Medline

http://pubmed.gov

LARDY Jean-Pierre
URFIST de LYON - UCBL
DADI : http://dadi.enssib.fr
Maj : septembre 2007

I - Présentation générale

Domaines couverts : ensemble des domaines des sciences biomédicales et la santé, incluant
des parties des sciences de la vie, les sciences du comportement, les sciences chimiques et la
bio-ingénierie.

Sources : L’Index Medicus (forme papier créée en 1879, arrêtée avec l’édition de Déc 2004),
produit par la NLM – National Library of Medicine, signalait la littérature de 3 799 journaux
(avril 2002). La base de données Medline a débuté dans les années 60. Actuellement il
n’existe plus que la base de données qui donne accès aux références des 5 164 journaux
indexés en Janvier 2007 à l’adresse suivante1. Ces journaux proviennent de plus de 70 pays,
dans 30 langues dont environ 80 en français.

PubMed inclut en plus des références de Medline :

• Des références hors domaine biomédical (exemple des articles concernant les plaques
tectoniques ou l'astrophysique) provenant de revues orientées sciences en général ou
chimie dont les articles dans le domaine biomédical sont indexés dans MEDLINE.
• Des références dont la date de publication précède la date d'entrée dans MEDLINE.
• Des références très récentes non encore indexées avec les MeSH Terms (en cours
d'indexation par la NLM), pré-citations de la base MEDLINE fournies par les éditeurs
partenaires.
• Quelques revues des sciences de la vie disponibles en texte intégral par
PubMedCentral2 archives numériques gratuites ayant reçu l'accord de la NLM.

Pour limiter les références à la seule base Medline, allez dans Limits de PubMed et choisir
MEDLINE dans le menu Subsets. Les références antérieures de 1950 à 1965 sont disponibles
maintenant dans Pubmed.

Langue : majoritairement en anglais

Volume : plus de 17 millions de références
Période couverte : depuis les années 1950
Mise à jour : depuis 2002 mise à jour quotidienne
Consultation gratuite
http://www.pubmed.com ou http://pubmed.gov/
1
http://www.nlm.nih.gov/tsd/serials/lji.html
2
http://www.pubmedcentral.nih.gov

Pubmed-Medline.doc LARDY JP
PubMed est considérée comme une interface élaborée et pertinente. Cependant il existe de
nombreuses autres interfaces d’interrogation et de barres de recherche (toolbars).

II - Indexation

Les références sont classées dans un des trois statuts suivants :

• les références envoyées par voie électronique par un éditeur, mention "PubMed - as
supplied by publisher", pas encore indexées ;
• les références en attente d'indexation, mention "PubMed - in process" ;
• les référence définitives, indexées complètement et vérifiées, mention "PubMed -
indexed for MEDLINE".

L’indexation s’appuie sur le thesaurus MeSH3 (Medical Subject Headings) mis à jour chaque
année. Il en existe une version bilingue4 français-anglais traduite par l’INSERM.
15 catégories principales recouvrent toutes les notions générales. Le vocabulaire contrôlé
contient environ 23 000 termes. La description des articles se fait avec jusqu'à 15 descripteurs
MeSH appelés MeSH terms.

La hiérarchie
Les descripteurs sont hiérarchisés partant de notions larges vers des notions très spécifiques.
Chaque terme a un numéro, le MeSH Tree number. La politique d’indexation consiste à
attribuer les termes MeSH les plus précis.
Il existe des termes obligatoires ou check tags.

L’explosion
L’explosion consiste à effectuer une recherche sur un descripteur et tous ses termes
spécifiques. Elle est automatique pour toutes les recherches. On peut l’éviter en faisant suivre
le terme de : [mh:noexp].

Le mapping
Il consiste à remplacer automatiquement un terme non-MeSH par un terme MeSH. Le but est
d’utiliser le vocabulaire le plus approprié.

La pondération : MeSH Major Topic

Elle permet de mieux cibler une recherche en utilisant les termes MeSH majeurs mais le
nombre de réponses est considérablement réduit.

Les qualificatifs (subheadings)

Les qualificatifs sont des termes appliqués aux descripteurs MeSH afin d'en préciser le sens
d'un point de vue conceptuel. La syntaxe est : terme MeSH/qualificatif.
Ils sont au nombre de 80. Les qualificatifs sont également organisés sous la forme d'une
arborescence. L'explosion les concerne donc également.

Dans le thésaurus MeSH, les spécialités médicales sont bien présentes mais ne désignent
(selon le principe : un concept = un descripteur et un seul) que la spécialité en tant que telle. À
3
http://www.nlm.nih.gov/pubs/factsheets/mesh.html
4
http://ist.inserm.fr/basismesh/mesh.html

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l'inverse de la langue française, le descripteur « cardiologie » ne désigne que la spécialité
exercée par le cardiologue et non les maladies cardio-vasculaires.

III - Interface de recherche

Par défaut, PubMed effectue le mapping des termes et l’explosion des descripteurs. Utilisez
le bouton Details pour voir comment PubMed a transformé votre recherche.
On dispose :
• de la troncature (*)
Annule le mapping et l’explosion
• de la recherche d’expression "" : Phrase searching
Annule le mapping et l’explosion
• par défaut l’opérateur est le ET
• des opérateurs booléens en majuscule et des parenthèses

Limits L'écran affiche la possibilité de limiter une recherche par :

• champs interrogeables (auteur, titre, numéro de page, année de publication, mots clés,
qualificatifs, etc ...)
• une sélection des types de publication (pour consulter la totalité, cliquer sur Index et
choisir le champ Publication Types)
• granches d'âges
• date d'entrée dans PubMed (la mise à jour est quotidienne)
• date de publication
• une sélection des langues (cliquer sur Index et choisir le champ Language)
• espèces (animal, humain)
• sous-ensembles (AIDSLINE sous-ensemble filtré par une stratégie permettant de
n'obtenir que les références sur l'infection à VIH ; MEDLINE seul ; PreMedline ;
Publisher, références fournies par les éditeurs eux-mêmes et majoritairement destinées
à être intégrées dans Medline)
• genre (femelle, mâle)

Résultats
Pour visualiser les documents, cliquer sur Display pour avoir les différents formats :
• Summary : référence classique
• Abstract : idem avec résumé
• Citation : complète avec descripteurs
• Medline permet le transfert des références dans des bases documentaires type Procite,
Endnote, Refworks etc...

La sélection des références se fait en cliquant devant chaque référence souhaitée, puis sur Add
to Clipboard. Consultez ensuite Clipboard pour retrouver les références sélectionnées.

My NCBI
My NCBI permet de sauvegarder des stratégies de recherche que l’on peut relancer
régulièrement pour obtenir des références récentes. Il faut s’inscrire (gratuitement) et obtenir
un mot de passe.

RSS
On peut recevoir sous forme de fils RSS les résultats d’une requête. C’est l’équivalent de la
réception par messagerie à définir dans My NCBI.

Pubmed-Medline.doc LARDY JP
Compléments
Gestion des références
BioMail
http://biomail.sourceforge.net/biomail/biomailfr.html
Selon la périodicité souhaitée, BioMail réalise vos recherches personnalisées sur Medline et
renvoie dans votre mail, au format html, tous les articles récemment actualisés sur Medline.

Publitor (logiciel payant à installer)

http://www.sohocode.com/publitor/

Alertes
PubMed Informer http://pmi.nlm.nih.gov
Service de veille par mots-clés déclinable en alertes mails ou fils RSS

PubMed Alert Me! (logiciel gratuit)

http://amp.pharm.mssm.edu/PubMedAlertMe/

PubCrawler - an Update Alerting Service for PubMed and GenBank (service développé par
le Department of Genetics, Trinity College Dublin, Irelande). Entrez les requêtes Medline et
PubCrawler envoie tous les jours les nouveaux articles référencés dans PubMed.
http://pubcrawler.gen.tcd.ie/

Service d’alertes My NCBI BioMail RSS

Runs updates automatically YES YES YES
Retrieve update results as an email YES YES NO
View abstracts YES YES YES
Format citations for use with EndNote YES YES YES

D’autres interfaces
PubMed Interact http://pmi.nlm.nih.gov/interact/index.php
HubMed http://www.hubmed.org

Bibliométrie
Authoratory http://www.authoratory.com
Authoratory analyse les auteurs indexés dans PubMed et permet très simplement de regarder,
par exemple pour une maladie donnée, quels sont les chercheurs qui ont publié à ce sujet,
année après année, quels sont les premiers auteurs et les autres, de retracer leur réseau social.
Il est aussi possible de rechercher par descripteur et d’identifier les auteurs les plus productifs.

IV - Documentation
http://www.ccr.jussieu.fr/urfist/biolo/bioguide2/medline/medline.htm [Dernière mise à jour en déc 2005]
http://www.u-psud.fr/Biblikb.nsf/formations.htm?OpenPage

PubMed Help : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/help/pmhelp.html

MedLinePlus : http://medlineplus.gov/ s’adresse aux professionnels de la santé.

Exercices en ligne
http://www.ccr.jussieu.fr/urfist/biolo/bioguide2/medline/exercices/exo1.htm

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