Biochimie Les acides amins et peptides

BIOCHIMIE BIOCHIMIE
Cours 4 Acides amins et peptides
Pr Feugeas

Ce document est un support de cours datant de lanne 2012-2013 disponible sur www.tsp7.net 1
I. Dfinition et rle biologique
A. Les acides amins (aa)
B. Les peptides
II. Les proprits physicochimiques des acides amins et des peptides
A. Isomrie optique des aa.
B. pectre d!absorption des aa et des peptides
". Ionisation et charges des aa et peptides
D. olubilit des acides amins et des peptides
III. Les #$ acides amins entrant dans la composition des protines
A. "ha%ne latrale hydrophobe
B. "ha%ne latrale polaire mais non charge
". "ha%ne latrale polaire charge
Biochimie Les acides amins et peptides
I. D&'I(I)I*( +) ,-L+ BI*L*.I/0+
A. Les acides amins
Les acides amins ont :
Une fonction acide carbox!i"ue : COOH#COO
$
(de pKa2!
Une fonction basi"ue ami%e en gnral primaire : %H
&
'
#%H
(
(de pKa"#$!
Une chane !atra!e variable dun acide amin lautre
Ils sont donc amp)ot*res (possdent une fonction acide et une fonction basique!
Le poids molculaire dun dacide amin est de 11+ ,a (le poids dpend de la chane latrale!
Il e"iste #$ %%! Les %% peuvent avoir comme r&les biologiques :
Un r&le dans la constitution des protines et des peptides
Un r&le mtabo!i"ue et ner-ti"ue (production d%'(
Un r&le de neuromdiateurs %e& ' (lu ) glutamate*acide glutami+ue# ,sp ) aspartate*acide
asparti+ue!
Un r&le comme prcurseurs de composs a.ots %-ia la .onction amine!
Les %% peuvent )tre apports par lalimentation %e& ' -ia les protines de la -iande# +ui sont dgrades en
,,! ou parfois s*nthtiss par la cellule (cest souvent insuffisant ce qui +ustifie la ncessit de les apporter par
lalimentation! Les %% qui doivent )tre obligatoirement apports par lalimentation (qui ne sont pas
s*nthtiss par la cellule sont dit indispensab!es %essentiels! '
/o0en mnmotec1ni+ue pour se rappeler des ,, essentiels :
, !e tr*s !rique /ristan fait 0achement mditer Iseult - %2eu#3rp# 20s# 31r# P1e# 4al# /et# 5le!
Les %% non .essentiels pour ladulte mais indispensables che/ lenfant %embr0on# bb# r6le de croissance7!
ou au cours de lallaitement :

/o0en mnmotec1ni+ue '
8 31is is a tired gentleman 9 %C0s# :is# ,rg# 30r# (ln! ' -u sur tsp7 ;; merci
B. Les peptides
Les peptides sont un enchanement de maximum 1++ AA %donc in.rieur ou gal! relis par une !iaison
peptidique! Ils sont constitus dune seu!e c)a1ne la plupart du temps! %u dessus de 0$$ aa on parle de
protines!
La squence dun peptide est tou+ours donne dans !e sens %$ter %) <-terminal = gauc1e! 0ers C$ter %) C-
terminal = droite!.
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La liaison peptidique est cre lors de la condensation entre la fonction COOH dun acide amin et la
fonction %H
(
dun autre %%1 elle saccompagne dune libration deau!
La liaison 23.45 obtenue est appele liaison peptidique! Il sagit dune !iaison de tpe ami,e1 forme lors de la
traduction des %64m %ou pour les petits peptides par.ois par s0nt1>se mtaboli+ue!.
La distance 2.4 est plus courte que pour une liaison simple t*pique! Il sagit dune doub!e !iaison partie!!e
et non dune simple liaison car elle oscille par rsonance entre # formes!
La liaison peptidique est plane et le plan met en 2eu 3 atomes : les 7 atomes de lamide sont dans le m)me
plan %a-ec les deu& carbones ? respecti-ement ad@acents au CA et au <:# il 0 a B atomes +ui sont dans le plan
de la liaison peptidi+ue dont 3 carbones!! 2haque carbone 8 est commun # plans de liaisons successifs!
9ans un plan de liaison1 on parle de structure ou configuration en trans1 car les # carbones 8 sont en
position oppose! Il e"iste # angles de rotation :
L4an-!e 5 (phi se situe entre le 45 et le 28
L4an-!e 6 (psi entre le 28 et le 23 :

2es angles de rotation dterminent la
configuration dans lespace du peptide! 9ans le cas de
la pro!ine1 langle : est bloqu %car mo!cu!e
cc!i"ue!1 cette rigidit entrane la formation d;un
coude dans les peptides!
2est une liaison covalente (< solide1 stable qui
permet une grande stabilit des peptides in 0itro! (ar
contre1 in 0i0o1 les peptides ont une dure de vie
courte cause den/*mes de dgradation : les
peptidases ou les protases!

Liaison iso$peptidi"ue : le 2335 qui se condense nest
pas celui du 28 mais celui dune chane latrale!
Il e"iste une grande variabilit des r&les biologique des peptides1 e"emple :
Le -!utat)ion (7$8!utam!$Cste!$8!cine: cest un peptide de = %% s*nthtis par voie mtabolique!
>ous sa forme rduite (.>5 il a un r&le antio"*dant! (contient une liaison iso.peptidique
Les )ormones peptidi"ues telles que 9
:asopressine %r6le dans le maintien de la pression artrielle!.
Octocine %r6le dans la contraction de lCutrus lors de lCaccouc1ement!
Insu!ine (entre peptide et protine
B%; %brain natriuretic peptide ) limination du sodium dans les os!.
Hepcidine %r6le dans lCabsorption du .er!
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II. L+ 1,*1,I&)& 123I"*"2I4I/0+ D+ A"ID+ A4I(&
+) D+ 1+1)ID+
A. Isomrie opti"ue des acides amins
Les acides amins nature!s sont de srie L <natureLs= (C. C1imie pour 2 et D :
B. >pectre d4absorption des acides amins et des peptides
'ous les %% absorbent les U? pour des longueurs donde @ ? (&+ nm (peu spcifique!
Les AA aromati"ues %les 3 = c0cle aromati+ue ) P1e# 30r# 3rp! ont une absorption plus spcifique!
@ A (3+ nm pour la ;)n!a!anine %P1e!
@ A (B+ nm pour le /rptop)ane %3rp! et la /rosine %30r!
Labsorption lumineuse est proportionnelle la concentration des molcules1 donc on peut lappliquer la
dtection et au dosage des %% et peptides!
C. Ionisation et c)ar-es des acides amins et peptides
3n le rappelle1 les %% sont amphotres1 ils possdent donc une fonction acide %carbo&0li+ue ) CAA:*CAA-!
et une fonction basique %amine ) <:
3
E
*<:
2
!! %CAA: et <:3
E
.orme protone * CAA
-
et <:2 .orme dissocie!
Cn AA peut Dtre ionis (charg :
>ur sa fonction carbo"*lique si le (5 A pBa du couple acido.basique 2335C233
.
<A 233
.
>ur sa fonction amine si le (5 D pBb du couple acido.basique 45
=
E
C45
#
<A 45
=
E
>ur sa chane latrale si celle.ci est ionisable : possde un pBr
Le pE dune fonction est le p5 de demi.dissociation dun groupement cest dire le p5 du milieu pour
lequel F$G du groupement est dissoci
F& ' pour CAA:# pKa ) 2 )G = p: ) 2# on a $0H des groupements sous .orme CAA: et $0H sous .orme CAA
-
%$0H du CAA: sest dissoci en CAA
-
E :
E
!! Cette notion sappli+ue donc = une .onction donne et pas = l,, en
entier.
Iemar+ue ' de mJme le <:
3
E
se dissocie en <:
2
E :
E
= p: ) pKb

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Le ;oint iso!ectri"ue ou pHi est le p5 du milieu pour lequel l%% %en solution tamponne! a une charge
nette nulle! 9onc le p5i concerne l%% et non une fonction contrairement au pB!
Courbe de titrage dun AA monoamin et monocarboxyl :
Exp!ication du sc)ma ci$dessus :
H pH ? pEa (D p5i :
La fonction acide est F$G sous forme 2335 et F$G de 233. (<AF$G neutre1 F$G charges .
La fonction basique est sous forme 45
=
E
(non dissocie : 0$$G de charges E
Iilan des charges (#$$G : F$G charges .1 F$G charges neutres1 0$$G charges E <A c)ar-e -!oba!e positi0e
H pH A pHi :
La fonction acide est sous forme 233. (dissocie : 0$$G de charges .
La fonction basique est sous forme 45
=
E
(non dissocie : 0$$G de charges E
Iilan des charges (#$$G : 0$$G charges .1 0$$G charges E <A c)ar-e -!oba!e neutre
H pH F pEb (Ap5i :
La fonction acide est sous forme 233. (dissocie : 0$$G de charges .
La fonction basique est F$G sous forme 45
=
E
et F$G de 45
#
(<AF$G neutre1 F$G charges .
Iilan des charges (#$$G : 0$$G charges .1 F$G charges E1 F$G charges neutres <A c)ar-e -!oba!e n-ati0e
9onc une rgle importante permet de retrouver la charge nette dun %% en fonction du p5 si on connat le p5i :
G >i pH ? pHi elle est positi0e
G >i pH A pHi elle est neutre
G >i pH F pHi e!!e est n-ati0e
Le pHi est une notion qui sapplique tout %% quand on tient compte de toutes les fonctions quil possde!
(our un acide amin chane latrale apolaire ou polaire non charge : son p5i vaut <pEa'pEb=#(
soit en-iron B.
(our un acide amin chane latrale portant une fonction acide : son p5i vaut <pEa'pE
H
=#(
(our un acide amin chane latrale portant une fonction basique : son p5i vaut <pEb'pE
H
=#(
F&emple ' ,sp-,la-(l0
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,. >o!ubi!it des acides amins et des peptides
;o!arit : s;observe en cas de liaison as*mtrique!
Les %% libres sont en gnral solubles grJce la prsence des
groupements carbo"*lique et amine! Les molcules polaires
tablissent des liaisons h*drognes %) .aibles! avec dautres
molcules polaires comme leau %C. c1imie# dans :
2
A ' lo&0g>ne
est plus 8 ngati. 9 ' attire plus les lectrons# : est plus
8 positi. 9!.
9onc les molcules polaire sont h*drophiles car elles sont
capables d;tablir des liaisons h*drogne avec leau! Les acides
amins libres sont solubles en gnral1 mais cette so!ubi!it est
minima!e au pHi! Fn e..et# au p:i# la c1arge globale des ,, est
neutre# ils sont donc apolaires# cCest-=-dire 10drop1obes#
contrairement au& molcules polaires %10drop1iles!!
Les peptides ont une solubilit qui dpend de la composition
en acides amins! Ils sont dautant moins solubles quils
possdent beaucoup de chanes latrales h*drophobes! Leurs
so!ubi!it est aussi minima!e au pHi.
III. L+ #$ A"ID+ A4I(& +(),A() DA( LA "*41*I)I*(
D+ 1,*)&I(+
Ils sont classs en fonction de leur chane latrale en = catgories :
Hdrop)obes
;o!aires non c)ar-s
;o!aire c)ar-s
8!cine <8!= : cest le plus petit des %%1 car ne possdant pas de chane latrale %peut Jtre classe
dans les 10drop1obes!!
A. Acides amins J C)a1ne !atra!e )drop)obe <A apo!aire= (8 9
A!anine <A!a=
:a!ine <:a!=
Leucine <Leu=
Iso!eucine <I!e=
Les trois derniers ressemblent lalanine avec des groupements mth*l en plus!
Mt)ionine <Met=
;ro!ine <;ro= 9 cc!i"ue1 sa fonction ami%e est donc secondaire1 il
confre une grande rigidit au peptide
;)n!a!anine <;)e=
/rptop)ane </rp=
P1e et 3rp %et 30r! sont des AA aromati!ues.
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B. Acides amins J c)a1ne !atra!e po!aire mais non c)ar-e ("
#. Les hydroxyls ($
/rosine </r= : aromati"ue
>rine <>er=
/ronine </)r=
%. Ceux !ui poss&dent un groupement ami'e (%

Aspara-ine <Asn= peut )tre %$-!cos!
8!utamine <8!n=
$. celui !ui poss&de une (onction thiol racti)e et peut (aire des ponts disul*
(ures par raction doxydation (#
Cstine <Cs=
C. C)a1ne !atra!e po!aire c)ar-e (+
#. Les AA basi!ues : p,i - .
Lsine <Ls=
Histidine <His=
Ar-inine <Ar-=
Ici on note = points dinfle"ions plut&t que
deu"!
Il * a celui de la chane latrale en plus!
%. Les AA acides : p,i / .
Acide Asparti"ue <Asp=
Acide -!utami"ue <8!u=
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Pour .inir un rcap de la classi.ication et des .ormules de tous les acides amins %e&trait du pol0 de 3D# donc
rdig par le pro.!
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Ce document est un support de cours datant de lanne 2012-2013 disponible sur www.tsp7.net L A)ertissement' ce document est un support de cours datant de lanne 2012-2013. Keul le cours dispens en amp1it1Ltre .ait .oi pour le concours.
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MCMs d4entra1nement 9 /, (+1+$(+11#Anna!es
1= Concernant !es acides amins constitutifs des protinesN indi"uer !a ou !es proposition<s= exacte<s= 9
% 2ertains peuvent possder deu" fonctions acides!
I 2ertains peuvent possder trois fonctions acides!
2 Ils sont tous amphotres!
9 Ils prsentent tous un pic dabsoprtion U? #K$ nm!
L % p5 trs acide (D 7 et ltat libre1 ils ont une charge globale ngative!
(= ;armi !es propositions sui0antes concernant !es acides aminsN !a"ue!!e ou !es"ue!!es est ou sont
exacte<s= O
% Ils ont en commun la prsence dune fonction amide ou amine et dune fonction carbo"*le et se
diffrencient par leur chane latrale!
I #$ acides amins peuvent )tre incorpors dans les chanes peptidiques lors de la s*nthse des
protines!
2 Les chanes latrales polaires peuvent )tre charges ou non charges!
9 %sp et Mlu sont les deu" acides amins possder un groupement N233
.
le"trmit de leur
chane latrale p5D#
L (he1 '*r et 'rp sont des acides amins aromatiques!
&= Indi"uer !a ou !es proposition<s= exacte<s= concernant !4ar-inine 9
% Llles possdent # carbones as*mtriques!
I Le p5 isolectrique de larginine est de lordre de K!
2 %u p5 isolectrique les groupements acides et basiques sont ma+oritairement ioniss!
9 %u sein dune squence peptidique1 la tr*psine coupe les liaisons peptidiques du c&t 2.terminal
des rsidus darginine!
L La courbe de titration de larginine prsente = courbes dinfle"ion!
4= ;armi !es propositions sui0antes concernant !a !iaison peptidi"ueN !a"ue!!e ou !es"ue!!es est ou sont
exacte<s= O
% Llle stablit entre la fonction carbo"*le port par le carbone 8 dun acide amin et la fonction
amine porte par le carbone 8 de lacide amin suivant dans la chane peptidique!
I 2est une liaison amide!
2 Llle peut )tre clive par des protases!
9 La proline impose un angle particulier au" liaisons peptidiques au"quelles elle participe!
L Les ponts disulfures sont des liaisons peptidiques particulires qui relient entre elles # chanes
peptidiques diffrentes!
Corrections
1= Hponses AC
% ?rai
I Oau" : au ma"imum # %c.. les acides amins basi+ues*acides!
2 ?rai
9 Oau" : ceci est vrai uniquement pour les %% aromatiques
L Oau" : si p5 D p5i1 on a une charge (3>I'I?L!
(= Hponses 9 BCE
% Oau" : fonction %PI4L!
I ?rai
2 ?rai
9 Oau" : p5 Dp5i1 on a une charge globale positive Q
L ?rai
&= Hponses 9 C,E
4= Hponses 9 ABC,
L Oau" : les ponts disulfures ne sont pas des liaisons peptidiques!
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