Axel Schippers , 1, 2, * Dagmar Kock , 1, 2 Carmen Hft , 1, 2 Gerrit Kweker , 1, 2 y Michael Siegert1, 2 Informacin Autor notas Artculo Informacin

in de copyright y licencia Este artculo ha sido citado por otros artculos en PMC. Abstracto Ir a: Introduccin El Mar Negro y el sistema de afloramiento de Benguela en la costa atlntica de Namibia son a la vez representan ambientes marinos ricos en carbono orgnico. Sin embargo, existen diferencias fundamentales en la biogeoqumica y de estos dos ajustes. El Mar Negro es la mayor cuenca anxica del agua de mar en la tierra. Se caracteriza por una alta productividad biolgica en las aguas superficiales oxigenadas (Yilmaz et al., 2006 ). Esto y un profundo cuerpo de agua anxica debajo del chemocline a 100-150 m de profundidad (Neretin et al., 2007 ) proporcionan las condiciones adecuadas para la vida microbiana anaerbica y ciclos biogeoqumicos en sedimentos ricos en carbono orgnico. Los sedimentos en profundidades de agua de 2.000 m se encuentran bajo condiciones de anoxia y sulfurosos permanentes. Por el contrario, el margen continental de Namibia subyace uno de los sistemas de afloramiento ms productivos del mundo. Los perodos de bajos niveles de oxgeno, rica en nitrato, y el agua a veces sulfuroso, tambin conduce a una mayor acumulacin de carbono orgnico en el cinturn de barro de diatomeas-rica en el estante. En el talud continental y el aumento del flujo de carbono orgnico de los sedimentos subyacentes tambin es relativamente alta. Los sedimentos de estas dos reas marinas han sido bien estudiados por sus procesos biogeoqumicos (Niewhner et al,. 1998 ;. Ferdelman et al, 1999 ;. Brchert et al, 2000 , 2003 , 2006 ; Fossing et al,. 2000 ; Jrgensen et al,. 2.001 , 2.004 ,. Emeis et al, 2004 ;. Neretin et al, 2004 ;. Knab et al, 2008 ; Dale et al,. 2009 ;. Goldhammer et al, 2010 , 2011 ;. Riedinger et al,2010 ;. Holmkvist et al, 2011 estn disponibles para los sedimentos superficiales datos microbiolgicos), pero

sobre todo (Schulz et al,. 1999 ; Thamdrup et al,. 2000 ; Schulz y Schulz, 2005 ;. Coolen et al, 2006a ; Neretin et al. , 2007 ; Coolen y Shtereva, 2009 ; Schubotz et al,. 2009 ;. Julies et al, 2010 ). Slo unos datos microbiolgicos se publican para los sedimentos del subsuelo del mar Negro y el sistema de afloramiento de Benguela (Leloup et al,. 2007 ; Schfer et al,. 2007 ; Blazejak y Schippers, 2010 ,2011 ). Los sedimentos del subsuelo marinos estn poblados por numerosas procariotas, principalmente los linajes filogenticos no cultivadas (Parkes et al,. 2000 ; Teske, 2006; Biddle et al,. 2008 ; Fry et al,. 2008 ; Teske y Srensen, 2008 ). La abundancia de especial filogentico y grupos procariotas fisiolgicas, es decir, Archaea y bacterias , metangenos o sulfato-reductores, en los sedimentos del subsuelo en varios sitios ha sido cuantificado sobre la base de 16S ARNr y el anlisis funcional de genes por cuantitativa, PCR en tiempo real (Q-PCR ), FISH, y catalizado reportero deposicin fluorescencia in situ hibridacin (CARD-FISH; Schippers et al,. 2005 , 2010 ; Biddle et al,. 2006 ;. Inagaki et al, 2006 ; Schippers y Neretin, 2006 ; Engelen et al ., 2008 ; Nunoura et al,. 2009 ;. Webster et al, 2009 ;. Breuker et al, 2011 ). Si bien la deteccin de genes 16S rRNA puede no ser un buen indicador de una comunidad activa microbiana, FISH y CARD-FISH anlisis, dirigido ARN ribosomal intacta, sugieren que una comunidad microbiana activa est presente. Que comprende ADN eucariota, por ejemplo, los hongos (Edgcomb et al,. 2011 se ha cuantificado en los sedimentos marinos en pocos sitios en la concentracin mucho ms baja que el ADN procariota) (Schippers y Neretin, 2006 ;. Schippers et al, 2010 ). Sin embargo, el ADN eucaritico puede ser preservado como ADN fsil de cualquier biota enterrado y podra ser indicativo de antiguas comunidades biolgicas (Coolen et al,. 2006a , b ; Inagaki y Nealson, 2006 ; Boere et al,. 2011 ). Sulfato-reduccin de los microorganismos que se encuentran con frecuencia en los sedimentos cerca de la superficie (Knoblauch et al,. 1999 ;. Sahm et al, 1999 ; Ravenschlag et al,. 2000 ;. Schippers et al, 2010 ), o metanognicas Archaea, rara vez se detecta en los

sedimentos profundos (Parkes et al,. 2005 ; Biddle et al,. 2006 ; Inagaki et al,. 2006 ; Teske, 2006 ; Teske y Srensen, 2008 ;. Webster et al, 2009 ).Adems de gen 16S rRNA anlisis, sulfato-reductores y linajes metanognicas deArchaea han sido detectados y cuantificados detectar sus genes funcionales. Estos genes codifican para la sulfito reductasa dissimilatory ( DsrA ), la adenosina 5'-reductasa fosfosulfato subunidad A ( ap ) y metil coenzima M reductasa ( MCRA , Parkes et al,. 2005 ; Schippers y Neretin, 2006 ;. Leloup et al, 2007 ; Wilms et al,.2007 ; Colwell et al,. 2008 ; Engelen et al,. 2008 ; Nunoura et al,. 2009 ; Webster et al,. 2009 ;. Schippers et al, 2010 ; Blazejak y Schippers, 2011 ) . La ocurrencia frecuente de genes implicados en la reduccin de sulfato y la metanognesis indica que las comunidades microbianas realizan activamente el ciclo del carbono y azufre en condiciones redox reducido. A pesar heterotrofa parece ser predominante en los sedimentos del subsuelo (D'Hondt et al,. 2004 ;. Biddle et al, 2006 ), autotrofia puede jugar un papel, y apenas ha sido investigada. Existen diferentes vas de CO 2 de la fijacin, de los cuales el ciclo de CalvinBenson-Bassham (CBB) es el mejor descrito. El cbbL gen que codifica para la subunidad grande de la forma I de la enzima "rojo-como" carboxilasa ribulosa-1,5-bisfosfato / oxigenasa (RuBisCO) se produce en auttrofa Proteobacterias que fijan CO 2 mediante el ciclo de CBB (Selesi et al,. 2007 ; Badger y Bek, 2008 ). Este gen fue hasta ahora slo cuantifica en terrestre (Breuker et al., 2011 ), pero no en los sedimentos marinos del subsuelo. En este estudio, la composicin de la comunidad microbiana cuantitativa en seis estaciones de sedimentos marinos del Mar Negro y en el rea de afloramiento de Benguela costas de Namibia a varias profundidades de sedimentos de hasta 10 metros por debajo del lecho marino (mbsf) se analiz mediante el conteo total de clulas, CARD-FISH para la cuantificacin de los que viven bacterias y arqueas , y 12 ensayos de Q-PCR diferentes para la cuantificacin de determinados grupos filogenticos o funcionales.

Materiales y Mtodos Descripcin de sedimentos Las muestras fueron colectadas en seis estaciones marinas durante dos expediciones de buques de investigacin (tabla (Tabla 1).1 ). El M72-5 R / V Meteor crucero por el Mar Negro se llev a cabo en mayo / junio de 2007 (Figura (Figura 1).1 ). Los sedimentos del Mar Negro en la muestra eran permanentemente anxica debido a la columna de agua anxica superposicin. La reduccin del sulfato y metanognesis son generalmente los predominantes procesos biogeoqumicos de terminales para la degradacin de la materia orgnica (Jrgensen et al,. 2004 ;. Leloup et al, 2007 ). Los sedimentos subyacentes columna de agua anxica tenan una capa superior compuesta de exudado coccolith laminado con alto contenido de carbono orgnico, mientras que un sapropel subyacente se caracteriza por an ms alto contenido orgnico (Brumsack,1989 ). En la estacin 22 una capa de sapropel se produjo a una profundidad de 8mbsf. Esta sapropel depositado 130 ka hace despus de que el glaciar Eem.

Figura 1 Estaciones de sedimentos del Mar Negro del crucero M72-5 analizadas en este estudio .

Tabla 1 Estaciones de sedimentos muestreados y carbono orgnico total [TOC, los datos de S. Eckert y B. Schnetger (Mar Negro), Y. Lin y K.-U. Hinrichs (Namibia)] .

El M76-1 R / V Meteor cruceros a la zona de afloramiento de Benguela costas de Namibia tuvo lugar en abril / mayo de 2008 (Figura (Figura 2).2 ). En el rea de surgencia costera frente Namibia, se tomaron muestras de sedimentos a lo largo de un curso de transecto. Este transecto se inici en el subsuelo marino profundo en el margen continental inferior a 3.795 m de profundidad (estacin 8, GeoB 12808). Este primer ncleo consista en arcilla aguas profundas ricas en carbonato, era xica o subxica con signos de bioturbacin. La segunda estacin se sita en el margen continental superior a 1.940 m de profundidad (estacin 3, GeoB 12803) fue xica y se caracteriza por los foraminferos y bioturbacin. La tercera estacin se celebr en la plataforma poco profunda en una mudbelt debajo de una zona de alta productividad (estacin 10, GeoB 12.810) donde los foraminferos y oliva oscuro barro de color caracteriza los sedimentos. Una alta abundancia de Thioploca y Beggiatoa filamentos-como desde la superficie hacia abajo a 10-12 se encontr cm.

Figura 2 Benguela surgencia estaciones de sedimentos transecto Namibia del crucero M76-1 se analiz en este estudio . Toma de muestras de sedimentos Las muestras de sedimentos fueron tomadas de los sedimentos cerca de la superficie hasta una profundidad de hasta aprox. 0.5 mbsf emplean un multicorer (MUC).Profundos sedimentos hacia abajo a 10 mbsf se muestrearon mediante un sacatestigos de gravedad (CG). Los ncleos de GC fueron cortados rpidamente en 1 m secciones a bordo e inmediatamente almacenados a 4 C. Para el tratamiento posterior de la seccin sabia dentro de varias horas, cada 1 m de seccin fue posteriormente dividida longitudinalmente

en secciones-media bsicos. Durante el muestreo, la superficie exterior del ncleo se retir cuidadosamente para evitar la contaminacin con agua de mar. Muestras microbiolgicas para la cuantificacin de microorganismos fueron tomadas con una esterilizada 5 ml jeringa de la cual la cabeza Leur fue cortado antes. El centro no contaminada del ncleo de sedimento se tomaron muestras. Para recuentos celulares totales, 0,5 ml de sedimento se fij en 1 ml de un formaldehdo-PBS [solucin salina tamponada con fosfato (Ultra), 150% fro 4 mM de fosfato de sodio, 150 mM de NaCl, pH 7,2] para 4-15 h a 4-10 C, se lav dos veces con PBS fro utilizando un mini-centrfuga (Eppendorf) a 13.000 rpm durante 10 min cada uno, y finalmente se almacen a -20 C en 1 ml de PBS-etanol (1:1) en 2 mL viales (Eppendorf) , transportados a BGR congelado con hielo seco como de carga area, y se almacena en BGR a -20 C. Para la extraccin de ADN y la cuantificacin con Q-PCR, varios gramos de sedimento fresco se congelaron inmediatamente despus del muestreo a -20 C en viales de tapn de rosca. Recuentos de clulas totales y CARD-FISH El nmero de clulas totales se determinaron en muestras fijadas formaldehdo por tincin con SYBR Green II siguiendo dos protocolos diferentes. En analoga con acridina conteos directos (AODC) que utilizamos el trmino SYBR Green conteos directos (SGDC). Mientras que las clulas se contaron en la matriz de sedimento tal como se describe por Weinbauer et al., 1998 , SGDC1), las clulas fueron separadas de las partculas de sedimentos antes de contar utilizando el protocolo de Kallmeyer et al.,2008 , SGDC2). Anlisis TARJETA-FISH se llev a cabo como se describi previamente (Pernthaler et al,. 2002 ;. Schippers et al, 2005 y los filtros se hibridaron una

para) Archaea y bacterias usando sondas

ARCH915 o EUB338

I-III como

mezcla. Como control negativo hibridacin se aplic la NON338 sonda. Cuantitativa, anlisis de PCR en tiempo real

La composicin cuantitativa del total (activos e inactivos) comunidad microbiana se analiz utilizando Q-PCR del ADN extrado. ADN-de alto peso molecular fue extrado a partir de 0,5 g de una muestra de sedimento congelado empleando un kit modificado de ADN rpida de centrifugado para el protocolo del suelo (Bio101) (Webster et al., 2003 ). Arena de cuarzo esterilizada tratada en un horno de mufla para la eliminacin de carbono orgnico se utiliz como control negativo en el procedimiento de extraccin. El ADN extrado se amplific por Q-PCR utilizando el dispositivo ABI Prism 7000 (Applied Biosystems) y diferentes mezclas de reaccin de las empresas de Applied Biosystems, Eurogentec o Invitrogen. Cada extracto de ADN se midi por triplicado. Despus de cada Q-PCR, las curvas de fusin se midieron para SYBR Green I ensayos. Los nmeros de copias del gen 16S rRNA fueron cuantificados et para los procariotas, Archaea (Takai y et

Horikoshi, 2000 ), bacterias(Nadkarni

al,. 2002 ,) Crenarchaeota (Ochsenreiter

al,. 2003 ), el JS-1-yChloroflexi - bacterias relacionadas (Blazejak y Schippers, 2010 ), y el metal y sulfato de reduccin de Geobacteraceae (Holmes et al., 2002 ). El gen 18S ARNr de Eukaryase determin como se se describi cuantificaron previamente como se (Schippers en y otro

Neretin, 2006 ). Genes

funcionales

describe

lugar: MCRA ( MCRA . Ensayo 1, Wilms et al, 2007 ; MCRA ensayo 2, Steinberg y Regan, 2009 ), DsrA (Schippers y Neretin, 2006 ); ap (Blazejak y Schippers, 2011 ),

y cbbL para (RuBisCO; Selesi et al,.2007 ). Ir a: Resultados Los resultados de la composicin de la comunidad microbiana cuantitativa en los sedimentos del subsuelo marinos del Mar Negro y la zona de afloramiento de Benguela costas de Namibia se muestran en las figuras Figures33 y and4,4 , respectivamente.

Figura 3 Muestras de sedimentos del Mar Negro de estaciones 6 (arriba), 20 (mediana) y 22 (abajo) . Recuentos de clulas totales obtenidos con dos mtodos diferentes (SGDC1 despus Weinbauer et al., 1998 , SGDC2 despus Kallmeyer et al., 2008 ) y nmeros de tarjetas-FISH para bacterias y ...

Figura 4 Benguela surgencia muestras de sedimentos de las estaciones 3 (arriba), 8 (en el centro), y 10 (abajo) . Recuentos de clulas totales obtenidos con dos mtodos diferentes (SGDC1 despus Weinbauer et al., 1998 , SGDC2 despus Kallmeyer et al., 2008 ) y CARD-FISH nmeros de bacterias ... Mar Negro Recuentos de clulas totales y CARD-FISH Clulas totales teidos con SYBR Green se contaron siguiendo dos protocolos diferentes. Perfiles de profundidad de los recuentos de clulas totales se muestran en la Figura Figura 33 (izquierda). Para ambos protocolos, se detectaron los recuentos de clulas cercanas al mximo la superficie del sedimento en las tres estaciones del Mar Negro. Los recuentos de clulas totales se redujeron drsticamente en la primera profundidad de sedimento metros, y disminuyeron ligeramente ms adelante. El mtodo de comparacin

mostr que los recuentos de clulas ms altas para todas las profundidades se obtuvieron usando el protocolo sin separar las clulas de las partculas de sedimento (SGDC1, Weinbauer et al., 1998 ).Para este protocolo, los recuentos de clulas mximos disminuyeron de 10 9 a 10 10clulas / ml a la superficie del sedimento a 10 7 -10 8 clulas / ml por debajo de 1mbsf. En comparacin, los recuentos de clulas obtenidas a partir de el protocolo de desprendimiento de las clulas (SGDC2, Kallmeyer et al., 2008 ) fueron aproximadamente un orden de magnitud inferior dentro de la primera 1 mbsf pero mostraron valores similares que SGDC1 por debajo de un metro de profundidad. Un aumento de los recuentos de clulas se observ en 8-9 mbsf en la estacin 22, donde se descubri la capa de los ricos sapropel carbono orgnico. Deposicin catalizada reportero - fluorescencia in situ en los recuentos de clulas de hibridacin por encima del lmite de deteccin de 10 5 clulas / ml se obtuvieron de la superficie del sedimento hasta 2,5 mbsf para las estaciones 6 y 20, y en toda la profundidad de muestreo de ms de 8 mbsf para la estacin 22. Bacterias y Archaeaocurrieron en igual nmero en general. Cuantitativo anlisis de la comunidad microbiana por Q-PCR Q-PCR para 16S y 18S rRNA y los genes funcionales en las tres estaciones del Mar Negro se muestran en la Figura Figura 33 (centro y derecha, respectivamente). Los datos de QPCR en el nmero de copias del gen 16S rRNA de arqueas y bacterias emparejados bien con los recuentos de clulas totales (SGDC1). De acuerdo global con los datos de la tarjetaFISH, Archaeafueron encontrados en el nmero de copias similares en comparacin con las bacteriasen los tres sitios. En la estacin 22 entre 2 y 8 mbsf, bacterias no podan ser detectados a pesar de la divisin candidato bacteriana JS-1 y las

clases Anaerolineae y Caldilineaedel filo Chloroflexi fueron detectables en este rango de profundidad. En las otras profundidades en las tres estaciones de estos grupos bacterianos especficos ocurrieron en el nmero de copias de genes similares que las bacterias (datos de

la estacin 20 de Blazejak y Schippers, 2010 ). Asimismo, el Crenarchaeota frecuencia ocurri en el nmero de copias de genes de alto en comparacin con Archaea . En algunas muestras, los nmeros de copias de Crenarchaeota eran incluso ms altos que los deArchaea . Eukarya fueron slo detectables a 1 mbsf en las estaciones 6 y 22. Sin embargo, se detectaron a lo largo de todo el ncleo de la estacin 20. Su nmero de copias de genes 18S rRNA fueron siempre ms bajos que el nmero de copias del gen 16S rRNA procariotas. Perfiles de profundidad similares se obtuvieron para los genes funcionales (Figura (Figura 3,3 , derecha). Sin embargo los genes investigados no eran detectables entre 1 y 7 mbsf de la estacin 22. A continuacin, en la capa de sapropel entre 8 y 9 mbsf, que eran vuelve a estar presente. Esto fue en buena concordancia con el aumento de nmero de copias del gen 16S rRNA y el aumento SGDC1. Los genes que codifican para las enzimas de sulfatoreductores ( DsrA y APRA ) fueron los ms abundantes (los datos de la estacin 20 de Blazejak y Schippers, 2011 ). El MCRA gen de metangenos se detect en la superficie de todas las tres estaciones y en la parte inferior de las estaciones 20 y 22. El cbbL gen se encontr slo en el sedimento cerca de la superficie y en dos capas ms profundas de la estacin 20. rea de afloramiento de Benguela costas de Namibia La distribucin cuantitativa de los microorganismos en las tres estaciones a lo largo del curso transecto de la zona de afloramiento de Benguela (Figura (Figura4)4 ) fue ms heterogneo que el de las tres estaciones del Mar Negro. En la estacin de sedimento de Benguela 10 (Figura (Figura44 abajo) una alta abundancia

de Thioploca y Beggiatoafilamentos como se encontr en la cerca de la superficie del sedimento sulfidic de la plataforma poco profunda. Las otras dos estaciones en el talud continental en alrededor de 2.000 m de profundidad (estacin 3, Figura Figura44 arriba) y aproximadamente a 4.000 m de profundidad (estacin 8, Figura Figura44 medio) fueron

xica o subxica y bioturbada. El curso transecto sigui una tendencia de disminucin del contenido de carbono orgnico (TOC , Tabla Tabla 1).1 ). Sin embargo, los valores de COT fueron siempre por encima del 1%, por lo que los sedimentos en todos los lugares pueden ser caracterizados como orgnicos ricos y eutrficos. Recuentos de clulas totales y CARD-FISH Perfiles de profundidad de los recuentos de clulas totales se muestran en la Figura Figura44 (a la izquierda). Por tanto, SGDC1 y SGDC2, los recuentos de clulas mximos fueron encontrados cerca de la superficie del sedimento en las tres estaciones de afloramiento de Benguela. Al igual que para las estaciones del Mar Negro, el total de clulas se redujeron drsticamente en el primer 1mbsf, y disminuyeron ligeramente ms adelante en las estaciones 3 y 8. En la estacin 10, no se observ una mayor disminucin del nmero de clulas entre 0,5 y 3,5 mbsf, la profundidad mxima de muestreo de esta estacin. Los recuentos de clulas mximos en el sedimento cerca de la superficie fueron ms altos para la estacin de estante 10 con 10 10 clulas / ml y entre 10 9 y 10 10 clulas / ml para las dos estaciones de talud continental. Mientras SGDC1 mantuvo por encima de 10 9 clulas / ml a 3,5 mbsf en la estacin 10, los nmeros eran aproximadamente un orden de magnitud inferior a la misma profundidad para las dos estaciones de pendiente. El mtodo de comparacin muestra que SGDC1 siempre fue ligeramente mayor que SGDC2 para las tres estaciones en todas las profundidades. Deposicin catalizada reportero - fluorescencia in situ las seales de hibridacin se observ en casi todas las estaciones y profundidades. Sin embargo, Archaea fueron detectables en igual nmero en comparacin con las bacterias slo en los sedimentos cerca de la superficie. En las capas ms profundas solamente bacterias (adems de dos muestras con Archaea fueron detectados) en cifras significativamente ms bajas que el SGDC1 correspondiente. Cuantitativo anlisis de la comunidad microbiana por Q-PCR

Para los sedimentos de afloramiento de Benguela, Q-PCR anlisis del 16S y 18S rRNA y los genes funcionales se representan en la figura Figura44 (centro y derecha, respectivamente). Los resultados Q-PCR para el nmero de copias del gen 16S rRNA de arqueas y bacterias se encontraban en buen acuerdo con los recuentos de clulas totales (SGDC1). En contraste con los datos de la tarjeta-FISH, Archaea fueron encontrados en el nmero de copias similares en comparacin con las bacterias en las tres estaciones (en cuanto a los resultados del Mar Negro). El nmero de copias de arqueas eran superiores a los de bacterias en las capas ms profundas de la estacin 10. Como se encuentra en los sedimentos del Mar Negro, el nmero de copias de genes 16S rRNA de la divisin bacteriana candidato JS-1 y las clases Anaerolineae yCaldilineae del phylum Chloroflexi as como los de la Crenarchaeota ocurrido en un nmero similar de 10 6 10 9 copias / mL que el nmero de copias del gen 16S ARNr deprocariotas, bacterias y arqueas . El metal y la familia sulfato-reduccinGeobacteraceae ocurri a las tres estaciones en todas las profundidades de sedimentos en los nmeros de copias de genes 16S rRNA inferiores. El grupo filogentico menos abundante fue el Eukarya que sin embargo se produjo en todas las muestras analizadas. Perfiles de profundidad similares como para los grupos filogenticos (y SGDC1) se obtuvieron para los genes funcionales. Todos los genes funcionales se detectaron en casi todas las muestras analizadas. Entre los grupos funcionales, sulfato-reductores fueron ms abundantes, especialmente de su gen funcional ap ocurri con los nmeros mximos de 10 9 de sedimentos copias / ml. En contraste con los sedimentos del Mar Negro, tanto MCRA Ensayos 1 y 2 de los metangenos proporcionan la amplificacin de genes exitosa, y MCRA y cbbL se produjo no slo en el sedimento cerca de la superficie, sino tambin en el sedimento del subsuelo profundo. Ir a: Discusin

Se han analizado las comunidades microbianas en los sedimentos del subsuelo marinos del Mar Negro y la zona de afloramiento de Benguela de Namibia. Recuentos de clulas totales, datos CARD-FISH, as como el anlisis de Q-PCR mostraron una alta abundancia de procariotas en los sedimentos ricos en carbono eutrficos y orgnicos en las seis estaciones. Una alta abundancia similar de procariotas analizados por los mismos mtodos que se ha detectado en los sedimentos ricos en carbono orgnico de la margen de Per (PAO de la pierna 201, D'Hondt et al,. 2004 ;. Schippers et al, 2005 ;. Inagaki et al, 2006 ), hidrato de gas que lleva sedimentos del margen de Cascadia (ODP Leg 204;. Inagaki et al, 2006 .), los sedimentos ridge-flanco noreste del Pacfico (IODP Exp 301;. Engelen et al, 2008 ), los sedimentos planos de marea del Mar del Norte (Wilms et al., 2007 ), y los sedimentos cerca de Sumatra (Schippers et al., 2010 ). Menos sedimentos orgnicos ricos en carbono marinos mostraron, como se esperaba, una menor abundancia de procariotas como se muestra en el Pacfico ecuatorial (ODP Pierna 201;. D'Hondt et al, 2004 ;. Schippers et al, 2005 ), la Ensenada Marina Porcupine (IODP . Exp. 307;. Webster et al, 2009 .), y el Golfo de Mxico (IODP Exp. 308; Nunoura et al,. 2009 ). , Sedimentos marinos pobres en carbono orgnico oligotrficas contienen nmeros en general muy bajo de clulas, como se muestra en el Giro del Pacfico Sur (D'Hondt et al,. 2009 , y el flanco occidental de la cordillera del Atlntico medio a 23 N (North Pond); A. Breuker y A. Schippers, sin publicar). Una recopilacin de los nmeros de clulas medio determinado por el recuento celular total, Q-PCR, y CARD-FISH en los sedimentos del subsuelo marinos de varios lugares se da en la tabla Tabla22 .

Tabla 2

Compilacin del nmero de clulas de medias (N / mL) en el rango de profundidad de 1-10 y 10-200 mbsf en los sedimentos marinos del subsuelo; nd, no determinado . En este estudio, se observ una disminucin del nmero de clulas con la profundidad de sedimentos para todas las estaciones como se describe para los sedimentos del subsuelo marinos (Parkes et al,. 1994 , 2000 ;. D'Hondt et al, 2004 ). Sin embargo, en la capa sapropel 8-9 mbsf de la estacin del Mar Negro 22, la clula, as como el nmero de copias del gen de nuevo aument en ms de un orden de magnitud, explicable por el aumento del contenido de carbono orgnico del sapropel servir como sustrato para los

microorganismos. Tal incremento en la biomasa en distintas geolgicamente diferentes capas de sedimentos se ha descrito para otros sedimentos, as (Inagaki et al,. 2003 ;. Parkes et al, 2005 ), y en particular para sapropeles (Coolen et al,. 2002 ). En los sedimentos de este estudio, los recuentos de clulas totales se determinaron despus de la tincin con SYBR Green siguiendo dos protocolos diferentes. El nmero de clulas contadas directamente en la matriz de sedimentos (SGDC1) se verificaron mediante la comparacin de los recuentos con las del protocolo SGDC2 en el que las clulas se desprendieron de las partculas de sedimentos antes de contar. Las tendencias de profundidad generales de SGDC1 pudieron ser confirmados con SGDC2.Sin embargo, el mtodo de separacin de clulas revel el nmero de clulas de alguna manera inferiores como se muestra anteriormente para los sedimentos del subsuelo marinos fuera de Sumatra (Schippers et al., 2010 ) y en los sedimentos terrestres en el rea de Chesapeake (Breuker et al., 2011 ). La diferencia en el nmero de clulas entre estos dos protocolos nunca fue mayor de un orden de magnitud en nuestro estudio.Una comparacin de los recuentos de clulas totales con los nmeros de copias de genes 16S rRNA de

las bacterias y arqueas obtenidos por Q-PCR da un buen partido para SGDC1 as como para SGDC2, acusar una alta fiabilidad de los datos de estos mtodos de cuantificacin. El nmero de clulas CARD-FISH siempre fueron considerablemente ms bajos que SGDC

1. Esto indica que la mayora de las clulas estaba inactivo, lo que parece poco probable en los sedimentos ricos en materia orgnica, o ms probablemente, la permeabilizacin de la pared celular insuficiente en el protocolo CARD-FISH y desajustes del archaeal CARDFISH ARCH915 sonda con predominante secuencias de genes del medio ambiente (Teske y Srensen, 2008 ) impidieron la deteccin de muchas clulas vivas, especialmente Archaea . Las proporciones de bacterias y Archaea en los sedimentos marinos han demostrado ser muy variable en diferentes sedimentos y las capas de sedimentos. Sobre la base de CARDFISH y Q-PCR anlisis de proporciones similares globales de bacterias yarqueas se han determinado para los sedimentos estudiados aqu. Una abundancia casi igual

de Bacteria y Archaea tambin se ha encontrado para la Ensenada Marina Porcupine (IODP Exp. 307;.. Webster et al, 2009 ), el Pacfico nororiental cresta flanco (. IODP Exp. 301;. Engelen et al, 2008 ), y Sumatra forearc cuencas (Schippers et al., 2010 ). Por el contrario, el uso de Q-PCR se ha descubierto que las bacteriasdominaron otros sedimentos como el Mar de Ojotsk (Inagaki et al,. 2003 ), el Golfo de Mxico (IODP Exp. 308;.. Nunoura et al, 2009 ), el Per margen continental, y los sedimentos del Pacfico ecuatorial (ODP Pierna 201;. Schippers et al, 2005 ; Inagaki et al,. 2006 ; Schippers y Neretin, 2006 ), as como hidratos de gas que lleva sedimentos del margen de Cascadia (ODP Leg 204; Inagaki et al,. 2006 ). El predominio de lasbacterias de la margen continental Per fue confirmada por CARD-FISH (Schippers et al., 2005 ). A diferencia de los mtodos basados en cidos nucleicos (CARD-FISH y Q-PCR), el anlisis de los lpidos polares intactos (IPL) de membranas de clulas procariotas dio a conocer Archaea como procariotas que prevalece en los sedimentos profundamente enterrados (Biddle et al,. 2006 ;. Lipp et al, 2008 ). Estos resultados contradictorios pueden explicarse por la insuficiencia de los protocolos de extraccin cuantitativa, o desajustes de primers (Teske y Srensen, 2008 ) y / o una preservacin de ADN diferente y IPL en sedimentos enterrados profundamente (por ejemplo, estabilizado sobre superficies de arcilla o materia orgnica; Coolen et al ., 2006a , b ; Inagaki y Nealson, 2006 ; Schippers y Neretin, 2006 ; Boere et

al,. 2011 ).Recientemente, Schouten et al. ( 2010 ), as como Logemann et al. ( 2011 ) informaron de la preservacin de los biomarcadores IPL arqueas en los sedimentos marinos que indica que los biomarcadores de IPL no detectan necesariamente vivir Archaea y poner su dominio propuesto en la biosfera profunda en tela de juicio.Obviamente, an no se entiende que los factores de control de las proporciones debacterias y arqueas en los sedimentos marinos. Grupos filogenticos y fisiolgicas particulares, que habitan en el Mar Negro y Benguela sedimentos de corrientes ascendentes, fueron revelados por Q-PCR en este estudio. Los sedimentos fueron claramente dominados por los procariotas ya que la abundancia de genes eucariotas 18S rRNA compuestas slo el 3% y <1% del nmero de procariotas 16S rRNA genes de los sedimentos del Mar Negro y Namibia, respectivamente. Esto se puede atribuir al espacio de poro pequeo en los sedimentos del subsuelo que impide el crecimiento de grandes clulas eucariotas. Se obtuvieron resultados similares Q-PCR para los sedimentos orgnicos ricos en carbono cerca de Sumatra (Schippers et al., 2010 ) y para el Per sedimentos de margen (Schippers y Neretin, 2006 ). En los ltimos sedimentos, principalmente los hongos se han identificado como dominante Eukarya (Edgcomb et al., 2011 ). En las cercanas a la superficie sedimentos anxicos y sulfurosos del Mar Negro se detectaron los siguientes grupos de eucariotas mediante DGGE y 18S rRNA secuencias de genes: los coppodos, rotferos, algas calcreas, dinoflagelados y ciliados (Coolen y Shtereva, 2009 ). Los datos sobre la composicin de Eukarya en el ms profundo, los sedimentos del subsuelo no estn disponibles. Como se indica anteriormente para los sedimentos cerca de Sumatra, el margen de Per y de la estacin del Mar Negro 20 (Blazejak y Schippers, 2010 ), la divisin candidato bacteriana JS-1 y las clases Anaerolineae y Caldilineae del phylumChloroflexi eran por lo menos tan abundante como altamente las bacterias para las otras cinco estaciones de este estudio tambin. Esto confirma su papel dominante en los sedimentos del subsuelo marinos

(Webster et al,. 2004 ; Teske, 2006 ;. Fry et al,2008 ). Crenarchaeota fueron identificados previamente como miembros dominantes en las arqueas 16S rRNA bibliotecas de clones de genes (Teske, 2006 ; Fry et al,. 2008 ; Teske y Srensen, 2008 ). Esto es coherente con nuestra conclusin de que este grupo podra ser cuantificada por Q-PCR en comparables (o mayor) nmero de copias que elArchaea en subsuelo sedimentos marinos del Mar Negro y los sedimentos de afloramiento de Benguela. Por otra parte, no cultivada Crenarchaeota as comoChloroflexi tambin se han identificado en un ncleo de sedimento subsuperficial (estacin de GeoB 3703) de la zona de Benguela (Schfer et al., 2007 ). En muchas muestras de nuestro estudio ms Crenarchaeota de Archaea , y ms JS-1

yChloroflexi de bacterias se detectaron. Esta discrepancia puede explicarse por el sesgo de PCR debido a diferentes eficiencias de PCR para los ensayos particulares Q-PCR, los desajustes de imprimacin de los 16S rRNA primers generales de genes con secuencias de genes predominantes del medio ambiente (Teske y Srensen, 2008 ), y probablemente diferente de copias del gen 16S rRNA nmero por clula que son desconocidos para los grupos de arqueas y bacterias especficas particulares analizados en este estudio. Genes funcionales se cuantificaron por Q-PCR para demostrar la importancia de determinados grupos procariotas fisiolgicas. Los genes funcionales DsrA y APRA de sulfato-reductores y el gen MCRA de metangenos fueron muy abundantes en el Mar Negro, as como en los sedimentos Namibia. Este hallazgo no es sorprendente, ya que la reduccin del sulfato, la metanognesis, y la oxidacin de metano anaerobio mostraron ser importantes procesos biogeoqumicos en estos sedimentos (Niewhner et al,. 1998 ; Ferdelman et al,. 1999 ; Fossing et al,. 2000 ; Jrgensen et al ., 2001 ,2004 ;. Brchert et al, 2003 , 2006 ; Knab et al,. 2008 ; Riedinger et al,. 2010 ;. Holmkvist et al, 2011 ). Basado Q-PCR DsrA cuantificacin en otro ncleo de sedimento subsuperficial del Mar Negro tambin revel que el sulfato-reductores eran muy abundantes en toda la profundidad de muestreo de 4,6 mbsf (Leloup et al., 2007). A DsrA clon biblioteca en el mismo estudio mostr secuencias mayora afiliados a laDesulfobacteraceae .

La deteccin del gen funcional cbbL codificante para la subunidad grande de la forma I "rojo-como" RuBisCO fue diferente para el Mar Negro y las muestras de afloramiento de Benguela. Mientras que en este ltimo se detect el gen en el nmero de copias ms bajos en la mayora de las muestras y toda la profundidad, cbbL fue principalmente detectable slo en los sedimentos cercanos a la superficie del Mar Negro. En general, autotrofia a travs de la va de la RuBisCO parece jugar algn papel en estas muestras, a pesar de su alto contenido de carbono orgnico de apoyo heterotrofa como se muestra para los sedimentos ricos en carbono orgnico de la margen de Per (D'Hondt et al,. 2004 ; Biddle et al ., 2006 ). A mayor abundancia de la misma cbbL gen que en este estudio se ha detectado recientemente en los sedimentos del subsuelo orgnicos pobres en carbono terrestre en el rea de la Baha de Chesapeake, Virginia, EE.UU. (Breuker et al., 2011 ). All, de acuerdo con el contenido de carbono orgnico inferior, autotrofia parece ser ms importante que en los sedimentos marinos de este estudio. Ir a: Conclusin Las comunidades microbianas en los sedimentos del subsuelo marinos del Mar Negro y la zona de afloramiento de Benguela costas de Namibia han analizado cuantitativamente en seis estaciones que utilizan el recuento de clulas totales, CARD-FISH y 12 ensayos de QPCR diferentes. Una gran abundancia de procariotas y similares proporciones generales de las bacterias y arqueas fueron descubiertas en los sedimentos ricos en carbono eutrficos y orgnicos. Crenarchaeota y la divisin candidato bacteriana JS-1 y las clases Anaerolineae y Caldilineae del phylumChloroflexi eran como muy abundante. De acuerdo con la reduccin del sulfato permanente informado y metanognesis, los genes funcionales DsrA y APRA de sulfato-reductores y el gen MCRA de metangenos fueron muy abundantes, as, lo que sugiere una comunidad microbiana de vital importancia la

realizacin de estos procesos. La deteccin de la cbbL gen muestra la aparicin de microorganismos auttrofos. Ir a: Declaracin de Conflicto de Intereses Los autores declaran que la investigacin se llev a cabo en ausencia de cualquier relacin comercial o financiero que puedan interpretarse como un posible conflicto de intereses. Ir a: Agradecimientos Agradecemos a la RV Meteor M72-5 y M76-1 jefes C. Borowski, TG Ferdelman y M. Zabel, y especialmente B. Engelen para sugerencias y consejos tiles. Un agradecimiento especial tambin a G. Mengel-Jung y C. Struckmeyer para anlisis de laboratorio, y S. Eckert, B. Schnettger, Y. Lin, y K.-U. Hinrichs para proporcionar datos TOC. Este trabajo fue apoyado por la Fundacin Alemana de Investigacin (DFG) programa prioritario IODP / ODP conceder IPCE 535/7 a Axel Schippers. Ir a: Referencias 1. Badger MR, Bek EJ (2008). Mltiples formas Rubisco en proteobacterias: su significado funcional en relacin a las emisiones de CO 2 de adquisicin por el ciclo de CBB . J. Exp. Bot. 59 , 1525-1541.10.1093/jxb/erm297 [ PubMed ][ Cruz Ref ] 2. Biddle JF, Fitz-Gibbon S., SC Schuster, Brenchley JE, Casa CH (2008). firmas Metagenomic del subsuelo marino biosfera Per Margen muestran un ambiente genticamente distintas . Proc. Natl. Acad. Ciencia. EE.UU. 105 , 10583-

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Artculos de Fronteras en Microbiologa se ofrecen a continuacin por cortesa de Frontiers Media SA