PRCTICA 8: CLCULOS QUMICO-CUNTICOS.

PARTE I: ESTRUCTURA GEOMTRICA Y ELECTRNICA

PARTE II: ESPECTROS ELECTRNICOS.


RESUMEN

La prctica introduce al alumno en los principales mtodos de clculos semiempricos.
El mtodo PM3 se utilizar para obtener la geometra ms estable de las molculas
estudiadas, y el mtodo INDO/S para calcular las propiedades relacionadas con los
estados excitados. Los mtodos se aplican a un conjunto de molculas representativas de
la familia de los alcanos, alquenos y sistemas aromticos. En la parte final de la prctica,
se estudian la estructura geomtrica y electrnica, as como los espectros de absorcin
y de emisin de la molcula de lumiflavina.

1.- INTRODUCCIN.

Los diferentes mtodos de clculo utilizados para estudiar la estructura
molecular podramos dividirlos en dos grandes grupos, aquellos que utilizan modelos
semiclsicos, donde incluiramos los clculos de Mecnica Molecular y de Dinmica
Molecular, y un segundo grupo donde incluiramos los que utilizan modelos qumico-
cunticos. Dentro de este segundo grupo podemos subdividir entre los mtodos ab initio
y los semiempricos. Calificamos de ab initio a los mtodos que calculan de forma exacta
todas las integrales que aparecen, mientras que en los mtodos semiempricos algunas de
ellas no se evalan directamente, sino que los diferentes mtodos son parametrizados
utilizando datos experimentales. En esta prctica vamos a utilizar precisamente dos
mtodos de clculo qumico-cuntico semiempricos. Concretamente utilizaremos el
mtodo PM3 para obtener la estructura geomtrica de los sistemas a estudio y el mtodo
INDO/S para calcular su estructura electrnica.


2.- EL MTODO INDO/S.

El mtodo INDO (intermediate neglect of differential overlap) es una mejora del
mtodo CNDO (complete neglect of differential overlap). El mtodo CNDO fue
introducido por Pople y colaboradores en 1965. El mtodo original CNDO/1 fue
modificado incluyendo datos de las afinidades electrnicas dando lugar al mtodo
CNDO/2. Jaff y Del Bene realizaron una modificacin de este mtodo para as poder
calcular espectros electrnicos al que denominaron CNDO/S. Esta metodologa suposo
un gran avance al no estar restringida al clculo de espectros Belectrnicos. El mtodo
CNDO/S contina utilizndose hoy en da, aunque las versiones modernas del mtodo
CNDO/S emplean la forma de Mataga-Nishimoto para las integrales bielectrnicas de dos
centros en lugar de la forma de Pariser-Parr del modelo original. El modelo INDO
contiene todos los trminos del modelo CNDO y adems todos los trminos bielectrnicos
monocntricos. En 1973 Ridley y Zerner modificaron el mtodo INDO para reproducir
espectros electrnicos de forma anloga al modelo CNDO/S. No obstante hay unas ligeras
diferencias que podriamos centrar en que el modelo INDO/S utiliz directamente la forma
de Mataga-Nishimoto para las integrales bielectrnicas y que se parametriz para
reproducir los valores del mximo de absorcin en lugar del origen de las bandas del
espectro de absorcin, tal y como se hizo en el modelo CNDO/S. En los dos casos, la
parametrizacin se realiz a nivel CIS, es decir, de interaccin de configuraciones con
monoexcitaciones nicamente. A nivel INDO/S son necesarios parmetros adicionales,
donde cabe destacar las integrales de Slater-Condon, y es necesario evaluar tambin
integrales del tipo <sp|sp> y <pxpy|pypx>, que son tomadas de datos de espectroscopia
atmica. Estos parmetros adicionales hacen que el mtodo INDO/S de resultados mejores
en el caso de molculas que contengan tomos pesados, debido a la importancia que
tienen las integrales Slater-Condon en el caso de los tomos pesados. Los dos mtodos
proponen valores similares de energa para las excitaciones B6 B* para molculas que
contienen tomos de H y de la primera serie, en cambio el mtodo INDO/S da valores ms
satisfactorios en el clculo de excitaciones n 6 B*. Adems el mtodo INDO/S ha sido
extendido a prcticamente la totalidad de tomos del sistema peridico, incluyendo
incluso los elementos lantnidos. En general, el modelo INDO/S reproduce los valores de
energas de excitacin inferiores a 40000 cm
-1
con una precisin de unos 2000 cm
-1
a nivel
CIS. No obstante este modelo no es capaz de reproducir adecuadamente las transiciones
que aparecen por encima de 2 eV por debajo del primer potencial de ionizacin. En
relacin a los valores del momento de transicin calculados a nivel INDO/S son
razonablemente precisos para transiciones dbiles, es decir, valores inferiores a 0.2 de la
fuerza de oscilador, pero suelen ser demasiado grandes para bandas muy intensas. La
inclusin de excitaciones de mayor orden en la interaccin de configuraciones suele
mejorar los valores de la fuerza de oscilador. El modelo INDO/S es utilizado hoy dia en
muchos grupos de investigacin y es posible aplicarlo a sistemas con un tamao del orden
de los 1000 tomos.


3.- EL MTODO PM3.

En 1975 Dewar y colaboradores introdujeron el modelo MINDO/3, la tercera
parametrizacin de un modelo INDO modificado. Este modelo fue desarrollado para
reproducir diversas propiedades experimentales como son: la geometra molecular, los
calores de formacin, momentos dipolares y potenciales de ionizacin. Dos aos ms
tarde, en 1977, Dewar y Thiel desarrollaron el mtodo MNDO (modified neglect of
diatomic overlap) el primer mtodo de tipo NDDO (neglect of diatomic differential

8.1

overlap), este mtodo fue tambin parametrizado para dar valores adecuados de la
geometria molecular, los calores de formacin, momentos dipolares y potenciales de
ionizacin. En 1983 fue presentada la primera versin del programa MOPAC que
contena los modelos MINDO/3 y MNDO. Este programa permita la optimizacin
geomtrica, la localizacin de estados de transicin utilizando la coordenada de
reaccin y el clculo de frecuencias vibracionales. El mtodo MNDO ha tenido tres
desarrollos paralelos posteriores, los mtodos MNDOC, AM1 y PM3. El mtodo
MNDOC desarrollado por Thiel ha sido parametrizado incluyendo datos de la correlacin
electrnica y fue presentado en 1985. En este mismo ao Dewar present el modelo AM1
(Austin model 1), la mejora ms sustancial de este mtodo fue incluir un nuevo trmino
en relacin al MNDO a fin de corregir el exceso de las repulsiones a distancias van der
Waals. El modelo PM3 (parametric method 3) fue introducido por Stewart en 1990, en
este mtodo todas las cantidades que aparecen en la matriz de Fock y en la expresin de
la energa total son tratadas como parmetros puros. Para realizar el proceso de
optimizacin de los parmetros, Stewart propuso un procedimiento automtico,
permitiendo la bsqueda de varios elementos simultneamente. Cada tomo es
caracterizado por los entre 13 y 16 parmetros que aparecen en el mtodo AM1 ms 5
parmetros adicionales que definen la integrales mono- y bicntricas.




IMPORTANTE


NO UTILIZAR:
ACENTOS
LETRAS: ,
NI EN EL NOMBRE DE LOS FICHEROS
NI EN LA LNEA DE COMMENTS

En el nombre de los ficheros no dejeis espacios en blanco
4.- CLCULO DE LA ESTRUCTURA GEOMTRICA Y ELECTRNICA DE
ALCANOS.

4.1.- Molcula de etano.

- Construir la molcula de etano {sp3 (3H)}.
- Anotar el valor de la distancia de enlace carbono-carbono.
- Optimizar la geometra de la molcula con el mtodo PM3 (programa MOPAC97).
Nombre del fichero etano.dat.
keywords (si es necesaria ms de una lnea, aadir el signo + en la 1):
PM3 EF PRECISE VECTORS ALLVEC BONDS +
LET GNORM=0.001
comments: vuestros nombres
el nombre de la molcula (2 lneas)
- Anotar los valores de la energa, del momento dipolar, de las distancias optimizadas y
de las cargas atmicas.
- Representar el diagrama de orbitales moleculares. Indicar la energa y la simetra de cada
orbital.
- Analizar la forma de los orbitales moleculares.
- Guardar la molcula optimizada con el nombre de etano-opt.dat.

4.2.- Molcula de butano.

- Construir la molcula del confrmero anti del butano {sp3 (3H)}.
- Anotar los valores de las distancias de enlace carbono-carbono.
- Optimizar la geometra de la molcula con el mtodo PM3 (programa MOPAC97).
Nombre del fichero butano.dat.
keywords (si es necesaria ms de una lnea, aadir el signo + en la 1):
PM3 EF PRECISE VECTORS ALLVEC BONDS +
LET GNORM=0.001
comments: vuestros nombres
el nombre de la molcula (2 lneas)
- Anotar los valores de la energa, del momento dipolar, de las distancias optimizadas y
de las cargas atmicas.
- Representar el diagrama de orbitales moleculares. Indicar la energa y la simetra de cada
orbital.
- Analizar la forma de los orbitales moleculares.
- Guardar la molcula optimizada con el nombre de butano-opt.dat.




8.2

5.- CLCULO DE LA ESTRUCTURA GEOMTRICA Y ELECTRNICA DE
ALQUENOS.

5.1.- Molcula de eteno.

- Construir la molcula de eteno {sp2(2H)}.
- Anotar el valor de la distancia de enlace carbono-carbono.
- Optimizar la geometra de la molcula con el mtodo PM3 (programa MOPAC97).
Nombre del fichero eteno.dat.
keywords (si es necesaria ms de una lnea, aadir el signo + en la 1):
PM3 EF PRECISE VECTORS ALLVEC BONDS +
LET GNORM=0.001
comments: vuestros nombres
el nombre de la molcula (2 lneas)
- Anotar los valores de la energa, del momento dipolar, de las distancias optimizadas y
de las cargas atmicas.
- Representar el diagrama de orbitales moleculares. Indicar la energa y la simetra de
cada orbital, indicando si es de tipo Fo B.
- Analizar la forma de los orbitales moleculares de tipo B.
- Guardar la molcula optimizada con el nombre de eteno-opt.dat.

5.2.- Molculas de cis y trans 1,3-butadieno.

5.2.1.- Cis-1,3-butadieno.

- Construir la molcula de cis-1,3-butadieno {sp2(2H)}.
- Anotar los valores de las distancias de enlace carbono-carbono.
- Optimizar la geometra de la molcula con el mtodo PM3 (programa MOPAC97).
Nombre del fichero c-butadieno.dat.
keywords (si es necesaria ms de una lnea, aadir el signo + en la 1):
PM3 EF PRECISE VECTORS ALLVEC BONDS +
LET GNORM=0.001
comments: vuestros nombres
el nombre de la molcula (2 lneas)
- Anotar los valores de la energa, del momento dipolar, de las distancias y ngulos
optimizados y de las cargas atmicas.
- Representar el diagrama de orbitales moleculares. Indicar la energa y la simetra de
cada orbital, indicando si es de tipo Fo B.
- Analizar la forma de los orbitales moleculares de tipo B.
- Guardar la molcula optimizada con el nombre de c-butadieno-opt.dat.
5.2.2.- Trans-1,3-butadieno.

- Construir la molcula de trans-1,3-butadieno {sp2(2H)}.
- Anotar los valores de las distancias de enlace carbono-carbono.
- Optimizar la geometra de la molcula con el mtodo PM3 (programa MOPAC97).
Nombre del fichero t-butadieno.dat.
keywords (si es necesaria ms de una lnea, aadir el signo + en la 1):
PM3 EF PRECISE VECTORS ALLVEC BONDS +
LET GNORM=0.001
comments: vuestros nombres
el nombre de la molcula (2 lneas)
- Anotar los valores de la energa, del momento dipolar, de las distancias y ngulos
optimizados y de las cargas atmicas.
- Representar el diagrama de orbitales moleculares. Indicar la energa y la simetra de cada
orbital, indicando si es de tipo Fo B.
- Analizar la forma de los orbitales moleculares de tipo B.
- Guardar la molcula optimizada con el nombre de t-butadieno-opt.dat.
- Comparar las geometras optimizadas del cis y trans 1,3-butadieno: distancias C-C y
ngulos CCC.
- Indicar que molcula es ms estable y por qu.


5.3.- Molcula de 1,3,5-hexatrieno.

- Construir la molcula de all-trans-1,3,5-hexatrieno {sp2(2H)}.
- Anotar los valores de las distancias de enlace carbono-carbono.
- Optimizar la geometra de la molcula con el mtodo PM3 (programa MOPAC97).
Nombre del fichero hexatrieno.dat.
keywords (si es necesaria ms de una lnea, aadir el signo + en la 1):
PM3 EF PRECISE VECTORS ALLVEC BONDS +
LET GNORM=0.001
comments: vuestros nombres
el nombre de la molcula (2 lneas).
- Anotar los valores de la energa, del momento dipolar, de las distancias y ngulos
optimizados y de las cargas atmicas.
- Representar el diagrama de orbitales moleculares. Indicar la energa y la simetra de cada
orbital, indicando si es de tipo Fo B.
- Analizar la forma de los orbitales moleculares de tipo B.
- Guardar la molcula optimizada con el nombre de hexatrieno-opt.dat.



8.3

5.4.- Molcula de 1,3,5,7-octatetraeno.

- Construir la molcula de all-trans-1,3,5,7-octatetraeno {sp2(2H)}.
- Anotar los valores de las distancias de enlace carbono-carbono.
- Optimizar la geometra de la molcula con el mtodo PM3 (programa MOPAC97).
Nombre del fichero octatetraeno.dat.
keywords (si es necesaria ms de una lnea, aadir el signo + en la 1):
PM3 EF PRECISE VECTORS ALLVEC BONDS +
LET GNORM=0.001
comments: vuestros nombres
el nombre de la molcula (2 lneas).
- Anotar los valores de la energa, del momento dipolar, de las distancias y ngulos
optimizados y de las cargas atmicas.
- Representar el diagrama de orbitales moleculares. Indicar la energa y la simetra de
cada orbital, indicando si es de tipo Fo B.
- Analizar la forma de los orbitales moleculares de tipo B.
- Guardar la molcula optimizada con el nombre de octatretaeno-opt.dat.
- Comparar los orbitales moleculares de tipo Bde los polienos.
- Comparar las geometras optimizadas de los alcanos y de los alquenos: distancias C-C
y ngulos CCC.
6.- CLCULO DE LA ESTRUCTURA GEOMTRICA Y ELECTRNICA DE
SISTEMAS AROMTICOS.

6.1.- Molcula de benceno.

- Construir la molecula de benceno {template}.
- Optimizar la geometra de la molcula con el mtodo PM3. Nombre del fichero
benceno.dat.
keywords (si es necesaria ms de una lnea, aadir el signo + en la 1):
PM3 EF PRECISE VECTORS ALLVEC BONDS +
LET GNORM=0.001
comments: vuestros nombres
el nombre de la molcula (2 lneas).
- Anotar los valores de la energa, del momento dipolar, de las distancias optimizadas y
de las cargas atmicas.
- Representar el diagrama de orbitales moleculares. Indicar la energa y la simetra de cada
orbital, indicando si es de tipo Fo B.
- Analizar la forma de los orbitales moleculares de tipo B.
- Guardar la molcula optimizada con el nombre de benceno-opt.dat.

6.2.- Molcula de antraceno.

- Construir la molecula de antraceno {template}.
- Optimizar la geometra de la molcula con el mtodo PM3. Nombre del fichero
antraceno.dat.
keywords (si es necesaria ms de una lnea, aadir el signo + en la 1):
PM3 EF PRECISE VECTORS ALLVEC BONDS +
LET GNORM=0.001
comments: vuestros nombres
el nombre de la molcula (2 lneas).
- Anotar los valores de la energa, del momento dipolar, de las distancias optimizadas y
de las cargas atmicas.
- Representar el diagrama de orbitales moleculares. Indicar la energa y la simetra de cada
orbital, indicando si es de tipo Fo B.
- Analizar la forma de los orbitales moleculares de tipo B.
- Guardar la molcula optimizada con el nombre de antraceno-opt.dat.
- Comparar las distancias C-C del benceno y del antraceno.





8.4

7.- CLCULO DE ESTADOS EXCITADOS. ESPECTRO DE ABSORCIN DE
POLIENOS.

7.1.- Clculo del espectro de absorcin del eteno.

- Abrir el fichero eteno-opt.dat.
- Escoger en Z-matrix (edit) el programa MOS-F, en el mtodo INDO/S, en el tipo
de clculo difference electron density e introducir coord=Mcart en keywords.
- Anotar los valores de energa de las diferentes transiciones electrnicas, as como su
composicin.
- Comparar los datos obtenidos con los datos experimentales de la molcula de eteno.

7.2.- Clculo del espectro de absorcin del trans-1,3-butadieno.

- Abrir el fichero t-butadieno-opt.dat.
- Escoger en Z-matrix (edit) el programa MOS-F, en el mtodo INDO/S, en el tipo
de clculo difference electron density e introducir coord=Mcart en keywords.
- Anotar los valores de energa de las diferentes transiciones electrnicas, as como su
composicin.
- Comparar los datos obtenidos con los datos experimentales de la molcula de trans-1,3-
butadieno.

7.3.- Clculo del espectro de absorcin del all-trans-1,3,5-hexatrieno.

- Abrir el fichero hexatrieno-opt.dat.
- Escoger en Z-matrix (edit) el programa MOS-F, en el mtodo INDO/S, en el tipo
de clculo difference electron density e introducir coord=Mcart en keywords.
- Anotar los valores de energa de las diferentes transiciones electrnicas, as como su
composicin.
- Comparar los datos obtenidos con los datos experimentales de la molcula all-trans-
1,3,5-hexatrieno

7.4.- Clculo del espectro de absorcin del all-trans-1,3,5,7-octatetraeno.

- Abrir el fichero octatetraeno-opt.dat.
- Escoger en Z-matrix (edit) el programa MOS-F, en el mtodo INDO/S, en el tipo
de clculo difference electron density e introducir coord=Mcart en keywords.
- Anotar los valores de energa de las diferentes transiciones electrnicas, as como su
composicin.
- Comparar los datos obtenidos con los datos experimentales de la molcula all-trans-
1,3,5-hexatrieno
- Comparar los espectros obtenidos para los cuatro polienos. Analizar la variacin de la
longitud de absorcin con el aumento de la deslocalizacin electrnica.
- Comparar los resultados obtenidos con los de un mtodo ms simple como el mtodo
de Hckel.


8.- CLCULO DE ESTADOS EXCITADOS. ESPECTRO DE ABSORCIN DE
SISTEMAS AROMTICOS.

8.1.- Clculo del espectro de absorcin del benceno.

- Abrir el fichero benceno-opt.dat.
- Escoger en Z-matrix (edit) el programa MOS-F, en el mtodo INDO/S, en el tipo
de clculo difference electron density e introducir coord=Mcart en keywords.
- Anotar los valores de energa de las diferentes transiciones electrnicas, as como su
composicin.
- Comparar los datos obtenidos con los datos experimentales de la molcula de benceno.

8.2.- Clculo del espectro de absorcin del antraceno.

- Abrir el fichero antraceno-opt.dat.
- Escoger en Z-matrix (edit) el programa MOS-F, en el mtodo INDO/S, en el tipo
de clculo difference electron density e introducir coord=Mcart en keywords.
- Anotar los valores de energa de las diferentes transiciones electrnicas, as como su
composicin.
- Comparar los datos obtenidos con los datos experimentales de la molcula de antraceno.
- Comparar los espectros obtenidos para los dos sistemas aromticos.
- Comparar los resultados obtenidos con los de un mtodo ms simple como el mtodo
de Hckel.
- Comparar los resultados obtenidos con los de los polienos.












8.5

9.- ESTUDIO DE LA MOLCULA DE LUMIFLAVINA EN SU FORMA
OXIDADA NEUTRA.
9.2.- Clculo del espectro de absorcin utilizando el mtodo INDO/S.

- Abrir el fichero lfla-opt.dat.
H Me
- Escoger en Z-matrix (edit) el programa MOS-F, en el mtodo INDO/S, en el tipo
de clculo difference electron density e introducir coord=Mcart en keywords.
- Anotar los valores de energa de las primeras transiciones electrnicas, as como su
Me C
9
N
10
N
1 O
composicin.
C
8
C
9a
C
10a
C
2
- Comparar los datos obtenidos con los datos experimentales de la molcula de
riboflavina.

C
7
C
5a
C
4a
N
3

Me C
6
N
5
C
4 H

H O

Figura 1. Molcula de lumiflavina en su forma oxidada neutra.


9.1.-Optimizacin de la geometra utilizando el mtodo PM3

- Construir la molcula de lumiflavina en su forma oxidada neutra.
- Construir la molcula de antraceno {template}.
- Aadir los tres grupos metilo {sp3(3H)} en las posiciones 7, 8 y 10.
- Sustituir los dos tomos de hidrgeno {change atom} en las posiciones 2
y 4, por oxgenos.
- Sustituir los cuatro tomos de carbono {change atom} en las posiciones 1,
3, 5 y 10, por nitrgenos.
- Eliminar los dos tomos de hidrgeno {delete atom} de las posiciones 1
y 5.
- Nombrar al fichero de datos como lfla.dat.
- Optimizar la molculas utilizando las mismas keywords que en los clculos
anteriores, pero aadiendo dos nuevas keywords MMOK y XYZ.
- Anotar los valores de la energa, del momento dipolar, de las distancias optimizadas (sin
incluir las de los H) y de las cargas atmicas (sin incluir las de los H).
- Guardar la molcula optimizada con el nombre de lfla-opt.dat.







8.6

10.- ESTUDIO DE LA MOLCULA DE LUMIFLAVINA EN SU FORMA
REDUCIDA NEUTRA.
10.2.- Clculo del espectro de absorcin utilizando el mtodo INDO/S.
H Me H
- Abrir el fichero h2lfla-opt.dat.
- Escoger en Z-matrix (edit) el programa MOS-F, en el mtodo INDO/S, en el tipo
de clculo difference electron density e introducir coord=Mcart en keywords.
Me

C
8
C
9

C
9a
N
10

C
10a
N
1

C
2
O
- Anotar los valores de energa de las primeras transiciones electrnicas, as como su
composicin.
- Comparar los datos obtenidos con los datos obtenidos para la lumiflavina en su forma
oxidada neutra y con los datos experimentales de la molcula de riboflavina.
C
7
C
5a
C
4a
N
3

Me C
6

H
N
5

H
C
4

O
H

Figura 2. Molcula de lumiflavina en su forma reducida neutra.


10.1.- Optimizacin de la geometra utilizando el mtodo PM3.

- Construir la molcula de lumiflavina en su forma reducida neutra.
- Construir la molcula de antraceno {template}.
- Aadir los tres grupos metilo {sp3(3H)} en las posiciones 7, 8 y 10.
- Sustituir los dos tomos de hidrogeno {change atom} en las posiciones 2
y 4, por oxgenos.
- Sustituir los cuatro tomos de carbono {change atom} en las posiciones
1, 3, 5 y 10, por nitrgenos.
- Nombrar al fichero de datos como h2lfla.dat.
- Modificar las distancias segn el siguiente criterio:
C-Me = 1.50
C=O= 1.22
N-C = 1.43
C-C(benceno) = 1.40
C4a=C10a = 1.35
para acelerar la optimizacin.
- Optimizar la molculas utilizando las mismas keywords que en el clculo de la
lumiflavina en su forma oxidada neutra.
- Anotar los valores de la energa, del momento dipolar, de las distancias optimizadas (sin
incluir las de los H) y de las cargas atmicas (sin incluir las de los H).
- Guardar la molecula optimizada con el nombre de h2lfla-opt.dat.
- Comparar la geometra obtenida con la de la forma oxidada neutra.

8.7

11.- ESTUDIO DE LA MOLCULA DE LUMIFLAVINA EN SU FORMA
OXIDADA MONOPROTONADA

11.1- Optimizacin de la geometra utilizando el mtodo PM3.

- Construir las dos posibles estructuras de lumiflavina en su forma oxidada
monoprotonada (protonacin en las posiciones N1 y N5, respectivamente).
- Utilizar la geometra optimizada de la lumiflavina en su forma oxidada neutra
(lfla-opt.dat).
- Aadir un tomo de hidrgeno {draw bond} en la posicin 1 5.
- Nombrar los ficheros como lfla1h.dat y lfla5h.dat, respectivamente.
- Optimizar las molculas utilizando las mismas keywords que en el clculo de la
lumiflavina en su forma oxidada neutra, aadiendo la keyword CHARGE = 1.
- Anotar los valores de la energa, del momento dipolar, de las distancias optimizadas (sin
incluir las de los H) y de las cargas atmicas (sin incluir las de los H).
- Guardar las molculas optimizadas con el nombre de lfla1h-opt.dat y lfla5h-opt.dat,
respectivamente.
- Comparar las geometras obtenidas con las de las formas oxidada y reducida neutras.


11.2.- Clculo del espectro de absorcin utilizando el mtodo INDO/S.

- Abrir el fichero con la geometra optimizada de la forma ms estable de la lumiflavina
en su forma oxidadada monoprotonada.
- Escoger en Z-matrix (edit) el programa MOS-F, en el mtodo INDO/S, en el tipo
de clculo difference electron density e introducir coord=Mcart en keywords.
- Anotar los valores de energa de las diferentes transiciones electrnicas, as como su
composicin.
- Comparar los datos obtenidos con los datos obtenidos para la lumiflavina en sus formas
oxidada y reducida neutras, as como con los datos experimentales de la riboflavina.
12.- ESTUDIO DEL PRIMER ESTADO EXCITADO SINGLETE DE LA
MOLCULA DE LUMIFLAVINA NEUTRA EN SU FORMA OXIDADA Y
REDUCIDA

12.1.- Optimizacin de la geometra utilizando el mtodo PM3.

- A partir de las geometras optimizadas de la forma oxidada neutra y reducida neutra de
la lumiflavina, optimizar el primer estado excitado singlete (S1). Para ello es necesario
incluir la keyword: SINGLET.
- Nombrar los ficheros como lflas1.dat y h2lflas1.dat, respectivamente.
- Anotar los valores de la energa, momento dipolar, las distancias optimizadas (sin incluir
las de los H) y las cargas atmicas (sin incluir las de los H).
- Guardar las molculas optimizadas con el nombre de lflas1-opt.dat y h2lflas1-
opt.dat.
- Comparar las geometras obtenidas con las de los estados fundamentales (S0).


12.2.- Clculo del espectro de emisin utilizando el mtodo INDO/S.

- Abrir el fichero con la geometra optimizada de los estados excitados S1 de la
lumiflavina neutra en su forma oxidada y reducida.
- Escoger en Z-matrix (edit) el programa MOS-F, en el mtodo INDO/S, en el tipo
de clculo difference electron density e introducir coord=Mcart en keywords.
- Anotar los valores de energa de las diferentes transiciones electrnicas, as como su
composicin.
- Comparar los datos obtenidos con los datos obtenidos para la lumiflavina en sus formas
oxidada y reducida neutras, as como con los datos experimentales de fluorescencia de la
riboflavina.












8.8

13.- BIBLIOGRAFIA

- Ira N. Levine, Qumica Cuntica (5 edicin), Prentice-Hall, Madrid, 2001. Cap. 15-17,
467-681.

- Frank L. Pilar, Elementary Quantum Chemistry (2
nd
Edition), Dover, Mineola, 2001.
Cap. 14 i 15, 454-509.

- Gerald A. Segal (Ed.), Semiempirical Methods of Electronic Structure Calculation,
Plenum Press, New York, 1977.

-J.N. Murrell y A.J. Harget, Semiempirical Self Consistent Field Molecular Orbital
Theory of Molecules, Wiley-Interscience, London, 1972.

-Thomas Bredow y Karl Jug, Theory and range of modern semiempirical molecular
methods, Theoretical Chemistry Accounts, 113 (2005) 1-14.

-Johan Wouters, Franois Durant, Benot Champagne y Jean-Marie Andr, Electronic
Properties of Flavins: Implications on the Reactivity and Absorption Properties of
Flavoproteins, International Journal of Quantum Chemistry, 64 (1997) 721-733.






















8.9