Universidade Federal do Tocantins - Gurupi

Bioinformtica
Prof. Dr. Luiz Carlos Bertucci Barbosa
luizcbb@uft.edu.br

Trabalho prtico
1) a) Buscar uma sequncia de protena no GenBank utilizando uma busca a partir de palavras
chaves (http://www.ncbi.nlm.nih.gov). b) Realizar um BLAST no GenBank
(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi), utilizando a sequncia obtida no item anterior. c) Criar um
arquivo FASTA com 6 sequncias escolhidas a partir do resultado do BLAST. d) Realizar
alinhamento mltiplo, utilizando o arquivo FASTA do item anterior
(http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo).
Mostrar o arquivo fasta com as 6 sequncias e o resultado do alinhamento mltiplo feito
sobre ele.
2) Considere as sequncias de DNA, tabelas de pontuao e valor de GAP a seguir :
Seq1 = ATGGCC
Seq2 = ATGCC




Mostre os passos para se obter o alinhamento timo entre a as duas sequncias utilizando o algoritmo
de Needleman-Wunsch.
3) Considere a tabela a seguir:
id* nome_completo idade profissao
1 Tiago Silva 22 Enfermeiro
2 Felipe Camargo 55 Analista
3 Tatiana Souza 34 Medica
4 Priscila Albuquerque 18 Estudante
5 Marcos Guerreiro 44 Engenheiro
6 Cristina Aguiar 23 Biologa
* chave primria
a) Mostre um possvel comando SQL que permita criar a tabela acima.
b) Mostre os comandos SQL para inserir as duas primeiras linhas da tabela.
c) Mostre um comando SQL que permita alterar a idade do indivduo Felipe Camargo para 40 anos.
d) Mostre um comando SQL que permita trazer o nome e idade dos indivduos que possuem idade acima de
17 anos e menos de 40 anos.
4) De posse da sequncia da fita senso de uma ORF bacteriana, mostrada abaixo, desenhe os primers
foward e reverse, com 15 nucleotdeos de comprimento.
atgaataattatttggcgcagaatatagagaacataaacaattttcaggtggggctattgaatggagggaaaggattatatagttccatgggtgatgattcgagcg
cgtgtattaatggcactaattttagctcaacgtccaattttgaactaagtgatgatgagctagaggataccacgggttgcacaagttctatttttgataaagatcttttc
catcaacaaaacgggctaagcatacctcgccgtagatcaccactcttcaaatctccaactgccagtttcgaaattggcgatgctacggatgtggaggagcaag
atattgatgactccattttttctgaatgtagcagcattacaagctttgatatgggagggttgcatatcagtctaccacacgatgaagaagaagatcaagaaaaaact
aagtccgaaagtgaaaacccgttgctacatggcataccggttgatgtagaagtgccccacatatcggttgatgaagctctggcgaatttcaaggaaaccataaa
actactactaaaacttagtggcaatataaagtgtaccggtaacaatactagagtggagaattaa
5) Imagine que voc um aluno de doutorado e quer amplificar uma ORF plasmidial.
a) Sabendo-se que o gene tem 1500 pb, que a temperatura de anelamento do primer (segundo o fabricante)
49 C e que a taxa de polimerizao da Taq polimerase 1Kb/min e o tempo necessrio para anelamento de
primers de 30s a 1min, faa um protocolo de PCR para a reao.
b) Que mudanas voc faria no protocolo de reao se aps realizar a reao e aplicar no gel de agarose voc
visse que:
b1) A reao no amplificou nada (desconsidere erros oriundos de pipetagem, enzima inativa ou
esquecimento de algum componente);
b2) Que a reao amplificou a regio esperada, bem como vrias outras.
6) Acesse o pacote de programas EBiAn no servidor da UNESP de Araraquara
(http://www.iq.unesp.br/EXTENSAO/EBiAn/html/ebian.html). Clique na ferramenta PrimerGenerator,
cole a sequncia do exerccio 1 na regio apropriada e acerte os parmetros de acordo com o exerccio
(primers terminais, tamanho de 15 bases, sem adio de enzimas de restrio). Compare o resultado com os
primers desenhados por voc no exerccio 4.
7) Se voc precisasse desenhar os mesmos primers do exerccio 1, porm com adio de enzimas de restrio
para poder subclonar posteriormente a ORF, que anlise voc faria previamente para escolher as enzimas a
serem adicionadas? Desenhe dois possveis primers contendo as enzimas de restrio escolhidas por voc.
Use as ferramentas do pacote EBiAn para resolver todas as etapas deste exerccio.
8) Quais so as principais caractersticas do sequenciamento de Sanger?
9) Caracterize as etapas de um projeto de sequenciamento genmico atual.