de dos bases del codn es suficiente para la sntesis proteica. Los tRNA suelen tener alta proporcin de estructura doblehelicoidal, teniendo una estructura en forma de hoja de trbol (tres estructuras tipo horquilla) con aproximadamente un 50% de estructura helicoidal. Todos los tRNA que se conocen tienen en el extremo 5 una guanina fosforilada y en el extremo 3 desapareado tienen todos la secuencia ACC. Este extremo 3 es el que interacciona con el aminocido, por lo que se denomina brazo aceptor del aminocido.
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Biologa molecular 1er Parcial Como hemos mencionado tiene una estructura en triple horquilla: El bucle ms prximo al extremo 5 se denomina bucle DHU debido a su gran proporcin de dihidrouracilos. El bucle central se denomina bucle anticodn. Va a estar compuesto de dos pirimidinas, el anticodn, y dos purinas, de manera que la composicin de este ncleo va a tener siempre 7 bases y va a contener al anticodn. El anticodn (35) interacciona con el codn (53) del mensajero en el sentido especificado. El bucle ms prximo al extremo 3 se denomina bucle TC se denomina as debido a tener estas bases en su estructura. La mayora (75%) de los tRNA presenta un pequeo brazo adicional entre el ncleo y el anticodn, de funcin desconocida y desapareado, de unas 7-10 bases de longitud.
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Biologa molecular 1er Parcial La estructura terciaria del tRNA tiene forma de L invertida. En el extremo superior se encuentra el brazo aceptor del aminocido En el extremo inferior contiene al ncleo anticodn El costado superior de la L es el bucle TC El costado lateral izquierdo contiene el bucle DHU. A partir de este bucle interacciona con la enzima necesaria para catalizar la unin aminoacil-RNA.
RNA ribosmico
Se trata de un rRNA que presenta 3 especies distintas en procariotas y 4 especies distintas en eucariotas. Los procariotas tienen: Subunidad grande del ribosoma (50 S) rRNA 5S rRNA 23S 36 protenas 21 protenas
Subunidad pequea del ribosoma (30 S) rRNA 16 S
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Biologa molecular 1er Parcial En los eucariotas en cambio los ribosomas tienen la siguiente conformacin: Subunidad grande (60 S) rRNA 5 S rRNA 5,8 S Subunidad pequea (40 S) rRNA 18 S 33 protenas rRNA 28 S 49 protenas
Aproximadamente el 50% del rRNA tiene estructura doblehelicoidal de manera similar al tRNA. La funcin es fundamentalmente estructural, en la conformacin del ribosoma, pero tambin participan directamente en la traduccin para la sntesis de protenas, fundamentalmente el de la subunidad menor.
Otros RNA
snRNA (RNA pequeos nucleares). Son una serie de RNA de pequeo tamao muy ricos en uracilo (se nombran como U1, U2) y tienen un papel fundamental en las transformaciones que tienen que sufrir los RNA desde que se forman hasta que son funcionales. Son ms importantes en procariotas que en eucariotas. Mitocondriales. La mitocondria tiene RNA diferentes que el resto de la clula. Los ribosmicos son ms similares a los bacterianos que a los citoplasmticos
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Biologa molecular
Tema 2. Organizacin y elementos funcionales de genoma y epigenoma

Introduccin
En general al comparar el genoma de un eucariota con una bacteria, es notoria la diferencia de tamao. El DNA de un organismo procaritico tendr unos 106 pares de bases mientras que en eucariotas alrededor de 109. Con respecto al DNA bacteriano prcticamente todo el DNA es codificante, es decir, esta compuesto de forma prcticamente exclusiva de genes y nada ms, utilizan todo el cdigo gentico. Los DNA eucariticos se considera que tienen alrededor de un 3% del DNA codificante, mientras que el resto no lo es, y tiene funcin desconocida. La mayor parte de los genes que codifican protenas en eucariotas estn adems entrecortados, de manera que tienen regiones que codifican protenas (exones) intercaladas por secuencias que no codifican nada (intrones). Cuando se sintetiza un mRNA a partir de un gen, ste contiene adems de las regiones que codifican protenas, las regiones no codificantes o intrones y para que este mRNA sea funcional, debemos modificarlo mediante el splicing, para que quede constituido nicamente por exones.
1er Parcial
En las bacterias casi todos los fragmentos de DNA se presentan como copia nica, es decir, las secuencias aparecen slo una vez en todo el DNA, sin embargo en el DNA de organismos eucariotas hay una gran cantidad de secuencias que se repiten mucho en todo el DNA de forma que en el DNA eucaritico veremos tanto secuencias de copia nica como secuencias repetitivas las cuales se pueden repetir hasta un milln de veces en toda la cadena de DNA
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Configuracin del DNA

DNA de copia nica
El DNA de copia nica puede representar entre el 50-70% (en humanos un 70%) del total de material gentico. El DNA de copia nica est compuesto en una pequea parte (alrededor de un x%) por los genes o secuencias codificantes, y una mayora de DNA no codificante.
Los genes no contienen solo una parte estructural codificante para protenas sino tambin contienen una regin reguladora. Los genes estn compuestos por exones e intrones (zona estructural) y una regin reguladora.
El DNA no codificante incluye los intrones, los cuales son el DNA que entrecorta los fragmentos codificantes de los genes (se considera que los intrones forman parte del gen, pero que no codifica protena).
DNA repetitivo
El DNA repetitivo no es ms que secuencias de DNA que se repiten muchas veces a lo largo del genoma, desde algunos cientos de veces hasta incluso 106 veces representando entre el 20-50% (30% en humanos) del total de material gentico. Podemos separar al DNA repetitivo en DNA codificante y DNA no codificante. El DNA codificante puede estar agrupado en regiones concretas del DNA o bien disperso. El DNA repetitivo codificante y agrupado se compone de genes que codifican protenas o RNA pero que a diferencia de los anteriores que aparecen en copia nica, stos aparecen en mltiples copias a lo largo del genoma. La mayor parte de las protenas vienen codificadas por un gen de copia nica, pero hay algunas que disponen de muchas copias y las expresan todas, de manera que estos genes repetitivos aparecen en zonas concretas del DNA y que codifican o bien protenas o bien RNA. Pueden agruparse en mltiples familias: Familias gnicas clsicas con secuencias repetidas en tndem (p.e. genes de las histonas). En humanos se considera que existen 40-50 copias pero pueden llegar a tener unas 100 copias. Todas las copias son prcticamente idnticas y todas se expresan. Tambin responden a este esquema los genes de los rRNA ms grandes y genes de los tRNA.
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Biologa molecular 1er Parcial Familias multignicas con genes agrupados (p.e. genes de las globinas o genes de los antgenos de histocompatibilidad). Estas copias no son exactamente iguales, sino que codifican protenas ligeramente distintas las cuales se expresan unas u otras dependiendo de la etapa vital, es decir, estos genes no se expresan todos a la vez. Algunos de estas zonas presentan genes, pseudogenes (no se expresan nunca debido a que han mutado), genes truncados o fragmentos gnicos. Familias multignicas con genes dispersos. Presentan mltiples copias por todo el genoma pero distribuidas en distintas zonas del DNA o incluso distintos cromosomas.
DNA no codificante
El DNA no codificante tambin se puede presentar agrupado o disperso. El DNA repetitivo agrupado es un DNA que aparece desde varios miles de veces en el DNA a incluso 1,5 millones de veces (DNA altamente repetitivo). Tambin podemos decir que aparecen en regiones heterocromticas. Aparece siempre en repeticiones y generalmente es denominado DNA satlite. Las secuencias no suelen ser largas (20-30 pares de bases). Es un DNA muy rico en adenina-timina, y si se lisa y se centrifuga, tiene menor densidad que otras clases de DNA debido a su menor cantidad de puentes de hidrgeno
Normalmente cuando el DNA se fragmenta, se centrifuga en una disolucin cuya densidad aumenta hacia abajo, y el DNA fragmentado se coloca en la parte superior. Ese DNA al ser centrifugado va separndose en partes de distinta densidad. Los DNA ricos en A-T se sitan ms arriba que aquellos en G-C.
En humanos se conocen 6 secuencias satlites con estas caractersticas, los cuales se localizan principalmente en los centrmeros, y su funcin es desconocida (aunque se postula su implicacin en la divisin celular). Uno de los seis tipos de satlites se sita tambin en los telmeros. El DNA moderadamente repetitivo se trata de DNA no codificante, disperso y se repite en general menos que el satlite. Distinguimos desde aquel que aparece disperso por todo el genoma en bloques repetidos en tndem (DNA minisatlite y microsatlite). Minisatlites. Repeticiones de cientos a miles de veces. Tienen unos 10-65 pb. Aparecen localizados fundamentalmente en los telmeros y se encargan de estabilizar esta zona del DNA.
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Biologa molecular 1er Parcial Microsatlites. Repeticiones de unas 50 veces. Tienen unos 2-6 pb. Aparecen distribuidos por todo el genoma y no tienen funcin conocida. La longitud muchas veces no es definitiva y a veces el nmero de copias de estos mini o microsatlites va a ser igual. Estas regiones son muy conocidas en humanos y son las secciones del DNA que varan muchos de unos individuos a otros y tienen funcin en pruebas diagnsticas. Tambin existen repeticiones dispersas por todo el DNA, las cuales se conocen como SIME (Elementos Nucleares Interpuestos Cortos) y LIME (Elementos Nucleares Interpuestos Largos). SIME. Tienen de 100-500 pares de bases. Las mas conocidas son las secuencias Alu las cuales tienen una diana para rotura con endonucleasas de restriccin. LIME. Tienen varios miles de pb. La ms caracterstica es la LINE1 cuya funcin es desconocida. Hoy se supone que estas secuencias se encargan de regular la expresin de muchos genes.
Secuencias palindrmicas
Las secuencias palindrmicas son abundantes en el DNA eucariticos. Una secuencia palindrmica es aquella que se lee igual en todos los sentidos, de forma que este tipo de secuencias pueden formar estructuras cruciformes.
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Biologa molecular 1er Parcial Existen protenas que interaccionan con el DNA reconociendo estas estructuras de forma que las secuencias palindrmicas tienen su papel en la regulacin gnica. Tambin pueden reconocer estas estructuras las endonucleasas de restriccin.
Modificaciones del DNA

Todas las clulas tienen el mismo DNA, sin embargo algunos genes se expresan en una y otros en otras. Esto depende de la interaccin del genoma con protenas. En este y otros momentos es fundamental la estructura que presenta el DNA y las modificaciones que pueden presentar sus bases o las histonas o la propia estructura del DNA en determinadas regiones para que determinados genes se expresen o no. Esto se conoce como epigentica y engloba todas las modificaciones que se producen en la cromatina. Las modificaciones que ms contribuyen a la epigentica son modificaciones en citosinas en el DNA y en las histonas.
Metilacin del DNA

Las citosinas en eucariotas se modifican en gran medida, en concreto se metilan. Las metilaciones ocurren en secuencias C-G que se van repitiendo a lo largo de todo el genoma (islas CG). Como norma general un gen metilado se expresa peor que otro gen menos metilado. Las metilaciones son heredables exactamente igual que el genoma, de forma que muchas de estas modificaciones se van a heredar. Tambin se pueden modificar las histonas para regular la expresin del DNA. La SAM (S-Adenosil-Metionina) es la molcula encargada de donar metilos.
Modificaciones de histonas
Mecanismo de metilacin de histonas. Se lleva a cabo en lisina y arginina. La lisina metilada afecta a la estructura terciaria del DNA aunque no demasiado debido a que no afecta a las cargas, de forma que algunas protenas tendrn diferencias al interaccionar con el DNA. Mecanismo de acetilacin de histonas. Se lleva a cabo tambin sobre lisinas y argininas. Se pierde la carga positiva de la histonas y la interaccin con el DNA se inhibe y el DNA queda menos compacto y ms accesible a la trascripcin Un DNA muy compactado queda poco accesible, y la acetilacin de histonas mejora el acceso para la transcripcin Mecanismo de fosforilacin de histonas. La fosforilacin se da en serinas o treoninas y aporta una carga negativa adicional a las histonas lo que causa una mala interaccin con el DNA y una descompactacin del mismo
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Biologa molecular 1er Parcial Todos estos mecanismos muestran que sin alterar directamente las secuencias del DNA alteran la expresin de un gen, se conocen globalmente como epigentica.
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Biologa molecular
Tema 3. Replicacin del DNA

Caractersticas generales
La replicacin es la duplicacin del DNA, es decir, a partir de una molcula de DNA parental obtenemos dos molculas hijas exactamente iguales. La replicacin del DNA debe ser muy precisa y coordinarse con la divisin celular. Debe replicar completamente toda la molcula, y debe ser muy fiable para evitar alteraciones en las clulas hijas. A pesar de su fiabilidad, disponemos de mecanismos de reparacin para evitar alteraciones excesivas. Las caractersticas de la replicacin sern las siguientes: La replicacin debe ser completa. La replicacin esta ligada al ciclo celular. Es semiconservativa, es decir, cada una de las clulas hijas conserva una hebra del DNA progenitor. Es bidireccional, es decir que cada hebra de DNA se va copiando en los dos sentidos a la vez (53 / 35). Se inicia en un punto del cromosoma (en bacterias) y termina en el punto opuesto. En bacterias existe un nico origen de replicacin, y en eucariotas hay mltiples orgenes. Siempre el origen debe ser muy especfico. Las dos cadenas se sintetizan de forma simultnea. Es semidiscontinua, de manera que una cadena se sintetizar de manera continua y la otra en forma de fragmentos.
1er Parcial
DNA polimerasas
DNA polimerasa I
La primera enzima descubierta en procariotas fue la DNA polimerasa I que sintetizaba DNA (Es capaz de aadir a una cadena de DNA un nucletido) con una serie de requisitos: Debe tener una cadena preformada (cebador) en el sentido en el que trabaja. Necesita los cuatro nucletidos trifosfato (dATP, dGTP, dTTP y dCTP) para aportar energa. No se utilizan los dNDP para hacer irreversible la reaccin. No aade nucletidos al azar sino que utiliza un molde. Necesita magnesio (Mg2+) Necesita una fuente de energa (ATP) Alberto Gmez Esteban & Laura del Olmo
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Biologa molecular 1er Parcial Necesita nucletidos de ribosa trifosfato (ATP, UTP, CTP y GTP) Necesita NAD+ Tambin tena una actividad exonucleasa, hidrolizando nucletidos de un extremo 3 5 (5 3 / 3 5) Su actividad exonucleasa 3 sirve para que al sintetizar un nucletido, si es incorrecto, poder eliminarlo y sustituirlo por el correcto, por lo que se denomina actividad correctora. La reaccin en concreto que cataliza se da a partir de una cadena molde en el que se da la unin de un extremo 3 con otro 5. Las hebras sern complementarias y antiparalelas. Una vez que se pens que la DNA-polimerasa 1 no poda ser la nica replicadora, se descubri la DNA-polimerasa 3, con los mismos requisitos, pero con mucha mayor velocidad que la DNA-polimerasa 1, la cual sintetiza tan lentamente que no es compatible con la fisiologa celular. La DNA-polimerasa 3 tambin tiene actividad exonucleasa 3 La estructura de la DNA-polimerasa 3 tiene una estructura mucho ms compleja que la DNA-polimerasa1: La parte cataltica de la enzima (core) esta formada por la subunidad: . Actividad polimerasa . Actividad exonucleasa . Tiene funcin estructural de unin entre las otras dos Tambin tiene otras dos subunidades unidas cada una a una parte de la molcula y que sirve para formar el dmero, es decir, sirve de unin entre las dos partes de la enzima. Existe un complejo - (2-2) unido al complejo core que va a sintetizar la hebra retrasada y cuya finalidad es hacer ms simultnea la replicacin de ambas hebras. Existe tambin una subunidad , que es la responsable de la procesividad de la enzima. La procesividad es la copia sin soltar el molde unos cuantos nucletidos, acelerando la copia (1000 nucletidos/segundo)
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Replicacin del DNA

Generalidades
El cromosoma de E. Coli es un crculo cerrado, y en cuanto se reconoce el origen de replicacin, se abre la doble hlice para que el DNA se pueda copiar. A la apertura de la doble hlice se le denomina burbuja de replicacin con dos horquillas de replicacin a ambos lados, por donde se inicia la replicacin en ambas hebras La hebra 53 se sintetiza sin problema, pero la otra hebra no puede sintetizarse en sentido 35 de forma que se ha de copiar de la nica forma que las enzimas pueden hacer: 53. Esto se lleva a cabo sintetizndose de forma discontinua mediante pequeos fragmentos (fragmentos de Okazaki). Este proceso se denomina replicacin discontinua. La hebra continua va algo ms adelantada que la otra hebra discontinua (retrasada). Estas enzimas no pueden empezar desde 0, sino que necesitan un fragmento preformado, que se trata de un pequeo segmento de RNA (primer o cebador) sintetizado por una RNA polimerasa primasa. En la hebra continua basta un nico cebador, pero la discontinua requiere mltiples cebadores para formarse.
Replicacin en procariotas
El primer punto para la replicacin es reconocer el origen de replicacin, que es reconocido por una protena denominada DNA-A. En cuanto la protena reconoce el origen se debe abrir la hebra, por ello, el origen suele ser rico en adenina-timina debido a sus enlaces ms dbiles. La doble hlice se abre por helicasas (DNA-B y otras protenas). El DNA una vez abierto, tiende a estabilizarse formando los puentes de hidrgeno. Para que se de la replicacin es preciso evitar que se vuelvan a formar, por lo que existen una serie de protenas (SSB) que se unen al DNA monocatenario, estabilizndolo. Cuando la doble hlice esta abierta y estabilizada, se forma un cebador en el inicio del 5-3 (hebra adelantada) y en una zona cercana al inicio de la 3-5 (hebra retrasada). Una vez completa la DNA polimerasa 3 (holoenzima) comienza a sintetizar la hebra continua a partir del cebador. En la hebra discontinua la primasa sintetiza mltiples fragmentos de Okazaki. Una vez que avanza la sntesis de DNA, la zona siguiente se va abriendo, y la zona ya formada va constituyendo la doble hlice nueva. Al formarse la burbuja de replicacin se genera una tensin sobre el resto de la hebra, de manera que son necesarias las topoisomerasas que estabilizan la estructura cortando en determinadas zonas y realizando una serie de acciones complejas. La actividad exonucleasa 3 de la DNA polimerasa 3 elimina un nucletido incorrecto y aade el adecuado (actividad revisora o correctora) de forma que la replicacin prcticamente transcurre sin errores.
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Biologa molecular 1er Parcial Una vez sintetizadas ambas hebras hijas, tendremos una hebra retrasada repleta de cebadores de RNA en direccin 53 que se deben eliminar, lo que se hace gracias a la actividad exonucleasa 5 de la DNA polimerasa 1, que los elimina. Los huecos restantes son rellenados mediante la actividad polimerasa de la misma enzima, utilizando los fragmentos preformados de la hebra hija. Los trozos sueltos que quedan despus de sintetizar estos nuevos fragmentos deben ser unidos entre s, lo que se realiza con la enzima DNA ligasa que forma el enlace fosfodister, con energa aportada por NAD+. En eucariotas la aporta el ATP. El cromosoma bacteriano en aprox. 40 minutos se replica completamente y cada mitad (cortada por un eje imaginario) se sintetiza o bien continua o bien discontinua cada monocadena.
Replicacin en eucariotas
Las caractersticas generales de la replicacin son idnticas. La diferencia se halla en que en organismos eucariotas la replicacin tiene mltiples orgenes de replicacin. Diversas protenas van a reconocer los orgenes y por un mecanismo similar se van a formar las burbujas de replicacin y una vez formadas la sntesis va a ser idntica que en eucariotas, de forma que cada burbuja considerada por separado se replica igual que el cromosoma bacteriano. En eucariotas se han caracterizado 5 DNA polimerasas (aunque posiblemente hay ms). DNA polimerasa . Tiene actividad polimerasa y primasa de forma que es capaz de sintetizar el primer e incluso iniciar la sntesis DNA polimerasa . Tiene actividad polimerasa 5-3 y exonucleasa 3. Seria equivalente a la DNA polimerasa 3 holoenzima. Requiere la protena PCNA para que esta enzima funcione DNA polimerasa . Tiene tambin actividad polimerasa y exonucleasa 3 participa en la replicacin pero su funcin fundamental es la reparadora. DNA polimerasa . Esta implicada fundamentalmente en mecanismos de reparacin DNA polimerasa . Se trata de una polimerasa mitocondrial, que replica el DNA mitocondrial con ayuda de primasas. En eucariotas el DNA esta mucho ms compactado (estructura de nucleosoma) de forma que se requieren multitud de protenas que desbaraten gran parte de la estructura de la cromatina para hacer el DNA accesible. Adems, ninguna de las polimerasa conocidas tiene actividad exonucleasa 5 de manera que se requieren exonucleasas adicionales para eliminar los cebadores. Por ltimo en eucariotas se da un problema (aparte de la compactacin de la cromatina con histonas). En bacterias con una mitad del cromosoma circular se puede terminar de replicar el DNA, pero en DNA lineales siempre quedar un extremo de 10 nucletidos Alberto Gmez Esteban & Laura del Olmo
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Biologa molecular 1er Parcial sin rellenar, el cual se debe eliminar, este extremo corresponde a los telmeros. Estos extremos estn formados por DNA repetitivos protectores del cromosoma los cuales son prescindibles, pero en ocasiones si que se puede llegar a perder informacin gentica. Esto se ve resuelto por las enzimas telomerasas, que se encargan de rellenar los huecos, estn formadas por RNA complementario a los telmeros y protenas con actividad polimerasa. El DNA esta acomplejado con histonas, de forma que cuando se sintetizan hebras hijas se deben sintetizar nuevas histonas para reorganizarlas. Muchas histonas antiguas se aprovechan por las hebras hijas. La replicacin en eucariotas es mas lenta que en bacterias pero el hecho de que se lleve a cabo en mltiples orgenes de replicacin lo que a su vez origina fragmentos de Okazaki mas cortos. El DNA humano se replica por concreto en unas 8 horas.
Reparacin del DNA

El DNA en el organismo esta sometido a mltiples cambios en el entorno, tanto de pH como multitud de sustancias. A pesar de que las polimerasas tienen actividad correctora, siempre puede haber errores de replicacin, bien por la propia DNA polimerasa que est defectuosa, o bien porque en el momento de la replicacin se produzca algn cambio que o bien altere la estructura de alguna base, se pierda alguna base, se copie mal, etc Todo tipo de organismos disponen de mecanismos de reparacin, ya que si no se reparan se convierten en alteraciones permanentes o mutaciones. Los daos mas frecuentes en el DNA son: Perdida de una base Base alterada Apareamiento incorrecto Delecin-insercin Formacin de dimeros Rotura de cadenas Uniones covalentes de las cadenas
Cuando la luz ultravioleta incide sobre bases contiguas se da la formacin de un enlace covalente entre ellas. Si tenemos una base alterada podemos o bien eliminar esa base para bien sustituirla, o bien eliminar todo el nucletido para tambin sustituirlo ms tarde. Si sobre el dmero vuelve a incidir la luz UV una enzima (la fotoliasa) es capaz de deshacer el dao. Personas con esta enzima defectuosa sufren de la patologa del Xeroderma pigmentoso, que se caracteriza por gran sensibilidad de la piel hacia la luz solar, potencialmente carcingena.
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Biologa molecular 1er Parcial Existen enzimas que rastrean continuamente el DNA en busca de daos, por ejemplo en el caso de un dmero, una endonucleasa consigue detectar el dmero y cortar la zona daada (elimina unos 10-12 nucletidos) con lo cual existe un hueco que se rellena utilizando el fragmento anterior (53) como cebador, y utilizando una ligasa para unir esos nucletidos. En eucariotas fundamentalmente la DNA polimerasa y se encargan de reparar estos huecos.
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Tema 4. Transcripcin del DNA

Introduccin
La transcripcin es la sntesis de una molcula de RNA con la informacin contenida en el DNA. La transcripcin tiene unas diferencias fundamentales con la replicacin del DNA, aunque tambin muchas similitudes: Similitudes Sentido 53 Diferencias Selectividad. Se transcribirn nicamente determinadas secuencias del DNA, frente a la replicacin en la cual se duplicaba toda la molcula. Unidireccionalidad. Se transcriben secuencias especficas, por lo que se requiere un origen especifico de transcripcin y un final muy delimitado. Composicin. Lgicamente en vez de DNA, la molcula resultante de la copia va a ser de RNA. Se requiere un DNA molde al que copiar, al que con nucletidos trifosfato va a formar una cadena de RNA, es decir, nucletidos monofosfato liberndose el pirofosfato para irreversibilidad la reaccin.
Tambin se requiere un catin divalente que ser Mg2+. La transcripcin tiene un origen determinado que es una regin de DNA que se denomina promotor.
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Biologa molecular 1er Parcial El RNA que se forma es monocatenario, por lo que nicamente se copia una de las dos cadenas de DNA que se denomina hebra molde. La secuencia de RNA tiene la misma secuencia que la complementaria a la molde, que se denomina hebra codificante que tiene la misma direccin que el RNA y se denomina tambin hebra con sentido (+). La hebra molde se denomina por el mismo motivo hebra antisentido (-). El primer nucletido que se copia se denomina +1, y hacia delante, en la zona que ya se transcribe se va considerando +2, +3, +4 (sentido aguas abajo, downstream), y en contrasentido -1, -2, -3 (Sentido aguas arriba, upstream).
Transcripcin
Procariotas
Los procariotas tienen nicamente un RNA polimerasa para sintetizar todo tipo de RNA. Esta RNA polimerasa tiene una estructura compleja formada por tres tipos de subunidades que constituyen el ncleo o core: Subunidad 2. Tiene una funcin estructural y reguladora de manera que a ella se van a unir determinadas molculas encargadas de regular la transcripcin Subunidad . La subunidad es la ms importante y forma la mayor parte del centro cataltico, y se encarga de formar el enlace fosfodiester e interaccionar con los nucletidos trifosfato. Subunidad . Tiene el resto de la parte cataltica pero su funcin principal es unirse al DNA molde. Tiene en su estructura otra subunidad que se encarga de reconocer secuencias especficas del DNA. La RNA polimerasa es responsable del desdoblamiento de la doble hlice (no requiere helicasas) y adems inicia la cadena ya que no necesita cebador. Reconoce el final del gen y es capaz de plegar la doble hlice a medida que la va copiando. Es reiterativa (aade nucletidos) y procesiva aunque carece de actividad exonucleasa (normalmente se comete un error por cada 104-106 nucletidos transcritos) aunque esto tampoco tiene mucha importancia debido a que los genes se replican en mltiples ocasiones. El primer punto que se debe reconocer es el promotor. Los promotores bacterianos tienen aprox. unos 40 pares de bases (lo que implica a las dos hebras). La primera base del promotor (+1) normalmente es una purina, de forma que casi todos los RNA tendrn una purina como primera base (normalmente A).
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Biologa molecular 1er Parcial En la posicin -10 vamos a tener lo que denominamos caja TATA o caja de Pribnow que es una secuencia generalmente de 6 bases donde es caracterstica la secuencia TATAAT. Tambin sobre la posicin -35 normalmente encontramos una segunda secuencia TTGACA de menor importancia. Los promotores que tengan estas secuencias en dichas localizaciones son muy eficaces iniciando la transcripcin (promotores fuertes). A estas secuencias se les denomina secuencias consenso. La RNA polimerasa recorre el DNA hasta localizar el promotor, y una vez lo localiza, la propia RNA polimerasa es capaz de abrir la doble hlice para que pueda comenzar la copia llegando a un estado de promotor abierto disponible para copiar. Una vez se ha sintetizado una pequea cadena de RNA (10-12 nucletidos) la subunidad se separa de la enzima ya que no es necesaria y es sustituida por una protena que se denomina nusA que acompaara a la protena a lo largo de toda la sntesis del RNA. La hebra de RNA a medida que se sintetiza va formando un hibrido con la cadena molde de DNA. La formacin de este hibrido es fundamental de forma que a medida que avanza esta transcripcin (doble hlice tipo A). Precisamente cuando el hibrido se desbarata termina la transcripcin. La transcripcin es bastante ms lenta que la replicacin, pero esta velocidad esta compensada porque los genes se transcriben muchas veces y adems las secuencias que se transcriben son mucho menores en tamao que el genoma total.
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TRANSCRIPCIN EN BACTERIAS
1 FASE: INICIACIN en el promotor (subunidad , protena NusA)
Se inicia en el promotor gracias a la subunidad sigma (). Una vez reconocido el promotor la subunidad se desprende y es sustituida por la protena NusA, que contina con la RNA polimerasa durante todo el proceso. Una vez superada la fase de iniciacin, la 2 fase es la elongacin.
2 FASE: ELONGACIN (RNA polimerasa)

Continuacin de la sntesis de la cadena. El RNA se va cerrando en un sentido y abriendo en el sentido contrario y no nos hace falta ms que la RNA polimerasa, que permite la apertura del RNA. La 1 base va a ser siempre una PURINA. Se va liberando pero va a haber siempre un tramo de 12-14 nucletidos que estarn formando doble hlice con el DNA. Velocidad de transcripcin/sntesis de RNA = 50 m/s. La transcripcin es mucho ms lenta que la replicacin, pero como un gen se transcribe multitud de veces no supondr ninguna desventaja. Por otra parte, la RNA polimerasa no tiene actividad exonucleasa 3 (correctora), por tanto no se revisarn los errores, por lo que en la transcripcin la tasa de error es mucho mayor que en la replicacin (donde s tenamos esta actividad correctora), aunque como acabamos de decir, esto ser soportable debido a la cantidad de veces que hacemos transcripcin. En otras palabras, un mismo fragmento de DNA se va transcribiendo muchas veces a la vez/simultneamente (imagen en punta de flecha), as que aunque en 1,2,3 haya errores no ser relevante porque vamos a obtener multitud de copias.
3 FASE: TERMINACIN
La elongacin contina hasta que aparece una seal de terminacin tan especfica como el inicio. Una vez que se rompa el hbrido y finalice por tanto la transcripcin, la RNA polimerasa y la protena nusA se separarn. Se cree que la protena nusA (que acompaa a la RNA polimerasa en toda la transcripcin) tiene algo que ver tambin con el reconocimiento de seales, pero no se conoce bien.
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Biologa molecular 1er Parcial TERMINADORES INTRNSECOS o independientes de Rho (no requieren a la protena rho)
1. Aparicin de una zona rica en guaninas y citosinas en la hebra de DNA. La RNA

polimerasa es la nica que abre la doble hlice, por lo que se ralentiza su accin al encontrarse con una doble hlice ms estable (con ms puentes de hidrgeno entres sus bases complementarias).
2. Aparicin de una secuencia palindrmica en la hebra de DNA, por tanto el RNA recin
sintetizado tambin la tendr, por lo que se podr aparear consigo mismo formando una horquilla que tiene 2 consecuencias inmediatas: (1) No aparea con el DNA. (2) Interfiere en el avance de la RNA polimerasa (la ralentiza an ms). Explicacin: 5 --- G C A T C G ------- C G A T G C ---- 3 (Secuencia palindrmica) 3 --- C G T A G C ------- G C T A C G ---- 5 Esta es la secuencia palindrmica que se va a copiar en el RNA recin sintetizado. Va a ser muy rica en guaninas y citosinas, por lo que si hay muchos pb GC va a costar ms abrir la doble hlice de DNA, ya que estos dan ms estabilidad a la cadena (3 puentes de hidrgeno). El resultado es que la RNA polimerasa se ralentiza, pero todava puede seguir copiando RNA.
La seal de terminacin definitiva puede ser: 3. Aparicin de una fila de timinas (t runs) en el DNA que como consecuencia
acarrea una fila de uracilos cuando se copia al RNA que se est transcribiendo. Los uracilos del RNA recin sintetizado no podrn aparear con la adenina del DNA (porque son bases anticomplementarias???), rompindose la doble hlice del hbrido por inestabilidad y finalizando as la transcripcin.
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Biologa molecular 1er Parcial PROTENA RHO () o terminador dependiente de Rho: hexmero con 2 actividades enzimticas = (1) ATPasa y (2) *HELICASA* (la que realmente finaliza la transcripcin) 1. Actividad ATPasa. Le permite aparearse/interaccionar con la molcula de RNA que se est sintetizando y avanzar a travs de ella, ya que para ello requerir hidrolizar ATP.
En otras palabras, la protena Rho reconoce algo en el RNA (posiblemente a la secuencia palindrmica) y se aparea/interacciona con l gracias a la actividad ATPasa.
2. Actividad Helicasa. Le permite destruir al hbrido y finalizar por tanto la transcripcin de forma definitiva.
Una vez que la protena Rho ya se ha pegado al RNA, llega a la zona del hbrido y gracias a su actividad helicasa destruye a ese hbrido y finaliza la transcripcin definitivamente. En la mayora de las ocasiones, cuando acta la protena Rho como terminador definitivo de la transcripcin, suelen aparecer tambin los terminadores intrnsecos salvo la fila de timinas, que no ser necesaria gracias a la actividad helicasa determinante que posee la protena Rho. Es decir, en la 3 fase o fase de terminacin de la transcripcin se darn mayoritariamente 2 situaciones: 1. Accin de los 3 terminadores intrnsecos independientes de Rho incluida la fila de timinas que ser determinante para la finalizacin de la transcripcin. 2. Accin definitiva de la protena Rho y de los terminadores intrnsecos salvo la fila de timinas no necesaria gracias a la actividad helicasa de Rho.
EXCEPCIN! Solo en determinadas ocasiones actuar exclusivamente la protena

Rho como terminador de la transcripcin, sin la ayuda de ningn otro terminador, es decir, sin necesidad de que la RNA polimerasa sea ralentizada por la zona rica en guaninas y citosinas y por la secuencia palindrmica. Dicho esto, podemos concluir que toda finalizacin de transcripcin requiere una ralentizacin de la RNA polimerasa (salvo en contadas ocasiones en las que acta exclusivamente la protena Rho) mediante la aparicin de una zona rica en guaninas y citosinas y una secuencia palindrmica en la hebra de DNA. Por ltimo, una vez que ya se ha ralentizado la RNA polimerasa, necesitaremos indistintamente cualquiera de los 2 terminadores definitivos siguientes:
Secuencia de timinas Protena Rho (actividad helicasa)
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Biologa molecular 1er Parcial En resumen, existen 4 tipos de terminadores especficos de la transcripcin: 2 no definitivos, ralentizan a la RNA polimerasa (intrnsecos no dependientes de ): (1) Secuencia rica en GC (2) Secuencia palindrmica 2 definitivos, rompen la doble hlice: (3) Fila de timinas (intrnseco no dependiente de ) (4) Protena Rho (actividad helicasa)
RNA TRANSCRITO PRIMARIO BACTERIANO o PRODUCTO PRIMARIO DE TRANSCRIPCIN (NO FUNCIONAL) El RNA recin sintetizado se denomina TRANSCRITO PRIMARIO o PRODUCTO PRIMARIO DE
TRANSCRIPCIN y en general NO ES FUNCIONAL, salvo el mRNA. El mRNA transcrito primario bacteriano se transcribe en su forma funcional ya que al ser tan inestable se traduce a la vez que se est transcribiendo, por lo que no es necesario que sufra modificaciones??? En bacterias, todo el RNA (tRNA y rRNA) transcrito primario excepto el mRNA, sufre modificaciones tras la transcripcin para hacerse FUNCIONAL.
EXCEPCIN! El mRNA transcrito primario es el nico que no sufre modificaciones

tras la transcripcin porque al ser tan inestable no da tiempo a que stas se produzcan, pues se traduce a protenas a la vez que se transcribe, es decir, a la vez que est siendo transcrito ya tiene ah un ribosoma que est copiando/traduciendo la protena correspondiente, porque si no las nucleasas lo degradaran inmediatamente???
tRNA transcrito primario (no funcional) tRNA FUNCIONAL MADURO
nucleasas o modificaciones de bases
Es una estructura con varias molculas de tRNA (7-8), de manera que necesitamos enzimas para liberar esos tRNAs y que queden ya como tRNAs funcionales y maduros. Nucleasas. Cortan la molcula en puntos especficos. *Hay que recordar que todos los tRNAs tienen en el 5 una G fosforilada y en el 3 la secuencia ACC, que es la que se une en el a y para todos es la misma. Modificacin de bases o adicin de los nucletidos que hagan falta. *Hay que recordar que el tRNA tena algunas bases modificadas.
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Biologa molecular 1er Parcial rRNA transcrito primario (no funcional) MADURO nucleasas rRNA FUNCIONAL
Es una estructura que contiene en una misma molcula las 3 especies de rRNA. Nucleasas. Determinadas nucleasas van a tener que cortar al transcrito primario para separar a las 3 especies.
RIBOZIMAS: RNAs con actividad enzimtica (por ejemplo, algunas nucleasas)

Algunas de estas nucleasas que modifican la estructura del RNA transcrito primario (de transferencia o ribosmico) para hacerlo funcional son RNA. En este punto es cuando se descubri que no todas las enzimas son protenas, sino que existen algunas molculas que sin serlo tienen actividad enzimtica (siendo RNAs). Se descubri que en bacterias algunas de estas nucleasas que cortan a los RNA transcritos primarios son molculas pequeitas del RNA y en la actualidad se las denomina RIBOZIMAS para diferenciarlas de las enzimas verdaderamente proteicas.
TRANSCRIPCIN EN ORGANISMOS EUCARITICOS

Las generalidades son las mismas que en los organismos procariotas (bacterias).
Similitudes con la transcripcin bacteriana:

1. 2. 3. 4. 5. 6. Transcripcin selectiva: solo se transcriben segmentos de DNA. Sealizacin del inicio y del final. DNA molde que se conserve intacto hasta el final. Nucletidos trifosfato. Mg2+ como cofactor enzimtico. Todas las RNA polimerasas conocidas NO necesitan cebador ni tienen actividad exonucleasa correctora.
Diferencias con la transcripcin bacteriana:

3 RNA polimerasas importantes (las bacterias solo tienen una), todas ellas formadas por varias subunidades. No se conoce bien la estructura de todas.
RNA POLIMERASA I. Transcribe genes de tipo I que son los que dan lugar a rRNAs
grandes (los rRNAs pequeos son sintetizados por la RNA polimerasa III). - Localizacin: nuclolo.
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Biologa molecular 1er Parcial *RNA POLIMERASA II*. Es la ms importante porque transcribe genes de clase II
que son los que dan lugar al mRNA. Adems tambin transcribe la mayor parte de los RNAs pequeos y RNAs nucleares. - Localizacin: nucleoplasma formando parte de la cromatina (protenas no histonas).
RNA POLIMERASA III. Transcribe genes de clase III que son los que van a dar lugar al
tRNA, aunque tambin a rRNAs pequeos y algunos RNAs nucleares pequeos (snRNA). En resumen: RNA POL I = rRNA
RNA POL II = mRNA
RNA POL III = tRNA
RNA POLIMERASA MITOCONDRIAL.
Tambin hay una RNA POLIMERASA MITOCONDRIAL, menos importante, que se encarga de transcribir todos los genes mitocondriales. Es menos compleja pero similar a la RNA polimerasa bacteriana.
Proceso de transcripcin: 3 fases
Fase de iniciacin: PROMOTOR.

Las RNA polimerasas necesitan un promotor. El promotor mejor conocido es el de la RNA polimerasa II. El promotor de la RNA polimerasa II es de gran longitud; tiene alrededor de 100-200 pb (a diferencia del promotor bacteriano de pequea longitud; en torno a los 40 pb).
Al igual que en las bacterias, en la posicin +1 del promotor habr siempre una PURINA. PROMOTOR BASAL = parte de la caja TATA (-25): parte imprescindible para el promotor; hace posible la transcripcin.
Hacia atrs tenamos la caja TATA/TATA box/caja de Hogness, pero en lugar de estar en la posicin -10 como en las bacterias, en los eucariotas se localiza en la posicin -25. De esta forma (con la purina en posicin +1 y con la caja TATA en posicin -25) el promotor es an poco eficaz, es decir, apenas trascribe, por lo que necesitar de otras secuencias para incrementar su capacidad de transcripcin:
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Biologa molecular 1er Parcial PROMOTOR PROXIMAL = secuencia K (-75) y secuencias ricas en G y C (-50, -100):
regiones que mejoran la eficacia del promotor; NO es imprescindible, simplemente mejora la transcripcin. o SECUENCIA K (posicin -75).
o SECUENCIAS RICAS EN GUANINAS y CITOSINAS (se repiten a lo largo del

promotor: posiciones -50, -100 y ms hacia atrs).
Los GENES CONSTITUTIVOS o DOMSTICOS que se expresan de forma permanente en todas las clulas (por ejemplo, los que van a dar lugar a las protenas de la gluclisis) van a tener los 2 promotores (el basal que hace posible la transcripcin y el proximal que la mejora).
En la regulacin veremos que muchos promotores van a tener ya fuera otras secuencias denominadas SECUENCIAS DISTALES (porque estn muy alejadas de l) que van a modificar (mejorar/dificultar) la tasa de transcripcin de un gen determinado (generalmente activan la transcripcin).
FACTORES DE TRANSCRIPCIN o protenas colaboradoras (con la RNA polimerasa) y SECUENCIAS DISTALES en todo el proceso de transcripcin eucaritica (debido a la cromatina condensada)
*Diapositiva: TFIIINB, TFIIIC = factores de transcripcin necesarios. En bacterias, una vez reconocido el promotor la RNA polimerasa bacteriana (con su subunidad sigma ) ya no necesitaba nada ms. En organismos eucariticos como ya sabemos el DNA est formando la estructura de la cromatina (en forma de nucleosoma) y por tanto est mucho ms condensado, por lo que la RNA polimerasa eucaritica necesita la COLABORACIN DE OTRAS
PROTENAS/FACTORES hasta para reconocer al promotor. Es decir, no nos vale solo la RNA
polimerasa, sino que requeriremos la colaboracin de muchas protenas para reconocer el promotor, abrir el DNA, elongar (2 fase)
DISTALES que Adems tambin necesitaremos determinadas SECUENCIAS mejorarn/dificultarn la transcripcin unindose o interaccionando a/con los factores de transcripcin. Secuencias distales. Dentro de ellas hay:
Activadores/Inhibidores de los factores de transcripcin. Elementos de respuesta: tipo concreto de secuencias distales (a hormonas, a AMPC). Son secuencias situadas a 10000 pb de un gen que pueden influir en la transcripcin porque pueden intervenir en la eficacia o en el mayor/menor avance.
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Biologa molecular 1er Parcial En organismos eucariticos, al igual que en bacterias, la RNA polimerasa es la que transcribe el RNA pero necesita la colaboracin de todos esos factores de transcripcin y secuencias distales hasta para reconocer al promotor (origen).
Promotor eucaritico: Pu y caja tata (-25); ms atrs: secuencias promotores proximales. Regiones ms importantes del promotor: caja tata, regin CAAT, regiones ricas en G y C (mejoraban el promotor basal).
LOCALIZACIN DEL PROMOTOR O ZONA DE RECONOCIMIENTO DE LAS RNA POLIMERASAS:

Para la RNA polimerasa I los promotores son distintos pero similares a los de la RNA polimerasa II. Los promotores de la *RNA polimerasa III* son totalmente distintos a los de las RNAs polimerasas I y II, ya que van a estar dentro del gen (inicia la transcripcin en Pu+1). RNA POLIMERASA I + RNA POLIMERASA II + RNA POLIMERASA BACTERIANA promotores estn UPSTREAM = hacia la izquierda o corriente arriba. sus
*RNA POLIMERASA III* (transcribe el tRNA pero aparecen tambin determinados bloques caractersticos????) sus promotores estn DOWNSTREAM del gen
transcrito = hacia la derecha o corriente abajo. En este caso el promotor va a estar dentro del gen, por tanto la RNA polimerasa III lo reconoce y lo transcribe a la vez.
PROCESAMIENTO en eucariotas: (2) elongacin y (3) terminacin.

Una vez que se inicia la transcripcin (tras reconocer al promotor en una 1 fase) el proceso es el mismo que en bacterias.
La 2 fase o elongacin se produce a la misma velocidad hasta encontrar una seal de finalizacin. En eucariotas la seal de terminacin no est nada clara: En eucariotas NO SE HAN DETECTADO SECUENCIAS PALINDRMICAS NI LAS HORQUILLAS DEL RNA, pero s regiones en las que la RNA polimerasa va ms lenta. Se cree que la ralentizacin de la RNA polimerasa eucaritica es debida a la propia estructura del DNA, que cuando se transcribe dar una secuencia determinada en el RNA. S se ha observado la APARICIN DE UNA FILA DE TIMINAS, en especial para casi todas las RNA POLIMERASA I. El RNA recin transcrito tendr una fila de uracilos que aparear peor con el DNA (base anticomplementaria).
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Tambin se ha descubierto que en el caso de la RNA POLIMERASA II actan algunas PROTENAS SIMILARES A LA RHO que provocan el final de la sntesis.
Resumen: terminadores en la transcripcin eucaritica

En casi todos los genes: Seales inespecficas que hacen que la RNA polimerasa vaya ms lenta. Fila de timinas que da lugar a una serie de uracilos en el RNA que debilita el apareamiento (especialmente en la RNA polimerasa I). En el caso de la RNA polimerasa II: Se han descrito protenas similares a la Rho que actan tambin como helicasas para romper el DNA.
MODIFICACIONES QUE HAN DE SUFRIR *TODOS* LOS TRANSCRITOS PRIMARIOS DEL RNA EUCARITICO PARA HACERSE FUNCIONALES O MADUROS
*Diapositiva: ejemplo general de las modificaciones.
En organismos eucariticos NINGUNO DE LOS RNA RECIN SINTETIZADOS O TRANSCRITOS PRIMARIOS ES FUNCIONAL. Es decir, los transcritos primarios tanto del mRNA, rRNA y tRNA se van a tener que modificar para convertirse en los RNAs funcionales o RNAs MADUROS.
*Recordemos que en bacterias los RNA transcritos primarios a excepcin del mRNA, tampoco eran funcionales, por lo que tenan que sufrir una serie de modificaciones y cortes por parte de nucleasas para hacerse funcionales o maduros.
Al contrario que en bacterias, el mRNA transcrito primario se modifica mucho, por tanto no es tan importante la definicin de su terminacin. Es decir, en eucariotas el RNA que ms se modifica es el mensajero (en bacterias el mRNA se traduca a la vez que se sintetizaba/transcriba, no se modifica nada).
La MODIFICACIN DE LOS TRANSCRITOS PRIMARIOS NO FUNCIONALES va a ser imprescindible para: TODOS LOS RNA EUCARIOTAS Los tRNAs y rRNAs bacterianos
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Biologa molecular 1er Parcial La modificacin va a estar relacionada con la estabilidad de la molcula y la complejidad de su estructura superior.
Las modificaciones implican:

Escisin de fragmentos grandes Roturas tanto de los extremos como internas Adicin de secuencias caractersticas y/o protectoras Modificacin de bases, como metilacin. El mRNA de eucariotas empieza a modificarse en el extremo 5. Empieza con una purina y cuando ya ha emergido un fragmento de RNA, ya va a comenzar a modificarse. El primer paso es la formacin de la CAP o caperuza, la cual comienza perdindose un fosfato del extremo 5 por hidrlisis (enzima fosfohidrolasa). A travs de GTP se aade una guanina (con liberacin de PPi) gracias a la Guanilil transferasa. Una vez disponemos de la guanina, esta se metila gracias a una molcula de SAM y a una metiltransferasa. Una vez se han llevado a cabo estos pasos disponemos ya de un CAP plenamente funcional. El RNA se sigue sintetizando hasta llegar a una determinada secuencia consenso que es reconocida por una protena especfica, y cuando se reconoce esta secuencia consenso, una endonucleasa cortar unos 20 nucletidos por delante de dicha secuencia disponiendo ya de un extremo 3 libre. Una vez disponemos del RNA, una cantidad indeterminada de ATP se va a hidrolizar liberando pirofosfato para aportar al extremo 3 una gran cantidad de adeninas (extremo poli A). La enzima es la Poli A Polimerasa. La cola poli A estabiliza al mRNA y lo protege de la accin de nucleasas, y adems a la cola poli A se una protena que estabiliza an ms este extremo. A partir de este punto, disponemos de un RNA heterogneo nuclear. Es un RNA que depende de la protena que codifica (es monocistrnico). Su estructura es la siguiente: Extremo 5. Tiene la CAP Secuencia central. Se trata de una secuencia exn-intrn repetida Extremo 3. cola poli A Para crear un RNA completamente funcional debemos llevar a cabo un proceso de "splicing" que elimine las secuencias intrnicas no codificantes. El proceso de splicing implica el corte de intrones y el empalme especfico de unin de exones. Una vez se ha llevado a cabo este proceso, el RNA maduro.
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Biologa molecular 1er Parcial El proceso de splicing lo llevan a cabo una serie de partculas formadas por snRNA (ricos en uracilo) y protenas, este complejo se llama snRNP (pequeos y nucleares ribonucleoprotenas, o "snurps"). La parte cataltica de los snRNP es el RNA de forma que es una ribozima. Los snurps al ser ricos en uracilo se les denomina por U1, U2, U3 El corte y empalme se va a producir sucesivamente. Todos los intrones tendrn en el extremo 5 una secuencia GU y en el extremo 3 una secuencia AG. En el centro tienen tambin una secuencia especfica que es lo que se denomina punto de ramificacin. Estas secuencias son reconocidas por un determinado snurp1 que produce un corte especfico que deja un OH libre en el extremo 3 del exn1 y la estructura GU-intrn-AG en el extremo 5 del exn2. Otro snurp2 eliminar el intrn unido al 5 exn2 dejando a los dos exones libres. Otro snurp3 acta como una ligasa uniendo a los dos exones entre s.
La demostracin de la existencia de intrones se dio al hibridar la hebra molde de DNA con el mRNA maduro, observando la presencia de mltiples bucles en el DNA, y aport el dato de que la cantidad de DNA en intrones es muy superior a la de los exones. Alberto Gmez Esteban & Laura del Olmo 43
Biologa molecular 1er Parcial La presencia de intrones se da gracias a que una molcula de RNA heterogneo nuclear se pueden dar distintos RNA mensajeros maduros eliminando o no exones. Siempre se deben mantener el primer y ltimo exn. Esto se denomina splicing diferencial o alternativo.
Modificacin de otros RNA

tRNA transcrito 1ario
Cada transcrito primario eucaritico no es funcional y consiste en una estructura con los extremos 5 y 3 elongados; estos extremos son cortados por nucleasas especficas. Una enzima debe aadir siempre al extremo 5 una G y al extremo 3 una secuencia ACC: los nucletidos especficos que llevan los tRNA. Esta enzima encargada ser una nucleotidasa. El tRNA tambin tiene bases que deben ser modificadas ya que esas bases no se pueden copiar modificadas del DNA. Tambin hay muchos tRNA que van a llevar un intrn en la zona ms importante: la zona del anticodn. Esto conlleva un proceso de splicing llevado a cabo por nucleasas y ligasas especficas.
rRNA transcrito 1ario

El rRNA transcrito primario se transcribe como una nica molcula que engloba los tres RNA. El 5S se sintetiza por la misma enzima que sintetiza los tRNA. Para convertirse en funcional en primer lugar una serie de nucleasas cortan de forma especfica liberando los tres RNA diferentes adems de modificarlos ligeramente, y una vez liberados estructuran junto a las protenas las subunidades del ribosoma. En ocasiones aparecen intrones dentro de la estructura, y para eliminarlos se requieren pequeos complejos formados por RNA y protenas (ribozimas) similares a los snurps. Alberto Gmez Esteban & Laura del Olmo 44
Biologa molecular 1er Parcial En ocasiones el propio RNA ribosmico tambin participa en el proceso de corte y empalme en lo que se denomina "autosplicing".
Inhibidores de la transcripcin
Hay toda una serie de molculas, fundamentalmente antibiticos, que inhiben la transcripcin. La rifamicina es un compuesto natural de streptomyces y la rifampicina es un compuesto artificial. Ambos interactan con la unidad de la RNA polimerasa bacteriana y por tanto bloquea la transcripcin en bacterias. Es un antibitico muy til para combatir infecciones dado que al ser humano no le afecta. Los intercalantes se intercalan en la doble hlice de DNA e impiden su apertura para que el gen sea transcrito. A altas concentraciones pueden llegar a inhibir la replicacin. Uno de los ms estudiados es la actinomicina D que es un antibitico que siempre que aparecen pares seguidos G-C se intercala en ese punto anclndose al DNA. Algunas toxinas fngicas como la producida por la Amanita phalloides (-amanitina) interacciona con la RNA polimerasa eucaritica (sobre todo la RNA polimerasa II que sintetiza el mensajero).
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Tema 5. Sntesis de protenas

Introduccin
La sntesis de protenas parte de la molcula de RNA mensajero resultante de la transcripcin en lo que se denomina traduccin. La secuencia de protenas ser una copia de las instrucciones que contiene el mRNA, es decir, el codn del RNA determinar el aminocido que aparece en la protena, actuando como molde en la traduccin. Las protenas se sintetizan en sentido aminocarboxilo. Estructuralmente los aminocidos y los codones no tienen nada que ver, por lo que necesitan un adaptador que va a ser el RNA transferente.
*Recordatorio* El tRNA tiene una regin que reconoce especficamente al codn, que se denomina anticodn y la molcula de tRNA en su extremo 3 poda unirse a un aminocido. Cada tRNA tiene un anticodn de tres bases (distintas para cada tipo de tRNA) que interacciona con un aminocido distinto, y reconoce al codn en sentido antiparalelo determinando el aminocido que debe ser incorporado en la protena. El tRNA interaccionar con el codn mediante puentes de hidrgeno y con el aminocido mediante un enlace covalente.
Globalmente las estructuras que necesitaremos para la sntesis de protenas son: mRNA maduro Aminocidos Enzimas Energa (ATP, GTP) tRNA maduro Ribosomas Factores de traduccin
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Biologa molecular
Cdigo gentico
1er Parcial
El cdigo gentico es quien establece la norma de cmo un determinado codn se traduce en un determinado aminocido. A principios de los aos 60 se demostr que la codificacin se estableca por tripletes. Teniendo 20 aminocidos con 4 bases nitrogenadas posibles necesitamos como mnimo 20 combinaciones de bases posibles. Dndose la codificacin por 4 tipos de bases diferentes tenemos que existen 64 combinaciones posibles. De todas ellas, 61 codifican para aminocidos y 3 de ellos sirven para finalizar la traduccin, y son llamados codones STOP (UAA, UAG, UGA). Los codones se copian secuencialmente sin comas ni solapamiento, es decir que las bases del primer codn no se aprovechan para el segundo (no hay solapamiento), pero tambin es cierto que se aprovechan todas las bases en vez de utilizar algunas intiles intercaladas (sin comas). En todos los mRNA el punto de inicio debe estar muy bien delimitado (marco de lectura) donde se comienza a leer ese mensajero. Slo debe haber un marco de lectura abierto. Esto ocurre en procariotas y eucariotas, pero muchos virus tienen todos los marcos de lectura abiertos, pudiendo mutar con mucha facilidad. El cdigo gentico no es ambiguo, es decir, cada codn codifica siempre para un aminocido y muchas veces aminocidos estructuralmente similares son codificados tambin por codones similares entre ellos. Esto proporciona una importante ventaja si se produce una mutacin, tambin es por ello que las dos primeras bases son las ms importantes, siendo la ltima es de menor importancia. El cdigo es casi universal, es decir, es el mismo en todo tipo de organismos a excepcin de las mitocondrias (con algunos codones distintos) y en algunos organismos inferiores puede existir tambin alguna variacin en codones. Debe haber un codn inicial (AUG) y finalizar con un codn STOP de los antes mencionados. El cdigo gentico es degenerado, lo que indica que para cada aminocido tenemos varios codones que lo codifican. Slo hay dos aminocidos (Trp y Met) que tienen un solo codn que los codifique. En el cdigo gentico no se necesitan 61 tRNA sino realmente alrededor de 30 ya que dependiendo de la base que aparezca en la posicin 5 del anticodn (que aparea en la 3 del codn) hay determinados tRNA que pueden reconocer bases no complementarias. A este tipo de interaccin se le denomina balanceo, y permite que el apareamiento no sea correcto. Si se produjera una mutacin este balanceo minimiza el efecto perjudicial y adems acelera la traduccin ya que se debilita la fuerza de la interaccin codn-anticodn.
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Estructura del ribosoma

Vamos a necesitar los ribosomas puesto que van a ser fundamentales para aproximar los sustratos y formar el enlace peptdico. Van a alinear el mensajero en la posicin correcta, intervendrn en el control de la fidelidad de la traduccin as como en la finalizacin de la cadena proteica y por tanto de la traduccin. Tienen una subunidad grande y una pequea: La subunidad grande tiene actividad enzimtica y adems liberar la cadena proteica La subunidad pequea ser fundamental en todo el proceso de traduccin, ya que se ancla al mensajero y es importante en la unin especfica del mismo. En el ribosoma existen asimismo dos localizaciones muy importantes: Region P (peptidilo). Es una zona concreta en la que estn implicadas las dos subunidades y en ella se va colocando la cadena proteica en formacin. Regin A (aminoacilo). Es una zona contigua a la regin P y en ella se va incorporando cada aminocido que va a formar parte de la cadena proteica, salvo el primero que se incorpora en P.
Traduccin
Globalmente la traduccin consta de tres pasos fundamentales: 1. Activacin del aminocido. Es previa a la sntesis y capacita la formacin del enlace peptdico ya que dota de energa al aminocido. 2. Proceso de traduccin en s mismo 3. Modificaciones estructurales debido a que ninguna protena recin sintetizada es funcional
Activacin
Se produce de la misma manera en procariotas y en eucariotas. En procariotas tiene lugar en el citoplasma y consiste en la unin del aminocido a su tRNA especfico. Necesitamos energa proporcionada por ATP y el aminocido se une a su tRNA liberndose AMP y pirofosfato. La reaccin anterior se produce en dos pasos: 1. Aminocido + ATP. Dar lugar a un aminocido unido a AMP por un enlace rico en energa (anhdrido mixto) y la liberacin de pirofosfato.
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Biologa molecular 1er Parcial 2. Aminocido + tRNA. El enlace que se forma tendr una energa considerable (enlace tipo ster) y dar lugar a una estructura conocida como aminoaciltRNA o tRNA cargado. Tambin se libera el AMP. Se trata de una reaccin de transferencia. La enzima que cataliza la reaccin global es la aminoacil-tRNA sintetasa (especfica de cada aminocido). Estas enzimas tienen capacidad para reconocer los errores y sustituir al aminocido errneo por el especfico de cada enzima por lo que son responsables de la especificidad. Esta enzima primero se une al aminocido (son especficas para cada aminocido y hay 20 de ellas) y una vez que tiene el aminocido correcto reconoce al tRNA mediante las regiones singulares del mismo. Cada aminoacil-tRNA sintetasa reconoce 1 solo aminocido y todos los tRNA isoaceptores del aminocido (20 tipos de enzima).
Traduccin
La traduccin requiere un inicio claro y tambin un final bien delimitado, por lo que tendremos tres etapas: Reconocimiento e iniciacin Elongacin Terminacin Todas las protenas bacterianas deben ser iniciadas por metionina (codn AUG inicial). En su extremo NT tendrn siempre una metionina pero tambin puede estar intercalada en la secuencia, por lo que el codn AUG no debe ser la nica seal de inicio. Deben existir mas seales de inicio como una secuencia rica en purinas (-10) llamada secuencia de Shine-Dalgarno que adems aparea de forma complementaria con una secuencia rica en pirimidinas presente en el rRNA (subunidad pequea). La metionina inicial de las protenas aparece modificada (formilada) en su NT en forma de N-formil-metionina, por ello la metionina tiene dos tRNA especficos: tRNAMet. Se trata del tRNA que codifica una metionina intercalada en la secuencia proteica. tRNAfMet. Se trata del tRNA que codifica la metionina inicial. La metionina se formila despus de unirse al tRNAf gracias a una molcula de formilTHF. Para la iniciacin necesitamos una serie de protenas libres que se conocen en general como factores de iniciacin que son extrarribosmicas y son tres: IF-1 IF-2 IF-3
Dos de estos factores (IF-1 e IF-3) quedan unidos a la subunidad menor y causan que se abra el ribosoma para comenzar la transcripcin. En el lugar P del ribosoma se sita el codn AUG. La formil-metionina va unida al IF-2 y a GTP de manera que el tRNA se incorpora el aminocido apareando el anticodn con el codn.
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Biologa molecular 1er Parcial El paso siguiente es simultneo y se produce la liberacin de los factores IF-3 y IF-1, se hidroliza el GTP liberndose GDP y se separa tambin el IF-2. Todo esto promovido por la hidrlisis del GTP permite que se incorpore la subunidad mayor del ribosoma. En esta actividad GTPasa participa tambin el ribosoma. En este paso no se produce revisin de errores La elongacin como el paso anterior requiere protenas libres que van a ser los factores de elongacin: EF-Tu EF-Ts EF-G
La elongacin se produce cuando llega el aminocido codificado por el codn contiguo al AUG que aparece en la posicin A del ribosoma. Este aminocido va a ir unido al EF-Tu y a GTP, este GTP se va a hidrolizar para aportar energa y se va a liberar GDP unido al EF-Tu. La actividad GTPasa es una actividad dependiente de la subunidad mayor del ribosoma.
*Regeneracin del factor de elongacin* El EF-Tu unido a GDP no es funcional de forma que debe ser recuperado unido a GTP. Esto ser llevado a cabo gracias al EF-Ts en una reaccin en la que se libera GDP y el EF-Tu unido al EF-Ts. Gracias a GTP se regenera el complejo GTP-EFTu y se libera el EF-Ts.
El paso siguiente es la formacin del primer enlace peptdico en un paso complejo en el que el enlace de la Metf (tipo ster) se rompe y sta pasa a la posicin A quedando el tRNAf libre en el sitio P y el aa2 unido a Metf en el sitio A. Esto es catalizado por la peptidil-transferasa que es capaz de hidrolizar el enlace ster y catalizar el salto de la Metf y formar el enlace peptdico. Esta actividad enzimtica reside en protenas y RNA de la subunidad mayor del ribosoma. Para que contine elongndose la cadena debe quedar libre el sitio A, por lo que el ribosoma se desplaza dejando fuera el codn AUG (en posicin E de salida) y quedando el dipptido en la posicin P. Este paso se conoce como translocacin y viene catalizado por el EF-G (translocasa) en una reaccin dependiente de GTP en la que tambin colabora la subunidad mayor del ribosoma. Una vez ocurridas las reacciones anteriores estamos en una situacin similar a la inicial en la que entra un aminocido (aa3) unido a EF-Tu unido a GTP y se repiten los pasos anteriores.
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El proceso de elongacin va aproximadamente a unos 22 aminocidos por segundo y tiene puntos de revisin cuando se incorporan los sucesivos aminocidos unidos a EFTu. El proceso de elongacin continua hasta que aparece una seal de terminacin (codones STOP) que cuando se incorporan a la posicin A como no son reconocidos por ningn tRNA causan el final de la sntesis de protenas. Esto como todo, requiere factores de terminacin: RF-1 RF-2 RF-3
El RF-1 y el RF-2 reconocen el codn de terminacin. Deben interaccionar con el RF-3 para que se produzca la terminacin y se libere la cadena proteica, lo que requiere energa, por ello el RF-3 es una GTPasa que est capacitada para terminar la sntesis. El RF-1 ( el RF-2) interaccionan reconociendo codn y unindose al RF-3 y la peptidil transferasa ve modificada su actividad de manera que esa enzima rompe el enlace aminoacil-tRNA rompiendo la cadena. La sntesis de una protena consume una enorme cantidad de energa, debido a que se gastan grandes cantidades de ATP y GTP: Activacin. Es preciso la hidrlisis de un ATP en AMP y PPi Iniciacin. 1 GTP Elongacin. 2 GTP Terminacin. 1 GTP Esto se produce por cada aminocido, y una protena normal tiene cerca de 200 aminocidos, por lo que se consumir una enorme cantidad de energa, por ello es preciso una regulacin de la expresin gnica que estudiaremos en unidades siguientes. 2 ATP
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Biologa molecular 1er Parcial En cualquier proceso que gaste mucha energa se asegura la fidelidad del proceso (que se da al activar el tRNA y cada vez que se incorpora un aminocido a la protena) por ello la sntesis de protenas es muy precisa. La sntesis de protenas en bacterias va acoplada a la transcripcin, es decir, a medida que se sintetiza el mRNA como es muy inestable empieza ya a ser traducido simultneamente por mltiples ribosomas a la vez (polisoma), obteniendo mltiples copias de la misma protena. Las protenas recin sintetizadas en bacterias no son funcionales de manera que deben modificarse para ser maduras. Las modificaciones en eucariotas son similares a las de las bacterias pero hay un caso que no ocurre en eucariotas: Deformilacin. Todas las protenas deben perder el radical formilo de la primera metionina gracias a una deformilasa, de forma que las protenas pasan a tener una metionina normal en su extremo NT. Este proceso es simultneo a la traduccin. Esto se lleva a cabo en todas las protenas bacterianas. Prdida de la metionina. Hay otra opcin aparte de la deformilacin, que es la perdida de la metionina. Esto se lleva a cabo gracias a aminopeptidasas. Se lleva a cabo en muchas protenas bacterianas. Perdida del primer fragmento. Se pierde un fragmento del NT de la cadena gracias a una peptidasa (peptidasa de seal). Esto se lleva a cabo en la minora de protenas bacterianas y suelen ser protenas de secrecin al medio extracelular.
Traduccin en eucariotas
Se trata de un proceso similar que al procaritico pero hay una serie de diferencias: 1. El mensajero eucaritico se sintetiza en el ncleo, se modifica, sale al citosol y se traduce, de manera que traduccin y transcripcin son procesos independientes. 2. Las protenas eucariticas empiezan todas por metionina deformilada salvo las protenas sintetizadas en las mitocondrias que s empiezan por formilmetionina. 3. La metionina, al igual que las bacterias tiene dos tRNA: tRNAf y tRNAMet. El tRNAf ( tRNAiMet) es especfico de metionina en la posicin inicial, pero la metionina no est formilada. 4. En eucariotas no se ha observado ningn tipo de secuencia Shine-Dalgarno, pero el primer codn AUG que aparezca tras el CAP del mRNA ser el punto de inicio. Si aparece una purina en (-3) y una guanina en (+4) el tRNA se copia aproximadamente 20 veces ms rpido esto se conoce como segmento Kozak. 5. El mRNA bacteriano carece de estructura, pero el mRNA eucaritico si puede estar parcialmente plegado formando horquillas. Alberto Gmez Esteban & Laura del Olmo 52
Biologa molecular 1er Parcial 6. Para que se inicie la traduccin necesitamos muchos factores de iniciacin. En eucariotas se han caracterizado alrededor de 9 factores de iniciacin. En general se denominan factores de iniciacin eucariotas (eIF). Entre los ms importantes est el conocido como protena de unin al CAP. Para llevar a cabo la traduccin necesitamos formar una estructura de mRNA desplegado. Un eIF separa la subunidad mayor del ribosoma y la traduccin comienza gracias a tRNAf unida a eIF2 (unido a GTP) despus se produce un despliegue del mRNA y la subunidad menor migra hasta localizar el AUG (con gasto de ATP) que es situado en la posicin P acoplndose la metionina en un proceso anlogo al procaritico. La hidrlisis del GTP provoca el desacople de todos los factores y la incorporacin de la subunidad mayor en una situacin idntica a la bacteriana.
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Biologa molecular 1er Parcial Hay una serie de cambios con respecto a los factores de elongacin: EF-Tu EF-Ts EF-G eEF-1 eEF-1 eEF-2
Con respecto a los factores de terminacin, los eucariotas solo requieren un factor de terminacin (eRF) con funcin GTPasa.
Modificaciones en eucariotas
Las protenas recin sintetizadas no son funcionales, por lo que sufren una serie de modificaciones importantes: Modificacin de los extremos. Eliminacin del formilo en protenas mitocondriales y prdida de la metionina en muchas protenas de todo tipo. Prdida del pptido seal. Todas aquellas protenas insolubles de la clula se sintetizan en ribosomas del RER, y se sintetizan con un extremo NT extra que en cuanto emerge del ribosoma, dirige al pptido al retculo. Este pptido seal se pierde en todas aquellas protenas asociadas a membrana. Ruptura proteoltica. Se sintetizan como preprotenas con pptidos seal que deben perder (Pre-pptido). En ocasiones tambin se sintetizan con un fragmento extra (Pro-Pptido) o ambos. Por ello deben perder estos pptidos para ser funcionales. Este es el caso de hormonas como la insulina (sintetizada en forma de Pre-ProInsulina) o los zimgenos. Agregacin de grupos funcionales Hidroxilacin. Hay protenas que tienen determinados residuos hidroxilados (los requieren para ser funcionales) ocurre en el caso de numerosos aminocidos del colgeno Metilacin. Ocurre lo mismo que en la hidroxilacin. Este proceso junto con el anterior sirve para variar las cargas de las protenas alterando sus funciones. Fosforilaciones. Modifica su funcin y es abundante en enzimas. Puentes disulfuro. Afecta a dos aspectos: elimina el carcter reductor de la Cys (SH S-S) y crea un enlace covalente que estabiliza la protena. Esto es comn en protenas de secrecin ya que el medio externo es muy oxidante y con puentes disulfuro se protege la protena de la oxidacin.
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Biologa molecular 1er Parcial Glicosilacin y unin de lpidos Glicosilacin. La Glicosilacin de protenas es la unin covalente de hidratos de carbono que sufren muchas (sobre todo de secrecin) que causan que sean reconocidas por receptores. Las protenas de membrana glicosiladas suelen actuar como receptores. Unin de lpidos. La unin covalente de lpidos que puede darse en muchas protenas de membrana ya que les permite anclarse con mayor facilidad. Normalmente se denominan proteolpidos. Plegamiento de la protena. Se lleva a cabo a medida que se va sintetizando o bien una vez sintetizada.
Inhibidores de la traduccin
Hay una serie de sustancias capaces de inhibir la traduccin, y sobre todo las especficas de la traduccin bacteriana pueden ser utilizadas como antibiticos: Tetraciclina. Es un antibitico muy utilizado que se une especficamente a la unidad 30 S del ribosoma (especfica bacteriana) e inhibe la unin del aminoaciltRNA Estreptomicina. Tambin se une a la subunidad 30 S alterando su estructura y produciendo la lectura errnea del mRNA Eritromicina. Se une a la subunidad 50 S del ribosoma la cual es responsable de muchas actividades enzimticas, inhibiendo la actividad translocasa que depende de EF-G, de protenas y de rRNA Estos antibiticos se utilizan ya que no afectan al organismo humano y solo destruyen bacterias. Otros antibiticos menos especficos son: Cloranfenicol. Se une a la subunidad 50 S inhibiendo la actividad peptidiltransferasa. Este antibitico es poco selectivo y afecta a los ribosomas mitocondriales eucariticos, por ello es bastante txico.
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Biologa molecular 1er Parcial Puromicina. Afecta a todo tipo de clulas. Una parte de su estructura es anloga a un aminoacil-tRNA de forma que se une al sitio A del ribosoma e interrumpe la transcripcin. Se utiliza como antibitico en quimioterapia contra el cncer y en investigacin.
*Clnica* La toxina diftrica es producida por la bacteria Corynebacterium diphteriae. La toxina diftrica es una protena con dos dominios bien diferenciados la cual interacciona con la membrana de una clula, lo cual produce la rotura proteoltica de ambos dominios. Uno de ellos abre un canal en la membrana que causa la entrada de la otra subunidad. La subunidad entrante es una enzima que cataliza la siguiente reaccin: eEF-2 ADP-Ribosa-eEF2
Por tanto la toxina de la difteria inactiva la translocasa eEF-2 mediante ADPribosilacin. Hasta que no se descubri la vacuna la difteria provocaba una gran cantidad de muertes. La bacteria se aloja sobre todo en las vas respiratorias superiores (faringe, laringe) aunque su toxina puede llegar a afectar a todo el organismo. El ADP-Ribosa es aportado por la coenzima NAD+ que pasa a ser nicotinamida.
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Tema 6. Regulacin de la expresin gnica

Introduccin
Un gen se expresa cuando se transcribe y para la mayor parte de ellos cuando se traduce. Como en bacterias es muy diferente que en eucariotas, estudiaremos nicamente sta ltima De la regulacin dependen muchos aspectos como la diferenciacin celular; todas las clulas humanas tienen el mismo material gentico, pero disponemos de distintos tejidos y rganos muy diferentes entre s, lo que es causado por la regulacin de la expresin gnica. El organismo humano funciona debido a que los diferentes tejidos expresan en su momento distintas protenas. La regulacin depende de la propia estructura del DNA, transcripcin, control postrasncripcional, control de la traduccin y control de modificacin proteica.
Control pretranscripcional
Dependiendo de la estructura de la cromatina el DNA se va a expresar con mayor o menor facilidad. El DNA esta muy compacto en la cromatina y cuanto ms condensado este ms difcilmente accesible ser. Por ello distinguimos dos tipos de cromatina: Eucromatina. Difusa y poco compactada, por ello esta disponible para la transcripcin. Heterocromatina. Es cromatina compactada y indispuesta para la transcripcin. Normalmente va a estar formada por DNA repetitivo (centrmeros, telmeros). La replicacin de esta zona es lenta al haber dificultades para desplegar la protena, pero la transcripcin es imposible. Estos estados dependen de las posibles modificaciones de las histonas y del DNA
Modificaciones de las histonas

Van a ser principalmente fosforilacin, metilacin y acetilacin. Recordando los principales mecanismos (detallados en la unidad 2) son: La fosforilacin afecta a residuos de Ser y Thr modificando la carga positiva de las histonas que pasan a tener carga negativa. Esto causa imposibilidad de interaccin con el DNA y despliegue de la estructura. La acetilacin ocurre que la histona pierde su carga, dificultando la interaccin con el DNA. Por ello las regiones acetiladas tambin tienden a estar desplegadas En aquellas regiones con histonas fosforiladas y acetiladas, la cromatina estar en estado de eucromatina y la transcripcin estar facilitada. La metilacin se produce sobre Lys y Arg pero en este caso se mantiene la carga de manera que una histona se metila pero la carga se mantiene. La influencia sobre la transcripcin no es evidente. En la mayora de los genes el efecto es el mismo que en Alberto Gmez Esteban & Laura del Olmo 57
Biologa molecular 1er Parcial las anteriores, es decir, facilita la transcripcin sin embargo hay casos en que dificulta la transcripcin debido a que en determinados casos el metilo es dificulta la interaccin con los factores de transcripcin.
*Investigacin* El DNA compactado es menos sensible a nucleasas que el DNA que forma parte de la eucromatina, por tanto estas modificaciones se estudian utilizando nucleasas para estudiar la vulnerabilidad del DNA y por tanto averiguar el grado de compactacin del material gentico. Los genes de la globina se expresan en los eritroblastos de forma que el gen de la globina est muy modificado en stas clulas, mejorando enormemente su expresin pero en otros tejidos no est modificado y no se expresa.
Modificaciones del DNA

En el DNA fundamentalmente se da metilacin en regiones ricas en la secuencia CG llamados islotes CG. Cuanto ms metilado est el DNA ms difcil es la transcripcin del DNA, de forma que la hipometilacin facilita la transcripcin. Un DNA hipometilado se expresa mejor debido a que se facilita la interaccin con factores de transcripcin.
Control transcripcional
El principal punto de regulacin de la expresin gnica se da en este punto. Para iniciar la transcripcin necesitamos el promotor basal (caja TATA, punto de inicio) el promotor proximal y elementos distales promotores de la transcripcin. Todas las secuencias del DNA interventoras en la transcripcin se denominan elementos cis. Los elementos distales pueden estar a miles de pares de bases de distancia, pero gracias a que los factores de transcripcin y la RNA-polimerasa los pueden aproximar mucho al punto de inicio, influyen en la expresin del gen. Los genes domsticos son los genes que se expresan continuamente y expresan todos estos elementos. Para que todos estos elementos funcionen, requieren interaccin de una protena (sea la RNA-polimerasa o bien algn factor de transcripcin) a los elementos que interaccionan con un elemento cis se denominan elementos trans. Los elementos distales pueden actuar como respuesta o bien a hormonas o bien a AMPc y regulan la eficacia de la transcripcin, siendo generalmente activadores enhancers aunque en ocasiones la inhiben. Los elementos de respuesta a hormonas (HRE) se basan en hormonas liposolubles que atraviesan sin problema las membranas celulares (esteroideas y tiroideas) y tienen su receptor en el citosol. Cuando la hormona interacciona con el receptor ste acta como un factor de transcripcin especfico. Estos factores son especficos de un tejido, o del momento. Alberto Gmez Esteban & Laura del Olmo 58
Biologa molecular 1er Parcial Otros se denominan elementos de respuesta a AMPc (CRE). El AMPc activa a la protena quinasa A (PKA) la cual fosforila una protena que activa al CRE. Estos intensificadores estn en todas las clulas pero solo se expresan en determinados momentos Todos los factores de transcripcin que interaccionan con los elementos cis respondern a unas estructuras muy tpicas. Todos los factores de transcripcin interaccionan por una parte con DNA y por otra con protenas (RNA-polimerasa o bien otros factores). Las regiones de interaccin con DNA tendrn siempre una estructura especfica: Hlice-giro-hlice (-hlice - secuencia de unin - -hlice). Permite la unin al surco mayor del DNA Dedos de Zn. La estructura de la protena rica en His y Cys interaccionan con Zn creando estructuras digitales. Los dedos se suelen presentar en nmero par e interaccionan perfectamente con la doble hlice. Cremalleras de leucina. Las cremalleras de leucina son protenas que presentan un tramo de hlice- donde abundan las leucinas y otro tramo de estructura en otro tipo donde suelen abundar aminocidos con carga positiva. Se asocian dos molculas debido a interacciones hidrofbicas y el DNA interacciona con las cargas positivas.
Control postrasncripcional
Una vez sintetizado el mRNA podemos regular la maduracin del mensajero lo que implica la eliminacin de intrones y la adicin de la cola poli A. En el caso de la eliminacin de intrones hablamos del splicing alternativo, que se lleva a cabo eliminando exones siempre que se conserve el primero, el ltimo, y el orden. En el caso de la cola poli A sta se puede aadir en diversos puntos del mensajero. El mRNA se puede cortar en un punto u otro dependiendo de donde se aada esta cola. Hay algunos mensajeros que no salen del ncleo, con lo que si no son transportados al citoplasma no se traducen. Esto puede depender de la longitud de la cola poli A. Una vez tenemos el RNA en el citoplasma, depende de la estabilidad del mensajero. El mRNA es muy inestable la traduccin debe ser muy rpida. Se ha visto que las hormonas esteroideas aparte de promover la expresin gnica tambin aumenta la estabilidad del mRNA.
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Control traduccional
La traduccin se regula en una gran cantidad de protenas, que en humanos conocemos fundamentalmente dos: Sntesis de ferritina Sntesis de hemoglobina
Control de la sntesis de ferritina

El mensajero de la ferritina tiene en su extremo 5 una zona muy plegada que no permite el inicio de la traduccin. Esta zona esta muy estabilizada por una protena y no permite que se inicie la transcripcin. En caso de que aumente el nivel de hierro en la clula, ste interacciona con la protena inhibidora lo que causa el despliegue del mRNA que codifica para ferritina y por tanto se da el comienzo de la traduccin. A la protena inhibidora de la traduccin de la ferritina se la conoce como IRP.
Control de la sntesis de hemoglobina

Las globinas de la hemoglobina solo son necesarias para la sntesis de esta protena de forma que la sntesis de globinas debe ser controlado fundamentalmente por el nivel del grupo hemo. El factor de iniciacin 2 (eIF-2) unido a tRNAMet y a GTP. Cuando incorpora la metionina el eIF-2 se libera unido a GDP en una forma no funcional debido a que requiere estar unido a GTP lo que viene catalizado por la protena GEF (Factor de intercambio de nucletidos de guanina). Si el eIF-2 se fosforila gracias a ATP no es funcional y adems no puede intercambiar GTP. La quinasa que se encarga de catalizar la fosforilacin del eIF-2 es inhibida por el grupo hemo, de forma que la quinasa se denomina inhibidor controlado por el hemo (HCI).
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Biologa molecular 1er Parcial Si la concentracin de hemo es alta nos interesa formar globinas, de forma que se inactiva la HCI y el eIF-2 estar defosforilado y capacitado para intercambiar GTP (forma funcional) lo que produce la sntesis de globinas. Lo mismo ocurre al contrario.
Tambin las globinas ejercen un control similar en la sntesis del grupo hemo, aunque ste no sea una protena.
*Controles postraduccin* Es mucho menos importante que las vistas anteriormente La modificacin proteica es un modo de control postraduccin ya que si una protena no se modifica adecuadamente como ya vimos en la unidad anterior, no es funcional. Tambin es posible controlar la degradacin de una protena envejecida o defectuosa mediante su ubiquitinizacin y su digestin en un proteasoma.
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