Introduction

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Qu'est-ce qu'une protine ?
es protines sont des molcules essentielles dans la constitution et le fonctionnement de tous les tres vivants, des bactries aux tres humains,
en passant par les plantes. On peut les comparer des ouvrires spcialises, dans la mesure o elles assurent presque toutes les fonctions d'un
organisme.
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En voici quatre exemples :
Les : lorsque nous souffrons d'une infection virale ou
bactrienne, notre systme immunitaire va produire des protines,
appeles des , qui vont reconnatre ces virus ou ces bactries et permettre
leur limination.
protines de dfense
anticorps
Les : les globules rouges qui circulent dans notre sang sont remplis
d'une protine, l , qui transporte l'oxygne que nous respirons depuis nos
poumons jusqu'aux autres organes.
protines de transport
'hmoglobine
Les : ces protines assurent le maintien et la cohsion de nos tissus. L'une
d'elles, le , joue un rle important dans la structure de nos os, de nos cartilages et de notre
peau.
protines structurelles
collagne
Les : ce sont des protines qui permettent des ractions chimiques. Par exemple,
lors de la digestion, les aliments qui se trouvent dans notre estomac et notre intestin sont
coups par des enzymes, dont certaines sont appeles , en petites units assimilables
par notre organisme.
enzymes
protases

Une protine, a ressemble quoi ?
n peut comparer une protine un collier dont les perles seraient les acides amins. Il existe 20 acides amins possdant chacun des
proprits particulires, tout comme les perles d'un collier peuvent avoir une forme et une couleur diffrentes. L'ordre dans lequel se succdent
les acides amins s'appelle la squence d'une protine.
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n peut crire la squence d'une protine en utilisant des lettres pour reprsenter les diffrents acides amins. Par exemple, M reprsente un
acide amin appel Mthionine, V reprsente une Valine ou encore, pour les amateurs de cuisine chinoise, E reprsente le Glutamate.
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es protines peuvent avoir une longueur variable - de 10 10'000 acides amins - et tre constitues d'une seule ou de plusieurs chanes
d'acides amins qui s'assemblent.
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ependant, la comparaison avec un collier de perles s'arrte l. En effet, contrairement un collier de perles, les protines ne restent pas sous
cette forme linaire: elles se replient sur elles-mmes en une structure tridimensionnelle particulire. La forme d'une protine est cruciale pour
qu'elle puisse exercer sa fonction. Plusieurs maladies humaines sont ainsi dues au mauvais repliement de certaines protines.
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O sont fabriques les protines ?
'est l'intrieur de chacune des cellules qui composent un organisme que les protines sont fabriques. La cellule est la plus petite unit
ncessaire la constitution d'un tre vivant. Par exemple, une bactrie est constitue d'une seule cellule alors que le corps humain est compos
d'environ 100 000 milliards de cellules. Chacun de nos organes - comme le cerveau, le cur ou encore le sang - sont constitus de cellules :
notre cerveau contient des cellules spcialises qui s'appellent des neurones, tandis que des cellules musculaires composent notre cur et que
l'on trouve des globules blancs dans notre sang.
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Qu'est-ce que l'information gntique ?
our fabriquer les protines, nos cellules ont besoin de "recettes". L'ensemble de ces recettes reprsente l'information gntique. Cette
information est stocke dans les chromosomes, qui se trouvent dans un compartiment particulier de la cellule appel le noyau.
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haque chromosome peut tre compar une pelote de laine extrmement compacte, dont le fil serait l'ADN. En ralit, cet ADN est une trs
longue chane compose de 4 molcules symbolises par les lettres A, G, T et C (Attention : ces lettres reprsentent des molcules tout fait
diffrentes des acides amins). L'ordre dans lequel se succdent ces 4 lettres constitue la squence de l'ADN.
ans les cellules humaines, l'information gntique est constitue par un texte de 3 milliards de lettres, rparti en 23 chromosomes, qui prsente
de petites diffrences propres chaque individu. Depuis fvrier 2001, nous connaissons la squence de ce texte qui reprsente le gnome
humain. Ces 3 milliards de lettres existent double dans toutes nos cellules ( l'exception des cellules sexuelles : les ovules et les
spermatozodes) : au moment de la fcondation de l'ovule par un spermatozode, une copie de chaque chromosome nous a t donne par notre
mre et une autre par notre pre (ce qui correspond 2 fois 23, soit 46 chromosomes). Ainsi, 6 milliards de lettres se trouvent dans chaque
noyau de chacune de nos cellules. Si l'on pouvait drouler l'ADN contenu dans une seule cellule, on obtiendrait un filament trs fin d'environ 2
mtres de longueur.
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Comment une cellule utilise-t-elle l'information gntique pour fabriquer des protines ?
e noyau de la cellule peut tre compar une bibliothque dont les livres seraient les chromosomes. Ces livres contiennent les recettes
ncessaires la fabrication des protines. Chaque recette s'appelle un gne. Les gnes sont prcieux et ne sortent jamais du noyau. Aussi,
lorsqu'une cellule doit fabriquer une protine particulire, elle va commencer par photocopier la recette correspondante.
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ette photocopie, appele ARN, va sortir du noyau pour rencontrer une "machine fabriquer les protines", le ribosome. Le ribosome, en
glissant le long de la molcule d'ARN, "lit" la recette et forme progressivement la chane de la protine, ajoutant les acides amins les uns la
suite des autres selon les instructions contenues dans la squence d'ARN.
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n estime environ 30'000 le nombre de gnes contenus dans le gnome humain. Cependant, la photocopie (ARN) et la protine peuvent tre
modifies par la cellule. Si l'on tient compte de toutes ces modifications, le nombre de protines diffrentes dpasse probablement le million !
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Qu'est-ce que la bioinformatique et Swiss-Prot ?
n peut dfinir la bioinformatique comme tant "l'informatique au service de l'tude du Vivant". C'est un outil qui permet d'analyser les
squences d'ADN et de protines. Par exemple, lorsque l'on a dchiffr une nouvelle squence, on peut la comparer des squences connues
pour essayer de prdire la fonction de la protine inconnue qui lui correspond. Certains programmes permettent galement de dterminer la
structure tridimensionnelle d'une protine. La visualisation de la forme de certaines protines a ainsi permis de dvelopper de nouveaux
mdicaments (par exemple, dans le cas du SIDA : voir poste 5).Toutes les informations obtenues sont ensuite stockes dans des encyclopdies
informatiques que l'on appelle des bases de donnes.
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insi, Swiss-Prot est une base de donnes qui regroupe un maximum d'informations sur les protines connues. Ces informations proviennent
aussi bien de donnes exprimentales obtenues en laboratoire que de donnes drives des analyses informatiques et sont rgulirement remises
jour. De nombreux chercheurs dans le monde entier consultent Swiss-Prot et profitent des outils d'analyse informatique mis leur disposition
sur Internet. Actuellement, Swiss-Prot contient plus de 530'000 protines provenant de plus de 10'000 espces diffrentes.
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