Bases nitrogenadas:

Las cuatro bases nitrogenadas mayoritarias que se encuentran en el ADN son

la adenina (A), la citosina (C), la guanina (G) y la timina (T). Cada una de estas
cuatro bases est unida al armazn de azcar-fosfato a travs del azcar para
formar el nucletido completo (base-azcar-fosfato). Las bases
son compuestos heterocclicos y aromticos con dos o
ms tomos denitrgeno, y, dentro de las bases mayoritarias, se clasifican en
dos grupos: las bases pricas o purinas (adenina y guanina), derivadas de
la purina y formadas por dos anillos unidos entre s, y las bases
pirimidnicas o bases pirimdicas o pirimidinas(citosina y timina), derivadas de
la pirimidina y con un solo anillo.
25
En los cidos nucleicos existe una quinta
base pirimidnica, denominada uracilo (U), que normalmente ocupa el lugar de
la timina en el ARN y difiere de sta en que carece de un grupo metilo en su
anillo. El uracilo no se encuentra habitualmente en el ADN, slo aparece
raramente como un producto residual de la degradacin de la citosina por
procesos de desaminacin oxidativa.

Timina: 2, 4-dioxo, 5-metilpirimidina.
Timina:
En el cdigo gentico se representa con la letra T. Es un derivado pirimidnico
con un grupo oxo en las posiciones 2 y 4, y un grupo metil en la posicin 5.
Forma el nuclesido timidina (siempre desoxitimidina, ya que slo aparece en
el ADN) y el nucletidotimidilato o timidina monofosfato (dTMP). En el ADN, la
timina siempre se empareja con la adenina de la cadena complementaria
mediante 2puentes de hidrgeno, T=A. Su frmula qumica es C
5
H
6
N
2
O
2
y su
nomenclatura 2, 4-dioxo, 5-metilpirimidina.

Citosina: 2-oxo, 4-aminopirimidina.
Citosina:
En el cdigo gentico se representa con la letra C. Es un derivado pirimidnico,
con un grupo amino en posicin 4 y un grupo oxo en posicin 2. Forma
el nuclesido citidina (desoxicitidina en el ADN) y el nucletido citidilato o
(desoxi)citidina monofosfato (dCMP en el ADN, CMP en el ARN). La citosina
siempre se empareja en el ADN con la guanina de la cadena complementaria
mediante un triple enlace, CG. Su frmula qumica es C
4
H
5
N
3
O y su
nomenclatura 2-oxo, 4 aminopirimidina. Su masa molecular es de
111,10 unidades de masa atmica. La citosina se descubri en 1894, al aislarla
del tejido del timo de carnero.

Adenina: 6-aminopurina.
Adenina:
En el cdigo gentico se representa con la letra A. Es un derivado de la purina
con un grupo amino en la posicin 6. Forma el
nuclesido adenosina (desoxiadenosina en el ADN) y el nucletido adenilato o
(desoxi)adenosina monofosfato (dAMP, AMP). En el ADN siempre
se empareja con la timina de la cadena complementaria mediante 2 puentes de
hidrgeno, A=T. Su frmula qumica es C
5
H
5
N
5
y su nomenclatura 6-
aminopurina. La adenina, junto con la timina, fue descubierta en 1885 por el
mdico alemn Albrecht Kossel.

Guanina: 6-oxo, 2-aminopurina.
Guanina:
En el cdigo gentico se representa con la letra G. Es un derivado prico con
un grupo oxo en la posicin 6 y un grupo amino en la posicin 2. Forma el
nuclesido (desoxi)guanosina y el nucletido guanilato o (desoxi)guanosina
monofosfato (dGMP, GMP). La guanina siempre se empareja en el ADN con la
citosina de la cadena complementaria mediante tres enlaces de
hidrgeno, GC. Su frmula qumica es C
5
H
5
N
5
O y su nomenclatura 6-oxo, 2-
aminopurina.
Tambin existen otras bases nitrogenadas (las llamadas bases
nitrogenadas minoritarias), derivadas de forma natural o sinttica
de alguna otra base mayoritaria. Lo son por ejemplo la hipoxantina,
relativamente abundante en el tRNA, o la cafena, ambas
derivadas de la adenina; otras, como el aciclovir, derivadas de la
guanina, son anlogos sintticos usados en terapia antiviral; otras,
como una de las derivadas del uracilo, son antitumorales.
Las bases nitrogenadas tienen una serie de caractersticas que les
confieren unas propiedades determinadas. Una caracterstica
importante es su carcter aromtico, consecuencia de la presencia
en el anillo de dobles enlaces en posicin conjugada. Ello les
confiere la capacidad de absorber luz en la
zona ultravioleta del espectro en torno a los 260 nm, lo cual puede
aprovecharse para determinar el coeficiente de extincin del ADN y
hallar la concentracin existente de los cidos nucleicos. Otra de
sus caractersticas es que presentan tautomera o isomera de
grupos funcionales, debido a que un tomo de hidrgeno unido a
otro tomo puede migrar a una posicin vecina; en las bases
nitrogenadas se dan dos tipos de tautomeras: tautomera lactama-
lactima, donde el hidrgeno migra del nitrgeno al oxgeno del
grupo oxo (forma lactama) y viceversa (forma lactima), y
tautomera imina-amina primaria, donde el hidrgeno puede estar
formando el grupo amina (forma amina primaria) o migrar al
nitrgeno adyacente (forma imina). La adenina slo puede
presentar tautomera amina-imina, la timina y el uracilo muestran
tautomera doble lactama-lactima, y la guanina y citosina pueden
presentar ambas. Por otro lado, y aunque se trate de
molculas apolares, las bases nitrogenadas presentan suficiente
carcter polar como para establecer puentes de hidrgeno, ya que
tienen tomos muy electronegativos (nitrgeno y oxgeno) que
presentan carga parcial negativa, y tomos de hidrgeno con carga
parcial positiva, de manera que se forman dipolos que permiten
que se formen estos enlaces dbiles.
Se estima que el genoma humano haploide tiene alrededor de
3.000 millones de pares de bases. Para indicar el tamao de las
molculas de ADN se indica el nmero de pares de bases, y como
derivados hay dos unidades de medida muy utilizadas,
la kilobase (kb), que equivale a 1.000 pares de bases, y
la megabase (Mb), que equivale a un milln de pares de bases.
Apareamiento de bases
Vase tambin: Par de bases

Un par de bases CG con trespuentes de hidrgeno.

Un par A=T con dos puentes de hidrgeno. Los puentes de hidrgeno se
muestran como lneas discontinuas.
La dble hlice de ADN se mantiene estable mediante la formacin
de puentes de hidrgeno entre las bases asociadas a cada una de
las dos hebras. Para la formacin de un enlace de hidrgeno una
de las bases debe presentar un "donador" de hidrgenos con un
tomo de hidrgeno con carga parcial positiva (-NH
2
o -NH) y la
otra base debe presentar un grupo "aceptor" de hidrgenos con un
tomo cargado electronegativamente (C=O o N). Los puentes de
hidrgeno son uniones ms dbiles que los tpicos enlaces
qumicoscovalentes, como los que conectan los tomos en cada
hebra de ADN, pero ms fuertes que interacciones hidrfobas
individuales,enlaces de Van der Waals, etc. Como los puentes de
hidrgeno no son enlaces covalentes, pueden romperse y formarse
de nuevo de forma relativamente sencilla. Por esta razn, las dos
hebras de la doble hlice pueden separarse como una cremallera,
bien por fuerza mecnica o por alta temperatura.
28
La doble hlice
se estabiliza adems por el efecto hidrofbico y el apilamiento, que
no se ven influidos por la secuencia de bases del ADN.
29

Cada tipo de base en una hebra forma un enlace nicamente con
un tipo de base en la otra hebra, lo que se
denominacomplementariedad de las bases. As, las purinas forman
enlaces con las pirimidinas, de forma que A se enlaza slo con T, y
C slo con G. La organizacin de dos nucletidos apareados a lo
largo de la doble hlice se denomina apareamiento de bases. Este
emparejamiento corresponde a la observacin ya realizada
por Erwin Chargaff (1905-2002),
30
que mostr que la cantidad de
adenina era muy similar a la cantidad de timina, y que la cantidad
de citosina era igual a la cantidad de guanina en el ADN. Como
resultado de esta complementariedad, toda la informacin
contenida en la secuencia de doble hebra de la hlice de ADN est
duplicada en cada hebra, lo cual es fundamental durante el
proceso de replicacin del ADN. En efecto, esta interaccin
reversible y especfica entre pares de bases complementarias es
crtica para todas las funciones del ADN en los organismos vivos.
18

Como se ha indicado anteriormente, los dos tipos de pares de
bases forman un nmero diferente de enlaces de hidrgeno: A=T
forman dos puentes de hidrgeno, y CG forman tres puentes de
hidrgeno (ver imgenes). El par de bases GC es por tanto ms
fuerte que el par de bases AT. Como consecuencia, tanto el
porcentaje de pares de bases GC como la longitud total de la doble
hlice de ADN determinan la fuerza de la asociacin entre las dos
hebras de ADN. Las dobles hlices largas de ADN con alto
contenido en GC tienen hebras que interaccionan ms fuertemente
que las dobles hlices cortas con alto contenido en AT.
31
Por esta
razn, las zonas de la doble hlice de ADN que necesitan
separarse fcilmente tienden a tener un alto contenido en AT,
como por ejemplo la secuencia TATAAT de la caja de Pribnow de
algunos promotores.
32
En el laboratorio, la fuerza de esta
interaccin puede medirse buscando la temperatura requerida para
romper los puentes de hidrgeno, la temperatura de
fusin (tambin denominado valor T
m
, del ingls melting
temperature). Cuando todas las pares de bases en una doble
hlice se funden, las hebras se separan en solucin en dos hebras
completamente independientes. Estas molculas de ADN de hebra
simple no tienen una nica forma comn, sino que algunas
conformaciones son ms estables que otras.
33

Otros tipos de pares de bases

Par de bases A=T de tipo Watson-Crick. En azul el donador de hidrgenos y
en rojo el aceptor.

Par de bases A=T de tipo Watson-Crick reverso. En azul el donador de
hidrgenos y en rojo el aceptor. Ntese que la pirimidina ha sufrido un giro de
180 sobre el eje del carbono 6.
Existen diferentes tipos de pares de bases que se pueden formar
segn el modo como se forman los puentes de hidrgeno. Los que
se observan en la doble hlice de ADN son los llamados pares
de bases Watson-Crick, pero tambin existen otros posibles pares
de bases, como los denominados Hoogsteen y Wobble u oscilante,
que pueden aparecer en circunstancias particulares. Adems, para
cada tipo existe a su vez el mismo par reverso, es decir, el que se
da si se gira la base pirimidnica 180 sobre su eje.
Watson-Crick (pares de bases de la doble hlice): los grupos
de la base prica que intervienen en el enlace de hidrgeno
son los que corresponden a las posiciones 1 y 6 (N aceptor y -
NH
2
donador si la purina es una A) y los grupos de la base
pirimidnica, los que se encuentran en las posiciones 3 y 4 (-
NH donador y C=O aceptor si la pirimidina es una T). En el par
de bases Watson-Crick reverso participaran los grupos de las
posiciones 2 y 3 de la base pirimidnica (ver imgenes).
Hoogsteen: en este caso cambian los grupos de la base
prica, que ofrece una cara diferente (posiciones 6 y 7) y que
forman enlaces con los grupos de las pirimidinas de las
posiciones 3 y 4 (como en Watson-Crick). Tambin puede
haber Hoogsteen reversos. Con este tipo de enlace pueden
unirse A=U (Hoogsteen y Hoogsteen reverso) y A=C
(Hoogsteen reverso).
Wobble u oscilante: este tipo de enlace permite que se unan
guanina y citosina con un doble enlace (G=T). La base prica
(G) forma enlace con los grupos de las posiciones 1 y 6 (como
en Watson-Crick) y la pirimidina (T) con los grupos de las
posiciones 2 y 3. Este tipo de enlace no funcionara con A=C,
ya que quedaran enfrentados los 2 aceptores y los 2
donadores, y slo se podra dar en el caso inverso.
Encontramos pares de bases de tipo oscilante en el ARN,
durante el apareamiento de codn y anticodn. Con este tipo
de enlace pueden unirse G=U (oscilante y oscilante reverso) y
A=C (oscilante reverso).
En total, en su forma tautomrica mayoritaria, existen 28 posibles
pares de bases nitrogenadas: 10 posibles pares de bases purina-
pirimidina (2 pares Watson-Crick y 2 Watson Crick reverso, 1 par
Hoogsteen y 2 pares Hoogsteen reverso, 1 par oscilante y 2 pares
oscilante reverso), 7 pares homo purina-purina (A=A, G=G), 4
pares A=G y 7 pares pirimidina-pirimidina. Esto sin contar con los
pares de bases que pueden formarse si tambin tenemos en
cuenta las otras formas tautomricas minoritarias de las bases
nitrogenadas; stos, adems, pueden ser responsables
de mutaciones puntuales por sustitucin de tipo transicin.
Estructura
El ADN es una molcula bicatenaria, es decir, est formada por
dos cadenas dispuestas de forma antiparalela y con las bases
nitrogenadas enfrentadas. En su estructura tridimensional, se
distinguen distintos niveles:
34

35

1. Estructura primaria:
Secuencia de nucletidos encadenados. Es en estas
cadenas donde se encuentra la informacin gentica, y
dado que el esqueleto es el mismo para todos, la
diferencia de la informacin radica en la distinta
secuencia de bases nitrogenadas. Esta secuencia
presenta un cdigo, que determina una informacin u
otra, segn el orden de las bases.
2. Estructura secundaria:
Es una estructura en doble hlice. Permite explicar el
almacenamiento de la informacin gentica y el
mecanismo de duplicacin del ADN. Fue postulada por
Watson y Crick, basndose en la difraccin de rayos X
que haban realizado Franklin y Wilkins, y en la
equivalencia de bases de Chargaff, segn la cual la
suma de adeninas ms guaninas es igual a la suma de
timinas ms citosinas.
Es una cadena doble, dextrgira o levgira, segn el
tipo de ADN. Ambas cadenas son complementarias,
pues la adenina y la guanina de una cadena se unen,
respectivamente, a la timina y la citosina de la otra.
Ambas cadenas son antiparalelas, pues el extremo 3
de una se enfrenta al extremo 5 de la homloga.
Existen tres modelos de ADN. El ADN de tipo B es el
ms abundante y es el que tiene la estructura descrita
por Watson y Crick.
3. Estructura terciaria:
Se refiere a cmo se almacena el ADN en un espacio
reducido, para formar los cromosomas. Vara segn se
trate de organismos procariotas o eucariotas:
2. En procariotas el ADN se pliega como una sper-
hlice, generalmente en forma circular y asociada a
una pequea cantidad de protenas. Lo mismo
ocurre enorgnulos celulares como
las mitocondrias y en los cloroplastos.
3. En eucariotas, dado que la cantidad de ADN de
cada cromosoma es muy grande, el
empaquetamiento ha de ser ms complejo y
compacto; para ello se necesita la presencia de
protenas, como las histonas y otras protenas de
naturaleza no histnica (en
los espermatozoides estas protenas son
lasprotaminas).
34

4. Estructura cuaternaria:
La cromatina presente en el ncleo tiene un grosor de 300 , pues la fibra
de cromatina de 100 se enrolla formando una fibra de cromatina de 300
. El enrollamiento de los nucleosomas recibe el nombre de solenoide.
Dichos solenoides se enrollan formando la cromatina del ncleo interfsico
de la clula eucariota. Cuando la clula entra en divisin, el ADN se
compacta ms, formando as los cromosomas.
Estructuras en doble hlice

De izquierda a derecha, las estructuras de ADN A, B y Z.
El ADN existe en muchas conformaciones.
27
Sin embargo, en
organismos vivos slo se han observado las
conformaciones ADN-A,ADN-B y ADN-Z. La conformacin que
adopta el ADN depende de su secuencia, la cantidad y
direccin de superenrollamiento que presenta, la presencia
de modificaciones qumicas en las bases y las condiciones de
la solucin, tales como la concentracin
de ionesde metales y poliaminas.
36
De las tres conformaciones,
la forma "B" es la ms comn en las condiciones existentes en
las clulas.
37
Las dos dobles hlices alternativas del ADN
difieren en su geometra y dimensiones.
La forma "A" es una espiral que gira hacia la derecha, ms
amplia que la "B", con una hendidura menor superficial y ms
amplia, y una hendidura mayor ms estrecha y profunda. La
forma "A" ocurre en condiciones no fisiolgicas en formas
deshidratadas de ADN, mientras que en la clula puede
producirse en apareamientos hbridos de hebras ADN-ARN,
adems de en complejos enzima-ADN.
3839

Los segmentos de ADN en los que las bases han sido
modificadas por metilacin pueden sufrir cambios
conformacionales mayores y adoptar la forma "Z". En este
caso, las hebras giran alrededor del eje de la hlice en una
espiral que gira a mano izquierda, lo opuesto a la forma "B"
ms frecuente.
40
Estas estructuras poco frecuentes pueden ser
reconocidas por protenas especficas que se unen a ADN-Z y
posiblemente estn implicadas en la regulacin de
la transcripcin.
41

Estructuras en cudruplex

Estructura de un ADN en cudruplex formada por repeticiones en
los telmeros. La conformacin de la estructura de soporte del ADN difiere
significativamente de la tpica estructura en hlice.
42

En los extremos de los cromosomas lineales existen regiones
especializadas de ADN denominadas telmeros. La funcin
principal de estas regiones es permitir a la clula replicar los
extremos cromosmicos utilizando la enzima telomerasa,
puesto que las enzimas que replican el resto del ADN no
pueden copiar los extremos 3' de los cromosomas.
43
Estas
terminaciones cromosmicas especializadas tambin protegen
los extremos del ADN, y evitan que los sistemas dereparacin
del ADN en la clula los procesen como ADN daado que
debe ser corregido.
44
En las clulas humanas, los telmeros
son largas zonas de ADN de hebra sencilla que contienen
algunos miles de repeticiones de una nica secuencia
TTAGGG.
45

Estas secuencias ricas en guanina pueden estabilizar los
extremos cromosmicos mediante la formacin de estructuras
de juegos apilados de unidades de cuatro bases, en lugar de
los pares de bases encontrados normalmente en otras
estructuras de ADN. En este caso, cuatro bases guanina
forman unidades con superficie plana que se apilan una sobre
otra, para formar una estructura cudruple-G estable.
46
Estas
estructuras se estabilizan formando puentes de hidrgenoentre
los extremos de las bases y la quelatacin de un metal inico
en el centro de cada unidad de cuatro bases.
47
Tambin se
pueden formar otras estructuras, con el juego central de cuatro
bases procedente, o bien de una hebra sencilla plegada
alrededor de las bases, o bien de varias hebras paralelas
diferentes, de forma que cada una contribuye con una base a
la estructura central.
Adems de estas estructuras apiladas, los telmeros tambin
forman largas estructuras en lazo, denominadas lazos
telomricos o lazos-T (T-loops en ingls). En este caso, las
hebras simples de ADN se enroscan sobre s mismas en un
amplio crculo estabilizado por protenas que se unen a
telmeros.
48
En el extremo del lazo T, el ADN telomrico de
hebra sencilla se sujeta a una regin de ADN de doble hebra
porque la hebra de ADN telomrico altera la doble hlice y se
aparea a una de las dos hebras. Esta estructura de triple hebra
se denomina lazo de desplazamiento o lazo D (D-loop).
46

Hendiduras mayor y menor

Animacin de la estructura de una seccin de ADN. Las bases se
encuentran horizontalmente entre las dos hebras en espiral. Versin
ampliada
49


Doble hlice: a) Dextrgira, b) Levgira.
La doble hlice es una espiral dextrgira, esto es, cada una de
las cadenas denucletidos gira a derechas; esto puede
verificarse si nos fijamos, yendo de abajo a arriba, en la
direccin que siguen los segmentos de las hebras que quedan
en primer plano. Si las dos hebras giran a derechas se dice
que la doble hlice es dextrgira, y si giran a
izquierdas, levgira (esta forma puede aparecer en hlices
alternativas debido a cambios conformacionales en el ADN).
Pero en la conformacin ms comn que adopta el ADN, la
doble hlice es dextrgira, girando cada par de bases respecto
al anterior unos 36.
50

Cuando las dos hebras de ADN se enrollan una sobre la otra
(sea a derechas o a izquierdas), se forman huecos o
hendiduras entre una hebra y la otra, dejando expuestos los
laterales de las bases nitrogenadas del interior (ver la
animacin). En la conformacin ms comn que adopta el ADN
aparecen, como consecuencia de los ngulos formados entre
los azcaresde ambas cadenas de cada par de bases
nitrogenadas, dos tipos de hendiduras alrededor de la
superficie de la doble hlice: una de ellas, la hendidura o surco
mayor, que mide 22 (2,2 nm) de ancho, y la otra, la
hendidura o surco menor, que mide 12 (1,2 nm) de
ancho.
51
Cada vuelta de hlice, que es cuando sta ha
realizado un giro de 360 o lo que es lo mismo, de principio de
hendidura mayor a final de hendidura menor, medir por tanto
34 , y en cada una de esas vueltas hay unos 10,5 pb.

Hendiduras mayor y menor de la doble hlice.
La anchura de la hendidura mayor implica que los extremos de
las bases son ms accesibles en sta, de forma que la
cantidad de grupos qumicos expuestos tambin es mayor lo
cual facilita la diferenciacin entre los pares de bases A-T, T-A,
C-G, G-C. Como consecuencia de ello, tambin se ver
facilitado el reconocimiento de secuencias de ADN por parte
de diferentes protenas sin la necesidad de abrir la doble
hlice. As, protenas como los factores de transcripcin que
pueden unirse a secuencias especficas, frecuentemente
contactan con los laterales de las bases expuestos en la
hendidura mayor.
52
Por el contrario, los grupos qumicos que
quedan expuestos en la hendidura menor son similares, de
forma que el reconocimiento de los pares de bases es ms
difcil; por ello se dice que la hendidura mayor contiene ms
informacin que la hendidura menor.
50

Sentido y antisentido
Artculo principal: Antisentido
Una secuencia de ADN se denomina "sentido" (en
ingls, sense) si su secuencia es la misma que la secuencia de
un ARN mensajero que se traduce en una protena. La
secuencia de la hebra de ADN complementaria se
denomina "antisentido" (antisense). En ambas hebras de ADN
de la doble hlice pueden existir tanto secuencias sentido, que
codifican ARNm, como antisentido, que no lo codifican. Es
decir, las secuencias que codifican ARNm no estn todas
presentes en una sola de las hebras, sino repartidas entre las
dos hebras. Tanto en procariotas como en eucariotas se
producen ARNs con secuencias antisentido, pero la funcin de
esos ARNs no est completamente clara.
53
Se ha propuesto
que los ARNs antisentido estn implicados en la regulacin de
la expresin gnica mediante apareamiento ARN-ARN: los
ARNsantisentido se aparearan con los ARNm
complementarios, bloqueando de esta forma su traduccin.
54

En unas pocas secuencias de ADN en procariotas y eucariotas
(este hecho es ms frecuente en plsmidos y virus), la
distincin entre hebras sentido y antisentido es ms difusa,
debido a que presentan genes superpuestos.
55
En estos casos,
algunas secuencias de ADN tienen una funcin doble,
codificando una protena cuando se lee a lo largo de una
hebra, y una segunda protena cuando se lee en la direccin
contraria a lo largo de la otra hebra. En bacterias, esta
superposicin puede estar involucrada en la regulacin de
la transcripcin del gen,
56
mientras que en virus los genes
superpuestos aumentan la cantidad de informacin que puede
codificarse en sus diminutos genomas.
57

Superenrollamiento

Estructura de molculas de ADN lineales con los extremos fijos y
superenrolladas. Por claridad, se ha omitido la estructura en hlice del
ADN.
El ADN puede retorcerse como una cuerda en un proceso que
se denomina superenrollamiento del ADN(supercoiling, en
ingls). Cuando el ADN est en un estado "relajado", una
hebra normalmente gira alrededor del eje de la doble hlice
una vez cada 10,4 pares de bases, pero si el ADN est
retorcido las hebras pueden estar unidas ms estrechamente o
ms relajadamente.
58
Si el ADN est retorcido en la direccin
de la hlice, se dice que el superenrollamiento es positivo, y
las bases se mantienen juntas de forma ms estrecha. Si el
ADN se retuerce en la direccin opuesta, el superenrollamiento
se llama negativo, y las bases se alejan. En la naturaleza, la
mayor parte del ADN tiene un ligero superenrollamiento
negativo que es producido
por enzimas denominadas topoisomerasas.
59
Estas enzimas
tambin son necesarias para liberar las fuerzas de torsin
introducidas en las hebras de ADN durante procesos como
la transcripcin y la replicacin.
60

Modificaciones qumicas


citosina 5-metil-citosina timina
Estructura de la citosina con y sin el grupo metilo. Tras la desaminacin, la 5-metil-
citosina tiene la misma estructura que la timina.
Modificaciones de bases del ADN
Vase tambin: Metilacin
La expresin de los genes est influenciada por la forma en la
que el ADN est empaquetado en cromosomas, en una
estructura denominada cromatina. Las modificaciones de
bases pueden estar implicadas en el empaquetamiento del
ADN: las regiones que presentan una expresin gnica baja o
nula normalmente contienen niveles altos de metilacin de las
bases citosina. Por ejemplo, la metilacin de citosina produce
5-metil-citosina, que es importante para la inactivacin
delcromosoma X.
61
El nivel medio de metilacin vara entre
organismos: el gusano Caenorhabditis elegans carece de
metilacin de citosina, mientras que los vertebrados presentan
un nivel alto - hasta 1% de su ADN contiene 5-metil-
citosina.
62
A pesar de la importancia de la 5-metil-citosina, sta
puede desaminarse para generar una base timina. Las
citosinas metiladas son por tanto particularmente sensibles
a mutaciones.
63
Otras modificaciones de bases incluyen la
metilacin de adenina en bacterias y
la glicosilacin deuracilo para producir la "base-J"
en kinetoplastos.
64

65

Dao del ADN
Vase tambin: Mutacin

Molcula de Benzopireno, mutgeno presente por ejemplo en el humo
del tabaco, ligada una hlice de ADN.
66

El ADN puede resultar daado por muchos tipos
de mutgenos, que cambian la secuencia del ADN: agentes
alquilantes, adems deradiacin electromagntica de alta
energa, como luz ultravioleta y rayos X. El tipo de dao
producido en el ADN depende del tipo de mutgeno. Por
ejemplo, la luz UV puede daar al ADN produciendo dmeros
de timina, que se forman por ligamiento cruzado entre
bases pirimidnicas.
67
Por otro lado, oxidantes tales
como radicales libres o el perxido de hidrgeno producen
mltiples daos, incluyendo modificaciones de bases, sobre
todo guanina, y roturas de doble hebra (double-strand
breaks).
68
En una clula humana cualquiera, alrededor de 500
bases sufren dao oxidativo cada da.
69

70
De estas lesiones
oxidativas, las ms peligrosas son las roturas de doble hebra,
ya que son difciles de reparar y pueden producir mutaciones
puntuales, inserciones y deleciones de la secuencia de ADN,
as como translocaciones cromosmicas.
71

Muchos mutgenos se posicionan entre dos pares de bases
adyacentes, por lo que se denominan agentes intercalantes. La
mayora de los agentes intercalantes son
molculas aromticas y planas, como el bromuro de etidio,
la daunomicina, la doxorubicina y latalidomida. Para que un
agente intercalante pueda integrarse entre dos pares de bases,
stas deben separarse, distorsionando las hebras de ADN y
abriendo la doble hlice. Esto inhibe la transcripcin y
la replicacin del ADN, causando toxicidad y mutaciones. Por
ello, los agentes intercalantes del ADN son a
menudo carcingenos: el benzopireno, las acridinas,
la aflatoxina y el bromuro de etidioson ejemplos bien
conocidos.
72

73

74
Sin embargo, debido a su capacidad para
inhibir la replicacin y la transcripcin del ADN, estas toxinas
tambin se utilizan en quimioterapia para inhibir el rpido
crecimiento de las clulas cancerosas.
75

El dao en el ADN inicia una respuesta que activa diferentes
mecanismos de reparacin que reconocen lesiones especficas
en el ADN, que son reparadas en el momento para recuperar
la secuencia original del ADN. Asimismo, el dao en el ADN
provoca una parada en el ciclo celular, que conlleva la
alteracin de numerosos procesos fisiolgicos, que a su vez
implica sntesis, transporte y degradacin de protenas (vase
tambin Checkpoint de daos en el ADN). Alternativamente, si
el dao genmico es demasiado grande para que pueda ser
reparado, los mecanismos de control inducirn la activacin de
una serie de rutas celulares que culminarn en la muerte
celular.
Funciones biolgicas
Las funciones biolgicas del ADN incluyen el almacenamiento
de informacin (genes y genoma), la codificacin de protenas
(transcripcin y traduccin) y su autoduplicacin (replicacin
del ADN) para asegurar la transmisin de la informacin a las
clulas hijas durante la divisin celular.
Genes y genoma
Vanse tambin: Ncleo
celular, Cromatina, Cromosoma y Genoma.
El ADN se puede considerar como un almacn cuyo contenido
es la informacin (mensaje) necesaria para construir y sostener
el organismo en el que reside, la cual se transmite de
generacin en generacin. El conjunto de informacin que
cumple esta funcin en un organismo dado se
denomina genoma, y el ADN que lo constituye, ADN genmico.
El ADN genmico (que se organiza en molculas
de cromatina que a su vez se ensamblan en cromosomas) se
encuentra en el ncleo celular de los eucariotas, adems de
pequeas cantidades en las mitocondrias y cloroplastos.
En procariotas, el ADN se encuentra en un cuerpo de forma
irregular denominado nucleoide.
76

El ADN codificante

ARN polimerasa T7 (azul) produciendo un ARNm (verde) a partir de un
molde de ADN (naranja).
77

Vase tambin: Gen
La informacin gentica de un genoma est contenida en
los genes, y al conjunto de toda la informacin que
corresponde a un organismo se le denomina su genotipo. Un
gen es una unidad de herencia y es una regin de ADN que
influye en una caracterstica particular de un organismo (como
el color de los ojos, por ejemplo). Los genes contienen un
"marco de lectura abierto" (open reading frame) que puede
transcribirse, adems de secuencias reguladoras, tales
comopromotores y enhancers, que controlan la transcripcin
del marco de lectura abierto.
Desde este punto de vista, las obreras de este mecanismo son
las protenas. Estas pueden ser estructurales, como las
protenas de los msculos, cartlagos, pelo, etc., o funcionales,
como la hemoglobina o las innumerables enzimas del
organismo. La funcin principal de la herencia es la
especificacin de las protenas, siendo el ADN una especie
de plano oreceta para producirlas. La mayor parte de las veces
la modificacin del ADN provocar una disfuncin proteica que
dar lugar a la aparicin de alguna enfermedad. Pero en
determinadas ocasiones, las modificaciones podrn provocar
cambios beneficiosos que darn lugar a individuos mejor
adaptados a su entorno.
Las aproximadamente treinta mil protenas diferentes en el
cuerpo humano estn constituidas por
veinte aminocidos diferentes, y una molcula de ADN debe
especificar la secuencia en que se unen dichos aminocidos.
En el proceso de elaborar una protena, el ADN de un gen se
lee y se transcribe a ARN. Este ARN sirve como mensajero
entre el ADN y la maquinaria que elaborar las protenas y por
eso recibe el nombre de ARN mensajero o ARNm. El ARN
mensajero sirve de molde a la maquinaria que elabora las
protenas, para que ensamble los aminocidos en el orden
preciso para armar la protena.
El dogma central de la biologa molecular estableca que el
flujo de actividad y de informacin era: ADN ARN
protena. No obstante, en la actualidad ha quedado
demostrado que este "dogma" debe ser ampliado, pues se han
encontrado otros flujos de informacin: en algunos organismos
(virus de ARN) la informacin fluye de ARN a ADN; este
proceso se conoce como "transcripcin inversa o reversa",
tambin llamada "retrotranscripcin". Adems, se sabe que
existen secuencias de ADN que se transcriben a ARN y son
funcionales como tales, sin llegar a traducirse nunca a
protena: son los ARN no codificantes, como es el caso de
los ARN interferentes.
34

35

El ADN no codificante
El ADN del genoma de un organismo puede dividirse
conceptualmente en dos: el que codifica las protenas (los
genes) y el que no codifica. En muchas especies, slo una
pequea fraccin del genoma codifica protenas. Por ejemplo,
slo alrededor del 1,5% del genoma humano consiste
en exones que codifican protenas (20.000 a 25.000 genes),
mientras que ms del 90% consiste en ADN no codificante.
78

El ADN no codificante (tambin denominado ADN
basura o junk DNA) corresponde a secuencias del genoma que
no generan una protena (procedentes de transposiciones,
duplicaciones, translocaciones y recombinaciones de virus,
etc.), incluyendo los intrones. Hasta hace poco tiempo se
pensaba que el ADN no codificante no tena utilidad alguna,
pero estudios recientes indican que eso es inexacto. Entre
otras funciones, se postula que el llamado "ADN basura" regula
la expresin diferencial de los genes.
79
Por ejemplo, algunas
secuencias tienen afinidad hacia protenas especiales que
tienen la capacidad de unirse al ADN (como
los homeodominios, los complejos receptores de hormonas
esteroides, etc.), con un papel importante en el control de los
mecanismos de trascripcin y replicacin. Estas secuencias se
llaman frecuentemente "secuencias reguladoras", y los
investigadores suponen que slo se ha identificado una
pequea fraccin de las que realmente existen. La presencia
de tanto ADN no codificante en genomas eucariticos y las
diferencias en tamao del genoma entre especies representan
un misterio que es conocido como el "enigma del valor de
C".
80
Recientemente, un grupo de investigadores de
la Universidad de Yale ha descubierto una secuencia de ADN
no codificante que sera la responsable de que los seres
humanos hayan desarrollado la capacidad de agarrar y/o
manipular objetos o herramientas.
81

Por otro lado, algunas secuencias de ADN desempean un
papel estructural en los cromosomas:
los telmeros y centrmeros contienen pocos o ningn gen
codificante de protenas, pero son importantes para estabilizar
la estructura de los cromosomas. Algunos genes no codifican
protenas, pero s se transcriben en ARN: ARN
ribosmico,ARN de transferencia y ARN de
interferencia (ARNi, que son ARN que bloquean la expresin
de genes especficos). La estructura de intrones y exones de
algunos genes (como los
de inmunoglobulinas y protocadherinas) son importantes por
permitir los cortes y empalmes alternativos del pre-ARN
mensajero que hacen posible la sntesis de diferentes
protenas a partir de un mismo gen (sin esta capacidad no
existira el sistema inmune, por ejemplo). Algunas secuencias
de ADN no codificante representanpseudogenes que tienen
valor evolutivo, ya que permiten la creacin de nuevos genes
con nuevas funciones.
35
Otros ADN no codificantes proceden
de la duplicacin de pequeas regiones del ADN; esto tiene
mucha utilidad, ya que el rastreo de estas secuencias
repetitivas permite estudios de filogenia.
Transcripcin y traduccin
Artculos principales: Transcripcin (gentica) y Traduccin
(gentica).
En un gen, la secuencia de nucletidos a lo largo de una hebra
de ADN se transcribe a un ARN mensajero (ARNm) y esta
secuencia a su vez se traduce a una protena que un
organismo es capaz de sintetizar o "expresar" en uno o varios
momentos de su vida, usando la informacin de dicha
secuencia.
La relacin entre la secuencia de nucletidos y la secuencia
de aminocidos de la protena viene determinada por el cdigo
gentico, que se utiliza durante el proceso de traduccin
o sntesis de protenas. La unidad codificadora del cdigo
gentico es un grupo de tres nucletidos (triplete),
representado por las tres letras iniciales de las bases
nitrogenadas (por ej., ACT, CAG, TTT). Los tripletes del ADN
se transcriben en sus bases complementarias en el ARN
mensajero, y en este caso los tripletes se
denominan codones (para el ejemplo anterior, UGA, GUC,
AAA). En el ribosoma cada codn del ARN mensajero
interacciona con una molcula de ARN de transferencia(ARNt
o tRNA) que contenga el triplete complementario, denominado
anticodn. Cada ARNt porta el aminocido correspondiente al
codn de acuerdo con el cdigo gentico, de modo que el
ribosoma va uniendo los aminocidos para formar una nueva
protena de acuerdo con las "instrucciones" de la secuencia del
ARNm. Existen 64 codones posibles, por lo cual corresponde
ms de uno para cada aminocido (por esta duplicidad de
codones se dice que el cdigo gentico es un cdigo
degenerado: no es unvoco); algunos codones indican la
terminacin de la sntesis, el fin de la secuencia codificante;
estos codones de terminacin o codones de parada son UAA,
UGA y UAG (en ingls, nonsense codons o stop codons).
34

Replicacin del ADN

Esquema representativo de la replicacin del ADN.
Artculo principal: Replicacin de ADN
La replicacin del ADN es el proceso por el cual se obtienen
copias o rplicas idnticas de una molcula de ADN. La
replicacin es fundamental para la transferencia de la
informacin gentica de una generacin a la siguiente y, por
ende, es la base de la herencia. El mecanismo consiste
esencialmente en la separacin de las dos hebras de la doble
hlice, las cuales sirven de molde para la posterior sntesis de
cadenas complementarias a cada una de ellas, que llevar por
nombre ARNm. El resultado final son dos molculas idnticas a
la original. Este tipo de replicacin se
denomina semiconservativa debido a que cada una de las dos
molculas resultantes de la duplicacin presenta una cadena
procedente de la molcula "madre" y otra recin sintetizada.
Hiptesis sobre la duplicacin del ADN
En un principio, se propusieron tres hiptesis:
Semiconservativa: Segn el experimento de Meselson-
Stahl, cada hebra sirve de molde para que se forme una
hebra nueva, mediante la complentariedad de bases,
quedando al final dos dobles hlices formadas por una
hebra antigua (molde) y una nueva hebra (copia).
Conservativa: Tras la duplicacin quedaran las dos
hebras antiguas juntas y, por otro lado, las dos hebras
nuevas formando una doble hlice.
Dispersiva: Segn esta hiptesis, las hebras resultantes
estaran formadas por fragmentos en doble hlice ADN
antiguo y ADN recin sintetizado.
Interacciones ADN-protena
Todas las funciones del ADN dependen de sus interacciones
con protenas. Estas interacciones pueden ser inespecficas, o
bien la protena puede unirse de forma especfica a una nica
secuencia de ADN. Tambin pueden unirse enzimas, entre las
cuales son particularmente importantes las polimerasas, que
copian las secuencia de bases del ADN durante la
transcripcin y la replicacin.
Protenas que unen ADN
Interacciones inespecficas

Interaccin de ADN con histonas (en blanco, arriba). Los
aminocidos bsicos de estas protenas (abajo a la izquierda, en
azul) se unen a los grupos cidos de los fosfatos del ADN (abajo a
la derecha, en rojo).
Las protenas estructurales que se unen al ADN son ejemplos
bien conocidos de interacciones inespecficas ADN-protenas.
En los cromosomas, el ADN se encuentra formando complejos
con protenas estructurales. Estas protenas organizan el ADN
en una estructura compacta denominada cromatina.
En eucariotas esta estructura implica la unin del ADN a un
complejo formado por pequeas protenas bsicas
denominadas histonas, mientras que en procariotas estn
involucradas una gran variedad de protenas.
82

83
Las histonas
forman un complejo de forma cilndrica
denominado nucleosoma, en torno al cual se enrollan casi dos
vueltas de ADN de doble hlice. Estas interacciones
inespecficas quedan determinadas por la existencia de
residuos bsicos en las histonas, que forman enlaces
inicos con el esqueleto de azcar-fosfato del ADN y, por
tanto, son en gran parte independientes de la secuencia de
bases.
84
Estos aminocidos bsicos experimentan
modificaciones qumicas
de metilacin,fosforilacin y acetilacin,
85
que alteran la fuerza
de la interaccin entre el ADN y las histonas, haciendo al ADN
ms o menos accesible a los factores de transcripcin y por
tanto modificando la tasa de transcripcin.
86

Otras protenas que se unen a ADN de manera inespecfica en
la cromatina incluyen las protenas del grupo de alta
movilidad (HMG, High Mobility Group) que se unen a ADN
plegado o distorsionado.
87
Estas protenas son importantes
durante el plegamiento de los nucleosomas, organizndolos en
estructuras ms complejas para constituir los
cromosomas
88
durante el proceso de condensacin
cromosmica. Se ha propuesto que en este proceso tambin
intervendran otras protenas, formando una especie de
"andamio" sobre el cual se organiza la cromatina; los
principales componentes de esta estructura seran la
enzima topoisomerasa II (topoIIalpha) y
lacondensina 13S.
89
Sin embargo, el papel estructural de
la topoIIalpha en la organizacin de los cromosomas an es
discutido, ya que otros grupos argumentan que esta enzima se
intercambia rpidamente tanto en los brazos cromosmicos
como en los cinetocoros durante la mitosis.
90

Interacciones especficas
Un grupo bien definido de protenas que unen ADN es el
conformado por las protenas que se unen especficamente
a ADN monocatenario o ADN de hebra sencilla(ssDNA). En
humanos, la protena A de replicacin es la mejor conocida de
su familia y acta en procesos en los que la doble hlice se
separa, como la replicacin del ADN, la recombinacin o
la reparacin del ADN.
91
Estas protenas parecen estabilizar el
ADN monocatenario, protegindolo para evitar que forme
estructuras de tallo-lazo (stem-loop) o que sea degradado
por nucleasas.

El factor de transcripcin represor del fago lambda unido a su ADN diana
mediante un motivo hlice-giro-hlice (helix-turn-helix).
92

Sin embargo, otras protenas han evolucionado para unirse
especficamente a secuencias particulares de ADN. La
especificidad de la interaccin de las protenas con el ADN
procede de los mltiples contactos con las bases de ADN, lo
que les permite "leer" la secuencia del ADN. La mayora de
esas interacciones con las bases ocurre en la hendidura
mayor, donde las bases son ms accesibles.
93

Las protenas especficas estudiadas con mayor detalle son las
encargadas de regular la transcripcin, denominadas por
ello factores de transcripcin. Cada factor de transcripcin se
une a una secuencia concreta de ADN y activa o inhibe la
transcripcin de los genes que presentan estas secuencias
prximas a sus promotores. Los factores de transcripcin
pueden efectuar esto de dos formas:
En primer lugar, pueden unirse a la polimerasa de ARN
responsable de la transcripcin, bien directamente o a
travs de otras protenas mediadoras. De esta forma. se
estabiliza la unin entre la ARN polimerasa y el promotor,
lo que permite el inicio de la transcripcin.
94

En segundo lugar, los factores de transcripcin pueden
unirse a enzimas que modifican las histonas del promotor,
lo que altera la accesibilidad del molde de ADN a la ARN
polimerasa.
95

Como los ADN diana pueden encontrarse por todo
el genoma del organismo, los cambios en la actividad de un
tipo de factor de transcripcin pueden afectar a miles de
genes.
96
En consecuencia, estas protenas son frecuentemente
las dianas de los procesos detransduccin de seales que
controlan las respuestas a cambios ambientales o
diferenciacin y desarrollo celular.

La enzima de restriccin EcoRV (verde) formando un complejo con su ADN
diana.
97

Enzimas que modifican el ADN
Nucleasas y ligasas
Las nucleasas son enzimas que cortan las hebras de ADN
mediante la catlisis de la hidrlisisde los enlaces fosfodister.
Las nucleasas que hidrolizan nucletidos a partir de los
extremos de las hebras de ADN se denominan exonucleasas,
mientras que las endonucleasas cortan en el interior de las
hebras. Las nucleasas que se utilizan con mayor frecuencia
en biologa molecular son las enzimas de restriccin,
endonucleasas que cortan el ADN por determinadas
secuencias especficas. Por ejemplo, la enzima EcoRV, que se
muestra a la izquierda, reconoce la secuencia de 6 bases 5-
GAT|ATC-3, y hace un corte en ambas hebras en la lnea
vertical indicada, generando dos molculas de ADN con los
extremos romos. Otras enzimas de restriccin generan sin
embargo extremos cohesivos, ya que cortan de forma diferente
las dos hebras de ADN. En la naturaleza, estas enzimas
protegen a las bacterias contra las infecciones de fagos, al
digerir el ADN de dicho fago cuando entra a travs de la pared
bacteriana, actuando como un mecanismo de
defensa.
98
En biotecnologa, estas nucleasas especficas de la
secuencias de ADN se utilizan en ingeniera
gentica para clonar fragmentos de ADN y en la tcnica
de huella gentica.
Las enzimas denominadas ADN ligasas pueden reunir hebras
de ADN cortadas o rotas.
99
Las ligasas son particularmente
importantes en la replicacin de la hebra que sufre replicacin
discontinua en el ADN, ya que unen los fragmentos cortos de
ADN generados en la horquilla de replicacin para formar una
copia completa del molde de ADN. Tambin se utilizan en
la reparacin del ADN y en procesos de recombinacin
gentica.
99

Topoisomerasas y helicasas
Las topoisomerasas son enzimas que poseen a la vez
actividad nucleasa y ligasa. Estas protenas varan la cantidad
de ADN superenrollado. Algunas de estas enzimas funcionan
cortando la hlice de ADN y permitiendo que una seccin rote,
de manera que reducen el grado de superenrollamiento. Una
vez hecho esto, la enzima vuelve a unir los fragmentos de
ADN.
59
Otros tipos de enzimas son capaces de cortar una
hlice de ADN y luego pasar la segunda hebra de ADN a
travs de la rotura, antes de reunir las hlices.
100
Las
topoisomerasas son necesarias para muchos procesos en los
que interviene el ADN, como la replicacin del ADN y
la transcripcin.
60

Las helicasas son unas protenas que pertenecen al grupo de
los motores moleculares. Utilizan energa qumica almacenada
en los nuclesidos trifosfatos, fundamentalmenteATP, para
romper puentes de hidrgeno entre bases y separar la doble
hlice de ADN en hebras simples.
101
Estas enzimas son
esenciales para la mayora de los procesos en los que las
enzimas necesitan acceder a las bases del ADN.
Polimerasas
Las polimerasas son enzimas que sintetizan cadenas de
nucletidos a partir de nuclesidos trifosfatos. La secuencia de
sus productos son copias de cadenas de polinucletidos
existentes, que se denominan moldes. Estas enzimas
funcionan aadiendo nucletidos al grupo hidroxilo en 3' del
nucletido previo en una hebra de ADN. En consecuencia,
todas las polimerasas funcionan en direccin 5 --> 3.
102
En
los sitios activos de estas enzimas, el nuclesido trifosfato que
se incorpora aparea su base con la correspondiente en el
molde: esto permite que la polimerasa sintentice de forma
precisa la hebra complementaria al molde.
Las polimerasas se clasifican de acuerdo al tipo de molde que
utilizan:
En la replicacin del ADN, una ADN polimerasa
dependiente de ADN realiza una copia de ADN a partir de
una secuencia de ADN. La precisin es vital en este
proceso, por lo que muchas de estas polimerasas tienen
una actividad de verificacin de la lectura (proofreading).
Mediante esta actividad, la polimerasa reconoce errores
ocasionales en la reaccin de sntesis, debido a la falta de
apareamiente entre el nucletido errneo y el molde, lo que
genera un desacoplamiento (mismatch). Si se detecta un
desacoplamiento, se activa una actividad exonucleasa en
direccin 3 --> 5 y la base incorrecta se elimina.
103
En la
mayora de los organismos las ADN polimerasas funcionan
en un gran complejo denominado replisoma, que contiene
mltiples unidades accesorias, como helicasas.
104

Las ADN polimerasas dependientes de ARN son una
clase especializada de polimerasas que copian la
secuencia de una hebra de ARN en ADN. Incluyen
latranscriptasa inversa, que es una enzima viral implicada
en la infeccin de clulas por retrovirus, y la telomerasa,
que es necesaria para la replicacin de los
telmeros.
105

43
La telomerasa es una polimerasa inusual,
porque contiene su propio molde de ARN como parte de su
estructura.
44

La transcripcin se lleva a cabo por una ARN polimerasa
dependiente de ADN que copia la secuencia de una de
las hebras de ADN en ARN. Para empezar a transcribir un
gen, la ARN polimerasa se une a una secuencia del ADN
denominada promotor, y separa las hebras del ADN.
Entonces copia la secuencia del gen en un transcrito
de ARN mensajero hasta que alcanza una regin de ADN
denomimada terminador, donde se detiene y se separa del
ADN. Como ocurre con las ADN polimerasas dependientes
de ADN en humanos, la ARN polimerasa II (la enzima que
transcribe la mayora de los genes del genoma humano)
funciona como un gran complejo multiproteico que contiene
mltiples subunidades reguladoras y accesorias.
106

Recombinacin gentica


Estructura de un intermedio en unin de Holliday en
la recombinacin gentica. Las cuatro hebras de ADN separadas
estn coloreadas en rojo, azul, verde y amarillo.
107

Artculo principal: Recombinacin gentica

La recombinacin implica la rotura y reunin de dos cromosomas homlogos
(M y F) para producir dos cromosomas nuevos reorganizados (C1 y C2).
Una hlice de ADN normalmente no interacciona con otros
segmentos de ADN, y en las clulas humanas los diferentes
cromosomas incluso ocupan reas separadas en el ncleo
celular denominadas territorios cromosmicos.
108
La
separacin fsica de los diferentes cromosomas es importante
para que el ADN mantenga su capacidad de funcionar como
un almacn estable de informacin. Uno de los pocos
momentos en los que los cromosomas interaccionan es
durante el sobrecruzamiento cromosmico (chromosomal
crossover), durante el cual se recombinan. El
sobrecruzamiento cromosmico ocurre cuando dos hlices de
ADN se rompen, se intercambian y se unen de nuevo.
La recombinacin permite a los cromosomas intercambiar
informacin gentica y produce nuevas combinaciones de
genes, lo que aumenta la eficiencia de la seleccin natural y
puede ser importante en la evolucin rpida de nuevas
protenas.
109
Durante la profase I de la meiosis, una vez que
los cromosomas homlogos estn perfectamente apareados
formando estructuras llamadas bivalentes, se produce el
fenmeno de sobrecruzamiento o entrecruzamiento (crossing-
over), en el cual las cromtidas homlogas no hermanas
(procedentes del padre y de la madre) intercambian material
gentico. La recombinacin gentica resultante hace aumentar
en gran medida la variacin gentica entre la descendencia de
progenitores que se reproducen por va sexual. La
recombinacin gentica tambin puede estar implicada en
la reparacin del ADN, en particular en la respuesta celular a
las roturas de doble hebra (double-strand breaks).
110

La forma ms frecuente de sobrecruzamiento cromosmico es
la recombinacin homloga, en la que los dos cromosomas
implicados comparten secuencias muy similares. La
recombinacin no-homloga puede ser daina para las clulas,
ya que puede producir translocaciones cromosmicas y
anomalas genticas. La reaccin de recombinacin est
catalizada por enzimas conocidas como recombinasas, tales
como RAD51.
111
El primer paso en el proceso de
recombinacin es una rotura de doble hebra, causada bien por
una endonucleasa o por dao en el ADN.
112
Posteriormente,
una serie de pasos catalizados en parte por la recombinasa,
conducen a la unin de las dos hlices formando al menos
una unin de Holliday, en la que un segmento de una hebra
simple es anillado con la hebra complementaria en la otra
hlice. La unin de Holliday es una estructura de unin
tetrahdrica que puede moverse a lo largo del par de
cromosomas, intercambiando una hebra por otra. La reaccin
de recombinacin se detiene por el corte de la unin y la
reunin de los segmentos de ADN liberados.
113

Evolucin del metabolismo de ADN
Vase tambin: Hiptesis del mundo de ARN
El ADN contiene la informacin gentica que permite a la
mayora de los organismos vivientes funcionar, crecer y
reproducirse. Sin embargo, no est claro durante cunto
tiempo ha ejercido esta funcin en los ~3000 millones de aos
de la historia de la vida, ya que se ha propuesto que las formas
de vida ms tempranas podran haber utilizadoARN como
material gentico.
114

115
El ARN podra haber funcionado como
la parte central de un metabolismo primigenio, ya que puede
transmitir informacin gentica y simultneamente actuar
como catalizador formando parte de las ribozimas.
116
Este
antiguo Mundo de ARN donde los cidos nucleicos
funcionaran como catalizadores y como almacenes de
informacin gentica podra haber influido en
la evolucin del cdigo gentico actual, basado en
cuatro nucletidos. Esto se debera a que el nmero de bases
nicas en un organismo es un compromiso entre un nmero
pequeo de bases (lo que aumentara la precisin de la
replicacin) y un nmero grande de bases (que a su vez
aumentara la eficiencia cataltica de las ribozimas).
117

Desafortunadamente, no se cuenta con evidencia directa de
los sistemas genticos ancestrales porque la recuperacin del
ADN a partir de la mayor parte de los fsiles es imposible. Esto
se debe a que el ADN es capaz de sobrevivir en el medio
ambiente durante menos de un milln de aos, y luego
empieza a degradarse lentamente en fragmentos de menor
tamao en solucin.
118
Algunas investigaciones pretenden que
se ha obtenido ADN ms antiguo, por ejemplo un informe
sobre el aislamiento de una bacteria viable a partir de un cristal
salino de 250 millones de aos de antigedad,
119
pero estos
datos son controvertidos.
120

121

Sin embargo, pueden utilizarse herramientas de evolucin
molecular para inferir los genomas de organismos ancestrales
a partir de organismos contemporneos.
122

123
En muchos
casos, estas inferencias son suficientemente fiables, de
manera que una biomolcula codificada en un genoma
ancestral puede resucitarse en el laboratorio para ser
estudiada hoy.
124

125
Una vez que la biomolcula ancestral se
ha resucitado, sus propiedades pueden ofrecer inferencias
sobre ambientes y estilos de vida primigenios. Este proceso se
relaciona con el campo emergente de la paleogentica
experimental.
126

A pesar de todo, el proceso de trabajo hacia atrs desde el
presente tiene limitaciones inherentes, razn por la cual otros
investigadores tratan de elucidar el mecanismo evolutivo
trabajando desde el origen de la Tierra en adelante. Dada
suficiente informacin sobre la qumica en el cosmos, la
manera en la que las sustancias csmicas podran haberse
depositado en la Tierra, y las transformaciones que podran
haber tenido lugar en la superficie terrestre primigenia, tal vez
podramos ser capaces de aprender sobre los orgenes para
desarrollar modelos de evolucin ulterior de la informacin
gentica
127
(vase tambin el artculo sobre el origen de la
vida).
Tcnicas comunes
El conocimiento de la estructura del ADN ha permitido el
desarrollo de multitud de herramientas tecnolgicas que
explotan sus propiedades fisicoqumicas para analizar su
implicacin en problemas concretos: por ejemplo,
desde anlisis filogeeticos para detectar similitudes entre
diferentes taxones, a la caracterizacin de la variabilidad
individual de un paciente en su respuesta a un
determinado frmaco, pasando por un enfoque global, a
nivel genmico, de cualquier caracterstica especfica en un
grupo de individuos de inters.
128

Podemos clasificar las metodologas de anlisis del ADN en
aquellas que buscan su multiplicacin, ya in vivo, como
la reaccin en cadena de la polimerasa (PCR), ya in vitro,
como la clonacin, y aquellas que explotan las propiedades
especficas de elementos concretos, o de genomas
adecuadamente clonados. Es el caso de la secuenciacin de
ADN y de la hibridacin con sondas especficas ("southern
blot" y chips de ADN).
Tecnologa del ADN recombinante
Artculo principal: ADN recombinante
La tecnologa del ADN recombinante, piedra angular de
la ingeniera gentica, permite propagar grandes cantidades de
un fragmento de ADN de inters, el cual se dice que ha sido
clonado. Para ello, debe introducirse dicho fragmento en otro
elemento de ADN, generalmente un plsmido, que posee en
su secuencia los elementos necesarios para que la maquinaria
celular de un hospedador, normalmente Escherichia coli, lo
replique. De este modo, una vez transformada la cepa
bacteriana, el fragmento de ADN clonado se reproduce cada
vez que aquella se divide.
129

Para clonar la secuencia de ADN de inters, se
emplean enzimas como herramientas de corte y empalme del
fragmento y del vector (el plsmido). Dichas enzimas
corresponden a dos grupos: en primer lugar, las enzimas de
restriccin, que poseen la capacidad de reconocer y cortar
secuencias especficas; en segundo lugar, la ADN ligasa, que
establece un enlace covalente entre extremos de ADN
compatibles
128
(ver seccin Nucleasas y ligasas).
Secuenciacin
Artculo principal: Secuenciacin de ADN
La secuenciacin del ADN consiste en dilucidar el orden de
los nucletidos de un polmero de ADN de cualquier longitud, si
bien suele dirigirse hacia la determinacin
degenomas completos, debido a que las tcnicas actuales
permiten realizar esta secuenciacin a gran velocidad, lo cual
ha sido de gran importancia para proyectos de secuenciacin a
gran escala como el Proyecto Genoma Humano. Otros
proyectos relacionados, en ocasiones fruto de la colaboracin
de cientficos a escala mundial, han establecido la secuencia
completa del ADN de
muchos genomas de animales, plantas y microorganismos.
El mtodo de secuenciacin de Sanger ha sido el ms
empleado durante el siglo XX. Se basa en la sntesis de ADN
en presencia de didesoxinuclesidos, compuestos que, a
diferencia de los desoxinuclesidos normales (dNTPs),
carecen de un grupo hidroxilo en su extremo 3'. Aunque los
didesoxinucletidos trifosfatados (ddNTPs) pueden
incorporarse a la cadena en sntesis, la carencia de un extremo
3'-OH imposibilita la generacin de un nuevo enlace
fosfodister con el nuclesido siguiente; por tanto, provocan la
terminacin de la sntesis. Por esta razn, el mtodo de
secuenciacin tambin se denomina de terminacin de
cadena. La reaccin se realiza usualmente preparando un
tubo con el ADN molde, la polimerasa, un cebador, dNTPs
convencionales y una pequea cantidad de ddNTPs marcados
fluorescentemente en su base nitrogenada. De este modo, el
ddTTP puede ir marcado en azul, el ddATP en rojo, etc.
Durante la polimerizacin, se van truncando las cadenas
crecientes, al azar, en distintas posiciones. Por tanto, se
produce una serie de productos de distinto tamao,
coincidiendo la posicin de la terminacin debido a la
incorporacin del ddNTP correspondiente. Una vez terminada
la reaccin, es posible correr la mezcla en una electroforesis
capilar (que resuelve todos los fragmentos segn su longitud)
en la cual se lee la fluorescencia para cada posicin del
polmero. En nuestro ejemplo, la lectura azul-rojo-azul-azul se
traducira como TATT.
130

131

Reaccin en cadena de la polimerasa (PCR)
Artculo principal: Reaccin en cadena de la polimerasa
La reaccin en cadena de la polimerasa, habitualmente
conocida como PCR por sus siglas en ingls, es una tcnica
de biologa molecular descrita en 1986 por Kary Mullis,
132
cuyo
objetivo es obtener un gran nmero de copias de un fragmento
de ADN dado, partiendo de una escasa cantidad de aqul.
Para ello, se emplea una ADN polimerasatermoestable que, en
presencia de una mezcla de los cuatro desoxinucletidos, un
tampn de la fuerza inica adecuada y los cationes precisos
para la actividad de la enzima, dos oligonucletidos
(denominados cebadores) complementarios a parte de la
secuencia (situados a distancia suficiente y en sentido
antiparalelo) y bajo unas condiciones de temperatura
adecuadas, moduladas por un aparato
denominado termociclador, genera exponencialmente nuevos
fragmentos de ADN semejantes al original y acotados por los
dos cebadores.
129

La PCR puede efectuarse como una tcnica de punto final,
esto es, como una herramienta de generacin del ADN
deseado, o como un mtodo continuo, en el que se evale
dicha polimerizacin a tiempo real. Esta ltima variante es
comn en la PCR cuantitativa.
128

Southern blot
Artculo principal: Southern blot
El mtodo de hibridacin Southern o Southern blot (el
nombre original en el idioma ingls) permite la deteccin de
una secuencia de ADN en una muestra compleja o no del
cido nucleico. Para ello, combina una separacin
mediante masa y carga (efectuada mediante una electroforesis
en gel) con una hibridacin con una sonda de cido nucleico
marcada de algn modo (ya sea con radiactividad o con un
compuesto qumico) que, tras varias reacciones, d lugar a la
aparicin de una seal de color ofluorescencia. Dicha
hibridacin se realiza tras la transferencia del ADN separado
mediante la electroforesis a una membrana de filtro. Una
tcnica semejante, pero en la cual no se produce la
mencionada separacin electrofortica se denomina dot blot.
El mtodo recibe su nombre en honor a su inventor,
el bilogo ingls Edwin Southern.
133
Por analoga al mtodo
Southern, se han desarrollado tcnicas semejantes que
permiten la deteccin de secuencias dadas de ARN
(mtodo Northern, que emplea sondas de ARN o ADN
marcadas)
134
o de protenas especficas (tcnica Western,
basada en el uso de anticuerpos).
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Chips de ADN
Artculo principal: Chip de ADN

Microarray con 37.500 oligonucletidos especficos. Arriba a la izquierda
se puede apreciar una regin ampliada del chip.
Los chips de ADN son colecciones de oligonucletidos de ADN
complementario dispuestos en hileras fijadas sobre un soporte,
frecuentemente de cristal. Se utilizan para el estudio de
mutaciones de genes conocidos o para monitorizar la
expresin gnica de una preparacin de ARN.
Aplicaciones
Ingeniera gentica
Vanse tambin: Ingeniera gentica y Biologa molecular.
La investigacin sobre el ADN tiene un impacto significativo,
especialmente en el mbito de la medicina, pero tambin en
agricultura y ganadera (donde los objetivos son los mismos
que con las tcnicas tradicionales que el hombre lleva
utilizando desde hace milenios - la domesticacin, la seleccin
y los cruces dirigidos - para obtener variedades de animales y
plantas ms productivos). La moderna biologa y bioqumica
hacen uso intensivo de la tecnologa del ADN recombinante,
introduciendo genes de inters en organismos, con el objetivo
de expresar una protena recombinante concreta, que puede
ser:
aislada para su uso posterior: por ejemplo, se pueden
transformar microorganismos para convertirlos en
autnticas fbricas que producen grandes cantidades de
sustancias tiles, como insulina o vacunas, que
posteriormente se aslan y se utilizan
teraputicamente.
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138

necesaria para reemplazar la expresin de un gen
endgeno daado que ha dado lugar a una patologa, lo
que permitira el restablecimiento de la actividad de la
protena perdida y eventualmente la recuperacin del
estado fisiolgico normal, no patolgico. Este es el objetivo
de la terapia gnica, uno de los campos en los que se est
trabajando activamente en medicina, analizando ventajas e
inconvenientes de diferentes sistemas de administracin
del gen (virales y no virales) y los mecanismos de
seleccin del punto de integracin de los elementos
genticos (distintos para los virus y los transposones) en el
genoma diana.
139
En este caso, antes de plantearse la
posibilidad de realizar una terapia gnica en una
determinada patologa, es fundamental comprender el
impacto del gen de inters en el desarrollo de dicha
patologa, para lo cual es necesario el desarrollo de un
modelo animal, eliminando o modificando dicho gen en un
animal de laboratorio, mediante la tcnica
knockout.
140
Slo en el caso de que los resultados en el
modelo animal sean satisfactorios se procedera a analizar
la posibilidad de restablecer el gen daado mediante
terapia gnica.
utilizada para enriquecer un alimento: por ejemplo, la
composicin de la leche (una importante fuente de
protenas para el consumo humano y animal) puede
modificarse mediante transgnesis, aadiendo genes
exgenos y desactivando genes endgenos para mejorar
su valor nutricional, reducir infecciones en las glndulas
mamarias, proporcionar a los consumidores protenas
antipatgenas y preparar protenas recombinantes para su
uso farmacutico.
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til para mejorar la resistencia del organismo transformado:
por ejemplo en plantas se pueden introducir genes que
confieren resistencia a patgenos (virus, insectos,
hongos), as como a agentes estresantes abiticos
(salinidad, sequedad, metales pesados).
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Medicina forense
Vase tambin: Huella gentica
Los mdicos forenses pueden utilizar el ADN presente en
la sangre, el semen, la piel, la saliva o el pelo en la escena de
un crimen para identificar al responsable. Esta tcnica se
denomina huella gentica, o tambin "perfil de ADN". Al
realizar la huella gentica, se compara la longitud de secciones
altamente variables de ADN repetitivo, como los microsatlites,
entre personas diferentes. Este mtodo es frecuentemente
muy fiable para identificar a un criminal.
146
Sin embargo, la
identificacin puede complicarse si la escena est
contaminada con ADN de personas diferentes.
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La tcnica de
la huella gentica fue desarrollada en 1984 por el genetista
britnico Sir Alec Jeffreys,
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y fue utilizada por primera vez en
medicina forense para condenar a Colin Pitchfork por los
asesinatos de Narborough en 1983 y de Enderby en
1986.
149
Se puede requerir a las personas acusadas de ciertos
tipos de crmenes que proporcionen una muestra de ADN para
introducirlos en una base de datos. Esto ha facilitado la labor
de los investigadores en la resolucin de casos antiguos,
donde slo se obtuvo una muestra de ADN de la escena del
crimen, en algunos casos permitiendo exonerar a un convicto.
La huella gentica tambin puede utilizarse para identificar
vctimas de accidentes en masa,
150
o para realizar pruebas de
consanguinidad.
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Bioinformtica
Vase tambin: Bioinformtica
La bioinformtica implica la manipulacin, bsqueda
y extraccin de informacin de los datos de la secuencia del
ADN. El desarrollo de las tcnicas para almacenar y buscar
secuencias de ADN ha generado avances en el desarrollo
de software de los ordenadores, para muchas aplicaciones,
especialmente algoritmos de bsqueda de frases,aprendizaje
automtico y teoras de bases de datos.
152
La bsqueda de
frases o algoritmos de coincidencias, que buscan la ocurrencia
de una secuencia de letras dentro de una secuencia de letras
mayor, se desarroll para buscar secuencias especficas de
nucletidos.
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En otras aplicaciones como editores de textos,
incluso algoritmos simples pueden funcionar, pero las
secuencias de ADN pueden generar que estos algoritmos
presenten un comportamiento de casi-el-peor-caso, debido al
bajo nmero de caracteres. El problema relacionado
del alineamiento de secuencias persigue identificar
secuencias homlogas y localizar mutaciones especficas que
las diferencian. Estas tcnicas, fundamentalmente
el alineamiento mltiple de secuencias, se utilizan al estudiar
las relaciones filogenticas y la funcin de las protenas.
154
Las
colecciones de datos que representan secuencias de ADN del
tamao de un genoma, tales como las producidas por
el Proyecto Genoma Humano, son difciles de usar sin
anotaciones, que marcan la localizacin de los genes y los
elementos reguladores en cada cromosoma. Las regiones de
ADN que tienen patrones asociados con genes que codifican
protenas o ARN pueden identificarse por algoritmos
de localizacin de genes, lo que permite a los investigadores
predecir la presencia de productos gnicos especficos en un
organismo incluso antes de que haya sido aislado
experimentalmente.
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Nanotecnologa de ADN