Estructura de los

cidos nucleicos
Dra. M. Soledad Orellana O.
BASES NI TROGENADAS BASES NI TROGENADAS
ADENINA (A) GUANINA (G)
PURI NAS PURI NAS
PI RI MI DI NAS PI RI MI DI NAS
TIMINA (T) URACILO (U)
CITOSINA (C)
TIMINA (T)
(Slo en ADN)
URACILO (U)
(Slo en ARN)
CITOSINA (C)
Nucl esi dos
Nucl et i dos Nucl et i dos
Nucl et i dos
1. Component e c i do: Fosf at o
Monofosfatos Monofosfatos
Difosfatos Difosfatos
Trifosfatos Trifosfatos Trifosfatos Trifosfatos
2. Component e neut r o: Azc ar p
3. Component e bsi c o:
Base ni t r ogenada g
ENLACES EN LOS ENLACES EN LOS
NUCLETI DOS NUCLETI DOS NUCLETI DOS NUCLETI DOS
Apareamiento
de una purina
con una con una
pirimidina
Una breve historia de la Biologa Molecular
-1865 Los genes son factores particulados 1865 Los genes son factores particulados
-1903 Los cromosomas son unidades hereditarias
-1910 Los genes se encuentran en los cromosomas
-1913 Los cromosomas contienen arreglos lineales de genes
-1927 Las mutaciones son cambios fsicos en los genes
-1931 La recombinacin es producida por crossing over
-1944 El DNA es el material gentico
-1945 Un gen codifica para una protena 1945 Un gen codifica para una protena
-1953 El DNA es una doble hlice
9 8 l -1958 La replicacin es semiconservativa
-1961 El cdigo gentico es un triplete
-1977 El DNA puede ser secuenciado
-1997 Los genomas pueden ser secuenciados
1928: Experimento de
G iffith Griffith
Griffith Griffith
Cul es el Principio Cul es el Principio
t sf t ? t sf t ? transformante? transformante?
Principio
Rugosa, no virulenta Lisa, virulenta
1944 : experimentos 1944 : experimentos de de Oswald Oswald
AA C li C li M M L d L d M l M l M M Avery Avery, , Colin Colin Mac Mac Leod Leod y y Maclyn Maclyn Mc Mc
Carty Carty
Lisis celular, extraccin de lpidos,
azcares y protenas, fraccin
extrada con etanol. El pp fibroso se pp
usa para transformar cepas no
virulentas a virulentas.
Al analizar el pp su razn N/P est
de acuerdo con la descrita para el
ADN-.
ADN ADN
Experimento realizado por Alfred Experimento realizado por Alfred
Hershley Hershley y Martha Chase y Martha Chase Hershley Hershley y Martha Chase y Martha Chase
Los cientficos Hershey
y Chase demostraron
que la protena es slo
un "envase" para el un envase para el
DNA del bacterifago.
Es el DNA del
bacterifago el que
penetra en la clula y
lleva el mensaje lleva el mensaje
hereditario completo
de la partcula viral. p
F. Crick Watson
-La molcula est compuesta por la -La molcula est compuesta por la
misma cantidad de A y T, as como
de C y G. (relacin A:T y C:G igual
1:1) Reglas de Chargaff 1:1) Reglas de Chargaff
-El espacio ocupado por A-T es el
mismo ocupado por C-G.
Las bases A T y las C G
Fotografa por Difraccin de
Rayos X del ADN. Tomada por
A C T G
Las bases A-T y las C-G
siempre estn pareadas.
y p
RoselinFranklin. Real Colegio
de Londres. 1953.
DOBLE HLICE
A
T
C
G
T
A C
G
DOBLE HLICE
Modelo de la doble hlice del ADN
realizado en 1953 por los Drs. Watson y
Crick a sus 24 y 36 aos de edad
respectivamente.
Doble hlice de ADN
Dos cadenas antiparalelas de
polinucletidos formadas por
nucletidos unidos por
l f f di id enlaces fosfodiester y unidas
entre ellas por puentes de
hidrgeno.
-Cada cadena tiene una
columna externa constituida
por Desoxiribosay fosfatos. p y
-La orientacin de las
cadenas es antiparalela (3-5
y 5-3) y 5-3).
-Las bases nitrogenadas,
unidas al carbono 1 de la
i ib l Desoxiribosa, se unen en la
regin interna de la doble
hlice mediante puentes de
hid hidrgeno.
-Las cadenas son lineales.
http://www.johnkyrk.com/DNAanatomy.html
Caractersticas: Caractersticas:
- Diez pares de bases por vuelta (3.4 nm)
- Distancia entre bases: 0.34 nm)
- El eje de la hlice pasa por los puentes de hidrgeno. El eje de la hlice pasa por los puentes de hidrgeno.
- Presencia de SURCOS: Menor (1.2 nm) y Mayor (2.2 nm).
- 2 puentes de hidrgeno entre A-T y 3 entre C-G. (estabilidad de la cadena)
El surco mayor deja disponible la identidad
del par de base del que se trata, es por
esto que las protenas que reconocen
secuencias especficas se uniran en este
surco.
http://biomodel.uah.es/model1j/dna/inicio.htm
Se forma en un medio
con <75% humedad
Se forma en cadenas donde se alternan
purinas y pirimidinas, a altas conc. salinas
A DNA B DNA Z DNA A-DNA B-DNA Z-DNA
Dextrgiro Dextrgiro Levgiro
Ms ancha y corta Intermedia Ms estrecha y larga
S
y y g
Estrecho, profundo Amplio, profundidad media Sin profundidad
Amplio, no profundo Estrecho, profundidad mediaEstrecho, profundo
Surco
mayor
Surco
menor
Carcter anfiptico y estabilidad
de la doble hlice de la doble hlice
Espectro de absorcin
del DNA del DNA
Curva de desnaturacin
trmica del DNA trmica del DNA
Curva de desnaturacin
trmica del DNA trmica del DNA
Cmo sera la
proporcin de
bases entre estos
dos DNA?
Desnaturacin y renaturacin de cidos
nucleicos nucleicos
Hi dr l i si s al c al i na de c i dos nucl ei c os
PROPIEDADES FISICOQUMICAS DE
LOS CIDOS NUCLEICOS LOS CIDOS NUCLEICOS
Carcter hidrfilo Carcter hidrfilo
Formacin de enlaces de hidrgeno de los grupos
fosfato y OH de los azucares con el agua fosfato y OH de los azucares con el agua
Presencia de numerosas cargas negativas debido a
que al pH fisiolgico los grupos fosfato (pKa 6) se q p g g p (p )
encuentran completamente ionizados
En condiciones fisiolgicas, las cargas negativas del
DNA se encuentran neutralizadas por interaccin
inica con protenas ricas en Arg y Lis como
histonas y protaminas histonas y protaminas.
Poseen alta viscosidad, debido a la relativa rigidez
de la molcula y a su gran longitud con respecto al de la molcula y a su gran longitud con respecto al
dimetro
E l l b t i l i it i d id l i En el laboratorio la precipitacin de cidos nucleicos
se facilita si su carga negativa es neutralizada por la
adicin de iones metlicos (Na
+
Mg
++
) en presencia adicin de iones metlicos (Na , Mg ) en presencia
de etanol.
Qumicamente son muy estables (especialmente el Qumicamente son muy estables (especialmente el
DNA) debido a que la desoxirribosa carece del grupo
2-OH reactivo. Debido a esto el RNA es mas
reactivo.
El DNA y RNA son hidrolizados en medio cido. Los
id f t it hid li l l cidos fuertes permiten hidrolizar los enlaces
fosfodiester entre nuclesidos. Por ello permite
determinar la composicin de bases de un cido determinar la composicin de bases de un cido
nucleico, pero no su secuencia.
Slo el RNA es hidrolizado en medio alcalino, por Slo el RNA es hidrolizado en medio alcalino, por
ruptura de los enlaces fosfodiester del RNA.
Bases
Nitrogenadas
PURI NAS PURI NAS
ADENINA (A) GUANINA (G)
PURI NAS PURI NAS
PI RI MI DI NAS PI RI MI DI NAS PI RI MI DI NAS PI RI MI DI NAS
TIMINA (T)
(Slo en ADN)
URACILO (U)
(Slo en ARN)
CITOSINA (C)
(Slo en ADN) (Slo en ARN)
Ef ec t o del pH sobr e el
apar eami ent o de bases apar eami ent o de bases
Taut omer a de l as bases ni t r ogenadas
Emparejamiento normal de las formas normales ceto
Bases apareadas de manera incorrecta
Ot r as bases de i nt er s
bi ol gi c o y cl ni c o bi ol gi c o y cl ni c o
Investigar el
mecanismo de accin
de estos antivirales
Degr adac i n de Nucl et i dos Pr i c os g
Degr adac i n de
Nucl et i dos Nucl et i dos
Pi r i mi dni c os
Snt esi s de Desox i r i bonucl et i dos
Sntesi s de Deoxi rri bonucl eti dos Sntesi s de Deoxi rri bonucl eti dos
O O O O
H H
H H
H H
H H
O O
O O
O POCH O POCH
- -
2 2
O O
O P O P
- -
- - - Base
NADPH
Ri bonuclosi do difosfato
reductasa
NADP
Base
OH OH
OH
2'
H
reductasa
Deoxiribonuclosido
dif f t
Ribonuclosido
difosfato difosfato difosfato
Snt esi s de dTMP
(sl o en ADN) (sl o en ADN)
Si t i d dTMP Si ntesi s de dTMP
fl uoruraci l o
O
C
O
C
fl uordeoxi uri di l at o
(Inhi di dor sui ci da)
HN
H
C
CH
C O C
O
HN
H
C
C CH
C O C
O
(-)
3
10
Ti mi di l ato Si ntetasa
N
H
H
H
H
O
O
O POCH
-
-
2
N
H
H
H
H
O
O
O POCH
-
-
2
Timidilato sintasa
dUMP
N ,N -meti l en-
tetrahi drofol ato
tetrahi drofol ato
gli cina
di hidrofol ato
NADPH
NADP
Di hidrofolato
reductasa
+
5 10
OH H
dTMP
OH H
tetrahi drofol ato
seri na
NADP
(-) por aminopteri na
y
ametopteri na
(metotrexato)
Anl ogos de nucl esi dos, i nhi bi dor es
de l a t r ansc r i pt asa r ever sa de a t a sc pt asa e e sa
Absorcin de la luz ultravioleta
Ejercicio: Calcule la concentracin milimolar del siguiente oligonucletido:
5' CCT CCT GGC CAG GAC TTA TTG A 3'
El oligo se diluy 10l +990l de agua. La lectura de absorbancia fue
260nm=0,285, medida en una cubeta de 1cm de paso ptico.