Sance Tutorat

UE1
PROGRAMME DE LA SEANCE
CHIMIE
La strochimie : Comment dterminer la configuration spatiales d'une espce chimique et comment passer d'une reprsentation
une autre.
Rappels de nomenclatures : Comment numroter les chaines carbones.


BIOCHIMIE
Les acides amins et proprits d'ionisation : Savoir calculer le pHi d'un peptide.

Les protines :
- Rappels sur les structures protiques,
- Techniques de purification et sparation.
- Squenage

Les enzymes :
- Rappels de cours en ciblant les notions essentielles
- Mthodes de linarisation
- Introduction de la notion d'inhibiteurs enzymatiques

Les acides amins
Proprits dionisation
LES PROPRIETES DIONISATION DES AA


Dfinition du pK : pH pour lequel un acide et sa base coexistent et sont en concentrations identiques.
On dfinit : pKCOOH <> pKa
pKNH <> pKb
pKr pour le radical de l'AA

A savoir : Pour chaque AA, on observe des fonctions protones capable de se dprotoner.
COOH COO + H
NH NH + H
OH O + H

/!\ Penser aux fonctions dans le radical R.

La dprotonation se fait en fonction du pH de la solution. Elle volue dans le sens du pK le plus petit au pK le plus grand.
Cas simple o ne comporte que des carbones.
Comme pKCOOH < pKNH , c'est la fonction COOH qui perdra son proton la premire.
Zwitterion : quand un AA a une charge totale (= charge nette) nulle.
Les protines
Structure protique
Types Distance entre 2 AA Types de liaisons Exemples
Hlice


1,5
PAS : 3,6 AA ou 5,4
Toutes les chanes latrales sont
rejetes vers lextrieur
Pour traverser Mbp : 20 AA

Hydrognes (entre un AA et un
autre situ 4 rsidus + loin)
Van der Waals
/!\ si Pro -> dsorganise les
hlices
Kratine (100%), Myosine,
Tropomyosine, Myoglobine,
Fibrine, Ferritine,
Bactriorhodopsine, Prion.
Feuillet
= chaines latrales
alternativement situ au-dessus,
en-dessous
Au minimum 2 brins

3,5
+ tire, - compact
Donnent au sqtte peptidique une
forme de zig zag avec les
carbones de part et dautres du
plan du feuillet
Pour traverser Mbp : 8 9 AA

Hydrognes (entre les brins)
Orientation anti// : orientation
dans des directions opposes, 1
AA fait 2 liaisons avec 1 AA dune
autre chaine.
Orientation // : orientation dans
la mme direction, 1 AA fait 2
liaisons avec 2 AA dune autre
chaine.
Feuillets mixtes : alternation
feuillets anti// et //.

Porine, Fibrone
Motif de base des Ig.
Coude
permet des changements de
direction
Bcp de Pro et Gly

Hydrognes (entre le grp CO dun
AA et le grp NH dun AA situ 3
rsidus + loin)


Boucle
pas de structure rgulire
priodique

Surtout pour les Ig
Situs la surface des
protines
Participent aux
interactions molculaires
Structure II :
Hlices particulires :
Kratine (laine, cheveux) 2 hlices enroules = HELICE SURENROULEE
- Liaisons covalentes (ponts dissulfures)
- Interaction de faibles nergies (VdW, interactions ioniques)
Collagne
La + abondante (peau, os, tendons, cartilage, dents)
Une glycine tous les 3 rsidus ( Gly : 30% de la protine) : le + svt, on retrouve lenchainement suivant :
Gly Pro OHPro
PAS de liaison hydrogne au sein dune chaine : stabilisation par rpulsions striques des cycles
pyrrolidiques des rsidus OHPro et Pro
Le collagne correspond lassociation de 3 chaines polypeptiques hlicodales : stabilisation par des
liaisons hydrognes entre les 3 hlices
Hydroxylation de la Pro ncessite de la vit C dficit en vit C = SCORBUT

Les AA auront des prfrences pour les hlices , les feuillets , les coudes ou aucune prfrence.
Structure III :
Elle nest pas fige

Les diffrentes interactions possibles sont :
- Liaisons hydrognes
- Interactions lectrostatiques, ioniques
- Liaisons hydrophobes, de Van der Waals
- Ponts disulfures
- Liaisons peptidiques
- Liaisons de coordination (avec un ion mtalliques)
Purification / Sparation
Squenage
Coupure chimique

Hydrolyse acide 6N HCl, 110C, 24 48h Rompt toutes les liaisons
/!\ Ser, Thr, Tyr peuvent tre dgrads
Gln Glu, Asn Asp, Cys acide cystique
Trp est dtruit
Hydrolyse basique 6M NaOH, 100C, 4 8h Rompt toutes les liaisons
/!\ Arg, Cys, Thr, Ser sont dtruits
rsidus dsamins
Utilis surtt pr Trp
Mthode de SANGER = DiNitroFluoroBenzne N-term
/!\ dtruit tout le peptique
Chlorure de Dabsyl et Chlorure de Dansyl N-term
Mthode dEdman = PhnylIsoThioCyanate N-term
plusieurs cycles
Mercaptothanol, DTT, KCN, Ure couper pts dissulfures
Bromure de cyanogne C-term de Met
O-Iodobenzoate C-term de Trp
Hydroxylamine laisons Asp-Gly
2-Nitro-5-thiocyanobenzoate N-term de Cys



Coupure enzymatique

Exopeptidase
Aminopeptidase N-term
Carboxypeptidase C-term
A sauf Arg, Lys, Pro
B que Arg, Lys sauf si lavant dernier AA = Pro
C tout
Y tout
/!\ si aucune coupure : lAA est cyclique

Endopeptidase
Trypsine C-term de Lys, Arg
Chymotrypsine C-term de Phe, Tyr, Trp
Clostripane C-term de Arg
Thrombine C-term de Arg
Endoprotase V8 C-term de Glu
/!\ Pas les AA
cycliques +
Pro
SEQUENCAGE
QCM
Lhydrolyse acide dun hexapeptide A donne : Arg, Phe, Cys, Gly, Leu, Val et Asp.
Aprs traitement la chymiotrypsine, on obtient un dipeptide : Phe, Leu et un
pentapeptide : Gly, Arg, Val, Asp et Cys.
Un traitement au 2-Nitro-5-thiocyanobenzoate donne deux peptides, le premier
avec les acides amins : Gly, Phe, Asp, Leu et le second avec les acides amins : Arg,
Cys, Val.
Lapplication dhydroxylamine sur ce mme peptide A abouti un tripeptide : Asp,
Phe, Leu et un peptide possdant les acides amins suivants : Arg, Gly, Cys, Val.
Enfin, la carboxypeptidase A na pas daction sur cet hexapeptide A.
Quelles sont la ou les propositions possibles?
A. Leu-Phe-Asp-Gly-Cys-Val-Arg
B. Leu-Phe-Gly-Asp-Val-Cys-Arg
C. Leu-Phe-Asn-Gly-Cys-Val-Arg
D. Leu-Phe-Asp-Cys-Gly-Val-Arg
E. Leu-Phe-Asn-Gly-Val-Cys-Arg
Corrig
La chymotrypsine coupe aprs les aa aromatiques, donc ici aprs la
Phe, on en dduit :
Leu-Phe-(Gly, Arg, Val, Asp, Cys)
Le 2-Nitro-5-thiocyanobenzoate clive du ct amine des rsidus Cys :
Leu-Phe-(Gly, Asp)-Cys-(Arg, Val)
Lhydroxylamine clive les peptides entre Asp et Gly donc :
Leu-Phe-Asp-Gly-Cys-(Arg, Val)
De plus, on sait que la carboxypeptidase naboutit aucun rsultat sur
ce peptide, cela signifie que le dernier aa est soit la Pro, soit la Lys, soit
lArg. Dans notre cas cest lArg.
Rponse vraie :
A : Leu-Phe-Asp-Gly-Cys-Val-Arg

Lenzymologie
Notions essentielles
Cofacteurs
Mthode de Linarisation
Inhibiteurs enzymatiques