Larticle #2

Rsum et commentaires:
Larticle de Le Monde, Deux nouvelles lettres dans lalphabet de la vie par Herv
Morin raconte les efforts dune quipe amricaine qui essaye dintroduire deux nouvelles lettres,
qui sont en fait les bases azotes, dans le code gntique dune bactrie, Escherichia coli. Ces
deux nouvelles bases, d5SICS et dNaM, aurait t introduit dans un plasmide de la bactrie qui
se passerait aux futures gnrations mais ne serait pas essentiel la survie de la bactrie.
Aujourdhui, cest possible de travailler avec ces bases in vitro. Il faut encore assurer
quils marcheraient bien avec toutes les polymrases et enzymes dans les cellules. Dans la
nature, ces bases ne fonctionneraient pas.
Le but de cette recherche tait dlargir le potentiel en termes de protines quon peut
fabriquer avec un lexique gntique plus large. Avec ces avancements biologiques, on peut
synthtiser des nouvelles molcules qui peuvent mener aux nouvelles mdecines et solutions des
problmes nergiques.
Comme tudiant de la biologie et de la gntique, jai t choqu en lisant le titre
de larticle. Et aussi au dbut, jai t plus choqu en pensant quils ont trouv les nouvelles
bases azotes. Ctait une faute de larticle. Alors que jaimais le fond dcran sur lADN et les
mcanismes gntiques, larticle ntait pas trs clair, daprs mois, en ce qui concerne ce que les
chercheurs ont trouv au dbut. Par le fin, jai mieux compris ce que larticle essay de dire.
Donc, peut-tre que ctait juste moi cause de mon vocabulaire franais scientifique limit.
Moi, nanmoins, je serais trs intrigu de voir comment ces avancements progressent. Le
fait quun papier a t accept par un journal aussi renomm comme Nature est un bon signe de
lavenir de ce projet, mais parfois les journaux peuvent tre sduise par une histoire avec
beaucoup de potentiel et de promesse mais peu de pratique. Jattends avec impatience
maintenant loccasion de lire larticle de Nature et apprendre plus sur ce sujet.

Deux nouvelles lettres dans lalphabet de la vie
Le Monde.fr | 07.05.2014 19h00 Mis jour le 07.05.2014 19h06 |Par Herv Morin

Le code de la vie transmis par lADN tient depuis des milliards dannes en quatre
lettres, quatre bases azotes, les fameuses ATCG. Une quipe amricaine vient dajouter
deux nouvelles lettres cet alphabet fondamental, et elle est parvenue
les faire rpliquer au sein de plusieurs gnrations de bactries, une performance
longtemps considre comme irralisable. La revue Nature met en ligne,
jeudi 8 mai, ltude qui marque une nouvelle tape dans cette qute commence il y a
plusieurs dcennies.

Pour mesurer la porte de ces travaux, rappelons dabord que lalphabet biologique
fonctionne par paires : dans lADN, AT (adnine-thymine) et CG (cytosine-guanine), bases
complmentaires, constituent chacunes les barreaux de la double hlice. Prcisons aussi
que dans lARN, autre molcule porteuse dinformation gntique, la base T est remplace
par U (pour uracile). La suite de ces lettres (AATTCGTAGC, par exemple) constitue des
gnes, selon un code qui commande la fabrication de protines ncessaires au
fonctionnement de tous les organismes vivants.
| Wikimedia

Lquipe dirige par Floyd Romesberg (Scripps Research Institute, La Jolla, Californie) est
donc parvenue intgrer dans le gnome dune bactrie,Escherichia coli, une nouvelle
paire de bases nucliques, d5SICS et dNaM, dont la prsence a t tolre par la
machinerie de rplication du micro-organisme : cette paire de bases non naturelles se
retrouvait dans 99,4 % des descendants de la bactrie. Ces bases indites ne figuraient
pas dans les chromosomes de la cellule, mais dans un plasmide, un anneau dADN
capable lui aussi de se rpliquerau fil des gnrations, mais non essentiel la survie de la
bactrie.

Les propositions de nouvelles paires de bases stait multiplies ces dernires annes.
Mais leur rplication avait eu lieu seulement in vitro. La perce de Floyd Romesberg et
de ses collgues a consist faire accepter un organisme faonn par des milliards
dannes dvolution des lments totalement orthogonaux , comme le disent les
scientifiques. Une prouesse en plusieurs tapes.

UNE GREFFE VENUE D'UNE ALGUE
Les travaux ont dabord consist modifier la bactrie E. coli afin quelle incorpore dans
son enveloppe externe des protines de transfert, cest--dire des sortes de portes
slectives, qui permettaient le passage depuis le milieu de culture de triphosphates
particuliers, prcurseurs des deux bases d5SICS et dNaM. Il a fallu greffer la bactrie ces
portes provenant dune algue. Cette premire opration avait pour but de nourrir la
bactrie avec les triphosphates, ncessaires la rplication du plasmide o la nouvelle
paire de base avait pralablement t intgre.

Autre dfi : faire accepter les lettres intruses par la mcanique gntique, prompte
senrayer. La rplication des plasmides est assure par des polymrases, des enzymes
capables de contrler la bonne synthse de brins dADN ou dARN. In vitro, il avait t
dmontr quune polymrase particulire pouvait rpliquer efficacement la paire d5SICS-
dNaM. Les chercheurs ont donc eu lide de placer prcisment la nouvelle paire de base
dans une rgion du plasmide dont ils prsupposaient quelle tait sous le contrle de cette
polymrase.

UNE LEXIQUE DE PROTINES PLUS RICHE

Pari russi, puisquau fil des gnrations le plasmide a bien conserv les nouvelles lettres.
Pour lheure, il ne sagit que de tolrance. Dans un article de commentaire lui aussi publi
dans Nature, Ross Thyer et Jared Ellefson (universit du Texas, Austin) dcrivent ce qui
pourrait suivre : faire en sorte que ces bases soient dfinitivement adoptes par lorganisme
qui les rplique ;dmontrer quelles peuvent tre transcrites en ARN in vivo, cest--dire
quelles servent coder des messages gntiques pris en charge par lorganisme daccueil,
pour contrler lexpression des gnes par exemple.

Ce ne serait l quun avant got dune biologie renouvele, avec un rpertoire plus tendu
de paires de bases, et un lexique de protines infiniment plus riche. Les applications,
encore hypothtiques, pourraient concerner la mdecine, lnergie, etc.

Mais Steven Benner (Foundation for Applied Molecular Evolution, Gainesville, Floride)
estime que, sous sa forme actuelle, la perce de ses confrres, quil salue, offre peu de
perspectives dapplications commerciales. Selon lui, un enjeu essentiel concerne la
capacit de lorganisme hte fabriquer lui-mme les constituants du nouvel alphabet, et
non plus dtre nourri de lextrieur. Cest lobjectif de son quipe : Cela vitera dajouter
des triphosphates dans la nourriture de ces organismes, dit-il. Nous pensons que cela
constituera un exemple technologiquement utile de biologie artificielle.

DES ORGANISMES PARANATURELS

Dautres quipes considrent au contraire que lobtention de lignes de tels organismes
paranaturels constitue un avantage : elle offre une garantie de scurit, ces OGM dun
genre nouveau ne pouvant trouver de nutriments hors des laboratoires. Nos nouvelles
bases ne peuvent pntrer dans la cellule que si lon allume la protine membranaire
venue de lalgue, souligne ainsi Denis Malyshev, premier auteur de ltude publie
dans Nature. Sans ce transporteur, mais aussi quand on ne fournira plus les nouvelles
bases, la cellule reviendra aux bases ATGC, et d5SICS et dNaM disparatront de son
gnome. De quoi assurer selon lui le contrle du systme .

Il sagit l dun lment-cl dune discipline en mergence, qui comme dautres pans
avancs des sciences (nanotechnologies par exemple), suscitent des critiques concernant
lthique et la scurit. Ces questions taient au cur de la premire confrence sur la
xnobiologie organise du 6 au 8 mai Gnes par le Franais Philippe Marlire. La
xnobiologie vise mettre au point des formes de vie trangres celles connues sur
Terre, du point de vue chimique et du codage informationnel, pour manciper le vivant de
ses substrats naturels. Philippe Marlire avait lui-mme annonc en 2010 tre parvenu
faire voluer E. coli dans un milieu enrichi en chlorouracile, qui avait fini par
se substituer partiellement la base T. Mais cette intgration tait rversible.

Pour lui, les travaux de Malyshev et de ses collgues constituent le franchissement
dun cap symbolique historique : une troisime paire de bases entirement artificielle a
pu tre rplique in vivo. Il ne s'agit que de quelques gnrations dans une bactrie, mais
le Rubicon est franchi. Il estime cette avance dix fois plus significative que lannonce
rcente de lexpression dun chromosome synthtique dans une levure.