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Bioqumica l 20 de Mayo
La protena es la primera cadena aminoacdica que estamos sintetizando en las ribosomas. El la
mayora de los casos la protena no esta lista, ya que primero debe saber donde dirigirse para
comenzar a funcionar. Esto lo discutimos la clase pasada.
ASORTARMIENTO DE PROTENAS
1. Destino de protenas en el citosol
2. Destino de protenas en RE
3. Transporte: fisin y fusin de membranas
4. Asortamiento de protenas va exocitosis
5. Asortamiento de protenas va endocitosis
Que se necesita para el asortamiento de protenas?

una seal (direccin) intrinseca de la protena
un receptor que reconoce la seal y lo dirige a la membrana correcta
una maquinaria de translocacin
energa para transferir la protena a su nueva localizacin

1. DESTINO DE PROTENAS EN EL CITOSOL
El asortamiento de las protenas en el citosol establece la identidad de los organelos.
Si una clula esta realmente preocupada de hacer protenas, estas tienen que salir entonces
vemos muchos ribosomas en la membrana (no son distintos tipos de ribosomas, sino que es el
mismo tipo que sintetiza las protenas que van al citoplasma, o a los diferentes lados de la clula).
Cuando sale el primer trmino (esto segn la secuencia que tenga la protena), se va a inducir a
que se forme una forma especial en su amino terminal. Por ejemplo, hay protenas en el
citoplasma que logran reconocer eso y que ayudan para que lleguen a la membrana de R.E.
2. DESTINO DE PROTENAS EN RE
Si no se dirige al citoplasma, ni a algn organelo y tampoco pasa al ncleo, tiene la opcin de pasar
al retculo endoplsmico (R.E) ya que no se puede ir directamente a la membrana (eso no existe
en una protena que tiene que salir de la clula, antes debe ser modificada).
Como llega al R.E? : Seales
Las protenas llegan al R.E a travs de seales. Gnter Blobel deca que la protena era quien deba
saber donde ir (las protenas tienen seales intrnsecas que rigen su transporte y
localizacin en la clula ") es decir, la seal se debera encontrar en la secuencia misma de la
protena. Como la protena crece de amino a carboxilo la seal debera estar en el amino terminal.

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Hay aminocidos (aa) que se encuentran es la regin pptido-seal. Los aa deben ser hidrofbicos.
Luego de que la regin del pptido-seal cumpli su funcin (encontrar donde unir) ya no se
necesita mas y se corta
Destino de protenas en el RE
generacin de protenas de membranas
eventos normales en el RE:
o plegamiento
o glicosilacin
o control de calidad

La protena se apoya de otra protena que esta en la membrana, para saber donde ir y no unirse
en cualquier lado. Todo este complejo se llama Translocn. Aqu vamos a necesitar energa ya que
se esta realizando movimiento.















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o Plegamiento.
Una vez que tenemos las protenas en el R.E (en general esto sirve para generar protenas de
membrana) lo que ocurre es el plegamiento correcto de la protena. Si algo ocurri mal y el
plegamiento por alguna razn no se hizo bien, se degrada la protena no se repara la protena
entera. Aqu no es como el DNA donde haba que reparar si o si si no que si una protena no
funciono tan bien (no se hizo bien el plegamiento) se puede desechar (degradar) sin mas
importancia.

**las protenas deben tener un amino y carboxilo. Con unos 20 aa ms o menos se alcanza a
atravesar una membrana biolgica.
Lo importante es saber como ocurre la sntesis de la protena y como esta se va a doblar cuando
aun se esta sintetizando. Vimos que eso ocurre pasando por membrana. La orientacin que va a
tener la molcula no se cambia durante su paso por la clula, cuando se quedo con el amino
adentro y se va del R.E al golgi, del golgi al otro lado siempre su amino va a mirar hacia adentro y
no hacia afuera. Si en la sntesis ocurre que una parte queda mirando hacia afuera y su
orientacin en la membrana es esa, pasando de vescula en vescula, nunca se va a cambiar su
orientacin. No es que se den vuelta, recuerda la discusin de membrana de la clase anterior,
tenemos un sistema fluido de fosfolpidos (porque no es un polmero que se une con enlaces)
interactan termodinmicamente porque es ms favorable esconder su parte hidrofbica y
exponer la hidroflica, como estn en fase acuosa se forman membranas o vesculas. Y las
protenas que esta ah estn como nadando y se pueden mover fcil en esa direccin (apuntando
la imagen).

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Cuando una protena llega no esta plegada o poco
plegada ya que no se dobla solita, siempre hay otras
protenas que apoyan la formacin de regiones que se
doblan de la manera correcta. Y a partir de esa regin o
ncleo que esta bien plegada se dobla el resto. Existen las
chaperonas que lo ayudan a plegarse bien. Si hay
ambiente oxidativo se van a formar enlaces S-S.
Ejemplos de funciones de protenas de membrana


o Glicosilacin
Como se modifican las protenas una vez que pasan por el
R.E? Tenemos distintos tipos de glicosilacin, no es que se
pegue glucosa por glucosa si no que el truco es que hay
molculas que se encuentran listas para ser unidas
siempre que aparezca una secuencia especifica que
indique que ese es un lugar donde se pueda glicosilar
(toda la informacin esta en la protena).
La protena debe salir, para ello tenemos la va secretoria
(va biosinttica secretoria). Las clulas no ven pero
deben saber que vescula se mueve y donde.
Quienes les dicen? Las molculas, hay
protenas espeficicas que son marcadores
de un tipo de vescula (esto solo ocurre en
vesculas). Este tipo de protenas son las
COPII que actan solo en la parte de rojo y
las COPI que actan en la parte celeste.
Otras son las Clathrin en la parte verde.


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Si uno mira las vesculas al microscopio se ven todas iguales pero por inmunohistoqumica se nota
que cada una tiene su propia protena que esta asociada a su membrana.
Recordemos que el mecanismo de cmo funcionan las vesculas nos explica porque la orientacin
de las protenas en la membrana queda siempre igual.
3. TRANSPORTE: FISIN Y FUSIN DE MEMBRANAS
Si tenemos un compartimento con
una protena dentro bueno esta la
vescula y taca taca taca y llega a
otra membrana
Cmo ocurre esa fusin? Hay unas
protenas que pertenecen a la
vescula llamadas v-SNARE (son las
que estn llegando) y en la
membrana blanco (a la que debe ir,
el blanco que se debe encontrar) se
llama t-SNARE.
Una vez que llega se produce una
interaccin (una al lado de la otra)
en la que las 2 membranas se
encuentran tan cerca y al ser
lpidos se fusionan. Se acercan
tanto el v-SNARE y el t-SNARE que excluyen el agua y eso induce la fusin.
Si la protena esta mirando hacia adentro, llega la vescula y se fusiona, la protena queda mirando
en la misma orientacin. Cmo ocurre eso, que es lo que se observa? Para que ocurra todo lo del
movimiento, participan otras protenas las GTP (?).
Hay toxinas bacterianas que interrumpen la fusin de vesculas como la Clostridium botulinum y
Clostridium tetani impiden la liberacin de neurotransmisores porque cortan la maquinaria de la
fusin de las membranas.
4. ASORTAMIENTO DE PROTENAS VA EXOCITOSIS
Hablamos exocitosis cuando una
protena que se sintetiza y sale de la
clula.
o Es ayudada por factores
como los v-SNARE y t-SNARE
(factores de unin).

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o El transporte en el Golgi las todas las protenas de membrana y las protenas que se
quedan en la membrana o que atraviesan la membrana. La glicocilacion generalmente
ocurre en el golgi.
o Tambin ocurre el transporte hacia el lisosoma.
En cada etapa del viaje de la protena desde el
ribosoma a su destino final, la informacin de a
donde debe dirigirse se encuentra en la protena.
Hay seales especficas o marcajes especficos que
envan a las protenas a sus posibles destinos (4).

5. ASORTAMIENTO DE PROTENAS VA ENDOCITOSIS
Si la clula tiene que incorporar cosas hablamos de la fagocitosis y endocitosis.
Fagocitosis
Clulas comen partculas de gran tamao (microorganismos, clulas viejas y apoptticos)
Formacin de extensin de membrana plasmtico no-selectiva mediada por actina
Tpicamente en solamente algunos tipos celulares (macrfagos)
Endocitosis
Ingreso de fluidos (pinocitosis) y macromolculas
Requiere la formacin de vesculas endocitoticas
Rpida y muy especifica (endocitosis mediada por receptor)

No vamos a entrar en detalles, solo diremos
que cerca de la membrana hay molculas
especificas. Si hay un receptor como el LDL
que se une a estas molculas y se produce
invaginacin.
Pasando de vescula a vescula se activan otras
enzimas y tambin se observan cambios de
pH.



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REGULACIN DE LA EXPRESIN GNICA
Hoy en da se habla de genoma y se sabe que no tonemos miles si no que solo los necesarios. Se
sabe que el genoma tiene la informacin guardada, pero usarla es otra cosa.
Existen muchos niveles de regulacin que hoy en da aun no se pueden descifrar.
Si yo soy una larva primero como vegetales me hago capullo y cuando el da este bonito me
transformo en mariposa. Entonces la pregunta es me cambie de genoma al pasar de larva a
mariposa? No se cambio en genoma en ningn momento, pero Qu fue lo que cambio entonces?
Solo cambio la expresin gnica, nada ms.
Como nosotros tenemos un montn de cuestiones en nuestro cuerpo (clulas, ADN, etc.)
necesitamos regular mas funciones. Necesitamos tener ms regulacin que en procariotas.
Si miramos a nivel molecular y queremos ver como el genoma se expresa, primero debemos
determinar que molculas sern las que analizaremos? Como se supone que el ADN es el mismo,
se analizar el RNA y las protenas. Por lo tanto analizamos la expresin gnica a nivel de:
transcripcin (analizamos RNA) y a nivel de traduccin (analizamos protenas).
Vemos un anlisis comparando las secuencias del
RNA en hgado, rin y cerebro del mismo
individuo. Los puntitos representan las secuencias
de RNA, lo que se busca es una secuencia que en
relacin a la secuencia de DNA se utilice en los
distintos rganos. Por ejemplo en la primera
imagen ploma se ve DNA y RNA donde hay
secuencias de RNA que se utilizan para hgado,
pero en la 2 (rin) y 3 imagen (cerebro) se ven
puntitos pero prcticamente nada.
Si nos referimos al DNA hablamos del genotipo, si
nos referimos a eso que podemos ver y tocar nos
referimos al fenotipo. El fenotipo corresponde a la
expresin gnica, en cambio la toda la
informacin se encuentra en el DNA o sea en el
genotipo.
Como sabe el genoma cual informacin utilizar y donde utilizarla? en el fondo como se regula?
Para intentar revelar ese misterio, cientficos utilizaron bacterias E.Coli para saber como funciona
el flujo de la informacin gnica. Esta bacteria utiliza glucosa pero si no hay glucosa puede
sobrevivir si se le da lactosa, pero para usar esa lactosa (disacrido) necesita una enzima que la
corte en monosacridos liberndose glucosa (utilizndola de inmediato) y galactosa. Tiene sentido
utilizar la enzima solo si hay lactosa ya que si no la hubiera seria innecesario. Lo que ocurri es que

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muchas de las E.Coli funcionaron de forma normal, o sea si haba glucosa la utilizaban de
inmediato pero si haba lactosa utilizaban la enzima. Pero haba una serie de E.Coli mutantes que
siempre sintetizaron la enzima sin importar si haba lactosa o no, y otro montn que aun en
presencia de lactosa nunca utilizaron la enzima. Y con esos mutantes, que no eran regulados (solo
los normales eran regulados) se busco que era lo que haba cambiado en su genoma o cual era la
mutacin que haba ocurrido en su genoma. A partir de esto se descifraron las molculas
necesarias para la regulacin, las que bloquean o
reprimen ciertos eventos. En el caso de las mutantes
esta represin no ocurra. En procariotas el genoma es
tan pequeo que usan el truco de regular varias
protenas, pero se sintetiza un solo mensajero lineal. El
sistema de regulacin implica la participacin de 3
molculas (Protenas) lo que ocurre es que por fuera
hay lactosa que puede entrar a travs de la lactosa
permeasa, una vez que entra en la clula ocurre una
reconfiguracin y una parte de esta lactosa se
transforma en alolactosa (pero la mayor parte queda
como lactosa). Esa lactosa puede ser degradada por la
actividad de la B galactosidasa produciendo galactosa
y glucosa. Adems se codifica una molcula llamada
acetilasa (no se sabe bien que funcin cumple). Las secuencias que codifican para esas tres
molculas estn una al lado de la otra en el
genoma de la bacteria, una se llama lacZ otra
lacY y lacA estas son las secuencias que
codifican (que se transcriben y despus
traducen). El lado anterior es el promotor. Hay
una regin donde se puede unir un represor
(que igual es una molcula) llamada operador.
El operador es una secuencia del DNA que esta
entre promotor y las secuencias codificantes. Si
el operador esta ocupado por el represor se
impide que la RNA polimerasa se pueda unir.
Hay elementos cis-regulatorios y trans-
regulatorios. Los cis-regulatorios son
secuencias partes del DNA, los trans son
otras molculas que interactan en algo. Si
en el medio hay lactosa, la molcula tiene un
sitio de unin al represor, cambia su
conformacin por lo que ya no hay represor.
La misma lactosa saca el represor del DNA.

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Como sabe la clula que hay glucosa
en el medio? Respecto a la
concentracin de glucosa hay
molculas en la clula que actan
como sensores para esto y cambian la
concentracin dentro de la clula. Si
hay mucha glucosa afuera tenemos
poco cAMP cclico en la clula. Si baja
la concentracin de glucosa afuera
aumenta en la clula la concentracin
del cAMP cclico. A esta molcula la
llamamos un segundo mensajero en el sentido de que
nos informa sobre cambios fuera de la clula. El cAMP
interacta con otras molculas dentro de la clula y
produce una serie de respuestas, dentro de este contexto
se estimula a una protena a la que se le indica si se bajan
los niveles de glucosa o si hay presencia de lactosa. El
CAP unido al cAMP se une a una regin (rio arriba del
promotor). Si hay un represor este apaga todo (no se
puede hacer nada), pero si hay lactosa y saca el represor,
y tampoco hay glucosa recin ah se aumenta el cAMP
que se une al CAP y va a apoyar la RNA
polimerasa. Operon se refiero a varias cosas
que participan (ver imagen).

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Solo se sintetiza si se necesita
triptfano. En este caso el represor
no esta en el operador, no hay
represor. Se sintetiza mucho
triptfano, una vez que es suficiente
interacta con una molcula que
detiene la sntesis.
Hay muchos pasos donde se puede
regular. En Eucariontes es muy largo el camino
hasta llegar a la protena, por lo que es muy
importante la regulacin. Se debe formar el
complejo de la iniciacin que es crucial para
que ocurra la expresin gnica.
Si hablamos de regulacin, los elementos del
DNA son cis o trans? La secuencia promotora,
la secuencia enhancer, tata, etc son cis (todas
las secuencias son cis). Hay elementos
regulatorios en el genoma que pueden ser
cientos de pares de bases que se encuentran
lejos del gen (del cual observamos su
expresin). El DNA esta ordenado
(enrollado) pero puede interactuar
(mediante su informacin) para mejorar,
cambiar, inhibir la formacin de un complejo
o cuanto se va a transcribir. Las regiones
donde se unen los factores se llaman
enhancer y pueden estar rio arriba del gen,
o rio abajo del gen, etc. contra ms pasos
existan, mas pasos se pueden regular.
Factores de transcripcin.
Como factor de transcripcin se necesitan mnimo
dos dominios.
Observamos molculas modulables, est la regin
trans-activadora y la regin unin al DNA.

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En la mosca de la fruta se han encontrado mutantes. Normalmente la mosca tiene 2 alas pero, a
veces tiene 4 patas o aun peor en vez de antenas le crece una pata en la cabeza, cosas muy locas.
Al buscar la mutacin que causaba este efecto, encontraron un fenmeno causante al que
llamaron mutacin homeotica porque implicaba el cambio completo de una estructura funcional
(correctamente formada). La mutacin se encontraba en el genoma, ya que este codifica para un
factor de transcripcin muy importante en el desarrollo temprano de la mosca de la fruta. En el
momento preciso en que se activa y luego se desactiva un gen, es importante la regulacin ya que,
si no se desactiva en el momento preciso en vez de salir un ala saldrn 2. Cuando se supo cual era
la protena que estaba afectada en este mutante,
se encontr que es una protena con un dominio
que se une al DNA, llamndola homeo-box
(porque causaba el efecto homeotico). Hay en el
genoma una serie de genes donde todos codifican
para factores de transcripcin, y el orden en que
estn en el DNA (genoma) es el orden en que se
expresan tempranamente en el desarrollo de esta
larva.
Nosotros tambin tenernos genes que dicen en
que partes del cuerpo van los brazos, las piernas,
los ojos, etc. hay muchos factores que coordinan
todo eso.
Co factores.
Interactan en la regulacin entre protena-protena, causan mas o menos estabilidad. En cierto
contexto, puede ocurrir que un co factor sea necesario para que aumente la transcripcin pero a
lo mejor en otra molcula este mismo co factor puede bajarla.
Aqu tenemos un ejemplo, hay una regulacin en ese nivel de la clula, desde el DNA a las
protenas (a nivel de la traduccin) a travs del RNA de interferencia.
Para estudiar realmente la funcin de un gen se hicieron modelos de clulas (en animales) en los
que se sacaba o interrumpa el gen para que se transforme en un gen mutante. Si resultaba que la
mutacin no era mortal el animal creca sin el gen (que se extrajo) y se observaba cual era el
cambio. Y as se determinaba que tal protena era necesaria para que se desarrolle tal cosa. Pero
estos son experimentos complejsimos de hacer que demora aos.
Una vez que se entiende el RNA y ese sistema, que un RNA puede inducir en la clula una
secuencia especifica que se degrada; ese mensajero abri una metodologa que se puede estudiar
en una lnea celular el efecto de droga, etc.