Manual de Utilizao

Embrapa Instrumentao Agropecuria

So Carlos, SP
2009
Lcio Andr de Castro Jorge
Daniel Jos da Cunha Bueno Silva
Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuria
Ministrio da Agricultura, Pecuria e Abastecimento
Embrapa Instrumentao Agropecuria
Anatro Livre: Manual de Utilizao
Todos os direitos reservados.
A reproduo no-autorizada desta publicao, no todo ou em parte,
o constitui violao dos direitos autorais (Lei n 9.610).
CIP-Brasil. Catalogao-na-publicao.
Embrapa Instrumentao Agropecuria
Jorge, Lucio Andr de Castro
Anatro Livre: manual de utilizao. / Lucio Andr de Castro Jorge, Daniel Jos da Cunha
Bueno Silva. -- So Carlos, SP: Embrapa Instrumentao Agropecuria, 2009.
19 p.
ISBN 978-85-86463-22-8
1. Software Anlise de tronco de rvores. 2. Manual. I. Silva, Daniel Jos da Cunha Bueno. II. Ttulo.
CDD 21 ED 005.3

Embrapa 2009
J82a
Exemplares desta publicao podem ser adquiridos na:
Embrapa Instrumentao Agropecuria
Rua XV de Novembro, 1452
Caixa Postal 741
CEP 13560-970 - So Carlos-SP
Fone: (16) 2107 2800
Fax: (16) 2107 2902
www.cnpdia.embrapa.br
E-mail: sac@cnpdia.embrapa.br
Comit de Publicaes da Unidade
Presidente: Dr. Luiz Henrique Capparelli Mattoso
Membros: Dra. Dbora Marcondes Bastos Pereira Milori,
Dr. Joo de Mendona Naime,
Dr. Washington Luiz de Barros Melo
Valria de Ftima Cardoso
Membro Suplente: Dr. Paulo Srgio de Paula Herrmann Junior
Supervisor editorial: Dr. Victor Bertucci Neto
Normalizao bibliogrfica: Valria de Ftima Cardoso
Tratamento de ilustraes: Valentim Monzane
Capa: Manoela Campos
Editorao eletrnica: Valentim Monzane e Manoela Campos
a
1 edio
a
1 impresso (2009): tiragem 300
Sumrio
Apresentao ................................................................................. 5
Introduo ...................................................................................... 7
1. Criar um novo projeto de anlise anatro ........................................... 8
2. Anlise da imagem ....................................................................... 10
2.1. Identificao dos anis ............................................................ 10
2.2. Identificao dos contornos ........................................................ 12
3. Exportar um projeto ....................................................................... 13
4. ........................... 14
5. ................................................... 15
6. Importar um projeto inacabado ......................................................... 17
6.1 Importar medidas manuais ........................................................... 18
Criar um novo projeto de anlise de dendrocronologia
Anlise dendrocronolgica da fatia
O AnatroLivre um software que utiliza tcnicas avanadas de anlise de imagens
para extrair informaes a partir do tronco de rvores, tais como: o dimetro, a rea
transversal, o volume e fator de forma ao longo dos anos de vida da rvore. A anlise de
tronco, tambm conhecida como anlise Anatro, possibilita o registro do crescimento
passado de uma rvore, mediante a contagem e medio dos anis de crescimento de
sees transversais tomadas a diversas alturas no tronco. A anlise de tronco uma
importante fonte de dados para investigao sobre a reao do crescimento em relao a
fatores ambientais (biticos, abiticos) e ao manejo do povoamento (adubao, desrama,
desbaste); avaliao das alteraes de forma das rvores; sincronizao das medidas dos
anis de crescimento e determinao do nmero de anis ausentes como indicadores do
grau de danos sofridos pelas rvores e elaborao de modelos de produo. Alguns
trabalhos utilizam a anlise Anatro, para estimar o volume das plantas, estimando assim a
produo. Em geral, descobrir as regies de interesse automaticamente pode no ser fcil,
fazendo-se necessria a segmentao da estrutura de interesse em cada fatia. Com as
estruturas j segmentadas, natural fazer uso de reconstruo de contornos para gerar os
modelos. No caso do AnatroLivre, as estruturas de interesse so os anis de crescimento.
A separao dos anis a serem reconstrudos obtida pela morfologia matemtica e
somente os adjacentes e correspondentes so levados em considerao.
Com o AnatroLivre, a Embrapa Instrumentao Agropeuria disponibiliza uma
ferramenta capaz de proporcionar a realizao de mais anlises de forma menos laboriosa e
com muito mais preciso.
Apresentao

Anatro Livre i
O AnatroLivre - Anlise de Troncos um software que utiliza tcnicas avanadas
de anlise de imagens com recursos que pesquisadores e silvicultores necessitam para
extrair as informaes ali contidas e transform-las em fundamentos para suas decises
gerenciais.
A anlise completa de tronco oferece a possibilidade de se estudar o
comportamento do dimetro, rea transversal, altura, volume e fator de forma ao longo dos
anos de vida da rvore.
Para isso, so apresentados neste documento os procedimentos necessrios no
software para a obteno das informaes necessrias para a avaliao do crescimento
das rvores e da qualidade de sua madeira.
A seguir, segue um pequeno guia para a utilizao do AnatroLivre.
Anlise de Troncos
Manual de Utilizao
Introduo
AnatroLivre: Manual de Utilizao
7
Para criar um novo projeto de Anlise Anatro, utiliza-se a tela inicial da Figura 1.
A partir das informaes solicitadas sobre a rvore, tais como:
- rvore: um campo de identificao da rvore.
- Altura da rvore: a altura total.
- Gnero/Espcie
- Data de Colheita: Data no formato dd/mm/aaaa
- Talho: Talho a rvore se encontrava
Faz-se a seleo do tipo de projeto, por exemplo, projeto Anatro. A Janela
apresentada na Figura 2 mostra a etapa seguinte para a anlise anatro.
Sendo assim, so inseridas as fatias no projeto. Para tal, devem ser completados os
campos:
- Altura da Fatia: Altura do corte da rvore.
- Imagem da Fatia: Para completar este campo, clique em selecionar e selecione o
nome do arquivo referente ao corte.
Digitada a altura e selecionada a imagem basta clicar no boto + para os dados
serem transferidos para a tabela. Este processo repetido at que todas as fatias tenham
sido selecionadas. As fatias no precisam ser adicionadas na ordem de altura. Para
remover a ltima fatia inserida basta selecionar no boto -.
Fig. 1. Tela inicial do programa.
Fig. 2. Seleo das fatias para anlise ANATRO.
1. Iniciando um novo projeto de anlise anatro
AnatroLivre: Manual de Utilizao
8
Ao final, tem-se a tela apresentada na Figura 3, mostrando uma rvore completa.
O programa foi elaborado de tal forma que a cada etapa cumprida o usurio induzido a
seguir em frente. Atravs da seleo de ->.
Em seguida, a Figura 4 mostra as opes para exportar um projeto, acabado ou no, e analisar.
Com isto pode-se parar no meio de uma anlise sem perder o que j foi feito.

Fig. 3. rvore completa selecionada.
Fig. 4. Tela para exportar um projeto e analisar fatias.
9
AnatroLivre: Manual de Utilizao
Para verificar informaes sobre a fatia, como por exemplo, arquivo referente
imagem ou altura da fatia, basta deixar o mouse por um tempo em cima dos botes que
aparecem em vermelho.
A anlise propriamente dita inicia-se quando se seleciona a fatia, por exemplo, ao
clicar no boto Fatia 8, o programa direciona para a tela da Figura 5.
O primeiro passo a seleo da medula, que feita de forma interativa com o
usurio. Ao finalizar, seleciona-se a opo avanar (->). Sendo assim, deve-se definir a
escala da imagem, uma vez que a mesma pode ter sido adquirida com cmera digital e
precisa ter uma referncia para a escala real. Nesta etapa necessrio ter alguma
referncia na imagem de tamanho conhecido, sendo assim, recomenda-se sempre
fotografar a fatia com uma rgua ao lado.
Para definir a escala, seleciona-se com o mouse em um ponto inicial e define-se uma
reta, como representado na imagem da Figura 6. Feito isso, define-se o tamanho do
segmento no campo Tamanho do Segmento. Lembre-se que se este campo estiver
vermelho porque o valor digitado no vlido, Definido o valor, seleciona-se avanar -
>.
Fig. 6. Seleo da escala
O software ir analisar imagem fazendo em sua primeira etapa a identificao dos
anis, o que feito em preto e branco, como no exemplo da Figura 7. Porm, possvel
Fig. 5. Imagem da Fatia 8 a ser analisada.
10
2.1. Identificao dos anis
2. Anlise da imagem
AnatroLivre: Manual de Utilizao
ver que o primeiro anel encontra-se muito apagado, com muitas falhas. possvel ento
tomar duas decises:
- Confirma: Aceita a sugesto do software.
- Rejeita: Abre uma nova janela para a definio de imagem preta e branca.
Caso seja utilizada a opo Confirma. A etapa seguinte ser suprimida.
Ao selecionar na opo Rejeita. O software abrir a janela seguinte (Fig. 8).
Nesta tela apresentada na Figura 8, possvel definir manualmente quo clara ou
quo escura a imagem ser. Para isso, basta mover o basto para o lado Claro ou para o
lado Escuro. A Imagem nesta figura mostra um bom exemplo de como a imagem deve
ficar. Idealmente, a imagem deve ter os anis outonais totalmente pretos e os anis
primaveris totalmente brancos. Ao finalizar o processo basta selecionar avanar (->).
Dependendo do tipo de preparo que feito nas fatias, o processo de seleo de anis se
torna mais simples ou mais complexo. Na Figura 9, aparece a opo onde o usurio poder
retocar a imagem visando chegar imagem ideal. Para isso possvel executar as
seguintes aes:
- Pintar Manualmente: Para tal, basta clicar e arrastar (com o boto do mouse
apertado) pela imagem. Existem trs tamanhos de pincel: pequeno, mdio e grande. Alm
disso, esto disponveis duas cores. Esta ferramenta deve ser utilizada para o refinamento
da imagem.
- Escurecer: Aumenta a quantidade de pontos pretos na imagem.
- Clarear: Diminui a quantidade de pontos pretos na imagem.
- Fechar Buracos: Fecha pequenos buracos brancos na imagem.
- Aumentar Buracos: Aumenta o tamanho de buracos brancos na imagem
Fig. 7. Seleo dos anis sugerida pelo software.
Fig. 8. Janela para seleo manual dos anis de crescimento.
11
AnatroLivre: Manual de Utilizao
Fig. 9. interface para retoque na imagem.
Fig. 10. Um exemplo de retoque.
Fig. 11. Rtulos selecionados.
Uma vez efetuados todos os retoques necessrios, obtm-se uma imagem como a
apresentada na Figura 10. O resultado aqui vai depender exclusivamente do usurio.
Avanando para as prximas etapas, os rtulos so devidamente apresentados
juntos aos anis. Verifique com preciosismo se os rtulos (contornos azuis) esto corretos
Existem alguns pontos crticos da imagem, regies muito pontiagudas podem causar
problemas na definio dos contornos. Caso isso ocorra, use as ferramentas de pintura
manual para corrigi-las. Esta a etapa mais importante da anlise. recomendvel que
neste processo se navegue entre a tela anterior a tela da Figura 11, pelos botes <- e ->.
12
2.2. Identificao dos contornos
AnatroLivre: Manual de Utilizao
Ao definir os contornos corretamente, selecionando-se (->) a anlise ento
finalizada.
Sendo assim, retorna-se tela da figura Voltamos ento para a tela de analise de
fatias, Figura 12. Pode-se observar que a fatia j analisada ter uma cor de fundo VERDE.
Repete-se o processo at que todas as fatias sejam analisadas.
Para finalizar existem duas aes possveis:
- Exportar projeto inacabado: Utilizado quando por algum motivo se deve
interromper o projeto. Este projeto pode ser retomado e finalizado posteriormente.
- Exportar projeto finalizado: Utilizado para gerar todos os clculos do projeto.
Para exportar o projeto necessrio completar os campos Pasta e Projeto. O campo
Pasta define onde o projeto ser salvo. Para definir a pasta, basta clicar em Selecionar
Pasta e escolher. Digita-se ento o nome do projeto.
Ao selecionar Exportar Projeto, sero salvos os contornos e o arquivo de Excel com
as informaes calculadas e adquiridas durante a anlise.
Fig. 12. Identificao da fatia analisada.
13
3. Exportar um projeto
AnatroLivre: Manual de Utilizao
Na tela inicial do programa (Fig. 13).
Depois de ter os dados da rvore preenchidos, como na anlise Anatro, seleciona-se
o tipo de projeto DendroCronologia. A janela da Figura 14 mostra a situao atual.
Para definir o ano do primeiro anel completa-se o campo Ano Plantio, com o ano do
primeiro anel.
Repete-se tambm o processo de seleo das fatias. Para tal, completa-se os
campos:
- Altura da Fatia: Altura do corte da arvore.
- Imagem da Fatia: Para completar este campo, clique em Selecionar e selecione o
nome do arquivo referente ao corte.
Repete-se este processo da mesma forma que para anlise Anatro at adicionar
todas as fatias. As fatias no precisam ser adicionadas na ordem de altura.
Ao final teremos, ento, a seguinte tela apresentada na Figura 15.
Fig. 13. Tela inicial.
Fig. 14. Seleo de um projeto de DendroCronologia.
4. Criar um novo projeto de anlise de dendrocronologia
14
AnatroLivre: Manual de Utilizao
Fig. 15. Fatias selecionadas para DentroCronologia.
Fig. 16. Identificao da medula na Fatia para anlise DendroCronologia.
Fig. 17. Seleo de escala.
Para iniciar a anlise em uma fatia, basta selecionar no boto referente mesma,
por exemplo, ao clicar no boto Fatia 1, obtm-se a imagem da Figura 16.
Faz-se ento, da mesma forma j descrita, a seleo da medula e posteriormente a
da escala da foto. Na Figura 17 pode ser observada uma imagem com a referncia obtida
atravs de uma rgua. Ao clicar no boto avanar (->) uma nova tela ser exibida, nesta
tela que os clculos de raios sero realizados (Fig. 18).
5. Anlise dedrocronolgica da fatia
15
AnatroLivre: Manual de Utilizao
Fig. 18. Seleo da direo para anlise cronolgica.
Fig. 19. Histograma sobre a linha selecionada.
O ponto inicial da linha exibida na imagem da Figura 18 a medula definida na primeira
etapa da anlise de Dendrocronologia. Para finalizar a anlise, basta clicar em um segundo
ponto. Essa reta, gerada entre a medula e o segundo ponto, ser usada para calcular os
raios de cada anel, como apresentado na Figura 19.
O grfico na parte inferior da tela (Fig. 19) ser exibido e ao movimentar o mouse
sobre o grfico possvel analisar se os raios (Pontos azuis na imagem) esto nas posies
corretas, como mostra a Figura 20.
Na Figura 20, o X em azul mostra em que ponto da reta est sendo navegada no
grfico. Para remover as marcaes dos anis basta deixar o mouse prximo do ponto a
ser removido e clicar com o boto direito. Para adicionar, basta clicar com o boto direito
no local onde a marcao deve ser inserida. Na Figura 21 foi removido o ponto 1 e
adicionado novamente o ponto 5, pois este se encontra no meio do anel outonal.
possvel observar que as marcaes agora coincidem com os finais dos anis.
Portando esta etapa est concluda e os dados so salvos em planilha.
Para avanar seleciona-se no boto -> e retornado o processo para a tela de
anlise das fatias. Desta forma, pode-se repetir o processo para todas as fatias.
Novamente pode-se parar o processo exportando o projeto, como j descrito na
anlise ANATRO
16
AnatroLivre: Manual de Utilizao
Fig. 20. Manipulao do histograma.
Fig. 21. Remoo de referncias.
Para dar continuidade num projeto inacabado, seleciona-se importar dados na tela
inicial (Fig. 22).
Esta opo deve ser utilizada quando um projeto gerado pelo programa foi
exportado antes de ser finalizado (antes que todas as fatias ou blocos fossem analisados).
Existe dois tipo de projetos:
- rea Anatro: Quando o tipo de projeto a ser carregado foi criado pelo Tipo de
Projeto Anatro.
- Raio Dendro: Quando o tipo de projeto a ser carregado foi criado pelo Tipo de
Projeto DendroCronologia.
Seleciona-se o tipo de projeto a ser importado e a pasta onde se encontra o projeto,
como mostra a Figura 23.
Se for necessrio adicionar alguma nova imagem em um projeto antigo, basta
17
6. Importar um projeto inacabado
AnatroLivre: Manual de Utilizao
adicionar como explicado anteriormente. Caso no haja nenhuma alterao a ser feita,
apenas dada a continuidade na anlise atravs do boto ->.
Muitas vezes o processo de medidas de anis e raios j foi realizado anteriormente e
salvo em arquivo. O que se faz nesta etapa do processo importar os dados e realizar as
anlises de forma automtica.
Esta opo deve ser utilizada quando forem realizadas medidas de rea ou raios
manualmente de fatias de rvores. Estas medidas devem estar em um arquivo XLS (Excel)
e em um formato especfico. Existem dois tipos de arquivos:
Medidas de Raios
As medidas tomadas e anotadas manualmente devem ser salvas sempre na primeira
aba de uma planilha no seguinte formato:
Fig. 22. Importando projeto inacabado.
Fig. 23. Abrindo arquivos salvos.
18
6.1. Importar medidas manuais
AnatroLivre: Manual de Utilizao
Descrio do formato:
Na primeira linha esto as descries de cada coluna. Na primeira coluna esto as
fatias que sero analisadas. Na segunda coluna as alturas das respectivas fatias.
Para cada fatia (linha), cada anel tem um raio, estes raios so colocados na coluna
de seu anel.
Medidas de rea
As medidas tomadas e anotadas manualmente devem ser salvas sempre na primeira
aba de uma planilha no seguinte formato:
Descrio do formato:
Na primeira linha esto as descries de cada coluna. Na primeira coluna esto as
fatias que sero analisadas. Na segunda coluna as alturas das respectivas fatias.
Para cada fatia (linha), cada anel tem uma rea, estas reas so colocadas na
coluna de seu anel.
Seguindo-se as mesmas opes de selecionar a planilha Excel e analisando os
dados, os resultados so exportados para outra planilha.
Com isto so formatados os dados que podem ser importados no AnatroLivre e
analisados.
19
AnatroLivre: Manual de Utilizao