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Introduccin a la Bioinformatica

Vanessa Arvalo Seijas


Tarea Alineamiento Simple (global y local) de secuencias.

Primera Parte: Alineamiento simple/global entre 2 secuencias


Alineamiento secuencias:

En el alineamiento se observa gran cantidad de regiones iguales, tanto como regiones


conservadas como semi conservadas.
Se puede decir que estas protenas tienen una similitud estructural, ya que poseen el mismo
tamao en bp y presenta regiones similares. No podemos decir con certeza que se traten de regiones
homologas ya que se ve presencia de ciertos mismatches y esto se puede explicar por cambios
evolutivos.

CUESTIONARIO
1. Cmo se pueden modificar los costos de los gaps para realizar un alineamiento local
empleando un algoritmo de alineamiento global?
Se aumenta el GOP en alineamiento local y se reducen en el alineamiento global.
2. Qu precauciones se deben tomar durante un alineamiento frente a la existencia de
posibles secuencias repetitivas o regiones de baja complejidad (low-complexity regions)?
Regin de baja complejidad (LCR) es una regin de una secuencia que podra dar puntuaciones ms
altas que confunden al programa para encontrar las secuencias importantes, reales en la base de
datos que podran dar falsos positivos al resultado, por lo que deben ser filtrados. Las regiones sern
marcados con una X (las secuencias de protenas) o N (secuencias de cidos nucleicos) y luego ser
ignoradas por el programa BLAST. Para filtrar las regiones de baja complejidad, el programa SEG
se usa para las secuencias de protenas y el POLVO programa se utiliza para las secuencias de
ADN. Por otro lado, la XNU programa se utiliza para enmascarar las repeticiones en tndem en
secuencias de protenas.
3. Cul es la diferencia entre el Clustal clsico y el Clustal Omega?
Clustal Omega ofrece un aumento significativo en la escalabilidad con respecto a versiones
anteriores, permitiendo a cientos de miles de secuencias para ser alineados en slo unas pocas
horas. Adems, la calidad de alineaciones es superior a las versiones anteriores, tal como se mide
por una serie de puntos de referencia populares.
4. Un concepto de similitud y homologa puede extenderse al ADN. Es posible encontrar
secuencias de ADN con una alta similitud (~66%), pero que no sean homlogas (que no
correspondan a la misma protena)?
Homologa: comparten ancestro comn.
Similitud: hay cambio en un aminocido en la secuencia pero no hay cambios fisicoqumicos.
Las secuencias de DNA pueden tener secuencias repetitivas, asi que al hacer el anlisis se
encontrara una similitud de sencuencias pero no necesariamente quiere decir que se trata de
secuencias homologas. Hay que tener en cuenta que la misma similitud no quiera decir que se trate
de una misma secuencia, sino que ha habido cambios evolutivamente.

5. Podemos utilizar otra herramienta como el EMBOSS Stretcher, para realizar el


alineamiento global de dos secuencias. Realice un analisis con esta herramienta y discuta las
diferencias. http://www.ebi.ac.uk/Tools/emboss/
Comparandolo con el ClustalW, el EMBOSS Stretcher nos da adems de la secuencia alineada,
porcentaje de similaridad, identidad, tamao y gaps entre las secuencias de estudio.

La tcnica de representacin de similitud es diferente,

SEGUNDA PARTE: ALINEAMIENTO LOCAL DE SECUENCIAS


Se analizarn dos protenas de taenia solium que actualmente vienen siendo utilizadas como
vacunas para la cisticercosis porcina: Tsol18 y Tsol45.

1. Son Tsol18 y Tsol45 verdaderamente protenas homlogas?


Se observa que el SCORE es de 48.01, y similaridad 312/774 (40.3%), siendo mayor a 100
aminoacidos (25%) de similidaridad, probablementes se trate de protenas homologas.
2. Determinar si ambas protenas comparten dominios conservados. Para esto deber utilizar
el
programa de alineamiento local EMBOSS Water. Qu tipo de dominio es el que comparten?
3. HP6 es una protena de taenia saginata la cual se ha identificado como mediadora de
procesos de adhesin previo a la infeccin del intestino vacuno. Determine el grado de
similitud que pueda haber entre la secuencia de ADN de Tsol18 y HP6. Son Tsol18 y HP6
verdaderamente genes homlogos? Qu se puede decir en este caso de Tsol18?
Se encontr una similitud de 99.7%, si se puede decir que son genes homologos ya que comparten
una muy alta, casi total similaridad. Para homologa se trabaja con todo o nada homologos, en
este caso si vemos una homologa. Por lo que se infiere que estos 2 genes han evolucionado de igual
manera y poseen el mismo ancestro.
Recientemente se ha identificado un grado de parentesco entre HP6 y el dominio tipo III de
fibronectina.
4. Determine el grado de similitud de algn gen de fibronectina (escoja la especie que
prefiera), con Tsol18. Realice para esto un alineamiento global y un alineamiento local. Qu
diferencias encuentra? Qu puede decir acerca de Tsol18 y su posible naturaleza como
protena involucrada en procesos de adherencia?