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PREFACE

Le but de cette première partie du cours de biologie générale est de donner aux étudiants de première année de baccalauréat les bases nécessaires à la compréhension de cours plus spécialisés communs à tous les programmes de la faculté de médecine (histologie, biochimie, biologie cellulaire et moléculaire, physiologie, génétique… ).

L’objectif de tout enseignement universitaire n’est pas limité à la transmission d'un savoir, mais vise aussi à pousser les étudiants à développer une méthode qui leur permette d’ "apprendre à apprendre" par eux-mêmes. Cette méthode comporte de multiples étapes :

recherche de sources de documentation fiables, compréhension, lecture critique, synthèse et, finalement mise en application du savoir acquis.

La matière qui doit être maîtrisée par l’étudiant est définie lors du cours en auditoire et nous encourageons donc vivement les étudiants à prendre des notes. La prise de notes exactes et complètes étant un exercice difficile, l'étudiant peut les compléter à l'aide des éléments suivants:

- ce syllabus reprend la majorité des explications données au cours. Il n'est pas complet mais constitue une bonne base de notes de cours. Il contient aussi certaines explications supplémentaires données à titre indicatif.

- les schémas dessinés au tableau doivent être recopiés le plus fidèlement possible.

- les schémas qui sont projetés font également partie du cours. L'étudiant doit donc s'exercer à les reproduire. Ils sont disponibles sur le site internet du cours.

- l’ouvrage de référence recommandé pour ce cours est « Biologie » de Campbell et Reece

(disponible à la bibliothèque et dans n’importe quelle librairie). L'ouvrage "Biologie" de Raven peut également être consulté.

- un forum de discussion est également à la disposition des étudiants sur le site iCampus pour répondre aux questions qui subsisteraient.

Ce cours nécessite plusieurs niveaux d’apprentissage. Tout d’abord, une série de notions doivent être étudiées « par cœur » : noms des composés, des structures cellulaires, des processus, étapes de ces processus, etc. N’hésitez pas à utiliser des trucs mnémotechniques pour vous faciliter la tâche ! Ensuite, il est indispensable de chercher à comprendre la logique qui sous-tend les processus biologiques. Cette étape de compréhension va grandement faciliter la mémorisation du cours, et surtout, permettra à l’étudiant d’utiliser ce qu’il a appris pour aborder des matières nouvelles. Pour chaque aspect de la vie cellulaire, les questions suivantes doivent être posées : « Comment ça marche ? », « Pourquoi ? », « Quels sont les avantages d’un mécanisme plutôt que d’un autre ? ». Enfin, la mise en application des concepts théoriques permet de résoudre les quelques exercices proposés dans ce cours.

Des questions de réflexion sont proposées aux étudiants à la fin de chaque partie, de façon à ce qu’ils puissent tester leur niveau de compréhension. Ces questions sont similaires à celles qui seront posées lors de l’examen écrit (mais pas identiques - étudier par cœur les réponses n’a aucun intérêt !). Il est indispensable que l’étudiant réfléchisse lui-même aux réponses à apporter à ces problèmes, puis qu'il en discute avec d’autres.

L’étude "transversale" est très importante dans ce cours. Les structures cellulaires doivent être associées aux composés chimiques qu’elles contiennent, et aux fonctions physiologiques qu’elles remplissent. La compréhension des mécanismes génétiques passe par une bonne maîtrise de la physiologie cellulaire (synthèse des protéines) et de la division cellulaire (mitose, réplication de l’ADN, chromosomes). Les questions d’examen comporteront souvent plusieurs éléments de réponse situés dans des chapitres différents. Pour préparer l’étudiant à ce type de questions, il est vivement recommandé d’étudier de manière transversale : après avoir vu le cours de manière linéaire (chapitre par chapitre, dans l’ordre proposé dans ce syllabus), il est utile de le revoir thème par thème : les membranes (composants, structure, perméabilité, nutrition, métabolisme des lipides) ; l’ADN (structure, noyau, réplication, chromosomes, gènes, polymorphisme) ; la mitochondrie (structure, métabolisme, origine) ; etc. Il est probablement utile de construire un petit résumé pour chaque thème transversal.

Lorsque la matière du cours est acquise, il est essentiel d’être capable de la restituer de manière adéquate. Quelques conseils pour l’examen : les schémas qui sont reproduits doivent être clairs, compréhensibles et légendés. Quelques phrases sont en général nécessaires pour expliquer un dessin. Il est tout aussi important de répondre précisément à une question : ne pas systématiquement retranscrire tout le chapitre correspondant, ce qui diminue automatiquement la valeur de la réponse donnée. Les interrogations et les rapports de travaux pratiques constitueront un bon entraînement.

Bon travail !

Jean-Baptiste Demoulin Chargé de cours

Le 5 juillet 2007.

INTRODUCTION

La Biologie est l'étude scientifique des organismes vivants. Qu'est-ce que l'étude scientifique? Que sont les êtres vivants?

Objectifs à atteindre par l’étudiant :

Etre capable de définir et classifier les êtres vivants

1. LA MÉTHODE SCIENTIFIQUE

L'étude scientifique se distingue d'autres formes de pensées par sa méthode: la religion est issue de la révélation, la philosophie de la réflexion. La science se caractérise par la méthode expérimentale. Cette méthode présente plusieurs phases:

La première est l'observation: on accumule une série de données sur le problème d'intérêt, en utilisant le plus souvent des appareillages parfois très complexes. Un chercheur doit être à la fois curieux et précis dans ses observations. Une découverte majeure découle souvent de l'observation sous un angle nouveau d'un problème ancien. Les travaux pratiques constituent une bonne introduction à l'observation scientifique. A partir de ces observations décrites, classées, structurées, naissent des questions:

quelle est l'origine, la cause de ce que j'observe? quelle relation unit la cause supposée et l'effet observé? Ces questions entraînent par induction, des hypothèses explicatives: causes, relations de cause à effet…Un chercheur doit être imaginatif. Ces hypothèses sont alors testées expérimentalement pour en vérifier le bien-fondé ou les limites. Si de nombreuses expériences confirment l'hypothèse et quand la communauté scientifique l'admet, l'hypothèse est alors élevée au rang de théorie. Le chercheur doit être impartial et très prudent. Cette théorie permet alors de faire avancer d'un pas la compréhension du monde qui nous entoure. De ce fait, la démarche scientifique n'est pas infaillible, contrairement à ce que l'on pense souvent. Elle possède plusieurs points faibles:

- des erreurs peuvent se produire dans les observations : même prolongés par des instruments, nos sens ont des limites et on peut calculer l'erreur due aux limites de précision des instruments;

- les hypothèses peuvent ne pas être suffisamment puissantes et n'expliquer d'une partie des observations;

- les expériences peuvent être mal adaptées au but poursuivi, biaisées ou insuffisantes en

nombre et variété;

- la soit disant relation trouvée peut n'être que le fruit malheureux du hasard : n'oublions

jamais que la statistique, étalon de mesure de la fiabilité des résultats expérimentaux, ne prouvera jamais que l'hypothèse qui sous-tend l'expérience est bonne ou mauvaise, elle ne fera que mesurer les chances que l'on a de se tromper en l'acceptant…si les lois du hasard sont respectées;

- la théorie peut surgir trop tôt d'une généralisation abusive ou d'une extrapolation à partir d'un nombre trop restreint de données,

- et il arrive même que des chercheurs soient malhonnêtes… Aussi le scientifique doit-il rester vigilant et n'admettre les théories que "jusqu'à preuve du contraire", surtout dans un domaine aussi complexe et variable que la biologie. Ceci constitue indéniablement une des difficultés de la biologie: cette incertitude, cette remise en question constante nous fait avancer sur un terrain mouvant, alors que nous imaginons que partout en biologie tout est aussi clair que 2 + 2 = 4.

Malgré toutes ses imperfections, la méthode scientifique est l'outil le plus puissant, le plus efficace et le plus sûr que l'homme ait inventé pour mieux comprendre le monde dans lequel il vit. Les progrès spectaculaires de la médecine depuis qu'elle applique cette méthode en sont la preuve.

2. LES ÊTRES VIVANTS

Curieusement, alors qu'intuitivement on peut aisément distinguer les êtres vivants des choses inanimées, il est difficile de définir la vie. Commençons par énumérer les caractéristiques essentielles qui distinguent les êtres vivants des êtres inanimés. 1° Parmi ces propriétés, la plus apparente est l'organisation : tous les êtres vivants sont organisés, structurés, quel que soit le niveau observé. Ainsi, une plante supérieure, est composée d'organes (tiges, feuilles, racines, fleurs, fruits) et chacun d'eux est structuré en tissus remplissant chacun des fonctions bien précises (assimilation, soutien, protection, etc.). Les tissus eux-mêmes sont formés d'un certain nombre d'unités fondamentales d'organisation : les cellules. La cellule à son tour, possède une étonnante richesse de structures et d'organites. Au-delà, et jusqu'au niveau moléculaire, la matière vivante demeure tout autant structurée. Chaque molécule possède une structure bien précise qui lui permet d'opérer des fonctions particulières et souvent spécifiques.

Si certains corps inanimés montrent parfois une structure complexe (cristaux, par exemple), celle-ci n'est jamais liée à une fonction biologiquement explicable. 2° Les êtres vivants sont ordonnés au sens thermodynamique du terme, ce qui ne peut se faire qu'au prix d'une grande consommation d'énergie. De ce fait, les êtres vivants constituent des systèmes thermodynamiques ouverts. Ils ont des relations avec le milieu extérieur dans lequel ils puisent l'énergie (qu'ils transforment et dégradent) et les matériaux nécessaires à leur maintien (homéostasie) et à leur croissance. Il existe entre les êtres vivants et le milieu dans lequel ils vivent, un échange continuel de substances, lié à des échanges d'énergies. 3) Chaque structure - depuis la molécule jusqu'à l'organe le plus complexe - possède une fonction qui lui est propre. Structure et fonction sont deux aspects indissolublement liés. Chez l'être vivant aucune structure n'a de raison d'être sans la fonction qui lui est associée et chaque fonction ne peut se réaliser normalement qu'au sein d'une structure bien précise, complète et entière. Cet aspect ne se manifeste pas chez les objets inanimés. 4° Les êtres vivants se reproduisent; c'est là une quatrième propriété fondamentale. Ils sont capables de générer d'autres individus semblables à eux-mêmes, possédant la même structure fonctionnelle et la même autonomie. Les êtres vivants sont donc doués d'autosynthèse, d'autoreproduction, et la matière vivante ne peut se synthétiser qu'à partir d'elle-même . 5° Enfin, quoique cette cinquième propriété soit moins spectaculaire chez les végétaux que chez les animaux, tous les êtres vivants sont capables de réagir, par des mouvements, à certaines excitations extérieures et d'y adapter leur comportement. Ils peuvent en outre s'adapter au milieu dans lequel ils vivent et même le modifier à leur avantage ou évoluer pour survivre.

La comparaison entre les êtres vivants a montré que l'unité fondamentale, minimale de la vie, c'est la cellule. Une cellule possède une limite qui à la fois, la sépare, l'isole du milieu extérieur et contrôle les transferts moléculaires. Il s'agit d'une membrane plasmique qui, chez les végétaux, est protégée, renforcée du côté extérieur par une paroi cellulaire. Le contenu fondamental de la cellule, le cytoplasme contient les structures et les informations nécessaires à toutes les fonctions de l'être vivant: nutrition, métabolisme, croissance, reproduction. L'information est stockée sous forme chimique dans l'ADN. Le cytoplasme possède en plus des chaînes enzymatiques qui lui permettent de récupérer de l'énergie puisée à l'extérieur sous forme chimique (molécules organiques) ou physique (lumière) et de la transformer en ATP. Le cytoplasme possède enfin des systèmes enzymatiques nécessaires à l'exploitation de son information en la traduisant sous forme de protéines, outils de son métabolisme et de son autoduplication. Ces fonctions sont séparées dans des territoires cellulaires différents chez les cellules évoluées.

Aux niveaux inférieurs, les organites intracellulaires, les virus et les molécules biologiques montrent encore des structures, fonctions, informations typiques de la vie mais ne les possèdent plus toutes. Les virus ne sont donc pas des êtres vivants à part entière. Aux niveaux supérieurs, les tissus, organes, individus et colonies sont composés de cellules développant entre-elles des collaborations. La cellule occupera donc une place centrale dans ce cours de biologie, car c'est à ce niveau que se concrétise le plus l'unicité du monde vivant.

En conclusion, on peut définir un être vivant comme un organisme capable de croître et de se reproduire en se maintenant dans un état éloigné de l’équilibre, grâce à un flux continu d’énergie et de matière fourni par l’environnement, et constitué d’une ou plusieurs cellules.

3 . LA DIVERSITÉ DU MONDE VIVANT: CLASSIFICATION

Le monde vivant était classiquement divisé en deux règnes : animal et végétal, étudiés par la zoologie et la botanique. Les animaux sont caractérisés par une tendance évolutive sélectionnant des individus avides de relation active et perfectionnée (développement des systèmes sensoriel, nerveux et locomoteur), au détriment de l'autonomie nutritive (hétérotrophes). Les végétaux, au contraire privilégient l'autonomie alimentaire par utilisation de l'énergie lumineuse et du gaz carbonique (autotrophes), ce qui entraîne une stratégie d'occupation de l'espace, dont les corollaires sont l'ancrage au sol et l'immobilité. Les champignons, hétérotrophes mais utilisant la même stratégie d'occupation étaient considérés comme des végétaux inférieurs. Les êtres vivants microscopiques étaient classés dans l'un ou l'autre règne sur base de leur capacité de photosynthèse ou de mobilité. Il apparut cependant rapidement que beaucoup d'entre eux ne ressemblaient ni aux uns ni aux autres et qu'il fallait les classer à part. De plus, une différence fondamentale apparut dans ce groupe au niveau de la structure cellulaire et obligea de le scinder en deux. Enfin, une meilleure connaissance des champignons amena à les considérer à part des végétaux. Ces considérations ont mené à une nouvelle classification du monde vivant, celle de R.H. WITTAKER, qui se base sur l'existence de 5 règnes:

Les procaryotes Ce sont des êtres vivants unicellulaires, isolés ou en colonies, dont la structure cellulaire est extrêmement simple. Ils n'ont pas de noyau vrai : l'ADN, de dimension réduite, n'est pas associé à des protéines, ni entouré d'une membrane (procaryon). Les organites

cellulaires entourés d'une membrane sont absents. Ils ne pratiquent pas de véritable reproduction sexuée. La nutrition se fait par absorption. La paroi, de structure complexe, est essentiellement constituée de peptidoglycans, associés à d'autres molécules variables d'après les groupes. On distingue les bactéries et les cyanobactéries ("algues bleues"). Les bactéries ont exploré et utilisent toutes les niches écologiques, mais leurs exigences sont souvent très strictes, limitant leur développement à des milieux bien définis. La plupart des bactéries sont hétérotrophes: saprophytes parasites ou symbiotiques. Les cyanobactéries sont des organismes photoautotrophes aérobies. Elles contiennent de la chlorophylle localisée dans des thylakoïdes qui pourraient provenir d'invaginations de la membrane plasmique. Elles seraient à l'origine de l'oxygène atmosphérique. On connaît de nombreux cas de symbiose entre algues bleues et divers autres organismes (c'est le cas des lichens, par exemple). De par leur simplicité, les procaryotes (aussi appelés monères) sont considérés comme les représentants des formes de vie les moins évoluées, les plus anciennes. Un groupe restreint de bactéries présente des caractéristiques génétiques et physiologiques très particulières qui semblent adaptées aux conditions climatiques de l'époque où la vie apparut sur Terre. Ce sont les archéobactéries ou archées, dont certains voudraient faire un sixième règne, voire un domaine, nouveau niveau de classification. Il semble que les eucaryotes soient plus proches des archées que des bactéries. Archées et eucaryotes pourraient donc avoir un ancêtre commun. Les virus, viroïdes et plasmides ne sont pas considérés comme des êtres vivants.

Les protistes Les protistes renferment un ensemble hétéroclite d'êtres vivants Eucaryotes (c'est-à- dire possédant un vrai noyau entouré de membranes) et unicellulaires ou coloniaux, très souvent aquatiques. Ils ont acquis par l'évolution, une série d'organites spécialisés dans différentes fonctions. On distingue une dizaine d'embranchements (phylla) ayant évolué dans des directions très diverses quant à leur métabolisme: hétérotrophes par absorption ou ingestion ou photoautotrophes et, dans ce cas, à photosynthèse complète. Souvent mobiles, ils montrent une reproduction sexuée typique mais pouvant prendre des formes très variables. Suivant leur métabolisme, les protistes étaient classiquement rattachés aux plantes (protophytes) ou aux animaux (protozoaires), bien que de nombreux intermédiaires existent. Ils ont évolué à partir de lignées différentes de procaryotes : il n'y a donc pas d'ancêtre procaryote unique ayant généré tous les protistes. Pour cette raison, de nombreux scientifiques pensent que le groupe des protistes devrait être scindé en différents règnes. Le règne des protistes regroupe un certain nombre d'organismes pathogènes, comme Plasmodium falciparum (malaria), Giardia lamblia (diarrhées graves), et les trypanosomes (maladie du sommeil et maladie de Chagas).

Les algues rouges et brunes, autrefois considérées comme des plantes primitives, sont actuellement classées parmi les protistes, car elles ne possèdent pas de véritables organes différenciés et ont évolué à partir de protistes différents des autres plantes. Ces algues possèdent des pigments photosynthétiques différents des algues vertes et des plantes. Ces pigments sont responsables de la coloration particulière de ces algues.

Les trois derniers règnes sont tous constitués d'organismes Eucaryotes pluricellulaires dotés de cellules spécialisées produites par un processus appelé différenciation cellulaire. Ils se distinguent essentiellement par leur mode de nutrition.

Les mycètes ou champignons Ce sont des organismes Eucaryotes, généralement pluricellulaires, immobiles, hétérotrophes se nourrissant uniquement par absorption de matières organiques. L'appareil végétatif est formé d'hyphes, filaments enchevêtrés, souvent souterrains, constituant le mycélium. Les cellules sont entourées d'une paroi constituée de chitine. La reproduction est végétative ou sexuée agame (pas de différence entre les sexes). La dispersion se réalise au moyen de cellules spéciales, les spores. Les "vrais" champignons ou Eumycètes sont très nombreux (quelques centaines de milliers d'espèces) et très variés. Les plus évolués produisent des carpophores, (faux tissu d'hyphes entremêlés) dans lesquels sont produites les spores; c'est ce que nous appelons communément le champignon. On distingue dans ce règne, l'apparition d'une différenciation cellulaire: des groupes de cellules vont acquérir une forme et une fonction particulière pour devenir plus efficace pour l'ensemble. Cette diversification est une acquisition de l'évolution. De par leur mode de nutrition, ils vivent soit en association symbiotique ou parasitaire avec d'autres organismes vivants ou décomposent des organismes morts. On leur doit donc une série de maladies (mycoses cutanées, aspergilloses systémiques graves), de dégradations (moisissures, mérule), mais aussi les fermentations industrielles (levures permettant la fabrication du pain, de la bière, du vin, et de fromages) et certains médicaments (pénicilline). Certains sont comestibles alors que la majorité est indigeste sinon toxique (amanites).

Les Lichens ne sont pas des champignons à proprement parler mais des organismes composites dont le thalle est constitué d'un mycélium, le plus souvent d'Ascomycète, entre les hyphes duquel sont abrités soit une cyanobactérie, soit une algue verte, soit encore les deux simultanément. La nature exacte des relations nutritives entre les deux organismes constituant le lichen est variable et souvent encore mal connue.

Les animaux Ce sont des organismes pluricellulaires, eucaryotes, généralement mobiles, hétérotrophes se nourrissant par ingestion. Les aliments sont d'abord digérés (décomposés en

molécules plus simples) dans des cavités extracellulaires. L'évolution a sélectionné chez eux une série de structures, tant infra- que supracellulaires, adaptées à des fonctions particulières de plus en plus performantes et précises. Les animaux se distinguent entre autres par l'apparition d'un système nerveux leur permettant une perception du monde extérieur et une réaction coordonnée très poussée. Leur reproduction est essentiellement sexuée.

Les végétaux Ce sont des organismes pluricellulaires, différenciés, eucaryotes, immobiles, autotrophes, photosynthétisants, c'est-à-dire capables de transformer l'énergie lumineuse du soleil en énergie chimique nécessaire à leur autosynthèse. Les végétaux sont divisés en quatre grands groupes: les charophytes (algues vertes), les bryophytes (mousses), les ptéridophytes (fougères) et les spermatophytes (plantes supérieures). Les algues vertes, comme les autres algues, sont des organismes aquatiques à structure végétative peu différenciée, ne comportant ni tige, ni feuille, ni racine. Comparées aux autres algues, les algues vertes sont plus proches des plantes supérieures par leur pigments photosynthétiques (chlorophylles), leur métabolisme et la structure de leur paroi de cellulose. Les autres groupes ont évolué à partir d'algues vertes ancestrales et regroupent toutes les plantes terrestres qui ont dû s'adapter à ce milieu anhydre en développant racines, tiges et feuilles. Les cellules sont entourées d'une paroi cellulosique. Les pigments sont essentiellement des chlorophylles a et b, associées à des carotènes et de la xanthophylle. La reproduction est principalement sexuée (voir chapitre correspondant). On distingue plusieurs types de végétaux:

Les bryophytes possèdent un thalle ramifié ou sont des plantes déjà plus évoluées montrant une tige couverte de petites feuilles mais ne possédant pas de racines (mousses). La fonction de nutrition est assurée par des cellules longues, spécialisées, issues de la tige et que l'on dénomme rhizoïdes. La reproduction est sexuée. L'alternance de phases est parfaite avec prédominance de la phase haploïde, le sporophyte vivant en parasite et se réduisant à une urne sporangifère produisant les spores qui assurent la dissémination. Les ptéridophytes (la fougère par exemple) établissent le passage vers des végétaux plus évolués (plantes dites "supérieures"). Ce sont des plantes qui comprennent une tige - le plus souvent souterraine (rhizome) - des feuilles et des racines vraies. Elles possèdent un système vasculaire et de soutien. A partir de cet embranchement, c'est la phase diploïde qui devient prédominante. La dissémination s'opère encore au moyen de spores. Cependant on voit apparaître après la fécondation, pour la première fois dans l'évolution générale, un véritable embryon, plante entière en miniature. Mais cet embryon n'est pas encore protégé par des tissus spécialisés.

Les Spermatophytes ou phanérogames représentent la majorité de la flore actuelle.

Ce sont les plantes et des arbres qui produisent des graines. L'appareil végétatif est constitué

de

tiges, feuilles et racines.

Le

tableau suivant récapitule quelques différences entre les règnes.

 

Bactéries

Protistes

Mycètes

Végétaux

Animaux

Noyau

 

-

+

+

+

+

Paroi

+

+ ou -

+

+

-

Autotrophie

+

ou -

+ ou - absorption ingestion

-

+

-

Nutrition

absorption

absorption

absorption

 

ingestion

Mobilité

+

ou -

+ ou -

-

-

+

Réserves

-

?

glycogène

amidon

glycogène

 

lipides

lipides

Chaque règne est ensuite divisé en groupes d'êtres vivants appelés embranchements. Ceux-

ci sont eux-mêmes subdivisés en classes, puis en ordres, constitués de familles. chaque

famille comprend en général plusieurs genres, qui regroupent un certain nombre d'espèces, le niveau le plus bas de classification des êtres vivants. Le nom scientifique d'un être vivant reprend toujours son genre et son espèce: homo sapiens et homo erectus font donc partie du même genre homo. Ce système, fondé par Linné à la fin du XVIII e siècle, permet de classer et nommer tous les êtres vivants.

4. L'EVOLUTION

Jusqu'au XIXe siècle, les scientifiques étaient "fixistes", c'est-à-dire qu'ils imaginaient que les être vivants avaient tous été créés dans la forme qu'ils présentaient actuellement et que les espèces étaient fixes et immuables. Il fallut attendre la publication du livre de Darwin "De l'origine des espèces" en 1859, pour qu'émerge la théorie de l'évolution. Selon cette théorie, la vie est apparue de façon très primitive et a évolué au cours des ères géologiques, sélectionnant les individus qui étaient les mieux adaptés à leur environnement. Celui-ci étant variable d'un endroit à l'autre et en fonction du temps, il en a résulté une diversité et une complexité grandissantes des êtres vivants pour répondre aux contraintes du milieu et à la lutte pour la survie. Fortement combattue à ses origines, cette théorie, bien que non reproductible en laboratoire, est actuellement suffisamment étayée par les traces de cette évolution pour que seuls quelques révisionnistes la contestent encore actuellement.

On peut donc esquisser une courte histoire de la vie, avec toutes les incertitudes et les suppositions que cela implique. Les géologues admettent que la Terre s'est formée il y a 4.500 millions d'années. Les fossiles qui montrent des structures semblables à nos procaryotes les plus primitifs datent de 3.500 millions d'années. On peut donc supposer que les premiers êtres vivants sont apparus 200 à 300 millions d'années avant. L'origine de la vie reste un mystère. Pour faire une cellule, il faut des molécules organiques. Celles-ci ont pu apparaître naturellement dans les conditions initiales de la Terre, très différentes des conditions actuelles. Ensuite, il a fallu qu'elles s'organisent pour créer :

- une membrane qui permet des conditions internes et externes différentes,

- de quoi stocker et reproduire l'information acquise

- des outils chimiques pour fonctionner. Plusieurs hypothèses ont été émises quant à l'ordre d'apparition de ces trois éléments mais aucune n'est actuellement suffisamment étayée. Il y a environ 2700 millions d'années, des bactéries trouvent le moyen d'utiliser l'énergie inépuisable du soleil pour fabriquer leur ATP. Le déchet de cette photosynthèse est l'oxygène, molécule extrêmement dangereuse pour les fragiles molécules de l'époque:

beaucoup d'être vivants moururent probablement de cette "pollution". Il y a 2000 millions d'années, la concentration en oxygène dépasse le pourcent dans l'atmosphère. Les organismes qui y ont survécu l'utilisent pour oxyder complètement leur nourriture et en récupérer le maximum d'énergie chimique : c'est le début de la respiration. Durant cette période, les cellules procaryotes évoluent par différents mécanismes, dont la phagocytose et l'endosymbiose et aboutissent à la formation des eucaryotes dont les premiers fossiles sont datés de 1500 millions d'années. Il faut encore environ 800 millions d'années pour que l'on retrouve les premières traces d'animaux pluricellulaires (méduses, vers) et 100 millions d'années supplémentaires pour qu'apparaissent les invertébrés d'une part, les algues d'autre part. Il y a environ 500 millions d'années se produit un nouveau changement important : la vie qui, jusque là s'était confinée au milieu aquatique, sort de l'eau et les premiers végétaux terrestres font leur apparition (bryophytes). Leur activité photosynthétique augmente encore la concentration en oxygène (10%) qui, sous forme d'ozone, arrête le bombardement U.V. de la Terre et permet, il y a 400 millions d'années, à la vie animale de sortir à son tour de l'eau (premiers insectes) en même temps que les végétaux inventent les grandes tailles (premiers Ptéridophytes) et leurs corollaires (enracinement, système conducteur et de soutien). Dans ce nouveau milieu très précaire, très variable, la diversification va s'accélérer faisant apparaître de nouveaux groupes : en -350 (millions d'années), les forêts remplissent la terre tandis qu'apparaissent les reptiles; en -300 les Gymnospermes inventent l'ovule; en -250 les dinosaures et la première graine; en -200 les mammifères; en -150 les angiospermes avec les premières fleurs ainsi que les oiseaux. Les premiers primates voient le jour il y a un peu

plus de 50 millions d'années, les grand singes, 25 millions et l'homme, à peine 5 millions tandis que du côté végétal, les prairies prennent une extension considérable au détriment des forêts. Tous ces chiffres ne sont évidemment que des approximations grossières.

Première partie:

LA COMPOSITION CHIMIQUE DES ORGANISMES VIVANTS

Objectifs :

-Distinguer les différents groupes de composés biologiques du point de vue de leur structure chimique et de leurs propriétés physico-chimiques -Comprendre le concept d’hydrophobicité -Maîtriser les bases chimiques du fonctionnement des gènes (structure de l’ADN, de l’ARN et des protéines) -Connaître la liste des composés essentiels pour l’homme

INTRODUCTION

Les êtres vivants sont constitués des mêmes atomes que les choses inanimées. Ils répondent de la même manière aux mêmes lois physiques et chimiques. Les mêmes causes produisent les mêmes effets chez les êtres vivants et chez les êtres inanimés. L'analyse chimique détermine la nature et les proportions des atomes constitutifs (ou éléments). Ces atomes s'assemblent en molécules relativement simples (monomères) qui s'unissent entre elles pour former des macromolécules de plus en plus complexes (polymères). Beaucoup de ces molécules sont identiques ou fort semblables chez tous les êtres vivants et constituent les composés principaux: sucres, protéines, acides nucléiques et lipides.

Suite à la diversification du monde vivant, sont apparues des biomolécules que l'on ne rencontre que dans certains êtres vivants. Ce sont les produits secondaires du métabolisme. Certaines plantes contiennent par exemple des composés uniques, particulièrement intéressant en pharmacologie. Certaines de ces molécules sont encore utilisées actuellement, ou ont servi de modèles pour la synthèse des médicaments modernes. Dans cette partie du cours, nous exposerons l'essentiel des données de chimie biologique, indispensables à la compréhension des problèmes que nous traiterons en cytologie et en physiologie. L'aspect "encyclopédique" de cette première partie ne doit pas effrayer l'étudiant non familiarisé avec la chimie organique. Toutes les notions exposées seront concrétisées ultérieurement, et apparaîtront progressivement plus simples parce que remises dans leur contexte naturel. L'étudiant est de plus invité à faire des liens avec ses cours de chimie minérale et organique, qui l'aideront à bien comprendre ces notions.

RAPPEL: LES LIAISONS CHIMIQUES

LES LIAISONS FORTES

Les atomes tendent à réaliser autour d'eux la configuration électronique du gaz rare le plus proche dans le tableau périodique. Pour cela ils échangent ou ils mettent en commun certains des électrons de leur couche périphérique, quand ils sont en contact avec d'autres atomes. Dans la liaison ionique, un atome perd un ou plusieurs électrons et se charge positivement (cation), l'autre accepte cet (ces) électron(s) et se charge négativement (anion). L'attraction entre ces deux charges unit les deux atomes. C'est ce type de liaison qui intervient surtout dans les cristaux. Il y a formation d'un dipôle électrique et l'énergie de liaison est de l'ordre de 20 à 50 kJ. En présence d'eau, ces liaisons sont fortement affaiblies.

Dans la liaison covalente, deux atomes mettent en commun des électrons qui tournent autour des deux noyaux. Si les deux atomes sont identiques, il n'y a pas de dipôle. L'énergie de cette liaison, plus stable, est de l'ordre de 200 à 400 kJ. Entre ces deux extrêmes, toutes les variantes sont possibles, dépendant de l'électronégativité des deux atomes. La grande majorité des liaisons entre atomes des molécules organiques sont du type covalent. Le carbone peut se lier par 4 liaisons covalentes à 4 autres atomes. Ces liaisons sont disposées en tétraèdre et forment entre elles des angles de ± 109,5°. Il peut aussi former une double liaison donnant une structure plane ou une triple liaison donnant une structure linéaire. Les atomes de carbone se lient entre eux pour former le squelette de toutes les molécules organiques. La présence de doubles liaisons simples ou conjuguées, modifie cette structure.

Le carbone et l'hydrogène forment ensemble des composés stables appelés hydrocarbures (alcanes et alcènes). Ceux-ci sont apolaires, ne forment pas de liaisons hydrogène et ne sont pas solubles dans l'eau. L'alcane le plus simple est le méthane CH 4 . Le radical -CH 3 est appelé méthyle. Ces molécules sont peu utilisées dans le monde vivant, sauf

par certaines bactéries. En plus du carbone et de l'hydrogène, la majorité des composés biochimiques contiennent de l'oxygène, qui forment plusieurs combinaisons organiques appelées fonctions:

- le remplacement d'un H par un groupe hydroxyle -OH sur un carbone donne un

- le remplacement d'un H par un groupe hydroxyle -OH sur un carbone donne un alcool: p. ex. le méthanol CH 3 OH

Si l'oxygène est remplacé par un atome de soufre, on parlera de thiol.

- le remplacement de 2 H par =O donne un groupement carbonyle

C=O. Selon que celui-ci se trouve en bout ou à l'intérieur d'une chaîne, il s'agit d'un aldéhyde ou d'une cétone: p. ex. le formaldéhyde: H 2 CO

- le remplacement de 3 H par =O et -OH donne un acide

carboxylique, la fonction -COOH s'appelant carboxyle. Dans l'eau, il peut céder un H + (comportement acide). Si les 4 H du méthane sont remplacés par de l'oxygène, on obtient du CO 2 .

Deux alcools réagissent entre eux pour donner un éther par perte d'eau:

R-CH 2 -OH + HO-CH 2 -R'

R-CH 2 -O-CH 2 -R' + H 2 O

Un alcool et un acide réagissent entre eux pour donner un ester par perte d'eau:

entre eux pour donner un ester par perte d'eau: Le carbone et l'azote forment essentiellement des

Le carbone et l'azote forment essentiellement des amines qui sont des bases qui peuvent accepter un proton:

amines qui sont des bases qui peuvent accepter un proton: Une amine et un acide réagissent

Une amine et un acide réagissent entre eux pour donner une amide par perte d'eau:

R-CH 2 -NH 2 + HOOC-R'

R-CH 2 -NH-CO-R' + H 2 O

LES LIAISONS FAIBLES

Quand l'hydrogène est lié de façon covalente avec un atome électronégatif (O, N), la paire d'électrons mise en commun est délocalisée vers cet atome. La liaison se polarise et produit une charge partielle + sur H. Cette charge va attirer les atomes d'un autre groupement montrant une charge -. Il en résulte des liaisons, appelées ponts hydrogènes,

qui ne sont pas riches en énergie (12 à 25 kJ) mais qui peuvent contribuer fortement à la stabilité des grosses molécules quand elles sont nombreuses.

des grosses molécules quand elles sont nombreuses. Deux atomes éloignés l'un de l'autre ne

Deux atomes éloignés l'un de l'autre ne s'influencent pas. Trop proches l'un de l'autre, ils se repoussent violemment. Il existe une distance intermédiaire où se développe entre eux une force d'attraction faible appelée force de Van der Waals. Ces forces n'ont de signification que dans le cas où les surfaces de macromolécules s'accolent bien l'une à l'autre.

de signification que dans le cas où les surfaces de macromolécules s'accolent bien l'une à l'autre.

1. LES ATOMES

L'analyse chimique élémentaire détermine la nature et les proportions des atomes

rencontrés dans les êtres vivants. Dans tous les cas, cette analyse révèle la présence constante

des onze atomes suivants :

C

H

O

N

P

S

Cl

K

Ca Na Mg.

Leur concentration varie selon le type et la fonction des plantes et des cellules.

Quatre atomes C, H, O, N constituent l'essentiel (± 96%) des êtres vivants.

Les 4% restants sont représentés par les 7 autres atomes présents en proportions de

l'ordre du ‰ ainsi que par des éléments que l'on trouve en quantité de l'ordre du ppm ou

moins: Fe, B, Cr, Cu, Fe, I, Mn, Se, Si, Zn, V, Mo. Ces derniers constituent les

oligoéléments. Ainsi la nature vivante n'utilise qu'une trentaine des 90 atomes que l'on trouve

dans la croûte terrestre. Certains des éléments les plus abondants sur Terre, comme

l'aluminium et le silicium, présents dans de nombreuses roches, ne sont pas ou très peu

utilisés par les êtres vivants.

La molécule la plus abondante dans tous les êtres vivants est l'eau (H 2 O): 70% du poids d'un homme, expliquant la prépondérance de l'hydrogène (l'atome le plus fréquent en nombre) et l'oxygène (l'atome représentant la masse la plus importante). Les composés organiques (constitués de C, O, H, N, S et P) comptent pour environ 25% du poids total. Les autres composés se retrouvent sous forme d'ions (Na + , K + , Cl - , phosphates, carbonates, sulfates, ammonium…) ou sous forme de complexes avec des molécules organiques (Fe, Zn, Mg, Cu…).

2. L'EAU

L'eau représente chez l'homme 70% du poids total. Certains êtres vivants aquatiques peuvent contenir plus de 90% d'eau. L'eau (H 2 O) est un "monstre chimique" auquel nous devons la vie. Par rapport aux autres hydrures comparables (H 2 S , NH 3 ) et même aux autres

liquides, l'eau possède un point de fusion, un point d'ébullition, une chaleur de vaporisation, une tension superficielle, un dipôle électrique, une constante diélectrique beaucoup plus élevés. Ces propriétés particulières sont due à sa structure même :

propriétés particulières sont due à sa structure même : où O et H possèdent une charge
propriétés particulières sont due à sa structure même : où O et H possèdent une charge
propriétés particulières sont due à sa structure même : où O et H possèdent une charge

où O et H possèdent une charge partielle ( + pour H et - pour O). Le dipôle électrique puissant permet la réalisation de ponts hydrogènes. L'angle que font les deux H (104,5°) permet la création d'un réseau dense de ponts H (4 ponts H par molécule d'H 2 O, ce qui

explique la très forte cohésion interne de l'eau (à 37°, 15% des molécules d'eau sont encore liées entre elles). La forte cohésion de l'eau explique ses propriétés physiques: température d'ébullition, tension superficielle (sans ponts H, l'eau gèlerait à -100° et bouillirait à -80°). Sa chaleur d'évaporation (2,3 kJ/g) l'empêche de s'évaporer trop facilement: elle reste liquide. Sa chaleur spécifique importante en fait à la fois un bon tampon thermique (homéothermie) et un bon transmetteur de chaleur. La glace est un des rares solides moins dense que le liquide correspondant, donc elle flotte. Sans cela, toute l'eau de la Terre serait amassée sous forme de glace aux deux pôles. Le dipôle électrique de l'eau lui permet d'arracher les ions aux cristaux, donc de solubiliser la plupart des sels et autres composés ioniques (chargés). Par rapport aux autres liquides, l'eau constitue donc un solvant extraordinaire. Sans eau, les molécules, les ions non solubilisés ne se rencontreraient jamais et il n'y aurait pas de réaction chimique donc pas de vie. Elle permet le transport de nourriture et de déchets. La forte adhésion de l'eau aux autres molécules polaires (appelée hydrophiles) lui permet de "coller" aux parois des cellules végétales ("effet buvard"). Cette propriété explique la montée de la sève dans les plantes et les arbres.

Inversément, l'eau exclut les molécules avec lesquelles elle n'interagit pas: les molécules apolaires, appelées aussi hydrophobes. Parmi ces composés, citons les hydrocarbures et les huiles. Cette propriété est également fondamentale pour les êtres vivants.

- +
-
+

L'eau se dissocie en ions hydroxyle basique (OH - ) et hydronium acide (H 3 O + ). L'acidité d'une solution est mesurée par le logarithme de la concentration en H 3 O + :

pH = - log [H 3 O + ].

L'eau

intervient

encore

comme

réactif

dans

de

multiples

réactions

biochimiques

que

nous

étudierons

ultérieurement.

Il n'est donc pas exagéré de dire que la vie, telle qu'elle s'est développée sur Terre depuis près de 4 milliards d'années, n'a été possible que grâce aux propriétés exceptionnelles que possède la molécule d'eau. L'eau est donc à la fois la molécule la plus fondamentale et la plus abondante du monde vivant. Il n'est donc pas étonnant que les scientifiques qui cherchent la vie sur d'autres planètes ou dans d'autres systèmes solaires cherchent d'abord à détecter la présence d'eau.

3. LES COMPOSES CARBONES

Les composés organiques sont très importants et jouent un rôle fondamental dans le métabolisme cellulaire. Ils comptent pour environ 15 à 25% du poids frais. Nous examinerons d'abord quatre groupes de composés organiques toujours présents :

les glucides, les lipides, les protides, les acides nucléiques. Nous citerons ensuite plusieurs sortes de composés organiques plus particuliers, moins constants et moins abondants et qui constituent les produits secondaires du métabolisme.

3.1. LES GLUCIDES

Leur formule générale est : C n (H 2 O) m . A cause de leur formule, on les a longtemps

dénommés "hydrates de carbone"; cette appellation est abandonnée. On divise les glucides en deux classes :

1. les oses (ou sucres simples ou monosaccharides) :

- dans la formule générale C n (H 2 O) m ;

n=m ;

2. les osides (ou polysaccharides)

- dans la formule générale C n (H 2 O) m , n>m;

- ce sont des polymères constitués d'oses. Ils peuvent être hydrolysés :

+soit uniquement en oses; ils sont alors dénommés holosides +soit en oses ET une fraction non glucidique, dénommée aglycone ou génine, ce sont alors des hétérosides.

3.1.1 Les oses

Les oses se caractérisent par la présence d'un groupement hydroxyle -OH sur chaque

carbone sauf un qui porte le groupement carbonyle C=O. Suivant la position de ce dernier dans la molécule, on distingue :

- les aldoses dans lesquels il se trouve en position terminale (aldéhyde)

- les cétoses dans lesquels il se trouve en position interne (cétone) Une même formule globale, par exemple C 3 H 6 O 3 , peut correspondre à plusieurs

composés différents, où l'agencement des atomes est différent. Ces corps sont des isomères. Ils possèdent des propriétés qui peuvent être très différentes. Ils peuvent parfois se transformer l'un dans l'autre (isomérisation). De nombreux carbones dans les molécules de sucre sont asymétriques, c'est à dire liés à 4 radicaux différents qui peuvent être disposés

selon deux manières différentes, les stéréoisomères, D ou L (voir cours de chimie). Les oses naturels sont de la série D. Suivant le nombre d'atomes de carbone (C) on distingue les oses en C 3 ou trioses, en C 4 ou tétroses, en C 5 ou pentoses, en C 6 ou hexoses, en C 7 ou heptoses

Les oses les plus répandus sont :

- des trioses: C 3 H 6 O 3 ex: glycéraldéhyde, dihydroxyacétone (cfr glycolyse)

- des pentoses C 5 H 10 O 5 ex: le ribose;

- des hexoses: C 6 H 12 O 6 tels que le glucose et le galactose (aldose)

ou le fructose (cétose).

glucose et le galactose (aldose) ou le fructose (cétose). Au fur et à mesure que le
glucose et le galactose (aldose) ou le fructose (cétose). Au fur et à mesure que le
glucose et le galactose (aldose) ou le fructose (cétose). Au fur et à mesure que le
glucose et le galactose (aldose) ou le fructose (cétose). Au fur et à mesure que le

Au fur et à mesure que le nombre de C augmente, le nombre de C asymétriques augmente aussi, doublant chaque fois le nombre de stéréoisomères possibles. Toutes les possibilités ne se rencontrent cependant pas dans la nature, qui n'utilise que certains d'entre- eux.

Dès que le nombre de C atteint 5 (pentoses et hexoses), la fonction carbonyle (C=O) peut réagir avec un hydroxyle à l'autre extrémité de la molécule pour former un hémiacétal cyclique. Cette réaction est spontanée (elle se produit sans l'intervention d'enzyme) et est réversible. Cette fermeture donne un cycle à 5 atomes (furanose) ou à 6 atomes (pyranose) qui possède un C asymétrique supplémentaire, donc deux formes et différentes, suivant la position dans l'espace de l'hydroxyle sur le carbone n°1.

donc deux formes et différentes, suivant la position dans l'espace de l'hydroxyle sur le carbone n°1.
Pour expliquer toutes les différences entre les isomères, les chimistes font appel, en plus, à
Pour expliquer toutes les différences entre les isomères, les chimistes font appel, en plus, à

Pour expliquer toutes les différences entre les isomères, les chimistes font appel, en plus, à la disposition dans l'espace des chaînes fermées et distinguent la forme "chaise" et la forme "bateau". Nous n'aurons pas à faire appel à ces particularités. Sans en tenir compte, il existe déjà ainsi 24 isomères naturels différents chez les hexoses. Tous ont la même formule générale mais étant de forme différente, ils auront des réactivités différentes. Il est important de garder cette notion à l'esprit.

Il est important de garder cette notion à l'esprit. Comme nous le verrons plus loin, les

Comme nous le verrons plus loin, les oses jouent un rôle très important dans le métabolisme cellulaire ainsi que dans certaines réactions de biosynthèse. Les oses ont surtout une importance alimentaire, car ils présentent des formes directement assimilables par l'organisme (glucose, fructose).

3.1.2 les dérivés des oses

Il existe un certain nombre de molécules qui ne répondent pas exactement à la formule générale des glucides (CH 2 O)n, mais en dérivent. Citons:

- le désoxyribose: OH du 2e C est remplacé par H : C 5 H 10 O 4 (voir acides nucléiques)

- les acides uroniques dont la fonction alcool terminale est remplacée par COOH: par exemple l'acide glucuronique dérivé du glucose (voir cycle des phosphopentoses)

- les osamines proviennent du remplacement d'un OH par un NH 2 : par exemple la

glucosamine où le remplacement se fait sur le C 2 et la N-acétyl-glucosamine dans laquelle un des deux H de NH 2 est lui-même remplacé par le résidu acétyle.

de NH 2 est lui-même remplacé par le résidu acétyle. Les oses ne sont pas réactionnels.

Les oses ne sont pas réactionnels. Dans la nature, ils réagissent sous forme phosphorylée. Ils apparaissent suite à une réaction d'estérification entre l'acide phosphorique et la fonction alcool du sucre la plus éloignée de l'aldéhyde. Parmi les plus importants citons le glycéraldéhyde phosphate et son isomère le phosphate de dihydroxyacétone (PDHA). Parmi les hexoses existent aussi le glucose-6- phosphate, le glucose-1-phosphate, le glucose-1,6-bisphosphate et les fructoses correspondants. Nous les reverrons en physiologie.

3.1.3. Les holosides

Ils proviennent de la réaction de condensation entre deux ou plusieurs oses,

généralement des hexoses sous forme cyclique. Cette réaction est la formation d'un lien éther entre deux fonctions alcool avec perte d'eau (voir plus haut). La réaction inverse est une hydrolyse. Par hydrolyse, ces composés ne donnent que des oses. Suivant le nombre d'oses qui

des

constituent la molécule, on aura des diholosides, des triholosides, des tétraholosides, polyholosides.

Citons les principaux holosides:

Les diholosides : ils résultent de l'union de deux oses

2 C 6 H 12 O 6

C 12 H 22 O 11 + H 2 O

Exemples: - le saccharose, extrait de la ca nne à sucre ou de la betterave,

Exemples: - le saccharose, extrait de la canne à sucre ou de la betterave, constitue un des rares aliments consommés à l'état cristallin (sucre du commerce). Il est constitué d'un glucose lié au fructose (voir schéma ci-dessus).

- le maltose n'a pas un goût aussi sucré que le saccharose. Il est constitué de

deux unités de glucose. Il est le maillon initial des réserves de sucre des êtres vivants (amidon et glycogène).

- le lactose ou "sucre de lait" n' a pas une saveur très sucrée. Le lait de vache

en contient 4%, le lait de femme, de 5 à 8%. Il est constitué d'un galactose lié à un glucose.

Les oligosaccharides sont composés d'un petit nombre d'hexoses et de leurs dérivés. Ils sont

très variés, d'abord parce que les oses sont différents (24 hexoses), ensuite parce que les liens glycosidiques peuvent se réaliser de différentes manières: il existe ainsi 10 façons différentes de lier du galactose au glucose, donnant 10 diholosides aux propriétés différentes! Si l'on passe à 3, le nombre dépasse déjà le millier. Des oses modifiés (N-acétyl-glucosamine, acide

sont fréquemment incorporés dans les chaînes d'oligosaccharides. Il existe

donc un nombre extraordinairement grand d'oligosaccharides différents dont la nature se sert comme "adresse" ou "étiquette" pour individualiser ou marquer certaines molécules plus grosses ou cellules particulières. Entre autres, la spécificité des groupes sanguins chez l'homme (groupes A, B, AB, O: voir partie génétique) est déterminée par l'existence d'oligosaccharides particuliers liés aux lipides et aux protéines de la membrane des globules rouges.

glucuronique

)

Les polyholosides ou polysaccharides: ils résultent de la condensation, de la polymérisation, d'un grand nombre d'oses pour former des polymères. Ces macromolécules ont des fonctions très diverses. Elles constituent en premier lieu des réserves de nourriture pour la cellule. Ce sont aussi des éléments de soutien.

Les liaisons se font généralement entre le C 1 de la première molécule et le C 4 de

l'autre. Cette liaison n'est pas plane. Il en résulte une structure en hélice (amidon) si tous les angles sont orientés dans le même sens ou bien une structure linéaire (cellulose) si chaque liaison est placée dans le sens inverse de la précédente.

Exemples :

- l'amidon : de formule (C 6 H 10 O 5 ) n .H 2 O, où n a une valeur très élevée. n (C 6 H 12 O 6 ) -> (n - 1) H 2 O + (C 6 H 10 O 5 ) n . H 2 O

C'est une substance de réserve, accumulée sous forme de granules dans beaucoup de cellules

végétales (tubercules de pommes de terre; albumen des graines

mélange de deux polymères dont l'unité de base (monomère) est le glucose. Ces deux

polymères sont : l'amylose (± 30%) constituant une chaîne hélicoïdale linéaire, assez lâche; PM = 10.000 à 50.000 (60 à 300 glucoses); la forme hélicoïdale est due au fait que les liaisons sont toutes orientées dans le même sens et que leurs angles s'additionnent; l'amylopectine (± 70%) formant une chaîne hélicoïdale ramifiée; PM = 50.000 à 1.000.000 (300 à 6000 glucoses). L'ensemble de la macromolécule présente l'aspect d'un buisson assez peu fourni.

- le glycogène : réserves glucidiques des animaux (dans le foie). Sa structure ressemble à

L'amidon est formé d'un

).

celle des amylopectines (chaîne hélicoïdale ramifiée) mais montre un aspect buissonnant plus dense. - la cellulose : elle a la même formule globale que l'amidon (C 6 H 10 O 5 ) n . H 2 O mais les

glucoses sont liés en ß et les angles s'annulent entre eux si bien que le polymère est linéaire et non hélicoïdal. C'est le constituant essentiel des parois des cellules végétales : PM = 300.000 à 500.000 (2.000 à 3.000 glucoses).

- la chitine des animaux formée de l'union de N acétyl glucosamines liées en ß1->4

- les pectines (polymères d'acide galacturonique, un dérivé du galactose) interviennent dans la constitution de la paroi primaire des cellules végétales.

Les holosides ont une importance très grande, tant alimentaire (saccharose, amidon), qu'industrielle (coton, papier). Les oses ainsi que les bi- et les triholosides sont des corps sucrés cristallisables, très solubles dans l'eau. Les polyholosides à poids moléculaire élevé comme l'amidon et la cellulose, ne sont pas sucrés, et présentent une solubilité variable dans l'eau: la cellulose forme des fibres du fait d'interaction (ponts hydrogènes) entre molécules. Ces fibres sont insolubles, même si elles peuvent être mouillées (papier). Les fibres n'étant pas en solution mais en suspension dans l'eau, le liquide reste opaque (pâte à papier). L'amidon peut être solubilisé dans l'eau bouillante. Dans ce cas, la solution est transparente. Dans les cellules végétales, il se présentent souvent sous forme de petits granules insolubles.

Les enzymes digestives hydrolysent facilement l'amidon, le saccharose et le glycogène, alors qu'elles ne sont pas capables de rompre les liaisons entre les unités glucoses de la cellulose. Seules certaines bactéries, présentes notamment dans le tube digestif des ruminants, sont capables de dégrader la cellulose.

3.1.4 les hétérosides

Ce sont des osides dont l'hydrolyse (acide ou enzymatique) donne d'une part des holosides (qui peuvent être eux aussi hydrolysés en oses) et d'autre part, une fraction non glucidique dénommée aglycone ou génine. L'aglycone est souvent une protéine ou un lipide donnant respectivement une glycoprotéine ou un glycolipide. Ces molécules, présentes systématiquement sur les membranes cellulaires, servent de "marqueurs" d'identité cellulaire, de signaux de reconnaissance. Dans la plante, on trouve en plus des hétérosides doués de propriétés pharmacologiques ou toxiques. Certains médicaments parmi les plus puissants extraits des plantes (digitaline des digitales par ex.), mais aussi les produits toxiques des plantes (convallatoxine du muguet) sont des hétérosides. Leurs propriétés thérapeutiques sont très diverses.

3.2 LES LIPIDES

Les lipides ou matières grasses regroupent un ensemble de corps d'origines diverses.

Ils jouent le rôle de réserves d'énergie, membranes semi-perméables, éléments de structure

intra-cellulaires, éléments de protection des épidermes

propriété d'être insolubles dans l'eau (hydrophobes), mais très solubles dans les solvants apolaires (alcanes, benzène, cyclohexane, tétrachlorure de carbone). Cette propriété est due à l'importante fraction "hydrocarbonée" apolaire de leur molécule.

Ils possèdent en commun la

Leur classification se base sur leur structure. Nous distinguons:

- les acides gras

- les lipides saponifiables

- les stéroïdes.

Certaines vitamines font aussi partie de la classe des lipides: les vitamines A, D, E et K.

3.2.1 Les acides gras.

variable,

comprenant n atomes de carbone liés à des atomes d'hydrogène, et terminée par le groupement acide carboxylique.

Les

acides

gras

comprennent

un

chaîne

hydrocarbonée

de

longueur

a) les acides gras saturés : leur formule globale est CH 3 -[CH 2 ] n-2 -COOH

Citons les plus courants:

- acide palmitique

- acide stéarique

n = 16 C 16 H 32 O 2 (découvert dans la noix palmiste)

n = 18 C 18 H 36 O 2

b) les acides gras insaturés. Ils possèdent une ou plusieurs doubles liaisons (-C=C-)

Citons les dérivés insaturés de l'acide stéarique :

-

-

-

acide oléique acide linoléique acide linolénique

C 18 H C 18 H C 18 H

34 O

32 O

30 O

2

2

2

une double liaison deux doubles liaisons trois doubles liaisons

Les acides gras saturés ont une forme linéaire (par annulation réciproque des angles du carbone) tandis que les acides insaturés forment une ligne brisée, ce qui va modifier les propriétés physiques des structures dans lesquels ils sont inclus. Notons dès à présent que la quasi totalité des acides gras saturés naturels possèdent un nombre pair d'atomes de carbone, en raison de leur mode de synthèse (voir partie Physiologie du cours). La fonction acide carboxylique possède un pKa d'environ 4, ce qui veut dire que cette fonction est ionisée à pH 7, sous forme de carboxylate -COO - .

pK a d'environ 4, ce qui veut dire que cette fonction est ionisée à pH 7,
pK a d'environ 4, ce qui veut dire que cette fonction est ionisée à pH 7,

3.2.2. Les lipides saponifiables

Ils proviennent de l'estérification d'un alcool et d'un acide gras:

R-COOH + HO-CH 2 -R' --> R-CO-O-CH 2 -R' + H 2 O

La réaction inverse (hydrolyse) est dénommée saponification parce que l'hydrolyse

donne les sels de ces acides gras

des graisses naturelles par les bases fortes (NaOH, KOH lesquels sont typiquement des savons.

)

Suivant la nature de l'alcool utilisé, on distingue:

Les glycérides: l'alcool est un trialcool : le glycérol. Il peut dès lors s'unir à 1, 2 ou 3 acides gras formant respectivement des mono- des di- ou triglycérides. Ces derniers constituent la principale forme de stockage des lipides chez les plantes et les animaux. Ils peuvent contenir à la fois des acides gras saturés et insaturés. Les triglycérides saturés sont solides à température ambiante (graisses), alors que les triglycérides contenant une majorité d'acides gras insaturés sont liquides (huiles).

d'acides gras insaturés sont liquides (huiles). Les phospholipides résultent de l'estérification du
d'acides gras insaturés sont liquides (huiles). Les phospholipides résultent de l'estérification du

Les phospholipides résultent de l'estérification du glycérol par deux acides gras et par l'acide phosphorique (H 3 PO 4 ). Leur importance est énorme car ils constituent les membranes

biologiques qui délimitent les divers organites cellulaires. Une seconde fonction -OH du groupe phosphate est souvent estérifiée par une amine (sérine, éthanolamine, ou choline), chargée positivement à pH physiologique. On parlera alors de phosphatidylsérine, phosphatidyléthanolamine, ou phosphatidylcholine.

Citons aussi les sphingolipides. Dans ce cas, l'alcool est la sphingosine, alcool à longue chaîne carbonée. Le plus simple est la sphingomyéline. Ces lipides ont une structure globale et des propriétés proches des phospholipides. Ils peuvent être couplés à des sucres. Par exemple, les cérébrosides du système nerveux et du cerveau et les gangliosides (matière grise du cerveau). On attribue à ces composés des rôles très importants au niveau des membranes externes des cellules animales.

Représentation schématique d'un phosp holi p ide. Citons enfin les cérides . Ce sont des

Représentation schématique d'un phospholipide.

Citons enfin les cérides. Ce sont des esters formés d'un acide gras et d'un alcool possédant tous les deux une très longue chaîne carbonée (jusqu'à 30, 40 C) ; ils constituent la cire d'abeille, le blanc de baleine, certaines sécrétions cutanées, les cires recouvrant les feuilles, fleurs ou fruits.

3.2.3. Les stéroïdes

Tous les stérols ou stéroïdes possèdent 4 cycles caractéristiques. Ils diffèrent entre eux par la longueur de la chaîne latérale, des doubles liaisons et des groupements chimiques accrochés au différents cycles. Contrairement aux acides gras, que l'on retrouve dans tous les êtres vivants, chaque règne possède des stéroïdes différents.

vivants, chaque règne possède des stéroïdes différents. Le stéroïde le plus abondant chez les animaux est
vivants, chaque règne possède des stéroïdes différents. Le stéroïde le plus abondant chez les animaux est

Le stéroïde le plus abondant chez les animaux est le cholestérol, un composant important des membranes cellulaires. Le cholestérol est hydrophobe et insoluble dans l'eau. En dérivent notamment :

- les acides biliaires, chargés négativement à pH neutre, qui ont des propriétés tensioactives et sont nécessaires à l'émulsification des graisses dans l'intestin;

- les androgènes (hormones sexuelles mâles), comme la testostérone; et les hormones sexuelles femelles: oestradiol et progestérone;

- la corticostérone, le cortisol et d'autres hormones;

- les vitamines D (calciférol)

Chez les plantes, on ne retrouve pas de cholestérol, mais d'autres composés de la même famille, comme les phytostérols. Dans le règne des mycètes, l'ergostérol remplace le cholestérol dans les membranes.

3.2.4 Propriétés physico-chimiques

Si tous les lipides, simples ou complexes, ont en commun la propriété physique d'être

solubles dans les solvants organiques apolaires, ils montrent aussi une autre particularité: ce sont des molécules amphipathiques. En effet, une extrémité, la tête, est hydrophile (le reste du glycérol, riche en oxygène, l'endroit où se fait l'estérification) et l'autre partie, la queue, est hydrophobe. Cette propriété est particulièrement importante pour les lipides chargés (phospholipides, acides gras et acides biliaires sous forme de carboxylates): ces lipides ont des propriétés tensioactives. En présence d'eau, les molécules vont se placer dans une orientation particulière de façon à exposer les parties chargées du coté de l'eau et à rassembler les parties hydrophobes. Ces molécules agissent comme des détergents: ils sont capables de solubiliser les graisses dans l'eau en formant un film à l'interface entre eau et graisse, où toutes les molécules sont orientées de la même façon (tête hydrophile côté eau, et queues hydrophobes côté graisse).

Les matières grasses peuvent être solides (graisses et cires sur certaines parois

cellulaires) ou liquides (gouttelettes d'huiles ou globules lipidiques dans le cytoplasme).

A poids égal, les matières grasses sont deux fois plus énergétiques que les glucides.

Elles constituent donc des produits de réserve des animaux qui doivent les transporter. Mais elles s'accumulent aussi chez les plantes dans le fruit (olive) ou dans certaines graines dites "oléagineuses". Au cours de la maturation des graines, les lipides sont mis en réserve. Lors de la germination, l'embryon va utiliser, pour sa croissance, les produits de la décomposition de ces graisses.

3.3. LES PROTIDES

Les protides sont les constituants les plus essentiels et les plus complexes de la matière vivante. Ce sont donc des corps construits à partir de 6 atomes : C (±54%), O (± 22%), N (±16%) et H (±8%), ainsi que S (0,2-2%) et P (0,5%).

Le poids moléculaire des protides est fort variable et toujours très élevé (lactalbumine:

17 400; hémoglobine : 64 500). On peut classer les protides en trois catégories, intégrant des corps de complexité croissante :

les acides aminés, les peptides et polypeptides les hétéroprotéines.

3.3.1. Les acides aminés

Ils répondent à la formule générale suivante :

NH2 - CH - COOH

R

Comme pour les oses, le carbone lié à l'amine et au groupement R est asymétrique et il existe deux séries d'acides aminés, L ou D. Les acides aminés naturels sont de la série L.

Ce sont des composés amphotères qui se comportent soit comme une base en milieu acide, grâce à la fonction amine (-NH 2 devient - NH 3 + ), ou comme un acide en milieu alcalin,

grâce à la fonction carboxyle (-COOH devient -COO - ). En solution neutre, les acides aminés subissent une réaction acide-base interne. Globalement, la molécule est donc neutre, mais elle est chargée positivement sur l'amine et négativement sur le carboxylate.

Il existe plus de 100 acides aminés naturels, mais seuls 20 d'entre eux se retrouvent dans les protéines. Les acides aminés sont identifiés à l'aide d'un code à trois ou une lettre:

glycine

gly

G

alanine

ala

A

valine*

val

V

leucine*

leu

L

isoleucine*

ile

I

phénylalanine*

phe

F

lysine*

lys

K

arginine

arg

R

histidine**

his

H

acide aspartique

asp

D

acide glutamique

glu

E

tryptophane*

trp

W

proline

pro

P

cystéine

cys

C

méthionine*

met

M

asparagine

asn

N

glutamine

gln

Q

sérine

ser

S

thréonine*

thr

T

tyrosine

tyr

Y

Ils diffèrent entre eux par la nature du radical R qui peut être :

- petit (GLY) ou grand (TRP),

- polaire, hydrophile (ASN, GLN, SER, THR*, TYR) ou non polaire, hydrophobe (ALA,

CYS, GLY, ILE*, LEU*, MET*, PHE*, PRO, TRP*, VAL*),

- acide (ASP, GLU) ou basique (LYS*, ARG, HIS).

L'homme ne peut pas synthétiser les 8 acides aminés (*), plus l'histidine** chez les enfants.

Il est donc essentiel qu'il puisse les trouver dans les aliments qu'il absorbe. Les végétaux et

certaines bactéries, par contre, peuvent synthétiser la fonction -NH 2 et fabriquer tous les

acides aminés, y compris certains qui ne participent pas à la constitution des protéines.

3.3.2. Les peptides

Ces corps résultent de la condensation par liaison amide (ou liaison peptidique) de 2 ou plusieurs acides aminés avec chaque fois une perte d'eau. Deux acides aminés forment un dipeptide; trois, un tripeptide;

R-COOH + NH 2 -R' --> R-CO-NH-R' + H 2 O

L'enchaînement des acides aminés (AA) se réalise de manière linéaire, chaque AA étant lié par son NH 2 au COOH de l'acide précédent et par son COOH au NH 2 du suivant.

précédent et par son COOH au NH 2 du suivant. . Dans un peptide, l'une des

.

Dans un peptide, l'une des extrémités est occupée par un groupe amine -NH 2 , l'autre

par un groupe acide -COOH (tous deux sont chargés à pH physiologique). On numérote les résidus d'acides aminés d'un peptide en commençant par celui qui porte le groupement NH 2

libre et en se dirigeant vers celui qui porte le groupement -COOH libre.

le groupement NH 2 libre et en se dirigeant vers celui qui porte le groupement -COOH

Peptide

His-Cys-Val

A part ces deux fonctions terminales, on voit que le lien peptidique empêche les autres fonctions amines et carboxyles d'intervenir dans les réactions ultérieures. Par contre, les

groupements R peuvent établir des liaisons (faibles ou fortes) avec d'autres groupements R ou avec d'autres molécules. Ainsi deux résidus cystéines peuvent s'unir par la formation d'un pont disulfure entre leurs groupements -SH, en donnant la Cystine (CYS-CYS). Cette liaison

a un rôle important dans le maintien de la structure tertiaire des protéines (voir plus loin).

3.3.3. Les polypeptides

Le terme peptide est utilisé pour des chaînes qui contiennent entre 2 et une cinquantaine d'acides aminés (et qui peuvent être produites par synthèse chimique au laboratoire). Le terme polypeptide (ou holoprotéine) est utilisé pour de grands peptides, qui ne peuvent être fabriqués que par des êtres vivants. La distinction entre ces deux termes n'est cependant pas toujours claire. Par hydrolyse, les peptides et polypeptides ne libèrent que des acides aminés.

La diversité et les propriétés spécifiques des polypeptides sont dues à la NATURE, au NOMBRE et à l'ORDRE dans lequel les acides aminés sont rangés. On peut comparer ces grosses molécules aux mots que nous formons avec les lettres de l'alphabet. Le sens des mots dépend des trois mêmes facteurs comme dans l'exemple suivant : à partir du mot MAIS, on obtient MARS, MAI, AMIS en modifiant un des facteurs. Une très faible modification (ex. MAïS) peut entraîner une forte différence d'interprétation. Mais à l'inverse des mots qui dépassent rarement 20 lettres, la plupart des polypeptides contiennent plus de cent acides aminés. Changer un seul de ceux-ci revient à modifier parfois complètement les propriétés d'une protéine.

Les mêmes acides aminés peuvent se répéter plusieurs fois dans une même chaîne polypeptidique. Le nombre de combinaisons - et donc de protéines - est théoriquement illimité (il existe 20 2 =400 dipeptides différents, 20 10 = dix mille milliards de décapeptides différents et pour 100 AA, on arrive au nombre inconcevable de 10 130 ). Toute la richesse de la vie est due à cette variété infinie. Toutes les possibilités ne sont cependant pas utilisées par la nature et on constate souvent qu'elle utilise régulièrement les mêmes "motifs", les mêmes séquences qui se sont montrées efficaces. La séquence des acides aminés constitue donc la base des molécules protéiniques. C'est la structure primaire des protéines.

Les chaînes polypeptidiques ne sont pas droites (les angles des liaisons chimiques ne sont pas de 180°) et présentent une certaine conformation dans l'espace:

- soit sous forme d'une hélice dont le pas est dirigé vers la droite;

- soit sous forme d'un feuillet étiré et plissé (conformation ß).

d'un feuillet étiré et plissé (conformation ß). De très nombreux ponts hydrogène, internes pour
d'un feuillet étiré et plissé (conformation ß). De très nombreux ponts hydrogène, internes pour

De très nombreux ponts hydrogène, internes pour l'hélice ou intermoléculaires pour les feuillets plissés ß, stabilisent ces édifices. Ces formes caractérisent la structure secondaire de la protéine. Une même protéine peut contenir certains segments organisés en hélices alpha et d'autres en feuillets bêta.

La structure tertiaire est la forme tridimensionnelle des protéines. Elle est engendrée par des interactions qui se réalisent entre les radicaux R des acides aminés constitutifs (ponts hydrogène, ponts disulfures, répulsions hydrophobes, réactions acide-base) qui stabilisent l'édifice. Certaines de ces liaisons sont covalentes et donc très solides comme les ponts disulfures. D'autres, au contraire ne sont efficaces qu'à cause de leur nombre comme les ponts hydrogène. Il n'est donc pas rare qu'une protéine puisse changer de forme selon l'environnement chimique et que ce changement soit la cause de son activité ou la modifie complètement (phénomène d'allostérie).

et que ce changement soit la cause de son activité ou la modifie complètement (phénomène d'
et que ce changement soit la cause de son activité ou la modifie complètement (phénomène d'

D'après leur structure tertiaire, on distingue deux types de protéines:

- Les protéines fibrillaires: elles sont formées de longues chaînes d'acides aminés enroulées autour du même axe. Elles sont généralement très résistantes et insolubles dans l'eau. Leur structure secondaire n'est représentée que sous forme d'hélices (kératines des peaux,

et le collagène du tissu conjonctif) ou de

feuillets plissés ß (fibroïne du ver à soie).

- Les protéines globulaires ont une forme très compacte plus ou moins sphérique due à une

succession d'hélices alpha et de feuillets plissés. Elles sont généralement solubles dans l'eau et les solutions salines. Elles concentrent en leur centre les chaînes latérales hydrophobes, en tournant vers l'extérieur leurs groupements hydrophiles.

cheveux, laines, écailles, plumes, ongles, sabots

Enfin, plusieurs chaînes protéiniques peuvent s'associer pour former des unités fonctionnelles supra-moléculaires, ou complexes, qui constituent la structure quaternaire des protéines. Nous en verrons quelques exemples typiques en physiologie.

3.3.3. Les hétéroprotéines

Les polypeptides, parfois appelés holoprotéines, peuvent être modifiés ou couplés à d'autres types de molécules (sucres, lipides). On parlera alors d'hétéroprotéines. Polypeptides et hétéroprotéines sont souvent rassemblés sous le terme général de protéines.

Les hétéroprotéines peuvent être considérées comme résultant de l'union d'une holoprotéine avec un groupement prosthétique non formé d'acides aminés. Selon la nature du groupement prosthétique, on distingue plusieurs catégories d'hétéroprotéines :

- les glycoprotéines: holoprotéine + glucides (protéines de surface, -globulines du sang).

- les lipoprotéines : holoprotéine + lipide.

- les phosphoprotéines : holoprotéine + H 3 PO 4 .

- les métalloprotéines: protéine + métal (ferritine stockant le Fe dans le sang).

Certaines protéines sont fortement colorées du fait de leur association avec un groupement prosthétique organométallique coloré (flavoprotéines, catalase, cytochromes, hémoglobine).

Les protéines ont des rôles très divers et très importants, dont il est difficile de faire une liste exhaustive. Certains polypeptides sont des hormones (insuline qui régularise le taux de sucre dans le sang). D'autres polypeptides sont des antibiotiques (tyrothricine, gramicidine) ou des poisons (amanitine et phalloïdine des champignons mortels) ou confèrent à certaines plantes leur toxicité élevée (la ricine du ricin, la crotine du Croton Citons :

- les enzymes: les plus importants; ce sont eux qui effectuent la chimie cellulaire.

- le transport: hémoglobine du sang

- le stockage: ferritine, ovalbumine

- la structure: collagène, fibroïne, kératine

- le mouvement: actine, myosine, tubuline

- la défense: immunoglobulines

- la régulation: hormones (insuline), répresseurs

- les poisons: ricine, amanitine, venins, toxine diphtérique.

Les protides (qui regroupent acides aminés, peptides et protéines) sont indispensables dans l'alimentation de l'homme, puisqu'il ne peut pas fabriquer certains acides aminés.

3.4. LES ACIDES NUCLÉIQUES

Les nucléotides et acides nucléiques sont constitués au départ d'une association de 3 éléments chimiques différents: un phosphate, un pentose et une base organique azotée.

3.4.1. Les nucléotides

Dans chaque nucléotide on trouve, outre un groupement phosphate, - un pentose qui est soit le ribose (dans les ARN et les nucléotides libres), soit le désoxyribose (dans l'ADN).

libres), soit le désoxyribose (dans l'ADN). - une base azotée. Il en existe 5 qui sont

- une base azotée. Il en existe 5 qui sont soit du type pyrimidique (un hétérocycle carboné

contenant 2 azotes), courtes (cytosine (C), thymine (T), uracyle (U)), soit du type purique (deux hétérocycles carbonés accolés contenant 4 azotes) longues (adénine (A), guanine (G)).

soit du type purique (deux hétérocycles carbonés accolés contenant 4 azotes) longues (adénine (A), guanine (G)).

La liaison entre le C 1' du sucre et un N de la base donne un nucléoside.

' du sucre et un N de la base donne un nucléoside . La liaison supplémentaire
' du sucre et un N de la base donne un nucléoside . La liaison supplémentaire

La liaison supplémentaire entre le C 5' et un phosphate donne un nucléotide. Les

nucléotides peuvent être phosphorylés une deuxième et une troisième fois pour donner des nucléotides di- ou triphosphates. Ces derniers ont un rôle essentiel dans les transferts d'énergie et dans la construction des acides nucléiques. Les liens ester formés entre deux phosphates dans ces réactions sont dits "riches en énergie" car leur hydrolyse libère 30,5 kJ/mol, mais l'énergie accumulée n'est pas localisée dans la liaison elle-même.

n'est pas localisée dans la liaison elle-même. Les nucléotides interviennent aussi comme constituants dans
n'est pas localisée dans la liaison elle-même. Les nucléotides interviennent aussi comme constituants dans
n'est pas localisée dans la liaison elle-même. Les nucléotides interviennent aussi comme constituants dans

Les nucléotides interviennent aussi comme constituants dans d'autres molécules importantes comme les coenzymes (voir chapitre sur les enzymes).

La condensation de nucléotides donne des acides nucléiques ou polynucléotides. La liaison ester se fait entre le C 3' du premier et le phosphate du

suivant.

Dans l'acide désoxyribonucléique (ADN), le sucre en C 5 est le désoxyribose, et les

bases sont l'Adénine, la Guanine, la Cytosine et la Thymine (A,G,C,T).

le

sont

sucre en

l'Adénine, la Guanine, la Cytosine et l'Uracyle (A,G,C,U).

Dans

C 5

l'acide

est

le

ribonucléique

(ARN),

ribose, et les bases

3.4.2. Les acides désoxyribonucléiques

L'ADN a un poids moléculaire tellement élevé (plusieurs milliards chez l'homme) que son calcul n'a plus aucun sens. Il est quasiment impossible de ne pas casser la molécule quand on l'isole.

de ne pas casser la molécule quand on l'isole. L'analyse chimique des ADN montre que la

L'analyse chimique des ADN montre que la concentration en bases puriques (longues) est égale à la concentration des bases pyrimidiques (courtes) [A + G] = [C + T]. Et plus précisément [A] = [T] et [G] = [C]. Or, justement, A et T peuvent s'accoupler par deux ponts hydrogènes, de même G et C forment 3 ponts hydrogènes entre eux. En se basant sur ces observations et sur les diagrammes de diffraction aux rayons X, WATSON & CRICK (1953) proposèrent le schéma structurel suivant :

La molécule d'ADN est formée non pas d'une, mais de deux chaînes de nucléotides. Ces deux chaînes sont complémentaires l'une de l'autre : à une base purique sur une chaîne correspond

toujours une base pyrimidique sur l'autre: à A correspond toujours T, G à C et vice versa: T à A, C à G. Chacune des bases d'une chaîne est liée à la base correspondante par des ponts hydrogène.

ne sont pas droites mais hélicoïdales

(comme dans la structure secondaire des protéines) et antiparallèles (c'est-à-dire que si l'on considère qu'une chaîne "monte", l'autre "descend" : voir schéma p. suivante).

De plus, les deux chaînes C 5 - P - C 5 - P -

La structure se présente comme une échelle de corde très longue, tordue sur elle- même. Ses montants sont constitués de l'enchaînement alternatif sucre-phosphate. Les barreaux de l'échelle sont constitués d'une base purique, et d'une base pyrimidique, liées d'un côté au montant de l'échelle (au carbone 1 du désoxyribose) et liées entre-elles par des ponts hydrogène. La rupture de ces liaisons hydrogène entre A et T et entre C et G (par une élévation de température entre 85 et 100°) provoque la séparation des deux montants polynucléotidiques et ce résultat peut être obtenu sans que se produisent des ruptures dans les chaînes nucléotidiques.

et ce résultat peut être obtenu sans que se produisent des ruptures dans les chaînes nucléotidiques.
et ce résultat peut être obtenu sans que se produisent des ruptures dans les chaînes nucléotidiques.
et ce résultat peut être obtenu sans que se produisent des ruptures dans les chaînes nucléotidiques.

La disposition des bases A,T,C,G formant les barreaux de l'échelle est la seule variable du système, et seules 4 combinaisons sont possibles : Adénine-Thymine et Thymine- Adénine (A-T et T-A) et Guanine-Cytosine et Cytosine-Guanine (G-C et C-G). Les propriétés de l'ADN dépendent de l'ordre dans lequel les paires de bases A-T, T- A, G-C et C-G sont réunies. Ainsi le nombre de combinaisons - et donc le nombre de sortes d'ADN - est-il quasi illimité.

Dans sa forme "classique", les deux montants de la double hélice sont distants de 1,8 nm. Un tour de spire complet est parcouru sur une distance de 3,4 nm et englobe 10 paires de bases. La hauteur occupée par un nucléotide est donc de 0,34 nm. Les échelons de l'échelle, mesurant 1,1 nm correspondent à la longueur des bases puriques ou "longues" (0,55 nm), des ponts hydrogènes (0,3 nm) et des bases pyrimidiques ou "courtes" (0,25 nm). La paire de base ne passant pas par l'axe de symétrie de la molécule, les deux montants ne sont pas diamétralement opposés. En vue latérale, on observe donc un grand et un petit sillon entre les montants de l'échelle (cfr schéma de la page précédente).

La molécule d'ADN humain est un filament extrêmement mince : une double hélice reliant la terre au soleil ne pèserait que 0,5 g et un homme en possède 200 fois plus, soit 15 à 30 milliards de km. Une cellule humaine somatique contient 56 x 10 -13 g d'ADN soit 3 milliards de paires de bases ou 1,75 mètres d'ADN, découpé en 46 morceaux de tailles inégales. Il faudrait rassembler tout l'ADN de 60 milliards d'hommes pour en avoir une mole. La Terre n'a donc jamais compté une mole d'ADN humain.

3.4.3. La chromatine

Les acides nucléiques sont souvent associés à des protéines. Il s'agit bien d'une association entre deux ou plusieurs molécules et non d'une liaison entre constituants d'une même molécule. Chez les Procaryotes, où l'ADN est circulaire, on le trouve selon le moment du cycle vital, soit à l'état libre, non associé à des protéines, soit aggloméré en une super-hélice entourée de protéines. Chez les Eucaryotes, selon le moment, les nucléoprotéines (association d'acides nucléiques et de protéines) se présentent soit dispersées, sous forme de chromatine, soit condensées sous forme de chromosome que nous étudierons plus loin. La nucléoprotéine présente l'aspect d'un collier de perles. Chaque perle, appelée nucléosome a un diamètre de 11 nm et une épaisseur de 5,5 nm. Chaque nucléosome est constitué au centre d'un groupe de 8 histones (protéines basiques) : H 2A , H 2B , H 3 , H 4 en 2

exemplaires chacune, autour desquelles s'enroulent 140 paires de nucléotides de l'ADN sur 1 tour 3/4. Les histones s'associent au centre par les radicaux hydrophobes de leurs acides

aminés tandis qu'elles tournent vers l'extérieur leurs radicaux basiques (ARG, LYS, HIS). L'union avec l'ADN se réalise alors par simple réaction acide-base. Deux nucléosomes successifs sont séparés par 15 nm d'ADN (le fil du collier). A cet endroit se trouve aussi une cinquième histone (H 1 ) qui intervient dans les condensations ultérieures de la molécule. [les histones H 3 et H 4 sont extraordinairement stables puisqu'on les retrouve pratiquement

que séparent

identiques aussi bien chez les animaux que chez les végétaux supérieurs pourtant 10 9 années d'évolution divergente].

3.4.4. La structure des ARN

Ces macromolécules sont des polynucléotides monocaténaires non appariés mais autocomplémentaires par les reploiements sur elles-mêmes de certaines parties de cette chaîne (ces repliements sont appelés structures secondaires). Outre leurs différences chimiques (ribose à la place du désoxyribose, et U à la place de T), les ARN sont en général plus petits et plus fragiles que l'ADN. Il existe plusieurs sortes d'ARN dont les fonctions seront étudiées en physiologie.

dont les fonctions seront étudiées en physiologie. les ARN messagers : (ARN m ) : Ce
dont les fonctions seront étudiées en physiologie. les ARN messagers : (ARN m ) : Ce

les ARN messagers : (ARN m ) :

Ce sont des ARN libres correspondant à l'enchaînement de quelques centaines à plusieurs milliers de nucléotides. Chaque molécule est formée d'une chaîne unique de nucléotides dont les bases sont A,U,C,G. Ils forment environ 5% de l'ARN cellulaire total. (c'est pour la découverte des ARN m que

LWOFF, MONOD et JACOB se sont vus décerner le prix Nobel de médecine en 1965).

les ARN de transfert (ARN t ):

Ce sont les plus petits acides nucléiques. Ils comprennent de 70 à 90 nucléotides. Chaque cellule contient au moins une cinquantaine d'ARN t différents. 50 à 60 bases

s'apparient entre-elles, conférant à la molécule une forme de trèfle à trois boucles. Dans l'espace, la forme tridimensionnelle (en L ou en boomerang) est la même pour tous les ARN t

connus. Ils présentent deux caractéristiques essentielles 1) une extrémité (3') toujours terminée par C-C-A, l'autre par G; 2) la boucle du milieu, la plus éloignée des extrémités, est formée de bases non appariées, dont 3 constituent l'anticodon. Les ARN t constituent environ 15% de l'ARN total de la cellule.

constituent environ 15% de l'ARN total de la cellule. les ARN ribosomiaux (ARN r ) Ils

les ARN ribosomiaux (ARN r )

Ils sont constitutifs des ribosomes dans lesquels ils forment, avec des protéines, des nucléoprotéines riches en G et C. Leur poids moléculaire varie entre 500 000 et 1 200 000 et ils représentent environ 80% de l'ARN total de la cellule.

3.5. LES AUTRES COMPOSES ORGANIQUES

Les glucides, lipides, protides sont les principaux constituants des êtres vivants. Une série d'autres composés sont présents en quantités plus faibles, ou dans certains organismes seulement. Mentionnons-en brièvement quelques uns: les acides organiques, les pigments, les alcaloïdes, les hormones, les vitamines, les essences, les résines et oléorésines, les tanins et les latex.

Les acides organiques forment un groupe restreint d'acides carboxyliques qui se trouvent au carrefour des différentes voies métaboliques. Ils permettent le passage d'une classe de composés chimiques à une autre. Ce sont les éléments centraux du métabolisme intermédiaire retrouvé dans tous les êtres vivants (cf. physiologie).

Les vitamines sont des molécules diverses; qui agissent à l'état de traces, dans plusieurs cycles essentiels de la vie. L'homme en a absolument besoin mais ne peut pas les synthétiser ou alors en quantité trop faible, il doit les trouver dans son alimentation. On distingue les vitamines liposolubles (A,D,E,K) déjà mentionnées et les vitamines hydrosolubles (B,C). Ces dernières jouent surtout un rôle en tant que composant de diverses coenzymes (voir plus loin).

Les porphyrines (et leurs dérivés les protoporphyrines) sont des molécules polycycliques planes capables de complexer un atome métallique, comme le fer dans l'hème, ou le magnésium dans la chlorophylle. Ces molécules sont souvent insérées au cœur de protéines qui servent de transporteurs d'oxygène (hémoglobine, myoglobine), de transporteurs d'électrons (cytochromes) ou de capteur de lumière.

d'électrons (cytochromes) ou de capteur de lumière. Héme de l'hémoglobine (Fe-protoporphyrine IX) Les

Héme de l'hémoglobine (Fe-protoporphyrine IX)

Les plantes sont particulièrement riches en composés chimiques divers. On en découvre encore chaque jour. Leur arsenal est pratiquement infini. La raison fondamentale en

est que les plantes, incapables de mouvement, ont du inventer un langage chimique soit pour attirer les animaux dont elles ont besoin pour leur reproduction ou leur dispersion, soit pour se défendre des prédateurs (herbivores). Parmi ces molécules citons:

Les essences sont des mélanges de substances odorantes volatiles que l'on peut

extraire de certains végétaux. Outre leur rôle de condiments, stimulants de l'appétit et de la

elles ont des propriétés diverses, parfois toxiques

ou exploitées en médecine traditionnelle: antiseptiques des voies respiratoires (eucalyptus), antispasmodiques (camomille), stomachiques (mélisse) et abortives à forte dose (absinthe, rue, sabine, thuya, tanaisie). Certaines essences sont utilisées en parfumerie et dans la préparation des cosmétiques.

digestion (gingembre, muscade, poivre

),

Les alcaloïdes sont des substances organiques azotées complexes présentant une réaction basique ("alcalis") plus ou moins importante. On connaît actuellement ±5000

alcaloïdes naturels différents. Ils ne sont synthétisés que par les plantes et exercent des effets physiologiques importants sur les animaux et l'organisme humain. Certaines familles d'Angiospermes sont réputées pour leur richesse en alcaloïdes (Solanacées, Rubiacées, Papavéracées). Une même plante peut contenir plusieurs alcaloïdes (la morphine et 24 autres chez le pavot) et inversément, un même alcaloïde peut se trouver dans des plantes différentes (caféine des caféier, colatier, théier Les alcaloïdes sont responsables de la toxicité des plantes qui en renferment, mais sont aussi sources de médicaments très importants. Certains alcaloïdes agissent sur le système nerveux (morphine du pavot, atropine de la belladone, caféine du caféier, nicotine du tabac). D'autres agissent au niveau du système vasculaire, ce sont des hypotenseurs (réserpine du

ou des hypertenseurs (éphédrine de l'ephédra). La colchicine (des colchiques) est

un antimitotique (voir partie sur la division cellulaire et la mitose).

rauwolfia

)

Questions de réflexion :

1.1- Comparez les propriétés physicochimiques des phospholipides et des triglycérides. 1.2- Quelle est la séquence complémentaire de TGCCATA ? Dessinez la structure bicaténaire de cet oligonucléotide apparié à sa séquence complémentaire, en indiquant les phosphates, les bases et les sucres. Identifiez les extrémités 5’ et 3’. 1.3- Les acides gras ont un pKa proche de 4. Sous quelle forme sont-ils à pH 7 ? 1.4- Le savon de Marseille est fabriqué en hydrolysant de l’huile végétale à l’aide de KOH. Ecrivez l’équation chimique de cette réaction. 1.5- Citez trois types de glycoprotéines vues au cours (dans les parties suivantes). 1.6- Quels sont les composés biochimiques que l’homme doit absolument trouver dans son alimentation ? Comment les appelle-t-on ?

Deuxième Partie

CYTOLOGIE

Objectifs :

- Connaître l’architecture cellulaire

- Comprendre la dynamique cellulaire : trafic intracellulaire, reproduction, communication et mort des cellules.

- Connaître les différences entre les cellules des différents règnes - Etablir des liens avec les autres chapitres du cours (notamment sur la structure et les propriétés des membranes, le métabolisme, la méiose).

INTRODUCTION

Tous les êtres vivants possèdent un caractère commun : ils sont formés d'un certain nombre d'unités biologiques élémentaires : les cellules. Depuis la découverte de la structure cellulaire des tissus végétaux par R. HOOKE en 1665, le microscope est l'élément indispensable qui a permis le développement de la cytologie. Celle-ci a fait d'énormes progrès depuis une quarantaine d'années grâce au microscope électronique qui a révélé l'étonnante richesse des ultra-structures des divers constituants de la cellule. L'introduction de techniques nouvelles (chimiques, physiques et génétiques) permet l'exploration d'un domaine nouveau, celui de la biologie moléculaire qui précise, au niveau même des constituants cellulaires, l'agencement et la nature des molécules qui édifient la matière vivante.

1. STRUCTURE GÉNÉRALE DE LA CELLULE

Les premières représentations cellulaires sont dues à R. HOOKE (1665) qui examina au microscope, des coupes dans du liège (bouchon). Il y distingua de petites alvéoles vides, juxtaposées, séparées par des cloisons et auxquelles il donna le nom de cellula (petite chambre). 160 ans plus tard DUTROCHET (1824) affirma que les cellules étaient les véritables unités constitutives de tout être vivant, d'où découla en 1838 la "théorie cellulaire" de

SCHLEIDEN (botaniste) et SCHWANN (zoologiste) : "la cellule avec sa matière vivante est morphologiquement et physiologiquement l'unité élémentaire de structure et de fonction". Tous les êtres vivants possèdent au moins une cellule. Chez les êtres pluricellulaires, les cellules se spécialisent (phénomène de différenciation). Les cellules qui exercent la même fonction se regroupent en ensembles appelés tissus, étudiés en histologie.

Les cellules bactériennes, à l'image de ce que furent les premiers êtres vivants, ne contiennent que le minimum pour vivre: leur taille est très petite (de l'ordre du µm); la seule membrane qu'ils possèdent est la membrane plasmique; l'ADN est sous forme d'une molécule unique, circulaire, non associée à des histones, en contact direct avec le reste du cytoplasme; toutes les réactions se réalisent dans un cytoplasme unique, non compartimenté; les possibilités métaboliques sont limitées. L'évolution a transformé progressivement les procaryotes en eucaryotes. Les principales modifications qui se sont produites sont les suivantes:

- accroissement de la taille d'un facteur >10 (le volume augmente donc d'un facteur >1000)

ce qui nécessite un brassage continuel du cytoplasme (cyclose). Les levures ne dépassent pas 5 µm, alors que les cellules nucléées des eucaryotes supérieurs dépassent 10 µm. D'une façon

très générale, les cellules animales sont moins grandes (10 - 30 µm) que les cellules végétales (10 - 200 µm); mais l'ovule de poule à 30 mm (jaune d'œuf) et l'ovule humain, 200 µm ! Les dimensions cellulaires varient considérablement, dans la même espèce, en fonction du type cellulaire. Certains neurones ont des prolongements (axones) qui peuvent atteindre un mètre !

- accroissement de l'information: la longueur de l'ADN est multipliée par 1000, ce qui

nécessite une organisation, une coordination nettement plus poussée. Ceci a entraîné la création du noyau et l'invention de la mitose.

- compartimentation du cytoplasme de la cellule en un grand nombre de petits organites

limités eux-aussi par une membrane unitaire du même type que la membrane cellulaire. Chacun de ces organites est spécialisé dans une fonction précise, comprenant ses propres enzymes, et se trouvant dans des conditions physico-chimiques plus adéquates à son fonctionnement. Le gel dans lequel baignent les organites et le noyau est appelé cytosol. L'évolution a aussi séparé les animaux des végétaux. C'est une conséquence de leurs modes de récupération énergétique. Les animaux trouvant leur énergie chimique dans des composés élaborés par d'autres êtres vivants, ont développé une stratégie de relation active avec le milieu, caractérisée par l'acquisition de systèmes sensoriel, nerveux et locomoteur. Au contraire, les végétaux utilisant l'énergie solaire, ont développé une stratégie d'occupation de l'espace et d'indépendance nutritionnelle complète dont les corollaires sont la rigidité et la fixité (enracinement) ainsi que le développement de leurs performances en biosynthèse. Au niveau cellulaire, cette différence d'évolution se marque par la présence de structures typiques des végétaux : ils montrent une paroi rigide importante et des vacuoles.

2. LES MEMBRANES CELLULAIRES

Toute cellule vivante est limitée extérieurement par une membrane, la membrane plasmique (parfois appelée plasmalemme). Elle est trop mince pour être observée au microscope photonique mais son existence a d'abord été déduite de la nécessité de garder les conditions constantes dans la cellule, différentes des conditions extérieures. Elle est semi- perméable, c'est-à-dire suffisamment imperméable pour assurer cette constance mais en même temps suffisamment perméable pour permettre des échanges choisis de nourriture et de déchets avec le milieu extérieur. La membrane plasmique est typiquement une membrane unitaire selon le modèle de SINGER-NICHOLSON (1972).

unitaire selon le modèle de S INGER -N ICHOLSON (1972). Les membranes unitaires présentent les caractéristiques

Les membranes unitaires présentent les caractéristiques suivantes :

1°) L'élément essentiel est une couche bimoléculaire de lipides, principalement des phospholipides, opposés par leurs pôles hydrophobes. Elle est pratiquement imperméable à

toutes les grosses molécules polaires et à toutes les molécules chargées, spécialement aux

Elle est fluide, c'est-à-dire que les molécules de phospholipides y

sont capables de mouvements latéraux libres (rotation, translation, diffusion) très rapides. Par contre, les mouvements d'une face à l'autre sont rares. La composition chimique est variable d'une couche à l'autre (asymétrie), d'une espèce à l'autre, et, à l'intérieur d'une cellule, d'une membrane à l'autre. Dans les cellules animales, des molécules de cholestérol s'insèrent entre les phospholipides, leur groupement hydroxyle étant dirigé vers l'extérieur. Le cholestérol représente environ 25% du poids de lipides des membranes animales. D'autres types de lipides sont également présents en quantités variables dans les membranes animales: les sphingolipides (sphingomyéline), et différents types de glycolipides (cérébrosides et gangliosides).

ions (Na + , K + , H 3 O + ,

).

2°) De nombreuses protéines sont insérées dans la bicouche lipidique et représentent la moitié du poids total de la membrane. Certaines protéines sont simplement attachée sur une face de la membrane par un groupement lipidique, ce sont les lipoprotéines, attachées à la membrane

par un acide gras (exemple 3 sur le schéma ci-dessous) ou un glyco-phospholipide particulier (exemple 4). D'autres protéines possèdent un domaine hydrophobe qui traverse la membrane, le plus souvent grâce à une ou plusieurs hélices alpha (exemples 2 et 5). Enfin, les deux types d'ancrage peuvent être combinés (exemple 1). Ces protéines contrôlent les échanges au travers de la membrane et permettent à la cellule d'interagir avec son environnement.

à la cellule d'interagir avec son environnement. 3°) Ces membranes biologiques unitaires sont

3°) Ces membranes biologiques unitaires sont asymétriques; elles ont un "endroit" et un "envers". Leurs faces internes et externes renferment des composants différents auxquels correspondent des activités biochimiques spécifiques différentes. Sur la face externe, les lipides et les protéines sont régulièrement liés à des glucides qui servent de marqueurs. Cette couche de glucides est particulièrement importante chez les animaux, où elle est appelée glycocalyx. 4°) Ces membranes sont souples. Elles peuvent s'invaginer, créer un petit puits et se refermer, emprisonnant ainsi un petit volume du milieu extérieur. Cette vésicule est alors dirigée vers l'intérieur de la cellule pour y être digérée: c'est le phénomène d'endocytose. Le phénomène inverse (exocytose) permet à la cellule de déverser ses productions dans le milieu extérieur. Ces phénomènes, typiques des animaux, sont présents mais moins visibles chez les végétaux. Nous reparlerons des transports transmembranaires en physiologie.

L'épaisseur des membranes est d'environ 8 nm. Au microscope électronique, elles présentent trois couches caractéristiques: la couche centrale paraissant claire, correspond aux zones hydrophobes des lipides (environ 4 nm) et deux couches sombres correspondant aux zones hydrophiles des (gluco)lipides et de protéines (environ 2 nm de chaque côté). Toutes les membranes internes, limitant les organites, sont bâties sur ce type (d'où le nom de membranes "unitaires") mais diffèrent entre-elles tant par la composition que par les fonctions.

3. LE CYTOPLASME

3.1 COMPOSITION DU CYTOPLASME

Au microscope photonique, le cytoplasme apparaît comme un liquide plus ou moins visqueux, transparent, incolore, homogène, un peu plus réfringent que l'eau, appelé cytosol, contenant une série d'inclusions (organites), dont on ne distingue pas les détails. Au microscope électronique, le cytoplasme apparaît non homogène et hautement structuré, et la structure des organites qu'il contient peut être étudiée.

CYTOPLASME

=

CYTOSOL

+

ORGANITES

Le cytosol comprend :

a) de l'eau: environ 80% ;

b) une solution vraie de petits composés organiques et minéraux solubles: acides aminés,

glucides, lipides, nucléotides, sels (notons que chez les animaux supérieurs, le cytosol contient peu de sodium et beaucoup de potassium) ;

c) une solution colloïdale de molécules plus grosses: protéines globulaires, ARN associés à des protéines, diverses enzymes (environ 75% de la matière sèche), fortement imbibées de solvant et adhérant entre elles. Les solutions colloïdales sont formées par la dispersion de particules de 1 à 100 nm, soit une seule très grosse molécule (protéine par exemple) ou un agrégat de molécules plus petites (micelles) moins solubles dans le solvant. Le cytoplasme est constituée d'une solution colloïdale de type hydrogel, relativement visqueuse.

d) de ribosomes et de protéasomes (voir plus loin) ;

e) une partie structurée : elle comprend plusieurs types de protéines fibrillaires et globulaires s'agençant en microfilaments (Ø 6 à 10 nm), en filaments intermédiaires, et en microtubules (Ø 25 à 30 nm) formant le cytosquelette particulièrement important chez les animaux.

3.2 LE CYTOSQUELETTE

Le cytosquelette est composé de protéines qui peuvent s'assembler (polymérisation) en filaments de plusieurs types. Tous ces filaments participent au maintient de la forme des cellules dépourvues de paroi. Les microfilaments (actine, myosine) sont responsables des mouvements musculaires chez les animaux, mais aussi du mouvement interne du cytoplasme dans toutes les cellules eucaryotes. Les microfilaments se retrouvent aussi dans les microvillosités des cellules épithéliales de l'intestin.

Les microtubules sont des tubes creux de ±35 nm de Ø formés de 9 à 13 protofilaments composés de tubuline et ß. Ils constituent le fuseau mitotique lors de la division nucléaire et la charpente des cils et flagelles. Les filaments intermédiaires sont composés de cytokératines, dont les molécules sont agencées comme dans un câble. Ces filaments sont présents dans le cytoplasme, où ils sont attachés aux desmosomes (voir jonctions cellulaires), et jouent un rôle particulier à l'intérieur du noyau (lamina nucléaire).

Le cytosquelette a de multiples fonctions dans la cellule:

Il maintient la forme des cellules animales (celle des cellules végétales est dictée par leur paroi rigide). Il intervient dans la contraction musculaire (qui n'est finalement qu'un changement de forme). Il joue un rôle dans la migration des cellules (qui nécessite également un changement de forme). Il est à la base de tous les mouvements à l'intérieur de la cellule (endo/exocytose, cyclose, déplacement de protéines et d'organites). La séparation des chromosomes en mitose et en méiose, grâce à un fuseau de microtubules est un cas particulier de mouvement à l'intérieur de la cellule.

Ces déplacements se font grâce à trois types de mouvements:

(1). Ces filaments ne sont pas statiques mais dynamiques, ils se font et défont constamment au gré des polymérisations et dépolymérisations dans le cytoplasme. Ils peuvent donc grandir ou rétrécir, poussant ou attirant les structures qui y sont accrochées. (2). Deux filaments peuvent se déplacer l'un par rapport à l'autre. C'est le cas dans les phénomènes de contraction cellulaire (cfr cours d'histologie). (3). Les filaments peuvent servir de rails sur lesquels certaines structures peuvent glisser. Tous ces mouvements consomment de l'énergie, le plus souvent fournie par l'hydrolyse d'un nucléotide, le GTP, en GDP.

3.3 LA CYCLOSE

Le cytoplasme vivant est doué de mobilité. Il est animé de mouvements de brassage, visibles par le déplacement des divers organites qui y sont inclus : c'est la cyclose. La cyclose est nécessaire car, étant donné la taille des cellules eucaryotes, la diffusion des molécules nécessaires, entre autres l'oxygène, ne serait pas suffisamment rapide pour alimenter le centre de la cellule. On peut bien voir la cyclose notamment dans les cellules des feuilles de certaines plantes aquatiques. Si la cellule possède une grande vacuole centrale avec un cytoplasme

uniquement pariétal, on assiste à une rotation, toujours dans le même sens, de tout le cytoplasme (organites compris) autour de la vacuole. La vitesse de la cyclose varie mais est relativement faible : 50µm par seconde, (18 cm par heure) ce qui correspond quand même à 1 tour complet en ± 2 secondes.

3.4 ROLES DU CYTOSOL

Le cytosol apparaît comme un carrefour très important des différentes voies du métabolisme. En outre, la cyclose permet des échanges plus rapides.

Les divers organites de la cellule puisent et déversent constamment dans le cytosol de nombreux produits. Enfin, le cytosol est le siège de plusieurs chaînes métaboliques qui lui sont propres:

telles la glycolyse, la synthèse des protéines, du glycogène (animaux) et de l'amidon

que nous étudierons

(plantes), la synthèse des acides gras, et le cycle des phosphopentoses dans la partie du cours consacrée à la physiologie cellulaire.

4. LES ORGANITES

Les Procaryotes ne possèdent pas d'organites. La taille des Eucaryotes les oblige à compartimenter leur cytoplasme. En effet, les chances que deux molécules se rencontrent pour réagir, diminuent comme le cube du diamètre de la cellule. Au sein de du cytoplasme, baignent donc diverses inclusions et organites cellulaires. Les inclusions forment des agrégats plurimoléculaires, souvent des complexes plurienzymatiques, non pourvus de membrane. Les organites, au contraire, sont systématiquement entourés d'au moins une membrane unitaire similaire à la membrane plasmique. Ils permettent d'isoler une petite portion de la

cellule, d'y établir des conditions physico-chimiques particulières, d'y concentrer des enzymes spécialisées. Le travail cellulaire se répartit dans des structures spécialisées. Le microscope photonique permet une vision de certains organites mais c'est le microscope électronique qui en a dévoilé les structures. Nous étudierons successivement :

1°) les organites limités par une seule membrane unitaire :

- le réticulum endoplasmique;

- l'appareil de GOLGI (dictyosome et vésicules golgiennes);

- les lysosomes et les peroxysomes (ou glyoxysomes);

- les vacuoles.

2°) les organites limités par une double membrane unitaire :

- les mitochondries;

- les divers plastes dont les chloroplastes (chez les plantes).

4.1. LE RÉTICULUM ENDOPLASMIQUE

A ce jour, le réticulum endoplasmique (RE), peut être considéré comme un constituant cellulaire universel chez les eucaryotes. Les bactéries possèdent un repli de la membrane plasmique qui pourrait être l'ébauche du RE. Le RE a surtout été étudié en microscopie électronique (il est invisible au microscope otique) et apparaît comme un réseau complexe de saccules aplatis, vésicules et canalicules finement ramifiés et anastomosés de diamètre variant de 20 à 200 nm. Cet ensemble compliqué s'étend depuis l'enveloppe du noyau jusqu'à la périphérie de la cellule.

Le RE est limité par une membrane du type unitaire semblable à la membrane plasmique. La face externe des membranes de RE en contact avec le cytoplasme est tapissée par endroits de granules ovoïdes de 20 x 30 nm, renfermant ± 60% d'ARN et ± 40% de protéines, dénommées ribosomes. Ces endroits forment le réticulum endoplasmique rugueux (RER), organisé en citernes aplaties proches de la surface du noyau. Les ribosomes du RER des eucaryotes sont constitués de deux sous-unités : une sous-unité lourde composée de ±45 protéines différentes et de 3 molécules d'ARN r , et en une sous-unité légère formée de ±30 protéines différentes et d'une molécule d' ARN r . On trouve aussi de nombreux ribosomes

libres dans le cytoplasme. Ces derniers sont des inclusions. Outre ces zones à ribosomes (RER), il existe des plages lisses sans ribosomes. Elles forment le réticulum endoplasmique lisse (REL) organisé en fins tubules ramifiés.

Parmi les nombreux rôles du RE, on peut citer :

1°) Il intervient dans la formation de la membrane nucléaire: il y a une relation directe entre l'espace périnucléaire et la cavité du réticulum. 2°) C'est au niveau des ribosomes du RER que sont synthétisées les protéines des membranes et celles qui seront exportées hors de la cellule. Les autres protéines sont synthétisées au niveau des ribosomes libres dans le cytoplasme. 3°) Le REL est responsable de la synthèse de lipides. Il intervient par exemple dans la synthèse des stéroïdes et des phospholipides (mais pas dans la synthèse des acides gras). 4°) Le RE joue le rôle d'organite collecteur, transporteur et distributeur de diverses substances. Celles-ci, venues du milieu extra- et intracellulaire peuvent se rassembler, se concentrer dans la cavité du RE et y être transportées très rapidement à travers tout le cytoplasme. Ces rôles ont été démontrés aussi bien dans les cellules végétales que dans les cellules animales en ce qui concerne les protéines.

4.2. L'APPAREIL DE GOLGI

Découverts par GOLGI en 1898 dans des cellules nerveuses animales, puis observés

dans d'autres cellules animales et végétales, ces organites ont fait l'objet de nombreuses controverses quant à leur structure, leur nature et leur rôle. A l'inverse du RE qui présente une structure très polymorphe, l'appareil de GOLGI se reconnaît à l'arrangement des cavités qui le constituent. La taille du "GOLGI" varie avec l'activité de la cellule : il est très développé dans les cellules en pleine activité de synthèse et peu développé dans les cellules au repos. Schématiquement, l'appareil de GOLGI comprend deux éléments:

1. Le dictyosome formé d'un empilement de 4 à 6 saccules aplatis, renflés sur leurs bords.

Les saccules ont de 1 à 3 µm de diamètre et de 10 à 30 nm d'épaisseur. Ils sont limités par une membrane unitaire. L'espace qui sépare deux saccules voisins est de 6 à 10 nm.

2. Une série de petites vésicules de 50 à 100 nm de diamètre, limitées chacune par la

membrane unitaire. Ces vésicules golgiennes sont produites par bourgeonnement de la périphérie des saccules dont elles se détachent. L'appareil de GOLGI constitue une structure dynamique formée à partir de la membrane nucléaire ou du RER. Celui-ci, après s'être séparé de ses ribosomes, émet des vésicules de transition qui se rassemblent pour former le premier saccule du dictyosome sur ce qu'on dénomme sa face de formation ou face cis. De nouveaux saccules se forment ainsi et repoussent progressivement les premiers formés vers l'autre extrémité de l'empilement dénommée face de maturation ou face trans. C'est sur cette dernière que les saccules se résolvent en vésicules golgiennes. Une autre hypothèse, basée sur des calculs de cinétique, estime que les saccules ne se déplacent pas et que seules les vésicules assurent des transports d'un saccule à l'autre, dans les deux sens. La composition chimique des membranes unitaires est intermédiaire entre celle du RE et celle de la membrane plasmique. Elle est riche en enzymes qui accrochent des résidus glycosylés aux protéines, des glycosyltransférases. Les rôles de l'appareil de GOLGI peuvent se résumer à la "finition" (glycosylation), à l'"emballage" et au tri de divers produits. Citons certains de ces rôles :

1°) Chez les animaux, les vésicules golgiennes fusionnent en grains de sécrétion qui déversent leur contenu dans le milieu extérieur. 2°) Chez les animaux encore, les vésicules golgiennes, riches en glycoprotéines, interviennent dans la synthèse de leur revêtement externe (glycocalyx).

3°) Les lysosomes primaires proviennent des vésicules golgiennes. 4°) Enfin, la membrane des vésicules golgiennes intervient dans le renouvellement, le turn-over des protéines transmembranaires et des lipides de la membrane plasmique.

4.3.

LES LYSOSOMES ET LES PEROXYSOMES (OU GLYOXYSOMES)

Les lysosomes ont été découverts et étudiés biochimiquement dans la cellule animale

par Ch. de DUVE (prix Nobel 1974) et ses collaborateurs à

l'UCL. Ils ont ensuite été décrits dans les cellules végétales. Ce sont de petites vésicules de 150 à 300 nm de diamètre, limitées par une membrane et contenant des enzymes digestives (des hydrolases acides, parce que leur pH optimal et compris entre 3 et 6). Ces hydrolases sont capables de dégrader les substances biologiques (glucides, lipides, protéines) en composés simples (acides aminés, acides gras, oses), qui sont ensuite transférés dans le cytoplasme. Les lysosomes sont responsables de la digestion des substances nutritives d'origine extracellulaire. Ils peuvent aussi digérer des portions de la cellule, en cas de diète sévère ou quand les éléments en question ne sont plus fonctionnels, isolées

(cerveau, foie, pancréas, rate

)

préalablement du reste du cytoplasme par une membrane unitaire (autophagie cellulaire ou autolyse). Les lysosomes proviennent de vésicules golgiennes chargées d'enzymes.

Les peroxysomes (ou glyoxysomes) sont des organites découverts d'abord dans la cellule animale (Ch. de DUVE, 1966-1967; TOLBERT & coll. 1968). Ce sont des granules, limités par une membrane unitaire, mesurant de 0,5 à 1,5 µm de Ø. Dans les cellules végétales, ils sont souvent accolés aux chloroplastes. Ils contiennent des enzymes essentielles au déroulement de certains cycles particuliers du métabolisme (peroxydation, métabolisme de certains lipides de réserve), et notamment la catalase qui élimine le peroxyde d'hydrogène ou eau oxygénée.

4.4. LES VACUOLES

On donne le nom de vacuoles à des organites aqueux, entourés d'une membrane unitaire, contenus dans le cytoplasme des cellules végétales. Bien que certains représentant des autres règnes montrent parfois des structures qui ressemblent à des vacuoles, elles constituent un organite aussi typique des cellules végétales que sa paroi. Les vacuoles sont aisément observables lorsqu'elles sont colorées naturellement (flavones, anthocyanes).

Leur origine semble complexe. On peut suivre leur évolution en observant des cellules méristématiques localisées à l'extrémité d'une racine (cellules très jeunes), ainsi que des cellules qui en sont de plus en plus éloignées (cellules qui s'hydratent progressivement). Au fur et à mesure que l'on s'éloigne de la pointe de la racine et que les cellules grandissent, les

vacuoles d'abord petites, à contenu dense, fort coloré, s'agrandissent, confluent en une vacuole unique, moins dense, moins colorée, refoulant le cytoplasme et le noyau contre la paroi cellulaire. Le contenu vacuolaire forme un pool de composition complexe dont la nature et la concentration varie en fonction de l'espèce, du type cellulaire et de son état physiologique. On a fait souvent passer la vacuole pour un organite inerte, mais il faut réviser notre conception à ce sujet. La vacuole est l'organite qui contient le plus d'eau. Les ions minéraux peuvent s'y accumuler. La membrane qui sépare la vacuole du cytoplasme montre à leur égard une sélectivité étonnante, certains ions pouvant y être concentrés jusqu'à 100x plus qu'à l'extérieur, à l'encontre des lois de la diffusion, ce qui consomme de l'énergie. La découverte la plus étonnante a été celle d'un riche équipement enzymatique qui confirme que la vacuole est à assimiler aux lysosomes de la cellule animale.

On doit donc considérer la vacuole comme un élément régulateur essentiel dans la cellule végétale:

1°) Elle constitue la principale réserve d'eau de la cellule végétale. 2°) Elle contribue à la croissance cellulaire : l'hydratation et le gonflement subséquent de

la vacuole exerce une pression sur la paroi cellulaire extensible et élastique qui s'étire. La vacuole ne grandit pas parce que la cellule grandit, mais c'est parce que la vacuole pousse de l'intérieur que, pour ne pas éclater, la cellule doit s'agrandir. En ce sens, elle permet à la cellule végétale d'atteindre de très grandes dimensions à un prix énergétique faible: il suffit d'accumuler de l'eau. 3°) Dans les cellules qui ont déjà atteint leur taille définitive, la persistance d'une pression vacuolaire interne provoque un étirement supplémentaire des parois cellulaires élastiques. La cellule est alors "turgescente" et cette turgescence assure à la cellule, aux tissus, à la plante entière une certaine rigidité. La perte de celle-ci correspond à l'affaissement du tissu ou de l'organe, c'est la fanaison. 4°) Elle joue le rôle de grenier, d'estomac et de poubelle en accumulant des substances de

de déchet (acide oxalique, toxique pour la cellule,

de défense (stockage de substances allotoxiques,

c'est-à-dire qui n'ont d'influence que sur un prédateur éventuel).

immobilisé sous forme cristalline

réserve (sels, saccharose

),

),

4.5.

LES MITOCHONDRIES

Au microscope optique, les mitochondries apparaissent comme de petits granules, bâtonnets de 0,5 à 1,5 µm de longueur, dispersés dans le cytoplasme. Elles sont entraînées par les mouvements de la cyclose mais sont douées d'une mobilité qui leur est propre. Elles présentent très fréquemment des variations de forme et de taille. Les mitochondries se multiplient par bipartition (division) ou bourgeonnement de mitochondries préexistantes. Toute mitochondrie provient donc d'une mitochondrie. Le nombre de mitochondries (de quelques centaines à quelques milliers) est relativement constant dans un type donné de cellules. Au point de vue chimique, les résultats de l'analyse des mitochondries isolées (par centrifugation différentielle) donne les résultats suivants (pour information):

eau : 66%; protéines : 22% (protéines de structure et enzymes) lipides : 11 % (surtout des phospholipides) nucléotides : ADP et ATP, ADN et ARN coenzymes accepteurs d'hydrogène : FAD, NAD+, cytochromes, vitamines ; ions minéraux : K + , Ca ++ , Na + , Mn ++ , Fe +++

Au microscope électronique, la mitochondrie se montre limitée extérieurement par deux membranes de type unitaire séparées par un espace clair d'environ 10 nm (l'espace intermembranaire) délimitant un espace interne : le stroma ou matrice. La membrane externe (membrane unitaire) est unie. Elle contient environ autant de protéines que de phospholipides. Elle est perméable à presque toutes les petites molécules non chargées (grâce à différents types de transporteurs protéiques). La membrane interne s'invagine vers l'intérieur et présente des crêtes (ou des tubules) disposées plus ou moins perpendiculairement à la surface de l'organite: les "crêtes mitochondriales". Celles-ci accroissent énormément la surface de la membrane interne de la mitochondrie. Le nombre de crêtes varie selon l'activité physiologique de la cellule. Dans les mitochondries jeunes, les crêtes sont peu nombreuses et peu développées; elles se multiplient et s'agrandissent au fur et à mesure de l'accroissement de l'activité cellulaire et régressent lorsque la cellule vieillit. La membrane interne de la mitochondrie constitue un exemple typique de membrane asymétrique. Les faces internes des crêtes mitochondriales, elles seules, sont tapissées de sphères de 9 nm de Ø portées par un pédoncule: les "facteurs de couplage" [2 000 à 4 000 unités par µm 2 soit 10 4 à 10 5 par mitochondrie]. Chacune d'entre elles est constituée d'un assemblage structuré de protéines responsables de la synthèse de l'ATP. De ce fait, on les appelle aussi ATPases. La membrane interne contient ± 80% de protéines et ± 20 % de

phospholipides. Elle est imperméable à presque toutes les molécules et nécessite obligatoirement la participation de transporteurs actifs. La membrane interne et la membrane externe ont des compositions chimiques différentes. Elles diffèrent surtout par la nature des enzymes qu'elles contiennent. Elles jouent donc des rôles différents dans les réactions du métabolisme. Sans entrer ici dans les détails, notons dès à présent que la membrane interne possède plusieurs fonctions très importantes:

elle est le siège de la "chaîne respiratoire", voie métabolique qui oxyde les coenzymes NADH ou FADH 2 et récupère l'énergie sous forme d'ATP dont elle est la source essentielle. Elle

possède en plus plusieurs transporteurs transmembranaires contrôlant très exactement les entrées et les sorties des composants de la matrice mitochondriale.

Le stroma ou matrice est un gel contenant 50 % de protéines. Il apparaît comme une substance claire, homogène, renfermant des ribosomes (des mito-ribosomes, plus légers que ceux du cytoplasme mais identiques à ceux des bactéries) localisés surtout dans la périphérie de l'organite. Il contient en outre des acides nucléiques : chez les animaux pluricellulaires, l'ADN mitochondrial est une double hélice annulaire (semblable à l'ADN des bactéries); l'anneau formant une hélice secondaire de taille variable (16 569 paires de bases chez l'homme). Par contre chez certains eucaryotes unicellulaires et chez les plantes, l'ADN mitochondrial est linéaire, parfois avec des extrémités simples. La duplication de l'ADN mitochondrial ne s'effectue pas en même temps que celle de l'ADN du noyau. Le stroma fournit la membrane interne en coenzymes réduits grâce à plusieurs chaînes métaboliques dont les principales sont la ß - oxydation des lipides, le cycle de KREBS.

Sa richesse chimique donne à la mitochondrie une importance considérable. C'est à son niveau que sont oxydées les substances et que se forme l'ATP (ADP + Pi + énergie --> ATP). Cette synthèse confère à la mitochondrie un rôle de centrale énergétique. C'est la raison pour laquelle elles sont localisées à proximité des structures consommatrices d'énergie (par exemple le long des myofibrilles responsables du mouvement chez les animaux).

4.6. LES CHLOROPLASTES

Les chloroplastes sont des éléments cellulaires propres aux végétaux (avec la vacuole et la paroi). Le microscope photonique les montre comme des petits granules lenticulaires de 3 à 10 µm de Ø et de 1 à 4 µm d'épaisseur. Ils sont donc généralement plus grands que les mitochondries. Leur nombre par cellule est variable et caractéristique de l'espèce et du tissu examiné. On en compte environ 50 par cellule, soit ~ 500 000 par mm 2 de feuille. La chlorophylle, responsable de la couleur verte des plantes y est concentrée dans des petits granules lenticulaires de 0,5 à 2 µm de Ø et de 0,2 µm d'épaisseur, plus ou moins

régulièrement disposés, dénommés grana et qui donnent au chloroplaste une structure granulaire. L'ensemble des régions claires, non pigmentées, séparant les grana est dénommé stroma ou matrix. Au microscope électronique, le chloroplaste se montre limité par deux membranes du type unitaire séparées par un espace clair d'environ 10 nm (l'espace intermembranaire) entourant un espace interne : le stroma ou matrix, comme dans les mitochondries. Dans le stroma, on trouve des ensembles de membranes parallèles au grand axe et qui forment des sacs fermés, les thylakoïdes, indépendants de l'enveloppe. Il y en a de deux types: les thylakoïdes granaires, en forme de disque, empilés les uns sur les autres pour former les grana visibles au microscope optique, et les thylakoïdes intergranaires ou lamelles stromatiques ou du stroma qui s'étendent d'un granum à l'autre ainsi que dans le stroma. Un granum est un empilement cylindrique de sacs ovoïdes, plats, de 0,3 à 0,6 µm de Ø autour duquel s'enroulent en hélice plusieurs lamelles stromatiques régulièrement espacées. Les cavités des lamelles et celles des disques sont en communication si bien que l'ensemble forme une cavité unique totalement indépendante de l'enveloppe externe. Il y a donc dans le chloroplaste trois compartiments emboîtés les uns dans les autres: l'espace intermembranaire, le stroma, l'espace intrathylakoïdien, séparés par des membranes qui ont des compositions, des perméabilités et des rôles différents. Il y a de 40 à 70 grana par chloroplaste, contenant chacun de 2 à 60 (moyenne 20) thylakoïdes. Les deux membranes de l'enveloppe sont lisses. Comme dans la mitochondrie, l'externe est perméable tandis que l'interne ne laisse passer librement que des molécules du type O 2 , CO 2 et nécessite des transporteurs spécialisés

pour les autres molécules. La membrane unitaire du thylakoïde est riche en lipides insaturés lui conférant une très grande fluidité. Elle montre des protubérances qui émergent de la couche lipidique, à savoir :

1°) des unités carrées de 15 nm de côté, transmembranaires. Ce sont les complexes protéiniques du photosystème deux (PS II). Ils jouent un rôle de capteurs de photons (énergie solaire). Ils contiennent environ 300 molécules de chlorophylle et environ 50 de pigments caroténoïdes implantées par leur pôle hydrophobe dans la couche lipidique de la membrane unitaire. Ces unités carrées sont associées en un réseau serré, surtout dans les zones d'empilement des thylakoïdes. 2°) des unités plus petites de 8 nm de Ø, transmembranaires aussi, ayant un rôle physiologique semblable. Elles constituent les unités du PS I. 3°) des sphères pédicellées (10 nm de Ø) exclusivement situées sur la face stromatique. Ce sont les facteurs de couplage chlorophylliens qui servent à la synthèse d'ATP (tout comme dans la mitochondrie) et dont le fonctionnement sera également étudié en physiologie;

La répartition de ces trois éléments est variable sur la membrane: les PS I se situent

partout, les PS II uniquement là où les thylakoïdes s'accolent, les facteur de couplage, là où il n'y a pas de PS II. Le stroma incolore, montre une infrastructure voisine de celle des mitochondries. Il possède en plus des gouttelettes lipidiques et quelques grains d'amidon. On y a mis aussi en évidence des ribosomes à l'état libre. L'analyse chimique des chloroplastes donne en moyenne les résultats suivants :

- eau : 50 %,

- protéines : 25 % (protéines de structure et enzymes),

- lipides : 15 % (gouttelettes et membranes),

- glucides : en quantité variable selon l'âge physiologique de la plante,

- chlorophylle : 3 %,

- caroténoïdes : 2 % (carotène, lycopène et xanthophylle),

- ARN: 1 %, ADN: 0,5 % : d' aspect voisin de celui de la mitochondrie,

- ions minéraux : Mg, Fe, Cu, Mn, Zn,

- coenzymes accepteurs d'hydrogène : NADP+, cytochromes f et b 6

,

Le rôle des chloroplastes est essentiel à la survie de la Terre: les thylakoïdes sont spécialisés dans la phase claire de la photosynthèse qui transforme l'énergie lumineuse solaire en énergie chimique sous forme d'ATP et de NADPH. Le stroma utilise cette énergie pour diverses synthèses: synthèse des glucides, des acides gras, réduction des nitrates et sulfates, synthèse des acides aminés. Les produits sont mis à la disposition non seulement du reste de la plante, mais de l'ensemble des autres êtres vivants. Ils sont donc les producteurs primaires de toutes les pyramides nutritionnelles.

AUTRES PLASTES

Il existe d'autres types d'organites semblables aux chloroplastes dans les cellules

végétales, appelés plastes. Les plastes de la cellule adulte présentent divers aspects selon la nature des substances qu'ils élaborent ou contiennent. Outre les chloroplastes, on distingue :

- les amyloplastes (et leucoplastes) qui élaborent et stockent l'amidon ;

- les chromoplastes qui renferment des pigments caroténoïdes: la xanthophylle (jaune), le carotène (rouge-orange) et le lycopène (rouge). Ce sont les chromoplastes qui sont responsables de la coloration particulière de certaines fleurs (Renoncule, Souci), de certaines

racines (Carotte), de certains fruits (Tomate) et des diverses teintes des feuilles en automne.

- les protéoplastes et les oléoplastes qui accumulent des protéines et des lipides (qui sont fabriqués ailleurs dans la cellule). Tous les plastes possèdent une double membrane, et des acides nucléiques, comme les chloroplastes et les mitochondries (qui ne sont cependant pas considérées comme des plastes). Les plastes proviennent tous de proplastes (que l'on trouve dans le zygote) ou

d'autres plastes, par partition. Des interconversions entre plastes sont possibles. Un chloroplaste peut par exemple se transformer en chromoplaste. Il existe une très étroite collaboration entre l'ADN des plastes et celui du noyau car sa taille est suffisante pour coder les ARNt et ARNr nécessaires, mais ne peut coder qu'un tiers des protéines présentes. Cette interdépendance est à mettre en relation avec le problème de l'origine des plastes. Selon l'hypothèse de MERESCHKOWSKI (1905), les plastes seraient des ex- procaryotes vivant en symbiose avec une cellule eucaryote incapable de photosynthétiser. Cette hypothèse ne s'est développée que vers les années 60, quand des arguments biochimiques lui donnèrent du poids. On retrouve la même forme circulaire de l'ADN, l'absence de nucléosomes, la similitude des ribosomes, le même mode de transcription, une sensibilisé aux mêmes inhibiteurs de synthèse chez les plastes et les bactéries. Mais il ne s'agirait pas d'une simple relation de symbiose puisque l'ADN des plastes est 20 à 30 fois plus petit que celui des bactéries, nettement insuffisant pour assurer son autonomie; qu'il possède des introns, caractéristiques de l'ADN des eucaryotes et qu'il y a eu des échanges entre le noyau et le plaste puisqu'on y retrouve des séquences communes. Il faut donc parler de co- évolution plus que de symbiose. Des considérations identiques amènent à penser que les mitochondries seraient aussi des bactéries oxydantes ayant co-évolué avec des cellules eucaryotes fermentantes.

5. LE NOYAU

Le noyau est l'élément intracellulaire découvert en premier lieu par R. BROWN en 1835, dans les cellules des orchidées. Son rôle est primordial dans les processus héréditaires ainsi que dans le contrôle de la synthèse des protéines. Il subit de profondes transformations cycliques. Nous considérons ici le noyau en interphase, dit "au repos", ou "quiescent", quand la cellule n'est pas en division. En réalité, cette période correspond à une période d'intense métabolisme.

5.1. NOMBRE, FORME, DIMENSION, COMPOSITION CHIMIQUE

Nombre : Rappelons d'abord que les organismes primitifs, les Procaryotes ne possèdent pas de noyau "vrai", mais simplement une masse d'ADN baignant directement dans leur cytoplasme. Le noyau des Eucaryotes constitue une acquisition de l'évolution. Chez les Eucaryotes, chaque cellule possède en général, un noyau. Certains eucaryotes inférieurs et certains tissus en possèdent deux (cellules à dicaryons des champignons supérieurs, certaines cellules du foie ou du cartilage) ou même plusieurs (structure

articulaire de certaines algues, des fibres musculaires striées, structure symplastique de

Enfin, les cellules dépourvues de noyau (globules rouges,

certains champignons

plaquettes) sont d'anciennes cellules nucléées chez lesquelles le noyau, devenu inutile, a disparu lors de la différenciation (spécialisation) de la cellule. 2° Forme : En général, le noyau est de forme sphérique ou ovoïde mais peut devenir, ellipsoïde, fusiforme ou irrégulier (comme dans certains globules blancs), suivant la forme et la fonction de la cellule elle-même.

).

Dimension : La dimension des noyaux est fort variable et proportionnelle à la taille des

cellules. Le diamètre varie de 1 à 2 µm (levures) à plus de 450 µm (oosphères de certains Gymnospermes). Chez les végétaux et les animaux supérieurs, il varie de 5 à 15 µm. De plus, la taille du noyau varie au cours du cycle cellulaire. Composition chimique (à titre d'information): en % du poids sec, l'analyse chimique du noyau révèle des protéines (80%), des phospholipides (1%), de l'ADN (10%), de l'ARN

( 4%), des ions (Ca ++ , Mg ++ , Na +

L'ADN et l'ARN sont colorés intensément par l'hématoxyline et d'autres colorants utilisés en cytologie et en histologie, qui donnent une couleur particulière au noyau.

).

5.2. L'ENVELOPPE NUCLEAIRE

Au microscope optique, elle apparaît comme une mince pellicule continue séparant le noyau du cytoplasme. Le microscope électronique montre que l'enveloppe nucléaire est constituée de deux membranes de type unitaire. Elles sont séparées par l'espace périnucléaire, espace clair, variable en épaisseur (de 10 à 100 nm). L'enveloppe nucléaire est caractérisée par sa porosité, à l'opposé des membranes des organites qui sont continues. Elle est percée de pores dont le nombre varie, mais qui augmente avec l'activité de la cellule (environ 40 à 80 par µm 2 , leur surface totale peut atteindre 25% de l'enveloppe nucléaire). Les pores sont de réelles ouvertures dans la membrane, qui mettent en contact direct le cytoplasme et le nucléoplasme. Ils sont constitués d'un canal aqueux d'environ 10 nm de Ø, entouré sur chacune des faces de l'enveloppe d'un complexe protéinique du pore, constitué de 8 sous-unités d'environ 20 nm, disposées en octogone. Les pores peuvent s'ouvrir et se fermer, pour laisser passer des particules plus larges que l'orifice. Au niveau des complexes du pore, les membranes externe et interne sont en contact, bien qu'elles restent chimiquement distinctes. La membrane externe est en relation directe avec le RE dont elle a d'ailleurs une composition proche. Sa face externe est très souvent recouverte de ribosomes. La membrane interne est recouverte sur sa face interne d'une épaisse couche de protéines, la lamina (±60 nm chez les animaux) qui aurait le double rôle de garder la forme générale du noyau et d'accrocher la chromatine déployée à certains points fixes. L'espace périnucléaire est en continuité avec les cavités du RE. Il semble donc que la membrane nucléaire ne soit qu'une portion spécialisée du RE destinée à confiner en un endroit du cytoplasme les molécules d'ADN déployées afin d'éviter qu'elles ne s'entremêlent et ne se cassent, tout en maintenant la possibilité des échanges nombreux et indispensables de grosses molécules avec le cytoplasme (ARN, ribosomes, enzymes

5.3 LES NUCLEOLES

Le noyau "au repos" contient un ou plusieurs nucléoles. Ils sont présents durant l'interphase et disparaissent au cours de la mitose. Au microscope photonique, les nucléoles apparaissent comme des globules très réfringents, de forme sphérique ou ovale, de 1 à 5 µm de Ø. Leur taille est d'autant plus grande que l'activité cellulaire est grande. Ils ont l'aspect d'une masse dense. Le microscope électronique montre que le nucléole ne possède pas de membrane propre. Il présente l'aspect d'une éponge. On peut y observer deux zones différentes : une zone fibrillaire et une zone granulaire de répartition très variable. La zone fibrillaire est

constituée de nombreux filaments d'ADN et de milliers de fibrilles (de 20 à 40 nm de long et de 4 à 8 nm de Ø) disposées perpendiculairement à ces ADN, et constituées des molécules d'ARN en cours de synthèse. La zone granulaire est formée de ribonucléoprotéines semblables, en dimension et en densité, aux ribosomes du cytoplasme. Le rôle du nucléole a été démontré par l'expérience suivante: il existe une souche mutante de crapaud Xenopus laevis qui, au lieu de posséder deux nucléoles par noyau, n'en possède qu'un seul. Si on croise deux de ces mutants, les embryons obtenus constituent une population dont 25% possèdent des noyaux à deux nucléoles, 50% des noyaux à un nucléole, 25% des noyaux sont anucléolés. Ces derniers meurent quatre jours après l'éclosion, et on peut constater par marquage radioactif à l'uridine tritiée qu'ils ne synthétisent que l'ARN m et l'ARN t . Ils ont perdu la possibilité de fabriquer l'ARN ribosomial et ne peuvent utiliser durant

leur courte vie pour la synthèse de leurs protéines, que les ribosomes provenant de l'oeuf. Le nucléole est donc l'endroit où se synthétisent les milliers de ribosomes de la cellule: l'information est contenue à plusieurs endroits sur la chromatine des chromosomes organisateurs nucléolaires. La zone fibrillaire est constituée de ces morceaux d'ADN sur lesquels se synthétisent les molécules d'ARNr. Ceux-ci sont alors assemblés sur place, grâce à des protéines en provenance de l'extérieur via les pores, en préribosomes (zone granulaire), achevés et transitent alors vers le cytoplasme, par les mêmes pores, pour y fonctionner. Il n'est donc pas étonnant que le nucléole disparaisse pendant la mitose: l'ADN étant incorporé aux chromosomes, aucun préribosome nouveau n'est assemblé et ceux qui sont terminés sortent du noyau. De même en fin de mitose, l'ADN redevenant disponible, les nucléoles apparaissent toujours aux mêmes endroits. Il y a ainsi 10 organisateurs nucléolaires chez l'homme, donc 10 petits nucléoles en début d'interphase, qui fusionnent très rapidement en un seul.

La composition chimique des nucléoles est la suivante:.

a) des protéines (90% du poids sec) : complexes enzymatiques nécessaires à la synthèse d'ARN, histones liées à l'ADN, protéines des ribosomes.

b) de l'ARNr en concentration fort importante (5 à 8 %), réparti dans les zones fibrillaires et granulaires.

c) de l'ADN, localisé au coeur des zones fibrillaires, comme déjà signalé plus haut.

5.4 LA CHROMATINE

La chromatine est un complexe biochimique formé de nucléoprotéines à ADN. Nous avons vu précédemment, la structure proposée pour la nucléoprotéine à ADN. Celle-ci se présente sous la forme d'un collier de nucléosomes formés chaque fois de 2x4 histones, entourés par une molécule d'ADN. La chromatine est un stade de condensation plus élevé: les nucléosomes s'enroulent selon une super-hélice d'un Ø de 25 à 30 nm et d'un pas de

10 nm. On suppose qu'il y a 6 à 10 nucléosomes par tour de spire et que l'histone H 1 ainsi que

les ions calcium stabiliseraient cet édifice moléculaire. Lors de la division nucléaire, la chromatine subit des condensations supplémentaires qui conduisent à la forme compacte du chromosome. La chromatine apparaît sous forme dispersée appelée euchromatine et sous forme condensée appelée hétérochromatine. L'euchromatine est assimilée à la fraction "active" de l'ADN qui code les protéines nécessaires à la cellule à ce moment là. L'hétérochromatine, plus condensée, se colore plus facilement. Elle est généralement inactive au point de vue génétique et est constituée en partie de séquences répétitives dont on ne connaît pas la fonction exacte. Une forme particulière d'hétérochromatine est la chromatine sexuelle ou corpuscule de BARR visible dans l'espèce humaine. Elle se présente sous forme d'une lentille biconvexe de ±1µm de Ø accolée au nucléole ou à la membrane nucléaire. Elle provient de la condensation et de l'inactivation d'un des deux chromosomes X chez la femme normale. Son observation est très utile pour la confirmation d'anomalies héréditaires. L'homme normal, ne possédant qu'un seul chromosome X, ne montre pas cette chromatine sexuelle. Rappelons enfin que la chromatine s'accroche régulièrement à la membrane nucléaire au niveau des protéines de la lamina.

5.5 LE NUCLEOPLASME

Le nucléoplasme ou suc nucléaire ou matrice nucléaire est la substance fluide et homogène qui remplit le reste de la cavité nucléaire. Le microscope électronique montre parfois de très fins granules ou filaments dont on ne connaît actuellement ni la constitution chimique, ni la structure physique. Le nucléoplasme contient la machinerie enzymatique et les matériaux (nucléotides libres, importés du cytoplasme) pour fabriquer les acides nucléiques et les assembler en nucléoprotéines.

5.6 LA FONCTION DU NOYAU

Le noyau contrôle le fonctionnement et la morphologie de la cellule. Une ancienne expérience l'avait déjà montré :

Par micromanipulation on peut sectionner une amibe: un petit fragment contenant le noyau, l'autre étant anucléé. Le fragment nucléé continue à vivre. Il peut s'accroître et se multiplier. Le fragment anucléé arrête quasi instantanément ses mouvements; il peut encore ingérer quelques proies, mais elles ne sont pas assimilées; la synthèse des protéines s'arrête, puis la

respiration; il meurt après quelques jours, sans avoir pu s'accroître. Si on greffe un noyau au cytoplasme anucléé, le fragment reprend son activité. Le noyau est en quelque sorte l'ordinateur central de la cellule: c'est là, sous forme d'ADN, qu'est stockée toute l'information génétique caractéristique de l'organisme. Une partie de cet ADN est recopiée (transcrite) dans le noyau en ARN qui permettront la synthèse des protéines. Cette synthèse est strictement contrôlée au niveau du noyau grâce à de nombreuses informations qui sont transmises au noyau par l'intermédiaire de protéines régulatrices qui passent par les pores.

6. PAROI ET MATRICE EXTRACELLULAIRE

La membrane plasmique est relativement fragile. Dans de nombreux types cellulaires, elle est doublée à l'extérieur d'une couche protectrice dont la composition varie considérablement d'un règne à l'autre. Les cellules végétales et les bactéries possèdent une couche protectrice continue épaisse, autour de toutes les cellules. Cette couche est appelée la paroi. Sa composition et sa structure sont très différentes chez les végétaux (polysaccharides) et chez les bactéries (peptidoglycans). Certains protistes et les mycètes possèdent également une paroi. Les cellules animales ne possèdent pas de paroi. La membrane plasmique de certaines cellules n'est séparée du milieu extracellulaire ou de la cellule voisine que par le glycocalyx, cette mince couche de sucres liés de façon covalente aux lipides et protéines membranaires. Les cellules qui bordent les cavités et les vaisseaux (épithélium) sont directement accolées les unes aux autres. Un gel appelé matrice extracellulaire collent entre elles les cellules à l'intérieur des tissus. Cette matrice extracellulaire est composées de glycoprotéines (collagène) et de protéoglycans (polysaccharides couplés à des protéines). La structure de la matrice extracellulaire autorise les cellules animales à migrer au sein de l'organisme, ce qui est exclus dans les êtres vivants dotés de parois rigides, qui emprisonnent les cellules.

LA PAROI VEGETALE

La paroi primaire

Quand une cellule végétale se divise, les deux nouvelles cellules sont d'abord séparées par un fine couche de pectine (polyholoside) dénommée lamelle mitoyenne. Puis le cytoplasme de ces cellules contiguës synthétise rapidement, chacune pour son propre compte,

une mince pellicule de cellulose qui se dépose sur la lamelle mitoyenne. L'ensemble de cette triple couche est dénommé paroi primaire. Lorsque la cellule grandit, la paroi primaire subit un étirement considérable. La rupture est évitée car le cytoplasme synthétise de nouvelles molécules qui s'incorporent à la paroi existante. En outre, au cours de l'étirement, la plasticité de la paroi est favorisée par une hormone dénommée auxine. La structure de la paroi ressemble à celle d'un plastique armé: des fibrilles de cellulose sont enrobées dans une matrice amorphe. L'armature est formée de cellulose. La cellulose est un polymère difficilement hydrolysable pouvant contenir jusqu'à plusieurs dizaines de milliers de glucoses liés en ß1- >4, ce qui, contrairement à l'amidon, lui donne une forme en ruban plat. Plusieurs molécules de cellulose s'associent latéralement par de multiples ponts hydrogène pour former des microfibrilles. La cellulose est synthétisée au niveau du plasmalemme et se dépose en un feutrage lâche, non ordonné, parallèlement à la surface de la cellule. La matrice amorphe, qui "colle" le tout, est composée de pectines, polymères en zigzag, d'hémicelluloses, polymères ramifiés de glucides de nature variable et de protéo- glucanes. Ces éléments sont synthétisés dans le cytoplasme et déversés à l'extérieur par les vésicules golgiennes. Ces polymères sont assez facilement hydrolysables.

La paroi secondaire

Lorsque la cellule a atteint sa taille définitive, le cytoplasme des cellules de certains tissus élabore de nouvelles molécules de cellulose qui se déposent en couches successives sur chaque face de la paroi primaire (phénomène d'apposition). L'ensemble de ces couches constitue la paroi secondaire. Son épaisseur est très variable et peut même remplir la quasi totalité de la cavité cellulaire. Chaque couche est formée d'un réseau de fibrilles de cellulose disposées parallèlement à la surface de la cellule et parallèlement entre elles dans une même couche. Mais d'une couche à l'autre, l'orientation est différente, ce qui donne à l'ensemble de la paroi secondaire l'aspect et la solidité du contre-plaqué tout en lui gardant une certaine élasticité.

Les modifications secondaires de la paroi cellulaire

La consolidation des parois Les parois des cellules spécialisées dans le soutien (fibres, sclérites

vont s'imprégner de

lignine. La lignine est un polymère (polyphénols) réticulé. Elle est inextensible et pratiquement non hydrolysable. La lignification commence aux endroits les plus fragiles, c'est-à-dire aux angles des cellules, au niveau de la couche pectique, puis se propage à

)

l'ensemble de la paroi primaire, puis des parois secondaires contiguës. Elle solidarise l'ensemble des cellules lignifiées en un bloc solide qui devient du bois. Certaines parois vont s'imprégner de silice ou de calcaire (SiO 2 ou CaCO 3 ) surtout au

niveau de l'épiderme (fougères).

L'imperméabilisation des parois La cutine, polymère hydrophobe en réseau, chimiquement proche des lipides, imprègne la paroi externe des épidermes, les rend plus ou moins imperméables selon sa densité et s'oppose ainsi à une trop grande déperdition d'eau par la plante ainsi qu'aux agresseurs véhiculés par le vent (poussières abrasives, microorganismes). La cire, formée d'esters d'alcools et d'acides à poids moléculaire élevé, forme une couche imperméable s'appliquant sur l'épiderme, cutinisé ou non (ex. : la "peau" de certains fruits, les feuilles de plantes "grasses"). La subérine, substance proche de la cutine, se dépose à l'intérieur des parois et imperméabilise l'endoderme des racines et les tissus protecteurs secondaires (liège).

La dissociation des parois Dans certaines circonstances (chute des feuilles, maturation des fruits), les composés hydrolysables de la matrice (pectines et hémicelluloses) peuvent être dépolymérisés enzymatiquement. Les cellules deviennent alors partiellement ou totalement libres les unes par rapport aux autres. C'est entre autres ce que l'on observe dans un fruit "juteux".

Les rôles de la paroi

Les végétaux ayant opté pour une stratégie évolutive extensive, le rôle de la paroi est d'abord un rôle de soutien : assurer la rigidité de l'ensemble de la structure. La paroi secondaire répond déjà en partie à cet objectif. D'autres modifications secondaires (lignification, minéralisation) vont accroître cette efficacité. Le second rôle essentiel de la paroi végétale est la protection, spécialement pour les parois externes des cellules épidermiques. Là aussi des modifications secondaires (imper- méabilisation) vont réaliser cet objectif. Mais à l'intérieur d'un tissu, le volume compris entre les membranes plasmiques de deux cellules voisines, qui contient la paroi cellulaire, a encore d'autres rôles. Il contient beaucoup d'eau, jusque 70%. Il est donc le lieu de transit de nombreuses molécules, dont les sels minéraux, les glucides, les hormones et certaines molécules de défense. La paroi d'une cellule ressemble donc plus à un buvard ou un essuie-tout qu'à une feuille de papier glacé.

Les espaces intercellulaires

Dans un tissu végétal jeune toutes les cellules sont bien accolées les unes aux autres et ne laissent entre elles aucun espace libre. Plus tard, au cours de l'accroissement cellulaire, la pression vacuolaire interne tend à arrondir les angles des cellules. La lamelle mitoyenne pectique est hydrolysée et la paroi primaire propre à chaque cellule s'arrondit aux angles des cellules, laissant un espace libre intercellulaire dénommé méat. Les lacunes sont des cavités intercellulaires plus grandes que les méats et proviennent de la confluence de deux ou plusieurs méats contigus ou de la destruction, de la lyse, de cellules au sein d'un tissu. Les lacunes et les méats forment un réseau continu, intercellulaire et constituent l'atmosphère interne de la plante. C'est par eux que circulent les gaz (O 2 ,CO 2 ,N 2 ) dans la plante.

7. LES COMMUNICATIONS ENTRE CELLULES

Les communications entre cellules végétales :

ponctuations et plasmodesmes

Les couches secondaires de cellulose ne se déposent pas uniformément sur les parois primaires. Elles y dessinent parfois des motifs précis (vaisseaux annelés, spiralés, collenchyme angulaire, etc De plus, même quand l'épaississement semble continu, on constate que les parois cellulaires sont, en réalité, percées de petits orifices dénommés ponctuations. Celles-ci proviennent de ce que les couches successives d'apposition ont toutes respecté certaines plages, formant ainsi, vues de profil, de petits canaux qui débouchent dans la cavité cellulaire mais qui apparaissent fermés au niveau de la paroi primaire. Vus de face, ces canaux apparaissent comme des petits points, d'où leur nom de ponctuations. Généralement, les ponctuations sont doubles. L'apposition des couches secondaires dans deux cellules contiguës se déroule en respectant les mêmes plages de sorte que les cavités cellulaires ne sont séparées en ces endroits que par la paroi primaire commune, de très faible épaisseur. Au fond de chaque ponctuation, la paroi primaire est percée d'une multitude de canalicules très fins dénommés plasmodesmes. Ceux-ci sont des manchons cylindriques limités par la membrane cellulaire des deux cellules contiguës. Dans le lumen étroit de chaque canalicule passent un ou plusieurs filaments très fins qui sont en contact avec les diverticules du RE. Il y a donc continuité de la membrane plasmique et du RE de cellule à cellule. Ces observations sont importantes car les tissus de plantes supérieures ne constituent plus alors un ensemble de cellules indépendantes et autonomes, mais bien une association de cellules communiquant entre elles.

8. LA DIVISION CELLULAIRE

L'axiome de VIRCHOW (1845) "Omnis cellula e cellula" ou "toute cellule provient d'une cellule" est toujours considéré comme valable. Tout organisme pluricellulaire est issu de divisions répétées d'une seule cellule initiale : la cellule-oeuf. Chaque division doit assurer la répartition régulière de tous les constituants cellulaires et le compartimentage de la cellule.

Toute cellule suit donc un cycle au cours duquel on trouve les phases suivantes, quel que soit l'être vivant concerné:

1) le doublement des constituants cellulaires. Il se déroule pendant l'interphase; 2) la division du noyau en deux noyaux-fils : c'est la mitose (du grec mitosis = filament) ou caryocinèse; 3) la division de la cellule en deux cellules-filles : c'est la cytocinèse. Le mécanisme de division cellulaire est très semblable chez tous les eucaryotes. Nous verrons plus loin les quelques différences existant entre les règnes. Le matériel le plus favorable pour l'étude de la mitose, (mitose somatique), est la pointe de jeunes racines de plantes en croissance, où les divisions nucléaires et cellulaires sont nombreuses et les noyaux de grande taille. Les cellules somatiques forment l'ensemble des cellules de l'organisme (le soma), à l'exclusion des cellules sexuelles ou cellules germinales (le germen).

La cellule-oeuf ou zygote provient de la fécondation, c'est-à-dire de la fusion des deux cellules spéciales appelées gamètes. Si chaque gamète contient n molécules d'ADN correspondant aux chromosomes, la garniture chromosomique du noyau du zygote est donc constituée d'un nombre diploïde (2n) de chromosomes, dont la moitié (n) provient du parent paternel et l'autre moitié du parent maternel (au moment de la fécondation). Hormis les chromosomes sexuels, les chromosomes provenant du père et ceux provenant de la mère sont morphologiquement identiques deux à deux et forment des paires de chromosomes homologues. Nous reviendrons sur ces notions. Les cellules diploïdes humaines possèdent environ 1,8 m d'ADN réparti en 46 morceaux, correspondant aux 46 chromosomes. Cet ADN est contenu dans le noyau dont le diamètre est souvent inférieur à 10 µm. Après duplication, c'est 3,6 m d'ADN qui sont dans le noyau, et qu'il faudra répartir en deux héritages égaux, sans faire de nœud ni rien casser ! La clé de la réussite de cet exploit par la cellule en division réside dans le compactage des molécules d'ADN dupliquées en chromosomes qui sont réduits à quelques micromètres de longueur lors de la mitose. Le déroulement du cycle cellulaire s'opère de façon continue. Sa durée est très variable: de moins d'une heure (jeunes embryons de têtards) à plus d'un an (foie d'homme)

mais oscille généralement autour d'une journée. La mitose dure généralement de 1 à 2 heures et c'est la durée très variable de l'interphase qui détermine si le tissu est fort actif ou au repos.

8.1. L'INTERPHASE

Les cytologistes ont longtemps cru que l'interphase était une période de repos parce qu'ils n'y décelaient aucune modification importante au microscope. En fait, dans la vie d'une cellule, l'interphase constitue la période la plus féconde. C'est durant cette période que la cellule se fabrique! Elle double le nombre de ses constituants et surtout elle dédouble le stock d'information (ADN) dont elle dispose. Le noyau, soit disant en état de repos, est le lieu d'une activité métabolique intense; le cytoplasme possède également une activité biochimique maximale. Durant l'interphase, le noyau augmente de taille.

L'interphase se décompose en trois phases dénommées G1, S, G2.

1° la phase G1 ("gap" = hiatus) a une durée variable selon le type de cellule; elle est de courte durée chez les mammifères (de 4 à 10 heures) mais encore plus raccourcie, voire nulle chez les cellules cancéreuses. Durant cette phase la quantité d'ADN reste constante. La synthèse d'ARNm se réalise à partir d'euchromatine et permet une intense synthèse des protéines cellulaires.

2° la phase S a une durée constante de 5 à 8 heures. On assiste à la duplication de la molécule d'ADN. La quantité d'ADN double. La synthèse d'ARNm se poursuit.

3° la phase G2 commence dès que la duplication de l'ADN est terminée et dure aussi de 5 à 8 heures. La quantité d'ADN est double de celle observée en G1. La synthèse d'ARNm se poursuit. Dans les cellules animales, le centrosome (constitué de deux centrioles) est dupliqué. Certains agents antimitotiques, tels que les antimétaboliques, les agents alkylants, certains colorants (proflavine) peuvent bloquer les cellules en phase G2 .

Par rapport à l'interphase, l'ensemble de la caryocinèse ne constitue en fait "que" le partage et la répartition en deux lots identiques de l'information contenue dans le noyau. Si l'on réserve le terme interphase à la période qui s'écoule entre deux mitoses successives, on parle de noyau "au repos" ou "quiescent" quand celui-ci n'est destiné qu'à se diviser beaucoup plus tardivement, voire plus du tout. On parle parfois de phase G0 pour les cellules qui ont arrêté de se diviser.

8.2. LA REPLICATION DE L'ADN

Pour qu'un individu puisse se développer, il est indispensable que chaque cellule possède le stock complet et intact des informations. L'ADN des chromosomes est porteur de ces informations. Nous en verrons la démonstration en Génétique. Chaque molécule d'ADN constitue une molécule codée dans laquelle la succession des bases possède un sens bien précis et univoque. Toute variation dans l'ordre des nucléotides produit une information différente. Pour qu'un individu transmette, depuis l'oeuf fécondé jusqu'aux cellules reproductrices, l'ensemble des caractères qu'il a reçu de ses parents, il faut qu'à chaque génération cellulaire, chacune des deux cellules filles emporte une copie conforme de l'information (ADN) que la cellule oeuf a reçu de chacun des parents lors de la fécondation. Le mécanisme de l'autoreproduction de l'ADN se déroule de la manière suivante (il avait déjà été suggéré par WATSON et CRICK en 1953) :

Dans un premier stade, il y a rupture des ponts hydrogène liant les paires de bases qui forment les barreaux de l'échelle, ce qui provoque la séparation des deux demi échelles. Dans le deuxième stade, chaque demi échelle sert de matrice, de moule pour reconstituer la demi échelle complémentaire à partir des désoxynucléotides libres présents dans le noyau (dATP, dGTP, dCTP, dTTP) et d'enzymes appelées ADN-polymérases. Ceci est possible grâce à la complémentarité des couples A-T et C-G. L'ADN-polymérase utilise des désoxynucléotides triphosphates, et non des désoxynucléotides monophosphates. La rupture de deux liaisons phosphates fournit l'énergie nécessaire à la formation de la liaison entre désoxynucléotides dans la molécule d'ADN. Notons que l'hydrolyse de l'ADN ne fournit que des désoxynucléotides monophosphates.

La duplication est qualifiée de "semi-conservative" parce que chaque nouvelle molécule d'ADN est formée d'un montant de l'ancienne molécule et d'un montant nouvellement synthétisé. Ce mécanisme a été prouvé expérimentalement (TAYLOR, 1957), grâce à l'emploi de traceurs radioactifs et à la technique de l'histoautoradiographie. TAYLOR fit croître des radicelles de lis (Bellavalia romana) dans une solution nutritive normale contenant de la désoxythymidine (désoxynucléoside précurseur que l'on ne retrouve que dans l'ADN). Il les transfère alors dans un milieu contenant de la désoxythymidine radioactive (marquée par le tritium radioactif 3 H), où elles continuent leur croissance pendant un cycle cellulaire. Après avoir lavé les racines, il les replace dans un milieu normal. Au cours de l'expérience, il prélève à intervalles réguliers des pointes de racines dans lesquelles il exécute des coupes transversales.

L'observation directe des molécules d'ADN elles-mêmes est impossible. Ce sont les chromosomes en métaphase qui sont évidemment observés .

Dans le premier milieu normal, toutes les cellules contiennent des chromosomes normaux. Dans le milieu marqué, on constate après une génération cellulaire, que les deux chromatides de tous les chromosomes de chaque cellule sont radioactives. Replacées dans le milieu normal, après une nouvelle génération cellulaire, on constate en métaphase, que chaque chromosome possède une chromatide marquée et une qui ne l'est pas.

L'explication de ces observations est la suivante:

Dans le milieu normal, la duplication de la molécule d'ADN donne deux molécules identiques et "normales", puisque les deux demi échelles sont synthétisées à partir de nucléotides libres, "normaux". Les deux chromatides de chaque chromosome sont donc normales. Dans le milieu marqué, chaque nouvelle demi échelle complémentaire est radioactive puisqu'elle contient des nucléotides radioactifs. Comme il est tout à fait impossible de distinguer les deux montants de l'échelle (l'ancien et le nouveau), chaque molécule d'ADN donc les deux chromatides de chaque chromosome apparaissent radioactives. En milieu normal enfin, la molécule radioactive, en provenance du milieu précédent se duplique et, de ses deux demi échelles, l'une est radioactive et l'autre pas. Comme les deux demi échelles complémentaires synthétisées ne contiennent pas de thymine tritiée, une des nouvelles molécules d'ADN demeure "marquée", l'autre pas. Cela revient à observer que pour chacun des chromosomes, une chromatide est marquée, l'autre pas. En fait, il y avait trois hypothèses explicatives de la duplication: la duplication conservative dans laquelle l'ancienne molécule d'ADN est conservée intacte tandis que la nouvelle chromatide est construire entièrement, l'hypothèse semi-conservative expliquée plus haut et l'hypothèse non conservative ou dispersive selon laquelle l'ancien ADN était complètement démonté et les morceaux réutilisés pour fabriquer deux nouvelles molécules d'ADN. L'intérêt méthodologique de l' expérience de TAYLOR résidait dans le fait que les 3 hypothèses auraient conduit à trois observations différentes sur les chromosomes et permettait d'en déduire ce qui se passait dans la molécule d'ADN sans confusion possible. Ces résultats ont été confirmés l'année suivante par MESELSON et STAHL par marquage à l'azote lourd 15 N de l'ADN de bactéries.

Comment se déroule la duplication ?

On a d'abord admis que le phénomène de duplication débutait à une des extrémités et se propageait jusqu'à l'autre extrémité, à la manière d'une fermeture éclair aux crochets dissymétriques. Cette hypothèse a été vite abandonnée car incompatible avec la vitesse mesurée du phénomène. Les mécanismes ont été découverts chez les bactéries, puis confirmés chez les êtres supérieurs.

La duplication s'effectue simultanément en de nombreux points appelés réplicons (on estime leur nombre à 20 000 chez les mammifères!). En outre, la duplication est bidirectionnelle: elle progresse simultanément dans les deux sens sur chaque brin de l'ADN vers les réplicons voisins. Le premier point a été démontré en plaçant les cellules en phase S dans un milieu contenant de la thymidine tritiée pendant un court instant: chaque chromosome apparaît marqué en de nombreux sites qui sont autant de réplicons. La longueur des segments chromosomiques marqués permet d'estimer la vitesse de la duplication à ± 1µm/minute (chez les bactéries: 20 µm/min). Le second point est démontré en effectuant deux marquages successifs, l'un avec une faible concentration, l'autre avec une forte concentration en thymidine tritiée. Sur une autoradiographie, des images montrent que, de part et d'autre du réplicon, la chaîne d'ADN est sur une certaine longueur, d'abord faiblement radioactive, puis fortement radioactive; ce qui correspond aux deux marquages successifs.

Cette duplication bidirectionnelle observée au microscope est en contradiction avec les données biochimiques. En effet, les d