La recherche

en biologie

en France

Les sciences du vivant mobilisent une grande part de la recherche en couvrant des domaines o les implications et enjeux actuels sont sans doute les plus importants pour lvolution du monde.

LInstitut Pasteur, de la vaccination au gnome humain, plus dun sicle de recherche mdicale en France
Il est difficile, en France, de parler de biologie sans voquer le grand Pasteur. Il a t le premier professeur de microbiologie et apparat comme le fondateur de limmunologie. Fond en 1888, lInstitut Pasteur a bnfici dune souscription internationale grce au prestige et l'efficacit de son action reconnue dans le monde entier. Le rseau des Instituts Pasteur compte prsent 29 tablissements rpartis sur cinq continents en dehors de la France. Aprs stre battu contre rage, peste, diphtrie, ttanos, typhus, fivre jaune, tuberculose, poliomylite, les Pasteuriens (8 prix Nobel depuis 1900) ont t des acteurs majeurs de la lutte contre le SIDA. A la belle figure dAlexandre Yersin, biologiste franco-suisse qui dcouvrit lagent pathogne de la peste (Yersinia Pestis), cra les Instituts Pasteur du Vietnam et participa la cration de lcole de Mdecine de Hano, rpondent celles du professeur Jean-Claude Chermann, du professeur Franoise Barr-Sinoussi, et du professeur Luc Montagnier, russissant isoler les virus du SIDA, VIH1 puis VIH2, quipe nobelise en 2008. L'quipe du professeur Pierre Charneau (Unit doncologie virale de Pasteur) travaille sur la mise au point dun nouveau vecteur qui apporterait les bons gnes dans des cellules jusqu'alors inaccessibles la thrapie gnique.

Ce type de recherche est galement au cur de lactivit du professeur Daniel Scherman, en troite collaboration avec le CNRS, lINSERM et lUniversit dEvry-Val dEssonne, au Gnthon, premire entreprise de biotechnologie europenne but non lucratif et pionnier de la recherche sur le gnome humain.

Linternationalisation ncessaire
La carrire franco-amricaine du professeur Luc Montagnier, entre autres, comme la coopration du professeur Hoffmann, cit plus haut, avec les quipes des universits de Cambridge au Royaume-Uni et Yale aux tats-Unis, prouvent la ncessit dune coopration entre les laboratoires de diffrents pays : la recherche en biologie illustre de faon exemplaire linternationalisation croissante de la science. Des jeunes scientifiques venus du monde entier suivent ainsi des cours de haut niveau en microbiologie et en immunologie lInstitut Pasteur : 382 en 2007, auxquels se joignent plus de 800 tudiants et post-doctorants de 56 nationalits, qui viennent se perfectionner dans ses laboratoires. Lesprit pastorien est aussi relay ltranger, dans les pays non francophones, par des spcialistes forms en France : en Angola, pays lusophone, laction contre le SIDA est mene par des Pasteuriens du Brsil, dont le pays est lavant-garde de la prise en charge grande chelle des malades. La mobilisation internationale autour de la surveillance du virus de la grippe en est un autre exemple.

La recherche

en biologie en France

De limagerie crbrale la biothique, la fin des champs tanches

Comme toutes les sciences aujourdhui, la biologie demande des esprits hautement spcialiss et ouverts la multidisciplinarit. Le cloisonnement entre biologie, chimie, physique, en particulier, appartient au pass. Informaticiens, biophysiciens, cristallographes cooprent dans les tudes de rsonance magntique nuclaire, de cristallographie aux rayons X ou de modlisation. Notre ventail [de comptences], va [] du psychiatre au mathmaticien, en passant par la physique, la chimie et la biologie , souligne ainsi le professeur Denis Le Bihan, directeur scientifique de NeuroSpin, grande infrastructure de neuro-imagerie en champ intense cre en 2005 pour servir la biologie. NeuroSpin place la France en pointe de limagerie crbrale par rsonance magntique nuclaire (IRM). Il recevra en 2011 laimant le plus puissant au monde (champ magntique de 11,7 T, diamtre de 90 cm), conu par le Laboratoire de recherches sur les lois fondamentales de lunivers (DAPNIA) du Commissariat lnergie Atomique (CEA), qui depuis 30 ans est l'un des acteurs majeurs de l'imagerie crbrale. Fruit dune coopration dingnieurs franco-allemande, NeuroSpin facilitera les recherches sur les affections neurodgnratives, linfarctus crbral, la correction des handicaps sensoriels,... Mais son ambition est immense, puisquil sagit aussi dtudier sur le cerveau sain pourquoi nous ne pensons pas tous de la mme manire, comment peut-on amliorer les mthodes denseignement actuelles, comment optimiser les relations homme-machine ? Neurospin est associ le professeur Stanislas Dehaene, dont les recherches actuelles tentent de repousser les limites de limagerie crbrale, en lappliquant la recherche de lorigine de la dyscalculie (troubles du calcul), auquel on doit les toutes premires expriences dimagerie crbrale du traitement subliminal des mots. Autre piste de dveloppement, les nanobiotechnologies permettent de multiplier les donnes sur notre corps accessibles aux mdecins, en rduisant lagression que constitue toute exploration de lorganisme. Domaine de recherche part entire, elles se servent des nanotechnologies pour la dcouverte de nouvelles molcules ; elles ouvrent des pistes prometteuses une nouvelle gnration de mdicaments, dits intelligents ; on attend aussi de leurs progrs la reconstruction de tissus aprs des lsions grce des matriaux biocompatibles lchelle de la cellule. Enfin, la prvention apparat comme le chantier des prochaines annes le plus rvolutionnaire , librant de craintes anciennes lespce humaine, suscitant aussi de nouvelles peurs. La biologie systmique prvoit lvolution physique dun individu. Cette possibilit, prsent associe celles de la procration mdicale assiste, des manipulations gntiques effectues sur les plantes, du clonage et de lemploi dembryons humains, soulve des questions graves dont se saisit la biothique.

Une rflexion sur lvolution humaine

Les questions poses par ces nouvelles recherches entranent une rflexion et des interrogations qui viennent alimenter le dbat sur la biothique. Cest le sens du dialogue sans concession tent par le spcialiste de neuroscience Jean-Pierre Changeux, avec le mathmaticien Alain Connes (sur les relations entre cerveau et mathmatiques) et le philosophe Paul Ricur (changes retranscrits dans Ce qui nous fait penser. La nature et la rgle, Paris, O. Jacob, 1998). Jacques Monod, lun des pres de la biologie molculaire (Prix Nobel de Mdecine, avec Franois Jacob et Andr Lwoff, pour leurs dcouvertes sur ladaptation enzymatique cellulaire et la rgulation gntique), avait appel rechercher les causes lmentaires cest--dire les mcanismes molculaires , des phnomnes de la vie, des simples bactries jusqu la conscience rflexive de ltre humain . Ctait il y a un demi-sicle Lactivit de NeuroSpin stimule cette interrogation et confirme, si besoin tait, que les biologistes ne sont plus seuls rflchir sur les limites de la science.

La rvolution de la transgnse et les enjeux du dveloppement durable

La biologie vgtale est bouleverse par la rvolution de la transgnse, qui permet de doter une espce de caractristiques qu'elle ne possde pas naturellement par le transfert de gnes d'un organisme un autre, en s'affranchissant de la barrire de genre et d'espce. Les enjeux du dveloppement durable amnent reconsidrer le rle de linnovation dans lmergence dune agriculture acceptable sur le plan environnemental et socital. Les recherches de lInstitut national de la recherche agronomique (INRA) sintressent ainsi la matrise des biotechnologies vgtales : mcanismes molculaires et cellulaires impliqus dans lorganisation des gnomes et lexpression des gnes. Par ailleurs, lINRA soutient des programmes dveloppant des approches post-gnomiques globales haut dbit, notamment en biologie intgrative des plantes et sur leurs interactions avec leurs bioagresseurs et leurs milieux. Enfin, lINRA travaille sur des techniques qui visent renforcer lefficacit des biotechnologies vgtales, transgniques ou non, en valuant les bnfices, impacts et risques des diffrentes formes dinnovation. Ainsi, en France, lutilisation des organismes gntiquement modifis (OGM) fait lobjet, au nom du principe de prcaution, dexpriences encadres et non dune application gnralise en agriculture.

Les perces franaises en biologie cellulaire

En biologie cellulaire, les cellules souches pluripotentes, ou cellules souches embryonnaires, reprsentent un enjeu essentiel car elles peuvent se reproduire linfini et donner naissance tous les tissus de lorganisme. Grce elles, les chercheurs peuvent tudier le dveloppement de l'embryon, mieux comprendre loncogense, ou encore valuer de nouveaux mdicaments. Mais surtout, les cellules souches embryonnaires seront sans doute bientt au cur de la thrapie cellulaire, qui consiste substituer aux cellules anormales ou disparues des cellules saines. Le professeur Marc Peschanski, chercheur lInstitut national de la sant et de la recherche mdicale (INSERM) la tte de lquipe qui a effectu les premires greffes de neurones ftaux chez des personnes souffrant de la maladie de Huntington, incite toutefois ne pas crier victoire trop tt. La recherche sur lembryon et les cellules souches embryonnaires en France est par ailleurs strictement encadre par la loi de biothique de 2004, rvisable en 2009. Autre exemple des perces de la biologie actuelle : les travaux en matire dimmunologie du professeur Jules Hoffmann, ancien prsident de lAcadmie des Sciences, avec son quipe du Centre national de la recherche scientifique (CNRS) Strasbourg, qui ont permis d'identifier des molcules antimicrobiennes apparues trs rapidement chez la mouche du vinaigre (drosophile), aprs une blessure pathogne. Les tudes portent maintenant sur les ventuelles applications de cette dcouverte la dfense antimicrobienne inne de lhomme, encore trs mal connue. En matire dembryologie exprimentale, lINRA utilise le clonage comme outil de recherche sur les interactions entre le noyau des cellules et leur environnement cytoplasmique. L'institut a ainsi dvelopp une expertise originale fonde sur le clonage d'animaux dlevage : il tudie les risques qui seraient lis lutilisation de clones en levage en matire d'alimentation humaine, en particulier, et mne une rflexion thique sur le clonage animal.

Principaux organismes de recherche

CEA, Commissariat lnergie Atomique : http://www.cea.fr/ Organisme essentiel en matire de recherche, de dveloppement et dinnovation, qui intervient dans lnergie, les technologies pour linformation et la sant Sciences du vivant au CEA : http://www-dsv.cea.fr/content/cea/home/ Dapnia Saclay, Laboratoire de recherche sur les lois fondamentales de lunivers : http://irfu.cea.fr/index.php Catalogue des bibliothques du CEA : http://www-ist.cea.fr/sygeca/exl-php/cadcgp.php CEMAGREF : http://www.cemagref.fr biologie des cosystmes aquatiques, hydrobiologie, microbiologie, traitement biologique des dchets CIRAD : http://www.cirad.fr Centre de coopration internationale en recherche agronomique pour le dveloppement biologie, biodiversit CNRS, Centre National de la Recherche Scientifique : http://www.cnrs.fr Sciences du vivant au CNRS : http://www.cnrs.fr/sdv/ GNTHON : http://www.genethon.fr dveloppement des bioprocds, valuation thrapeutique, gnome humain, maladies gntiques rares (orphelines), stratgies thrapeutiques, transfert de gne IFREMER, Institut Franais de Recherche pour lExploitation de la mer : http://www.ifremer.fr biologie des espces INCA, Institut National du Cancer : http://www.e-cancer.fr/ biologie du cancer, formation la recherche INRA, Institut National de la Recherche Agronomique : http://www.inra.fr biologie vgtale, gntique, microbiologie, nutrition, physiologies animale et vgtale, sant, sciences sociales INSERM, Institut National de la Sant et de la Recherche Mdicale : http://www.inserm.fr biostatistique, pidmiologie gntique, sant Institut Curie : http://www.curie.fr biologie cellulaire et biologie du dveloppement, lutte contre le cancer, imagerie cellulaire et molculaire, immunothrapie, pigntique et gnotoxicologie, gntique et oncogense, mcanismes molculaires de l'oncogense, pharmacochimie, physicochimie du vivant Institut Gustave Roussy : http://www.igr.fr lutte contre le cancer, pidmiologie, gnomique, oncogense, thrapie Institut Pasteur : http://www.pasteur.fr/ip/index.jsp biologie molculaire, immunologie, microbiologie IRD, Institut de Recherche pour le dveloppement : http://www.ird.fr biodiversit, biotechnologies, microbiologie

Liens utiles

ADEME, Agence de l'Environnement et de la Matrise de l'Energie : http://www.ademe.fr Agence de la Biomdecine (cre en 2005, dlivre autorisations de recherche aprs avis de son conseil dorientation, value et contrle) : http://www.agence-biomedecine.fr/fr/activite-recherche.asp Voir aussi le rapport Cellules souches et choix thiques , 2006 sur http://lesrapports.ladocumentationfrancaise. fr/ Base de donnes nationale des biotechnologies : http://biotech.education.fr/ Plateforme E-biosci ; accs un ensemble de donnes (molculaires, littrature scientifique, images) sur les sciences de la vie : http://www.e-biosci.org/ European Molecular Biology Organisation : http://www.embo.org Gnoplante, programme fdrateur en gnomique vgtale : http://www.genoplante.com/ Gnopole, la cit du gne et des biotechnologies : http://www.genopole.fr/html/fr/home/index.htm Entreprises du mdicament : http://www.leem.org Fdration Raumur des sciences du vivant (FRSV) : http://www.reaumur.org/ Groupement des Protistologues de Langue Franaise (GPLF), Club Exocytose - Endocytose, Socit de Biologie Cellulaire de France (SBCF), Socit Franaise de Biologie du Dveloppement (SFBD), Socit Franaise de Gntique (SFG), Socit Franaise des Microscopies (Sf), Microscopie fonctionnelle du vivant (GDR 2588) Fdration pour la recherche sur le cerveau (FRC) qui fdre 5 associations de recherche neurologique :

http://www.frc.asso.fr
Fondation pour la Recherche mdicale : http://www.frm.org/ Institut franais de lenvironnement : http://www.ifen.fr Laboratoire de biomtrie et de biologie volutive UMR 5558 (Lyon 1) : http://biomserv.univ-lyon1.fr/sitelabo/index.php Recherche demploi : http://www.adebio.org - http://www.arborescience.com/ (voir aussi Socit Franaise de Gnie Biologique et Mdical et ABG Association Bernard Grgory) Socit des neurosciences, 3me communaut mondiale de chercheurs : http://www.neurosciences.asso.fr Socit franaise de biomtrie : http://biomserv.univ-lyon1.fr/SFB SFGBM, Socit Franaise de Gnie Biologique et Mdical : http://www-sfgbm.enst-bretagne.fr SFDS, Socit franaise de statistique : http://www.sfds.asso.fr/

Informations gnrales

Agence CampusFrance : http://www.campusfrance.org Toute linformation pour un projet dtudes en France du choix de la formation lorganisation du sjour - Le catalogue des coles doctorales - campusfrance.org>Trouvez votre formation>niveau D - CampusBourse, lannuaire des programmes de bourses : campusfrance.org>financez vos tudes AFII, Agence franaise pour les investissements internationaux, brochures sur les biotechnologies et les nanotechnologies in rubrique Publications sectorielles :

http://www.invest-in-france.org/international/fr/sector-publications.html
ESEO Innovation : http://www.oseo.fr Annuaire de lEnseignement suprieur et de la Recherche (CNRS, Centre national de la recherche scientifique) :

http://www.urec.cnrs.fr/annuaire/
Magazine trimestriel du CNRS (en anglais) : http://www2.cnrs.fr/en/2.htm AERES, Agence d'valuation de la recherche et de l'enseignement suprieur : http://www.aeres-evaluation.fr ABG, Association Bernard Grgory (insertion professionnelle des jeunes docteurs) : http://www.abg.asso.fr/ EURAXES mobilit des chercheurs en Europe : http://ec.europa.eu/euraxess/index_en.cfm Fondation Alfred Kastler (accueil des chercheurs trangers en France) : http://www.fnak.fr/ Ministre de de lEnseignement suprieur et de la Recherche : www.enseignementsup-recherche.gouv.fr Portail de la mobilit des chercheurs europens en France : http://www.eracareers.fr/
Fvrier 2010

La formation

doctorale en France

Les coles doctorales

La formation la recherche, composante structurelle des universits, est anime par 62 000 enseignants-chercheurs dans prs de 300 coles doctorales en troite liaison avec plus de 1200 laboratoires de recherche. Les coles doctorales offrent un encadrement scientifique de haut niveau, ainsi qu'une prparation l'insertion professionnelle (formations, enseignements, sminaires et stages) en souvrant au monde industriel. Elles organisent et coordonnent les formations doctorales et garantissent la mise en uvre de projets scientifiques cohrents. La formation doctorale seffectue au sein dune quipe ou unit de recherche (UR), rattache une cole doctorale (ED), sous le contrle et la responsabilit dun directeur de thse. Chaque ED est rattache le plus souvent une universit (dit support) habilite dlivrer le doctorat. Les ED sont accrdites par le ministre en charge de l'enseignement suprieur aprs valuation par l'agence d'valuation de la recherche et de l'enseignement suprieur (AERES).

Linscription en Doctorat
La demande dadmission et linscription en doctorat se font auprs de lcole doctorale. tre titulaire d'un diplme confrant le grade de Master Prendre contact avec lcole doctorale pour dposer une proposition de sujet de recherche ou consulter les sujets proposs Lcole doctorale oriente ltudiant vers un directeur de thse et examine avec lui les modalits de financement du sjour dtudes. Aprs acceptation de lcole doctorale et du directeur de thse, le doctorant signe la charte des thses. Toutes les coles doctorales sur www.campusfrance.org Le catalogue en ligne prsente la totalit des coles doctorales et de leurs units de recherche avec des liens directs. La recherche se fait partir dun moteur de recherche bilingue franais/anglais (20 000 mots clefs et 80 thmatiques disciplinaires). Des fiches spcifiques par cole doctorale viennent complter linformation.

www.campusfrance.org>Trouvez votre formation>niveau D

Financer son doctorat

Attention : le financement de la formation doctorale est souvent une condition requise pour ladmission dans une cole doctorale.
Les financements doivent couvrir les 3 annes de dure des tudes doctorales afin de permettre au doctorant de se consacrer la recherche. Lcole doctorale est linterlocuteur principal pour mettre en place et orienter le futur doctorant quant son financement. Le contrat doctoral, nouveau dispositif public de financement des tudes doctorales, est un contrat ouvert tous les tudiants en thse. D'une dure de 3 ans et offre toutes les garanties sociales ainsi qu'une rmunration avec un minimum garanti (1 600 euros). Identique pour tous les tablissements de recherche et d'enseignement suprieur, il est du ressort de l'cole doctorale qui en organise le recrutement. Ce contrat doctoral apporte toutes les garanties sociales d'un vrai contrat de travail conforme au droit public et renforce la dimension dexprience professionnelle de recherche attache la formation doctorale. Les conventions industrielles de formation par la recherche (C.I.F.R.E.) Les C.I.F.R.E. permettent aux doctorants de prparer leur thse en entreprise en liaison avec une quipe de recherche extrieure l'entreprise. Un contrat de travail de 3 ans est conclu entre l'entreprise et le doctorant avec une rmunration denviron 1 900 euros par mois). La demande se fait en liaison avec lcole doctorale, auprs de l'Association Nationale de la RechercheTechnique (ANRT). http://www.anrt.asso.fr/ Ils existent dautres montages financiers : dispositifs bilatraux et bourses du Ministre des Affaires trangres franais, des Rgions, des entreprises et aussi bourses du pays ou de ltablissement dorigine. CampusBourse, annuaire des programmes de bourses : www.campusfrance.org>Financez vos tudes