GUIA DE INSTALACION LAMMPS - Compilacion en Linux (Ubuntu)

Este proceso de instalacion fue probado en varios tipos de arquitecturas(32 bit y

64 bit - O.S.Ubuntu 9.04), en las cuales el proceso solo cambia en un minimo segun
lo que se requiera, ya que la mayoria de las librerias usadas no son instaladas
manualmente (synaptic lo hace por nosotros).

Instalacion Basica:

1.- Comprobar y actualizar el sistema operativo.

2.- Descargar LAMMPS de la direccion http://lammps.sandia.gov/, escojer la version

- < C++ (7 Jul 2009) GPL license > y desempaquetar el archivo.

3.- Instalar el C shell, el cual ejecuta comandos secuenciales(tipo bash) y tiene

una sintaxis parecida a C.

sudo apt-get install csh

4.- Instalar las librerias MPICH y FFTW2:

sudo apt-get install build-essential mpich-bin libmpich1.0-dev mpi-doc fftw2

fftw-dev libxaw7-dev

5.- Editar el archivo change_box.cpp en el directorio LAMMPS/src/ y agregar la

siguiente linea:

#include <cstring>

6.- En el mismo directorio LAMMPS/src/ ejecutar el siguiente comando:

make debian

Este comando generara sin problemas el ejecutable lmp_debian y este es el archivo

que usaremos para ejecutar los ejemplos, para esto copiaremos este archivo en cada
directorio de los ejemplos(LAMMPS/examples/****) que deseemos correr y
ejecutaremos el comando:

./lmp_debian < in.******

7.- Este comando nos generara un archivo log y otro dump, el cual usaremos para
visualizar los resultados. Para poder visualizar cada ejemplo debemos generar el
ejecutable xmovie, accediendo a LAMMPS/tools/xmovie y ejecutar el comando:

make -f Makefile

Copiar el ejecutable xmovie en el directorio bin o si es que desea tambien se

puede copiar en cada directorio de los ejemplos(LAMMPS/examples/****) y ejecutarlo
como:

./xmovie < dump.**** ./xmovie -scale dump.****

Este proceso de instalacion solo compila algunos paquetes de LAMMPS. El proceso de

instalacion completa se explicara en las siguientes lineas:

Instalacion Completa:

La instalacion completa requiera de una tarjeta de video nvidia con soporte CUDA
para la libreria gpu, la cual se excluira de este manual, por lo cual la
instalacion completa tendra los siguientes paquetes instalados:

Installed YES: package ASPHERE

Installed YES: package CLASS2
Installed YES: package COLLOID
Installed YES: package DIPOLE
Installed YES: package DPD
Installed NO: package GPU
Installed YES: package GRANULAR
Installed YES: package KSPACE
Installed YES: package MANYBODY
Installed YES: package MEAM
Installed YES: package MOLECULE
Installed YES: package OPT
Installed YES: package PERI
Installed YES: package POEMS
Installed YES: package REAX
Installed YES: package XTC

Installed YES: package USER-ACKLAND

Installed YES: package USER-ATC
Installed YES: package USER-CG-CMM
Installed YES: package USER-EWALDN
Installed YES: package USER-SMD

Para realizar esto debemos de compilar las sublibrerias(ATC, MEAM, REAX y POEMS)
contenidas en el directorio LAMMPS/lib/ y procederemos de la siguiente manera:

8.- Ingresar al directorio LAMMPS/lib/atc y ejecutar los comandos :

gedit Makefile.g++

Y cambiar la linea correspondiente a CCFLAGS por el siguiente codigo:

=$(PKGINC) -g -O -I/usr/lib/mpich/include/ -DFFT_FFTW -I../../src

-DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK

Ahora en el mismo directorio ejecutar el comando:

make -f Makefile.g++

Si el proceso es exitoso se generara un archivo *.a.

9.- Ingresar al directorio LAMMPS/lib/poems y ejecutar:

make -f Makefile.g++

10.- De manera analoga para las librerias MEAM y REAX, es posible que se necesite
instalar el gfortran:

sudo apt-get install gfortran

Ejecutamos en cada directorio:

make -f Makefile.gfortran

11.- Una vez instalados estos paquetes necesitaremos de librerias para algebra
lineal, las cuales seran blas y lapack, las cuales se instalaran por medio de
synaptic buscando libblas-dev y liblapack-dev y instalandolos.

12.- Ahora debemos instalar el intel fortran compiler el cual descargaremos en su

version redistributable de la siguiente pagina:

https://registrationcenter.intel.com/RegCenter/AutoGen.aspx?
ProductID=1323&AccountID=&EmailID=&ProgramID=&RequestDt=&rm=EVAL&lang=

Se deben registrar, descargar y descomprimir el archivo l_cprof_p_11.1.056_redist,

entrar al directorio y ejecutar el comando:

sudo ./install.sh

Proseguir con la instalacion hasta terminarla(asegurar que se instale en el

directorio por defecto). ahora debemos modificar el archivo Makefile.debian del
directorio LAMMPS/src/MAKE con el siguiente codigo:

# ---------------------------------------------------------------------
# System-specific settings
# edit as needed for your machine

# additional system libs needed by LAMMPS libs

# NOTE: these settings are ignored if the LAMMPS package (e.g. gpu, meam)
# which needs these libs is not included in the LAMMPS build

gpu_SYSLIB = -lcudart
meam_SYSLIB = -lintlc -lifcore -lsvml -lompstub -limf
reax_SYSLIB = -lintlc -lifcore -lsvml -lompstub -limf
user-atc_SYSLIB = -lblas -llapack

gpu_SYSLIBPATH = -L/usr/local/cuda/lib64
meam_SYSLIBPATH = -L/opt/intel/Compiler/11.1/056/lib/ia32
reax_SYSLIBPATH = -L/opt/intel/Compiler/11.1/056/lib/ia32
user-atc_SYSLIBPATH =

13.- Por ultimo ejecutar los comandos en el directorio LAMMPS/src/:

make yes-all
make no-gpu
make debianis

14.- Aun existen problemas con la instalacion completa ya que nos brinda un
errores como:

Killed

Ya que al parecer no se cuenta con la suficiente memoria RAM(1GB) en los

labotarorios, si es que se apliara se podria realizar las pruebas y verificar si
este es el error. Por ahora quitaremos las librerias REAX y MEAM y compilaremos
todo los demas paquetes de la siguiente manera:

En el directorio LAMMPS/src/:

make no-meam
 make no-reax
make debian

Este ejecutable lmp_debian si esta probado y verificado que si puede correr la

mayoria de ejemplos, expepto los que usen los paquetes MEAM y REAX.

# By Led #