BIOQ121 viernes 29 de abril, 2da clase, prueba 2

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Dogma de la biologa molecular:
Como funciona las molculas de la informacin gnica, el flujo de la informacin.
Acido nucledo: ya vimos que durante la biognesis, se destaca una de las partes exclusivas del
ADN (solo est aqu) que es la timina, en la formula tiene un grupo extra en la base nitrogenada,
que ninguno de los otros tiene esta modificacin, es fcil de identificar, como participando en la
molcula que sirve para la mantencin de la informacin. Y la necesitamos hacer la divisin celular
en la fase de sntesis se preparan estos nucletidos, se sintetiza en la parte de trifosfato, y se
sintetiza el ADN solamente aqu, ni antes ni despus, no cumple otra funcin. El mecanismo que
necesitamos es la replicacin.
Replicacin es la biognesis del ADN
En el momento en que la clula necesita usar la informacin, vamos a expresar la informacin,
expresin gnica, el flujo se la informacin para expresar la informacin. El ADN est guardado,
queremos llegar a la protena entonces el ADN para llegar a la protena lo hace por el ARN
entonces hay un flujo de informacin pasando del ADN, todo esto es expresin gnica. Y los
procesos del ADN al ARN es transcripcin y hay algunos virus que tienen en su genoma en forma
de ARN y ellos necesitan para que se mantenga su ciclo de vida un momento en que tiene que salir
ADN entonces hacen de DNA a RNA y eso se llama transcripcin reversa y de ah el sector
mensajero que codifica para la protena y sintetizamos protena, tenemos traduccin.

Para que la protena sea funcional en muchos casos no es suficiente solamente esa primera
expresin de la primera cadena aminoacidica, para que la protena cumpla su funcin en el pelo en
las hormonas, hay una serie de casos post transcripcional que modifican nuestra protena para que
sea una protena funcional. O se corta o se unen otras molculas, trifosforilacion, se modifica para
llegar a la protena que cumpla su funcin, todo esto es el dogma de la biologa molecular es el
flujo de las molculas de informacin que son molculas que cumplen una funcin digital que
guardan la informacin en forma digital de la secuencia de los cidos nucledos y esta se traduce a
travs de un cdigo gentico, una decodificacacion en las molculas proteicas que son alados y se
sintetizan y degradan. Tambin se sintetizan y se degradan pero la informacin se mantiene a
travs de las especies, a travs de la evolucin porque dogma de la biologa molecular no tiene el
flujo al revs, de las protenas al ARN en el sentido que no existe una maquinaria que lo pueda
determinar la secuencia de aminocidos, volver a producir la secuencia de los cidos nucledo
porque el cdigo gentico tiene la caracterstica de degenerar, uno funciona bien pero los otros
no.
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Uso de mltiplo material: www.dnaftb.org todos los conceptos que veremos estn en forma de
animaciones.
Hablamos de ADN o DNA como nombre propio, muchas de las palabras se invierten por el
abreviado, las subunidades de los cidos nucledos que son polmeros, biopolimeros tienen la
caractersticas de ser molculas con largas
cadenas de subunidades, el caso de los cidos
nucleicos su subunidad es el nucletido que se
compone de fosfato, azcar y base
nitrogenada.
Si tenemos una cadena es un nucletido, en el
azcar tenemos 5 carbonos entonces el fosfato
esta ac en el 5, en 3OH hay otro nucletido,
la base est en el 1, entonces nosotros
tenemos que observamos una cadena entre un
5 fosfato y en el 3 un hidroxilo. Si hablamos de la estructura primaria de un acido nucleico, si
hacemos eso vemos caractersticas, la cadena entonces se compone de estas subunidades, un
nucletido siempre fosfato azcar base, el prximo es fosfato azcar base, el prximo lo mismo,
siempre se conserva el fosfato parte de la azcar, es importante porque este de inmediato induce
su sntesis y degradacin, una cosa que vemos fcil, es que tenemos un enlace fosfodiester, este
se est formando en la cadena entre los nucletidos, en las molculas unidos por enlaces, significa
que es una unin muy fuerte difcil de romper y que va a durar en distintas condiciones
quimicofisicas. Entonces el orden del nucletido es lo que nos referimos a la estructura primaria
del ADN.
Como hablamos de las bases, se caracterizan por su carcter bsico porque son anillos aromticos,
y la base se caracteriza por ser sper hidrofbico, en un lado de la cadena en la fase acuosa los
fosfato estn con carga negativa completa, entonces tenemos que la cadena es en un lado bsico
hidrofbico y en el otro lado es con cargar completa, lo que significa que entonces es hidrofilico,
entones la cadena larga en un lado es hidrofbico y en el otro es hidrofilico, acurdense porque
esto nos va a decir que va a hacer esta molcula, los hidrofbico se van a tratar de esconder del
agua y los hidrofilico se exponen al agua vamos a ver cmo se organiza la molcula.
Las nicas con el grupo que no se modifican son las
pirimidinas; el uracilo como molcula central,
citocina tiene un grupo amino, pero la timina tiene
este grupo metilo que lo hace tan especial, y no
ocurre en ninguna otra molcula, solamente en el
ADN, las otras pueden estar en todos los ARN.
Tenemos la ribosa y la desoxiribosa, est en el
carbono 2, en el lado formamos el enlace
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fosfodiester (practicar la nomenclatura). Si son solamente el ncleo con el azcar de la base
hablamos de nucleocido, si es fosfato-azcar-base es nucletido. Si tambin contempla, para ser
nucletido necesita mnimo un fosfato, el azcar y la base, ahora puede tener uno, dos, o tres
fosfatos, seria nucletido monofosfato, difosfato, o trifosfato. Si el azcar es un desoxi va a ser una
desoxirribosanucleotido monofosfato. Se puede practicar como tarea y los nombres
correspondiente.
Cuando hablamos de los cidos nucleicos originalmente uno se refiere a la base, adenina, guanina,
citocina y uracilo, timina. Pero cuando hablamos de las cadenas de los cidos nucleicos despus
como abreviacin a todo nucletido nos referimos A C G U T.
La estructura de estas biomoleculas de los cidos nucleicos tenemos distintos niveles, estructura
primaria, estructura secundaria, estructura terciaria.
La primaria es analoga en las
protenas, en el caso de los
aminocidos, en el caso de los cidos
nucledos la secuencia de los
nucletidos, el orden en que estn
ordenados uno despus de otro los
nucletidos. Base 1, base 2 base 3,
siempre se empieza del 5 al 3.
Siempre se indica en el orden de la
cadena que es un 5fosfato y un
3OH, es una cadena con polaridad, una cabeza y una cola, una cadena aminoacidica tiene un
inicio en un lado y en un grupo amino y en el otro lado grupo carboxilo. En los cidos nucleico
tenemos un 5fosfato y en el otro un 3OH. Por convencin hablamos y nos referimos a una cadena
de cidos nucleicos que siempre lo leemos de 5 a 3, de la izquierda a la derecha.
En la estructura primaria nos referimos a todo lo que se une en enlace, tenemos entre la base y el
azcar, es un enlace nucleofilico, esto ocurre en el azcar 1, y ahora nos referimos al enlace
fosfodiester y formamos esta cadena.
La diferencia entre ARN y ADN es que
el azcar es distinto, en el RNA
tenemos la ribosa con el OH hidroxilo,
y en DNA tenemos la desoxirribosa,
esto es para la unin, no interrumpe ni
interfiere en la unin con fosfodiester.
Otra diferencia es el tipo de base, solo
en el ADN, tenemos CGTA,
(abreviacin). Convencin de 5 a 3
despus ya no vamos a escribir todas
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las bases si hablamos de la secuencia escribimos la abreviacin, si no dice nada significa que es el
5P y el 3OH.
Para revelar la estructura fue importante y se trataba de ver como se forma la estructura del ADN
y el seor Chargaff (1951) analizo ADN genmico de un sin nmero de especie, entonces pudo
encontrar aislando DNA y caracterizaba en que composicin ocurre. Encontr que siempre hay la
misma cantidad de A y T, y la misma cantidad de G y C, esto es llamado la regla de Chargaff, fue
sper importante para los cientficos despus de revelar la estructura del ADN. Entonces al
principio la gente no saba cul es la molcula del ADN. Un cientfico suizo llamado Friedrich
Miescher (1868) sacaba de los hospitales los vendajes de las personas (poca de guerra), por
primera vez aislaba ADN de esa solucin y caracterizo qumicamente que molecular era, se
conoci la primera vez la existencia de las molculas y sus caractersticas (que era acido). Otro
cientfico importante Oswald Avery (1943) demostr con experimentos que es el ADN la molcula
que parece tiene la informacin, para hacer una caracterstica nueva en otra bacteria, demostr
que era el ADN quien lleva la informacin de un organismo a otro. Despus otro experimento
famoso de Hershey and Chase con series bacteroforas y generaban isotopos, se buscaba la
molcula de informacin, porque se conocieron protena tan distintas y ninguna como la otra y
estaban todos maravillados de que el ADN qumicamente era muy regular, no se imaginaba como
llevaba toda la informacin, con este experimento se demostr cuales molcula tenan la
informacin. En este momento el cientfico que tena ms experiencia en revelar estructura y
molcula, era un qumico famossimo Rosalyn Franklin que estudio las protenas en su laboratorio
de estados unidos, ya se saba que era el ADN la molcula importante pero no saban su
estructura, ni como se ordenan ni como cumplen su funcin de ser la molcula de la informacin,
en un momento propuso su estructura de una triple hlice. En Inglaterra, Watson y Crick, Watson
con apenas 23 aos, americano que se fue a Europa para aprender, uniendo los trabajos de los
otros al final revelo los modelos que hizo con papel y tijera, hacia encajar las distintas formas de
las bases nitrogenadas, antes de hacerlo en laboratorio. Esto es un poco del inicio de la biologa
molecular y as se propuso la estructura del ADN.
Aqu se muestra que se aparea bien A con T y C con G, para
estos pares de base y con la formacin de los puentes de
hidrgenos y as se cumpli todo las bases nitrogenadas
hidrofbico estn adentro de la hlice y las cargas hacia afuera.
En esa poca se
hacan
experimentos
usando muchos
fagos y bacterias
y fueron muy
rpidos, ese tiempo recin se conoca la actividad y
fue tremenda til saber qu pasa con las
molculas. Ellos marcaban el ADN con 32?, y las
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protenas con azufre 45, y como en el fago y las bacteria solamente inyectan el DNA, despus
pasaban esta mezcla y el sobrenadante lo dejaban en un lado y usaban el experimento de la clula.
Y en las dos fases buscaron donde se metieron las bacterias y encontraron solamente ADN y las
protenas quedaron afuera, por lo tanto es el DNA el que tiene la informacin.
Formas de las bases: reparacin del ADN, en una base nitrogenada, con nitrgeno y sus grupos
modificados, segn su ubicacin permite forman distintos puentes de hidrgenos con otras bases,
qumica ocurren pero no saben cul es la mas predominante en equilibrio, una ocurre muchas ms
veces que la otra, esto fue un problema. Como ocurre generalmente la misma va. Una vez que
vieron las cosas construyeron un modelo bonito original, y presentaron su modelo y adjuntaron
esta frase: Y no se escapo la manera en que como se aparean estas cadenas de cidos nucleico,
de inmediato proponen un mecanismo de cmo se copia la informacin gentica. Porque
siempre una A con una T y una C con una G, si tengo la secuencia de una cadena, de inmediato
tengo la pauta para la otra y as puedo mantener tanto la informacin de ADN a ARN.
Estos son los pares de base, tanto el T/A como el C/G
tienen el mismo tamao, una de las causas que se forman
en el enlace, se supone como el azcar puede tener esta
forma, se hace el esquema de la cadena y teneos el azcar,
fosfato, azcar, 5 a 3, la otra es el anti paralelo. Solamente
encajan bien con su anti paralelo. Por la forma que tiene el
azcar, gira a la derecha, el fosfato con su carga nucleofilica
hacia afuera esta el agua, las bases hidrofobicas hacia
adentro. Esto es termodinmica, el agua va a empujar o
estabilizas esta forma, cuando observamos los pares de
base, los anillos son planos con sus electrones como nubes
arriba y abajo, el anillo aromtico forma como un peldao
adentro, como plano, por lo tanto otra fuerza que tenemos
en entre los electrones la llamamos fuerza de apilamiento, los anillos aromticos uno encima de
otro y los electrones interactuando. Tenemos la fuerza hidrofilica, hidrofobica, los puentes de
hidrgenos, que entre C y G son 3 (se une mejor) y entre A y T son 2.
Todo lo que vamos a hablar de metodologa como lo que va a pasar los partidores para que el
diagnostico de una enfermedad de la parte especifica, acurdense que C y G se une mejor que A y
T, y que 3 es el lado donde se unen las nuevas subunidades, todo esto es bueno para el diseo de
los prximos anlisis. La escritura de la hlice es la estructura en el espacio, mirando en una parte
de la molcula, por eso nos referimos a la estructura secundaria de las protenas que son dominios
cercanos del aminocido como la beta-
plegada, B-turn. En el acido nucleico es la
doble hebra.
La primera escrita es el forma B de Watson y
Crick? Pero tambin ocurren otras formas que
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son fisiolgicamente importante pero primero es sper importante las fuerzas. Todo funciona por
equilibrio y por fuerza, por equilibrio las molculas interactan entre si mltiples fuerzas no
covalentes, en este caso la estructura secundaria NO covalentes. La extensin son dos nanmetros
y una ronda entera son un poco mas de 10 pares de bases, y tiene 3,6 nm, se puede calcular el
largo,2 nm es muy delgado pero en una clula eucarionte, tenemos ms de 2 metro de largo de
ADN entonces tiene ms de 3,2 billones de nucletidos y secuencias.
La otra caracterstica que hay que adicionar si
hablamos de la biognesis, hablamos de la
biologa de las molculas, no es solamente
que hay o cuanto hay, lo importa es la forma,
el espacio, que forma tiene la molcula y el
tiempo. A nosotros de las molculas nos
interesa la forma, hablamos de un surco
mayor y el surco menor, se forma porque no
es simtrico y es alargado. Los pares de bases
van hacia adentro, si tengo que hacer
replicacin, acerco al surco menor y menor.
Para cada par de base la superficie que se va a formar para afuera va a ser muy especfica, si
destapamos la forma va a ser como un llavero, se ve todo igual pero sabemos que una parte tiene
otra forma. La corno? Le da la especificidad, por lo tanto las molculas pueden leer o reconocer la
secuencia de una molcula porque es de afuera porque es distinto si hay ACGT que TGCA. Por eso
la secuencia indica que..
Las otras formas A y Z se obtienen porque el azcar
puede tener esta forma en el C3 o C2, y el otro que
implica es que DNA puede ser desoxi, tenemos un
hidrogeno, en caso de ARN hay un hidroxilo Oh, el
tomo es mucho ms grande, si hay un OH en el grupo
dos y quiero formar una hlice elegante, hay si me va a
importan el azcar, otro grupo que estricamente no
me calza para hacer esta hlice alargada y elegante, en
este caso se forma la doble hlice pero genera esta
forma, un poco ms ancha y mas apretadita en la forma
A, observamos de la doble hlice RNA con DNA en los
ribosomales por ejemplo, o en momento de transcripcin u otros ejemplos en la biologa,
naturales. La forma Z es ms larga y mas alargada, y hasta se gira a la izquierda y tambin tiene
que ver con la secuencia, esto ocurre si hay muchos G y C, una parte de C es ms larga y tampoco
calza si se gira a la izquierda.
Todas estas formas in-vivo existen y cumplen funciones muy importantes, los G-C por ejemplo se
observan en los trminos de los cromosomas, forman cudruplex, distinto sus tamaos, sus
dimetros, su forma etc.
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Si hablamos de estructura secundaria en el caso de ARN tambin se forma el ARN a pesar que es
una molcula de hebra simple tiene el mismo problema porque es una base, hidrofbico sus
fosfatos hidrofilicos tampoco le gusta estar as, es la misma fuerza termodinmica que van a
inducir, aparear con la misma causa con las mismas reglas, complementario y siempre 5 a 3.
Siempre anti paralelo, entonces lo escrito en una hebra tambin puedo aparear as. Puede ser loop
o ??, siempre vamos a tener su forma sobre este con la misma causa y la misma fuerza. Una vez
que tenemos esta la secundaria, puede ocurrir entre distintas cadenas, intermolecular o
intramolecular, siempre se pueden aparear. En ARN y DNA pasa lo mismo.
Y si dobla uno sobre otro en loop, o apareamiento hay recin vamos a tener la estructura terciaria,
hay hablamos de sobre enrollamiento por ejemplo en RNA los ribosomales, muy importante
porque es globular al final, se pliega uno sobre otro en el tRNA, la hoja de trbol igual uno sobre
otro al final tiene una forma como un codo la molcula entera, despus hablamos de plasmidios,
observamos DNA circular sobre enrollado, todos estos son formas terciarias.
El sobre enrollamiento del ADN funcional en la clula muy importante, nosotros sobre enrollamos
nuestro DNA lo empaquetamos sobre histonas, con una vuelta y hacia la izquierda, enrollado
negativo. Esto no solo permite empaquetar el DNA para qu calce en la clula, tambin nos da la
fuerza a las protenas que ayuda a abrir las hebras en el momento que se necesite replicacin o
transcripcin. Entonces tenemos enzimas que nos ayudan a mantener o cambiar la forma de un
acido nucleico, esta forma en tres dimensiones (sobre enrollamiento), el sentido se llama
topoisomerasa, que cambia la formulogia de la molcula, hay familias topoisomerasa I, que es un
defecto al mecanismo o la topoisomerasa II que corta las dos hebras y pasa uno debajo de la otra,
como por ejemplo en la replicacin.
Observamos entonces sobre estas
hebras de apareamiento, protenas,
caractersticas que puede ser
denaturados y renaturados. Si nos
referimos a estas molculas ocurre algo
parecido, si denaturamos la molcula
significa que introducimos todas las
fuerzas no covalentes, las no covalentes
que forman la estructura secundaria y
terciaria, si denaturamos el ADN por
calor por ejemplo, los no covalente no van a aguantar y las hebras se van a empezar a separar,
pero no interrumpimos en ningn momento la estructura, no cambiamos la primaria, entonces el
orden o la secuencia queda igual, solamente abrimos las hebras. Si cambiamos las condiciones,
bajamos la temperatura las hebras van a volverse a aparear, esto es renaturar, esto es vlido para
el RNA y DNA. En este concepto las dos molculas se comportan igual.
Despus cuando hablamos de mecanismos vamos a hablar de dsDNA (doubl strand DNA) de
ssDNA (single strand DNA), ocurre algo curioso, si nosotros para observar los mecanismo debemos
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observar los DNA de color distinto, a UV 360 longitud de onda se observa una parte del ADN, una
molcula que podra absorber es la base nitrogenada, de la protena se absorben los anillos
aromticos Lys y Arg, las otras tampoco porque tenemos sistema de enlace doble o simple y
despus doble o simple donde los electrones se van a excitar y los podemos observar. En el caso
de los cidos nucleicos la parte de las bases se absorbe la luz a 260 nm, si tenemos una solucin de
ADN en una cubeta, a 360 se van a absorber y as podemos descifrar la concentracin de las
molculas.
Si es as esto sirve para ADN doble hebra, que se asla de una clula, que pasa si inactivamos el
ADN?, hace perder la absorbancia en alguno genes?, si ponemos la hebra simple la absorbancia
seria distinta?, se imaginan que las bases estn absorbiendo, las bases estn entremedio
interactuando, una parte de ese loop se va a absorber, y abierto se va a absorber mas porque
estn expuestas las bases, es decir, mi absorbancia va a aumentar, esto se llama chip
hipocromatico, es una manera de determinar en la solucin cuantas bases han apareado y cuantas
no han apareado del ADN.
Nosotros hablamos de aparear o hibridar, otro nombre para este genoma, entonces observamos
que pasa un haz de luz de 360, la misma solucin tiene mas absorbancia que las cadenas cerradas,
respecto a que la misma solucin con la misma concentracin estn en forma abierta. Como lo
esperaran si esta solucin de ADN se degrada, estaran los nucletidos solos, cambiaria la
absorbancia otra vez? Es la misma lgica, nosotros dijimos que la doble hebra absorbe X, abierto
absorbe ms porque las bases son ms expuestas, ahora tengo la base solita, debera absorber
harto mas, aumenta ms aun la absorbancia.
Entonces con la espectrofotometra
concluimos que no podemos determinar si un
ADN est integrado o degradado, hay que
caracterizar una solucin de cidos nucleicos,
ADN y ARN, hacemos otro experimento para
ver si estar intacto o degradado, con
espectrofotometra no lo podemos saber, hay
que hacer una electroforesis.
Siguiendo con la caracterizacin de los cidos
nucleicos, tenemos entonces que se observa si
en el tiempo cambio la temperatura y yo tengo
una muestra de ADN en solucin doble hebra, tiene una absorbacia X, si yo lo caliento y se
empieza a denaturar va a aumentar la absorbancia, hasta un momento en que todas las molculas
estn desapareadas, si observamos tenemos como un punto donde est la mitad de las molculas
apareadas y la mitad desarapareada, esta temperatura se llama la temperatura de Melting (Tm),
es un punto sper importante que caracteriza una determinada secuencia de una molcula. Qu
factores influencian este punto Tm? Si la secuencia se refiere a la temperatura que necesita para
que una determinada molcula, cuanto necesitamos para que se separen las bases? Va a
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depender si es muy larga, va a demorarse ms, si es muy corta va a demorar menos. Si la
secuencia tiene mucho G-C, voy a necesitar ms temperatura, si hay mucho A-T, voy a necesitar
menos. Entonces va a depender de la complejidad de la secuencia. Como son interacciones no
covalente tambin importa en qu soluciones voy a hacer este ensayo, si tiene mucha sal, va a
funcionar ms fcil, si no tiene ninguna sal va a ser mas difcil, se aparean con la sal y ayudan a las
interacciones. Entonces uno puede manipular como aparean o desaparean las molculas tanto
por la concentracin de sal en la cual uno hace el experimento, y la temperatura en que hace el
experimento. Si aparentamos metodologa que basa en la hibridacin de los cidos nucleicos, en
otro tipo de ensayo, vamos a ver qu va a depender de cmo dirigimos nuestra sondas a estos
ADN, va a depender de que secuencia tenemos, si la secuencia es 105 es muy mala la secuencia, va
a tener distintas concentraciones a degradar y la secuencia tiene un punto fundamental. Un
ensayo lo podemos aplicar en condiciones ms estrictas, menos sal, temperatura ms alta para
detectar esta secuencia en estas condiciones ms adecuadas. Para ver libremente como
caracterizamos no solamente con la espectrofotometra en geles de agarosa para detectar esas
molculas el ADN y el ARN entonces preparamos en un soporte solido de agarosa (un gel) y en un
tampn abrimos un campo elctrico y se aplica la mezcla de las molculas de ADN en este caso y
se aplica el campo elctrico que pasa por este soporte sensor y las molculas se van a fraccionar
por su tamao, los de menor tamao van a hacer menos friccin, van a avanzar mas rpido, y las
molculas de mayor tamao tienen mas friccin quedan ms atrs. El ADN tiene carga negativa
por eso se mueve hacia el nodo, despus visualizan con otra molcula que es plana se intercala
en el ADN, y esta molculas nos permite ver a que se referan estas bandas sobre mover, si hay
banda el DNA est intacto y hay una nube o ninguna banda significa que esta degradado, a lo
mejor con espectrofotometra hay una absorbancia porque las bases estn ah, pero en el gel
podemos visualizar si la molcula est intacta. Estos son de los experimentos mas importante para
este trabajo de caracterizar cidos nucleicos, en la electroforesis tambin es importante la forma
de la molcula, hay que tener presente que la forma que discutimos es sobreenrrollamiento, si la
molcula es muy sobreenrrollada en la electroforesis va a avanzar ms rpido porque va a ser mas
fcil que si es lineal. Para determinar el tamao solamente podemos usar las molculas lineales.