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Captulo 1 A Lgica Molecular da Vida Os organismos vivos so compostos de molculas destitudas de vida. Quando estas molculas so isoladas e examinadas individualmente, elas obedecem a todas as leis fsicas e qumicas que descrevem o comportamento da matria inanimada. No obstante, os organismos vivos possuem atributos extraordinrios que no so exibidos por uma coleo de molculas escol idas ao acaso. Neste captulo, consideraremos primeiro as propriedades dos organismos vivos que os distinguem de outras por!es da matria. "epois de c egarmos a uma definio geral da vida, poderemos descrever um con#unto de princpios que caracteri$am todos os organismos vivos. %stes princpios esto na base da estruturao dos organismos e das clulas que os constituem, e eles proporcionam a estrutura bsica para este livro. %les a#udaro voc& a ter em mente o grande quadro da vida, enquanto explora os exemplos ilustrativos apresentados no texto. A unidade qumica dos diferentes organismos vivos O que distingue os organismos vivos dos ob#etos inanimados' (rimeiro seu grau de complexidade qumica e de organi$ao. %les possuem estruturas celulares internas intrincadas )*ig. +,+a- e cont&m muitas espcies de molculas complexas. %m contraste, a matria inanimada existente em nosso meio )terra, areia, roc as, gua do mar- usualmente consiste de misturas de compostos qumicos relativamente simples. .egundo, os organismos vivos extraem, transformam e usam a energia que encontram no meio ambiente )*ig. +,+b-, usualmente na forma de nutrientes qumicos ou da energia radiante da lu$ solar. %sta energia torna os organismos vivos capa$es de construir e manter suas pr/prias estruturas intrincadas e de reali$ar trabal o mec0nico, qumico, osm/tico e de vrios outros tipos. %m contraste, a matria inanimada no usa a energia de forma sistemtica para manter a sua estrutura ou para reali$ar trabal o. 1 matria inanimada tende a se degenerar em um estado mais desordenado, alcanando um equilbrio com o seu meio ambiente. O terceiro e mais caracterstico atributo dos organismos vivos a capacidade para a auto, replicao e automontagem, propriedades que podem ser vistas como a quinta,ess&ncia do estado vido )*ig. +,+c-. 2ma 3nica clula bacteriana colocada num meio nutriente estril pode dar origem a um bil o de clulas fil as id&nticas, no esparao de 45 oras. 6ad uma das clulas contm mil ares de molculas diferentes, algumas extremamente complexas7 mesmo assim, cada bactria uma c/pia fiel da original, construda inteiramente a partir da informo contida no interior do material genticoda clula original. %mbora a capacidade de autoduplicar,se no tem nen um anlogo verdadeiro no mundo da matria inanimada, existe uma analogia instrutiva no crescimento de cristais, que ocorre nas solu!es saturadas. 1 cristali$ao produ$ acrscimo de material id&ntico, em estrutura de rede, ao do cristal original. Os cristais so muito menos complexos do que os mais simples organismos vivos, suas estruturas so estticas e no din0micas como as das clulas vivas. No obstante, a capacidade dos cristais de 8reprodu$irem9 sua pr/pria estrutura permitiu ao fsico %r:in .c r;dinger propor, em seu famoso ensaio 8O que a vida'9, que o material gentico das clulas deveria ter as propriedades de um cristal. %sse ensaio de .c r;dinger de +<55 )anos antes do atual entendimento da estrutura do gene ter sido estabelecido-, mas descreve de forma acurada muitas das propriedades do cido desoxirribonuclico, o material dos genes. 6ada componente de um organismo vivo tem uma funo especfica. =sto verdade no somente para as estruturas macrosc/picas, como fol as e caules ou cora!es e pulm!es, mas

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tambm para as estruturas intracelulares microsc/picas, como os n3cleos e os cloroplastos. 1t mesmo os compostos qumicos individuais, existentes nas clulas, t&m fun!es especficas. O inter,relacionamento entre os componentes qumicos de um organismo vivo din0mico7 altera!es em um componente provocam mudanas coordenadas ou compensat/rias em outro, tendo como resultado que o con#unto exibe caractersticas que vo alm daquelas exibidas pelos constituintes individuais. 1 coleo de molculas executa um programa, o resultado final do qual a reproduo do programa e a autoperpetuao daquela coleo de molculas, em suma, vida. A bioqumica procura explicar a vida em termos qumicos .e os organismos vivos so compostos de molculas intrinsecamente inanimadas, como podem essas molculas exibirem a extraordinria combinao de caratersticas que c amamos de vida' 6omo pode ser que um organismo vivo parea ser mais do que a soma de suas partes inanimadas' Os fil/sofos, uma ve$, responderam que os organismos vivos so dotados de uma fora vital divina e misteriosa, mas esta doutrina )vitalismo- tem sido firmemente re#eitada pela ci&ncia moderna. O ob#etivo bsico da ci&ncia bioqumica mostrar como as cole!es de molculas inanimadas, que constituem os organismos vivos, interagem entre si para manter e perpetuar a vida animada, exclusivamente pelas leis qumicas que governam o universo no vivo. Organismos vivos so enormemente diferentes )*ig. +,4-. Na apar&ncia e funo, pssaros e bestas, rvores, gramas e organismos microsc/picos diferem grandemente. 1t o momento, pesquisas bioqumicas revelam que todos os organismos so notadamente semel antes em nveis celular e qumico. 1 bioqumica descreve, em termos moleculares, as estruturas, os mecanismos e os processos qumicos compartil ados por todos os organismos, e fornece os princpios organi$acionais que fundamentam a vida em todas suas diferentes formas, princpios que nos referiremos coletivamente como a lgica molecular da vida. %mbora a bioqumica produ$a importantes vis!es do con ecimento e aplica!es prticas em medicina, agricultura, nutrio e ind3stria ela est, em 3ltima est0ncia, preocupada, e interessada na maravil a que a vida em si mesma. %mbora a vida se#a fundamentalmente unitria, importante recon ecer que pouqussimas generali$a!es a respeito dos organismos vivos so absolutamente corretas para todos eles e sob quaisquer condi!es. 1 variao de abitat nos quais os organismos vivem, desde fontes termais quentes at tundra rtica, de intestinos de animais a dormit/rios de resid&ncias estudantis, acompan ada por uma variao igualmente ampla de adapta!es bioqumicas especficas. %ssas adapta!es so integradas dentro do padro qumico fundamental compartil ado por todos os organismos. %mbora as generali$a!es no se#am perfeitas, elas permanecem 3teis. "e fato, as exce!es geralmente iluminam as generali$a!es cientficas. Todas as macromolculas s o construdas a partir de poucos compostos simples 1 maioria dos constituintes moleculares dos sistemas vivos composta de tomos de carbono unidos covalentemente a outros tomos de carbono e a tomos de idrog&nio, oxig&nio e nitrog&nio. 1s propriedades especiais de ligao do carbono permitem a formao de uma grande variedade de molculas. Os compostos org0nicos de peso molecular )tambm c amado de massa molecular relativa Mr-+ menor que aproximadamente >??, como aminocidos, nucleotdeos e monossacardeos, servem como subunidades monomricas de protenas, cidos nuclicos e polissacardeos, respectivamente. 2ma 3nica molcula protica pode ter +.??? ou mais aminocidos, e o cido desoxirribonuclico tem mil !es de nucleotdeos.

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6ada clula da bactria Escherichia coli (E. coli) contm mais de @.??? diferentes tipos de compostos org0nicos, incluindo perto de A.??? protenas diferentes e um n3mero similar de molculas de cidos nuclicos e centenas de tipos de carboidratos e lipdios. %m umanos pode aver de$enas de mil ares de tipos diferentes de protenas, assim como muitos tipos de polissacardeos )cadeias de a3cares simples-, uma grande variedade de lipdios e muitos outros compostos de peso molecular menor. + Os termos usados para indicar o taman o de uma molcula so frequentemente confundidos. N/s usamos peso molecular ou Br, massa molecular relativa, uma ra$o adimensional da massa de uma molcula para um do$e,avos )+C+4- da massa do +46. O taman o de uma molcula pode tambm ser corretamente dado em termos de massa molecular )m-, que tem unidades de daltons )"a- ou unidades de massa atDmica )uma-. 2ma molcula nunca deve ser descrita como tendo um peso molecular ou B r )uma propriedade adimensional- expresso em daltons ou unidades de massa atDmica. (urificar e caracteri$ar exatamente todas essas molculas seria um trabal o insupervel se no fosse o fato de cada classe de macromolculas )protenas, cidos nuclicos, polissacardeosser composta de um pequeno con#unto de subunidades monomricas comuns. %stas subunidades monomricas podem ser unidas covalentemente em uma variedade virtualmente ilimitada de seqE&ncias )*ig. +,A-, exatamente como as 4@ letras do alfabeto ingl&s podem ser arran#adas em um n3mero ilimitado de palavras, sentenas ou livros. Os !cidos desoxirribonuclicos "#$A% so construdos de apenas quatro diferentes tipos de unidades monomricas simples, os desoxirribonucleotdeos, e os !cidos ribonuclicos "&$A% so compostos por apenas quatro tipos de ribonucleotdeos. 1s protenas so compostas de 4? tipos diferentes de aminocidos. Os oito tipos de nucleotdeos com os quais todos os cidos nuclicos so construdos e os 4? tipos de aminocidos com os quais todas as protenas so construdas so id&nticos em todos os organismos vivos. 1 maioria das subunidades monomricas com as quais todas as macromolculas so construdas exerce mais de uma funo nas clulas vivas. Os nucleotdeos servem no apenas como subunidades para os cidos nuclicos, mas tambm como molculas transportadoras de energia. Os aminocidos so subunidades das molculas proticas e tambm precursores de neurotransmissores, pigmentos e muitos outros tipos de biomolculas. "estas considera!es podemos destacar alguns dos princpios da l/gica molecular da vidaF +. Godos os organismos vivos constroem molculas a partir dos mesmos tipos de subunidades monomricas. 4. 1 estrutura de uma macromolcula determina sua funo biol/gica especfica. A. 6ada g&nero e espcie so definidos por seu con#unto distinto de macromolculas. 1 produo de energia e seu consumo no metabolismo 1 energia um tema central em bioqumicaF as clulas e os organismos dependem de um suprimento constante de energia para poderem se opor H tend&ncia, inexorvel da nature$a, de queda para nveis menores de estado energtico. O arma$enamento e a expresso da informao consomem energia7 sem esta as estruturas ricas em informao tornar,se,iam inexoravelmente desordenadas e sem significado. 1s rea!es de sntese que ocorrem no interior das clulas, como os processos de sntese em uma fbrica, requerem o fornecimento de energia. 1 energia consumida no movimento de uma bactria ou em uma corrida olmpica, no acender das lu$es de um vaga,lume ou na descarga de um peixe,eltrico. 1s clulas desenvolveram, durante a evoluo, mecanismos altamente eficientes para capturar a energia do .ol, ou extra,la de alimentos oxidveis, e transferi,la para os processos que dela necessitam.

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's organismos nunca est o em equilbrio com o seu ambiente No curso da evoluo biol/gica, um dos primeiros desenvolvimentos deve ter sido o aparecimento de uma membrana lipdica que envolveu as molculas idrossol3veis da clula primitiva, separando,as do meio ambiente e permitindo que elas se acumulassem em concentra!es relativamente altas. 1s molculas e os ons contidos no interior dos organismos vivos diferem em tipo e em concentrao daqueles existentes no meio ambiente. (or exemplo, as clulas de um peixe de gua,doce cont&m certos ons inorg0nicos em concentra!es muito diferentes daquelas da gua em que vivem )*ig. +,5-. (rotenas, cidos nuclicos, a3cares e lipdios esto presentes no peixe, mas essencialmente ausentes da gua, a qual, por sua ve$, contm tomos de carbono, idrog&nio e oxig&nio em molculas mais simples como o di/xido de carbono e a gua. Quando o peixe morre, as subst0ncias que o comp!em entram, finalmente, em equilbrio com aquelas do meio ambiente. A composi( o molecular reflete um estado estacion!rio din)mico %mbora a composio qumica de um organismo possa ser quase constante ao longo do tempo, a populao de molculas no interior de uma clula ou organismo est longe de ser esttica. 1s molculas so sinteti$adas e depois desmontadas por rea!es qumicas contnuas, envolvendo um fluxo constante de massa e energia atravs do sistema. 1s molculas de emoglobina que, neste momento, esto carregando oxig&nio de seus pulm!es para o seu crebro foram sinteti$adas durante o m&s passado7 dentro de um m&s elas sero degradadas e substitudas por novas molculas. 1 glicose que voc& ingeriu em sua 3ltima refeio est agora circulando em sua corrente sangEnea7 antes do dia terminar estas molculas de glicose tero sido convertidas em alguma outra subst0ncia, como di/xido de carbono ou gordura, e substitudas por um suprimento novo de molculas de glicose. 1 quantidade de emoglobina e glicose no sangue permanece quase constante porque a velocidade de sntese ou a ingesto de cada uma delas equilibra,se com a velocidade de quebra, consumo ou converso em algum outro produto )*ig. +,>-. 1 const0ncia da concentrao no , entretanto, reflexo da inrcia qumica desses compostos, mas o resultado de um estado estacion!rio din)mico. 's organismos transformam energia e matria do meio ambiente 1s clulas vivas e os organismos precisam reali$ar trabal o para permanecerem vivos e para se reprodu$irem. 1 sntese contnua de componentes celulares requer trabal o qumico7 o ac3mulo e a reteno de sais e de vrios compostos org0nicos contra um gradiente de concentrao envolve um trabal o osm/tico7 a contrao de um m3sculo ou o movimento do flagelo de uma bactria representa trabal o mec0nico. 1 bioqumica examina estes processos pelos quais a energia extrada, canali$ada e consumida7 assim essencial desenvolver e entender os princpios fundamentais da bioenergtica I transforma!es ou trocas de energia das quais todos organismos vivos dependem. (ara rea!es que ocorrem em soluo, podemos definir um sistema como todos os reagentes e produtos, o solvente e a atmosfera pr/xima, ou se#a, tudo o que est dentro de uma regio definida do espao. Juntos, o sistema e seus arredores constituem o universo. .e o sistema no troca matria e nem energia com seus arredores, ele dito ser fec*ado. .e o sistema troca energia mas no matria com seu meio, ele dito sistema isolado7 se troca ambos energia e matria com o meio, ele um sistema aberto.

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2m organismo vivo um sistema aberto, ele troca ambos matria e energia com seu meio. Organismos vivos usam duas estratgias para captar energia do seu meioF )+- eles obt&m combustveis qumicos da vi$in ana e extraem energia oxidando,os7 ou )4- eles absorvem energia da lu$ solar. - Organismos vivos criam e mantm suas estruturas complexas e ordenadas usando energia extrada de combustveis ou luz solar 1 primeira lei da termodin0mica foi desenvolvida a partir de con ecimentos fsicos e qumicos, mas totalmente vlida para os sistemas biol/gicos7 ela descreve o princpio da conservao de energiaF , Em ual uer mudan!a "sica ou umica a uantidade de energia total do universo permanece constante# embora a "orma de energia possa mudar. 1s clulas so transdutores consumados de energia. %las so capa$es de, com grande efici&ncia, interconverter energia qumica, eletromagntica, mec0nica e osm/tica )*ig. +,@-. Os transdutores biol/gicos de energia diferem da maioria das mquinas comuns que dependem de diferenas de presso e temperatura. 2ma mquina a vapor, por exemplo, converte a energia qumica do combustvel em calor, aumentando a temperatura de uma poro de gua at seu ponto de ebulio para produ$ir vapor dKgua em alta presso, o qual aciona um mecanismo qualquer. O motor de combusto interna, da mesma forma, depende de mudanas na temperatura e na presso. %m contraste, todas as partes de um organismo vivo precisam operar H mesma temperatura e presso, e o fluxo de calor no uma fonte utili$vel de energia. - $s clulas vivas s%o motores umicos ue "uncionam & temperatura constante. ' fluxo de eltrons fornece energia para os organismos (raticamente todos os seres vivos tiram sua energia, direta ou indiretamente, da energia radiante da lu$ solar, a qual nasce de rea!es de fuso termonuclear que formam o elemento lio e que ocorrem no interior do .ol )*ig. +,L-. 1s clulas fotossintticas absorvem a energia radiante do .ol e a utili$am para retirar eltrons da molcula de gua e adicion,los H molcula de di/xido de carbono, formando produtos ricos em energia como o amido e a sacarose. Quando promovem estas rea!es, a maioria dos organismos fotossintticos libera oxig&nio molecular na atmosfera )*ig. +,M-. %m 3ltima anlise, os organismos que no executam a fotossntese obt&m energia para suas necessidades pela oxidao dos produtos ricos em energia elaborados pela fotossntese, passando eltrons para o oxig&nio atmosfrico e sinteti$ando gua, di/xido de carbono e outros produtos finais, os quais so reciclados no meio ambiente. Nirtualmente todos os transdutores de energia nas clulas podem ser relacionados ao fluxo de eltrons de uma molcula para outra na oxidao de combustveis, ou na captura de energia luminosa durante a fotossntese. %ste fluxo de eltrons 8morro,abaixo9, quer di$er, de um potencial eletroqumico maior para outro menor7 como tal, ele formalmente anlogo ao fluxo de eltrons em um circuito eltrico acionado por uma bateria. Godas estas rea!es que envolvem fluxos de eltrons so rea(+es de oxida( o, redu( o. 1ssim, emergem outros princpios caractersticos do estado vivo da matriaF - $s necessidades energticas de# virtualmente# todos os organismos s%o providas# direta ou indiretamente# pela energia solar.

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- O "luxo de eltrons nas rea!'es de oxida!%o-redu!%o a base da transdu!%o e da conserva!%o da energia nas clulas vivas. - (odos os organismos vivos s%o dependentes uns dos outros# atravs da troca de matria e energia via meio ambiente. Acoplamento de energia liga rea(+es em biologia O tema central em bioenergtica o modo pelo qual energia do metabolismo de combustveis ou da captura de lu$ acoplada a rea!es que requerem energia. 6onsidere o exemplo mec0nico simples de acoplamento de energia mostrado na figura +,<a. 2m ob#eto no alto de um plano inclinado tem uma certa quantidade de energia potencial devido H sua altura. %ste ob#eto tende a desli$ar para baixo espontaneamente, perdendo a sua energia potencial de posio na medida em que se aproxima do solo. Quando um instrumento apropriado, constitudo de correias e polias, ligado ao ob#eto, o movimento espont0neo para baixo pode reali$ar uma certa quantidade de trabal o, uma quantidade nunca maior que a variao da energia potencial de posio. 1 quantidade de energia realmente disponvel para reali$ao de trabal o c amada de energia livre, G, ser sempre um pouco menor que a variao total em energia, porque uma parte da mesma dissipada, como calor de frico. Quanto maior a elevao do ob#eto em relao H sua posio final, maior ser a variao da energia quando ele desli$a para baixo, e maior a quantidade de trabal o que pode ser reali$ado. Oea!es qumicas podem ser acopladas, assim que uma reao liberadora de energia dirige uma reao que requer energia. Oea!es qumicas em sistemas fec ados ocorrem espontaneamente at que o equilbrio se#a alcanado. Quando um sistema est no equilbrio, a velocidade de formao do produto exatamente igual H velocidade na qual o produto convertido para reagente. (ortanto no existe nen uma variao lquida nas concentra!es de reagentes e produtos e um 8estado estacionrio9 alcanado. 1 variao de energia, que ocorre enquanto o sistema se move de seu estado inicial para o equilbrio, a presso e temperatura constantes, dada pela varia( o de energia livre- ".. 1 grande$a de )P depende da reao qumica particular e o quanto o sistema inicialmente est longe do equilbrio. 6ada composto envolvido em uma reao qumica contm uma certa quantidade de energia potencial relacionada com o tipo e o n3mero de suas liga!es. Nas rea!es que ocorrem espontaneamente, os produtos tem menos energia livre que os reagentes, assim a reao libera energia livre, que est disponvel para reali$ar trabal o. Gais rea!es so exerg/nicas, e o declnio na energia livre a partir dos reagentes para os produtos expresso como um valor negativo. Oea!es enderg/nicas requerem uma quantidade de energia, e seus valores de )P so, portanto, positivos. 1ssim como nos processos mec0nicos, somente parte da energia liberada nas rea!es bioqumicas exergDnicas pode ser usada para executar trabal o. Nos sistemas vivos, parte da energia dissipada como calor, ou perdida para aumentar a entropia, uma medida a desorgani$ao, que ser definida com mais rigor no captulo +5. Nos organismos vivos, como no exemplo mec0nico na *igura +,<a, uma reao exergDnica pode ser acoplada a uma reao endergDnica ou a um processo para condu$ir rea!es diferentes desfavorveis. *igura +,<b ilustra este princpio para o caso da sntese de glicose @,fosfato, uma reao que ocorre em clulas do m3sculo. 1 maneira mais simples de produ$ir glicose @,fosfato seria pela reao +, que endergDnica )(i uma abreviao para fosfato inorg0nico, Q(O 5A,. No se preocupem com as estruturas destes compostos agora7 elas sero descritas em detal es mais tarde-.

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Oeao +F glicose R (i ) glicose @,fosfato )endergDnica, )P positivoNesta reao, o produto contm mais energia que os reagentes. 2ma segunda reao, muito exergDnica, pode ocorrer nas clulas vivas. Oeao 4F 1G( ) 1"( R (i )exergDnica, )P negativoNesta reao os produtos cont&m menos energia que os reagentes I a reao libera energia. 1s duas rea!es qumicas compartil am um intermedirio comum, (i, o qual consumido na reao + e produ$ido na reao 4. 1s duas rea!es podem ser acopladas na forma de uma reao A, que escrita como a soma das rea!es + e 4, com o intermedirio comum (i, omitido dos dois lados da equaoF Oeao AF glicose R 1G( ) glicose @,fosfato R 1"( (orque a energia liberada na reao 4 maior do que aquela consumida na reao +, a reao A exergDnicaF alguma energia liberada ))P A na *ig. +,<b-. 6lulas vivas ento sinteti$am glicose @, fosfato catalisando uma reao direta entre glicose e 1G(, de fato acoplando reao + H reao 4. O acoplamento de rea!es endergDnicas com aquelas exergDnicas absolutamente central para trocas de energia nos sistemas vivos. O mecanismo pelo qual acoplamento de energia ocorre nas rea!es biol/gicas via um intermedirio compartil ado. Neremos que na reao 4 na *igura +,<b, a quebra de adenosina trifosfato "AT0% a reao exergDnica, que dirige muitos processos endergDnicos, nas clulas. "e fato 1G( )*ig. +,+?- o maior transportador de energia qumica em todas as clulas, acoplando processos endergDnicos Hqueles exergDnicos. O grupo fosfato terminal do 1G(, sombreado de rosa escuro na *igura +,+?, transferido para uma variedade de molculas receptoras, que so ativadas para favorecer transforma!es qumicas. 1denosina difosfato )1"( reciclado )fosforilado- para 1G(, Hs custas de energia qumica )durante oxidao dos combustveis- ou da lu$ solar )na fotossntese celular-. - )ea!'es celulares enderg*nicas s%o dirigidas pelo seu acoplamento a processos umicos ou "oto umicos exerg*nicos atravs de intermedi+rios umicos compartilhados. As en1imas promovem rea(+es qumicas em cadeia O fato de uma reao ser exergDnica no significa que ela necessariamente se processar de forma rpida. O camin o que vai do reagente ao produto quase que invariavelmente envolve uma barreira energtica, c amada barreira da ativao )*ig. +,++-, a qual precisa ser superada para que qualquer reao ocorra. 1 quebra e a sntese de liga!es geralmente requerem o tensionamento e a toro das liga!es existentes, criando um estado de transi( o de alto nvel de energia livre, tanto em relao ao reagente quanto ao produto. O ponto mais alto da coordenada da reao, no diagrama, representa o estado de transio. 1s barreiras de ativao so crucialmente importantes para a estabilidade das biomolculas existentes nos sistemas vivos. Quando isoladas dos demais componentes celulares, a maioria das biomolculas so estveis por dias, ou mesmo anos, no interior das clulas7 entretanto, elas sofrem transforma!es qumicas em milissegundos. .em a barreira de ativao, as biomolculas no interior das clulas seriam rapidamente quebradas em forma simples e de pequeno conte3do energtico. O tempo de exist&ncia das molculas complexas seria muito curto, e a extraordinria continuidade e organi$ao da vida seriam impossveis. No interior das clulas todas as rea!es qumicas ocorrem devido H presena de en1imas I catalisadores que so capa$es de aumentar enormemente a velocidade de rea!es qumicas especficas sem serem consumidos no processo. 1s en$imas como catalisadores agem diminuindo a barreira de ativao entre o reagente e o produto. 1 energia de ativa( o ),S7 *ig.+,++-

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requerida para superar essa barreira energtica pode, em princpio, ser suprida pelo aquecimento da mistura de reao, mas esta opo no possvel nas clulas vivas. 1ssim, durante a reao, as en$imas ligam,se Hs molculas dos reagentes no estado de transio, diminuindo, desta maneira, a energia de ativao e acelerando enormemente a velocidade da reao )*ig. +,+4-. 1 relao entre a energia de ativao e a velocidade da reao exponencial7 uma pequena diminuio no ,S resulta em um grande aumento na velocidade da reao. 1s rea!es catalisadas por en$imas normalmente se processam a velocidades ao redor de +? +? at +?+5 ve$es maior do que as rea!es no catalisadas. 1s en$imas so protenas, com um n3mero muito pequeno de exce!es, como molculas de ON1, que sero consideradas no captulo 4@. 6ada protena en$imtica especfica para a catlise de uma determinada reao e cada reao no interior da clula catalisada por uma en$ima diferente. 6ada clula requer, portanto, mil ares de tipos diferentes de en$imas. 1 multiplicidade de en$imas, a sua alta especificidade para os reagentes e a sua suscetibilidade H regulao do Hs clulas a capacidade de diminuir as barreiras de ativao seletivamente. %sta seletividade crucial na efica$ regulao dos processos celulares. 1s mil ares de rea!es qumicas en$imaticamente catalisadas nas clulas so funcionalmente organi$adas em muitas seqE&ncias diferentes de rea!es consecutivas c amadas vias, nas quais o produto de uma reao torna,se o reagente para a pr/xima reao )*ig. +,+A-. 1lgumas dessas seqE&ncias de rea!es en$imaticamente catalisadas, degradam nutrientes org0nicos em produtos finais simples, de forma a extrair energia qumica e convert&,la em uma forma utili$vel pela clula. Juntos esses processos degradativos liberadores de energia livre so designados por catabolismo. Outras vias en$imaticamente catalisadas partem de molculas precursoras pequenas e as convertem, progressivamente, em molculas maiores e mais complexas, incluindo protenas e cidos nuclicos. %ssas vias sintticas requerem invariavelmente a adio de energia, e quando consideradas em con#unto representam o anabolismo. %sse con#unto de vias imbricadas e en$imaticamente catalisadas constitui o que c amamos de metabolismo. O 1G( o mais importante elo de conexo )intermedirio compartil ado- entre as redes de rea!es catalisadas en$imaticamente catab/licas e anab/licas )*ig. +,+5-. %ssas redes de rea!es catalisadas por en$imas so virtualmente id&nticas em todos os organismos vivos. - O $(- transportador universal de energia metablica e une o catabolismo e o anabolismo. ' metabolismo regulado para ser econ/mico e equilibrado 1s clulas vivas no s/ podem sinteti$ar simultaneamente mil ares de tipos diferentes de molculas de carboidratos, lipdios, protenas e cidos nuclicos e suas subunidades mais simples, mas tambm podem fa$&,lo nas precisas propor!es requeridas pelas clulas. (or exemplo, quando ocorre uma rpida multiplicao celular, os precursores de protenas e cidos nuclicos precisam ser sinteti$ados em grandes quantidades, enquanto as necessidades por esses precursores para clulas, que no esto em processo de multiplicao, so muito redu$idas. 1s en$imas,c ave em cada via metab/lica so reguladas de tal forma, que cada tipo de molcula precursora produ$ido em quantidade apropriada Hs necessidades correntes da clula. 6onsidere a via mostrada na figura +,+>, a qual leva H sntese da isoleucina )um dos aminocidos, as subunidades monomricas das protenas-. .e a clula comea a produ$ir mais isoleucina do que o necessrio para a sntese protica, a isoleucina no utili$ada acumula,se. 1ltas concentra!es de isoleucina inibem a atividade cataltica da primeira en$ima na via, diminuindo, imediatamente, a produo

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desse aminocido. %sta retroalimenta( o )8feedbacT9- negativa mantm em equilbrio a produo e a utili$ao de cada intermedirio metab/lico. 1s clulas vivas tambm regulam a sntese dos seus catalisadores, as en$imas. 1ssim, uma clula pode desativar a sntese de uma en$ima necessria para a produo de um determinado produto, enquanto este produto obtido # pronto do meio ambiente. %stas propriedades de auto, a#ustar,se e auto,regular,se, permitem Hs clulas manterem,se em um estado de equilbrio din0mico, a despeito das flutua!es do ambiente externo. , $s clulas vivas s%o m+ uinas m+xima. umicas auto-reguladas e a.ustadas para uma economia

Transfer2ncia da informa( o biolgica 1 exist&ncia permanente de espcies biol/gicas requer que sua informao gentica se#a mantida em uma forma estvel e, ao mesmo tempo, expressada com um n3mero muito pequeno de erros. O arma$enamento efetivo e a expresso acurada da mensagem gentica definem cada espcie individual, distinguem,nas umas das outras e asseguram a sua continuidade por gera!es sucessivas. %ntre as descobertas mais produtivas da biologia do sculo UU esto a nature$a qumica e a estrutura tridimensional do material gentico, o "N1. 1 seqE&ncia de desoxirribo nucleotdeos no polmero linear codifica as instru!es para a formao de todos os outros componentes celulares e proporciona um molde para a reproduo de molculas id&nticas de "N1 a serem distribudas para as clulas fil as, ou prog&nie, quando a clula se multiplica. A continuidade gentica atribui( o das molculas de #$A Galve$ a mais notvel de todas as propriedades das clulas e organismos vivos se#a sua abilidade de reprodu$irem,se com fidelidade quase perfeita por incontveis gera!es. %sta continuidade de caratersticas transmitidas ereditariamente implica a const0ncia, por mil ares ou mil !es de anos, da estrutura das molculas que cont&m a informao gentica. (ouqussimos registros ist/ricos da civili$ao, mesmo aqueles gravados em cobre ou roc a, t&m sobrevivido por mais de um mil o de anos. Bas existe uma boa evid&ncia de que as instru!es genticas dos organismos vivos t&m permanecido quase imutveis por perodos muito mais longos7 muitas bactrias t&m aproximadamente os mesmos taman os, formas, estruturas internas e cont&m os mesmos tipos de precursores moleculares e en$imas, como aquelas que viveram bil !es de anos atrs )*ig. +,+@-. 1 informao ereditria preservada no "N1, um polmero org0nico longo e fino to frgil que sua molcula fragmentada sob a ao das foras que aparecem em uma soluo quando agitada ou pipetada. O esperma ou o /vulo umano, carregando a informao ereditria acumulada por mil !es de anos de evoluo, transmite essas instru!es na forma de molculas de "N1, no qual a seqE&ncia linear de nucleotdeos unidos covalentemente codifica a mensagem gentica. A estrutura do #$A permite o seu reparo e a sua replica( o com fidelidade quase perfeita 1 capacidade das clulas vivas de preservar o seu material gentico para a gerao seguinte resulta da complementaridade estrutural entre as duas metades da molcula do "N1 )*ig. +,+L-. 1 unidade bsica do "N1 um polmero linear de quatro subunidades monomricas diferentes, os desoxirribonucleotdeos )ve#a *ig. +,A-, arran#ados em uma seqE&ncia linear

+?
precisa. V esta seqE&ncia linear que codifica a informao gentica. "uas destas fitas polimricas so enroladas uma ao redor da outra para formar a dupla lice do "N1, na qual cada subunidade monomrica em uma fita fa$ par com a subunidade complementar na fita oposta. Na replicao en$imtica ou no reparo do "N1, uma das duas fitas serve como molde para a montagem de outra fita de "N1 e que estruturalmente complementar. 1ntes que uma clula sofra diviso, as duas fitas de "N1 separam,se e cada uma serve como molde para a sntese de uma fita complementar, gerando duas molculas em dupla, lice id&nticas, uma para cada clula fil a. .e uma fita danificada, a continuidade da informao assegurada pela informao presente na outra fita. - $ in"orma!%o gentica est+ codi"icada na se /0ncia linear de uatro tipos de subunidades do 12$. - $ molcula em dupla-hlice do 12$ contm um molde interno para sua prpria replica!%o e repara!%o. Mudan(as nas instru(+es *eredit!rias permitem a evolu( o 1 despeito da fidelidade pr/xima da perfeio com que a replicao gentica feita, erros pouco freqEentes e irreparveis, no processo de replicao, produ$em mudanas na seqE&ncia de nucleotdeos do "N1, representando uma muta( o gentica )*ig. +,+M-. O mesmo efeito obtido por reparao imperfeita dos danos causados a uma das fitas do "N1. 1s muta!es podem alterar as instru!es para a produo de componentes celulares. Buitas muta!es so deletrias, ou mesmo letais, para o organismo7 podem, por exemplo, provocar a sntese de uma en$ima defeituosa que no capa$ de catalisar uma reao metab/lica essencial. Ocasionalmente a mutao provoca uma mel or condio de um organismo ou clula para sobreviver no meio em que se encontra. 1 en$ima mutante pode, por exemplo, ter adquirido especificidade ligeiramente diferente, de tal forma que ela , agora, capa$ de utili$ar como reagente um certo composto, o qual a clula era previamente incapa$ de metaboli$ar. .e uma populao de clulas se encontra em um meio no qual o composto considerado era a 3nica fonte de alimento disponvel, a clula mutante ter uma vantagem sobre as demais que no sofreram a mutao ) tipo,selvagem-. 1 clula mutante e sua prog&nie sobrevivero no novo ambiente, enquanto as clulas tipo,selvagem ficaro desnutridas e sero eliminadas. Naria!es genticas ao acaso em indivduos no interior de uma populao, combinadas com a seleo natural )sobreviv&ncia dos indivduos mais aptos em um meio desafiador ou que sofre mudanas-, t&m resultado na evoluo de uma variedade enorme de organismos, cada um adaptado a viver em um determinado nic o ecol/gico. A anatomia molecular revela rela(+es evolucion!rias 1 bioqumica tem confirmado e estendido muito a teoria evolucionria. No sculo UN=== o naturalista 6arolus Winnaeus recon eceu as similitudes e diferenas anatDmicas entre os organismos vivos e forneceu uma base para estudar o relacionamento das espcies diferentes. 6 arles "ar:in, no sculo U=U, deu,nos uma ip/tese unificadora para explicar a filogenia dos organismos modernos I a origem de espcies diferentes a partir de um ancestral comum. 1 bioqumica, no sculo UU, comeou a revelar a anatomia molecular das clulas de diferentes espcies I a seqE&ncia de subunidades nos cidos nuclicos e protenas e as estruturas tridimensionais de molculas individuais de cidos nuclicos e protenas.

++
%m nvel molecular, a evoluo a emerg&ncia, no tempo, de diferentes seqE&ncias de nucleotdeos no interior dos genes. 6om novas seqE&ncias genticas sendo determinadas experimentalmente quase todos os dias, os bioqumicos t&m um vasto e rico tesouro de evid&ncias com o qual podem analisar as rela!es evolucionrias e refinar a teoria da evoluo. 1s seqE&ncias de nucleotdeos de genomas inteiros )o genoma o dote gentico completo de um organismoesto sendo determinadas )Gabela +,+-. 1s seqE&ncias genDmicas de um n3mero de eubactrias, e uma arquibactria, um microrganismo eucari/tico )3accharom4ces cerevisiae-, e um animal multicelular )5aenorhabelitis elegans- foram determinadas7 seqE&ncias de uma planta )$rabidopis thaliana- e mesmo do Qomo .apiens sero con ecidas logo. 6om estas seqE&ncias em mos, compara!es quantitativas, altamente detal adas, entre as espcies proporcionaro esclarecimentos sobre o processo evolucionrio. 1 filogenia molecular derivada das seqE&ncias de genes consistente com, mas em muitos casos mais precisa do que, a filogenia clssica baseada em estruturas macrosc/picas. Os mecanismos e as estruturas moleculares t&m sido conservados durante o processo evolucionrio, embora os organismos ten am divergido continuamente em nvel anatDmico macrosc/pico. (orm, em nvel molecular a unidade bsica da vida facilmente visvel7 mecanismos e estruturas moleculares cruciais so notavelmente similares desde o organismo mais simples at o mais complexo. 1 bioqumica tornou possvel descobrir as caratersticas unificadoras comuns a todas as formas de vida. A seq32ncia linear do #$A codifica protenas com estruturas tridimensionais 1 informao no "N1 est codificada em uma seqE&ncia linear )unidimensional- de unidades de nucleotdeos, mas a expresso desta informao resulta em uma clula tridimensional. %sta mudana de uma para tr&s dimens!es ocorre em duas fases. 2ma seqE&ncia linear de desoxirribonucleotdeos no "N1 codifica )atravs do ON1 intermedirio- a produo de uma protena com uma seqE&ncia linear correspondente de aminocidos )*ig. +,+<-. 1 protena dobra, se sobre si mesma, numa forma tridimensional particular, ditada por sua seqE&ncia de aminocidos e estabili$ada por intera!es no covalentes. %mbora a forma final da protena dobrada ditada por uma seqE&ncia de aminocidos, o processo de enovelamento auxiliado pelas protenas que atuam como protenas,guias moleculares )chaperones moleculares- que evitam o enovelamento incorreto. 1 estrutura tridimensional precisa ) conforma( o nativa- crucial para a funo da protena, quer como catalisadora quer como elemento estrutural. - $ se /0ncia linear de amino+cidos em uma protena leva & a uisi!%o de uma estrutura tridimensional 6nica e exclusiva atravs de um processo de automontagem. 2ma ve$ que uma protena ten a se enrolado em sua conformao nativa, ela pode se associar de forma no,covalente com outras protenas, ou com cidos nuclicos ou com lipdios, para formar complexos supramoleculares como os cromossomos, os ribossomos e as membranas. %stes complexos so em muitos casos automontados. 1s molculas individuais destes complexos t&m stios de ligao m3tuos, especficos e de alta afinidade, e, dentro da clula, formam espontaneamente complexos funcionais. - $s macromolculas individuais com a"inidade espec"ica por outras macromolculas automontam-se em complexos supramoleculares. 4ntera(+es n o,covalentes estabili1am as estruturas tridimensionais

+4
1s foras que do estabilidade e especificidade Hs estruturas tridimensionais das macromolculas e aos complexos supramoleculares so, em sua maior parte, intera!es no, covalentes. %stas intera!es, individualmente fracas, mas coletivamente fortes, incluem pontes de idrog&nio, intera!es iDnicas entre grupos eletricamente carregados, intera!es de van der Xaals e intera!es idrof/bicas entre grupos no,polares. 1s intera!es fracas so transientes7 individualmente elas formam,se e rompem,se em pequenas fra!es de segundo. 1 nature$a transiente das intera!es no,covalentes confere flexibilidade Hs macromolculas, flexibilidade esta que crtica para suas fun!es. 1lm disso, o grande n3mero de intera!es no,covalentes em uma 3nica macromolcula torna improvvel que em dado instante todas as intera!es este#am rompidas7 assim, as estruturas macromoleculares so estveis ao longo do tempo. - $s estruturas biolgicas tridimensionais combinam as propriedades de "lexibilidade e de estabilidade. 1 flexibilidade e a estabilidade da estrutura em dupla, lice da molcula do "N1 so devidas H complementaridade das suas duas fitas e Hs numerosas intera!es fracas que existem entre elas. 1 flexibilidade destas intera!es permite a separao das fitas durante a replicao do "N1 )ve#a a *ig. +,+L-7 a complementaridade da dupla, lice essencial para a continuidade gentica. =ntera!es no,covalentes so tambm centrais na especificidade e na efici&ncia cataltica das en$imas. 1s en$imas ligam os intermedirios no estado de transio atravs de numerosas liga!es fracas, as quais so, entretanto, precisamente orientadas. 6omo as intera!es fracas so flexveis, o complexo sobrevive Hs distor!es que ocorrem durante a transformao do reagente em produto. 1 formao de intera!es no,covalentes fornece a energia para a automontagem de macromolculas pela estabili$ao das conforma!es nativas em detrimento das formas dobradas ao acaso. 1 conformao nativa de uma protena tal que as vantagens energticas de formar intera!es fracas contrabalanam a tend&ncia da cadeia protica de assumir formas dobradas ao acaso. "ados uma seqE&ncia linear especfica de aminocidos e um con#unto especfico de condi!es )temperatura, condi!es iDnicas, pQ-, uma protena assumir sua conformao nativa espontaneamente, sem a necessidade de um molde ou padro para dirigir ou orientar o acoplamento. As ra1es fsicas do mundo bioqumico (odemos, agora, sumariar os vrios princpios da l/gica molecular da vidaF - 7ma clula viva um sistema isotrmico de macromolculas ue se autocontm# automonta# auto-a.usta e autoperpetua# e ue extrai energia livre do seu meio ambiente. - $ clula usa esta energia para manter-se em um estado estacion+rio din8mico# distante do e uilbrio com o seu meio ambiente. - $s v+rias trans"orma!'es umicas dentro das clulas s%o organizadas em uma rede de vias de rea!'es# promovidas a cada etapa por catalisadores espec"icos# chamados enzimas# as uais a prpria clula produz. 7ma grande economia das partes e processos atingida pela regula!%o da atividade de enzimas chaves.

+A
- $ auto-replica!%o atravs de muitas gera!'es conseguida pelo sistema linear de codi"icar a in"orma!%o# ue auto-repar+vel. $ in"orma!%o gentica# codi"icada como se /0ncias de subunidades de nucleotdeos no 12$ e no )2$# especi"ica a se /0ncia de amino+cidos em cada protena# o ue# em 6ltima an+lise# determina a estrutura tridimensional e a "un!%o de cada protena. - Muitas intera!'es "racas# n%o-covalentes# agindo cooperativamente# estabilizam as estruturas tridimensionais das biomolculas e dos complexos supramoleculares e permitindo "lexibilidade su"iciente para a!'es biolgicas. 1s rea!es qumicas e a regulao dos processos foram altamente refinadas durante a evoluo. No entanto, no importa o quanto paream complexas, a maquinaria org0nica das clulas vivas funciona dentro do mesmo con#unto de leis que governa a operao das mquinas inanimadas. %ste con#unto de princpios tem sido confirmado pelo estudo de organismos unicelulares, tais como a bactria E. coli# os quais so excepcionalmente apropriados ao estudo bioqumico e gentico. %mbora os organismos multicelulares precisem resolver certos problemas no encontrados por organismos unicelulares, como a diferenciao do ovo fertili$ado em tipos celulares especiali$ados, os mesmos princpios t&m sido encontrados como aplicveis tambm a eles. % aos seres umanos, com suas extraordinrias capacidades de pensamento, linguagem e criatividade, possvel que se#am aplicveis estas afirma!es simples e mec0nicas' O recente passo do progresso bioqumico em direo ao entendimento de tais processos, como a regulao gentica, a diferenciao celular, a comunicao entre as clulas e a funo dos neurDnios, tem sido extraordinariamente rpido, e est em processo de acelerao. O sucesso dos mtodos bioqumicos em resolver e redefinir estes problemas #ustifica a esperana de que as fun!es mais complexas dos organismos mais desenvolvidos sero, eventualmente, explicveis em termos moleculares. Os fatos relevantes da bioqumica so muitos7 o estudante que aborda este assunto pela primeira ve$ pode, ocasionalmente, senti,lo acima de suas foras. Galve$ o mais encora#ador no desenvolvimento da Yiologia do .culo UU se#a o con ecimento de que, apesar de toda vasta diversidade do mundo biol/gico, uma unidade e simplicidade bsicas nos processos pr/prios da vida. Os princpios organi$adores, a unidade bioqumica e a perspectiva evolucionria da diversidade, expostos no nvel molecular serviro como par0metros de refer&ncia que auxiliaro o estudo da bioqumica. Leitura adicional 1simov = )+<@4- 9i"e and Energ4: $n Exploration o" the -h4sical and 5hemical ;asis o" Modern ;iolog4. "oubledaZ [ 6o., =nc., Ne: \orT. 2ma descrio cativante do papel das transforma!es energticas na biologia, escrita para o ne/fito inteligente. Ylum Q* )+<@M- (ime<s $rro= and Evolution# Ard edn. (rinceton 2niversitZ (ress, (rinceton, NJ. 2ma excelente discusso da maneira pela qual a segunda lei da termodin0mica tem influenciado a evoluo biol/gica. "ar:in 6 )+<@5- On the Origin o" 3pecies. $ >acsimile o" the >irst Edition (published in ?@AB)# Qarvard 2niversitZ (ress, 6ambridge, B1.

+5
2m dos mais influentes trabal os cientficos # publicados. "ulbecco O )+<ML- (he 1esign o" 9i"e# \ale 2niversitZ (ress, Ne: Qaven, 6G. 2ma introduo excelente e incomum H biologia. *ruton J. )+<L4- Molecules and 9i"e. Cistorical Essa4s on the Dnterpla4 o" 5hemistr4 and ;iolog4. XileZ =nterscience, Ne: \orT. %sta srie de ensaios descreve o desenvolvimento da bioqumica desde os estudos de (asteur sobre a fermentao at os estudos atuais sobre o metabolismo e a transfer&ncia de informao. *ruton J. )+<<4- $ 3Eeptical ;iochemist# Qarvard 2niversitZ (ress, 6ambridge, B1. Jacob * )+<LA- (he 9ogic o" 9i"e: $ Cistor4 o" Ceredit4# (ant eon YooTs =nc., Ne: \orT. Originalmente publicado em +<L? como 9a logi ue du vivant: une histoire de l<hrdit# %ditions Pallimard, (aris. 2ma fascinante descrio ist/rica e filos/fica da rota pela qual c egamos ao atual con ecimento molecular da vida. Judson Q* )+<L<- (he Eighth 1a4 o" 5reation. (he MaEers o" the )evolution in ;iolog4 , Jonat an 6ape, Wondon. 2m interessante e aut&ntico relato sobre a ascenso da bioqumica e da biologia molecular no sculo vinte. ]ornberg 1 )+<ML- G e t:o culturesF c emistrZ and biologZ. ;iochem. 4@, @MMM,@M<+. 1 import0ncia da aplicao de ferramentas qumicas aos problemas biol/gicos, descritos por um experimentador eminente. BaZr % )+<<L- (his is ;iolog4. G e .cience of t e Wiving Xorld, YelTnap (ress, 6ambridge, B1. 2ma ist/ria do desenvolvimento da ci&ncia, com &nfase especial na evoluo "ar:iniana, por um eminente seguidor da escola de "ar:in. Bonod J )+<L+- 5hance and 2ecessit4# 1lfred 1. ]nopf, =nc., Ne: \orT )Nerso broc ura da Nintage YooTs, Ne: \orT, +<L4-. Originalmente publicado em +<L? como 9e hasard et la ncessit# %ditions du .euil, (aris. 2ma explorao das implica!es filos/ficas do con ecimento biol/gico. .c r;dinger % )+<55- Fhat is 9i"eG 6ambridge 2niversitZ (ress, Ne: \orT )Oeimpresso, +<>@, em Fhat is 9i"eG and Other 3cienti"ic Essa4s# "oubledaZ 1nc or YooTs, Parden 6itZ, N\-. 2ma viso provocativa da biologia, escrita por um eminente fsico,qumico.