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FACULTAD DE CIENCIAS
DEPTO. DE CIENCIAS BASICAS
BIOQUMICA GENERAL
GUIA DE TRABAJOS PRACTICOS
INGENIERIA EN RECURSOS NATURALES
2012
INTRODUCCION
La historia del desarrollo del hombre est plena de logros que son notables en
diferentes reas, tanto de la ciencia, tecnologa, arte, entre otras. En este
contexto, estn los hallazgos que tienen relacin con la interrogante acerca del
funcionamiento de un organismo en trminos de las molculas que la
componen, el centro de esta interrogante es la Bioqumica.
Qu es bioqumica? una pregunta simple, pero difcil de responder en
trminos sencillos ya que es muy diversa en su enfoque y prctica.
Bsicamente el trmino bioqumica significa estudio de la qumica de la vida,
esta es una definicin en apariencia sencilla que oculta la profundidad de su
significado
En bioqumica se estudian una gran variedad de temas que pueden referirse
a organismos multicelulares como unicelulares, a sistemas celulares completos
o fraccionados, o bien referirse a agregados moleculares como a molculas
aisladas, es decir, la bioqumica est relacionada con cualquier fenmeno que
se produzca en un organismo. Ya que las cualidades de un ser viviente, sus
actividades, su desarrollo, son el resultado de las interacciones que se
establecen entre sus constituyentes.
De lo que expresado se ve que no es fcil dar una definicin clara y concisa
de lo que es bioqumica. En todo caso se debe tener presente que: su tema
de estudio es todo fenmeno biolgico, a nivel celular, subcelular o molecular y
que trata de responder a una pregunta que ha hechizado a la humanidad a
travs de los tiempos Qu es la vida?
En otro aspecto, es importante mencionar adems que la bioqumica es
fundamentalmente una ciencia de laboratorio, debido a ello, es indispensable
que en toda asignatura en que se estudien aspectos de la bioqumica se
desarrollen actividades prcticas en paralelo con las actividades tericas.
El propsito de los trabajos de laboratorio es familiarizar al alumno con
situaciones experimentales que deben abordarse con metodologa cientfica.
Entre sus objetivos se pueden mencionar los siguientes:
1.- Ejercitar al alumno en el mtodo cientfico, por medio de tcnicas generales.
2.- Desarrollar destreza en el manejo del material de laboratorio.
3.- Acrecentar habilidad para realizar mediciones y observaciones.
4. Desarrollar capacidad para expresar resultados y conclusiones.
5.- Procurar el desarrollo de iniciativa personal frente a problemas que se
planteen
6.- Dar impulso a las actitudes de orden y cooperacin que permitan al alumno,
la
planificacin de sus actividades y la capacidad de trabajar en equipo.
7.- Promover en el alumno una actitud crtica permanente que le permita
analizar
sus propias experiencias.
Por la naturaleza del curso y para poder cumplir con sus objetivos, es
necesario que el alumno llegue al laboratorio con cierta informacin, necesaria
para realizar satisfactoriamente el trabajo prctico.
TRABAJO PRACTICO N 1
REACCIONES DE RECONOCIMIENTO DE AMINOACIDOS Y
PROTEINAS
Las protenas son compuestos orgnicos de elevado peso molecular. Ej.:
insulina bovina PM= 5733, seroalbmina humana PM=68500. Las composicin
elemental de la mayora de las protenas es muy parecida, los porcentajes
aproximados son: C = 50 55; H = 6 8; O = 20 23; N = 15 - 18 y S = 0 - 4.
Las protenas estn constituidas por un nmero variable de molculas ms
pequeas llamadas aminocidos.
Los aminocidos son cidos carboxlicos en que uno de sus hidrgenos ha sido
reemplazado por un grupo amino, su frmula general es:
R
NH
2
CH COOH
Desde las protenas se aslan alrededor de 20 aminocidos y todos
corresponden a o aminocidos, que son aquellos en que el grupo amino
reemplaza a un hidrgeno perteneciente al carbono o, es decir, el carbono
adyacente al grupo carboxilo.
Los aminocidos naturales pueden clasificarse en subclases de acuerdo con la
naturaleza qumica (aliftica, aromtica, heterocclica) de sus grupos R.
Tambin hay otra clasificacin que se basa en la polaridad del grupo R, en este
caso los veinte aminocidos que por lo comn se obtienen de las protenas se
clasifican de la manera siguiente:
1. Aminocidos con grupos R no polares o hidrofbicos
Este grupo contiene aminocidos con residuos alifticos: alanina, valina,
leucina, isoleucina y metionina. Tambin, aminocidos con residuos
aromticos: fenilalanina y triptfano que son hidrofbicos. Adems, en este
grupo est la prolina, cuyo tomo de nitrgeno aparece en forma de amina
secundaria en vez de la amina primaria usual.
2. Aminocidos con grupos R polares pero sin carga elctrica.
La mayora de estos aminocidos contienen residuos R polares. Algunos de
ellos poseen un grupo hidroxlico: serina, treonina y tirosina o bien grupos
sulfhidrilo: cistena. Se incluyen en este grupo a la glicina ya que, an cuando
carece de grupo R, presenta una naturaleza polar, esto se debe a que los
grupos amino y carboxilo cargados constituyen una gran parte de la masa de la
molcula. Tambin se incluyen en esta divisin a los compuestos como:
tirosina. (asparagina y glutamina).
3. Aminocidos con grupos R cargados positivamente
Aqu se incluyen tres aminocidos; lisina, que posee un segundo grupo amino
en la posicin c de la cadena aliftica; arginina, que tiene un grupo quanidinio
cargado positivamente y la histina, que tiene la funcin imidazol, dbilmente
bsica.
4. Aminocidos con grupos R cargados negativamente.
En esta divisin se incluye a los dos aminocidos dicarboxlicos: cido
asprtico y cido glutmico.
Los aminocidos pueden condensarse entre s, unindose por el carbono de su
grupo carboxilo al nitrgeno del grupo amino de otro aminocido lo que se
denomina enlace peptdico.
R
1
R
2
R
1
R
2
NH
3
+
-CH-COO
-
+ NH
3
+
-CH-COO
-
NH
3
+
-CH-CO-NH-CH-COO
-
+H
2
O
Los pptidos se forman por uniones de aminocidos a travs de los enlaces
peptdicos, segn el nmero de aminocidos que componen el pptido
existen: dipptidos, tripptidos, etc.
Si un pptido posee menos de 10 aminocidos se conoce como oligopptido;
los que exceden de este tamao son polipptidos. Una unidad de aminocido
en un pptido se denomina residuo Las cadenas peptdicas tienen direccin
ya que sus extremos son diferentes amino terminal y carboxilo terminal. Por
convencin, el inicio de cadena corresponde al extremo amino, de modo que la
sucuencia de aminocidos se escribe comenzando con el residuo amino
terminal. As por ejemplo en el tripptido: Ala Gly Trp (AGW), alanina es el
residuo amino terminal y el triptfano es el residuo carboxilo terminal.
Las protenas estn constituidas por largas cadenas polipeptdicas, en donde
los aminocidos estn ubicados en una determinada secuencia y esto
corresponde a la estructura primaria de una protena.
La estructura secundaria se refiere a la distribucin espacial de los residuos
de aminocidos que constituyen la cadena polipeptdica. Algunas de estas
relaciones estricas son de tipo regular, dando origen a una estructura
peridica, como es el caso de o-hlice y estructura | en hoja plegada.
La estructura terciaria se refiere al modo como la cadena se curva para
formar la estructura estrechamente plegada y compacta de las protenas
glubulares, la estabilizacin de esta estructura se atribuye a las diferentes
reactividades asociadas a los grupos R de los residuos de aminocidos tales
como: interaccin electrosttica; enlaces de hidrgeno; interaccin hidrofbica;
unin disulfuro.
Las protenas que poseen ms de una cadena polipeptdica (cada cadena se
denomina subunidad), presentan un nivel adicional de organizacin estructural
que se denomina estructura cuaternaria que pone de manifiesto como se
disponen en el espacio las cadenas polipeptdicas individuales. Ej.: la enzima
fosforilasa contiene dos subunidades idnticas que por separado son
catalticamente inactivas, pero que cuando se unen para formar un dmero,
constituyen la enzima activa.
Estudios ms recientemente de conformacin y funcin de protenas han
revelado la importancia de niveles adicionales de organizacin como: la
estructura super-secundaria que se refiere a agrupaciones de estructura
secundaria, tales como la unidad alfa alfa, la unidad beta beta y la unidad
beta alfa beta. Otro nivel adicional corresponde a los dominios que
corresponde a regiones globulares compactas (2 o ms) unidas por segmentos
flexibles de cadena polipeptdica.
Reacciones para el reconocimiento de aminocidos y protenas
1. Reaccin de la ninhidrina: Sirve para reconocer y valorar
cuantitativamente a los aminocidos.
Los aminocidos reaccionan con la ninhidrina (hidrato de tricetohidrindeno)
formando un compuesto coloreado, que generalmente es azul - violeta, excepto
con los aminocidos prolina e hidroxiprolina en que se obtiene una coloracin
amarilla.
El grupo amino de los aminocidos se oxida por accin de la ninhidrina
formando amonaco ms dixido de carbono y el aldehido (se obtiene por
prdida de un carbono del aminocido original).
O
R C OH
I
NH
2
-CH-COOH + C
C C OH
||
ninhidrina O
oxidada
O
C OH
R-CHO + NH
3
+ CO
2
+ C
C H
ninhidrina O
reducida
Luego un segundo equivalente de ninhidrina reacciona con la ninhidrina
reducida y el amonaco, formndose un producto muy coloreado que tiene la
siguiente estructura:
O O
c OH OH c
c
c +NH
3
c OH H c
O O
O O
C C
C N = C
C C
||
O O
+ 3 H
2
O
La reaccin de la ninhidrina es positiva con todos los compuestos que
contienen un grupo amino primario. La coloracin de la ninhidrina con las
protenas es muy dbil, debido a la escasa presencia de NH
2
libres, por lo cual
se le considera negativa.
2. Reaccin del Biuret
La prueba de Biuret (sulfato cprico en medio alcalino) es positiva para todos
los compuestos que contenga dos o ms uniones peptdicas. La coloracin
prpura de una reaccin positiva se debe a un complejo de coordinacin entre
el Cu
2+
y cuatro tomos de nitrgeno provenientes de enlaces peptdicos.
O = C H
2
O C = O
NH NH
R CH CH -
R
Cu
2+
O = C C =
O
NH NH
R CH H
2
O CH - R
3. Reaccin xantoproteica o reaccin del cido ntrico
En esta reaccin se obtiene una coloracin amarilla (griego
XANTHOS=amarillo). El ensayo es positivo para las protenas con aminocidos
que llevan el anillo bencnico (aromtico) como tirosina, triptfano y
fenilalanina. El color amarillo, se debe a la formacin de un compuesto
aromtico nitrado. Esta reaccin explica la aparicin de una coloracin amarilla
al caer gotas de cido ntrico sobre la piel.
4. Reaccin de Millon
El reactivo de Millon es una mezcla de nitrato y nitrito mercrico, que se obtiene
al disolver mercurio en cido ntrico. Al agregar el reactivo a una solucin de
protena, sta precipita y al calentar, el precipitado toma una coloracin rojiza.
Este color desarrollado en la reaccin positiva se debe a los grupos fenlicos
del aminocido tirosina.
5. Reaccin de Sakaguchi
La argina presenta un grupo reactivo guanidino, por lo tanto, los mtodos
qumicos de estimacin de las guanidinas se aplican a la determinacin de
argina en forma libre o peptdica.
La base de esta prueba es la reaccin colorimtrica que se produce entre
argina y o-naftol. En general las sustancias que dan color en la reaccin de
Sakaguchi tienen la siguiente frmula:
NH-X
En donde X es un cido graso o un
radical
C alquilo.
HN NH
2
. CH
2
-NH-C-NH
2
I II
CH
2
NH aminocido arginina
I
CH
2
I
NH
2
-CH-COOH
Aunque se ha dicho que las protenas dan positiva la reaccin debido al grupo
guanidino libre de la arginina, la intensidad de esta coloracin es mucho menor
del que cabra esperar basndose en su contenido en arginina.
6. Reaccin de los aminocidos azufrados
El azufre de la cistena, cistina y metionina, puede ser mineralizado por
calentamiento en medio alcalino. En estas condiciones se les reconoce
agregando una sal de plomo con la que reacciona para formar PbS precipitado
de color negro.
R-SH + 2 NaOH ROH + Na
2
S
Na
2
S
+ (CH
3
COO)
2
Pb 2CH
3
COONa + PbS
Parte Experimental
1. Identificacin de aminocidos con ninhidrina y su diferenciacin de
protena.
Esquema de Trabajo:
Reactivos
N Tubos
I II III IV V VI
Sol. de aminocidos (ml)
5
-
-
-
-
-
Sol. de prolina (ml) - 5 - - - -
Sol. de arginina (ml) - - 5 - - -
Sol. de tirosina (ml) - - - 5 - -
Sol. de protena (ml) - - - - 5 -
Agua destilada (ml) - - - - - 5
Ninhidrina (ml)
0,5
0,5
0,5
0,5
0,5
0,5
Ponga los tubos en B.M. hirviendo por dos minutos y deje enfriar. Se desarrolla
un color azul o azul violeta.
Anote los resultados obtenidos, para las soluciones de aminocidos, protena y
blanco.
2. Reaccin Xantoproteica
Esquema de Trabajo
Reactivos
N Tubos
I II III
Sol. de protena (ml) 2 - -
Sol. de aa aromtico (ml) - 2 -
Agua destilada (ml) - - 2
Acido ntrico conc. (ml) 1 1 1
Agite los tubos
Caliente los tubos suavemente hasta ebullicin en B.M. por 1minuto
Anote los resultados obtenidos para cada tubo.
3. Reaccin de Biuret
Esquema de Trabajo
Reactivos
N Tubos
I II III
Sol de aminocidos (ml) . 3 - -
Sol. de protenas (ml) - 3 -
Agua destilada (ml) - - 3
Reactivo de Biuret (ml) 1 1 1
Ponga los tubos a 37C por dos minutos
Observe la coloracin
4. Reaccin de Millon
Esquema de Trabajo
Reactivos
N Tubos
I II III
Sol. de protena (ml) 2 - -
Sol. de aa aromtico (ml) - 2 -
Agua destilada (ml) - - 2
Reactivo de Millon (ml) 1 1 1
Calentar a B.M. hasta aparicin de color
5. Reaccin de Sakaguchi
Esquema de Trabajo:
Reactivos
N Tubos
I II III IV
Sol. de aminocidos (ml) 3 - - -
Sol. de arginina (ml) - 3 - -
Sol. de protena (ml) - - 3 -
Agua destilada (ml) - - - 3
NaOH 5% (ml) 1 1 1 1
o-naftol 1% (gotas) 2 2 2 2
Hipodromito de Sodio (gotas) 1 1 1 1
6. Reaccin de aminocidos azufrados
Esquema de Trabajo
Reactivos
N Tubos
I II
Cistena pta. esptula --
Agua destilada -- 2
Hidrxido de sodio 5% (ml) 2 2
Acetato de plomo 10% (ml) 1 1
Caliente suavemente hasta ebullicin
6. Identificacin de una muestra problema
Con su muestra problema proceda a efectuar las reacciones que usted estime
conveniente para lograr su identificacin. En el mismo laboratorio entregue el
informe correspondiente.
Modelo hoja informe:
a) Nombre del prctico
b) Nombre del alumno/s
c) N de muestra
d) Reaccin color resultado (+/-)
e) Conclusiones
Cuestionario
1. Qu mtodos se utilizan para romper un enlace peptdico?
2. Qu significa que la unin peptdica o grupo amida CONH- sea coplanar?
3. Qu efecto tiene un agente oxidante como cido perfrmico sobre los
enlaces disulfuro de las cadenas polippticas de una protena?
4. Cules son los productos de la hidrlisis completa de una protena? Qu
reaccin qumica le permitir identificarlos?
5. Cul es el significado de una reaccin xantoproteica positiva para protena?
6. Cul es el nmero mnimo de aminocidos que necesita tener un pptido
para dar la reaccin de Biuret
TRABAJO PRACTICO N2
PROPIEDADES DE LAS PROTEINAS
Las propiedades biolgicas de una protena, as como parte de sus
propiedades fsico-qumicas, dependen de su estructura. Cuando estas
estructuras se alteran o se destruyen, aunque no haya ruptura de las cadenas
polipeptdicas, la protena pierde sus caractersticas funcionales y se alteran
sus propiedades fsico-qumicas; este proceso se denomina
desnaturalizacin.
El trmino desnaturalizado tiene una variedad de significados, segn: la
protena sea o no oligomrica, la prdida de la conformacin sea parcial o
completa y la actividad biolgica se pierda o no. En algunos casos el proceso
es reversible, se puede restaurar la conformacin nativa y la actividad
biolgica.
Los agentes desnaturalizantes actan esencialmente destruyendo los
enlaces puente hidrgeno y las uniones disulfuro, lo que altera las estructuras
secundarias y terciarias de las protenas. Los agentes desnaturalizantes ms
comunes son cidos fuertes, bases fuertes, calor y agitacin mecnica. El
aspecto ms visible en la desnaturalizacin es el descenso de la solubilidad
proteica.
Una protena desnaturalizada es atacada ms fcilmente por las enzimas
proteolticas , lo que puede evidenciarse en su mayor digestibilidad (coccin de
alimentos, batido de claras de huevos, accin del limn sobre la carne o
huevos crudos).
La prdida de la estructura primaria, es decir, ruptura de los enlaces
peptdicos constituye la proteolisis y se puede obtener por accin de cidos o
bases fuertes concentrados por tiempos prolongados y elevadas temperaturas
(Ej.: hidrlisis cida: HCI 6N, 18 hrs,110C) (Ej.: hidrlisis bsica: NaOH 5N,
10hrs, 121C).
Tambin puede lograrse con enzimas proteolticas (hidrlisis enzimtica) tales
como: pepsina, tripsina y peptidasas en general que actan rpidamente a
37C.
Por tales causas, los manejos de protenas se hacen a temperatura reducida
para evitar la desnaturalizacin trmica, se emplean tampones para mantener
el carcter poli-inico natural de la protena y se evita el trauma fsico como la
agitacin o se mantiene al mnimo. Las investigaciones que tratan del
aislamiento, purificacin y anlisis de las protenas, son verdaderamente
representativas del arte del anlisis bioqumico.
Precipitacin por solventes orgnicos
La adicin de solventes orgnicos neutros miscibles con el agua, tales como:
metanol, etanol o acetona, disminuye la solubilidad en agua de la mayor parte
de las protenas globulares de tal manera que precipitan de la solucin. La
solubilidad de una protena a un pH y fuerza inica determinados est en
funcin de la constante dielctrica del medio.
La constante dielctrica (D) esta definida por la relacin:
e
1
x e
2
F = __________
Dr
2
F = Fuerza de atraccin entre dos iones de carga opuesta
e
1
y e
2
= Cargas de los iones
r = Distancia entre los iones.
El agua tiene constante dielctrica relativamente alta (D=80 a 20C) por lo cual
en solucin acuosa disminuye la interaccin entre las molculas proteicas
(debido a sus grupos cargados) mientras aumenta la interaccin entre
protenas y el agua, esto favorece la solubilidad de las protenas.
Los solventes orgnicos tales como metanol, etanol, acetona tienen constantes
dielctricas bajas (32, 25 y 19 respectivamente a 20) de modo que al
agregarlos a una solucin acuosa de protenas baja la constante dielctrica del
medio, lo que favorece la interaccin de los grupos con carga elctrica de las
protenas y por lo tanto su precipitacin.
La precipitacin proteica por los solventes no solo se explica en funcin de la
constante dielctrica, tambin hay que considerar la deshidratacin de las
protenas. Las molculas del solvente no acuoso forman hidratos compitiendo
por el agua con las molculas proteicas. Los solventes pueden llegar a
distorsionar la estructura de las protenas, posiblemente por accin a nivel de
los enlaces hidrofbicos, determinando la desnaturalizacin de las protenas.
Este fenmeno disminuye a bajas temperaturas ya que el calor por si mismo es
un agente desnaturalizante.
Cuando el procedimiento de precipitacin no altera sensiblemente la estructura
de las protenas, stas se pueden recuperar como precipitado mediante
filtracin o centrifugacin y luego redisolverse en un solvente adecuado, sin
que pierdan sus propiedades.
Precipitacin de protenas por formacin de sales insolubles
Las protenas precipitan por la accin de ciertos cidos como el cido
tricloroactico, cido tngstico, cido molbidico y otros; tambin las protenas
pueden precipitar por la accin de ciertos iones de metales pesados como Hg,
Zn, Cd, Fe, Cu y Pb. Todos estos agentes hacen precipitar las protenas
porque forman con ellas sales insolubles.
El mecanismo de accin de estos agentes es el siguiente: los precipitantes
cidos forman sales insolubles con las formas catinicas (+) de la protena ,
siendo necesario efectuar el proceso a un pH ms cido que el punto
isoelctrico. A su vez los metales pesados forman sales insolubles con
las formas aninicas de la protena necesitndose entonces un pH ms
alcalino que el punto isoelctrico.
Efecto de la temperatura.
Dentro de un intervalo de temperatura entre 0C y 40C aumenta la solubilidad
de las protenas con el aumento de temperatura. Por sobre 40C a 50C la
mayor parte de las protenas son cada vez ms inestables y comienzan a
desnaturalizarse, por lo comn con prdida de solubilidad.
La desnaturalizacin puede conducir a la coagulacin de la protena, es decir, a
su agregacin precipitacin irreversible. La coagulacin es un criterio para
reconocer la desnaturalizacin de una protena. La formacin de un cogulo
blanco, insoluble, cuando se hierve la clara de huevo es un ejemplo comn de
desnaturalizacin trmica.
Los fraccionamientos de protenas por lo general se realizan a 0C ya que la
mayor parte de las protenas son estables a bajas temperaturas.
Punto isoelctrico de las protenas
Las molculas proteicas son polivalentes, es decir, llevan varias cargas en
forma simultnea. Aparte de los grupos carboxilo (COO
-
) y amino terminales
(NH
3
+
) la molcula proteica puede tener otras cargas positivas provenientes de
aminocidos diaminados. Otras cargas negativas pueden provenir de
aminocidos dicarboxlicos, aminocidos con grupos SH y aminocidos de
carcter fenlico.
Se denomina carga neta de la protena a la diferencia absoluta entre el nmero
de cargas positivas y el nmero de cargas negativas. Una misma molcula
proteica puede presentar cualquiera de los tres estados electrostticos (+, 0, -
) dependiendo del pH del medio en el cual se encuentra disuelta.
El pH al que una protena muestra un mnimo de solubilidad es su punto
isoelctrico, definido como aquel valor de pH al que la molcula no posee
carga elctrica ya que hay igualdad de cargas positivas y negativas y es
incapaz de desplazarse en un campo elctrico.
Cada protena y aminocido tiene un punto isoelctrico (pHi) caracterstico que
depende del nmero de grupos ionizables y de sus constantes de disociacin.
La menor solubilidad en el pHi se debe a que como la molcula no tiene carga
elctrica, no existen repulsiones electrosttica entre molculas de protena
vecinas lo cual conduce a la formacin de agregados insoluble.
Puesto que las diferentes protenas poseen valores de pHi tambin diferentes,
con frecuencia pueden separarse, una de otras, mediante precipitacin
isoelctrica.
La menor solubilidad de una protena en su punto isoelctrico puede ser
utilizado como un mtodo conveniente para determinar este punto. Basndose
en esta caracterstica se determinar en el prctico, el punto isoelctrico de la
caseina.
La casena ( proteina presente en la leche) a menudo se clasifica como una
fosfoprotena, dado su alto contenido de fsforo, se trata de protenas
conjugadas con grupos fosfato esterificados a residuos de serina. Representa
alrededor del 80% del total de protenas de la leche. Esta casena est
presente bajo la forma de una suspencin coloidal al estado de caseinato de
calcio y potasio, el pH del medio es prximo a 6,6 de tal manera que para
lograr su precipitacin se debe acidificar hasta llegar al punto isoelctrico.
Todas las casenas se caracterizan por su baja solubilidad a pH = 4,6.
Electroforesis
Es un trmino que en general se refiere al movimiento de partculas
cargadas (iones) en un campo elctrico. Esta tcnica es ampliamente
utilizada en Bioqumica, para la separacin y caracterizacin de protenas, ADN
y otras molculas con carga elctrica.
Bajo la influencia de un campo elctrico, molculas con carga positiva migrarn
hacia el ctodo (-), molculas con carga negativa migrarn hacia el nodo (+) y
molculas sin carga no migrarn.
La electroforesis ha sido muy valiosa en el aislamiento y separacin de
protenas esto se debe a que los mtodos electrorticos se pueden realizar en
condiciones muy suaves protegiendo a las protenas de cualquier modificacin
estructural.
En la actualidad han adquirido gran desarrollo las tcnicas electroforticas de
zona en que las protenas se mueven a travs de un soporte uniforme del tipo
de un gel, almidn, etc. En el gel la movilidad de las molculas est
determinada por su carga, su peso molecular, tamao del poro del gel y por el
campo elctrico. Geles de poliacrilamida son el medio de soporte de eleccin
para electroforesis porque son qumicamente inertes y se forman rpidamente
por polimerizacin de la acrilamida.
H O
I II
H
2
C= C - C - NH
2
acrilamida
Adems el tamao de los poros puede controlarse utilizando diferentes
concentraciones de acrilamida y metilenbisacrilamida.
H O
I II
(CH
2
= C - C - NH)
2
- CH
2
metilenbisacrilamina
CONH
2
CONH
2
I I
CH
2
-CH-CH
2
-CH-CH
2
-CH-
I
CONH
I
CH2
Formacin de gel de
poliacrilamida
|
CONH
l
CH
2
-CH-CH
2
-CH-CH
2
-CH-
| |
CONH
2
CONH
2
Un tipo de electroforesis empleada para las protenas es la electroforesis en
gel de poliacrilamida dodecilsulfato de sodio (SDS page) . El
dodecilsulfato de sodio (SDS) es un detergente que tiene una carga negativa
por molcula y que al unirse a las protenas les confiere dicha carga,
determinando que, al aplicar un campo elctrico stas migren al polo + La
migracin de los derivados de protenaSDS hacia el nodo es inversamente
proporcional al logaritmo de su PM.
Propiedades tampn de las protenas
El carcter de cido dbil de las protenas en presencia de sus bases
conjugadas les permite funcionar como soluciones tampones, es decir, que
pueden agregarse cantidades relativamente grandes de cido o de lcali sin
que vare apreciablemente el pH. Esta propiedad es de gran importancia en los
sistemas biolgicos, donde se ha visto que las protenas constituyen el principal
sistema tampn. Por ejemplo, aproximadamente el 80% del poder
amortiguador de la sangre de los mamferos se debe a las protenas.
PARTE EXPERIMENTAL
1. Accin de solventes orgnicos
Esquema de trabajo
Tubos 1 2 3
Solucin de albmina (mL) 2 2 2
Metanol (mL) 2 - -
Etanol (mL) - 2 -
Acetona (mL) - - 2
Observe y anote sus resultados.
2. Precipitacin por formacin de sales
Esquema de trabajo
Tubos 1 2 3 4
Solucin de albmina (mL) 3 1 1 1
TCA (cido Tricloroactico) (mL) 1 - - -
Hidrxido de sodio NaOH
(gotas)
- 2 2 2
Hg
2
Cl
2
(gotas) - 5 - -
AgNO
3
(gotas) - - 5 -
Pb(NO
3
)
2
(gotas) - - - 5
Observe lo que pasa en cada tubo.
3. Accin del calor sobre las protenas
En un tubo de ensayo colocar 5 mL de solucin de albmina y calentar
con cuidado la parte superior hasta que hierva; comparar con la parte
inferior.
4. Determinacin del punto isoelctrico de la casena
Una serie de tubos que contienen una cantidad estndar de solucin de
protena se tratan con cantidades variables de cido actico. Los pH
obtenidos en cada uno de los tubos aparecen en el esquema de trabajo.
El pH del tubo que tenga la mayor precipitacin se toma como punto
isoelctrico.
Esquema de trabajo
Tubos 1 2 3 4 5 6 7 8 9
Agua destilada (mL) 6,8 5 5 5 5 5 5 5 5
cido actico 1M (mL) 3,2 - - - - - - - -
Sacar 5 mL de tubo
anterior
- 5 5 5 5 5 5 5 5 descarta
r
Sol. de protena casena
(mL)
1 1 1 1 1 1 1 1 1
pH de cada tubo 3,5 3,8 4,1 4,4 4,7 5,0 5,3 5,6 5,9
NOTA
a) La solucin de casena se debe agregar a cada tubo rpidamente y
mezclar.
b) Anotar el efecto inmediato que se produce en los diferentes tubos y el
que se observa despus de 15 minutos.
Cuestionario
1. Utilizando la ecuacin de Henderson-Hasselbach: pH=pK + log |sal |
|cido]
Compruebe los valores de pH dados en el esquema de trabajo
correspondiente a la determinacin del pHi de la casena (pKa=4,7 ac. actico)
2. Cul sera el mnimo de grupos disociables que se puede encontrar en una
cadena polipeptdica lineal?
3. En un tetrapptico cuya secuencia es: glicil - glutamil aspartil leucina.
Cuntos grupos disociables existen?
4. Algunas veces los aminocidos son utilizados como amortiguadores. Un
amortiguador es una solucin que resiste los cambios de pH cuando se le
agrega un cido o una base. El intervalo de pH en el cual es efectivo un
amortiguador se denomina intervalo amortiguador, generalmente definido como
pKa + 1 a pKa 1.
a) Indique intervalo (s) amortiguador para Gly, Asp y Lys.
b) Escoja un aminocido que sirva para amortiguar a pH = 4,0 y a pH = 9.0.
5. Por qu precipita la casena en su punto isoelctrico? Este
comportamiento es reversible?
6. Hay diferencia entre hidrlisis proteica y desnaturalizacin proteica?
7. Qu influencia tiene la constante dielctrica (D) sobre la atraccin de iones
con carga opuesta en una solucin?
TRABAJO PRACTICO N3
PROPIEDADES ACIDO-BASICAS DE LOS AMINOACIDOS
El conocimiento de las propiedades cido-bsicas de los aminocidos es de
gran importancia en la comprensin y el anlisis de las propiedades de las
protenas.
En el estado slido y en solucin los aminocidos manifiestan dos propiedades
fciles de observar y que proporcionan informacin acerca de su estructura.
Los aminocidos, con ciertas excepciones, son solubles en agua y bastante
insolubles en solventes orgnicos no polares. Esta observacin est en
contradiccin con las propiedades conocidas de los cidos carboxlicos y de las
aminas orgnicas.
La otra propiedad fsica de los aminocidos que se relaciona con su estructura
es su elevado punto de fusin, que con frecuencia determina su
descomposicin. En cambio los puntos de fusin de los cidos carboxlicos y
de las aminas por lo general son bajos.
Las solubilidades y los puntos de fusin sugieren claramente que los
aminocidos tienen grupos cargados y altamente polares.
Estos y otros datos llevaron a la conclusin que los amincidos se encuentran y
cristalizan a partir de las disoluciones acuosas neutras en forma de iones
dipolares, llamados tambin iones hbridos en vez de hacerlo en forma de
molculas no disociadas.
R R
I I
NH
+
3
- C - COO
-
NH
+
3
- C - COOH
I I
H H
Forma dipolar Forma no disociada
Cuando un ion hbrido cristalizado se disuelve en agua, puede actuar como
cido o bien como base, es decir, se trata de sustancias anfteras. Todos los
aminocidos tienen al menos un grupo cido (carboxilo) y un grupo bsico
(amino), se trata entonces de anfolitos (electrolitos anfteros). Algunos
aminocidos contienen adems otros grupos fcilmente ionizables, como por
ejemplo: amino libre en la lisina, carboxilo libre en el cido asprtico,
hidroxifenilo en la tirosina, sulfhidrilo en la cistena, guanidina en la arginina y el
imidazol en la histidina.
El comportamiento cido-bsico de los aminocidos corrientes puede
explicarse en base a la teora de cidos y bases de Brnsted-Lowry (cido =
dador H
+
) y (base = aceptor H
+
). Una reaccin cido-bsica comprende
siempre un par cido base conjugado, constituido por un dador de protones y el
correspondiente aceptor.
Ejemplo: CH
3
COOH CH
3
COO
-
+ H
+
dador aceptor
Cada cido posee una afinidad caracterstica para su protn. Los que tienen
una afinidad elevada por el protn son cidos dbiles, por lo tanto, se disocian
muy ligeramente, los cidos que muestran una pequea afinidad por el protn
son cidos fuertes y los pierden con facilidad. La tendencia de cualquier cido
a disociarse est dada por su constante de disociacin (Ka) Ej.: Para un cido
HA:
HA H
+
+ A
-
Ka = [ H
+
] [ A
-
]
[HA]
pKa = -log
10
Ka
Los cidos fuertes tienen bajos valores de pKa.
Todos los aminocidos tienen al menos dos constantes de disociacin, una
para el grupo o - carboxilo, (K
1
o K
o
- COOH).
O O
- C - C + H
+
OH O
-
(HA) (A
-
)
y otra para el grupo o - amino (K
2
o K
o
- NH
3
+
)
-NH
3
+
-NH
2
+ H
+
(HA) (A
-
)
Adems algunos aminocidos tienen una cadena lateral ionizable con una
tercera constante de disociacin. Ej.: el cido asprtico y el cido glutmico
tiene un segundo grupo carboxilo y la lisina un grupo amino adicional.
Valores de pK para la disociacin de los grupos de algunos aminocidos
(25C)
Aminocido pK
o
- COOH pK
o
- NH
3
+
pK R
Gly 2,3 9,6
Ala 2,3 9,7
Val 2,3 9,6
Leu 2,4 9,6
Ser 2,2 9,2
Thr 2,6 10,4
Cys 1,7 10,8 8,3 (SH)
Lys 2,2 9,0 10,5 (c-amino)
Arg 2,2 9,0 12,5 (Guanidino)
Asp 2,1 9,8 3,9 (|-carboxilo)
Glu 2,2 9,7 4,3 (-carboxilo)
Phe 1,8 9,1
Tyr 2,2 9,1 10,1 (hidroxifenol)
His 1,8 9,2 6,0 (imidazol)
El pH de una solucin y la constante de disociacin, Ka, de un grupo
ionizable en la solucin estn relacionadas por la ecuacin de Henderson
Hasselbalch.
pH = pK
a
+ log [A
-
]
[HA]
Al hacer una valoracin, el valor del pH en el punto medio de la valoracin
es numricamente igual al pK del cido valorado. En el punto medio se
encuentran presentes concentraciones equimolares de la especie dadora de
protones (HA) y de al especie aceptora de protones (A
-
).
Como ya se mencion los aminocidos se encuentran como ion dipolar o
Zwitterion, en donde el grupo carboxilo est ionizado y el grupo amino se
encuentra protonado. Ej.: estructura dipolar de la alanina:
CH
3
|
NH
3
+
- CH COO
-
La valoracin de un ion dipolar se efecta en la siguiente forma: cuando
se agrega el lcali a la solucin neutra del aminocido, es el protn del NH
3
+
el
que reacciona:
CH
3
I
OH
-
NH
2
CH COO
-
+ H
2
O
CH
3
|
NH
3
+
- CH COO
-
CH
3
I
H
+
NH
3
+
- CH COOH
Al agregar cido a la solucin neutra del aminocido, el grupo carboxilo
disociado acepta el protn para formar la especie protonada del aminocido. Si
se considera al aminocido en forma inica como in dipolar el grupo amino es
el dador de H
+
para la neutralizacin con lcalis. En forma similar, el grupo
carboxilo disociado es el grupo valorado por los cidos.
pH
Curva de titulacin para alanina
14
12
10 pK
3
= 9,7
8
6 pHI = 6,02
4
pK
1
= 2,3
2
20 10 0 10 20
ml HCl ml NaOH
Los valores de pK se numeran generalmente siguiendo la direccin de la
regin cida a la bsica Ej.: alanina tiene un pK
1
= 2,3 que corresponde a la
semineutralizacin del grupo amino protonado.
Las curvas de valoracin de los aminocidos con grupos R que se ionizan
(tales como lisina, cido glutmico, etc.) son ms complejas, puesto que son
una combinacin de curva correspondiente a la disociacin del grupo R y las
curvas de valoracin de los grupos o - amino y o - carboxilo.
Parte Experimental
En este prctico se estudiar el comportamiento de los aminocidos frente
a diferentes concentraciones de iones hidrgeno. Observndose el cambio de
pH de la solucin de aminocido cuando se le agrega una solucin de un cido
o de una base.
Pese 200 mg. de un aminocido y disuelva en 20 mL de agua destilada.
Mida el pH inicial con peachmetro.
En una bureta coloque H
2
SO
4
2N y titule el aminocido disuelto agregando
cada vez 0,1 mL de la solucin del cido. Mezcle agitando con bagueta y mida
cada vez el pH de la solucin hasta alcanzar pH = 1,2. Anote los volmenes de
cido gastados en cada titulacin.
Disuelva una segunda muestra de 200 mg de aminocido en 20 mL de
agua destilada y titule con NaOH 2N en la misma forma que se titul con cido
hasta alcanzar esta vez pH = 12.
PAUTA INFORME:
Con los datos experimentales obtenidos y en base a la pauta que se indica a
continuacin, confeccione un informe que deber entregar en la prxima sesin
de laboratorio.
1. INTRODUCCION ( Debe ser breve y en relacin a las propiedades cido
base de los aminocidos)
2. MATERIALES Y METODOS
3. DATOS EXPERIMENTALES
a. Presentarlos como tabla de datos: Tabla I
pH vol.H
2
SO
4
2N
(mL) meq H
2
SO
4
Tabla ll
pH vol NaOH 2N (mL) meq NaOH
b. Con los datos de las tablas confeccionar el grfico de titulacin del
aminocido.
Ponga los valores de pH en las ordenadas y en las abscisas los
miliequivalentes de cido o base necesarios para titular la muestra del
aminocido.
4. RESULTADOS
a. A partir del grfico determinar : pK
1,
pK
2
y pH
i
b. Clculo % error relativo para pK
1
, pK
2
y pH
i :
Compare los valores obtenidos
por usted, con los de bibliografa , calculando el % de error relativo en cada
caso.
% error relativo = (valor observado valor verdadero) x 100
valor verdadero
5. DISCUSION
6. BIBLIOGRAFIA
CUESTIONARIO
1. Para aminocidos monoamino monocarboxlicos el pHi (punto isoelctrico)
est definido por la relacin pHi = pK1+pK2 en base a esto calcule los valores
de punto
2
isoelctrico para alanina y leucina.
1. a) Escriba todos los estados posibles de ionizacin del aminocido Ser.
b) Indique cual estado de ionizacin predomina a:
pH = 10; pH = 7.0 y pH = 11.0
2. En base a los valores de pK, indique la carga neta: negativa (-), cero (0),
positivo (+) para los aminocidos: glicina y cido asprtico a: pH = 1.0; pH
= 2.1; pH=4,0 y pH = 10.
4. Escriba las formas inicas del aminocido Val presentes a un pH = pk
2
.
TRABAJO PRACTICO N 4
ENZIMAS
Una caracterstica especial de las clulas es su capacidad para realizar
reacciones qumicas rpidas a temperatura ambiente. Fuera de la clula, esas
reacciones slo se pueden realizar muy lentamente. La compleja actividad
metablica de la clula no podra realizarse a velocidades tan bajas. Los
agentes bsicos de las transformaciones celulares son un grupo de sustancias
proteicas llamadas enzimas.
Enzima es una protena sintetizada en la clula, que cataliza una reaccin,
de tal forma que la velocidad de esa reaccin sea compatible con los procesos
bioqumicos esenciales para la vida celular. Concentraciones sumamente
bajas son suficientes para actuar. Su naturaleza proteica les confiere
especificidad; esto significa que cada enzima cataliza una reaccin; por lo
tanto, son necesarias miles de ellas para acelerar las diferentes reacciones que
se producen en la clula. Por su naturaleza proteica una enzima perder sus
propiedades catalticas por accin del calor, cidos o bases fuertes, solventes
orgnicos u otros agentes capaces de desnaturalizar proteinas.
Las enzimas intervienen en las reacciones qumicas aumentando su
velocidad, porque disminuyen la energa de activacin y por lo tanto, permiten
que stas ocurran a bajas temperaturas; pero no alteran el equilibrio de las
reacciones, lo que significa que la cantidad total de reaccionantes
transformados al final de la reaccin es igual con o sin enzima.
Para ejercer su actividad muchas enzimas necesitan que est presnte una
molcula orgnica, de carcter no proteico, que se denomina coenzima,
adems las enzimas requieren a veces de algunos iones tales: Mg
+2
, Mn
+2
,
Ca
+2
, etc. que favorecen la actividad enzimtica por lo que se denomina
activadores.
La actividad de las enzimas depende de una serie de factores tales como:
temperatura, pH, concentracin de sustrato, concentracin de enzimas,
inhibidores, activadores y otros. Las condiciones ptimas de trabajo varan de
acuerdo a la enzima considerada. En la prctica es importante mantener en
forma adecuada el pH y la temperatura.
pH: Una enzima es activa como catalizador dentro de un margen relativamente
estrecho de pH, siendo generalmente ms activa a un pH especfico,
denominado pH ptimo. A valores de pH distintos del ptimo la enzima es
inestable y experimenta alteraciones en su estructura terciaria, lo cual afecta la
parte activa.
Temperatura: Las reacciones enzimticas son afectadas por los cambios de
temperatura. En un comienzo, partiendo de bajas temperaturas, se observa un
aumento en la velocidad de reaccin, ya que se aumenta la energa del sistema
y ms molculas obtienen la energa de activacin necesaria para que ocurra la
reaccin. Si no existieran otros factores que considerar,este incremento en la
velocidad de reaccin con la temperatura podra continuar hasta el infinito . Sin
embargo, si se incrementa la temperatura ms all de un cierto lmite, la
energa del sistema es suficiente para causar la ruptura de los puentes de
hidrgeno y de algunas otras fuerzas que dan lugar a la estructura terciaria. La
enzima empieza a perder actividad y puede llegar a inactivarse totalmente.
Concentracin de sustrato: La ecuacin de Michaelis- Menten es la
expresin matemtica que define la relacin cuantitativa entre la velocidad de
una reaccin enzimtica y la concentracin de sustrato. Esta ecuacin
corresponde a una curva hiperblica.
v
Cintica de orden cero
v= Vmax x [S]
Km +| S | Vmax -------------------------------------------------------
Cintica de orden 0 y primer
Orden (mezcla)
Vmax
2 - Cintica de 1 er. orden
Km
[S]
En dicha ecuacin, v es la velocidad que se observa a una concentracin de
sustrato dada [S]; Km es la constante de Michaelis, expresada en unidades de
concentracin (moles/litro) y V max es la velocidad mxima al punto de
saturacin en la concentracin de sustrato.
Cuando [S] es de gran magnitud, Km se transforma en insignificante y la
ecuacin de Michaelis-Menten queda convertida en: v = Vmax, es decir, una
reaccin de orden cero, en la que v es independiente de la concentracin de
sustrato.
Si se escoge un valor de v = 1 Vmax la ecuacin de Michaelis-Menten
puede
2
anotarse de la siguiente forma:
Vmax = Vmax [S]
2 Km+ [S]
Km + [S] = 2 [S]
Km = [S]
Si Km es grande en comparacin a [S], la ecuacin se convierte en:
V = V max [S]
Km
Es decir, v depende de S, por lo que la reaccin es de primer orden.
Concentracin de enzima: La velocidad de una reaccin catalizada por
enzimas es directamente proporcional a la concentracin de enzima presente.
La validez de esta relacin lineal es absolutamnete esencial para la medida
cuidadosa de la actividad enzimtica. Esta relacin es vlida bajo ciertas
condiciones rigurosamente definidas. El pH y la temperatura del sistema deben
ser constantes y el sustrato debe estar presente en exceso.
La relacin directa es especialmente efectiva en los primeros instantes de la
reaccin. Algunas enzimas son inhibidas por productos, inhibicion que
aumenta a medida que transcurre el tiempo.
Inhibidores. Existen sustancias que sin ser sustratos de la enzima son
capaces de combinarse con ella, pero en esta caso no se forman productos
estas sustancias interfieren la actividad enzimtica al impedir que el sustrato
original forme el complejo.
Se considera que un inhibidor es competitivo cuando puede unirse al sitio
activo compitiendo con el sustrato enzimtico. Esto determina la disminucin
de la actividad cataltica. La proporcin de la inhibicin de este tipo se
relaciona con: la concentracin de inhibidor,la concentracin del sustrato y
con las afinidades relativas del inhibidor y del sustrato.En este tipo de inhibicin
la Km se altera por efecto del inhibidor , pero no la Vmax.
El inhibidor es no competitivo cuando se une irreversiblemente con un sitio
de la enzima y una vez que esto sucede no puede ser desplazado por el
sustrato, aunque la concentracin de ste ltimo se aumente de manera
significativa. La proporcin de este tipo de inhibicin se relaciona con: La
concentracin del inhibidor y la afinidad del inhibidor con la enzima. La Km no
se altera por el inhibidor, pero si la Vmax.
Para determinar la actividad de una enzima se mide la cantidad de sustrato
consumido o la cantidad de producto formado por un tiempo determinado
mediante mtodos qumicos, tales como las reacciones de coloracin o bien
por mtodos fsicos tales como viscosidad o espectrofotometra.
Unidades de actividad enzimtica. La actividad de una enzima se puede
expresar en unidades de actividad enzimtica, aquella empleada ms
corrientemente se define como: la cantidad de enzima que cataliza la
transformacin de un micromol (10
-6
mol) de sustrato por un minuto a 25C.
La actividad especfica es el nmero de unidades de enzima por milgramo
de protena, constituye una medida de la pureza de una enzima que aumenta
durante el proceso de purificacin y llega a ser mxima y constante cuando
sta se encuentra en estado puro.
Valoracin de la actividad amilasa. En el trabajo prctico se utilizar la
enzima amilasa salival esta enzima hidroliza al amidn transformndolo en
dextrinas y maltosa, ya que cataliza la ruptura de los enlaces alfa glucosdicos
situados en el centro de la molcula. Se caracteriza por presentar actividad en
el rango de pH de 3,8 a 9,4 y su pH ptimo es 6,9. Es activada principalmente
por cloruros y en menor grado por otros aniones tales como: bromuro, ntrito,
yoduro, etc. Su punto isoelctrico es cercano a 5,3.
El reactivo de yodo da un color azul con el almidn, pero no con los productos
de degradacin. La intensidad del color es directamente proporcional a la
concentracin de almidn.La actividad enzimtica se determina midiendo la
disminucin en color, durante la incubacin de la enzima con el almidn en un
cierto perodo.
La siguiente pauta ilustra el proceso de degradacin:
Almidn
Amilasa
Amilodextrina + maltosa
Amilasa
Eritrodextrina + maltosa
Acrodextrina + maltosa
Amilasa
Maltosa
Actividad de catalasa
La catalasa es una enzima que acta sobre el perxido de hidrgeno (H
2
O
2
) y
produce su descomposicin en la siguiente forma:
Catalasa
2 H
2
O
2
2H
2
O + O
2
Una molcula de catalasa descompone alrededor de 5.000.000 de molculas
de H
2
O
2
por minuto.
El rol metablico de esta enzima es de gran importancia ya que evita la
acumulacin de perxido de hidrgeno (un producto habitual del metabolismo
oxidativo).
La catalasa es una protena compleja cuyo grupo prosttico es la forma frrica
de la protoporfirina. Esta enzima se encuentra tanto en tejidos animales como
vegetales y es abundante especialmente en estructuras de almacenamiento de
las plantas tales como: tubrculos(como el de la papa), granos y frutos.
En el prctico se trabajar con catalasa de tubrculo de papa, observando su
actividad bajo diferentes condiciones.
Parte Experimental
1. Cintica de la reaccin amilsica
Disponga de 6 tubos de ensayo con 1 mL de H
2
SO
4
1N cada uno.
En otro tubo de ensayo coloque lo siguiente:
Almidn 0,1M ___________________________ 0,9 ml
Tampn pH = 6,9 ________________ _______ 0,1 ml
KCI 0,1M ______________________________ 0,9 ml
Agua destilada __________________________ 5,6 ml
Enzima diluda __________________________ 0,5 ml 1/10 en S.F.
El ltimo componente que debe agregar, es la dilucin de saliva.
Luego agite y saque rpidamente una alcuota de 1 mL. Vierta en uno de los
tubos que contiene H
2
SO
4
1N (Este corresponde al tiempo cero)
Incube los 7 mL restantes a 37C y saque alcuotas de 1 mL a los siguientes
tiempos: 1
,
, 2
,
, 4
, 8
, 16