Genmica funcional

Introduccin
Valencia, Septiembre 2011
CEFIRE
Jorge Jimnez
jjimeneza@cipf.es
http://www.bioinformatico.es
Bioinformatics and Genomics Department
Centro de Investigacion Principe Felipe (CIPF)
(Valencia, Spain)

Definicin y objetivos

Entender la relacin entre el genotipo y el fenotipo

Entender la funcin de los genes y la de los dems

componentes del genoma

Estudio a nivel de ADN, ARN y protena

Utiliza datos generados por mquinas de alto

rendimiento

Estructura de un gen

Exones, intrones, zonas UTR

5'-UTR 3'-UTR Zona codificante
ADN
ARNm
Protena
Zona codificante
Transcripcin
Traduccin
Plegamiento

Niveles

ADN: SNPs, CNVs, etc.

ARN: expresin, microARN, etc.

Protenas: interacciones protena-protena

Anotacin genmica

Anotacin funcional
BIOINFORMTICA!!
Arrays
NGS

ADN
SNP
Consecuencias

SNP
Tcnicas de deteccin:
- Secuenciacin: Sanger
- Espectrofotometra de masas
- single-strand conformation polymorphism (SSCP)
- Anlisis electroqumico
- HPLC y electroforesis en gel
- restriction fragment length polymorphism
- Anlisis por hibridacin
Tcnicas de alto rendimiento
- Chips de SNPs
- NGS: anlisis de exoma, secuenciacin genoma completo,
resecuenciacin dirigida

ADN - CNVs
CNVs (12%)
Deteccin:
- CGH array: comparacin
entre dos muestras.
- Arrays de SNPs
- NGS

Secuenciacin de rimera
generacin

C!is de ADN

Primer mtodo de alto rendimiento

Capaces de determinar genes, SNP, mRNA,

CNVs,...

Medida en diferentes condiciones

Anlisis a escala genmica

"icroarrays de ADN

#abelling t!e Samle
Fluorescent
Dye

$ibridacin

A%N
Queremos saber qu genes
estn expresados en
condiciones celulares muy
concretas
Somos capaces
de extraer todas las
molculas de mARN
presentes en las clulas
y conocer el nivel de expresin
como el indicador de la
concentracin en la muestra
biolgica

E&ression "easurement
Detectaremos
aquellos genes
que se estn
expresando
cuando se unan a
las sondas
marcadas
Cunto mayor sea
la florescencia,
mayor ser la
concentracin del
transcrito

Esc'ner del microarray
Somos capaces de
cuantificar cada punto
del microarray y
asociarlo a su transcrito

#os datos
Para cada muestra
biolgica
La medida de
intensidad es un
indicador de la
expresin gnica
2460.6 200024_at
1202.8 200023_s_at
1254.8 200022_at
1018.1 200021_at
212.1 200020_at
1069.9 200019_s_at
3964.2 200018_at
889.4 200017_at
1058.7 200016_x_at
124.1 200015_s_at
138.7 200014_s_at
1572.9 200013_at
2606.3 200012_x_at
132.5 200011_s_at
1228.6 200010_at
395.6 200009_at
421.9 200008_s_at
606.5 200007_at
1712.6 200006_at
312.8 200005_at
1071.6 200004_at
1232.7 200003_s_at
1868.4 200002_at
586.5 200001_at
134.4 200000_s_at
Obtenemos la
intensidad de
fluorescencia de miles
de transcritos

Varios "icroarrays

C!is de SNPs

Anlisis de miles de SNPs a la vez

Aplicaciones

Gentica de poblaciones

GWAS

Anlisis de enfermedades

Anlisis del nmero de copias del SNP

NGS

Caractersticas ms importantes:

Paralelizacin del proceso

Generacin de millones de secuencias por

experimento

Ventajas

Barato

Gran versatilidad de anlisis

NGS

Se utitilizan para secuenciacin de novo,

resecuenciacin dirigida de ADN (ej: exoma) y
estudio de expresin (RNA-Seq)

Secuenciadores de segunda generacin

Plataformas ms importantes:

454 pirosecuenciacin

Illumina

SOLiD

etc.

NGS

%evolucin tecnolgica

Comarativa de lataformas

NGS
Ensamblaje
A
G
454-Pirosecuenciacin
Lecturas largas
Secuenciacin de genomas
SOLiD - Illumina
Lecturas cortas
Resecuenciacin ADN
Alineamiento

E&oma
Librera
Captura
Secuenciacin
Alinemamiento
Obtencin de variantes
Bioinformtica

%NA-Se(

%NA-Se(

%NA-Se(
Microarrays de ARN
- restringido a las sondas en el
diseo
- necesita conocer el genoma
- no es especfico de cadena
- difcil trabajar con exones
- no aporta informacin sobre la
secuencia de los transcritos
- difcil de detectar transcritos
poco raros
- tcnica y anlisis muy
optimizado
RNA-Seq
- deteccin de transcrito no dirigida
- no necesita genoma de referencia
- especfico de cadena
- descubrimiento de splicing
- detecta variaciones en el ADN
- detecta transcritos raros

micro%NAs
Mecanismos de actuacin:
- degradacin de la protena durante la
traduccin
- inhibicin de la elongacin de la
traduccin
- terminacin prematura de la traduccin
(disgregacin de los ribosomas)
- inhibicin de la iniciacin de la
traduccin
Tcnicas de deteccin:
- RT-PCR + qRT-PCR
- Microarrays de expresin
- NGS

)nteracciones rote*na-rote*na

Tcnicas de deteccin moleculares

Doble hbrido

Espectrofotometra de masas

Tcnicas de alto rendimiento

Microarrays de expresin

)nteracciones rote*na-rote*na

Anotacin genmica

Identificacin de elementos del genoma

Anotacin estructural: bsqueda de genes y otros

elementos en el genoma

Bsqueda de secuencias de traduccin

Bsqueda de dominios

Comparacin con bases de datos: BLAST

Anotacin genmica

Una vez se han encontrado los posibles elementos,

se procede a la anotacin funcional:

Definir posibles funciones

Comparar con bases de datos

Anotar con bases de datos (Gene Ontology)

Ejemplo de grandes proyectos:

ENCODE (http://www.genome.gov/10005107)

ENSEMBL (http://www.ensembl.org)

+ases de datos

Toda esta informacin se recopila en bases de datos:

GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)

dbSNP (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/)

Reactome (http://www.reactome.org)

PDB (http://www.rcsb.org)

Uniprot (http://www.uniprot.org)

Etc.

%esumen
ADN ARN Protena
Anotacin estructural y funcional
Bases de datos

Gracias por vuestra atencin!!
Preguntas?