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EXPRESIN DE GENES CATABLICOS DURANTE LA BIODEGRADACIN

DE HIDROCARBUROS AROMATICOS BAJO CONDICIONES AEROBIAS Y


ANAEROBIAS.
1,2*

Jess Antonio Morlett Chvez , Hugo Barrera Saldaa , ngeles del Carmen Flores
2
2
3
Samaniego , Xochitl Areli Gonzalez Gonzalez , Nagamani Balagurusamy .

Depto. de Bioqumica y Medicina Molecular, Facultad de Medicina, Universidad autnoma de Nuevo


Len. Av. Madero Pte. y Dr. Aguirre-Pequeo s/n, Monterrey, N.L., Mxico.
2
Facultad de Ciencias Qumicas, Universidad Autnoma de Coahuila, Unidad Saltillo. Blvd. V.
Carranza y J. Crdenas V., Saltillo, Coahuila, CP 25280. Tel/Fax: (844) 415 57 52,
3
Nagamani Balagurusamy, Escuela de Ciencias Biolgicas, Universidad Autnoma de Coahuila, Unidad
Torren. *Correo electrnico: morlett17@gmail.com

1.

RESUMEN

La creciente utilizacin de hidrocarburos en actividades cotidianas deriva en un constante problema de


contaminacin. Sin embargo existen microorganismos que han desarrollado la capacidad de degradar este tipo de
compuestos, siendo este un mtodo prctico que pudiera ser eficaz para disminuir el problema en los sitios
contaminados. En este trabajo se pretende marcar la atencin a la biorremediacin, dando especial atencin a un
grupo de genes catablicos capaces de remover hidrocarburos aromticos bajo condiciones aerobias y anaerobias.
2. INTRODUCCIN
La extraordinaria versatilidad de las bacterias para utilizar diferentes hidrocarburos como nica fuente de carbono y
de energa se evidenci debido a su potencial por oxidar diferentes compuestos xenobiticos. Estos compuestos
son de origen natural o qumicamente sintetizados por las actividades humano-industriales, sin embargo, estos
compuestos diariamente son descargados al medio ambiente, generando un gran problema de contaminacin. Para
tratar de disminuir la contaminacin de estos compuestos aromticos se han utilizado bacterias, estas bacterias
contienen una amplia variedad de rutas catablicas. Sin embargo, hay limitaciones para aislar microorganismos con
capacidad de crecer en diferentes compuestos orgnicos y en la comprensin acerca de los genes que codifican
para las protenas relacionadas con la degradacin de los compuestos xenobiticos.
3. DEGRADACIN DE LOS HIDROCARBUROS POR DIFERENTES MICROORGANISMOS.
La presencia de los compuestos aromticos en la biosfera a travs de la historia, explica por qu los
microorganismos han desarrollado diferentes vas metablicas usando estos compuestos como un sustrato y una
fuente de energa para su crecimiento, consiguiendo as que una gran variedad de microorganismos puedan
mineralizar los compuestos de inters (Widdel y Rabus, 2001). Las primeras investigaciones acerca de este tema se
enfocaron en el medio ambiente que rodeaba a los microorganismos que se localizaban en los depsitos de petrleo
(Chakraborty y Coates, 2004).
Diferentes procesos han sido diseados para la remocin de compuestos aromticos, como: mtodos fsicos
(adsorcin por carbono activado), qumicos (por extraccin con solventes, oxidacin qumica) y biolgicos (utilizando
microorganismos aerobios y/o anaerobios) (Shan Gen, 2002). Siendo, los procesos microbiolgicos, por su
versatilidad bioqumica y molecular, as como por razones de proteccin ambiental, la mejor alternativa para la
remocin de los compuestos aromticos, ya sea en condiciones aerobias o anaerobias (Cuadro 1) (Kleerebezem y
cols., 1999).

Cuadro 1. Comparacin de los procesos aerobios y anaerobios en la degradacin de compuestos aromticos.


AEROBIO
ANAEROBIO
Activacin del anillo aromtico
Aceptor final de electrones
Produccin de biomasa
Requerimientos nutricionales
Productos intermedios
Enzimas
Productos finales

4.

O2
O2
Mayor produccin
Menor
Catecol, protocatecuate
Mono, di-oxigenasas
CO2, H2O

CH3, H2O, COOH


NO-3, SO2-4 , Fe (III) y CO2-3
Menor produccin
Mayor
Benzoil CoA, Floroglucinol, resorcinol
CoA ligasa, Benzoil CoA
CH4, CO2, H2S/N2

CATABOLISMO DE LOS COMPUESTOS AROMTICOS.

a. CATABOLISMO AEROBIO.
En los procesos aerobios, la remocin de los compuestos aromticos puede llevarse a cabo por hongos,
actinomicetos y bacterias que contienen mono o di-oxigenasas, utilizando el oxgeno para la activacin y ruptura del
anillo aromtico. El oxgeno sirve tambin como aceptor final de electrones para la oxidacin completa de estos
compuestos. Sin embargo, la disminucin del oxgeno disuelto de los sitios contaminados limita la biodegradacin
del Benceno, Tolueno, Etilbenceno y Xileno (BTEX) (Grbic-Galic y Vogel, 1986).
Los estudios por la va aerobia para el catabolismo de los compuestos aromticos han demostrado que estas
enzimas (mono-oxigenasas y di-oxigenasas), llevan a cabo el primer paso que es la activacin para la conversin
de los compuestos aromticos. Posteriormente, los compuestos son transformados a un nmero ilimitado de
productos intermedios como son el protocatecuate y catecol. La ruptura del catecol es catalizada por la 1, 2 dioxigenasa y la del protocatecuate por la 3,4 di-oxigenasa, convirtindolos en piruvato o acetaldehdo. Cuando el
anillo del catecol o protocatecuate se rompe en su posicin meta u orto, se convierten a -Cetoadipato. Dos pasos
adicionales completan la conversin de -Cetoadipato a productos intermedios del ciclo de los cidos tricarboxlicos
como se muestra en la Figura 2. Si el anillo se rompe en su posicin para, se convierte en piruvato o acetaldehdo y
entran directamente al ciclo de los cidos tricarboxlicos (Heinaru y cols., 2000 y Buchan y cols., 2000). Los estudios
filogenticos de la secuencia de aminocidos de las protenas relacionadas con la biodegradacin de los BTEX
demostraron una alta similitud en sus secuencias, lo cual indica que estas protenas provienen de un gen ancestral
comn (Figura 1) (Hendrickx y cols., 2006).

Figura 1. Formacin de Protocatecuate en condiciones aerobias (Buchan y cols., 2000).


b. CATABOLISMO ANAEROBIO.
La biodegradacin anaerobia es un simple pero efectivo proceso biolgico para el tratamiento de diferentes residuos
orgnicos y la produccin de energa en forma de biogs CH4 (Karakashev y cols., 2005). Adems es un proceso
mediado por la asociacin sintrfica (consorcios) de grupos de bacterias (tabla) como las a) fermentativas
(Acidognicas y Acetognicas) b) Desnitrificantes (BD), c) Sulfato Reductoras (BSR) y d) Metanognicas (BM), entre
otras (Figura 2) (Schink, 1997 y Fries y Cols., 1994).

Figura 2. Bacterias participantes dentro de los consorcios metanognicos; 1) bacteria fermentativa primaria; 2)
metanognica hidrogenotrfica; 3) metanognica acetoclstica; 4) Bacteria fermentativa secundaria 5) bacteria
homoacetognica (Schink, 1997).
Algunas bacterias mencionadas como nitrato-, sulfato-reductoras (Thauera aromtica y
Rhodopseudomonas palustris) y fototrficas, han sido estudiadas para establecer las vas metablicas. Para que un
compuesto pueda ser utilizado como nutriente y degradado a travs de una ruta catablica es necesario que exista
un mecanismo de introduccin de los compuestos aromticos hacia el interior de la clula bacteriana. El transporte
de las molculas a travs de la membrana bacteriana puede ocurrir mediante tres procesos diferentes: difusin
simple, difusin facilitada y/o transporte activo por medio de la protena permeasa. El transporte activo como bien se
sabe se realiza en contra del gradiente de concentracin con intervencin de la permeasa. Esta enzima presenta
alta especificidad por el sustrato y es capaz de introducir en la clula dichos compuestos. Sin embargo, los
compuestos aromticos primero deben de ser activados antes de ser introducidos a la clula (Figura 4) Harwood y
Gibson (1997). En la degradacin de los compuestos aromticos se han estudiado por lo menos dos vas
metablicas que son: a) la va del fumarato y b) la va benzoil CoA.
En cada una de ambas vas se llevan a cabo tres fases llamadas:
a) VA DEL FUMARATO
En esta va se adiciona el fumarato a los compuestos aromticos como paso inicial para la activacin del proceso
catablico, proceso llevado a cabo por la enzima benzoil succinato sintetasa (Bss), homologa a la enzima benzoil

CoA ligasa. Sin embargo, otras reacciones alternas dependen del aceptor de electrones utilizado o del tipo de
compuesto que se degrada (Chakraborty y Coates, 2004; Shinoda y cols; 2005).
b) VA BENZOIL COA
i) activacin de la reaccin: los compuestos aromticos son activados con sustituyentes como el grupo carboxil
(carboxilacin), metil (metilacin) o hidrxil (hidroxilacin), acyl. Las enzimas que llevan a cabo esta reaccin son
hidroxilasas y la benzoil CoA ligasa (BclL), respectivamente. Por ltimo, los productos son incorporados al material
celular.
ii) metabolismo perifrico: en esta etapa se lleva acabo la reduccin del anillo aromtico por la benzoil CoA
reductasa (BclR). El benzoato CoA es el producto intermedio de mayor relevancia. El fluoroglucinol y el resorcinol
tambin son formados.
iii) metabolismo central: reaccin de oxidacin (reaccin final que produce acetil CoA o cidos grasos voltiles).
Despus de la formacin del producto intermedio, el anillo del benzoato o Benzoil CoA es degradado por medio de
dos vas:
1) Va pimlica: algunas bacterias reutilizan el CoA para pimelil CoA. En algunos casos este se utiliza para producir
cidos grasos voltiles o acetil CoA. Por ltimo el acetil CoA entra al ciclo del cido ctrico. Est va es utilizada por
bacterias sintrficas.
2) Va adpica: los productos finales son convertidos hasta cidos grasos. Va utilizada por las BD (Figura 3).
Para las reacciones posteriores se requiere de una asociacin sintrfica entre las acetognicas (productoras de
hidrogeno y acetato), las metanognicas (hidrogenotrficas o acetoclsticas) y/o nitrato- sulfato-reductoras. Estas
bacterias llevan al acetato y al hidrgeno en productos metablicos comunes como CO2, CH4 y H2S (Annweiler y
cols., 2002; Heider y Fuchs, 1997; Harwood y Gibson, 1997).

Figura 3. Incorporacin de los compuestos aromticos al catabolismo celular.

5. GENES CATABOLICOS EN LAS BACTERIAS BIODEGRADADORAS.


En aos recientes, se ha incrementado la bsqueda de microorganismos capaces de biodegradar compuestos
contaminantes. Estos avances se han logrado gracias al desarrollo de nuevas tcnicas en gentica molecular. La
deteccin de microorganismos biodegradadores (Cuadro 2) ha permitido explorar tanto a los genes catablicos
como a sus productos (protenas). Por lo tanto estas enzimas (protenas) representan un punto importante en la
biodegradacin de contaminantes. Sin embargo, existen pocos reportes sobre la diversidad gentica de los
consorcios que participan en la degradacin de aromticos, porque solo pocas enzimas han sido purificadas y
adems solo han sido estudiadas superficialmente (Song y Ward, 2005; Breinig y cols., 2000; Heinaru y cols., 2000;
Egland y cols., 1997; Harwood y Gibson, 1997).
Cuadro 2. Bacterias capaces de degradar compuestos aromticos en condiciones aerobias y anaerobias.
Funte de carbono
Bacterias aerobias
Fuente de carbono
Bacterias anaerobias
Desulfotomaculum
gibsoniae,
T. aromatica
R. palustres
Desulfobacula toluolica

Fenol y p-cresol

Pseudomona putida, P.
fluorescens, P. mendocina,
P. corrugada

Fenol

cido fenil actico, cido


3 y 4 hidroxifenilactico

E.coli

Fenil-acetato

Tricloro etileno

Rhodococcus sp.

Alquil bencenos

T. selenatis

Tolueno y naftaleno

Sphingomonas capsulata,
Sphingomonas pavcimobilis

Resorcinol

Azoarcus anaerobius

Naftaleno,
dibenzotiofenos,
fenantreno y fluoreno.

Cycloclastycus sp.

Etil-benceno

Azoarcus strain

2 secbutil 4,6 dinitrofenol

Tolueno

Naftaleno y fenantreno
2,6 diclorofenol

A. evansii

Clostridium bifermentans

Mycobacterium sp.
Neptumonas naphtovorans
Ralstonia sp

Tolueno

T. aromtica,
Decloromonas, A.
tolulyticus
D. cetonicum, D.
toluolica

m-Xyleno,
o-Xyleno y
p- Xyleno

mXyS1, oXyS1

Benceno

Decloromonas

Catecol

A. anaerobius,
D. anilina

a. GENES CATABLICOS REGULADOS AERBICAMENTE.


La biorremediacin (trmino tambin conocido como biodegradacin) bajo condiciones aerobias de los compuestos
aromticos es comnmente iniciada por un grupo de enzimas conocidas como mono-, di-oxigenasas (Witzig y cols.,
2006). Ests enzimas actan sobre un amplio grupo de hidrocarburos aromticos incluyendo a los BTEX, los cules
son utilizados por los microorganismos como nica fuente de carbono y de energa. El gen Bed, codifica para la
enzima benceno 1,2 dioxigenasa (BeD) y esta es una enzima ampliamente estudiada. As mismo el gen Tod codifica
para la tolueno dioxigenasa, las secuencias de Bed y Tod tiene alta similitud, sin embargo, solo describiremos la
enzima BeD. Esta enzima cataliza la hidroxilacin del benceno para producir benceno cis-hidrodiol, primer paso
durante la biodegradacin de los compuestos xenobiticos. Las protenas tienen un sistema de 3 componentes a)
flavoprotena reductasa; b) una ferredoxina (transfiere electrones desde el NADH) y c) un centro cataltico con un
clster de Fierro-Sulfuro (ISP). El ISP est formado por dos protenas diferentes, ests son conocidas como la
subunidad y la subunidad . La subunidad participa en la transferencia de electrones, contiene el centro
cataltico de ests enzimas y contiene el sitio de unin al sustrato y es responsable de la especificidad sobre el

substrato. Los genes que codifican para la benceno y tolueno dioxigenasa han sido clonados secuenciados y
expresados en E. coli. pero la estructura molecular de estas protenas an no ha sido determinada (Witzig y cols.,
2006; Bagneris y cols., 2006 y Baldwin y cols., 2005).
Otra enzima importante durante la biodegradacin de los BTEX, es la catecol dioxigenasa (C23O). Esta
enzima pertenece a la familia de las extradiol dioxigenasas y cataliza la ruptura del catecol, para producir cloro-,
metil y etil catecol. Una amplia variedad de C23O han sido aisladas de diferentes bacterias. La C23O llega a ser
inestable debido a que en el sitio activo se encuentra un Fe (III). La bacteria tiene un sistema para reducir el Fe (III)
del sitio cataltico a Fe (II), para que C23O sea activa. Los genes xyl E y nanH, ambos codifican la enzima catecol
dioxigenasa (Parales y cols., 1997) (Figura 4).

Figura 4. Organizacin gnica de Rhodococcus sp. cepa DK17. Las flechas negras representan a los
genes relacionados con la degradacin de los BTEX. En gris se muestra a los genes regulatorios. En blanco se
muestra a los genes con una funcin desconocida.
b. GENES CATABLICOS REGULADOS ANAERBICAMENTE.
Bajo condiciones anaerobias los genes que codifican para las enzimas BclL y BclR, as como, Bss; se han
identificado (Figura 5). Los genes BadDEFG/BcrCBD de R. palustris codifican para la protena Bclr, mientras que el
gen BadA/BcrA codifica para la enzima BclL, las secuencias nucleotdicas en ambos genes estn altamente
conservadas. Estos genes se transcriben en forma de opern y son inducidos por los compuestos aromticos (Song
y Ward, 2005; Schhle y cols., 2003 y Egland y Cols., 1997).

BssD

BssC

BcrC

BssA

BcrB

BssB

BcrA

BssE

BcrD

Figura 5. El opern Bcr de R. palustris tiene su homologo en T. aromatica (Bcr).


La enzima BclR es un heterotetramero compuesto por las subunidades , , y (BcrCBAD). Las
subunidades y tienen sitios de unin al ATP. Mientras que las subunidades y contienen sitios de unin al
benzoato CoA (Song y Ward, 2005). Wischgoll y cols. (2005), clonaron el gen BadA de Geobacter metallireducens
(cepa anaerobia estricta y crece en presencia de diferentes compuestos aromticos) y lo expresaron en E. coli
(Figura 6). La enzima Bclr como ya se ha mencionado es esencial para la reduccin del anillo aromtico.

Figura 6. Anlisis de la fraccin de protenas (gel desnaturalizante de acrilamida) durante la purificacin de la


benzoato CoA ligasa de G. metallireducens. M= Peso molecular, 1-3 extractos celulares de E. coli que contienen la
benzoil CoA sobre-expresada; 4-5 purificacin de la benzoil CoA, 6 residuos de la purificacin.
Tambin en A. tolulyticus y en T. aromatica, se han identificado los genes estructurales que codifican para
la enzima Bss. Esos genes se han denominado BssCAB, que junto con otro par de genes denominados BssD y E,
estn organizados tambin en un opern de la siguiente forma BssDCABE. BssA codifica para la Bss subunidad ,
mientras que el gen B codifica para la subunidad . Se cree que BssD codifica para una enzima que activa a BssAB.
Por su parte, Shinoda y cols. (2005), indicaron que en la cepa Magnetospirillum, se encuentran ambos operones
(BadDEFG y BssDCABE) homlogos a los operones de A. tolulyticus, T. aromatica y R. palustris. Sin embargo,
tambin indicaron que los genes bss se transcribieron solo en las clulas que se expusieron al tolueno en
anaerobiosis. Mientras que los genes bclL y BclR se expresaron en las clulas que tienen como nica fuente de
carbono benzoato y tolueno. En estas bacterias se ha encontrado un segundo opern que est relacionado con la
reaccin de -oxidacin. Este opern es conocido como BbsEFGHCDBAI y se expresa solo en aquellas clulas que
han crecido en presencia de tolueno (Washer y Edwards, 2006; Khner y cols., 2005; Leuthner y Heider, 2000).
6. CONCLUSIN
El empleo de microorganismos para la biorremediacin de sitios contaminados con hidrocarburos es una opcin
viable por ser una tecnologa sencilla, de bajo costo y afn con el medio ambiente, sin embargo, una desventaja es
que los microorganismos son especficos para la degradacin de un solo compuesto. Por su parte, el estudio de
genes catablicos nos permitir realizar mejoras gnicas en los microorganismos, para incrementar los procesos de
bioremediacin. As pues, la construccin de operones genticamente modificados puede ser un nuevo reto para la
biologa molecular e ingeniera gentica, en donde un compuesto aromtico sea capaz de inducir varios operones
catablicos o producir enzimas especializadas para la remocin de compuestos xenobiticos/recalcitrantes.
Adems, en los ltimos aos, se han identificado protenas involucradas en el metabolismo de los hidrocarburos
aromticos y se ha observado que algunos genes/protenas catablicas presentan modificaciones o cambios de un
solo nucletido que los hace mejores en el reconocimiento y remocin de los xenobioticos, sin embargo, no se ha
aprovechado al mximo cada una de esas protenas. En nuestra regin escasos procesos biotecnolgicos se han
desarrollado para su uso en la biorremediacin. Por lo que es necesario, realizar estudios acerca de los
microorganismos que juegan un papel importante en la biodegradacin, de los genes catablicos y su expresin
traducida en protenas.

7. Bibliografa
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