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S E Biotechnol. Agron. Soc. Environ. 2010 14(3), 399-408

Analyse molculaire de la diversit gntique des
dromadaires (Camelus dromedarius) en Tunisie
Mohamed Ould Ahmed
(1)
, Farhat Ben Salem
(2)
, Sonia Bedhiaf
(3)
, Djemali MNaouer
(4)
(1)
Institut national agronomique de Tunisie. Laboratoire des Ressources animales et alimentaires. 43, Avenue Charles
Nicolle. TU-1082 Tunis (Tunisie). E-mail : ouldahmedmohamed@yahoo.fr
(2)
Offce de llevage et des Pturages. 30, Rue Alain Savary. TU-1002 Tunis le Belvdre (Tunisie).
(3)
Institut national de Recherche agronomique de Tunisie. Rue Hdi Karray. TU-2049 Ariana (Tunisie).
(4)
Banque nationale des Gnes. Boulevard du Leader Arafat. ZI Charguia. TU-1080 Tunis (Tunisie).
Reu le 31 mars 2009, accept le 4 fvrier 2010.
Cette tude sest intresse linvestigation de lanalyse de la diversit et des relations phylogniques entre les populations de
dromadaires dans trois rgions arides du Sud tunisien, Kebili, Mdenine et Tataouine. Huit marqueurs microsatellites ont t
utiliss pour gnotyper 90 individus. Au total, 34 allles ont t dtects dans les trois populations. Le nombre dallles par
locus varie de 2 7, avec une moyenne de 4,25 allles par locus. Pour chaque population, la moyenne dallles par locus est de
3,33 ; 3,71 et 3,87 pour Kebeli, Mdenine et Tataouine, respectivement. Le taux de lhtrozygotie observe est de 0,43 ; 0,50 ;
0,57 et 0,52 pour Kebeli, Mdenine, Tataouine et la population totale, respectivement. Ces valeurs sont infrieures celles
de lhtrozygotie attendue : 0,50 ; 0,57 ; 0,62 et 0,61, respectivement. Les coeffcients de consanguinit sont de 15,3 % pour
Kebeli, 11,4 % pour Mdenine et 8,3 % pour Tataouine. Les F-sat moyens sont F
IT
= 0,15, F
IS
= 0,071 et F
ST
= 0,083, ces valeurs
sont signifcativement diffrentes de zro (p < 0,05) et suggrent une diffrenciation modre. Un taux de consanguinit de
15 % dans la population totale a t trouv. Les distances gntiques estimes varient de 0 0,9 entre les individus de la
population totale. Les distances gntiques entre les paires des populations indiquent 0,104 entre Mdenine et Tataouine,
0,280 entre Kebili et Mdenine et 0,290 entre Kebeli et Tataouine. Cette matrice de distance permet de distinguer deux entits
gntiques : Nefzawa (Kebili) qui inclut les cotypes Merzougui, Goudi et Mehari et le groupe de Aaradh (Mdenine et
Tataouine) qui inclut Magherbi et Khaouar. Les rsultats de ce travail ne confrment pas la classifcation actuelle tablie par
les leveurs qui divisent la population en cinq cotypes selon des critres sociogographiques. Ces rsultats prliminaires
montrent que les microsatellites sont un outil prometteur pour la caractrisation des races animales. Ils indiquent que la
population tudie a une diversit gntique satisfaisante qui peut tre utilise comme base pour amnager des programmes de
conservation et de dveloppement durable de lespce.
Mots-cls. Dromadaire, diversit gntique, diffrenciation, loci microsatellites, Tunisie.
Analysis of molecular genetic diversity of dromedaries (Camelus dromedarius) in Tunisia. The objective of this study was
to investigate the genetic diversity and relationships among Tunisian camel populations in three different geographical locations
(Kebili, Medenine and Tataouine) from Southern arid and semi-arid regions in Tunisia. Eight selected microsatellite markers
were used for a sample of 90 dromedary genotypes. A total of 34 alleles were detected in the three populations. The number of
alleles per locus varied from two to seven with an average of 4.25 alleles per locus. For each population the average of alleles
per locus is 3.33, 3.71 and 3.87 for Kebili, Medenine and Tataouine, respectively. The mean of the observed heterozygosity
(H
o
) were 0.43, 0.50, 0.57 and 0.52 for Kebili, Medenine, Tataouine and total populations, respectively. These values were
lower than expected with heterozygosity (H
e
) values 0.50, 0.57, 0.62 and 0.61, respectively. The average inbreeding coeffcient
was 15.3% in Kebili, 11.4% in Medenine and 8.3% in Tataouine. The mean estimates of F-statistics were F
IT
= 0.15, F
IS
= 0.071
and F
ST
= 0.083. These values were signifcantly different from zero (p < 0.05) and suggest a moderate differentiation. An
inbreeding rate of 15% was found. Estimated genetic distances revealed by the loci varied from 0 to 0.9 between dromedary
individuals. The estimated genetic distances pair-wise showed 0.104 among Medenine-Tataouine, 0.280 between Kebili-
Medenine and 0.290 between Kebili-Tataouine. The distance matrix was able to distinguish between two separate genetic
entities: Nefzawa (Kebili) including Merzougui, Goudi and Mhari ecotypes and the Aaradh group (Medenine and Tataouine)
that includes Maghribi and Khaouar ecotypes. The results of this study did not confrm the present classifcation established by
dromedary herders who divide the population into fve different ecotypes, apparently based on the sociogeographical criteria.
These preliminary results showed that microsatellites are promising tools for breed characterization. They indicated that the
populations under investigation have a high genetic variability and would be suitable as genetic stocks for conservation and
sustainable utilization programs.
Keywords. Dromedary, genetic diversity, differentiation, microsatellite loci, Tunisia.
400 Biotechnol. Agron. Soc. Environ. 2010 14(3), 399-408 Ould Ahmed M., Ben Salem F., Bedhiaf S. et al.
1. InTroducTIon
La disponibilit dinformations sur lhistoire des animaux
dlevage et les donnes sur les rapports gntiques
entre les races fournissent un support important au
processus de prise de dcision pour la conservation des
ressources gntiques dans une rgion donne. Dans
le pass proche, les infrences sur lhistoire des races
ont t essentiellement fondes sur des considrations
ethnographiques, anthropologiques et archologiques.
Actuellement, ces considrations sont de plus en plus
remplaces par les techniques modernes de la gntique
molculaire (Rege et al., 2003). laide de ces
techniques molculaires, le polymorphisme de lADN
est devenu plus accessible et les mthodes de mesure
de ce polymorphisme se sont multiplies : variabilit
gntique, consanguinit et fux gntiques (Buchanan et
al., 1994 ; Moazami-Goudarzy et al., 1997), identifcation
de gnes dintrt conomique, empreintes gntiques
et cartographie (Bishop et al., 1994). Les marqueurs
phnotypiques, biochimiques et, plus rcemment, les
marqueurs molculaires au niveau de lADN constituent
les principales sources de donnes pour caractriser
la diversit gntique et les fliations entre les races.
Rcemment, les marqueurs molculaires ont constitu
de nouveaux outils pour analyser la diversit gntique.
Parmi ces marqueurs, on trouve les microsatellites qui
ont vite acquis le statut de marqueurs privilgis en
gntique des populations en raison des avantages quils
offrent, notamment en matire de conservation (Canon
et al., 2001). La squence nuclotidique que constitue
un microsatellite est compose de rptitions en tandem
de trimres, dimres ou mme monomres. Trs
nombreuses, bien rparties sur le gnome, ces squences
se caractrisent par un polymorphisme important d
la variation du nombre de rptitions selon les allles
(Boichard et al., 1998). Vu leur informativit leve
et leur quasi-uniforme distribution dans le gnome,
les microsatellites reprsentent les marqueurs idaux
pour la recherche de gnes et ltude de la diversit
gntique. Lutilit des microsatellites pour lvaluation
de la diversit gntique et les tudes de conservation
des races des animaux dlevage a t confrme par de
nombreux travaux de recherche (Boichard et al., 1998 ;
Mburu et al., 2003). Toutefois, les microsatellites sont
des marqueurs neutres qui ne correspondent aucune
fonction connue, donc probablement aucun caractre
slectionn. Certains auteurs (Buchanan et al., 1994 ;
MacHugh et al., 1998 ; Saitbekova et al., 1999 ; Hanotte
et al., 2000 ; Hanslik et al., 2000 ; Mburu et al., 2003)
suggrent lemploi de ce type de marqueurs comme
loutil le plus appropri pour diffrencier les races
animales et mettre en vidence la diversit gntique.
Lobjectif de ce travail tait dtudier la diversit
gntique au sein de la population de dromadaires de
trois rgions arides du Sud tunisien (Kebili, Mdenine
et Tataouine) laide de marqueurs microsatellites. Les
principaux cotypes identifs sont Merzougui, Goudi
et Mhari dans la rgion Kebili (Nefzawa) et Maghribi
et Khaouar dans les rgions de Mdenine et Tataouine
(Aaradh) (Ould Ahmed et al., 2009).
2. MATrIel eT MThodes
2.1. Prlvement du sang
Le sang a t prlev sur des animaux adultes au
niveau de la veine jugulaire. Les prises sanguines ont
t effectues sur lanimal baraqu cou tendu tir vers
lavant pour faciliter une stase veineuse.
Lemploi des tubes striles sous vide avec bouchons
en caoutchouc permet lutilisation des aiguilles striles
plus fnes et moins traumatisantes pour lanimal. Le sang
est collect dans des tubes contenant lacide thylne-
diamine-ttra-actique (EDTA), produit permettant la
conservation des acides nucliques du sang pour une
longue dure. Pour la collecte proprement dite, laiguille
est insre dans la veine jugulaire de lanimal, une fois
laiguille en place lcoulement du sang commence puis
laiguille est introduite dans le tube pour le remplir du
sang.
2.2. extraction de lAdn gnomique
Le matriel biologique de base pour ce travail est
constitu du sang collect dans des tubes EDTA, puis
congel -20 C. Les leucocytes (globules blancs)
sanguins reprsentent la source majeure des acides
nucliques dans le sang. Lextraction de lADN gno-
mique a t faite partir de ce sang entier et congel.
Aprs une dconglation du sang, on a fait clater les
globules rouges du sang par choc osmotique en les
mlangeant une solution hypotonique ou solution de
lyse des globules rouges (SLR). La rcupration des
globules blancs est faite par centrifugation. Un mlange
de dtergent de Sodium Dodecyl Sulfate (SDS) est ajout
pour dtruire les membranes et de protinase K pour
digrer les protines associes lADN. La purifcation
de lADN de protines sest faite par le chloroforme en
ajoutant du NaCl pour augmenter la force ionique, puis
on prcipite lADN par lalcool absolu au froid. LADN
sest prcipit sous forme de flaments dissous dans une
solution tamponne de conservation, puis est stock
4 C (Annexe 1 : protocole exprimental dtaill
de lextraction de lADN, consulter sur http://www.
pressesagro.be/base/text/v14n3/399.pdf).
2.3. Amplifcation des microsatellites par Pcr
Les conditions damplifcation sont les suivantes : une
premire dnaturation 95 C pendant 10 min suivie
Analyse molculaire de la diversit gntique du dromadaire en Tunisie 401
de 35 cycles successifs, chaque cycle comprend une
succession de trois phases : une dnaturation 94 C
pendant 45 s, une phase dhybridation la temprature
optimale dtermine entre 50-65 C pendant 1 min
selon lamorce et une longation 72 C pendant 1 min.
Enfn, une dernire tape dlongation 72 C pendant
15 min est programme et une phase de refroidissement
4 C. Ces conditions des cycles sont celles utilises par
Mburu et al. (2003). Ainsi, loptimisation a t faite en
fonction dautres paramtres, savoir la concentration
et le volume. Le volume ractionnel utilis pour chaque
chantillon de 25 l contient 2,5 mM MgCl
2
, 0,2 mM
dNTP, 0,5 M de chaque amorce, 1U Taq50 ng
.
l
-1

ADN et 5 l Tampon 1X.
2.4. loci microsatellites amplifs
Dans le cadre de ce travail, huit loci microsatellites ont
t considrs pour caractriser la variabilit gntique
des dromadaires en Tunisie. Ces marqueurs ont t
choisis tout en considrant des microsatellites retenus
dans dautres projets de recherche, ainsi que certains
recommands par la FAO (2004) pour analyser la diversit
gntique des camlids. Les marqueurs microsatellites
utiliss sont : CVRL01, CVRL02, CVRL05, CVRL06
et CVRL07 (Sasse et al., 2000 ; Mariasegaram et al.,
2002), VOLP03 et VOLP32 (Obreque et al., 1998) et
YWLL02 (Lang et al., 1996). Ces microsatellites ont
t amplifs par PCR, puis ont t mis migrer selon
une lectrophorse en gel dnaturant de polyacrylamide
(PAGE) 6 % qui permet de distinguer les allles en
fonction de leur taille en paires de bases.
2.5. lectrophorse sur gel de polyacrylamide
Morgante et al. (1993) signalent que cette technique
permet de sparer des fragments dADN mme
avec une seule base nuclotidique de diffrence, tel
le cas des marqueurs microsatellites. La solution
de polyacrylamide 6 % de volume de 120 ml a t
prpare partir dune solution 40 % dacrylamide, qui
est lunit de base et de bisacrylamide (19:1), dure et
de TBE. Ces trois solutions sont mlanges et chauffes
jusqu la dissolution complte de lure. La raction de
polymrisation proprement dite sest faite grce lajout
de deux substances ractives : le TEMED et le persulfate
dammonium. La migration a t faite pendant 2 h sous
75 W. La coloration sest faite selon les tapes signales
par Benbouza et al. (2006).
2.6. Mthodes statistiques et analyses molculaires
La diversit gntique au sein de la population des
dromadaires a t analyse deux niveaux : la variabilit
intrapopulation et la variabilit interpopulation. Le but
de cette approche tait de caractriser laide dun
ensemble de paramtres la variabilit de la population de
dromadaires et la proximit gntique des populations.
Dans ce travail, on a utilis la loi de Hardy-
Weinberg pour tester si une population est en quilibre.
Cette mthode est base sur la disparit des effectifs
de gnotypes observs aux effectifs de gnotypes
thoriques. Le calcul a t effectu laide du logiciel
PopGene version 1.31 (Yeh, 1999).
La phylognie a t reconstruite en utilisant
lapproche Neighbour Joining (N-J) laide du logiciel
Darwin version 5.0.155 (Perrier et al., 2006).
diversit gntique intrapopulation. Pour dcrire
la diversit gntique intrapopulation, nous avons
calcul six paramtres. Ils sont estims pour chaque
locus et la moyenne est prise sur tous les loci, laide
du logiciel PopGene version 1.31 (Yeh, 1999). En
termes de variabilit gntique intrapopulation, la
comparaison directe des frquences allliques nest
pas facile raliser. Toutefois, il existe des paramtres
susceptibles de synthtiser, moyennant une valeur
globale, les informations les plus importantes comme
le nombre moyen dallles par locus (A), le taux de
polymorphisme (P), le taux moyen dhtrozygotie
observ (H
O
), le taux moyen dhtrozygotie attendu
(H
E
), le taux moyen dhtrozygotie attendu non biais
(H
nb
) et lindice de fxation F
IS
.
Nombre moyen dallles par locus (A). Ce paramtre
traduit la richesse en allles dune population, il est
calcul selon la formule :
A =
1
a

(1)

l
o a reprsente le nombre dallles un locus et l le
nombre de loci tudis.
Taux de polymorphisme (P). Cest le pourcentage
de loci polymorphes dans lchantillon tudi. La
probabilit dobserver au moins deux allles mme
locus dpend des frquences respectives des allles
et aussi de la taille de lchantillon. Dans le prsent
travail, un locus est considr polymorphe dans le cas
o lallle le plus frquent a une frquence infrieure
ou gale 0,95.
Taux dhtrozygote observ (H
O
). Cest la proportion
dindividus htrozygotes au locus K comme dans la
formule :

a
k
H
OK
= p
ij
(i j) (2)

i, j = 1
402 Biotechnol. Agron. Soc. Environ. 2010 14(3), 399-408 Ould Ahmed M., Ben Salem F., Bedhiaf S. et al.
o P
ij
est lestimation de la frquence du gnotype ij
au locus k et a
k
le nombre dallles au locus k. Si on
considre l locus, le taux dhtrozygote observ (H
O
)
est la moyenne de (H
OK
) suivant lquation :

l
H
O
=
1
H
OK
. (3)

l

k=1
Taux dhtrozygote attendu (H
E
). Un taux
dhtrozygotie attendu (H
E
) peut tre calcul, sous
lhypothse dquilibre de Hardy-Weinberg, partir
des frquences allliques dtermines pour chaque
locus laide de la formule :
H
E
= 1 - p
i
2
(4)
o p
i
est la frquence du i
me
allle ce locus.
Le taux moyen dhtrozygotie est lindice le
plus satisfaisant de la diversit gntique. Sa valeur
numrique dpend du nombre de loci polymorphes
et de la structure gnotypique de chacun deux. Nei
(1978) propose dutiliser un estimateur non biais (H
nb
)
ou la diversit gnique lorsque le nombre danimaux
tests est faible. Celle-ci est dfnie comme tant la
probabilit de tirer, au hasard, deux allles diffrents
un mme locus.
Lestimation non biaise est calcule selon la
formule :
H
nb
=
2n (1-p
i
2
)
(5)

2n-1
o n est le nombre dindividus tudis.
Les paramtres ainsi dfnis peuvent dcrire,
jusqu un certain niveau, la diversit gntique
des populations ainsi que celle des individus qui les
composent. Certes, la variabilit gntique dun
individu demeure inchange tout au long de sa vie,
lexception dventuelles mutations. Toutefois, la
constitution gntique dune population prsente une
possibilit de variation dans le temps. En effet, les
populations subissent des forces qui dterminent leur
constitution gntique et tendent la maintenir ou la
modifer. La consquence de ces forces volutives est
de faire varier le taux dhtrozygotie de la population
par rapport lquilibre de Hardy-Weinberg. Il devient
alors intressant de pouvoir quantifer ces carts entre
lhtrozygotie observe et celle attendue lquilibre.
De plus, deux populations dune mme espce peuvent
tre soumises des facteurs volutifs diffrents
et voir leur constitution gntique se diffrencier
lune de lautre, ce qui peut produire un effet la
fois sur les frquences allliques et sur la relation
entre lhtrozygotie observe et celle attendue. Les
carts par rapport lquilibre de Hardy-Weinberg
sont quantifs laide du modle hirarchique des
coeffcients F.
Indice de Fixation F
IS
. Ce paramtre mesure lcart
entre la population dindividus trouvs ltat
htrozygote H
O
et le taux dhtrozygote attendu H
E
,
il est appel aussi lcart la panmixie et se calcule
comme il est mentionn dans la formule :
F = 1 -
H
O
. (6)

H
E
Au locus donn, dans une population dindividus
diplodes, lassociation de deux gamtes pour former les
individus se fait au hasard par rapport aux gnotypes de
ces gamtes, la structure gntique de cette population
est appele structure de Hardy-Weinberg. Lindice de
fxation est lcart la structure de Hardy-Weinberg,
il varie de -1 +1 et permet de connaitre le dfcit
en htrozygotes par population, par locus et pour
lensemble des loci. F est positif quand la population
prsente un dfcit en htrozygotes par rapport
lquilibre panmictique et ngatif dans le cas contraire.
Un certain nombre de facteurs contribuent cet cart :
consanguinit, drive, slection, diffrenciation, etc.
diversit gntique interpopulation. Pour dcrire la
diversit gntique entre les populations, nous avons
utilis dans la prsente tude trois paramtres.
Distance gntique. La distance gntique entre
deux chantillons est dfnie comme la proportion
dlments gntiques quils nont pas en commun.
D = 1 si et seulement si les deux chantillons nont pas
dlments gntiques en commun.
Dans le cadre de ce travail, les distances gntiques
entre paires de populations ont t calcules selon
lapproche classique base sur les frquences allliques
dans chaque population en retenant la distance de
Nei (1978). Cette distance prsente des proprits
spcifques et reste approprie pour un modle
particulier dvolution. Elle considre un modle
mutation-drive et elle est destine mesurer le nombre
moyen de diffrences de codons entre populations
aprs leur divergence. Cette distance est la plus utilise
dans les recherches sur la diversit gntique.
F statistiques de Wright. Dans une population
subdivise, il existe trois niveaux de complexit : les
individus (I), les sous-populations (S) et la population
totale (T). Dans ce travail, les populations relatives aux
rgions reprsentent les sous-populations et lensemble
des populations reprsente la population globale. Pour
mesurer lorganisation de la diversit gntique dans
Analyse molculaire de la diversit gntique du dromadaire en Tunisie 403
une population, Wright (1978) a dfni lhtrozygotie
de chacun de ces trois niveaux respectivement par les
paramtres suivants : H
I
, H
S
et H
T
. Le premier paramtre
H
I
correspond lhtrozygotie moyenne des individus
sur lensemble des sous-populations. Il reprsente
galement lhtrozygotie moyenne observe pour
lensemble des gnes (ou loci) dun individu. Cest
aussi la probabilit dhtrozygotie en un locus pris au
hasard. Ainsi, si H
i
est lhtrozygotie observe dans la
i
me
sous-population, on aura, pour X sous-populations,
la formule :

k
H
I
= H
i
/X. (7)
i
Le second paramtre H
S
indique lhtrozygotie
attendue par individu pour chaque sous-population
en la supposant lquilibre Hardy-Weinberg. Il
reprsente aussi lhtrozygotie attendue dans une sous-
population suppose lquilibre Hardy-Weinberg o
p
i
est la frquence du i
me
allle. Soit pour la S
me
:


k
H
S
= 1 - p
2
i,s
. (8)

i
On notera H
S
* la moyenne des H
S
sur les X sous-
populations :

k
H
S
* = 1- H
s
/X. (9)

i
Enfn, le dernier paramtre H
T
reprsente
lhtrozygotie attendue par individu, en supposant
la population globale lquilibre Hardy-Weinberg.
En dautres termes, cest lhtrozygotie attendue si
toutes les sous-populations taient regroupes en une
seule unit panmictique. Si lon note p
i
* la frquence
moyenne de lallle Ai sur lensemble des X sous-
populations, on obtient :

k
H
T
= 1 - p
i
*2
. (10)

i
Trois indices sont gnrs partir de ces
htrozygoties : F
IS
, F
ST
et F
IT
. Ces derniers mesurent
lcart de lhtrozygotie par rapport lquilibre
Hardy-Weinberg (EHW) diffrents niveaux. Le
premier indice F
IS
est dfni par la relation :
F
IS
=
H
S
* - H
i
. (11)

H
S
*
Cet indice, appel coeffcient de consanguinit,
mesure la rduction ventuelle de lhtrozygotie des
individus lintrieur de leur sous-population. En
cas de consanguinit, cet indice est positif et indique
un dfcit en htrozygotie. videmment, il prend la
valeur zro si les sous-populations sont lEHW. En
revanche, sil est ngatif, les populations prsentent un
excs dhtrozygotie.
Entre les sous-populations et la population totale,
leffet de la subdivision est exprim par un indice
similaire :
F
ST
=
H
T
- H
S
*
. (12)

H
T
Ce paramtre, appel indice de fxation, correspond
la rduction de lhtrozygotie dans les sous-
populations lie aux diffrences de frquences allliques
moyennes. Cet indice renseigne sur la diffrenciation
et leffet de subdivision des populations. Il prend la
valeur zro lorsque toutes les sous-populations ont
les mmes frquences allliques et sont lEHW.
Dans le cas contraire, leffet Wahlund implique que
H
T
soit plus grand que H
S
* et donc F
ST
sera positif.
Enfn, la rduction de lhtrozygotie entre lindividu
et la population globale thorique est donne par la
formule :
F
IT
=
H
T
- H
I
. (13)

H
T
Ces trois indices sont lis par la relation :
(1-F
IT
) = (1-F
IS
) (1-F
ST
). (14)
Si toutes les sous-populations sont bien lEHW,
on aura F
IS
= 0 et par consquent F
ST
= F
IT
. Par
ailleurs, si elles sont toutes lEHW et ont les mmes
frquences allliques, alors les trois indices seraient
nuls. Dans ce cas, la division en sous-populations
nexiste plus et la population globale est lEHW.
Comme il a t soulign, lindice de fxation F
ST

permet de quantifer le degr de diversifcation
gntique entre les populations. Les paramtres F
IT
, F
IS

et F
ST
dsignent respectivement les indices de fxation
dun individu de la population, dun individu dune
sous-population et dune sous-population. F
IT
et F
IS

mesurent la corrlation entre les gamtes dun mme
individu tir au hasard respectivement dans une sous-
population et dans la population totale. F
IS
permet de
mesurer le dfcit local moyen dhtrozygotes par
rapport la structure de Hardy-Weinberg. F
IT
permet
de mesurer le dfcit global dhtrozygotes dans
lensemble de la population. Alors que F
ST
reprsente
la corrlation entre deux gamtes tirs au hasard dans
deux sous-populations diffrentes et renseigne sur
404 Biotechnol. Agron. Soc. Environ. 2010 14(3), 399-408 Ould Ahmed M., Ben Salem F., Bedhiaf S. et al.
le niveau de diffrenciation ou lindividualisation
des sous-populations, dfcit connu sous le nom de
effet de Wahlund , 0 F
ST
1 (Nei, 1973). Le
logiciel Fstat version 2.9.3.2 (Goudet, 2001) a t
utilis pour le calcul de ces indices ; le niveau du test
de signifcation est : p < 0,05.
Flux des gnes. La diffrenciation gntique entre
populations est favorise par la drive et limite par
les fux gntiques entre les populations. Le nombre
de migrants effectifs par gnration (N
m
) est reli la
diffrenciation gntique F
ST
par la relation :
N
m
=
(1-F
ST
)
. (15)

4F
ST
Ce paramtre a t calcul laide du logiciel Genetix
version 4.05.2 (Belkhir et al., 2004).
3. rsulTATs eT dIscussIon
3.1. diversit gntique intrapopulation
Frquences allliques. Dune manire gnrale,
la distribution des allles, dont le nombre varie de
2 pour les loci CVRL02 et VOLP32 7 pour le
locus VOLP03, est assez identique dans la plupart
des cas, les allles les plus frquents tant toujours
les mmes. Cest notamment le cas de lallle A
(Tableau 1) qui apparait souvent, sinon toujours, le
plus abondant dans les diffrents loci de toutes les
populations tudies.
Les frquences allliques calcules pour chaque
locus et chaque population varient de 0,017 pour
plusieurs allles dans quelques populations 0,950
pour lallle A du CVRL02 au niveau de la population
de Mdenine.
Le tableau 1 prsente les frquences des allles
des populations. Au niveau du locus CVRL02 qui
compte deux allles, la dominance de lallle A est
assez remarquable et sa frquence est suprieure
0,850 dans toutes les populations. Quant VOLP32,
il exhibe deux allles, qui ne sont prsents que
dans les populations de Mdenine et de Tataouine.
Ces dernires rgions sont gographiquement trs
proches lune de lautre. Le schma de distribution
de ces deux allles prsente une similarit dans les
deux populations. La prsence exclusive du locus
YWLL02 avec ses 4 allles chez la population de
Tataouine a t note, avec une lgre diffrence des
frquences de ces 4 allles en faveur de lallle C.
Tableau 1. Frquences allliques dans chaque population (les allles abondants, rares et privs) Frequencies of alleles in
each population (dominating, rare and private alleles).
loci Population n Frquences allliques
A B c d e F G
CVRL01 Kebili 30 0,100 0,516 0,317 0,017 0,050 0
Mdenine 30 0,517 0,217 0,133 0,017 0 0,116
Tataouine 30 0,317 0,116 0,250 0,017 0 0,300
CVRL02 Kebili 30 0,850 0,150
Mdenine 30 0,950 0,050
Tataouine 30 0,883 0,117
CVRL05 Kebili 30 0,767 0,117 0,116
Mdenine 30 0,617 0,250 0,133
Tataouine 30 0,450 0,450 0,100
CVRL06 Kebili 30 0,517 0,267 0 0,216
Mdenine 30 0,417 0,300 0,033 0,250
Tataouine 30 0,517 0,217 0,033 0,233
CVRL07 Kebili 30 0,533 0,117 0 0,350 0 0
Mdenine 30 0,267 0,466 0,033 0,234 0 0
Tataouine 30 0,383 0,133 0 0,300 0,134 0,050
VOLP03 Kebili 30 0 0,017 0 0,183 0,233 0,567 0
Mdenine 30 0,084 0,250 0,200 0,050 0,383 0,033 0
Tataouine 30 0,017 0,083 0,100 0,150 0,367 0,133 0,150
VOLP32 Kebili 0 0 0
Mdenine 9 0,444 0,556
Tataouine 30 0,483 0,517
YWLL02 Kebili 0 0 0 0 0
Mdenine 0 0 0 0 0
Tataouine 15 0,200 0,233 0,367 0,200
Analyse molculaire de la diversit gntique du dromadaire en Tunisie 405
richesse alllique. La richesse alllique dune
population, dfnie comme le nombre dallles prsents
un locus donn, est connue pour dpendre de la taille
de lchantillon, puisque les chances de dcouvrir un
nouvel allle augmentent chaque fois quun nouvel
individu est observ (Foulley et al., 2006). Dans ce
travail, le nombre moyen dallles par locus varie de
3,33 pour Kebili 3,87 pour Tataouine. Il est de 4,25
pour la population globale, ce qui est relativement
important.
le taux de loci polymorphes. Tous les loci sont
rvls polymorphes 100 % au seuil de 95 % dans
les trois populations. Ce rsultat indique leffcacit
des loci microsatellites utiliss pour lanalyse de la
diversit gntique des populations tudies.
htrozygotie. Les taux dhtrozygotie observe et
attendue ont t calculs pour chaque locus et population
sous lhypothse dquilibre de Hardy-Weinberg. Afn
destimer limportance du polymorphisme gntique,
nous avons compar les deux taux dhtrozygotie.
Pour la population totale sur la base de multilocus,
lhtrozygotie attendue non biaise (0,61) est
suprieure celle observe (0,52), traduisant un cart
positif suggrant un dfcit en htrozygotie dans la
population (Tableau 2). La valeur de (H
nb
= 0,61) est
comparable celle des dromadaires en Afrique du
Sud (0,604), infrieure la valeur enregistre chez la
population soudanaise (0,68) (Nolte et al., 2005) et elle
est strictement suprieure aux valeurs trouves chez
les populations du Kenya (0,53) et des mirats arabes
(0,51) (Mburu et al., 2003). Cependant, H
O
= 0,52 a t
moins importante que dautres valeurs trouves dans
dautres tudes. Vijh et al. (2007) signalent que les
valeurs de H
O
pour les races camelines indiennes sont
de 0,58, 0,57, 0,56, et 0,60 pour Bikaneri, Jaisalmeri,
Kutchi et Mewari, respectivement.
Remarquons que certains loci sont en cart
signifcatif par rapport lquilibre de Hardy-
Weinberg ; le tableau 3 montre les rsultats du test
dquilibre vrif par le logiciel Popgene. Notons que
tous les loci sont en dsquilibre dans la population
totale, lexception du locus CVRL02 qui vrife
aussi bien lquilibre dans toutes les populations
individuelles.
Indice de fxation F
Is
. Cet indice est la mesure de
lcart entre la population dindividus trouvs
ltat htrozygote (H
O
) et lhtrozygote attendu
(H
E
). Les trois populations prsentent des indices de
fxation (F
IS
) positifs plus ou moins levs compris
entre (F
IS
= 0,083) pour Tataouine et (F
IS
= 0,153)
pour Kebili, alors que Mdenine (F
IS
= 0,114) prend
une valeur intermdiaire entre les deux. Ces indices
positifs traduisent aussi un dfcit en htrozygotes
dont les loci CVRL07 et CVRL01 sont en partie
responsables, car lesdits loci prsentent des F
IS
souvent
suprieurs 0,35 dans toutes les populations analyses.
Les trois populations prsentent des coeffcients
de consanguinit dont les valeurs sont 15,3 %,
11,4 % et 8,3 % pour Kebili, Mdenine et Tataouine,
respectivement. Mis part le hasard, trois principaux
facteurs pourraient expliquer ce dsquilibre observ.
Il sagit de facteurs gntiques, lexistence dallles
nuls et leffet de Wahlund (Jordana et al., 2003). En
ce qui concerne les causes gntiques, il est bien
connu que la consanguinit (accouplement entre un
individu et ses ascendants, ses collatraux et/ou ses
descendants) modife les frquences gnotypiques. La
consquence en est une perte de variabilit gntique
au cours des gnrations. Le second facteur pourrait
tre inhrent lexistence dallles nuls, allles ne
donnant lieu par PCR aucune amplifcation. Une
Tableau 2. Nombre moyen dallles par locus et
htrozygotie dans la population totale Mean number of
alleles and heterozygoty per locus in total population.
locus n nA h
o
h
nb
h
e
CVRL01 90 6,00 0,46 0,75 0,759
CVRL02 90 2,00 0,21 0,19 0,180
CVRL05 90 3,00 0,43 0,55 0,540
CVRL06 90 4,00 0,89 0,65 0,640
CVRL07 90 6,00 0,14 0,70 0,690
VOLP03 90 7,00 0,60 0,78 0,780
VOLP32 39 2,00 0,92 0,51 0,490
YWLL02 15 4,00 0,53 0,76 0,730
Moyenne 4,25 0,52 0,61 0,600
N : nombre dindividus analyss number of sampled
individuals ; NA : nombre dallles number of alleles ;
H
o
: htrozygotie observe observed heterozygosity ; H
nb
:
htrozygotie calcule (non biaise) unbiased expected
heterozygosity; H
e
: htrozygotie attendue expected
heterozygosity.
Tableau 3. Test de lquilibre de Hardy-Weinberg Hardy-
Weinberg Equilibrium test.
locus Populations
Kebili Mdenine Tataouine Total
CVRL01 - *** *** ***
CVRL02 - - - -
CVRL05 ** *** *** ***
CVRL06 *** *** *** ***
CVRL07 *** *** *** ***
VOLP03 - *** *** ***
VOLP32 - ** *** ***
YWLL02 - - ** **
** : P < 0,05 (signifcatif) P < 0.05 (signifcant) ; *** :
P < 0,01 (hautement signifcatif) P < 0.01 (highly signifcant) ;
(-) : P > 0,05 (non signifcatif) P > 0.05 (not signifcant).
406 Biotechnol. Agron. Soc. Environ. 2010 14(3), 399-408 Ould Ahmed M., Ben Salem F., Bedhiaf S. et al.
dltion au niveau des amorces ou une mutation dans
les squences fanquantes du microsatellite pourraient
entrainer la prsence dallles nuls. Enfn, le dernier
facteur fait rfrence la prsence de sous-populations
lintrieur de chaque population (rgion) pouvant
induire leffet de Wahlund. lchelle de la population
totale, les loci affchent un excs dhomozygotes
assez important avec F
IS
= 0,33 pour CVRL01 et
F
IS
= 0,78 pour CVRL07. Lexcs en homozygotie ou
htrozygotie observ par rapport lhomozygotie ou
lhtrozygotie attendues sous lhypothse de Hardy-
Weinberg a t test pour chaque locus et population.
Ainsi, il apparait que certaines populations vis--vis
de certains loci prsentent des excs dhomozygotes
signifcatifs par rapport aux proportions de lquilibre
de Hardy-Weinberg. Dautres populations ont des
excs en htrozygotes signifcativement diffrents
des proportions de lquilibre de Hardy-Weinberg et
bien sr, quelques populations ont montr lquilibre
panmictique au niveau de certains loci. Les valeurs
moyennes du F
IS
: 0,153, 0,114 et 0,083 pour Kebili,
Mdenine et Tataouine, respectivement, sont toutes
positives, suggrant ainsi un dfcit en htrozygotes
chez toutes les populations camelines tudies.
Lindice moyen pour la population globale est de 0,071,
indiquant un dfcit dhtrozygotes relativement
modr.
3.2. diversit gntique interpopulation
Indice de fxation ou F statistiques. Les indices de
fxation ont t calculs pour tous les loci. Les valeurs
de F
IS
varient de -0,84 pour VOLP32 0,78 pour
CVRL07 et celles du F
IT
varient de 0,364 au locus
CVRL06 0,816 pour YWLL02. La valeur moyenne
de F
IS
= 0,071 indique un dfcit dhtrozygotes
moins important au niveau des populations prises
isolment que dans la population globale (F
IT
= 0,150),
probablement d leffet Wahlund. La valeur de F
IT

indique un dfcit global dhtrozygotes de 15 %, en
tenant compte des trois populations tudies. Quant
la diffrenciation gntique F
ST
, elle est relativement
leve pour YWLL02 et VOLP32. En revanche, F
ST

affche des valeurs faibles aux loci CVRL02 et CVRL06.
La diffrenciation moyenne entre les populations est
de F
ST
= 0,083, ce qui peut tre considr comme une
valeur globalement modre, indiquant lorigine de la
variation gntique totale dans lespce. Rappelons que
la diversit gntique totale est la somme de la diversit
gntique intrapopulation et de la diversit gntique
interpopulation. La valeur F
ST
= 0,083 dtermine
quune grande part (91,7 %) de la variabilit gntique
totale est explique par la variation intrapopulation
et que 8,3 % de cette variabilit est attribue aux
diffrences entre populations de lespce. Ce niveau
de diffrenciation gntique reste, globalement,
semblable aux niveaux cits dans dautres tudes pour
dautres espces domestiques : 8,2 % pour les races
camelines indiennes (Vijh et al., 2007), 8 % pour
les quids en Espagne (Canon et al., 2000) et 10 %
entre les populations bovines europennes (MacHugh
et al., 1998). F
ST
a t calcul entre les populations ;
le paramtre de diffrenciation gntique F
ST
= 0,031
entre Mdenine et Tataouine traduit labsence de
structuration gographique et gntique entre ces
deux populations qui apparaissent homognes. Ce
net rapprochement suppose des changes danimaux
entre ces deux rgions. En revanche, on retrouve une
distinction entre la population de Kebili et celle des
deux autres rgions (F
ST
= 0,131 entre Mdenine et
Kebili et F
ST
= 0,108 entre Kebili et Tataouine), qui
peut sexpliquer par lisolement de cette rgion.
distance gntique et construction des dendro-
grammes. La matrice des distances estimes entre
les individus de la population totale a servi pour la
construction des dendrogrammes. Ces distances varient
de 0 0,9, ce qui montre une large variabilit gntique
au sein de la population cameline tudie. La distance
nulle entre deux individus suggre une similarit vis-
-vis des loci tudis. Par contre, la distance la plus
leve traduit la divergence entre ces individus.
Lexamen du dendrogramme de la population totale
(Figure 1) permet de distinguer trois groupes principaux
qui, leur tour, prsentent des sous-groupes. Lanalyse
de larbre montre que le regroupement des individus se
fait indpendamment de lorigine gographique et du
nom ethnique de lcotype. Cette rpartition sur larbre
phylognique peut tre explique par lexistence dune
large base gntique commune entre les diffrentes
populations et cotypes et ce, en dpit de la divergence
gographique et phnotypique, en plus de labsence
dun programme cibl damlioration gntique.
Pour tudier la structuration de la diversit gntique
au sein des populations individuelles, la distance de Nei
(1978) a t estime entre les paires de populations. La
matrice des distances gntiques entre les populations
indique une variation de 0,104 entre Mdenine et
Tataouine ; 0,29 entre Kebili et Tataouine ; 0,28 entre
Kebili et Mdenine. Ces valeurs relativement peu
leves indiquent que les populations prsentent une
ressemblance gntique et appartiennent un mme
groupe gntique.
En examinant le dendrogramme des populations,
on peut remarquer quen gnral les regroupements
des populations sont en relation avec des proximits
gographiques. Nous constatons que le rameau de
Nefzawa (Kebili) constitue un groupe isol. Cependant,
le rameau de lAaradh (Mdenine et Tataouine) forme
un groupe divis en deux classes (Figure 2).
Lanalyse des populations prises individuellement
montre bien que les subdivisions de chaque
Analyse molculaire de la diversit gntique du dromadaire en Tunisie 407
population ne correspondent pas aux cotypes et
que le regroupement se fait indpendamment de ces
cotypes. Ce qui mne lhypothse que les cotypes
identifs et nomms par les leveurs ne constituent
pas des entits gntiques bien individualises. Cette
hypothse peut tre consolide par les rsultats obtenus
dans le chapitre prcdent comme les pratiques des
croisements incontrls, des choix et dutilisation
des mles reproducteurs (85 % des gniteurs sont
choisis du troupeau lui-mme et utiliss pendant une
dure moyenne de 7 ans) et la consanguinit, tous ces
facteurs limitent signifcativement la diffrenciation,
outre la faible taille chantillonne de certains cotypes
tudis.
Flux des gnes. Les fux des gnes (N
m
) entre les paires
des populations reprsentent une valeur relativement
importante (7,73) entre Mdenine et Tataouine, alors
que moins importante chez les autres populations
(1,65 entre Kebili et Mdenine et 2,06 entre Kebili
et Tataouine). Globalement, les valeurs traduisent
un change de gnes assez important entre ces trois
populations. Ces rsultats de N
m
confrment ceux de
distances et diffrenciations gntiques.
4. conclusIon
Ces rsultats prsents ne constituent quune modeste
contribution la caractrisation des dromadaires en
Tunisie. Ils reprsentent galement autant dacquis pour
la mise en uvre dun programme de dveloppement
de cette espce dans le pays. En outre, ce travail
pourrait ainsi servir de base des programmes plus
consquents dtudes de la diversit gntique des
diffrentes populations de dromadaires en Tunisie.
Dune manire gnrale, la prsente tude aura
permis de mettre en vidence chez les dromadaires
en Tunisie un niveau lev de diversit gntique,
principalement dorigine intrapopulation (92 %). Bien
que cette population prsente un taux de consanguinit
de 15 %, les indices de diffrenciation montrent que
les populations partagent une grande base gntique,
malgr lapparition de diffrences suivant la rgion. En
effet, la population semble menace par labsence de
gestion des gnalogies dans les troupeaux et par des
croisements consanguins qui pourraient entrainer une
volution de sa structure gntique vers lhomozygotie.
Plusieurs facteurs dont les pratiques des leveurs,
le statut actuel de lespce et son histoire volutive
expliquent sa structuration gntique actuelle. Le
Figure 1. Arbre phylogntique entre les individus de la population totale Phylogenetic relationships between individuals.
Figure 2. Relations phylognique entre les trois
populations Phylogenetic relationships between the three
camel populations.
K : Kebili
0 0,2
M : Mdenine T : Tataouine
Kebeli
Mdenine
+
2
1
! +
+
+
Tataouine
408 Biotechnol. Agron. Soc. Environ. 2010 14(3), 399-408 Ould Ahmed M., Ben Salem F., Bedhiaf S. et al.
maintien de la variation gntique existante au sein de
lespce constituera une tape importante dans le cadre
de la conservation des ressources gntiques animales.
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