Conceptos bsicos de biologa molecular, I

Dr. Eduardo A. RODRGUEZ TELLO

CINVESTAV-Tamaulipas
21 de mayo del 2013
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I
Introduccin
Protenas
Tarea
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I Introduccin
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Introduccin
Protenas
Tarea
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I Introduccin
Introduccin
En la naturaleza encontramos dos tipos de materia, la viviente y la
no viviente
Ambos tipos de materia estn formados por tomos y obedecen
las mismas leyes fsicas y qumicas
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I Introduccin
Introduccin
La materia viviente:
Puede moverse, reproducirse, crecer, comer, etc.
Interacta activamente con su ambiente
Los seres vivos actan de esta forma debido a un complejo
conjunto de reacciones qumicas que ocurren en su interior
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I Introduccin
Introduccin
Estas reacciones nunca se detienen
En muchas ocasiones los productos de una reaccin son
constantemente consumidos por otra reaccin, manteniendo el
sistema en funcionamiento
Imagen tomada de Wikipedia
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I Introduccin
Introduccin
Los organismos vivos estn tambin constantemente
intercambiando materia y energa con su ambiente
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I Introduccin
Introduccin
En contraste cualquier cosa que est en equilibrio con su
ambiente puede generalmente ser considerada como muerta
Aunque hay algunas excepciones notables en formas vegetales
como semillas y los virus, los cuales pueden estar inactivos por
largos perodos de tiempo y no estn muertos
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I Introduccin
Introduccin
La ciencia moderna ha logrado establecer que la vida en la tierra
comenz hace aproximadamente 3500 millones de aos, poco
despus de que sta se form
Las primeras formas de vida fueron muy bsicas
Millones de aos de evolucin y diversicacin han permitido que
hoy en da existan organismos simples y otros extremadamente
complejos
Ambos tienen una qumica molecular, o bioqumica, muy similar
Los principales actores de la qumica de la vida son las molculas
conocidas como protenas y cidos nucleicos
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I Introduccin
Introduccin
Hablando en trminos simples, las protenas son responsables de
lo que es un ser vivo y lo que puede hacer en un sentido fsico
Un cientco renombrado llamado Russell F. Doolittle alguna vez
dijo Nosotros somos nuestras protenas
Por otra parte, los cidos nucleicos codican la informacin
necesaria para producir protenas y son responsables de
transmitir esta receta a generaciones subsecuentes
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I Introduccin
Introduccin
La biologa molecular bsicamente est dedicada a entender la
estructura y funcin de las protenas y los cidos nucleicos
Estas molculas son por lo tanto esenciales en el estudio de la
Bioinformtica
A continuacin daremos una breve descripcin de cada una de
ellas
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I
Introduccin
Protenas
Tarea
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas
Protenas
La mayora de las substancias en nuestros cuerpos son
protenas, de las cuales hay diferentes tipos
Las protenas estructurales actan como bloques de construccin
de tejidos (colgeno y queratina)
Las protenas enzimticas actan como catalizadoras de
reacciones qumicas
Un catalizador es una substancia que acelera una reaccin
qumica
Sin las protenas enzimticas muchas reacciones bioqumicas no
se llevaran a cabo o tardaran mucho en completarse por lo que
no seran tiles para la vida
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas
Protenas
Una enzima es capaz de acelerar estos procesos hasta millones
de veces haciendo posible la vida
Las enzimas son muy especcas, usualmente una enzima slo
puede acelerar un tipo especial de reaccin bioqumica
Considerando el gran nmero de reacciones que deben ocurrir
para sostener la vida, podemos ver que se requieren muchas
enzimas
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas
Protenas
Otros ejemplos de tipos de protenas son:
Reguladoras (insulina, hormona del crecimiento)
Transportadoras (hemoglobina)
Defensivas (anticuerpos)
Pero qu son exactamente las protenas, cmo estn formadas y
cmo desarrollan sus funciones
Responderemos estas preguntas a continuacin
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas
Protenas
Una protena es una cadena de molculas ms simples llamadas
aminocidos
La siguiente gura presenta la estructura bsica de un
aminocido
Un Carbono alfa (C

) unido a un grupo carboxilo (COOH), a un

grupo amino (NH
2
), a un hidrgeno y a una cadena lateral
(usualmente denominada R)
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas
Protenas
La cadena R es de estructura variable, y determina la identidad y
las propiedades de los diferentes aminocidos
La cadena R puede ser tan simple como un tomo de Hidrgeno
(Glicina) o tan complicado como dos anillos de Carbono
(Triptfano)
Existen cientos de cadenas R por lo que se conocen cientos de
aminocidos diferentes, pero slo 20 de entre ellos forman parte
de las protenas
A continuacin se presenta una tabla con sus nombres y cdigos
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas
Protenas
No. Aminocido Cdigos No. Aminocido Cdigos
1 Alanina Ala A 11 Leucina Leu L
2 Arginina Arg R 12 Lisina Lys K
3 Asparagina Asn N 13 Metionina Met M
4 cido asprtico Asp D 14 Fenilalanina Phe F
5 Cistena Cys C 15 Prolina Pro P
6 Glutamina Gln Q 16 Serina Ser S
7 cido glutmico Glu E 17 Treonina Thr T
8 Glicina Gly G 18 Triptfano Trp W
9 Histidina His H 19 Tirosina Tyr Y
10 Isoleucina Ile I 20 Valina Val V
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas
Protenas
En una protena los aminocidos estn unidos por enlaces
peptdicos
Por esta razn las protenas son cadenas polipeptdicas
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas
Protenas
En un enlace peptdico, el tomo de Carbono que pertenece al
grupo carboxilo (COOH) del aminocido (1) se enlaza al tomo
de Nitrgeno del grupo amino (NH
2
) del aminocido (2),
desprendiendo una molcula de agua (H
2
O)
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas
Protenas
Observemos que lo que encontramos realmente dentro de una
cadena polipeptdica es residuos de los aminocidos originales
Por lo tanto, generalmente se habla de protenas que tienen 100
residuos, en vez de 100 aminocidos
Las protenas contienen en promedio 300 residuos, pero las hay
con entre 100 y 5000 residuos
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas
Protenas
Los enlaces peptdicos hacen que cada protena tenga un
esqueleto formado por repeticiones del bloque bsico
N C

(CO)
A cada C

corresponde una cadena lateral

Debido a que hay un grupo amino en un extremo del esqueleto y
un grupo carboxilo en el otro, entonces es posible distinguir
ambos extremos de una cadena polipeptdica
Y por lo tanto tambin darle una direccin
Por convencin, para nombrar el pptido se empieza por el amino
terminal
Si el primer aminocido de nuestro pptido fuera Alanina y el
segundo Serina tendramos el pptido Alanil-Serina
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas
Protenas
Las protenas no son slo una secuencia lineal de residuos
Esta secuencia es conocida como su estructura primaria
Las protenas realmente se pliegan en tres dimensiones,
presentando estructuras secundarias, terciarias y cuaternarias
La estructura secundaria de una protena est formada slo por
las interacciones entre los tomos del esqueleto y resulta en
estructuras locales en forma de hlices
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas
Protenas
Trnsito de la estructura primaria a la estructura secundaria de
una protena, i.e. plegamiento de protenas (protein folding)
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas
Protenas
Las estructuras terciarias son el resultado de empacar estructuras
secundarias en un nivel ms global
Las estructuras cuaternarias son un grupo de diferentes protenas
empacadas juntas
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas
Protenas
Cmo se obtienen las protenas?
Estas se producen en una estructura de la clula llamada
Ribosoma
En un ribosoma los aminocidos componentes de una protena
son ensamblados uno a uno gracias a la informacin contenida en
una molcula importante llamada cido ribonucleico mensajero
(ARNm)
Para explicar cmo sucede esto es necesario primero explicar
qu son los cidos nucleicos
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I Tarea
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I
Introduccin
Protenas
Tarea
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Conceptos bsicos de biologa molecular, I Tarea
Tarea
Tarea 1:
Leer el siguiente artculo, elegir dos temas de los abordados e
investigar un artculo relacionado con cada tema para preparar
una sntesis (en Latex).
Jacques Cohen, Bioinformatics: An introduction for computer
scientists. ACM Computing Surveys, Volume 36, Issue 2, pages
122-158 (June 2004).
Fecha de entrega: 28 de mayo antes de las 12h00
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